]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - EMCAL/AliEMCALReconstructor.cxx
Update to select in centrality (Giacomo)
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALReconstructor.cxx
index 7c5f87fab003b16bf3585e5421d158d3e55032b6..0dc6810ece36e922cb196a860fda5f9d99202529 100644 (file)
@@ -27,6 +27,9 @@
 // --- ROOT system ---
 #include <TList.h>
 #include <TClonesArray.h>
+#include <TH2.h>
+#include "TGeoManager.h"
+#include "TGeoMatrix.h"
 
 // --- Standard library ---
 
@@ -34,6 +37,8 @@
 #include "AliEMCALReconstructor.h"
 
 #include "AliCodeTimer.h"
+#include "AliCaloCalibPedestal.h"
+#include "AliEMCALCalibData.h"
 #include "AliESDEvent.h"
 #include "AliESDCaloCluster.h"
 #include "AliESDCaloCells.h"
 #include "AliEMCALRawUtils.h"
 #include "AliEMCALDigit.h"
 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
+#include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
 #include "AliEMCALRecPoint.h"
 #include "AliEMCALPID.h"
 #include "AliEMCALTrigger.h"
 #include "AliRawReader.h"
 #include "AliCDBEntry.h"
 #include "AliCDBManager.h"
-#include "AliEMCALRecParam.h"
 #include "AliEMCALGeometry.h"
 #include "AliEMCAL.h"
-#include "AliEMCALHistoUtilities.h"
 #include "AliESDVZERO.h"
-
+#include "AliCDBManager.h"
 #include "AliRunLoader.h"
 #include "AliRun.h"
+#include "AliEMCALTriggerData.h"
+#include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
+#include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
+#include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
+#include "AliEMCALTriggerData.h"
+#include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
+#include "AliEMCALTriggerPatch.h"
+#include "AliEMCALTriggerTypes.h"
 
 ClassImp(AliEMCALReconstructor) 
 
-AliEMCALRecParam* AliEMCALReconstructor::fgkRecParam = 0;  // EMCAL rec. parameters
-AliEMCALRawUtils* AliEMCALReconstructor::fgRawUtils = 0;   // EMCAL raw utilities class
-TClonesArray*     AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr = 0;  // shoud read just once at event
-
+const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
+AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
+AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
+TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
+TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
+AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
 //____________________________________________________________________________
 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor() 
-  : fDebug(kFALSE), fList(0), fGeom(0) 
+  : fDebug(kFALSE), fList(0), fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0) 
 {
   // ctor
-  InitRecParam();
 
   fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
 
   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
-  AliRunLoader *rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
-  if (rl->GetAliRun() && rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL")) {
-    fGeom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
-  } else {
+  AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
+  if (rl->GetAliRun()){
+    AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
+    if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
+  }
+  
+  if(!fGeom) {
     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
   }
 
+  //Get calibration parameters 
+  if(!fCalibData)
+    {
+               AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
+               AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
+               if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
+    }
+       
+  if(!fCalibData)
+               AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
+       
+  //Get calibration parameters 
+  if(!fPedestalData)
+    {
+      AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
+      AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
+      if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
+    }
+  
+  if(!fPedestalData)
+    AliFatal("Dead map not found in CDB!");
+       
   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
 
-} 
+  AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
 
-//____________________________________________________________________________
-AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor(const AliEMCALReconstructor & rec)
-  : AliReconstructor(rec),
-    fDebug(rec.fDebug),
-    fList(rec.fList),
-    fGeom(rec.fGeom)
-{
-  //copy ctor
-}
+  const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
+
+  if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
+  fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
+       
+  fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
+
+  //Init temporary list of digits
+  fgDigitsArr   = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
+  fgClustersArr = new TObjArray(1000);
+       
+} 
 
 //____________________________________________________________________________
 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 {
   // dtor
-  delete fGeom;
+
+  if(fGeom)              delete fGeom;
+  
+  //No need to delete, recovered from OCDB
+  //if(fCalibData)         delete fCalibData;
+  //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
+  
+  if(fgDigitsArr){
+    fgDigitsArr->Clear("C");
+    delete fgDigitsArr; 
+  }
+  
+  if(fgClustersArr){
+    fgClustersArr->Clear();
+    delete fgClustersArr; 
+  }
+  
+  if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
+  if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
+  if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
+  
   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 } 
 
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALReconstructor::Init()
-{
-  // Trigger hists - Oct 24, 2007
-  fList = AliEMCALHistoUtilities::GetTriggersListOfHists(kTRUE);
-}
+// //____________________________________________________________________________
+// void AliEMCALReconstructor::Init()
+// {
+//   // Trigger hists - Oct 24, 2007
+//    fList = AliEMCALHistoUtilities::GetTriggersListOfHists(kTRUE);
+// }
 
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALReconstructor::InitRecParam() const
+//____________________________________________________________________________                                  
+void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
 {
-  // Check if the instance of AliEMCALRecParam exists, 
-  // if not, get it from OCDB if available, otherwise create a default one
-
- if (!fgkRecParam  && (AliCDBManager::Instance()->IsDefaultStorageSet())) {
-    AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
-      AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Config/RecParam");
-    if (entry) fgkRecParam =  (AliEMCALRecParam*) entry->GetObject();
+  //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.                          
+  Int_t clusterizerType = -1;
+  Int_t eventType = -1;
+  if(GetRecParam()) {
+    clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
+    eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
+  }
+  else{
+    AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
+    AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
+    //Get The reco param for the default event specie                                                           
+    if (entry) {
+      AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
+      if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag(); 
+    }
   }
   
-  if(!fgkRecParam){
-    AliWarning("The Reconstruction parameters for EMCAL nonitialized - Used default one");
-    fgkRecParam = new AliEMCALRecParam;
+  //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type                       
+  if(fgClusterizer){
+    if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
+      //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
+        //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
+      
+      if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1 && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1")) return;
+      
+      else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
+      
+      //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one     
+      delete fgClusterizer;
+    }
+    else return;
+  }
+
+  if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
+  {
+    fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
+  }
+  else
+  {
+    fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
   }
 }
 
@@ -138,21 +227,33 @@ void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree)
   // the global tracking.
   // Works on the current event.
 
-  AliCodeTimerAuto("")
+  AliCodeTimerAuto("",0)
 
   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 
-  if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
+  InitClusterizer();
+  
+  fgClusterizer->InitParameters();
+  fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
+  
+  //Skip clusterization of LED events
+  if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
+       
+               if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
 
-    AliEMCALClusterizerv1 clu;
-    clu.SetInput(digitsTree);
-    clu.SetOutput(clustersTree);
-    if(Debug())
-      clu.Digits2Clusters("deb all") ;
-    else
-      clu.Digits2Clusters("") ;
+                 fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
+    
+                 if(Debug())
+                         fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ;
+                 else
+                         fgClusterizer->Digits2Clusters("");
+    
+                 fgClusterizer->Clear();
 
-  }
+         }//digits array exists and has somethind
+  }//not a LED event
+       
+  clustersTree->Fill();        
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -165,24 +266,43 @@ void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digits
 
   rawReader->Reset() ; 
 
-  TClonesArray *digitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
-  Int_t bufsize = 32000;
-  digitsTree->Branch("EMCAL", &digitsArr, bufsize);
-
-  //must be done here because, in constructor, option is not yet known
-  fgRawUtils->SetOption(GetOption());
+  fTriggerData->SetMode(1);    
 
-  fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(fgkRecParam->GetHighLowGainFactor());
-  fgRawUtils->SetRawFormatOrder(fgkRecParam->GetOrderParameter());
-  fgRawUtils->SetRawFormatTau(fgkRecParam->GetTau());
-  fgRawUtils->SetNoiseThreshold(fgkRecParam->GetNoiseThreshold());
-  fgRawUtils->SetNPedSamples(fgkRecParam->GetNPedSamples());
+  if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
 
-  fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,digitsArr);
+  TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", 32 * 96);
 
+  Int_t bufsize = 32000;
+  digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
+  digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
+       
+  //Skip calibration events do the rest
+  Bool_t doFit = kTRUE;
+  if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
+  if (doFit){
+         //must be done here because, in constructor, option is not yet known
+         fgRawUtils->SetOption(GetOption());
+
+         fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
+         fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
+         fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
+         fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
+         fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
+         fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
+         fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
+         fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
+         fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
+         fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
+       
+         fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
+  }//skip calibration event
+  else{
+       AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
+  }
+       
   digitsTree->Fill();
-  digitsArr->Delete();
-  delete digitsArr;
+  digitsTrg->Delete();
+  delete digitsTrg;
 
 }
 
@@ -194,100 +314,105 @@ void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing 
   // and V0 
   // Works on the current event
-  //  printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
+  // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
   //return;
-  const double timeScale = 1.e+11; // transition constant from sec to 0.01 ns 
 
-  //######################################################
-  //#########Calculate trigger and set trigger info###########
-  //######################################################
-  AliEMCALTrigger tr;
-  //   tr.SetPatchSize(1);  // create 4x4 patches
-  tr.SetSimulation(kFALSE); // Reconstruction mode
-  tr.SetDigitsList(fgDigitsArr);
-  // Get VZERO total multiplicity for jet trigger simulation 
-  // The simulation of jey trigger will be incorrect if no VZERO data 
-  // at ESD
-  AliESDVZERO* vZero = esd->GetVZEROData();
-  if(vZero) {
-    tr.SetVZER0Multiplicity(vZero->GetMTotV0A() + vZero->GetMTotV0C());
-  }
-  //
-  tr.Trigger();
-
-  Float_t maxAmp2x2  = tr.Get2x2MaxAmplitude();
-  Float_t maxAmpnxn  = tr.GetnxnMaxAmplitude();
-  Float_t ampOutOfPatch2x2  = tr.Get2x2AmpOutOfPatch() ;
-  Float_t ampOutOfPatchnxn  = tr.GetnxnAmpOutOfPatch() ;
-
-  Int_t iSM2x2      = tr.Get2x2SuperModule();
-  Int_t iSMnxn      = tr.GetnxnSuperModule();
-  Int_t iModulePhi2x2 = tr.Get2x2ModulePhi();
-  Int_t iModulePhinxn = tr.GetnxnModulePhi();
-  Int_t iModuleEta2x2 = tr.Get2x2ModuleEta();
-  Int_t iModuleEtanxn = tr.GetnxnModuleEta();
-
-  AliDebug(2, Form("Trigger 2x2 max amp %f, out amp %f, SM %d, iphi %d ieta %d",  maxAmp2x2, ampOutOfPatch2x2, iSM2x2,iModulePhi2x2, iModuleEta2x2));
-  AliDebug(2, Form("Trigger 4x4 max amp %f , out amp %f, SM %d, iphi %d, ieta %d",  maxAmpnxn, ampOutOfPatchnxn, iSMnxn,iModulePhinxn, iModuleEtanxn));
-
-  TVector3    pos2x2(-1,-1,-1);
-  TVector3    posnxn(-1,-1,-1);
-
-  Int_t iAbsId2x2 = fGeom->GetAbsCellIdFromCellIndexes( iSM2x2, iModulePhi2x2, iModuleEta2x2) ; // should be changed to Module
-  Int_t iAbsIdnxn = fGeom->GetAbsCellIdFromCellIndexes( iSMnxn, iModulePhinxn, iModuleEtanxn) ;
-  fGeom->GetGlobal(iAbsId2x2, pos2x2);
-  fGeom->GetGlobal(iAbsIdnxn, posnxn);
-  //printf(" iAbsId2x2 %i iAbsIdnxn %i \n", iAbsId2x2, iAbsIdnxn);
+  //########################################
+  // Trigger
+  //########################################
+
+   Int_t v0M[2] = {0, 0};
+       
+   AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
+
+   if (esdV0) 
+   {
+         for (Int_t i = 0; i < 32; i++)
+         {
+                 v0M[0] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0C(i);
+                 v0M[1] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0A(i);
+         }
+   }
+   else
+   {
+         AliWarning("Cannot retrieve V0 ESD! Run w/ null V0 charges");
+   }
+
+   TClonesArray *trgDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit",1000);
+       
+   TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
+       
+   if (!branchtrg) 
+   { 
+         AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
+         return;
+   }
+       
+   branchtrg->SetAddress(&trgDigits);
+   branchtrg->GetEntry(0);
   
-  TArrayF triggerPosition(6);
-  triggerPosition[0] = pos2x2(0) ;   
-  triggerPosition[1] = pos2x2(1) ;   
-  triggerPosition[2] = pos2x2(2) ;  
-  triggerPosition[3] = posnxn(0) ;   
-  triggerPosition[4] = posnxn(1) ;   
-  triggerPosition[5] = posnxn(2) ;
-  //printf(" triggerPosition ");
-  //for(int i=0; i<6; i++) printf(" %i %f : ", i, triggerPosition[i]);
-
-  TArrayF triggerAmplitudes(4);
-  triggerAmplitudes[0] = maxAmp2x2 ;   
-  triggerAmplitudes[1] = ampOutOfPatch2x2 ;    
-  triggerAmplitudes[2] = maxAmpnxn ;   
-  triggerAmplitudes[3] = ampOutOfPatchnxn ;   
-  //printf("\n triggerAmplitudes ");
-  //for(int i=0; i<4; i++) printf(" %i %f : ", i, triggerAmplitudes[i]);
-  //printf("\n");
-  tr.Print("");
-
-  esd->AddEMCALTriggerPosition(triggerPosition);
-  esd->AddEMCALTriggerAmplitudes(triggerAmplitudes);
-  // Fill trigger hists
-  AliEMCALHistoUtilities::FillTriggersListOfHists(fList,&triggerPosition,&triggerAmplitudes);
+   // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
+   fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(trgDigits, v0M, fTriggerData);
 
+   // Fill ESD
+   AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
+  
+   if (trgESD)
+   {
+         trgESD->Allocate(trgDigits->GetEntriesFast());
+         
+         for (Int_t i = 0; i < trgDigits->GetEntriesFast(); i++)
+         {       
+                 AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)trgDigits->At(i);
+                 
+                 Int_t px, py;
+                 if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
+                 {
+                         Int_t a = -1, t = -1, times[10]; 
+                         
+                         rdig->GetMaximum(a, t);
+                         rdig->GetL0Times(times);
+                                 
+                         trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum(), rdig->GetTriggerBits());
+                 }
+         }
+         
+         trgESD->SetL1Threshold(0, fTriggerData->GetL1GammaThreshold());
+         
+         trgESD->SetL1Threshold(1, fTriggerData->GetL1JetThreshold()  );
+   }
+
+   // Resetting
+   fTriggerData->Reset();
+  
   //########################################
   //##############Fill CaloCells###############
   //########################################
+  ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 
-  TClonesArray *digits = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
-  TBranch *branchdig = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
-  if (!branchdig) { 
-    AliError("can't get the branch with the PHOS digits !");
-    return;
-  }
-  branchdig->SetAddress(&digits);
-  digitsTree->GetEvent(0);
-  Int_t nDigits = digits->GetEntries(), idignew = 0 ;
+//   TClonesArray *digits = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
+//   TBranch *branchdig = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
+//   if (!branchdig) { 
+//     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
+//     return;
+//   }
+//   branchdig->SetAddress(&digits);
+//   digitsTree->GetEvent(0);
+  Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 
   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
   emcCells.CreateContainer(nDigits);
-  emcCells.SetType(AliESDCaloCells::kEMCALCell);
+  emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
+  Float_t energy = 0;
   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
-    const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)digits->At(idig);
-    if(dig->GetAmp() > 0 ){
-      emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),dig->GetAmp(), dig->GetTime());   
-      idignew++;
+    const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
+    if(dig->GetAmplitude() > 0 ){
+         energy = fgClusterizer->Calibrate(dig->GetAmplitude(),dig->GetTime(),dig->GetId()); //TimeR or Time?
+         if(energy > 0){ //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them  
+                 emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, dig->GetTime());   
+                 idignew++;
+         }
     }
   }
   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
@@ -296,15 +421,16 @@ void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
   //------------------------------------------------------------
   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
   //------------------------------------------------------------
-  TObjArray *clusters = new TObjArray(100);
+  clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
+  clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
+  if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
-  branch->SetAddress(&clusters);
-  clustersTree->GetEvent(0);
+  branch->SetAddress(&fgClustersArr);
+  branch->GetEntry(0);
+  //clustersTree->GetEvent(0);
 
-  Int_t nClusters = clusters->GetEntries(),  nClustersNew=0;
+  Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
-  esd->SetFirstEMCALCluster(esd->GetNumberOfCaloClusters()); // Put after Phos clusters 
-
 
   //######################################################
   //#######################TRACK MATCHING###############
@@ -328,115 +454,149 @@ void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
   //########################################
   //##############Fill CaloClusters#############
   //########################################
-
   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
-    const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)clusters->At(iClust);
-    //if(clust->GetClusterType()== AliESDCaloCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
+    const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
+    //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
     if (Debug()) clust->Print();
     // Get information from EMCAL reconstruction points
     Float_t xyz[3];
     TVector3 gpos;
     clust->GetGlobalPosition(gpos);
-    for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++) 
+    for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
-    
-    Int_t digitMult = clust->GetMultiplicity();
-    TArrayS amplList(digitMult);
-    TArrayS timeList(digitMult);
-    TArrayS digiList(digitMult);
-    Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
-    Float_t *timeFloat = clust->GetTimeList();
-    Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
     Float_t elipAxis[2];
     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
-    
-    // Convert Float_t* and Int_t* to Short_t* to save memory
-    // Problem : we should recalculate a cluster characteristics when discard digit(s)
-    Int_t newdigitMult = 0; 
-    for (Int_t iDigit=0; iDigit<digitMult; iDigit++) {
-      if (amplFloat[iDigit] > 0) {
-       amplList[newdigitMult] = (UShort_t)(amplFloat[iDigit]*500);
-        // Time in units of 0.01 ns = 10 ps
-        if(timeFloat[iDigit] < 65536./timeScale) 
-         timeList[newdigitMult] = (UShort_t)(timeFloat[iDigit]*timeScale);
-        else
-          timeList[newdigitMult] = 65535;
-       digiList[newdigitMult] = (UShort_t)(digitInts[iDigit]);
-        newdigitMult++;
+       //Create digits lists
+    Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
+    //TArrayS digiList(digitMult);
+    Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
+    Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
+    TArrayS absIdList(cellMult);
+    TArrayD fracList(cellMult);
+
+    Int_t newCellMult = 0;
+    for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
+      if (amplFloat[iCell] > 0) {
+      absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
+      //Calculate Fraction
+      if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold())
+        fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value 
+      else
+        fracList[newCellMult] = 0; 
+      newCellMult++;
       }
-      else if (clust->GetClusterType() != AliESDCaloCluster::kEMCALPseudoCluster)
-        Warning("FillESD()","Negative or 0 digit amplitude in cluster");
     }
+
+    absIdList.Set(newCellMult);
+    fracList.Set(newCellMult);
     
-    if(newdigitMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
+    if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
       nClustersNew++;
-      
-      amplList.Set(newdigitMult);
-      timeList.Set(newdigitMult);
-      digiList.Set(newdigitMult);
-
       //Primaries
       Int_t  parentMult  = 0;
       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
-    
       // fills the ESDCaloCluster
-      AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ; 
-      ec->SetClusterType(clust->GetClusterType());
+      AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
+      ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
       ec->SetPosition(xyz);
       ec->SetE(clust->GetEnergy());
-      ec->AddDigitAmplitude(amplList);
-      ec->AddDigitTime(timeList);
-      ec->AddDigitIndex(digiList);
-    
-      if(clust->GetClusterType()== AliESDCaloCluster::kEMCALClusterv1){
-
-        ec->SetClusterDisp(clust->GetDispersion());
-        ec->SetClusterChi2(-1); //not yet implemented
-        ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
-        ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
-        ec->SetM11(-1) ;        //not yet implemented
-
-       TArrayI arrayTrackMatched(1);// Only one track, temporal solution. 
-       arrayTrackMatched[0]= matchedTrack[iClust]; 
-       ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched); 
-         
-       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList); 
-       ec->AddLabels(arrayParents);
-      } 
-      
+               
+      //Distance to the nearest bad crystal
+      ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower()); 
+
+      ec->SetNCells(newCellMult);
+      //Change type of list from short to ushort
+      UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
+      Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
+      for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
+        newAbsIdList[i]=absIdList[i];
+        newFracList[i] =fracList[i];
+      }
+      ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
+      ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
+      ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
+      ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
+      ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
+      ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
+      ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
+      ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
+      TArrayI arrayTrackMatched(1);// Only one track, temporal solution.
+      arrayTrackMatched[0]= matchedTrack[iClust];
+      ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
+
+      TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
+      ec->AddLabels(arrayParents);
+
       // add the cluster to the esd object
       esd->AddCaloCluster(ec);
       delete ec;
-    }
-
-  } // cycle on clusters
+      delete [] newAbsIdList ;
+      delete [] newFracList ;
+   }
+ } // cycle on clusters
+
+ delete [] matchedTrack;
+
+ //Fill ESDCaloCluster with PID weights
+ AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
+ //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
+ pid->SetReconstructor(kTRUE);
+ pid->RunPID(esd);
+ delete pid;
+    
+ //Store EMCAL misalignment matrixes
+ FillMisalMatrixes(esd) ;
 
-  delete [] matchedTrack;
+}
 
-  esd->SetNumberOfEMCALClusters(nClustersNew);
-  //if(nClustersNew != nClusters) 
-  //printf(" ##### nClusters %i -> new %i ##### \n", nClusters, nClustersNew );
-  
-  //Fill ESDCaloCluster with PID weights
-  AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
-  //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
-  pid->SetReconstructor(kTRUE);
-  pid->RunPID(esd);
+//==================================================================================
+void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
+       //Store EMCAL matrixes in ESD Header
+       
+       //Check, if matrixes was already stored
+       for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
+               if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
+                       return ;
+       }
+       
+       //Create and store matrixes
+       if(!gGeoManager){
+               AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
+               return ;
+       }
+       //Note, that owner of copied marixes will be header
+  const Int_t bufsize = 255;
+       char path[bufsize] ;
+       TGeoHMatrix * m = 0x0;
+       for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
+               snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SMOD_%d",sm+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
+               if(sm >= 10) snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SM10_%d",sm-10+1) ;
+               
+               if (gGeoManager->CheckPath(path)){
+                       gGeoManager->cd(path);
+                       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
+//                     printf("================================================= \n");
+//                     printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
+//                     m->Print("");
+                       esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
+//                     printf("================================================= \n");
+               }
+               else{
+                       esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
+               }
+       }
+}
 
-  delete pid;
-  delete clusters;
 
-  printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is ended : ncl %i -> %i ### \n ",nClusters, nClustersNew); 
-  //  assert(0);
-}
 
+//__________________________________________________________________________
 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
 {
   // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
   if(fgDigitsArr) {
     // Clear previous digits 
-    fgDigitsArr->Delete();
-    delete fgDigitsArr;
+    fgDigitsArr->Clear("C");
+    //delete fgDigitsArr;
   }
   // Read the digits from the input tree
   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
@@ -449,3 +609,4 @@ void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
   branch->GetEntry(0);
 }
 
+