]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - FMD/AliFMDReconstructor.cxx
Fixed coding convention issues as given by the automatic
[u/mrichter/AliRoot.git] / FMD / AliFMDReconstructor.cxx
index a4eca072f7799b124361ed4543381d799441c2a8..03f378f2ddf2ab1fe08c7f34ff2abb623699154e 100644 (file)
@@ -1,3 +1,16 @@
+//____________________________________________________________________
+//
+// This is a class that constructs AliFMDRecPoint objects from of Digits
+// This class reads either digits from a TClonesArray or raw data from 
+// a DDL file (or similar), and stores the read ADC counts in an
+// internal cache (fAdcs).   The rec-points are made via the naiive
+// method. 
+//
+//-- Authors: Evgeny Karpechev(INR) and Alla Maevsksia
+//  Latest changes by Christian Holm Christensen <cholm@nbi.dk>
+//
+//
+//____________________________________________________________________
 /**************************************************************************
  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
  *                                                                        *
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
 /* $Id$ */
-/** @file    AliFMDReconstructor.cxx
-    @author  Christian Holm Christensen <cholm@nbi.dk>
-    @date    Mon Mar 27 12:47:09 2006
-    @brief   FMD reconstruction 
+/** 
+ * @file    AliFMDReconstructor.cxx
+ * @author  Christian Holm Christensen <cholm@nbi.dk>
+ * @date    Mon Mar 27 12:47:09 2006
+ * @brief   FMD reconstruction 
 */
-//____________________________________________________________________
-//
-// This is a class that constructs AliFMDRecPoint objects from of Digits
-// This class reads either digits from a TClonesArray or raw data from 
-// a DDL file (or similar), and stores the read ADC counts in an
-// internal cache (fAdcs).   The rec-points are made via the naiive
-// method. 
-//
-//-- Authors: Evgeny Karpechev(INR) and Alla Maevsksia
-//  Latest changes by Christian Holm Christensen <cholm@nbi.dk>
-//
-//
-//____________________________________________________________________
 
 // #include <AliLog.h>                        // ALILOG_H
 // #include <AliRun.h>                        // ALIRUN_H
 #include <TH2.h>
 #include <TFile.h>
 #include <climits>
-// Import revertexer into a private namespace (to prevent conflicts) 
-namespace { 
-# include "AliFMDESDRevertexer.h"
-}
+#include "AliFMDESDRevertexer.h"
 
 
 class AliRawReader;
@@ -79,7 +77,7 @@ AliFMDReconstructor::AliFMDReconstructor()
     fAngleCorrect(kTRUE),
     fVertexType(kNoVertex),
     fESD(0x0),
-    fDiagnostics(kTRUE),
+    fDiagnostics(kFALSE),
     fDiagStep1(0), 
     fDiagStep2(0),
     fDiagStep3(0),
@@ -95,53 +93,6 @@ AliFMDReconstructor::AliFMDReconstructor()
     fZSFactor[det-1] = 0;
   }
 }
-  
-
-//____________________________________________________________________
-AliFMDReconstructor::AliFMDReconstructor(const AliFMDReconstructor& other) 
-  : AliReconstructor(), 
-    fMult(other.fMult),
-    fNMult(other.fNMult),
-    fTreeR(other.fTreeR),
-    fCurrentVertex(other.fCurrentVertex),
-    fESDObj(other.fESDObj),
-    fNoiseFactor(other.fNoiseFactor),
-    fAngleCorrect(other.fAngleCorrect),
-    fVertexType(other.fVertexType),
-    fESD(other.fESD),
-    fDiagnostics(other.fDiagnostics),
-    fDiagStep1(other.fDiagStep1), 
-    fDiagStep2(other.fDiagStep2),
-    fDiagStep3(other.fDiagStep3),
-    fDiagStep4(other.fDiagStep4),
-    fDiagAll(other.fDiagAll) 
-{
-  // Copy constructor 
-}
-  
-
-//____________________________________________________________________
-AliFMDReconstructor&
-AliFMDReconstructor::operator=(const AliFMDReconstructor& other) 
-{
-  // Assignment operator
-  fMult          = other.fMult;
-  fNMult         = other.fNMult;
-  fTreeR         = other.fTreeR;
-  fCurrentVertex = other.fCurrentVertex;
-  fESDObj        = other.fESDObj;
-  fNoiseFactor   = other.fNoiseFactor;
-  fAngleCorrect  = other.fAngleCorrect;
-  fVertexType    = other.fVertexType;
-  fESD           = other.fESD;
-  fDiagnostics   = other.fDiagnostics;
-  fDiagStep1     = other.fDiagStep1;
-  fDiagStep2     = other.fDiagStep2;
-  fDiagStep3     = other.fDiagStep3;
-  fDiagStep4     = other.fDiagStep4;
-  fDiagAll       = other.fDiagAll;
-  return *this;
-}
 
 //____________________________________________________________________
 AliFMDReconstructor::~AliFMDReconstructor() 
@@ -170,7 +121,7 @@ AliFMDReconstructor::Init()
   // Current vertex position
   fCurrentVertex = 0;
   // Create array of reconstructed strip multiplicities 
-  fMult = new TClonesArray("AliFMDRecPoint", 51200);
+  // fMult = new TClonesArray("AliFMDRecPoint", 51200);
   // Create ESD output object 
   fESDObj = new AliESDFMD;
   
@@ -212,13 +163,28 @@ AliFMDReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* reader,
 {
   // Convert Raw digits to AliFMDDigit's in a tree 
   AliFMDDebug(1, ("Reading raw data into digits tree"));
+  if (!digitsTree) { 
+    AliError("No digits tree passed");
+    return;
+  }
+  static TClonesArray* array = new TClonesArray("AliFMDDigit");
+  digitsTree->Branch("FMD", &array);
+  array->Clear();
+  
   AliFMDRawReader rawRead(reader, digitsTree);
   // rawRead.SetSampleRate(fFMD->GetSampleRate());
-  rawRead.Exec();
+  // rawRead.Exec();
+  rawRead.ReadAdcs(array);
+
+  Int_t nWrite = digitsTree->Fill();
+  AliFMDDebug(1, ("Got a grand total of %d digits, wrote %d bytes to tree", 
+                  array->GetEntriesFast(), nWrite));
+
+  
   AliFMDAltroMapping* map = AliFMDParameters::Instance()->GetAltroMap();
   for (size_t i = 1; i <= 3; i++) { 
-    fZS[i]       = rawRead.IsZeroSuppressed(map->Detector2DDL(i));
-    fZSFactor[i] = rawRead.NoiseFactor(map->Detector2DDL(i));
+    fZS[i-1]       = rawRead.IsZeroSuppressed(map->Detector2DDL(i));
+    fZSFactor[i-1] = rawRead.NoiseFactor(map->Detector2DDL(i));
   }
 }
 
@@ -258,14 +224,22 @@ AliFMDReconstructor::GetVertex(AliESDEvent* esd) const
 Int_t
 AliFMDReconstructor::GetIdentifier() const
 {
-  return AliReconstruction::GetDetIndex(GetDetectorName());
+  // Get the detector identifier. 
+  // Note the actual value is cached so that we do not 
+  // need to do many expensive string comparisons. 
+  static Int_t idx = AliReconstruction::GetDetIndex(GetDetectorName());
+  return idx;
 }
 
 //____________________________________________________________________
 const AliFMDRecoParam*
 AliFMDReconstructor::GetParameters() const
 {
-  Int_t iDet = 12; // GetIdentifier();
+  // Get the reconstruction parameters. 
+  // 
+  // Return: 
+  //   Pointer to reconstruction parameters or null if not found or wrong type
+  Int_t iDet = GetIdentifier(); // Was 12 - but changed on Cvetans request
   const AliDetectorRecoParam* params = AliReconstructor::GetRecoParam(iDet);
   if (!params || params->IsA() != AliFMDRecoParam::Class()) return 0;
   return static_cast<const AliFMDRecoParam*>(params);
@@ -275,6 +249,14 @@ AliFMDReconstructor::GetParameters() const
 void 
 AliFMDReconstructor::UseRecoParam(Bool_t set) const
 {
+  // 
+  // Set-up reconstructor to use values from reconstruction
+  // parameters, if present, for this event.   If the argument @a set
+  // is @c false, then restore preset values. 
+  // 
+  // Parameters:
+  //    set 
+  //  
   static Float_t savedNoiseFactor  = fNoiseFactor;
   static Bool_t  savedAngleCorrect = fAngleCorrect;
   if (set) { 
@@ -290,6 +272,39 @@ AliFMDReconstructor::UseRecoParam(Bool_t set) const
 }
   
   
+//____________________________________________________________________
+void 
+AliFMDReconstructor::MarkDeadChannels(AliESDFMD* esd) const
+{
+  // Loop over all entries of the ESD and mark 
+  // those that are dead as such 
+  // - otherwise put in the zero signal. 
+  AliFMDParameters* param = AliFMDParameters::Instance();
+
+  for (UShort_t d = 1; d <= 3; d++) { 
+    UShort_t nR = (d == 1 ? 1 : 2);
+
+    for (UShort_t q = 0; q < nR; q++) {
+      Char_t   r  = (q == 0 ? 'I' : 'O');
+      UShort_t nS = (q == 0 ?  20 :  40);
+      UShort_t nT = (q == 0 ? 512 : 256);
+
+      for (UShort_t s = 0; s < nS; s++) { 
+       for (UShort_t t = 0; t < nT; t++) {
+         if (param->IsDead(d, r, s, t)) { 
+           AliDebug(5, Form("Marking FMD%d%c[%2d,%3d] as dead", d, r, s, t));
+           esd->SetMultiplicity(d, r, s, t, AliESDFMD::kInvalidMult);
+           esd->SetEta(d, r, s, t, AliESDFMD::kInvalidEta);
+         }
+         else if (esd->Multiplicity(d, r, s, t) == AliESDFMD::kInvalidMult) {
+           AliDebug(10, Form("Setting null signal in FMD%d%c[%2d,%3d]", d, r, s, t));
+           esd->SetMultiplicity(d, r, s, t, 0);
+         }
+       }
+      }
+    }
+  }
+}
 
 //____________________________________________________________________
 void 
@@ -300,7 +315,7 @@ AliFMDReconstructor::Reconstruct(AliRawReader* reader, TTree*) const
   // 
   // Parameters: 
   //   reader  Raw event reader 
-  //   ctree    Not used. 
+  //   ctree    Not used - 'cluster tree' to store rec-points in
   AliFMDDebug(1, ("Reconstructing from raw reader"));
   AliFMDRawReader rawReader(reader, 0);
 
@@ -366,17 +381,22 @@ AliFMDReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree,
   //   digitsTree      Pointer to a tree containing digits 
   //   clusterTree     Pointer to output tree 
   // 
+  if (!fMult) fMult = new TClonesArray("AliFMDRecPoint");
+
   AliFMDDebug(1, ("Reconstructing from digits in a tree"));
   GetVertex(fESD);
-  
-  TBranch *digitBranch = digitsTree->GetBranch("FMD");
+
+
+
+  static TClonesArray* digits = new TClonesArray("AliFMDDigit");
+  TBranch*      digitBranch   = digitsTree->GetBranch("FMD");
   if (!digitBranch) {
     Error("Exec", "No digit branch for the FMD found");
     return;
   }
-  TClonesArray* digits = new TClonesArray("AliFMDDigit");
   digitBranch->SetAddress(&digits);
 
+  if (digits)  digits->Clear();
   if (fMult)   fMult->Clear();
   if (fESDObj) fESDObj->Clear();
   
@@ -394,8 +414,8 @@ AliFMDReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree,
 
   Int_t written = clusterTree->Fill();
   AliFMDDebug(10, ("Filled %d bytes into cluster tree", written));
-  digits->Delete();
-  delete digits;
+  // digits->Delete();
+  // delete digits;
 }
  
 
@@ -425,12 +445,18 @@ AliFMDReconstructor::ProcessDigits(TClonesArray* digits) const
 void
 AliFMDReconstructor::ProcessDigit(AliFMDDigit* digit) const
 {
+  // 
+  // Process a single digit 
+  // 
+  // Parameters:
+  //    digit Digiti to process
+  // 
   UShort_t det = digit->Detector();
   Char_t   rng = digit->Ring();
   UShort_t sec = digit->Sector();
   UShort_t str = digit->Strip();
   Short_t  adc = digit->Counts();
-  
   ProcessSignal(det, rng, sec, str, adc);
 }
 
@@ -454,7 +480,7 @@ AliFMDReconstructor::ProcessSignal(UShort_t det,
   AliFMDParameters* param  = AliFMDParameters::Instance();
   // Check that the strip is not marked as dead 
   if (param->IsDead(det, rng, sec, str)) {
-    AliFMDDebug(3, ("FMD%d%c[%2d,%3d] is dead", det, rng, sec, str));
+    AliFMDDebug(1, ("FMD%d%c[%2d,%3d] is dead", det, rng, sec, str));
     return;
   }
   
@@ -475,6 +501,11 @@ AliFMDReconstructor::ProcessSignal(UShort_t det,
   // Make rough multiplicity 
   Double_t mult     = Energy2Multiplicity(det, rng, sec, str, edep);
   // Get rid of nonsense mult
+  //if (mult > 20) { 
+  //  AliWarning(Form("The mutliplicity in FMD%d%c[%2d,%3d]=%f > 20 "
+  //               "(ADC: %d, Energy: %f)", det, rng, sec, str, mult, 
+  //               counts, edep));
+  // }
   if (mult < 0)  return; 
   AliFMDDebug(10, ("FMD%d%c[%2d,%3d]: "
                    "ADC: %d, Counts: %d, Energy: %f, Mult: %f",
@@ -549,6 +580,25 @@ AliFMDReconstructor::SubtractPedestal(UShort_t det,
                                      Bool_t   zsEnabled, 
                                      UShort_t zsNoiseFactor) const
 {
+  // 
+  // Subtract the pedestal off the ADC counts. 
+  // 
+  // Parameters:
+  //    det           Detector number
+  //    rng           Ring identifier
+  //    sec           Sector number
+  //    str           Strip number
+  //    adc           ADC counts
+  //    noiseFactor   If pedestal substracted pedestal is less then
+  //        this times the noise, then consider this to be 0. 
+  //    zsEnabled     Whether zero-suppression is on.
+  //    zsNoiseFactor Noise factor used in on-line pedestal
+  //        subtraction. 
+  // 
+  // Return:
+  //    The pedestal subtracted ADC counts (possibly 0), or @c
+  //         USHRT_MAX in case of problems.
+  //  
   AliFMDParameters* param  = AliFMDParameters::Instance();
   Float_t           ped    = (zsEnabled ? 0 : 
                                param->GetPedestal(det, rng, sec, str));
@@ -587,7 +637,8 @@ AliFMDReconstructor::SubtractPedestal(UShort_t det,
   if (counts < noise * nf) counts = 0;
   if (counts > 0) AliDebugClass(15, "Got a hit strip");
 
-  return counts;
+  UShort_t ret = counts < 0 ? 0 : counts;
+  return ret;
 }
 
 
@@ -801,17 +852,31 @@ AliFMDReconstructor::PhysicalCoordinates(UShort_t det,
   //    phi     On return, contains the azimuthal angle of the strip
   // 
   AliFMDGeometry* geom = AliFMDGeometry::Instance();
-  Double_t x, y, z, r, theta;
+  Double_t x, y, z, r, theta, deta, dphi;
   geom->Detector2XYZ(det, rng, sec, str, x, y, z);
+
   // Correct for vertex offset. 
   z     -= fCurrentVertex;
-  phi   =  TMath::ATan2(y, x);
-  r     =  TMath::Sqrt(y * y + x * x);
-  theta =  TMath::ATan2(r, z);
-  eta   = -TMath::Log(TMath::Tan(theta / 2));
+  AliFMDGeometry::XYZ2REtaPhiTheta(x, y, z, r, deta, dphi, theta);
+  eta = deta;
+  phi = dphi;
+}
+
+namespace { 
+  class ESDPrinter : public AliESDFMD::ForOne
+  {
+  public:
+    ESDPrinter() {}
+    Bool_t operator()(UShort_t d, Char_t r, UShort_t s, UShort_t t, 
+                     Float_t m, Float_t e)
+    {
+      if (m > 0 && m != AliESDFMD::kInvalidMult) 
+       printf("  FMD%d%c[%2d,%3d] = %6.3f / %6.3f\n", d, r, s, t, m, e);
+      return kTRUE;
+    }
+  };
 }
 
-      
 
 //____________________________________________________________________
 void 
@@ -825,6 +890,9 @@ AliFMDReconstructor::FillESD(TTree*  /* digitsTree */,
   AliFMDDebug(2, ("Calling FillESD with two trees and one ESD"));
   // fESDObj->Print();
 
+  // Fix up ESD so that only truely dead channels get the kInvalidMult flag. 
+  MarkDeadChannels(fESDObj);
+
   Double_t oldVz = fCurrentVertex;
   GetVertex(esd);
   if (fVertexType != kNoVertex) { 
@@ -833,6 +901,11 @@ AliFMDReconstructor::FillESD(TTree*  /* digitsTree */,
     AliFMDESDRevertexer revertexer;
     revertexer.Revertex(fESDObj, fCurrentVertex);
   }
+  
+  if (AliDebugLevel() > 10) { 
+    ESDPrinter p;
+    fESDObj->ForEach(p);
+  }
 
   if (esd) { 
     AliFMDDebug(2, ("Writing FMD data to ESD tree"));
@@ -874,6 +947,9 @@ void
 AliFMDReconstructor::FillESD(AliRawReader*, TTree* clusterTree, 
                             AliESDEvent* esd) const
 {
+  // 
+  // Forwards to above member function 
+  //
   TTree* dummy = 0;
   FillESD(dummy, clusterTree, esd);
 }