]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - ITS/AliITSsimulationSDD.cxx
ConstructModules() corrected (both single and dependent modules are configured first...
[u/mrichter/AliRoot.git] / ITS / AliITSsimulationSDD.cxx
index 7d02f48c26fad233e93cdbe763240304b75c9268..58876f78fd216a584a0a9093f31b1b166ba223a2 100644 (file)
 #include <stdio.h>
 #include <string.h>
 
+#include <TSystem.h>
+#include <TROOT.h>
+#include <TStopwatch.h>
+#include <TCanvas.h>
+#include <TF1.h>
+#include <TRandom.h>
+#include <TH1.h>
+#include <TFile.h>
+#include <TVector.h>
+#include <TArrayI.h>
+#include <TArrayF.h>
+
 #include "AliRun.h"
 #include "AliITS.h"
+#include "AliITShit.h"
+#include "AliITSdigit.h"
+#include "AliITSmodule.h"
 #include "AliITSMapA1.h"
 #include "AliITSMapA2.h"
-#include "AliITSsimulationSDD.h"
 #include "AliITSetfSDD.h"
 #include "AliITSRawData.h"
 #include "AliITSHuffman.h"
+#include "AliITSsegmentation.h"
+#include "AliITSresponse.h"
+#include "AliITSsimulationSDD.h"
 
 ClassImp(AliITSsimulationSDD)
 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
@@ -61,6 +78,7 @@ Int_t power(Int_t b, Int_t e) {
 void FastFourierTransform(AliITSetfSDD *alisddetf,Double_t *real,
                           Double_t *imag,Int_t direction) {
   // Do a Fast Fourier Transform
+  //printf("FFT: direction %d\n",direction);
 
   Int_t samples = alisddetf->GetSamples();
   Int_t l = (Int_t) ((log((Float_t) samples)/log(2.))+0.5);
@@ -123,16 +141,28 @@ AliITSsimulationSDD::AliITSsimulationSDD(){
   fResponse = 0;
   fSegmentation = 0;
   fHis = 0;
+  fHitMap1 = 0;
+  fHitMap2 = 0;
+  fElectronics = 0;
+  fStream = 0;
   fD.Set(0);
   fT1.Set(0);
   fT2.Set(0);
   fTol.Set(0);
+  fNoise.Set(0);
+  fBaseline.Set(0);
   SetScaleFourier();
   SetPerpendTracksFlag();
+  SetDoFFT();
+  SetCheckNoise();
   fInZR = 0;
   fInZI = 0;
   fOutZR = 0;
   fOutZI = 0;
+  fNofMaps = 0;
+  fMaxNofSamples = 0;
+  fITS = 0;
+  fTreeB=0;
 }
 //_____________________________________________________________________________
 AliITSsimulationSDD::AliITSsimulationSDD(AliITSsimulationSDD &source)
@@ -157,10 +187,15 @@ AliITSsimulationSDD& AliITSsimulationSDD::operator=(AliITSsimulationSDD &source)
 AliITSsimulationSDD::AliITSsimulationSDD(AliITSsegmentation *seg,AliITSresponse *resp) 
 {
   // Standard Constructor
+
+      fHis=0;
+      fTreeB=0;
       fResponse = resp;
       fSegmentation = seg;
       SetScaleFourier();
       SetPerpendTracksFlag();
+      SetDoFFT();
+      SetCheckNoise();
 
       fHitMap2 = new AliITSMapA2(fSegmentation,fScaleSize,1);
       fHitMap1 = new AliITSMapA1(fSegmentation);
@@ -179,16 +214,16 @@ AliITSsimulationSDD::AliITSsimulationSDD(AliITSsegmentation *seg,AliITSresponse
 
       if(anodePitch*(fNofMaps/2) > sddWidth) {
          Warning("AliITSsimulationSDD",
-            "Too many anodes %d or too big pitch %f \n",fNofMaps/2,anodePitch);
+           "Too many anodes %d or too big pitch %f \n",fNofMaps/2,anodePitch);
       }
 
       if(timeStep*fMaxNofSamples < sddLength/driftSpeed) {
          Error("AliITSsimulationSDD",
-                              "Time Interval > Allowed Time Interval: exit\n");
+                             "Time Interval > Allowed Time Interval: exit\n");
          return;
       }
 
-      fElectronics = new AliITSetfSDD(timeStep/fScaleSize);
+      fElectronics = new AliITSetfSDD(timeStep/fScaleSize,fResponse->Electronics());
 
       char opt1[20], opt2[20];
       fResponse->ParamOptions(opt1,opt2);
@@ -251,6 +286,7 @@ AliITSsimulationSDD::~AliITSsimulationSDD() {
   delete fHitMap1;
   delete fHitMap2;
   delete fStream;
+  delete fElectronics;
 
   fD.Set(0);
   fT1.Set(0);
@@ -258,11 +294,13 @@ AliITSsimulationSDD::~AliITSsimulationSDD() {
   fTol.Set(0);
   fNoise.Set(0);
   fBaseline.Set(0);
+  fITS = 0;
 
   if (fHis) {
      fHis->Delete(); 
      delete fHis;     
-  }                
+  }     
+  if(fTreeB) delete fTreeB;           
   if(fInZR) delete [] fInZR;
   if(fInZI) delete [] fInZI;   
   if(fOutZR) delete [] fOutZR;
@@ -273,13 +311,20 @@ AliITSsimulationSDD::~AliITSsimulationSDD() {
 void AliITSsimulationSDD::DigitiseModule(AliITSmodule *mod,Int_t md,Int_t ev){
   // create maps to build the lists of tracks
   // for each digit
-
+    cout << "Module: " << md << endl;
     fModule=md;
     fEvent=ev;
 
     TObjArray *fHits = mod->GetHits();
     Int_t nhits = fHits->GetEntriesFast();
-    if (!nhits) return;
+    if (!nhits && fCheckNoise) {
+        ChargeToSignal();
+        GetNoise();
+       fHitMap2->ClearMap();
+        return;
+    } else if (!nhits) return;
+
+    //printf("simSDD: module nhits %d %d\n",md,nhits);
 
 
     TObjArray *list=new TObjArray;
@@ -288,103 +333,169 @@ void AliITSsimulationSDD::DigitiseModule(AliITSmodule *mod,Int_t md,Int_t ev){
     Int_t arg[6] = {0,0,0,0,0,0}; 
     fHitMap1->SetArray(list);
 
+    //    cout << "set Parameters" << endl;
 
     Int_t nofAnodes=fNofMaps/2;
 
     Float_t sddLength = fSegmentation->Dx();
     Float_t sddWidth = fSegmentation->Dz();
-
+    
     Int_t dummy=0;
     Float_t anodePitch = fSegmentation->Dpz(dummy);
     Float_t timeStep = fSegmentation->Dpx(dummy);
 
     Float_t driftSpeed=fResponse->DriftSpeed();    
 
+    Float_t maxadc = fResponse->MaxAdc();    
+    Float_t topValue = fResponse->DynamicRange();
+    Float_t CHloss = fResponse->ChargeLoss();
+    Float_t norm = maxadc/topValue;
+
     // Piergiorgio's part (apart for few variables which I made float
     // when i thought that can be done
 
     // Fill detector maps with GEANT hits
     // loop over hits in the module
 
+    //    TStopwatch timer;
+    //    timer.Start();
+
     const Float_t kconv=1.0e+6;  // GeV->KeV
     Int_t ii;
+    Int_t idhit=-1;
+    Float_t xL[3];
+    Float_t xL1[3];
     for(ii=0; ii<nhits; ii++) {
-       AliITShit *hit = (AliITShit*) fHits->At(ii);
-       Float_t xL[3];
-       hit = (AliITShit*) fHits->At(ii);
+      //      cout << "hit: " << ii+1 << " of " << nhits << endl;
+      AliITShit *hit = (AliITShit*) fHits->At(ii);
+      AliITShit *hit1 = 0;
+      
+      // Take into account all hits when several GEANT steps are carried out
+      // inside the silicon
+      // Get and use the status of hit(track):
+      // 66  - for entering hit,
+      // 65  - for inside hit,
+      // 68  - for exiting hit,
+      // 33  - for stopping hit.
+
+      //Int_t status = hit->GetTrackStatus(); 
+      Int_t status1 = 0;
+      Int_t hitDetector = hit->GetDetector();
+      Float_t depEnergy = 0.;
+      if(hit->StatusEntering()) { // to be coupled to following hit
+       idhit=ii;
        hit->GetPositionL(xL[0],xL[1],xL[2]);
-       Int_t hitDetector = hit->GetDetector();
-
-       // Deposited energy in keV
-       Float_t avpath = 0.;
-       Float_t avanod = 0.;
-       Float_t depEnergy = kconv*hit->GetIonization();
-       AliITShit *hit1 = 0;
-       if(depEnergy != 0.) continue;
-
-       ii++;
-       Float_t xL1[3];
+       if(ii<nhits-1) ii++;
        hit1 = (AliITShit*) fHits->At(ii);
        hit1->GetPositionL(xL1[0],xL1[1],xL1[2]);
-       avpath = xL1[0];
-       avanod = xL1[2];
-       depEnergy = kconv*hit1->GetIonization();
-       
-       // scale path to simulate a perpendicular track
-       if (fFlag) {
-         Float_t lC[3];
-         hit->GetPositionL(lC[0],lC[1],lC[2]);
-         Float_t lC1[3];
-         hit1->GetPositionL(lC1[0],lC1[1],lC1[2]);
-         Float_t pathInSDD = TMath::Sqrt((lC[0]-lC1[0])*(lC[0]-lC1[0])+(lC[1]-lC1[1])*(lC[1]-lC1[1])+(lC[2]-lC1[2])*(lC[2]-lC1[2]));
-         depEnergy *= (0.03/pathInSDD);
-       }
-
-       Float_t avDrft = xL[0]+avpath;
-       Float_t avAnode = xL[2]+avanod;
-
-       if(avpath != 0.) avDrft /= 2.;
-       if(avanod != 0.) avAnode /= 2.;
-
+       status1 = hit1->GetTrackStatus();
+       depEnergy = kconv*hit1->GetIonization();          
+      } else {
+       depEnergy = kconv*hit->GetIonization();  // Deposited energy in keV
+       hit->GetPositionL(xL1[0],xL1[1],xL1[2]);
+      }
+      //      cout << "status: " << status << ", status1: " << status1 << ", dE: " << depEnergy << endl;
+      if(fFlag && status1 == 33) continue;
+      
+      Int_t nOfSplits = 1;
+
+      //      hit->Print();
+
+//     Int_t status1 = -1;
+//      Int_t ctr = 0;
+      //Take now the entering and inside hits only
+//     if(status == 66) {
+//     do  {
+//       if(ii<nhits-1) ii++;
+//       hit1 = (AliITShit*) fHits->At(ii);
+//       hit1->GetPositionL(xL1[0],xL1[1],xL1[2]);
+//       status1 = hit1->GetTrackStatus();
+//       depEnergy += kconv*hit1->GetIonization();       
+//       if(fFlag && status1 == 65) ctr++;
+//     } while(status1 != 68 && status1 != 33);
+//      }
+
+
+      // scale path to simulate a perpendicular track
+      // continue if the particle did not lose energy
+      // passing through detector
+      if (!depEnergy) {
+         printf("This particle has passed without losing energy!\n");
+         continue;
+      }
+      Float_t pathInSDD = TMath::Sqrt((xL[0]-xL1[0])*(xL[0]-xL1[0])+(xL[1]-xL1[1])*(xL[1]-xL1[1])+(xL[2]-xL1[2])*(xL[2]-xL1[2]));
+
+      if (fFlag && pathInSDD) { depEnergy *= (0.03/pathInSDD); }
+      Float_t Drft = (xL1[0]+xL[0])*0.5;
+      Float_t drPath = 10000.*Drft;
+      if(drPath < 0) drPath = -drPath;
+      drPath = sddLength-drPath;
+      if(drPath < 0) {
+       cout << "Warning: negative drift path " << drPath << endl;
+       continue;
+      }
+      
+      //   Drift Time
+      Float_t drTime = drPath/driftSpeed;
+      //  Signal 2d Shape
+      Float_t dfCoeff, s1;
+      fResponse->DiffCoeff(dfCoeff,s1);
+    
+      // Squared Sigma along the anodes
+      Double_t sig2A = 2.*dfCoeff*drTime+s1*s1;
+      Double_t sigA  = TMath::Sqrt(sig2A);
+      if(pathInSDD) { 
+       nOfSplits = (Int_t) (1 + 10000.*pathInSDD/sigA);
+       //cout << "nOfSplits: " << nOfSplits << ", sigA: " << sigA << ", path: " << pathInSDD << endl;
+      }        
+      if(fFlag) nOfSplits = 1;
+      depEnergy /= nOfSplits;
+
+      for(Int_t kk=0;kk<nOfSplits;kk++) {
+       Float_t avDrft =  
+                xL[0]+(xL1[0]-xL[0])*((kk+0.5)/((Float_t) nOfSplits));
+       Float_t avAnode = 
+                xL[2]+(xL1[2]-xL[2])*((kk+0.5)/((Float_t) nOfSplits));
        Float_t driftPath = 10000.*avDrft;
+
        Int_t iWing = 2;
        if(driftPath < 0) {
-         iWing = 1;
-         driftPath = -driftPath;
+          iWing = 1;
+          driftPath = -driftPath;
        }
        driftPath = sddLength-driftPath;
        Int_t detector = 2*(hitDetector-1) + iWing;
        if(driftPath < 0) {
-         cout << "Warning: negative drift path " << driftPath << endl;
-         continue;
+          cout << "Warning: negative drift path " << driftPath << endl;
+          continue;
        }
         
        //   Drift Time
        Float_t driftTime = driftPath/driftSpeed;
        Int_t timeSample = (Int_t) (fScaleSize*driftTime/timeStep + 1);
        if(timeSample > fScaleSize*fMaxNofSamples) {
-         cout << "Warning: Wrong Time Sample: " << timeSample << endl;
-         continue;
+          cout << "Warning: Wrong Time Sample: " << timeSample << endl;
+          continue;
        }
 
        //   Anode
        Float_t xAnode = 10000.*(avAnode)/anodePitch + nofAnodes/2;  // +1?
-       if((xAnode+1)*anodePitch > sddWidth || xAnode*anodePitch < 0.) 
-             { cout << "Warning: Z = " << xAnode*anodePitch << endl; }
+       if(xAnode*anodePitch > sddWidth || xAnode*anodePitch < 0.) 
+         { cout << "Warning: Z = " << xAnode*anodePitch << endl; }
        Int_t iAnode = (Int_t) (1.+xAnode); // xAnode?
-       if(iAnode < 0 || iAnode > nofAnodes) {
+       if(iAnode < 1 || iAnode > nofAnodes) {
          cout << "Warning: Wrong iAnode: " << iAnode << endl;
          continue;
        } 
 
-
        // work with the idtrack=entry number in the TreeH for the moment
-       Int_t idhit,idtrack;
-       mod->GetHitTrackAndHitIndex(ii,idtrack,idhit);    
+       //Int_t idhit,idtrack;
+       //mod->GetHitTrackAndHitIndex(ii,idtrack,idhit);    
        //Int_t idtrack=mod->GetHitTrackIndex(ii);  
         // or store straight away the particle position in the array
-       // of particles : 
-        Int_t itrack = hit->GetTrack();
+       // of particles and take idhit=ii only when part is entering (this
+       // requires FillModules() in the macro for analysis) : 
+       Int_t itrack = hit->GetTrack();
 
        //  Signal 2d Shape
        Float_t diffCoeff, s0;
@@ -394,16 +505,25 @@ void AliITSsimulationSDD::DigitiseModule(AliITSmodule *mod,Int_t md,Int_t ev){
        Double_t sigma2A = 2.*diffCoeff*driftTime+s0*s0;
        Double_t sigmaA  = TMath::Sqrt(sigma2A);
        Double_t sigmaT  = sigmaA/driftSpeed;
-    
        // Peak amplitude in nanoAmpere
        Double_t eVpairs = 3.6;
        Double_t amplitude = fScaleSize*160.*depEnergy/(timeStep*eVpairs*2.*acos(-1.)*sigmaT*sigmaA);
-    
+       amplitude *= timeStep/25.; // WARNING!!!!! Amplitude scaling to account for clock variations (reference value: 40 MHz)
+       Double_t chargeloss = 1.-CHloss*driftPath/1000;
+       amplitude *= chargeloss;
        Float_t nsigma=fResponse->NSigmaIntegration();
+       Int_t nlookups = fResponse->GausNLookUp();
+       Float_t width = 2.*nsigma/(nlookups-1);
        // Spread the charge 
        // Pixel index
        Int_t ja = iAnode;
        Int_t jt = timeSample;
+       Int_t ndiv = 2;
+       Float_t nmul = 3.; 
+       if(driftTime > 1200.) { 
+         ndiv = 4;
+         nmul = 1.5;
+       }
        // Sub-pixel index
        Int_t nsplit = 4; // hard-wired
        nsplit = (nsplit+1)/2*2;
@@ -413,61 +533,78 @@ void AliITSsimulationSDD::DigitiseModule(AliITSmodule *mod,Int_t md,Int_t ev){
        // Define SDD window corresponding to the hit
        Int_t anodeWindow = (Int_t) (fScaleSize*nsigma*sigmaA/anodePitch + 1);
        Int_t timeWindow = (Int_t) (fScaleSize*nsigma*sigmaT/timeStep + 1);
-       Int_t jamin = (ja - anodeWindow/2 - 1)*fScaleSize*nsplit + 1;
-       Int_t jamax = (ja + anodeWindow/2)*fScaleSize*nsplit;
+       Int_t jamin = (ja - anodeWindow/ndiv - 1)*fScaleSize*nsplit + 1;
+       Int_t jamax = (ja + anodeWindow/ndiv)*fScaleSize*nsplit;
        if(jamin <= 0) jamin = 1;
        if(jamax > fScaleSize*nofAnodes*nsplit) jamax = fScaleSize*nofAnodes*nsplit;
-       Int_t jtmin = (jt - timeWindow*3 - 1)*nsplit + 1; //hard-wired
-       Int_t jtmax = (jt + timeWindow*3)*nsplit; //hard-wired
+       Int_t jtmin = (Int_t) (jt - timeWindow*nmul - 1)*nsplit + 1; //hard-wired
+       Int_t jtmax = (Int_t) (jt + timeWindow*nmul)*nsplit; //hard-wired
        if(jtmin <= 0) jtmin = 1;
        if(jtmax > fScaleSize*fMaxNofSamples*nsplit) jtmax = fScaleSize*fMaxNofSamples*nsplit;
 
-       Double_t rlAnode = log(aStep*amplitude);
-
        // Spread the charge in the anode-time window
         Int_t ka;
+       //cout << "jamin: " << jamin << ", jamax: " << jamax << endl;
+       //cout << "jtmin: " << jtmin << ", jtmax: " << jtmax << endl;
        for(ka=jamin; ka <=jamax; ka++) {
          Int_t ia = (ka-1)/(fScaleSize*nsplit) + 1;
          if(ia <= 0) { cout << "Warning: ia < 1: " << endl; continue; }
          if(ia > nofAnodes) ia = nofAnodes;
          Double_t aExpo = (aStep*(ka-0.5)-xAnode*anodePitch)/sigmaA;
-         Double_t anodeAmplitude = rlAnode - 0.5*aExpo*aExpo;
-         // Protect against overflows
-         if(anodeAmplitude > -87.3)
-           anodeAmplitude = exp(anodeAmplitude);
-         else
-           anodeAmplitude = 0;
-         Int_t index = ((detector+1)%2)*nofAnodes+ia-1;  // index starts from 0
+         Double_t anodeAmplitude = 0;
+         if(TMath::Abs(aExpo) > nsigma) {
+           anodeAmplitude = 0.;
+           //cout << "aExpo: " << aExpo << endl;
+         } else {
+           Int_t i = (Int_t) ((aExpo+nsigma)/width);
+           //cout << "eval ampl: " << i << ", " << amplitude << endl;
+           anodeAmplitude = amplitude*fResponse->GausLookUp(i);
+           //cout << "ampl: " << anodeAmplitude << endl;
+         }
+         Int_t index = ((detector+1)%2)*nofAnodes+ia-1; // index starts from 0
          if(anodeAmplitude) {
-           Double_t rlTime = log(tStep*anodeAmplitude);
+           //Double_t rlTime = log(tStep*anodeAmplitude);
             Int_t kt;
            for(kt=jtmin; kt<=jtmax; kt++) {
              Int_t it = (kt-1)/nsplit+1;  // it starts from 1
              if(it<=0) { cout << "Warning: it < 1: " << endl; continue; } 
              if(it>fScaleSize*fMaxNofSamples) it = fScaleSize*fMaxNofSamples;
              Double_t tExpo = (tStep*(kt-0.5)-driftTime)/sigmaT;
-             Double_t timeAmplitude = rlTime - 0.5*tExpo*tExpo;
-             // Protect against overflows
-             if(timeAmplitude > -87.3){
-               timeAmplitude = exp(timeAmplitude);
-             } else
-               timeAmplitude = 0;
+             Double_t timeAmplitude = 0.;
+             if(TMath::Abs(tExpo) > nsigma) {
+               timeAmplitude = 0.;
+               //cout << "tExpo: " << tExpo << endl;
+             } else {
+               Int_t i = (Int_t) ((tExpo+nsigma)/width);
+               //cout << "eval ampl: " << i << ", " << anodeAmplitude << endl;
+               timeAmplitude = anodeAmplitude*fResponse->GausLookUp(i);
+             }
 
              // build the list of digits for this module       
              arg[0]=index;
              arg[1]=it;
              arg[2]=itrack;
              arg[3]=idhit;
+             timeAmplitude *= norm;
+             timeAmplitude *= 10;
              ListOfFiredCells(arg,timeAmplitude,list,padr);
-       } // loop over time in window 
-      } // end if anodeAmplitude
-    } // loop over anodes in window
-  } // end loop over hits
-
+             //cout << "ampl: " << timeAmplitude << endl;
+           } // loop over time in window 
+         } // end if anodeAmplitude
+       } // loop over anodes in window
+      } // end loop over "sub-hits"
+      for(Int_t ki=0; ki<3; ki++) xL[ki] = xL1[ki];
+    } // end loop over hits
+    
+    //    timer.Stop(); timer.Print(); 
+    
   // introduce the electronics effects and do zero-suppression if required
   Int_t nentries=list->GetEntriesFast();
   if (nentries) {
+
+    //    TStopwatch timer1;
     ChargeToSignal(); 
+    //    timer1.Stop(); cout << "ele: ";  timer1.Print();
 
     const char *kopt=fResponse->ZeroSuppOption();
     ZeroSuppression(kopt);
@@ -550,14 +687,15 @@ void AliITSsimulationSDD::ListOfFiredCells(Int_t *arg,Double_t timeAmplitude,
                        TVector *ptrkp=(TVector*)trlist->At(lastentry);
                        TVector &trinfo=*ptrkp;
                        Int_t lasttrack=Int_t(trinfo(0));
-                       Int_t lasthit=Int_t(trinfo(1));
+                       //Int_t lasthit=Int_t(trinfo(1));
                        Float_t lastcharge=(trinfo(2));
                        
                        if (lasttrack==idtrack ) {
                            lastcharge+=(Float_t)timeAmplitude;
                            trlist->RemoveAt(lastentry);
                            trinfo(0)=lasttrack;
-                           trinfo(1)=lasthit; // or idhit
+                           //trinfo(1)=lasthit; // or idhit
+                           trinfo(1)=idhit;
                            trinfo(2)=lastcharge;
                            trlist->AddAt(&trinfo,lastentry);
                        } else {
@@ -611,7 +749,9 @@ void AliITSsimulationSDD::AddDigit(Int_t i, Int_t j, Int_t signal){
     Int_t trk[20], htrk[20];
     Float_t chtrk[20];  
 
-    signal=Convert8to10(signal); // set a flag in case non-ZS are 10-bit
+    Bool_t do10to8=fResponse->Do10to8();
+
+    if(do10to8) signal=Convert8to10(signal); 
     AliITSTransientDigit *obj = (AliITSTransientDigit*)fHitMap1->GetHit(i,j);
     digits[0]=i;
     digits[1]=j;
@@ -622,7 +762,7 @@ void AliITSsimulationSDD::AddDigit(Int_t i, Int_t j, Int_t signal){
         for (k=0;k<3;k++) {
          tracks[k]=-2;
           charges[k]=0;
-          hits[k]=0;
+          hits[k]=-1;
        }
         fITS->AddSimDigit(1,phys,digits,tracks,hits,charges); 
     } else {
@@ -642,6 +782,7 @@ void AliITSsimulationSDD::AddDigit(Int_t i, Int_t j, Int_t signal){
          chtrk[tr]=(pp(2));
       }
       if (nptracks > 1) {
+       //printf("nptracks > 2  -- %d\n",nptracks);
          SortTracks(trk,chtrk,htrk,nptracks);
       }
       Int_t i;
@@ -652,8 +793,8 @@ void AliITSsimulationSDD::AddDigit(Int_t i, Int_t j, Int_t signal){
             hits[i]=htrk[i];
         }
         for (i=nptracks; i<3; i++) {
-            tracks[i]=0;
-            hits[i]=0;
+            tracks[i]=-3;
+            hits[i]=-1;
             charges[i]=0;
         }
       } else {
@@ -725,7 +866,7 @@ void AliITSsimulationSDD::SortTracks(Int_t *tracks,Float_t *charges,Int_t *hits,
     } else {
          charges[i]=jch[i];
          tracks[i]=jtr[i];
-         hits[i]=jtr[i];
+         hits[i]=jhit[i];
     }
   }
 
@@ -734,12 +875,6 @@ void AliITSsimulationSDD::SortTracks(Int_t *tracks,Float_t *charges,Int_t *hits,
 void AliITSsimulationSDD::ChargeToSignal() {
   // add baseline, noise, electronics and ADC saturation effects
 
-
-  Float_t maxadc = fResponse->MaxAdc();    
-  Float_t topValue = fResponse->MagicValue();
-  Float_t norm = maxadc/topValue;
-
-
   char opt1[20], opt2[20];
   fResponse->ParamOptions(opt1,opt2);
   char *read = strstr(opt1,"file");
@@ -754,66 +889,73 @@ void AliITSsimulationSDD::ChargeToSignal() {
   } else fResponse->GetNoiseParam(noise,baseline);
 
   Float_t contrib=0;
-  Bool_t first=kTRUE;
 
-  TRandom *random = new TRandom()
+  TRandom random
   Int_t i,k,kk; 
-  for (i=0;i<=fNofMaps;i++) {
-    if  (read && i<fNofMaps) GetAnodeBaseline(i,baseline,noise);
-    if (!first) FastFourierTransform(fElectronics,&fInZR[0],&fInZI[0],1);
-    for (k=0;k<fScaleSize*fMaxNofSamples;k++) {
-        if (!first) {
-           Float_t newcont = 0.;
-           Float_t maxcont = 0.;
-           Int_t it=(Int_t)(k/fScaleSize);
-            if (k%fScaleSize == 0) {
-             for(kk=0;kk<fScaleSize;kk++) {
-               newcont = fOutZR[fScaleSize*it+kk];
-               if(newcont > maxcont) maxcont = newcont;
-             }
-             newcont = maxcont;
-             // analog to digital ?
-             Double_t signal = newcont*norm;
-             if (signal >= maxadc) signal = maxadc -1;
-             // back to analog: ?
-             signal /=norm;
-             fHitMap2->SetHit(i-1,it,signal);
-           }
-           Double_t rw = fElectronics->GetTraFunReal(k);
-           Double_t iw = fElectronics->GetTraFunImag(k);
-           fOutZR[k] = fInZR[k]*rw - fInZI[k]*iw;
-           fOutZI[k] = fInZR[k]*iw + fInZI[k]*rw;
-           if(i+1 < fNofMaps) fInZR[k] = fHitMap2->GetSignal(i+1,k);
-       }
-       
-        if (first) {
-         fInZR[k] = fHitMap2->GetSignal(i,k);
+
+  Float_t maxadc = fResponse->MaxAdc();    
+  if(!fDoFFT) {
+    for (i=0;i<fNofMaps;i++) {
+        if  (read && i<fNofMaps) GetAnodeBaseline(i,baseline,noise);
+       for(k=0; k<fScaleSize*fMaxNofSamples; k++) {
+          fInZR[k] = fHitMap2->GetSignal(i,k);
+          contrib = (baseline + noise*random.Gaus());
+          fInZR[k] += contrib;
        }
-        fInZI[k] = 0.;
-        // add baseline and noise 
-        contrib = baseline + noise*random->Gaus();
-        fInZR[k] += contrib;
-       
-    } // loop over time
-    
-    if (first) {
+       for(k=0; k<fMaxNofSamples; k++) {
+          Double_t newcont = 0.;
+          Double_t maxcont = 0.;
+          for(kk=0;kk<fScaleSize;kk++) {
+            
+            newcont = fInZR[fScaleSize*k+kk];
+            if(newcont > maxcont) maxcont = newcont;
+            
+            //newcont += (fInZR[fScaleSize*k+kk]/fScaleSize);
+          }
+          newcont = maxcont;
+          if (newcont >= maxadc) newcont = maxadc -1;
+          if(newcont >= baseline) cout << "newcont: " << newcont << endl;
+          // back to analog: ?
+          fHitMap2->SetHit(i,k,newcont);
+       }  
+    } // loop over anodes
+    return;
+  } // end if DoFFT
+
+  for (i=0;i<fNofMaps;i++) {
+      if  (read && i<fNofMaps) GetAnodeBaseline(i,baseline,noise);
+      for(k=0; k<fScaleSize*fMaxNofSamples; k++) {
+       fInZR[k] = fHitMap2->GetSignal(i,k);
+       contrib = (baseline + noise*random.Gaus());
+       fInZR[k] += contrib;
+       fInZI[k] = 0.;
+      }
       FastFourierTransform(fElectronics,&fInZR[0],&fInZI[0],1);
-      for (k=0; k<fScaleSize*fMaxNofSamples; k++) {
-       Double_t rw = fElectronics->GetTraFunReal(k);
+      for(k=0; k<fScaleSize*fMaxNofSamples; k++) {
+       Double_t rw = fElectronics->GetTraFunReal(k);
        Double_t iw = fElectronics->GetTraFunImag(k);
-       fOutZR[k] = fInZR[k]*rw - fInZI[k]*iw;
-       fOutZI[k] = fInZR[k]*iw + fInZI[k]*rw;
-       fInZR[k] = fHitMap2->GetSignal(i+1,k);
-       fInZI[k] = 0.;
-       // add baseline and noise 
-       contrib = baseline + noise*random->Gaus();
-       fInZR[k] += contrib;
+       fOutZR[k] = fInZR[k]*rw - fInZI[k]*iw;
+       fOutZI[k] = fInZR[k]*iw + fInZI[k]*rw;
       }
-    }
-    if(i<fNofMaps) FastFourierTransform(fElectronics,&fOutZR[0],&fOutZI[0],-1);
-    first = kFALSE;
+      FastFourierTransform(fElectronics,&fOutZR[0],&fOutZI[0],-1);
+      for(k=0; k<fMaxNofSamples; k++) {
+       Double_t newcont1 = 0.;
+       Double_t maxcont1 = 0.;
+       for(kk=0;kk<fScaleSize;kk++) {
+         
+         newcont1 = fOutZR[fScaleSize*k+kk];
+         if(newcont1 > maxcont1) maxcont1 = newcont1;
+         
+         //newcont1 += (fInZR[fScaleSize*k+kk]/fScaleSize);
+       }
+       newcont1 = maxcont1;
+       //cout << "newcont1: " << newcont1 << endl;
+       if (newcont1 >= maxadc) newcont1 = maxadc -1;
+       fHitMap2->SetHit(i,k,newcont1);
+      }      
   } // loop over anodes
-  
+  return;
+
 }
 
 //____________________________________________
@@ -1050,6 +1192,7 @@ void AliITSsimulationSDD::Compress2D(){
     Int_t db,tl,th;  
     Int_t minval = fResponse->MinVal();
     Bool_t write=fResponse->OutputOption();   
+    Bool_t do10to8=fResponse->Do10to8();
 
     Int_t nz, nl, nh, low, i, j; 
 
@@ -1068,6 +1211,10 @@ void AliITSsimulationSDD::Compress2D(){
                nh++;
                Bool_t cond=kTRUE;
                FindCluster(i,j,signal,minval,cond);
+               if (cond && j && ((TMath::Abs(fHitMap2->GetSignal(i,j-1))-th)>=minval)) {
+                 if(do10to8) signal = Convert10to8(signal);
+                 AddDigit(i,j,signal);
+               }
            } else if ((signal - tl) >= minval) nl++;
        } // loop time samples
        if (write) TreeB()->Fill(nz,nl,nh,low,i+1);
@@ -1085,11 +1232,13 @@ void AliITSsimulationSDD::Compress2D(){
 
 //_____________________________________________________________________________
 void  AliITSsimulationSDD::FindCluster(Int_t i,Int_t j,Int_t signal,
-                                       Int_t minval,Bool_t cond){
+                                       Int_t minval,Bool_t &cond){
 //
 //  Find clusters according to the online 2D zero-suppression algorithm
 //
 
+    Bool_t do10to8=fResponse->Do10to8();
+
     Bool_t high=kFALSE;
 
     fHitMap2->FlagHit(i,j);
@@ -1102,7 +1251,7 @@ void  AliITSsimulationSDD::FindCluster(Int_t i,Int_t j,Int_t signal,
     Int_t dbx,tlx,thx;  
     Int_t xList[maxNeighbours], yList[maxNeighbours];
     fSegmentation->Neighbours(i,j,&nn,xList,yList);
-    Int_t in,ix,iy;
+    Int_t in,ix,iy,qns;
     for (in=0; in<nn; in++) {
        ix=xList[in];
         iy=yList[in];
@@ -1116,10 +1265,11 @@ void  AliITSsimulationSDD::FindCluster(Int_t i,Int_t j,Int_t signal,
           } else {
               if ((qn - thx) >= minval) high=kTRUE;
               if (cond) {
-                 signal = Convert10to8(signal);
+                 if(do10to8) signal = Convert10to8(signal);
                 AddDigit(i,j,signal);
              }
-             Int_t qns = Convert10to8(qn);
+             if(do10to8) qns = Convert10to8(qn);
+             else qns=qn;
              if (!high) AddDigit(ix,iy,qns);
              cond=kFALSE;
              if(!high) fHitMap2->FlagHit(ix,iy);
@@ -1201,19 +1351,22 @@ void AliITSsimulationSDD::Compress1D(){
     UChar_t *str=fStream->Stream();
     Int_t counter=0;
 
+    Bool_t do10to8=fResponse->Do10to8();
+
     Int_t last=0;
     Int_t k,i,j;
-    for (k=1; k<=2; k++) {
-         tol = Tolerance(k-1);
-         dis = Disable(k-1);  
+    for (k=0; k<2; k++) {
+         tol = Tolerance(k);
+         dis = Disable(k);  
         for (i=0; i<fNofMaps/2; i++) {
             Bool_t firstSignal=kTRUE;
-            CompressionParam(k*i,decr,thres); 
+             Int_t idx=i+k*fNofMaps/2;
+            CompressionParam(idx,decr,thres); 
             for (j=0; j<fMaxNofSamples; j++) {
-                Int_t signal=(Int_t)(fHitMap2->GetSignal(k*i,j));
+                Int_t signal=(Int_t)(fHitMap2->GetSignal(idx,j));
                  signal -= decr;  // if baseline eq.
-                signal = Convert10to8(signal);
-                if (signal < thres) {
+                if(do10to8) signal = Convert10to8(signal);
+                if (signal <= thres) {
                      signal=0;
                      diff=128; 
                      last=0; 
@@ -1227,12 +1380,18 @@ void AliITSsimulationSDD::Compress1D(){
                  if (diff < -128) diff=-128;
    
                 if (signal < dis) {
+                  // tol has changed to 8 possible cases ? - one can write
+                  // this if(TMath::Abs(diff)<tol) ... else ...
+                   if(TMath::Abs(diff)<tol) diff=0;
+                   // or keep it as it was before
+                   /*
                     if (tol==1 && (diff >= -2 && diff <= 1)) diff=0;
                     if (tol==2 && (diff >= -4 && diff <= 3)) diff=0;
                     if (tol==3 && (diff >= -16 && diff <= 15)) diff=0;
-                    AddDigit(k*i,j,last+diff);
+                   */
+                    AddDigit(idx,j,last+diff);
                 } else {
-                   AddDigit(k*i,j,signal);
+                   AddDigit(idx,j,signal);
                 }
                  
                  diff += 128;
@@ -1282,39 +1441,56 @@ void AliITSsimulationSDD::Compress1D(){
 } 
 //____________________________________________
 void AliITSsimulationSDD::StoreAllDigits(){
-  // if non-zero-suppressed data
+  // if non-zero-suppressed data 
 
-    Int_t i, j, digits[3];
+    Bool_t do10to8=fResponse->Do10to8();
 
+    Int_t i, j, digits[3];
     for (i=0; i<fNofMaps; i++) {
         for (j=0; j<fMaxNofSamples; j++) {
              Int_t signal=(Int_t)(fHitMap2->GetSignal(i,j));
-            signal = Convert10to8(signal);
-            signal = Convert8to10(signal); // ?
+            if(do10to8) signal = Convert10to8(signal);
+            if(do10to8) signal = Convert8to10(signal); 
              digits[0]=i;
              digits[1]=j;
              digits[2]=signal;
-             fITS->AddRealDigit(1,digits);
+            fITS->AddRealDigit(1,digits);
        }
     }
 } 
 //____________________________________________
 
-void AliITSsimulationSDD::CreateHistograms(){
+void AliITSsimulationSDD::CreateHistograms(Int_t scale){
   // Creates histograms of maps for debugging
 
       Int_t i;
+
+      fHis=new TObjArray(fNofMaps);
       for (i=0;i<fNofMaps;i++) {
-          TString *sddName = new TString("sdd_");
+          TString sddName("sdd_");
           Char_t candNum[4];
           sprintf(candNum,"%d",i+1);
-          sddName->Append(candNum);
-          (*fHis)[i] = new TH1F(sddName->Data(),"SDD maps",
-                              fMaxNofSamples,(Axis_t)0.,(Axis_t) fMaxNofSamples);
-          delete sddName;
+          sddName.Append(candNum);
+          (*fHis)[i] = new TH1F(sddName.Data(),"SDD maps",
+                scale*fMaxNofSamples,0.,(Float_t) scale*fMaxNofSamples);
       }
 
 }
+//____________________________________________
+void AliITSsimulationSDD::FillHistograms(){
+  // fill 1D histograms from map
+  if (!fHis) return; 
+  
+  for( Int_t i=0; i<fNofMaps; i++) {
+    TH1F *hist =(TH1F *)fHis->UncheckedAt(i);
+    Int_t nsamples = hist->GetNbinsX();
+    for( Int_t j=0; j<nsamples; j++) {
+      Double_t signal=fHitMap2->GetSignal(i,j);
+      hist->Fill((Float_t)j,signal);
+    }
+  }
+}
+
 //____________________________________________
 
 void AliITSsimulationSDD::ResetHistograms(){
@@ -1360,22 +1536,56 @@ void AliITSsimulationSDD::WriteToFile(TFile *hfile) {
   return;
 }
 //____________________________________________
-Float_t AliITSsimulationSDD::GetNoise(Float_t threshold) {  
+Float_t AliITSsimulationSDD::GetNoise() {  
   // Returns the noise value
-  if (!fHis) return 0.;
 
-  TH1F *noisehist = new TH1F("noisehist","noise",100,(Axis_t)0.,(Axis_t)threshold);
+  //Bool_t do10to8=fResponse->Do10to8();
+  //noise will always be in the liniar part of the signal
+
+  Int_t decr;
+  Int_t threshold=fT1[0];
+
+  char opt1[20], opt2[20];
+  fResponse->ParamOptions(opt1,opt2);
+  fParam=opt2;
+  char *same = strstr(opt1,"same");
+  Float_t noise,baseline;
+  if (same) {
+    fResponse->GetNoiseParam(noise,baseline);
+  } else {
+     static Bool_t readfile=kTRUE;
+     //read baseline and noise from file
+     if (readfile) ReadBaseline();
+     readfile=kFALSE;
+  }
+
+   TCanvas *c2 = (TCanvas*)gROOT->GetListOfCanvases()->FindObject("c2");
+   if(c2) delete c2->GetPrimitive("noisehist");
+   if(c2) delete c2->GetPrimitive("anode");
+   else     c2=new TCanvas("c2");
+   c2->cd();
+   c2->SetFillColor(0);
+
+   TH1F *noisehist = new TH1F("noisehist","noise",100,0.,(float)2*threshold);
+   TH1F *anode = new TH1F("anode","Anode Projection",fMaxNofSamples,0.,(float)fMaxNofSamples);
   Int_t i,k;
   for (i=0;i<fNofMaps;i++) {
-    Int_t nOfBinsA = ((TH1F*)(*fHis)[i])->GetNbinsX();
-    for (k=0;k<nOfBinsA;k++) {
-      Float_t content = ((TH1F*)(*fHis)[i])->GetBinContent(k+1);
-      if (content < threshold) noisehist->Fill(content);
+    CompressionParam(i,decr,threshold); 
+    if  (!same) GetAnodeBaseline(i,baseline,noise);
+    anode->Reset();
+    for (k=0;k<fMaxNofSamples;k++) {
+      Float_t signal=(Float_t)fHitMap2->GetSignal(i,k);
+      //if (signal <= (float)threshold) noisehist->Fill(signal-baseline);
+      if (signal <= (float)threshold) noisehist->Fill(signal);
+      anode->Fill((float)k,signal);
     }
+    anode->Draw();
+    c2->Update();
   }
-  TF1 *gnoise = new TF1("gnoise","gaus",(Double_t)0.,(Double_t)threshold);
+  TF1 *gnoise = new TF1("gnoise","gaus",0.,threshold);
   noisehist->Fit("gnoise","RQ");
   noisehist->Draw();
+  c2->Update();
   Float_t mnoise = gnoise->GetParameter(1);
   cout << "mnoise : " << mnoise << endl;
   Float_t rnoise = gnoise->GetParameter(2);
@@ -1383,3 +1593,21 @@ Float_t AliITSsimulationSDD::GetNoise(Float_t threshold) {
   delete noisehist;
   return rnoise;
 }
+
+//____________________________________________
+
+void AliITSsimulationSDD::Print() {
+
+  // Print SDD simulation Parameters
+
+   cout << "**************************************************" << endl;
+   cout << "   Silicon Drift Detector Simulation Parameters   " << endl;
+   cout << "**************************************************" << endl;
+   cout << "Flag for Perpendicular tracks: " << (Int_t) fFlag << endl;
+   cout << "Flag for noise checking: " << (Int_t) fCheckNoise << endl;
+   cout << "Flag to switch off electronics: " << (Int_t) fDoFFT << endl;
+   cout << "Number pf Anodes used: " << fNofMaps << endl;
+   cout << "Number of Time Samples: " << fMaxNofSamples << endl;
+   cout << "Scale size factor: " << fScaleSize << endl;
+   cout << "**************************************************" << endl;
+}