]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - PHOS/AliPHOSDigitizer.cxx
Bug fix of FPE caused by large trigger amplitudes in rare cases
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSDigitizer.cxx
index a35c0af74a2efda071c788b4a15c843db42199ed..732d999d93daceb13bf9251828ab13902bb8b509 100644 (file)
 
 /* $Id$ */
 
+/* History of cvs commits:
+ *
+ * $Log: AliPHOSDigitizer.cxx,v $
+ * Revision 1.104  2007/12/18 09:08:18  hristov
+ * Splitting of the QA maker into simulation and reconstruction dependent parts (Yves)
+ *
+ * Revision 1.103  2007/11/07 11:25:06  schutz
+ * Comment out the QA checking before starting digitization
+ *
+ * Revision 1.102  2007/10/19 18:04:29  schutz
+ * The standalone QA data maker is called from AliSimulation and AliReconstruction outside the event loop; i.e. re-reading the data. The QA data making in the event loop has been commented out.
+ *
+ * Revision 1.101  2007/10/14 21:08:10  schutz
+ * Introduced the checking of QA results from previous step before entering the event loop
+ *
+ * Revision 1.100  2007/10/10 09:05:10  schutz
+ * Changing name QualAss to QA
+ *
+ * Revision 1.99  2007/09/30 17:08:20  schutz
+ * Introducing the notion of QA data acquisition cycle (needed by online)
+ *
+ * Revision 1.98  2007/09/26 14:22:17  cvetan
+ * Important changes to the reconstructor classes. Complete elimination of the run-loaders, which are now steered only from AliReconstruction. Removal of the corresponding Reconstruct() and FillESD() methods.
+ *
+ * Revision 1.97  2007/08/07 14:12:03  kharlov
+ * Quality assurance added (Yves Schutz)
+ *
+ * Revision 1.96  2007/04/28 10:43:36  policheh
+ * Dead channels simulation: digit energy sets to 0.
+ *
+ * Revision 1.95  2007/04/10 07:20:52  kharlov
+ * Decalibration should use the same CDB as calibration in AliPHOSClusterizerv1
+ *
+ * Revision 1.94  2007/02/01 10:34:47  hristov
+ * Removing warnings on Solaris x86
+ *
+ * Revision 1.93  2006/10/17 13:17:01  kharlov
+ * Replace AliInfo by AliDebug
+ *
+ * Revision 1.92  2006/08/28 10:01:56  kharlov
+ * Effective C++ warnings fixed (Timur Pocheptsov)
+ *
+ * Revision 1.91  2006/04/29 20:25:30  hristov
+ * Decalibration is implemented (Yu.Kharlov)
+ *
+ * Revision 1.90  2006/04/22 10:30:17  hristov
+ * Add fEnergy to AliPHOSDigit and operate with EMC amplitude in energy units (Yu.Kharlov)
+ *
+ * Revision 1.89  2006/04/11 15:22:59  hristov
+ * run number in query set to -1: forces AliCDBManager to use its run number (A.Colla)
+ *
+ * Revision 1.88  2006/03/13 14:05:43  kharlov
+ * Calibration objects for EMC and CPV
+ *
+ * Revision 1.87  2005/08/24 15:33:49  kharlov
+ * Calibration data for raw digits
+ *
+ * Revision 1.86  2005/07/12 20:07:35  hristov
+ * Changes needed to run simulation and reconstrruction in the same AliRoot session
+ *
+ * Revision 1.85  2005/05/28 14:19:04  schutz
+ * Compilation warnings fixed by T.P.
+ *
+ */
+
 //_________________________________________________________________________
-// This is a TTask that constructs SDigits out of Hits
-// A Summable Digits is the sum of all hits in a cell
-// A threshold is applied 
-//
 //*-- Author :  Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute) 
 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-// Class performs digitization of Summable digits (in the PHOS case this is just
-// sum of contributions of all primary particles into give cell). 
+// This TTask performs digitization of Summable digits (in the PHOS case it is just
+// the sum of contributions from all primary particles into a given cell). 
 // In addition it performs mixing of summable digits from different events.
-// Examples of use:
+// The name of the TTask is also the title of the branch that will contain 
+// the created SDigits
+// The title of the TTAsk is the name of the file that contains the hits from
+// which the SDigits are created
+//
+// For each event two branches are created in TreeD:
+//   "PHOS" - list of digits
+//   "AliPHOSDigitizer" - AliPHOSDigitizer with all parameters used in digitization
+//
+// Note, that one can set a title for new digits branch, and repeat digitization with
+// another set of parameters.
+//
+// Use case:
 // root[0] AliPHOSDigitizer * d = new AliPHOSDigitizer() ;
 // root[1] d->ExecuteTask()             
 // Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
 //                       //Digitizes SDigitis in all events found in file galice.root 
-//                       //Depending on variable "CONFIG_SPLIT_FILE" reads branches stored in galice.root
-//                       //or in PHOS.SDigits.root
-// root[2] AliPHOSDigitizer * d1 = new AliPHOSDigitizer("galice1.root") ;  // Will read sdigits from galice1.root
-// root[3] d1->MixWith("galice2.root",1)       // Reads another portion of sdigits from galice2.root
-//                                             // says, that this will be output file
-// Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
-// root[3] d1->MixWith("galice3.root",1)       // Reads another portion of sdigits from galice3.root
-//                                             // overwrides previous definition of output file
-// root[4] d->ExecuteTask()    // Reads SDigits from files galice1.root, galice2.root ....
-//                             // mixes them and stores produced Digits in file galice3.root          
 //
+// root[2] AliPHOSDigitizer * d1 = new AliPHOSDigitizer("galice1.root") ;  
+//                       // Will read sdigits from galice1.root
+// root[3] d1->MixWith("galice2.root")       
+// Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
+//                       // Reads another set of sdigits from galice2.root
+// root[3] d1->MixWith("galice3.root")       
+//                       // Reads another set of sdigits from galice3.root
+// root[4] d->ExecuteTask("deb timing")    
+//                       // Reads SDigits from files galice1.root, galice2.root ....
+//                       // mixes them and stores produced Digits in file galice1.root          
+//                       // deb - prints number of produced digits
+//                       // deb all - prints list of produced digits
+//                       // timing  - prints time used for digitization
 //
-// 
 
 // --- ROOT system ---
-#include "TTask.h"
 #include "TTree.h"
 #include "TSystem.h"
+#include "TBenchmark.h"
+#include "TRandom.h"
+#include "TMath.h"
+
 // --- Standard library ---
 
 // --- AliRoot header files ---
-
+#include <TGeoManager.h>                                                                                                                   
+#include "AliLog.h"
+#include "AliRunDigitizer.h"
 #include "AliPHOSDigit.h"
-#include "AliPHOSHit.h"
-#include "AliPHOSv1.h"
 #include "AliPHOSDigitizer.h"
-#include "AliPHOSSDigitizer.h"
-#include "TROOT.h"
-#include "TFolder.h"
+#include "AliPHOSGeometry.h"
+#include "AliPHOSTick.h"
+#include "AliPHOSSimParam.h"
+#include "AliPHOSCalibData.h"
+#include "AliRunLoader.h"
+#include "AliPHOSLoader.h"
+#include "AliPHOSPulseGenerator.h"
 
 ClassImp(AliPHOSDigitizer)
 
 
 //____________________________________________________________________________ 
-  AliPHOSDigitizer::AliPHOSDigitizer():TTask("AliPHOSDigitizer","") 
+AliPHOSDigitizer::AliPHOSDigitizer() :
+  AliDigitizer("",""),
+  fDefaultInit(kTRUE),
+  fDigitsInRun(0),
+  fInit(kFALSE),
+  fInput(0),
+  fInputFileNames(0x0),
+  fEventNames(0x0),
+  fEmcCrystals(0),
+  fEventFolderName(""),
+  fFirstEvent(0),
+  fLastEvent(0), 
+  fcdb(0x0),
+  fEventCounter(0),
+  fPulse(0),
+  fADCValuesLG(0),
+  fADCValuesHG(0)
 {
   // ctor
-
-  fSDigitizer = 0 ;
-  fNinputs = 1 ;
-  fPinNoise = 0.01 ;
-  fEMCDigitThreshold = 0.01 ;
-  fCPVNoise = 0.01;
-  fCPVDigitThreshold = 0.09 ;
-  fPPSDNoise = 0.0000001;
-  fPPSDDigitThreshold = 0.0000002 ;
-  fInitialized = kFALSE ;
-  // add Task to //root/Tasks folder
-  TTask * roottasks = (TTask*)gROOT->GetRootFolder()->FindObject("Tasks") ; 
-  roottasks->Add(this) ; 
-
+  InitParameters() ; 
+  fManager = 0 ;                     // We work in the standalong mode
 }
-//____________________________________________________________________________ 
-void AliPHOSDigitizer::Init(Int_t isOutFile){
-// Mades all memory allocations and defiles, 
-// whether first (default) file will be output file (isOutFile !=0) 
-
-  if(!fInitialized){
-
-    fHeaderFiles  = new TClonesArray("TObjString",1) ;
-    new((*fHeaderFiles)[0]) TObjString("galice.root") ;
-    TFile * file ;
-
-    if(isOutFile)
-      file = new TFile(((TObjString *) fHeaderFiles->At(0))->GetString(),"update") ;
-    else
-      file = new TFile(((TObjString *) fHeaderFiles->At(0))->GetString()) ;
-
-    file->cd() ;
-  
-    fSDigitsFiles = new TClonesArray("TObjString",1);
-    if(gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) 
-      new((*fSDigitsFiles)[0]) TObjString("./PHOS.SDigits.root") ;   
-    else
-      new((*fSDigitsFiles)[0]) TObjString("") ;   
-    
-    fSDigits      = new TClonesArray("TClonesArray",1) ;
-    new((*fSDigits)[0]) TClonesArray("AliPHOSDigit",1000) ;
-    
-    fDigits = new TClonesArray("AliPHOSDigit",200000) ;
-    
-    fIevent    = new TArrayI(1) ;
-    fIevent->AddAt(-1,0 ) ; 
-    fIeventMax = new TArrayI(1) ;
-
-    //Store digits in this file
-    if(isOutFile){
-      gAlice = (AliRun *) file->Get("gAlice") ;
-      fIeventMax->AddAt((Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries(), 0 );
-      fOutFileNumber = 0 ;
-    }
-    else{
-      TTree * te = (TTree *) file->Get("TE") ;
-      fIeventMax->AddAt((Int_t) te->GetEntries(), 0 );
-      fOutFileNumber = -1 ;
-    }
-
-    fInitialized = kTRUE ;
-  }
 
+//____________________________________________________________________________ 
+AliPHOSDigitizer::AliPHOSDigitizer(TString alirunFileName, 
+                                  TString eventFolderName):
+  AliDigitizer("PHOS"+AliConfig::Instance()->GetDigitizerTaskName(), alirunFileName), 
+  fDefaultInit(kFALSE),
+  fDigitsInRun(0),
+  fInit(kFALSE),
+  fInput(0),
+  fInputFileNames(0x0),
+  fEventNames(0x0),
+  fEmcCrystals(0),
+  fEventFolderName(eventFolderName),
+  fFirstEvent(0),
+  fLastEvent(0), 
+  fcdb(0x0),
+  fEventCounter(0),
+  fPulse(0),
+  fADCValuesLG(0),
+  fADCValuesHG(0)
+{
+  // ctor
+  InitParameters() ; 
+  Init() ;
+  fDefaultInit = kFALSE ; 
+  fManager = 0 ;                     // We work in the standalone mode
+  fcdb = new AliPHOSCalibData(-1);
 }
 
-
 //____________________________________________________________________________ 
-AliPHOSDigitizer::AliPHOSDigitizer(char *HeaderFile,char *DigitsFile):TTask("AliPHOSDigitizer","")
+AliPHOSDigitizer::AliPHOSDigitizer(const AliPHOSDigitizer & d) : 
+  AliDigitizer(d),
+  fDefaultInit(d.fDefaultInit),
+  fDigitsInRun(d.fDigitsInRun),
+  fInit(d.fInit),
+  fInput(d.fInput),
+  fInputFileNames(0x0),//?
+  fEventNames(0x0),//?
+  fEmcCrystals(d.fEmcCrystals),
+  fEventFolderName(d.fEventFolderName),
+  fFirstEvent(d.fFirstEvent),
+  fLastEvent(d.fLastEvent), 
+  fcdb (0x0), 
+  fEventCounter(0),
+  fPulse(0),
+  fADCValuesLG(0),
+  fADCValuesHG(0)
 {
-  // ctor
-  fHeaderFiles  = new TClonesArray("TFile",1) ;          
-  new((*fHeaderFiles)[0]) TObjString(HeaderFile) ;
-  TFile * file = new TFile(((TObjString *) fHeaderFiles->At(0))->GetString(),"update") ;      // Header file, where result will be stored
+  // copyy ctor 
+  SetName(d.GetName()) ; 
+  SetTitle(d.GetTitle()) ; 
+  fcdb = new AliPHOSCalibData(-1);
+}
 
-  file->cd() ;
-  
-  fSDigitsFiles = new TClonesArray("TObjString",1);         // File name of the SDigits branch
-  if(DigitsFile)
-    new((*fSDigitsFiles)[0]) TObjString(DigitsFile) ;   
-  else
-    if(gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) 
-      new((*fSDigitsFiles)[0]) TObjString("./PHOS.SDigits.root") ;   
-    else
-      new((*fSDigitsFiles)[0]) TObjString("") ;   
-    
-  fSDigits      = new TClonesArray("TClonesArray",1) ;      // here list of SDigits wil be stored
-  new((*fSDigits)[0]) TClonesArray("AliPHOSDigit",1000) ;
-    
-  fDigits = new TClonesArray("AliPHOSDigit",200000) ;
-  fDigitsFile="PHOS.Digits" ; 
-    
-  fIevent    = new TArrayI(1) ;
-  fIevent->AddAt(-1,0 ) ; 
-  fIeventMax = new TArrayI(1) ;
-  //Should be check whether gAlice in memory is the same as in file
-  //However, there is no such method (?) ==> we are forced to read it
-  // if(gAlice->TreeE()==0)
-
-  gAlice = (AliRun *) file->Get("gAlice") ;  //If not read yet
-
-  // Get number of events to process
-  fIeventMax->AddAt((Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries(), 0 );
-  fOutFileNumber = 0 ;
-
-  fNinputs = 1 ;
-
-  fPinNoise = 0.01 ;
-  fEMCDigitThreshold = 0.01 ;
-  fCPVNoise = 0.01;
-  fCPVDigitThreshold = 0.09 ;
-  fPPSDNoise = 0.0000001;
-  fPPSDDigitThreshold = 0.0000002 ;  
-
-  // add Task to //root/Tasks folder
-  TTask * roottasks = (TTask*)gROOT->GetRootFolder()->FindObject("Tasks") ; 
-  roottasks->Add(this) ; 
-  fInitialized = kTRUE ;
-    
+//____________________________________________________________________________ 
+AliPHOSDigitizer::AliPHOSDigitizer(AliRunDigitizer * rd) :
+  AliDigitizer(rd,"PHOS"+AliConfig::Instance()->GetDigitizerTaskName()),
+  fDefaultInit(kFALSE),
+  fDigitsInRun(0),
+  fInit(kFALSE),
+  fInput(0),
+  fInputFileNames(0x0),
+  fEventNames(0x0),
+  fEmcCrystals(0),
+  fEventFolderName(fManager->GetInputFolderName(0)),
+  fFirstEvent(0),
+  fLastEvent(0), 
+  fcdb (0x0), 
+  fEventCounter(0),
+  fPulse(0),
+  fADCValuesLG(0),
+  fADCValuesHG(0)
+
+{
+  // ctor Init() is called by RunDigitizer
+  fManager = rd ; 
+  SetTitle(dynamic_cast<AliStream*>(fManager->GetInputStream(0))->GetFileName(0));
+  InitParameters() ; 
+  fDefaultInit = kFALSE ; 
+  fcdb = new AliPHOSCalibData(-1);
 }
 
 //____________________________________________________________________________ 
   AliPHOSDigitizer::~AliPHOSDigitizer()
 {
   // dtor
-  delete fHeaderFiles ;
-  delete fSDigitsFiles ;
-  delete fSDigits ;
-  delete fDigits ;
-}
-//____________________________________________________________________________
-Bool_t AliPHOSDigitizer::Combinator() { 
-
-  //Makes all desirable combinations Signal+Background,
-  // returns kFALSE when all combinations are made
-  // May be useful to introduce some options like "One-to-One", "All-to-One" and "All-to-All" ?
-
-  //realizing "One-to-One" option...
+  AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader(fEventFolderName) ;
+  if(rl){                                                                                                                               
+    AliPHOSLoader * phosLoader = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(rl->GetLoader("PHOSLoader"));                                                                 
+    phosLoader->CleanDigitizer() ;
+  }
 
-  if(!fInitialized)
-    Init(1) ;
+  delete [] fInputFileNames ; 
+  delete [] fEventNames ; 
 
-  Int_t inputs ;
-  Bool_t endNotReached = kTRUE ;
+  delete fPulse;
+  delete [] fADCValuesLG;
+  delete [] fADCValuesHG;
 
-  for(inputs = 0; (inputs < fNinputs) && endNotReached ;inputs++){
-    if(fIevent->At(inputs)+1 < fIeventMax->At(inputs))
-      fIevent->AddAt(fIevent->At(inputs)+1, inputs ) ;
-    else
-      endNotReached = kFALSE ;
-  }
-  return endNotReached ;
+  if(fcdb){ delete fcdb ; fcdb=0;} 
 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSDigitizer::Digitize(Option_t *option) { 
-
-  //Makes the digitization of the collected summable digits
-
-  if(!fInitialized)
-    Init(1) ;
+void AliPHOSDigitizer::Digitize(Int_t event) 
+{ 
+  
+  // Makes the digitization of the collected summable digits.
+  //  It first creates the array of all PHOS modules
+  //  filled with noise (different for EMC, and CPV) and
+  //  then adds contributions from SDigits. 
+  // This design avoids scanning over the list of digits to add 
+  // contribution to new SDigits only.
+
+  Bool_t toMakeNoise = kTRUE ; //Do not create noisy digits if merge with real data
+
+  //First stream 
+  AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader(fEventFolderName) ;
+  AliPHOSLoader * phosLoader = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(rl->GetLoader("PHOSLoader"));
+
+  Int_t readEvent = event ; 
+  if (fManager) 
+    readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fManager->GetInputStream(0))->GetCurrentEventNumber() ; 
+  AliDebug(1,Form("Adding event %d from input stream 0 %s %s", 
+                 readEvent, GetTitle(), fEventFolderName.Data())) ; 
+  rl->GetEvent(readEvent) ;
+  phosLoader->CleanSDigits() ; 
+  phosLoader->LoadSDigits("READ") ;
+
+  //Prepare Output
+  TClonesArray * digits = phosLoader->Digits() ;
+  if( !digits ) {
+    phosLoader->MakeDigitsArray() ; 
+    digits = phosLoader->Digits() ;
+  }
+  digits->Clear() ;
 
-  //Collects all hits in the same active volume into digit
-  //if(option == "raw")    // add simulated data to row data -- to be implemented
+  //
+  const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
+  //Making digits with noise, first EMC
+  //Check which PHOS modules are present
+  Bool_t isPresent[5] ;
+  TString volpath ;
+  Int_t nmod=0 ;
+  for(Int_t i=0; i<5; i++){
+    volpath = "/ALIC_1/PHOS_";
+    volpath += i+1;
+    if (gGeoManager->CheckPath(volpath.Data())) {
+      isPresent[i]=1 ;
+      nmod++ ;
+    }
+    else{
+      isPresent[i]=0 ;
+    }
+  }
 
+  Int_t nEMC = nmod*geom->GetNPhi()*geom->GetNZ();
+  
+  Int_t nCPV ;
+  Int_t absID ;
+  
+  //check if CPV exists
+  Bool_t isCPVpresent=0 ;
+  for(Int_t i=1; i<=5 && !isCPVpresent; i++){
+    volpath = "/ALIC_1/PHOS_";
+    volpath += i;
+    volpath += "/PCPV_1";
+    if (gGeoManager->CheckPath(volpath.Data())) 
+      isCPVpresent=1 ;
+  } 
+  
+  if(isCPVpresent){
+    nCPV = nEMC + geom->GetNumberOfCPVPadsZ() * geom->GetNumberOfCPVPadsPhi() * nmod ;
+  }
+  else{
+     nCPV = nEMC ;
+  }  
 
-  fDigits->Clear() ;
+  digits->Expand(nCPV) ;
 
-  AliPHOS * PHOS = (AliPHOS *) gAlice->GetDetector("PHOS") ;   
-  AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance( PHOS->GetGeometry()->GetName(), PHOS->GetGeometry()->GetTitle() );
+  //take all the inputs to add together and load the SDigits
+  TObjArray * sdigArray = new TObjArray(fInput) ;
+  sdigArray->AddAt(phosLoader->SDigits(), 0) ;
+  for(Int_t i = 1 ; i < fInput ; i++){
+    TString tempo(fEventNames[i]) ; 
+    tempo += i ;
+    AliRunLoader* rl2 = AliRunLoader::GetRunLoader(tempo) ;
+    if(!rl2){ 
+      rl2 = AliRunLoader::Open(fInputFileNames[i], tempo) ;
+      if (!rl2) {
+        Fatal("AliPHOSDigitizer", "Could not find the Run Loader for %s - %s",fInputFileNames[i].Data(), tempo.Data()) ;
+        return ;
+      }
+      rl2->LoadHeader();
+    }
+    AliPHOSLoader * phosLoader2 = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(rl2->GetLoader("PHOSLoader"));
+    if(fManager){ 
+      readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fManager->GetInputStream(i))->GetCurrentEventNumber() ; 
+    }
+    TClonesArray * digs ;
+    if(AliPHOSSimParam::GetInstance()->IsStreamDigits(i)){ //This is Digits Stream
+      AliInfo(Form("Adding event %d from input stream %d %s %s", 
+                readEvent, i, fInputFileNames[i].Data(), tempo.Data())) ; 
+       rl2->GetEvent(readEvent) ;
+       phosLoader2->CleanDigits() ;
+       phosLoader2->LoadDigits("READ") ;
+       digs = phosLoader2->Digits() ;
+       toMakeNoise=0 ; //Do not add noise, it is already in stream
+    }
+    else{
+      AliInfo(Form("Adding event %d (SDigits) from input stream %d %s %s",
+                 readEvent, i, fInputFileNames[i].Data(), tempo.Data())) ;
+       rl2->GetEvent(readEvent) ;
+       phosLoader2->CleanSDigits() ; 
+       phosLoader2->LoadSDigits("READ") ;
+       digs = phosLoader2->SDigits() ;
+    } 
+    sdigArray->AddAt(digs, i) ;
+  }
 
-  //Making digits with noise, first EMC
-  Int_t nEMC = geom->GetNModules()*geom->GetNPhi()*geom->GetNZ();
+  //Find the first crystal with signal
+  Int_t nextSig = 200000 ; 
+  TClonesArray * sdigits ;  
+  for(Int_t i = 0 ; i < fInput ; i++){
+    sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
+    if ( !sdigits->GetEntriesFast() )
+      continue ; 
+    Int_t curNext = dynamic_cast<AliPHOSDigit *>(sdigits->At(0))->GetId() ;
+    if(curNext < nextSig) 
+      nextSig = curNext ;
+  }
   
-  Int_t nCPV ;
-  Int_t nPPSD ;
-  Int_t absID ;
-  TString name      =  geom->GetName() ;
+  TArrayI index(fInput) ;
+  index.Reset() ;  //Set all indexes to zero
   
-  if ( name == "IHEP" || name == "MIXT" )    
-    nCPV =nEMC + geom->GetNumberOfCPVPadsZ()*geom->GetNumberOfCPVPadsPhi()*
-      geom->GetNCPVModules()*geom->GetNumberOfCPVLayers() ;
-  else
-    nCPV = nEMC; 
+  AliPHOSDigit * digit ;
+  AliPHOSDigit * curSDigit ;
   
-  if ( name == "GPS2" || name == "MIXT" )    
-    nPPSD =nCPV+2*geom->GetNPPSDModules()*geom->GetNumberOfModulesPhi()*geom->GetNumberOfModulesZ()*
-      geom->GetNumberOfPadsPhi()*geom->GetNumberOfPadsZ() ;
-  else
-    nPPSD = nCPV; 
+//  TClonesArray * ticks = new TClonesArray("AliPHOSTick",1000) ;
   
-  for(absID = 1; absID <= nEMC; absID++){
-    Float_t noise = gRandom->Gaus(0., fPinNoise) ; 
-    new((*fDigits)[absID-1]) AliPHOSDigit( -1,absID,fSDigitizer->Digitize(noise) ) ;
+  //Put Noise contribution
+  Double_t apdNoise = 0. ;
+  if(toMakeNoise)
+     apdNoise = AliPHOSSimParam::GetInstance()->GetAPDNoise() ; 
+
+  Int_t emcpermod=geom->GetNPhi()*geom->GetNZ();
+  Int_t idigit= 0;
+  for(Int_t imod=0; imod<5; imod++){
+    if(!isPresent[imod])
+      continue ;
+    Int_t firstAbsId=imod*emcpermod+1 ;
+    Int_t lastAbsId =(imod+1)*emcpermod ; 
+    for(absID = firstAbsId ; absID <= lastAbsId ; absID++){
+      Float_t noise = gRandom->Gaus(0.,apdNoise) ; 
+      new((*digits)[idigit]) AliPHOSDigit( -1, absID, noise, TimeOfNoise() ) ;
+      //look if we have to add signal?
+      digit = dynamic_cast<AliPHOSDigit *>(digits->At(idigit)) ;
+      idigit++ ;
+    
+      if(absID==nextSig){
+      //Add SDigits from all inputs 
+//      ticks->Clear() ;
+//      Int_t contrib = 0 ;
+
+//New Timing model is necessary
+//      Float_t a = digit->GetEnergy() ;
+//      Float_t b = TMath::Abs( a / fTimeSignalLength) ;
+//      //Mark the beginning of the signal
+//      new((*ticks)[contrib++]) AliPHOSTick(digit->GetTime(),0, b);  
+//      //Mark the end of the signal     
+//      new((*ticks)[contrib++]) AliPHOSTick(digit->GetTime()+fTimeSignalLength, -a, -b); 
+
+// Calculate time as time of the largest digit
+        Float_t time = digit->GetTime() ;
+        Float_t eTime= digit->GetEnergy() ;
+      
+        //loop over inputs
+        for(Int_t i = 0 ; i < fInput ; i++){
+         if( dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i))->GetEntriesFast() > index[i] ){
+           curSDigit = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>(dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i))->At(index[i])) ;     
+            if(AliPHOSSimParam::GetInstance()->IsStreamDigits(i)){ //This is Digits Stream
+              curSDigit->SetEnergy(Calibrate(curSDigit->GetEnergy(),curSDigit->GetId())) ;
+              curSDigit->SetTime(CalibrateT(curSDigit->GetTime(),curSDigit->GetId())) ;
+            }
+          }
+         else
+           curSDigit = 0 ;
+         //May be several digits will contribute from the same input
+         while(curSDigit && curSDigit->GetId() == absID){         
+           //Shift primary to separate primaries belonging different inputs
+           Int_t primaryoffset ;
+           if(fManager)
+             primaryoffset = fManager->GetMask(i) ; 
+           else
+             primaryoffset = 10000000*i ;
+           curSDigit->ShiftPrimary(primaryoffset) ;
+         
+//New Timing model is necessary
+//       a = curSDigit->GetEnergy() ;
+//       b = a /fTimeSignalLength ;
+//       new((*ticks)[contrib++]) AliPHOSTick(curSDigit->GetTime(),0, b);  
+//       new((*ticks)[contrib++]) AliPHOSTick(curSDigit->GetTime()+fTimeSignalLength, -a, -b); 
+          if(curSDigit->GetEnergy()>eTime){
+            eTime=curSDigit->GetEnergy() ;
+            time=curSDigit->GetTime() ;
+          }
+           *digit += *curSDigit ;  //add energies
+
+           index[i]++ ;
+           if( dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i))->GetEntriesFast() > index[i] )
+             curSDigit = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>(dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i))->At(index[i])) ;   
+           else
+             curSDigit = 0 ;
+         }
+        }
+      
+        //calculate and set time
+//New Timing model is necessary
+//      Float_t time = FrontEdgeTime(ticks) ;
+        digit->SetTime(time) ;
+      
+        //Find next signal module
+        nextSig = 200000 ;
+        for(Int_t i = 0 ; i < fInput ; i++){
+         sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
+         Int_t curNext = nextSig ;
+         if(sdigits->GetEntriesFast() > index[i] ){
+           curNext = dynamic_cast<AliPHOSDigit *>(sdigits->At(index[i]))->GetId() ;
+         }
+         if(curNext < nextSig) nextSig = curNext ;
+        }
+      }
+    }
   }
-  
-  for(absID = nEMC+1; absID <= nCPV; absID++){
-    Float_t noise = gRandom->Gaus(0., fCPVNoise) ; 
-    new((*fDigits)[absID-1]) AliPHOSDigit( -1,absID,fSDigitizer->Digitize(noise) ) ;
+
+  //distretize energy if necessary
+  if(AliPHOSSimParam::GetInstance()->IsEDigitizationOn()){
+    Float_t adcW=AliPHOSSimParam::GetInstance()->GetADCchannelW() ;
+    for(Int_t i = 0 ; i < nEMC ; i++){                                                                                                       
+      digit = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>( digits->At(i) ) ;
+      digit->SetEnergy(adcW*ceil(digit->GetEnergy()/adcW)) ;
+    } 
+  }
+  //Apply decalibration if necessary
+  for(Int_t i = 0 ; i < nEMC ; i++){
+    digit = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>( digits->At(i) ) ;
+    Decalibrate(digit) ;
   }
   
-  for(absID = nCPV+1; absID <= nPPSD; absID++){
-    Float_t noise = gRandom->Gaus(0., fPPSDNoise) ; 
-    new((*fDigits)[absID-1]) AliPHOSDigit( -1,absID,fSDigitizer->Digitize(noise) ) ;
+//  ticks->Delete() ;
+//  delete ticks ;
+  
+  //Now CPV digits (different noise and no timing)
+  Int_t cpvpermod = geom->GetNumberOfCPVPadsZ() * geom->GetNumberOfCPVPadsPhi() ;
+  Int_t nEMCtotal=emcpermod*5 ;
+  Float_t cpvNoise = AliPHOSSimParam::GetInstance()->GetCPVNoise() ;
+  if(isCPVpresent){  //CPV is present in current geometry
+    for(Int_t imod=0; imod<5; imod++){ //module is present in current geometry
+      if(!isPresent[imod])
+        continue ;
+      Int_t firstAbsId=nEMCtotal+imod*cpvpermod+1 ;
+      Int_t lastAbsId =nEMCtotal+(imod+1)*cpvpermod ;
+      for(absID = firstAbsId; absID <= lastAbsId; absID++){
+        Float_t noise = gRandom->Gaus(0., cpvNoise) ; 
+        new((*digits)[idigit]) AliPHOSDigit( -1,absID,noise, TimeOfNoise() ) ;
+        idigit++ ;
+        //look if we have to add signal?
+        if(absID==nextSig){
+          digit = dynamic_cast<AliPHOSDigit *>(digits->At(idigit-1)) ;
+          //Add SDigits from all inputs
+          for(Int_t i = 0 ; i < fInput ; i++){
+            if( dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i))->GetEntriesFast() > index[i] )
+              curSDigit = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>( dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i))->At(index[i])) ;         
+            else
+              curSDigit = 0 ;
+
+            //May be several digits will contribute from the same input
+            while(curSDigit && curSDigit->GetId() == absID){      
+              //Shift primary to separate primaries belonging different inputs
+              Int_t primaryoffset ;
+              if(fManager)
+                primaryoffset = fManager->GetMask(i) ; 
+              else
+                primaryoffset = 10000000*i ;
+              curSDigit->ShiftPrimary(primaryoffset) ;
+
+              //add energies
+              *digit += *curSDigit ;  
+              index[i]++ ;
+              if( dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i))->GetEntriesFast() > index[i] )
+                curSDigit = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>( dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i))->At(index[i]) ) ;      
+              else
+                curSDigit = 0 ;
+            }
+          }
+
+          //Find next signal module
+          nextSig = 200000 ;
+          for(Int_t i = 0 ; i < fInput ; i++){
+           sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
+           Int_t curNext = nextSig ;
+           if(sdigits->GetEntriesFast() > index[i] )
+             curNext = dynamic_cast<AliPHOSDigit *>( sdigits->At(index[i]) )->GetId() ;
+           if(curNext < nextSig) nextSig = curNext ;
+          }
+      
+        }
+      }
+    }
   }
+
+  delete sdigArray ; //We should not delete its contents 
   
+  Int_t relId[4];
 
-  // Now look throught (unsorted) list of SDigits and add corresponding digits  
-  AliPHOSDigit *curSDigit ;
-  AliPHOSDigit *digit ;
-    
-  Int_t inputs;
-  for(inputs = 0; inputs< fNinputs ; inputs++){  //loop over (possible) merge sources
-    
-    TClonesArray * sdigits= (TClonesArray *)fSDigits->At(inputs) ;
-    Int_t isdigit ;
-    Int_t nSDigits = sdigits->GetEntries() ;     
-    for(isdigit=0;isdigit< nSDigits; isdigit++){
-      curSDigit = (AliPHOSDigit *)sdigits->At(isdigit) ;
-      if(inputs)                                       //Shift primaries for non-background sdigits
-       curSDigit->ShiftPrimary(inputs) ;
-      digit = (AliPHOSDigit *)fDigits->At(curSDigit->GetId() - 1);
-      *digit = *digit + *curSDigit ;
-    }  
+  //set amplitudes in bad channels to zero
+
+  for(Int_t i = 0 ; i <digits->GetEntriesFast(); i++){
+    digit = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>( digits->At(i) ) ;
+    geom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(),relId);
+    if(relId[1] == 0) // Emc
+      if(fcdb->IsBadChannelEmc(relId[0],relId[3],relId[2])) digit->SetEnergy(0.); 
   }
 
+  //remove digits below thresholds
+  Float_t emcThreshold = AliPHOSSimParam::GetInstance()->GetEmcDigitsThreshold() ;
+  for(Int_t i = 0 ; i < nEMC ; i++){
+    digit = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>( digits->At(i) ) ;
 
+    if(digit->GetEnergy() < emcThreshold){
+      digits->RemoveAt(i) ;
+      continue ;
+    }
 
-  //remove digits below thresholds
-  for(absID = 0; absID < nEMC ; absID++)
-    if(fSDigitizer->Calibrate(((AliPHOSDigit*)fDigits->At(absID))->GetAmp()) < fEMCDigitThreshold)
-      fDigits->RemoveAt(absID) ;
-  for(absID = nEMC; absID < nCPV ; absID++)
-    if(fSDigitizer->Calibrate(((AliPHOSDigit*)fDigits->At(absID))->GetAmp()) < fCPVDigitThreshold)
-      fDigits->RemoveAt(absID) ;
-  for(absID = nCPV; absID < nPPSD ; absID++)
-    if(fSDigitizer->Calibrate(((AliPHOSDigit *)fDigits->At(absID))->GetAmp()) < fPPSDDigitThreshold)
-      fDigits->RemoveAt(absID) ;
-  
-  fDigits->Compress() ;  
-  
-  Int_t ndigits = fDigits->GetEntries() ;
-  fDigits->Expand(ndigits) ;
+    geom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(),relId);
 
+    digit->SetEnergy(TMath::Ceil(digit->GetEnergy())-0.9999) ;
+
+    Float_t tres = TimeResolution(digit->GetEnergy()) ; 
+    digit->SetTime(gRandom->Gaus(digit->GetTime(), tres) ) ;
+
+    fPulse->Reset();
+    fPulse->SetAmplitude(digit->GetEnergy()/
+                        fcdb->GetADCchannelEmc(relId[0],relId[3],relId[2]));
+    fPulse->SetTZero(digit->GetTimeR());
+    fPulse->MakeSamples();
+    fPulse->GetSamples(fADCValuesHG, fADCValuesLG) ; 
+    Int_t nSamples = fPulse->GetRawFormatTimeBins();
+    digit->SetALTROSamplesHG(nSamples,fADCValuesHG);
+    digit->SetALTROSamplesLG(nSamples,fADCValuesLG);
+  }
 
-  //Set indexes in list of digits
-  Int_t i ;
-  for (i = 0 ; i < ndigits ; i++) { 
-    AliPHOSDigit * digit = (AliPHOSDigit *) fDigits->At(i) ; 
+  Float_t cpvDigitThreshold = AliPHOSSimParam::GetInstance()->GetCpvDigitsThreshold() ;
+  for(Int_t i = nEMC; i < nCPV ; i++){
+    if( dynamic_cast<AliPHOSDigit*>(digits->At(i))->GetEnergy() < cpvDigitThreshold )
+      digits->RemoveAt(i) ;
+  } 
+    
+  digits->Compress() ;  
+  Int_t ndigits = digits->GetEntriesFast() ;
+  
+  //Set indexes in list of digits and make true digitization of the energy
+  for (Int_t i = 0 ; i < ndigits ; i++) { 
+    digit = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>( digits->At(i) ) ; 
     digit->SetIndexInList(i) ;     
+    if(digit->GetId() > fEmcCrystals){ //digitize CPV only
+      digit->SetAmp(DigitizeCPV(digit->GetEnergy(),digit->GetId()) ) ;
+    }
   }
+
 }
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSDigitizer::WriteDigits(){
-
-  //Made TreeD in the output file if necessary and writes digiths there.
+Float_t AliPHOSDigitizer::Calibrate(Float_t amp,Int_t absId){
+  //Apply calibration
+  const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
+
+  //Determine rel.position of the cell absolute ID
+  Int_t relId[4];
+  geom->AbsToRelNumbering(absId,relId);
+  Int_t module=relId[0];
+  Int_t row   =relId[2];
+  Int_t column=relId[3];
+  if(relId[1]==0){ //This Is EMC
+    Float_t calibration = fcdb->GetADCchannelEmc(module,column,row);
+    return amp*calibration ;
+  }
+  return 0 ;
+}
+//____________________________________________________________________________
+void AliPHOSDigitizer::Decalibrate(AliPHOSDigit *digit)
+{
+  // Decalibrate EMC digit, i.e. change its energy by a factor read from CDB
+
+  const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
+
+  //Determine rel.position of the cell absolute ID
+  Int_t relId[4];
+  geom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(),relId);
+  Int_t module=relId[0];
+  Int_t row   =relId[2];
+  Int_t column=relId[3];
+  if(relId[1]==0){ //This Is EMC
+    Float_t calibration = fcdb->GetADCchannelEmc(module,column,row);
+    Float_t energy = digit->GetEnergy()/calibration;
+    digit->SetEnergy(energy); //Now digit measures E in ADC counts
+    Float_t time = digit->GetTime() ;
+    time-=fcdb->GetTimeShiftEmc(module,column,row);
+    digit->SetTime(time) ;
+  }
+}
+//____________________________________________________________________________
+Float_t AliPHOSDigitizer::CalibrateT(Float_t time,Int_t absId){
+  //Apply time calibration
+  const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
+
+  //Determine rel.position of the cell absolute ID
+  Int_t relId[4];
+  geom->AbsToRelNumbering(absId,relId);
+  Int_t module=relId[0];
+  Int_t row   =relId[2];
+  Int_t column=relId[3];
+  time += fcdb->GetTimeShiftEmc(module,column,row);
+  return time ;
+}
+//____________________________________________________________________________
+Int_t AliPHOSDigitizer::DigitizeCPV(Float_t charge, Int_t absId)
+{
+  // Returns digitized value of the CPV charge in a pad absId
 
-  gAlice->GetEvent(fIevent->At(fOutFileNumber)) ;  // Suitable only for One-To-One mixing
-  gAlice->SetEvent(fIevent->At(fOutFileNumber)) ;  // for all-to-all will produce a lot of branches in TreeD
+  const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
 
-  if(gAlice->TreeD()==0)
-    gAlice->MakeTree("D") ;
+  //Determine rel.position of the cell absId
+  Int_t relId[4];
+  geom->AbsToRelNumbering(absId,relId);
+  Int_t module=relId[0];
+  Int_t row   =relId[2];
+  Int_t column=relId[3];
   
-  //Make branches in TreeD for digits and Digitizer
-  char branchname[20];
-  sprintf(branchname,"PHOS");  
-
-  Int_t bufferSize = 16000 ;
-  char * filename = 0;
-  if(!fDigitsFile.IsNull())
-    filename = (char*) fDigitsFile.Data() ; //ievent ;
-  else
-    if(gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")!=0){ //generating file name
-      filename = new char[30] ;
-      //       sprintf(filename,"PHOS.Digits%d.root",ievent) ;
-      sprintf(filename,"PHOS.Digits.root") ;
-    }
-    else
-      filename = 0 ;
+  Int_t channel = 0;
   
-  //Link digits  
-  gAlice->MakeBranchInTree(gAlice->TreeD(),branchname,&fDigits,bufferSize,filename);  
-  //Link Digitizer
-  AliPHOSDigitizer * d = this ;
-  Int_t splitlevel = 0 ;
-  sprintf(branchname,"AliPHOSDigitizer");   
-  gAlice->MakeBranchInTree(gAlice->TreeD(),branchname,"AliPHOSDigitizer",&d, bufferSize, splitlevel,filename); 
-
-  gAlice->TreeD()->Fill() ;
-   
-  gAlice->TreeD()->Write(0,kOverwrite) ;  
+  if(absId > fEmcCrystals){ //digitize CPV only
+
+    //reading calibration data for cell absId.
+    Float_t adcPedestalCpv = fcdb->GetADCpedestalCpv(module,column,row);
+    Float_t adcChanelCpv   = fcdb->GetADCchannelCpv( module,column,row);
+
+    channel = (Int_t) TMath::Ceil((charge - adcPedestalCpv)/adcChanelCpv) ;       
+    Int_t nMax = AliPHOSSimParam::GetInstance()->GetNADCcpv() ;
+    if(channel > nMax ) channel = nMax ;
+  }
+  return channel ;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSDigitizer::Exec(Option_t *option) { 
-  //manager
+void AliPHOSDigitizer::Exec(Option_t *option) 
+{ 
+  // Steering method to process digitization for events
+  // in the range from fFirstEvent to fLastEvent.
+  // This range is optionally set by SetEventRange().
+  // if fLastEvent=-1, then process events until the end.
+  // by default fLastEvent = fFirstEvent (process only one event)
+
+  if (!fInit) { // to prevent overwrite existing file
+    AliError(Form("Give a version name different from %s", 
+                 fEventFolderName.Data() )) ;
+    return ;
+  }   
 
-  if(!fInitialized)    Init(1) ;
-  
-  while(Combinator()){  
-    
-    if(!ReadSDigits()) //read sdigits event(s) evaluated by Combinator() from file(s)
-      return ;    
-    
-    Digitize(option) ; //Add prepared SDigits to digits and add the noise
-    WriteDigits() ;
+  if (strstr(option,"print")) {
+    Print();
+    return ; 
   }
+  
+ if(strstr(option,"tim"))
+     gBenchmark->Start("PHOSDigitizer");
+  
+  AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader(fEventFolderName) ;
+  AliPHOSLoader * phosLoader = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(rl->GetLoader("PHOSLoader"));
 
-//   //Close all opened files
-//   Int_t input ;
-//   for(input = 0; input < fNinputs ; input ++){
-//     TFile * file = (TFile*) gROOT->GetFile(((TObjString *) fHeaderFiles->At(input))->GetString() ) ;
-//     file->Close() ;
-//   }
-
+  // Post Digitizer to the white board
+  phosLoader->PostDigitizer(this) ;
   
-}
+  if (fLastEvent == -1) 
+    fLastEvent = rl->GetNumberOfEvents() - 1 ;
+  else if (fManager) 
+    fLastEvent = fFirstEvent ; 
+  Int_t nEvents   = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
+  
+  Int_t ievent ;
 
-//__________________________________________________________________
-Bool_t AliPHOSDigitizer::ReadSDigits(){
-// Reads summable digits from the opened files for the particular set of events given by fIevent
+  for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++) {
+    fEventCounter++ ; 
 
-  if(!fInitialized)    Init(1) ;
+    Digitize(ievent) ; //Add prepared SDigits to digits and add the noise
 
-  Int_t inputs ;
-  for(inputs = fNinputs-1; inputs >= 0; inputs --){
+    WriteDigits() ;
 
-    Int_t event = fIevent->At(inputs) ;
+    if(strstr(option,"deb"))
+      PrintDigits(option);
+    
+    //increment the total number of Digits per run 
+    fDigitsInRun += phosLoader->Digits()->GetEntriesFast() ;  
+ }
+  phosLoader->CleanDigitizer();
+
+  if(strstr(option,"tim")){
+    gBenchmark->Stop("PHOSDigitizer");
+    TString message ; 
+    message = "  took %f seconds for Digitizing %f seconds per event\n" ; 
+    AliInfo(Form( message.Data(), 
+        gBenchmark->GetCpuTime("PHOSDigitizer"), 
+        gBenchmark->GetCpuTime("PHOSDigitizer")/nEvents )); 
+  } 
+}
+//____________________________________________________________________________ 
+Float_t AliPHOSDigitizer::TimeResolution(Float_t e){
+  //calculate TOF resolution using beam-test resutls
+  Float_t a=AliPHOSSimParam::GetInstance()->GetTOFa() ;
+  Float_t b=AliPHOSSimParam::GetInstance()->GetTOFb() ;
+  return TMath::Sqrt(a*a+b*b/e) ;
+}
 
-    TFile * file = (TFile*) gROOT->GetFile(((TObjString *) fHeaderFiles->At(inputs))->GetString() ) ;
-    file->cd() ;
+////____________________________________________________________________________ 
+//Float_t AliPHOSDigitizer::FrontEdgeTime(TClonesArray * ticks) const
+//{
+//  // Returns the shortest time among all time ticks
+//
+//  ticks->Sort() ; //Sort in accordance with times of ticks
+//  TIter it(ticks) ;
+//  AliPHOSTick * ctick = (AliPHOSTick *) it.Next() ;
+//  Float_t time = ctick->CrossingTime(fTimeThreshold) ;    
+//
+//  AliPHOSTick * t ;  
+//  while((t=(AliPHOSTick*) it.Next())){
+//    if(t->GetTime() < time)  //This tick starts before crossing
+//      *ctick+=*t ;
+//    else
+//      return time ;
+//
+//    time = ctick->CrossingTime(fTimeThreshold) ;    
+//  }
+//  return time ;
+//}
 
-    // Get SDigits Tree header from file
-    char treeName[20]; 
-    sprintf(treeName,"TreeS%d",event);
-    TTree * treeS = (TTree*)file->Get(treeName);
-   
-    if(treeS==0){
-      cout << "Error at AliPHOSDigitizer: no "<<treeName << "   in file " << file->GetName() << endl ;
-      cout << "Do nothing " << endl ;
-      return kFALSE ;
-    }
+//____________________________________________________________________________ 
+Bool_t AliPHOSDigitizer::Init()
+{
+  // Makes all memory allocations
+  fInit = kTRUE ; 
 
-    TBranch * sdigitsBranch = 0;
-    TBranch * sdigitizerBranch = 0;
+  AliPHOSGeometry *geom;
+  if (!(geom = AliPHOSGeometry::GetInstance())) 
+        geom = AliPHOSGeometry::GetInstance("IHEP","");
+//   const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
 
-    TObjArray * branches = treeS->GetListOfBranches() ;
-    Int_t ibranch;
-    Bool_t phosNotFound = kTRUE ;
-    Bool_t sdigitizerNotFound = kTRUE ;
+  fEmcCrystals = geom->GetNModules() * geom->GetNCristalsInModule() ;
   
-    for(ibranch = 0;ibranch <branches->GetEntries();ibranch++){
+  fFirstEvent = 0 ; 
+  fLastEvent = fFirstEvent ; 
+  if (fManager) 
+    fInput = fManager->GetNinputs() ; 
+  else 
+    fInput           = 1 ;
+  
+  fInputFileNames  = new TString[fInput] ; 
+  fEventNames      = new TString[fInput] ; 
+  fInputFileNames[0] = GetTitle() ; 
+  fEventNames[0]     = fEventFolderName.Data() ; 
+  Int_t index ; 
+  for (index = 1 ; index < fInput ; index++) {
+    fInputFileNames[index] = dynamic_cast<AliStream*>(fManager->GetInputStream(index))->GetFileName(0); 
+    TString tempo = fManager->GetInputFolderName(index) ;
+    fEventNames[index] = tempo.Remove(tempo.Length()-1) ; // strip of the stream number added by fManager
+  }
 
-      if(phosNotFound){
-       sdigitsBranch=(TBranch *) branches->At(ibranch) ;
-       if( ((TObjString*)fSDigitsFiles->At(inputs))->GetString().CompareTo(sdigitsBranch->GetFileName())==0 ){
-         if( strcmp(sdigitsBranch->GetName(),"PHOS") == 0) {
-           phosNotFound = kFALSE ;
-         }
-       }
-      }
+  //to prevent cleaning of this object while GetEvent is called
+  AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader(fEventFolderName) ;
+  if(!rl){
+    rl = AliRunLoader::Open(GetTitle(), fEventFolderName) ; 
+  }
+  AliPHOSLoader * phosLoader = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(rl->GetLoader("PHOSLoader"));
+  phosLoader->GetDigitsDataLoader()->GetBaseTaskLoader()->SetDoNotReload(kTRUE);
 
-      if(sdigitizerNotFound){
-       sdigitizerBranch = (TBranch *) branches->At(ibranch) ;
-       if( ((TObjString*)fSDigitsFiles->At(inputs))->GetString().CompareTo(sdigitizerBranch->GetFileName()) == 0){
-         if( strcmp(sdigitizerBranch->GetName(),"AliPHOSSDigitizer") == 0) {
-           sdigitizerNotFound = kFALSE ;
-         }
-       }
-      }
-      
-    }
+  return fInit ; 
+}
 
-    if(sdigitizerNotFound || phosNotFound){
-      cout << "Can't find Branch with sdigits or SDigitizer in the file " ;
-      if( ((TObjString*)fSDigitsFiles->At(inputs))->GetString().IsNull() )
-       cout << file->GetName() << endl ;       
-      else
-       cout << ((TObjString*)fSDigitsFiles->At(inputs))->GetString().Data() << endl ;
-      cout << "Do nothing" <<endl  ;
-      return kFALSE ;
-    }
+//____________________________________________________________________________ 
+void AliPHOSDigitizer::InitParameters()
+{
+  // Set initial parameters Digitizer
 
+  fDigitsInRun  = 0 ; 
+  SetEventRange(0,-1) ;
+  fPulse = new AliPHOSPulseGenerator();
+  fADCValuesLG = new Int_t[fPulse->GetRawFormatTimeBins()];
+  fADCValuesHG = new Int_t[fPulse->GetRawFormatTimeBins()];
+    
+}
 
-    TClonesArray * sdigits = (TClonesArray*) fSDigits->At(inputs) ;  
-    sdigitsBranch->SetAddress(&sdigits) ;
+//__________________________________________________________________
+void AliPHOSDigitizer::Print(const Option_t *)const 
+{
+  // Print Digitizer's parameters
+  AliInfo(Form("\n------------------- %s -------------", GetName() )) ; 
+  if( strcmp(fEventFolderName.Data(), "") != 0 ){
+    printf(" Writing Digits to branch with title  %s\n", fEventFolderName.Data()) ;
     
-    AliPHOSSDigitizer *sDigitizer = new AliPHOSSDigitizer();
-    sdigitizerBranch->SetAddress(&sDigitizer) ;
-    treeS->GetEvent(0) ;
-
-    if(fSDigitizer == 0)
-      fSDigitizer = sDigitizer ;
-    else
-      if(!((*fSDigitizer)==(*sDigitizer)) ){
-       cout << "ERROR: you are using sdigits made with different SDigitizers" << endl ;
-       fSDigitizer->Print("") ;
-       sDigitizer->Print("") ;
-       cout << "Do Nothing " << endl ;
-       return kFALSE ;
-      }
+    Int_t nStreams ; 
+    if (fManager) 
+      nStreams =  GetNInputStreams() ;
+    else 
+      nStreams = fInput ; 
+    
+    Int_t index = 0 ;  
+    for (index = 0 ; index < nStreams ; index++) {  
+      TString tempo(fEventNames[index]) ; 
+      tempo += index ;
+      printf ("Adding SDigits from %s \n", fInputFileNames[index].Data()) ; 
+    }
     
+ //   printf("\nWith following parameters:\n") ;
+ //   printf("  Electronics noise in EMC (fPinNoise)    = %f GeV\n", fPinNoise ) ; 
+ //   printf("  Threshold  in EMC  (fEMCDigitThreshold) = %f GeV\n", fEMCDigitThreshold ) ;  
+ //   printf("  Noise in CPV (fCPVNoise)                = %f aux units\n", fCPVNoise ) ; 
+ //   printf("  Threshold in CPV (fCPVDigitThreshold)   = %f aux units\n",fCPVDigitThreshold ) ;  
+    printf(" ---------------------------------------------------\n") ;   
   }
+  else
+    AliInfo(Form("AliPHOSDigitizer not initialized" )) ;
   
-
-  return kTRUE ;
-
 }
-//__________________________________________________________________
-void AliPHOSDigitizer::MixWith(char* HeaderFile,Int_t isOutFile, char* SDigitsFile){
-//
-
-  if(!fInitialized)
-    if(isOutFile)
-      Init(0) ;     //Do not read gAlice from Background file
-    else
-      Init(1) ;     //read gAlice from background file
 
-  if(HeaderFile == 0){
-    cout << "Specify at least header file to merge"<< endl ;
-    return ;
-  }
-  
-  Int_t inputs ;
-  for(inputs = 0; inputs < fNinputs ; inputs++){
-    if(strcmp(((TObjString *)fHeaderFiles->At(inputs))->GetString(),HeaderFile) == 0 ){
-      if(SDigitsFile == 0){ 
-       if(((TObjString*)fSDigitsFiles->At(inputs))->GetString().CompareTo("")  == 0){
-         cout << "Entry already exists, do not add" << endl ;
-         return ;
-       }
-      }
-      else
-       if(((TObjString*)fSDigitsFiles->At(inputs))->GetString().CompareTo(SDigitsFile) == 0){
-       cout << "Entry already exists, do not add" << endl ;
-       return;
-      }
-    }  
-  }  
+//__________________________________________________________________
+ void AliPHOSDigitizer::PrintDigits(Option_t * option)
+{
+  // Print a table of digits
   
-  fHeaderFiles->Expand(fNinputs+1) ;
-  new((*fHeaderFiles)[fNinputs]) TObjString(HeaderFile) ;
 
+  AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader(fEventFolderName) ;
+  AliPHOSLoader * phosLoader = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(rl->GetLoader("PHOSLoader"));
+  TClonesArray * digits = phosLoader->Digits() ; 
+  const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
   
-  TFile * file ;
-  if(isOutFile)
-    file = new TFile(((TObjString *) fHeaderFiles->At(fNinputs))->GetString(),"update") ;  
-  else
-    file = new TFile(((TObjString *) fHeaderFiles->At(fNinputs))->GetString()) ;  
+  AliInfo(Form("%d", digits->GetEntriesFast())) ; 
+  printf("\nevent %d", gAlice->GetEvNumber()) ;
+  printf("\n       Number of entries in Digits list %d", digits->GetEntriesFast() )  ;  
 
-  file->cd() ;
-
-  fSDigitsFiles->Expand(fNinputs+1) ;
-  new((*fSDigitsFiles)[fNinputs]) TObjString(SDigitsFile) ;
-
-  fSDigits->Expand(fNinputs+1) ;
-  new((*fSDigits)[fNinputs]) TClonesArray("AliPHOSDigit",1000) ;
-
-  fIevent->Set(fNinputs+1) ;
-  fIevent->AddAt(-1, fNinputs) ;
-
-  fIeventMax->Set(fNinputs+1) ;  
-
-  if(isOutFile){
-    gAlice = (AliRun*) file->Get("gAlice") ;
-    fIeventMax->AddAt((Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries(), fNinputs );
-    fOutFileNumber = fNinputs ;
+  if(strstr(option,"all")||strstr(option,"EMC")){  
+    //loop over digits
+    AliPHOSDigit * digit;
+    printf("\nEMC digits (with primaries):\n")  ;
+    printf("\n   Id  Amplitude    Time          Index Nprim: Primaries list \n") ;    
+    Int_t maxEmc = geom->GetNModules()*geom->GetNCristalsInModule() ;
+    Int_t index ;
+    for (index = 0 ; (index < digits->GetEntriesFast()) && 
+          (dynamic_cast<AliPHOSDigit *>(digits->At(index))->GetId() <= maxEmc) ; index++) {
+      digit = (AliPHOSDigit * )  digits->At(index) ;
+      if(digit->GetNprimary() == 0) 
+       continue;
+//       printf("%6d  %8d    %6.5e %4d      %2d :",
+//           digit->GetId(), digit->GetAmp(), digit->GetTime(), digit->GetIndexInList(), digit->GetNprimary()) ;  // YVK
+      printf("%6d  %.4f    %6.5e %4d      %2d :",
+             digit->GetId(), digit->GetEnergy(), digit->GetTime(), digit->GetIndexInList(), digit->GetNprimary()) ;  
+      Int_t iprimary;
+      for (iprimary=0; iprimary<digit->GetNprimary(); iprimary++) {
+       printf("%d ",digit->GetPrimary(iprimary+1) ) ; 
+      }    
+      printf("\n") ;
+    }
   }
-  else{
-    TTree * te = (TTree *) file->Get("TE") ;
-    fIeventMax->AddAt((Int_t) te->GetEntries(), fNinputs );
+  
+  if(strstr(option,"all")||strstr(option,"CPV")){
+    
+    //loop over CPV digits
+    AliPHOSDigit * digit;
+    printf("\nCPV digits (with primaries):\n")  ;
+    printf("\n   Id  Amplitude    Time          Index Nprim: Primaries list \n") ;    
+    Int_t maxEmc = geom->GetNModules()*geom->GetNCristalsInModule() ;
+    Int_t index ;
+    for (index = 0 ; index < digits->GetEntriesFast(); index++) {
+      digit = (AliPHOSDigit * )  digits->At(index) ;
+      if(digit->GetId() > maxEmc){
+       printf("%6d  %8d    %4d      %2d :",
+               digit->GetId(), digit->GetAmp(), digit->GetIndexInList(), digit->GetNprimary()) ;  
+       Int_t iprimary;
+       for (iprimary=0; iprimary<digit->GetNprimary(); iprimary++) {
+         printf("%d ",digit->GetPrimary(iprimary+1) ) ; 
+       }    
+       printf("\n") ;
+      }
+    }
   }
 
-  fNinputs++ ;
+}
 
+//__________________________________________________________________
+Float_t AliPHOSDigitizer::TimeOfNoise(void) const
+{  // Calculates the time signal generated by noise
+  //PH  Info("TimeOfNoise", "Change me") ; 
+  return gRandom->Rndm() * 1.28E-5;
 }
+
 //__________________________________________________________________
-void AliPHOSDigitizer::Print(Option_t* option){
+void AliPHOSDigitizer::Unload() 
+{  
+  
+  Int_t i ; 
+  for(i = 1 ; i < fInput ; i++){
+    TString tempo(fEventNames[i]) ; 
+    tempo += i ;
+    AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader(tempo) ; 
+    AliPHOSLoader * phosLoader = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(rl->GetLoader("PHOSLoader"));
+    phosLoader->UnloadSDigits() ; 
+  }
+  
+  AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader(fEventFolderName) ;
+  AliPHOSLoader * phosLoader = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(rl->GetLoader("PHOSLoader"));
+  phosLoader->UnloadDigits() ; 
+}
 
-  if(!fInitialized)    Init(1) ;
+//____________________________________________________________________________
+void AliPHOSDigitizer::WriteDigits()
+{
 
-  cout << "------------------- "<< GetName() << " -------------" << endl ;
-  cout << "Digitizing sDigits from file(s): " <<endl ;
-  Int_t input ;
-  for(input = 0; input < fNinputs ; input++) {
-    cout << "          " << ((TObjString *) fHeaderFiles->At(input))->GetString() << 
-      "   Branch: " << ((TObjString *) fSDigitsFiles->At(input))->GetString() << endl ;
-  }
-  cout << endl ;
-  cout << "Writing digits to " << ((TObjString *) fHeaderFiles->At(fOutFileNumber))->GetString() << endl ;
-
-  cout << endl ;
-  cout << "With following parameters: " << endl ;
-  cout << "     Electronics noise in EMC (fPinNoise) = " << fPinNoise << endl ;
-  cout << "  Threshold  in EMC  (fEMCDigitThreshold) = " << fEMCDigitThreshold  << endl ; ;
-  cout << "                 Noise in CPV (fCPVNoise) = " << fCPVNoise << endl ; 
-  cout << "    Threshold in CPV (fCPVDigitThreshold) = " << fCPVDigitThreshold << endl ; 
-  cout << "               Noise in PPSD (fPPSDNoise) = " << fPPSDNoise << endl ;
-  cout << "  Threshold in PPSD (fPPSDDigitThreshold) = " << fPPSDDigitThreshold << endl ;
-  cout << "---------------------------------------------------" << endl ;
+  // Makes TreeD in the output file. 
+  // Check if branch already exists: 
+  //   if yes, exit without writing: ROOT TTree does not support overwriting/updating of 
+  //      already existing branches. 
+  //   else creates branch with Digits, named "PHOS", title "...",
+  //      and branch "AliPHOSDigitizer", with the same title to keep all the parameters
+  //      and names of files, from which digits are made.
+
+  AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader(fEventFolderName) ;
+  AliPHOSLoader * phosLoader = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(rl->GetLoader("PHOSLoader"));
  
+  const TClonesArray * digits = phosLoader->Digits() ; 
+  TTree * treeD = phosLoader->TreeD();
+  if(!treeD){
+    phosLoader->MakeTree("D");
+    treeD = phosLoader->TreeD();
+  }
+  
+  // -- create Digits branch
+  Int_t bufferSize = 32000 ;    
+  TBranch * digitsBranch = treeD->Branch("PHOS","TClonesArray",&digits,bufferSize);
+  digitsBranch->SetTitle(fEventFolderName);
+  digitsBranch->Fill() ;
+  
+  phosLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
+  phosLoader->WriteDigitizer("OVERWRITE");
 
+  Unload() ; 
 
 }