]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - PHOS/AliPHOSPIDv1.cxx
New PID based on bayesian, updated, more complete PID
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSPIDv1.cxx
index 8d95e39d3c904dc4e7715aef2d88db476b53a5f6..0b8d387a3a4b1f728601e82e84e203a6cf48bb30 100644 (file)
 
 //_________________________________________________________________________
 // Implementation version v1 of the PHOS particle identifier 
-// Identification is based on information from PPSD and EMC
+// Particle identification based on the 
+//     - RCPV: distance from CPV recpoint to EMCA recpoint.
+//     - TOF 
+//     - PCA: Principal Components Analysis..
+// The identified particle has an identification number corresponding 
+// to a 9 bits number:
+//     -Bit 0 to 2: bit set if RCPV > CpvEmcDistance (each bit corresponds
+//      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
+//     -Bit 3 to 5: bit set if TOF  < TimeGate (each bit corresponds
+//      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
+//     -Bit 6 to 9: bit set if Principal Components are 
+//      inside an ellipse defined by the parameters a, b, c, x0 and y0.
+//      (each bit corresponds to a different efficiency-purity point of the 
+//      photon identification)
+//      The PCA (Principal components analysis) needs a file that contains
+//      a previous analysis of the correlations between the particles. This 
+//      file is $ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root. Analysis done for 
+//      energies between 0.5 and 100 GeV.
+//      A calibrated energy is calculated. The energy of the reconstructed
+//      cluster is corrected with the formula A + B * E  + C * E^2, whose 
+//      parameters where obtained through the study of the reconstructed 
+//      energy distribution of monoenergetic photons. 
+//
+//      All the parameters (RCPV(2 rows-3 columns),TOF(1r-3c),PCA(5r-4c) 
+//      and calibration(1r-3c))are stored in a file called 
+//      $ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat. Each time that AliPHOSPIDv1 is 
+//      initialized, this parameters are copied to a Matrix (9,4), a 
+//      TMatrixD object.  
+//
+// use case:
+//  root [0] AliPHOSPIDv1 * p = new AliPHOSPIDv1("galice1.root")
+//  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
+//          // reading headers from file galice1.root and create  RecParticles 
+            // TrackSegments and RecPoints are used 
+//          // set file name for the branch RecParticles
+//  root [1] p->ExecuteTask("deb all time")
+//          // available options
+//          // "deb" - prints # of reconstructed particles
+//          // "deb all" -  prints # and list of RecParticles
+//          // "time" - prints benchmarking results
 //                  
-//*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Gines Martinez (SUBATECH)
+//  root [2] AliPHOSPIDv1 * p2 = new AliPHOSPIDv1("galice1.root","v1",kTRUE)
+//  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
+//                //Split mode.  
+//  root [3] p2->ExecuteTask()
+//
 
 
+//*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Gines Martinez (SUBATECH) & 
+//            Gustavo Conesa April 2002
+//            PCA redesigned by Gustavo Conesa October 2002:
+//            The way of using the PCA has changed. Instead of 2
+//            files with the PCA, each one with different energy ranges 
+//            of application, we use the wide one (0.5-100 GeV), and instead
+//            of fixing 3 ellipses for different ranges of energy, it has been
+//            studied the dependency of the ellipses parameters with the 
+//            energy, and they are implemented in the code as a funtion 
+//            of the energy. 
+//
+//
+//
 // --- ROOT system ---
+#include "TROOT.h"
+#include "TTree.h"
+#include "TFile.h"
+#include "TF2.h"
+#include "TFormula.h"
+#include "TCanvas.h"
+#include "TFolder.h"
+#include "TSystem.h"
+#include "TBenchmark.h"
+#include "TMatrixD.h"
+#include "TPrincipal.h"
+#include "TSystem.h"
 
 // --- Standard library ---
 
-#include <iostream.h>
 
 // --- AliRoot header files ---
 
+#include "AliGenerator.h"
+#include "AliPHOS.h"
 #include "AliPHOSPIDv1.h"
+#include "AliPHOSClusterizerv1.h"
+#include "AliPHOSEmcRecPoint.h"
 #include "AliPHOSTrackSegment.h"
+#include "AliPHOSTrackSegmentMakerv1.h"
 #include "AliPHOSRecParticle.h"
-#include "AliPHOSIndexToObject.h"
+#include "AliPHOSGeometry.h"
+#include "AliPHOSGetter.h"
 
 ClassImp( AliPHOSPIDv1) 
 
 //____________________________________________________________________________
-Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistanceInPHOSPlane(AliPHOSEmcRecPoint * emcclu,AliPHOSPpsdRecPoint * PpsdClu, Bool_t &toofar, Option_t *  Axis)
+AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1():AliPHOSPID()
+{ 
+  // default ctor
+  InitParameters() ; 
+  fDefaultInit = kTRUE ; 
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const AliPHOSPIDv1 & pid ):AliPHOSPID(pid)
+{ 
+  // ctor
+  InitParameters() ; 
+  Init() ;
+
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const TString alirunFileName, const TString eventFolderName):AliPHOSPID(alirunFileName, eventFolderName)
+{ 
+  //ctor with the indication on where to look for the track segments
+  InitParameters() ; 
+  Init() ;
+  fDefaultInit = kFALSE ; 
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+AliPHOSPIDv1::~AliPHOSPIDv1()
+{ 
+  // dtor
+
+  delete [] fX ;       // Principal input 
+  delete [] fPPhoton ; // Photon Principal components
+  delete [] fPPi0 ;    // Pi0 Principal components
+}
+//____________________________________________________________________________
+const TString AliPHOSPIDv1::BranchName() const 
+{  
+
+  return GetName() ;
+}
+//____________________________________________________________________________
+void AliPHOSPIDv1::Init()
 {
-  // Calculates the distance between the EMC RecPoint and the PPSD RecPoint
+  // Make all memory allocations that are not possible in default constructor
+  // Add the PID task to the list of PHOS tasks
+
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
+  if(!gime)
+    gime = AliPHOSGetter::Instance(GetTitle(), fEventFolderName.Data()) ; 
+
+  if ( !gime->PID() ) 
+    gime->PostPID(this) ;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliPHOSPIDv1::InitParameters()
+{
+  // Initialize PID parameters
+  fWrite                   = kTRUE ;
+  fRecParticlesInRun = 0 ; 
+  fNEvent            = 0 ;            
+  fRecParticlesInRun = 0 ;
+  fBayesian          = kTRUE ;
+  SetParameters() ; // fill the parameters matrix from parameters file
+  SetEventRange(0,-1) ;
+
+  // initialisation of response function parameters
+  // Tof
+  // Photons
+  fTphoton[0] = 0.218    ;
+  //fTphoton[0] = 1.    ;
+  fTphoton[1] = 1.55E-8  ; 
+  fTphoton[2] = 5.05E-10 ;
+  fTFphoton = new TFormula("ToF response to photons" , "gaus") ; 
+  fTFphoton->SetParameters( fTphoton[0], fTphoton[1], fTphoton[2]) ; 
+//   // Electrons
+//   fTelectron[0] = 0.2      ;
+//   fTelectron[1] = 1.55E-8  ; 
+//   fTelectron[2] = 5.35E-10 ;
+//   fTFelectron = new TFormula("ToF response to electrons" , "gaus") ; 
+//   fTFelectron->SetParameters( fTelectron[0], fTelectron[1], fTelectron[2]) ; 
+//   // Muons
+//   fTmuon[0] = 0.2     ;
+//   fTmuon[1] = 1.55E-8 ; 
+//   fTmuon[2] = 5.1E-10 ;
+//   fTFmuon = new TFormula("ToF response to muons" , "gaus") ; 
+//   fTFmuon->SetParameters( fTmuon[0], fTmuon[1], fTmuon[2]) ; 
+
+  // Pions
+  //Gaus (0 to max probability)
+  fTpiong[0] = 0.0971    ; 
+  //fTpiong[0] = 1.       ;
+  fTpiong[1] = 1.58E-8  ; 
+  fTpiong[2] = 5.69E-10 ;
+  fTFpiong = new TFormula("ToF response to pions" , "gaus") ; 
+  fTFpiong->SetParameters( fTpiong[0], fTpiong[1], fTpiong[2]) ; 
+  // Landau (max probability to inf) 
+//   fTpionl[0] = 0.05     ; 
+//   //fTpionl[0] = 5.53     ; 
+//   fTpionl[1] = 1.68E-8  ; 
+//   fTpionl[2] = 5.38E-10 ;
+//   fTFpionl = new TFormula("ToF response to pions" , "landau") ; 
+//   fTFpionl->SetParameters( fTpionl[0], fTpionl[1], fTpionl[2]) ; 
+
+
+  // Kaons
+  //Gaus (0 to max probability)
+  fTkaong[0] = 0.0542  ; 
+  //fTkaong[0] = 1.      ;
+  fTkaong[1] = 1.64E-8 ; 
+  fTkaong[2] = 6.07-10 ;
+  fTFkaong = new TFormula("ToF response to kaon" , "gaus") ; 
+  fTFkaong->SetParameters( fTkaong[0], fTkaong[1], fTkaong[2]) ; 
+  //Landau (max probability to inf) 
+  fTkaonl[0] = 0.264   ;
+  //fTkaonl[0] = 5.53     ;
+  fTkaonl[1] = 1.68E-8  ; 
+  fTkaonl[2] = 4.10E-10 ;
+  fTFkaonl = new TFormula("ToF response to kaon" , "landau") ; 
+  fTFkaonl->SetParameters( fTkaonl[0], fTkaonl[1], fTkaonl[2]) ; 
+
+  //Heavy Hadrons
+  //Gaus (0 to max probability)
+  fThhadrong[0] = 0.0302   ;  
+  //fThhadrong[0] = 1.       ; 
+  fThhadrong[1] = 1.73E-8  ; 
+  fThhadrong[2] = 9.52E-10 ;
+  fTFhhadrong = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "gaus") ; 
+  fTFhhadrong->SetParameters( fThhadrong[0], fThhadrong[1], fThhadrong[2]) ; 
+  //Landau (max probability to inf) 
+  fThhadronl[0] = 0.139    ;  
+  //fThhadronl[0] = 5.53      ;   
+  fThhadronl[1] = 1.745E-8  ; 
+  fThhadronl[2] = 1.00E-9  ;
+  fTFhhadronl = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "landau") ; 
+  fTFhhadronl->SetParameters( fThhadronl[0], fThhadronl[1], fThhadronl[2]) ; 
+
+/// /gaussian parametrization for pions
+//   fTpion[0] = 3.93E-2 ;  fTpion[1] = 0.130   ; fTpion[2] =-6.37E-2 ;//constant
+//   fTpion[3] = 1.65E-8 ;  fTpion[4] =-1.40E-9 ; fTpion[5] = 5.96E-10;//mean
+//   fTpion[6] = 8.09E-10;  fTpion[7] =-4.65E-10; fTpion[8] = 1.50E-10;//sigma
+
+// //landau parametrization for kaons
+//   fTkaon[0] = 0.107   ;  fTkaon[1] = 0.166   ; fTkaon[2] = 0.243   ;//constant
+//   fTkaon[3] = 1.80E-8 ;  fTkaon[4] =-2.96E-9 ; fTkaon[5] = 9.60E-10;//mean
+//   fTkaon[6] = 1.37E-9 ;  fTkaon[7] =-1.80E-9 ; fTkaon[8] = 6.74E-10;//sigma
+
+// //landau parametrization for nucleons
+//   fThhadron[0] = 6.33E-2 ;  fThhadron[1] = 2.52E-2 ; fThhadron[2] = 2.16E-2 ;//constant
+//   fThhadron[3] = 1.94E-8 ;  fThhadron[4] =-7.06E-10; fThhadron[5] =-4.69E-10;//mean
+//   fThhadron[6] = 2.55E-9 ;  fThhadron[7] =-1.90E-9 ; fThhadron[8] = 5.41E-10;//sigma
+
+
+  // Shower shape: dispersion gaussian parameters
+  // Photons
+
+  fDphoton[0] = 0.1    ;  fDphoton[1] = 0.      ; fDphoton[2] = 0.     ;//constant
+  //fDphoton[0] = 1.0    ;  fDphoton[1] = 0.      ; fDphoton[2] = 0.     ;//constant
+  fDphoton[3] = 1.55   ;  fDphoton[4] =-0.0863  ; fDphoton[5] = 0.287  ;//mean
+  fDphoton[6] = 0.0451 ;  fDphoton[7] =-0.0803  ; fDphoton[8] = 0.314  ;//sigma
+
+   fDpi0[0] = 0.0586  ;  fDpi0[1] = 1.06E-3 ; fDpi0[2] = 0.      ;//constant
+   //fDpi0[0] = 1.0     ;  fDpi0[1] = 0.0     ; fDpi0[2] = 0.      ;//constant
+  fDpi0[3] = 2.67    ;  fDpi0[4] =-2.00E-2 ; fDpi0[5] = 9.37E-5 ;//mean
+  fDpi0[6] = 0.153   ;  fDpi0[7] = 9.34E-4 ; fDpi0[8] =-1.49E-5 ;//sigma
+  //landau
+//   fDhadron[0] = 0.007  ;  fDhadron[1] = 0.      ; fDhadron[2] = 0.    ;//constant
+//   //fDhadron[0] = 5.53   ;  fDhadron[1] = 0.      ; fDhadron[2] = 0.    ;//constant
+//   fDhadron[3] = 3.38   ;  fDhadron[4] = 0.0833  ; fDhadron[5] =-0.845 ;//mean
+//   fDhadron[6] = 0.627  ;  fDhadron[7] = 0.012   ; fDhadron[8] =-0.170 ;//sigma
+
+  fDhadron[0] =-5.10E-3 ;  fDhadron[1] =-5.35E-3 ; fDhadron[2] = 3.77E-2 ;//constant
+  fDhadron[3] = 4.03    ;  fDhadron[4] = 0.292   ; fDhadron[5] =-1.50    ;//mean
+  fDhadron[6] = 0.958   ;  fDhadron[7] = 0.117   ; fDhadron[8] =-0.598   ;//sigma
+  // Muons
+  fDmuon[0] = 0.0631     ;
+  fDmuon[1] = 1.4 ; 
+  fDmuon[2] = 0.0557 ;
+  fDFmuon = new TFormula("Shower shape response to muons" , "landau") ; 
+  fDFmuon->SetParameters( fDmuon[0], fDmuon[1], fDmuon[2]) ; 
+
+  // CPV-EMC distance gaussian parameters
+
+  fCPVelectron[0] = 0.0     ;  fCPVelectron[1] = 0.0160 ; fCPVelectron[2] = 0.    ;//constant
+  //fCPVelectron[0] = 1.0     ;  fCPVelectron[1] = 0.     ; fCPVelectron[2] = 0.    ;//constant
+  fCPVelectron[3] = 0.0682  ;  fCPVelectron[4] =-1.32   ; fCPVelectron[5] = 6.67  ;//mean
+  fCPVelectron[6] = 0.276   ;  fCPVelectron[7] = 0.234  ; fCPVelectron[8] = 0.356 ;//sigma
+
+  //all charged landau
+ //  fCPVcharged[0] = 0.0     ;  fCPVcharged[1] = 0.0464  ; fCPVcharged[2] = 0.      ;//constant
+//   //fCPVcharged[0] = 5.53    ;  fCPVcharged[1] = 0.      ; fCPVcharged[2] = 0.      ;//constant
+//   fCPVcharged[3] = 0.297   ;  fCPVcharged[4] =-0.652   ; fCPVcharged[5] = 1.91    ;//mean
+//   fCPVcharged[6] = 0.0786  ;  fCPVcharged[7] =-0.237   ; fCPVcharged[8] = 0.752   ;//sigma
+
+// //charged hadrons landau
+//   fCPVchargedl[0] = 0.103   ;  fCPVchargedl[1] = 8.84E-3 ; fCPVchargedl[2] =-2.40E-2 ;//constant
+//   fCPVchargedl[3] = 2.86    ;  fCPVchargedl[4] =-0.214   ; fCPVchargedl[5] = 0.817   ;//mean
+//   fCPVchargedl[6] = 0.182   ;  fCPVchargedl[7] =-0.0693  ; fCPVchargedl[8] = 0.319   ;//sigma
+//   //charged hadrons gaus
+//   fCPVchargedg[0] = 0.0135  ;  fCPVchargedg[1] = 2.43E-5 ; fCPVchargedg[2] = 3.01E-3 ;//constant
+//   fCPVchargedg[3] = 2.37    ;  fCPVchargedg[4] =-0.181   ; fCPVchargedg[5] = 0.726   ;//mean
+//   fCPVchargedg[6] = 0.908   ;  fCPVchargedg[7] =-0.0558  ; fCPVchargedg[8] = 0.219   ;//sigma
+
+
+  //charged hadrons landau
+  fCPVcharged[0] = 6.06E-2 ;  fCPVcharged[1] = 3.80E-3 ; fCPVcharged[2] =-1.40E-2 ;//constant
+  fCPVcharged[3] = 1.15    ;  fCPVcharged[4] =-0.563   ; fCPVcharged[5] = 2.63    ;//mean
+  fCPVcharged[6] = 0.915   ;  fCPVcharged[7] =-0.0790  ; fCPVcharged[8] = 0.307   ;//sigma
+
+  for (Int_t i =0; i<  AliESDtrack::kSPECIESN ; i++)
+    fInitPID[i] = 1.;
+  
+}
+
+//________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::Exec(Option_t *option)
+{
+  // Steering method to perform particle reconstruction and identification
+  // for the event range from fFirstEvent to fLastEvent.
+  // This range is optionally set by SetEventRange().
+  // if fLastEvent=-1 (by default), then process events until the end.
+  
+  if(strstr(option,"tim"))
+    gBenchmark->Start("PHOSPID");
+  
+  if(strstr(option,"print")) {
+    Print() ; 
+    return ; 
+  }
+
+
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
  
-  Float_t r;
-  TVector3 vecEmc ;
-  TVector3 vecPpsd ;
+  if (fLastEvent == -1) 
+    fLastEvent = gime->MaxEvent() - 1 ;
+  else 
+    fLastEvent = TMath::Min(fLastEvent,gime->MaxEvent());
+  Int_t nEvents   = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
+
+  Int_t ievent ; 
+  for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++) {
+    gime->Event(ievent,"TR") ;
+    if(gime->TrackSegments() && //Skip events, where no track segments made
+       gime->TrackSegments()->GetEntriesFast()) {
+      MakeRecParticles() ;
+
+      if(fBayesian)
+       MakePID() ; 
+      
+      WriteRecParticles();
+      if(strstr(option,"deb"))
+       PrintRecParticles(option) ;
+      //increment the total number of rec particles per run 
+      fRecParticlesInRun += gime->RecParticles()->GetEntriesFast() ; 
+    }
+  }
+  if(strstr(option,"deb"))
+      PrintRecParticles(option);
+  if(strstr(option,"tim")){
+    gBenchmark->Stop("PHOSPID");
+    Info("Exec", "took %f seconds for PID %f seconds per event", 
+        gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID"),  
+        gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")/nEvents) ;
+  }
+  if(fWrite)
+    Unload();
+}
+
+//________________________________________________________________________
+Double_t  AliPHOSPIDv1::GausF(Double_t  x, Double_t  y, Double_t * par)
+{
+  Double_t cnt    = par[2] * (x*x) + par[1] * x + par[0] ;
+  Double_t mean   = par[4] / (x*x) + par[5] / x + par[3] ;
+  Double_t sigma  = par[7] / (x*x) + par[8] / x + par[6] ;
+  //cout<<"c "<< cnt << " mean "<<mean<<" sigma "<<sigma<<endl;
+  //  Double_t arg    = - (y-mean) * (y-mean) / (2*sigma*sigma) ;
+  //  return cnt * TMath::Exp(arg) ;
+  if(mean != 0. && sigma/mean > 1.e-4 ){
+    TF1 * f = new TF1("gaus","gaus",0,100);
+    f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
+    //cout<<"gaus value "<<f->Eval(y)<<endl ;
+    Double_t arg  = f->Eval(y) ;
+    return arg;
+  }
+  else
+    return 0.;
+
+}
+//________________________________________________________________________
+Double_t  AliPHOSPIDv1::GausPol2(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
+{
+  Double_t cnt    = par[0] + par[1] * x + par[2] * x * x ;
+  Double_t mean   = par[3] + par[4] * x + par[5] * x * x ;
+  Double_t sigma  = par[6] + par[7] * x + par[8] * x * x ;
+
+  if(mean != 0. && sigma/mean > 1.e-4 ){
+    TF1 * f = new TF1("gaus","gaus",0,100);
+    f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
+    Double_t arg  = f->Eval(y) ;
+    return arg;
+  }
+  else
+    return 0.;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+const TString AliPHOSPIDv1::GetFileNamePrincipal(TString particle) const
+{
+  //Get file name that contains the PCA for a particle ("photon or pi0")
+  particle.ToLower();
+  TString name;
+  if      (particle=="photon") name = fFileNamePrincipalPhoton ;
+  else if (particle=="pi0"   ) name = fFileNamePrincipalPi0    ;
+  else    Error("GetFileNamePrincipal","Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",particle.Data());
+  return name;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterCalibration(Int_t i) const 
+{
+  // Get the i-th parameter "Calibration"
+  Float_t param = 0.;
+  if (i>2 || i<0)
+    Error("GetParameterCalibration","Invalid parameter number: %d",i);
+  else
+    param = (*fParameters)(0,i);
+  return param;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCalibratedEnergy(Float_t e) const
+{
+//      It calibrates Energy depending on the recpoint energy.
+//      The energy of the reconstructed cluster is corrected with 
+//      the formula A + B* E  + C* E^2, whose parameters where obtained 
+//      through the study of the reconstructed energy distribution of 
+//      monoenergetic photons.
+  Float_t p[]={0.,0.,0.};
+  for (Int_t i=0; i<3; i++) p[i] = GetParameterCalibration(i);
+  Float_t enerec = p[0] +  p[1]*e + p[2]*e*e;
+  return enerec ;
+
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterCpv2Emc(Int_t i, TString axis) const 
+{
+  // Get the i-th parameter "CPV-EMC distance" for the specified axis
+  Float_t param = 0.;
+  if(i>2 || i<0)
+    Error("GetParameterCpv2Emc","Invalid parameter number: %d",i);
+  else {
+    axis.ToLower();
+    if      (axis == "x") param = (*fParameters)(1,i);
+    else if (axis == "z") param = (*fParameters)(2,i);
+    else Error("GetParameterCpv2Emc","Invalid axis name: %s",axis.Data());
+  }
+  return  param;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCpv2EmcDistanceCut(TString axis, Float_t e) const
+{
+  // Get CpvtoEmcDistance Cut depending on the cluster energy, axis and 
+  // Purity-Efficiency point 
+
+  axis.ToLower();
+  Float_t p[]={0.,0.,0.};
+  for (Int_t i=0; i<3; i++) p[i] = GetParameterCpv2Emc(i,axis);
+  Float_t sig = p[0] + TMath::Exp(p[1] - p[2]*e);
+  return sig;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetEllipseParameter(TString particle, TString param, Float_t e) const 
+{
+  // Calculates the parameter param of the ellipse
+
+  particle.ToLower();
+  param.   ToLower();
+  Float_t p[4]={0.,0.,0.,0.};
+  Float_t value = 0.0;
+  for (Int_t i=0; i<4; i++) p[i] = GetParameterToCalculateEllipse(particle,param,i);
+  if (particle == "photon") {
+    if      (param.Contains("a"))  e = TMath::Min((Double_t)e,70.);
+    else if (param.Contains("b"))  e = TMath::Min((Double_t)e,70.);
+    else if (param.Contains("x0")) e = TMath::Max((Double_t)e,1.1);
+  }
+
+ if (particle == "photon")
+    value = p[0]/TMath::Sqrt(e) + p[1]*e + p[2]*e*e + p[3];
+  else if (particle == "pi0")
+    value = p[0] + p[1]*e + p[2]*e*e;
+
+  return value;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterPhotonBoundary (Int_t i) const
+{ 
+  // Get the parameter "i" to calculate the boundary on the moment M2x
+  // for photons at high p_T
+  Float_t param = 0;
+  if (i>3 || i<0)
+    Error("GetParameterPhotonBoundary","Wrong parameter number: %d\n",i);
+  else
+    param = (*fParameters)(14,i) ;
+  return param;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterPi0Boundary (Int_t i) const
+{ 
+  // Get the parameter "i" to calculate the boundary on the moment M2x
+  // for pi0 at high p_T
+  Float_t param = 0;
+  if (i>2 || i<0)
+    Error("GetParameterPi0Boundary","Wrong parameter number: %d\n",i);
+  else
+    param = (*fParameters)(15,i) ;
+  return param;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterTimeGate(Int_t i) const
+{
+  // Get TimeGate parameter depending on Purity-Efficiency i:
+  // i=0 - Low purity, i=1 - Medium purity, i=2 - High purity
+  Float_t param = 0.;
+  if(i>2 || i<0)
+    Error("GetParameterTimeGate","Invalid Efficiency-Purity choice %d",i);
+  else
+    param = (*fParameters)(3,i) ; 
+  return param;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i) const
+{ 
+  // Get the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
+  // parameter "param" for the particle "particle" ("photon" or "pi0")
+
+  particle.ToLower();
+  param.   ToLower();
+  Int_t offset = -1;
+  if      (particle == "photon") offset=0;
+  else if (particle == "pi0")    offset=5;
+  else
+    Error("GetParameterToCalculateEllipse","Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",particle.Data());
+
+  Int_t p= -1;
+  Float_t par = 0;
+
+  if     (param.Contains("a")) p=4+offset; 
+  else if(param.Contains("b")) p=5+offset; 
+  else if(param.Contains("c")) p=6+offset; 
+  else if(param.Contains("x0"))p=7+offset; 
+  else if(param.Contains("y0"))p=8+offset;
+
+  if      (i>4 || i<0)
+    Error("GetParameterToCalculateEllipse", "No parameter with index", i) ; 
+  else if (p==-1)
+    Error("GetParameterToCalculateEllipse", "No parameter with name %s", param.Data() ) ; 
+  else
+    par = (*fParameters)(p,i) ;
   
-  emcclu->GetLocalPosition(vecEmc) ;
-  PpsdClu->GetLocalPosition(vecPpsd)  ; 
-  if(emcclu->GetPHOSMod() == PpsdClu->GetPHOSMod())
-    { 
+  return par;
+}
+
 
+//____________________________________________________________________________
+Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSCpvRecPoint * cpv, Option_t *  axis)const
+{
+  // Calculates the distance between the EMC RecPoint and the PPSD RecPoint
+  
+  const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ; 
+  TVector3 vecEmc ;
+  TVector3 vecCpv ;
+  if(cpv){
+    emc->GetLocalPosition(vecEmc) ;
+    cpv->GetLocalPosition(vecCpv) ; 
+    
+    if(emc->GetPHOSMod() == cpv->GetPHOSMod()){      
       // Correct to difference in CPV and EMC position due to different distance to center.
       // we assume, that particle moves from center
-      Float_t dCPV = fGeom->GetIPtoOuterCoverDistance();
-      Float_t dEMC = fGeom->GetIPtoCrystalSurface() ;
+      Float_t dCPV = geom->GetIPtoOuterCoverDistance();
+      Float_t dEMC = geom->GetIPtoCrystalSurface() ;
       dEMC         = dEMC / dCPV ;
-      vecPpsd = dEMC * vecPpsd  - vecEmc ; 
-      r = vecPpsd.Mag() ;
-      if (Axis == "X") r = vecPpsd.X();
-      if (Axis == "Y") r = vecPpsd.Y();
-      if (Axis == "Z") r = vecPpsd.Z();
-      if (Axis == "R") r = vecPpsd.Mag();
-      
-    } 
-  else 
-    {
-      toofar = kTRUE ;
+      vecCpv = dEMC * vecCpv  - vecEmc ; 
+      if (axis == "X") return vecCpv.X();
+      if (axis == "Y") return vecCpv.Y();
+      if (axis == "Z") return vecCpv.Z();
+      if (axis == "R") return vecCpv.Mag();
     }
-  return r ;
+    return 100000000 ;
+  }
+  return 100000000 ;
+}
+//____________________________________________________________________________
+Int_t  AliPHOSPIDv1::GetCPVBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSCpvRecPoint * cpv, Int_t effPur, Float_t e) const
+{
+  if(effPur>2 || effPur<0)
+    Error("GetCPVBit","Invalid Efficiency-Purity choice %d",effPur);
+  
+  Float_t sigX = GetCpv2EmcDistanceCut("X",e);
+  Float_t sigZ = GetCpv2EmcDistanceCut("Z",e);
+  
+  Float_t deltaX = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "X"));
+  Float_t deltaZ = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "Z"));
+  //Info("GetCPVBit"," xdist %f, sigx %f, zdist %f, sigz %f",deltaX, sigX, deltaZ,sigZ ) ;
+  if((deltaX>sigX*(effPur+1))&&(deltaZ>sigZ*(effPur+1)))
+    return 1;//Neutral
+  else
+    return 0;//Charged
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+Int_t  AliPHOSPIDv1::GetPrincipalBit(TString particle, const Double_t* p, Int_t effPur, Float_t e)const
+{
+  //Is the particle inside de PCA ellipse?
+  
+  particle.ToLower();
+  Int_t    prinbit  = 0 ;
+  Float_t a        = GetEllipseParameter(particle,"a" , e); 
+  Float_t b        = GetEllipseParameter(particle,"b" , e);
+  Float_t c        = GetEllipseParameter(particle,"c" , e);
+  Float_t x0 = GetEllipseParameter(particle,"x0", e); 
+  Float_t y0 = GetEllipseParameter(particle,"y0", e);
+  
+  Float_t r = TMath::Power((p[0] - x0)/a,2) + 
+              TMath::Power((p[1] - y0)/b,2) +
+            c*(p[0] -  x0)*(p[1] - y0)/(a*b) ;
+  //3 different ellipses defined
+  if((effPur==2) && (r<1./2.)) prinbit= 1;
+  if((effPur==1) && (r<2.   )) prinbit= 1;
+  if((effPur==0) && (r<9./2.)) prinbit= 1;
+
+  if(r<0)
+    Error("GetPrincipalBit", "Negative square?") ;
+
+  return prinbit;
+
+}
+//____________________________________________________________________________
+Int_t  AliPHOSPIDv1::GetHardPhotonBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const
+{
+  // Set bit for identified hard photons (E > 30 GeV)
+  // if the second moment M2x is below the boundary
+
+  Float_t e   = emc->GetEnergy();
+  if (e < 30.0) return 0;
+  Float_t m2x = emc->GetM2x();
+  Float_t m2xBoundary = GetParameterPhotonBoundary(0) *
+    TMath::Exp(-TMath::Power(e-GetParameterPhotonBoundary(1),2)/2.0/
+               TMath::Power(GetParameterPhotonBoundary(2),2)) +
+    GetParameterPhotonBoundary(3);
+  //Info("GetHardPhotonBit","E=%f, m2x=%f, boundary=%f",e,m2x,m2xBoundary);
+  if (m2x < m2xBoundary)
+    return 1;// A hard photon
+  else
+    return 0;// Not a hard photon
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+Int_t  AliPHOSPIDv1::GetHardPi0Bit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const
+{
+  // Set bit for identified hard pi0  (E > 30 GeV)
+  // if the second moment M2x is above the boundary
+
+  Float_t e   = emc->GetEnergy();
+  if (e < 30.0) return 0;
+  Float_t m2x = emc->GetM2x();
+  Float_t m2xBoundary = GetParameterPi0Boundary(0) +
+                    e * GetParameterPi0Boundary(1);
+  //Info("GetHardPi0Bit","E=%f, m2x=%f, boundary=%f",e,m2x,m2xBoundary);
+  if (m2x > m2xBoundary)
+    return 1;// A hard pi0
+  else
+    return 0;// Not a hard pi0
 }
 
+//____________________________________________________________________________
+TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSCpvRecPoint * )const 
+{ 
+  // Calculates the momentum direction:
+  //   1. if only a EMC RecPoint, direction is given by IP and this RecPoint
+  //   2. if a EMC RecPoint and CPV RecPoint, direction is given by the line through the 2 recpoints 
+  //  However because of the poor position resolution of PPSD the direction is always taken as if we were 
+  //  in case 1.
+
+  TVector3 dir(0,0,0) ; 
+  
+  TVector3 emcglobalpos ;
+  TMatrix  dummy ;
+  
+  emc->GetGlobalPosition(emcglobalpos, dummy) ;
+  
 
+  dir = emcglobalpos ;  
+  dir.SetMag(1.) ;
 
+  //account correction to the position of IP
+  Float_t xo,yo,zo ; //Coordinates of the origin
+  if(gAlice && gAlice->GetMCApp() && gAlice->Generator())
+    gAlice->Generator()->GetOrigin(xo,yo,zo) ;
+  else{
+    xo=yo=zo=0.;
+  }
+  TVector3 origin(xo,yo,zo);
+  dir = dir - origin ;
+
+  return dir ;  
+}
+
+//________________________________________________________________________
+Double_t  AliPHOSPIDv1::LandauF(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
+{
+  Double_t cnt    = par[2] * (x*x) + par[1] * x + par[0] ;
+  Double_t mean   = par[4] / (x*x) + par[5] / x + par[3] ;
+  Double_t sigma  = par[7] / (x*x) + par[8] / x + par[6] ;
+ //  Double_t mean   = par[3] + par[4] * x + par[5] * x * x ;
+//   Double_t sigma  = par[6] + par[7] * x + par[8] * x * x ;
+  
+  //Double_t arg    = -(y-mean)*(y-mean)/(2*sigma*sigma) ;
+  //return cnt * TMath::Exp(arg) ;
+  if(mean != 0. && sigma/mean > 1.e-4 ){
+    TF1 * f = new TF1("landau","landau",0.,100.);
+    f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
+    Double_t arg  = f->Eval(y) ;
+    return arg;
+  }
+  else
+    return 0.;
+
+}
+//________________________________________________________________________
+Double_t  AliPHOSPIDv1::LandauPol2(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
+{
+  Double_t cnt    = par[2] * (x*x) + par[1] * x + par[0] ;
+  Double_t mean   = par[4] * (x*x) + par[5] * x + par[3] ;
+  Double_t sigma  = par[7] * (x*x) + par[8] * x + par[6] ;
 
+  if(mean != 0. && sigma/mean > 1.e-4 ){
+    TF1 * f = new TF1("landau","landau",0.,100.);
+    f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
+    Double_t arg  = f->Eval(y) ;
+    return arg;
+  }
+  else
+    return 0.;
+}
+// //________________________________________________________________________
+// Double_t  AliPHOSPIDv1::ChargedHadronDistProb(Double_t  x, Double_t y, Double_t * parg, Double_t * parl)
+// {
+//   Double_t cnt   = 0.0 ;
+//   Double_t mean  = 0.0 ;
+//   Double_t sigma = 0.0 ;
+//   Double_t arg   = 0.0 ;
+//   if (y < parl[4] / (x*x) + parl[5] / x + parl[3]){
+//     cnt    = parg[1] / (x*x) + parg[2] / x + parg[0] ;
+//     mean   = parg[4] / (x*x) + parg[5] / x + parg[3] ;
+//     sigma  = parg[7] / (x*x) + parg[8] / x + parg[6] ;
+//     TF1 * f = new TF1("gaus","gaus",0.,100.);
+//     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
+//     arg  = f->Eval(y) ;
+//   }
+//   else{
+//     cnt    = parl[1] / (x*x) + parl[2] / x + parl[0] ;
+//     mean   = parl[4] / (x*x) + parl[5] / x + parl[3] ;
+//     sigma  = parl[7] / (x*x) + parl[8] / x + parl[6] ;
+//     TF1 * f = new TF1("landau","landau",0.,100.);
+//     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
+//     arg  = f->Eval(y) ;
+//   }
+//   //  Double_t mean   = par[3] + par[4] * x + par[5] * x * x ;
+//   //   Double_t sigma  = par[6] + par[7] * x + par[8] * x * x ;
+  
+//   //Double_t arg    = -(y-mean)*(y-mean)/(2*sigma*sigma) ;
+//   //return cnt * TMath::Exp(arg) ;
+  
+//   return arg;
+  
+// }
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::MakeParticles(AliPHOSTrackSegment::TrackSegmentsList * trsl, 
-                                 AliPHOSRecParticle::RecParticlesList * rpl)
+void  AliPHOSPIDv1::MakePID()
+{
+  // construct the PID weight from a Bayesian Method
+
+  Int_t index ;
+  const Int_t kSPECIES = AliESDtrack::kSPECIESN ;
+  Int_t nparticles = AliPHOSGetter::Instance()->RecParticles()->GetEntriesFast() ;
+
+//   const Int_t kMAXPARTICLES = 2000 ; 
+//   if (nparticles >= kMAXPARTICLES) 
+//     Error("MakePID", "Change size of MAXPARTICLES") ; 
+//   Double_t stof[kSPECIES][kMAXPARTICLES] ;
+
+
+  Double_t * stof[kSPECIES] ;
+  Double_t * sdp [kSPECIES]  ;
+  Double_t * scpv[kSPECIES] ;
+  
+  //Info("MakePID","Begin MakePID"); 
+  
+  for (Int_t i =0; i< kSPECIES; i++){
+    stof[i] = new Double_t[nparticles] ;
+    sdp [i] = new Double_t[nparticles] ;
+    scpv[i] = new Double_t[nparticles] ;
+  }
+  
+  // make the normalized distribution of pid for this event 
+  // w(pid) in the Bayesian formulation
+  for(index = 0 ; index < nparticles ; index ++) {
+    
+    AliPHOSRecParticle * recpar  = AliPHOSGetter::Instance()->RecParticle(index) ;  
+    AliPHOSEmcRecPoint * emc     = AliPHOSGetter::Instance()->EmcRecPoint(index) ;
+    AliPHOSCpvRecPoint * cpv     = AliPHOSGetter::Instance()->CpvRecPoint(index) ;
+    
+    Float_t en   = emc->GetEnergy(); 
+    
+    // Tof
+    Double_t time = recpar->ToF() ;
+    //cout<<">>>>>>>Energy "<<en<<"Time "<<time<<endl;
+    //Electrons initial population to be removed
+    fInitPID[AliESDtrack::kEleCon]   = 0. ;
+    
+    // now get the signals probability
+    // s(pid) in the Bayesian formulation
+    //     stof[AliESDtrack::kPhoton][index]   = fTFphoton     ->Eval(time) ; 
+    //     stof[AliESDtrack::kElectron][index] =  stof[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
+    //     if(time < fTpionl[1])
+    //       stof[AliESDtrack::kPion][index]     = fTFpiong      ->Eval(time) ; //gaus distribution
+    //     else
+    //       stof[AliESDtrack::kPion][index]     = fTFpionl      ->Eval(time) ; //landau distribution
+    //     if(time < fTkaonl[1])
+    //       stof[AliESDtrack::kKaon][index]     = fTFkaong      ->Eval(time) ; //gaus distribution
+    //     else 
+    //       stof[AliESDtrack::kKaon][index]     = fTFkaonl      ->Eval(time) ; //landau distribution
+    //     if(time < fThhadronl[1])
+    //       stof[AliESDtrack::kProton][index]   = fTFhhadrong   ->Eval(time) ; //gaus distribution
+    //     else
+    //       stof[AliESDtrack::kProton][index]   = fTFhhadronl   ->Eval(time) ; //landau distribution
+    
+    //     stof[AliESDtrack::kNeutron][index]  = stof[AliESDtrack::kProton][index] ;
+    //     stof[AliESDtrack::kEleCon][index]   = stof[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
+    //     // a conversion electron has the photon ToF
+    //     stof[AliESDtrack::kKaon0][index]    = stof[AliESDtrack::kKaon][index] ;
+    //     stof[AliESDtrack::kMuon][index]     = stof[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
+    if(en < 2.) {
+      //       cout<<"TOF: pi "<< GausPol2(en, time, fTpion)<<endl;
+      //       cout<<"TOF: k  "<< LandauPol2(en, time, fTkaon)<<endl;
+      //       cout<<"TOF: N  "<< LandauPol2(en, time, fThhadron)<<endl;
+      stof[AliESDtrack::kPhoton][index]   = fTFphoton     ->Eval(time) ; 
+      stof[AliESDtrack::kElectron][index] =  stof[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
+//       stof[AliESDtrack::kPion][index]     = GausPol2(en, time, fTpion) ; //gaus distribution
+//       stof[AliESDtrack::kKaon][index]     = LandauPol2(en, time, fTkaon) ; //gaus distribution
+//       stof[AliESDtrack::kProton][index]   = LandauPol2(en, time, fThhadron); //gaus distribution
+      stof[AliESDtrack::kPion][index]     = fTFpiong      ->Eval(time) ; //landau distribution
+      if(time < fTkaonl[1])
+       stof[AliESDtrack::kKaon][index]     = fTFkaong      ->Eval(time) ; //gaus distribution
+      else 
+       stof[AliESDtrack::kKaon][index]     = fTFkaonl      ->Eval(time) ; //landau distribution
+      if(time < fThhadronl[1])
+       stof[AliESDtrack::kProton][index]   = fTFhhadrong   ->Eval(time) ; //gaus distribution
+      else
+       stof[AliESDtrack::kProton][index]   = fTFhhadronl   ->Eval(time) ; //landau distribution
+
+      stof[AliESDtrack::kNeutron][index]  = stof[AliESDtrack::kProton][index] ;
+      stof[AliESDtrack::kEleCon][index]   = stof[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
+      // a conversion electron has the photon ToF
+      stof[AliESDtrack::kKaon0][index]    = stof[AliESDtrack::kKaon][index] ;
+      stof[AliESDtrack::kMuon][index]     = stof[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
+    } 
+    else {
+      stof[AliESDtrack::kPhoton][index]   = 1.; 
+      stof[AliESDtrack::kElectron][index] = 1.;
+      stof[AliESDtrack::kPion][index]     = 1.; 
+      stof[AliESDtrack::kKaon][index]     = 1.; 
+      stof[AliESDtrack::kProton][index]   = 1.;
+      stof[AliESDtrack::kNeutron][index]  = 1.;
+      stof[AliESDtrack::kEleCon][index]   = 1.;
+      stof[AliESDtrack::kKaon0][index]    = 1.;
+      stof[AliESDtrack::kMuon][index]     = 1.; 
+    }
+    //    Info("MakePID", "TOF passed");
+    
+    // Shower shape: Dispersion
+    Float_t dispersion = emc->GetDispersion();
+    //dispersion is not well defined if the cluster is only in few crystals
+    
+    //     Info("MakePID","multiplicity %d, dispersion %f", emc->GetMultiplicity(), 
+    //          dispersion);
+    //     Info("MakePID","ss: photon %f, hadron %f ", GausF   (en , dispersion, fDphoton), 
+    //       LandauF(en , dispersion, fDhadron ) );
+    if(emc->GetMultiplicity() > 4){ 
+      sdp[AliESDtrack::kPhoton][index]   = GausF   (en , dispersion, fDphoton) ;
+      sdp[AliESDtrack::kElectron][index] = sdp[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
+      sdp[AliESDtrack::kPion][index]     = LandauF(en , dispersion, fDhadron ) ; 
+      sdp[AliESDtrack::kKaon][index]     = sdp[AliESDtrack::kPion][index]  ; 
+      sdp[AliESDtrack::kProton][index]   = sdp[AliESDtrack::kPion][index]  ;
+      sdp[AliESDtrack::kNeutron][index]  = sdp[AliESDtrack::kPion][index]  ;
+      sdp[AliESDtrack::kEleCon][index]   = sdp[AliESDtrack::kPhoton][index]; 
+      sdp[AliESDtrack::kKaon0][index]    = sdp[AliESDtrack::kPion][index]  ; 
+      sdp[AliESDtrack::kMuon][index]     = fDFmuon ->Eval(dispersion) ; //landau distribution
+    }
+    else{
+      sdp[AliESDtrack::kPhoton][index]   = 1. ;
+      sdp[AliESDtrack::kElectron][index] = 1. ;
+      sdp[AliESDtrack::kPion][index]     = 1. ; 
+      sdp[AliESDtrack::kKaon][index]     = 1. ; 
+      sdp[AliESDtrack::kProton][index]   = 1. ;
+      sdp[AliESDtrack::kNeutron][index]  = 1. ; 
+      sdp[AliESDtrack::kEleCon][index]   = 1. ; 
+      sdp[AliESDtrack::kKaon0][index]    = 1. ; 
+      sdp[AliESDtrack::kMuon][index]     = 1. ; 
+    }
+    
+    
+    // CPV-EMC  Distance
+    Float_t distance = GetDistance(emc, cpv,  "R") ;
+    //    Info("MakePID", "Distance %f", distance);
+    Float_t pcpv = 0 ;
+    Float_t pcpvneutral  = 0. ;
+    Float_t pcpvelectron = GausF  (en , distance, fCPVelectron) ;
+    Float_t pcpvcharged  = LandauF(en , distance, fCPVcharged) ;
+    //Float_t pcpvcharged  = ChargedHadronDistProb(en , distance, fCPVchargedg, fCPVchargedl) ;
+    //    Info("MakePID", "CPV: electron %f, hadron %f", pcpvelectron, pcpvcharged);
+    if(pcpvelectron >= pcpvcharged)  
+      pcpv = pcpvelectron ;
+    else
+      pcpv = pcpvcharged ;
+    
+    if(pcpv < 1e-4)
+      {
+       pcpvneutral  = 1. ;
+       pcpvcharged  = 0. ;
+       pcpvelectron = 0. ;
+      }
+    
+    scpv[AliESDtrack::kPion][index]     =  pcpvcharged  ; 
+    scpv[AliESDtrack::kKaon][index]     =  pcpvcharged  ; 
+    scpv[AliESDtrack::kProton][index]   =  pcpvcharged  ;
+    scpv[AliESDtrack::kPhoton][index]   =  pcpvneutral  ;
+    scpv[AliESDtrack::kElectron][index] =  pcpvelectron ;
+    scpv[AliESDtrack::kNeutron][index]  =  pcpvneutral  ; 
+    scpv[AliESDtrack::kEleCon][index]   =  pcpvelectron ; 
+    scpv[AliESDtrack::kKaon0][index]    =  pcpvneutral  ; 
+    scpv[AliESDtrack::kMuon][index]     =  pcpvelectron ; 
+    
+    //   Info("MakePID", "CPV passed");
+    
+    if(en > 30.){
+      // pi0 are detected via decay photon
+      stof[AliESDtrack::kPi0][index]  = fTFphoton  ->Eval(time) ;
+      scpv[AliESDtrack::kPi0][index]  = pcpvneutral  ;
+      if(emc->GetMultiplicity() > 4)
+       sdp [AliESDtrack::kPi0][index]  = GausPol2(en , dispersion, fDpi0) ;
+      else
+       sdp [AliESDtrack::kPi0][index]  = 1. ;
+    }
+    else{
+      stof[AliESDtrack::kPi0][index]      = 0. ;  
+      scpv[AliESDtrack::kPi0][index]      = 0. ;
+      sdp [AliESDtrack::kPi0][index]      = 0. ;
+      fInitPID[AliESDtrack::kPi0]         = 0. ;
+    }
+    
+    if(en > 0.5){
+      //Muons deposit few energy
+      scpv[AliESDtrack::kMuon][index]     =  0;
+      stof[AliESDtrack::kMuon][index]     =  0;
+      sdp [AliESDtrack::kMuon][index]     =  0;
+    }
+//     cout<<"MakePID: energy "<<en<<", tof "<<time<<", distance "<<distance<<", dispersion "<<dispersion<<endl ;
+//     cout<<"Photon   , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kPhoton]<<" tof "<<stof[AliESDtrack::kPhoton][index]
+//             <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kPhoton][index]<<", ss "<<sdp[AliESDtrack::kPhoton][index]<<endl;
+//     cout<<"EleCon   , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kEleCon]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kEleCon][index]
+//             <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kEleCon][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kEleCon][index]<<endl;
+//     cout<<"Electron , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kElectron]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kElectron][index]
+//             <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kElectron][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kElectron][index]<<endl;
+//     cout<<"Muon     , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kMuon]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kMuon][index]
+//             <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kMuon][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kMuon][index]<<endl;
+//     cout<<"Pi0      , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kPi0]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kPi0][index]
+//             <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kPi0][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kPi0][index]<<endl;
+//     cout<<"Pion     , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kPion]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kPion][index]
+//             <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kPion][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kPion][index]<<endl;
+//     cout<<"Kaon0    , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kKaon0]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kKaon0][index]
+//             <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kKaon0][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kKaon0][index]<<endl;
+//     cout<<"Kaon     , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kKaon]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kKaon][index]
+//             <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kKaon][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kKaon][index]<<endl;
+//     cout<<"Neutron  , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kNeutron]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kNeutron][index]
+//             <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kNeutron][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kNeutron][index]<<endl;
+//     cout<<"Proton   , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kProton]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kProton][index]
+//             <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kProton][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kProton][index]<<endl;
+  }
+  
+  //for (index = 0 ; index < kSPECIES ; index++) 
+  // pid[index] /= nparticles ; 
+  
+  //  Info("MakePID", "Total Probability calculation");
+  
+  for(index = 0 ; index < nparticles ; index ++) {
+    // calculates the Bayesian weight
+    Int_t jndex ;
+    Double_t wn = 0.0 ; 
+    for (jndex = 0 ; jndex < kSPECIES ; jndex++) 
+      //wn += stof[jndex][index] * pid[jndex] ;
+      wn += stof[jndex][index] * sdp[jndex][index]  * scpv[jndex][index] * fInitPID[jndex] ;
+    //cout<<"*************wn "<<wn<<endl;
+    AliPHOSRecParticle * recpar = AliPHOSGetter::Instance()->RecParticle(index) ;  
+    if (TMath::Abs(wn)>0)
+      for (jndex = 0 ; jndex < kSPECIES ; jndex++) {
+       //cout<<"jndex "<<jndex<<" wn "<<wn<<" SetPID * wn"
+       //<<stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * pid[jndex]  << endl;
+       //cout<<" tof "<<stof[jndex][index] << " disp " <<sdp[jndex][index] << " pid "<< fInitPID[jndex] << endl;
+//     cout<<"Particle "<<jndex<<"  final prob * wn   "
+//         <<stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * scpv[jndex][index] * fInitPID[jndex] <<"  wn  "<< wn<<endl;
+       recpar->SetPID(jndex, stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * 
+                      scpv[jndex][index] * fInitPID[jndex] / wn) ; 
+//     cout<<"final prob "<<stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * scpv[jndex][index] * fInitPID[jndex] / wn<<endl;
+       //recpar->SetPID(jndex, stof[jndex][index] * fInitPID[jndex] / wn) ; 
+       //cout<<"After SetPID"<<endl;
+       //recpar->Print();
+      }
+  }
+  //  Info("MakePID", "Delete");
+  
+  //   for (Int_t i =0; i< kSPECIES; i++){
+  //     delete [] stof[i];
+  //     cout<<i<<endl;
+  //     delete [] sdp[i];
+  //     cout<<i<<endl;
+  //     delete [] scpv[i];
+  //     cout<<i<<endl;
+  //   }
+  
+  //  Info("MakePID","End MakePID"); 
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles()
 {
   // Makes a RecParticle out of a TrackSegment
+  
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
+  TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints() ; 
+  TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints() ; 
+  TClonesArray * trackSegments = gime->TrackSegments() ; 
+  if ( !emcRecPoints || !cpvRecPoints || !trackSegments ) {
+    Fatal("MakeRecParticles", "RecPoints or TrackSegments not found !") ;  
+  }
+  TClonesArray * recParticles  = gime->RecParticles() ; 
+  recParticles->Clear();
 
-  TIter next(trsl) ; 
-  AliPHOSTrackSegment * tracksegment ; 
+  TIter next(trackSegments) ; 
+  AliPHOSTrackSegment * ts ; 
   Int_t index = 0 ; 
   AliPHOSRecParticle * rp ; 
-  Bool_t tDistance;
-  Int_t type ; 
-  Int_t showerprofile;  // 0 narrow and 1 wide
-  Int_t cpvdetector;  // 1 hit and 0 no hit
-  Int_t pcdetector;  // 1 hit and 0 no hit
-
-  while ( (tracksegment = (AliPHOSTrackSegment *)next()) ) {
-    new( (*rpl)[index] ) AliPHOSRecParticle(tracksegment) ;
-    rp = (AliPHOSRecParticle *)rpl->At(index) ; 
-    AliPHOSEmcRecPoint * recp = tracksegment->GetEmcRecPoint() ;
-    AliPHOSPpsdRecPoint * rpcpv = tracksegment->GetPpsdUpRecPoint() ;
-    AliPHOSPpsdRecPoint * rppc  = tracksegment->GetPpsdLowRecPoint() ;
-//     Float_t * lambda = new Float_t[2]; 
-//     recp->GetElipsAxis(lambda) ; 
-
-//     // Looking at the lateral development of the shower
-//     if ( ( lambda[0] > fLambda1m && lambda[0] < fLambda1M ) && // shower profile cut
-//      ( lambda[1] > fLambda2m && lambda[1] < fLambda2M ) )         
-//       //    Float_t R ;
-//       //R=(lambda[0]-1.386)*(lambda[0]-1.386)+1.707*1.707*(lambda[1]-1.008)*(lambda[1]-1.008) ;
-//       //if(R<0.35*0.35)
-
-    Float_t Dispersion;
-    Dispersion = recp->GetDispersion();
-    if (Dispersion < fCutOnDispersion)
-      showerprofile = 0 ;   // NARROW PROFILE   
-    else      
-      showerprofile = 1 ;// WIDE PROFILE
-  
-    // Looking at the photon conversion detector
-    if( tracksegment->GetPpsdLowRecPoint() == 0 )   
-      pcdetector = 0 ;  // No hit
-    else      
-      if (GetDistanceInPHOSPlane(recp, rppc, tDistance, "R")< fCutOnRelativeDistance)  pcdetector = 1 ;  // hit
-  
-    // Looking at the photon conversion detector
-    if( tracksegment->GetPpsdUpRecPoint() == 0 )
-      cpvdetector = 0 ;  // No hit
-    else  
-      if (GetDistanceInPHOSPlane(recp, rpcpv, tDistance, "R")< fCutOnRelativeDistance) cpvdetector = 1 ;  // Hit
-     
-    type = showerprofile + 2 * pcdetector + 4 * cpvdetector ;
-    rp->SetType(type) ; 
+  while ( (ts = (AliPHOSTrackSegment *)next()) ) {
+    
+    new( (*recParticles)[index] ) AliPHOSRecParticle() ;
+    rp = (AliPHOSRecParticle *)recParticles->At(index) ; 
+    rp->SetTrackSegment(index) ;
+    rp->SetIndexInList(index) ;
+       
+    AliPHOSEmcRecPoint * emc = 0 ;
+    if(ts->GetEmcIndex()>=0)
+      emc = (AliPHOSEmcRecPoint *) emcRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()) ;
+    
+    AliPHOSCpvRecPoint * cpv = 0 ;
+    if(ts->GetCpvIndex()>=0)
+      cpv = (AliPHOSCpvRecPoint *) cpvRecPoints->At(ts->GetCpvIndex()) ;
+    
+    Int_t track = 0 ; 
+    track = ts->GetTrackIndex() ; 
+      
+    // Now set type (reconstructed) of the particle
+
+    // Choose the cluster energy range
+    
+    if (!emc) {
+      Fatal("MakeRecParticles", "-> emc(%d) = %d", ts->GetEmcIndex(), emc ) ;
+    }
+
+    Float_t e = emc->GetEnergy() ;   
+    
+    Float_t  lambda[2] ;
+    emc->GetElipsAxis(lambda) ;
+    
+    if((lambda[0]>0.01) && (lambda[1]>0.01)){
+      // Looking PCA. Define and calculate the data (X),
+      // introduce in the function X2P that gives the components (P).  
+
+      Float_t  Spher = 0. ;
+      Float_t  Emaxdtotal = 0. ; 
+      
+      if((lambda[0]+lambda[1])!=0) 
+       Spher=fabs(lambda[0]-lambda[1])/(lambda[0]+lambda[1]); 
+      
+      Emaxdtotal=emc->GetMaximalEnergy()/emc->GetEnergy(); 
+      
+      fX[0] = lambda[0] ;  
+      fX[1] = lambda[1] ; 
+      fX[2] = emc->GetDispersion() ; 
+      fX[3] = Spher ; 
+      fX[4] = emc->GetMultiplicity() ;  
+      fX[5] = Emaxdtotal ;  
+      fX[6] = emc->GetCoreEnergy() ;  
+      
+      fPrincipalPhoton->X2P(fX,fPPhoton);
+      fPrincipalPi0   ->X2P(fX,fPPi0);
+
+    }
+    else{
+      fPPhoton[0]=-100.0;  //We do not accept clusters with 
+      fPPhoton[1]=-100.0;  //one cell as a photon-like
+      fPPi0[0]   =-100.0;
+      fPPi0[1]   =-100.0;
+    }
+    
+    Float_t time = emc->GetTime() ;
+    rp->SetTof(time) ; 
+    
+    // Loop of Efficiency-Purity (the 3 points of purity or efficiency 
+    // are taken into account to set the particle identification)
+    for(Int_t effPur = 0; effPur < 3 ; effPur++){
+      
+      // Looking at the CPV detector. If RCPV greater than CpvEmcDistance, 
+      // 1st,2nd or 3rd bit (depending on the efficiency-purity point )
+      // is set to 1
+      if(GetCPVBit(emc, cpv, effPur,e) == 1 ){  
+       rp->SetPIDBit(effPur) ;
+       //cout<<"CPV bit "<<effPur<<endl;
+      }
+      // Looking the TOF. If TOF smaller than gate,  4th, 5th or 6th 
+      // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1             
+      if(time< (*fParameters)(3,effPur)) 
+       rp->SetPIDBit(effPur+3) ;                   
+  
+      //Photon PCA
+      //If we are inside the ellipse, 7th, 8th or 9th 
+      // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
+      if(GetPrincipalBit("photon",fPPhoton,effPur,e) == 1) 
+       rp->SetPIDBit(effPur+6) ;
+
+      //Pi0 PCA
+      //If we are inside the ellipse, 10th, 11th or 12th 
+      // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
+      if(GetPrincipalBit("pi0"   ,fPPi0   ,effPur,e) == 1) 
+       rp->SetPIDBit(effPur+9) ;
+    }
+    if(GetHardPhotonBit(emc))
+      rp->SetPIDBit(12) ;
+    if(GetHardPi0Bit   (emc))
+      rp->SetPIDBit(13) ;
+    
+    if(track >= 0) 
+      rp->SetPIDBit(14) ; 
+
+    //Set momentum, energy and other parameters 
+    Float_t  encal = GetCalibratedEnergy(e);
+    TVector3 dir   = GetMomentumDirection(emc,cpv) ; 
+    dir.SetMag(encal) ;
+    rp->SetMomentum(dir.X(),dir.Y(),dir.Z(),encal) ;
+    rp->SetCalcMass(0);
+    rp->Name(); //If photon sets the particle pdg name to gamma
+    rp->SetProductionVertex(0,0,0,0);
+    rp->SetFirstMother(-1);
+    rp->SetLastMother(-1);
+    rp->SetFirstDaughter(-1);
+    rp->SetLastDaughter(-1);
+    rp->SetPolarisation(0,0,0);
+    //Set the position in global coordinate system from the RecPoint
+    AliPHOSGeometry * geom = gime->PHOSGeometry() ; 
+    AliPHOSTrackSegment * ts  = gime->TrackSegment(rp->GetPHOSTSIndex()) ; 
+    AliPHOSEmcRecPoint  * erp = gime->EmcRecPoint(ts->GetEmcIndex()) ; 
+    TVector3 pos ; 
+    geom->GetGlobal(erp, pos) ; 
+    rp->SetPos(pos);
     index++ ; 
   }
+}
+  
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::Print() const
+{
+  // Print the parameters used for the particle type identification
+
+    Info("Print", "=============== AliPHOSPIDv1 ================") ;
+    printf("Making PID\n") ;
+    printf("    Pricipal analysis file from 0.5 to 100 %s\n", fFileNamePrincipalPhoton.Data() )   ; 
+    printf("    Name of parameters file     %s\n", fFileNameParameters.Data() )  ;
+    printf("    Matrix of Parameters: 14x4\n") ;
+    printf("        Energy Calibration  1x3 [3 parametres to calibrate energy: A + B* E + C * E^2]\n") ;
+    printf("        RCPV 2x3 rows x and z, columns function cut parameters\n") ;
+    printf("        TOF  1x3 [High Eff-Low Pur,Medium Eff-Pur, Low Eff-High Pur]\n") ;
+    printf("        PCA  5x4 [5 ellipse parametres and 4 parametres to calculate them: A/Sqrt(E) + B* E + C * E^2 + D]\n") ;
+    Printf("    Pi0 PCA  5x3 [5 ellipse parametres and 3 parametres to calculate them: A + B* E + C * E^2]\n") ;
+    fParameters->Print() ;
+}
+
+
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliPHOSPIDv1::PrintRecParticles(Option_t * option)
+{
+  // Print table of reconstructed particles
+
+  AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
+
+  TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles() ; 
+
+  TString message ; 
+  message  = "\nevent " ;
+  message += gAlice->GetEvNumber() ; 
+  message += "       found " ; 
+  message += recParticles->GetEntriesFast(); 
+  message += " RecParticles\n" ; 
+
+  if(strstr(option,"all")) {  // printing found TS
+    message += "\n  PARTICLE         Index    \n" ; 
     
+    Int_t index ;
+    for (index = 0 ; index < recParticles->GetEntries() ; index++) {
+      AliPHOSRecParticle * rp = (AliPHOSRecParticle * ) recParticles->At(index) ;       
+      message += "\n" ;
+      message += rp->Name().Data() ;  
+      message += " " ;
+      message += rp->GetIndexInList() ;  
+      message += " " ;
+      message += rp->GetType()  ;
+    }
+  }
+  Info("Print", message.Data() ) ; 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1:: Print(const char * opt
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameters(
 {
-  // Print the parameters used for the particle type identification
+  // PCA : To do the Principal Components Analysis it is necessary 
+  // the Principal file, which is opened here
+  fX       = new double[7]; // Data for the PCA 
+  fPPhoton = new double[7]; // Eigenvalues of the PCA
+  fPPi0    = new double[7]; // Eigenvalues of the Pi0 PCA
+
+  // Read photon principals from the photon file
   
-  cout << "AliPHOSPIDv1 : cuts for the particle idendification based on the shower profile " << endl 
-       << fLambda1m << " < value1 < " << fLambda1M << endl 
-       << fLambda2m << " < value2 < " << fLambda2M << endl ;  
+  fFileNamePrincipalPhoton = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root" ; 
+  TFile f( fFileNamePrincipalPhoton.Data(), "read" ) ;
+  fPrincipalPhoton = dynamic_cast<TPrincipal*> (f.Get("principal")) ; 
+  f.Close() ; 
+
+  // Read pi0 principals from the pi0 file
+
+  fFileNamePrincipalPi0    = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA_pi0_40-120.root" ;
+  TFile fPi0( fFileNamePrincipalPi0.Data(), "read" ) ;
+  fPrincipalPi0    = dynamic_cast<TPrincipal*> (fPi0.Get("principal")) ; 
+  fPi0.Close() ;
+
+  // Open parameters file and initialization of the Parameters matrix. 
+  // In the File Parameters.dat are all the parameters. These are introduced 
+  // in a matrix of 16x4  
+  // 
+  // All the parameters defined in this file are, in order of row: 
+  // line   0   : calibration 
+  // lines  1,2 : CPV rectangular cat for X and Z
+  // line   3   : TOF cut
+  // lines  4-8 : parameters to calculate photon PCA ellipse
+  // lines  9-13: parameters to calculate pi0 PCA ellipse
+  // lines 14-15: parameters to calculate border for high-pt photons and pi0
+
+  fFileNameParameters = gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat");
+  fParameters = new TMatrix(16,4) ;
+  const Int_t maxLeng=255;
+  char string[maxLeng];
 
+  // Open a text file with PID parameters
+  FILE *fd = fopen(fFileNameParameters.Data(),"r");
+  if (!fd)
+    Fatal("SetParameter","File %s with a PID parameters cannot be opened\n",
+         fFileNameParameters.Data());
+
+  Int_t i=0;
+  // Read parameter file line-by-line and skip empty line and comments
+  while (fgets(string,maxLeng,fd) != NULL) {
+    if (string[0] == '\n' ) continue;
+    if (string[0] == '!'  ) continue;
+    sscanf(string, "%f %f %f %f",
+          &(*fParameters)(i,0), &(*fParameters)(i,1), 
+          &(*fParameters)(i,2), &(*fParameters)(i,3));
+    i++;
+    //Info("SetParameters", "line %d: %s",i,string);
+  }
+  fclose(fd);
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetShowerProfileCuts(Float_t l1m, Float_t l1M, Float_t l2m, Float_t l2M)
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterCalibration(Int_t i,Float_t param) 
 {
-  // Modifies the parameters used for the particle type identification
+  // Set parameter "Calibration" i to a value param
+  if(i>2 || i<0)
+    Error("SetParameterCalibration","Invalid parameter number: %d",i);
+  else
+    (*fParameters)(0,i) = param ;
+}
 
-  fLambda1m = l1m ; 
-  fLambda1M = l1M ; 
-  fLambda2m = l2m ; 
-  fLambda2M = l2M ; 
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterCpv2Emc(Int_t i, TString axis, Float_t cut) 
+{
+  // Set the parameters to calculate Cpv-to-Emc Distance Cut depending on 
+  // Purity-Efficiency point i
+
+  if(i>2 || i<0)
+    Error("SetParameterCpv2Emc","Invalid parameter number: %d",i);
+  else {
+    axis.ToLower();
+    if      (axis == "x") (*fParameters)(1,i) = cut;
+    else if (axis == "z") (*fParameters)(2,i) = cut;
+    else Error("SetParameterCpv2Emc","Invalid axis name: %s",axis.Data());
+  }
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetRelativeDistanceCut(Float_t CutOnRelativeDistance)
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterPhotonBoundary(Int_t i,Float_t param) 
+{
+  // Set parameter "Hard photon boundary" i to a value param
+  if(i>4 || i<0)
+    Error("SetParameterPhotonBoundary","Invalid parameter number: %d",i);
+  else
+    (*fParameters)(14,i) = param ;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterPi0Boundary(Int_t i,Float_t param) 
+{
+  // Set parameter "Hard pi0 boundary" i to a value param
+  if(i>1 || i<0)
+    Error("SetParameterPi0Boundary","Invalid parameter number: %d",i);
+  else
+    (*fParameters)(15,i) = param ;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterTimeGate(Int_t i, Float_t gate) 
 {
-  // Modifies the parameters used for the particle type identification
+  // Set the parameter TimeGate depending on Purity-Efficiency point i 
+  if (i>2 || i<0)
+    Error("SetParameterTimeGate","Invalid Efficiency-Purity choice %d",i);
+  else
+    (*fParameters)(3,i)= gate ; 
+} 
 
-  fCutOnRelativeDistance = CutOnRelativeDistance ; 
+//_____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i, Float_t par) 
+{  
+  // Set the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
+  // parameter "param" for a particle "particle"
+  
+  particle.ToLower();
+  param.   ToLower();
+  Int_t p= -1;
+  Int_t offset=0;
+
+  if      (particle == "photon") offset=0;
+  else if (particle == "pi0")    offset=5;
+  else
+    Error("SetParameterToCalculateEllipse","Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",particle.Data());
+
+  if     (param.Contains("a")) p=4+offset; 
+  else if(param.Contains("b")) p=5+offset; 
+  else if(param.Contains("c")) p=6+offset; 
+  else if(param.Contains("x0"))p=7+offset; 
+  else if(param.Contains("y0"))p=8+offset;
+  if((i>4)||(i<0))
+    Error("SetEllipseParameter", "No parameter with index %d", i) ; 
+  else if(p==-1)
+    Error("SetEllipseParameter", "No parameter with name %s", param.Data() ) ; 
+  else
+    (*fParameters)(p,i) = par ;
+} 
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliPHOSPIDv1::Unload() 
+{
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ;  
+  gime->PhosLoader()->UnloadRecPoints() ;
+  gime->PhosLoader()->UnloadTracks() ;
+  gime->PhosLoader()->UnloadRecParticles() ;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::WriteRecParticles()
+{
  
+  AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
+
+  TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles() ; 
+  recParticles->Expand(recParticles->GetEntriesFast() ) ;
+  if(fWrite){
+    TTree * treeP =  gime->TreeP();
+    
+    //First rp
+    Int_t bufferSize = 32000 ;
+    TBranch * rpBranch = treeP->Branch("PHOSRP",&recParticles,bufferSize);
+    rpBranch->SetTitle(BranchName());
+    
+    rpBranch->Fill() ;
+    
+    gime->WriteRecParticles("OVERWRITE");
+    gime->WritePID("OVERWRITE");
+  }
 }
 
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliPHOSPIDv1::SetInitPID(const Double_t *p) {
+  // Sets values for the initial population of each particle type 
+  for (Int_t i=0; i<AliESDtrack::kSPECIESN; i++) fInitPID[i] = p[i];
+}
+//_______________________________________________________________________
+void AliPHOSPIDv1::GetInitPID(Double_t *p) const {
+  // Gets values for the initial population of each particle type 
+  for (Int_t i=0; i<AliESDtrack::kSPECIESN; i++) p[i] = fInitPID[i];
+}