]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - PHOS/AliPHOSPIDv1.cxx
Updated PID with pi0 identification
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSPIDv1.cxx
index 2e4704bfed7988aad47d35b154561af6cae9cb27..af794083bfe1510feb240f3cbc7fc8ac19669c6d 100644 (file)
@@ -23,9 +23,9 @@
 //     - PCA: Principal Components Analysis..
 // The identified particle has an identification number corresponding 
 // to a 9 bits number:
-//     -Bit 0 to 2: bit set if RCPV > fCpvEmcDistance (each bit corresponds
+//     -Bit 0 to 2: bit set if RCPV > CpvEmcDistance (each bit corresponds
 //      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
-//     -Bit 3 to 5: bit set if TOF  < fTimeGate (each bit corresponds
+//     -Bit 3 to 5: bit set if TOF  < TimeGate (each bit corresponds
 //      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
 //     -Bit 6 to 9: bit set if Principal Components are 
 //      inside an ellipse defined by the parameters a, b, c, x0 and y0.
 //      photon identification)
 //      The PCA (Principal components analysis) needs a file that contains
 //      a previous analysis of the correlations between the particles. This 
-//      file is $ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root. Analysis don for 
+//      file is $ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root. Analysis done for 
 //      energies between 0.5 and 100 GeV.
 //      A calibrated energy is calculated. The energy of the reconstructed
 //      cluster is corrected with the formula A + B * E  + C * E^2, whose 
-//      parameters where obtained thourgh the study of the reconstructed 
+//      parameters where obtained through the study of the reconstructed 
 //      energy distribution of monoenergetic photons. 
 //
-//      All the parameters (RCPV(6 rows-3 columns),TOF(6r-3c),PCA(5r-4c) 
+//      All the parameters (RCPV(2 rows-3 columns),TOF(1r-3c),PCA(5r-4c) 
 //      and calibration(1r-3c))are stored in a file called 
 //      $ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat. Each time that AliPHOSPIDv1 is 
-//      initialized, this parameters are copied to a Matrix (18,4), a 
+//      initialized, this parameters are copied to a Matrix (9,4), a 
 //      TMatrixD object.  
 //
 // use case:
@@ -71,7 +71,7 @@
 //            The way of using the PCA has changed. Instead of 2
 //            files with the PCA, each one with different energy ranges 
 //            of application, we use the wide one (0.5-100 GeV), and instead
-//            of fixing 3 elipses for different ranges of energy, it has been
+//            of fixing 3 ellipses for different ranges of energy, it has been
 //            studied the dependency of the ellipses parameters with the 
 //            energy, and they are implemented in the code as a funtion 
 //            of the energy. 
@@ -95,8 +95,6 @@
 // --- Standard library ---
 
 #include <Riostream.h>
-#include <fstream>
-#include <iomanip>
 
 // --- AliRoot header files ---
 
@@ -142,11 +140,9 @@ AliPHOSPIDv1::~AliPHOSPIDv1()
   // dtor
   // fDefaultInit = kTRUE if PID created by default ctor (to get just the parameters)
 
-  delete [] fX ; // Principal input 
-  delete [] fP ; // Principal components
-//  delete fParameters ; // Matrix of Parameters 
-
+  delete [] fX ;    // Principal input 
+  delete [] fP ;    // Principal components
+  delete [] fPPi0 ; // Pi0 Principal components
 
   if (!fDefaultInit) {  
 //    AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
@@ -194,7 +190,7 @@ void AliPHOSPIDv1::Init()
 
   //  gime->SetRecParticlesTitle(BranchName()) ;
   if ( gime == 0 ) {
-    cerr << "ERROR: AliPHOSPIDv1::Init -> Could not obtain the Getter object !" << endl ; 
+    Error("Init", "Could not obtain the Getter object !" ) ;  
     return ;
   } 
 
@@ -249,39 +245,38 @@ void AliPHOSPIDv1::InitParameters()
   pidName.Append(":") ; 
   pidName.Append(Version()) ; 
   SetName(pidName) ;
+  fPi0Analysis = kFALSE ;
   SetParameters() ; // fill the parameters matrix from parameters file
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetCpvtoEmcDistanceCut(const Float_t Cluster_En, const TString Eff_Pur) const
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCpvtoEmcDistanceCut(const Float_t e, const TString Axis) const
 {
-  // Get CpvtoEmcDistanceCut parameter depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
-  
-  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
-  Int_t cluster = GetClusterOption(Cluster_En) ;
-  if((cluster!= -1)&&(eff_pur != -1))
-    return (*fParameters)(cluster,eff_pur) ;
+  // Get CpvtoEmcDistance Cut depending on the cluster energy, axis and 
+  // Purity-Efficiency point 
+
+  Int_t i = -1;
+  if      (Axis.Contains("X")) i = 1;
+  else if (Axis.Contains("Z")) i = 2;
   else
-    return 0.0;
+    Error("GetCpvtoEmcDistanceCut"," Invalid axis option ");
+   
+  Float_t a = (*fParameters)(i,0) ;
+  Float_t b = (*fParameters)(i,1) ;
+  Float_t c = (*fParameters)(i,2) ;
+
+  Float_t sig = a + TMath::Exp(b-c*e);
+  return sig;
 }
 //____________________________________________________________________________
 
-const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetTimeGate(const Float_t Cluster_En, const TString Eff_Pur) const
+const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetTimeGate(const Int_t Eff_Pur) const
 {
-  // Get TimeGate parameter depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
+  // Get TimeGate parameter depending on Purity-Efficiency point 
  
-  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
-  Int_t cluster = GetClusterOption(Cluster_En) ;
-  if((cluster!= -1)&&(eff_pur != -1))
-    return (*fParameters)(cluster+6,eff_pur) ; 
-  else
-    return 0.0;
+   if(Eff_Pur>2 || Eff_Pur<0)
+    Error("GetTimeGate","Invalid Efficiency-Purity choice %d",Eff_Pur);
+    return (*fParameters)(3,Eff_Pur) ; 
 
 }
 //_____________________________________________________________________________
@@ -312,6 +307,24 @@ const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSRecPoin
   }
   return 100000000 ;
 }
+//____________________________________________________________________________
+const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetCPVBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSRecPoint * cpv,const Int_t EffPur, const Float_t e) const
+{
+  if(EffPur>2 || EffPur<0)
+    Error("GetCPVBit","Invalid Efficiency-Purity choice %d",EffPur);
+  
+  Float_t sigX = GetCpvtoEmcDistanceCut(e,"X");
+  Float_t sigZ = GetCpvtoEmcDistanceCut(e,"Z");
+  
+  Float_t deltaX = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "X"));
+  Float_t deltaZ = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "Z"));
+       
+  if((deltaX>sigX*(EffPur+1))|(deltaZ>sigZ*(EffPur+1)))
+    return 1;//Neutral
+  else
+    return 0;//Charged
+  
+}
 
 //____________________________________________________________________________
 const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetCalibratedEnergy(const Float_t e) const
@@ -324,17 +337,17 @@ const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetCalibratedEnergy(const Float_t e) const
  
   Double_t p[]={0.,0.,0.};
   Int_t i;
-  for(i=0;i<3;i++) p[i]= (*fParameters)(17,i);
+  for(i=0;i<3;i++) p[i]= (*fParameters)(0,i);
   Double_t  enerec = p[0] +  p[1]* e+ p[2] * e * e;
   return enerec ;
 
 }
 //____________________________________________________________________________
-const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetPrincipalSign(const Double_t* P,const Int_t eff_pur, const Float_t E)const
+const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetPrincipalBit(const Double_t* P,const Int_t eff_pur, const Float_t E)const
 {
   //Is the particle inside de PCA ellipse?
 
-  Int_t      prinsign= 0 ;
+  Int_t    prinbit  = 0 ;
   Double_t A        = GetEllipseParameter("a", E); 
   Double_t B        = GetEllipseParameter("b", E);
   Double_t C        = GetEllipseParameter("c", E);
@@ -345,43 +358,68 @@ const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetPrincipalSign(const Double_t* P,const Int_t eff_pu
       TMath::Power((P[1] - Y_center)/B,2) +
       C*(P[0] -  X_center)*(P[1] - Y_center)/(A*B) ;
   //3 different ellipses defined
-  if((eff_pur==2)&&(R <1./2.)) prinsign= 1;
-  if((eff_pur==1)&&(R <2.   )) prinsign= 1;
-  if((eff_pur==0)&&(R <9./2.)) prinsign= 1;
+  if((eff_pur==2)&&(R <1./2.)) prinbit= 1;
+  if((eff_pur==1)&&(R <2.   )) prinbit= 1;
+  if((eff_pur==0)&&(R <9./2.)) prinbit= 1;
 
-  if(R<0)cout<<"Error: Negative square?"<<endl;
-  return prinsign;
+  if(R<0)
+    Error("GetPrincipalBit", "Negative square? R=%f \n",R) ;
 
-}
+  return prinbit;
 
-//_____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetCpvtoEmcDistanceCut(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t cut) 
+}
+//____________________________________________________________________________
+const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetPrincipalPi0Bit(const Double_t* P,const Int_t eff_pur, const Float_t E)const
 {
+  //Is the particle inside de Pi0 PCA ellipse?
 
-  // Set the parameter Cpvto EmcDistanceCut depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
+  Int_t    prinbit  = 0 ;
+  Double_t A        = GetEllipseParameterPi0("a", E); 
+  Double_t B        = GetEllipseParameterPi0("b", E);
+  Double_t C        = GetEllipseParameterPi0("c", E);
+  Double_t X_center = GetEllipseParameterPi0("x0", E); 
+  Double_t Y_center = GetEllipseParameterPi0("y0", E);
+  
+  Double_t R = TMath::Power((P[0] - X_center)/A,2) + 
+      TMath::Power((P[1] - Y_center)/B,2) +
+      C*(P[0] -  X_center)*(P[1] - Y_center)/(A*B) ;
+  //3 different ellipses defined
+  if((eff_pur==2)&&(R <1./2.)) prinbit= 1;
+  if((eff_pur==1)&&(R <2.   )) prinbit= 1;
+  if((eff_pur==0)&&(R <9./2.)) prinbit= 1;
+
+  if(R<0)
+    Error("GetPrincipalPi0Bit", "Negative square?") ;
 
+  return prinbit;
 
-  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
-  Int_t cluster = GetClusterOption(Cluster_En) ;
-  if((cluster!= -1)&&(eff_pur != -1))
-    (*fParameters)(cluster,eff_pur) = cut ;
 }
 //_____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetTimeGate(Float_t Cluster_En, TString Eff_Pur, Float_t gate
+void  AliPHOSPIDv1::SetCpvtoEmcDistanceCutParameters(Float_t e, Int_t Eff_Pur, TString Axis,Float_t cut
 {
+  // Set the parameters to calculate Cpvto EmcDistanceCut depending on the cluster energy and 
+  // Purity-Efficiency point 
+
+  if(Eff_Pur>2 || Eff_Pur<0)
+     Error("SetCpvtoEmcDistanceCutParameters","Invalid Efficiency-Purity choice %d",Eff_Pur);
 
+  Int_t i = -1;
+  if     (Axis.Contains("X")) i = 1;
+  else if(Axis.Contains("Z")) i = 2;
+  else
+    Error("SetCpvtoEmcDistanceCutParameters"," Invalid axis option");
+  
+  (*fParameters)(i,Eff_Pur) = cut ;
+}
+//_____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetTimeGate(Int_t Eff_Pur, Float_t gate) 
+{
   // Set the parameter TimeGate depending on the cluster energy and 
-  // Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
-    
-  Int_t eff_pur = GetEffPurOption(Eff_Pur);
-  Int_t cluster = GetClusterOption(Cluster_En) ;
-  if((cluster!= -1)&&(eff_pur != -1))
-    (*fParameters)(cluster+6,eff_pur) = gate ;
+  // Purity-Efficiency point 
+  if(Eff_Pur>2 || Eff_Pur<0)
+    Error("SetTimeGate","Invalid Efficiency-Purity choice %d",Eff_Pur);
+  
+  (*fParameters)(3,Eff_Pur)= gate ; 
 } 
 //_____________________________________________________________________________
 void  AliPHOSPIDv1::SetParameters() 
@@ -390,95 +428,96 @@ void  AliPHOSPIDv1::SetParameters()
   // the Principal file, which is opened here
   fX         = new double[7]; // Data for the PCA 
   fP         = new double[7]; // Eigenvalues of the PCA
+  fPPi0      = new double[7]; // Eigenvalues of the Pi0 PCA
+
+  // Read photon principals from the photon file
   
-  // Open principal and parameters files to be used
-  
-  fFileName  = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root" ;
-  fFileNamePar = gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat"); 
+  fFileName     = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root" ; 
   TFile f( fFileName.Data(), "read" ) ;
   fPrincipal = dynamic_cast<TPrincipal*> (f.Get("principal")) ; 
   f.Close() ; 
-  
-  // Initialization of the Parameters matrix. In the File Parameters.dat
-  // are all the parameters. These are introduced in a matrix of 18x4  
+
+  // Read pi0 principals from the pi0 file
+
+  fFileNamePi0  = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA_pi0_40-120.root" ;
+  TFile fPi0( fFileNamePi0.Data(), "read" ) ;
+  fPrincipalPi0 = dynamic_cast<TPrincipal*> (fPi0.Get("principal")) ; 
+  fPi0.Close() ;
+
+  // Open parameters file and initialization of the Parameters matrix. 
+  // In the File Parameters.dat are all the parameters. These are introduced 
+  // in a matrix of 9x4  
   // 
   // All the parameters defined in this file are, in order of row: 
-  // CpvtoEmcDistanceCut (6 rows, each one depends on the energy range of the 
-  // particle, and 3 columns, each one depending on the efficiency-purity 
-  // point), TimeGate (the same) and the parameters of the functions that 
+  // -CpvtoEmcDistanceCut (2 row (x and z) and 3 columns, each one depending 
+  // on the parameter of the funtion that sets the cut in x or z.   
+  // -TimeGate, 1 row and 3 columns (3 efficiency-purty cuts) 
+  // -PCA, parameters of the functions that 
   // calculate the ellipse parameters, x0,y0,a, b, c. These 5 parameters 
-  // (5 rows) depend on 4 parameters (columns). Finally there is a row with 
-  // the energy calibration parameters, 3 parameters. 
-  
-  fParameters = new TMatrixD(18,4) ;
-  
-  ifstream paramFile(fFileNamePar) ; 
-  Int_t h,n;
-  for(h = 0; h< 18; h++){
-    for(n = 0; n< 4; n++){
-      paramFile >> (*fParameters)(h,n) ;
-    }
+  // (5 rows) depend on 4 parameters (columns). 
+  // -Finally there is a row with the energy calibration parameters, 
+  // 3 parameters. 
+
+  fFileNamePar = gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.YVK.dat");
+  fParameters = new TMatrixD(14,4) ;
+  const Int_t maxLeng=255;
+  char string[maxLeng];
+
+  // Open a text file with PID parameters
+  FILE *fd = fopen(fFileNamePar.Data(),"r");
+  if (!fd)
+    Fatal("SetParameter","File %s with a PID parameters cannot be opened\n",
+         fFileNamePar.Data());
+
+  Int_t i=0;
+  // Read parameter file line-by-line and skip empty line and comments
+  while (fgets(string,maxLeng,fd) != NULL) {
+    if (string[0] == '\n' ) continue;
+    if (string[0] == '!'  ) continue;
+    sscanf(string, "%lf %lf %lf %lf",
+          &(*fParameters)(i,0), &(*fParameters)(i,1), 
+          &(*fParameters)(i,2), &(*fParameters)(i,3));
+    i++;
   }
-  paramFile.close();
+  fclose(fd);
 }
-//_____________________________________________________________________________
-const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetClusterOption(const Float_t Cluster_En) const
-{
-  // Gives the cluster energy range, for each range there is associated a TOF or RCPV
-  // parameter.
-  Int_t cluster = -1;
-  if((Cluster_En > 0.0 )&&(Cluster_En <= 2.0 )) cluster = 0 ;
-  if((Cluster_En > 2.0 )&&(Cluster_En <= 5.0 )) cluster = 1 ;
-  if((Cluster_En > 5.0 )&&(Cluster_En <= 10.0)) cluster = 2 ;
-  if((Cluster_En > 10.0)&&(Cluster_En <= 20.0)) cluster = 3 ;
-  if((Cluster_En > 20.0)&&(Cluster_En <= 30.0)) cluster = 4 ;
-  if( Cluster_En > 30.0)                        cluster = 5 ;
-  
-  return cluster;
-}
-//____________________________________________________________________________
-const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetEffPurOption(const TString Eff_Pur) const
-{
-
-  // Looks for the Purity-Efficiency point (possible options "HIGH EFFICIENCY" 
-  // "MEDIUM EFFICIENCY" "LOW EFFICIENCY" and 3 more options changing 
-  // EFFICIENCY by PURITY)
 
-  Int_t eff_pur = -1 ;
-
-  if(Eff_Pur.Contains("HIGH EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("LOW PURITY") )
-    eff_pur = 0 ;
-  else if(Eff_Pur.Contains("MEDIUM EFFICIENCY") ||Eff_Pur.Contains("MEDIUM PURITY") ) 
-    eff_pur = 1 ;
-  else if(Eff_Pur.Contains("LOW EFFICIENCY")||Eff_Pur.Contains("HIGH PURITY") ) 
-    eff_pur = 2 ;
-  else{
-    eff_pur = -1;
-    cout<<"Invalid Efficiency-Purity option"<<endl;
-    cout<<"Possible options: HIGH EFFICIENCY =    LOW PURITY"<<endl;
-    cout<<"                MEDIUM EFFICIENCY = MEDIUM PURITY"<<endl;
-    cout<<"                   LOW EFFICIENCY =   HIGH PURITY"<<endl;
-  }
 
-  return eff_pur;
-}
 //________________________________________________________________________
 void  AliPHOSPIDv1::SetEllipseParameter(TString Param, Int_t i, Double_t par) 
 {  
   // Set the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
   // parameter "Param".
-
-  Int_t p= -1;
   
-  if(Param.Contains("a"))p=12; 
-  if(Param.Contains("b"))p=13; 
-  if(Param.Contains("c"))p=14; 
-  if(Param.Contains("x0"))p=15; 
-  if(Param.Contains("y0"))p=16;
+  Int_t p= -1;
+  if     (Param.Contains("a")) p=4; 
+  else if(Param.Contains("b")) p=5; 
+  else if(Param.Contains("c")) p=6; 
+  else if(Param.Contains("x0"))p=7; 
+  else if(Param.Contains("y0"))p=8;
+  if((i>4)||(i<0))
+    Error("SetEllipseParameter", "No parameter with index %d", i) ; 
+  else if(p==-1)
+     Error("SetEllipseParameter", "No parameter with name %s", Param.Data() ) ; 
+  else
+    (*fParameters)(p,i) = par ;
+} 
+//________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetEllipseParameterPi0(TString Param, Int_t i, Double_t par) 
+{  
+  // Set the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
+  // parameter "Param".
+  if(!fPi0Analysis) Error("SetPi0EllipseParameter", "Pi 0 Analysis is off") ; 
+  Int_t p= -1;
+  if     (Param.Contains("a")) p=9; 
+  else if(Param.Contains("b")) p=10; 
+  else if(Param.Contains("c")) p=11; 
+  else if(Param.Contains("x0"))p=12; 
+  else if(Param.Contains("y0"))p=13;
   if((i>4)||(i<0))
-    cout<<"Error:: No parameter with index "<<i<<endl
+    Error("SetPi0EllipseParameter", "No parameter with index %d", i) 
   else if(p==-1)
-    cout<<"Error:: No parameter with name "<<Param<<endl
+     Error("SetPi0EllipseParameter", "No parameter with name %s", Param.Data() ) 
   else
     (*fParameters)(p,i) = par ;
 } 
@@ -491,16 +530,43 @@ const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterToCalculateEllipse(const TString Param
   Int_t p= -1;
   Double_t par = -1;
 
-  if(Param.Contains("a"))p=12; 
-  if(Param.Contains("b"))p=13; 
-  if(Param.Contains("c"))p=14; 
-  if(Param.Contains("x0"))p=15; 
-  if(Param.Contains("y0"))p=16;
+  if     (Param.Contains("a")) p=4; 
+  else if(Param.Contains("b")) p=5; 
+  else if(Param.Contains("c")) p=6; 
+  else if(Param.Contains("x0"))p=7; 
+  else if(Param.Contains("y0"))p=8;
+
+  if((i>4)||(i<0))
+    Error("GetParameterToCalculateEllipse", "No parameter with index", i) ; 
+  else if(p==-1)
+    Error("GetParameterToCalculateEllipse", "No parameter with name %s", Param.Data() ) ; 
+  else
+    par = (*fParameters)(p,i) ;
+  
+  return par;
+
+} 
+//____________________________________________________________________________
+const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterToCalculatePi0Ellipse(const TString Param, const Int_t i) const
+{ 
+  // Get the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
+  // parameter "Param".
+
+  if(!fPi0Analysis) Error("GetParameterToCalculatePi0Ellipse", "Pi 0 Analysis is off") ;
+
+  Int_t p= -1;
+  Double_t par = -1;
+
+  if(Param.Contains("a")) p=9; 
+  if(Param.Contains("b")) p=10; 
+  if(Param.Contains("c")) p=11; 
+  if(Param.Contains("x0"))p=12; 
+  if(Param.Contains("y0"))p=13;
 
   if((i>4)||(i<0))
-    cout<<"Error:: No parameter with index "<<i<<endl
+    Error("GetParameterToCalculatePi0Ellipse", "No parameter with index", i) 
   else if(p==-1)
-    cout<<"Error:: No parameter with name "<<Param<<endl
+    Error("GetParameterToCalculatePi0Ellipse", "No parameter with name %s", Param.Data() ) 
   else
     par = (*fParameters)(p,i) ;
   
@@ -510,42 +576,91 @@ const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterToCalculateEllipse(const TString Param
 //____________________________________________________________________________
 void  AliPHOSPIDv1::SetCalibrationParameter(Int_t i,Double_t param) 
 {
-  (*fParameters)(17,i) = param ;
+  (*fParameters)(0,i) = param ;
 }
 //____________________________________________________________________________
 const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetCalibrationParameter(const Int_t i) const 
 {
-  Float_t param = (*fParameters)(17,i);
+  Float_t param = (*fParameters)(0,i);
   return param;
 }
 //____________________________________________________________________________
-const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetEllipseParameter(const TString Param,Float_t E) const 
-{
-  Double_t p[4]={0.,0.,0.,0.};
-  Double_t value = 0.0;
-  Int_t i;
+// const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetEllipseParameter(const TString Param,Float_t E) const 
+// {
+//   // Calculates the parameter Param of the ellipse
+  
+//   Double_t p[4]={0.,0.,0.,0.};
+//   Double_t value = 0.0;
+//   Int_t i;
 
-  if(Param.Contains("a")){
-    for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(12,i);
-    if(E>70.)E=70.;
-  }
+//   if(Param.Contains("a")){
+//     for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(4,i);
+//     if(E>70.)E=70.;
+//   }
   
-  if(Param.Contains("b")){
-    for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(13,i);
-    if(E>70.)E=70.;
-  }
+//   else if(Param.Contains("b")){
+//     for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(5,i);
+//     if(E>70.)E=70.;
+//   }
   
-  if(Param.Contains("c"))
-    for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(14,i);
+//   else if(Param.Contains("c"))
+//     for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(6,i);
   
-  if(Param.Contains("x0")){
-    for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(15,i);
-    if(E<1.)E=1.1;
-  }
-  if(Param.Contains("y0"))
-    for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(16,i);
+//   else if(Param.Contains("x0")){
+//     for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(7,i);
+//     if(E<1.)E=1.1;
+//   }
+//   else if(Param.Contains("y0"))
+//     for(i=0;i<4;i++)p[i]=(*fParameters)(8,i);
   
-  value = p[0]/TMath::Sqrt(E)+p[1]*E+p[2]*E*E+p[3];
+//   value = p[0]/TMath::Sqrt(E)+p[1]*E+p[2]*E*E+p[3];
+//   return value;
+// }
+
+//____________________________________________________________________________
+const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetEllipseParameter(const TString Param,Float_t E) const 
+{
+  // Calculates the parameter Param of the pi0 ellipse
+  
+  Double_t p[3]  = {0.,0.,0.};
+  Double_t value = 0.0;
+  Int_t    i;
+
+  if(Param.Contains("a"))
+    for(i=0;i<3;i++)p[i]=(*fParameters)(4,i);
+  else if(Param.Contains("b"))
+    for(i=0;i<3;i++)p[i]=(*fParameters)(5,i);
+  else if(Param.Contains("c"))
+    for(i=0;i<3;i++)p[i]=(*fParameters)(6,i);
+  else if(Param.Contains("x0"))
+    for(i=0;i<3;i++)p[i]=(*fParameters)(7,i);
+  else if(Param.Contains("y0"))
+    for(i=0;i<3;i++)p[i]=(*fParameters)(8,i);
+  
+  value = p[0] + p[1]*E + p[2]*E*E;
+  return value;
+}
+//____________________________________________________________________________
+const Double_t  AliPHOSPIDv1::GetEllipseParameterPi0(const TString Param,Float_t E) const 
+{
+  // Calculates the parameter Param of the pi0 ellipse
+  
+  Double_t p[3]  = {0.,0.,0.};
+  Double_t value = 0.0;
+  Int_t    i;
+
+  if(Param.Contains("a"))
+    for(i=0;i<3;i++)p[i]=(*fParameters)(9,i);
+  else if(Param.Contains("b"))
+    for(i=0;i<3;i++)p[i]=(*fParameters)(10,i);
+  else if(Param.Contains("c"))
+    for(i=0;i<3;i++)p[i]=(*fParameters)(11,i);
+  else if(Param.Contains("x0"))
+    for(i=0;i<3;i++)p[i]=(*fParameters)(12,i);
+  else if(Param.Contains("y0"))
+    for(i=0;i<3;i++)p[i]=(*fParameters)(13,i);
+  
+  value = p[0] + p[1]*E + p[2]*E*E;
   return value;
 }
 //____________________________________________________________________________
@@ -566,67 +681,32 @@ void  AliPHOSPIDv1::Exec(Option_t * option)
   }
 
 
-//   gAlice->GetEvent(0) ;
-
-//   //check, if the branch with name of this" already exits?
-//   if (gAlice->TreeR()) {
-//     TObjArray * lob = (TObjArray*)gAlice->TreeR()->GetListOfBranches() ;
-//     TIter next(lob) ; 
-//     TBranch * branch = 0 ;  
-//     Bool_t phospidfound = kFALSE, pidfound = kFALSE ; 
-    
-//     TString taskName(GetName()) ; 
-//     taskName.Remove(taskName.Index(Version())-1) ;
-    
-//     while ( (branch = (TBranch*)next()) && (!phospidfound || !pidfound) ) {
-//       if ( (strcmp(branch->GetName(), "PHOSPID")==0) && (strcmp(branch->GetTitle(), taskName.Data())==0) ) 
-//     phospidfound = kTRUE ;
-      
-//       else if ( (strcmp(branch->GetName(), "AliPHOSPID")==0) && (strcmp(branch->GetTitle(), taskName.Data())==0) ) 
-//     pidfound = kTRUE ; 
-//     }
-    
-//     if ( phospidfound || pidfound ) {
-//       cerr << "WARNING: AliPHOSPIDv1::Exec -> RecParticles and/or PIDtMaker branch with name " 
-//        << taskName.Data() << " already exits" << endl ;
-//       return ; 
-//     }       
-//   }
-
-//   Int_t nevents = (Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries() ;
-//   Int_t ievent ;
-//   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ;  
-
   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
   if(gime->BranchExists("RecParticles") )
     return ;
-  Int_t nevents = gime->MaxEvent() ;       //(Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries() ;
+  Int_t nevents = gime->MaxEvent() ;  
   Int_t ievent ;
 
-
   for(ievent = 0; ievent < nevents; ievent++){
     gime->Event(ievent,"R") ;
  
-    MakeRecParticles() ;
-    
-    WriteRecParticles(ievent);
-    
-    if(strstr(option,"deb"))
-      PrintRecParticles(option) ;
-
-    //increment the total number of rec particles per run 
-    fRecParticlesInRun += gime->RecParticles(BranchName())->GetEntriesFast() ; 
-
+    if(gime->TrackSegments() && //Skip events, where no track segments made
+       gime->TrackSegments()->GetEntriesFast()) {
+      MakeRecParticles() ;
+      WriteRecParticles(ievent);
+      if(strstr(option,"deb"))
+        PrintRecParticles(option) ;
+      //increment the total number of rec particles per run 
+      fRecParticlesInRun+=gime->RecParticles(BranchName())->GetEntriesFast() ; 
+    }
   }
   
   if(strstr(option,"tim")){
     gBenchmark->Stop("PHOSPID");
-    cout << "AliPHOSPID:" << endl ;
-    cout << "  took " << gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID") << " seconds for PID " 
-        <<  gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")/nevents << " seconds per event " << endl ;
-    cout << endl ;
-  }
-  
+    Info("Exec", "took %f seconds for PID %f seconds per event", 
+        gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID"),  
+        gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")/nevents) ;
+  } 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -639,12 +719,10 @@ void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles(){
   TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints() ; 
   TClonesArray * trackSegments = gime->TrackSegments() ; 
   if ( !emcRecPoints || !cpvRecPoints || !trackSegments ) {
-    cerr << "ERROR:  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles -> RecPoints or TrackSegments not found ! " << endl ; 
-    abort() ; 
+    Fatal("MakeRecParticles", "RecPoints or TrackSegments not found !") ;  
   }
   TClonesArray * recParticles  = gime->RecParticles() ; 
   recParticles->Clear();
 
   TIter next(trackSegments) ; 
   AliPHOSTrackSegment * ts ; 
@@ -669,27 +747,24 @@ void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles(){
 
     // Choose the cluster energy range
     
-    // YK: check if (emc != 0) !!!
     if (!emc) {
-      cerr << "ERROR:  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles -> emc("
-          <<ts->GetEmcIndex()<<") = "         <<emc<< endl;
-      abort();
+      Fatal("MakeRecParticles", "-> emc(%d) = %d", ts->GetEmcIndex(), emc ) ;
     }
-    Float_t    e = emc->GetEnergy() ;   
-    Int_t cluster = GetClusterOption(e) ;// Gives value to cluster that defines the energy range parameter to be used in de RCPV, TOF and used in the PCA.
-    if(cluster== -1) continue ;
 
+    Float_t    e = emc->GetEnergy() ;   
+    
     Float_t  lambda[2] ;
     emc->GetElipsAxis(lambda) ;
     
     if((lambda[0]>0.01) && (lambda[1]>0.01)){
       // Looking PCA. Define and calculate the data (X),
-      // introduce in the function 
-      // X2P that gives the components (P).  
+      // introduce in the function X2P that gives the components (P).  
+
       Float_t  Spher = 0. ;
       Float_t  Emaxdtotal = 0. ; 
       
-      if((lambda[0]+lambda[1])!=0) Spher=fabs(lambda[0]-lambda[1])/(lambda[0]+lambda[1]); 
+      if((lambda[0]+lambda[1])!=0) 
+       Spher=fabs(lambda[0]-lambda[1])/(lambda[0]+lambda[1]); 
       
       Emaxdtotal=emc->GetMaximalEnergy()/emc->GetEnergy(); 
       
@@ -702,36 +777,51 @@ void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles(){
       fX[6] = emc->GetCoreEnergy() ;  
       
       fPrincipal->X2P(fX,fP);
+      if(fPi0Analysis)
+       fPrincipalPi0->X2P(fX,fPPi0);
+
     }
     else{
       fP[0]=-100.0;  //We do not accept clusters with 
       fP[1]=-100.0;  //one cell as a photon-like
+      if(fPi0Analysis){
+       fPPi0[0]=-100.0;
+       fPPi0[1]=-100.0;
+      }
     }
     
     Float_t time =emc->GetTime() ;
     
-    // Loop of Efficiency-Purity (the 3 points of purity or efficiency are taken 
-    // into account to set the particle identification)
+    // Loop of Efficiency-Purity (the 3 points of purity or efficiency 
+    // are taken into account to set the particle identification)
     for(Int_t eff_pur = 0; eff_pur < 3 ; eff_pur++){
       
-      // Looking at the CPV detector. If RCPV greater than CpvEmcDistance, 1st, 
-      // 2nd or 3rd bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 . 
-      
-      if(GetDistance(emc, cpv,  "R") > (*fParameters)(cluster,eff_pur) )  
+      // Looking at the CPV detector. If RCPV greater than CpvEmcDistance, 
+      // 1st,2nd or 3rd bit (depending on the efficiency-purity point )
+      // is set to 1
+      if(GetCPVBit(emc, cpv, eff_pur,e) == 1 )  
        rp->SetPIDBit(eff_pur) ;
       
       // Looking the TOF. If TOF smaller than gate,  4th, 5th or 6th 
       // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1             
-      if(time< (*fParameters)(cluster+6,eff_pur)) {
+      if(time< (*fParameters)(2,eff_pur)) 
        rp->SetPIDBit(eff_pur+3) ;                  
-      }
       
       //If we are inside the ellipse, 7th, 8th or 9th 
       // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
-      if(GetPrincipalSign(fP,eff_pur,e) == 1) 
+      if(GetPrincipalBit(fP,eff_pur,e) == 1) 
        rp->SetPIDBit(eff_pur+6) ;
+
+      //Pi0 analysis
+      //If we are inside the ellipse, 10th, 11th or 12th 
+      // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
+      if(fPi0Analysis){
+       if(GetPrincipalPi0Bit(fPPi0,eff_pur,e) == 1) 
+         rp->SetPIDBit(eff_pur+9) ;
+      }
     }
-      
+    
+    
     //Set momentum, energy and other parameters 
     Float_t  encal = GetCalibratedEnergy(e);
     TVector3 dir   = GetMomentumDirection(emc,cpv) ; 
@@ -751,24 +841,23 @@ void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles(){
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1:: Print()
+void  AliPHOSPIDv1::Print()
 {
   // Print the parameters used for the particle type identification
-    cout <<  "=============== AliPHOSPID1 ================" << endl ;
-    cout <<  "Making PID "<< endl ;
-//     cout <<  "    Headers file:               " << fHeaderFileName.Data() << endl ;
-//     cout <<  "    RecPoints branch title:     " << fRecPointsTitle.Data() << endl ;
-//     cout <<  "    TrackSegments Branch title: " << fTrackSegmentsTitle.Data() << endl ;
-//     cout <<  "    RecParticles Branch title   " << fRecParticlesTitle.Data() << endl;
-    cout <<  "    Pricipal analysis file from 0.5 to 100 " << fFileName.Data() << endl;
-    cout <<  "    Name of parameters file     "<<fFileNamePar.Data() << endl ;
-    cout <<  "    Matrix of Parameters: 18x4"<<endl;
-    cout <<  "        RCPV 6x3 [High Eff-Low Pur,Medium Eff-Pur, Low Eff-High Pur]"<<endl;
-    cout <<  "        TOF  6x3 [High Eff-Low Pur,Medium Eff-Pur, Low Eff-High Pur]"<<endl;
-    cout <<  "        PCA  5x4 [5 ellipse parametres and 4 parametres to calculate them: A/Sqrt(E) + B* E + C * E^2 + D]"<<endl;
-    cout <<  "        Energy Calibration  1x3 [3 parametres to calibrate energy: A + B* E + C * E^2]"<<endl;
+
+  TString message ; 
+    message  = "\n=============== AliPHOSPID1 ================\n" ;
+    message += "Making PID\n";
+    message += "    Pricipal analysis file from 0.5 to 100 %s\n" ; 
+    message += "    Name of parameters file     %s\n" ;
+    message += "    Matrix of Parameters: 14x4\n" ;
+    message += "        Energy Calibration  1x3 [3 parametres to calibrate energy: A + B* E + C * E^2]\n" ;
+    message += "        RCPV 2x3 rows x and z, columns function cut parameters\n" ;
+    message += "        TOF  1x3 [High Eff-Low Pur,Medium Eff-Pur, Low Eff-High Pur]\n" ;
+    message += "        PCA  5x4 [5 ellipse parametres and 4 parametres to calculate them: A/Sqrt(E) + B* E + C * E^2 + D]\n" ;
+    message += "    Pi0 PCA  5x3 [5 ellipse parametres and 3 parametres to calculate them: A + B* E + C * E^2]\n" ;
+    Info("Print", message.Data(), fFileName.Data(), fFileNamePar.Data() ) ; 
     fParameters->Print() ;
-    cout <<  "============================================" << endl ;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -834,18 +923,16 @@ TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSRec
   TMatrix  dummy ;
   
   emc->GetGlobalPosition(emcglobalpos, dummy) ;
-  
 
   dir = emcglobalpos ;  
   dir.SetZ( -dir.Z() ) ;   // why ?  
-  dir.SetMag(1.) ;
 
   //account correction to the position of IP
   Float_t xo,yo,zo ; //Coordinates of the origin
   gAlice->Generator()->GetOrigin(xo,yo,zo) ;
   TVector3 origin(xo,yo,zo);
   dir = dir - origin ;
-
+  dir.SetMag(1.) ;
   return dir ;  
 }
 //____________________________________________________________________________
@@ -856,26 +943,29 @@ void AliPHOSPIDv1::PrintRecParticles(Option_t * option)
   AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
 
   TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles(BranchName()) ; 
-  
-  cout << "AliPHOSPIDv1: event "<<gAlice->GetEvNumber()  << endl ;
-  cout << "       found " << recParticles->GetEntriesFast() << " RecParticles " << endl ;
-  
+
+  TString message ; 
+  message  = "\nevent " ;
+  message += gAlice->GetEvNumber() ; 
+  message += "       found " ; 
+  message += recParticles->GetEntriesFast(); 
+  message += " RecParticles\n" ; 
+
   if(strstr(option,"all")) {  // printing found TS
-    
-    cout << "  PARTICLE       "   
-        << "  Index    "  << endl ;
+    message += "\n  PARTICLE         Index    \n" ; 
     
     Int_t index ;
     for (index = 0 ; index < recParticles->GetEntries() ; index++) {
-       AliPHOSRecParticle * rp = (AliPHOSRecParticle * ) recParticles->At(index) ;       
-
-       cout << setw(10) << rp->Name() << "  "
-           << setw(5) <<  rp->GetIndexInList() << " " <<endl;
-       cout << "Type "<<  rp->GetType() << endl;
+      AliPHOSRecParticle * rp = (AliPHOSRecParticle * ) recParticles->At(index) ;       
+      message += "\n" ;
+      message += rp->Name().Data() ;  
+      message += " " ;
+      message += rp->GetIndexInList() ;  
+      message += " " ;
+      message += rp->GetType()  ;
     }
-    cout << "-------------------------------------------" << endl ;
   }
-  
+  Info("Print", message.Data() ) ; 
 }