]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - PHOS/AliPHOSPIDv1.cxx
Chages concerning coding convetion requirements.
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSPIDv1.cxx
index e060f1bf7cc497accc1b0f24d29ff76a545d7905..f571de571a76c9bc485170f113e29dc4dc96af9a 100644 (file)
 //_________________________________________________________________________
 // Implementation version v1 of the PHOS particle identifier 
 // Particle identification based on the 
-//     - CPV information, 
-//     - Preshower information (in MIXT or GPS2 geometries)
-//     - shower width.
+//     - RCPV: distance from CPV recpoint to EMCA recpoint.
+//     - TOF 
+//     - PCA: Principal Components Analysis..
+// The identified particle has an identification number corresponding 
+// to a 9 bits number:
+//     -Bit 0 to 2: bit set if RCPV > CpvEmcDistance (each bit corresponds
+//      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
+//     -Bit 3 to 5: bit set if TOF  < TimeGate (each bit corresponds
+//      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
+//     -Bit 6 to 9: bit set if Principal Components are 
+//      inside an ellipse defined by the parameters a, b, c, x0 and y0.
+//      (each bit corresponds to a different efficiency-purity point of the 
+//      photon identification)
+//      The PCA (Principal components analysis) needs a file that contains
+//      a previous analysis of the correlations between the particles. This 
+//      file is $ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root. Analysis done for 
+//      energies between 0.5 and 100 GeV.
+//      A calibrated energy is calculated. The energy of the reconstructed
+//      cluster is corrected with the formula A + B * E  + C * E^2, whose 
+//      parameters where obtained through the study of the reconstructed 
+//      energy distribution of monoenergetic photons. 
 //
-// CPV or Preshower clusters should be closer in PHOS plane than fCpvEmcDistance (in cm).
-// This parameter can be set by method SetCpvtoEmcDistanceCut(Float_t cut)  
-//
-// One can set desirable ID method by the function SetIdentificationMethod(option).
-// Presently the following options can be used together or separately :
-//     - "disp": use dispersion cut on shower width 
-//               (width can be set by method SetDispersionCut(Float_t cut)
-//     - "ell" : use cut on the axis of the ellipse, drawn around shower 
-//       (this cut can be changed by SetShowerProfileCut(char* formula), 
-//        where formula - any function of two variables f(lambda[0],lambda[1]).
-//        Shower is considered as EM if f() > 0 )
-// One can visualize current cuts calling method PlotDispersionCuts().    
+//      All the parameters (RCPV(2 rows-3 columns),TOF(1r-3c),PCA(5r-4c) 
+//      and calibration(1r-3c))are stored in a file called 
+//      $ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat. Each time that AliPHOSPIDv1 is 
+//      initialized, this parameters are copied to a Matrix (9,4), a 
+//      TMatrixD object.  
 //
 // use case:
-//  root [0] AliPHOSPIDv1 * p1 = new AliPHOSPIDv1("galice.root")
-//  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
-//  root [1] p1->SetIdentificationMethod("disp ellipse")
-//  root [2] p1->ExecuteTask()
-//  root [3] AliPHOSPIDv1 * p2 = new AliPHOSPIDv1("galice1.root","ts1")
+//  root [0] AliPHOSPIDv1 * p = new AliPHOSPIDv1("galice1.root")
 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
-//                // reading headers from file galice1.root and TrackSegments 
-//                // with title "ts1"
-//  root [4] p2->SetRecParticlesBranch("rp1")
-//                // set file name for the branch RecParticles
-//  root [5] p2->ExecuteTask("deb all time")
-//                // available options
-//                // "deb" - prints # of reconstructed particles
-//                // "deb all" -  prints # and list of RecParticles
-//                // "time" - prints benchmarking results
+//          // reading headers from file galice1.root and create  RecParticles 
+            // TrackSegments and RecPoints are used 
+//          // set file name for the branch RecParticles
+//  root [1] p->ExecuteTask("deb all time")
+//          // available options
+//          // "deb" - prints # of reconstructed particles
+//          // "deb all" -  prints # and list of RecParticles
+//          // "time" - prints benchmarking results
 //                  
-//*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Gines Martinez (SUBATECH) & 
-//            Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute)
-//            Completely redesined by Dmitri Peressounko, March 2001
+//  root [2] AliPHOSPIDv1 * p2 = new AliPHOSPIDv1("galice1.root","v1",kTRUE)
+//  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
+//                //Split mode.  
+//  root [3] p2->ExecuteTask()
+//
 
+
+//*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Gines Martinez (SUBATECH) & 
+//            Gustavo Conesa April 2002
+//            PCA redesigned by Gustavo Conesa October 2002:
+//            The way of using the PCA has changed. Instead of 2
+//            files with the PCA, each one with different energy ranges 
+//            of application, we use the wide one (0.5-100 GeV), and instead
+//            of fixing 3 ellipses for different ranges of energy, it has been
+//            studied the dependency of the ellipses parameters with the 
+//            energy, and they are implemented in the code as a funtion 
+//            of the energy. 
+//
+//
+//
 // --- ROOT system ---
 #include "TROOT.h"
 #include "TTree.h"
 #include "TFolder.h"
 #include "TSystem.h"
 #include "TBenchmark.h"
+#include "TMatrixD.h"
+#include "TPrincipal.h"
+#include "TSystem.h"
+
 // --- Standard library ---
 
-#include <iostream.h>
-#include <iomanip.h>
 
 // --- AliRoot header files ---
 
-#include "AliRun.h"
 #include "AliGenerator.h"
 #include "AliPHOS.h"
 #include "AliPHOSPIDv1.h"
@@ -90,378 +113,385 @@ ClassImp( AliPHOSPIDv1)
 AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1():AliPHOSPID()
 { 
   // default ctor
-  fFormula           = 0 ;
-  fDispersion        = 0. ; 
-  fCpvEmcDistance    = 0 ; 
-  fTimeGate          = 2.e-9 ;
-  fHeaderFileName    = "" ; 
-  fTrackSegmentsTitle= "" ; 
-  fRecPointsTitle    = "" ; 
-  fRecParticlesTitle = "" ; 
-  fIDOptions         = "dis time" ; 
-  fRecParticlesInRun = 0 ;
-  fClusterizer = 0;
-  fTSMaker = 0;
+  InitParameters() ; 
+  fDefaultInit = kTRUE ; 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const char * headerFile,const char * name) : AliPHOSPID(headerFile, name)
+AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const AliPHOSPIDv1 & pid ):AliPHOSPID(pid)
 { 
-  //ctor with the indication on where to look for the track segments
+  // ctor
+  InitParameters() ; 
+  Init() ;
 
-  fFormula        = new TFormula("LambdaCuts","(x>1)*(x<2.5)*(y>0)*(y<x)") ;   
-  fDispersion     = 2.0 ; 
-  fCpvEmcDistance = 3.0 ;
-  fTimeGate          = 2.e-9 ;
-  fHeaderFileName     = GetTitle() ; 
-  fTrackSegmentsTitle = GetName() ; 
-  fRecPointsTitle     = GetName() ; 
-  fRecParticlesTitle  = GetName() ; 
-  fIDOptions          = "dis time" ;
-    
-  TString tempo(GetName()) ; 
-  tempo.Append(":") ;
-  tempo.Append(Version()) ; 
-  SetName(tempo) ; 
-  fRecParticlesInRun = 0 ; 
+}
 
+//____________________________________________________________________________
+AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const TString alirunFileName, const TString eventFolderName):AliPHOSPID(alirunFileName, eventFolderName)
+{ 
+  //ctor with the indication on where to look for the track segments
+  InitParameters() ; 
   Init() ;
-
+  fDefaultInit = kFALSE ; 
 }
 
 //____________________________________________________________________________
 AliPHOSPIDv1::~AliPHOSPIDv1()
 { 
-}
+  // dtor
 
+  delete [] fX ;       // Principal input 
+  delete [] fPPhoton ; // Photon Principal components
+  delete [] fPPi0 ;    // Pi0 Principal components
+}
+//____________________________________________________________________________
+const TString AliPHOSPIDv1::BranchName() const 
+{  
 
+  return GetName() ;
+}
 //____________________________________________________________________________
-Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSRecPoint * cpv, Option_t *  Axis)const
+void AliPHOSPIDv1::Init()
 {
-  // Calculates the distance between the EMC RecPoint and the PPSD RecPoint
-  const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::GetInstance()->PHOSGeometry() ; 
-  TVector3 vecEmc ;
-  TVector3 vecCpv ;
-  
-  emc->GetLocalPosition(vecEmc) ;
-  cpv->GetLocalPosition(vecCpv) ; 
-  if(emc->GetPHOSMod() == cpv->GetPHOSMod()){ 
-    
-    // Correct to difference in CPV and EMC position due to different distance to center.
-    // we assume, that particle moves from center
-    Float_t dCPV = geom->GetIPtoOuterCoverDistance();
-    Float_t dEMC = geom->GetIPtoCrystalSurface() ;
-    dEMC         = dEMC / dCPV ;
-    vecCpv = dEMC * vecCpv  - vecEmc ; 
-    if (Axis == "X") return vecCpv.X();
-    if (Axis == "Y") return vecCpv.Y();
-    if (Axis == "Z") return vecCpv.Z();
-    if (Axis == "R") return vecCpv.Mag();
-  } 
-  return 100000000 ;
+  // Make all memory allocations that are not possible in default constructor
+  // Add the PID task to the list of PHOS tasks
+
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance(GetTitle(), fEventFolderName.Data()) ; 
+
+  if ( !gime->PID() ) 
+    gime->PostPID(this) ;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
+void AliPHOSPIDv1::InitParameters()
+{
+  // Initialize PID parameters
+  fRecParticlesInRun = 0 ; 
+  fNEvent            = 0 ;            
+  fRecParticlesInRun = 0 ;
+  SetParameters() ; // fill the parameters matrix from parameters file
+}
+
+//________________________________________________________________________
 void  AliPHOSPIDv1::Exec(Option_t * option) 
 {
   //Steering method
   
-  if( strcmp(GetName(), "")== 0 ) 
-    Init() ;
-  
+
   if(strstr(option,"tim"))
     gBenchmark->Start("PHOSPID");
   
   if(strstr(option,"print")) {
-    Print("") ; 
+    Print() ; 
     return ; 
   }
 
-  gAlice->GetEvent(0) ;
-  //check, if the branch with name of this" already exits?
-  TObjArray * lob = (TObjArray*)gAlice->TreeR()->GetListOfBranches() ;
-  TIter next(lob) ; 
-  TBranch * branch = 0 ;  
-  Bool_t phospidfound = kFALSE, pidfound = kFALSE ; 
-  
-  TString taskName(GetName()) ; 
-  taskName.Remove(taskName.Index(Version())-1) ;
-
-  while ( (branch = (TBranch*)next()) && (!phospidfound || !pidfound) ) {
-    if ( (strcmp(branch->GetName(), "PHOSPID")==0) && (strcmp(branch->GetTitle(), taskName.Data())==0) ) 
-      phospidfound = kTRUE ;
-    
-    else if ( (strcmp(branch->GetName(), "AliPHOSPID")==0) && (strcmp(branch->GetTitle(), taskName.Data())==0) ) 
-      pidfound = kTRUE ; 
-  }
 
-  if ( phospidfound || pidfound ) {
-    cerr << "WARNING: AliPHOSPIDv1::Exec -> RecParticles and/or PIDtMaker branch with name " 
-        << taskName.Data() << " already exits" << endl ;
-    return ; 
-  }       
-  
-  Int_t nevents = (Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries() ;
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
+  Int_t nevents = gime->MaxEvent() ;       
   Int_t ievent ;
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ;
-  
-  for(ievent = 0; ievent < nevents; ievent++){
-    gime->Event(ievent,"R") ;
-    
-    MakeRecParticles() ;
-    
-    WriteRecParticles(ievent);
-    
-    if(strstr(option,"deb"))
-      PrintRecParticles(option) ;
 
-    //increment the total number of rec particles per run 
-    fRecParticlesInRun += gime->RecParticles()->GetEntriesFast() ; 
 
+  for(ievent = 0; ievent < nevents; ievent++){
+    gime->Event(ievent,"TR") ;
+    if(gime->TrackSegments() && //Skip events, where no track segments made
+       gime->TrackSegments()->GetEntriesFast()) {
+      MakeRecParticles() ;
+      WriteRecParticles();
+      if(strstr(option,"deb"))
+       PrintRecParticles(option) ;
+      //increment the total number of rec particles per run 
+      fRecParticlesInRun += gime->RecParticles()->GetEntriesFast() ; 
+    }
   }
-  
   if(strstr(option,"tim")){
     gBenchmark->Stop("PHOSPID");
-    cout << "AliPHOSPID:" << endl ;
-    cout << "  took " << gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID") << " seconds for PID " 
-        <<  gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")/nevents << " seconds per event " << endl ;
-    cout << endl ;
+    Info("Exec", "took %f seconds for PID %f seconds per event", 
+        gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID"),  
+        gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")/nevents) ;
   }
-  
+  Unload();
 }
+
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSPIDv1::Init()
+const TString AliPHOSPIDv1::GetFileNamePrincipal(TString particle) const
 {
-  // Make all memory allocations that are not possible in default constructor
-  // Add the PID task to the list of PHOS tasks
-  
-  if ( strcmp(GetTitle(), "") == 0 )
-    SetTitle("galice.root") ;
-  
-  TString taskName(GetName()) ; 
-  taskName.Remove(taskName.Index(Version())-1) ;
-  
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance(GetTitle(), taskName.Data()) ; 
-  if ( gime == 0 ) {
-    cerr << "ERROR: AliPHOSPIDv1::Init -> Could not obtain the Getter object !" << endl ; 
-    return ;
-  } 
-   
-  gime->PostPID(this) ;
-  // create a folder on the white board //YSAlice/WhiteBoard/RecParticles/PHOS/recparticlesName
-  gime->PostRecParticles(taskName.Data() ) ; 
-  
+  //Get file name that contains the PCA for a particle ("photon or pi0")
+  particle.ToLower();
+  TString name;
+  if      (particle=="photon") name = fFileNamePrincipalPhoton ;
+  else if (particle=="pi0"   ) name = fFileNamePrincipalPi0    ;
+  else    Error("GetFileNamePrincipal","Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",particle.Data());
+  return name;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles(){
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterCalibration(Int_t i) const 
+{
+  // Get the i-th parameter "Calibration"
+  Float_t param = 0.;
+  if (i>2 || i<0)
+    Error("GetParameterCalibration","Invalid parameter number: %d",i);
+  else
+    param = (*fParameters)(0,i);
+  return param;
+}
 
-  // Makes a RecParticle out of a TrackSegment
-  TString taskName(GetName()) ; 
-  taskName.Remove(taskName.Index(Version())-1) ;
-
-  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
-  TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints(taskName) ; 
-  TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints(taskName) ; 
-  TClonesArray * trackSegments = gime->TrackSegments(taskName) ; 
-  TClonesArray * recParticles  = gime->RecParticles(taskName) ; 
-  recParticles->Clear();
-  
-  TIter next(trackSegments) ; 
-  AliPHOSTrackSegment * ts ; 
-  Int_t index = 0 ; 
-  AliPHOSRecParticle * rp ; 
-  
-  Bool_t ellips = fIDOptions.Contains("ell",TString::kIgnoreCase ) ;
-  Bool_t disp   = fIDOptions.Contains("dis",TString::kIgnoreCase ) ;
-  Bool_t time   = fIDOptions.Contains("tim",TString::kIgnoreCase ) ;
-  
-  while ( (ts = (AliPHOSTrackSegment *)next()) ) {
-    
-    new( (*recParticles)[index] ) AliPHOSRecParticle() ;
-    rp = (AliPHOSRecParticle *)recParticles->At(index) ; 
-    rp->SetTraskSegment(index) ;
-    rp->SetIndexInList(index) ;
-    
-    AliPHOSEmcRecPoint * emc = 0 ;
-    if(ts->GetEmcIndex()>=0)
-      emc = (AliPHOSEmcRecPoint *) emcRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()) ;
-    
-    AliPHOSRecPoint    * cpv = 0 ;
-    if(ts->GetCpvIndex()>=0)
-      cpv = (AliPHOSRecPoint *)   cpvRecPoints->At(ts->GetCpvIndex()) ;
-    
-    //set momentum and energy first
-    Float_t    e = emc->GetEnergy() ;
-    TVector3 dir = GetMomentumDirection(emc,cpv) ; 
-    dir.SetMag(e) ;
+//____________________________________________________________________________
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCalibratedEnergy(const Float_t e) const
+{
+//      It calibrates Energy depending on the recpoint energy.
+//      The energy of the reconstructed cluster is corrected with 
+//      the formula A + B* E  + C* E^2, whose parameters where obtained 
+//      through the study of the reconstructed energy distribution of 
+//      monoenergetic photons.
+  Float_t p[]={0.,0.,0.};
+  for (Int_t i=0; i<3; i++) p[i] = GetParameterCalibration(i);
+  Float_t enerec = p[0] +  p[1]*e + p[2]*e*e;
+  return enerec ;
 
-    rp->SetMomentum(dir.X(),dir.Y(),dir.Z(),e) ;
-    rp->SetCalcMass(0);
+}
 
-    //now set type (reconstructed) of the particle    
-    Int_t showerprofile = 0;  // 0 narrow and 1 wide
-    
-    if(ellips){
-      Float_t lambda[2] ;
-      emc->GetElipsAxis(lambda) ;
-      if(fFormula->Eval(lambda[0],lambda[1]) <= 0 )
-       showerprofile = 1 ;  // not narrow
-    }
-    
-    if(disp)
-      if(emc->GetDispersion() > fDispersion )
-       showerprofile = 1 ;  // not narrow
-    
-    Int_t slow = 0 ;
-    if(time)
-      if(emc->GetTime() > fTimeGate )
-       slow = 0 ; 
-        
-    // Looking at the CPV detector
-    Int_t cpvdetector= 0 ;  //1 hit and 0 no hit     
-    if(cpv)
-      if(GetDistance(emc, cpv,  "R") < fCpvEmcDistance) 
-       cpvdetector = 1 ;  
-    
-    Int_t type = showerprofile + 2 * slow  + 4 * cpvdetector ;
-    rp->SetType(type) ; 
-    rp->SetProductionVertex(0,0,0,0);
-    rp->SetFirstMother(-1);
-    rp->SetLastMother(-1);
-    rp->SetFirstDaughter(-1);
-    rp->SetLastDaughter(-1);
-    rp->SetPolarisation(0,0,0);
-    index++ ; 
+//____________________________________________________________________________
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterCpv2Emc(Int_t i, TString axis) const 
+{
+  // Get the i-th parameter "CPV-EMC distance" for the specified axis
+  Float_t param = 0.;
+  if(i>2 || i<0)
+    Error("GetParameterCpv2Emc","Invalid parameter number: %d",i);
+  else {
+    axis.ToLower();
+    if      (axis == "x") param = (*fParameters)(1,i);
+    else if (axis == "z") param = (*fParameters)(2,i);
+    else Error("GetParameterCpv2Emc","Invalid axis name: %s",axis.Data());
   }
-  
+  return  param;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1:: Print(Option_t * option) const
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCpv2EmcDistanceCut(TString axis, Float_t e) const
 {
-  // Print the parameters used for the particle type identification
-    cout <<  "=============== AliPHOSPID1 ================" << endl ;
-    cout <<  "Making PID "<< endl ;
-    cout <<  "    Headers file:               " << fHeaderFileName.Data() << endl ;
-    cout <<  "    RecPoints branch title:     " << fRecPointsTitle.Data() << endl ;
-    cout <<  "    TrackSegments Branch title: " << fTrackSegmentsTitle.Data() << endl ;
-    cout <<  "    RecParticles Branch title   " << fRecParticlesTitle.Data() << endl;
-    cout <<  "with parameters: " << endl ;
-    cout <<  "    Maximal EMC - CPV  distance (cm) " << fCpvEmcDistance << endl ;
-    if(fIDOptions.Contains("dis",TString::kIgnoreCase ))
-      cout <<  "                    dispersion cut " << fDispersion << endl ;
-    if(fIDOptions.Contains("ell",TString::kIgnoreCase )){
-      cout << "             Eliptic cuts function: " << endl ;
-      cout << fFormula->GetTitle() << endl ;
-    }
-    if(fIDOptions.Contains("tim",TString::kIgnoreCase ))
-      cout << "             Time Gate uzed: " << fTimeGate <<  endl ;
-    cout <<  "============================================" << endl ;
+  // Get CpvtoEmcDistance Cut depending on the cluster energy, axis and 
+  // Purity-Efficiency point 
+
+  axis.ToLower();
+  Float_t p[]={0.,0.,0.};
+  for (Int_t i=0; i<3; i++) p[i] = GetParameterCpv2Emc(i,axis);
+  Float_t sig = p[0] + TMath::Exp(p[1] - p[2]*e);
+  return sig;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::SetShowerProfileCut(char * formula)
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetEllipseParameter(TString particle, TString param, Float_t e) const 
 {
-  //set shape of the cut on the axis of ellipce, drown around shouer
-  //shower considered "narrow" if Formula(lambda[0],lambda[1]) > 0.
-  if(fFormula) 
-    delete fFormula; 
-  fFormula = new TFormula("Lambda Cut",formula) ;
+  // Calculates the parameter param of the ellipse
+
+  particle.ToLower();
+  param.   ToLower();
+  Float_t p[4]={0.,0.,0.,0.};
+  Float_t value = 0.0;
+  for (Int_t i=0; i<4; i++) p[i] = GetParameterToCalculateEllipse(particle,param,i);
+  if (particle == "photon") {
+    if      (param.Contains("a"))  e = TMath::Min((Double_t)e,70.);
+    else if (param.Contains("b"))  e = TMath::Min((Double_t)e,70.);
+    else if (param.Contains("x0")) e = TMath::Max((Double_t)e,1.1);
+  }
+
+  value = p[0]/TMath::Sqrt(e) + p[1]*e + p[2]*e*e + p[3];
+  return value;
 }
+
+//_____________________________________________________________________________
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterPhotonBoundary (Int_t i) const
+{ 
+  // Get the parameter "i" to calculate the boundary on the moment M2x
+  // for photons at high p_T
+  Float_t param = 0;
+  if (i>3 || i<0)
+    Error("GetParameterPhotonBoundary","Wrong parameter number: %d\n",i);
+  else
+    param = (*fParameters)(14,i) ;
+  return param;
+}
+
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::WriteRecParticles(Int_t event)
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterPi0Boundary (Int_t i) const
+{ 
+  // Get the parameter "i" to calculate the boundary on the moment M2x
+  // for pi0 at high p_T
+  Float_t param = 0;
+  if (i>2 || i<0)
+    Error("GetParameterPi0Boundary","Wrong parameter number: %d\n",i);
+  else
+    param = (*fParameters)(15,i) ;
+  return param;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterTimeGate(Int_t i) const
 {
-  AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
-  TString taskName(GetName()) ; 
-  taskName.Remove(taskName.Index(Version())-1) ;
-  TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles(taskName) ; 
-  recParticles->Expand(recParticles->GetEntriesFast() ) ;
+  // Get TimeGate parameter depending on Purity-Efficiency i:
+  // i=0 - Low purity, i=1 - Medium purity, i=2 - High purity
+  Float_t param = 0.;
+  if(i>2 || i<0)
+    Error("GetParameterTimeGate","Invalid Efficiency-Purity choice %d",i);
+  else
+    param = (*fParameters)(3,i) ; 
+  return param;
+}
 
-  //Make branch in TreeR for RecParticles 
-  char * filename = 0;
-  if(gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")!=0){   //generating file name
-    filename = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+20] ;
-    sprintf(filename,"%s/PHOS.Reco.root",gAlice->GetBaseFile()) ; 
-  }
+//_____________________________________________________________________________
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i) const
+{ 
+  // Get the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
+  // parameter "param" for the particle "particle" ("photon" or "pi0")
+
+  particle.ToLower();
+  param.   ToLower();
+  Int_t offset = -1;
+  if      (particle == "photon") offset=0;
+  else if (particle == "pi0")    offset=5;
+  else
+    Error("GetParameterToCalculateEllipse","Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",particle.Data());
+
+  Int_t p= -1;
+  Float_t par = 0;
+
+  if     (param.Contains("a")) p=4+offset; 
+  else if(param.Contains("b")) p=5+offset; 
+  else if(param.Contains("c")) p=6+offset; 
+  else if(param.Contains("x0"))p=7+offset; 
+  else if(param.Contains("y0"))p=8+offset;
+
+  if      (i>4 || i<0)
+    Error("GetParameterToCalculateEllipse", "No parameter with index", i) ; 
+  else if (p==-1)
+    Error("GetParameterToCalculateEllipse", "No parameter with name %s", param.Data() ) ; 
+  else
+    par = (*fParameters)(p,i) ;
   
-  TDirectory *cwd = gDirectory;
+  return par;
+}
+
+
+//____________________________________________________________________________
+const Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSRecPoint * cpv, Option_t *  axis)const
+{
+  // Calculates the distance between the EMC RecPoint and the PPSD RecPoint
   
-  //First rp
-  Int_t bufferSize = 32000 ;    
-  TBranch * rpBranch = gAlice->TreeR()->Branch("PHOSRP",&recParticles,bufferSize);
-  rpBranch->SetTitle(fRecParticlesTitle);
-  if (filename) {
-    rpBranch->SetFile(filename);
-    TIter next( rpBranch->GetListOfBranches());
-    TBranch * sb ;
-    while ((sb=(TBranch*)next())) {
-      sb->SetFile(filename);
-    }   
-    cwd->cd();
+  const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ; 
+  TVector3 vecEmc ;
+  TVector3 vecCpv ;
+  if(cpv){
+    emc->GetLocalPosition(vecEmc) ;
+    cpv->GetLocalPosition(vecCpv) ; 
+    if(emc->GetPHOSMod() == cpv->GetPHOSMod()){      
+      // Correct to difference in CPV and EMC position due to different distance to center.
+      // we assume, that particle moves from center
+      Float_t dCPV = geom->GetIPtoOuterCoverDistance();
+      Float_t dEMC = geom->GetIPtoCrystalSurface() ;
+      dEMC         = dEMC / dCPV ;
+      vecCpv = dEMC * vecCpv  - vecEmc ; 
+      if (axis == "X") return vecCpv.X();
+      if (axis == "Y") return vecCpv.Y();
+      if (axis == "Z") return vecCpv.Z();
+      if (axis == "R") return vecCpv.Mag();
+    }
+    return 100000000 ;
   }
+  return 100000000 ;
+}
+//____________________________________________________________________________
+const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetCPVBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSRecPoint * cpv,const Int_t effPur, Float_t e) const
+{
+  if(effPur>2 || effPur<0)
+    Error("GetCPVBit","Invalid Efficiency-Purity choice %d",effPur);
   
-  //second, pid
-  Int_t splitlevel = 0 ; 
-  AliPHOSPIDv1 * pid = this ;
-  TBranch * pidBranch = gAlice->TreeR()->Branch("AliPHOSPID","AliPHOSPIDv1",&pid,bufferSize,splitlevel);
-  pidBranch->SetTitle(fRecParticlesTitle.Data());
-  if (filename) {
-    pidBranch->SetFile(filename);
-    TIter next( pidBranch->GetListOfBranches());
-    TBranch * sb ;
-    while ((sb=(TBranch*)next())) {
-      sb->SetFile(filename);
-    }   
-    cwd->cd();
-  }    
+  Float_t sigX = GetCpv2EmcDistanceCut("X",e);
+  Float_t sigZ = GetCpv2EmcDistanceCut("Z",e);
   
-  rpBranch->Fill() ;
-  pidBranch->Fill() ;
+  Float_t deltaX = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "X"));
+  Float_t deltaZ = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "Z"));
+       
+  if((deltaX>sigX*(effPur+1))|(deltaZ>sigZ*(effPur+1)))
+    return 1;//Neutral
+  else
+    return 0;//Charged
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetPrincipalBit(TString particle, const Double_t* p,const Int_t effPur, Float_t e)const
+{
+  //Is the particle inside de PCA ellipse?
   
-  gAlice->TreeR()->Write(0,kOverwrite) ;  
+  particle.ToLower();
+  Int_t    prinbit  = 0 ;
+  Float_t a        = GetEllipseParameter(particle,"a" , e); 
+  Float_t b        = GetEllipseParameter(particle,"b" , e);
+  Float_t c        = GetEllipseParameter(particle,"c" , e);
+  Float_t x0 = GetEllipseParameter(particle,"x0", e); 
+  Float_t y0 = GetEllipseParameter(particle,"y0", e);
   
+  Float_t r = TMath::Power((p[0] - x0)/a,2) + 
+              TMath::Power((p[1] - y0)/b,2) +
+            c*(p[0] -  x0)*(p[1] - y0)/(a*b) ;
+  //3 different ellipses defined
+  if((effPur==2) && (r<1./2.)) prinbit= 1;
+  if((effPur==1) && (r<2.   )) prinbit= 1;
+  if((effPur==0) && (r<9./2.)) prinbit= 1;
+
+  if(r<0)
+    Error("GetPrincipalBit", "Negative square?") ;
+
+  return prinbit;
+
+}
+//____________________________________________________________________________
+const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetHardPhotonBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const
+{
+  // Set bit for identified hard photons (E > 30 GeV)
+  // if the second moment M2x is below the boundary
+
+  Float_t e   = emc->GetEnergy();
+  if (e < 30.0) return 0;
+  Float_t m2x = emc->GetM2x();
+  Float_t m2xBoundary = GetParameterPhotonBoundary(0) *
+    TMath::Exp(-TMath::Power(e-GetParameterPhotonBoundary(1),2)/2.0/
+               TMath::Power(GetParameterPhotonBoundary(2),2)) +
+    GetParameterPhotonBoundary(3);
+  Info("GetHardPhotonBit","E=%f, m2x=%f, boundary=%f",e,m2x,m2xBoundary);
+  if (m2x < m2xBoundary)
+    return 1;// A hard photon
+  else
+    return 0;// Not a hard photon
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void  AliPHOSPIDv1::PlotDispersionCuts()const
+const Int_t  AliPHOSPIDv1::GetHardPi0Bit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const
 {
-  // produces a plot of the dispersion cut
-  TCanvas*  lambdas = new TCanvas("lambdas","Cuts on the ellipse axis",200,10,700,500);
-  if(fIDOptions.Contains("ell",TString::kIgnoreCase ) ){
-    TF2 * ell = new TF2("Elliptic Cuts",fFormula->GetName(),0,3,0,3) ;
-    ell->SetMinimum(0.0000001) ;
-    ell->SetMaximum(0.001) ;
-    ell->SetLineStyle(1) ;
-    ell->SetLineWidth(2) ;
-    ell->Draw() ;
-  }
-  
-  if( fIDOptions.Contains("dis",TString::kIgnoreCase ) ){
-    TF2 * dsp = new TF2("dispersion","(y<x)*(x*x+y*y < [0]*[0])",0,3,0,3) ;
-    dsp->SetParameter(0,fDispersion) ;
-    dsp->SetMinimum(0.0000001) ;
-    dsp->SetMaximum(0.001) ;
-    dsp->SetLineStyle(1) ;
-    dsp->SetLineColor(2) ;
-    dsp->SetLineWidth(2) ;
-    dsp->SetNpx(200) ;
-    dsp->SetNpy(200) ;
-    if(fIDOptions.Contains("ell",TString::kIgnoreCase ) )
-      dsp->Draw("same") ;
-    else
-      dsp->Draw() ;
-  }
-  lambdas->Update();
+  // Set bit for identified hard pi0  (E > 30 GeV)
+  // if the second moment M2x is above the boundary
+
+  Float_t e   = emc->GetEnergy();
+  if (e < 30.0) return 0;
+  Float_t m2x = emc->GetM2x();
+  Float_t m2xBoundary = GetParameterPi0Boundary(0) +
+                    e * GetParameterPi0Boundary(1);
+  Info("GetHardPi0Bit","E=%f, m2x=%f, boundary=%f",e,m2x,m2xBoundary);
+  if (m2x > m2xBoundary)
+    return 1;// A hard pi0
+  else
+    return 0;// Not a hard pi0
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSRecPoint * cpv)const 
+TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSRecPoint * )const 
 { 
   // Calculates the momentum direction:
   //   1. if only a EMC RecPoint, direction is given by IP and this RecPoint
@@ -476,23 +506,7 @@ TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSRec
   
   emc->GetGlobalPosition(emcglobalpos, dummy) ;
   
-  // The following commented code becomes valid once the PPSD provides 
-  // a reasonable position resolution, at least as good as EMC ! 
-  //   TVector3 ppsdlglobalpos ;
-  //   TVector3 ppsduglobalpos ;
-  //   if( fPpsdLowRecPoint ){ // certainly a photon that has concerted
-  //     fPpsdLowRecPoint->GetGlobalPosition(ppsdlglobalpos, mdummy) ; 
-  //     dir = emcglobalpos -  ppsdlglobalpos ; 
-  //     if( fPpsdUpRecPoint ){ // not looks like a charged       
-  //        fPpsdUpRecPoint->GetGlobalPosition(ppsduglobalpos, mdummy) ; 
-  //        dir = ( dir +  emcglobalpos -  ppsduglobalpos ) * 0.5 ; 
-  //      }
-  //   }
-  //   else { // looks like a neutral
-  //    dir = emcglobalpos ;  
-  //  }
-  
+
   dir = emcglobalpos ;  
   dir.SetZ( -dir.Z() ) ;   // why ?  
   dir.SetMag(1.) ;
@@ -505,77 +519,361 @@ TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSRec
 
   return dir ;  
 }
+
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles()
+{
+  // Makes a RecParticle out of a TrackSegment
+  
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
+  TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints() ; 
+  TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints() ; 
+  TClonesArray * trackSegments = gime->TrackSegments() ; 
+  if ( !emcRecPoints || !cpvRecPoints || !trackSegments ) {
+    Fatal("MakeRecParticles", "RecPoints or TrackSegments not found !") ;  
+  }
+  TClonesArray * recParticles  = gime->RecParticles() ; 
+  recParticles->Clear();
+
+  TIter next(trackSegments) ; 
+  AliPHOSTrackSegment * ts ; 
+  Int_t index = 0 ; 
+  AliPHOSRecParticle * rp ; 
+  while ( (ts = (AliPHOSTrackSegment *)next()) ) {
+    
+    new( (*recParticles)[index] ) AliPHOSRecParticle() ;
+    rp = (AliPHOSRecParticle *)recParticles->At(index) ; 
+    rp->SetTrackSegment(index) ;
+    rp->SetIndexInList(index) ;
+       
+    AliPHOSEmcRecPoint * emc = 0 ;
+    if(ts->GetEmcIndex()>=0)
+      emc = (AliPHOSEmcRecPoint *) emcRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()) ;
+    
+    AliPHOSRecPoint    * cpv = 0 ;
+    if(ts->GetCpvIndex()>=0)
+      cpv = (AliPHOSRecPoint *)   cpvRecPoints->At(ts->GetCpvIndex()) ;
+    
+    // Now set type (reconstructed) of the particle
+
+    // Choose the cluster energy range
+    
+    if (!emc) {
+      Fatal("MakeRecParticles", "-> emc(%d) = %d", ts->GetEmcIndex(), emc ) ;
+    }
+
+    Float_t e = emc->GetEnergy() ;   
+    
+    Float_t  lambda[2] ;
+    emc->GetElipsAxis(lambda) ;
+    
+    if((lambda[0]>0.01) && (lambda[1]>0.01)){
+      // Looking PCA. Define and calculate the data (X),
+      // introduce in the function X2P that gives the components (P).  
+
+      Float_t  Spher = 0. ;
+      Float_t  Emaxdtotal = 0. ; 
+      
+      if((lambda[0]+lambda[1])!=0) 
+       Spher=fabs(lambda[0]-lambda[1])/(lambda[0]+lambda[1]); 
+      
+      Emaxdtotal=emc->GetMaximalEnergy()/emc->GetEnergy(); 
+      
+      fX[0] = lambda[0] ;  
+      fX[1] = lambda[1] ; 
+      fX[2] = emc->GetDispersion() ; 
+      fX[3] = Spher ; 
+      fX[4] = emc->GetMultiplicity() ;  
+      fX[5] = Emaxdtotal ;  
+      fX[6] = emc->GetCoreEnergy() ;  
+      
+      fPrincipalPhoton->X2P(fX,fPPhoton);
+      fPrincipalPi0   ->X2P(fX,fPPi0);
+
+    }
+    else{
+      fPPhoton[0]=-100.0;  //We do not accept clusters with 
+      fPPhoton[1]=-100.0;  //one cell as a photon-like
+      fPPi0[0]   =-100.0;
+      fPPi0[1]   =-100.0;
+    }
+    
+    Float_t time =emc->GetTime() ;
+    
+    // Loop of Efficiency-Purity (the 3 points of purity or efficiency 
+    // are taken into account to set the particle identification)
+    for(Int_t effPur = 0; effPur < 3 ; effPur++){
+      
+      // Looking at the CPV detector. If RCPV greater than CpvEmcDistance, 
+      // 1st,2nd or 3rd bit (depending on the efficiency-purity point )
+      // is set to 1
+      if(GetCPVBit(emc, cpv, effPur,e) == 1 )  
+       rp->SetPIDBit(effPur) ;
+      
+      // Looking the TOF. If TOF smaller than gate,  4th, 5th or 6th 
+      // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1             
+      if(time< (*fParameters)(2,effPur)) 
+       rp->SetPIDBit(effPur+3) ;                   
+      
+      //Photon PCA
+      //If we are inside the ellipse, 7th, 8th or 9th 
+      // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
+      if(GetPrincipalBit("photon",fPPhoton,effPur,e) == 1) 
+       rp->SetPIDBit(effPur+6) ;
+
+      //Pi0 PCA
+      //If we are inside the ellipse, 10th, 11th or 12th 
+      // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
+      if(GetPrincipalBit("pi0"   ,fPPi0   ,effPur,e) == 1) 
+       rp->SetPIDBit(effPur+9) ;
+    }
+    if(GetHardPhotonBit(emc))
+      rp->SetPIDBit(12) ;
+    if(GetHardPi0Bit   (emc))
+      rp->SetPIDBit(13) ;
+    
+    //Set momentum, energy and other parameters 
+    Float_t  encal = GetCalibratedEnergy(e);
+    TVector3 dir   = GetMomentumDirection(emc,cpv) ; 
+    dir.SetMag(encal) ;
+    rp->SetMomentum(dir.X(),dir.Y(),dir.Z(),encal) ;
+    rp->SetCalcMass(0);
+    rp->Name(); //If photon sets the particle pdg name to gamma
+    rp->SetProductionVertex(0,0,0,0);
+    rp->SetFirstMother(-1);
+    rp->SetLastMother(-1);
+    rp->SetFirstDaughter(-1);
+    rp->SetLastDaughter(-1);
+    rp->SetPolarisation(0,0,0);
+    index++ ; 
+  }
+}
+  
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::Print() const
+{
+  // Print the parameters used for the particle type identification
+
+    Info("Print", "=============== AliPHOSPIDv1 ================") ;
+    printf("Making PID\n") ;
+    printf("    Pricipal analysis file from 0.5 to 100 %s\n", fFileNamePrincipalPhoton.Data() )   ; 
+    printf("    Name of parameters file     %s\n", fFileNameParameters.Data() )  ;
+    printf("    Matrix of Parameters: 14x4\n") ;
+    printf("        Energy Calibration  1x3 [3 parametres to calibrate energy: A + B* E + C * E^2]\n") ;
+    printf("        RCPV 2x3 rows x and z, columns function cut parameters\n") ;
+    printf("        TOF  1x3 [High Eff-Low Pur,Medium Eff-Pur, Low Eff-High Pur]\n") ;
+    printf("        PCA  5x4 [5 ellipse parametres and 4 parametres to calculate them: A/Sqrt(E) + B* E + C * E^2 + D]\n") ;
+    Printf("    Pi0 PCA  5x3 [5 ellipse parametres and 3 parametres to calculate them: A + B* E + C * E^2]\n") ;
+    fParameters->Print() ;
+}
+
+
+
 //____________________________________________________________________________
 void AliPHOSPIDv1::PrintRecParticles(Option_t * option)
 {
   // Print table of reconstructed particles
 
-  AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::GetInstance() ; 
+  AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
+
+  TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles() ; 
+
+  TString message ; 
+  message  = "\nevent " ;
+  message += gAlice->GetEvNumber() ; 
+  message += "       found " ; 
+  message += recParticles->GetEntriesFast(); 
+  message += " RecParticles\n" ; 
 
-  TString taskName(GetName()) ; 
-  taskName.Remove(taskName.Index(Version())-1) ;
-  TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles(taskName) ; 
-  
-  cout << "AliPHOSPIDv1: event "<<gAlice->GetEvNumber()  << endl ;
-  cout << "       found " << recParticles->GetEntriesFast() << " RecParticles " << endl ;
-  
   if(strstr(option,"all")) {  // printing found TS
-    
-    cout << "  PARTICLE "   
-        << "  Index    "  << endl ;
-      //        << "  X        "     
-      //        << "  Y        " 
-      //        << "  Z        "    
-      //        << " # of primaries "          
-      //        << " Primaries list "    <<  endl;      
+    message += "\n  PARTICLE         Index    \n" ; 
     
     Int_t index ;
     for (index = 0 ; index < recParticles->GetEntries() ; index++) {
       AliPHOSRecParticle * rp = (AliPHOSRecParticle * ) recParticles->At(index) ;       
-      
-      Text_t particle[11];
-      switch(rp->GetType()) {
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMFAST:
-       strcpy( particle, "NEUTRAL EM FAST");
-       break;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALHAFAST:
-       strcpy(particle, "NEUTRAL HA FAST");
-       break;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALEMSLOW:
-       strcpy(particle, "NEUTRAL EM SLOW");
-       break ;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kNEUTRALHASLOW: 
-       strcpy(particle, "NEUTRAL HA SLOW");
-       break ;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kCHARGEDEMFAST:
-       strcpy(particle, "CHARGED EM FAST") ;
-       break ;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kCHARGEDHAFAST:
-       strcpy(particle, "CHARGED HA FAST") ;
-       break ; 
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kCHARGEDEMSLOW:
-       strcpy(particle, "CHARGEDEMSLOW") ;
-       break ;
-      case  AliPHOSFastRecParticle::kCHARGEDHASLOW:
-       strcpy(particle, "CHARGED HA SLOW") ;
-       break ; 
-      }
-      
-      //    Int_t * primaries; 
-      //    Int_t nprimaries;
-      //    primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
-      
-      cout << setw(10) << particle << "  "
-          << setw(5) <<  rp->GetIndexInList() << " "  ;
-       //         << setw(4) <<  nprimaries << "  ";
-       //      for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++)
-       //      cout << setw(4)  <<  primaries[iprimary] << " ";
-      cout << endl;     
+      message += "\n" ;
+      message += rp->Name().Data() ;  
+      message += " " ;
+      message += rp->GetIndexInList() ;  
+      message += " " ;
+      message += rp->GetType()  ;
     }
-    cout << "-------------------------------------------" << endl ;
   }
+  Info("Print", message.Data() ) ; 
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameters() 
+{
+  // PCA : To do the Principal Components Analysis it is necessary 
+  // the Principal file, which is opened here
+  fX       = new double[7]; // Data for the PCA 
+  fPPhoton = new double[7]; // Eigenvalues of the PCA
+  fPPi0    = new double[7]; // Eigenvalues of the Pi0 PCA
+
+  // Read photon principals from the photon file
+  
+  fFileNamePrincipalPhoton = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root" ; 
+  TFile f( fFileNamePrincipalPhoton.Data(), "read" ) ;
+  fPrincipalPhoton = dynamic_cast<TPrincipal*> (f.Get("principal")) ; 
+  f.Close() ; 
+
+  // Read pi0 principals from the pi0 file
+
+  fFileNamePrincipalPi0    = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA_pi0_40-120.root" ;
+  TFile fPi0( fFileNamePrincipalPi0.Data(), "read" ) ;
+  fPrincipalPi0    = dynamic_cast<TPrincipal*> (fPi0.Get("principal")) ; 
+  fPi0.Close() ;
+
+  // Open parameters file and initialization of the Parameters matrix. 
+  // In the File Parameters.dat are all the parameters. These are introduced 
+  // in a matrix of 16x4  
+  // 
+  // All the parameters defined in this file are, in order of row: 
+  // line   0   : calibration 
+  // lines  1,2 : CPV rectangular cat for X and Z
+  // line   3   : TOF cut
+  // lines  4-8 : parameters to calculate photon PCA ellipse
+  // lines  9-13: parameters to calculate pi0 PCA ellipse
+  // lines 14-15: parameters to calculate border for high-pt photons and pi0
+
+  fFileNameParameters = gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat");
+  fParameters = new TMatrix(16,4) ;
+  const Int_t maxLeng=255;
+  char string[maxLeng];
+
+  // Open a text file with PID parameters
+  FILE *fd = fopen(fFileNameParameters.Data(),"r");
+  if (!fd)
+    Fatal("SetParameter","File %s with a PID parameters cannot be opened\n",
+         fFileNameParameters.Data());
+
+  Int_t i=0;
+  // Read parameter file line-by-line and skip empty line and comments
+  while (fgets(string,maxLeng,fd) != NULL) {
+    if (string[0] == '\n' ) continue;
+    if (string[0] == '!'  ) continue;
+    sscanf(string, "%f %f %f %f",
+          &(*fParameters)(i,0), &(*fParameters)(i,1), 
+          &(*fParameters)(i,2), &(*fParameters)(i,3));
+    i++;
+    //printf("line %d: %s",i,string);
+  }
+  fclose(fd);
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterCalibration(Int_t i,Float_t param) 
+{
+  // Set parameter "Calibration" i to a value param
+  if(i>2 || i<0)
+    Error("SetParameterCalibration","Invalid parameter number: %d",i);
+  else
+    (*fParameters)(0,i) = param ;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterCpv2Emc(Int_t i, TString axis, Float_t cut) 
+{
+  // Set the parameters to calculate Cpv-to-Emc Distance Cut depending on 
+  // Purity-Efficiency point i
+
+  if(i>2 || i<0)
+    Error("SetParameterCpv2Emc","Invalid parameter number: %d",i);
+  else {
+    axis.ToLower();
+    if      (axis == "x") (*fParameters)(1,i) = cut;
+    else if (axis == "z") (*fParameters)(2,i) = cut;
+    else Error("SetParameterCpv2Emc","Invalid axis name: %s",axis.Data());
+  }
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterPhotonBoundary(Int_t i,Float_t param) 
+{
+  // Set parameter "Hard photon boundary" i to a value param
+  if(i>4 || i<0)
+    Error("SetParameterPhotonBoundary","Invalid parameter number: %d",i);
+  else
+    (*fParameters)(14,i) = param ;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterPi0Boundary(Int_t i,Float_t param) 
+{
+  // Set parameter "Hard pi0 boundary" i to a value param
+  if(i>1 || i<0)
+    Error("SetParameterPi0Boundary","Invalid parameter number: %d",i);
+  else
+    (*fParameters)(15,i) = param ;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterTimeGate(Int_t i, Float_t gate) 
+{
+  // Set the parameter TimeGate depending on Purity-Efficiency point i 
+  if (i>2 || i<0)
+    Error("SetParameterTimeGate","Invalid Efficiency-Purity choice %d",i);
+  else
+    (*fParameters)(3,i)= gate ; 
+} 
+
+//_____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::SetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i, Float_t par) 
+{  
+  // Set the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
+  // parameter "param" for a particle "particle"
   
+  particle.ToLower();
+  param.   ToLower();
+  Int_t p= -1;
+  Int_t offset=0;
+
+  if      (particle == "photon") offset=0;
+  else if (particle == "pi0")    offset=5;
+  else
+    Error("SetParameterToCalculateEllipse","Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",particle.Data());
+
+  if     (param.Contains("a")) p=4+offset; 
+  else if(param.Contains("b")) p=5+offset; 
+  else if(param.Contains("c")) p=6+offset; 
+  else if(param.Contains("x0"))p=7+offset; 
+  else if(param.Contains("y0"))p=8+offset;
+  if((i>4)||(i<0))
+    Error("SetEllipseParameter", "No parameter with index %d", i) ; 
+  else if(p==-1)
+    Error("SetEllipseParameter", "No parameter with name %s", param.Data() ) ; 
+  else
+    (*fParameters)(p,i) = par ;
+} 
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliPHOSPIDv1::Unload() 
+{
+  AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ;  
+  gime->PhosLoader()->UnloadRecPoints() ;
+  gime->PhosLoader()->UnloadTracks() ;
+  gime->PhosLoader()->UnloadRecParticles() ;
 }
 
+//____________________________________________________________________________
+void  AliPHOSPIDv1::WriteRecParticles()
+{
+  AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
 
+  TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles() ; 
+  recParticles->Expand(recParticles->GetEntriesFast() ) ;
+  TTree * treeP =  gime->TreeP();
+  
+  //First rp
+  Int_t bufferSize = 32000 ;
+  TBranch * rpBranch = treeP->Branch("PHOSRP",&recParticles,bufferSize);
+  rpBranch->SetTitle(BranchName());
+  
+  rpBranch->Fill() ;
+  gime->WriteRecParticles("OVERWRITE");
+  gime->WritePID("OVERWRITE");
+}