]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - PHOS/PHOS-HTML/src/AliPHOSTrackSegmentMakerv1.cxx.html
Remove obsolete html documentation
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / PHOS-HTML / src / AliPHOSTrackSegmentMakerv1.cxx.html
diff --git a/PHOS/PHOS-HTML/src/AliPHOSTrackSegmentMakerv1.cxx.html b/PHOS/PHOS-HTML/src/AliPHOSTrackSegmentMakerv1.cxx.html
deleted file mode 100644 (file)
index 3593c5c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,619 +0,0 @@
-<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-// IETF/DTD HTML 2.0// EN">
-<html>
-<!--                                             -->
-<!-- Author: ROOT team (rootdev@hpsalo.cern.ch)  -->
-<!--                                             -->
-<!--   Date: Thu Mar  9 00:11:51 2000            -->
-<!--                                             -->
-<head>
-<title>AliPHOSTrackSegmentMakerv1 - source file</title>
-<link rev=made href="mailto:rootdev@root.cern.ch">
-<meta name="rating" content="General">
-<meta name="objecttype" content="Manual">
-<meta name="keywords" content="software development, oo, object oriented, unix, x11, motif, windows nt, c++, html, rene brun, fons rademakers">
-<meta name="description" content="ROOT - An Object Oriented Framework For Large Scale Data Analysis.">
-</head>
-<body BGCOLOR="#ffffff" LINK="#0000ff" VLINK="#551a8b" ALINK="#ff0000" TEXT="#000000">
-<a name="TopOfPage"></a>
-<pre>
-/**************************************************************************
- * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
- *                                                                        *
- * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
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- * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
- * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
- **************************************************************************/
-
-/* $Id$ */
-
-<b>//_________________________________________________________________________</b>
-<b>// Implementation version 1 of algorithm class to construct PHOS track segments</b>
-<b>// Associates EMC and PPSD clusters</b>
-<b>// Unfolds the EMC cluster   </b>
-<b>//                  </b>
-<b>//*-- Author: Dmitri Peressounko (RRC Ki &amp; SUBATECH)</b>
-<b>//</b>
-
-<b>// --- ROOT system ---</b>
-
-#include "TObjArray.h"
-#include "TClonesArray.h"
-#include "TObjectTable.h"
-
-<b>// --- Standard library ---</b>
-
-#include &lt;iostream&gt;
-#include &lt;cassert&gt;
-
-<b>// --- AliRoot header files ---</b>
-
-#include "<a href="../AliPHOSTrackSegmentMakerv1.h">AliPHOSTrackSegmentMakerv1.h</a>"
-#include "<a href="../AliPHOSTrackSegment.h">AliPHOSTrackSegment.h</a>"
-#include "<a href="../AliPHOSLink.h">AliPHOSLink.h</a>"
-#include "<a href="../AliPHOSv0.h">AliPHOSv0.h</a>"
-#include "AliRun.h"
-
-extern void UnfoldingChiSquare(Int_t &amp;nPar, Double_t *Grad, Double_t &amp; fret, Double_t *x, Int_t iflag) ; 
-
-ClassImp( AliPHOSTrackSegmentMakerv1) 
-
-
-<b>//____________________________________________________________________________</b>
-<a name="AliPHOSTrackSegmentMakerv1:AliPHOSTrackSegmentMakerv1"> </a> <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:AliPHOSTrackSegmentMakerv1">AliPHOSTrackSegmentMakerv1::AliPHOSTrackSegmentMakerv1</a>() 
-{
-<b>  // ctor</b>
-
-  <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:fR0">fR0</a> = 4. ;   
-  <a href=".././AliPHOSGeometry.html">AliPHOSGeometry</a> * geom = <a href=".././AliPHOSGeometry.html#AliPHOSGeometry:GetInstance">AliPHOSGeometry::GetInstance</a>() ;
-<b>  //clusters are sorted in "rows" and "columns" of width geom-&gt;GetCrystalSize(0),</b>
-  <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:fDelta">fDelta</a> = <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:fR0">fR0</a> + geom-&gt;GetCrystalSize(0) ;
-  <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:fMinuit">fMinuit</a> = new TMinuit(100) ;
-  <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:fUnfoldFlag">fUnfoldFlag</a> = kTRUE ; 
-}
-
-<b>//____________________________________________________________________________</b>
-<a name="AliPHOSTrackSegmentMakerv1:~AliPHOSTrackSegmentMakerv1"> </a> <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html">AliPHOSTrackSegmentMakerv1</a>::~<a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html">AliPHOSTrackSegmentMakerv1</a>()
-{ 
-<b>  // dtor</b>
-   delete <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:fMinuit">fMinuit</a> ; 
-}
-
-<b>//____________________________________________________________________________</b>
-<a name="AliPHOSTrackSegmentMakerv1:FindFit"> </a><a href="../ListOfTypes.html#Bool_t">Bool_t</a>  <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:FindFit">AliPHOSTrackSegmentMakerv1::FindFit</a>(<a href=".././AliPHOSEmcRecPoint.html">AliPHOSEmcRecPoint</a> * emcRP, <a href="../ListOfTypes.html#int">int</a> * maxAt, <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> * maxAtEnergy,
-                                   <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> nPar, <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> * fitparameters)
-{ 
-<b>  // Calls TMinuit to fit the energy distribution of a cluster with several maxima </b>
-
-  <a href=".././AliPHOSGeometry.html">AliPHOSGeometry</a> * geom = <a href=".././AliPHOSGeometry.html#AliPHOSGeometry:GetInstance">AliPHOSGeometry::GetInstance</a>() ;
-
-  gMinuit-&gt;SetPrintLevel(-1) ;           // No Printout
-  gMinuit-&gt;SetFCN(UnfoldingChiSquare) ;  // To set the address of the minimization function 
-  gMinuit-&gt;SetObjectFit(emcRP) ;         // To tranfer pointer to UnfoldingChiSquare
-
-<b>  // filling initial values for fit parameters</b>
-  <a href=".././AliPHOSDigit.html">AliPHOSDigit</a> * digit ;
-
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> ierflg  = 0; 
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> index   = 0 ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> nDigits = (<a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a>) nPar / 3 ;
-
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> iDigit ;
-
-
-  for(iDigit = 0; iDigit &lt; nDigits; iDigit++){
-    digit = (<a href=".././AliPHOSDigit.html">AliPHOSDigit</a> *) maxAt[iDigit]; 
-
-    <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> relid[4] ;
-    <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> x ;
-    <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> z ;
-    geom-&gt;AbsToRelNumbering(digit-&gt;GetId(), relid) ;
-    geom-&gt;RelPosInModule(relid, x, z) ;
-
-    <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> energy = maxAtEnergy[iDigit] ;
-
-    gMinuit-&gt;mnparm(index, "x",  x, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
-    index++ ;   
-    if(ierflg != 0){ 
-      cout &lt;&lt; "PHOS Unfolding&gt;  Unable to set initial value for fit procedure : x = " &lt;&lt; x &lt;&lt; endl ;
-      return kFALSE;
-    }
-    gMinuit-&gt;mnparm(index, "z",  z, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
-    index++ ;   
-    if(ierflg != 0){
-      cout &lt;&lt; "PHOS Unfolding&gt;  Unable to set initial value for fit procedure : z = " &lt;&lt; z &lt;&lt; endl ;
-      return kFALSE;
-    }
-    gMinuit-&gt;mnparm(index, "Energy",  energy , 0.05*energy, 0., 4.*energy, ierflg) ;
-    index++ ;   
-    if(ierflg != 0){
-      cout &lt;&lt; "PHOS Unfolding&gt;  Unable to set initial value for fit procedure : energy = " &lt;&lt; energy &lt;&lt; endl ;      
-      return kFALSE;
-    }
-  }
-
-  <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> p0 = 0.1 ; // "Tolerance" Evaluation stops when EDM = 0.0001*p0 ; The number of function call slightly
-<b>                      //  depends on it. </b>
-  <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> p1 = 1.0 ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> p2 = 0.0 ;
-
-  gMinuit-&gt;mnexcm("SET STR", &amp;p2, 0, ierflg) ;   // force TgMinuit to reduce function calls  
-  gMinuit-&gt;mnexcm("SET GRA", &amp;p1, 1, ierflg) ;   // force TMinuit to use my gradient  
-  gMinuit-&gt;SetMaxIterations(5);
-  gMinuit-&gt;mnexcm("SET NOW", &amp;p2 , 0, ierflg) ;  // No Warnings
-  gMinuit-&gt;mnexcm("MIGRAD", &amp;p0, 0, ierflg) ;    // minimize 
-  if(ierflg == 4){  // Minimum not found   
-    cout &lt;&lt; "PHOS Unfolding&gt;  Fit not converged, cluster abandoned "&lt;&lt; endl ;      
-    return kFALSE ;
-  }            
-  for(index = 0; index &lt; nPar; index++){
-    <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> err ;
-    <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> val ;
-    gMinuit-&gt;GetParameter(index, val, err) ;    // Returns value and error of parameter index
-    fitparameters[index] = val ;
-   }
-  return kTRUE;
-
-}
-
-<b>//____________________________________________________________________________</b>
-<a name="AliPHOSTrackSegmentMakerv1:FillOneModule"> </a><a href="../ListOfTypes.html#void">void</a>  <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:FillOneModule">AliPHOSTrackSegmentMakerv1::FillOneModule</a>(<a href="../ListOfTypes.html#DigitsList">DigitsList</a> * Dl, <a href="../ListOfTypes.html#RecPointsList">RecPointsList</a> * emcIn, TObjArray * emcOut, 
-                                       <a href="../ListOfTypes.html#RecPointsList">RecPointsList</a> * ppsdIn, TObjArray * ppsdOutUp,
-                                       TObjArray * ppsdOutLow, <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> &amp; phosmod, <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> &amp; emcStopedAt, 
-                                       <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> &amp; ppsdStopedAt)
-{
-<b>  // Unfold clusters and fill xxxOut arrays with clusters from one PHOS module</b>
-  <a href=".././AliPHOSEmcRecPoint.html">AliPHOSEmcRecPoint</a> *  emcRecPoint  ; 
-  <a href=".././AliPHOSPpsdRecPoint.html">AliPHOSPpsdRecPoint</a> * ppsdRecPoint ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> index ;
-  
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> nEmcUnfolded = emcIn-&gt;GetEntries() ;
-  for(index = emcStopedAt; index &lt; nEmcUnfolded; index++){
-    emcRecPoint = (<a href=".././AliPHOSEmcRecPoint.html">AliPHOSEmcRecPoint</a> *) (*emcIn)[index] ;
-
-    if(emcRecPoint-&gt;GetPHOSMod() != phosmod )  
-       break ;
-    
-    <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> nMultipl = emcRecPoint-&gt;GetMultiplicity() ; 
-    <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> maxAt[nMultipl] ;
-    <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> maxAtEnergy[nMultipl] ;
-    <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> nMax = emcRecPoint-&gt;GetNumberOfLocalMax(maxAt, maxAtEnergy) ;
-
-    if(nMax &lt;= 1 )     // if cluster is very flat (no pronounced maximum) then nMax = 0 
-      emcOut-&gt;Add(emcRecPoint) ;
-    else if (<a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:fUnfoldFlag">fUnfoldFlag</a>) {
-      <a href="#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:UnfoldClusters">UnfoldClusters</a>(Dl, emcIn, emcRecPoint, nMax, maxAt, maxAtEnergy, emcOut) ;
-      emcIn-&gt;Remove(emcRecPoint); 
-      emcIn-&gt;Compress() ;
-      nEmcUnfolded-- ;
-      index-- ;
-    }
-  }
-  emcStopedAt = index ;
-
-  for(index = ppsdStopedAt; index &lt; ppsdIn-&gt;GetEntries(); index++){
-    ppsdRecPoint = (<a href=".././AliPHOSPpsdRecPoint.html">AliPHOSPpsdRecPoint</a> *) (*ppsdIn)[index] ;
-    if(ppsdRecPoint-&gt;GetPHOSMod() != phosmod )   
-      break ;
-    if(ppsdRecPoint-&gt;GetUp() ) 
-      ppsdOutUp-&gt;Add(ppsdRecPoint) ;
-    else  
-      ppsdOutLow-&gt;Add(ppsdRecPoint) ;
-  }
-  ppsdStopedAt = index ;
-   
-  emcOut-&gt;Sort() ;
-  ppsdOutUp-&gt;Sort() ;
-  ppsdOutLow-&gt;Sort() ;   
-}
-<b>//____________________________________________________________________________</b>
-<a name="AliPHOSTrackSegmentMakerv1:GetDistanceInPHOSPlane"> </a><a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a>  <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:GetDistanceInPHOSPlane">AliPHOSTrackSegmentMakerv1::GetDistanceInPHOSPlane</a>(<a href=".././AliPHOSEmcRecPoint.html">AliPHOSEmcRecPoint</a> * emcclu,<a href=".././AliPHOSPpsdRecPoint.html">AliPHOSPpsdRecPoint</a> * PpsdClu, <a href="../ListOfTypes.html#Bool_t">Bool_t</a> &amp;toofar)
-{
-<b>  // Calculates the distance between the EMC RecPoint and the PPSD RecPoint</b>
-  <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> r = <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:fR0">fR0</a> ;
-  TVector3 vecEmc ;
-  TVector3 vecPpsd ;
-  
-  emcclu-&gt;GetLocalPosition(vecEmc) ;
-  PpsdClu-&gt;GetLocalPosition(vecPpsd)  ; 
-  if(emcclu-&gt;GetPHOSMod() == PpsdClu-&gt;GetPHOSMod()){ 
-    if(vecPpsd.X() &gt;= vecEmc.X() - <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:fDelta">fDelta</a> ){ 
-      if(vecPpsd.Z() &gt;= vecEmc.Z() - <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:fDelta">fDelta</a> ){
-       <a href=".././AliPHOSGeometry.html">AliPHOSGeometry</a> * geom = <a href=".././AliPHOSGeometry.html#AliPHOSGeometry:GetInstance">AliPHOSGeometry::GetInstance</a>() ;
-<b>    // Correct to difference in CPV and EMC position due to different distance to center.</b>
-<b>    // we assume, that particle moves from center</b>
-       <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> dCPV = geom-&gt;GetIPtoOuterCoverDistance();
-       <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> dEMC = geom-&gt;GetIPtoCrystalSurface() ;
-       dEMC         = dEMC / dCPV ;
-        vecPpsd = dEMC * vecPpsd  - vecEmc ; 
-        r = vecPpsd.Mag() ;
-      } // if  zPpsd &gt;= zEmc - <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:fDelta">fDelta</a>
-      toofar = kFALSE ;
-    } // if  xPpsd &gt;= xEmc - <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:fDelta">fDelta</a>
-    else 
-      toofar = kTRUE ;
-  } 
-  else 
-    toofar = kTRUE ;
-  
-  return r ;
-}
-
-<b>//____________________________________________________________________________</b>
-<a name="AliPHOSTrackSegmentMakerv1:MakeLinks"> </a><a href="../ListOfTypes.html#void">void</a>  <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:MakeLinks">AliPHOSTrackSegmentMakerv1::MakeLinks</a>(TObjArray * emcRecPoints, TObjArray * ppsdRecPointsUp, 
-                                    TObjArray * ppsdRecPointsLow, TClonesArray * linklowArray, 
-                                    TClonesArray *linkupArray) 
-{ 
-<b>  // Finds distances (links) between all EMC and PPSD clusters, which are not further apart from each other than <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:fR0">fR0</a> </b>
-  
-  TIter nextEmc(emcRecPoints) ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> iEmcClu = 0 ; 
-  
-  <a href=".././AliPHOSPpsdRecPoint.html">AliPHOSPpsdRecPoint</a> * ppsdlow ; 
-  <a href=".././AliPHOSPpsdRecPoint.html">AliPHOSPpsdRecPoint</a> * ppsdup ;
-  <a href=".././AliPHOSEmcRecPoint.html">AliPHOSEmcRecPoint</a> * emcclu ;
-  
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> iLinkLow = 0 ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> iLinkUp  = 0 ;
-  
-  while( (emcclu = (<a href=".././AliPHOSEmcRecPoint.html">AliPHOSEmcRecPoint</a>*)nextEmc() ) ) {
-    <a href="../ListOfTypes.html#Bool_t">Bool_t</a> toofar ;
-    TIter nextPpsdLow(ppsdRecPointsLow ) ;
-    <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> iPpsdLow = 0 ;
-    
-    while( (ppsdlow = (<a href=".././AliPHOSPpsdRecPoint.html">AliPHOSPpsdRecPoint</a>*)nextPpsdLow() ) ) { 
-      <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> r = <a href="#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:GetDistanceInPHOSPlane">GetDistanceInPHOSPlane</a>(emcclu, ppsdlow, toofar) ;
-      
-      if(toofar) 
-       break ;  
-      if(r &lt; <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:fR0">fR0</a>) 
-       new( (*linklowArray)[iLinkLow++]) <a href=".././AliPHOSLink.html">AliPHOSLink</a>(r, iEmcClu, iPpsdLow) ;
-      
-      iPpsdLow++ ;
-      
-    }
-    
-    TIter nextPpsdUp(ppsdRecPointsUp ) ;
-    <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> iPpsdUp = 0 ;
-    
-    while( (ppsdup = (<a href=".././AliPHOSPpsdRecPoint.html">AliPHOSPpsdRecPoint</a>*)nextPpsdUp() ) ) { 
-      <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> r = <a href="#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:GetDistanceInPHOSPlane">GetDistanceInPHOSPlane</a>(emcclu, ppsdup, toofar) ;
-      
-      if(toofar)
-       break ;  
-      if(r &lt; <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:fR0">fR0</a>) 
-       new( (*linkupArray)[iLinkUp++]) <a href=".././AliPHOSLink.html">AliPHOSLink</a>(r, iEmcClu, iPpsdUp) ;
-      
-      iPpsdUp++ ;
-      
-    }
-    
-    iEmcClu++ ; 
-    
-  } // while nextEmC
-  
-  linklowArray-&gt;Sort() ; //first links with smallest distances
-  linkupArray-&gt;Sort() ;
-}
-    
-<b>//____________________________________________________________________________</b>
-<a name="AliPHOSTrackSegmentMakerv1:MakePairs"> </a><a href="../ListOfTypes.html#void">void</a>  <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:MakePairs">AliPHOSTrackSegmentMakerv1::MakePairs</a>(TObjArray * emcRecPoints, TObjArray * ppsdRecPointsUp, 
-                                   TObjArray * ppsdRecPointsLow, TClonesArray * linklowArray, 
-                                   TClonesArray * linkupArray, <a href="../ListOfTypes.html#TrackSegmentsList">TrackSegmentsList</a> * trsl) 
-{ 
-
-<b>  // Finds the smallest links and makes pairs of PPSD and EMC clusters with smallest distance </b>
-  
-  TIter nextLow(linklowArray) ;
-  TIter nextUp(linkupArray) ;
-  
-  <a href=".././AliPHOSLink.html">AliPHOSLink</a> * linkLow ;
-  <a href=".././AliPHOSLink.html">AliPHOSLink</a> * linkUp ;
-
-  <a href=".././AliPHOSEmcRecPoint.html">AliPHOSEmcRecPoint</a> * emc ;
-  <a href=".././AliPHOSPpsdRecPoint.html">AliPHOSPpsdRecPoint</a> * ppsdLow ;
-  <a href=".././AliPHOSPpsdRecPoint.html">AliPHOSPpsdRecPoint</a> * ppsdUp ;
-
-  <a href=".././AliPHOSRecPoint.html">AliPHOSRecPoint</a> * nullpointer = 0 ;
-
-  while ( (linkLow =  (<a href=".././AliPHOSLink.html">AliPHOSLink</a> *)nextLow() ) ){
-    emc = (<a href=".././AliPHOSEmcRecPoint.html">AliPHOSEmcRecPoint</a> *) emcRecPoints-&gt;At(linkLow-&gt;GetEmc()) ;
-    ppsdLow = (<a href=".././AliPHOSPpsdRecPoint.html">AliPHOSPpsdRecPoint</a> *) ppsdRecPointsLow-&gt;At(linkLow-&gt;GetPpsd()) ;
-    if( (emc) &amp;&amp; (ppsdLow) ){ // RecPoints not removed yet 
-        ppsdUp = 0 ;
-        
-        while ( (linkUp =  (<a href=".././AliPHOSLink.html">AliPHOSLink</a> *)nextUp() ) ){  
-          if(linkLow-&gt;GetEmc() == linkUp-&gt;GetEmc() ){
-            ppsdUp = (<a href=".././AliPHOSPpsdRecPoint.html">AliPHOSPpsdRecPoint</a> *) ppsdRecPointsUp-&gt;At(linkUp-&gt;GetPpsd()) ;
-            break ;
-          }
-       
-        } // while nextUp
-        
-        nextUp.Reset();
-         <a href=".././AliPHOSTrackSegment.html">AliPHOSTrackSegment</a> * subtr = new <a href=".././AliPHOSTrackSegment.html">AliPHOSTrackSegment</a>(emc, ppsdUp, ppsdLow ) ;
-        trsl-&gt;Add(subtr) ;  
-        emcRecPoints-&gt;AddAt(nullpointer,linkLow-&gt;GetEmc()) ;       
-        ppsdRecPointsLow-&gt;AddAt(nullpointer,linkLow-&gt;GetPpsd()) ;
-        
-        if(ppsdUp)  
-          ppsdRecPointsUp-&gt;AddAt(nullpointer,linkUp-&gt;GetPpsd()) ;
-        
-    } 
-  } 
-   
-  TIter nextEmc(emcRecPoints) ;          
-  nextEmc.Reset() ;
-
-  while( (emc = (<a href=".././AliPHOSEmcRecPoint.html">AliPHOSEmcRecPoint</a>*)nextEmc()) ){ //to create pairs if no ppsdlow
-    ppsdLow = 0 ; 
-    ppsdUp  = 0 ;
-    
-    while ( (linkUp =  (<a href=".././AliPHOSLink.html">AliPHOSLink</a> *)nextUp() ) ){
-      
-      if(emcRecPoints-&gt;IndexOf(emc) == linkUp-&gt;GetEmc() ){
-       ppsdUp = (<a href=".././AliPHOSPpsdRecPoint.html">AliPHOSPpsdRecPoint</a> *) ppsdRecPointsUp-&gt;At(linkUp-&gt;GetPpsd()) ;
-       break ;
-      }
-      
-    }
-    <a href=".././AliPHOSTrackSegment.html">AliPHOSTrackSegment</a> * subtr = new <a href=".././AliPHOSTrackSegment.html">AliPHOSTrackSegment</a>(emc, ppsdUp, ppsdLow ) ;
-    trsl-&gt;Add(subtr) ;   
-    if(ppsdUp)  
-      ppsdRecPointsUp-&gt;AddAt(nullpointer,linkUp-&gt;GetPpsd()) ;
-  }
-     
-}
-
-<b>//____________________________________________________________________________</b>
-<a name="AliPHOSTrackSegmentMakerv1:MakeTrackSegments"> </a><a href="../ListOfTypes.html#void">void</a>  <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:MakeTrackSegments">AliPHOSTrackSegmentMakerv1::MakeTrackSegments</a>(<a href="../ListOfTypes.html#DigitsList">DigitsList</a> * DL, <a href="../ListOfTypes.html#RecPointsList">RecPointsList</a> * emcl, 
-                                       <a href="../ListOfTypes.html#RecPointsList">RecPointsList</a> * ppsdl, <a href="../ListOfTypes.html#TrackSegmentsList">TrackSegmentsList</a> * trsl)
-{
-<b>  // Makes the track segments out of the list of EMC and PPSD Recpoints and stores them in a list</b>
-
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> phosmod      = 1 ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> emcStopedAt  = 0 ; 
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> ppsdStopedAt = 0 ; 
-  
-  TObjArray * emcRecPoints     = new TObjArray(100) ;  // these arrays keep pointers 
-  TObjArray * ppsdRecPointsUp  = new TObjArray(100) ;  // to RecPoints, which are 
-  TObjArray * ppsdRecPointsLow = new TObjArray(100) ;  // kept in TClonesArray's emcl and ppsdl
-  
-  
-  TClonesArray * linklowArray = new TClonesArray("<a href=".././AliPHOSLink.html">AliPHOSLink</a>", 100);
-  TClonesArray * linkupArray  = new TClonesArray("<a href=".././AliPHOSLink.html">AliPHOSLink</a>", 100); 
-  
-  <a href=".././AliPHOSGeometry.html">AliPHOSGeometry</a> * geom = <a href=".././AliPHOSGeometry.html#AliPHOSGeometry:GetInstance">AliPHOSGeometry::GetInstance</a>() ;
-  
-  while(phosmod &lt;= geom-&gt;GetNModules() ){
-    
-    <a href="#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:FillOneModule">FillOneModule</a>(DL, emcl, emcRecPoints, ppsdl, ppsdRecPointsUp, ppsdRecPointsLow, phosmod, emcStopedAt, ppsdStopedAt) ;
-
-    <a href="#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:MakeLinks">MakeLinks</a>(emcRecPoints, ppsdRecPointsUp, ppsdRecPointsLow, linklowArray, linkupArray) ; 
-
-    <a href="#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:MakePairs">MakePairs</a>(emcRecPoints, ppsdRecPointsUp, ppsdRecPointsLow, linklowArray, linkupArray, trsl) ;
-    emcRecPoints-&gt;Clear() ;
-    ppsdRecPointsUp-&gt;Clear() ;
-  
-    ppsdRecPointsLow-&gt;Clear() ;
-
-    linkupArray-&gt;Clear() ;
-   
-    linklowArray-&gt;Clear() ;
-   
-    phosmod++ ; 
-  }
-  delete emcRecPoints ; 
-  emcRecPoints = 0 ; 
-
-  delete ppsdRecPointsUp ; 
-  ppsdRecPointsUp = 0 ; 
-
-  delete ppsdRecPointsLow ; 
-  ppsdRecPointsLow = 0 ; 
-
-  delete linkupArray ; 
-  linkupArray = 0  ; 
-
-  delete linklowArray ; 
-  linklowArray = 0 ; 
-}
-
-<b>//____________________________________________________________________________</b>
-<a name="AliPHOSTrackSegmentMakerv1:ShowerShape"> </a><a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a>  <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:ShowerShape">AliPHOSTrackSegmentMakerv1::ShowerShape</a>(<a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> r)
-{ 
-<b>  // Shape of the shower (see PHOS TDR)</b>
-<b>  // If you change this function, change also the gradien evaluation  in ChiSquare()</b>
-
-  <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> r4    = r*r*r*r ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> r295  = TMath::Power(r, 2.95) ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> shape = TMath::Exp( -r4 * (1. / (2.32 + 0.26 * r4) + 0.0316 / (1 + 0.0652 * r295) ) ) ;
-  return shape ;
-}
-
-<b>//____________________________________________________________________________</b>
-<a name="AliPHOSTrackSegmentMakerv1:UnfoldClusters"> </a><a href="../ListOfTypes.html#void">void</a>  <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:UnfoldClusters">AliPHOSTrackSegmentMakerv1::UnfoldClusters</a>(<a href="../ListOfTypes.html#DigitsList">DigitsList</a> * DL, <a href="../ListOfTypes.html#RecPointsList">RecPointsList</a> * emcIn,  <a href=".././AliPHOSEmcRecPoint.html">AliPHOSEmcRecPoint</a> * iniEmc, 
-                                        <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> nMax, <a href="../ListOfTypes.html#int">int</a> * maxAt, <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> * maxAtEnergy, TObjArray * emcList)
-{ 
-<b>  // Performs the unfolding of a cluster with nMax overlapping showers </b>
-<b>  // This is time consuming (use the (Un)SetUnfolFlag()  )</b>
-
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> nPar = 3 * nMax ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> fitparameters[nPar] ;
-  <a href=".././AliPHOSGeometry.html">AliPHOSGeometry</a> * geom = <a href=".././AliPHOSGeometry.html#AliPHOSGeometry:GetInstance">AliPHOSGeometry::GetInstance</a>() ;
-
-  <a href="../ListOfTypes.html#Bool_t">Bool_t</a> rv = <a href="#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:FindFit">FindFit</a>(iniEmc, maxAt, maxAtEnergy, nPar, fitparameters) ;
-  if( !rv )  // Fit failed, return and remove cluster
-    return ;
-  
-  <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> xDigit ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> zDigit ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> relid[4] ;
-
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> nDigits = iniEmc-&gt;GetMultiplicity() ;  
-  <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> xpar  ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> zpar  ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> epar  ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> distance ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> ratio ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> efit[nDigits] ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> iparam ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> iDigit ;
-  
-  <a href=".././AliPHOSDigit.html">AliPHOSDigit</a> * digit ;
-  <a href=".././AliPHOSEmcRecPoint.html">AliPHOSEmcRecPoint</a> * emcRP ;  
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> * emcDigits = iniEmc-&gt;GetDigitsList() ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> * emcEnergies = iniEmc-&gt;GetEnergiesList() ;
-
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> iRecPoint = emcIn-&gt;GetEntries() ;
-
-  for(iDigit = 0 ; iDigit &lt; nDigits ; iDigit ++){
-    digit = (<a href=".././AliPHOSDigit.html">AliPHOSDigit</a> *) emcDigits[iDigit];
-    geom-&gt;AbsToRelNumbering(digit-&gt;GetId(), relid) ;
-    geom-&gt;RelPosInModule(relid, xDigit, zDigit) ;
-    efit[iDigit] = 0;
-    iparam = 0 ;
-    
-    while(iparam &lt; nPar ){
-      xpar = fitparameters[iparam] ;
-      zpar = fitparameters[iparam+1] ;
-      epar = fitparameters[iparam+2] ;
-      iparam += 3 ;
-      distance = (xDigit - xpar) * (xDigit - xpar) + (zDigit - zpar) * (zDigit - zpar)  ;
-      distance =  TMath::Sqrt(distance) ;
-      efit[iDigit] += epar * <a href="#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:ShowerShape">ShowerShape</a>(distance) ;
-    }
-  }
-
-  iparam = 0 ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> eDigit ;
-
-  while(iparam &lt; nPar ){
-    xpar = fitparameters[iparam] ;
-    zpar = fitparameters[iparam+1] ;
-    epar = fitparameters[iparam+2] ;
-    iparam += 3 ;
-    new ((*emcIn)[iRecPoint]) <a href=".././AliPHOSEmcRecPoint.html">AliPHOSEmcRecPoint</a>( iniEmc-&gt;GetLogWeightCut(), iniEmc-&gt;GetLocMaxCut() ) ;
-    emcRP = (<a href=".././AliPHOSEmcRecPoint.html">AliPHOSEmcRecPoint</a> *) emcIn-&gt;At(iRecPoint++);
-
-    for(iDigit = 0 ; iDigit &lt; nDigits ; iDigit ++){
-      digit = (<a href=".././AliPHOSDigit.html">AliPHOSDigit</a> *) emcDigits[iDigit];
-      geom-&gt;AbsToRelNumbering(digit-&gt;GetId(), relid) ;
-      geom-&gt;RelPosInModule(relid, xDigit, zDigit) ;
-      distance = (xDigit - xpar) * (xDigit - xpar) + (zDigit - zpar) * (zDigit - zpar)  ;
-      distance =  TMath::Sqrt(distance) ;
-      ratio = epar * <a href="#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:ShowerShape">ShowerShape</a>(distance) / efit[iDigit] ; 
-      eDigit = emcEnergies[iDigit] * ratio ;
-      emcRP-&gt;AddDigit( *digit, eDigit ) ;
-    }
-
-    emcList-&gt;Add(emcRP) ;
-
-  }
-}
-
-<b>//______________________________________________________________________________</b>
-<a href="../ListOfTypes.html#void">void</a> UnfoldingChiSquare(<a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> &amp; nPar, <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> * Grad, <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> &amp; fret, <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> * x, <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> iflag)
-{
-<b>  // Calculates th Chi square for the cluster unfolding minimization</b>
-<b>  // Number of parameters, Gradient, Chi squared, parameters, what to do</b>
-
-  <a href=".././AliPHOSGeometry.html">AliPHOSGeometry</a> * geom = <a href=".././AliPHOSGeometry.html#AliPHOSGeometry:GetInstance">AliPHOSGeometry::GetInstance</a>() ;
-
-  <a href=".././AliPHOSEmcRecPoint.html">AliPHOSEmcRecPoint</a> * emcRP = (<a href=".././AliPHOSEmcRecPoint.html">AliPHOSEmcRecPoint</a> *) gMinuit-&gt;GetObjectFit() ; // EmcRecPoint to fit
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> * emcDigits     = emcRP-&gt;GetDigitsList() ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> * emcEnergies = emcRP-&gt;GetEnergiesList() ;
-  fret = 0. ;     
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> iparam ;
-
-  if(iflag == 2)
-    for(iparam = 0 ; iparam &lt; nPar ; iparam++)    
-      Grad[iparam] = 0 ; // Will evaluate gradient
-  
-  <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> efit ;  
-  
-  <a href=".././AliPHOSDigit.html">AliPHOSDigit</a> * digit ;
-  <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> iDigit = 0 ;
-
-  while ( (digit = (<a href=".././AliPHOSDigit.html">AliPHOSDigit</a> *)emcDigits[iDigit] )){
-    <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> relid[4] ;
-    <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> xDigit ;
-    <a href="../ListOfTypes.html#Float_t">Float_t</a> zDigit ;
-    geom-&gt;AbsToRelNumbering(digit-&gt;GetId(), relid) ;
-    geom-&gt;RelPosInModule(relid, xDigit, zDigit) ;
-    
-     if(iflag == 2){  // calculate gradient
-       <a href="../ListOfTypes.html#Int_t">Int_t</a> iParam = 0 ;
-       efit = 0 ;
-       while(iParam &lt; nPar ){
-        <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> distance = (xDigit - x[iParam]) * (xDigit - x[iParam]) ;
-        iParam++ ; 
-        distance += (zDigit - x[iParam]) * (zDigit - x[iParam]) ; 
-        distance = TMath::Sqrt( distance ) ; 
-        iParam++ ;      
-        efit += x[iParam] * <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:ShowerShape">AliPHOSTrackSegmentMakerv1::ShowerShape</a>(distance) ;
-        iParam++ ;
-       }
-       <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> sum = 2. * (efit - emcEnergies[iDigit]) / emcEnergies[iDigit] ; // Here we assume, that sigma = sqrt(E) 
-       iParam = 0 ;
-       while(iParam &lt; nPar ){
-        <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> xpar = x[iParam] ;
-        <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> zpar = x[iParam+1] ;
-        <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> epar = x[iParam+2] ;
-        <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> dr = TMath::Sqrt( (xDigit - xpar) * (xDigit - xpar) + (zDigit - zpar) * (zDigit - zpar) );
-        <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> shape = sum * <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:ShowerShape">AliPHOSTrackSegmentMakerv1::ShowerShape</a>(dr) ;
-        <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> r4 = dr*dr*dr*dr ;
-        <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> r295 = TMath::Power(dr,2.95) ;
-        <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> deriv =-4. * dr*dr * ( 2.32 / ( (2.32 + 0.26 * r4) * (2.32 + 0.26 * r4) ) +
-                                        0.0316 * (1. + 0.0171 * r295) / ( ( 1. + 0.0652 * r295) * (1. + 0.0652 * r295) ) ) ;
-        
-        Grad[iParam] += epar * shape * deriv * (xpar - xDigit) ;  // Derivative over x    
-        iParam++ ; 
-        Grad[iParam] += epar * shape * deriv * (zpar - zDigit) ;  // Derivative over z         
-        iParam++ ; 
-        Grad[iParam] += shape ;                                  // Derivative over energy             
-        iParam++ ; 
-       }
-     }
-     efit = 0;
-     iparam = 0 ;
-     while(iparam &lt; nPar ){
-       <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> xpar = x[iparam] ;
-       <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> zpar = x[iparam+1] ;
-       <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> epar = x[iparam+2] ;
-       iparam += 3 ;
-       <a href="../ListOfTypes.html#Double_t">Double_t</a> distance = (xDigit - xpar) * (xDigit - xpar) + (zDigit - zpar) * (zDigit - zpar)  ;
-       distance =  TMath::Sqrt(distance) ;
-       efit += epar * <a href=".././AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html#AliPHOSTrackSegmentMakerv1:ShowerShape">AliPHOSTrackSegmentMakerv1::ShowerShape</a>(distance) ;
-     }
-     fret += (efit-emcEnergies[iDigit])*(efit-emcEnergies[iDigit])/emcEnergies[iDigit] ; 
-<b>     // Here we assume, that sigma = sqrt(E)</b>
-     iDigit++ ;
-  }
-}
-</pre>
-
-<!--SIGNATURE-->
-<br>
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-</body>
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