]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - RALICE/AliVertex.cxx
fix for a bug in re-initialization of the PNE LUT and for a memory leak (by Ruben)
[u/mrichter/AliRoot.git] / RALICE / AliVertex.cxx
index 38fd633c9b9cc1b5b8e3a7380cfc5b8d723e91e3..dc1ae6b37491dc9faa13cb0a12f15e622afb9816 100644 (file)
 //    in an AliEvent.  
 //    In this way the AliVertex just represents a 'logical structure' for the
 //    physics analysis which can be embedded in e.g. an AliEvent or AliVertex.
+//
+//    Note :
 //    Modifications made to the original vertices also affect the AliVertex objects
-//    which are stored. 
+//    which are stored.
+// 
 // b) SetVertexCopy(1).
 //    Of every 'added' vertex a private copy will be made of which the pointer
 //    will be stored.
@@ -43,7 +46,9 @@
 //    stored. 
 //    This mode will allow 'adding' many different AliVertex objects by
 //    creating only one AliVertex instance in the main programme and using the
-//    AliVertex::Reset() and AliVertex::AddTrack and parameter setting memberfunctions.
+//    AliVertex::Reset, AliVertex::AddTrack and parameter setting memberfunctions.
+//
+// See also the documentation provided for the memberfunction SetOwner(). 
 //
 // Coding example to make 3 vertices v1, v2 and v3.
 // ------------------------------------------------
 //        Float_t r3[3]={6.2,4.8,1.3};
 //        v3.SetPosition(r3,"car");
 //
-//        v1.Info("sph");
+//        v1.Data("sph");
 //        v2.ListAll();
 //        v3.List("cyl");
 //
 //        Float_t loc[3];
 //        v1.GetPosition(loc,"sph");
 //        AliPosition r=v2.GetPosition();
-//        r.Info(); 
+//        r.Data(); 
 //        Int_t nt=v2.GetNtracks();
 //        AliTrack* tv=v2.GetTrack(1); // Access track number 1 of Vertex v2
 //
 //        Float_t pos[3]={7,9,4};
 //        v1.SetPosition(pos,"car");
 //
-// Note : All quantities are in GeV, GeV/c or GeV/c**2
+// Note : By default all quantities are in meter, GeV, GeV/c or GeV/c**2
+//        but the user can indicate the usage of a different scale for
+//        the metric and/or energy-momentum units via the SetUnitScale()
+//        and SetEscale() memberfunctions, respectively.
+//        The actual metric and energy-momentum unit scales in use can be
+//        obtained via the GetUnitScale() and GetEscale() memberfunctions.
 //
 //--- Author: Nick van Eijndhoven 04-apr-1998 UU-SAP Utrecht
 //- Modified: NvE $Date$ UU-SAP Utrecht
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
+#include <cstdlib>
 #include "AliVertex.h"
+#include "Riostream.h"
  
 ClassImp(AliVertex) // Class implementation to enable ROOT I/O
  
-AliVertex::AliVertex()
+AliVertex::AliVertex() : AliJet(),AliPosition()
 {
 // Default constructor.
 // All variables initialised to 0.
 // Initial maximum number of tracks is set to the default value.
 // Initial maximum number of sec. vertices is set to the default value.
- fNvmax=0;
- fVertices=0;
- fConnects=0;
- fVertexCopy=0;
- fNjmax=0;
- fJets=0;
- fJetCopy=0;
+ Init();
  Reset();
- SetNtinit();
  SetNvmax();
  SetNjmax();
 }
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-AliVertex::AliVertex(Int_t n)
+void AliVertex::Init()
 {
-// Create a vertex to hold initially a maximum of n tracks
-// All variables initialised to 0
+// Initialisation of pointers etc...
  fNvmax=0;
  fVertices=0;
  fConnects=0;
  fVertexCopy=0;
  fNjmax=0;
  fJets=0;
+ fJetTracks=0;
  fJetCopy=0;
- Reset();
- if (n > 0)
- {
-  SetNtinit(n);
- }
- else
+ fLines=0;
+}
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+AliVertex::AliVertex(Int_t n) : AliJet(n),AliPosition()
+{
+// Create a vertex to hold initially a maximum of n tracks
+// All variables initialised to 0
+ if (n<=0)
  {
-  cout << endl;
-  cout << " *AliVertex* Initial max. number of tracks entered : " << n << endl;
-  cout << " This is invalid. Default initial maximum will be used." << endl;
-  cout << endl;
-  SetNtinit();
+  cout << " *** This AliJet initialisation was invoked via the AliVertex ctor." << endl;
  }
+ Init();
+ Reset();
  SetNvmax();
  SetNjmax();
 }
@@ -194,22 +199,132 @@ AliVertex::~AliVertex()
 // Default destructor
  if (fVertices)
  {
-  if (fVertexCopy) fVertices->Delete();
   delete fVertices;
   fVertices=0;
  }
  if (fConnects)
  {
-  fConnects->Delete();
   delete fConnects;
   fConnects=0;
  }
  if (fJets)
  {
-  if (fJetCopy) fJets->Delete();
   delete fJets;
   fJets=0;
  }
+ if (fJetTracks)
+ {
+  delete fJetTracks;
+  fJetTracks=0;
+ }
+ if (fLines)
+ {
+  delete fLines;
+  fLines=0;
+ }
+}
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+void AliVertex::SetOwner(Bool_t own)
+{
+// Set ownership of all added objects. 
+// The default parameter is own=kTRUE.
+//
+// Invokation of this memberfunction also sets all the copy modes
+// (e.g. TrackCopy & co.) according to the value of own.
+//
+// This function (with own=kTRUE) is particularly useful when reading data
+// from a tree/file, since Reset() will then actually remove all the
+// added objects from memory irrespective of the copy mode settings
+// during the tree/file creation process. In this way it provides a nice way
+// of preventing possible memory leaks in the reading/analysis process.
+//
+// In addition this memberfunction can also be used as a shortcut to set all
+// copy modes in one go during a tree/file creation process.
+// However, in this case the user has to take care to only set/change the
+// ownership (and copy mode) for empty objects (e.g. newly created objects
+// or after invokation of the Reset() memberfunction) otherwise it will
+// very likely result in inconsistent destructor behaviour.
+
+ Int_t mode=1;
+ if (!own) mode=0;
+ if (fVertices) fVertices->SetOwner(own);
+ fVertexCopy=mode;
+ if (fJets) fJets->SetOwner(own);
+ fJetCopy=mode;
+
+ AliJet::SetOwner(own);
+}
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+AliVertex::AliVertex(const AliVertex& v) : AliJet(v.fNtinit),AliPosition(v)
+{
+// Copy constructor
+ Init();
+ fNvtx=0;
+ fNjets=0;
+ SetNvmax(v.fNvmax);
+ SetNjmax(v.fNjmax);
+ SetTrackCopy(v.GetTrackCopy());
+ SetVertexCopy(v.GetVertexCopy());
+ SetJetCopy(v.GetJetCopy());
+ SetId(v.GetId());
+
+ // Copy all tracks except the ones coming from jets
+ AliTrack* tx=0;
+ Int_t jetflag=0,connect=0;
+ AliTrack* tx2=0;
+ for (Int_t it=1; it<=v.fNtrk; it++)
+ {
+  tx=v.GetTrack(it);
+  if (tx)
+  {
+   jetflag=v.IsJetTrack(tx);
+   connect=v.IsConnectTrack(tx);
+
+   if (!jetflag && !connect) AddTrack(tx);
+
+   if (connect)
+   {
+    if (!fConnects)
+    {
+     fConnects=new TObjArray(fNvmax);
+     if (!fTrackCopy) fConnects->SetOwner();
+    }
+    tx2=new AliTrack(*tx);
+    fConnects->Add(tx2);
+    AddTrack(tx2,0);
+   } 
+  }
+ }
+
+ // Copy all the (secondary) vertices without re-creating connecting tracks
+ // The connecting tracks have already been copied above
+ AliVertex* vx=0;
+ for (Int_t iv=1; iv<=v.GetNvertices(); iv++)
+ {
+  vx=v.GetVertex(iv);
+  if (vx) AddVertex(vx,0); 
+ }
+
+ // Copy all the jets including the jet tracks for these jets for which
+ // this was also the case in the original vertex
+ AliJet* jx=0;
+ for (Int_t ij=1; ij<=v.GetNjets(); ij++)
+ {
+  jx=v.GetJet(ij);
+  if (jx)
+  {
+   jetflag=0;
+   if (jx->GetNtracks())
+   {
+    tx=jx->GetTrack(1);
+    if (tx)
+    {
+     jetflag=v.IsJetTrack(tx);
+    }
+   }
+   AddJet(jx,jetflag);
+  } 
+ }
 }
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 void AliVertex::SetNvmax(Int_t n)
@@ -225,7 +340,6 @@ void AliVertex::SetNvmax(Int_t n)
  }
  if (fVertices)
  {
-  if (fVertexCopy) fVertices->Delete();
   delete fVertices;
   fVertices=0;
  }
@@ -244,7 +358,6 @@ void AliVertex::SetNjmax(Int_t n)
  }
  if (fJets)
  {
-  if (fJetCopy) fJets->Delete();
   delete fJets;
   fJets=0;
  }
@@ -252,9 +365,10 @@ void AliVertex::SetNjmax(Int_t n)
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 void AliVertex::Reset()
 {
-// Reset all variables to 0
+// Reset all variables to 0 and reset all stored vertex and jet lists.
 // The max. number of tracks is set to the initial value again
 // The max. number of vertices is set to the default value again
+// The max. number of jets is set to the default value again
 
  AliJet::Reset();
 
@@ -266,13 +380,57 @@ void AliVertex::Reset()
  if (fNvmax>0) SetNvmax(fNvmax);
  if (fConnects)
  {
-  fConnects->Delete();
   delete fConnects;
   fConnects=0;
  }
 
  fNjets=0;
  if (fNjmax>0) SetNjmax(fNjmax);
+ if (fJetTracks)
+ {
+  delete fJetTracks;
+  fJetTracks=0;
+ }
+ if (fLines)
+ {
+  delete fLines;
+  fLines=0;
+ }
+}
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+void AliVertex::ResetVertices()
+{
+// Reset the stored vertex list and delete all connecting tracks which
+// were generated automatically via connect=1 in AddVertex().
+// The max. number of vertices is set to the default value again.
+// All physics quantities are updated according to the removal of the
+// connecting tracks.
+ AliTrack* t;
+ if (fConnects)
+ {
+  for (Int_t i=0; i<=fConnects->GetLast(); i++)
+  {
+   t=(AliTrack*)fConnects->At(i);
+   AliTrack* test=(AliTrack*)fTracks->Remove(t);
+   if (test)
+   {
+    fNtrk--;
+    (Ali4Vector&)(*this)-=(Ali4Vector&)(*t);
+    fQ-=t->GetCharge();
+    if (fTrackCopy) delete t;
+   }
+  }
+  fTracks->Compress();
+ }
+
+ fNvtx=0;
+ if (fNvmax>0) SetNvmax(fNvmax);
+ if (fConnects)
+ {
+  delete fConnects;
+  fConnects=0;
+ }
 }
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 void AliVertex::AddJet(AliJet& j,Int_t tracks)
@@ -288,7 +446,20 @@ void AliVertex::AddJet(AliJet& j,Int_t tracks)
 //        be stored according to the mode specified by SetJetCopy().
 //        The latter will enable jet studies based on a fixed list of tracks
 //        as contained e.g. in an AliVertex or AliEvent. 
- if (!fJets) fJets=new TObjArray(fNjmax);
+//
+// In case a private copy is made, this is performed via the Clone() memberfunction.
+// All AliJet and derived classes have the default TObject::Clone() memberfunction.
+// However, derived classes generally contain an internal data structure which may
+// include pointers to other objects. Therefore it is recommended to provide
+// for all derived classes a specific copy constructor and override the default Clone()
+// memberfunction using this copy constructor.
+// An example for this may be seen from AliJet.   
+
+ if (!fJets)
+ {
+  fJets=new TObjArray(fNjmax);
+  if (fJetCopy) fJets->SetOwner();
+ }
  if (fNjets == fNjmax) // Check if maximum jet number is reached
  {
   fNjmax++;
@@ -296,25 +467,32 @@ void AliVertex::AddJet(AliJet& j,Int_t tracks)
  }
 
  // Add the jet to the list 
- fNjets++;
- if (fJetCopy)
- {
-  AliJet* jx=new AliJet(j);
-  fJets->Add(jx);
- }
- else
+ AliJet* jx=&j;
+ if (fJetCopy) jx=(AliJet*)j.Clone();
+
+ if (jx)
  {
-  fJets->Add(&j);
+  fNjets++;
+  fJets->Add(jx); 
  }
 
  // Add the tracks of the jet to this vertex
  if (tracks)
  {
+  if (!fJetTracks)
+  {
+   fJetTracks=new TObjArray();
+  }
+  Int_t copy=1-(jx->GetTrackCopy());
   AliTrack* tj;
-  for (Int_t i=1; i<=j.GetNtracks(); i++)
+  for (Int_t i=1; i<=jx->GetNtracks(); i++)
   {
-   tj=j.GetTrack(i);
-   AddTrack(tj);
+   tj=jx->GetTrack(i);
+   if (tj)
+   {
+    AddTrack(tj,copy);
+    fJetTracks->Add(tj);
+   }
   }
  }
 }
@@ -335,7 +513,19 @@ void AliVertex::AddVertex(AliVertex& v,Int_t connect)
 //        has to introduce the connecting track lateron by hand
 //        explicitly in order to match the kinematics and charge.
 //
- if (!fVertices) fVertices=new TObjArray(fNvmax);
+// In case a private copy is made, this is performed via the Clone() memberfunction.
+// All AliVertex and derived classes have the default TObject::Clone() memberfunction.
+// However, derived classes generally contain an internal data structure which may
+// include pointers to other objects. Therefore it is recommended to provide
+// for all derived classes a specific copy constructor and override the default Clone()
+// memberfunction using this copy constructor.
+// An example for this may be seen from AliVertex.   
+
+ if (!fVertices)
+ {
+  fVertices=new TObjArray(fNvmax);
+  if (fVertexCopy) fVertices->SetOwner();
+ }
  if (fNvtx == fNvmax) // Check if maximum vertex number is reached
  {
   fNvmax++;
@@ -343,59 +533,75 @@ void AliVertex::AddVertex(AliVertex& v,Int_t connect)
  }
 
  // Add the linked (secondary) vertex to the list 
- fNvtx++;
- if (fVertexCopy)
+ AliVertex* vx=&v;
+ if (fVertexCopy) vx=(AliVertex*)v.Clone();
+
+ if (vx)
  {
-  AliVertex* vx=new AliVertex(v);
+  fNvtx++;
   fVertices->Add(vx);
- }
- else
- {
-  fVertices->Add(&v);
- }
+ } 
 
  // Create connecting track and update 4-momentum and charge for current vertex
  if (connect)
  {
-  AliPosition r1=GetPosition();
-  AliPosition r2=v.GetPosition();
-  Float_t q=v.GetCharge();
-  Ali3Vector p=v.Get3Momentum();
-  Double_t v2=v.GetInvariant();
-  Double_t dv2=v.Ali4Vector::GetResultError();
-
-  AliTrack* t=new AliTrack;
-  t->SetBeginPoint(r1);
-  t->SetEndPoint(r2);
-  t->SetCharge(q);
-  t->Set3Momentum(p);
-  t->SetInvariant(v2,dv2);
+  AliTrack* t=new AliTrack();
+  t->SetBeginPoint(GetPosition());
+  t->SetEndPoint(v.GetPosition());
+  t->SetCharge(v.GetCharge());
+  t->Set4Momentum((Ali4Vector&)v);
 
-  AddTrack(t);
+  AddTrack(t,0);
 
-  if (!fConnects) fConnects=new TObjArray(fNvmax);
+  if (!fConnects)
+  {
+   fConnects=new TObjArray(fNvmax);
+   if (!fTrackCopy) fConnects->SetOwner();
+  }
   fConnects->Add(t);
  }
 }
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-void AliVertex::Info(TString f)
+void AliVertex::Data(TString f,TString u)
 {
 // Provide vertex information within the coordinate frame f
- cout << " *AliVertex::Info* Invmass : " << GetInvmass()
+//
+// The string argument "u" allows to choose between different angular units
+// in case e.g. a spherical frame is selected.
+// u = "rad" : angles provided in radians
+//     "deg" : angles provided in degrees
+//
+// The defaults are f="car" and u="rad".
+
+ const char* name=GetName();
+ const char* title=GetTitle();
+ cout << " *AliVertex::Data*";
+ if (strlen(name))  cout << " Name : " << GetName();
+ if (strlen(title)) cout << " Title : " << GetTitle();
+ cout << endl;
+ cout << " Id : " << fUserId << " Invmass : " << GetInvmass()
       << " Charge : " << GetCharge() << " Momentum : " << GetMomentum()
-      << " Ntracks : " << GetNtracks() << " Nvertices : " << fNvtx 
-      << " Njets : " << fNjets << endl;
+      << " Ntracks : " << GetNtracks() << endl;
+ cout << " Nvertices : " << fNvtx << " Njets : " << fNjets
+      << " Energy scale : " << fEscale << " GeV" << endl;
  cout << " ";
- Ali4Vector::Info(f);
+ Ali4Vector::Data(f,u);
  cout << "  Position";
- AliPosition::Info(f); 
+ AliPosition::Data(f,u); 
 } 
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-void AliVertex::List(TString f)
+void AliVertex::List(TString f,TString u)
 {
 // Provide primary track and sec. vertex information within the coordinate frame f
+//
+// The string argument "u" allows to choose between different angular units
+// in case e.g. a spherical frame is selected.
+// u = "rad" : angles provided in radians
+//     "deg" : angles provided in degrees
+//
+// The defaults are f="car" and u="rad".
 
Info(f); // Information of the current vertex
Data(f,u); // Information of the current vertex
 
  // The tracks of this vertex
  AliTrack* t; 
@@ -406,7 +612,7 @@ void AliVertex::List(TString f)
   {
    cout << "  ---Track no. " << it << endl;
    cout << " ";
-   t->Info(f); 
+   t->Data(f,u); 
   }
   else
   {
@@ -423,7 +629,7 @@ void AliVertex::List(TString f)
   {
    cout << "  ---Level 1 sec. vertex no. " << iv << endl;
    cout << " ";
-   v->Info(f); 
+   v->Data(f,u); 
   }
   else
   {
@@ -432,11 +638,18 @@ void AliVertex::List(TString f)
  }
 } 
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-void AliVertex::ListAll(TString f)
+void AliVertex::ListAll(TString f,TString u)
 {
 // Provide complete (sec) vertex and (decay) track info within the coordinate frame f
+//
+// The string argument "u" allows to choose between different angular units
+// in case e.g. a spherical frame is selected.
+// u = "rad" : angles provided in radians
+//     "deg" : angles provided in degrees
+//
+// The defaults are f="car" and u="rad".
 
Info(f); // Information of the current vertex
Data(f,u); // Information of the current vertex
 
  // The tracks of this vertex
  AliTrack* t; 
@@ -447,7 +660,7 @@ void AliVertex::ListAll(TString f)
   {
    cout << "  ---Track no. " << it << endl;
    cout << " ";
-   t->ListAll(f); 
+   t->ListAll(f,u); 
   }
   else
   {
@@ -456,10 +669,10 @@ void AliVertex::ListAll(TString f)
  }
 
  AliVertex* v=this;
- Dump(v,1,f); // Information of all sec. vertices
+ Dumps(v,1,f,u); // Information of all sec. vertices
 }
 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-void AliVertex::Dump(AliVertex* v,Int_t n,TString f)
+void AliVertex::Dumps(AliVertex* v,Int_t n,TString f,TString u)
 {
 // Recursively provide the info of all secondary vertices of this vertex
  AliVertex* vs; 
@@ -470,7 +683,7 @@ void AliVertex::Dump(AliVertex* v,Int_t n,TString f)
   {
    cout << "  ---Level " << n << " sec. vertex no. " << iv << endl;
    cout << " ";
-   vs->Info(f); 
+   vs->Data(f,u); 
 
    // The tracks of this vertex
    AliTrack* t; 
@@ -481,31 +694,31 @@ void AliVertex::Dump(AliVertex* v,Int_t n,TString f)
     {
      cout << "  ---Track no. " << it << endl;
      cout << " ";
-     t->ListAll(f); 
+     t->ListAll(f,u); 
     }
     else
     {
-     cout << " *AliVertex::Dump* Error : No track present." << endl; 
+     cout << " *AliVertex::Dumps* Error : No track present." << endl; 
     }
    }
 
    // Go for next sec. vertex level of this sec. vertex recursively
-   Dump(vs,n+1,f);
+   Dumps(vs,n+1,f,u);
   }
   else
   {
-   cout << " *AliVertex::Dump* Error : No sec. vertex present." << endl; 
+   cout << " *AliVertex::Dumps* Error : No sec. vertex present." << endl; 
   }
  }
 } 
 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-Int_t AliVertex::GetNvertices()
+Int_t AliVertex::GetNvertices() const
 {
 // Return the current number of (secondary) vertices
  return fNvtx;
 }
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-AliVertex* AliVertex::GetVertex(Int_t i)
+AliVertex* AliVertex::GetVertex(Int_t i) const
 {
 // Return the i-th (secondary) vertex of the current vertex
  if (!fVertices)
@@ -528,6 +741,27 @@ AliVertex* AliVertex::GetVertex(Int_t i)
  }
 }
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+AliVertex* AliVertex::GetIdVertex(Int_t id) const
+{
+// Return the (sec.) vertex with user identifier "id"
+ AliVertex* vx=0;
+ AliVertex* v=0;
+ if (!fVertices)
+ {
+  cout << " *AliVertex*::GetIdVertex* No (secondary) vertices present." << endl;
+  return 0;
+ }
+ else
+ {
+  for (Int_t i=0; i<fNvtx; i++)
+  {
+   vx=(AliVertex*)fVertices->At(i);
+   if (id == vx->GetId()) v=vx;
+  }
+  return v;
+ }
+}
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 void AliVertex::SetVertexCopy(Int_t j)
 {
 // (De)activate the creation of private copies of the added vertices.
@@ -556,7 +790,7 @@ void AliVertex::SetVertexCopy(Int_t j)
  }
 }
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-Int_t AliVertex::GetVertexCopy()
+Int_t AliVertex::GetVertexCopy() const
 {
 // Provide value of the VertexCopy mode.
 // 0 ==> No private copies are made; pointers of original vertices are stored.
@@ -564,13 +798,13 @@ Int_t AliVertex::GetVertexCopy()
  return fVertexCopy;
 }
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-Int_t AliVertex::GetNjets()
+Int_t AliVertex::GetNjets() const
 {
 // Return the current number of jets
  return fNjets;
 }
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-AliJet* AliVertex::GetJet(Int_t i)
+AliJet* AliVertex::GetJet(Int_t i) const
 {
 // Return the i-th jet of the current vertex
  if (!fJets)
@@ -593,6 +827,27 @@ AliJet* AliVertex::GetJet(Int_t i)
  }
 }
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+AliJet* AliVertex::GetIdJet(Int_t id) const
+{
+// Return the jet with user identifier "id"
+ AliJet* jx=0;
+ AliJet* j=0;
+ if (!fJets)
+ {
+  cout << " *AliVertex*::GetIdJet* No jets present." << endl;
+  return 0;
+ }
+ else
+ {
+  for (Int_t i=0; i<fNjets; i++)
+  {
+   jx=(AliJet*)fJets->At(i);
+   if (id == jx->GetId()) j=jx;
+  }
+  return j;
+ }
+}
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 void AliVertex::SetJetCopy(Int_t j)
 {
 // (De)activate the creation of private copies of the added jets.
@@ -621,7 +876,7 @@ void AliVertex::SetJetCopy(Int_t j)
  }
 }
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-Int_t AliVertex::GetJetCopy()
+Int_t AliVertex::GetJetCopy() const
 {
 // Provide value of the JetCopy mode.
 // 0 ==> No private copies are made; pointers of original jets are stored.
@@ -629,3 +884,313 @@ Int_t AliVertex::GetJetCopy()
  return fJetCopy;
 }
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+Int_t AliVertex::IsConnectTrack(AliTrack* t) const
+{
+// Indicate whether a track from the tracklist was created via the
+// connection of a (secondary) vertex or not.
+// In case the track was the result of (secondary) vertex addition the
+// return value is 1, otherwise the value 0 will be returned.
+ Int_t connect=0;
+ if (fConnects)
+ {
+  if (fConnects->FindObject(t)) connect=1;
+ }
+ return connect;
+}
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+Int_t AliVertex::IsJetTrack(AliTrack* t) const
+{
+// Indicate whether a track from the tracklist was created via the
+// addition of a jet or not.
+// In case the track was the result of jet addition the return value is 1,
+// otherwise the value 0 will be returned.
+ Int_t jetflag=0;
+ if (fJetTracks)
+ {
+  if (fJetTracks->FindObject(t)) jetflag=1;
+ }
+ return jetflag;
+}
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+void AliVertex::Draw(Int_t secs,Int_t cons,Int_t jets)
+{
+// 3-Dimensional visualisation of an AliVertex with its attributes.
+// The displayed tracklength is proportional to the momentum of the track.
+//
+// Color conventions :
+// -------------------
+// positive track : red
+// neutral  track : green
+// negative track : blue
+// jet-track      : magenta (if explicit marking selected)
+//
+// secs = 1 --> Draw secondary vertices. (Default)
+//        0 --> Don't draw secondary vertices.
+//
+// cons = 1 --> Draw (auto generated) connecting tracks. (Default) 
+//        0 --> Don't draw (auto generated) connecting tracks.
+//                  
+// jets = 1 --> Mark tracks belonging to jets.
+//        0 --> Don't mark jet-tracks. (Default)
+//
+// Notes :
+// -------
+// Auto generated connecting tracks will be drawn as thin lines.
+// Tracks belonging to jets will be marked as somewhat thinner magenta lines.
+// This memberfunction is used recursively.
+//
+ Double_t vec[3]={0,0,0};
+ AliTrack* tx=0;
+ AliVertex* vx=0;
+ AliPosition* r=0;
+ Ali3Vector p;
+ Float_t charge;
+
+ AliPosition dummy;
+
+ if (fLines) delete fLines;
+ fLines=new TObjArray();
+ fLines->SetOwner();
+
+ Int_t ntk=GetNtracks();
+ for (Int_t jtk=1; jtk<=ntk; jtk++)
+ {
+  tx=GetTrack(jtk);
+
+  if (!tx) continue;
+
+  charge=tx->GetCharge();
+
+  TPolyLine3D* line=new TPolyLine3D();
+  fLines->Add(line);
+
+  if (IsConnectTrack(tx))
+  {
+   if (cons==1)
+   {
+    r=tx->GetBeginPoint();
+    if (!r) r=&dummy;
+    r->GetPosition(vec,"car");
+    line->SetNextPoint(vec[0],vec[1],vec[2]);
+    r=tx->GetEndPoint();
+    if (!r) r=&dummy;
+    r->GetPosition(vec,"car");
+    line->SetNextPoint(vec[0],vec[1],vec[2]);
+    line->SetLineWidth(1);
+   }
+  }
+  else
+  {
+   r=tx->GetClosestPoint();
+   if (!r) r=&dummy;
+   r->GetPosition(vec,"car");
+   line->SetNextPoint(vec[0],vec[1],vec[2]);
+   p=tx->Get3Momentum();
+   p=p+(*r);
+   p.GetVector(vec,"car");
+   line->SetNextPoint(vec[0],vec[1],vec[2]);
+   line->SetLineWidth(3);
+  }
+
+  line->SetLineColor(kGreen);              // Neutral track
+  if (charge>0) line->SetLineColor(kRed);  // Positive track
+  if (charge<0) line->SetLineColor(kBlue); // Negative track
+  // Mark tracks belonging to jets
+  if (IsJetTrack(tx))
+  {
+   if (jets==1)
+   {
+    line->SetLineWidth(2);
+    line->SetLineColor(kMagenta);
+   }
+  }
+    
+  line->Draw();
+ }
+
+ // Go for secondary vertices if selected
+ if (secs==1)
+ {
+  Int_t nvtx=GetNvertices();
+  for (Int_t jvtx=1; jvtx<=nvtx; jvtx++)
+  {
+   vx=GetVertex(jvtx);
+   if (vx) vx->Draw(secs,cons,jets);
+  }
+ }
+}
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+TObjArray* AliVertex::SortJets(Int_t mode,TObjArray* jets)
+{
+// Order the references to an array of jets by looping over the input array "jets"
+// and checking the value of a certain observable.
+// The ordered array is returned as a TObjArray.
+// In case jets=0 (default), the registered jets of the current vertex are used. 
+// Note that the original jet array is not modified.
+// Via the "mode" argument the user can specify the observable to be checked upon
+// and specify whether sorting should be performed in decreasing order (mode<0)
+// or in increasing order (mode>0).
+//
+// The convention for the observable selection is the following :
+// mode : 1 ==> Number of tracks in the jet
+//        2 ==> Jet energy
+//        3 ==> Jet momentum
+//        4 ==> Invariant mass of the jet
+//        5 ==> Transverse momentum of the jet
+//        6 ==> Longitudinal momentum of the jet
+//        7 ==> Transverse energy of the jet
+//        8 ==> Longitudinal energy of the jet
+//        9 ==> Transverse mass of the jet
+//       10 ==> Jet rapidity
+//       11 ==> Pseudo-rapidity of the jet
+//       12 ==> Number of associated signals
+//       13 ==> Total charge of the jet
+//
+// The default is mode=-1.
+//
+// Note : This sorting routine uses a common area in memory, which is used
+//        by various other sorting facilities as well.
+//        This means that the resulting sorted TObjArray may be overwritten
+//        when another sorting is invoked.
+//        To retain the sorted list of pointers, the user is advised to copy
+//        the pointers contained in the returned TObjArray into a private
+//        TObjArray instance.
+
+ if (fSelected)
+ {
+  delete fSelected;
+  fSelected=0;
+ }
+
+ if (!jets) jets=fJets;
+ if (!mode || abs(mode)>13 || !jets) return fSelected;
+
+ Int_t njets=jets->GetEntries();
+ if (!njets)
+ {
+  return fSelected;
+ }
+ else
+ {
+  fSelected=new TObjArray(njets);
+ }
+
+ Double_t val1,val2; // Values of the observable to be tested upon
+ Int_t nord=0;
+ for (Int_t i=0; i<njets; i++) // Loop over all jets of the array
+ {
+  AliJet* jx=(AliJet*)jets->At(i);
+
+  if (!jx) continue;
+  if (nord == 0) // store the first jet at the first ordered position
+  {
+   nord++;
+   fSelected->AddAt(jx,nord-1);
+   continue;
+  }
+  for (Int_t j=0; j<=nord; j++) // put jet in the right ordered position
+  {
+   if (j == nord) // jet has smallest (mode<0) or largest (mode>0) observable value seen so far
+   {
+    nord++;
+    fSelected->AddAt(jx,j); // add jet at the end
+    break; // go for next jet
+   }
+
+   val1=0;
+   val2=0;
+   
+   switch (abs(mode))
+   {
+    case 1:
+     val1=jx->GetNtracks();
+     val2=((AliJet*)fSelected->At(j))->GetNtracks();
+     break;
+    case 2:
+     val1=jx->GetEnergy(1);
+     val2=((AliJet*)fSelected->At(j))->GetEnergy(1);
+     break;
+    case 3:
+     val1=jx->GetMomentum(1);
+     val2=((AliJet*)fSelected->At(j))->GetMomentum(1);
+     break;
+    case 4:
+     val1=jx->GetInvmass(1);
+     val2=((AliJet*)fSelected->At(j))->GetInvmass(1);
+     break;
+    case 5:
+     val1=jx->GetPt(1);
+     val2=((AliJet*)fSelected->At(j))->GetPt(1);
+     break;
+    case 6:
+     val1=jx->GetPl(1);
+     val2=((AliJet*)fSelected->At(j))->GetPl(1);
+     break;
+    case 7:
+     val1=jx->GetEt(1);
+     val2=((AliJet*)fSelected->At(j))->GetEt(1);
+     break;
+    case 8:
+     val1=jx->GetEl(1);
+     val2=((AliJet*)fSelected->At(j))->GetEl(1);
+     break;
+    case 9:
+     val1=jx->GetMt(1);
+     val2=((AliJet*)fSelected->At(j))->GetMt(1);
+     break;
+    case 10:
+     val1=jx->GetRapidity();
+     val2=((AliJet*)fSelected->At(j))->GetRapidity();
+     break;
+    case 11:
+     val1=jx->GetPseudoRapidity();
+     val2=((AliJet*)fSelected->At(j))->GetPseudoRapidity();
+     break;
+    case 12:
+     val1=jx->GetNsignals();
+     val2=((AliJet*)fSelected->At(j))->GetNsignals();
+     break;
+    case 13:
+     val1=jx->GetCharge();
+     val2=((AliJet*)fSelected->At(j))->GetCharge();
+     break;
+   }
+
+   if (mode<0 && val1 <= val2) continue;
+   if (mode>0 && val1 >= val2) continue;
+   nord++;
+   for (Int_t k=nord-1; k>j; k--) // create empty position
+   {
+    fSelected->AddAt(fSelected->At(k-1),k);
+   }
+   fSelected->AddAt(jx,j); // put jet at empty position
+   break; // go for next jet
+  }
+ }
+ return fSelected;
+}
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+TObject* AliVertex::Clone(const char* name) const
+{
+// Make a deep copy of the current object and provide the pointer to the copy.
+// This memberfunction enables automatic creation of new objects of the
+// correct type depending on the object type, a feature which may be very useful
+// for containers when adding objects in case the container owns the objects.
+// This feature allows e.g. AliEvent to store either AliVertex objects or
+// objects derived from AliVertex via the AddVertex memberfunction, provided
+// these derived classes also have a proper Clone memberfunction. 
+
+ AliVertex* vtx=new AliVertex(*this);
+ if (name)
+ {
+  if (strlen(name)) vtx->SetName(name);
+ }
+ return vtx;
+}
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////