]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliReconstruction.cxx
- Renaming fEventNumber (and the associated getters/setters) to
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliReconstruction.cxx
index 726c261f3bfea6fdce05fad24a34aa0524d3c8f5..1c03396d3c38e4a63dde28e408170e19b6f9b3b4 100644 (file)
 // The index -1 (default) can be used for the last event to indicate no      //
 // upper limit of the event range.                                           //
 //                                                                           //
+// In case of raw-data reconstruction the user can modify the default        //
+// number of events per digits/clusters/tracks file. In case the option      //
+// is not used the number is set 1. In case the user provides 0, than        //
+// the number of events is equal to the number of events inside the          //
+// raw-data file (i.e. one digits/clusters/tracks file):                     //
+//                                                                           //
+//   rec.SetNumberOfEventsPerFile(...);                                      //
+//                                                                           //
+//                                                                           //
 // The name of the galice file can be changed from the default               //
 // "galice.root" by passing it as argument to the AliReconstruction          //
 // constructor or by                                                         //
@@ -73,7 +82,7 @@
 //                                                                           //
 // Uniform/nonuniform field tracking switches (default: uniform field)       //
 //                                                                           //
-//   rec.SetUniformFieldTracking();  ( rec.SetNonuniformFieldTracking(); )   //
+//   rec.SetUniformFieldTracking(); ( rec.SetUniformFieldTracking(kFALSE); ) //
 //                                                                           //
 // The filling of additional ESD information can be steered by               //
 //                                                                           //
 #include "AliRawReaderFile.h"
 #include "AliRawReaderDate.h"
 #include "AliRawReaderRoot.h"
+#include "AliRawEventHeaderBase.h"
 #include "AliESD.h"
+#include "AliESDfriend.h"
 #include "AliESDVertex.h"
+#include "AliMultiplicity.h"
 #include "AliTracker.h"
 #include "AliVertexer.h"
+#include "AliVertexerTracks.h"
+#include "AliV0vertexer.h"
+#include "AliCascadeVertexer.h"
 #include "AliHeader.h"
 #include "AliGenEventHeader.h"
 #include "AliPID.h"
 #include "AliESDpid.h"
+#include "AliESDtrack.h"
 
 #include "AliRunTag.h"
-//#include "AliLHCTag.h"
 #include "AliDetectorTag.h"
 #include "AliEventTag.h"
 
 #include "AliTrackPointArray.h"
+#include "AliCDBManager.h"
+#include "AliCDBEntry.h"
+#include "AliAlignObj.h"
+
+#include "AliCentralTrigger.h"
+#include "AliCTPRawStream.h"
 
 ClassImp(AliReconstruction)
 
 
 //_____________________________________________________________________________
-const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::fgkNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "RICH", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "START", "VZERO", "CRT", "HLT"};
+const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::fgkNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE", "HLT"};
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename,
+AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename, const char* cdbUri,
                                     const char* name, const char* title) :
   TNamed(name, title),
 
-  fRunLocalReconstruction("ALL"),
   fUniformField(kTRUE),
   fRunVertexFinder(kTRUE),
   fRunHLTTracking(kFALSE),
+  fStopOnError(kFALSE),
+  fWriteAlignmentData(kFALSE),
+  fWriteESDfriend(kFALSE),
+  fWriteAOD(kFALSE),
+  fFillTriggerESD(kTRUE),
+
+  fRunLocalReconstruction("ALL"),
   fRunTracking("ALL"),
   fFillESD("ALL"),
   fGAliceFileName(gAliceFilename),
   fInput(""),
+  fEquipIdMap(""),
   fFirstEvent(0),
   fLastEvent(-1),
-  fStopOnError(kFALSE),
+  fNumberOfEventsPerFile(1),
   fCheckPointLevel(0),
   fOptions(),
+  fLoadAlignFromCDB(kTRUE),
+  fLoadAlignData("ALL"),
 
   fRunLoader(NULL),
   fRawReader(NULL),
 
   fVertexer(NULL),
+  fDiamondProfile(NULL),
 
-  fWriteAlignmentData(kFALSE)
+  fAlignObjArray(NULL),
+  fCDBUri(cdbUri),
+  fSpecCDBUri()
 {
 // create reconstruction object with default parameters
   
@@ -178,40 +211,48 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename,
     fTracker[iDet] = NULL;
   }
   AliPID pid;
-  // Import TGeo geometry
-  TString geom(gSystem->DirName(gAliceFilename));
-  geom += "/geometry.root";
-  TGeoManager::Import(geom.Data());
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
 AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   TNamed(rec),
 
-  fRunLocalReconstruction(rec.fRunLocalReconstruction),
   fUniformField(rec.fUniformField),
   fRunVertexFinder(rec.fRunVertexFinder),
   fRunHLTTracking(rec.fRunHLTTracking),
+  fStopOnError(rec.fStopOnError),
+  fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData),
+  fWriteESDfriend(rec.fWriteESDfriend),
+  fWriteAOD(rec.fWriteAOD),
+  fFillTriggerESD(rec.fFillTriggerESD),
+
+  fRunLocalReconstruction(rec.fRunLocalReconstruction),
   fRunTracking(rec.fRunTracking),
   fFillESD(rec.fFillESD),
   fGAliceFileName(rec.fGAliceFileName),
   fInput(rec.fInput),
+  fEquipIdMap(rec.fEquipIdMap),
   fFirstEvent(rec.fFirstEvent),
   fLastEvent(rec.fLastEvent),
-  fStopOnError(rec.fStopOnError),
+  fNumberOfEventsPerFile(rec.fNumberOfEventsPerFile),
   fCheckPointLevel(0),
   fOptions(),
+  fLoadAlignFromCDB(rec.fLoadAlignFromCDB),
+  fLoadAlignData(rec.fLoadAlignData),
 
   fRunLoader(NULL),
   fRawReader(NULL),
 
   fVertexer(NULL),
+  fDiamondProfile(NULL),
 
-  fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData)
+  fAlignObjArray(rec.fAlignObjArray),
+  fCDBUri(rec.fCDBUri),
+  fSpecCDBUri()
 {
 // copy constructor
 
-  for (Int_t i = 0; i < fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
+  for (Int_t i = 0; i < rec.fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
     if (rec.fOptions[i]) fOptions.Add(rec.fOptions[i]->Clone());
   }
   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
@@ -219,6 +260,9 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
     fLoader[iDet] = NULL;
     fTracker[iDet] = NULL;
   }
+  for (Int_t i = 0; i < rec.fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
+    if (rec.fSpecCDBUri[i]) fSpecCDBUri.Add(rec.fSpecCDBUri[i]->Clone());
+  }
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -238,8 +282,260 @@ AliReconstruction::~AliReconstruction()
 
   CleanUp();
   fOptions.Delete();
+  fSpecCDBUri.Delete();
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::InitCDBStorage()
+{
+// activate a default CDB storage
+// First check if we have any CDB storage set, because it is used 
+// to retrieve the calibration and alignment constants
+
+  AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
+  if (man->IsDefaultStorageSet())
+  {
+    AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    AliWarning("Default CDB storage has been already set !");
+    AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliReconstruction: %s",fCDBUri.Data()));
+    AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    fCDBUri = "";
+  }
+  else {
+    AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s",fCDBUri.Data()));
+    AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
+  }
+
+  // Now activate the detector specific CDB storage locations
+  for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
+    TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
+    if (!obj) continue;
+    AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    AliDebug(2, Form("Specific CDB storage for %s is set to: %s",obj->GetName(),obj->GetTitle()));
+    AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    man->SetSpecificStorage(obj->GetName(), obj->GetTitle());
+  }
+  man->Print();
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::SetDefaultStorage(const char* uri) {
+// Store the desired default CDB storage location
+// Activate it later within the Run() method
+
+  fCDBUri = uri;
+
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
+// Store a detector-specific CDB storage location
+// Activate it later within the Run() method
+
+  AliCDBPath aPath(calibType);
+  if(!aPath.IsValid()){
+       // if calibType is not wildcard but it is a valid detector, add "/*" to make it a valid path
+       for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+               if(!strcmp(calibType, fgkDetectorName[iDet])) {
+                       aPath.SetPath(Form("%s/*", calibType));
+                       AliInfo(Form("Path for specific storage set to %s", aPath.GetPath().Data()));
+                       break;
+               }
+        }
+       if(!aPath.IsValid()){
+               AliError(Form("Not a valid path or detector: %s", calibType));
+               return;
+       }
+  }
+
+  // check that calibType refers to a "valid" detector name
+  Bool_t isDetector = kFALSE;
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+    TString detName = fgkDetectorName[iDet];
+    if(aPath.GetLevel0() == detName) {
+       isDetector = kTRUE;
+       break;
+    }
+  }
+
+  if(!isDetector) {
+       AliError(Form("Not a valid detector: %s", aPath.GetLevel0().Data()));
+       return;
+  }
+
+  TObject* obj = fSpecCDBUri.FindObject(aPath.GetPath().Data());
+  if (obj) fSpecCDBUri.Remove(obj);
+  fSpecCDBUri.Add(new TNamed(aPath.GetPath().Data(), uri));
+
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliReconstruction::SetRunNumber()
+{
+  // The method is called in Run() in order
+  // to set a correct run number.
+  // In case of raw data reconstruction the
+  // run number is taken from the raw data header
+
+  if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() < 0) {
+    if (!fRunLoader) {
+      AliError("No run loader is found !"); 
+      return kFALSE;
+    }
+    // read run number from gAlice
+    if(fRunLoader->GetAliRun())
+      AliCDBManager::Instance()->SetRun(fRunLoader->GetAliRun()->GetRunNumber());
+    else {
+      if(fRawReader) {
+       if(fRawReader->NextEvent()) {
+         AliCDBManager::Instance()->SetRun(fRawReader->GetRunNumber());
+         fRawReader->RewindEvents();
+       }
+       else {
+         AliError("No raw-data events found !");
+         return kFALSE;
+       }
+      }
+      else {
+       AliError("Neither gAlice nor RawReader objects are found !");
+       return kFALSE;
+      }
+    }
+    AliInfo(Form("CDB Run number: %d",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
+  }
+  return kTRUE;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliReconstruction::ApplyAlignObjsToGeom(TObjArray* alObjArray)
+{
+  // Read collection of alignment objects (AliAlignObj derived) saved
+  // in the TClonesArray ClArrayName and apply them to the geometry
+  // manager singleton.
+  //
+  alObjArray->Sort();
+  Int_t nvols = alObjArray->GetEntriesFast();
+
+  Bool_t flag = kTRUE;
+
+  for(Int_t j=0; j<nvols; j++)
+    {
+      AliAlignObj* alobj = (AliAlignObj*) alObjArray->UncheckedAt(j);
+      if (alobj->ApplyToGeometry() == kFALSE) flag = kFALSE;
+    }
+
+  if (AliDebugLevelClass() >= 1) {
+    gGeoManager->GetTopNode()->CheckOverlaps(20);
+    TObjArray* ovexlist = gGeoManager->GetListOfOverlaps();
+    if(ovexlist->GetEntriesFast()){  
+      AliError("The application of alignment objects to the geometry caused huge overlaps/extrusions!");
+   }
+  }
+
+  return flag;
+
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliReconstruction::SetAlignObjArraySingleDet(const char* detName)
+{
+  // Fills array of single detector's alignable objects from CDB
+  
+  AliDebug(2, Form("Loading alignment data for detector: %s",detName));
+  
+  AliCDBEntry *entry;
+       
+  AliCDBPath path(detName,"Align","Data");
+       
+  entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
+  if(!entry){ 
+       AliDebug(2,Form("Couldn't load alignment data for detector %s",detName));
+       return kFALSE;
+  }
+  entry->SetOwner(1);
+  TClonesArray *alignArray = (TClonesArray*) entry->GetObject();       
+  alignArray->SetOwner(0);
+  AliDebug(2,Form("Found %d alignment objects for %s",
+                       alignArray->GetEntries(),detName));
+
+  AliAlignObj *alignObj=0;
+  TIter iter(alignArray);
+       
+  // loop over align objects in detector
+  while( ( alignObj=(AliAlignObj *) iter.Next() ) ){
+       fAlignObjArray->Add(alignObj);
+  }
+  // delete entry --- Don't delete, it is cached!
+       
+  AliDebug(2, Form("fAlignObjArray entries: %d",fAlignObjArray->GetEntries() ));
+  return kTRUE;
+
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
+{
+  // Read the alignment objects from CDB.
+  // Each detector is supposed to have the
+  // alignment objects in DET/Align/Data CDB path.
+  // All the detector objects are then collected,
+  // sorted by geometry level (starting from ALIC) and
+  // then applied to the TGeo geometry.
+  // Finally an overlaps check is performed.
+
+  // Load alignment data from CDB and fill fAlignObjArray 
+  if(fLoadAlignFromCDB){
+       if(!fAlignObjArray) fAlignObjArray = new TObjArray();
+       
+       //fAlignObjArray->RemoveAll(); 
+       fAlignObjArray->Clear();        
+       fAlignObjArray->SetOwner(0);
+       TString detStr = detectors;
+       TString dataNotLoaded="";
+       TString dataLoaded="";
+  
+       for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+         if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
+         if(!SetAlignObjArraySingleDet(fgkDetectorName[iDet])){
+           dataNotLoaded += fgkDetectorName[iDet];
+           dataNotLoaded += " ";
+         } else {
+           dataLoaded += fgkDetectorName[iDet];
+           dataLoaded += " ";
+         }
+       } // end loop over detectors
+  
+       if ((detStr.CompareTo("ALL") == 0)) detStr = "";
+       dataNotLoaded += detStr;
+       if(!dataLoaded.IsNull()) AliInfo(Form("Alignment data loaded for: %s",
+                         dataLoaded.Data()));
+       if(!dataNotLoaded.IsNull()) AliInfo(Form("Didn't/couldn't load alignment data for: %s",
+                         dataNotLoaded.Data()));
+  } // fLoadAlignFromCDB flag
+  // Check if the array with alignment objects was
+  // provided by the user. If yes, apply the objects
+  // to the present TGeo geometry
+  if (fAlignObjArray) {
+    if (gGeoManager && gGeoManager->IsClosed()) {
+      if (ApplyAlignObjsToGeom(fAlignObjArray) == kFALSE) {
+       AliError("The misalignment of one or more volumes failed!"
+                "Compare the list of simulated detectors and the list of detector alignment data!");
+       return kFALSE;
+      }
+    }
+    else {
+      AliError("Can't apply the misalignment! gGeoManager doesn't exist or it is still opened!");
+      return kFALSE;
+    }
+  }
+
+  delete fAlignObjArray; fAlignObjArray=0;
+  return kTRUE;
+}
 
 //_____________________________________________________________________________
 void AliReconstruction::SetGAliceFile(const char* fileName)
@@ -261,8 +557,7 @@ void AliReconstruction::SetOption(const char* detector, const char* option)
 
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input,
-                             Int_t firstEvent, Int_t lastEvent)
+Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
 {
 // run the reconstruction
 
@@ -277,10 +572,30 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input,
     fRawReader = new AliRawReaderDate(fileName);
     fRawReader->SelectEvents(7);
   }
+  if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
+    fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
+
 
   // get the run loader
   if (!InitRunLoader()) return kFALSE;
 
+  // Initialize the CDB storage
+  InitCDBStorage();
+
+  // Set run number in CDBManager (if it is not already set by the user)
+  if (!SetRunNumber()) if (fStopOnError) return kFALSE;
+
+  // Import ideal TGeo geometry and apply misalignment
+  if (!gGeoManager) {
+    TString geom(gSystem->DirName(fGAliceFileName));
+    geom += "/geometry.root";
+    TGeoManager::Import(geom.Data());
+    if (!gGeoManager) if (fStopOnError) return kFALSE;
+  }
+
+  AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
+  if (!MisalignGeometry(fLoadAlignData)) if (fStopOnError) return kFALSE;
+
   // local reconstruction
   if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
     if (!RunLocalReconstruction(fRunLocalReconstruction)) {
@@ -337,14 +652,23 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input,
   hlttree->Branch("ESD", "AliESD", &hltesd);
   delete esd; delete hltesd;
   esd = NULL; hltesd = NULL;
-  gROOT->cd();
+
+  // create the branch with ESD additions
+  AliESDfriend *esdf=0;
+  if (fWriteESDfriend) {
+     TBranch *br=tree->Branch("ESDfriend.", "AliESDfriend", &esdf);
+     br->SetFile("AliESDfriends.root");
+  }
+
+  AliVertexerTracks tVertexer;
+  if(fDiamondProfile) tVertexer.SetVtxStart(fDiamondProfile);
 
   // loop over events
   if (fRawReader) fRawReader->RewindEvents();
   
   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < fRunLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
     if (fRawReader) fRawReader->NextEvent();
-    if ((iEvent < firstEvent) || ((lastEvent >= 0) && (iEvent > lastEvent))) {
+    if ((iEvent < fFirstEvent) || ((fLastEvent >= 0) && (iEvent > fLastEvent))) {
       // copy old ESD to the new one
       if (treeOld) {
        treeOld->SetBranchAddress("ESD", &esd);
@@ -362,11 +686,11 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input,
     AliInfo(Form("processing event %d", iEvent));
     fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 
-    char fileName[256];
-    sprintf(fileName, "ESD_%d.%d_final.root", 
+    char aFileName[256];
+    sprintf(aFileName, "ESD_%d.%d_final.root", 
            fRunLoader->GetHeader()->GetRun(), 
            fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
-    if (!gSystem->AccessPathName(fileName)) continue;
+    if (!gSystem->AccessPathName(aFileName)) continue;
 
     // local reconstruction
     if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
@@ -378,14 +702,12 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input,
     esd = new AliESD; hltesd = new AliESD;
     esd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
     hltesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
-    esd->SetEventNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
-    hltesd->SetEventNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
-    if (gAlice) {
-      esd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
-      hltesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
-    } else {
-      // ???
-    }
+    esd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
+    hltesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
+
+    // Set magnetic field from the tracker
+    esd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
+    hltesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
 
     // vertex finder
     if (fRunVertexFinder) {
@@ -423,29 +745,77 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input,
        if (fStopOnError) {CleanUp(file, fileOld); return kFALSE;}
       }
     }
+    // fill Event header information from the RawEventHeader
+    if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(esd);}
 
     // combined PID
     AliESDpid::MakePID(esd);
     if (fCheckPointLevel > 1) WriteESD(esd, "PID");
 
+    if (fFillTriggerESD) {
+      if (!ReadESD(esd, "trigger")) {
+       if (!FillTriggerESD(esd)) {
+         if (fStopOnError) {CleanUp(file, fileOld); return kFALSE;}
+       }
+       if (fCheckPointLevel > 1) WriteESD(esd, "trigger");
+      }
+    }
+
+    //Try to improve the reconstructed primary vertex position using the tracks
+    AliESDVertex *pvtx=tVertexer.FindPrimaryVertex(esd);
+    if (pvtx)
+    if (pvtx->GetStatus()) {
+       // Store the improved primary vertex
+       esd->SetPrimaryVertex(pvtx);
+       // Propagate the tracks to the DCA to the improved primary vertex
+       Double_t somethingbig = 777.;
+       Double_t bz = esd->GetMagneticField();
+       Int_t nt=esd->GetNumberOfTracks();
+       while (nt--) {
+        AliESDtrack *t = esd->GetTrack(nt);
+         t->RelateToVertex(pvtx, bz, somethingbig);
+       } 
+    }
+
+    {
+    // V0 finding
+    AliV0vertexer vtxer;
+    vtxer.Tracks2V0vertices(esd);
+
+    // Cascade finding
+    AliCascadeVertexer cvtxer;
+    cvtxer.V0sTracks2CascadeVertices(esd);
+    }
     // write ESD
+    if (fWriteESDfriend) {
+       esdf=new AliESDfriend();
+       esd->GetESDfriend(esdf);
+    }
     tree->Fill();
+
     // write HLT ESD
     hlttree->Fill();
 
     if (fCheckPointLevel > 0)  WriteESD(esd, "final"); 
  
-    delete esd; delete hltesd;
-    esd = NULL; hltesd = NULL;
+    delete esd; delete esdf; delete hltesd;
+    esd = NULL; esdf=NULL; hltesd = NULL;
   }
 
   AliInfo(Form("Execution time for filling ESD : R:%.2fs C:%.2fs",
               stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 
   file->cd();
+  if (fWriteESDfriend)
+    tree->SetBranchStatus("ESDfriend*",0);
   tree->Write();
   hlttree->Write();
 
+  if (fWriteAOD) {
+    CreateAOD(file);
+  }
+
   // Create tags for the events in the ESD tree (the ESD tree is always present)
   // In case of empty events the tags will contain dummy values
   CreateTag(file);
@@ -463,6 +833,9 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
   TStopwatch stopwatch;
   stopwatch.Start();
 
+  AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
+  Bool_t origCache = man->GetCacheFlag();
+
   TString detStr = detectors;
   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
@@ -473,6 +846,13 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
     TStopwatch stopwatchDet;
     stopwatchDet.Start();
+
+    AliInfo(Form("Loading calibration data from OCDB for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+
+    man->SetCacheFlag(kTRUE);
+    TString calibPath = Form("%s/Calib/*", fgkDetectorName[iDet]);
+    man->GetAll(calibPath); // entries are cached!
+
     if (fRawReader) {
       fRawReader->RewindEvents();
       reconstructor->Reconstruct(fRunLoader, fRawReader);
@@ -482,8 +862,13 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
     AliInfo(Form("Execution time for %s: R:%.2fs C:%.2fs",
                 fgkDetectorName[iDet],
                 stopwatchDet.RealTime(),stopwatchDet.CpuTime()));
+
+    // unload calibration data
+    man->ClearCache();
   }
 
+  man->SetCacheFlag(origCache);
+
   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
                   detStr.Data()));
@@ -595,9 +980,11 @@ Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESD*& esd)
     if(!vertex){
       AliWarning("Vertex not found");
       vertex = new AliESDVertex();
+      vertex->SetName("default");
     }
     else {
       vertex->SetTruePos(vtxPos);  // store also the vertex from MC
+      vertex->SetName("reconstructed");
     }
 
   } else {
@@ -613,6 +1000,10 @@ Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESD*& esd)
     vertex = new AliESDVertex(vtxPos, vtxErr);
   }
   esd->SetVertex(vertex);
+  // if SPD multiplicity has been determined, it is stored in the ESD
+  AliMultiplicity *mult= fVertexer->GetMultiplicity();
+  if(mult)esd->SetMultiplicity(mult);
+
   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
     if (fTracker[iDet]) fTracker[iDet]->SetVertex(vtxPos, vtxErr);
   }  
@@ -786,7 +1177,22 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESD*& esd)
     fTracker[iDet]->UnloadClusters();
     fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
   }
-
+  //
+  // Propagate track to the vertex - if not done by ITS
+  //
+  Int_t ntracks = esd->GetNumberOfTracks();
+  for (Int_t itrack=0; itrack<ntracks; itrack++){
+    const Double_t kRadius  = 3;   // beam pipe radius
+    const Double_t kMaxStep = 5;   // max step
+    const Double_t kMaxD    = 123456;  // max distance to prim vertex
+    Double_t       fieldZ   = AliTracker::GetBz();  //
+    AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack);
+    if (!track) continue;
+    if (track->IsOn(AliESDtrack::kITSrefit)) continue;
+    track->PropagateTo(kRadius, fieldZ, track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
+    track->RelateToVertex(esd->GetVertex(),fieldZ, kMaxD);
+  }
+  
   AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
               stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 
@@ -861,6 +1267,73 @@ Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESD*& esd, const TString& detectors)
   return kTRUE;
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliReconstruction::FillTriggerESD(AliESD*& esd)
+{
+  // Reads the trigger decision which is
+  // stored in Trigger.root file and fills
+  // the corresponding esd entries
+
+  AliInfo("Filling trigger information into the ESD");
+
+  if (fRawReader) {
+    AliCTPRawStream input(fRawReader);
+    if (!input.Next()) {
+      AliError("No valid CTP (trigger) DDL raw data is found ! The trigger information is not stored in the ESD !");
+      return kFALSE;
+    }
+    esd->SetTriggerMask(input.GetClassMask());
+    esd->SetTriggerCluster(input.GetClusterMask());
+  }
+  else {
+    AliRunLoader *runloader = AliRunLoader::GetRunLoader();
+    if (runloader) {
+      if (!runloader->LoadTrigger()) {
+       AliCentralTrigger *aCTP = runloader->GetTrigger();
+       esd->SetTriggerMask(aCTP->GetClassMask());
+       esd->SetTriggerCluster(aCTP->GetClusterMask());
+      }
+      else {
+       AliWarning("No trigger can be loaded! The trigger information is not stored in the ESD !");
+       return kFALSE;
+      }
+    }
+    else {
+      AliError("No run loader is available! The trigger information is not stored in the ESD !");
+      return kFALSE;
+    }
+  }
+
+  return kTRUE;
+}
+
+
+
+
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliReconstruction::FillRawEventHeaderESD(AliESD*& esd)
+{
+  // 
+  // Filling information from RawReader Header
+  // 
+
+  AliInfo("Filling information from RawReader Header");
+  esd->SetBunchCrossNumber(0);
+  esd->SetOrbitNumber(0);
+  esd->SetTimeStamp(0);
+  esd->SetEventType(0);
+  const AliRawEventHeaderBase * eventHeader = fRawReader->GetEventHeader();
+  if (eventHeader){
+    esd->SetBunchCrossNumber((eventHeader->GetP("Id")[0]));
+    esd->SetOrbitNumber((eventHeader->GetP("Id")[1]));
+    esd->SetTimeStamp((eventHeader->Get("Timestamp")));  
+    esd->SetEventType((eventHeader->Get("Type")));
+  }
+
+  return kTRUE;
+}
+
 
 //_____________________________________________________________________________
 Bool_t AliReconstruction::IsSelected(TString detName, TString& detectors) const
@@ -958,6 +1431,10 @@ Bool_t AliReconstruction::InitRunLoader()
       iEvent++;
     }
     fRawReader->RewindEvents();
+    if (fNumberOfEventsPerFile > 0)
+      fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile(fNumberOfEventsPerFile);
+    else
+      fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile(iEvent);
     fRunLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
     fRunLoader->CdGAFile();
     fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
@@ -982,10 +1459,10 @@ AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
 
   if (detName == "HLT") {
     if (!gROOT->GetClass("AliLevel3")) {
-      gSystem->Load("libAliL3Src.so");
-      gSystem->Load("libAliL3Misc.so");
-      gSystem->Load("libAliL3Hough.so");
-      gSystem->Load("libAliL3Comp.so");
+      gSystem->Load("libAliHLTSrc.so");
+      gSystem->Load("libAliHLTMisc.so");
+      gSystem->Load("libAliHLTHough.so");
+      gSystem->Load("libAliHLTComp.so");
     }
   }
 
@@ -1025,7 +1502,7 @@ AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
        ->CreateDetectorFolders(fRunLoader->GetEventFolder(), 
                                detName, detName);
       // first check if a plugin is defined for the loader
-      TPluginHandler* pluginHandler = 
+      pluginHandler = 
        pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
       // if not, add a plugin for it
       if (!pluginHandler) {
@@ -1117,6 +1594,8 @@ void AliReconstruction::CleanUp(TFile* file, TFile* fileOld)
   }
   delete fVertexer;
   fVertexer = NULL;
+  delete fDiamondProfile;
+  fDiamondProfile = NULL;
 
   delete fRunLoader;
   fRunLoader = NULL;
@@ -1144,7 +1623,7 @@ Bool_t AliReconstruction::ReadESD(AliESD*& esd, const char* recStep) const
   if (!esd) return kFALSE;
   char fileName[256];
   sprintf(fileName, "ESD_%d.%d_%s.root", 
-         esd->GetRunNumber(), esd->GetEventNumber(), recStep);
+         esd->GetRunNumber(), esd->GetEventNumberInFile(), recStep);
   if (gSystem->AccessPathName(fileName)) return kFALSE;
 
   AliInfo(Form("reading ESD from file %s", fileName));
@@ -1172,7 +1651,7 @@ void AliReconstruction::WriteESD(AliESD* esd, const char* recStep) const
   if (!esd) return;
   char fileName[256];
   sprintf(fileName, "ESD_%d.%d_%s.root", 
-         esd->GetRunNumber(), esd->GetEventNumber(), recStep);
+         esd->GetRunNumber(), esd->GetEventNumberInFile(), recStep);
 
   AliDebug(1, Form("writing ESD to file %s", fileName));
   TFile* file = TFile::Open(fileName, "recreate");
@@ -1221,6 +1700,9 @@ void AliReconstruction::CreateTag(TFile* file)
   Int_t nMu1GeV, nMu3GeV, nMu10GeV;
   Int_t nEl1GeV, nEl3GeV, nEl10GeV;
   Float_t maxPt = .0, meanPt = .0, totalP = .0;
+  Int_t fVertexflag;
+  Int_t iRunNumber = 0;
+  TString fVertexName("default");
 
   AliRunTag *tag = new AliRunTag();
   AliEventTag *evTag = new AliEventTag();
@@ -1235,16 +1717,18 @@ void AliReconstruction::CreateTag(TFile* file)
     delete file;
     return ;
   }  
-  Int_t firstEvent = 0,lastEvent = 0;
+  Int_t lastEvent = 0;
   TTree *t = (TTree*) file->Get("esdTree");
   TBranch * b = t->GetBranch("ESD");
   AliESD *esd = 0;
   b->SetAddress(&esd);
+
+  b->GetEntry(fFirstEvent);
+  Int_t iInitRunNumber = esd->GetRunNumber();
   
-  tag->SetRunId(esd->GetRunNumber());
-  
-  Int_t iNumberOfEvents = b->GetEntries();
-  for (Int_t iEventNumber = 0; iEventNumber < iNumberOfEvents; iEventNumber++) {
+  Int_t iNumberOfEvents = (Int_t)b->GetEntries();
+  if(fLastEvent != -1) iNumberOfEvents = fLastEvent + 1;
+  for (Int_t iEventNumber = fFirstEvent; iEventNumber < iNumberOfEvents; iEventNumber++) {
     ntrack = 0;
     nPos = 0;
     nNeg = 0;
@@ -1270,10 +1754,15 @@ void AliReconstruction::CreateTag(TFile* file)
     maxPt = .0;
     meanPt = .0;
     totalP = .0;
-    
+    fVertexflag = 0;
+
     b->GetEntry(iEventNumber);
+    iRunNumber = esd->GetRunNumber();
+    if(iRunNumber != iInitRunNumber) AliFatal("Inconsistency of run numbers in the AliESD!!!");
     const AliESDVertex * vertexIn = esd->GetVertex();
-    
+    if (!vertexIn) AliError("ESD has not defined vertex.");
+    if (vertexIn) fVertexName = vertexIn->GetName();
+    if(fVertexName != "default") fVertexflag = 1;
     for (Int_t iTrackNumber = 0; iTrackNumber < esd->GetNumberOfTracks(); iTrackNumber++) {
       AliESDtrack * esdTrack = esd->GetTrack(iTrackNumber);
       UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
@@ -1382,16 +1871,23 @@ void AliReconstruction::CreateTag(TFile* file)
       meanPt = meanPt/ntrack;
     
     evTag->SetEventId(iEventNumber+1);
-    evTag->SetVertexX(vertexIn->GetXv());
-    evTag->SetVertexY(vertexIn->GetYv());
-    evTag->SetVertexZ(vertexIn->GetZv());
-    
+    if (vertexIn) {
+      evTag->SetVertexX(vertexIn->GetXv());
+      evTag->SetVertexY(vertexIn->GetYv());
+      evTag->SetVertexZ(vertexIn->GetZv());
+      evTag->SetVertexZError(vertexIn->GetZRes());
+    }  
+    evTag->SetVertexFlag(fVertexflag);
+
     evTag->SetT0VertexZ(esd->GetT0zVertex());
     
-    evTag->SetTrigger(esd->GetTrigger());
+    evTag->SetTriggerMask(esd->GetTriggerMask());
+    evTag->SetTriggerCluster(esd->GetTriggerCluster());
     
-    evTag->SetZDCNeutronEnergy(esd->GetZDCNEnergy());
-    evTag->SetZDCProtonEnergy(esd->GetZDCPEnergy());
+    evTag->SetZDCNeutron1Energy(esd->GetZDCN1Energy());
+    evTag->SetZDCProton1Energy(esd->GetZDCP1Energy());
+    evTag->SetZDCNeutron2Energy(esd->GetZDCN2Energy());
+    evTag->SetZDCProton2Energy(esd->GetZDCP2Energy());
     evTag->SetZDCEMEnergy(esd->GetZDCEMEnergy());
     evTag->SetNumOfParticipants(esd->GetZDCParticipants());
     
@@ -1426,23 +1922,25 @@ void AliReconstruction::CreateTag(TFile* file)
     evTag->SetNumOfElectronsAbove3GeV(nEl3GeV);
     evTag->SetNumOfElectronsAbove10GeV(nEl10GeV);
     
-    evTag->SetNumOfPHOSTracks(esd->GetNumberOfPHOSParticles());
-    evTag->SetNumOfEMCALTracks(esd->GetNumberOfEMCALParticles());
+    evTag->SetNumOfPHOSClusters(esd->GetNumberOfPHOSClusters());
+    evTag->SetNumOfEMCALClusters(esd->GetNumberOfEMCALClusters());
     
     evTag->SetTotalMomentum(totalP);
     evTag->SetMeanPt(meanPt);
     evTag->SetMaxPt(maxPt);
     
+    tag->SetRunId(iInitRunNumber);
     tag->AddEventTag(*evTag);
   }
-  lastEvent = iNumberOfEvents;
+  if(fLastEvent == -1) lastEvent = (Int_t)b->GetEntries();
+  else lastEvent = fLastEvent;
        
   ttag.Fill();
   tag->Clear();
 
   char fileName[256];
   sprintf(fileName, "Run%d.Event%d_%d.ESD.tag.root", 
-         tag->GetRunId(),firstEvent,lastEvent );
+         tag->GetRunId(),fFirstEvent,lastEvent );
   AliInfo(Form("writing tags to file %s", fileName));
   AliDebug(1, Form("writing tags to file %s", fileName));
  
@@ -1455,6 +1953,15 @@ void AliReconstruction::CreateTag(TFile* file)
   delete evTag;
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::CreateAOD(TFile* esdFile)
+{
+  // do nothing for now
+
+  return;
+}
+
+
 void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESD* esd)
 {
   // Write space-points which are then used in the alignment procedures
@@ -1475,7 +1982,7 @@ void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESD* esd)
     {
       AliESDtrack *track = esd->GetTrack(itrack);
       Int_t nsp = 0;
-      UInt_t idx[200];
+      Int_t idx[200];
       for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--)
        nsp += track->GetNcls(iDet);
       if (nsp) {
@@ -1493,6 +2000,8 @@ void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESD* esd)
          Int_t isp2 = 0;
          while (isp < nspdet) {
            Bool_t isvalid = tracker->GetTrackPoint(idx[isp2],p); isp2++;
+           const Int_t kNTPCmax = 159;
+           if (iDet==1 && isp2>kNTPCmax) break;   // to be fixed
            if (!isvalid) continue;
            sp->AddPoint(isptrack,&p); isptrack++; isp++;
          }