]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliReconstruction.cxx
Cleaning the ESD: first step
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliReconstruction.cxx
index 4835be5395c15fd265a39a0c93b9be2e53c48476..4938b0aebfdb0d6fd56442acc4203ff7ec072475 100644 (file)
 #include <TSystem.h>
 #include <TROOT.h>
 #include <TPluginManager.h>
-#include <TStopwatch.h>
 #include <TGeoManager.h>
 #include <TLorentzVector.h>
 
 #include "AliReconstruction.h"
+#include "AliCodeTimer.h"
 #include "AliReconstructor.h"
 #include "AliLog.h"
 #include "AliRunLoader.h"
 #include "AliRawReaderDate.h"
 #include "AliRawReaderRoot.h"
 #include "AliRawEventHeaderBase.h"
-#include "AliESD.h"
+#include "AliESDEvent.h"
+#include "AliESDMuonTrack.h"
 #include "AliESDfriend.h"
 #include "AliESDVertex.h"
+#include "AliESDcascade.h"
+#include "AliESDkink.h"
+#include "AliESDtrack.h"
+#include "AliESDCaloCluster.h"
 #include "AliMultiplicity.h"
 #include "AliTracker.h"
 #include "AliVertexer.h"
 #include "AliESDpid.h"
 #include "AliESDtrack.h"
 
-#include "AliRunTag.h"
-#include "AliDetectorTag.h"
-#include "AliEventTag.h"
+#include "AliESDTagCreator.h"
 
 #include "AliGeomManager.h"
 #include "AliTrackPointArray.h"
@@ -184,6 +187,7 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename, const char* cdb
   fRunMuonTracking(kFALSE),
   fStopOnError(kFALSE),
   fWriteAlignmentData(kFALSE),
+  fCleanESD(kTRUE),
   fWriteESDfriend(kFALSE),
   fWriteAOD(kFALSE),
   fFillTriggerESD(kTRUE),
@@ -233,6 +237,7 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   fRunMuonTracking(rec.fRunMuonTracking),
   fStopOnError(rec.fStopOnError),
   fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData),
+  fCleanESD(rec.fCleanESD),
   fWriteESDfriend(rec.fWriteESDfriend),
   fWriteAOD(rec.fWriteAOD),
   fFillTriggerESD(rec.fFillTriggerESD),
@@ -295,6 +300,8 @@ AliReconstruction::~AliReconstruction()
   CleanUp();
   fOptions.Delete();
   fSpecCDBUri.Delete();
+
+  AliCodeTimer::Instance()->Print();
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -445,14 +452,14 @@ Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
       loadAlObjsListOfDets += fgkDetectorName[iDet];
       loadAlObjsListOfDets += " ";
     } // end loop over detectors
-    (AliGeomManager::Instance())->ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
+    AliGeomManager::ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
   }else{
     // Check if the array with alignment objects was
     // provided by the user. If yes, apply the objects
     // to the present TGeo geometry
     if (fAlignObjArray) {
       if (gGeoManager && gGeoManager->IsClosed()) {
-       if ((AliGeomManager::Instance())->ApplyAlignObjsToGeom(fAlignObjArray) == kFALSE) {
+       if (AliGeomManager::ApplyAlignObjsToGeom(*fAlignObjArray) == kFALSE) {
          AliError("The misalignment of one or more volumes failed!"
                   "Compare the list of simulated detectors and the list of detector alignment data!");
          return kFALSE;
@@ -467,9 +474,6 @@ Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
   
   delete fAlignObjArray; fAlignObjArray=0;
 
-  // Update the TGeoPhysicalNodes
-  gGeoManager->RefreshPhysicalNodes();
-
   return kTRUE;
 }
 
@@ -497,6 +501,8 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
 {
 // run the reconstruction
 
+  AliCodeTimerAuto("")
+  
   // set the input
   if (!input) input = fInput.Data();
   TString fileName(input);
@@ -525,7 +531,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   if (!gGeoManager) {
     TString geom(gSystem->DirName(fGAliceFileName));
     geom += "/geometry.root";
-    TGeoManager::Import(geom.Data());
+    AliGeomManager::LoadGeometry(geom.Data());
     if (!gGeoManager) if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
 
@@ -557,12 +563,8 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
     }      
   }
 
-
-  TStopwatch stopwatch;
-  stopwatch.Start();
-
   // get the possibly already existing ESD file and tree
-  AliESD* esd = new AliESD(); AliESD* hltesd = new AliESD();
+  AliESDEvent* esd = new AliESDEvent(); AliESDEvent* hltesd = new AliESDEvent();
   TFile* fileOld = NULL;
   TTree* treeOld = NULL; TTree *hlttreeOld = NULL;
   if (!gSystem->AccessPathName("AliESDs.root")){
@@ -585,12 +587,12 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   }
 
   TTree* tree = new TTree("esdTree", "Tree with ESD objects");
-  esd = new AliESD();
+  esd = new AliESDEvent();
   esd->CreateStdContent();
   esd->WriteToTree(tree);
 
   TTree* hlttree = new TTree("HLTesdTree", "Tree with HLT ESD objects");
-  hltesd = new AliESD();
+  hltesd = new AliESDEvent();
   hltesd->CreateStdContent();
   hltesd->WriteToTree(hlttree);
 
@@ -599,6 +601,9 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   esd = NULL; hltesd = NULL;
   */
   // create the branch with ESD additions
+
+
+
   AliESDfriend *esdf = 0; 
   if (fWriteESDfriend) {
     esdf = new AliESDfriend();
@@ -606,6 +611,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
     br->SetFile("AliESDfriends.root");
     esd->AddObject(esdf);
   }
+
   
   // Get the diamond profile from OCDB
   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()
@@ -694,7 +700,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
     // Muon tracking
     if (!fRunTracking.IsNull()) {
       if (fRunMuonTracking) {
-       if (!RunMuonTracking()) {
+       if (!RunMuonTracking(esd)) {
          if (fStopOnError) {CleanUp(file, fileOld); return kFALSE;}
        }
       }
@@ -769,6 +775,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
     }
  
     // write ESD
+    if (fCleanESD) CleanESD(esd);
     if (fWriteESDfriend) {
       new (esdf) AliESDfriend(); // Reset...
       esd->GetESDfriend(esdf);
@@ -781,11 +788,16 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
     if (fCheckPointLevel > 0)  WriteESD(esd, "final"); 
     esd->Reset();
     hltesd->Reset();
+    if (fWriteESDfriend) {
+      new (esdf) AliESDfriend(); // Reset...
+    }
     // esdf->Reset();
     // delete esdf; esdf = 0;
   } 
 
 
+
+
   tree->GetUserInfo()->Add(esd);
   hlttree->GetUserInfo()->Add(hltesd);
 
@@ -798,9 +810,6 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   }
 
 
-  AliInfo(Form("Execution time for filling ESD : R:%.2fs C:%.2fs",
-              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
-
   file->cd();
   if (fWriteESDfriend)
     tree->SetBranchStatus("ESDfriend*",0);
@@ -814,11 +823,13 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   }
 
   gROOT->cd();
+  CleanUp(file, fileOld);
+  
   // Create tags for the events in the ESD tree (the ESD tree is always present)
   // In case of empty events the tags will contain dummy values
-  CreateTag(file);
-
CleanUp(file, fileOld);
+  AliESDTagCreator *esdtagCreator = new AliESDTagCreator();
+  esdtagCreator->CreateESDTags(fFirstEvent,fLastEvent);
 //if (fWriteAOD) tagCreator->CreateAODTags(fFirstEvent,fLastEvent);
 
   return kTRUE;
 }
@@ -829,8 +840,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
 {
 // run the local reconstruction
 
-  TStopwatch stopwatch;
-  stopwatch.Start();
+  AliCodeTimerAuto("")
 
   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
   Bool_t origCache = man->GetCacheFlag();
@@ -842,28 +852,30 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
     if (!reconstructor) continue;
     if (reconstructor->HasLocalReconstruction()) continue;
 
+    AliCodeTimerStart(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
-    TStopwatch stopwatchDet;
-    stopwatchDet.Start();
-
+    
+    AliCodeTimerStart(Form("Loading calibration data from OCDB for %s", fgkDetectorName[iDet]));                          
     AliInfo(Form("Loading calibration data from OCDB for %s", fgkDetectorName[iDet]));
 
     man->SetCacheFlag(kTRUE);
     TString calibPath = Form("%s/Calib/*", fgkDetectorName[iDet]);
     man->GetAll(calibPath); // entries are cached!
 
+    AliCodeTimerStop(Form("Loading calibration data from OCDB for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+     
     if (fRawReader) {
       fRawReader->RewindEvents();
       reconstructor->Reconstruct(fRunLoader, fRawReader);
     } else {
       reconstructor->Reconstruct(fRunLoader);
     }
-    AliInfo(Form("Execution time for %s: R:%.2fs C:%.2fs",
-                fgkDetectorName[iDet],
-                stopwatchDet.RealTime(),stopwatchDet.CpuTime()));
+     
+     AliCodeTimerStop(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
 
     // unload calibration data
-    man->ClearCache();
+    man->UnloadFromCache(calibPath);
+    //man->ClearCache();
   }
 
   man->SetCacheFlag(origCache);
@@ -874,9 +886,6 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
     if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
 
-  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
-              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
-
   return kTRUE;
 }
 
@@ -885,8 +894,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
 {
 // run the local reconstruction
 
-  TStopwatch stopwatch;
-  stopwatch.Start();
+  AliCodeTimerAuto("")
 
   TString detStr = detectors;
   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
@@ -899,8 +907,8 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
     if (fRawReader && reconstructor->HasDigitConversion()) {
       AliInfo(Form("converting raw data digits into root objects for %s", 
                   fgkDetectorName[iDet]));
-      TStopwatch stopwatchDet;
-      stopwatchDet.Start();
+      AliCodeTimerAuto(Form("converting raw data digits into root objects for %s", 
+                            fgkDetectorName[iDet]));
       loader->LoadDigits("update");
       loader->CleanDigits();
       loader->MakeDigitsContainer();
@@ -908,16 +916,12 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
       reconstructor->ConvertDigits(fRawReader, digitsTree);
       loader->WriteDigits("OVERWRITE");
       loader->UnloadDigits();
-      AliInfo(Form("Execution time for %s: R:%.2fs C:%.2fs",
-                  fgkDetectorName[iDet],
-                  stopwatchDet.RealTime(),stopwatchDet.CpuTime()));
     }
 
     // local reconstruction
     if (!reconstructor->HasLocalReconstruction()) continue;
     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
-    TStopwatch stopwatchDet;
-    stopwatchDet.Start();
+    AliCodeTimerAuto(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
     loader->LoadRecPoints("update");
     loader->CleanRecPoints();
     loader->MakeRecPointsContainer();
@@ -937,9 +941,6 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
     }
     loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
     loader->UnloadRecPoints();
-    AliInfo(Form("Execution time for %s: R:%.2fs C:%.2fs",
-                fgkDetectorName[iDet],
-                stopwatchDet.RealTime(),stopwatchDet.CpuTime()));
   }
 
   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
@@ -948,19 +949,15 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
     if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
   
-  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
-              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
-
   return kTRUE;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESD*& esd)
+Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESDEvent*& esd)
 {
 // run the barrel tracking
 
-  TStopwatch stopwatch;
-  stopwatch.Start();
+  AliCodeTimerAuto("")
 
   AliESDVertex* vertex = NULL;
   Double_t vtxPos[3] = {0, 0, 0};
@@ -1008,19 +1005,15 @@ Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESD*& esd)
   }  
   delete vertex;
 
-  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
-              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
-
   return kTRUE;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESD*& esd)
+Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESDEvent*& esd)
 {
 // run the HLT barrel tracking
 
-  TStopwatch stopwatch;
-  stopwatch.Start();
+  AliCodeTimerAuto("")
 
   if (!fRunLoader) {
     AliError("Missing runLoader!");
@@ -1068,19 +1061,15 @@ Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESD*& esd)
     delete tracker;
   }
 
-  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
-              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
-
   return kTRUE;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking()
+Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
 {
 // run the muon spectrometer tracking
 
-  TStopwatch stopwatch;
-  stopwatch.Start();
+  AliCodeTimerAuto("")
 
   if (!fRunLoader) {
     AliError("Missing runLoader!");
@@ -1109,12 +1098,21 @@ Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking()
   fLoader[iDet]->MakeTracksContainer();
 
   // read RecPoints
-  fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
-
-  if (!tracker->Clusters2Tracks(0x0)) {
+  fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");  
+  tracker->LoadClusters(fLoader[iDet]->TreeR());
+  
+  Int_t rv = tracker->Clusters2Tracks(esd);
+  
+  fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
+  
+  if ( rv )
+  {
     AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
     return kFALSE;
   }
+  
+  tracker->UnloadClusters();
+  
   fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
 
   fLoader[iDet]->WriteTracks("OVERWRITE");
@@ -1122,21 +1120,16 @@ Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking()
 
   delete tracker;
   
-
-  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
-              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
-
   return kTRUE;
 }
 
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESD*& esd)
+Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
 {
 // run the barrel tracking
 
-  TStopwatch stopwatch;
-  stopwatch.Start();
+  AliCodeTimerAuto("")
 
   AliInfo("running tracking");
 
@@ -1252,20 +1245,41 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESD*& esd)
     track->RelateToVertex(esd->GetVertex(),fieldZ, kMaxD);
   }
   
-  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
-              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+  return kTRUE;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliReconstruction::CleanESD(AliESDEvent *esd){
+  //
+  // Remove the data which are not needed for the physics analysis.
+  //
+
+  AliInfo("Cleaning the ESD...");
+
+  const AliESDVertex *vertex=esd->GetVertex();
+  Double_t vz=vertex->GetZv();
+  
+  Int_t nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
+  for (Int_t i=0; i<nTracks; i++) {
+    AliESDtrack *track=esd->GetTrack(i);
+
+    Float_t xy,z; track->GetImpactParameters(xy,z);
+    if (TMath::Abs(xy) < 50.)    continue;  
+    if (vertex->GetStatus())
+      if (TMath::Abs(vz-z) < 5.) continue;  
+
+    esd->RemoveTrack(i);
+  }
 
   return kTRUE;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESD*& esd, const TString& detectors)
+Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
 {
 // fill the event summary data
 
-  TStopwatch stopwatch;
-  stopwatch.Start();
-  AliInfo("filling ESD");
+  AliCodeTimerAuto("")
 
   TString detStr = detectors;
   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
@@ -1320,19 +1334,18 @@ Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESD*& esd, const TString& detectors)
     if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
 
-  AliInfo(Form("Execution time: R:%.2fs C:%.2fs",
-              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
-
   return kTRUE;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::FillTriggerESD(AliESD*& esd)
+Bool_t AliReconstruction::FillTriggerESD(AliESDEvent*& esd)
 {
   // Reads the trigger decision which is
   // stored in Trigger.root file and fills
   // the corresponding esd entries
 
+  AliCodeTimerAuto("")
+  
   AliInfo("Filling trigger information into the ESD");
 
   if (fRawReader) {
@@ -1371,7 +1384,7 @@ Bool_t AliReconstruction::FillTriggerESD(AliESD*& esd)
 
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::FillRawEventHeaderESD(AliESD*& esd)
+Bool_t AliReconstruction::FillRawEventHeaderESD(AliESDEvent*& esd)
 {
   // 
   // Filling information from RawReader Header
@@ -1685,7 +1698,8 @@ void AliReconstruction::CleanUp(TFile* file, TFile* fileOld)
 
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::ReadESD(AliESD*& esd, const char* recStep) const
+
+Bool_t AliReconstruction::ReadESD(AliESDEvent*& esd, const char* recStep) const
 {
 // read the ESD event from a file
 
@@ -1706,14 +1720,17 @@ Bool_t AliReconstruction::ReadESD(AliESD*& esd, const char* recStep) const
 
   gROOT->cd();
   delete esd;
-  esd = (AliESD*) file->Get("ESD");
+  esd = (AliESDEvent*) file->Get("ESD");
   file->Close();
   delete file;
   return kTRUE;
+
 }
 
+
+
 //_____________________________________________________________________________
-void AliReconstruction::WriteESD(AliESD* esd, const char* recStep) const
+void AliReconstruction::WriteESD(AliESDEvent* esd, const char* recStep) const
 {
 // write the ESD event to a file
 
@@ -1736,298 +1753,6 @@ void AliReconstruction::WriteESD(AliESD* esd, const char* recStep) const
 
 
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliReconstruction::CreateTag(TFile* file)
-{
-  //GRP
-  Float_t lhcLuminosity = 0.0;
-  TString lhcState = "test";
-  UInt_t detectorMask = 0;
-
-  /////////////
-  //muon code//
-  ////////////
-  Double_t fMUONMASS = 0.105658369;
-  //Variables
-  Double_t fX,fY,fZ ;
-  Double_t fThetaX, fThetaY, fPyz, fChisquare;
-  Double_t fPxRec,fPyRec, fPzRec, fEnergy;
-  Int_t fCharge;
-  TLorentzVector fEPvector;
-
-  Float_t fZVertexCut = 10.0; 
-  Float_t fRhoVertexCut = 2.0; 
-
-  Float_t fLowPtCut = 1.0;
-  Float_t fHighPtCut = 3.0;
-  Float_t fVeryHighPtCut = 10.0;
-  ////////////
-
-  Double_t partFrac[5] = {0.01, 0.01, 0.85, 0.10, 0.05};
-
-  // Creates the tags for all the events in a given ESD file
-  Int_t ntrack;
-  Int_t nProtons, nKaons, nPions, nMuons, nElectrons;
-  Int_t nPos, nNeg, nNeutr;
-  Int_t nK0s, nNeutrons, nPi0s, nGamas;
-  Int_t nCh1GeV, nCh3GeV, nCh10GeV;
-  Int_t nMu1GeV, nMu3GeV, nMu10GeV;
-  Int_t nEl1GeV, nEl3GeV, nEl10GeV;
-  Float_t maxPt = .0, meanPt = .0, totalP = .0;
-  Int_t fVertexflag;
-  Int_t iRunNumber = 0;
-  TString fVertexName("default");
-
-  AliRunTag *tag = new AliRunTag();
-  AliEventTag *evTag = new AliEventTag();
-  TTree ttag("T","A Tree with event tags");
-  TBranch * btag = ttag.Branch("AliTAG", &tag);
-  btag->SetCompressionLevel(9);
-  
-  AliInfo(Form("Creating the tags......."));   
-  
-  if (!file || !file->IsOpen()) {
-    AliError(Form("opening failed"));
-    delete file;
-    return ;
-  }  
-  Int_t lastEvent = 0;
-  TTree *b = (TTree*) file->Get("esdTree");
-  AliESD *esd = new AliESD();
-  esd->ReadFromTree(b);
-
-  b->GetEntry(fFirstEvent);
-  Int_t iInitRunNumber = esd->GetRunNumber();
-  
-  Int_t iNumberOfEvents = (Int_t)b->GetEntries();
-  if(fLastEvent != -1) iNumberOfEvents = fLastEvent + 1;
-  for (Int_t iEventNumber = fFirstEvent; iEventNumber < iNumberOfEvents; iEventNumber++) {
-    ntrack = 0;
-    nPos = 0;
-    nNeg = 0;
-    nNeutr =0;
-    nK0s = 0;
-    nNeutrons = 0;
-    nPi0s = 0;
-    nGamas = 0;
-    nProtons = 0;
-    nKaons = 0;
-    nPions = 0;
-    nMuons = 0;
-    nElectrons = 0;      
-    nCh1GeV = 0;
-    nCh3GeV = 0;
-    nCh10GeV = 0;
-    nMu1GeV = 0;
-    nMu3GeV = 0;
-    nMu10GeV = 0;
-    nEl1GeV = 0;
-    nEl3GeV = 0;
-    nEl10GeV = 0;
-    maxPt = .0;
-    meanPt = .0;
-    totalP = .0;
-    fVertexflag = 0;
-
-    b->GetEntry(iEventNumber);
-    iRunNumber = esd->GetRunNumber();
-    if(iRunNumber != iInitRunNumber) AliFatal("Inconsistency of run numbers in the AliESD!!!");
-    const AliESDVertex * vertexIn = esd->GetVertex();
-    if (!vertexIn) AliError("ESD has not defined vertex.");
-    if (vertexIn) fVertexName = vertexIn->GetName();
-    if(fVertexName != "default") fVertexflag = 1;
-    for (Int_t iTrackNumber = 0; iTrackNumber < esd->GetNumberOfTracks(); iTrackNumber++) {
-      AliESDtrack * esdTrack = esd->GetTrack(iTrackNumber);
-      UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
-      
-      //select only tracks with ITS refit
-      if ((status&AliESDtrack::kITSrefit)==0) continue;
-      //select only tracks with TPC refit
-      if ((status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0) continue;
-      
-      //select only tracks with the "combined PID"
-      if ((status&AliESDtrack::kESDpid)==0) continue;
-      Double_t p[3];
-      esdTrack->GetPxPyPz(p);
-      Double_t momentum = sqrt(pow(p[0],2) + pow(p[1],2) + pow(p[2],2));
-      Double_t fPt = sqrt(pow(p[0],2) + pow(p[1],2));
-      totalP += momentum;
-      meanPt += fPt;
-      if(fPt > maxPt) maxPt = fPt;
-      
-      if(esdTrack->GetSign() > 0) {
-       nPos++;
-       if(fPt > fLowPtCut) nCh1GeV++;
-       if(fPt > fHighPtCut) nCh3GeV++;
-       if(fPt > fVeryHighPtCut) nCh10GeV++;
-      }
-      if(esdTrack->GetSign() < 0) {
-       nNeg++;
-       if(fPt > fLowPtCut) nCh1GeV++;
-       if(fPt > fHighPtCut) nCh3GeV++;
-       if(fPt > fVeryHighPtCut) nCh10GeV++;
-      }
-      if(esdTrack->GetSign() == 0) nNeutr++;
-      
-      //PID
-      Double_t prob[5];
-      esdTrack->GetESDpid(prob);
-      
-      Double_t rcc = 0.0;
-      for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIES; i++) rcc += prob[i]*partFrac[i];
-      if(rcc == 0.0) continue;
-      //Bayes' formula
-      Double_t w[5];
-      for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIES; i++) w[i] = prob[i]*partFrac[i]/rcc;
-      
-      //protons
-      if ((w[4]>w[3])&&(w[4]>w[2])&&(w[4]>w[1])&&(w[4]>w[0])) nProtons++;
-      //kaons
-      if ((w[3]>w[4])&&(w[3]>w[2])&&(w[3]>w[1])&&(w[3]>w[0])) nKaons++;
-      //pions
-      if ((w[2]>w[4])&&(w[2]>w[3])&&(w[2]>w[1])&&(w[2]>w[0])) nPions++; 
-      //electrons
-      if ((w[0]>w[4])&&(w[0]>w[3])&&(w[0]>w[2])&&(w[0]>w[1])) {
-       nElectrons++;
-       if(fPt > fLowPtCut) nEl1GeV++;
-       if(fPt > fHighPtCut) nEl3GeV++;
-       if(fPt > fVeryHighPtCut) nEl10GeV++;
-      }          
-      ntrack++;
-    }//track loop
-    
-    /////////////
-    //muon code//
-    ////////////
-    Int_t nMuonTracks = esd->GetNumberOfMuonTracks();
-    // loop over all reconstructed tracks (also first track of combination)
-    for (Int_t iTrack = 0; iTrack <  nMuonTracks;  iTrack++) {
-      AliESDMuonTrack* muonTrack = esd->GetMuonTrack(iTrack);
-      if (muonTrack == 0x0) continue;
-      
-      // Coordinates at vertex
-      fZ = muonTrack->GetZ(); 
-      fY = muonTrack->GetBendingCoor();
-      fX = muonTrack->GetNonBendingCoor(); 
-      
-      fThetaX = muonTrack->GetThetaX();
-      fThetaY = muonTrack->GetThetaY();
-      
-      fPyz = 1./TMath::Abs(muonTrack->GetInverseBendingMomentum());
-      fPzRec = - fPyz / TMath::Sqrt(1.0 + TMath::Tan(fThetaY)*TMath::Tan(fThetaY));
-      fPxRec = fPzRec * TMath::Tan(fThetaX);
-      fPyRec = fPzRec * TMath::Tan(fThetaY);
-      fCharge = Int_t(TMath::Sign(1.,muonTrack->GetInverseBendingMomentum()));
-      
-      //ChiSquare of the track if needed
-      fChisquare = muonTrack->GetChi2()/(2.0 * muonTrack->GetNHit() - 5);
-      fEnergy = TMath::Sqrt(fMUONMASS * fMUONMASS + fPxRec * fPxRec + fPyRec * fPyRec + fPzRec * fPzRec);
-      fEPvector.SetPxPyPzE(fPxRec, fPyRec, fPzRec, fEnergy);
-      
-      // total number of muons inside a vertex cut 
-      if((TMath::Abs(fZ)<fZVertexCut) && (TMath::Sqrt(fY*fY+fX*fX)<fRhoVertexCut)) {
-       nMuons++;
-       if(fEPvector.Pt() > fLowPtCut) {
-         nMu1GeV++; 
-         if(fEPvector.Pt() > fHighPtCut) {
-           nMu3GeV++; 
-           if (fEPvector.Pt() > fVeryHighPtCut) {
-             nMu10GeV++;
-           }
-         }
-       }
-      }
-    }//muon track loop
-    
-    // Fill the event tags 
-    if(ntrack != 0)
-      meanPt = meanPt/ntrack;
-    
-    evTag->SetEventId(iEventNumber+1);
-    if (vertexIn) {
-      evTag->SetVertexX(vertexIn->GetXv());
-      evTag->SetVertexY(vertexIn->GetYv());
-      evTag->SetVertexZ(vertexIn->GetZv());
-      evTag->SetVertexZError(vertexIn->GetZRes());
-    }  
-    evTag->SetVertexFlag(fVertexflag);
-
-    evTag->SetT0VertexZ(esd->GetT0zVertex());
-    
-    evTag->SetTriggerMask(esd->GetTriggerMask());
-    evTag->SetTriggerCluster(esd->GetTriggerCluster());
-    
-    evTag->SetZDCNeutron1Energy(esd->GetZDCN1Energy());
-    evTag->SetZDCProton1Energy(esd->GetZDCP1Energy());
-    evTag->SetZDCNeutron2Energy(esd->GetZDCN2Energy());
-    evTag->SetZDCProton2Energy(esd->GetZDCP2Energy());
-    evTag->SetZDCEMEnergy(esd->GetZDCEMEnergy());
-    evTag->SetNumOfParticipants(esd->GetZDCParticipants());
-    
-    
-    evTag->SetNumOfTracks(esd->GetNumberOfTracks());
-    evTag->SetNumOfPosTracks(nPos);
-    evTag->SetNumOfNegTracks(nNeg);
-    evTag->SetNumOfNeutrTracks(nNeutr);
-    
-    evTag->SetNumOfV0s(esd->GetNumberOfV0s());
-    evTag->SetNumOfCascades(esd->GetNumberOfCascades());
-    evTag->SetNumOfKinks(esd->GetNumberOfKinks());
-    evTag->SetNumOfPMDTracks(esd->GetNumberOfPmdTracks());
-    
-    evTag->SetNumOfProtons(nProtons);
-    evTag->SetNumOfKaons(nKaons);
-    evTag->SetNumOfPions(nPions);
-    evTag->SetNumOfMuons(nMuons);
-    evTag->SetNumOfElectrons(nElectrons);
-    evTag->SetNumOfPhotons(nGamas);
-    evTag->SetNumOfPi0s(nPi0s);
-    evTag->SetNumOfNeutrons(nNeutrons);
-    evTag->SetNumOfKaon0s(nK0s);
-    
-    evTag->SetNumOfChargedAbove1GeV(nCh1GeV);
-    evTag->SetNumOfChargedAbove3GeV(nCh3GeV);
-    evTag->SetNumOfChargedAbove10GeV(nCh10GeV);
-    evTag->SetNumOfMuonsAbove1GeV(nMu1GeV);
-    evTag->SetNumOfMuonsAbove3GeV(nMu3GeV);
-    evTag->SetNumOfMuonsAbove10GeV(nMu10GeV);
-    evTag->SetNumOfElectronsAbove1GeV(nEl1GeV);
-    evTag->SetNumOfElectronsAbove3GeV(nEl3GeV);
-    evTag->SetNumOfElectronsAbove10GeV(nEl10GeV);
-    
-    evTag->SetNumOfPHOSClusters(esd->GetNumberOfPHOSClusters());
-    evTag->SetNumOfEMCALClusters(esd->GetNumberOfEMCALClusters());
-    
-    evTag->SetTotalMomentum(totalP);
-    evTag->SetMeanPt(meanPt);
-    evTag->SetMaxPt(maxPt);
-    
-    tag->SetLHCTag(lhcLuminosity,lhcState);
-    tag->SetDetectorTag(detectorMask);
-
-    tag->SetRunId(iInitRunNumber);
-    tag->AddEventTag(*evTag);
-  }
-  if(fLastEvent == -1) lastEvent = (Int_t)b->GetEntries();
-  else lastEvent = fLastEvent;
-       
-  ttag.Fill();
-  tag->Clear();
-
-  char fileName[256];
-  sprintf(fileName, "Run%d.Event%d_%d.ESD.tag.root", 
-         tag->GetRunId(),fFirstEvent,lastEvent );
-  AliInfo(Form("writing tags to file %s", fileName));
-  AliDebug(1, Form("writing tags to file %s", fileName));
-  TFile* ftag = TFile::Open(fileName, "recreate");
-  ftag->cd();
-  ttag.Write();
-  ftag->Close();
-  file->cd();
-  delete tag;
-  delete evTag;
-}
 
 //_____________________________________________________________________________
 void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
@@ -2047,11 +1772,10 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
 
   // connect to ESD
   TTree *t = (TTree*) esdFile->Get("esdTree");
-  TBranch *b = t->GetBranch("ESD");
-  AliESD *esd = 0;
-  b->SetAddress(&esd);
+  AliESDEvent *esd = new AliESDEvent();
+  esd->ReadFromTree(t);
 
-  Int_t nEvents = b->GetEntries();
+  Int_t nEvents = t->GetEntries();
 
   // set arrays and pointers
   Float_t posF[3];
@@ -2063,7 +1787,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
 
   // loop over events and fill them
   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < nEvents; ++iEvent) {
-    b->GetEntry(iEvent);
+    t->GetEntry(iEvent);
 
     // Multiplicity information needed by the header (to be revised!)
     Int_t nTracks   = esd->GetNumberOfTracks();
@@ -2074,19 +1798,19 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
     // Update the header
     AliAODHeader* header = aod->GetHeader();
     
-    header->SetRunNumber       (fESD->GetRunNumber()       );
-    header->SetBunchCrossNumber(fESD->GetBunchCrossNumber());
-    header->SetOrbitNumber     (fESD->GetOrbitNumber()     );
-    header->SetPeriodNumber    (fESD->GetPeriodNumber()    );
-    header->SetTriggerMask     (fESD->GetTriggerMask()     ); 
-    header->SetTriggerCluster  (fESD->GetTriggerCluster()  );
-    header->SetEventType       (fESD->GetEventType()       );
-    header->SetMagneticField   (fESD->GetMagneticField()   );
-    header->SetZDCN1Energy     (fESD->GetZDCN1Energy()     );
-    header->SetZDCP1Energy     (fESD->GetZDCP1Energy()     );
-    header->SetZDCN2Energy     (fESD->GetZDCN2Energy()     );
-    header->SetZDCP2Energy     (fESD->GetZDCP2Energy()     );
-    header->SetZDCEMEnergy     (fESD->GetZDCEMEnergy()     );
+    header->SetRunNumber       (esd->GetRunNumber()       );
+    header->SetBunchCrossNumber(esd->GetBunchCrossNumber());
+    header->SetOrbitNumber     (esd->GetOrbitNumber()     );
+    header->SetPeriodNumber    (esd->GetPeriodNumber()    );
+    header->SetTriggerMask     (esd->GetTriggerMask()     ); 
+    header->SetTriggerCluster  (esd->GetTriggerCluster()  );
+    header->SetEventType       (esd->GetEventType()       );
+    header->SetMagneticField   (esd->GetMagneticField()   );
+    header->SetZDCN1Energy     (esd->GetZDCN1Energy()     );
+    header->SetZDCP1Energy     (esd->GetZDCP1Energy()     );
+    header->SetZDCN2Energy     (esd->GetZDCN2Energy()     );
+    header->SetZDCP2Energy     (esd->GetZDCP2Energy()     );
+    header->SetZDCEMEnergy     (esd->GetZDCEMEnergy()     );
     header->SetRefMultiplicity   (nTracks);
     header->SetRefMultiplicityPos(nPosTracks);
     header->SetRefMultiplicityNeg(nTracks - nPosTracks);
@@ -2646,8 +2370,8 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
                                             0, // no ITSClusterMap
                                             pid,
                                             primary,
-                                            kTRUE,  // check if this is right
-                                            kTRUE,  // not used for vertex fit
+                                            kFALSE,    // muon tracks are not used to fit the primary vtx
+                                            kFALSE,    // not used for vertex fit
                                             AliAODTrack::kPrimary)
          );
     }
@@ -2665,8 +2389,8 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
 
       Int_t id = cluster->GetID();
       Int_t label = -1;
-      Float_t energy = cluster->GetClusterEnergy();
-      cluster->GetGlobalPosition(posF);
+      Float_t energy = cluster->E();
+      cluster->GetPosition(posF);
       AliAODVertex *prodVertex = primary;
       AliAODTrack *primTrack = NULL;
       Char_t ttype=AliAODCluster::kUndef;
@@ -2714,7 +2438,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
   return;
 }
 
-void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESD* esd)
+void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESDEvent* esd)
 {
   // Write space-points which are then used in the alignment procedures
   // For the moment only ITS, TRD and TPC
@@ -2767,7 +2491,7 @@ void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESD* esd)
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliReconstruction::FillRawDataErrorLog(Int_t iEvent, AliESD* esd)
+void AliReconstruction::FillRawDataErrorLog(Int_t iEvent, AliESDEvent* esd)
 {
   // The method reads the raw-data error log
   // accumulated within the rawReader.
@@ -2789,6 +2513,7 @@ void AliReconstruction::FillRawDataErrorLog(Int_t iEvent, AliESD* esd)
 }
 
 TNamed* AliReconstruction::CopyFileToTNamed(TString fPath,TString fName){
+  // Dump a file content into a char in TNamed
   ifstream in;
   in.open(fPath.Data(),ios::in | ios::binary|ios::ate);
   Int_t kBytes = (Int_t)in.tellg();
@@ -2814,7 +2539,6 @@ TNamed* AliReconstruction::CopyFileToTNamed(TString fPath,TString fName){
 }
 
 void AliReconstruction::TNamedToFile(TTree* fTree, TString fName){
-
   // This is not really needed in AliReconstruction at the moment
   // but can serve as a template