]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliReconstruction.cxx
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[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliReconstruction.cxx
index 9451e2cf53f8681cf61538d6d74d1ddbe3706ad1..5e4ff664d0318328048af4310ee24faa5b1aca34 100644 (file)
 #include "AliESDkink.h"
 #include "AliESDtrack.h"
 #include "AliESDCaloCluster.h"
+#include "AliESDCaloCells.h"
 #include "AliMultiplicity.h"
 #include "AliTracker.h"
 #include "AliVertexer.h"
 #include "AliGeomManager.h"
 #include "AliTrackPointArray.h"
 #include "AliCDBManager.h"
+#include "AliCDBStorage.h"
 #include "AliCDBEntry.h"
 #include "AliAlignObj.h"
 
 #include "AliAODTracklets.h"
 
 #include "AliQADataMaker.h" 
+#include "AliQA.h"
+#include "AliQADataMakerSteer.h"
 
 #include "AliSysInfo.h" // memory snapshots
 
@@ -192,7 +196,7 @@ ClassImp(AliReconstruction)
 const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::fgkNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE", "HLT"};
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename, const char* cdbUri,
+AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename,
                                     const char* name, const char* title) :
   TNamed(name, title),
 
@@ -209,6 +213,8 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename, const char* cdb
   fFillTriggerESD(kTRUE),
 
   fCleanESD(kTRUE),
+  fV0DCAmax(3.),
+  fV0CsPmin(0.),
   fDmax(50.),
   fZmax(50.),
 
@@ -237,9 +243,13 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename, const char* cdb
   fGRPList(NULL),
 
   fAlignObjArray(NULL),
-  fCDBUri(cdbUri),
-  fRemoteCDBUri(""),
-  fSpecCDBUri()
+  fCDBUri(),
+  fSpecCDBUri(), 
+  fInitCDBCalled(kFALSE),
+  fSetRunNumberFromDataCalled(kFALSE),
+  fRunQA(kTRUE),  
+  fQAInLoop(kFALSE) 
+
 {
 // create reconstruction object with default parameters
   
@@ -270,6 +280,8 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   fFillTriggerESD(rec.fFillTriggerESD),
 
   fCleanESD(rec.fCleanESD),
+  fV0DCAmax(rec.fV0DCAmax),
+  fV0CsPmin(rec.fV0CsPmin),
   fDmax(rec.fDmax),
   fZmax(rec.fZmax),
 
@@ -299,8 +311,12 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
 
   fAlignObjArray(rec.fAlignObjArray),
   fCDBUri(rec.fCDBUri),
-  fRemoteCDBUri(rec.fRemoteCDBUri),
-  fSpecCDBUri()
+  fSpecCDBUri(), 
+  fInitCDBCalled(rec.fInitCDBCalled),
+  fSetRunNumberFromDataCalled(rec.fSetRunNumberFromDataCalled),
+  fRunQA(kTRUE),  
+  fQAInLoop(kFALSE) 
+
 {
 // copy constructor
 
@@ -342,12 +358,15 @@ AliReconstruction::~AliReconstruction()
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliReconstruction::InitCDBStorage()
+void AliReconstruction::InitCDB()
 {
 // activate a default CDB storage
 // First check if we have any CDB storage set, because it is used 
 // to retrieve the calibration and alignment constants
 
+  if (fInitCDBCalled) return;
+  fInitCDBCalled = kTRUE;
+
   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
   if (man->IsDefaultStorageSet())
   {
@@ -355,33 +374,25 @@ void AliReconstruction::InitCDBStorage()
     AliWarning("Default CDB storage has been already set !");
     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliReconstruction: %s",fCDBUri.Data()));
     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
-    fCDBUri = "";
+    fCDBUri = man->GetDefaultStorage()->GetURI();
   }
   else {
-    AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
-    AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s",fCDBUri.Data()));
-    AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    if (fCDBUri.Length() > 0) 
+    {
+       AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+       AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s", fCDBUri.Data()));
+       AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+    } else {
+       fCDBUri="local://$ALICE_ROOT";
+       AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+       AliWarning("Default CDB storage not yet set !!!!");
+       AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fCDBUri.Data()));
+       AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+               
+    }
     man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
   }
 
-  // Remote storage (the Grid storage) is used if it is activated
-  // and if the object is not found in the default storage
-  // OBSOLETE: Removed
-  //  if (man->IsRemoteStorageSet())
-  //  {
-  //   AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
-  //   AliWarning("Remote CDB storage has been already set !");
-  //   AliWarning(Form("Ignoring the remote storage declared in AliReconstruction: %s",fRemoteCDBUri.Data()));
-  //   AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
-  //   fRemoteCDBUri = "";
-  //  }
-  //  else {
-  //   AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
-  //   AliDebug(2, Form("Remote CDB storage is set to: %s",fRemoteCDBUri.Data()));
-  //   AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
-  //   man->SetRemoteStorage(fRemoteCDBUri);
-  //  }
-
   // Now activate the detector specific CDB storage locations
   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
     TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
@@ -391,7 +402,7 @@ void AliReconstruction::InitCDBStorage()
     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
     man->SetSpecificStorage(obj->GetName(), obj->GetTitle());
   }
-  man->Print();
+  
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -403,17 +414,6 @@ void AliReconstruction::SetDefaultStorage(const char* uri) {
 
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliReconstruction::SetRemoteStorage(const char* uri) {
-// Store the desired remote CDB storage location
-// Activate it later within the Run() method
-// Remote storage (the Grid storage) is used if it is activated
-// and if the object is not found in the default storage
-
-  fRemoteCDBUri = uri;
-
-}
-
 //_____________________________________________________________________________
 void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
 // Store a detector-specific CDB storage location
@@ -456,19 +456,24 @@ void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* ur
 
 }
 
-
-
-
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::SetRunNumber()
+Bool_t AliReconstruction::SetRunNumberFromData()
 {
   // The method is called in Run() in order
   // to set a correct run number.
   // In case of raw data reconstruction the
   // run number is taken from the raw data header
 
-  if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() < 0) {
-    if (!fRunLoader) {
+  if (fSetRunNumberFromDataCalled) return kTRUE;
+  fSetRunNumberFromDataCalled = kTRUE;
+  
+  AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
+  
+  if(man->GetRun() > 0) {
+       AliWarning("Run number is taken from event header! Ignoring settings in AliCDBManager!");
+  } 
+  
+  if (!fRunLoader) {
       AliError("No run loader is found !"); 
       return kFALSE;
     }
@@ -490,12 +495,21 @@ Bool_t AliReconstruction::SetRunNumber()
        AliError("Neither gAlice nor RawReader objects are found !");
        return kFALSE;
       }
-    }
-    AliInfo(Form("CDB Run number: %d",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
   }
+
+  man->Print();  
+  
   return kTRUE;
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::SetCDBLock() {
+  // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
+  // or the default storage or to activate any further storage!
+  
+  AliCDBManager::Instance()->SetLock(1);
+}
+
 //_____________________________________________________________________________
 Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
 {
@@ -590,12 +604,17 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
    AliSysInfo::AddStamp("LoadLoader");
 
   // Initialize the CDB storage
-  InitCDBStorage();
-   AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB");
+  InitCDB();
+  
+  AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB");
 
   // Set run number in CDBManager (if it is not already set by the user)
-  if (!SetRunNumber()) if (fStopOnError) return kFALSE;
-
+  if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
+  
+  // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
+  // or the default storage or to activate any further storage!
+  SetCDBLock();
+  
   // Import ideal TGeo geometry and apply misalignment
   if (!gGeoManager) {
     TString geom(gSystem->DirName(fGAliceFileName));
@@ -607,6 +626,14 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   if (!MisalignGeometry(fLoadAlignData)) if (fStopOnError) return kFALSE;
    AliSysInfo::AddStamp("LoadGeom");
 
+  //QA 
+  AliQADataMakerSteer qas ; 
+  if ( fRunQA && fRawReader) 
+               qas.Run("ALL", fRawReader) ; 
+ // checking the QA of previous steps
+  CheckQA() ; 
   // local reconstruction
   if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
     if (!RunLocalReconstruction(fRunLocalReconstruction)) {
@@ -715,9 +742,6 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   gSystem->GetProcInfo(&ProcInfo);
   AliInfo(Form("Current memory usage %d %d", ProcInfo.fMemResident, ProcInfo.fMemVirtual));
   
-  // checking the QA of previous steps
-  CheckQA() ; 
-  
   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < fRunLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
     if (fRawReader) fRawReader->NextEvent();
     if ((iEvent < fFirstEvent) || ((fLastEvent >= 0) && (iEvent > fLastEvent))) {
@@ -812,8 +836,11 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
       }
     }
   
-    if (!fFillESD.IsNull()) 
-    RunQA(fFillESD.Data(), esd);
+//    if (!fFillESD.IsNull()) 
+
+         // do QA in the event loop if requested
+         if (fQAInLoop) 
+                 RunQA(fFillESD.Data(), esd);
 
     // fill Event header information from the RawEventHeader
     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(esd);}
@@ -899,21 +926,52 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   }
   
   detStr = fFillESD ; 
+
+       
   // write quality assurance ESDs data (one entry for all events)
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
-       if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) 
-               continue;
-    AliQADataMaker * qadm = GetQADataMaker(iDet);
-    if (!qadm) continue;
-    qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
-    qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS);
-    qadm->Finish(AliQA::kRECPOINTS);
-    qadm->Finish(AliQA::kESDS) ; 
+  if (fQAInLoop) {
+         for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+                 if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) 
+                         continue;
+                 AliQADataMaker * qadm = GetQADataMaker(iDet);
+                 if (!qadm) continue;
+                 qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
+                 qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS);
+                 qadm->Finish();
+         }
   }
 
   tree->GetUserInfo()->Add(esd);
   hlttree->GetUserInfo()->Add(hltesd);
-
+  
+  const TMap *cdbMap = AliCDBManager::Instance()->GetStorageMap();      
+  const TList *cdbList = AliCDBManager::Instance()->GetRetrievedIds();  
+                
+   TMap *cdbMapCopy = new TMap(cdbMap->GetEntries());   
+   cdbMapCopy->SetOwner(1);     
+   cdbMapCopy->SetName("cdbMap");       
+   TIter iter(cdbMap->GetTable());      
+        
+   TPair* pair = 0;     
+   while((pair = dynamic_cast<TPair*> (iter.Next()))){  
+         TObjString* keyStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Key());  
+         TObjString* valStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Value());        
+         cdbMapCopy->Add(new TObjString(keyStr->GetName()), new TObjString(valStr->GetName()));         
+   }    
+        
+   TList *cdbListCopy = new TList();    
+   cdbListCopy->SetOwner(1);    
+   cdbListCopy->SetName("cdbList");     
+        
+   TIter iter2(cdbList);        
+        
+   AliCDBId* id=0;      
+   while((id = dynamic_cast<AliCDBId*> (iter2.Next()))){        
+         cdbListCopy->Add(new TObjString(id->ToString().Data()));       
+   }    
+        
+   tree->GetUserInfo()->Add(cdbMapCopy);        
+   tree->GetUserInfo()->Add(cdbListCopy);
 
 
   if(fESDPar.Contains("ESD.par")){
@@ -938,7 +996,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
 
   gROOT->cd();
   CleanUp(file, fileOld);
-  
+    
   // Create tags for the events in the ESD tree (the ESD tree is always present)
   // In case of empty events the tags will contain dummy values
   AliESDTagCreator *esdtagCreator = new AliESDTagCreator();
@@ -948,6 +1006,19 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
     aodtagCreator->CreateAODTags(fFirstEvent,fLastEvent,fGRPList);
   }
 
+  //QA fone outside the event loop
+  if (!fQAInLoop) {
+         if ( fRunQA ) {
+                 qas.Run(fRunLocalReconstruction.Data(), AliQA::kRECPOINTS) ;
+                 //    qas.Reset() ;
+                 qas.Run(fRunTracking.Data(), AliQA::kESDS) ;
+         }
+  }
+  
+  // Cleanup of CDB manager: cache and active storages!
+  AliCDBManager::Instance()->ClearCache();
+  
+  
   return kTRUE;
 }
 
@@ -1062,22 +1133,24 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
       loader->UnloadDigits();
     }
 
-    AliQADataMaker * qadm = GetQADataMaker(iDet);
-    if (qadm) {
-      AliCodeTimerStart(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
-      AliInfo(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
-         
-     if (qadm->IsCycleDone() ) {
-      qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS) ; 
-         qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS) ; 
-      qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS) ; 
-         qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, "same") ; 
-     }
-      qadm->Exec(AliQA::kRECPOINTS, clustersTree) ; 
-      AliCodeTimerStop(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
-    }
+       // do QA in the event loop if requested
+       if (fQAInLoop) {
+               AliQADataMaker * qadm = GetQADataMaker(iDet);
+               if (qadm) {
+                       AliCodeTimerStart(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+                       AliInfo(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+                       if (qadm->IsCycleDone() ) {
+                               qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS) ; 
+                               qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS) ; 
+                               qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS) ; 
+                               qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, "same") ; 
+                       }
+                       qadm->Exec(AliQA::kRECPOINTS, clustersTree) ; 
+                       AliCodeTimerStop(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+               }
+       }
 
-    loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
+       loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
     loader->UnloadRecPoints();
     AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1,eventNr);
   }
@@ -1231,32 +1304,23 @@ Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
     return kFALSE;
   }
      
-  // create Tracks
-  fLoader[iDet]->LoadTracks("update");
-  fLoader[iDet]->CleanTracks();
-  fLoader[iDet]->MakeTracksContainer();
-
   // read RecPoints
   fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");  
+
   tracker->LoadClusters(fLoader[iDet]->TreeR());
   
   Int_t rv = tracker->Clusters2Tracks(esd);
   
-  fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
-  
   if ( rv )
   {
     AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
     return kFALSE;
   }
   
-  tracker->UnloadClusters();
-  
   fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
 
-  fLoader[iDet]->WriteTracks("OVERWRITE");
-  fLoader[iDet]->UnloadTracks();
-
+  tracker->UnloadClusters();
+  
   delete tracker;
   
   return kTRUE;
@@ -1401,15 +1465,18 @@ Bool_t AliReconstruction::CleanESD(AliESDEvent *esd){
   // Remove the data which are not needed for the physics analysis.
   //
 
-  AliInfo("Cleaning the ESD...");
   Int_t nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
-  AliInfo(Form("Number of ESD tracks before cleaning %d",nTracks));
+  Int_t nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
+  AliInfo
+  (Form("Number of ESD tracks and V0s before cleaning: %d %d",nTracks,nV0s));
 
-  Float_t cleanPars[]={fDmax,fZmax};
+  Float_t cleanPars[]={fV0DCAmax,fV0CsPmin,fDmax,fZmax};
   Bool_t rc=esd->Clean(cleanPars);
 
   nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
-  AliInfo(Form("Number of ESD tracks after cleaning %d",nTracks));
+  nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
+  AliInfo
+  (Form("Number of ESD tracks and V0s after cleaning %d",nTracks,nV0s));
 
   return rc;
 }
@@ -1422,11 +1489,11 @@ Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
   AliCodeTimerAuto("")
     static Int_t eventNr=0; 
   TString detStr = detectors;
+  
   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
-    if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
+  if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
     if (!reconstructor) continue;
-
     if (!ReadESD(esd, fgkDetectorName[iDet])) {
       AliDebug(1, Form("filling ESD for %s", fgkDetectorName[iDet]));
       TTree* clustersTree = NULL;
@@ -1806,13 +1873,16 @@ void AliReconstruction::CleanUp(TFile* file, TFile* fileOld)
     fLoader[iDet] = NULL;
     delete fTracker[iDet];
     fTracker[iDet] = NULL;
-    delete fQADataMaker[iDet];
-    fQADataMaker[iDet] = NULL;
+//    delete fQADataMaker[iDet];
+//    fQADataMaker[iDet] = NULL;
   }
   delete fVertexer;
   fVertexer = NULL;
-  delete fDiamondProfile;
-  fDiamondProfile = NULL;
+  
+  if(!(AliCDBManager::Instance()->GetCacheFlag())) {
+       delete fDiamondProfile;
+       fDiamondProfile = NULL;
+  }
 
   delete fGRPList;
   fGRPList = NULL;
@@ -1951,7 +2021,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
     header->SetZDCP1Energy     (esd->GetZDCP1Energy()     );
     header->SetZDCN2Energy     (esd->GetZDCN2Energy()     );
     header->SetZDCP2Energy     (esd->GetZDCP2Energy()     );
-    header->SetZDCEMEnergy     (esd->GetZDCEMEnergy()     );
+    header->SetZDCEMEnergy     (esd->GetZDCEMEnergy(0),esd->GetZDCEMEnergy(1));
     header->SetRefMultiplicity   (nTracks);
     header->SetRefMultiplicityPos(nPosTracks);
     header->SetRefMultiplicityNeg(nTracks - nPosTracks);
@@ -1961,8 +2031,8 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
     Int_t nV0s      = esd->GetNumberOfV0s();
     Int_t nCascades = esd->GetNumberOfCascades();
     Int_t nKinks    = esd->GetNumberOfKinks();
-    Int_t nVertices = nV0s + nCascades + nKinks + 1 /* = prim. vtx*/;
-    Int_t nJets     = 0;
+       Int_t nVertices = nV0s + 2*nCascades /*could lead to two vertices, one V0 and the Xi */+ nKinks + 1 /* = prim. vtx*/;    
+       Int_t nJets     = 0;
     Int_t nCaloClus = esd->GetNumberOfCaloClusters();
     Int_t nFmdClus  = 0;
     Int_t nPmdClus  = esd->GetNumberOfPmdTracks();
@@ -2304,7 +2374,9 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
       // add it to the V0 array as well
       Double_t d0[2] = { 999., 99.};
       new(V0s[jV0s++]) AliAODv0(vV0, 999., 99., p_pos, p_neg, d0); // to be refined
-    } // end of the loop on V0s
+    }
+       V0s.Expand(jV0s);        
+    // end of the loop on V0s
     
     // Kinks: it is a big mess the access to the information in the kinks
     // The loop is on the tracks in order to find the mother and daugther of each kink
@@ -2439,10 +2511,10 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
        }
       }
     }
+    vertices.Expand(jVertices);
 
     // Tracks (primary and orphan)
     for (Int_t nTrack = 0; nTrack < nTracks; ++nTrack) {
-       
 
       if (usedTrack[nTrack]) continue;
 
@@ -2524,7 +2596,8 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
       else 
        aodTrack->SetChi2MatchTrigger(0.);
     }
-   
+    tracks.Expand(jTracks); // remove 'empty slots' due to unwritten tracks
+       
     // Access to the AOD container of PMD clusters
     TClonesArray &pmdClusters = *(aod->GetPmdClusters());
     Int_t jPmdClusters=0;
@@ -2544,12 +2617,6 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
     // Access to the AOD container of clusters
     TClonesArray &caloClusters = *(aod->GetCaloClusters());
     Int_t jClusters=0;
-
-    // Calo Clusters
-    TArrayS EMCCellNumber(15000);
-    TArrayD EMCCellAmplitude(15000);
-    Int_t nEMCCells = 0;
-    const Float_t fEMCAmpScale = 1./500;
  
     for (Int_t iClust=0; iClust<nCaloClus; ++iClust) {
 
@@ -2568,16 +2635,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
       else if (cluster->GetClusterType() == AliESDCaloCluster::kEMCALClusterv1) {
        ttype = AliAODCluster::kEMCALClusterv1;
       }
-      else if (cluster->GetClusterType() == AliESDCaloCluster::kEMCALPseudoCluster) {
-       // Collect raw tower info
-       for (Int_t iDig = 0; iDig < cluster->GetNumberOfDigits(); iDig++) {
-         EMCCellNumber[nEMCCells] = cluster->GetDigitIndex()->At(iDig);
-         EMCCellAmplitude[nEMCCells] = fEMCAmpScale*cluster->GetDigitAmplitude()->At(iDig);
-         nEMCCells++;
-       }
-       // don't write cluster data (it's just a pseudo cluster, holding the tower information)
-       continue; 
-      }
+
       
       AliAODCaloCluster *caloCluster = new(caloClusters[jClusters++]) AliAODCaloCluster(id,
                                                                                        nLabel,
@@ -2589,16 +2647,35 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
       
       caloCluster->SetCaloCluster(); // to be refined!
 
-    } // end of loop on calo clusters
+    } 
+    caloClusters.Expand(jClusters); // resize TObjArray to 'remove' slots for pseudo clusters   
+    // end of loop on calo clusters
+
+    // fill PHOS cell info
+
+    AliESDCaloCells &esdEMcells = *(esd->GetEMCALCells());
+    Int_t nEMcell = esdEMcells.GetNumberOfCells() ;
+
+    AliAODCaloCells &aodEMcells = *(aod->GetEMCALCells());
+    aodEMcells.CreateContainer(nEMcell);
+    aodEMcells.SetType(AliAODCaloCells::kEMCAL);
+    for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) {      
+      aodEMcells.SetCell(iCell,esdEMcells.GetCellNumber(iCell),esdEMcells.GetAmplitude(iCell));
+    }
+    aodEMcells.Sort();
+
+    // fill PHOS cell info
+
+    AliESDCaloCells &esdPHcells = *(esd->GetPHOSCells());
+    Int_t nPHcell = esdPHcells.GetNumberOfCells() ;
 
-    // fill EMC cell info
-    AliAODCaloCells &EMCCells = *(aod->GetCaloCells());
-    EMCCells.CreateContainer(nEMCCells);
-    EMCCells.SetType(AliAODCaloCells::kEMCAL);
-    for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMCCells; iCell++) {      
-      EMCCells.SetCell(iCell,EMCCellNumber[iCell],EMCCellAmplitude[iCell]);
+    AliAODCaloCells &aodPHcells = *(aod->GetPHOSCells());
+    aodPHcells.CreateContainer(nPHcell);
+    aodPHcells.SetType(AliAODCaloCells::kPHOS);
+    for (Int_t iCell = 0; iCell < nPHcell; iCell++) {      
+      aodPHcells.SetCell(iCell,esdPHcells.GetCellNumber(iCell),esdPHcells.GetAmplitude(iCell));
     }
-    EMCCells.Sort();
+    aodPHcells.Sort();
 
     // tracklets    
     AliAODTracklets &SPDTracklets = *(aod->GetTracklets());
@@ -2625,9 +2702,6 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
 
   aodTree->GetUserInfo()->Add(aod);
 
-  // close ESD file
-  esdFile->Close();
-
   // write the tree to the specified file
   aodFile = aodTree->GetCurrentFile();
   aodFile->cd();
@@ -2762,12 +2836,10 @@ void AliReconstruction::TNamedToFile(TTree* fTree, TString fName){
 
 }
   
-
-
 //_____________________________________________________________________________
 AliQADataMaker * AliReconstruction::GetQADataMaker(Int_t iDet)
 {
-// get the quality assurance data maker object and the loader for a detector
+ // get the quality assurance data maker object and the loader for a detector
 
   if (fQADataMaker[iDet]) 
     return fQADataMaker[iDet];
@@ -2843,40 +2915,42 @@ Bool_t AliReconstruction::RunQA(const char* detectors, AliESDEvent *& esd)
   
 }
 
-
 //_____________________________________________________________________________
 void AliReconstruction::CheckQA()
 {
 // check the QA of SIM for this run and remove the detectors 
 // with status Fatal
   
-       TString newDetList ; 
+       TString newRunLocalReconstruction ; 
+       TString newRunTracking ;
+       TString newFillESD ;
+        
        for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
                TString detName(AliQA::GetDetName(iDet)) ;
-               if ( fRunLocalReconstruction.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) || 
-                       fRunLocalReconstruction.Contains("ALL") )  {
-                       AliQA * qa = AliQA::Instance(AliQA::DETECTORINDEX(iDet)) ; 
-                       if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kFATAL)) {
+               AliQA * qa = AliQA::Instance(AliQA::DETECTORINDEX(iDet)) ; 
+               if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kFATAL)) {
                                AliInfo(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was Fatal; No reconstruction performed", detName.Data())) ;
-                       } else if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kERROR)) {
-                               AliError(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was ERROR", detName.Data())) ;
-                               newDetList += detName ; 
-                               newDetList += " " ; 
-                       } else if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kWARNING) ) {
-                               AliWarning(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was WARNING", detName.Data())) ;
-                               newDetList += detName ; 
-                               newDetList += " " ; 
-                       } else if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kINFO) ) {
-                               AliInfo(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was INFO", detName.Data())) ;
-                               newDetList += detName ; 
-                               newDetList += " " ; 
-                       } else {
-                               newDetList += detName ; 
-                               newDetList += " " ;                     
+               } else {
+                       if ( fRunLocalReconstruction.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) || 
+                                       fRunLocalReconstruction.Contains("ALL") )  {
+                               newRunLocalReconstruction += detName ; 
+                               newRunLocalReconstruction += " " ;                      
+                       }
+                       if ( fRunTracking.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) || 
+                                       fRunTracking.Contains("ALL") )  {
+                               newRunTracking += detName ; 
+                               newRunTracking += " " ;                         
+                       }
+                       if ( fFillESD.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) || 
+                                       fFillESD.Contains("ALL") )  {
+                               newFillESD += detName ; 
+                               newFillESD += " " ;                     
                        }
                }
        }
-       fRunLocalReconstruction = newDetList ; 
+       fRunLocalReconstruction = newRunLocalReconstruction ; 
+       fRunTracking            = newRunTracking ; 
+       fFillESD                = newFillESD ; 
 }
 
 //_____________________________________________________________________________