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[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliReconstruction.cxx
index 7d81c54a22dcd33362c626c88b58d7963c61aa8e..b91e0e1c494a7d5f29e4285d21c46d497eb7315b 100644 (file)
 #include "AliAODVertex.h"
 #include "AliAODCluster.h"
 
-#include "AliQualAssDataMaker.h" 
+#include "AliQADataMaker.h" 
+
+#include "AliSysInfo.h" // memory snapshots
+
 
 ClassImp(AliReconstruction)
 
@@ -187,16 +190,22 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename, const char* cdb
   fRunVertexFinder(kTRUE),
   fRunHLTTracking(kFALSE),
   fRunMuonTracking(kFALSE),
+  fRunV0Finder(kTRUE),
+  fRunCascadeFinder(kTRUE),
   fStopOnError(kFALSE),
   fWriteAlignmentData(kFALSE),
-  fCleanESD(kTRUE),
   fWriteESDfriend(kFALSE),
   fWriteAOD(kFALSE),
   fFillTriggerESD(kTRUE),
 
+  fCleanESD(kTRUE),
+  fDmax(50.),
+  fZmax(50.),
+
   fRunLocalReconstruction("ALL"),
   fRunTracking("ALL"),
   fFillESD("ALL"),
+  fUseTrackingErrorsForAlignment(""),
   fGAliceFileName(gAliceFilename),
   fInput(""),
   fEquipIdMap(""),
@@ -217,6 +226,7 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename, const char* cdb
 
   fAlignObjArray(NULL),
   fCDBUri(cdbUri),
+  fRemoteCDBUri(""),
   fSpecCDBUri()
 {
 // create reconstruction object with default parameters
@@ -225,7 +235,8 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename, const char* cdb
     fReconstructor[iDet] = NULL;
     fLoader[iDet] = NULL;
     fTracker[iDet] = NULL;
-    fQualAssDataMaker[iDet] = NULL;
+    fQADataMaker[iDet] = NULL;
+       fQACycles[iDet] = 999999;       
   }
   AliPID pid;
 }
@@ -238,16 +249,22 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   fRunVertexFinder(rec.fRunVertexFinder),
   fRunHLTTracking(rec.fRunHLTTracking),
   fRunMuonTracking(rec.fRunMuonTracking),
+  fRunV0Finder(rec.fRunV0Finder),
+  fRunCascadeFinder(rec.fRunCascadeFinder),
   fStopOnError(rec.fStopOnError),
   fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData),
-  fCleanESD(rec.fCleanESD),
   fWriteESDfriend(rec.fWriteESDfriend),
   fWriteAOD(rec.fWriteAOD),
   fFillTriggerESD(rec.fFillTriggerESD),
 
+  fCleanESD(rec.fCleanESD),
+  fDmax(rec.fDmax),
+  fZmax(rec.fZmax),
+
   fRunLocalReconstruction(rec.fRunLocalReconstruction),
   fRunTracking(rec.fRunTracking),
   fFillESD(rec.fFillESD),
+  fUseTrackingErrorsForAlignment(rec.fUseTrackingErrorsForAlignment),
   fGAliceFileName(rec.fGAliceFileName),
   fInput(rec.fInput),
   fEquipIdMap(rec.fEquipIdMap),
@@ -268,6 +285,7 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
 
   fAlignObjArray(rec.fAlignObjArray),
   fCDBUri(rec.fCDBUri),
+  fRemoteCDBUri(rec.fRemoteCDBUri),
   fSpecCDBUri()
 {
 // copy constructor
@@ -279,7 +297,8 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
     fReconstructor[iDet] = NULL;
     fLoader[iDet] = NULL;
     fTracker[iDet] = NULL;
-    fQualAssDataMaker[iDet] = NULL;
+    fQADataMaker[iDet] = NULL;
+       fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];  
   }
   for (Int_t i = 0; i < rec.fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
     if (rec.fSpecCDBUri[i]) fSpecCDBUri.Add(rec.fSpecCDBUri[i]->Clone());
@@ -331,6 +350,24 @@ void AliReconstruction::InitCDBStorage()
     man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
   }
 
+  // Remote storage (the Grid storage) is used if it is activated
+  // and if the object is not found in the default storage
+  // OBSOLETE: Removed
+  //  if (man->IsRemoteStorageSet())
+  //  {
+  //   AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+  //   AliWarning("Remote CDB storage has been already set !");
+  //   AliWarning(Form("Ignoring the remote storage declared in AliReconstruction: %s",fRemoteCDBUri.Data()));
+  //   AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+  //   fRemoteCDBUri = "";
+  //  }
+  //  else {
+  //   AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+  //   AliDebug(2, Form("Remote CDB storage is set to: %s",fRemoteCDBUri.Data()));
+  //   AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
+  //   man->SetRemoteStorage(fRemoteCDBUri);
+  //  }
+
   // Now activate the detector specific CDB storage locations
   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
     TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
@@ -352,6 +389,17 @@ void AliReconstruction::SetDefaultStorage(const char* uri) {
 
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::SetRemoteStorage(const char* uri) {
+// Store the desired remote CDB storage location
+// Activate it later within the Run() method
+// Remote storage (the Grid storage) is used if it is activated
+// and if the object is not found in the default storage
+
+  fRemoteCDBUri = uri;
+
+}
+
 //_____________________________________________________________________________
 void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
 // Store a detector-specific CDB storage location
@@ -373,20 +421,20 @@ void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* ur
        }
   }
 
-  // check that calibType refers to a "valid" detector name
-  Bool_t isDetector = kFALSE;
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
-    TString detName = fgkDetectorName[iDet];
-    if(aPath.GetLevel0() == detName) {
-       isDetector = kTRUE;
-       break;
-    }
-  }
-
-  if(!isDetector) {
-       AliError(Form("Not a valid detector: %s", aPath.GetLevel0().Data()));
-       return;
-  }
+//  // check that calibType refers to a "valid" detector name
+//  Bool_t isDetector = kFALSE;
+//  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+//    TString detName = fgkDetectorName[iDet];
+//    if(aPath.GetLevel0() == detName) {
+//     isDetector = kTRUE;
+//     break;
+//    }
+//  }
+//
+//  if(!isDetector) {
+//     AliError(Form("Not a valid detector: %s", aPath.GetLevel0().Data()));
+//     return;
+//  }
 
   TObject* obj = fSpecCDBUri.FindObject(aPath.GetPath().Data());
   if (obj) fSpecCDBUri.Remove(obj);
@@ -456,6 +504,7 @@ Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
       loadAlObjsListOfDets += fgkDetectorName[iDet];
       loadAlObjsListOfDets += " ";
     } // end loop over detectors
+    loadAlObjsListOfDets.Prepend("GRP "); //add alignment objects for non-sensitive modules
     AliGeomManager::ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
   }else{
     // Check if the array with alignment objects was
@@ -521,12 +570,14 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
     fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
 
-
+   AliSysInfo::AddStamp("Start");
   // get the run loader
   if (!InitRunLoader()) return kFALSE;
+   AliSysInfo::AddStamp("LoadLoader");
 
   // Initialize the CDB storage
   InitCDBStorage();
+   AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB");
 
   // Set run number in CDBManager (if it is not already set by the user)
   if (!SetRunNumber()) if (fStopOnError) return kFALSE;
@@ -539,8 +590,8 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
     if (!gGeoManager) if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
 
-  AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
   if (!MisalignGeometry(fLoadAlignData)) if (fStopOnError) return kFALSE;
+   AliSysInfo::AddStamp("LoadGeom");
 
   // local reconstruction
   if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
@@ -558,6 +609,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
       return kFALSE;
     }
   }
+   AliSysInfo::AddStamp("Vertexer");
 
   // get trackers
   if (!fRunTracking.IsNull() && !CreateTrackers(fRunTracking)) {
@@ -566,6 +618,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
       return kFALSE;
     }      
   }
+   AliSysInfo::AddStamp("LoadTrackers");
 
   // get the possibly already existing ESD file and tree
   AliESDEvent* esd = new AliESDEvent(); AliESDEvent* hltesd = new AliESDEvent();
@@ -635,15 +688,12 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   if (fRawReader) fRawReader->RewindEvents();
    TString detStr(fFillESD) ; 
 
-// initialises quality assurance for ESDs
-   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
-    if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) 
-     continue;
-    AliQualAssDataMaker * qadm = GetQualAssDataMaker(iDet);
-    if (!qadm) 
-     continue;
-    qadm->Init(AliQualAss::kESDS) ; 
-    }
+  ProcInfo_t ProcInfo;
+  gSystem->GetProcInfo(&ProcInfo);
+  AliInfo(Form("Current memory usage %d %d", ProcInfo.fMemResident, ProcInfo.fMemVirtual));
+  
+  // checking the QA of previous steps
+  CheckQA() ; 
   
   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < fRunLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
     if (fRawReader) fRawReader->NextEvent();
@@ -740,7 +790,7 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
     }
   
     if (!fFillESD.IsNull()) 
-    RunQualAss(fFillESD.Data(), esd);
+    RunQA(fFillESD.Data(), esd);
 
     // fill Event header information from the RawEventHeader
     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(esd);}
@@ -758,6 +808,8 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
       }
     }
 
+    file->cd();
+
     //Try to improve the reconstructed primary vertex position using the tracks
     AliESDVertex *pvtx=0;
     Bool_t dovertex=kTRUE;
@@ -784,19 +836,22 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
        } 
     }
 
-    {
-    // V0 finding
-    AliV0vertexer vtxer;
-    vtxer.Tracks2V0vertices(esd);
+    if (fRunV0Finder) {
+       // V0 finding
+       AliV0vertexer vtxer;
+       vtxer.Tracks2V0vertices(esd);
 
-    // Cascade finding
-    AliCascadeVertexer cvtxer;
-    cvtxer.V0sTracks2CascadeVertices(esd);
+       if (fRunCascadeFinder) {
+          // Cascade finding
+          AliCascadeVertexer cvtxer;
+          cvtxer.V0sTracks2CascadeVertices(esd);
+       }
     }
  
     // write ESD
     if (fCleanESD) CleanESD(esd);
     if (fWriteESDfriend) {
+      esdf->~AliESDfriend();
       new (esdf) AliESDfriend(); // Reset...
       esd->GetESDfriend(esdf);
     }
@@ -809,12 +864,15 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
     esd->Reset();
     hltesd->Reset();
     if (fWriteESDfriend) {
+      esdf->~AliESDfriend();
       new (esdf) AliESDfriend(); // Reset...
     }
     // esdf->Reset();
     // delete esdf; esdf = 0;
   // ESD QA 
  
+    gSystem->GetProcInfo(&ProcInfo);
+    AliInfo(Form("Event %d -> Current memory usage %d %d",iEvent, ProcInfo.fMemResident, ProcInfo.fMemVirtual));
   }
   
   detStr = fFillESD ; 
@@ -822,10 +880,12 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
        if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) 
                continue;
-    AliQualAssDataMaker * qadm = GetQualAssDataMaker(iDet);
-    if (!qadm) 
-               continue;
-    qadm->Finish(AliQualAss::kESDS) ; 
+    AliQADataMaker * qadm = GetQADataMaker(iDet);
+    if (!qadm) continue;
+    qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
+    qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS);
+    qadm->Finish(AliQA::kRECPOINTS);
+    qadm->Finish(AliQA::kESDS) ; 
   }
 
   tree->GetUserInfo()->Add(esd);
@@ -843,7 +903,8 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
   file->cd();
   if (fWriteESDfriend)
     tree->SetBranchStatus("ESDfriend*",0);
-  tree->Write();
+  // we want to have only one tree version number
+  tree->Write(tree->GetName(),TObject::kOverwrite);
   hlttree->Write();
 
   if (fWriteAOD) {
@@ -872,53 +933,55 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
 Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
 {
 // run the local reconstruction
-
+  static Int_t eventNr=0;
   AliCodeTimerAuto("")
 
-  AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
-  Bool_t origCache = man->GetCacheFlag();
//  AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
+//   Bool_t origCache = man->GetCacheFlag();
 
-  TString detStr = detectors;
-  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
-    if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
-    AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
-    if (!reconstructor) continue;
-    if (reconstructor->HasLocalReconstruction()) continue;
+//   TString detStr = detectors;
+//   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
+//     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
+//     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
+//     if (!reconstructor) continue;
+//     if (reconstructor->HasLocalReconstruction()) continue;
 
-    AliCodeTimerStart(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
-    AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+//     AliCodeTimerStart(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+//     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
     
-    AliCodeTimerStart(Form("Loading calibration data from OCDB for %s", fgkDetectorName[iDet]));                          
-    AliInfo(Form("Loading calibration data from OCDB for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+//     AliCodeTimerStart(Form("Loading calibration data from OCDB for %s", fgkDetectorName[iDet]));                          
+//     AliInfo(Form("Loading calibration data from OCDB for %s", fgkDetectorName[iDet]));
 
-    man->SetCacheFlag(kTRUE);
-    TString calibPath = Form("%s/Calib/*", fgkDetectorName[iDet]);
-    man->GetAll(calibPath); // entries are cached!
+//     man->SetCacheFlag(kTRUE);
+//     TString calibPath = Form("%s/Calib/*", fgkDetectorName[iDet]);
+//     man->GetAll(calibPath); // entries are cached!
 
-    AliCodeTimerStop(Form("Loading calibration data from OCDB for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+//     AliCodeTimerStop(Form("Loading calibration data from OCDB for %s", fgkDetectorName[iDet]));
      
-    if (fRawReader) {
-      fRawReader->RewindEvents();
-      reconstructor->Reconstruct(fRunLoader, fRawReader);
-    } else {
-      reconstructor->Reconstruct(fRunLoader);
-    }
+//     if (fRawReader) {
+//       fRawReader->RewindEvents();
+//       reconstructor->Reconstruct(fRunLoader, fRawReader);
+//     } else {
+//       reconstructor->Reconstruct(fRunLoader);
+//     }
      
-     AliCodeTimerStop(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+//      AliCodeTimerStop(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+    // AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr));
 
-    // unload calibration data
-    man->UnloadFromCache(calibPath);
-    //man->ClearCache();
-  }
+//     // unload calibration data
+//     man->UnloadFromCache(calibPath);
+//     //man->ClearCache();
+//   }
 
-  man->SetCacheFlag(origCache);
+//   man->SetCacheFlag(origCache);
 
-  if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
-    AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
-                  detStr.Data()));
-    if (fStopOnError) return kFALSE;
-  }
+//   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
+//     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
+//                   detStr.Data()));
+//     if (fStopOnError) return kFALSE;
+//   }
 
+         eventNr++;
   return kTRUE;
 }
 
@@ -926,7 +989,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& detectors)
 Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
 {
 // run the local reconstruction
-
+  static Int_t eventNr=0;
   AliCodeTimerAuto("")
 
   TString detStr = detectors;
@@ -935,6 +998,10 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
     if (!reconstructor) continue;
     AliLoader* loader = fLoader[iDet];
+    if (!loader) {
+      AliWarning(Form("No loader is defined for %s!",fgkDetectorName[iDet]));
+      continue;
+    }
 
     // conversion of digits
     if (fRawReader && reconstructor->HasDigitConversion()) {
@@ -952,7 +1019,6 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
     }
 
     // local reconstruction
-    if (!reconstructor->HasLocalReconstruction()) continue;
     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
     AliCodeTimerAuto(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
     loader->LoadRecPoints("update");
@@ -972,8 +1038,25 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
       }
       loader->UnloadDigits();
     }
+
+    AliQADataMaker * qadm = GetQADataMaker(iDet);
+    if (qadm) {
+      AliCodeTimerStart(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+      AliInfo(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+         
+     if (qadm->IsCycleDone() ) {
+      qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS) ; 
+         qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS) ; 
+      qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS) ; 
+         qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, "same") ; 
+     }
+      qadm->Exec(AliQA::kRECPOINTS, clustersTree) ; 
+      AliCodeTimerStop(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+    }
+
     loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
     loader->UnloadRecPoints();
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1,eventNr);
   }
 
   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
@@ -981,7 +1064,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
                   detStr.Data()));
     if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
-  
+  eventNr++;
   return kTRUE;
 }
 
@@ -1064,7 +1147,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESDEvent*& esd)
     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
     AliDebug(1, Form("%s HLT tracking", detName.Data()));
     reconstructor->SetOption(detName.Data());
-    AliTracker *tracker = reconstructor->CreateTracker(fRunLoader);
+    AliTracker *tracker = reconstructor->CreateTracker();
     if (!tracker) {
       AliWarning(Form("couldn't create a HLT tracker for %s", detName.Data()));
       if (fStopOnError) return kFALSE;
@@ -1119,7 +1202,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
   
   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
   AliDebug(1, Form("%s tracking", detName.Data()));
-  AliTracker *tracker =  reconstructor->CreateTracker(fRunLoader);
+  AliTracker *tracker =  reconstructor->CreateTracker();
   if (!tracker) {
     AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
     return kFALSE;
@@ -1161,14 +1244,17 @@ Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
 Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
 {
 // run the barrel tracking
-
+  static Int_t eventNr=0;
   AliCodeTimerAuto("")
 
   AliInfo("running tracking");
 
   //Fill the ESD with the T0 info (will be used by the TOF) 
-  if (fReconstructor[11])
-      GetReconstructor(11)->FillESD(fRunLoader, esd);
+  if (fReconstructor[11] && fLoader[11]) {
+    fLoader[11]->LoadRecPoints("READ");
+    TTree *treeR = fLoader[11]->TreeR();
+    GetReconstructor(11)->FillESD((TTree *)NULL,treeR,esd);
+  }
 
   // pass 1: TPC + ITS inwards
   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
@@ -1177,13 +1263,14 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
 
     // load clusters
     fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr),iDet,1, eventNr);
     TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
     if (!tree) {
       AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
       return kFALSE;
     }
     fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
-
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
     // run tracking
     if (fTracker[iDet]->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
       AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
@@ -1194,10 +1281,10 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
     }
     // preliminary PID in TPC needed by the ITS tracker
     if (iDet == 1) {
-      GetReconstructor(1)->FillESD(fRunLoader, esd);
       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
       AliESDpid::MakePID(esd);
-    }
+    } 
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3,eventNr);
   }
 
   // pass 2: ALL backwards
@@ -1209,12 +1296,14 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
     if (iDet > 1) {     // all except ITS, TPC
       TTree* tree = NULL;
       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
+      AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1, eventNr);
       tree = fLoader[iDet]->TreeR();
       if (!tree) {
        AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
        return kFALSE;
       }
-      fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
+      fTracker[iDet]->LoadClusters(tree); 
+      AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
     }
 
     // run tracking
@@ -1233,10 +1322,10 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
     }
     // updated PID in TPC needed by the ITS tracker -MI
     if (iDet == 1) {
-      GetReconstructor(1)->FillESD(fRunLoader, esd);
       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
       AliESDpid::MakePID(esd);
     }
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking1%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
   }
 
   // write space-points to the ESD in case alignment data output
@@ -1257,10 +1346,12 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
     if (fCheckPointLevel > 1) {
       WriteESD(esd, Form("%s.refit", fgkDetectorName[iDet]));
     }
-
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking2%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
     // unload clusters
     fTracker[iDet]->UnloadClusters();
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("TUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,4, eventNr);
     fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("RUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,5, eventNr);
   }
   //
   // Propagate track to the vertex - if not done by ITS
@@ -1277,7 +1368,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
    AliTracker::PropagateTrackTo(track,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
     track->RelateToVertex(esd->GetVertex(),fieldZ, kMaxD);
   }
-  
+  eventNr++;
   return kTRUE;
 }
 
@@ -1288,23 +1379,16 @@ Bool_t AliReconstruction::CleanESD(AliESDEvent *esd){
   //
 
   AliInfo("Cleaning the ESD...");
-
-  const AliESDVertex *vertex=esd->GetVertex();
-  Double_t vz=vertex->GetZv();
-  
   Int_t nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
-  for (Int_t i=0; i<nTracks; i++) {
-    AliESDtrack *track=esd->GetTrack(i);
+  AliInfo(Form("Number of ESD tracks before cleaning %d",nTracks));
 
-    Float_t xy,z; track->GetImpactParameters(xy,z);
-    if (TMath::Abs(xy) < 50.)    continue;  
-    if (vertex->GetStatus())
-      if (TMath::Abs(vz-z) < 5.) continue;  
+  Float_t cleanPars[]={fDmax,fZmax};
+  Bool_t rc=esd->Clean(cleanPars);
 
-    esd->RemoveTrack(i);
-  }
+  nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
+  AliInfo(Form("Number of ESD tracks after cleaning %d",nTracks));
 
-  return kTRUE;
+  return rc;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -1313,7 +1397,7 @@ Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
 // fill the event summary data
 
   AliCodeTimerAuto("")
-
+    static Int_t eventNr=0; 
   TString detStr = detectors;
   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
@@ -1323,7 +1407,7 @@ Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
     if (!ReadESD(esd, fgkDetectorName[iDet])) {
       AliDebug(1, Form("filling ESD for %s", fgkDetectorName[iDet]));
       TTree* clustersTree = NULL;
-      if (reconstructor->HasLocalReconstruction() && fLoader[iDet]) {
+      if (fLoader[iDet]) {
        fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
        clustersTree = fLoader[iDet]->TreeR();
        if (!clustersTree) {
@@ -1348,15 +1432,10 @@ Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
        reconstructor->FillESD(digitsTree, clustersTree, esd);
        if (fLoader[iDet]) fLoader[iDet]->UnloadDigits();
       }
-      if (reconstructor->HasLocalReconstruction() && fLoader[iDet]) {
+      if (fLoader[iDet]) {
        fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
       }
 
-      if (fRawReader) {
-        reconstructor->FillESD(fRunLoader, fRawReader, esd);
-      } else {
-        reconstructor->FillESD(fRunLoader, esd);
-      }
       if (fCheckPointLevel > 2) WriteESD(esd, fgkDetectorName[iDet]);
     }
   }
@@ -1366,7 +1445,8 @@ Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
                   detStr.Data()));
     if (fStopOnError) return kFALSE;
   }
-
+  AliSysInfo::AddStamp(Form("FillESD%d",eventNr), 0,1, eventNr);
+  eventNr++;
   return kTRUE;
 }
 
@@ -1571,15 +1651,6 @@ AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
   TString recName = "Ali" + detName + "Reconstructor";
   if (gAlice && !gAlice->GetDetector(detName) && (detName != "HLT")) return NULL;
 
-  if (detName == "HLT") {
-    if (!gROOT->GetClass("AliLevel3")) {
-      gSystem->Load("libAliHLTSrc.so");
-      gSystem->Load("libAliHLTMisc.so");
-      gSystem->Load("libAliHLTHough.so");
-      gSystem->Load("libAliHLTComp.so");
-    }
-  }
-
   AliReconstructor* reconstructor = NULL;
   // first check if a plugin is defined for the reconstructor
   TPluginHandler* pluginHandler = 
@@ -1604,7 +1675,7 @@ AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
   if (reconstructor) {
     TObject* obj = fOptions.FindObject(detName.Data());
     if (obj) reconstructor->SetOption(obj->GetTitle());
-    reconstructor->Init(fRunLoader);
+    reconstructor->Init();
     fReconstructor[iDet] = reconstructor;
   }
 
@@ -1658,7 +1729,7 @@ Bool_t AliReconstruction::CreateVertexer()
   fVertexer = NULL;
   AliReconstructor* itsReconstructor = GetReconstructor(0);
   if (itsReconstructor) {
-    fVertexer = itsReconstructor->CreateVertexer(fRunLoader);
+    fVertexer = itsReconstructor->CreateVertexer();
   }
   if (!fVertexer) {
     AliWarning("couldn't create a vertexer for ITS");
@@ -1689,11 +1760,12 @@ Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
     }
 
 
-    fTracker[iDet] = reconstructor->CreateTracker(fRunLoader);
+    fTracker[iDet] = reconstructor->CreateTracker();
     if (!fTracker[iDet] && (iDet < 7)) {
       AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
       if (fStopOnError) return kFALSE;
     }
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("LTracker%s",fgkDetectorName[iDet]), iDet,0);
   }
 
   return kTRUE;
@@ -1710,8 +1782,8 @@ void AliReconstruction::CleanUp(TFile* file, TFile* fileOld)
     fLoader[iDet] = NULL;
     delete fTracker[iDet];
     fTracker[iDet] = NULL;
-    delete fQualAssDataMaker[iDet];
-    fQualAssDataMaker[iDet] = NULL;
+    delete fQADataMaker[iDet];
+    fQADataMaker[iDet] = NULL;
   }
   delete fVertexer;
   fVertexer = NULL;
@@ -1907,7 +1979,7 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
     for (Int_t nCascade = 0; nCascade < nCascades; ++nCascade) {
       AliESDcascade *cascade = esd->GetCascade(nCascade);
       
-      cascade->GetXYZ(pos[0], pos[1], pos[2]);
+      cascade->GetXYZcascade(pos[0], pos[1], pos[2]);  // Bo: bug correction
       cascade->GetPosCovXi(covVtx);
      
       // Add the cascade vertex
@@ -1927,7 +1999,6 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
       Int_t posFromV0 = cascade->GetPindex();
       Int_t negFromV0 = cascade->GetNindex();
 
-
       AliESDv0 * v0 = 0x0;
       Int_t indV0 = -1;
 
@@ -2444,15 +2515,15 @@ void AliReconstruction::ESDFile2AODFile(TFile* esdFile, TFile* aodFile)
       AliAODTrack *primTrack = NULL;
       Char_t ttype=AliAODCluster::kUndef;
 
-      if (cluster->IsPHOS()) ttype=AliAODCluster::kPHOSNeutral;
-      else if (cluster->IsEMCAL()) {
-
-       if (cluster->GetClusterType() == AliESDCaloCluster::kPseudoCluster)
-         ttype = AliAODCluster::kEMCALPseudoCluster;
-       else
-         ttype = AliAODCluster::kEMCALClusterv1;
-
+      if (cluster->GetClusterType() == AliESDCaloCluster::kPHOSCluster){
+       ttype = AliAODCluster::kPHOSNeutral;
       }
+      else if (cluster->GetClusterType() == AliESDCaloCluster::kEMCALClusterv1){
+       ttype = AliAODCluster::kEMCALClusterv1;
+      }      
+      else if (cluster->GetClusterType() == AliESDCaloCluster::kEMCALPseudoCluster){
+       ttype = AliAODCluster::kEMCALPseudoCluster;
+      }    
 
       new(clusters[jClusters++]) AliAODCluster(id,
                                               label,
@@ -2538,7 +2609,13 @@ void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESDEvent* esd)
          Int_t isp = 0;
          Int_t isp2 = 0;
          while (isp < nspdet) {
-           Bool_t isvalid = tracker->GetTrackPoint(idx[isp2],p); isp2++;
+           Bool_t isvalid;
+           if(IsSelected(fgkDetectorName[iDet],fUseTrackingErrorsForAlignment)) {
+             isvalid = tracker->GetTrackPointTrackingError(idx[isp2],p,track);
+           } else {
+             isvalid = tracker->GetTrackPoint(idx[isp2],p); 
+           } 
+           isp2++;
            const Int_t kNTPCmax = 159;
            if (iDet==1 && isp2>kNTPCmax) break;   // to be fixed
            if (!isvalid) continue;
@@ -2620,90 +2697,58 @@ void AliReconstruction::TNamedToFile(TTree* fTree, TString fName){
   out.close();
 
 }
+  
+
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliQualAssDataMaker * AliReconstruction::GetQualAssDataMaker(Int_t iDet)
+AliQADataMaker * AliReconstruction::GetQADataMaker(Int_t iDet)
 {
 // get the quality assurance data maker object and the loader for a detector
 
-  if (fQualAssDataMaker[iDet]) 
-    return fQualAssDataMaker[iDet];
+  if (fQADataMaker[iDet]) 
+    return fQADataMaker[iDet];
 
   // load the QA data maker object
   TPluginManager* pluginManager = gROOT->GetPluginManager();
   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
-  TString qadmName = "Ali" + detName + "QualAssDataMaker";
+  TString qadmName = "Ali" + detName + "QADataMaker";
   if (gAlice && !gAlice->GetDetector(detName) && (detName != "HLT")) 
     return NULL;
 
-  AliQualAssDataMaker * qadm = NULL;
+  AliQADataMaker * qadm = NULL;
   // first check if a plugin is defined for the quality assurance data maker
-  TPluginHandler* pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliQualAssDataMaker", detName);
+  TPluginHandler* pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliQADataMaker", detName);
   // if not, add a plugin for it
   if (!pluginHandler) {
     AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", qadmName.Data()));
     TString libs = gSystem->GetLibraries();
     if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so") ||
        (gSystem->Load("lib" + detName + "base.so") >= 0)) {
-      pluginManager->AddHandler("AliQualAssDataMaker", detName, 
+      pluginManager->AddHandler("AliQADataMaker", detName, 
                                qadmName, detName + "qadm", qadmName + "()");
     } else {
-      pluginManager->AddHandler("AliQualAssDataMaker", detName, 
+      pluginManager->AddHandler("AliQADataMaker", detName, 
                                qadmName, detName, qadmName + "()");
     }
-    pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliQualAssDataMaker", detName);
+    pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliQADataMaker", detName);
   }
   if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
-    qadm = (AliQualAssDataMaker *) pluginHandler->ExecPlugin(0);
+    qadm = (AliQADataMaker *) pluginHandler->ExecPlugin(0);
   }
   if (qadm) {
-    // TObject* obj = fOptions.FindObject(detName.Data());
-    //     if (obj) reconstructor->SetOption(obj->GetTitle());
-    fQualAssDataMaker[iDet] = qadm;
+    AliInfo(Form("Initializing quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
+    qadm->Init(AliQA::kRECPOINTS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), GetQACycles(fgkDetectorName[iDet]));
+    qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
+    qadm->Init(AliQA::kESDS, AliCDBManager::Instance()->GetRun());
+    qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, "same") ;         
+    fQADataMaker[iDet] = qadm;
   }
 
-  // get or create the loader
-  fLoader[iDet] = fRunLoader->GetLoader(detName + "Loader");
-  if (!fLoader[iDet]) {
-    AliConfig::Instance()
-       ->CreateDetectorFolders(fRunLoader->GetEventFolder(), 
-                               detName, detName);
-    // first check if a plugin is defined for the loader
-    pluginHandler = 
-      pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
-    // if not, add a plugin for it
-    if (!pluginHandler) {
-      TString loaderName = "Ali" + detName + "Loader";
-      AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", loaderName.Data()));
-      pluginManager->AddHandler("AliLoader", detName, 
-                               loaderName, detName + "base", 
-                               loaderName + "(const char*, TFolder*)");
-      pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
-    }
-    if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
-      fLoader[iDet] = 
-       (AliLoader*) pluginHandler->ExecPlugin(2, detName.Data(), 
-                                              fRunLoader->GetEventFolder());
-    }
-    if (!fLoader[iDet]) {   // use default loader
-      fLoader[iDet] = new AliLoader(detName, fRunLoader->GetEventFolder());
-    }
-    if (!fLoader[iDet]) {
-      AliWarning(Form("couldn't get loader for %s", detName.Data()));
-      if (fStopOnError) return NULL;
-    } else {
-      fRunLoader->AddLoader(fLoader[iDet]);
-      fRunLoader->CdGAFile();
-      if (gFile && !gFile->IsWritable()) gFile->ReOpen("UPDATE");
-      fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
-    }
-  }
-      
   return qadm;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::RunQualAss(const char* detectors, AliESDEvent *& esd)
+Bool_t AliReconstruction::RunQA(const char* detectors, AliESDEvent *& esd)
 {
   // run the Quality Assurance data producer
 
@@ -2712,14 +2757,14 @@ Bool_t AliReconstruction::RunQualAss(const char* detectors, AliESDEvent *& esd)
   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
    if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) 
      continue;
-   AliQualAssDataMaker * qadm = GetQualAssDataMaker(iDet);
+   AliQADataMaker * qadm = GetQADataMaker(iDet);
    if (!qadm) 
      continue;
    AliCodeTimerStart(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
    AliInfo(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
     
-   qadm->SetData(esd) ; 
-   qadm->Exec(AliQualAss::kESDS) ; 
+   qadm->Exec(AliQA::kESDS, esd) ; 
+   qadm->Increment() ; 
 
    AliCodeTimerStop(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
  }
@@ -2731,4 +2776,50 @@ Bool_t AliReconstruction::RunQualAss(const char* detectors, AliESDEvent *& esd)
  }
  
  return kTRUE;
+  
+}
+
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::CheckQA()
+{
+// check the QA of SIM for this run and remove the detectors 
+// with status Fatal
+  
+       TString newDetList ; 
+       for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
+               TString detName(AliQA::GetDetName(iDet)) ;
+               if ( fRunLocalReconstruction.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) || 
+                       fRunLocalReconstruction.Contains("ALL") )  {
+                       AliQA * qa = AliQA::Instance(AliQA::DETECTORINDEX(iDet)) ; 
+                       if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kFATAL)) {
+                               AliInfo(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was Fatal; No reconstruction performed", detName.Data())) ;
+                       } else if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kERROR)) {
+                               AliError(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was ERROR", detName.Data())) ;
+                               newDetList += detName ; 
+                               newDetList += " " ; 
+                       } else if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kWARNING) ) {
+                               AliWarning(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was WARNING", detName.Data())) ;
+                               newDetList += detName ; 
+                               newDetList += " " ; 
+                       } else if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kINFO) ) {
+                               AliInfo(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was INFO", detName.Data())) ;
+                               newDetList += detName ; 
+                               newDetList += " " ; 
+                       }
+               }
+       }
+       fRunLocalReconstruction = newDetList ; 
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Int_t AliReconstruction::GetDetIndex(const char* detector)
+{
+  // return the detector index corresponding to detector
+  Int_t index = -1 ; 
+  for (index = 0; index < fgkNDetectors ; index++) {
+    if ( strcmp(detector, fgkDetectorName[index]) == 0 )
+       break ; 
+  }    
+  return index ; 
 }