]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliRelAlignerKalman.cxx
Change the X and Y values stored by the VertexerZ from (0.,0.) which are the
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliRelAlignerKalman.cxx
index ac188d56a0c8f9baf838efe536b3b2b248348154..99d35bb3b5c491edc0fc36d1290038767e8ba6d6 100644 (file)
 //    - 3 shifts, x,y,z
 //    - 3 Cardan angles, psi, theta, phi (see definition in alignment docs),
 //    - TPC drift velocity correction,
-//    - TPC y dependence of vdrift
 //    - TPC time offset correction.
 //
 //    Basic usage:
-//    When aligning two volumesi, at any given time a single instance of
+//    When aligning two volumes, at any given time a single instance of
 //    the class should be active. The fit of the parameters is updated
 //    by adding new data using one of the Add.... methods:
 //
-//    In collision events add an ESD track to update the fit,
+//    In collision events add an ESD event to update the fit (adds all tracks):
 //
-//        Bool_t AddESDTrack( AliESDtrack* pTrack );
+//        Bool_t AddESDevent( AliESDevent* pTrack );
+//    
+//    or add each individual track
+//
+//        AddESDtrack( AliESDtrack* pTrack );
 //
 //    For cosmic data, the assumption is that the tracking is done twice:
 //    once global and once only ITS and the tracklets are saved inside
 //    One cosmic ideally triggers two updates: for the upper and lower half of
 //    the cosmic (upper ITS tracklet+upper TPC tracklet, idem dito for lower)
 //
+//    by default give misalignment parameters for TPC as they appear to be.
+//    TPC calibration parameters are always given as correction to values used in reco.
+//
 //    _________________________________________________________________________
 //    Expert options:
-//    look at AddCosmicEvent() to get the idea of how the
-//    aligner works, it's safe to repeat the steps outside of the class, only
-//    public methods are used.
-//
-//    The following is dangerous!! Cripples the outlier rejection! Don't use it!
-//    In the calibration mode set by
-//
-//      void SetCalibrationMode( const Bool_t cal=kTRUE );
-//
-//    a correction for the covariance matrix of the measurement can be calculated
-//    in case the errors estimated by the track fit do not correspond to the
-//    actual spread of the residuals.
-//    In calibration mode the aligner fills histograms of the residuals and of
-//    the errors of the residuals.
-//    Setting the calibration mode to false:
-//      void SetCalibrationMode( const Bool_t cal=kFALSE );
-//    automatically enables the correction.
-//
-//    Pointers to the histograms are available with apropriate getters for
-//    plotting and analysis.
-//
+//    look at AddESDevent() and AddCosmicEvent() to get the idea of how the
+//    aligner works, it's safe to repeat the needed steps outside of the class,
+//    only public methods are used.
 //
 //    Origin: Mikolaj Krzewicki, Nikhef, Mikolaj.Krzewicki@cern.ch
 //
 #include <TVector3.h>
 #include <TDecompLU.h>
 #include <TArrayI.h>
+#include <TObjArray.h>
 #include <TH1D.h>
 #include <TF1.h>
 
 #include "AliESDtrack.h"
-#include "AliTrackPointArray.h"
-#include "AliGeomManager.h"
-#include "AliTrackFitterKalman.h"
-#include "AliTrackFitterRieman.h"
-#include "AliESDfriendTrack.h"
 #include "AliESDEvent.h"
-#include "AliESDVertex.h"
 #include "AliExternalTrackParam.h"
 
 #include "AliRelAlignerKalman.h"
@@ -103,167 +86,170 @@ ClassImp(AliRelAlignerKalman)
 
 //______________________________________________________________________________
 AliRelAlignerKalman::AliRelAlignerKalman():
-    fAlpha(0.),
-    fLocalX(80.),
-    fkPTrackParam1(NULL),
-    fkPTrackParam2(NULL),
+    TObject(),
+    fPTrackParamArr1(new AliExternalTrackParam[fgkNTracksPerMeasurement]),
+    fPTrackParamArr2(new AliExternalTrackParam[fgkNTracksPerMeasurement]),
+    fMagField(0.),
+    fNMeasurementParams(4),
     fPX(new TVectorD( fgkNSystemParams )),
     fPXcov(new TMatrixDSym( fgkNSystemParams )),
-    fPH(new TMatrixD( fgkNMeasurementParams, fgkNSystemParams )),
+    fPH(new TMatrixD( fNMeasurementParams, fgkNSystemParams )),
     fQ(1.e-15),
-    fPMeasurement(new TVectorD( fgkNMeasurementParams )),
-    fPMeasurementCov(new TMatrixDSym( fgkNMeasurementParams )),
+    fPMeasurement(new TVectorD( fNMeasurementParams )),
+    fPMeasurementCov(new TMatrixDSym( fNMeasurementParams )),
+    fPMeasurementPrediction(new TVectorD( fNMeasurementParams )),
     fOutRejSigmas(1.),
+    fOutRejSigma2Median(5.),
+    fYZOnly(kFALSE),
+    fNumericalParanoia(kTRUE),
     fRejectOutliers(kTRUE),
-    fCalibrationMode(kFALSE),
-    fFillHistograms(kTRUE),
+    fRejectOutliersSigma2Median(kFALSE),
     fRequireMatchInTPC(kFALSE),
-    fApplyCovarianceCorrection(kFALSE),
     fCuts(kFALSE),
     fMinPointsVol1(3),
     fMinPointsVol2(50),
-    fMinMom(0.),
-    fMaxMom(1.e100),
+    fMinPt(0.),
+    fMaxPt(1.e100),
     fMaxMatchingAngle(0.1),
     fMaxMatchingDistance(10.),  //in cm
     fCorrectionMode(kFALSE),
     fNTracks(0),
     fNUpdates(0),
     fNOutliers(0),
+    fNOutliersSigma2Median(0),
     fNMatchedCosmics(0),
     fNMatchedTPCtracklets(0),
     fNProcessedEvents(0),
-    fNHistogramBins(200),
-    fPMes0Hist(new TH1D("res y","res y", fNHistogramBins, 0, 0)),
-    fPMes1Hist(new TH1D("res z","res z", fNHistogramBins, 0, 0)),
-    fPMes2Hist(new TH1D("res sinphi","res sinphi", fNHistogramBins, 0, 0)),
-    fPMes3Hist(new TH1D("res tgl","res tgl", fNHistogramBins, 0, 0)),
-    fPMesErr0Hist(new TH1D("mescov11","mescov11", fNHistogramBins, 0, 0)),
-    fPMesErr1Hist(new TH1D("mescov22","mescov22", fNHistogramBins, 0, 0)),
-    fPMesErr2Hist(new TH1D("mescov33","mescov33", fNHistogramBins, 0, 0)),
-    fPMesErr3Hist(new TH1D("mescov44","mescov44", fNHistogramBins, 0, 0)),
-    fPMeasurementCovCorr(new TMatrixDSym(fgkNMeasurementParams)),
+    fTrackInBuffer(0),
+    fTimeStamp(0),
+    fRunNumber(0),
+    fNMerges(0),
+    fNMergesFailed(0),
     fTPCvd(2.64),
-    fTPCZLengthA(2.49725006103515625e+02),
-    fTPCZLengthC(2.49697998046875000e+02)
+    fTPCZLengthA(2.4972500e02),
+    fTPCZLengthC(2.4969799e02)
 {
   //Default constructor
-
-  //default seed: zero, reset errors to large default
+  for (Int_t i=0;i<fgkNSystemParams;i++) fDelta[i] = 1.e-6;
+  for (Int_t i=0; i<4;i++){fResArrSigma2Median[i]=NULL;}
   Reset();
-
-  //initialize the differentials per parameter
-  for (Int_t i=0;i<fgkNSystemParams;i++) fDelta[i] = 1.e-8;
-  //fDelta[0] = 1e-8;
-  //fDelta[1] = 1e-8;
-  //fDelta[2] = 1e-8;
-  //fDelta[3] = 1e-8;
-  //fDelta[4] = 1e-8;
-  //fDelta[5] = 1e-8;
-  //fDelta[6] = 1e-8;
-  //fDelta[7] = 1e-8;
-  //fDelta[8] = 1e-8;
 }
 
 //______________________________________________________________________________
 AliRelAlignerKalman::AliRelAlignerKalman(const AliRelAlignerKalman& a):
-    TObject(a),
-    fAlpha(a.fAlpha),
-    fLocalX(a.fLocalX),
-    fkPTrackParam1(a.fkPTrackParam1),
-    fkPTrackParam2(a.fkPTrackParam2),
+    TObject(static_cast<TObject>(a)),
+    fPTrackParamArr1(new AliExternalTrackParam[fgkNTracksPerMeasurement]),
+    fPTrackParamArr2(new AliExternalTrackParam[fgkNTracksPerMeasurement]),
+    fMagField(a.fMagField),
+    fNMeasurementParams(a.fNMeasurementParams),
     fPX(new TVectorD( *a.fPX )),
     fPXcov(new TMatrixDSym( *a.fPXcov )),
-    fPH(new TMatrixD( *a.fPH )),
+    fPH(new TMatrixD( fNMeasurementParams, fgkNSystemParams )),
     fQ(a.fQ),
-    fPMeasurement(new TVectorD( *a.fPMeasurement )),
-    fPMeasurementCov(new TMatrixDSym( *a.fPMeasurementCov )),
+    fPMeasurement(new TVectorD( fNMeasurementParams )),
+    fPMeasurementCov(new TMatrixDSym( fNMeasurementParams )),
+    fPMeasurementPrediction(new TVectorD( fNMeasurementParams )),
     fOutRejSigmas(a.fOutRejSigmas),
+    fOutRejSigma2Median(a.fOutRejSigma2Median),
+    fYZOnly(a.fYZOnly),
+    fNumericalParanoia(a.fNumericalParanoia),
     fRejectOutliers(a.fRejectOutliers),
-    fCalibrationMode(a.fCalibrationMode),
-    fFillHistograms(a.fFillHistograms),
+    fRejectOutliersSigma2Median(a.fRejectOutliersSigma2Median),
     fRequireMatchInTPC(a.fRequireMatchInTPC),
-    fApplyCovarianceCorrection(a.fApplyCovarianceCorrection),
     fCuts(a.fCuts),
     fMinPointsVol1(a.fMinPointsVol1),
     fMinPointsVol2(a.fMinPointsVol2),
-    fMinMom(a.fMinMom),
-    fMaxMom(a.fMaxMom),
+    fMinPt(a.fMinPt),
+    fMaxPt(a.fMaxPt),
     fMaxMatchingAngle(a.fMaxMatchingAngle),
     fMaxMatchingDistance(a.fMaxMatchingDistance),  //in cm
     fCorrectionMode(a.fCorrectionMode),
     fNTracks(a.fNTracks),
     fNUpdates(a.fNUpdates),
     fNOutliers(a.fNOutliers),
+    fNOutliersSigma2Median(a.fNOutliersSigma2Median),
     fNMatchedCosmics(a.fNMatchedCosmics),
     fNMatchedTPCtracklets(a.fNMatchedTPCtracklets),
     fNProcessedEvents(a.fNProcessedEvents),
-    fNHistogramBins(a.fNHistogramBins),
-    fPMes0Hist(new TH1D(*a.fPMes0Hist)),
-    fPMes1Hist(new TH1D(*a.fPMes1Hist)),
-    fPMes2Hist(new TH1D(*a.fPMes2Hist)),
-    fPMes3Hist(new TH1D(*a.fPMes3Hist)),
-    fPMesErr0Hist(new TH1D(*a.fPMesErr0Hist)),
-    fPMesErr1Hist(new TH1D(*a.fPMesErr1Hist)),
-    fPMesErr2Hist(new TH1D(*a.fPMesErr2Hist)),
-    fPMesErr3Hist(new TH1D(*a.fPMesErr3Hist)),
-    fPMeasurementCovCorr(new TMatrixDSym(*a.fPMeasurementCovCorr)),
+    fTrackInBuffer(0),
+    fTimeStamp(a.fTimeStamp),
+    fRunNumber(a.fRunNumber),
+    fNMerges(a.fNMerges),
+    fNMergesFailed(a.fNMergesFailed),
     fTPCvd(a.fTPCvd),
     fTPCZLengthA(a.fTPCZLengthA),
     fTPCZLengthC(a.fTPCZLengthC)
 {
   //copy constructor
   memcpy(fDelta,a.fDelta,fgkNSystemParams*sizeof(Double_t));
+
+  //copy contents of the residuals array for sigma2median scheme
+  for (Int_t i=0;i<4;i++)
+  {
+    if ((a.fResArrSigma2Median)[i]) 
+    {
+      fResArrSigma2Median[i] = new Double_t[fgkNtracksSigma2Median];
+      memcpy(fResArrSigma2Median[i],(a.fResArrSigma2Median)[i],
+             fgkNtracksSigma2Median*sizeof(Double_t));
+    }
+    else
+      fResArrSigma2Median[i] = NULL;
+  }
 }
 
 //______________________________________________________________________________
 AliRelAlignerKalman& AliRelAlignerKalman::operator=(const AliRelAlignerKalman& a)
 {
   //assignment operator
-  fAlpha=a.fAlpha;
-  fLocalX=a.fLocalX;
-  fkPTrackParam1=a.fkPTrackParam1;
-  fkPTrackParam2=a.fkPTrackParam2;
+  fMagField=a.fMagField,
+  fNMeasurementParams=a.fNMeasurementParams;
   *fPX = *a.fPX;
   *fPXcov = *a.fPXcov;
-  *fPH = *a.fPH;
   fQ=a.fQ;
-  *fPMeasurement=*a.fPMeasurement;
-  *fPMeasurementCov=*a.fPMeasurementCov;
   fOutRejSigmas=a.fOutRejSigmas;
+  fOutRejSigma2Median=a.fOutRejSigma2Median;
   memcpy(fDelta,a.fDelta,fgkNSystemParams*sizeof(Double_t));
+  fYZOnly=a.fYZOnly;
+  fNumericalParanoia=a.fNumericalParanoia;
   fRejectOutliers=a.fRejectOutliers;
-  fCalibrationMode=a.fCalibrationMode;
-  fFillHistograms=a.fFillHistograms;
+  fRejectOutliersSigma2Median=a.fRejectOutliersSigma2Median;
   fRequireMatchInTPC=a.fRequireMatchInTPC;
-  fApplyCovarianceCorrection=a.fApplyCovarianceCorrection;
   fCuts=a.fCuts;
   fMinPointsVol1=a.fMinPointsVol1;
   fMinPointsVol2=a.fMinPointsVol2;
-  fMinMom=a.fMinMom;
-  fMaxMom=a.fMaxMom;
+  fMinPt=a.fMinPt;
+  fMaxPt=a.fMaxPt;
   fMaxMatchingAngle=a.fMaxMatchingAngle;
   fMaxMatchingDistance=a.fMaxMatchingDistance;  //in c;
   fCorrectionMode=a.fCorrectionMode;
   fNTracks=a.fNTracks;
   fNUpdates=a.fNUpdates;
   fNOutliers=a.fNOutliers;
+  fNOutliersSigma2Median=a.fNOutliersSigma2Median;
   fNMatchedCosmics=a.fNMatchedCosmics;
   fNMatchedTPCtracklets=a.fNMatchedTPCtracklets;
   fNProcessedEvents=a.fNProcessedEvents;
-  fNHistogramBins=a.fNHistogramBins;
-  *fPMes0Hist=*a.fPMes0Hist;
-  *fPMes1Hist=*a.fPMes1Hist;
-  *fPMes2Hist=*a.fPMes2Hist;
-  *fPMes3Hist=*a.fPMes3Hist;
-  *fPMesErr0Hist=*a.fPMesErr0Hist;
-  *fPMesErr1Hist=*a.fPMesErr1Hist;
-  *fPMesErr2Hist=*a.fPMesErr2Hist;
-  *fPMesErr3Hist=*a.fPMesErr3Hist;
-  *fPMeasurementCovCorr=*a.fPMeasurementCovCorr;
+  fTrackInBuffer=0; //because the array is reset, not copied
+  fTimeStamp=a.fTimeStamp;
+  fRunNumber=a.fRunNumber;
+  fNMerges=a.fNMerges;
   fTPCvd=a.fTPCvd;
   fTPCZLengthA=a.fTPCZLengthA;
   fTPCZLengthC=a.fTPCZLengthC;
+
+  //copy contents of the residuals array for sigma2median scheme
+  for (Int_t i=0;i<4;i++)
+  {
+    if ((a.fResArrSigma2Median)[i]) 
+    {
+      if (!(fResArrSigma2Median[i])) fResArrSigma2Median[i] = 
+                                     new Double_t[fgkNtracksSigma2Median];
+      memcpy(fResArrSigma2Median[i],(a.fResArrSigma2Median)[i],
+             fgkNtracksSigma2Median*sizeof(Double_t));
+    }
+    else
+      fResArrSigma2Median[i] = NULL;
+  }
   return *this;
 }
 
@@ -271,28 +257,77 @@ AliRelAlignerKalman& AliRelAlignerKalman::operator=(const AliRelAlignerKalman& a
 AliRelAlignerKalman::~AliRelAlignerKalman()
 {
   //destructor
+  delete [] fPTrackParamArr1;
+  delete [] fPTrackParamArr2;
   delete fPX;
   delete fPXcov;
   delete fPH;
   delete fPMeasurement;
   delete fPMeasurementCov;
-  delete fPMes0Hist;
-  delete fPMes1Hist;
-  delete fPMes2Hist;
-  delete fPMes3Hist;
-  delete fPMesErr0Hist;
-  delete fPMesErr1Hist;
-  delete fPMesErr2Hist;
-  delete fPMesErr3Hist;
+  for (Int_t i=0;i<4;i++) 
+  {
+    delete [] (fResArrSigma2Median[i]);
+  }
 }
 
 //______________________________________________________________________________
-Bool_t AliRelAlignerKalman::AddESDTrack( const AliESDtrack* pTrack )
+Bool_t AliRelAlignerKalman::AddESDevent( const AliESDEvent* pEvent )
 {
-  //Adds a full track, to be implemented when data format clear
-  if (pTrack) return kFALSE;
-  fkPTrackParam2 = pTrack->GetInnerParam();
-  return kFALSE;
+  //Add all tracks in an ESD event
+
+  fNProcessedEvents++; //update the counter
+  
+  Bool_t success=kFALSE;
+  SetMagField( pEvent->GetMagneticField() );
+  AliESDtrack* track=NULL;
+  
+  for (Int_t i=0; i<pEvent->GetNumberOfTracks(); i++)
+  {
+    track = pEvent->GetTrack(i);
+    if (!track) continue;
+    if ( ((track->GetStatus()&AliESDtrack::kTPCin)>0)&&
+         ((track->GetStatus()&AliESDtrack::kITSrefit)>0)&&
+         (track->GetNcls(0)>=fMinPointsVol1)&&
+         (track->GetNcls(1)>=fMinPointsVol2) )
+    { 
+      success = ( AddESDtrack( track ) || success );
+    }
+  }
+  if (success)
+  {
+    fTimeStamp = pEvent->GetTimeStamp();
+    fRunNumber = pEvent->GetRunNumber();
+  }
+  return success;
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+Bool_t AliRelAlignerKalman::AddESDtrack( const AliESDtrack* pTrack )
+{
+  //Adds a full track, returns true if results in a new estimate
+  //  gets the inner TPC parameters from AliESDTrack::GetInnerParam()
+  //  gets the outer ITS parameters from AliESDfriendTrack::GetITSout()
+
+  const AliExternalTrackParam* pconstparamsITS = pTrack->GetOuterParam();
+  if (!pconstparamsITS) return kFALSE;
+  const AliExternalTrackParam* pconstparamsTPC = pTrack->GetInnerParam();
+  if (!pconstparamsTPC) return kFALSE;
+  
+  //TPC part
+  AliExternalTrackParam paramsTPC = (*pconstparamsTPC);
+  paramsTPC.Rotate(pconstparamsITS->GetAlpha());
+  paramsTPC.PropagateTo(pconstparamsITS->GetX(), fMagField);
+
+  return (AddTrackParams(pconstparamsITS, &paramsTPC));
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+Bool_t AliRelAlignerKalman::AddTrackParams( const AliExternalTrackParam* p1, const AliExternalTrackParam* p2 )
+{
+  //Update the estimate using new matching tracklets
+
+  if (!SetTrackParams(p1, p2)) return kFALSE;
+  return Update();
 }
 
 //______________________________________________________________________________
@@ -300,77 +335,82 @@ Bool_t AliRelAlignerKalman::AddCosmicEvent( const AliESDEvent* pEvent )
 {
   //Add an cosmic with separately tracked ITS and TPC parts, do trackmatching
 
+  fNProcessedEvents++; //update the counter
+
   Bool_t success=kFALSE;
   TArrayI trackTArrITS(1);
   TArrayI trackTArrTPC(1);
   if (!FindCosmicTrackletNumbersInEvent( trackTArrITS, trackTArrTPC, pEvent )) return kFALSE;
-  Double_t field = pEvent->GetMagneticField();
-  AliESDtrack* ptrack;
-  const AliExternalTrackParam* pconstparams;
-  AliExternalTrackParam params;
-
+  SetMagField( pEvent->GetMagneticField() );
+  AliESDtrack* ptrack=NULL;
+  const AliExternalTrackParam* pconstparams1;
+  const AliExternalTrackParam* pconstparams2;
+  AliExternalTrackParam params1;
+  AliExternalTrackParam params2;
+  
   ////////////////////////////////
   for (Int_t i=0;i<trackTArrITS.GetSize();i++)
   {
     //ITS track
     ptrack = pEvent->GetTrack(trackTArrITS[i]);
-    pconstparams = ptrack->GetOuterParam();
-    if (!pconstparams) continue;
-    SetRefSurface( pconstparams->GetX(), pconstparams->GetAlpha() );
-    SetTrackParams1(pconstparams);
+    pconstparams1 = ptrack->GetOuterParam();
+    if (!pconstparams1) continue;
+    params1 = *pconstparams1; //make copy to be safe
     
     //TPC track
     ptrack = pEvent->GetTrack(trackTArrTPC[i]);
-    pconstparams = ptrack->GetInnerParam();
-    if (!pconstparams) continue;
-    params = (*pconstparams);
-    params.Rotate(fAlpha);
-    params.PropagateTo(fLocalX, field);
-    SetTrackParams2(&params);
+    pconstparams2 = ptrack->GetInnerParam();
+    if (!pconstparams2) continue;
+    params2 = *pconstparams2; //make copy
+    params2.Rotate(params1.GetAlpha());
+    params2.PropagateTo( params1.GetX(), fMagField );
+
+    if (!SetTrackParams( &params1, &params2 )) continue;
     
     //do some accounting and update
-    if (!PrepareUpdate()) continue;
     if (Update())
       success = kTRUE;
     else
       continue;
   }
+  fTimeStamp=pEvent->GetTimeStamp(); //always update timestamp even when no update performed
+  fRunNumber=pEvent->GetRunNumber();
   return success;
 }
 
+//______________________________________________________________________________
+void AliRelAlignerKalman::SetPoint2Track( Bool_t set )
+{
+  fNMeasurementParams = (set)?2:4;
+  delete fPH;
+  fPH = new TMatrixD( fNMeasurementParams, fgkNSystemParams );
+  delete fPMeasurement;
+  fPMeasurement = new TVectorD( fNMeasurementParams );
+  delete fPMeasurementCov;
+  fPMeasurementCov = new TMatrixDSym( fNMeasurementParams );
+  delete fPMeasurementPrediction;
+  fPMeasurementPrediction = new TVectorD( fNMeasurementParams );
+  fYZOnly = set;
+}
+
 //______________________________________________________________________________
 void AliRelAlignerKalman::Print(Option_t*) const
 {
   //Print some useful info
   Double_t rad2deg = 180./TMath::Pi();
-  printf("\nAliRelAlignerKalman:\n");
-  printf("  %i pairs, %i updates, %i outliers,\n", fNTracks, fNUpdates, fNOutliers );
-  printf("  %i TPC matches, %i good cosmics in %i events\n", fNMatchedTPCtracklets, fNMatchedCosmics, fNProcessedEvents );
+  printf("\nAliRelAlignerKalman\n");
+  if (fCorrectionMode) printf("(Correction mode)\n");
+  printf("  run: %i, timestamp: %i, magfield: %.3f\n", fRunNumber, fTimeStamp, fMagField);
+  printf("  %i(-%i) inputs, %i(-%i) updates, %i(-%i) merges\n", fNTracks, fNOutliersSigma2Median, fNUpdates, fNOutliers, fNMerges, fNMergesFailed );
   printf("  psi(x):           % .3f ± (%.2f) mrad  |  % .3f ± (%.2f) deg\n",1e3*(*fPX)(0), 1e3*TMath::Sqrt((*fPXcov)(0,0)),(*fPX)(0)*rad2deg,TMath::Sqrt((*fPXcov)(0,0))*rad2deg);
   printf("  theta(y):         % .3f ± (%.2f) mrad  |  % .3f ± (%.2f) deg\n",1e3*(*fPX)(1), 1e3*TMath::Sqrt((*fPXcov)(1,1)),(*fPX)(1)*rad2deg,TMath::Sqrt((*fPXcov)(1,1))*rad2deg);
   printf("  phi(z):           % .3f ± (%.2f) mrad  |  % .3f ± (%.2f) deg\n",1e3*(*fPX)(2), 1e3*TMath::Sqrt((*fPXcov)(2,2)),(*fPX)(2)*rad2deg,TMath::Sqrt((*fPXcov)(2,2))*rad2deg);
   printf("  x:                % .3f ± (%.2f) micron\n", 1e4*(*fPX)(3), 1e4*TMath::Sqrt((*fPXcov)(3,3)));
   printf("  y:                % .3f ± (%.2f) micron\n", 1e4*(*fPX)(4), 1e4*TMath::Sqrt((*fPXcov)(4,4)));
   printf("  z:                % .3f ± (%.2f) micron\n", 1e4*(*fPX)(5), 1e4*TMath::Sqrt((*fPXcov)(5,5)));
-  printf("  vd corr           % .3g ± (%.2g) \n", (*fPX)(6), TMath::Sqrt((*fPXcov)(6,6)));
-  printf("  vdY               % .3f ± (%.2f) vd/cm\n", (*fPX)(7), TMath::Sqrt((*fPXcov)(7,7)));
-  printf("  t0                % .3g ± (%.2g) muSec\n\n",(*fPX)(8), TMath::Sqrt((*fPXcov)(8,8)));
-  return;
-}
-
-//______________________________________________________________________________
-void AliRelAlignerKalman::PrintCovarianceCorrection()
-{
-  //Print the measurement covariance correction matrix
-  printf("Covariance correction matrix:\n");
-  for ( Int_t i=0; i<fgkNMeasurementParams; i++ )
-  {
-    for ( Int_t j=0; j<i+1; j++ )
-    {
-      printf("% -2.2f  ", (*fPMeasurementCovCorr)(i,j) );
-    }//for i
-    printf("\n");
-  }//for j
+  if (fgkNSystemParams>6) printf("  vd corr           % .5g ± (%.2g)    [ vd should be %.4g (was %.4g in reco) ]\n", (*fPX)(6), TMath::Sqrt((*fPXcov)(6,6)), (*fPX)(6)*fTPCvd, fTPCvd);
+  if (fgkNSystemParams>7) printf("  t0                % .5g ± (%.2g) us  |  %.4g ± (%.2g) cm     [ t0_real = t0_rec+t0 ]\n",(*fPX)(7), TMath::Sqrt((*fPXcov)(7,7)), fTPCvd*(*fPX)(7), fTPCvd*TMath::Sqrt((*fPXcov)(7,7)));
+  if (fgkNSystemParams>8) printf("  vd/dy             % .5f ± (%.2f) (cm/us)/m\n", (*fPX)(8), TMath::Sqrt((*fPXcov)(8,8)));
   printf("\n");
   return;
 }
@@ -380,7 +420,7 @@ void AliRelAlignerKalman::PrintSystemMatrix()
 {
   //Print the system matrix for this measurement
   printf("Kalman system matrix:\n");
-  for ( Int_t i=0; i<fgkNMeasurementParams; i++ )
+  for ( Int_t i=0; i<fNMeasurementParams; i++ )
   {
     for ( Int_t j=0; j<fgkNSystemParams; j++ )
     {
@@ -393,54 +433,43 @@ void AliRelAlignerKalman::PrintSystemMatrix()
 }
 
 //______________________________________________________________________________
-void AliRelAlignerKalman::SetTrackParams1( const AliExternalTrackParam* exparam )
+Bool_t AliRelAlignerKalman::SetTrackParams( const AliExternalTrackParam* exparam1, const AliExternalTrackParam* exparam2 )
 {
-  //Set the parameters for track in first volume
-  fkPTrackParam1 = exparam;
-}
-
-//______________________________________________________________________________
-void AliRelAlignerKalman::SetTrackParams2( const AliExternalTrackParam* exparam )
-{
-  //Set the parameters for track in second volume
-  fkPTrackParam2 = exparam;
-}
+  //Set the parameters, exparam1 will normally be ITS and exparam 2 tht TPC
+  fNTracks++; //count added input sets
 
-//______________________________________________________________________________
-void AliRelAlignerKalman::SetRefSurface( const Double_t radius, const Double_t alpha )
-{
-  //sets the reference surface by setting the radius (localx)
-  //and rotation angle wrt the global frame of reference
-  //locally the reference surface becomes a plane with x=r;
-  fLocalX = radius;
-  fAlpha = alpha;
-}
+  //INPUT OUTLIER REJECTION
+  if (fRejectOutliersSigma2Median && IsOutlierSigma2Median(exparam1,exparam2) ) return kFALSE;
 
-//______________________________________________________________________________
-Bool_t AliRelAlignerKalman::PrepareUpdate()
-{
-  //Cast the extrapolated data (points and directions) into
-  //the internal Kalman filter data representation.
-  //takes the 3d coordinates of the points of intersection with
-  //the reference surface and projects them onto a 2D plane.
-  //does the same for angles, combines the result in one vector
+  fPTrackParamArr1[fTrackInBuffer] = *exparam1;
+  fPTrackParamArr2[fTrackInBuffer] = *exparam2;
+  
+  fTrackInBuffer++;
 
-  if (!PrepareMeasurement()) return kFALSE;
-  if (!PrepareSystemMatrix()) return kFALSE;
-  return kTRUE;
+  if (fTrackInBuffer == fgkNTracksPerMeasurement)
+  {
+    fTrackInBuffer = 0;
+    return kTRUE;
+  }
+  return kFALSE;
 }
 
 //______________________________________________________________________________
 Bool_t AliRelAlignerKalman::Update()
 {
-  //perform the update - either kalman or calibration
-  if (fCalibrationMode) return UpdateCalibration();
-  if (fFillHistograms)
-  {
-    if (!UpdateEstimateKalman()) return kFALSE;
-    return UpdateCalibration(); //Update histograms only when update ok.
-  }
-  else return UpdateEstimateKalman();
+  //perform the update
+  
+  //if (fCalibrationMode) return UpdateCalibration();
+  //if (fFillHistograms)
+  //{
+  //  if (!UpdateEstimateKalman()) return kFALSE;
+  //  return UpdateCalibration(); //Update histograms only when update ok.
+  //}
+  //else return UpdateEstimateKalman();
+  if (!PrepareMeasurement()) return kFALSE;
+  if (!PrepareSystemMatrix()) return kFALSE;
+  if (!PreparePrediction()) return kFALSE;
+  return UpdateEstimateKalman();
 }
 
 //______________________________________________________________________________
@@ -463,62 +492,70 @@ void AliRelAlignerKalman::RotMat( TMatrixD &R, const TVectorD& angles )
   R(2,0) = -cospsi*sintheta*cosphi + sinpsi*sinphi;
   R(2,1) = cospsi*sintheta*sinphi + sinpsi*cosphi;
   R(2,2) = costheta*cospsi;
-  return;
 }
 
 //______________________________________________________________________________
 Bool_t AliRelAlignerKalman::PrepareMeasurement()
 {
   //Calculate the residuals and their covariance matrix
-  if (!fkPTrackParam1) return kFALSE;
-  if (!fkPTrackParam2) return kFALSE;
-  const Double_t* pararr1 = fkPTrackParam1->GetParameter();
-  const Double_t* pararr2 = fkPTrackParam2->GetParameter();
-
-  //Take the track parameters and calculate the input to the Kalman filter
-  (*fPMeasurement)(0) = pararr2[0]-pararr1[0];
-  (*fPMeasurement)(1) = pararr2[1]-pararr1[1];
-  (*fPMeasurement)(2) = pararr2[2]-pararr1[2];
-  (*fPMeasurement)(3) = pararr2[3]-pararr1[3];
-  fNTracks++; //count added track sets
-
-  //the covariance
-  const Double_t* parcovarr1 = fkPTrackParam1->GetCovariance();
-  const Double_t* parcovarr2 = fkPTrackParam2->GetCovariance();
-  (*fPMeasurementCov)(0,0)=parcovarr1[0];
-  (*fPMeasurementCov)(0,1)=parcovarr1[1];
-  (*fPMeasurementCov)(0,2)=parcovarr1[3];
-  (*fPMeasurementCov)(0,3)=parcovarr1[6];
-  (*fPMeasurementCov)(1,0)=parcovarr1[1];
-  (*fPMeasurementCov)(1,1)=parcovarr1[2];
-  (*fPMeasurementCov)(1,2)=parcovarr1[4];
-  (*fPMeasurementCov)(1,3)=parcovarr1[7];
-  (*fPMeasurementCov)(2,0)=parcovarr1[3];
-  (*fPMeasurementCov)(2,1)=parcovarr1[4];
-  (*fPMeasurementCov)(2,2)=parcovarr1[5];
-  (*fPMeasurementCov)(2,3)=parcovarr1[8];
-  (*fPMeasurementCov)(3,0)=parcovarr1[6];
-  (*fPMeasurementCov)(3,1)=parcovarr1[7];
-  (*fPMeasurementCov)(3,2)=parcovarr1[8];
-  (*fPMeasurementCov)(3,3)=parcovarr1[9];
-  (*fPMeasurementCov)(0,0)+=parcovarr2[0];
-  (*fPMeasurementCov)(0,1)+=parcovarr2[1];
-  (*fPMeasurementCov)(0,2)+=parcovarr2[3];
-  (*fPMeasurementCov)(0,3)+=parcovarr2[6];
-  (*fPMeasurementCov)(1,0)+=parcovarr2[1];
-  (*fPMeasurementCov)(1,1)+=parcovarr2[2];
-  (*fPMeasurementCov)(1,2)+=parcovarr2[4];
-  (*fPMeasurementCov)(1,3)+=parcovarr2[7];
-  (*fPMeasurementCov)(2,0)+=parcovarr2[3];
-  (*fPMeasurementCov)(2,1)+=parcovarr2[4];
-  (*fPMeasurementCov)(2,2)+=parcovarr2[5];
-  (*fPMeasurementCov)(2,3)+=parcovarr2[8];
-  (*fPMeasurementCov)(3,0)+=parcovarr2[6];
-  (*fPMeasurementCov)(3,1)+=parcovarr2[7];
-  (*fPMeasurementCov)(3,2)+=parcovarr2[8];
-  (*fPMeasurementCov)(3,3)+=parcovarr2[9];
-  if (fApplyCovarianceCorrection)
-    *fPMeasurementCov += *fPMeasurementCovCorr;
+  
+  for (Int_t i=0;i<fgkNTracksPerMeasurement;i++)
+  {
+    const Double_t* pararr1 = fPTrackParamArr1[i].GetParameter();
+    const Double_t* pararr2 = fPTrackParamArr2[i].GetParameter();
+
+    //Take the track parameters and calculate the input to the Kalman filter
+    Int_t x = i*4;
+    (*fPMeasurement)(x+0) = pararr2[0]-pararr1[0];
+    (*fPMeasurement)(x+1) = pararr2[1]-pararr1[1];
+    if (!fYZOnly)
+    {
+      (*fPMeasurement)(x+2) = pararr2[2]-pararr1[2];
+      (*fPMeasurement)(x+3) = pararr2[3]-pararr1[3];
+    }
+
+    //the covariance
+    const Double_t* parcovarr1 = fPTrackParamArr1[i].GetCovariance();
+    const Double_t* parcovarr2 = fPTrackParamArr2[i].GetCovariance();
+    (*fPMeasurementCov)(x+0,x+0)=parcovarr1[0];
+    (*fPMeasurementCov)(x+0,x+1)=parcovarr1[1];
+    (*fPMeasurementCov)(x+1,x+0)=parcovarr1[1];
+    (*fPMeasurementCov)(x+1,x+1)=parcovarr1[2];
+    (*fPMeasurementCov)(x+0,x+0)+=parcovarr2[0];
+    (*fPMeasurementCov)(x+0,x+1)+=parcovarr2[1];
+    (*fPMeasurementCov)(x+1,x+0)+=parcovarr2[1];
+    (*fPMeasurementCov)(x+1,x+1)+=parcovarr2[2];
+    if (!fYZOnly)
+    {
+      (*fPMeasurementCov)(x+0,x+2)=parcovarr1[3];
+      (*fPMeasurementCov)(x+0,x+3)=parcovarr1[6];
+      (*fPMeasurementCov)(x+1,x+2)=parcovarr1[4];
+      (*fPMeasurementCov)(x+1,x+3)=parcovarr1[7];
+      (*fPMeasurementCov)(x+2,x+0)=parcovarr1[3];
+      (*fPMeasurementCov)(x+2,x+1)=parcovarr1[4];
+      (*fPMeasurementCov)(x+2,x+2)=parcovarr1[5];
+      (*fPMeasurementCov)(x+2,x+3)=parcovarr1[8];
+      (*fPMeasurementCov)(x+3,x+0)=parcovarr1[6];
+      (*fPMeasurementCov)(x+3,x+1)=parcovarr1[7];
+      (*fPMeasurementCov)(x+3,x+2)=parcovarr1[8];
+      (*fPMeasurementCov)(x+3,x+3)=parcovarr1[9];
+      (*fPMeasurementCov)(x+0,x+2)+=parcovarr2[3];
+      (*fPMeasurementCov)(x+0,x+3)+=parcovarr2[6];
+      (*fPMeasurementCov)(x+1,x+2)+=parcovarr2[4];
+      (*fPMeasurementCov)(x+1,x+3)+=parcovarr2[7];
+      (*fPMeasurementCov)(x+2,x+0)+=parcovarr2[3];
+      (*fPMeasurementCov)(x+2,x+1)+=parcovarr2[4];
+      (*fPMeasurementCov)(x+2,x+2)+=parcovarr2[5];
+      (*fPMeasurementCov)(x+2,x+3)+=parcovarr2[8];
+      (*fPMeasurementCov)(x+3,x+0)+=parcovarr2[6];
+      (*fPMeasurementCov)(x+3,x+1)+=parcovarr2[7];
+      (*fPMeasurementCov)(x+3,x+2)+=parcovarr2[8];
+      (*fPMeasurementCov)(x+3,x+3)+=parcovarr2[9];
+    }
+    
+  }
+  //if (fApplyCovarianceCorrection)
+  //  *fPMeasurementCov += *fPMeasurementCovCorr;
   return kTRUE;
 }
 
@@ -528,27 +565,34 @@ Bool_t AliRelAlignerKalman::PrepareSystemMatrix()
   //Calculate the system matrix for the Kalman filter
   //approximate the system using as reference the track in the first volume
 
-  TVectorD z1( fgkNMeasurementParams );
-  TVectorD z2( fgkNMeasurementParams );
+  TVectorD z1( fNMeasurementParams );
+  TVectorD z2( fNMeasurementParams );
   TVectorD x1( fgkNSystemParams );
   TVectorD x2( fgkNSystemParams );
-  TMatrixD d( fgkNMeasurementParams, 1 );
   //get the derivatives
   for ( Int_t i=0; i<fgkNSystemParams; i++ )
   {
     x1 = *fPX;
     x2 = *fPX;
-    x1(i) -= fDelta[i]/(2.0);
-    x2(i) += fDelta[i]/(2.0);
+    x1(i) = x1(i) - fDelta[i]/(2.0);
+    x2(i) = x2(i) + fDelta[i]/(2.0);
     if (!PredictMeasurement( z1, x1 )) return kFALSE;
     if (!PredictMeasurement( z2, x2 )) return kFALSE;
-    for (Int_t j=0; j<fgkNMeasurementParams; j++ )
-      d.GetMatrixArray()[j] = (z2.GetMatrixArray()[j]-z1.GetMatrixArray()[j])/fDelta[i];
-    fPH->SetSub( 0, i, d );
+    for (Int_t j=0; j<fNMeasurementParams; j++ )
+    {
+      (*fPH)(j,i) = ( z2(j)-z1(j) ) / fDelta[i];
+    }
   }
   return kTRUE;
 }
 
+//______________________________________________________________________________
+Bool_t AliRelAlignerKalman::PreparePrediction()
+{
+  //Prepare the prediction of the measurement using state vector
+  return PredictMeasurement( (*fPMeasurementPrediction), (*fPX) );
+}
+
 //______________________________________________________________________________
 Bool_t AliRelAlignerKalman::PredictMeasurement( TVectorD& pred, const TVectorD& state )
 {
@@ -558,49 +602,49 @@ Bool_t AliRelAlignerKalman::PredictMeasurement( TVectorD& pred, const TVectorD&
   // note: the measurement is in a local frame, so the prediction also has to be
   // note: state is the misalignment in global reference system
 
-  //AliExternalTrackParam track(*fkPTrackParam1); //make a copy track
-  //if (!CorrectTrack( &track, state )) return kFALSE; //predict what the misaligned track would be by applying misalignment
-
-  //const Double_t* oldparam = fkPTrackParam1->GetParameter();
-  //const Double_t* newparam = track.GetParameter();
-
-  ////calculate the predicted residual
-  //pred(0) = newparam[0] - oldparam[0];
-  //pred(1) = newparam[1] - oldparam[1];
-  //pred(2) = newparam[2] - oldparam[2];
-  //pred(3) = newparam[3] - oldparam[3];
-  //return kTRUE;
-
   if (fCorrectionMode)
   {
-    AliExternalTrackParam track(*fkPTrackParam2); //make a copy track
-    if (!CorrectTrack( &track, state )) return kFALSE; //predict what the ideal track would be by applying correction
-
-    const Double_t* oldparam = fkPTrackParam2->GetParameter();
-    const Double_t* newparam = track.GetParameter();
-
-    //calculate the predicted residual
-    pred(0) = oldparam[0] - newparam[0];
-    pred(1) = oldparam[1] - newparam[1];
-    pred(2) = oldparam[2] - newparam[2];
-    pred(3) = oldparam[3] - newparam[3];
-    return kTRUE;
+    for (Int_t i=0;i<fgkNTracksPerMeasurement;i++)
+    {
+      AliExternalTrackParam track(fPTrackParamArr2[i]); //make a copy track
+      if (!CorrectTrack( &track, state )) return kFALSE; //predict what the ideal track would be by applying correction
+      
+      const Double_t* oldparam = fPTrackParamArr2[i].GetParameter();
+      const Double_t* newparam = track.GetParameter();
+
+      Int_t x = 4*i;
+      //calculate the predicted residual
+      pred(x+0) = oldparam[0] - newparam[0];
+      pred(x+1) = oldparam[1] - newparam[1];
+      if (!fYZOnly)
+      {
+        pred(x+2) = oldparam[2] - newparam[2];
+        pred(x+3) = oldparam[3] - newparam[3];
+      }
+      return kTRUE;
+    }
   }
   else
   {
-    AliExternalTrackParam track(*fkPTrackParam1); //make a copy track
-    if (!MisalignTrack( &track, state )) return kFALSE; //predict what the measured track would be by applying misalignment
-
-    const Double_t* oldparam = fkPTrackParam1->GetParameter();
-    const Double_t* newparam = track.GetParameter();
+    for (Int_t i=0;i<fgkNTracksPerMeasurement;i++)
+    {
+      AliExternalTrackParam track(fPTrackParamArr1[i]); //make a copy track
+      if (!MisalignTrack( &track, state )) return kFALSE; //predict what the measured track would be by applying misalignment
 
-    //calculate the predicted residual
-    pred(0) = newparam[0] - oldparam[0];
-    pred(1) = newparam[1] - oldparam[1];
-    pred(2) = newparam[2] - oldparam[2];
-    pred(3) = newparam[3] - oldparam[3];
-    return kTRUE;
+      const Double_t* oldparam = fPTrackParamArr1[i].GetParameter();
+      const Double_t* newparam = track.GetParameter();
 
+      Int_t x = 4*i;
+      //calculate the predicted residual
+      pred(x+0) = newparam[0] - oldparam[0];
+      pred(x+1) = newparam[1] - oldparam[1];
+      if (!fYZOnly)
+      {
+        pred(x+2) = newparam[2] - oldparam[2];
+        pred(x+3) = newparam[3] - oldparam[3];
+      }
+      return kTRUE;
+    }
   }
   return kFALSE;
 }
@@ -627,30 +671,47 @@ Bool_t AliRelAlignerKalman::UpdateEstimateKalman()
   TMatrixD pht( (*fPXcov), TMatrixD::kMultTranspose, (*fPH) );  //common factor (used twice)
   TMatrixD hpht( (*fPH), TMatrixD::kMult, pht );
   hpht += (*fPMeasurementCov);
+
   //shit happens so protect yourself!
-  if (hpht.Determinant() < 1.e-10) return kFALSE;
-  TMatrixD k(pht, TMatrixD::kMult, hpht.Invert());                 //compute K
+//  if (fNumericalParanoia)
+//  {
+//    TDecompLU lu(hpht);
+//    if (lu.Condition() > 1e12) return kFALSE;
+//    lu.Invert(hpht);
+//  }
+//  else
+//  {
+    Double_t det=0.0;
+    hpht.Invert(&det); //since the matrix is small...
+    if (det < 2e-99) return kFALSE; //we need some sort of protection even in this case....
+//  }
+  //printf("KalmanUpdate: det(hpht): %.4g\n",det);
+
+  TMatrixD k(pht, TMatrixD::kMult, hpht ); //compute K (hpht is already inverted)
 
   // update the state and its covariance matrix
   TVectorD xupdate(fgkNSystemParams);
-  TVectorD hx(fgkNMeasurementParams);
-  PredictMeasurement( hx, (*fPX) );
-  xupdate = k*((*fPMeasurement)-hx);
+  xupdate = k*((*fPMeasurement)-(*fPMeasurementPrediction));
 
   //SIMPLE OUTLIER REJECTION
   if ( IsOutlier( xupdate, (*fPXcov) ) && fRejectOutliers )
   {
     fNOutliers++;
+    //printf("AliRelAlignerKalman: outlier\n");
     return kFALSE;
   }
 
-  (*fPX) += xupdate;
   TMatrixD kh( k, TMatrixD::kMult, (*fPH) );
   TMatrixD ikh(fgkNSystemParams,fgkNSystemParams); //this is because for some reason TMatrixD::kAdd didn't work
   ikh = identity - kh;
   TMatrixD ikhp( ikh, TMatrixD::kMult, (*fPXcov) ); // (identity-KH)fPXcov
-  TMatrixDSymFromTMatrixD( (*fPXcov), ikhp );
+  if (!IsPositiveDefinite(ikhp)) return kFALSE;
+
+  (*fPX) += xupdate;
+  TMatrixDSymFromTMatrixD( (*fPXcov), ikhp ); //make the matrix completely symetrical
+
   fNUpdates++;
+
   return kTRUE;
 }
 
@@ -662,11 +723,58 @@ Bool_t AliRelAlignerKalman::IsOutlier( const TVectorD& update, const TMatrixDSym
   Bool_t is=kFALSE;
   for (Int_t i=0;i<fgkNSystemParams;i++)
   {
+    if (covmatrix(i,i)<0.) return kTRUE; //if cov matrix has neg diagonals something went wrong
     is = (is) || (TMath::Abs(update(i)) > fOutRejSigmas*TMath::Sqrt((covmatrix)(i,i)));
   }
   return is;
 }
 
+//______________________________________________________________________________
+Bool_t AliRelAlignerKalman::IsOutlierSigma2Median( const AliExternalTrackParam* pITS, 
+                                                   const AliExternalTrackParam* pTPC )
+{
+  //check if the input residuals are not too far off their median
+  TVectorD vecDelta(4),vecMedian(4), vecRMS(4);
+  TVectorD vecDeltaN(5);
+  Double_t sign=(pITS->GetParameter()[1]>0)? 1.:-1.;
+  vecDeltaN[4]=0;
+  for (Int_t i=0;i<4;i++){
+    vecDelta[i]=(pITS->GetParameter()[i]-pTPC->GetParameter()[i])*sign;
+    (fResArrSigma2Median[i])[(fNTracks-1)%fgkNtracksSigma2Median]=vecDelta[i];
+  }
+  Int_t entries=(fNTracks<fgkNtracksSigma2Median)?fNTracks:fgkNtracksSigma2Median;
+  for (Int_t i=0;i<fNMeasurementParams;i++){       //in point2trackmode just take the first 2 params (zy)
+    vecMedian[i] = TMath::Median(entries,fResArrSigma2Median[i]);
+    vecRMS[i]    = TMath::RMS(entries,fResArrSigma2Median[i]);
+    vecDeltaN[i] = 0;
+    if (vecRMS[i]>0.){
+      vecDeltaN[i] = (vecDelta[i]-vecMedian[i])/vecRMS[i];
+      vecDeltaN[4]+= TMath::Abs(vecDeltaN[i]);  //sum of abs residuals
+    }
+  }
+  Bool_t outlier=kFALSE;
+  if (fNTracks<3)  outlier=kTRUE;   //median and RMS still to be defined
+  if ( vecDeltaN[4]/fNMeasurementParams>fOutRejSigma2Median) outlier=kTRUE;
+  if (outlier) fNOutliersSigma2Median++;
+  return outlier;
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+Bool_t AliRelAlignerKalman::IsPositiveDefinite( const TMatrixD& mat ) const
+{
+  //check for positive definiteness
+
+  for (Int_t i=0; i<mat.GetNcols(); i++)
+  {
+    if (mat(i,i)<=0.) return kFALSE;
+  }
+
+  if (!fNumericalParanoia) return kTRUE;
+
+  TDecompLU lu(mat);
+  return (lu.Decompose());
+}
+
 //______________________________________________________________________________
 void AliRelAlignerKalman::TMatrixDSymFromTMatrixD( TMatrixDSym& matsym, const TMatrixD& mat )
 {
@@ -683,6 +791,7 @@ void AliRelAlignerKalman::TMatrixDSymFromTMatrixD( TMatrixDSym& matsym, const TM
       matsym(j,i)=average;
     }
   }
+  matsym.MakeValid();
   return;
 }
 
@@ -706,7 +815,9 @@ void AliRelAlignerKalman::PrintCorrelationMatrix()
   {
     for ( Int_t j=0; j<i+1; j++ )
     {
-      printf("% -1.2f  ", (*fPXcov)(i,j)/TMath::Sqrt( (*fPXcov)(i,i) * (*fPXcov)(j,j) ) );
+      if ((*fPXcov)(i,i)==0. || (*fPXcov)(j,j)==0.) printf("   NaN  ");
+      else
+        printf("% -1.3f  ", (*fPXcov)(i,j)/TMath::Sqrt( (*fPXcov)(i,i) * (*fPXcov)(j,j) ) );
     }//for j
     printf("\n");
   }//for i
@@ -719,11 +830,9 @@ Bool_t AliRelAlignerKalman::FindCosmicTrackletNumbersInEvent( TArrayI& outITSind
 {
   //Find matching track segments in an event with tracks in TPC and ITS(standalone)
 
-  fNProcessedEvents++; //update the counter
-
   //Sanity cuts on tracks + check which tracks are ITS which are TPC
   Int_t ntracks = pEvent->GetNumberOfTracks(); ////printf("number of tracks in event: %i\n", ntracks);
-  Double_t field = pEvent->GetMagneticField();
+  fMagField = pEvent->GetMagneticField();
   if (ntracks<2)
   {
     //printf("TrackFinder: less than 2 tracks!\n");
@@ -752,12 +861,12 @@ Bool_t AliRelAlignerKalman::FindCosmicTrackletNumbersInEvent( TArrayI& outITSind
     pTrack = pEvent->GetTrack(itrack);
     if (!pTrack)
     {
-      std::cout<<"no track!"<<std::endl;
+      //std::cout<<"no track!"<<std::endl;
       continue;
     }
     if (fCuts)
     {
-      if (pTrack->GetP()<fMinMom || pTrack->GetP()>fMaxMom) continue;
+      if (pTrack->GetP()<fMinPt || pTrack->GetP()>fMaxPt) continue;
     }
     goodtracksArr[nGoodTracks]=itrack;
     Float_t phi = pTrack->GetAlpha()+TMath::ASin(pTrack->GetSnp());
@@ -882,7 +991,7 @@ Bool_t AliRelAlignerKalman::FindCosmicTrackletNumbersInEvent( TArrayI& outITSind
       const AliExternalTrackParam* tmp = tpctrack->GetInnerParam();
       AliExternalTrackParam partpc(*tmp);  //make a copy to avoid tampering with original params
       partpc.Rotate(parits->GetAlpha());
-      partpc.PropagateTo(parits->GetX(),field);
+      partpc.PropagateTo(parits->GetX(),fMagField);
       Float_t dtgl = TMath::Abs(partpc.GetTgl()-parits->GetTgl());
       if (dtgl > fMaxMatchingAngle) continue;
       Float_t dsnp = TMath::Abs(partpc.GetSnp()-parits->GetSnp());
@@ -970,127 +1079,12 @@ Bool_t AliRelAlignerKalman::FindCosmicTrackletNumbersInEvent( TArrayI& outITSind
   return kTRUE;
 }
 
-//_______________________________________________________________________________
-Bool_t AliRelAlignerKalman::UpdateCalibration()
-{
-  //Update the calibration with new data (in calibration mode)
-
-  fPMes0Hist->Fill( (*fPMeasurement)(0) );
-  fPMes1Hist->Fill( (*fPMeasurement)(1) );
-  fPMes2Hist->Fill( (*fPMeasurement)(2) );
-  fPMes3Hist->Fill( (*fPMeasurement)(3) );
-  fPMesErr0Hist->Fill( TMath::Sqrt((*fPMeasurementCov)(0,0)) );
-  fPMesErr1Hist->Fill( TMath::Sqrt((*fPMeasurementCov)(1,1)) );
-  fPMesErr2Hist->Fill( TMath::Sqrt((*fPMeasurementCov)(2,2)) );
-  fPMesErr3Hist->Fill( TMath::Sqrt((*fPMeasurementCov)(3,3)) );
-  return kTRUE;
-}
-
-//______________________________________________________________________________
-Bool_t AliRelAlignerKalman::SetCalibrationMode( const Bool_t cp )
-{
-  //sets the calibration mode
-  if (cp)
-  {
-    fCalibrationMode=kTRUE;
-    return kTRUE;
-  }//if (cp)
-  else
-  {
-    if (fCalibrationMode) // do it only after the calibration pass
-    {
-      CalculateCovarianceCorrection();
-      SetApplyCovarianceCorrection();
-      fCalibrationMode=kFALSE;
-      return kTRUE;
-    }//if (fCalibrationMode)
-  }//else (cp)
-  return kFALSE;
-}
-
 //______________________________________________________________________________
-Bool_t AliRelAlignerKalman::CalculateCovarianceCorrection()
-{
-  //Calculates the correction to the measurement covariance
-  //using the calibration histograms
-
-  fPMeasurementCovCorr->Zero(); //reset the correction
-
-  Double_t s,m,c;  //sigma,meansigma,correction
-
-  //TF1* fitformula;
-  //fPMes0Hist->Fit("gaus");
-  //fitformula = fPMes0Hist->GetFunction("gaus");
-  //s = fitformula->GetParameter(2);   //spread of the measurement
-  //fPMesErr0Hist->Fit("gaus");
-  //fitformula = fPMesErr0Hist->GetFunction("gaus"); //average error from cov matrices
-  //m = fitformula->GetParameter(1);
-  s = fPMes0Hist->GetRMS();
-  m = fPMesErr0Hist->GetMean();
-  c = s-m; //the difference between the average error and real spread of the data
-  if (c>0) //only correct is spread bigger than average error
-    (*fPMeasurementCovCorr)(0,0) = c*c;
-
-  //fPMes1Hist->Fit("gaus");
-  //fitformula = fPMes1Hist->GetFunction("gaus");
-  //s = fitformula->GetParameter(2);
-  //fPMesErr1Hist->Fit("gaus");
-  //fitformula = fPMesErr1Hist->GetFunction("gaus");
-  //m = fitformula->GetParameter(1);
-  s = fPMes1Hist->GetRMS();
-  m = fPMesErr1Hist->GetMean();
-  c = s-m;
-  if (c>0) //only correct is spread bigger than average error
-    (*fPMeasurementCovCorr)(1,1) = c*c;
-
-  //fPMes2Hist->Fit("gaus");
-  //fitformula = fPMes2Hist->GetFunction("gaus");
-  //s = fitformula->GetParameter(2);
-  //fPMesErr2Hist->Fit("gaus");
-  //fitformula = fPMesErr2Hist->GetFunction("gaus");
-  //m = fitformula->GetParameter(1);
-  s = fPMes2Hist->GetRMS();
-  m = fPMesErr2Hist->GetMean();
-  c = s-m;
-  if (c>0) //only correct is spread bigger than average error
-    (*fPMeasurementCovCorr)(2,2) = c*c;
-
-  //fPMes3Hist->Fit("gaus");
-  //fitformula = fPMes3Hist->GetFunction("gaus");
-  //s = fitformula->GetParameter(2);
-  //fPMesErr3Hist->Fit("gaus");
-  //fitformula = fPMesErr3Hist->GetFunction("gaus");
-  //m = fitformula->GetParameter(1);
-  s = fPMes3Hist->GetRMS();
-  m = fPMesErr3Hist->GetMean();
-  c = s-m;
-  if (c>0) //only correct is spread bigger than average error
-    (*fPMeasurementCovCorr)(3,3) = c*c;
-
-  return kTRUE;
-}
-
-//______________________________________________________________________________
-void AliRelAlignerKalman::PrintDebugInfo()
-{
-  //prints some debug info
-  Print();
-  std::cout<<"AliRelAlignerKalman debug info"<<std::endl;
-  printf("TrackParams1:");
-  fkPTrackParam1->Print();
-  printf("TrackParams2:");
-  fkPTrackParam2->Print();
-  printf("Measurement:");
-  fPMeasurement->Print();
-  printf("Measurement covariance:");
-  fPMeasurementCov->Print();
-}
-
-//______________________________________________________________________________
-Bool_t AliRelAlignerKalman::CorrectTrack( AliExternalTrackParam* tr, const TVectorD& misal )
+Bool_t AliRelAlignerKalman::CorrectTrack( AliExternalTrackParam* tr, const TVectorD& misal ) const
 {
   //implements the system model -
   //applies correction for misalignment and calibration to track
+  //track needs to be already propagated to the global reference plane
 
   Double_t x = tr->GetX();
   Double_t alpha = tr->GetAlpha();
@@ -1103,21 +1097,24 @@ Bool_t AliRelAlignerKalman::CorrectTrack( AliExternalTrackParam* tr, const TVect
   //Apply corrections to track
 
   //Shift
-  Point(0) += misal(3); //add shift in x
-  Point(1) += misal(4); //add shift in y
-  Point(2) += misal(5); //add shift in z
+  Point(0) -= misal(3); //add shift in x
+  Point(1) -= misal(4); //add shift in y
+  Point(2) -= misal(5); //add shift in z
   //Rotation
   TMatrixD rotmat(3,3);
   RotMat( rotmat, misal );
-  Point = rotmat * Point;
+  Point = rotmat.T() * Point;
   Dir = rotmat * Dir;
   
   //TPC vdrift and T0 corrections
-  TVector3 Point2(Point); //second point of the track
-  Point2 += Dir;
-  Double_t vdCorr = misal(6);
-  Double_t vdY = misal(7);
-  Double_t t0 = misal(8);
+  TVector3 Point2; //second point of the track
+  Point2 = Point + Dir;
+  Double_t vdCorr = 1./misal(6);
+  Double_t t0 = misal(7);
+  Double_t vdY = 0.0;
+  if (fgkNSystemParams>8) vdY = misal(8)/100.; //change over 100cm.
+
+  //my model
   if (Point(2)>0)
   {
     //A-Side
@@ -1130,6 +1127,21 @@ Bool_t AliRelAlignerKalman::CorrectTrack( AliExternalTrackParam* tr, const TVect
     Point(2) = Point(2)   - (fTPCZLengthC+Point(2))  * (1.-vdCorr-vdY*Point(1)/fTPCvd)  + (fTPCvd*vdCorr+vdY*Point(1))*t0;
     Point2(2) = Point2(2) - (fTPCZLengthC+Point2(2)) * (1.-vdCorr-vdY*Point2(1)/fTPCvd) + (fTPCvd*vdCorr+vdY*Point2(1))*t0;
   }
+
+  //Stefan's model
+  //if (Point(2)>0)
+  //{
+  //  //A-Side
+  //  Point(2) = Point(2)   - (fTPCZLengthA-Point(2))  * (1.-vdCorr+vdY*Point(1)/fTPCvd)  - (fTPCvd*vdCorr+vdY*Point(1))*t0;
+  //  Point2(2) = Point2(2) - (fTPCZLengthA-Point2(2)) * (1.-vdCorr+vdY*Point2(1)/fTPCvd) - (fTPCvd*vdCorr+vdY*Point2(1))*t0;
+  //}
+  //else
+  //{
+  //  //C-side
+  //  Point(2) = Point(2)   + (fTPCZLengthC+Point(2))  * (1.-vdCorr+vdY*Point(1)/fTPCvd)  + (fTPCvd*vdCorr+vdY*Point(1))*t0;
+  //  Point2(2) = Point2(2) + (fTPCZLengthC+Point2(2)) * (1.-vdCorr+vdY*Point2(1)/fTPCvd) + (fTPCvd*vdCorr+vdY*Point2(1))*t0;
+  //}
+
   Dir = Point2-Point;
   Dir=Dir.Unit(); //keep unit length
 
@@ -1149,20 +1161,35 @@ Bool_t AliRelAlignerKalman::CorrectTrack( AliExternalTrackParam* tr, const TVect
   if (pt==0.0) return kFALSE;
   p[2] = dir[1]/pt;
   p[3] = dir[2]/pt;
-
   //insert everything back into track
   const Double_t* pcovtmp = tr->GetCovariance();
+  p[4] = tr->GetSigned1Pt(); //copy the momentum
   memcpy(pcov,pcovtmp,15*sizeof(Double_t));
   tr->Set(x,alpha,p,pcov);
-
   return kTRUE;
+
+  ////put params back into track and propagate to ref
+  //Double_t p[5],pcov[15];
+  //p[0] = point[1];
+  //p[1] = point[2];
+  //Double_t xnew = point[0];
+  //Double_t pt = TMath::Sqrt(dir[0]*dir[0]+dir[1]*dir[1]);
+  //if (pt==0.0) return kFALSE;
+  //p[2] = dir[1]/pt;
+  //p[3] = dir[2]/pt;
+  //p[4] = tr->GetSigned1Pt(); //copy the momentum
+  //const Double_t* pcovtmp = tr->GetCovariance();
+  //memcpy(pcov,pcovtmp,15*sizeof(Double_t));
+  //tr->Set(xnew,alpha,p,pcov);
+  //return tr->PropagateTo(x,fMagField);
 }
 
 //______________________________________________________________________________
-Bool_t AliRelAlignerKalman::MisalignTrack( AliExternalTrackParam* tr, const TVectorD& misal )
+Bool_t AliRelAlignerKalman::MisalignTrack( AliExternalTrackParam* tr, const TVectorD& misal ) const
 {
   //implements the system model -
   //applies misalignment and miscalibration to reference track
+  //trackparams have to be at the global reference plane
 
   Double_t x = tr->GetX();
   Double_t alpha = tr->GetAlpha();
@@ -1175,11 +1202,13 @@ Bool_t AliRelAlignerKalman::MisalignTrack( AliExternalTrackParam* tr, const TVec
   //Apply misalignment to track
   
   //TPC vdrift and T0 corrections
-  TVector3 Point2(Point); //second point of the track
-  Point2 += Dir;
-  Double_t vdCorr = misal(6);
-  Double_t vdY = misal(7);
-  Double_t t0 = misal(8);
+  TVector3 Point2; //second point of the track
+  Point2 = Point + Dir;
+  Double_t vdCorr = 1./misal(6);
+  Double_t t0 = misal(7);
+  Double_t vdY = 0.0;
+  if (fgkNSystemParams>8) vdY = misal(8)/100.; //change over 100cm.
+
   if (Point(2)>0)
   {
     //A-Side
@@ -1217,29 +1246,64 @@ Bool_t AliRelAlignerKalman::MisalignTrack( AliExternalTrackParam* tr, const TVec
 
   //Calculate new intersection point with ref plane
   Double_t p[5],pcov[15];
-  if (dir[0]==0) return kFALSE;
+  if (dir[0]==0.0) return kFALSE;
   Double_t s=(x-point[0])/dir[0];
   p[0] = point[1]+s*dir[1];
   p[1] = point[2]+s*dir[2];
   Double_t pt = TMath::Sqrt(dir[0]*dir[0]+dir[1]*dir[1]);
-  if (pt==0) return kFALSE;
+  if (pt==0.0) return kFALSE;
   p[2] = dir[1]/pt;
   p[3] = dir[2]/pt;
-
   //insert everything back into track
   const Double_t* pcovtmp = tr->GetCovariance();
+  p[4] = tr->GetSigned1Pt(); //copy the momentum
   memcpy(pcov,pcovtmp,15*sizeof(Double_t));
   tr->Set(x,alpha,p,pcov);
-
   return kTRUE;
+
+  ////put params back into track and propagate to ref
+  //Double_t p[5];
+  //Double_t pcov[15];
+  //p[0] = point[1];
+  //p[1] = point[2];
+  //Double_t xnew = point[0];
+  //Double_t pt = TMath::Sqrt(dir[0]*dir[0]+dir[1]*dir[1]);
+  //if (pt==0.0) return kFALSE;
+  //p[2] = dir[1]/pt;
+  //p[3] = dir[2]/pt;
+  //p[4] = tr->GetSigned1Pt(); //copy the momentum
+  //const Double_t* pcovtmp = tr->GetCovariance();
+  //memcpy(pcov,pcovtmp,15*sizeof(Double_t));
+  //printf("x before: %.5f, after: %.5f\n",x, xnew);
+  //printf("before: %.4f %.4f %.4f %.4f %.4f \n",tr->GetParameter()[0],tr->GetParameter()[1],tr->GetParameter()[2],tr->GetParameter()[3],tr->GetParameter()[4]);
+  //printf("after:  %.4f %.4f %.4f %.4f %.4f \n",p[0],p[1],p[2],p[3],p[4]);
+  //tr->Set(xnew,alpha,p,pcov);
+  //return tr->PropagateTo(x,fMagField);
 }
 
 //______________________________________________________________________________
 void AliRelAlignerKalman::Reset()
 {
+  //full reset to defaults
   fPX->Zero();
   (*fPX)(6)=1.;
   ResetCovariance();
+
+  //initialize the differentials per parameter
+  for (Int_t i=0;i<4;i++) 
+  {
+    delete [] (fResArrSigma2Median[i]);
+  }
+  fRejectOutliersSigma2Median=kFALSE;
+
+  fNMatchedCosmics=0;
+  fNMatchedTPCtracklets=0;
+  fNUpdates=0;
+  fNOutliers=0;
+  fNTracks=0;
+  fNProcessedEvents=0;
+  fRunNumber=0;
+  fTimeStamp=0;
 }
 
 //______________________________________________________________________________
@@ -1249,9 +1313,9 @@ void AliRelAlignerKalman::ResetCovariance( const Double_t number )
   //to zero and releases the diagonals by factor arg.
   if (number!=0.)
   {
-    for (Int_t z=0;z<fgkNSystemParams;z++)
+    for (Int_t z=0;z<6;z++)
     {
-      for (Int_t zz=0;zz<fgkNSystemParams;zz++)
+      for (Int_t zz=0;zz<6;zz++)
       {
         if (zz==z) continue; //don't touch diagonals
         (*fPXcov)(zz,z) = 0.;
@@ -1264,16 +1328,14 @@ void AliRelAlignerKalman::ResetCovariance( const Double_t number )
   {
     //Resets the covariance of the fit to a default value
     fPXcov->Zero();
-    (*fPXcov)(0,0) = .01*.01; //psi (rad)
-    (*fPXcov)(1,1) = .01*.01; //theta (rad
-    (*fPXcov)(2,2) = .01*.01; //phi (rad)
-    (*fPXcov)(3,3) = .5*.5; //x (cm)
-    (*fPXcov)(4,4) = .5*.5; //y (cm)
-    (*fPXcov)(5,5) = 2.*2.; //z (cm)
-    (*fPXcov)(6,6) = .1*.1;//drift velocity correction
-    (*fPXcov)(7,7) = 1.*1.; //vdY - slope of vd in y
-    (*fPXcov)(8,8) = 10.*10.; //t0 in muSec
+    (*fPXcov)(0,0) = .08*.08; //psi (rad)
+    (*fPXcov)(1,1) = .08*.08; //theta (rad
+    (*fPXcov)(2,2) = .08*.08; //phi (rad)
+    (*fPXcov)(3,3) = .3*.3; //x (cm)
+    (*fPXcov)(4,4) = .3*.3; //y (cm)
+    (*fPXcov)(5,5) = .3*.3; //z (cm)
   }
+  ResetTPCparamsCovariance(number); 
 }
 
 //______________________________________________________________________________
@@ -1285,21 +1347,21 @@ void AliRelAlignerKalman::ResetTPCparamsCovariance( const Double_t number )
   //release diagonals
   if (number==0.)
   {
-    (*fPXcov)(6,6) = .1*.1;
-    (*fPXcov)(7,7) = 1.*1.;
-    (*fPXcov)(8,8) = 10.*10.;
+    if (fgkNSystemParams>6) (*fPXcov)(6,6) = .1*.1;
+    if (fgkNSystemParams>7) (*fPXcov)(7,7) = 1.*1.;
+    if (fgkNSystemParams>8) (*fPXcov)(8,8) = .1*.1;
   }
   else
   {
-    (*fPXcov)(6,6) = number * (*fPXcov)(6,6);
-    (*fPXcov)(7,7) = number * (*fPXcov)(7,7);
-    (*fPXcov)(8,8) = number * (*fPXcov)(8,8);
+    if (fgkNSystemParams>6) (*fPXcov)(6,6) = number * (*fPXcov)(6,6);
+    if (fgkNSystemParams>7) (*fPXcov)(7,7) = number * (*fPXcov)(7,7);
+    if (fgkNSystemParams>8) (*fPXcov)(8,8) = number * (*fPXcov)(8,8);
   }
   
   //set crossterms to zero
   for (Int_t i=0;i<fgkNSystemParams;i++)
   {
-    for (Int_t j=6;j<9;j++) //last 3 params
+    for (Int_t j=6;j<fgkNSystemParams;j++) //TPC params
     {
       if (i==j) continue; //don't touch diagonals
       (*fPXcov)(i,j) = 0.;
@@ -1308,3 +1370,209 @@ void AliRelAlignerKalman::ResetTPCparamsCovariance( const Double_t number )
   }
 }
 
+//______________________________________________________________________________
+Bool_t AliRelAlignerKalman::Merge( const AliRelAlignerKalman* al )
+{
+  //Merge two aligners
+  
+  if (!al) return kFALSE;
+  if (al==this) return kTRUE;
+  if (al->fNUpdates == 0) return kTRUE; //no point in merging with an empty one
+  
+  //store the pointers to current stuff
+  TVectorD* pmes = fPMeasurement;
+  TMatrixDSym* pmescov = fPMeasurementCov;
+  TVectorD* pmespred = fPMeasurementPrediction;
+  TMatrixD* ph = fPH;
+
+  //make a unity system matrix
+  TMatrixD tmp(fgkNSystemParams,fgkNSystemParams);
+  fPH = new TMatrixD(TMatrixD::kUnit, tmp);
+
+  //mesurement is the state of the new aligner
+  fPMeasurement = al->fPX;
+  fPMeasurementCov = al->fPXcov;
+
+  //the mesurement prediction is the state
+  fPMeasurementPrediction = fPX; //this is safe as fPX doesn't change until end
+  
+  //do the merging
+  Bool_t success = UpdateEstimateKalman();
+  
+  //restore pointers to old stuff
+  fPMeasurement = pmes;
+  fPMeasurementCov = pmescov;
+  fPMeasurementPrediction = pmespred;
+  delete fPH;
+  fPH = ph;
+
+  //merge stats
+  if (!success)    
+  {
+    fNMergesFailed++;
+    //printf("AliRelAlignerKalman::Merge failed\n");
+    return kFALSE; //no point in merging stats if merge not succesful
+  }
+  fNProcessedEvents += al->fNProcessedEvents;
+  fNUpdates += al->fNUpdates;
+  fNOutliers += al->fNOutliers;
+  fNOutliersSigma2Median += al->fNOutliersSigma2Median;
+  fNTracks += al->fNTracks;
+  fNMatchedTPCtracklets += al->fNMatchedTPCtracklets;
+  fNMatchedCosmics += al->fNMatchedCosmics;
+  if (fNMerges==0 || al->fNMerges==0) fNMerges++;
+  else fNMerges += al->fNMerges;
+  if (fTimeStamp < al->fTimeStamp) fTimeStamp = al->fTimeStamp; //take the newer one
+
+  return success;
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+Long64_t AliRelAlignerKalman::Merge( TCollection* list )
+{
+  //merge all aligners in the collection
+  Long64_t numberOfMerges=0;
+  AliRelAlignerKalman* alignerFromList;
+  if (!list) return 0;
+  TIter next(list);
+  while ( (alignerFromList = dynamic_cast<AliRelAlignerKalman*>(next())) )
+  {
+    if (alignerFromList == this) continue;
+    if (Merge(alignerFromList)) numberOfMerges++;
+  }
+  return numberOfMerges;
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+Int_t AliRelAlignerKalman::Compare(const TObject *obj) const
+{
+  if (this == obj) return 0;
+  const AliRelAlignerKalman* aobj = dynamic_cast<const AliRelAlignerKalman*>(obj);
+  if (!aobj) return 0;
+  if (fTimeStamp < aobj->fTimeStamp) return -1;
+  else if (fTimeStamp > aobj->fTimeStamp) return 1;
+  else return 0;
+}
+
+//________________________________________________________________________
+Int_t AliRelAlignerKalman::FindMatchingTracks(TObjArray& arrITS, TObjArray& arrTPC, AliESDEvent* pESD)
+{
+  //find matching tracks and return tobjarrays with the params
+  
+  Int_t ntracks = pESD->GetNumberOfTracks();
+  Int_t* matchedArr = new Int_t[ntracks]; //storage for index of ITS track for which a match was found
+  for (Int_t i=0;i<ntracks;i++)
+  {
+    matchedArr[i]=0;
+  }
+
+  Int_t iMatched=-1;
+  for (Int_t i=0; i<ntracks; i++)
+  {
+    //get track1 and friend
+    AliESDtrack* track1 = pESD->GetTrack(i);
+    if (!track1) continue;
+
+    if (track1->GetNcls(0) < fMinPointsVol1) continue;
+
+    if (!( ( track1->IsOn(AliESDtrack::kITSrefit)) &&
+           (!track1->IsOn(AliESDtrack::kTPCin)) )) continue;
+
+    const AliESDfriendTrack* constfriendtrack1 = track1->GetFriendTrack();
+    if (!constfriendtrack1) continue;
+    AliESDfriendTrack friendtrack1(*constfriendtrack1);
+    
+    if (!friendtrack1.GetITSOut()) continue;
+    AliExternalTrackParam params1(*(friendtrack1.GetITSOut()));
+
+    Double_t bestd = 1000.; //best distance
+    Bool_t newi = kTRUE; //whether we start with a new i
+    for (Int_t j=0; j<ntracks; j++)
+    {
+      if (matchedArr[j]>0 && matchedArr[j]!=i) continue; //already matched, everything tried 
+      //get track2 and friend
+      AliESDtrack* track2 = pESD->GetTrack(j);
+      if (!track2) continue;
+      if (track1==track2) continue;
+      //if ( ( ( track2->IsOn(AliESDtrack::kITSout)) &&
+      //       (!track2->IsOn(AliESDtrack::kTPCin)) )) continue; //all but ITS standalone
+
+      if (track2->GetNcls(0) != track1->GetNcls(0)) continue;
+      if (track2->GetITSClusterMap() != track1->GetITSClusterMap()) continue;
+      if (track2->GetNcls(1) < fMinPointsVol2) continue; //min 80 clusters in TPC
+      if (track2->GetTgl() > 1.) continue; //acceptance
+      //cut crossing tracks
+      if (track2->GetOuterParam()->GetZ()*track2->GetInnerParam()->GetZ()<0) continue;
+      if (track2->GetInnerParam()->GetX()>90) continue;
+      if (TMath::Abs(track2->GetInnerParam()->GetZ())<10.) continue; //too close to membrane?
+
+
+      if (!track2->GetInnerParam()) continue;
+      AliExternalTrackParam params2(*(track2->GetInnerParam()));
+
+      //bring to same reference plane
+      if (!params2.Rotate(params1.GetAlpha())) continue;
+      if (!params2.PropagateTo(params1.GetX(), pESD->GetMagneticField())) continue;
+
+      //pt cut
+      if (params2.Pt() < fMinPt) continue;
+
+      const Double32_t*        p1 = params1.GetParameter();
+      const Double32_t*        p2 = params2.GetParameter();
+
+      //hard cuts
+      Double_t dy = TMath::Abs(p2[0]-p1[0]);
+      Double_t dz = TMath::Abs(p2[1]-p1[1]);
+      Double_t dphi = TMath::Abs(p2[2]-p1[2]);
+      Double_t dlam = TMath::Abs(p2[3]-p1[3]);
+      if (dy > 2.0) continue;
+      if (dz > 10.0) continue;
+      if (dphi > 0.1 ) continue;
+      if (dlam > 0.1 ) continue;
+
+      //best match only
+      Double_t d = TMath::Sqrt(dy*dy+dz*dz+dphi*dphi+dlam*dlam);
+      if ( d >= bestd) continue;
+      bestd = d;
+      matchedArr[j]=i; //j-th track matches i-th (ITS) track
+      if (newi) iMatched++; newi=kFALSE; //increment at most once per i
+      if (arrITS[iMatched] && arrTPC[iMatched])
+      {
+        *(arrITS[iMatched]) = params1;
+        *(arrTPC[iMatched]) = params2;
+      }
+      else
+      {
+        arrITS[iMatched] = new AliExternalTrackParam(params1);
+        arrTPC[iMatched] = new AliExternalTrackParam(params2);
+      }//else
+    }//for j
+  }//for i
+  return iMatched;
+}
+
+//________________________________________________________________________
+void AliRelAlignerKalman::SetRejectOutliersSigma2Median(const Bool_t set )
+{
+  //Sets up or destroys the memory hungry array to hold the statistics
+  //for data rejection with median
+  if (set)
+  {
+    for (Int_t i=0;i<4;i++) 
+    {
+      if (!fResArrSigma2Median[i]) fResArrSigma2Median[i] = 
+                                   new Double_t[fgkNtracksSigma2Median];
+    }
+    fRejectOutliersSigma2Median = kTRUE;
+  }//else
+  else
+  {
+    // it probably doesn't make sense to delete the arrays, they are not streamed
+    //if (fRejectOutliersSigma2Median)
+    //for (Int_t i=0;i<4;i++) 
+    //{
+    //  delete [] (fResArrSigma2Median[i]);
+    //}
+    fRejectOutliersSigma2Median = kFALSE;
+  }//if
+}