]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliRun.cxx
SetHighWaterMark method added to mark last particle in event.
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliRun.cxx
index cb8ea21287dc0dfcc917504e46bcd87a10082607..9bf1c1d3e8ce690fbf24e01658f06f2d035b9406 100644 (file)
 
 /*
 $Log$
+Revision 1.50  2001/01/27 10:32:00  hristov
+Leave the loop when primaries are filled (I.Hrivnacova)
+
+Revision 1.49  2001/01/26 19:58:48  hristov
+Major upgrade of AliRoot code
+
+Revision 1.48  2001/01/17 10:50:50  hristov
+Corrections to destructors
+
+Revision 1.47  2000/12/18 10:44:01  morsch
+Possibility to set field map by passing pointer to objet of type AliMagF via
+SetField().
+Example:
+gAlice->SetField(new AliMagFCM("Map2", "$(ALICE_ROOT)/data/field01.dat",2,1.,10.));
+
+Revision 1.46  2000/12/14 19:29:27  fca
+galice.cuts was not read any more
+
+Revision 1.45  2000/11/30 07:12:49  alibrary
+Introducing new Rndm and QA classes
+
+Revision 1.44  2000/10/26 13:58:59  morsch
+Add possibility to choose the lego generator (of type AliGeneratorLego or derived) when running
+RunLego(). Default is the base class AliGeneratorLego.
+
+Revision 1.43  2000/10/09 09:43:17  fca
+Special remapping of hits for TPC and TRD. End-of-primary action introduced
+
+Revision 1.42  2000/10/02 21:28:14  fca
+Removal of useless dependecies via forward declarations
+
+Revision 1.41  2000/07/13 16:19:09  fca
+Mainly coding conventions + some small bug fixes
+
+Revision 1.40  2000/07/12 08:56:25  fca
+Coding convention correction and warning removal
+
+Revision 1.39  2000/07/11 18:24:59  fca
+Coding convention corrections + few minor bug fixes
+
+Revision 1.38  2000/06/20 13:05:45  fca
+Writing down the TREE headers before job starts
+
+Revision 1.37  2000/06/09 20:05:11  morsch
+Introduce possibility to chose magnetic field version 3: AliMagFDM + field02.dat
+
+Revision 1.36  2000/06/08 14:03:58  hristov
+Only one initializer for a default argument
+
+Revision 1.35  2000/06/07 10:13:14  hristov
+Delete only existent objects.
+
+Revision 1.34  2000/05/18 10:45:38  fca
+Delete Particle Factory properly
+
+Revision 1.33  2000/05/16 13:10:40  fca
+New method IsNewTrack and fix for a problem in Father-Daughter relations
+
+Revision 1.32  2000/04/27 10:38:21  fca
+Correct termination of Lego Run and introduce Lego getter in AliRun
+
+Revision 1.31  2000/04/26 10:17:32  fca
+Changes in Lego for G4 compatibility
+
+Revision 1.30  2000/04/18 19:11:40  fca
+Introduce variable Config.C function signature
+
+Revision 1.29  2000/04/07 11:12:34  fca
+G4 compatibility changes
+
+Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
+Workaround for an HP compiler problem
+
 Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
 Rationalisation of the virtual MC interfaces
 
@@ -67,6 +140,11 @@ Introduction of the Copyright and cvs Log
 //                                                                           //
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
+#include <stdlib.h>
+#include <stdio.h>
+#include <string.h>
+#include <iostream.h>
 #include <TFile.h>
 #include <TRandom.h>
 #include <TBRIK.h> 
@@ -74,23 +152,30 @@ Introduction of the Copyright and cvs Log
 #include <TCint.h> 
 #include <TSystem.h>
 #include <TObjectTable.h>
+#include <TTree.h>
+#include <TGeometry.h>
+#include <TROOT.h>
+#include "TBrowser.h"
 
 #include "TParticle.h"
 #include "AliRun.h"
 #include "AliDisplay.h"
-#include "AliVMC.h"
+#include "AliMC.h"
+#include "AliLego.h"
+#include "AliMagFC.h"
+#include "AliMagFCM.h"
+#include "AliMagFDM.h"
+#include "AliHit.h"
+#include "TRandom3.h"
+#include "AliMCQA.h"
+#include "AliGenerator.h"
+#include "AliLegoGenerator.h"
+
+#include "AliDetector.h"
 
-#include <stdlib.h>
-#include <stdio.h>
-#include <string.h>
 AliRun *gAlice;
 
-static AliHeader *header;
-
-static TArrayF sEventEnergy;
-static TArrayF sSummEnergy;
-static TArrayF sSum2Energy;
+static AliHeader *gAliHeader;
 
 ClassImp(AliRun)
 
@@ -100,7 +185,7 @@ AliRun::AliRun()
   //
   // Default constructor for AliRun
   //
-  header=&fHeader;
+  gAliHeader=&fHeader;
   fRun       = 0;
   fEvent     = 0;
   fCurrent   = -1;
@@ -111,11 +196,12 @@ AliRun::AliRun()
   fTreeH     = 0;
   fTreeE     = 0;
   fTreeR     = 0;
+  fTreeS     = 0;
   fParticles = 0;
   fGeometry  = 0;
   fDisplay   = 0;
   fField     = 0;
-  fVMC       = 0;
+  fMC       = 0;
   fNdets     = 0;
   fImedia    = 0;
   fTrRmax    = 1.e10;
@@ -124,6 +210,13 @@ AliRun::AliRun()
   fLego      = 0;
   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
   fHitLists  = 0;
+  fConfigFunction    = "\0";
+  fRandom = 0;
+  fMCQA = 0;
+  fTransParName = "\0";
+  fBaseFileName = "\0";
+  fParticleBuffer = 0;
+  fParticleMap = new TObjArray(10000);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -144,12 +237,21 @@ AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
   fTreeH     = 0;
   fTreeE     = 0;
   fTreeR     = 0;
+  fTreeS     = 0;
   fTrRmax    = 1.e10;
   fTrZmax    = 1.e10;
   fGenerator = 0;
   fInitDone  = kFALSE;
   fLego      = 0;
   fField     = 0;
+  fConfigFunction    = "Config();";
+
+  // Set random number generator
+  gRandom = fRandom = new TRandom3();
+
+  if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
+     gRandom->SetSeed((UInt_t)atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")));
+  }
   
   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
   //
@@ -164,19 +266,19 @@ AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
   fNtrack=0;
   fHgwmk=0;
   fCurrent=-1;
-  header=&fHeader;
+  gAliHeader=&fHeader;
   fRun       = 0;
   fEvent     = 0;
   //
   // Create the particle stack
-  fParticles = new TClonesArray("TParticle",100);
+  fParticles = new TClonesArray("TParticle",1000);
   
   fDisplay = 0;
   //
   // Create default mag field
   SetField();
   //
-  fVMC      = gVMC;
+  fMC      = gMC;
   //
   // Prepare the tracking medium lists
   fImedia = new TArrayI(1000);
@@ -187,17 +289,23 @@ AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
   //
   // Create HitLists list
   fHitLists  = new TList();
+  //
+  SetTransPar();
+  fBaseFileName = "\0";
+  fParticleBuffer = 0;
+  fParticleMap = new TObjArray(10000);
 }
 
+
 //_____________________________________________________________________________
 AliRun::~AliRun()
 {
   //
-  // Defaullt AliRun destructor
+  // Default AliRun destructor
   //
   delete fImedia;
   delete fField;
-  delete fVMC;
+  delete fMC;
   delete fGeometry;
   delete fDisplay;
   delete fGenerator;
@@ -207,6 +315,7 @@ AliRun::~AliRun()
   delete fTreeH;
   delete fTreeE;
   delete fTreeR;
+  delete fTreeS;
   if (fModules) {
     fModules->Delete();
     delete fModules;
@@ -216,6 +325,8 @@ AliRun::~AliRun()
     delete fParticles;
   }
   delete fHitLists;
+  delete fPDGDB;
+  delete fMCQA;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -251,12 +362,14 @@ void AliRun::Browse(TBrowser *b)
   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
+  if (fTreeS) b->Add(fTreeS,fTreeS->GetName());
   
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
   while((detector = (AliModule*)next())) {
     b->Add(detector,detector->GetName());
   }
+  b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -303,12 +416,12 @@ void AliRun::CleanParents()
   // Clean Particles stack.
   // Set parent/daughter relations
   //
-  TClonesArray &particles = *(gAlice->Particles());
+  TObjArray &particles = *fParticleMap;
   TParticle *part;
   int i;
-  for(i=0; i<fNtrack; i++) {
-    part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
-    if(!part->TestBit(Daughters_Bit)) {
+  for(i=0; i<fHgwmk+1; i++) {
+    part = (TParticle *)particles.At(i);
+    if(part) if(!part->TestBit(kDaughtersBit)) {
       part->SetFirstDaughter(-1);
       part->SetLastDaughter(-1);
     }
@@ -326,22 +439,21 @@ Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::DumpPart (Int_t i)
+void AliRun::DumpPart (Int_t i) const
 {
   //
   // Dumps particle i in the stack
   //
-  TClonesArray &particles = *fParticles;
-  ((TParticle*) particles[i])->Print();
+  ((TParticle*) (*fParticleMap)[i])->Print();
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::DumpPStack ()
+void AliRun::DumpPStack () const
 {
   //
   // Dumps the particle stack
   //
-  TClonesArray &particles = *fParticles;
+  TObjArray &particles = *fParticleMap;
   printf(
         "\n\n=======================================================================\n");
   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++) 
@@ -353,6 +465,13 @@ void AliRun::DumpPStack ()
         "\n=======================================================================\n\n");
 }
 
+void  AliRun::SetField(AliMagF* magField)
+{
+    // Set Magnetic Field Map
+    fField = magField;
+    fField->ReadField();
+}
+
 //_____________________________________________________________________________
 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
                      Float_t maxField, char* filename)
@@ -366,35 +485,44 @@ void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 
   //
   // --- Sanity check on mag field flags
-  if(type<0 || type > 2) {
-    Warning("SetField",
-           "Invalid magnetic field flag: %5d; Helix tracking chosen instead\n"
-          ,type);
-    type=2;
-  }
   if(fField) delete fField;
   if(version==1) {
-    fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,version,scale,maxField);
-  } else if(version<=3) {
-    fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,version,scale,maxField);
+    fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,scale,maxField);
+  } else if(version<=2) {
+    fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,scale,maxField);
+    fField->ReadField();
+  } else if(version==3) {
+    fField = new AliMagFDM("Map4",filename,type,scale,maxField);
     fField->ReadField();
   } else {
     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
   }
 }
+//_____________________________________________________________________________
+void AliRun::PreTrack()
+{
+     TObjArray &dets = *fModules;
+     AliModule *module;
+
+     for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
+       if((module = (AliModule*)dets[i]))
+        module->PreTrack();
+
+     fMCQA->PreTrack();
+}
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::FillTree()
+void AliRun::PostTrack()
 {
-  //
-  // Fills all AliRun TTrees
-  //
-  if (fTreeK) fTreeK->Fill();
-  if (fTreeH) fTreeH->Fill();
-  if (fTreeD) fTreeD->Fill();
-  if (fTreeR) fTreeR->Fill();
+     TObjArray &dets = *fModules;
+     AliModule *module;
+
+     for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
+       if((module = (AliModule*)dets[i]))
+        module->PostTrack();
 }
+
 //_____________________________________________________________________________
 void AliRun::FinishPrimary()
 {
@@ -407,6 +535,12 @@ void AliRun::FinishPrimary()
   // This primary is finished, purify stack
   PurifyKine();
 
+  TIter next(fModules);
+  AliModule *detector;
+  while((detector = (AliModule*)next())) {
+    detector->FinishPrimary();
+  }
+
   // Write out hits if any
   if (gAlice->TreeH()) {
     gAlice->TreeH()->Fill();
@@ -426,13 +560,16 @@ void AliRun::FinishEvent()
   // Called at the end of the event.
   //
   
+  //
+  if(fLego) fLego->FinishEvent();
+
   //Update the energy deposit tables
   Int_t i;
-  for(i=0;i<sEventEnergy.GetSize();i++) {
-    sSummEnergy[i]+=sEventEnergy[i];
-    sSum2Energy[i]+=sEventEnergy[i]*sEventEnergy[i];
+  for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
+    fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
+    fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
   }
-  sEventEnergy.Reset();
+  fEventEnergy.Reset();
   
   // Clean detector information
   CleanDetectors();
@@ -440,7 +577,15 @@ void AliRun::FinishEvent()
   // Write out the kinematics
   if (fTreeK) {
     CleanParents();
-    fTreeK->Fill();
+    //    fTreeK->Fill();
+    TObject *part;
+    for(i=0; i<fHgwmk+1; ++i) if((part=fParticleMap->At(i))) {
+      fParticleBuffer = (TParticle*) part;
+      fParticleFileMap[i]= (Int_t) fTreeK->GetEntries();
+      fTreeK->Fill();
+      (*fParticleMap)[i]=0;
+    } else //printf("Why = 0 part # %d?\n",i);
+      break;
   }
   
   // Write out the digits
@@ -448,7 +593,12 @@ void AliRun::FinishEvent()
     fTreeD->Fill();
     ResetDigits();
   }
-  
+
+   if (fTreeS) {
+    fTreeS->Fill();
+    ResetSDigits();
+  }
   // Write out reconstructed clusters  
   if (fTreeR) {
     fTreeR->Fill();
@@ -461,16 +611,13 @@ void AliRun::FinishEvent()
   ResetStack();
   
   // Write Tree headers
-  //  Int_t ievent = fHeader.GetEvent();
-  //  char hname[30];
-  //  sprintf(hname,"TreeK%d",ievent);
-  if (fTreeK) fTreeK->Write();
-  //  sprintf(hname,"TreeH%d",ievent);
-  if (fTreeH) fTreeH->Write();
-  //  sprintf(hname,"TreeD%d",ievent);
-  if (fTreeD) fTreeD->Write();
-  //  sprintf(hname,"TreeR%d",ievent);
-  if (fTreeR) fTreeR->Write();
+  if (fTreeK) fTreeK->Write(0,TObject::kOverwrite);
+  if (fTreeH) fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
+  if (fTreeD) fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
+  if (fTreeR) fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
+  if (fTreeS) fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
+  
+  ++fEvent;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -480,6 +627,9 @@ void AliRun::FinishRun()
   // Called at the end of the run.
   //
 
+  //
+  if(fLego) fLego->FinishRun();
+
   // Clean detector information
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
@@ -489,32 +639,35 @@ void AliRun::FinishRun()
   
   //Output energy summary tables
   EnergySummary();
+
+  TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
+
+  file->cd();
   
-  // file is retrieved from whatever tree
-  TFile *File = 0;
-  if (fTreeK) File = fTreeK->GetCurrentFile();
-  if ((!File) && (fTreeH)) File = fTreeH->GetCurrentFile();
-  if ((!File) && (fTreeD)) File = fTreeD->GetCurrentFile();
-  if ((!File) && (fTreeE)) File = fTreeE->GetCurrentFile();
-  if( NULL==File ) {
-    Error("FinishRun","There isn't root file!");
-    exit(1);
-  }
-  File->cd();
-  fTreeE->Write();
-  
-  // Clean tree information
-  delete fTreeK; fTreeK = 0;
-  delete fTreeH; fTreeH = 0;
-  delete fTreeD; fTreeD = 0;
-  delete fTreeR; fTreeR = 0;
-  delete fTreeE; fTreeE = 0;
+  fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
   
   // Write AliRun info and all detectors parameters
   Write();
   
+  // Clean tree information
+  if (fTreeK) {
+    delete fTreeK; fTreeK = 0;
+  }
+  if (fTreeH) {
+    delete fTreeH; fTreeH = 0;
+  }
+  if (fTreeD) {
+    delete fTreeD; fTreeD = 0;
+  }
+  if (fTreeR) {
+    delete fTreeR; fTreeR = 0;
+  }
+  if (fTreeE) {
+    delete fTreeE; fTreeE = 0;
+  }
+    
   // Close output file
-  File->Write();
+  file->Write();
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -528,13 +681,13 @@ void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 
   curr=track;
   while(1) {
-    particle=(TParticle*)fParticles->UncheckedAt(curr);
+    particle=(TParticle*)fParticleMap->At(curr);
     
     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
-    if(particle->TestBit(Keep_Bit)) return;
+    if(particle->TestBit(kKeepBit)) return;
     
     // Save this particle
-    particle->SetBit(Keep_Bit);
+    particle->SetBit(kKeepBit);
     
     // Move to father if any
     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
@@ -552,25 +705,25 @@ void AliRun::EnergySummary()
   Float_t edtot=0;
   Float_t ed, ed2;
   Int_t kn, i, left, j, id;
-  const Float_t zero=0;
+  const Float_t kzero=0;
   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
   //
   // Energy loss information
   if(ievent) {
     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
-    for(kn=1;kn<sEventEnergy.GetSize();kn++) {
-      ed=sSummEnergy[kn];
+    for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
+      ed=fSummEnergy[kn];
       if(ed>0) {
-       sEventEnergy[ndep]=kn;
+       fEventEnergy[ndep]=kn;
        if(ievent>1) {
          ed=ed/ievent;
-         ed2=sSum2Energy[kn];
+         ed2=fSum2Energy[kn];
          ed2=ed2/ievent;
-         ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,zero))/ed;
+         ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
        } else 
          ed2=99;
-       sSummEnergy[ndep]=ed;
-       sSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,zero));
+       fSummEnergy[ndep]=ed;
+       fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,kzero));
        edtot+=ed;
        ndep++;
       }
@@ -579,8 +732,8 @@ void AliRun::EnergySummary()
       left=ndep-kn*3;
       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
        j=kn*3+i;
-        id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
-       printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),sSummEnergy[j],sSum2Energy[j]);
+        id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
+       printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
       }
       printf("\n");
     }
@@ -592,8 +745,8 @@ void AliRun::EnergySummary()
       left=ndep-kn*5;
       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
        j=kn*5+i;
-        id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
-       printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*sSummEnergy[j]/edtot);
+        id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
+       printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
       }
       printf("\n");
     }
@@ -602,13 +755,13 @@ void AliRun::EnergySummary()
   }
   //
   // Reset the TArray's
-  //  sEventEnergy.Set(0);
-  //  sSummEnergy.Set(0);
-  //  sSum2Energy.Set(0);
+  //  fEventEnergy.Set(0);
+  //  fSummEnergy.Set(0);
+  //  fSum2Energy.Set(0);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliModule *AliRun::GetModule(const char *name)
+AliModule *AliRun::GetModule(const char *name) const
 {
   //
   // Return pointer to detector from name
@@ -617,7 +770,7 @@ AliModule *AliRun::GetModule(const char *name)
 }
  
 //_____________________________________________________________________________
-AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name)
+AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name) const
 {
   //
   // Return pointer to detector from name
@@ -626,7 +779,7 @@ AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name)
 }
  
 //_____________________________________________________________________________
-Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name)
+Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name) const
 {
   //
   // Return galice internal detector identifier from name
@@ -646,27 +799,42 @@ Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
   //
 
   // Reset existing structures
-  ResetStack();
+  //  ResetStack();
   ResetHits();
   ResetDigits();
+  ResetSDigits();
   
   // Delete Trees already connected
   if (fTreeK) delete fTreeK;
   if (fTreeH) delete fTreeH;
   if (fTreeD) delete fTreeD;
   if (fTreeR) delete fTreeR;
+  if (fTreeS) delete fTreeS;
 
   // Get header from file
   if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
   else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
+  TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
+
+  file->cd();
   
   // Get Kine Tree from file
   char treeName[20];
   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
-  if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticles);
+  if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticleBuffer);
   else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
+  // Create the particle stack
+  if(!fParticles) fParticles = new TClonesArray("TParticle",1000);
+  // Build the pointer list
+  if(fParticleMap) {
+    fParticleMap->Clear();
+    fParticleMap->Expand(fTreeK->GetEntries());
+  } else
+    fParticleMap = new TObjArray(fTreeK->GetEntries());
   
+  file->cd();
+
   // Get Hits Tree header from file
   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
@@ -674,13 +842,16 @@ Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
   }
   
+  file->cd();
+
   // Get Digits Tree header from file
   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
   if (!fTreeD) {
-    Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
+    // Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
   }
   
+  file->cd();
   
   // Get Reconstruct Tree header from file
   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
@@ -688,6 +859,8 @@ Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
   if (!fTreeR) {
     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
   }
+
+  file->cd();
  
   // Set Trees branch addresses
   TIter next(fModules);
@@ -696,8 +869,7 @@ Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
     detector->SetTreeAddress();
   }
   
-  if (fTreeK) fTreeK->GetEvent(0);
-  fNtrack = Int_t (fParticles->GetEntries());
+  fNtrack = Int_t (fTreeK->GetEntries());
   return fNtrack;
 }
 
@@ -743,10 +915,10 @@ void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
   fCurrent=-1;
   TParticle *track;
   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
-    track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(i);
-    if(!track->TestBit(Done_Bit)) {
+    track=(TParticle*) fParticleMap->At(i);
+    if(track) if(!track->TestBit(kDoneBit)) {
       //
-      // The track has not yet been processed
+      // The track exists and has not yet been processed
       fCurrent=i;
       ipart=track->GetPdgCode();
       pmom[0]=track->Px();
@@ -761,7 +933,7 @@ void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
       polar[1]=pol.Y();
       polar[2]=pol.Z();
       tof=track->T();
-      track->SetBit(Done_Bit);
+      track->SetBit(kDoneBit);
       break;
     }
   }
@@ -772,14 +944,14 @@ void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
   if (fCurrent >= nprimaries) return;
   if (fCurrent < nprimaries-1) {
     fTimer.Stop();
-    track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(fCurrent+1);
+    track=(TParticle*) fParticleMap->At(fCurrent+1);
     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
   }
   fTimer.Start();
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track)
+Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track) const
 {
   //
   // return number of primary that has generated track
@@ -790,21 +962,29 @@ Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track)
   parent=track;
   while (1) {
     current=parent;
-    part = (TParticle *)fParticles->UncheckedAt(current);
+    part = (TParticle *)fParticleMap->At(current);
     parent=part->GetFirstMother();
     if(parent<0) return current;
   }
 }
  
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::Init(const char *setup)
+void AliRun::InitMC(const char *setup)
 {
   //
   // Initialize the Alice setup
   //
 
+  if(fInitDone) {
+    Warning("Init","Cannot initialise AliRun twice!\n");
+    return;
+  }
+    
+  OpenBaseFile("recreate");
+  
   gROOT->LoadMacro(setup);
-  gInterpreter->ProcessLine("Config();");
+  gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
+
 
   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 
@@ -813,19 +993,18 @@ void AliRun::Init(const char *setup)
   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 
   //
-  //=================Create Materials, geometry, histograms, etc
+  //=================Create Materials and geometry
+  gMC->Init();
+
+  // Added also after in case of interactive initialisation of modules
+  fNdets = fModules->GetLast()+1;
+
    TIter next(fModules);
    AliModule *detector;
    while((detector = (AliModule*)next())) {
       detector->SetTreeAddress();
       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
       
-      // Initialise detector materials, geometry, histograms,etc
-      detector->CreateMaterials();
-      detector->CreateGeometry();
-      detector->BuildGeometry();
-      detector->Init();
-      
       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
@@ -834,26 +1013,28 @@ void AliRun::Init(const char *setup)
        objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
       }
    }
-   SetTransPar(); //Read the cuts for all materials
+   ReadTransPar(); //Read the cuts for all materials
    
    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
    
-   //Terminate building of geometry
-   printf("%p\n",gVMC);
-   gVMC->FinishGeometry();
-   
    //Initialise geometry deposition table
-   sEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
-   sSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
-   sSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
+   fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
+   fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
+   fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
    
    //Compute cross-sections
-   gVMC->BuildPhysics();
+   gMC->BuildPhysics();
    
    //Write Geometry object to current file.
    fGeometry->Write();
    
    fInitDone = kTRUE;
+
+   fMCQA = new AliMCQA(fNdets);
+
+   //
+   // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
+   Write();
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -929,40 +1110,71 @@ void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
   // Load the event generator
   //
   if(fGenerator)
-    Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
-           fGenerator->GetName(),generator->GetName());
+    if(generator)
+      Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
+             fGenerator->GetName(),generator->GetName());
+    else
+      Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with NULL\n",
+             fGenerator->GetName());
   fGenerator = generator;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliRun::SetTransPar(char* filename)
+void AliRun::SetTransPar(char *filename)
+{
+  fTransParName = filename;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliRun::SetBaseFile(char *filename)
+{
+  fBaseFileName = *filename;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliRun::OpenBaseFile(const char *option)
+{
+  if(!strlen(fBaseFileName.Data())) {
+    const char *filename;
+    if ((filename=gSystem->Getenv("CONFIG_FILE"))) {
+      fBaseFileName=filename;
+    } else {
+      fBaseFileName="galice.root";
+    }  
+  }
+  TFile *rootfile = new TFile(fBaseFileName.Data(),option); 
+  rootfile->SetCompressionLevel(2);
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliRun::ReadTransPar()
 {
   //
   // Read filename to set the transport parameters
   //
 
 
-  const Int_t ncuts=10;
-  const Int_t nflags=11;
-  const Int_t npars=ncuts+nflags;
-  const char pars[npars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
+  const Int_t kncuts=10;
+  const Int_t knflags=11;
+  const Int_t knpars=kncuts+knflags;
+  const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
                               "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
                               "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
                               "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
   char line[256];
   char detName[7];
   char* filtmp;
-  Float_t cut[ncuts];
-  Int_t flag[nflags];
+  Float_t cut[kncuts];
+  Int_t flag[knflags];
   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
   FILE *lun;
   //
   // See whether the file is there
-  filtmp=gSystem->ExpandPathName(filename);
+  filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
   lun=fopen(filtmp,"r");
   delete [] filtmp;
   if(!lun) {
-    Warning("SetTransPar","File %s does not exist!\n",filename);
+    Warning("ReadTransPar","File %s does not exist!\n",fTransParName.Data());
     return;
   }
   //
@@ -973,8 +1185,8 @@ void AliRun::SetTransPar(char* filename)
   //
   while(1) {
     // Initialise cuts and flags
-    for(i=0;i<ncuts;i++) cut[i]=-99;
-    for(i=0;i<nflags;i++) flag[i]=-99;
+    for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
+    for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
     itmed=0;
     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
     // Read up to the end of line excluded
@@ -998,7 +1210,7 @@ void AliRun::SetTransPar(char* filename)
     if(!iret) continue;
     if(iret<0) {
       //reading error
-      Warning("SetTransPar","Error reading file %s\n",filename);
+      Warning("ReadTransPar","Error reading file %s\n",fTransParName.Data());
       continue;
     }
     // Check that the module exist
@@ -1010,38 +1222,77 @@ void AliRun::SetTransPar(char* filename)
       if(0<=itmed && itmed < 100) {
        ktmed=idtmed[itmed];
        if(!ktmed) {
-         Warning("SetTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
+         Warning("ReadTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
          continue;
        }
        // Set energy thresholds
-       for(kz=0;kz<ncuts;kz++) {
+       for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
          if(cut[kz]>=0) {
            printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
-                  pars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
-           gMC->Gstpar(ktmed,pars[kz],cut[kz]);
+                  kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
+           gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
          }
        }
        // Set transport mechanisms
-       for(kz=0;kz<nflags;kz++) {
+       for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
          if(flag[kz]>=0) {
            printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
-                  pars[ncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
-           gMC->Gstpar(ktmed,pars[ncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
+                  kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
+           gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
          }
        }
       } else {
-       Warning("SetTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
+       Warning("ReadTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
        continue;
       }
     } else {
-      Warning("SetTransPar","Module %s not present\n",detName);
+      Warning("ReadTransPar","Module %s not present\n",detName);
       continue;
     }
   }
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
+void AliRun::MakeBranchInTree(TTree *tree, const char* name, void* address, Int_t size, char *file)
+{ 
+    if (GetDebug()>1)
+        printf("* MakeBranch * Making Branch %s \n",name);
+
+    TBranch *branch = tree->Branch(name,address,size);
+
+    if (file) {
+        TDirectory *cwd = gDirectory;
+        branch->SetFile(file);
+        TIter next( branch->GetListOfBranches());
+        while ((branch=(TBranch*)next())) {
+           branch->SetFile(file);
+        }   
+        if (GetDebug()>1)
+            printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n",name,file);
+        cwd->cd();
+    } 
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliRun::MakeBranchInTree(TTree *tree, const char* name, const char *classname, void* address, Int_t size, Int_t splitlevel, char *file)
+{ 
+    TDirectory *cwd = gDirectory;
+    TBranch *branch = tree->Branch(name,classname,address,size,splitlevel);
+    if (GetDebug()>1)
+      printf("* MakeBranch * Making Branch %s \n",name);
+    if (file) {
+        branch->SetFile(file);
+        TIter next( branch->GetListOfBranches());
+        while ((branch=(TBranch*)next())) {
+           branch->SetFile(file);
+        } 
+       if (GetDebug()>1)
+           printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n",name,file);
+        cwd->cd();
+    }
+}
+//_____________________________________________________________________________
+void AliRun::MakeTree(Option_t *option, char *file)
 {
   //
   //  Create the ROOT trees
@@ -1051,36 +1302,51 @@ void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
   char hname[30];
   //
   // Analyse options
-  char *K = strstr(option,"K");
-  char *H = strstr(option,"H");
-  char *E = strstr(option,"E");
-  char *D = strstr(option,"D");
-  char *R = strstr(option,"R");
+  char *oK = strstr(option,"K");
+  char *oH = strstr(option,"H");
+  char *oE = strstr(option,"E");
+  char *oD = strstr(option,"D");
+  char *oR = strstr(option,"R");
+  char *oS = strstr(option,"S");
   //
-  if (K && !fTreeK) {
+  
+  if (oK && !fTreeK) {
     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
     fTreeK = new TTree(hname,"Kinematics");
     //  Create a branch for particles
-    fTreeK->Branch("Particles",&fParticles,4000);
+    MakeBranchInTree(fTreeK, 
+                     "Particles", "TParticle", &fParticleBuffer, 4000, 1, file) ;
+    fTreeK->Write();
   }
-  if (H && !fTreeH) {
+  if (oH && !fTreeH) {
     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
     fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
     fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
+    fTreeH->Write();
   }
-  if (D && !fTreeD) {
+  if (oD && !fTreeD) {
     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
     fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
+    fTreeD->Write();
+  }
+  if (oS && !fTreeS) {
+    sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
+    fTreeS = new TTree(hname,"SDigits");
+    fTreeS->Write();
   }
-  if (R && !fTreeR) {
+  if (oR && !fTreeR) {
     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
     fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
+    fTreeR->Write();
   }
-  if (E && !fTreeE) {
+  if (oE && !fTreeE) {
     fTreeE = new TTree("TE","Header");
     //  Create a branch for Header
-    fTreeE->Branch("Header","AliHeader",&header,4000);
+    MakeBranchInTree(fTreeE, 
+                     "Header", "AliHeader", &gAliHeader, 4000, 1, file) ;
+    fTreeE->Write();
   }
+  
   //
   // Create a branch for hits/digits for each detector
   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
@@ -1088,7 +1354,7 @@ void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
   while((detector = (AliModule*)next())) {
-     if (H || D || R) detector->MakeBranch(option);
+     if (oH || oR) detector->MakeBranch(option,file);
   }
 }
 
@@ -1104,6 +1370,18 @@ Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
   return fHgwmk;
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+TParticle* AliRun::Particle(Int_t i)
+{
+  if(!(*fParticleMap)[i]) {
+    Int_t nentries = fParticles->GetEntries();
+    fTreeK->GetEntry(fParticleFileMap[i]);
+    new ((*fParticles)[nentries]) TParticle(*fParticleBuffer);
+    fParticleMap->AddAt((*fParticles)[nentries],i);
+  }
+  return (TParticle *) (*fParticleMap)[i];
+}
+
 //_____________________________________________________________________________
 void AliRun::PurifyKine()
 {
@@ -1111,81 +1389,74 @@ void AliRun::PurifyKine()
   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
   // and renaming the particle id's in all the hits
   //
-  TClonesArray &particles = *fParticles;
+  //  TClonesArray &particles = *fParticles;
+  TObjArray &particles = *fParticleMap;
   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
-  TParticle *part, *partnew, *father;
-  int *map = new int[particles.GetEntries()];
+  TParticle *part, *father;
+  TArrayI map(particles.GetLast()+1);
 
   // Save in Header total number of tracks before compression
   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
 
-  // Preset map, to be removed later
+  // If no tracks generated return now
+  if(fHgwmk+1 == fNtrack) return;
+
+  Int_t toshrink = fNtrack-fHgwmk-1;
+
+  // First pass, invalid Daughter information
   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
-    if(i<=fHgwmk) map[i]=i ; else map[i] = -99 ;}
+    // Preset map, to be removed later
+    if(i<=fHgwmk) map[i]=i ; 
+    else {
+      map[i] = -99;
+      //      particles.UncheckedAt(i)->ResetBit(kDaughtersBit);
+      if((part=(TParticle*) particles.At(i))) part->ResetBit(kDaughtersBit);
+    }
+  }
+  // Invalid daughter information for the parent of the first particle
+  // generated. This may or may not be the current primary according to
+  // whether decays have been recorded among the primaries
+  part = (TParticle *)particles.At(fHgwmk+1);
+  particles.At(part->GetFirstMother())->ResetBit(kDaughtersBit);
   // Second pass, build map between old and new numbering
   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
-    part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
-    if(part->TestBit(Keep_Bit)) {
+    if(particles.At(i)->TestBit(kKeepBit)) {
       
       // This particle has to be kept
       map[i]=nkeep;
-      if(i!=nkeep) {
-       
-       // Old and new are different, have to copy
-       partnew = (TParticle *)particles.UncheckedAt(nkeep);
-       // Change due to a bug in the HP compiler
-       //      *partnew = *part;
-       memcpy(partnew,part,sizeof(TParticle));
-      } else partnew = part;
+      // If old and new are different, have to move the pointer
+      if(i!=nkeep) particles[nkeep]=particles.At(i);
+      part = (TParticle*) particles.At(nkeep);
       
       // as the parent is always *before*, it must be already
       // in place. This is what we are checking anyway!
-      if((parent=partnew->GetFirstMother())>fHgwmk) {
-       if(map[parent]==-99) printf("map[%d] = -99!\n",parent);
-       partnew->SetFirstMother(map[parent]);
-      }
+      if((parent=part->GetFirstMother())>fHgwmk) 
+       if(map[parent]==-99) Fatal("PurifyKine","map[%d] = -99!\n",parent);
+       else part->SetFirstMother(map[parent]);
+
       nkeep++;
     }
   }
-  fNtrack=nkeep;
   
   // Fix daughters information
-  for (i=0; i<fNtrack; i++) {
-    part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
+  for (i=fHgwmk+1; i<nkeep; i++) {
+    part = (TParticle *)particles.At(i);
     parent = part->GetFirstMother();
     if(parent>=0) {
-      father = (TParticle *)particles.UncheckedAt(parent);
-      if(father->TestBit(Daughters_Bit)) {
+      father = (TParticle *)particles.At(parent);
+      if(father->TestBit(kDaughtersBit)) {
       
        if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
        if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
       } else {
-       // Iitialise daughters info for first pass
+       // Initialise daughters info for first pass
        father->SetFirstDaughter(i);
        father->SetLastDaughter(i);
-       father->SetBit(Daughters_Bit);
+       father->SetBit(kDaughtersBit);
       }
     }
   }
   
-#ifdef old
-  // Now loop on all detectors and reset the hits
-  AliHit *OneHit;
-  TIter next(fModules);
-  AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-    if (!detector->Hits()) continue;
-    TClonesArray &vHits=*(detector->Hits());
-    if(vHits.GetEntries() != detector->GetNhits())
-      printf("vHits.GetEntries()!=detector->GetNhits(): %d != %d\n",
-            vHits.GetEntries(),detector->GetNhits());
-    for (i=0; i<detector->GetNhits(); i++) {
-      OneHit = (AliHit *)vHits.UncheckedAt(i);
-      OneHit->SetTrack(map[OneHit->GetTrack()]);
-    }
-  }
-#else
-
   // Now loop on all registered hit lists
   TIter next(fHitLists);
   TCollection *hitList;
@@ -1196,50 +1467,89 @@ void AliRun::PurifyKine()
       hit->SetTrack(map[hit->GetTrack()]);
     }
   }
-#endif
 
-  fHgwmk=nkeep-1;
-  particles.SetLast(fHgwmk);
-  delete [] map;
+  // 
+  // This for detectors which have a special mapping mechanism
+  // for hits, such as TPC and TRD
+  //
+
+   TIter nextmod(fModules);
+   AliModule *detector;
+   while((detector = (AliModule*)nextmod())) {
+     detector->RemapTrackHitIDs(map.GetArray());
+   }
+  
+   // Now the output bit, from fHgwmk to nkeep we write everything and we erase
+   if(nkeep>fParticleFileMap.GetSize()) fParticleFileMap.Set(Int_t (nkeep*1.5));
+
+
+   for (i=fHgwmk+1; i<nkeep; ++i) {
+     fParticleBuffer = (TParticle*) particles.At(i);
+     fParticleFileMap[i]=(Int_t) fTreeK->GetEntries();
+     fTreeK->Fill();
+     particles[i]=0;
+   }
+
+   for (i=nkeep; i<fNtrack; ++i) particles[i]=0;
+
+   fLoadPoint-=toshrink;
+   for(i=fLoadPoint; i<fLoadPoint+toshrink; ++i) fParticles->RemoveAt(i);
+
+   fNtrack=nkeep;
+   fHgwmk=nkeep-1;
+   //   delete [] map;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::Reset(Int_t run, Int_t idevent)
+void AliRun::BeginEvent()
 {
   //
   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
   //
   char hname[30];
+  //
+
+  //
+  if(fLego) {
+    fLego->BeginEvent();
+    return;
+  }
+
   //
   ResetStack();
   ResetHits();
   ResetDigits();
+  ResetSDigits();
 
   // Initialise event header
-  fHeader.Reset(run,idevent);
+  fHeader.Reset(fRun,fEvent);
 
   if(fTreeK) {
     fTreeK->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeK%d",idevent);
+    sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
     fTreeK->SetName(hname);
   }
   if(fTreeH) {
     fTreeH->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeH%d",idevent);
+    sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
     fTreeH->SetName(hname);
   }
   if(fTreeD) {
     fTreeD->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeD%d",idevent);
+    sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
     fTreeD->SetName(hname);
   }
+  if(fTreeS) {
+    fTreeS->Reset();
+    sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
+    fTreeS->SetName(hname);
+  }
   if(fTreeR) {
     fTreeR->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeR%d",idevent);
+    sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
     fTreeR->SetName(hname);
   }
 }
-
 //_____________________________________________________________________________
 void AliRun::ResetDigits()
 {
@@ -1253,6 +1563,19 @@ void AliRun::ResetDigits()
   }
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+void AliRun::ResetSDigits()
+{
+  //
+  //  Reset all Detectors digits
+  //
+  TIter next(fModules);
+  AliModule *detector;
+  while((detector = (AliModule*)next())) {
+     detector->ResetSDigits();
+  }
+}
+
 //_____________________________________________________________________________
 void AliRun::ResetHits()
 {
@@ -1280,7 +1603,7 @@ void AliRun::ResetPoints()
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::Run(Int_t nevent, const char *setup)
+void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
 {
   //
   // Main function to be called to process a galice run
@@ -1290,30 +1613,118 @@ void AliRun::Run(Int_t nevent, const char *setup)
   // to be called
   //
 
-  Int_t i, todo;
   // check if initialisation has been done
-  if (!fInitDone) Init(setup);
+  if (!fInitDone) InitMC(setup);
   
   // Create the Root Tree with one branch per detector
-  MakeTree("KHDER");
-
-  todo = TMath::Abs(nevent);
-  for (i=0; i<todo; i++) {
-  // Process one run (one run = one event)
-     Reset(fRun, fEvent);
-     gVMC->ProcessEvent();
-     FinishEvent();
-     fEvent++;
+
+  if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
+    MakeTree("E");
+    MakeTree("K","Kine.root");
+    MakeTree("H","Hits.root");
+    MakeTree("R","Reco.root");
+  } else {
+    MakeTree("EKHR");
   }
-  
+
+  gMC->ProcessRun(nevent);
+
   // End of this run, close files
   if(nevent>0) FinishRun();
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
-                    Float_t themax,Int_t nphi,Float_t phimin,Float_t phimax,
-                    Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax)
+
+void AliRun::Hits2Digits(const char *selected)
+{
+   Hits2SDigits(selected);
+   SDigits2Digits(selected);
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+
+void AliRun::Hits2SDigits(const char *selected)
+{
+  //
+  // Main function to be called to convert hits to digits. 
+
+   gAlice->GetEvent(0);
+
+   TObjArray *detectors = gAlice->Detectors();
+
+   TIter next(detectors);
+
+   AliDetector *detector;
+
+   TDirectory *cwd = gDirectory;
+
+   MakeTree("S");
+   
+   while((detector = (AliDetector*)next())) {
+     if (selected) {
+       if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
+     }
+     if (detector->IsActive()){ 
+       if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
+         if (GetDebug()>0)
+             cout << "Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
+         char * outFile = new char[strlen (detector->GetName())+18];
+         sprintf(outFile,"SDigits.%s.root",detector->GetName());
+         detector->MakeBranch("S",outFile);
+         delete outFile;
+       } else {
+         detector->MakeBranch("S");
+       }   
+       cwd->cd();  
+       detector->Hits2SDigits(); 
+     }  
+   }
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+
+void AliRun::SDigits2Digits(const char *selected)
+{
+  //
+  // Main function to be called to convert hits to digits. 
+
+   gAlice->GetEvent(0);
+
+   TObjArray *detectors = gAlice->Detectors();
+
+   TIter next(detectors);
+
+   AliDetector *detector;
+
+   TDirectory *cwd = gDirectory;
+
+   MakeTree("D");
+   
+   while((detector = (AliDetector*)next())) {
+     if (selected) {
+       if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
+     }
+     if (detector->IsActive()){ 
+       if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
+         if (GetDebug()>0)
+             cout << "Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
+         char * outFile = new char[strlen (detector->GetName())+16];
+         sprintf(outFile,"Digits.%s.root",detector->GetName());
+         detector->MakeBranch("D",outFile);
+         delete outFile;
+       } else {
+         detector->MakeBranch("D");
+       }   
+       cwd->cd();  
+       detector->SDigits2Digits(); 
+     }  
+   }
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliRun::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
+                    Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
+                    Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener)
 {
   //
   // Generates lego plots of:
@@ -1354,19 +1765,50 @@ void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
   //
 
   // check if initialisation has been done
-  if (!fInitDone) Init(setup);
-
+  if (!fInitDone) InitMC(setup);
+  //Save current generator
+  AliGenerator *gen=Generator();
+
+  // Set new generator
+  if (!gener) gener  = new AliLegoGenerator();
+  ResetGenerator(gener);
+  //
+  // Configure Generator
+  gener->SetRadiusRange(rmin, rmax);
+  gener->SetZMax(zmax);
+  gener->SetCoor1Range(nc1, c1min, c1max);
+  gener->SetCoor2Range(nc2, c2min, c2max);
+  
+  
   //Create Lego object  
-  fLego = new AliLego("lego",ntheta,themin,themax,nphi,phimin,phimax,rmin,rmax,zmax);
+  fLego = new AliLego("lego",gener);
 
+  //Prepare MC for Lego Run
+  gMC->InitLego();
+  
   //Run Lego Object
-  fLego->Run();
+
+  gMC->ProcessRun(nc1*nc2+1);
   
   // Create only the Root event Tree
   MakeTree("E");
   
   // End of this run, close files
   FinishRun();
+  // Restore current generator
+  ResetGenerator(gen);
+  // Delete Lego Object
+  delete fLego; fLego=0;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliRun::SetConfigFunction(const char * config) 
+{
+  //
+  // Set the signature of the function contained in Config.C to configure
+  // the run
+  //
+  fConfigFunction=config;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -1381,7 +1823,7 @@ void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
 //_____________________________________________________________________________
 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
                      Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
-                     const char *mecha, Int_t &ntr, Float_t weight)
+                     AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
 { 
   //
   // Load a track on the stack
@@ -1400,9 +1842,9 @@ void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
   TClonesArray &particles = *fParticles;
   TParticle *particle;
   Float_t mass;
-  const Int_t firstdaughter=-1;
-  const Int_t lastdaughter=-1;
-  const Int_t KS=0;
+  const Int_t kfirstdaughter=-1;
+  const Int_t klastdaughter=-1;
+  const Int_t kS=0;
   //  const Float_t tlife=0;
   
   //
@@ -1416,20 +1858,23 @@ void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
                        pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
   
-  //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f KS %d m %s\n",
-  //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],KS,mecha);
-  
-  particle=new(particles[fNtrack]) TParticle(pdg,KS,parent,-1,firstdaughter,
-                                            lastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
+  //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f kS %d m %s\n",
+  //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],kS,mecha);
+
+  particle=new(particles[fLoadPoint++]) TParticle(pdg,kS,parent,-1,kfirstdaughter,
+                                            klastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
                                             e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
-  //                                        polar[0],polar[1],polar[2],tof,
-  //                                        mecha,weight);
-  ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
-  ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetWeight(weight);
-  if(!done) particle->SetBit(Done_Bit);
-  
+  particle->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
+  particle->SetWeight(weight);
+  particle->SetUniqueID(mech);
+  if(!done) particle->SetBit(kDoneBit);
+  //  Declare that the daughter information is valid
+  particle->SetBit(kDaughtersBit);
+  //  Add the particle to the stack
+  fParticleMap->AddAtAndExpand(particle,fNtrack);
+
   if(parent>=0) {
-    particle=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(parent);
+    particle=(TParticle*) fParticleMap->At(parent);
     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
   } else { 
@@ -1444,18 +1889,28 @@ void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
   ntr = fNtrack++;
 }
 
+void AliRun::SetHighWaterMark(const Int_t nt)
+{
+    //
+    // Set high water mark for last track in event
+    fHgwmk=fNtrack-1;
+    //
+    // Set also number if primary tracks
+    fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
+    fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
+}
+
 //_____________________________________________________________________________
 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
 { 
   //
   // flags a track to be kept
   //
-  TClonesArray &particles = *fParticles;
-  ((TParticle*)particles[track])->SetBit(Keep_Bit);
+  fParticleMap->At(track)->SetBit(kKeepBit);
 }
  
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::StepManager(Int_t id) const
+void AliRun::StepManager(Int_t id) 
 {
   //
   // Called at every step during transport
@@ -1468,62 +1923,37 @@ void AliRun::StepManager(Int_t id) const
   else {
     Int_t copy;
     //Update energy deposition tables
-    sEventEnergy[gMC->CurrentVolID(copy)]+=gMC->Edep();
+    AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
   
     //Call the appropriate stepping routine;
     AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
-    if(det) det->StepManager();
+    if(det) {
+      fMCQA->StepManager(id);
+      det->StepManager();
+    }
   }
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
 {
-  //
-  // Stream an object of class AliRun.
-  //
-  if (R__b.IsReading()) {
-    Version_t R__v = R__b.ReadVersion(); if (R__v) { }
-    TNamed::Streamer(R__b);
-    if (!gAlice) gAlice = this;
-    gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
-    fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
-    if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &header);
-    else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
-    R__b >> fNtrack;
-    R__b >> fHgwmk;
-    R__b >> fDebug;
-    fHeader.Streamer(R__b);
-    R__b >> fModules;
-    R__b >> fParticles;
-    R__b >> fField; 
-    //    R__b >> fVMC;
-    R__b >> fNdets;
-    R__b >> fTrRmax;
-    R__b >> fTrZmax;
-    R__b >> fGenerator;
-    if(R__v>1) {
-      R__b >> fPDGDB;        //Particle factory object!
+   // Stream an object of class AliRun.
+
+   if (R__b.IsReading()) {
+      if (!gAlice) gAlice = this;
+
+      AliRun::Class()->ReadBuffer(R__b, this);
+      //
+      gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
+
+      fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
+      if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &gAliHeader);
+      else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
       fTreeE->GetEntry(0);
-    } else {
-      fHeader.SetEvent(0);
-      fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
-    }
-  } else {
-    R__b.WriteVersion(AliRun::IsA());
-    TNamed::Streamer(R__b);
-    R__b << fNtrack;
-    R__b << fHgwmk;
-    R__b << fDebug;
-    fHeader.Streamer(R__b);
-    R__b << fModules;
-    R__b << fParticles;
-    R__b << fField;
-    //    R__b << fVMC;
-    R__b << fNdets;
-    R__b << fTrRmax;
-    R__b << fTrZmax;
-    R__b << fGenerator;
-    R__b << fPDGDB;        //Particle factory object!
-  }
-} 
+
+      gRandom = fRandom;
+   } else {
+      AliRun::Class()->WriteBuffer(R__b, this);
+   }
+}
+