]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliRun.cxx
Moving to the new VMC naming convention
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliRun.cxx
index 7155c94fa2162c1f98f0dd23aaf4378e50675c4a..e543370b762707b36e20ef8239f79e0d1b0d0335 100644 (file)
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
 
-/*
-$Log$
-Revision 1.86  2002/05/28 14:24:57  hristov
-Correct warning messages
-
-Revision 1.85  2002/05/24 13:29:58  hristov
-AliTrackReference added, AliDisplay modified
-
-Revision 1.84  2002/05/21 16:26:07  hristov
-Find correctly TreeK in case CONFIG_SPLIT_FILE is set (Y.Schutz)
-
-Revision 1.83  2002/04/04 13:16:17  jchudoba
-add possibility to write sdigits, digits and rec. points into separate files
-
-Revision 1.82  2002/03/12 11:06:03  morsch
-Add particle status code to argument list of SetTrack(..).
-
-Revision 1.81  2001/12/19 14:46:26  morsch
-Add possibility to disable StepManager() for each module separately.
-
-Revision 1.80  2001/10/21 18:22:55  hristov
-BranchOld replaced by Branch. It works correctly with Root 2.02.xx
-
-Revision 1.79  2001/10/09 18:00:35  hristov
-Temporary fix to provide unique event number in the simulation (J.Chudoba)
-
-Revision 1.78  2001/10/04 15:30:56  hristov
-Changes to accommodate the set of PHOS folders and tasks (Y.Schutz)
-
-Revision 1.77  2001/09/04 15:09:11  hristov
-fTreeE->Branch replaced temporary by fTreeE->BranchOld to avoid data corruption in case of many events per file
-
-Revision 1.76  2001/08/03 14:38:35  morsch
-Use original method to access TreeH.
-
-Revision 1.75  2001/07/28 10:52:27  hristov
-Event number updated correctly (M.Ivanov)
-
-Revision 1.74  2001/07/28 10:39:16  morsch
-GetEventsPerRun() method needed by afterburners added to AliRun.h
-Corresponding setters and getters have been from AliGenerator.
-
-Revision 1.73  2001/07/27 12:34:30  jchudoba
-remove the dummy argument in fStack->GetEvent call
-
-Revision 1.72  2001/07/03 08:10:57  hristov
-J.Chudoba's changes merged correctly with the HEAD
-
-Revision 1.70  2001/06/29 08:01:36  morsch
-Small correction to the previous.
-
-Revision 1.69  2001/06/28 16:27:50  morsch
-AliReco() with user control of event range.
-
-Revision 1.68  2001/06/11 13:14:40  morsch
-SetAliGenEventHeader() method added.
-
-Revision 1.67  2001/06/07 18:24:50  buncic
-Removed compilation warning in AliConfig initialisation.
-
-Revision 1.66  2001/05/22 14:32:40  hristov
-Weird inline removed
-
-Revision 1.65  2001/05/21 17:22:51  buncic
-Fixed problem with missing AliConfig while reading galice.root
-
-Revision 1.64  2001/05/16 14:57:22  alibrary
-New files for folders and Stack
-
-Revision 1.62  2001/04/06 11:12:33  morsch
-Clear fParticles after each event. (Ivana Hrivnacova)
-
-Revision 1.61  2001/03/30 07:04:10  morsch
-Call fGenerator->FinishRun() for final print-outs, cross-section and weight calculations.
-
-Revision 1.60  2001/03/21 18:22:30  hristov
-fParticleFileMap fix (I.Hrivnacova)
-
-Revision 1.59  2001/03/12 17:47:03  hristov
-Changes needed on Sun with CC 5.0
-
-Revision 1.58  2001/03/09 14:27:26  morsch
-Fix for multiple events per file: inhibit decrease of size of  fParticleFileMap.
-
-Revision 1.57  2001/02/23 17:40:23  buncic
-All trees needed for simulation created in RunMC(). TreeR and its branches
-are now created in new RunReco() method.
-
-Revision 1.56  2001/02/14 15:45:20  hristov
-Algorithmic way of getting entry index in fParticleMap. Protection of fParticleFileMap (I.Hrivnacova)
-
-Revision 1.55  2001/02/12 15:52:54  buncic
-Removed OpenBaseFile().
-
-Revision 1.54  2001/02/07 10:39:05  hristov
-Remove default value for argument
-
-Revision 1.53  2001/02/06 11:02:26  hristov
-New SetTrack interface added, added check for unfilled particles in FinishEvent (I.Hrivnacova)
-
-Revision 1.52  2001/02/05 16:22:25  buncic
-Added TreeS to GetEvent().
-
-Revision 1.51  2001/02/02 15:16:20  morsch
-SetHighWaterMark method added to mark last particle in event.
-
-Revision 1.50  2001/01/27 10:32:00  hristov
-Leave the loop when primaries are filled (I.Hrivnacova)
-
-Revision 1.49  2001/01/26 19:58:48  hristov
-Major upgrade of AliRoot code
-
-Revision 1.48  2001/01/17 10:50:50  hristov
-Corrections to destructors
-
-Revision 1.47  2000/12/18 10:44:01  morsch
-Possibility to set field map by passing pointer to objet of type AliMagF via
-SetField().
-Example:
-gAlice->SetField(new AliMagFCM("Map2", "$(ALICE_ROOT)/data/field01.dat",2,1.,10.));
-
-Revision 1.46  2000/12/14 19:29:27  fca
-galice.cuts was not read any more
-
-Revision 1.45  2000/11/30 07:12:49  alibrary
-Introducing new Rndm and QA classes
-
-Revision 1.44  2000/10/26 13:58:59  morsch
-Add possibility to choose the lego generator (of type AliGeneratorLego or derived) when running
-RunLego(). Default is the base class AliGeneratorLego.
-
-Revision 1.43  2000/10/09 09:43:17  fca
-Special remapping of hits for TPC and TRD. End-of-primary action introduced
-
-Revision 1.42  2000/10/02 21:28:14  fca
-Removal of useless dependecies via forward declarations
-
-Revision 1.41  2000/07/13 16:19:09  fca
-Mainly coding conventions + some small bug fixes
-
-Revision 1.40  2000/07/12 08:56:25  fca
-Coding convention correction and warning removal
-
-Revision 1.39  2000/07/11 18:24:59  fca
-Coding convention corrections + few minor bug fixes
-
-Revision 1.38  2000/06/20 13:05:45  fca
-Writing down the TREE headers before job starts
-
-Revision 1.37  2000/06/09 20:05:11  morsch
-Introduce possibility to chose magnetic field version 3: AliMagFDM + field02.dat
-
-Revision 1.36  2000/06/08 14:03:58  hristov
-Only one initializer for a default argument
-
-Revision 1.35  2000/06/07 10:13:14  hristov
-Delete only existent objects.
-
-Revision 1.34  2000/05/18 10:45:38  fca
-Delete Particle Factory properly
-
-Revision 1.33  2000/05/16 13:10:40  fca
-New method IsNewTrack and fix for a problem in Father-Daughter relations
-
-Revision 1.32  2000/04/27 10:38:21  fca
-Correct termination of Lego Run and introduce Lego getter in AliRun
-
-Revision 1.31  2000/04/26 10:17:32  fca
-Changes in Lego for G4 compatibility
-
-Revision 1.30  2000/04/18 19:11:40  fca
-Introduce variable Config.C function signature
-
-Revision 1.29  2000/04/07 11:12:34  fca
-G4 compatibility changes
-
-Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
-Workaround for an HP compiler problem
-
-Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
-Rationalisation of the virtual MC interfaces
-
-Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
-SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
-
-Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
-AliVMC and AliGeant3 classes introduced
-ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
-
-Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
-Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
-
-Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
-Fixing previous wrong checking
-
-Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
-Fixing daughters information also in primary tracks
-
-Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
-Adding protection against inconsistent Euclid files
-
-Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
-Introduction of the Copyright and cvs Log
-
-*/
+/* $Id$ */
 
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 //                                                                           //
@@ -244,96 +40,158 @@ Introduction of the Copyright and cvs Log
 //                                                                           //
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
-#include <stdlib.h>
+#include <Riostream.h>
 #include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
 #include <string.h>
-#include <iostream.h>
  
-#include <TFile.h>
-#include <TRandom.h>
 #include <TBRIK.h> 
-#include <TCint.h> 
-#include <TSystem.h>
-#include <TObjectTable.h>
-#include <TTree.h>
-#include <TGeometry.h>
-#include <TROOT.h>
 #include <TBrowser.h>
+#include <TCint.h> 
+#include <TFile.h>
 #include <TFolder.h>
+#include <TGeometry.h>
 #include <TKey.h>
 #include <TNode.h>
-#include "TParticle.h"
-#include "AliRun.h"
+#include <TObjectTable.h>
+#include <TParticle.h>
+#include <TROOT.h>
+#include <TRandom.h>
+#include <TRandom3.h>
+#include <TSystem.h>
+#include <TTree.h>
+#include <TVirtualMC.h>
+
+#include "AliConfig.h"
+#include "AliDetector.h"
 #include "AliDisplay.h"
-#include "AliMC.h"
+#include "AliGenEventHeader.h"
+#include "AliGenerator.h"
+#include "AliHeader.h"
+#include "AliHit.h"
 #include "AliLego.h"
+#include "AliLegoGenerator.h"
+#include "AliLoader.h"
+#include "AliMCQA.h"
 #include "AliMagFC.h"
 #include "AliMagFCM.h"
 #include "AliMagFDM.h"
-#include "AliHit.h"
-#include "TRandom3.h"
-#include "AliMCQA.h"
-#include "AliGenerator.h"
-#include "AliLegoGenerator.h"
-#include "AliConfig.h"
+#include "AliPDG.h"
+#include "AliRun.h"
+#include "AliRunLoader.h"
 #include "AliStack.h"
-#include "AliGenEventHeader.h"
-#include "AliHeader.h"
-
-#include "AliDetector.h"
 
 AliRun *gAlice;
 
 ClassImp(AliRun)
 
-//_____________________________________________________________________________
-AliRun::AliRun()
+//_______________________________________________________________________
+AliRun::AliRun():
+  fRun(0),
+  fEvent(0),
+  fEventNrInRun(0),
+  fEventsPerRun(0),
+  fDebug(0),
+  fModules(0),
+  fGeometry(0),
+  fDisplay(0),
+  fTimer(),
+  fField(0),
+  fMC(0),
+  fImedia(0),
+  fNdets(0),
+  fTrRmax(1.e10),
+  fTrZmax(1.e10),
+  fGenerator(0),
+  fInitDone(kFALSE),
+  fLego(0),
+  fPDGDB(0),  //Particle factory object
+  fHitLists(0),
+  fEventEnergy(0),
+  fSummEnergy(0),
+  fSum2Energy(0),
+  fConfigFunction("\0"),
+  fRandom(0),
+  fMCQA(0),
+  fTransParName("\0"),
+  fRunLoader(0x0)
 {
   //
   // Default constructor for AliRun
   //
-  fHeader    = 0;
-  fRun       = 0;
-  fEvent     = 0;
-  fEventNrInRun = 0;
-  fStack     = 0;
-  fModules   = 0;
-  fGenerator = 0;
-  fTreeD     = 0;
-  fTreeH     = 0;
-  fTreeTR    = 0;
-  fTreeE     = 0;
-  fTreeR     = 0;
-  fTreeS     = 0;
-  fGeometry  = 0;
-  fDisplay   = 0;
-  fField     = 0;
-  fMC        = 0;
-  fNdets     = 0;
-  fImedia    = 0;
-  fTrRmax    = 1.e10;
-  fTrZmax    = 1.e10;
-  fInitDone  = kFALSE;
-  fLego      = 0;
-  fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
-  fHitLists  = 0;
-  fConfigFunction    = "\0";
-  fRandom = 0;
-  fMCQA = 0;
-  fTransParName = "\0";
-  fBaseFileName = ".\0";
-  fDebug        = 0;
-  fTreeDFile = 0;
-  fTreeSFileName = "";
-  fTreeSFile = 0;
-  fTreeSFileName = "";
-  fTreeRFile = 0;
-  fTreeRFileName = "";
+  AliConfig::Instance();//skowron 29 Feb 2002
+                        //ensures that the folder structure is build
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+AliRun::AliRun(const AliRun& arun):
+  TVirtualMCApplication(arun),
+  fRun(0),
+  fEvent(0),
+  fEventNrInRun(0),
+  fEventsPerRun(0),
+  fDebug(0),
+  fModules(0),
+  fGeometry(0),
+  fDisplay(0),
+  fTimer(),
+  fField(0),
+  fMC(0),
+  fImedia(0),
+  fNdets(0),
+  fTrRmax(1.e10),
+  fTrZmax(1.e10),
+  fGenerator(0),
+  fInitDone(kFALSE),
+  fLego(0),
+  fPDGDB(0),  //Particle factory object
+  fHitLists(0),
+  fEventEnergy(0),
+  fSummEnergy(0),
+  fSum2Energy(0),
+  fConfigFunction("\0"),
+  fRandom(0),
+  fMCQA(0),
+  fTransParName("\0"),
+  fRunLoader(0x0)
+{
+  //
+  // Copy constructor for AliRun
+  //
+  arun.Copy(*this);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
-  : TNamed(name,title)
+AliRun::AliRun(const char *name, const char *title):
+  TVirtualMCApplication(name,title),
+  fRun(0),
+  fEvent(0),
+  fEventNrInRun(0),
+  fEventsPerRun(0),
+  fDebug(0),
+  fModules(new TObjArray(77)), // Support list for the Detectors
+  fGeometry(0),
+  fDisplay(0),
+  fTimer(),
+  fField(0),
+  fMC(gMC),
+  fImedia(new TArrayI(1000)),
+  fNdets(0),
+  fTrRmax(1.e10),
+  fTrZmax(1.e10),
+  fGenerator(0),
+  fInitDone(kFALSE),
+  fLego(0),
+  fPDGDB(TDatabasePDG::Instance()),        //Particle factory object!
+  fHitLists(new TList()),                  // Create HitLists list
+  fEventEnergy(0),
+  fSummEnergy(0),
+  fSum2Energy(0),
+  fConfigFunction("Config();"),
+  fRandom(new TRandom3()),
+  fMCQA(0),
+  fTransParName("\0"),
+  fRunLoader(0x0)
 {
   //
   //  Constructor for the main processor.
@@ -341,153 +199,100 @@ AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
   //  Creates the list of Detectors.
   //  Creates the list of particles.
   //
-  Int_t i;
-  
+
   gAlice     = this;
-  fTreeD     = 0;
-  fTreeH     = 0;
-  fTreeTR    = 0;
-  fTreeE     = 0;
-  fTreeR     = 0;
-  fTreeS     = 0;
-  fTrRmax    = 1.e10;
-  fTrZmax    = 1.e10;
-  fGenerator = 0;
-  fInitDone  = kFALSE;
-  fLego      = 0;
-  fField     = 0;
-  fConfigFunction    = "Config();";
-  fTreeDFile = 0;
-  fTreeSFileName = "";
-  fTreeSFile = 0;
-  fTreeSFileName = "";
-  fTreeRFile = 0;
-  fTreeRFileName = "";
 
   // Set random number generator
-  gRandom = fRandom = new TRandom3();
+  gRandom = fRandom;
 
   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
-     gRandom->SetSeed((UInt_t)atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")));
+     gRandom->SetSeed(static_cast<UInt_t>(atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED"))));
   }
-  
+
+  // Add to list of browsable  
   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
-  //
-  // Particle stack
-  fStack = new AliStack(10000);
-  // create the support list for the various Detectors
-  fModules = new TObjArray(77);
-  //
   // Create the TNode geometry for the event display
-  
   BuildSimpleGeometry();
   
-  fHeader    = new AliHeader();
-  fRun       = 0;
-  fEvent     = 0;
-  fEventNrInRun = 0;
-  //
-  fDisplay = 0;
-  //
   // Create default mag field
   SetField();
-  //
-  fMC      = gMC;
-  //
+
   // Prepare the tracking medium lists
-  fImedia = new TArrayI(1000);
-  for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
-  //
-  // Make particles
-  fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
+  for(Int_t i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 
+  // Add particle list to configuration
   AliConfig::Instance()->Add(fPDGDB); 
-  //
-  // Create HitLists list
-  fHitLists  = new TList();
-  //
+
+  // Set transport parameters
   SetTransPar();
-  fBaseFileName = ".\0";
-  //
-  fDebug        = 0;
 }
 
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 AliRun::~AliRun()
 {
   //
   // Default AliRun destructor
   //
-  TFile *curfil =0;
-  if(fTreeE)curfil=fTreeE->GetCurrentFile();
+  gROOT->GetListOfBrowsables()->Remove(this);
+
+  if (fRunLoader)
+   {
+    TFolder* evfold = fRunLoader->GetEventFolder();
+    TFolder* modfold = dynamic_cast<TFolder*>(evfold->FindObjectAny(AliConfig::GetModulesFolderName()));
+    TIter next(fModules);
+    AliModule *mod;
+    while((mod = (AliModule*)next()))
+     { 
+       modfold->Remove(mod);
+     }
+   }
+   
   delete fImedia;
   delete fField;
-  delete fMC;
+  // delete fMC;
+  delete gMC; gMC=0;
   delete fGeometry;
   delete fDisplay;
   delete fGenerator;
   delete fLego;
-  delete fTreeD;
-  delete fTreeH;
-  delete fTreeTR;
-  delete fTreeE;
-  delete fTreeR;
-  delete fTreeS;
   if (fModules) {
     fModules->Delete();
     delete fModules;
   }
-  delete fStack;
+  
   delete fHitLists;
   delete fPDGDB;
   delete fMCQA;
-  delete fHeader;
-  // avoid to delete TFile objects not owned by this object
-  // avoid multiple deletions
-  if(curfil == fTreeDFile) fTreeDFile=0;
-  if(curfil == fTreeSFile) fTreeSFile=0;
-  if(curfil == fTreeRFile) fTreeRFile=0;
-  if(fTreeSFile == fTreeDFile) fTreeSFile=0;
-  if(fTreeRFile == fTreeDFile) fTreeRFile=0;
-  if(fTreeRFile == fTreeSFile) fTreeRFile=0;
-  if(fTreeDFile){
-    if(fTreeDFile->IsOpen())fTreeDFile->Close();
-    delete fTreeDFile;
-  }
-  if(fTreeSFile){
-    if(fTreeSFile->IsOpen())fTreeSFile->Close();
-    delete fTreeSFile;
-  }
-  if(fTreeRFile){
-    if(fTreeRFile->IsOpen())fTreeRFile->Close();
-    delete fTreeRFile;
-  }
-  if (gROOT->GetListOfBrowsables())
-    gROOT->GetListOfBrowsables()->Remove(this);
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::Copy(AliRun &) const
+{
+  Fatal("Copy","Not implemented!\n");
+}
+
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 {
   //
   //  Add a hit to detector id
   //
   TObjArray &dets = *fModules;
-  if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
+  if(dets[id]) dynamic_cast<AliModule*>(dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 {
   //
   // Add digit to detector id
   //
   TObjArray &dets = *fModules;
-  if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
+  if(dets[id]) dynamic_cast<AliModule*>(dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 {
   //
@@ -495,26 +300,11 @@ void AliRun::Browse(TBrowser *b)
   // of the Root browser.
   // It displays the Root Trees and all detectors.
   //
-  if(!fStack) fStack=fHeader->Stack();
-  TTree*  pTreeK = fStack->TreeK();
-    
-  if (pTreeK) b->Add(pTreeK,pTreeK->GetName());
-  if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
-  if (fTreeTR) b->Add(fTreeTR,fTreeH->GetName());
-  if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
-  if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
-  if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
-  if (fTreeS) b->Add(fTreeS,fTreeS->GetName());
-  
-  TIter next(fModules);
-  AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-    b->Add(detector,detector->GetName());
-  }
+  //detectors are in folders anyway
   b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::Build()
 {
   //
@@ -523,7 +313,7 @@ void AliRun::Build()
   //
 }
  
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 {
   //
@@ -538,21 +328,17 @@ void AliRun::BuildSimpleGeometry()
   new TNode("alice","alice","S_alice");
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::CleanDetectors()
 {
   //
   // Clean Detectors at the end of event
   //
-  TIter next(fModules);
-  AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-    detector->FinishEvent();
-  }
+   fRunLoader->CleanDetectors();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
+//_______________________________________________________________________
+Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t) const
 {
   //
   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
@@ -561,25 +347,27 @@ Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
   return 9999;
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::DumpPart (Int_t i) const
 {
   //
   // Dumps particle i in the stack
   //
-    fStack->DumpPart(i);
+   if (fRunLoader->Stack())
+    fRunLoader->Stack()->DumpPart(i);
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::DumpPStack () const
 {
   //
   // Dumps the particle stack
   //
-    fStack->DumpPStack();
+   if (fRunLoader->Stack())
+    fRunLoader->Stack()->DumpPStack();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void  AliRun::SetField(AliMagF* magField)
 {
     // Set Magnetic Field Map
@@ -587,7 +375,7 @@ void  AliRun::SetField(AliMagF* magField)
     fField->ReadField();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
                      Float_t maxField, char* filename)
 {
@@ -613,188 +401,80 @@ void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
   }
 }
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::PreTrack()
-{
-     TObjArray &dets = *fModules;
-     AliModule *module;
-
-     for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
-       if((module = (AliModule*)dets[i]))
-        module->PreTrack();
-
-     fMCQA->PreTrack();
-}
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::PostTrack()
-{
-     TObjArray &dets = *fModules;
-     AliModule *module;
 
-     for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
-       if((module = (AliModule*)dets[i]))
-        module->PostTrack();
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::FinishPrimary()
+void AliRun::InitLoaders()
 {
-  //
-  // Called  at the end of each primary track
-  //
-  
-  //  static Int_t count=0;
-  //  const Int_t times=10;
-  // This primary is finished, purify stack
-  fStack->PurifyKine();
-
+  //creates list of getters
+  if (GetDebug()) Info("InitLoaders","");
   TIter next(fModules);
-  AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-    detector->FinishPrimary();
-  }
-
-  // Write out hits if any
-  if (gAlice->TreeH()) {
-    gAlice->TreeH()->Fill();
-  }
-
-  // Write out hits if any
-  if (gAlice->TreeTR()) {
-    gAlice->TreeTR()->Fill();
-  }
-
-  
-  //
-  //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::BeginPrimary()
-{
-  //
-  // Called  at the beginning of each primary track
-  //
-  
-  // Reset Hits info
-  gAlice->ResetHits();
-  gAlice->ResetTrackReferences();
+  AliModule *mod;
+  while((mod = (AliModule*)next()))
+   { 
+     AliDetector *det = dynamic_cast<AliDetector*>(mod);
+     if (det) 
+      {
+        if (GetDebug()) Info("InitLoaders"," Adding %s ",det->GetName());
+        fRunLoader->AddLoader(det);
+      }
+   }
+  if (GetDebug()) Info("InitLoaders","Done");
 }
-
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::FinishEvent()
-{
-  //
-  // Called at the end of the event.
-  //
-  
-  //
-  if(fLego) fLego->FinishEvent();
-
-  //Update the energy deposit tables
-  Int_t i;
-  for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
-    fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
-    fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
-  }
-
 
-  
-  // Update Header information 
-
-  fHeader->SetNprimary(fStack->GetNprimary());
-  fHeader->SetNtrack(fStack->GetNtrack());  
-
-  
-  // Write out the kinematics
-  fStack->FinishEvent();
-   
-  // Write out the event Header information
-  if (fTreeE) {
-      fHeader->SetStack(fStack);
-      fTreeE->Fill();
-  }
-  
-  
-  // Write Tree headers
-  TTree* pTreeK = fStack->TreeK();
-  if (pTreeK) pTreeK->Write(0,TObject::kOverwrite);
-  if (fTreeH) fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
-  if (fTreeTR) fTreeTR->Write(0,TObject::kOverwrite);
-  
-  ++fEvent;
-  ++fEventNrInRun;
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
 void AliRun::FinishRun()
 {
   //
   // Called at the end of the run.
   //
-
-  //
-  if(fLego) fLego->FinishRun();
+  
+  
+  if(fLego) 
+   {
+    if (GetDebug()) Info("FinishRun"," Finish Lego");
+    fRunLoader->CdGAFile();
+    fLego->FinishRun();
+   }
   
   // Clean detector information
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+    if (GetDebug()) Info("FinishRun"," %s->FinishRun()",detector->GetName());
     detector->FinishRun();
   }
   
   //Output energy summary tables
+  if (GetDebug()) Info("FinishRun"," EnergySummary()");
   EnergySummary();
-
-  TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
-
-  file->cd();
-  
-  fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
   
-  // Write AliRun info and all detectors parameters
-  Write(0,TObject::kOverwrite);
-
-  // Clean tree information
+  if (GetDebug()) Info("FinishRun"," fRunLoader->WriteHeader(OVERWRITE)");
+  fRunLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
 
-  fStack->FinishRun();
+  // Write AliRun info and all detectors parameters
+  fRunLoader->CdGAFile();
+  Write(0,TObject::kOverwrite);//write AliRun
+  fRunLoader->Write(0,TObject::kOverwrite);//write RunLoader itself
   
-  if (fTreeH) {
-    delete fTreeH; fTreeH = 0;
-  }
-  if (fTreeTR) {
-    delete fTreeTR; fTreeTR = 0;
-  }
+  // Clean tree information
+  if (GetDebug()) Info("FinishRun"," fRunLoader->Stack()->FinishRun()");
+  fRunLoader->Stack()->FinishRun();
 
-  if (fTreeD) {
-    delete fTreeD; fTreeD = 0;
-  }
-  if (fTreeR) {
-    delete fTreeR; fTreeR = 0;
-  }
-//   if (fTreeE) {
-//     delete fTreeE; fTreeE = 0;
-//   }
-  if (fTreeS) {
-    delete fTreeS; fTreeS = 0;
-  }
+  // Clean detector information
+  if (GetDebug()) Info("FinishRun"," fGenerator->FinishRun()");
   fGenerator->FinishRun();
-  
-  // Close output file
-  file->Write();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 {
   // Delegate to stack
   //
-    fStack->FlagTrack(track);
+    fRunLoader->Stack()->FlagTrack(track);
 }
  
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::EnergySummary()
 {
   //
@@ -806,7 +486,7 @@ void AliRun::EnergySummary()
   Float_t ed, ed2;
   Int_t kn, i, left, j, id;
   const Float_t kzero=0;
-  Int_t ievent=fHeader->GetEvent()+1;
+  Int_t ievent=fRunLoader->GetHeader()->GetEvent()+1;
   //
   // Energy loss information
   if(ievent) {
@@ -823,7 +503,7 @@ void AliRun::EnergySummary()
        } else 
          ed2=99;
        fSummEnergy[ndep]=ed;
-       fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,kzero));
+       fSum2Energy[ndep]=TMath::Min(static_cast<Float_t>(99.),TMath::Max(ed2,kzero));
        edtot+=ed;
        ndep++;
       }
@@ -860,25 +540,46 @@ void AliRun::EnergySummary()
   //  fSum2Energy.Set(0);
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::Announce() const
+{
+  //
+  // Announce the current version of AliRoot
+  //
+  printf("%70s",
+        "****************************************************************\n");
+  printf("%6s","*");printf("%64s","*\n");
+
+  printf("%6s","*");
+  printf("    You are running AliRoot version NewIO\n");
+
+  printf("%6s","*");
+  printf("    The cvs tag for the current program is $Name$\n");
+
+  printf("%6s","*");printf("%64s","*\n");
+  printf("%70s",
+        "****************************************************************\n");
+}
+
+//_______________________________________________________________________
 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name) const
 {
   //
   // Return pointer to detector from name
   //
-  return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
+  return dynamic_cast<AliModule*>(fModules->FindObject(name));
 }
  
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name) const
 {
   //
   // Return pointer to detector from name
   //
-  return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
+  return dynamic_cast<AliDetector*>(fModules->FindObject(name));
 }
  
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name) const
 {
   //
@@ -890,166 +591,56 @@ Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name) const
   return i;
 }
  
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 {
-  //
-  // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
-  // Set branch addresses
-  //
-
-  // Reset existing structures
+//
+// Reloads data containers in folders # event
+// Set branch addresses
+//
+  if (fRunLoader == 0x0)
+   {
+     Error("GetEvent","RunLoader is not set. Can not load data.");
+     return -1;
+   }
+/*****************************************/ 
+/****   P R E    R E L O A D I N G    ****/
+/*****************************************/ 
+// Reset existing structures
   ResetHits();
   ResetTrackReferences();
   ResetDigits();
   ResetSDigits();
-  
-  // Delete Trees already connected
-  if (fTreeH) { delete fTreeH; fTreeH = 0;}
-  if (fTreeTR) { delete fTreeTR; fTreeTR = 0;}
-  if (fTreeD) { delete fTreeD; fTreeD = 0;}
-  if (fTreeR) { delete fTreeR; fTreeR = 0;}
-  if (fTreeS) { delete fTreeS; fTreeS = 0;}
-
- // Create the particle stack
-  if (fHeader) delete fHeader; 
-  fHeader = 0;
-  
-  // Get header from file
-  if(fTreeE) {
-      fTreeE->SetBranchAddress("Header", &fHeader);
-
-      if (!fTreeE->GetEntry(event)) {
-       Error("GetEvent","Cannot find event:%d\n",event);
-       return -1;
-      }
-  }  
-  else {
-      Error("GetEvent","Cannot find Header Tree (TE)\n");
-      return -1;
-  }
-
-  // Get the stack from the header, set fStack to 0 if it 
-  // fails to get event
-  //
-  TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
-  char treeName[20];
-  
-  file->cd();
 
-  if (fStack) delete fStack;
-  fStack = fHeader->Stack();
-  if (fStack) {
-    if (!fStack->GetEvent(event)) fStack = 0;
-  }
+/*****************************************/ 
+/****       R  E  L  O  A  D          ****/
+/*****************************************/
 
-  // Get Hits Tree header from file
-  sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
-  fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
-  if (!fTreeH) {
-    //Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
-    Warning("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
-  }
+  fRunLoader->GetEvent(event);
 
-  // Get TracReferences Tree header from file
-  sprintf(treeName,"TreeTR%d",event);
-  fTreeTR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
-  if (!fTreeTR) {
-    //Error("GetEvent","cannot find TrackReferences Tree for event:%d\n",event);
-    Warning("GetEvent","cannot find TrackReferences Tree for event:%d\n",event);
-  }
+/*****************************************/ 
+/****  P O S T    R E L O A D I N G   ****/
+/*****************************************/ 
 
-  // get current file name and compare with names containing trees S,D,R
-  TString curfilname=(TString)fTreeE->GetCurrentFile()->GetName();
-  if(fTreeDFileName==curfilname)fTreeDFileName="";
-  if(fTreeSFileName==curfilname)fTreeSFileName="";
-  if(fTreeRFileName==curfilname)fTreeRFileName="";
-  // Get Digits Tree header from file
-  sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
-  if (!fTreeDFile && fTreeDFileName != "") {
-    InitTreeFile("D",fTreeDFileName);
-  }    
-  if (fTreeDFile) {    
-    fTreeD = (TTree*)fTreeDFile->Get(treeName);
-  } else {
-    fTreeD = (TTree*)file->Get(treeName);
-  }
-  if (!fTreeD) {
-    // Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
-  }
-  if(fTreeDFileName != ""){
-    if(fTreeDFileName==fTreeSFileName) {
-      fTreeSFileName = "";
-      fTreeSFile = fTreeDFile;
-    }
-    if(fTreeDFileName==fTreeRFileName) {
-      fTreeRFileName = "";
-      fTreeRFile = fTreeDFile;
-    }
-  }
-
-  file->cd();
-
-  // Get SDigits Tree header from file
-  sprintf(treeName,"TreeS%d",event);
-  if (!fTreeSFile && fTreeSFileName != "") {
-    InitTreeFile("S",fTreeSFileName);
-  } 
-  if (fTreeSFile) {
-    fTreeS = (TTree*)fTreeSFile->Get(treeName);
-  } else {
-    fTreeS = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
-  }
-  if (!fTreeS) {
-    // Warning("GetEvent","cannot find SDigits Tree for event:%d\n",event);
-  }
-
-  if(fTreeSFileName != ""){
-    if(fTreeSFileName==fTreeRFileName){
-      fTreeRFileName = "";
-      fTreeRFile = fTreeSFile;
-    }
-  }
-
-  file->cd();
-  
-  // Get Reconstruct Tree header from file
-  sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
-  if (!fTreeRFile && fTreeRFileName != "") {
-    InitTreeFile("R",fTreeRFileName);
-  } 
-  if(fTreeRFile) {
-    fTreeR = (TTree*)fTreeRFile->Get(treeName);
-  } else {
-    fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
-  }
-  if (!fTreeR) {
-    //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
-  }
-
-  file->cd();
   // Set Trees branch addresses
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-    detector->SetTreeAddress();
-  }
-
-  fEvent=event; //MI change
-
-  return fHeader->GetNtrack();
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) 
+   {
+     detector->SetTreeAddress();
+   }
+  return fRunLoader->GetHeader()->GetNtrack();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 {
   //
   // Import Alice geometry from current file
   // Return pointer to geometry object
   //
-  if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
+  if (!fGeometry) fGeometry = dynamic_cast<TGeometry*>(gDirectory->Get("AliceGeom"));
   //
   // Unlink and relink nodes in detectors
   // This is bad and there must be a better way...
@@ -1057,12 +648,12 @@ TGeometry *AliRun::GetGeometry()
   
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
     TList *dnodes=detector->Nodes();
     Int_t j;
     TNode *node, *node1;
     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
-      node = (TNode*) dnodes->At(j);
+      node = dynamic_cast<TNode*>(dnodes->At(j));
       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
       dnodes->Remove(node);
       dnodes->AddAt(node1,j);
@@ -1071,102 +662,23 @@ TGeometry *AliRun::GetGeometry()
   return fGeometry;
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
-                         Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
-                         Float_t &tof)
-{
-  // Delegate to stack
-  //
-    fStack->GetNextTrack(mtrack, ipart, pmom, e, vpos, polar, tof);  
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track) const
 {
   //
   // return number of primary that has generated track
   //
-    return fStack->GetPrimary(track);
+    return fRunLoader->Stack()->GetPrimary(track);
 }
  
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::InitMC(const char *setup)
-{
-  //
-  // Initialize the Alice setup
-  //
-
-  if(fInitDone) {
-    Warning("Init","Cannot initialise AliRun twice!\n");
-    return;
-  }
-    
-  gROOT->LoadMacro(setup);
-  gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
-
-
-  gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
-
-  TObject *objfirst, *objlast;
-
-  fNdets = fModules->GetLast()+1;
-
-  //
-  //=================Create Materials and geometry
-  gMC->Init();
-
-  // Added also after in case of interactive initialisation of modules
-  fNdets = fModules->GetLast()+1;
-
-   TIter next(fModules);
-   AliModule *detector;
-   while((detector = (AliModule*)next())) {
-      detector->SetTreeAddress();
-      objlast = gDirectory->GetList()->Last();
-      
-      // Add Detector histograms in Detector list of histograms
-      if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
-      else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
-      while (objfirst) {
-       detector->Histograms()->Add(objfirst);
-       objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
-      }
-   }
-   ReadTransPar(); //Read the cuts for all materials
-   
-   MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
-   
-   //Initialise geometry deposition table
-   fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
-   fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
-   fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
-   
-   //Compute cross-sections
-   gMC->BuildPhysics();
-   
-   //Write Geometry object to current file.
-   fGeometry->Write();
-   
-   fInitDone = kTRUE;
-
-   fMCQA = new AliMCQA(fNdets);
-
-// JCH note: the following line is useless, AliConfig instance is already
-// created in AliMC ctor. But it does not hurt.
-   AliConfig::Instance();
-   //
-   // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
-   Write();
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::MediaTable()
 {
   //
   // Built media table to get from the media number to
   // the detector id
   //
+
   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
   //  Int_t ibeg;
   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
@@ -1175,7 +687,7 @@ void AliRun::MediaTable()
   // For all detectors
   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
     // If detector is defined
-    if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
+    if((det=dynamic_cast<AliModule*>(dets[kz]))) {
         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed()); 
         for(nz=0;nz<100;nz++) {
        // Find max and min material number
@@ -1206,7 +718,7 @@ void AliRun::MediaTable()
   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
       ind=i*6+k;
-      det=(AliModule*)dets[ind];
+      det=dynamic_cast<AliModule*>(dets[ind]);
       if(det)
        printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
               det->HiMedium());
@@ -1217,7 +729,7 @@ void AliRun::MediaTable()
   }
 }
 
-//____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
 {
   //
@@ -1226,7 +738,7 @@ void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
 }
 
-//____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
 {
   //
@@ -1242,19 +754,22 @@ void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
   fGenerator = generator;
 }
 
-//____________________________________________________________________________
-void AliRun::SetTransPar(char *filename)
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::SetTransPar(const char *filename)
 {
+  //
+  // Sets the file name for transport parameters
+  //
   fTransParName = filename;
 }
 
-//____________________________________________________________________________
-void AliRun::SetBaseFile(char *filename)
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::SetBaseFile(const char *filename)
 {
   fBaseFileName = filename;
 }
 
-//____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::ReadTransPar()
 {
   //
@@ -1363,179 +878,95 @@ void AliRun::ReadTransPar()
     }
   }
 }
-
-
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::MakeTree(Option_t *option, const char *file)
-{
-  //
-  //  Create the ROOT trees
-  //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
-  //
 
-  char hname[30];
-  //
-  // Analyse options
-  const char *oK = strstr(option,"K");
-  const char *oH = strstr(option,"H");
-  const char *oTR = strstr(option,"T");
-  const char *oE = strstr(option,"E");
-  const char *oD = strstr(option,"D");
-  const char *oR = strstr(option,"R");
-  const char *oS = strstr(option,"S");
+void AliRun::BeginEvent()
+{
   //
+  // Clean-up previous event
+  // Energy scores
+  if (GetDebug()) 
+   {
+     Info("BeginEvent",">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
+     Info("BeginEvent",">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
+     Info("BeginEvent",">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
+     Info("BeginEvent","          BEGINNING EVENT               ");
+     Info("BeginEvent",">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
+     Info("BeginEvent",">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
+     Info("BeginEvent",">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
+   }
+    
+  /*******************************/    
+  /*   Clean after eventual      */
+  /*   previous event            */
+  /*******************************/    
 
-  TDirectory *cwd = gDirectory;
-
-  TBranch *branch = 0;
-  
-  if (oK) fStack->MakeTree(fEvent, file);
-
-  if (oE && !fTreeE) {
-    fTreeE = new TTree("TE","Header");
-    //    branch = fTreeE->Branch("Header", "AliHeader", &fHeader, 4000, 0);         
-    branch = fTreeE->Branch("Header", "AliHeader", &fHeader, 4000, 0);         
-    branch->SetAutoDelete(kFALSE);          
-    TFolder *folder = (TFolder *)gROOT->FindObjectAny("/Folders/RunMC/Event/Header");
-    if (folder) folder->Add(fHeader);
-//    branch = fTreeE->Branch("Stack","AliStack", &fStack, 4000, 0);
-//    branch->SetAutoDelete(kFALSE);        
-//    if (folder) folder->Add(fStack);
-    fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
-  }
   
-  if (file && branch) {
-    char * outFile = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+strlen(file)+2];
-    sprintf(outFile,"%s/%s",GetBaseFile(),file);
-    branch->SetFile(outFile);
-    TIter next( branch->GetListOfBranches());
-    while ((branch=(TBranch*)next())) {
-       branch->SetFile(outFile);
-    } 
-    if (GetDebug()>1)
-        printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n", branch->GetName(),file);
-    cwd->cd();
-    delete outFile;
-  }
+  //Set the next event in Run Loader -> Cleans trees (TreeK and all trees in detectors),
+  fRunLoader->SetEventNumber(++fEventNrInRun);// sets new files, cleans the previous event stuff, if necessary, etc.,  
+  if (GetDebug()) Info("BeginEvent","EventNr is %d",fEventNrInRun);
+     
+  fEventEnergy.Reset();  
+    // Clean detector information
   
-  if (oH && !fTreeH) {
-    sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
-    fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
-    fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
-    fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
-  }
+  if (fRunLoader->Stack())
+    fRunLoader->Stack()->Reset();//clean stack -> tree is unloaded
+  else
+    fRunLoader->MakeStack();//or make a new one
+    
+  if (GetDebug()) Info("BeginEvent","  fRunLoader->MakeTree(K)");
+  fRunLoader->MakeTree("K");
+  if (GetDebug()) Info("BeginEvent","  gMC->SetStack(fRunLoader->Stack())");
+  gMC->SetStack(fRunLoader->Stack());//Was in InitMC - but was moved here 
+                                     //because we don't have guarantee that 
+                                     //stack pointer is not going to change from event to event
+                        //since it bellobgs to header and is obtained via RunLoader
+  //
+  //  Reset all Detectors & kinematics & make/reset trees
+  //
+    
+  fRunLoader->GetHeader()->Reset(fRun,fEvent,fEventNrInRun);
+//  fRunLoader->WriteKinematics("OVERWRITE");  is there any reason to rewrite here since MakeTree does so
 
-  if (oTR && !fTreeTR) {
-    sprintf(hname,"TreeTR%d",fEvent);
-    fTreeTR = new TTree(hname,"TrackReferences");
-    fTreeTR->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
-    fTreeTR->Write(0,TObject::kOverwrite);
-  }
+  if (GetDebug()) Info("BeginEvent","  fRunLoader->MakeTrackRefsContainer()");
+  fRunLoader->MakeTrackRefsContainer();//for insurance
 
-  if (oD && !fTreeD) {
-    sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
-    fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
-    fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
-  }
-  if (oS && !fTreeS) {
-    sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
-    fTreeS = new TTree(hname,"SDigits");
-    fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
-  }
-  if (oR && !fTreeR) {
-    sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
-    fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
-    fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
-  }
+  if (GetDebug()) Info("BeginEvent","  ResetHits()");
+  ResetHits();
+  if (GetDebug()) Info("BeginEvent","  fRunLoader->MakeTree(H)");
+  fRunLoader->MakeTree("H");
 
   //
-  // Create a branch for hits/digits for each detector
-  // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
-  // will be in turn a subbranch of the detector master branch
+  if(fLego) 
+   {
+    fLego->BeginEvent();
+    return;
+   }
+
+  //create new branches and SetAdresses
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-     if (oH) detector->MakeBranch(option,file); 
-     if (oTR) detector->MakeBranchTR(option,file);
-  }
-
-
+  while((detector = (AliModule*)next()))
+   {
+    if (GetDebug()) Info("BeginEvent","  %s->MakeBranch(H)",detector->GetName());
+    detector->MakeBranch("H"); 
+    if (GetDebug()) Info("BeginEvent","  %s->MakeBranchTR()",detector->GetName());
+    detector->MakeBranchTR();
+    if (GetDebug()) Info("BeginEvent","  %s->SetTreeAddress()",detector->GetName());
+    detector->SetTreeAddress();
+   }
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-TParticle* AliRun::Particle(Int_t i)
+//_______________________________________________________________________
+TParticle* AliRun::Particle(Int_t i) const
 {
-    return fStack->Particle(i);
+  if (fRunLoader)
+   if (fRunLoader->Stack())
+    return fRunLoader->Stack()->Particle(i);
+  return 0x0;   
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::BeginEvent()
-{
-    // Clean-up previous event
-    // Energy scores  
-    fEventEnergy.Reset();  
-    // Clean detector information
-    CleanDetectors();
-    // Reset stack info
-    fStack->Reset();
-
-  //
-  //  Reset all Detectors & kinematics & trees
-  //
-  char hname[30];
-  //
-  // Initialise event header
-  fHeader->Reset(fRun,fEvent,fEventNrInRun);
-  //
-  fStack->BeginEvent(fEvent);
-
-  //
-  if(fLego) {
-    fLego->BeginEvent();
-    return;
-  }
-
-  //
-
-  ResetHits();
-  ResetTrackReferences();
-  ResetDigits();
-  ResetSDigits();
-
-
-  if(fTreeH) {
-    fTreeH->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
-    fTreeH->SetName(hname);
-  }
-
-  if(fTreeTR) {
-    fTreeTR->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeTR%d",fEvent);
-    fTreeTR->SetName(hname);
-  }
-
-  if(fTreeD) {
-    fTreeD->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
-    fTreeD->SetName(hname);
-    fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
-  }
-  if(fTreeS) {
-    fTreeS->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
-    fTreeS->SetName(hname);
-    fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
-  }
-  if(fTreeR) {
-    fTreeR->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
-    fTreeR->SetName(hname);
-    fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
-  }
-}
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::ResetDigits()
 {
   //
@@ -1543,12 +974,12 @@ void AliRun::ResetDigits()
   //
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
      detector->ResetDigits();
   }
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::ResetSDigits()
 {
   //
@@ -1556,12 +987,12 @@ void AliRun::ResetSDigits()
   //
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
      detector->ResetSDigits();
   }
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::ResetHits()
 {
   //
@@ -1569,12 +1000,12 @@ void AliRun::ResetHits()
   //
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
      detector->ResetHits();
   }
 }
+//_______________________________________________________________________
 
-//_____________________________________________________________________________
 void AliRun::ResetTrackReferences()
 {
   //
@@ -1582,27 +1013,109 @@ void AliRun::ResetTrackReferences()
   //
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
      detector->ResetTrackReferences();
   }
 }
+//_______________________________________________________________________
+
+void AliRun::ResetPoints()
+{
+  //
+  // Reset all Detectors points
+  //
+  TIter next(fModules);
+  AliModule *detector;
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+     detector->ResetPoints();
+  }
+}
+//_______________________________________________________________________
+
+void AliRun::InitMC(const char *setup)
+{
+  //
+  // Initialize the Alice setup
+  //
+  Announce();
 
+  if(fInitDone) {
+    Warning("Init","Cannot initialise AliRun twice!\n");
+    return;
+  }
+    
+  gROOT->LoadMacro(setup);
+  gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
+
+  // Register MC in configuration 
+  AliConfig::Instance()->Add(gMC);
+
+  InitLoaders();
+
+  fRunLoader->MakeTree("E");
+  fRunLoader->LoadKinematics("RECREATE");
+  fRunLoader->LoadTrackRefs("RECREATE");
+  fRunLoader->LoadHits("all","RECREATE");
+  
+  
+  fRunLoader->CdGAFile();
+
+  gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
+  AliPDG::AddParticlesToPdgDataBase();  
+
+  TObject *objfirst, *objlast;
+
+  fNdets = fModules->GetLast()+1;
+
+  //
+  //=================Create Materials and geometry
+  gMC->Init();
 
+  // Added also after in case of interactive initialisation of modules
+  fNdets = fModules->GetLast()+1;
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::ResetPoints()
-{
-  //
-  // Reset all Detectors points
-  //
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-     detector->ResetPoints();
-  }
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) 
+   {
+     objlast = gDirectory->GetList()->Last();
+      
+     // Add Detector histograms in Detector list of histograms
+     if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
+     else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
+     while (objfirst) 
+      {
+        detector->Histograms()->Add(objfirst);
+        objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
+      }
+   }
+   ReadTransPar(); //Read the cuts for all materials
+   
+   MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
+   
+   //Initialise geometry deposition table
+   fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
+   fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
+   fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
+   
+   //Compute cross-sections
+   gMC->BuildPhysics();
+   
+   //Write Geometry object to current file.
+   fRunLoader->WriteGeometry();
+   
+   fInitDone = kTRUE;
+
+   fMCQA = new AliMCQA(fNdets);
+
+   //
+   // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
+   Write();
+   fEventNrInRun = -1; //important - we start Begin event from increasing current number in run
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
+
 void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
 {
   //
@@ -1612,20 +1125,12 @@ void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
   // a positive number of events will cause the finish routine
   // to be called
   //
-    fEventsPerRun = nevent;
+  fEventsPerRun = nevent;
   // check if initialisation has been done
   if (!fInitDone) InitMC(setup);
   
   // Create the Root Tree with one branch per detector
-
-  MakeTree("ESDRT"); // MI change
-
-  if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
-     MakeTree("K","Kine.root");
-     MakeTree("H","Hits.root");
-  } else {
-     MakeTree("KH");
-  }
+  //Hits moved to begin event -> now we are crating separate tree for each event
 
   gMC->ProcessRun(nevent);
 
@@ -1633,25 +1138,25 @@ void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
   if(nevent>0) FinishRun();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::RunReco(const char *selected, Int_t first, Int_t last)
 {
   //
   // Main function to be called to reconstruct Alice event
   // 
-   cout << "Found "<< gAlice->TreeE()->GetEntries() << "events" << endl;
+   Int_t nev = fRunLoader->GetNumberOfEvents();
+   if (GetDebug()) Info("RunReco","Found %d events",nev);
    Int_t nFirst = first;
-   Int_t nLast  = (last < 0)? (Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries() : last;
+   Int_t nLast  = (last < 0)? nev : last;
    
    for (Int_t nevent = nFirst; nevent <= nLast; nevent++) {
-     cout << "Processing event "<< nevent << endl;
+     if (GetDebug()) Info("RunReco","Processing event %d",nevent);
      GetEvent(nevent);
-     // MakeTree("R");
      Digits2Reco(selected);
    }
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 
 void AliRun::Hits2Digits(const char *selected)
 {
@@ -1660,14 +1165,13 @@ void AliRun::Hits2Digits(const char *selected)
    // 
    for (Int_t nevent=0; nevent<gAlice->TreeE()->GetEntries(); nevent++) {
      GetEvent(nevent);
-    // MakeTree("D");
      Hits2SDigits(selected);
      SDigits2Digits(selected);
    }  
 }
 
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 
 void AliRun::Tree2Tree(Option_t *option, const char *selected)
 {
@@ -1693,53 +1197,54 @@ void AliRun::Tree2Tree(Option_t *option, const char *selected)
 
    AliDetector *detector = 0;
 
-   TDirectory *cwd = gDirectory;
-
-   char outFile[32];
-   
-   while((detector = (AliDetector*)next())) {
+   while((detector = dynamic_cast<AliDetector*>(next()))) {
      if (selected) 
        if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
-     if (detector->IsActive()){ 
-       if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {          
-          if (oS) {
-            sprintf(outFile,"SDigits.%s.root",detector->GetName());
-            detector->MakeBranch("S",outFile);
-          }    
-          if (oD) {
-            sprintf(outFile,"Digits.%s.root",detector->GetName());
-            detector->MakeBranch("D",outFile);
-          }    
-          if (oR) {
-            sprintf(outFile,"Reco.%s.root",detector->GetName());
-            detector->MakeBranch("R",outFile);
-          }    
-       } else {
-          detector->MakeBranch(option);
-       }
+     if (detector->IsActive())
+      { 
        
-       cwd->cd(); 
-
-       if (oS) {
-          cout << "Hits2SDigits: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
-          detector->Hits2SDigits(); 
-       }  
-       if (oD) {
-          cout << "SDigits2Digits: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
+       AliLoader* loader = detector->GetLoader();
+       if (loader == 0x0) continue;
+       
+       if (oS) 
+        {
+          if (GetDebug()) Info("Tree2Tree","Processing Hits2SDigits for %s ...",detector->GetName());
+          loader->LoadHits("read");
+          if (loader->TreeS() == 0x0) loader->MakeTree("S");
+          detector->MakeBranch(option);
+          detector->SetTreeAddress();
+          detector->Hits2SDigits();
+          loader->UnloadHits();
+          loader->UnloadSDigits();
+        }  
+       if (oD) 
+        {
+          if (GetDebug()) Info("Tree2Tree","Processing SDigits2Digits for %s ...",detector->GetName());
+          loader->LoadSDigits("read");
+          if (loader->TreeD() == 0x0) loader->MakeTree("D");
+          detector->MakeBranch(option);
+          detector->SetTreeAddress();
           detector->SDigits2Digits();
-       } 
-       if (oR) {
-          cout << "Digits2Reco: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
+          loader->UnloadSDigits();
+          loader->UnloadDigits();
+        } 
+       if (oR) 
+        {
+          if (GetDebug()) Info("Tree2Tree","Processing Digits2Reco for %s ...",detector->GetName());
+          loader->LoadDigits("read");
+          if (loader->TreeR() == 0x0) loader->MakeTree("R");
+          detector->MakeBranch(option);
+          detector->SetTreeAddress();
           detector->Digits2Reco(); 
-       }
-       
-       cwd->cd();        
+          loader->UnloadDigits();
+          loader->UnloadRecPoints();
+
+        }
      }   
    }
 }
 
-
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
                     Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
                     Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener)
@@ -1806,10 +1311,11 @@ void AliRun::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
   
   //Run Lego Object
 
-  gMC->ProcessRun(nc1*nc2+1);
+  //gMC->ProcessRun(nc1*nc2+1);
+  gMC->ProcessRun(nc1*nc2);
   
   // Create only the Root event Tree
-  MakeTree("E");
+  fRunLoader->MakeTree("E");
   
   // End of this run, close files
   FinishRun();
@@ -1819,7 +1325,7 @@ void AliRun::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
   delete fLego; fLego=0;
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::SetConfigFunction(const char * config) 
 {
   //
@@ -1829,64 +1335,149 @@ void AliRun::SetConfigFunction(const char * config)
   fConfigFunction=config;
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
 { 
   //
   // Set current track number
   //
-    fStack->SetCurrentTrack(track); 
+    fRunLoader->Stack()->SetCurrentTrack(track); 
 }
  
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
-                     Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
-                     AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is)
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
+                      Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
+                      TMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is)
 { 
 // Delegate to stack
 //
-    fStack->SetTrack(done, parent, pdg, pmom, vpos, polar, tof,
+    fRunLoader->Stack()->PushTrack(done, parent, pdg, pmom, vpos, polar, tof,
                     mech, ntr, weight, is);
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
                      Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
                      Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
                      Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
-                     AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is)
+                     TMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is)
 { 
   // Delegate to stack
   //
-    fStack->SetTrack(done, parent, pdg, px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof,
-                  polx, poly, polz, mech, ntr, weight, is);
-    
+  fRunLoader->Stack()->PushTrack(done, parent, pdg, px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof,
+                                polx, poly, polz, mech, ntr, weight, is);
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::SetHighWaterMark(const Int_t nt)
 {
     //
     // Set high water mark for last track in event
-    fStack->SetHighWaterMark(nt);
+    fRunLoader->Stack()->SetHighWaterMark(nt);
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
 { 
   //
   // Delegate to stack
   //
-    fStack->KeepTrack(track);
+    fRunLoader->Stack()->KeepTrack(track);
 }
  
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::StepManager(Int_t id) 
+// 
+// MC Application
+// 
+
+//_______________________________________________________________________
+void  AliRun::ConstructGeometry() 
+{
+  //
+  // Create modules, materials, geometry
+  //
+
+    TStopwatch stw;
+    TIter next(fModules);
+    AliModule *detector;
+    if (GetDebug()) Info("ConstructGeometry","Geometry creation:");
+    while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+      stw.Start();
+      // Initialise detector materials and geometry
+      detector->CreateMaterials();
+      detector->CreateGeometry();
+      printf("%10s R:%.2fs C:%.2fs\n",
+             detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime());
+    }
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void  AliRun::InitGeometry()
+{ 
+  //
+  // Initialize detectors and display geometry
+  //
+
+   printf("Initialisation:\n");
+    TStopwatch stw;
+    TIter next(fModules);
+    AliModule *detector;
+    while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+      stw.Start();
+      // Initialise detector and display geometry
+      detector->Init();
+      detector->BuildGeometry();
+      printf("%10s R:%.2fs C:%.2fs\n",
+            detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime());
+    }
+}
+//_______________________________________________________________________
+
+void  AliRun::GeneratePrimaries()
+{ 
+  //
+  // Generate primary particles and fill them in the stack.
+  //
+
+  Generator()->Generate();
+}
+//_______________________________________________________________________
+
+void AliRun::BeginPrimary()
+{
+  //
+  // Called  at the beginning of each primary track
+  //
+  
+  // Reset Hits info
+  gAlice->ResetHits();
+  gAlice->ResetTrackReferences();
+
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::PreTrack()
+{
+     TObjArray &dets = *fModules;
+     AliModule *module;
+
+     for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
+       if((module = dynamic_cast<AliModule*>(dets[i])))
+        module->PreTrack();
+
+     fMCQA->PreTrack();
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::Stepping() 
 {
   //
   // Called at every step during transport
   //
 
+  Int_t id = DetFromMate(gMC->GetMedium());
+  if (id < 0) return;
+
   //
   // --- If lego option, do it and leave 
   if (fLego)
@@ -1897,7 +1488,7 @@ void AliRun::StepManager(Int_t id)
     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
   
     //Call the appropriate stepping routine;
-    AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
+    AliModule *det = dynamic_cast<AliModule*>(fModules->At(id));
     if(det && det->StepManagerIsEnabled()) {
       fMCQA->StepManager(id);
       det->StepManager();
@@ -1905,26 +1496,145 @@ void AliRun::StepManager(Int_t id)
   }
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::PostTrack()
+{
+     TObjArray &dets = *fModules;
+     AliModule *module;
+
+     for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
+       if((module = dynamic_cast<AliModule*>(dets[i])))
+        module->PostTrack();
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::FinishPrimary()
+{
+  //
+  // Called  at the end of each primary track
+  //
+  
+  //  static Int_t count=0;
+  //  const Int_t times=10;
+  // This primary is finished, purify stack
+  fRunLoader->Stack()->PurifyKine();
+
+  TIter next(fModules);
+  AliModule *detector;
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+    detector->FinishPrimary();
+    if(detector->GetLoader())
+     {
+       detector->GetLoader()->TreeH()->Fill();
+     }
+  }
+
+  // Write out track references if any
+  if (fRunLoader->TreeTR()) 
+   {
+    fRunLoader->TreeTR()->Fill();
+   }
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::FinishEvent()
+{
+  //
+  // Called at the end of the event.
+  //
+  
+  //
+  if(fLego) fLego->FinishEvent();
+
+  TIter next(fModules);
+  AliModule *detector;
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+    detector->FinishEvent();
+  }
+
+  //Update the energy deposit tables
+  Int_t i;
+  for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) 
+   {
+    fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
+    fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
+   }
+
+  AliHeader* header = fRunLoader->GetHeader();
+  AliStack* stack = fRunLoader->Stack();
+  if ( (header == 0x0) || (stack == 0x0) )
+   {//check if we got header and stack. If not cry and exit aliroot
+    Fatal("AliRun","Can not get the stack or header from LOADER");
+    return;//never reached
+   }  
+  // Update Header information 
+  header->SetNprimary(stack->GetNprimary());
+  header->SetNtrack(stack->GetNtrack());  
+
+  
+  // Write out the kinematics
+  stack->FinishEvent();
+   
+  // Write out the event Header information
+  TTree* treeE = fRunLoader->TreeE();
+  if (treeE) 
+   {
+      header->SetStack(stack);
+      treeE->Fill();
+   }
+  else
+   {
+    Error("FinishEvent","Can not get TreeE from RL");
+   }
+  
+  fRunLoader->WriteKinematics("OVERWRITE");
+  fRunLoader->WriteTrackRefs("OVERWRITE");
+  fRunLoader->WriteHits("OVERWRITE");
+
+  if (GetDebug()) 
+   { 
+     Info("FinishEvent","<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
+     Info("FinishEvent","<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
+     Info("FinishEvent","<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
+     Info("FinishEvent","          FINISHING EVENT               ");
+     Info("FinishEvent","<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
+     Info("FinishEvent","<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
+     Info("FinishEvent","<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
+   }
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliRun::Field(const Double_t* x, Double_t *b) const
+{
+   Float_t xfloat[3];
+   for (Int_t i=0; i<3; i++) xfloat[i] = x[i]; 
+
+   if (Field()) {
+         Float_t bfloat[3];
+         Field()->Field(xfloat,bfloat);
+         for (Int_t j=0; j<3; j++) b[j] = bfloat[j]; 
+   } 
+   else {
+         printf("No mag field defined!\n");
+         b[0]=b[1]=b[2]=0.;
+   }
+
+}      
+
+// 
+// End of MC Application
+// 
+
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
 {
   // Stream an object of class AliRun.
 
   if (R__b.IsReading()) {
     if (!gAlice) gAlice = this;
-
     AliRun::Class()->ReadBuffer(R__b, this);
-    //
     gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
 
-    fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
-    if (fTreeE) {
-         fTreeE->SetBranchAddress("Header", &fHeader);
-    }
-      
-    else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
-    fTreeE->GetEntry(0);
-
     gRandom = fRandom;
   } else {
     AliRun::Class()->WriteBuffer(R__b, this);
@@ -1932,302 +1642,110 @@ void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
 }
 
 
-//___________________________________________________________________________
-Int_t AliRun::CurrentTrack() const {
+//_______________________________________________________________________
+Int_t AliRun::GetCurrentTrackNumber() const {
   //
   // Returns current track
   //
-  return fStack->CurrentTrack();
+  return fRunLoader->Stack()->GetCurrentTrackNumber();
 }
 
-//___________________________________________________________________________
+//_______________________________________________________________________
 Int_t AliRun::GetNtrack() const {
   //
   // Returns number of tracks in stack
   //
-  return fStack->GetNtrack();
+  return fRunLoader->Stack()->GetNtrack();
 }
+//_______________________________________________________________________
 
-//___________________________________________________________________________
-TObjArray* AliRun::Particles() {
+//_______________________________________________________________________
+TObjArray* AliRun::Particles() const {
   //
   // Returns pointer to Particles array
   //
-  return fStack->Particles();
+  if (fRunLoader)
+   if (fRunLoader->Stack())
+    return fRunLoader->Stack()->Particles();
+  return 0x0;
 }
 
 //___________________________________________________________________________
-TTree* AliRun::TreeK() {
-  //
-  // Returns pointer to the TreeK array
-  //
-  return fStack->TreeK();
-}
 
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+//_______________________________________________________________________
 void AliRun::SetGenEventHeader(AliGenEventHeader* header)
 {
-    fHeader->SetGenEventHeader(header);
-}
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-TFile* AliRun::InitFile(TString fileName)
-{
-// 
-// create the file where the whole tree will be saved
-//
-  TDirectory *wd = gDirectory;
-  TFile* file = TFile::Open(fileName,"update");
-  gDirectory = wd;
-  if (!file->IsOpen()) {
-    Error("Cannot open file, %s\n",fileName);
-    return 0;
-  }
-  return file;
+  fRunLoader->GetHeader()->SetGenEventHeader(header);
 }
 
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-TFile* AliRun::InitTreeFile(Option_t *option, TString fileName)
-{
-  //
-  // create the file where one of the following trees will be saved
-  // trees:   S,D,R
-  // WARNING: by default these trees are saved on the file on which
-  // hits are stored. If you divert one of these trees, you cannot restore
-  // it to the original file (usually galice.root) in the same aliroot session
-  Bool_t oS = (strstr(option,"S")!=0);
-  Bool_t oR = (strstr(option,"R")!=0);
-  Bool_t oD = (strstr(option,"D")!=0);
-  Int_t choice[3]; 
-  for (Int_t i=0; i<3; i++) choice[i] = 0;
-  if(oS)choice[0] = 1; 
-  if(oD)choice[1] = 1;
-  if(oR)choice[2] = 1;
-
-  TFile *ptr=0;
-
-  if(!(oS || oR || oD))return ptr;
-
-  Int_t active[3];
-  for (Int_t i=0; i<3; i++) active[i] = 0;
-  if(fTreeSFileName != "") active[0] = 1;
-  if(fTreeDFileName != "") active[1] = 1;
-  if(fTreeDFileName != "") active[2] = 1;
-
-  Bool_t alreadyopen1 = kFALSE;
-  Bool_t alreadyopen2 = kFALSE;
-
-  if(oS){
-    // if already active and same name with non-null ptr
-    if(active[0]==1 && fileName == fTreeSFileName && fTreeSFile){
-      Warning("InitTreeFile","File %s already opened",fTreeSFileName.Data());
-      ptr = fTreeSFile;
-    }
-    else {
-      // if already active with different name with non-null ptr
-      if(active[0]==1 && fileName != fTreeSFileName && fTreeSFile){
-        // close the active files and also the other possible files in option
-        CloseTreeFile(option);
-      }
-      fTreeSFileName = fileName;
-      alreadyopen1 = 
-        (active[1] == 1 && fTreeDFileName == fTreeSFileName && fTreeDFile);
-      alreadyopen2 =
-        (active[2] == 1 && fTreeRFileName == fTreeSFileName && fTreeRFile);
-      if(!(alreadyopen1 || alreadyopen2)){
-        ptr = InitFile(fileName);
-        fTreeSFile = ptr;
-      }
-      else {
-        if(alreadyopen1){fTreeSFile = fTreeDFile; ptr = fTreeSFile;}
-        if(alreadyopen2){fTreeSFile = fTreeRFile; ptr = fTreeSFile;}
-      }
-      if(choice[1] == 1) { fTreeDFileName = fileName; fTreeDFile = ptr;}
-      if(choice[2] == 1) { fTreeRFileName = fileName; fTreeRFile = ptr;}
-    }
-    return ptr;
-  }
-
-  if(oD){
-    // if already active and same name with non-null ptr
-    if(active[1]==1 && fileName == fTreeDFileName && fTreeDFile){
-      Warning("InitTreeFile","File %s already opened",fTreeDFileName.Data());
-      ptr = fTreeDFile;
-    }
-    else {
-      // if already active with different name with non-null ptr
-      if(active[1]==1 && fileName != fTreeDFileName && fTreeDFile){
-        // close the active files and also the other possible files in option
-        CloseTreeFile(option);
-      }
-      fTreeDFileName = fileName;
-      alreadyopen1 = 
-        (active[0] == 1 && fTreeSFileName == fTreeDFileName && fTreeSFile);
-      alreadyopen2 =
-        (active[2] == 1 && fTreeRFileName == fTreeDFileName && fTreeRFile);
-      if(!(alreadyopen1 || alreadyopen2)){
-        ptr = InitFile(fileName);
-        fTreeDFile = ptr;
-      }
-      else {
-        if(alreadyopen1){fTreeDFile = fTreeSFile; ptr = fTreeDFile;}
-        if(alreadyopen2){fTreeDFile = fTreeRFile; ptr = fTreeDFile;}
-      }
-      if(choice[2] == 1) { fTreeRFileName = fileName; fTreeRFile = ptr;}
-    }
-    return ptr;
-  }
+//___________________________________________________________________________
 
-  if(oR){
-    // if already active and same name with non-null ptr
-    if(active[2]==1 && fileName == fTreeRFileName && fTreeRFile){
-      Warning("InitTreeFile","File %s already opened",fTreeRFileName.Data());
-      ptr = fTreeRFile;
-    }
-    else {
-      // if already active with different name with non-null ptr
-      if(active[2]==1 && fileName != fTreeRFileName && fTreeRFile){
-        // close the active files and also the other possible files in option
-        CloseTreeFile(option);
-      }
-      fTreeRFileName = fileName;
-      alreadyopen1 = 
-        (active[1] == 1 && fTreeDFileName == fTreeRFileName && fTreeDFile);
-      alreadyopen2 =
-        (active[0]== 1 && fTreeSFileName == fTreeRFileName && fTreeSFile);
-      if(!(alreadyopen1 || alreadyopen2)){
-        ptr = InitFile(fileName);
-        fTreeRFile = ptr;
-      }
-      else {
-        if(alreadyopen1){fTreeRFile = fTreeDFile; ptr = fTreeRFile;}
-        if(alreadyopen2){fTreeRFile = fTreeSFile; ptr = fTreeRFile;}
-      }
-    }
-    return ptr;
-  }
+Int_t AliRun::GetEvNumber() const
+{ 
+//Returns number of current event  
+  if (fRunLoader == 0x0)
+   {
+     Error("GetEvent","RunLoader is not set. Can not load data.");
+     return -1;
+   }
 
+  return fRunLoader->GetEventNumber();
 }
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-void AliRun::CloseTreeFile(Option_t *option)
+
+void AliRun::SetRunLoader(AliRunLoader* rloader)
 {
-  // 
-  // closes the file containing the tree specified in option
-  // (S,D,R)
-  //
-  Bool_t oS = (strstr(option,"S")!=0);
-  Bool_t oR = (strstr(option,"R")!=0);
-  Bool_t oD = (strstr(option,"D")!=0);
-  Bool_t none = !(oS || oR || oD);
-  if(none)return;
-  if(oS){
-    fTreeSFileName = "";
-    if(fTreeSFile){
-      if(!((fTreeSFile == fTreeDFile) || (fTreeSFile == fTreeRFile)) &&
-           fTreeSFile->IsOpen()){
-        fTreeSFile->Close();
-        delete fTreeSFile;
-      }
-    }
-    fTreeSFile = 0;
-  }
-  if(oD){
-    fTreeDFileName = "";
-    if(fTreeDFile){
-      if(!((fTreeDFile == fTreeRFile) || (fTreeDFile == fTreeSFile)) &&
-         fTreeDFile->IsOpen()){
-        fTreeDFile->Close();
-        delete fTreeDFile;
-      }
-    }
-    fTreeDFile = 0;
-  }
-  if(oR){
-    fTreeRFileName = "";
-    if(fTreeRFile){
-      if(!((fTreeRFile == fTreeSFile) || (fTreeRFile == fTreeDFile)) &&
-         fTreeRFile->IsOpen()){
-        fTreeRFile->Close();
-        delete fTreeRFile;
+  fRunLoader = rloader;
+  if (fRunLoader == 0x0) return;
+  
+  TString evfoldname;
+  TFolder* evfold = fRunLoader->GetEventFolder();
+  if (evfold) evfoldname = evfold->GetName();
+  else Warning("SetRunLoader","Did not get Event Folder from Run Loader");
+  
+  if ( fRunLoader->GetAliRun() )
+   {//if alrun already exists in folder
+    if (fRunLoader->GetAliRun() != this )
+     {//and is different than this - crash
+       Fatal("AliRun","AliRun is already in Folder and it is not this object");
+       return;//pro forma
+     }//else do nothing
+   }
+  else
+   {
+     evfold->Add(this);//Post this AliRun to Folder
+   }
+  
+  TIter next(fModules);
+  AliModule *module;
+  while((module = (AliModule*)next())) 
+   {
+     if (evfold) AliConfig::Instance()->Add(module,evfoldname);
+     AliDetector* detector = dynamic_cast<AliDetector*>(module);
+     if (detector)
+      {
+        AliLoader* loader = fRunLoader->GetLoader(detector);
+        if (loader == 0x0)
+         {
+           Error("SetRunLoader","Can not get loader for detector %s",detector->GetName());
+         }
+        else
+         {
+           if (GetDebug()) Info("SetRunLoader","Setting loader for detector %s",detector->GetName());
+           detector->SetLoader(loader);
+         }
       }
-    }
-    fTreeRFile = 0;
-  }
+   }
 }
 
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-void AliRun::PrintTreeFile()
-{
-  //
-  // prints the file names and pointer associated to S,D,R trees
-  //
-  cout<<"===================================================\n";
-  TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
-  TString curfilname="";
-  if(file)curfilname=(TString)file->GetName();
-  cout<<" Current tree file name: "<<curfilname<<endl;
-  cout<<"Pointer: "<<file<<endl;
-  cout<<" Tree S File name: "<<fTreeSFileName<<endl;
-  cout<<"Pointer: "<<fTreeSFile<<endl<<endl;
-  cout<<" Tree D File name: "<<fTreeDFileName<<endl;
-  cout<<"Pointer: "<<fTreeDFile<<endl<<endl;
-  cout<<" Tree R File name: "<<fTreeRFileName<<endl;
-  cout<<"Pointer: "<<fTreeRFile<<endl<<endl;
-  cout<<"===================================================\n";
-}
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-void AliRun::MakeTree(Option_t *option, TFile *file)
+void AliRun::AddModule(AliModule* mod)
 {
-  //
-  //  Create some trees in the separate file
-  //
-  const char *oD = strstr(option,"D");
-  const char *oR = strstr(option,"R");
-  const char *oS = strstr(option,"S");
-
-  TDirectory *cwd = gDirectory;
-  char hname[30];
-
-  if (oD) {
-    delete fTreeD;
-    sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
-    file->cd();
-    fTreeD = static_cast<TTree*>(file->Get("hname"));
-    if (!fTreeD) {
-      fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
-      fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
-    }
-    cwd->cd();
-  }
-  if (oS) {
-    delete fTreeS;
-    sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
-    file->cd();
-    fTreeS = static_cast<TTree*>(file->Get("hname"));
-    if (!fTreeS) {
-      fTreeS = new TTree(hname,"SDigits");
-      fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
-    }
-    cwd->cd();
-  }
+  if (mod == 0x0) return;
+  if (strlen(mod->GetName()) == 0) return;
+  if (GetModuleID(mod->GetName()) >= 0) return;
+  
+  if (GetDebug()) Info("AddModule","%s",mod->GetName());
+  if (fRunLoader == 0x0) AliConfig::Instance()->Add(mod);
+  else AliConfig::Instance()->Add(mod,fRunLoader->GetEventFolder()->GetName());
 
-  if (oR) {
-    delete fTreeR;
-    sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
-    file->cd();
-    fTreeR = static_cast<TTree*>(file->Get("hname"));
-    if (!fTreeR) {
-      fTreeR = new TTree(hname,"RecPoint");
-      fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
-    }
-    cwd->cd();
-  }
+  Modules()->Add(mod);
 }
-////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-
-
-
-
-
-
-
-