]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/STEER/AliReconstruction.cxx
Removed unused variables. Initial value for centrality fixed.
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / STEER / AliReconstruction.cxx
index 66b2bd7add19a798529a3b994dcb89b7ef12f9e6..6eaaa94ddc3fe4667463860cd2f825730ee54eef 100644 (file)
 #include <TMessage.h>
 #include <TUrl.h>
 #include <TRandom.h>
+#include <THashList.h>
 
 #include "AliAlignObj.h"
+#include "AliAnalysisManager.h"
+#include "AliAnalysisDataContainer.h"
 #include "AliCDBEntry.h"
 #include "AliCDBManager.h"
 #include "AliCDBStorage.h"
 #include "AliRawReaderDate.h"
 #include "AliRawReaderFile.h"
 #include "AliRawReaderRoot.h"
+#include "AliRecoInputHandler.h"
 #include "AliReconstruction.h"
 #include "AliReconstructor.h"
 #include "AliRun.h"
 #include "AliLHCData.h"
 #include "ARVersion.h"
 #include <RVersion.h>
+#include <unistd.h>
+#include <sys/resource.h>
 ClassImp(AliReconstruction)
 
+using std::endl;
+
 //_____________________________________________________________________________
-const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::kNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE", "HLT"};
+const char* AliReconstruction::fgkStopEvFName = "_stopEvent_";
+const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::kNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE"
+// #ifdef MFT_UPGRADE
+//                                                                                   , "MFT"
+// #endif 
+                                                                                  , "MFT"    // AU
+                                                                                 , "HLT"
+};
 
 //_____________________________________________________________________________
 AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
   TSelector(),
   fRunVertexFinder(kTRUE),
   fRunVertexFinderTracks(kTRUE),
-  fRunHLTTracking(kFALSE),
   fRunMuonTracking(kFALSE),
   fRunV0Finder(kTRUE),
   fRunCascadeFinder(kTRUE),
   fRunMultFinder(kTRUE),
   fStopOnError(kTRUE),
+  fStopOnMissingTriggerFile(kTRUE),
   fWriteAlignmentData(kFALSE),
   fWriteESDfriend(kFALSE),
   fFillTriggerESD(kTRUE),
@@ -228,6 +243,8 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
   fRunLocalReconstruction("ALL"),
   fRunTracking("ALL"),
   fFillESD("ALL"),
+  fDeleteRecPoints(""),
+  fDeleteDigits(""),
   fLoadCDB(""),
   fUseTrackingErrorsForAlignment(""),
   fGAliceFileName(gAliceFilename),
@@ -272,6 +289,7 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
   fQARefUri(),
   fSpecCDBUri(), 
   fInitCDBCalled(kFALSE),
+  fCDBSnapshotMode(kFALSE),
   fSetRunNumberFromDataCalled(kFALSE),
   fQADetectors("ALL"), 
   fQATasks("ALL"), 
@@ -299,7 +317,14 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
   fSspecie(0),
   fNhighPt(0),
   fShighPt(0),
-  fUpgradeModule("") 
+  fUpgradeModule(""),
+  fAnalysisMacro(),
+  fAnalysis(0),
+  fRecoHandler(0),
+  fDeclTriggerClasses(""),
+  fStopped(kFALSE),
+  fMaxRSS(0),
+  fMaxVMEM(0)
 {
 // create reconstruction object with default parameters
   gGeoManager = NULL;
@@ -324,12 +349,12 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   TSelector(),
   fRunVertexFinder(rec.fRunVertexFinder),
   fRunVertexFinderTracks(rec.fRunVertexFinderTracks),
-  fRunHLTTracking(rec.fRunHLTTracking),
   fRunMuonTracking(rec.fRunMuonTracking),
   fRunV0Finder(rec.fRunV0Finder),
   fRunCascadeFinder(rec.fRunCascadeFinder),
   fRunMultFinder(rec.fRunMultFinder),
   fStopOnError(rec.fStopOnError),
+  fStopOnMissingTriggerFile(rec.fStopOnMissingTriggerFile),
   fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData),
   fWriteESDfriend(rec.fWriteESDfriend),
   fFillTriggerESD(rec.fFillTriggerESD),
@@ -343,6 +368,8 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   fRunLocalReconstruction(rec.fRunLocalReconstruction),
   fRunTracking(rec.fRunTracking),
   fFillESD(rec.fFillESD),
+  fDeleteRecPoints(""),
+  fDeleteDigits(""),
   fLoadCDB(rec.fLoadCDB),
   fUseTrackingErrorsForAlignment(rec.fUseTrackingErrorsForAlignment),
   fGAliceFileName(rec.fGAliceFileName),
@@ -387,6 +414,7 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   fQARefUri(rec.fQARefUri),
   fSpecCDBUri(), 
   fInitCDBCalled(rec.fInitCDBCalled),
+  fCDBSnapshotMode(rec.fCDBSnapshotMode),
   fSetRunNumberFromDataCalled(rec.fSetRunNumberFromDataCalled),
   fQADetectors(rec.fQADetectors), 
   fQATasks(rec.fQATasks), 
@@ -414,7 +442,14 @@ AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
   fSspecie(0),
   fNhighPt(0),
   fShighPt(0),
-  fUpgradeModule("")
+  fUpgradeModule(""),
+  fAnalysisMacro(rec.fAnalysisMacro),
+  fAnalysis(0),
+  fRecoHandler(0),
+  fDeclTriggerClasses(rec.fDeclTriggerClasses),
+  fStopped(kFALSE),
+  fMaxRSS(0),
+  fMaxVMEM(0)
 {
 // copy constructor
 
@@ -455,12 +490,12 @@ AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
 
   fRunVertexFinder       = rec.fRunVertexFinder;
   fRunVertexFinderTracks = rec.fRunVertexFinderTracks;
-  fRunHLTTracking        = rec.fRunHLTTracking;
   fRunMuonTracking       = rec.fRunMuonTracking;
   fRunV0Finder           = rec.fRunV0Finder;
   fRunCascadeFinder      = rec.fRunCascadeFinder;
   fRunMultFinder         = rec.fRunMultFinder;
   fStopOnError           = rec.fStopOnError;
+  fStopOnMissingTriggerFile = rec.fStopOnMissingTriggerFile;
   fWriteAlignmentData    = rec.fWriteAlignmentData;
   fWriteESDfriend        = rec.fWriteESDfriend;
   fFillTriggerESD        = rec.fFillTriggerESD;
@@ -474,6 +509,8 @@ AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
   fRunLocalReconstruction        = rec.fRunLocalReconstruction;
   fRunTracking                   = rec.fRunTracking;
   fFillESD                       = rec.fFillESD;
+  fDeleteRecPoints               = rec.fDeleteRecPoints;
+  fDeleteDigits                  = rec.fDeleteDigits;
   fLoadCDB                       = rec.fLoadCDB;
   fUseTrackingErrorsForAlignment = rec.fUseTrackingErrorsForAlignment;
   fGAliceFileName                = rec.fGAliceFileName;
@@ -550,6 +587,7 @@ AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
   fQARefUri      = rec.fQARefUri;
   fSpecCDBUri.Delete();
   fInitCDBCalled               = rec.fInitCDBCalled;
+  fCDBSnapshotMode             = rec.fCDBSnapshotMode;
   fSetRunNumberFromDataCalled  = rec.fSetRunNumberFromDataCalled;
   fQADetectors                 = rec.fQADetectors;
   fQATasks                     = rec.fQATasks; 
@@ -578,6 +616,10 @@ AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
   fNhighPt = 0;
   fShighPt = 0;
   fUpgradeModule="";
+  fAnalysisMacro = rec.fAnalysisMacro;
+  fAnalysis = 0;
+  fRecoHandler = 0;
+  fDeclTriggerClasses = rec.fDeclTriggerClasses;
 
   return *this;
 }
@@ -619,6 +661,8 @@ void AliReconstruction::InitQA()
 
 
   AliQAManager * qam = AliQAManager::QAManager(AliQAv1::kRECMODE) ; 
+  qam->SetSaveData(kTRUE); 
+  qam->SetCycleLength(AliQAv1::kITS, 5) ; 
   if (fWriteQAExpertData)
     qam->SetWriteExpert() ; 
  
@@ -645,7 +689,9 @@ void AliReconstruction::InitQA()
   }
   
   if (fRunQA) {
-  qam->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
+  qam->SetActiveDetectors(fQADetectors) ;
+  qam->SetActiveOnlineDetectors(fRunInfo->GetActiveDetectors());
+    
   for (Int_t det = 0 ; det < AliQAv1::kNDET ; det++) {
     qam->SetCycleLength(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(det), fQACycles[det]) ;  
     qam->SetWriteExpert(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(det)) ;
@@ -737,6 +783,12 @@ void AliReconstruction::InitCDB()
   AliSysInfo::AddStamp("InitCDB");
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+void AliReconstruction::SetCDBSnapshotMode(const char* snapshotFileName) {
+    fCDBSnapshotMode = kTRUE;
+    AliCDBManager::Instance()->SetSnapshotMode(snapshotFileName);
+}
+
 //_____________________________________________________________________________
 void AliReconstruction::SetDefaultStorage(const char* uri) {
 // Store the desired default CDB storage location
@@ -816,6 +868,7 @@ Bool_t AliReconstruction::SetRunNumberFromData()
        AliWarning("Run number is taken from raw-event header! Ignoring settings in AliCDBManager!");
       } 
       man->SetRun(fRawReader->GetRunNumber());
+      GetEventInfo();
       fRawReader->RewindEvents();
     }
     else {
@@ -903,7 +956,6 @@ Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
     if(AliGeomManager::GetNalignable("GRP") != 0)
       loadAlObjsListOfDets.Prepend("GRP "); //add alignment objects for non-sensitive modules
     AliGeomManager::ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
-    AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("*/Align/*");
   }else{
     // Check if the array with alignment objects was
     // provided by the user. If yes, apply the objects
@@ -1058,6 +1110,7 @@ Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the detector mask ! Using 1074790399");
     activeDetectors = 1074790399;
   }
+  AliDebug(1, Form("activeDetectors = %d", activeDetectors));
 
   fRunInfo = new AliRunInfo(lhcState, beamType, beamEnergy, runType, activeDetectors);
   fRunInfo->Dump();
@@ -1066,10 +1119,15 @@ Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
   // Process the list of active detectors
   if (activeDetectors) {
     UInt_t detMask = activeDetectors;
+    AliDebug(1, Form("Detector List = %s", fRunLocalReconstruction.Data()));
     fRunLocalReconstruction = MatchDetectorList(fRunLocalReconstruction,detMask);
+    AliDebug(1, Form("Detector List = %s", fRunLocalReconstruction.Data()));
     fRunTracking = MatchDetectorList(fRunTracking,detMask);
     fFillESD = MatchDetectorList(fFillESD,detMask);
     fQADetectors = MatchDetectorList(fQADetectors,detMask);
+    AliInfo(Form("fQADetectors=%s",fQADetectors.Data()));
+    fDeleteRecPoints = MatchDetectorList(fDeleteRecPoints,detMask);
+    fDeleteDigits    = MatchDetectorList(fDeleteDigits,detMask);
     fLoadCDB.Form("%s %s %s %s",
                  fRunLocalReconstruction.Data(),
                  fRunTracking.Data(),
@@ -1185,7 +1243,6 @@ Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
   if (entry) {
     fListOfCosmicTriggers = dynamic_cast<THashTable*>(entry->GetObject());
     entry->SetOwner(0);
-    AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Calib/CosmicTriggers");
   }
 
   if (!fListOfCosmicTriggers) {
@@ -1212,6 +1269,7 @@ Bool_t AliReconstruction::LoadCDB()
   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
     AliCDBManager::Instance()->GetAll(Form("%s/Calib/*",fgkDetectorName[iDet]));
+    AliCDBManager::Instance()->GetAll(Form("%s/Trigger/*",fgkDetectorName[iDet]));
   }
 
   // Temporary fix - one has to define the correct policy in order
@@ -1219,6 +1277,7 @@ Bool_t AliReconstruction::LoadCDB()
   // in the trigger or that are needed in order to put correct
   // information in ESD
   AliCDBManager::Instance()->GetAll("TRIGGER/*/*");
+  AliCDBManager::Instance()->GetAll("HLT/*/*");
 
   return kTRUE;
 }
@@ -1372,12 +1431,16 @@ Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
     Int_t iEvent = 0;
     while ((iEvent < fRunLoader->GetNumberOfEvents()) ||
           (fRawReader && fRawReader->NextEvent())) {
+      //
+      // check if process has enough resources 
+      if (!HasEnoughResources(iEvent)) break;
       if (!ProcessEvent(iEvent)) {
         Abort("ProcessEvent",TSelector::kAbortFile);
         return kFALSE;
       }
       iEvent++;
     }
+    if (!iEvent) AliWarning("No events passed trigger selection");
     SlaveTerminate();
     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
     Terminate();
@@ -1484,11 +1547,28 @@ void AliReconstruction::Begin(TTree *)
     AliSysInfo::AddStamp("CheckGeom");
   }
 
+  Bool_t toCDBSnapshot=kFALSE;
+  TString snapshotFileOut(""); // we could use fSnapshotFileName if we are not interested
+  // in reading from and writing to a snapshot file at the same time
+  if(TString(getenv("OCDB_SNAPSHOT_CREATE")) == TString("kTRUE")){
+      toCDBSnapshot=kTRUE;
+      //fFromCDBSnapshot=kFALSE;
+      TString snapshotFile(getenv("OCDB_SNAPSHOT_FILENAME"));
+      if(!(snapshotFile.IsNull() || snapshotFile.IsWhitespace()))
+         snapshotFileOut = snapshotFile;
+      else
+         snapshotFileOut="OCDB.root";
+  }
+
   if (!MisalignGeometry(fLoadAlignData)) {
     Abort("MisalignGeometry", TSelector::kAbortProcess);
     return;
   }
-  AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Geometry/Data");
+
+  const TMap* cdbCache = AliCDBManager::Instance()->GetEntryCache();
+  if(cdbCache->Contains("GRP/Geometry/Data"))
+         AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Geometry/Data");
+  if(!toCDBSnapshot) AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("*/Align/*");
   AliSysInfo::AddStamp("MisalignGeom");
 
   if (!InitGRP()) {
@@ -1496,12 +1576,17 @@ void AliReconstruction::Begin(TTree *)
     return;
   }
   AliSysInfo::AddStamp("InitGRP");
-
-  if (!LoadCDB()) {
-    Abort("LoadCDB", TSelector::kAbortProcess);
-    return;
+  if(!toCDBSnapshot)
+      if(cdbCache->Contains("GRP/Calib/CosmicTriggers"))
+         AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Calib/CosmicTriggers");
+
+  if(!fCDBSnapshotMode || toCDBSnapshot){
+      if (!LoadCDB()) {
+         Abort("LoadCDB", TSelector::kAbortProcess);
+         return;
+      }
+      AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB"); 
   }
-  AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB");
 
   if (!LoadTriggerScalersCDB()) {
     Abort("LoadTriggerScalersCDB", TSelector::kAbortProcess);
@@ -1527,6 +1612,14 @@ void AliReconstruction::Begin(TTree *)
   }
   AliSysInfo::AddStamp("InitRecoParams");
 
+  if(toCDBSnapshot)
+  {
+      AliCDBManager::Instance()->DumpToSnapshotFile(snapshotFileOut.Data(),kFALSE);
+      AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("*/Align/*");
+      if(cdbCache->Contains("GRP/Calib/CosmicTriggers"))
+         AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Calib/CosmicTriggers");
+  }
+
   if (fInput && gProof) {
     if (reco) *reco = *this;
 
@@ -1538,6 +1631,10 @@ void AliReconstruction::Begin(TTree *)
     AliMagF *magFieldMap = (AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField();
     magFieldMap->SetName("MagneticFieldMap");
     gProof->AddInputData(magFieldMap,kTRUE);
+    if (fAnalysis) {
+      fAnalysis->SetName("Analysis");
+      gProof->AddInputData(fAnalysis,kTRUE);
+    }  
   }
 
 }
@@ -1579,6 +1676,11 @@ void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
       TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField(newMap);
       TGeoGlobalMagField::Instance()->Lock();
     }
+    if (!fAnalysis) {
+       // Attempt to get the analysis manager from the input list
+       fAnalysis = (AliAnalysisManager*)fInput->FindObject("Analysis");
+       if (fAnalysis) AliInfo("==== Analysis manager retrieved from input list ====");
+    }   
     if (TNamed *outputFileName = (TNamed*)fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE"))
       fProofOutputFileName = outputFileName->GetTitle();
     if (TNamed *outputLocation = (TNamed*)fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE_LOCATION"))
@@ -1602,7 +1704,22 @@ void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
     }
     AliSysInfo::AddStamp("ReadInputInSlaveBegin");
   }
-
+  // Check if analysis was requested in the reconstruction event loop
+  if (!fAnalysis) {
+    // Attempt to connect in-memory singleton
+    fAnalysis = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
+    if (fAnalysis) AliInfo(Form("==== Analysis manager <%s> found in memory ====", fAnalysis->GetName()));
+    // Check if an analysis macro was specified
+    if (!fAnalysis && !fAnalysisMacro.IsNull()) {
+      // Run specified analysis macro
+      gROOT->ProcessLine(Form(".x %s",fAnalysisMacro.Data()));
+      fAnalysis = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
+      if (!fAnalysis) AliError(Form("No analysis manager produced by analysis macro %s", fAnalysisMacro.Data()));
+      else AliInfo(Form("==== Analysis manager <%s> produced by analysis macro <%s> ====", 
+                        fAnalysis->GetName(), fAnalysisMacro.Data()));
+    }
+  }
+  
   // get the run loader
   if (!InitRunLoader()) {
     Abort("InitRunLoader", TSelector::kAbortProcess);
@@ -1666,22 +1783,21 @@ void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
   // order to create all branches. Initialization is done from an
   // ESD layout template in CDB
   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
-  AliCDBPath hltESDConfigPath("HLT/ConfigHLT/esdLayout");
-  AliCDBEntry* hltESDConfig=NULL;
-  if (man->GetId(hltESDConfigPath)!=NULL &&
-      (hltESDConfig=man->Get(hltESDConfigPath))!=NULL) {
-    AliESDEvent* pESDLayout=dynamic_cast<AliESDEvent*>(hltESDConfig->GetObject());
-    if (pESDLayout) {
+  AliCDBEntry* hltESDConfig = man->Get("HLT/Calib/esdLayout");
+  if(!hltESDConfig){
+      AliError(Form("Error getting \"HLT/Calib/esdLayout\""));
+      return;
+  }
+  AliESDEvent* pESDLayout=dynamic_cast<AliESDEvent*>(hltESDConfig->GetObject());
+  if (pESDLayout) {
       // init all internal variables from the list of objects
       pESDLayout->GetStdContent();
 
       // copy content and create non-std objects
       *fhltesd=*pESDLayout;
       fhltesd->Reset();
-    } else {
-      AliError(Form("error setting hltEsd layout from %s: invalid object type",
-                   hltESDConfigPath.GetPath().Data()));
-    }
+  } else {
+      AliError(Form("error setting hltEsd layout from \"HLT/Calib/esdLayout\": invalid object type"));
   }
 
   fhltesd->WriteToTree(fhlttree);
@@ -1704,7 +1820,29 @@ void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
 
   if (strcmp(gProgName,"alieve") == 0)
     fRunAliEVE = InitAliEVE();
-
+  // If we have an analysis manager, connect the AliRecoInputHandler here  
+  if (fAnalysis) {
+    if (!dynamic_cast<AliRecoInputHandler*>(fAnalysis->GetInputEventHandler())) {
+       AliError("Analysis manager used in reconstruction should use AliRecoInputHandler - \
+                 \n  ->Replacing with AliRecoInputHandler instance.");
+       delete fAnalysis->GetInputEventHandler();
+    }
+    // Set the event and other data pointers
+    fRecoHandler = new AliRecoInputHandler();
+//    fRecoHandler->Init(ftree, "LOCAL");
+    fRecoHandler->SetEvent(fesd);
+    fRecoHandler->SetESDfriend(fesdf);
+    fRecoHandler->SetHLTEvent(fhltesd);
+    fRecoHandler->SetHLTTree(fhlttree);
+    fAnalysis->SetInputEventHandler(fRecoHandler);
+    // Enter external loop mode
+    fAnalysis->SetExternalLoop(kTRUE);
+    // Initialize analysis
+    fAnalysis->SlaveBegin(ftree);
+    fAnalysis->StartAnalysis("local", (TTree*)0);
+    // Connect ESD tree with the input container
+    fAnalysis->GetCommonInputContainer()->SetData(ftree);
+  }  
   return;
 }
 
@@ -1720,7 +1858,9 @@ Bool_t AliReconstruction::Process(Long64_t entry)
   currTree->SetBranchAddress("rawevent",&event);
   currTree->GetEntry(entry);
   fRawReader = new AliRawReaderRoot(event);
-  fStatus = ProcessEvent(fRunLoader->GetNumberOfEvents());  
+  // check if process has enough resources 
+  if (!HasEnoughResources(entry)) return kFALSE;
+  fStatus = ProcessEvent(fRunLoader->GetNumberOfEvents());
   delete fRawReader;
   fRawReader = NULL;
   delete event;
@@ -1758,6 +1898,8 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
 
   AliESDpid pid;
 
+  AliSysInfo::AddStamp(Form("StartEv_%d",iEvent), 0,0,iEvent);
+
   if (iEvent >= fRunLoader->GetNumberOfEvents()) {
     fRunLoader->SetEventNumber(iEvent);
     if (fRawReader)
@@ -1789,6 +1931,8 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
   }
   AliInfo(Form("================================= Processing event %d of type %-10s ==================================", iEvent,fRecoParam.PrintEventSpecie()));
 
+  AliSysInfo::AddStamp(Form("StartReco_%d",iEvent), 0,0,iEvent);
+
   // Set the reco-params
   {
     TString detStr = fLoadCDB;
@@ -1821,27 +1965,9 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
   if (fRunQA && IsInTasks(AliQAv1::kRAWS)) {
     AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
     AliQAManager::QAManager()->RunOneEvent(fRawReader) ;  
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("RawQA_%d",iEvent), 0,0,iEvent);
   }
-    // local single event reconstruction
-    if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
-      TString detectors=fRunLocalReconstruction;
-      // run HLT event reconstruction first
-      // ;-( IsSelected changes the string
-      if (IsSelected("HLT", detectors) &&
-         !RunLocalEventReconstruction("HLT")) {
-       if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
-      }
-      detectors=fRunLocalReconstruction;
-      detectors.ReplaceAll("HLT", "");
-      if (!RunLocalEventReconstruction(detectors)) {
-        if (fStopOnError) {
-          CleanUp(); 
-          return kFALSE;
-        }
-      }
-    }
 
-  
     // fill Event header information from the RawEventHeader
     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(fesd);}
     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(fhltesd);}
@@ -1875,22 +2001,64 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
        esdRunH->SetMeanIntensity(ib,it, fBeamInt[ib][it]); 
       }
     //
+    fesd->SetBeamEnergy(fGRPData->GetBeamEnergy());
+    fesd->SetBeamType(fGRPData->GetBeamType().Data());
+    fesd->SetBeamParticle(fGRPData->GetSingleBeamType(0).Atoi(),0);
+    fesd->SetBeamParticle(fGRPData->GetSingleBeamType(1).Atoi(),1);
+    fhltesd->SetBeamEnergy(fGRPData->GetBeamEnergy());
+    fhltesd->SetBeamType(fGRPData->GetBeamType().Data());
+    fhltesd->SetBeamParticle(fGRPData->GetSingleBeamType(0).Atoi(),0);
+    fhltesd->SetBeamParticle(fGRPData->GetSingleBeamType(1).Atoi(),1);
+    //
     AliMagF* fld = (AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField();
     if (fld) { // set info needed for field initialization
       fesd->SetCurrentL3(fld->GetCurrentSol());
       fesd->SetCurrentDip(fld->GetCurrentDip());
-      fesd->SetBeamEnergy(fld->GetBeamEnergy());
-      fesd->SetBeamType(fld->GetBeamTypeText());
       fesd->SetUniformBMap(fld->IsUniform());
       fesd->SetBInfoStored();
       //
       fhltesd->SetCurrentL3(fld->GetCurrentSol());
       fhltesd->SetCurrentDip(fld->GetCurrentDip());
-      fhltesd->SetBeamEnergy(fld->GetBeamEnergy());
-      fhltesd->SetBeamType(fld->GetBeamTypeText());
       fhltesd->SetUniformBMap(fld->IsUniform());
       fhltesd->SetBInfoStored();
     }
+
+    //
+    // run full HLT reconstruction first
+    //
+    {
+      TString detectors=fRunLocalReconstruction;
+      if (IsSelected("HLT", detectors) &&
+         !RunLocalEventReconstruction("HLT")) {
+       if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
+      }
+      detectors=fFillESD;
+      // run HLT on hltesd
+      if (IsSelected("HLT", detectors) &&
+         !FillESD(fhltesd, "HLT")) {
+       if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
+      }
+    }
+
+    // local single event reconstruction
+    if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
+      TString detectors=fRunLocalReconstruction;
+      // the logic for selection and correct sequence of reconstruction relies on the
+      // full list of detectors. Keyword 'ALL' should have been replaced at this point.
+      if (detectors.Contains("ALL")) {
+       AliFatal("Keyword 'ALL' needs to be replaced by the full list of detectors in "
+                "fRunLocalReconstruction. This should have been done by the framework");
+      }
+      detectors.ReplaceAll("HLT", "");
+      if (!RunLocalEventReconstruction(detectors)) {
+        if (fStopOnError) {
+          CleanUp(); 
+          return kFALSE;
+        }
+      }
+    }
+
+  
     //
     // Set most probable pt, for B=0 tracking
     // Get the global reco-params. They are atposition 16 inside the array of detectors in fRecoParam
@@ -1900,11 +2068,14 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
     // Fill raw-data error log into the ESD
     if (fRawReader) FillRawDataErrorLog(iEvent,fesd);
 
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("FillHeadErrs_%d",iEvent), 0,0,iEvent);
+
     // vertex finder
     if (fRunVertexFinder) {
       if (!RunVertexFinder(fesd)) {
        if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
       }
+      AliSysInfo::AddStamp(Form("VtxFinder_%d",iEvent), 0,0,iEvent);
     }
 
     // For Plane Efficiency: run the SPD trackleter
@@ -1912,6 +2083,7 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
       if (!RunSPDTrackleting(fesd)) {
         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
       }
+      AliSysInfo::AddStamp(Form("TrackletEff_%d",iEvent), 0,0,iEvent);
     }
 
     // Muon tracking
@@ -1921,6 +2093,7 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
          if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
        }
       }
+      AliSysInfo::AddStamp(Form("TrackingMUON_%d",iEvent), 0,0,iEvent);      
     }
 
     // barrel tracking
@@ -1933,27 +2106,18 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
     // fill ESD
     if (!fFillESD.IsNull()) {
       TString detectors=fFillESD;
-      // run HLT first and on hltesd
-      // ;-( IsSelected changes the string
-      if (IsSelected("HLT", detectors) &&
-         !FillESD(fhltesd, "HLT")) {
-       if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
-      }
-      detectors=fFillESD;
-      // Temporary fix to avoid problems with HLT that overwrites the offline ESDs
+      // the logic for selection and correct sequence of reconstruction relies on the
+      // full list of detectors. Keyword 'ALL' should have been replaced at this point.
       if (detectors.Contains("ALL")) {
-       detectors="";
-       for (Int_t idet=0; idet<kNDetectors; ++idet){
-         detectors += fgkDetectorName[idet];
-         detectors += " ";
-       }
+       AliFatal("Keyword 'ALL' needs to be replaced by the full list of detectors in "
+                "fFillESD. This should have been done by the framework");
       }
+      // remove HLT as this has been executed at the beginning of the event reconstruction
       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
       if (!FillESD(fesd, detectors)) {
        if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
       }
     }
-    
 
     ffile->cd();
 
@@ -1964,7 +2128,7 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
     const Double_t kRadius  = 2.8; //something less than the beam pipe radius
 
     TObjArray trkArray;
-    UShort_t *selectedIdx=new UShort_t[ntracks];
+    UShort_t selectedIdx[ntracks];
 
     for (Int_t itrack=0; itrack<ntracks; itrack++){
       const Double_t kMaxStep = 1;   //max step over the material
@@ -1996,7 +2160,7 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
       track->RelateToVertexBxByBz(fesd->GetPrimaryVertexSPD(), b, kVeryBig);
 
     }
-
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("RelToSPDVtx_%d",iEvent), 0,0,iEvent);      
     //
     // Improve the reconstructed primary vertex position using the tracks
     //
@@ -2049,6 +2213,7 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
           }
          delete pvtx; pvtx=NULL;
        }
+       AliSysInfo::AddStamp(Form("VtxTrk_%d",iEvent), 0,0,iEvent);      
 
        // TPC-only primary vertex
        ftVertexer->SetTPCMode();
@@ -2077,10 +2242,10 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
           }
          delete pvtx; pvtx=NULL;
        }
+       AliSysInfo::AddStamp(Form("VtxTPC_%d",iEvent), 0,0,iEvent);      
 
     }
-    delete[] selectedIdx;
-
+    
     if(fDiamondProfile && fDiamondProfile->GetXRes()<kRadius) fesd->SetDiamond(fDiamondProfile);
     else fesd->SetDiamond(fDiamondProfileSPD);
 
@@ -2090,12 +2255,12 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
        // get cuts for V0vertexer from AliGRPRecoParam
        if (grpRecoParam) {
         Int_t nCutsV0vertexer = grpRecoParam->GetVertexerV0NCuts();
-        Double_t *cutsV0vertexer = new Double_t[nCutsV0vertexer];
+        Double_t cutsV0vertexer[nCutsV0vertexer];
         grpRecoParam->GetVertexerV0Cuts(cutsV0vertexer);
         vtxer.SetCuts(cutsV0vertexer);
-        delete [] cutsV0vertexer; cutsV0vertexer = NULL; 
        }
        vtxer.Tracks2V0vertices(fesd);
+       AliSysInfo::AddStamp(Form("V0Finder_%d",iEvent), 0,0,iEvent); 
 
        if (fRunCascadeFinder) {
           // Cascade finding
@@ -2103,12 +2268,12 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
          // get cuts for CascadeVertexer from AliGRPRecoParam
          if (grpRecoParam) {
            Int_t nCutsCascadeVertexer = grpRecoParam->GetVertexerCascadeNCuts();
-           Double_t *cutsCascadeVertexer = new Double_t[nCutsCascadeVertexer];
+           Double_t cutsCascadeVertexer[nCutsCascadeVertexer];
            grpRecoParam->GetVertexerCascadeCuts(cutsCascadeVertexer);
            cvtxer.SetCuts(cutsCascadeVertexer);
-           delete [] cutsCascadeVertexer; cutsCascadeVertexer = NULL; 
          }
           cvtxer.V0sTracks2CascadeVertices(fesd);
+         AliSysInfo::AddStamp(Form("CascadeFinder_%d",iEvent), 0,0,iEvent); 
        }
     }
 
@@ -2129,8 +2294,15 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
        if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
     }
 
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("FillVaria_%d",iEvent), 0,0,iEvent); 
+
     // write ESD
-    if (fCleanESD) CleanESD(fesd);
+    UInt_t specie = fesd->GetEventSpecie();
+    Bool_t keepAll = (specie==AliRecoParam::kCosmic || specie==AliRecoParam::kCalib);
+    if (fCleanESD && (!keepAll) ) {
+      CleanESD(fesd);
+      AliSysInfo::AddStamp(Form("CleanESD_%d",iEvent), 0,0,iEvent); 
+    }
     // 
     // RS run updated trackleter: since we want to mark the clusters used by tracks and also mark the 
     // tracks interpreted as primary, this step should be done in the very end, when full 
@@ -2140,11 +2312,13 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
       if (!RunMultFinder(fesd)) {
        if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
       }
+      AliSysInfo::AddStamp(Form("MultFinder_%d",iEvent), 0,0,iEvent); 
     }
 
   if (fRunQA && IsInTasks(AliQAv1::kESDS)) {
     AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
     AliQAManager::QAManager()->RunOneEvent(fesd, fhltesd) ; 
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("RunQA_%d",iEvent), 0,0,iEvent); 
   }
   if (fRunGlobalQA) {
     AliQADataMaker *qadm = AliQAManager::QAManager()->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
@@ -2152,6 +2326,7 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
       qadm->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
     if (qadm && IsInTasks(AliQAv1::kESDS))
       qadm->Exec(AliQAv1::kESDS, fesd);
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("RunGlobQA_%d",iEvent), 0,0,iEvent);     
   }
 
   // copy HLT decision from HLTesd to esd
@@ -2162,33 +2337,52 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
   if (pHLTSrc && pHLTTgt) {
     pHLTSrc->Copy(*pHLTTgt);
   }
-
-    if (fWriteESDfriend) 
-      fesd->GetESDfriend(fesdf);
-
-    ftree->Fill();
-    if (fWriteESDfriend) {
-      WriteESDfriend();
-    }
-
-    // Auto-save the ESD tree in case of prompt reco @P2
-    if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD()) {
-      ftree->AutoSave("SaveSelf");
-      if (fWriteESDfriend) ftreeF->AutoSave("SaveSelf");
-    }
-
+  //
+  // Perform analysis of this event if requested
+  // RS: Should be done before WriteESDfriend, since the latter may clean the esdfriend
+  if (fAnalysis) {
+    fRecoHandler->BeginEvent(iEvent);
+    fAnalysis->ExecAnalysis();
+    fRecoHandler->FinishEvent();
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("Analysis_%d",iEvent), 0,0,iEvent);     
+  }  
+  //
+  if (fWriteESDfriend) {
+    fesd->GetESDfriend(fesdf);
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("CreateFriend_%d",iEvent), 0,0,iEvent);     
+  
+  }
+  //
+  ftree->Fill();
+  AliSysInfo::AddStamp(Form("ESDFill_%d",iEvent), 0,0,iEvent);     
+  //
+  if (fWriteESDfriend) {
+    WriteESDfriend();
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("WriteFriend_%d",iEvent), 0,0,iEvent);     
+  }
+  //
+  //
+  // Auto-save the ESD tree in case of prompt reco @P2
+  if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD()) {
+    ftree->AutoSave("SaveSelf");
+    if (fWriteESDfriend) ftreeF->AutoSave("SaveSelf");
+  }
     // write HLT ESD
     fhlttree->Fill();
 
     // call AliEVE
     if (fRunAliEVE) RunAliEVE();
-
+    //
     fesd->Reset();
     fhltesd->Reset();
     if (fWriteESDfriend) {
       fesdf->~AliESDfriend();
       new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
     }
+
+    for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
+      if (fReconstructor[iDet]) fReconstructor[iDet]->FinishEvent();
+    }
  
     gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
     Long_t dMres=(procInfo.fMemResident-oldMres)/1024;
@@ -2214,8 +2408,11 @@ Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
        
   if (fRunQA || fRunGlobalQA) 
     AliQAManager::QAManager()->Increment() ; 
-  
-    return kTRUE;
+
+  DeleteRecPoints(fDeleteRecPoints);
+  DeleteDigits(fDeleteDigits);
+  //
+  return kTRUE;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -2225,6 +2422,12 @@ void AliReconstruction::SlaveTerminate()
   // Called after the exit
   // from the event loop
   AliCodeTimerAuto("",0);
+  // If analysis was done during reconstruction, we need to call SlaveTerminate for it
+  if (fAnalysis) {
+     fAnalysis->PackOutput(fOutput);
+     fAnalysis->SetSkipTerminate(kTRUE);
+     fAnalysis->Terminate();
+  }   
 
   if (fIsNewRunLoader) { // galice.root didn't exist
     fRunLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
@@ -2273,7 +2476,7 @@ void AliReconstruction::SlaveTerminate()
    sVersion += ":";
    sVersion += ROOT_SVN_REVISION;
    sVersion += "; metadata ";
-   sVersion += gSystem->Getenv("PRODUCTION_METADATA");
+   sVersion += getenv("PRODUCTION_METADATA");
                    
 
    TNamed * alirootVersion = new TNamed("alirootVersion",sVersion.Data());
@@ -2296,8 +2499,7 @@ void AliReconstruction::SlaveTerminate()
   }
 
   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
-    AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
-    if (reconstructor) reconstructor->Terminate();
+    if (fReconstructor[iDet]) fReconstructor[iDet]->Terminate();
   }
   // End of cycle for the in-loop  
 
@@ -2379,22 +2581,30 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
   // execute HLT reconstruction first since other detector reconstruction
   // might depend on HLT data
   // key 'HLT' is removed from detStr by IsSelected
-  if (!IsSelected("HLT", detStr)) {
+  if (IsSelected("HLT", detStr)) {
     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(kNDetectors-1);
     if (reconstructor) {
       // there is no AliLoader for HLT, see
       // https://savannah.cern.ch/bugs/?35473
       AliInfo("running reconstruction for HLT");
       if (fRawReader) {
+       AliInfo("reconstructor->Reconstruct(fRawReader, NULL)");
         reconstructor->Reconstruct(fRawReader, NULL);
-      } else {
+      } 
+      else {
+       AliInfo("reconstructor->Reconstruct(dummy, NULL)");
         TTree* dummy=NULL;
         reconstructor->Reconstruct(dummy, NULL);
       }
     }
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("LRecHLT_%d",eventNr), -1,1,eventNr);
   }
+
+  AliInfo(Form("kNDetectors = %d",kNDetectors));
+
   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
+    AliDebug(1, Form("Detector: %s", fgkDetectorName[iDet]));
     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
     if (!reconstructor) continue;
     AliLoader* loader = fLoader[iDet];
@@ -2419,20 +2629,28 @@ Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
     // local reconstruction
     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
     //AliCodeTimerAuto(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]),0);
+    AliDebug(1, "Loading Rec Points");
     loader->LoadRecPoints("update");
+    AliDebug(1, "Cleaning Rec Points");
     loader->CleanRecPoints();
+    AliDebug(1, "Making Rec Points Container");
     loader->MakeRecPointsContainer();
     TTree* clustersTree = loader->TreeR();
     if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
       reconstructor->Reconstruct(fRawReader, clustersTree);
-    } else {
+    } 
+    else {
+      AliDebug(1, "Loading Digits");
       loader->LoadDigits("read");
       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
+      AliDebug(1, Form("Digits Tree = %p",digitsTree));
       if (!digitsTree) {
         AliError(Form("Can't get the %s digits tree", fgkDetectorName[iDet]));
         if (fStopOnError) 
           return kFALSE;
-      } else {
+      } 
+      else {
+       AliDebug(1, "Digits -> Clusters");
         reconstructor->Reconstruct(digitsTree, clustersTree);
         if (fRunQA && IsInTasks(AliQAv1::kDIGITSR)) {
           AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
@@ -2608,62 +2826,6 @@ Bool_t AliReconstruction::RunMultFinder(AliESDEvent*& esd)
   return kTRUE;
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESDEvent*& esd)
-{
-// run the HLT barrel tracking
-
-  AliCodeTimerAuto("",0)
-
-  if (!fRunLoader) {
-    AliError("Missing runLoader!");
-    return kFALSE;
-  }
-
-  AliInfo("running HLT tracking");
-
-  // Get a pointer to the HLT reconstructor
-  AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(kNDetectors-1);
-  if (!reconstructor) return kFALSE;
-
-  // TPC + ITS
-  for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
-    TString detName = fgkDetectorName[iDet];
-    AliDebug(1, Form("%s HLT tracking", detName.Data()));
-    reconstructor->SetOption(detName.Data());
-    AliTracker *tracker = reconstructor->CreateTracker();
-    if (!tracker) {
-      AliWarning(Form("couldn't create a HLT tracker for %s", detName.Data()));
-      if (fStopOnError) return kFALSE;
-      continue;
-    }
-    Double_t vtxPos[3];
-    Double_t vtxErr[3]={0.005,0.005,0.010};
-    const AliESDVertex *vertex = esd->GetVertex();
-    vertex->GetXYZ(vtxPos);
-    tracker->SetVertex(vtxPos,vtxErr);
-    if(iDet != 1) {
-      fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
-      TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
-      if (!tree) {
-       AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", detName.Data()));
-       return kFALSE;
-      }
-      tracker->LoadClusters(tree);
-    }
-    if (tracker->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
-      AliError(Form("HLT %s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
-      return kFALSE;
-    }
-    if(iDet != 1) {
-      tracker->UnloadClusters();
-    }
-    delete tracker;
-  }
-
-  return kTRUE;
-}
-
 //_____________________________________________________________________________
 Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
 {
@@ -2675,9 +2837,7 @@ Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
     AliError("Missing runLoader!");
     return kFALSE;
   }
-  Int_t iDet = 7; // for MUON
-
-  AliInfo("is running...");
+  Int_t iDet =  GetDetIndex("MUON"); // for MUON
 
   // Get a pointer to the MUON reconstructor
   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
@@ -2703,8 +2863,6 @@ Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
 
   tracker->UnloadClusters();
   
-  delete tracker;
-  
   if ( rv )
   {
     AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
@@ -2759,16 +2917,17 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd,AliESDpid &PID)
     fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
     AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
     // run tracking
-    if (fTracker[iDet]->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
+    if (fTracker[iDet]->Clusters2TracksHLT(esd, fhltesd) != 0) {
       AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
       return kFALSE;
     }
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3,eventNr);
     // preliminary PID in TPC needed by the ITS tracker
     if (iDet == 1) {
       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
       PID.MakePID(esd,kTRUE);
+      AliSysInfo::AddStamp(Form("MakePID0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,4,eventNr);
     } 
-    AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3,eventNr);
   }
 
   // pass 2: ALL backwards
@@ -2804,11 +2963,13 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd,AliESDpid &PID)
            if (qadm) qadm->InitRecPointsForTracker() ; 
          }
        }
+       //      AliSysInfo::AddStamp(Form("QAInitResid%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,0, eventNr);
       }
     if (fTracker[iDet]->PropagateBack(esd) != 0) {
       AliError(Form("%s backward propagation failed", fgkDetectorName[iDet]));
       //      return kFALSE;
     }
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking1%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
 
     // unload clusters
     if (iDet > 3) {     // all except ITS, TPC, TRD and TOF
@@ -2820,8 +2981,9 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd,AliESDpid &PID)
       //GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
       //AliESDpid::MakePID(esd);
       PID.MakePID(esd,kTRUE);
+      AliSysInfo::AddStamp(Form("MakePID1%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,4,eventNr);
     }
-    AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking1%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
+
   }
   //stop filling residuals for the "outer" detectors
   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kFALSE);     
@@ -2861,9 +3023,11 @@ Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd,AliESDpid &PID)
 
   // write space-points to the ESD in case alignment data output
   // is switched on
-  if (fWriteAlignmentData)
+  if (fWriteAlignmentData) {
     WriteAlignmentData(esd);
-
+    AliSysInfo::AddStamp(Form("WrtAlignData_%d",eventNr), 0,0, eventNr);
+  }
+  
   for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {
     if (!fTracker[iDet]) continue;
     // unload clusters
@@ -2989,15 +3153,16 @@ Bool_t AliReconstruction::FillTriggerESD(AliESDEvent*& esd)
       esdheader->SetL1TriggerInputs(input.GetL1Inputs());
       esdheader->SetL2TriggerInputs(input.GetL2Inputs());
       // IR
-      UInt_t orbit=input.GetOrbitID();
-       for(Int_t i=0 ; i<input.GetNIRs() ; i++ )
-          if(TMath::Abs(Int_t(orbit-(input.GetIR(i))->GetOrbit()))<=1){
-            esdheader->AddTriggerIR(input.GetIR(i));
-         }
+      //      UInt_t orbit=input.GetOrbitID();
+      for(Int_t i=0 ; i<input.GetNIRs() ; i++ ) {
+       esdheader->AddTriggerIR(input.GetIR(i));
+      }
        AliCentralTrigger* rlCTP = fRunLoader->GetTrigger();
-       rlCTP->SetL0TriggerInputs(input.GetL0Inputs());
-       rlCTP->SetL1TriggerInputs(input.GetL1Inputs());
-       rlCTP->SetL2TriggerInputs(input.GetL2Inputs());
+       if (rlCTP) {
+        rlCTP->SetL0TriggerInputs(input.GetL0Inputs());
+        rlCTP->SetL1TriggerInputs(input.GetL1Inputs());
+        rlCTP->SetL2TriggerInputs(input.GetL2Inputs());
+       }
     }
     if (fIsNewRunLoader) fRunLoader->TreeCT()->Fill();
   }
@@ -3098,7 +3263,6 @@ Bool_t AliReconstruction::InitRunLoader()
     TString libs = gSystem->GetLibraries();
     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
       TString detName = fgkDetectorName[iDet];
-      if (detName == "HLT") continue;
       if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so")) continue;
       gSystem->Load("lib" + detName + "base.so");
     }
@@ -3197,6 +3361,7 @@ AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
     TObject* obj = fOptions.FindObject(detName.Data());
     if (obj) reconstructor->SetOption(obj->GetTitle());
     reconstructor->SetRunInfo(fRunInfo);
+    reconstructor->SetHLTESD(fhltesd);
     reconstructor->Init();
     fReconstructor[iDet] = reconstructor;
   }
@@ -3303,10 +3468,6 @@ Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
     if (!reconstructor) continue;
     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
-    if (detName == "HLT") {
-      fRunHLTTracking = kTRUE;
-      continue;
-    }
     if (detName == "MUON") {
       fRunMuonTracking = kTRUE;
       continue;
@@ -3327,7 +3488,6 @@ Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
 void AliReconstruction::CleanUp()
 {
 // delete trackers and the run loader and close and delete the file
-/*
   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
     delete fReconstructor[iDet];
     fReconstructor[iDet] = NULL;
@@ -3335,7 +3495,6 @@ void AliReconstruction::CleanUp()
     delete fTracker[iDet];
     fTracker[iDet] = NULL;
   }
-*/
 
   delete fRunInfo;
   fRunInfo = NULL;
@@ -3361,8 +3520,9 @@ void AliReconstruction::CleanUp()
 
   if (AliQAManager::QAManager())
     AliQAManager::QAManager()->ShowQA() ; 
-  //  AliQAManager::Destroy() ; 
-  
+  //  AliQAManager::Destroy() ;
+  delete fAnalysis; 
+  fAnalysis = NULL;
 }
 
 void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESDEvent* esd)
@@ -3583,7 +3743,7 @@ Bool_t AliReconstruction::InitAliEVE()
   // The return flag shows whenever the
   // AliEVE initialization was successful or not.
 
-  TString macroStr(gSystem->Getenv("ALIEVE_ONLINE_MACRO"));
+  TString macroStr(getenv("ALIEVE_ONLINE_MACRO"));
 
   if (macroStr.IsNull())
     macroStr.Form("%s/EVE/macros/alieve_online.C",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT"));
@@ -3774,9 +3934,13 @@ Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
     aCTP->SetClassMask(mask);
     aCTP->SetClusterMask(clmask);
 
-    AliCentralTrigger* rlCTP = fRunLoader->GetTrigger();
-    rlCTP->SetClassMask(mask);
-    rlCTP->SetClusterMask(clmask);
+    if (fRunLoader) {
+      AliCentralTrigger* rlCTP = fRunLoader->GetTrigger();
+      if (rlCTP) {
+       rlCTP->SetClassMask(mask);
+       rlCTP->SetClusterMask(clmask);
+      }
+    }
   }
   else {
     fEventInfo.SetEventType(AliRawEventHeaderBase::kPhysicsEvent);
@@ -3792,6 +3956,7 @@ Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
       fEventInfo.SetTriggerCluster(AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(aCTP->GetClusterMask()));
     }
     else {
+      if (fStopOnMissingTriggerFile) AliFatal("No trigger can be loaded! Stopping reconstruction!");
       AliWarning("No trigger can be loaded! The trigger information will not be used!");
       return kFALSE;
     }
@@ -3804,6 +3969,32 @@ Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
     return kFALSE;
   }
 
+  // Load trigger aliases and declare the trigger classes included in aliases
+  //PH Why do we do it in each event and not only once in the beginning of the chunk??
+  //PH Temporary fix for #99725: AliReconstruction::GetEventInfo bug
+  fDeclTriggerClasses.Clear();
+  AliCDBEntry * entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/Aliases");
+  if (entry) {
+    THashList * lst = dynamic_cast<THashList*>(entry->GetObject());
+    if (lst) {
+      lst->Sort(kSortDescending); // to avoid problems with substrungs
+      if (fRawReader) fRawReader->LoadTriggerAlias(lst);
+      // Now declare all the triggers present in the aliases
+      TIter iter(lst);
+      TNamed *nmd = 0;
+      while((nmd = dynamic_cast<TNamed*>(iter.Next()))){
+       fDeclTriggerClasses += " ";
+       fDeclTriggerClasses += nmd->GetName();
+      }
+    }
+    else {
+      AliError("Cannot cast the object with trigger aliases to THashList!");
+    }
+  }
+  else {
+    AliError("No OCDB ebtry for the trigger aliases!");
+  }
+  // Load trigger classes for this run
   UChar_t clustmask = 0;
   TString trclasses;
   ULong64_t trmask = fEventInfo.GetTriggerMask();
@@ -3813,7 +4004,7 @@ Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
     AliTriggerClass* trclass = (AliTriggerClass*)classesArray.At(iclass);
     if (trclass && trclass->GetMask()>0) {
       Int_t trindex = TMath::Nint(TMath::Log2(trclass->GetMask()));
-      fesd->SetTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
+      if (fesd) fesd->SetTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
       if (fRawReader) fRawReader->LoadTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
       if (trmask & (1ull << trindex)) {
        trclasses += " ";
@@ -3824,6 +4015,16 @@ Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
     }
   }
   fEventInfo.SetTriggerClasses(trclasses);
+  // Now put the declared trigger classes (not present in the run)
+  // to 0/false in the event selection
+  if (!fDeclTriggerClasses.IsNull()) {
+    TObjArray *tokens = fDeclTriggerClasses.Tokenize(" ");
+    Int_t ntokens = tokens->GetEntriesFast();
+    for (Int_t itoken = 0; itoken < ntokens; ++itoken) {
+      if (fRawReader) fRawReader->LoadTriggerClass((((TObjString*)tokens->At(itoken))->String()).Data(),-1);
+    }
+    delete tokens;
+  }
 
   // Write names of active trigger inputs in ESD Header
   const TObjArray& inputsArray = config->GetInputs(); 
@@ -3832,17 +4033,22 @@ Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
     AliTriggerInput* trginput = (AliTriggerInput*)inputsArray.At(iinput);
     if (trginput && trginput->GetMask()>0) {
       Int_t inputIndex = (Int_t)TMath::Nint(TMath::Log2(trginput->GetMask()));
-      AliESDHeader* headeresd = fesd->GetHeader();
-      Int_t trglevel = (Int_t)trginput->GetLevel();
-      if (trglevel == 0) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex);
-      if (trglevel == 1) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex+24);
-      if (trglevel == 2) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex+48);
+      AliESDHeader* headeresd = 0x0;
+      if (fesd) headeresd = fesd->GetHeader();
+      if (headeresd) {
+       Int_t trglevel = (Int_t)trginput->GetLevel();
+       if (trglevel == 0) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex);
+       if (trglevel == 1) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex+24);
+       if (trglevel == 2) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex+48);
+      }
     }
   }
 
   // Set the information in ESD
-  fesd->SetTriggerMask(trmask);
-  fesd->SetTriggerCluster(clustmask);
+  if (fesd) {
+    fesd->SetTriggerMask(trmask);
+    fesd->SetTriggerCluster(clustmask);
+  }
 
   if (!aCTP->CheckTriggeredDetectors()) {
     if (fRawReader) delete aCTP;
@@ -3941,7 +4147,7 @@ void AliReconstruction::Abort(const char *method, EAbort what)
   else if (fAbort == kAbortFile)
     mess = "AbortFile";
 
-  Info(mess, whyMess.Data());
+  Info(mess.Data(), "%s", whyMess.Data());
 }
 
 //______________________________________________________________________________
@@ -4107,14 +4313,9 @@ void AliReconstruction::WriteESDfriend() {
 
   if (IsCosmicOrCalibSpecie()) { // Selection of calib or cosmic events
     fNspecie++;
-    Double_t curentSpecieFraction = ((Double_t)(fNspecie+1))/((Double_t)(fNall+1)); 
-    // "Bayesian" estimate supposing that without events all the events are of the required type
-    
-    Double_t rnd = gRandom->Rndm()*curentSpecieFraction;
-    if (rnd<fFractionFriends) {
-      isSelected = kTRUE;
-      fSspecie++;
-    }
+
+    isSelected = kTRUE;
+    fSspecie++;
   }
   
   Double_t remainingFraction = fFractionFriends;
@@ -4148,6 +4349,105 @@ void AliReconstruction::WriteESDfriend() {
     new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
     fesdf->SetSkipBit(kTRUE);
   }
-  
+  //
   ftreeF->Fill();
 }
+
+//_________________________________________________________________
+void AliReconstruction::DeleteDigits(const TString& detectors)
+{
+  // delete requested digit files produced at current event
+  static int iEvent = 0;
+  if (detectors.IsNull()) return;
+  TString detStr = detectors;
+  AliInfo(Form("Deleting Digits: %s",detectors.Data()));
+
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
+    if(!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
+    unlink(Form("%s.Digits.root",fgkDetectorName[iDet]));
+  }
+  AliSysInfo::AddStamp(Form("DelDigits_%d",iEvent), 0,0,iEvent);
+  iEvent++;
+}
+
+//_________________________________________________________________
+void AliReconstruction::DeleteRecPoints(const TString& detectors)
+{
+  // delete requested recpoint files produced at current event
+  static int iEvent = 0;
+  if (detectors.IsNull()) return;
+  TString detStr = detectors;
+  AliInfo(Form("Deleting Recpoints: %s",detectors.Data()));
+  //
+  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
+    if(!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
+    unlink(Form("%s.RecPoints.root",fgkDetectorName[iDet]));
+  }
+  AliSysInfo::AddStamp(Form("DelRecPoints_%d",iEvent), 0,0,iEvent);
+  iEvent++;
+}
+
+//_________________________________________________________________
+void AliReconstruction::SetStopOnResourcesExcess(Int_t vRSS,Int_t vVMEM)
+{
+  // require checking the resources left and stopping on excess
+  // if 0  : no check is done
+  // if >0 : stop reconstruction if exceeds this value
+  // if <0 : use as margin to system limits
+  //
+  const int kKB2MB = 1024;
+  const int kInfMem = 9999999;
+  //
+  struct rlimit r;
+  int pgSize = getpagesize();
+  //
+  if (vRSS>0) {
+    fMaxRSS = vRSS;
+    AliInfo(Form("Setting max. RSS usage to user value %d MB",fMaxRSS));
+  }
+  else if (vRSS<0) {
+    getrlimit(RLIMIT_RSS,&r);
+    fMaxRSS = r.rlim_max==RLIM_INFINITY ? kInfMem : int(r.rlim_max*pgSize/kKB2MB/kKB2MB) + vRSS;
+    AliInfo(Form("Setting max. RSS usage to system hard limit %d%s MB (%d margin)",fMaxRSS,r.rlim_max==RLIM_INFINITY ? "(inf)":"",-vRSS));
+  }
+  else {AliInfo("No check on RSS memory usage will be applied");}
+  //
+  if (vVMEM>0) {
+    fMaxVMEM = vVMEM;
+    AliInfo(Form("Setting max. VMEM usage to user value %d MB",fMaxVMEM));
+  }
+  else if (vVMEM<0) {
+    getrlimit(RLIMIT_AS,&r);
+    fMaxVMEM = r.rlim_max==RLIM_INFINITY ? kInfMem : int(r.rlim_max*pgSize/kKB2MB/kKB2MB) + vVMEM;
+    AliInfo(Form("Setting max. VMEM usage to system hard limit %d%s MB (%d margin)",fMaxVMEM,r.rlim_max==RLIM_INFINITY ? "(inf)":"",-vVMEM));
+  }
+  else {AliInfo("No check on RSS memory usage will be applied");}
+  //  
+}
+
+//_________________________________________________________________
+Bool_t AliReconstruction::HasEnoughResources(int ev)
+{
+  // check if process consumed more than allowed resources
+  const int kKB2MB = 1024;
+  Bool_t res = kTRUE;
+  if (!fMaxRSS && !fMaxVMEM) return res;
+  //
+  ProcInfo_t procInfo;
+  gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
+  if (procInfo.fMemResident/kKB2MB > fMaxRSS)  res = kFALSE;
+  if (procInfo.fMemVirtual/kKB2MB  > fMaxVMEM) res = kFALSE;  
+  //
+  if (!res) {
+    AliInfo(Form("Job exceeded allowed limits: RSS:%d (%d) VMEM:%d (%d), will stop",
+                int(procInfo.fMemResident/kKB2MB),fMaxRSS,
+                int(procInfo.fMemVirtual/kKB2MB) ,fMaxVMEM));
+    //
+    unlink(Form("%s",fgkStopEvFName));
+    ofstream outfile(fgkStopEvFName);
+    outfile << ev << std::endl;
+    outfile.close();
+    fStopped = kTRUE;
+  }
+  return res;
+}