]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - TOF/AliTOFClusterFinder.cxx
Remake TOF-PID with event-time resolution calculated event-by-event (T0 fill or T0...
[u/mrichter/AliRoot.git] / TOF / AliTOFClusterFinder.cxx
index 347c9a18ea0368c5b5b7510ff17a53ee1f6f6fa2..8386ae3284f4a7f54cf7aa2f1a82e0d7a118f291 100644 (file)
@@ -28,7 +28,9 @@ Revision 1.28  2007/05/31 16:06:05  arcelli
 move instance of AliRawStream outside loop on DDL
 
 Revision 1.27  2007/05/02 16:31:49  arcelli
-Add methods to handle single event reconstruction. retrieval of Calib info moved to AliTOFReconstructor ctor, and passed via a pointer to AliTOFcalib
+Add methods to handle single event reconstruction.  retrieval of Calib
+info moved to AliTOFReconstructor ctor, and passed via a pointer to
+AliTOFcalib
 
 Revision 1.26  2007/04/30 19:02:24  arcelli
 hopefully the last refinements for correct type conversion in calibration
@@ -40,7 +42,8 @@ Revision 1.24  2007/04/27 11:19:31  arcelli
 updates for the new decoder
 
 Revision 1.23  2007/04/23 16:51:39  decaro
-Digits-to-raw_data conversion: correction for a more real description (A.De Caro, R.Preghenella)
+Digits-to-raw_data conversion: correction for a more real description
+(A.De Caro, R.Preghenella)
 
 Revision 1.22  2007/04/19 17:26:32  arcelli
 Fix a bug (add some debug printout
@@ -58,7 +61,8 @@ Revision 1.18  2007/03/06 16:31:20  arcelli
 Add Uncorrected TOF Time signal
 
 Revision 1.17  2007/02/28 18:09:11  arcelli
-Add protection against failed retrieval of the CDB cal object, now Reconstruction exits with AliFatal
+Add protection against failed retrieval of the CDB cal object,
+now Reconstruction exits with AliFatal
 
 Revision 1.16  2007/02/20 15:57:00  decaro
 Raw data update: to read the TOF raw data defined in UNPACKED mode
@@ -125,7 +129,11 @@ Revision 0.01  2005/07/25 A. De Caro
 #include "AliTOFdigit.h"
 #include "AliTOFGeometry.h"
 #include "AliTOFrawData.h"
-#include "AliTOFRawStream.h"
+//#include "AliTOFRawStream.h"
+
+#include "AliTOFDeltaBCOffset.h"
+#include "AliTOFCTPLatency.h"
+#include "AliTOFT0Fill.h"
 
 //extern TFile *gFile;
 
@@ -141,13 +149,15 @@ AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliTOFcalib *calib):
   fNumberOfTofClusters(0),
   fVerbose(0),
   fDecoderVersion(0),
-  fTOFcalib(calib)
+  fTOFcalib(calib),
+  fTOFRawStream(AliTOFRawStream())
 {
 //
 // Constructor
 //
 
 }
+
 //______________________________________________________________________________
 
 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliRunLoader* runLoader, AliTOFcalib *calib):
@@ -160,7 +170,8 @@ AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliRunLoader* runLoader, AliTOFcalib *c
   fNumberOfTofClusters(0),
   fVerbose(0),
   fDecoderVersion(0),
-  fTOFcalib(calib)
+  fTOFcalib(calib),
+  fTOFRawStream(AliTOFRawStream())
 {
 //
 // Constructor
@@ -170,35 +181,37 @@ AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliRunLoader* runLoader, AliTOFcalib *c
 
 //------------------------------------------------------------------------
 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(const AliTOFClusterFinder &source)
-  :TObject(),
+  :TObject(source),
   fRunLoader(0),
   fTOFLoader(0),
   fTreeD(0),
   fTreeR(0),
-  fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
-  fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
+  fDigits(source.fDigits),
+  fRecPoints(source.fRecPoints),
   fNumberOfTofClusters(0),
   fVerbose(0),
-  fDecoderVersion(0),
-  fTOFcalib(0)
+  fDecoderVersion(source.fDecoderVersion),
+  fTOFcalib(source.fTOFcalib),
+  fTOFRawStream(source.fTOFRawStream)
 {
   // copy constructor
-  this->fDigits=source.fDigits;
-  this->fRecPoints=source.fRecPoints;
-  this->fDecoderVersion=source.fDecoderVersion;
-  this->fTOFcalib=source.fTOFcalib;
-
 }
 
 //------------------------------------------------------------------------
 AliTOFClusterFinder& AliTOFClusterFinder::operator=(const AliTOFClusterFinder &source)
 {
   // ass. op.
-  this->fDigits=source.fDigits;
-  this->fRecPoints=source.fRecPoints;
-  this->fVerbose=source.fVerbose;
-  this->fDecoderVersion=source.fDecoderVersion;
-  this->fTOFcalib=source.fTOFcalib;
+
+  if (this == &source)
+    return *this;
+
+  TObject::operator=(source);  
+  fDigits=source.fDigits;
+  fRecPoints=source.fRecPoints;
+  fVerbose=source.fVerbose;
+  fDecoderVersion=source.fDecoderVersion;
+  fTOFcalib=source.fTOFcalib;
+  fTOFRawStream=source.fTOFRawStream;
   return *this;
 
 }
@@ -236,6 +249,8 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
   TStopwatch stopwatch;
   stopwatch.Start();
 
+  Int_t inholes = 0;
+
   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 
   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
@@ -273,7 +288,7 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
 
   Int_t ii;
   Int_t dig[5]; //cluster detector indeces
-  Int_t  parTOF[5]; //The TOF signal parameters
+  Int_t  parTOF[7]; //The TOF signal parameters
   Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)digits->UncheckedAt(ii);
@@ -283,13 +298,26 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
     dig[3]=d->GetPadz();
     dig[4]=d->GetPadx();
 
-    //    AliDebug(2,Form(" %2i  %1i  %2i  %1i  %2i ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
+    /* check valid index */
+    if (dig[0]==-1||dig[1]==-1||dig[2]==-1||dig[3]==-1||dig[4]==-1) continue;
+
+    // Do not reconstruct anything in the holes
+    if (dig[0]==13 || dig[0]==14 || dig[0]==15 ) { // sectors with holes
+      if (dig[1]==2) { // plate with holes
+       inholes++;
+       continue;
+      }
+    }
+
+    AliDebug(2,Form(" %2d  %1d  %2d  %1d  %2d ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
 
     parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
     parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
     parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
     parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
     parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
+    parTOF[5] = 0; // deltaBC
+    parTOF[6] = 0; // L0-L1 latency
     Double_t posClus[3];
     Double_t covClus[6];
     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(dig);
@@ -299,7 +327,7 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
 
   }
 
-  AliInfo(Form("Number of found clusters: %i for event: %i", fNumberOfTofClusters, iEvent));
+  AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d for event: %d", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 
   CalibrateRecPoint();
   FillRecPoint();
@@ -310,8 +338,9 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");  
   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 
-  AliInfo(Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
-              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+  AliDebug(1,Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
+                 stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+  if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 
 }
 
@@ -326,6 +355,8 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(TTree* digitsTree, TTree* clusterTree
   TStopwatch stopwatch;
   stopwatch.Start();
 
+  Int_t inholes = 0;
+
   ///  fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 
   if (digitsTree == 0x0)
@@ -356,7 +387,7 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(TTree* digitsTree, TTree* clusterTree
 
   Int_t ii;
   Int_t dig[5]; //cluster detector indeces
-  Int_t  parTOF[5]; //The TOF signal parameters
+  Int_t  parTOF[7]; //The TOF signal parameters
   Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)digits->UncheckedAt(ii);
@@ -366,24 +397,37 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(TTree* digitsTree, TTree* clusterTree
     dig[3]=d->GetPadz();
     dig[4]=d->GetPadx();
 
-    //    AliDebug(2,Form(" %2i  %1i  %2i  %1i  %2i ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
+    /* check valid index */
+    if (dig[0]==-1||dig[1]==-1||dig[2]==-1||dig[3]==-1||dig[4]==-1) continue;
+
+    // Do not reconstruct anything in the holes
+    if (dig[0]==13 || dig[0]==14 || dig[0]==15 ) { // sectors with holes
+      if (dig[1]==2) { // plate with holes
+       inholes++;
+       continue;
+      }
+    }
+
+    //    AliDebug(2,Form(" %2d  %1d  %2d  %1d  %2d ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
 
     parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
     parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
     parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
     parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
     parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
+    parTOF[5] = 0; // deltaBC
+    parTOF[6] = 0; // L0-L1 latency
     
     Double_t posClus[3];
     Double_t covClus[6];
     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(dig);
     GetClusterPars(dig,posClus,covClus);
-   AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],d->GetTracks(),dig,parTOF,status,ii);
+    AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],d->GetTracks(),dig,parTOF,status,ii);
     InsertCluster(tofCluster);
 
   }
 
-  AliInfo(Form("Number of found clusters: %i", fNumberOfTofClusters));
+  AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d", fNumberOfTofClusters));
 
   CalibrateRecPoint();
   FillRecPoint();
@@ -391,8 +435,9 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(TTree* digitsTree, TTree* clusterTree
   clusterTree->Fill();
   ResetRecpoint();
 
-  AliInfo(Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
-              stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+  AliDebug(1,Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
+                 stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+  if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 
 }
 //______________________________________________________________________________
@@ -407,7 +452,8 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(AliRawReader *rawReader,
   TStopwatch stopwatch;
   stopwatch.Start();
 
-  //const Int_t kDDL = fTOFGeometry->NDDL()*fTOFGeometry->NSectors();
+  Int_t inholes = 0;
+
   const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 
   ResetRecpoint();
@@ -420,30 +466,34 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(AliRawReader *rawReader,
   Int_t dummy = -1;
 
   Int_t detectorIndex[5];
-  Int_t parTOF[5];
+  Int_t parTOF[7];
 
   ofstream ftxt;
   if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 
-  AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
+  //AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
+  fTOFRawStream.Clear();
+  fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
+
+  if (fDecoderVersion)
+    AliInfo("Using New Decoder");
 
   Int_t indexDDL = 0;
   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 
     rawReader->Reset();
-    if (fDecoderVersion) {
-      AliInfo("Using New Decoder \n"); 
-      tofInput.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
-    }
-    else tofInput.LoadRawData(indexDDL);
+    if (fDecoderVersion)
+      fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
+    else fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 
-    clonesRawData = (TClonesArray*)tofInput.GetRawData();
+    clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 
     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 
       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 
-      if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
+      //if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
+      if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 
       if (fVerbose==2) {
        if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
@@ -456,8 +506,8 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(AliRawReader *rawReader,
        ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
       }
 
-      tofInput.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
-                                   tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
+      fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
+                                        tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
       dummy = detectorIndex[3];
       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
       detectorIndex[4] = dummy;
@@ -473,18 +523,31 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(AliRawReader *rawReader,
        else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
       }
 
+    /* check valid index */
+    if (detectorIndex[0]==-1||detectorIndex[1]==-1||detectorIndex[2]==-1||detectorIndex[3]==-1||detectorIndex[4]==-1) continue;
+
+      // Do not reconstruct anything in the holes
+      if (detectorIndex[0]==13 || detectorIndex[0]==14 || detectorIndex[0]==15 ) { // sectors with holes
+       if (detectorIndex[1]==2) { // plate with holes
+         inholes++;
+         continue;
+       }
+      }
+
       parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); //TDC
       parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
       parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); //ADC==TOF
       parTOF[3] = -1;//raw data: no track of undecalib sim time
       parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // RAW time
+      parTOF[5] = tofRawDatum->GetDeltaBC(); // deltaBC
+      parTOF[6] = tofRawDatum->GetL0L1Latency(); // L0-L1 latency
       Double_t posClus[3];
       Double_t covClus[6];
       UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
       Int_t lab[3]={-1,-1,-1};
       Bool_t status=kTRUE;
       GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
-     AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],lab,detectorIndex,parTOF,status,-1);
+      AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],lab,detectorIndex,parTOF,status,-1);
       InsertCluster(tofCluster);
 
       if (fVerbose==2) {
@@ -505,7 +568,7 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(AliRawReader *rawReader,
 
   if (fVerbose==2) ftxt.close();
 
-  AliInfo(Form("Number of found clusters: %i", fNumberOfTofClusters));
+  AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d", fNumberOfTofClusters));
 
   CalibrateRecPoint();
   FillRecPoint();
@@ -516,6 +579,7 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(AliRawReader *rawReader,
 
   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+  if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 
 }
 //______________________________________________________________________________
@@ -529,12 +593,13 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader
   TStopwatch stopwatch;
   stopwatch.Start();
 
-  //const Int_t kDDL = fTOFGeometry->NDDL()*fTOFGeometry->NSectors();
+  Int_t inholes = 0;
+
   const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 
   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 
-  AliDebug(2,Form(" Event number %2i ", iEvent));
+  AliDebug(2,Form(" Event number %2d ", iEvent));
 
   fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 
@@ -551,29 +616,33 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader
   Int_t dummy = -1;
 
   Int_t detectorIndex[5] = {-1, -1, -1, -1, -1};
-  Int_t parTOF[5];
+  Int_t parTOF[7];
   ofstream ftxt;
   if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 
-  AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
+  //AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
+  fTOFRawStream.Clear();
+  fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
+
+  if (fDecoderVersion)
+    AliInfo("Using New Decoder");
 
   Int_t indexDDL = 0;
   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 
     rawReader->Reset();
-    if (fDecoderVersion) {
-      AliInfo("Using New Decoder \n"); 
-      tofInput.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
-    }
-    else tofInput.LoadRawData(indexDDL);
+    if (fDecoderVersion)
+      fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
+    else fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 
-    clonesRawData = (TClonesArray*)tofInput.GetRawData();
+    clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 
     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 
       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 
-      if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
+      //if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
+      if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 
       if (fVerbose==2) {
        if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
@@ -586,8 +655,8 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader
        ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
       }
 
-      tofInput.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
-                                   tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
+      fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
+                                        tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
       dummy = detectorIndex[3];
       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
       detectorIndex[4] = dummy;
@@ -603,11 +672,24 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader
        else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
       }
 
+    /* check valid index */
+    if (detectorIndex[0]==-1||detectorIndex[1]==-1||detectorIndex[2]==-1||detectorIndex[3]==-1||detectorIndex[4]==-1) continue;
+
+      // Do not reconstruct anything in the holes
+      if (detectorIndex[0]==13 || detectorIndex[0]==14 || detectorIndex[0]==15 ) { // sectors with holes
+       if (detectorIndex[1]==2) { // plate with holes
+         inholes++;
+         continue;
+       }
+      }
+
       parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); // TDC
       parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
       parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); // raw data have ADC=TOT
       parTOF[3] = -1; //raw data: no track of the undecalib sim time
       parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // Raw time == TDC
+      parTOF[5] = tofRawDatum->GetDeltaBC(); // deltaBC
+      parTOF[6] = tofRawDatum->GetL0L1Latency(); // L0-L1 latency
       Double_t posClus[3];
       Double_t covClus[6];
       UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
@@ -635,7 +717,7 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader
 
   if (fVerbose==2) ftxt.close();
 
-  AliInfo(Form("Number of found clusters: %i for event: %i", fNumberOfTofClusters, iEvent));
+  AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d for event: %d", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 
   CalibrateRecPoint();
   FillRecPoint();
@@ -648,6 +730,7 @@ void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader
   
   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
               stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
+  if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 
 }
 //______________________________________________________________________________
@@ -663,7 +746,6 @@ void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
   TStopwatch stopwatch;
   stopwatch.Start();
 
-  //const Int_t kDDL = fTOFGeometry->NDDL()*fTOFGeometry->NSectors();
   const Int_t kDDL = AliTOFGeometry::NDDL()*AliTOFGeometry::NSectors();
 
   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
@@ -683,7 +765,7 @@ void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 
   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 
-  AliDebug(2,Form(" Event number %2i ", iEvent));
+  AliDebug(2,Form(" Event number %2d ", iEvent));
 
   TClonesArray * clonesRawData;
 
@@ -692,35 +774,39 @@ void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
   Int_t detectorIndex[5];
   Int_t digit[4];
 
-  AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
+  //AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
+  fTOFRawStream.Clear();
+  fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
+
+  if (fDecoderVersion)
+    AliInfo("Using New Decoder");
 
   Int_t indexDDL = 0;
   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 
     rawReader->Reset();
-    if (fDecoderVersion) {
-      AliInfo("Using New Decoder \n"); 
-      tofInput.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
-    }
-    else tofInput.LoadRawData(indexDDL);
+    if (fDecoderVersion)
+      fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
+    else fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 
-    clonesRawData = (TClonesArray*)tofInput.GetRawData();
+    clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 
     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 
       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 
-      if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
+      //if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
+      if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 
-      tofInput.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
-                                   tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
+      fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
+                                        tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
       dummy = detectorIndex[3];
       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
       detectorIndex[4] = dummy;
 
-      digit[0] = tofInput.GetTofBin();
-      digit[1] = tofInput.GetToTbin();
-      digit[2] = tofInput.GetToTbin();
+      digit[0] = fTOFRawStream.GetTofBin();
+      digit[1] = fTOFRawStream.GetToTbin();
+      digit[2] = fTOFRawStream.GetToTbin();
       digit[3] = -1;
 
       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
@@ -739,7 +825,9 @@ void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 
   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
   fTOFLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
-  
+
+  delete tofDigits;
+
   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.2fs C:%.2fs",
                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 
@@ -769,10 +857,6 @@ void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(AliRawReader *rawReader, TTree* digitsTree)
   Int_t bufsize = 32000;
   digitsTree->Branch("TOF", &tofDigits, bufsize);
 
-  ///  fRunLoader->GetEvent(iEvent);
-
-  ///  AliDebug(2,Form(" Event number %2i ", iEvent));
-
   TClonesArray * clonesRawData;
 
   Int_t dummy = -1;
@@ -780,35 +864,39 @@ void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(AliRawReader *rawReader, TTree* digitsTree)
   Int_t detectorIndex[5];
   Int_t digit[4];
 
-  AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
+  //AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
+  fTOFRawStream.Clear();
+  fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
+
+  if (fDecoderVersion)
+    AliInfo("Using New Decoder");
 
   Int_t indexDDL = 0;
   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 
     rawReader->Reset();
-    if (fDecoderVersion) {
-      AliInfo("Using New Decoder \n"); 
-      tofInput.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
-    }
-    else tofInput.LoadRawData(indexDDL);
+    if (fDecoderVersion)
+      fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
+    else fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 
-    clonesRawData = (TClonesArray*)tofInput.GetRawData();
+    clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 
     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 
       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 
-      if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
+      //if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
+      if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 
-      tofInput.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
-                                   tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
+      fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
+                                        tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
       dummy = detectorIndex[3];
       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
       detectorIndex[4] = dummy;
 
-      digit[0] = tofInput.GetTofBin();
-      digit[1] = tofInput.GetToTbin();
-      digit[2] = tofInput.GetToTbin();
+      digit[0] = fTOFRawStream.GetTofBin();
+      digit[1] = fTOFRawStream.GetToTbin();
+      digit[2] = fTOFRawStream.GetToTbin();
       digit[3] = -1;
 
       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
@@ -825,7 +913,9 @@ void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(AliRawReader *rawReader, TTree* digitsTree)
 
   digitsTree->Fill();
 
-  AliDebug(1, Form("Got %d digits: ", tofDigits->GetEntries()));
+  delete tofDigits;
+
+  AliDebug(1, Form("Got %d digits: ", fDigits->GetEntries()));
   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and fill TOF digit tree : R:%.2fs C:%.2fs",
                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 
@@ -885,7 +975,7 @@ void AliTOFClusterFinder::FillRecPoint()
   Int_t ii, jj;
 
   Int_t detectorIndex[5];
-  Int_t parTOF[5];
+  Int_t parTOF[7];
   Int_t trackLabels[3];
   Int_t digitIndex = -1;
   Bool_t status=kTRUE;
@@ -902,6 +992,8 @@ void AliTOFClusterFinder::FillRecPoint()
     parTOF[2] = fTofClusters[ii]->GetADC(); // ADC=TOT
     parTOF[3] = fTofClusters[ii]->GetTDCND(); // TDCND
     parTOF[4] = fTofClusters[ii]->GetTDCRAW();//RAW
+    parTOF[5] = fTofClusters[ii]->GetDeltaBC();//deltaBC
+    parTOF[6] = fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency();//L0-L1 latency
     status=fTofClusters[ii]->GetStatus();
     Double_t posClus[3];
     Double_t covClus[6];
@@ -909,6 +1001,19 @@ void AliTOFClusterFinder::FillRecPoint()
     GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
     new(lRecPoints[ii]) AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],trackLabels,detectorIndex, parTOF,status,digitIndex);
 
+    AliDebug(2, Form(" %4d  %4d  %f %f %f  %f %f %f %f %f %f  %3d %3d %3d  %2d %1d %2d %1d %2d  %4d %3d %3d %4d %4d  %1d  %4d", 
+                    ii, volIdClus, posClus[0], posClus[1], posClus[2],
+                    fTofClusters[ii]->GetSigmaX2(),
+                    fTofClusters[ii]->GetSigmaXY(),
+                    fTofClusters[ii]->GetSigmaXZ(),
+                    fTofClusters[ii]->GetSigmaY2(),
+                    fTofClusters[ii]->GetSigmaYZ(),
+                    fTofClusters[ii]->GetSigmaZ2(),
+                    trackLabels[0], trackLabels[1], trackLabels[2],
+                    detectorIndex[0], detectorIndex[1], detectorIndex[2], detectorIndex[3], detectorIndex[4],
+                    parTOF[0], parTOF[1], parTOF[2], parTOF[3], parTOF[4],
+                    status, digitIndex));
+
   } // loop on clusters
 
 }
@@ -929,22 +1034,30 @@ void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint()
   Double_t tToT;
   Double_t timeCorr;
   Int_t   tdcCorr;
-  AliInfo(" Calibrating TOF Clusters: ")
-  
+  Float_t tdcLatencyWindow;
+  AliDebug(1," Calibrating TOF Clusters");
+
   AliTOFChannelOnlineArray *calDelay = fTOFcalib->GetTOFOnlineDelay();  
   AliTOFChannelOnlineStatusArray *calStatus = fTOFcalib->GetTOFOnlineStatus();  
   TObjArray *calTOFArrayOffline = fTOFcalib->GetTOFCalArrayOffline();
+  
+  AliTOFDeltaBCOffset *deltaBCOffsetObj = fTOFcalib->GetDeltaBCOffset();
+  Int_t deltaBCOffset = deltaBCOffsetObj->GetDeltaBCOffset();
+  AliTOFCTPLatency *ctpLatencyObj = fTOFcalib->GetCTPLatency();
+  Float_t ctpLatency = ctpLatencyObj->GetCTPLatency();
+  AliTOFT0Fill *t0FillObj = fTOFcalib->GetT0Fill();
+  Float_t t0Fill = t0FillObj->GetT0Fill();
+
   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
-  AliInfo(Form(" validity = %s",validity.Data()));
   Int_t calibration = -1;
   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
-    AliInfo(" Using offline calibration parameters");
+    AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
     calibration = 1;
-  }
-  else {
-    AliInfo(" Using online calibration parameters");
+  } else {
+    AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
     calibration = 0 ;
   }
+
   for (ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++) {
     digitIndex = fTofClusters[ii]->GetIndex();
     for(jj=0; jj<5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
@@ -955,16 +1068,17 @@ void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint()
     UChar_t statusNoise=calStatus->GetNoiseStatus(index);
     UChar_t statusHW=calStatus->GetHWStatus(index);
     UChar_t status=calStatus->GetStatus(index);
-
+    tdcLatencyWindow = calStatus->GetLatencyWindow(index) * 1.e3; /* ns -> ps */
+    
     //check the status, also unknown is fine!!!!!!!
 
-    AliDebug(2, Form(" Status for channel %i = %i",index, (Int_t)status));
+    AliDebug(2, Form(" Status for channel %d = %d",index, (Int_t)status));
     if((statusPulser & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFPulserBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFPulserBad)||(statusNoise & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFNoiseBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFNoiseBad)||(statusHW & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFHWBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFHWBad)){
-      AliDebug(2, Form(" Bad Status for channel %i",index));
+      AliDebug(2, Form(" Bad Status for channel %d",index));
       fTofClusters[ii]->SetStatus(kFALSE); //odd convention, to avoid conflict with calibration objects currently in the db (temporary solution).
     }
     else {
-      AliDebug(2, Form(" Good Status for channel %i",index));
+      AliDebug(2, Form(" Good Status for channel %d",index));
     }
     // Get Rough channel online equalization 
     Double_t roughDelay=(Double_t)calDelay->GetDelay(index);  // in ns
@@ -977,9 +1091,14 @@ void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint()
        par[j]=(Double_t)calChannelOffline->GetSlewPar(j);
      } 
       AliDebug(2,Form(" Calib Pars = %f, %f, %f, %f, %f, %f ",par[0],par[1],par[2],par[3],par[4],par[5]));
-      AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (counts) = %i , %i", fTofClusters[ii]->GetToT(),fTofClusters[ii]->GetTDC()));
+      AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (counts) = %d , %d", fTofClusters[ii]->GetToT(),fTofClusters[ii]->GetTDC()));
       tToT = (Double_t)(fTofClusters[ii]->GetToT()*AliTOFGeometry::ToTBinWidth());    
       tToT*=1.E-3; //ToT in ns
+
+      /* check TOT limits and set new TOT in case */
+      if (tToT < AliTOFGeometry::SlewTOTMin()) tToT = AliTOFGeometry::SlewTOTMin();
+      if (tToT > AliTOFGeometry::SlewTOTMax()) tToT = AliTOFGeometry::SlewTOTMax();
+
       AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (ns)= %e, %e",fTofClusters[ii]->GetTDC()*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3,tToT));
       timeCorr=par[0]+par[1]*tToT+par[2]*tToT*tToT+par[3]*tToT*tToT*tToT+par[4]*tToT*tToT*tToT*tToT+par[5]*tToT*tToT*tToT*tToT*tToT; // the time correction (ns)
     }
@@ -991,6 +1110,38 @@ void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint()
     timeCorr=(Double_t)(fTofClusters[ii]->GetTDC())*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3-timeCorr;//redefine the time
     timeCorr*=1.E3;
     AliDebug(2,Form(" The channel time, corr (ps)= %e",timeCorr ));
+
+    /* here timeCorr should be already corrected for calibration. 
+     * we now go into further corrections keeping in mind that timeCorr
+     * is in ps.
+     *
+     * the following corrections are performed in this way:
+     *
+     *    time = timeRaw - deltaBC + L0L1Latency + CTPLatency - TDCLatencyWindow - T0Fill
+     *
+     */
+
+    AliDebug(2, Form("applying further corrections (DeltaBC): DeltaBC=%d (BC bins), DeltaBCoffset=%d (BC bins)", fTofClusters[ii]->GetDeltaBC(), deltaBCOffset));
+    AliDebug(2, Form("applying further corrections (L0L1Latency): L0L1Latency=%d (BC bins)", fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency()));
+    AliDebug(2, Form("applying further corrections (CTPLatency): CTPLatency=%f (ps)", ctpLatency));
+    AliDebug(2, Form("applying further corrections (TDCLatencyWindow): TDCLatencyWindow=%f (ps)", tdcLatencyWindow));
+    AliDebug(2, Form("applying further corrections (T0Fill): T0Fill=%f (ps)", t0Fill));
+
+    /* deltaBC correction */
+    timeCorr -= (fTofClusters[ii]->GetDeltaBC() - deltaBCOffset) * AliTOFGeometry::BunchCrossingBinWidth();
+    /* L0L1-latency correction */
+    timeCorr += fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency() * AliTOFGeometry::BunchCrossingBinWidth();
+    /* CTP-latency correction (from OCDB) */
+    timeCorr += ctpLatency;
+    /* TDC latency-window correction (from OCDB) */
+    timeCorr -= tdcLatencyWindow;
+    /* T0Fill correction (from OCDB) */
+    timeCorr -= t0Fill;
+
+    /*
+     * end of furhter corrections
+     */
+
     tdcCorr=(Int_t)(timeCorr/AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
     fTofClusters[ii]->SetTDC(tdcCorr);
   } // loop on clusters
@@ -1055,7 +1206,7 @@ void AliTOFClusterFinder::UnLoadClusters()
 
 }
 //-------------------------------------------------------------------------
-UShort_t AliTOFClusterFinder::GetClusterVolIndex(Int_t *ind) const {
+UShort_t AliTOFClusterFinder::GetClusterVolIndex(const Int_t * const ind) const {
 
   //First of all get the volume ID to retrieve the l2t transformation...
   //
@@ -1123,24 +1274,28 @@ void AliTOFClusterFinder::GetClusterPars(Int_t *ind, Double_t* pos,Double_t* cov
   // -----------------------------------------------------   |
   // x <-----------------------------------------------------
 
-  Float_t localX=(ind[4]-23.5)*2.5; 
-  Float_t localY=0; 
-  Float_t localZ=(ind[3]-0.5)*3.5; 
-
+  /*
+  Float_t localX = (ind[4]-23.5)*AliTOFGeometry::XPad();
+  Float_t localY = 0;
+  Float_t localZ = (ind[3]- 0.5)*AliTOFGeometry::ZPad();
+  */
+  Float_t localX = (ind[4]-AliTOFGeometry::NpadX()/2)*AliTOFGeometry::XPad()+AliTOFGeometry::XPad()/2.;
+  Float_t localY = 0;
+  Float_t localZ = (ind[3]-AliTOFGeometry::NpadZ()/2)*AliTOFGeometry::ZPad()+AliTOFGeometry::ZPad()/2.;
   //move to the tracking ref system
 
   Double_t lpos[3];
-  lpos[0]=localX;
-  lpos[1]=localY;
-  lpos[2]=localZ; 
+  lpos[0] = localX;
+  lpos[1] = localY;
+  lpos[2] = localZ; 
 
   const TGeoHMatrix *l2t= AliGeomManager::GetTracking2LocalMatrix(volIndex);
   // Get The position in the track ref system
   Double_t tpos[3];
   l2t->MasterToLocal(lpos,tpos);
-  pos[0]=tpos[0];
-  pos[1]=tpos[1];
-  pos[2]=tpos[2];
+  pos[0] = tpos[0];
+  pos[1] = tpos[1];
+  pos[2] = tpos[2];
 
   //Get The cluster covariance in the track ref system
   Double_t lcov[9];
@@ -1150,15 +1305,15 @@ void AliTOFClusterFinder::GetClusterPars(Int_t *ind, Double_t* pos,Double_t* cov
   // 0     0   0
   // 0     0   sz2
 
-  lcov[0]=2.5*2.5/12.;
-  lcov[1]=0;
-  lcov[2]=0;
-  lcov[3]=0;
-  lcov[4]=0;
-  lcov[5]=0;
-  lcov[6]=0;
-  lcov[7]=0;
-  lcov[8]=3.5*3.5/12.;
+  lcov[0] = AliTOFGeometry::XPad()*AliTOFGeometry::XPad()/12.;
+  lcov[1] = 0;
+  lcov[2] = 0;
+  lcov[3] = 0;
+  lcov[4] = 0;
+  lcov[5] = 0;
+  lcov[6] = 0;
+  lcov[7] = 0;
+  lcov[8] = AliTOFGeometry::ZPad()*AliTOFGeometry::ZPad()/12.;
 
   //cluster covariance in the tracking system:
   TGeoHMatrix m;