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bugs corrected
[u/mrichter/AliRoot.git] / TOF / AliTOFtracker.cxx
index b0edecae95fd4d493067a96663edee453f85645d..cf4023cb642b6270df07a3b82dc1e4a70424e5e7 100644 (file)
 #include <Rtypes.h>
 #include <TROOT.h>
 
+#include <TSeqCollection.h>
 #include <TClonesArray.h>
 #include <TGeoManager.h>
 #include <TTree.h>
 #include <TFile.h>
 #include <TH2F.h>
 
-#include "AliAlignObj.h"
+#include "AliGeomManager.h"
 #include "AliESDtrack.h"
-#include "AliESD.h"
+#include "AliESDEvent.h"
 #include "AliLog.h"
 #include "AliTrackPointArray.h"
+#include "AliCDBManager.h"
 
-#include "AliTOFcalib.h"
+#include "AliTOFpidESD.h"
 #include "AliTOFRecoParam.h"
+#include "AliTOFReconstructor.h"
 #include "AliTOFcluster.h"
-#include "AliTOFGeometryV5.h"
+#include "AliTOFGeometry.h"
 #include "AliTOFtracker.h"
 #include "AliTOFtrack.h"
 
@@ -65,8 +68,8 @@ AliTOFtracker::AliTOFtracker():
   fnbadmatch(0),
   fnunmatch(0),
   fnmatch(0),
-  fTracks(0x0),
-  fSeeds(0x0),
+  fTracks(new TClonesArray("AliTOFtrack")),
+  fSeeds(new TClonesArray("AliESDtrack")),
   fHDigClusMap(0x0),
   fHDigNClus(0x0),
   fHDigClusTime(0x0),
@@ -87,21 +90,9 @@ AliTOFtracker::AliTOFtracker():
  { 
   //AliTOFtracker main Ctor
    
-
-
-
    // Gettimg the geometry 
-   fGeom=new AliTOFGeometryV5();
-   // Read the reconstruction parameters from the OCDB
-   AliTOFcalib *calib = new AliTOFcalib(fGeom);
-   fRecoParam = (AliTOFRecoParam*)calib->ReadRecParFromCDB("TOF/Calib",-1);
-   if(!fRecoParam) {AliFatal("Exiting, no Reconstruction Parameters object found!!!");exit(0);}  
-   if(fRecoParam->GetApplyPbPbCuts())fRecoParam=fRecoParam->GetPbPbparam();
-   Double_t parPID[2];   
-   parPID[0]=fRecoParam->GetTimeResolution();
-   parPID[1]=fRecoParam->GetTimeNSigma();
-   AliDebug(2,Form("TOF PID pars: Sigma= %f  Range= %f",parPID[0],parPID[1]));
-   fPid=new AliTOFpidESD(parPID);
+   fGeom= new AliTOFGeometry();
+
    InitCheckHists();
 
 }
@@ -118,8 +109,8 @@ AliTOFtracker::AliTOFtracker(const AliTOFtracker &t):
   fnbadmatch(0),
   fnunmatch(0),
   fnmatch(0),
-  fTracks(0x0),
-  fSeeds(0x0),
+  fTracks(new TClonesArray("AliTOFtrack")),
+  fSeeds(new TClonesArray("AliESDtrack")),
   fHDigClusMap(0x0),
   fHDigNClus(0x0),
   fHDigClusTime(0x0),
@@ -148,7 +139,6 @@ AliTOFtracker::AliTOFtracker(const AliTOFtracker &t):
   fnunmatch=t.fnunmatch;
   fnmatch=t.fnmatch;
   fRecoParam=t.fRecoParam;
-  fGeom=t.fGeom;
   fPid=t.fPid;
   fSeeds=t.fSeeds;
   fTracks=t.fTracks;
@@ -167,7 +157,7 @@ AliTOFtracker& AliTOFtracker::operator=(const AliTOFtracker &t)
   this->fnunmatch=t.fnunmatch;
   this->fnmatch=t.fnmatch;
   this->fRecoParam = t.fRecoParam;
-  this->fGeom = t.fGeom;
+  this->fGeom=t.fGeom;
   this->fPid = t.fPid;
   this->fSeeds=t.fSeeds;
   this->fTracks=t.fTracks;
@@ -183,7 +173,9 @@ AliTOFtracker::~AliTOFtracker() {
 
   SaveCheckHists();
 
-  delete fRecoParam; 
+  if(!(AliCDBManager::Instance()->GetCacheFlag())){
+    delete fRecoParam;
+  }
   delete fGeom; 
   delete fPid; 
   delete fHDigClusMap;
@@ -197,13 +189,41 @@ AliTOFtracker::~AliTOFtracker() {
   delete fHRecSigYVsPWin;
   delete fHRecSigZVsPWin;
   delete fCalTree;
+  if (fTracks){
+    fTracks->Delete();
+    delete fTracks;
+    fTracks=0x0;
+  }
+  if (fSeeds){
+    fSeeds->Delete();
+    delete fSeeds;
+    fSeeds=0x0;
+  }
+
 }
 //_____________________________________________________________________________
-Int_t AliTOFtracker::PropagateBack(AliESD* event) {
+Int_t AliTOFtracker::PropagateBack(AliESDEvent* event) {
   //
   // Gets seeds from ESD event and Match with TOF Clusters
   //
 
+  // initialize RecoParam for current event
+
+  AliInfo("Initializing params for TOF... ");
+
+  fRecoParam = AliTOFReconstructor::GetRecoParam();  // instantiate reco param from STEER...
+
+  if (fRecoParam == 0x0) { 
+    AliFatal("No Reco Param found for TOF!!!");
+  }
+  //fRecoParam->Dump();
+  if(fRecoParam->GetApplyPbPbCuts())fRecoParam=fRecoParam->GetPbPbparam();
+  //fRecoParam->PrintParameters();
+
+  Double_t parPID[2];   
+  parPID[0]=fRecoParam->GetTimeResolution();
+  parPID[1]=fRecoParam->GetTimeNSigma();
+  fPid=new AliTOFpidESD(parPID);
 
   //Initialise some counters
 
@@ -216,7 +236,6 @@ Int_t AliTOFtracker::PropagateBack(AliESD* event) {
 
   Int_t ntrk=event->GetNumberOfTracks();
   fNseeds = ntrk;
-  fSeeds= new TClonesArray("AliESDtrack",ntrk);
   TClonesArray &aESDTrack = *fSeeds;
 
 
@@ -249,6 +268,8 @@ Int_t AliTOFtracker::PropagateBack(AliESD* event) {
       t->SetTOFsignal(seed->GetTOFsignal());
       t->SetTOFcluster(seed->GetTOFcluster());
       t->SetTOFsignalToT(seed->GetTOFsignalToT());
+      t->SetTOFsignalRaw(seed->GetTOFsignalRaw());
+      t->SetTOFsignalDz(seed->GetTOFsignalDz());
       t->SetTOFCalChannel(seed->GetTOFCalChannel());
       Int_t tlab[3]; seed->GetTOFLabel(tlab);    
       t->SetTOFLabel(tlab);
@@ -266,9 +287,9 @@ Int_t AliTOFtracker::PropagateBack(AliESD* event) {
   Bool_t timeZeroFromT0  = fRecoParam->GetTimeZerofromT0();
   Bool_t timeZeroFromTOF = fRecoParam->GetTimeZerofromTOF();
 
-  AliDebug(2,Form("Use Time Zero?: %d",usetimeZero));
-  AliDebug(2,Form("Time Zero from T0? : %d",timeZeroFromT0));
-  AliDebug(2,Form("Time Zero From TOF? : %d",timeZeroFromTOF));
+  AliDebug(1,Form("Use Time Zero?: %d",usetimeZero));
+  AliDebug(1,Form("Time Zero from T0? : %d",timeZeroFromT0));
+  AliDebug(1,Form("Time Zero From TOF? : %d",timeZeroFromTOF));
 
   if(usetimeZero){
     if(timeZeroFromT0){
@@ -282,41 +303,35 @@ Int_t AliTOFtracker::PropagateBack(AliESD* event) {
   //Make TOF PID
   fPid->MakePID(event,timeZero);
 
-  if (fSeeds) {
-    fSeeds->Delete();
-    delete fSeeds;
-    fSeeds = 0x0;
-  }
-  if (fTracks) {
-    fTracks->Delete();
-    delete fTracks;
-    fTracks = 0x0;
-  }
+  fSeeds->Clear();
+  fTracks->Clear();
   return 0;
   
 }
 //_________________________________________________________________________
 void AliTOFtracker::CollectESD() {
    //prepare the set of ESD tracks to be matched to clusters in TOF
+
+  Int_t seedsTOF1=0;
+  Int_t seedsTOF2=0;
  
-  fTracks= new TClonesArray("AliTOFtrack");
   TClonesArray &aTOFTrack = *fTracks;
   for (Int_t i=0; i<fNseeds; i++) {
 
     AliESDtrack *t =(AliESDtrack*)fSeeds->UncheckedAt(i);
     if ((t->GetStatus()&AliESDtrack::kTPCout)==0)continue;
 
-    // TRD good tracks, already propagated at 371 cm
+    // TRD 'good' tracks, already propagated at 372 cm
 
     AliTOFtrack *track = new AliTOFtrack(*t); // New
     Double_t x = track->GetX(); //New
-
     if (((t->GetStatus()&AliESDtrack::kTRDout)!=0 ) && 
-        ( x >= fGeom->RinTOF()) ){
+        ( x >= AliTOFGeometry::RinTOF()) ){
       track->SetSeedIndex(i);
       t->UpdateTrackParams(track,AliESDtrack::kTOFout);    
       new(aTOFTrack[fNseedsTOF]) AliTOFtrack(*track);
       fNseedsTOF++;
+      seedsTOF1++;
       delete track;
     }
 
@@ -328,12 +343,15 @@ void AliTOFtracker::CollectESD() {
        t->UpdateTrackParams(track,AliESDtrack::kTOFout);    
        new(aTOFTrack[fNseedsTOF]) AliTOFtrack(*track);
        fNseedsTOF++;
+       seedsTOF2++;
       }
       delete track;
     }
   }
 
-  AliInfo(Form("Number of TOF seedds %i",fNseedsTOF));
+  AliInfo(Form("Number of TOF seeds %i",fNseedsTOF));
+  AliInfo(Form("Number of TOF seeds Type 1 %i",seedsTOF1));
+  AliInfo(Form("Number of TOF seeds Type 2 %i",seedsTOF2));
 
   // Sort according uncertainties on track position 
   fTracks->Sort();
@@ -347,9 +365,10 @@ void AliTOFtracker::MatchTracks( Bool_t mLastStep){
 
   static Float_t corrLen=0.75;
   static Float_t detDepth=15.3;
+  static Float_t padDepth=0.5;
 
-  Float_t dY=fGeom->XPad(); 
-  Float_t dZ=fGeom->ZPad(); 
+  Float_t dY=AliTOFGeometry::XPad(); 
+  Float_t dZ=AliTOFGeometry::ZPad(); 
 
   Float_t sensRadius = fRecoParam->GetSensRadius();
   Float_t stepSize   = fRecoParam->GetStepSize();
@@ -357,21 +376,19 @@ void AliTOFtracker::MatchTracks( Bool_t mLastStep){
   Float_t dyMax=fRecoParam->GetWindowSizeMaxY(); 
   Float_t dzMax=fRecoParam->GetWindowSizeMaxZ();
   Float_t dCut=fRecoParam->GetDistanceCut();
-  Double_t maxChi2=fRecoParam->GetMaxChi2();
-
+  Double_t maxChi2=fRecoParam->GetMaxChi2TRD();
   Bool_t timeWalkCorr    = fRecoParam->GetTimeWalkCorr();
-
-  AliDebug(2,Form("Time Walk Correction? : %d",timeWalkCorr));
-
-  AliDebug(2,"TOF RecPars pars: \n");
-  AliDebug(2,Form("TOF sens radius: %f",sensRadius));
-  AliDebug(2,Form("TOF step size: %f",stepSize));
-  AliDebug(2,Form("TOF Window scale factor: %f",scaleFact));
-  AliDebug(2,Form("TOF Window max dy: %f",dyMax));
-  AliDebug(2,Form("TOF Window max dz: %f",dzMax));
-  AliDebug(2,Form("TOF distance Cut: %f",dCut));
-  AliDebug(2,Form("TOF Max Chi2: %f",maxChi2));
-
+  if(!mLastStep){
+    AliDebug(1,"++++++++++++++TOF Reconstruction Parameters:++++++++++++ \n");
+    AliDebug(1,Form("TOF sens radius: %f",sensRadius));
+    AliDebug(1,Form("TOF step size: %f",stepSize));
+    AliDebug(1,Form("TOF Window scale factor: %f",scaleFact));
+    AliDebug(1,Form("TOF Window max dy: %f",dyMax));
+    AliDebug(1,Form("TOF Window max dz: %f",dzMax));
+    AliDebug(1,Form("TOF distance Cut: %f",dCut));
+    AliDebug(1,Form("TOF Max Chi2: %f",maxChi2));
+    AliDebug(1,Form("Time Walk Correction? : %d",timeWalkCorr));   
+  }
   //Match ESD tracks to clusters in TOF
 
 
@@ -379,14 +396,11 @@ void AliTOFtracker::MatchTracks( Bool_t mLastStep){
 
   Int_t nSteps=(Int_t)(detDepth/stepSize);
 
-  AliTOFcalib *calib = new AliTOFcalib(fGeom);
-
   //PH Arrays (moved outside of the loop)
 
   Float_t * trackPos[4];
   for (Int_t ii=0; ii<4; ii++) trackPos[ii] = new Float_t[nSteps];
-  Int_t * clind[6];
-  for (Int_t ii=0;ii<6;ii++) clind[ii] = new Int_t[fN];
+  Int_t * clind = new Int_t[fN];
   
   for (Int_t iseed=0; iseed<fNseedsTOF; iseed++) {
 
@@ -439,7 +453,10 @@ void AliTOFtracker::MatchTracks( Bool_t mLastStep){
       if (c->GetZ() > z+dz) break;
       if (c->IsUsed()) continue;
 
-      if (!c->GetStatus()) continue; // skip bad channels as declared in OCDB
+      if (!c->GetStatus()) {
+             AliDebug(1,"Cluster in channel declared bad!");
+             continue; // skip bad channels as declared in OCDB
+      }
 
       Double_t dph=TMath::Abs(c->GetPhi()-phi);
       if (dph>TMath::Pi()) dph-=2.*TMath::Pi();
@@ -447,22 +464,17 @@ void AliTOFtracker::MatchTracks( Bool_t mLastStep){
 
       Double_t yc=(c->GetPhi() - trackTOFin->GetAlpha())*c->GetR();
       Double_t p[2]={yc, c->GetZ()};
-      Double_t cov[3]= {dY*dY/12., 0., dZ*dZ/12.};
-      if (trackTOFin->AliExternalTrackParam::GetPredictedChi2(p,cov) > maxChi2)continue;
-
-      clind[0][nc] = c->GetDetInd(0);
-      clind[1][nc] = c->GetDetInd(1);
-      clind[2][nc] = c->GetDetInd(2);
-      clind[3][nc] = c->GetDetInd(3);
-      clind[4][nc] = c->GetDetInd(4);
-      clind[5][nc] = k;      
+      Double_t cov2[3]= {dY*dY/12., 0., dZ*dZ/12.};
+      if (trackTOFin->AliExternalTrackParam::GetPredictedChi2(p,cov2) > maxChi2)continue;
+
+      clind[nc] = k;      
       Char_t path[100];
       Int_t ind[5];
-      ind[0]=clind[0][nc];
-      ind[1]=clind[1][nc];
-      ind[2]=clind[2][nc];
-      ind[3]=clind[3][nc];
-      ind[4]=clind[4][nc];
+      ind[0]=c->GetDetInd(0);
+      ind[1]=c->GetDetInd(1);
+      ind[2]=c->GetDetInd(2);
+      ind[3]=c->GetDetInd(3);
+      ind[4]=c->GetDetInd(4);
       fGeom->GetVolumePath(ind,path);
       gGeoManager->cd(path);
       global[nc] = *gGeoManager->GetCurrentMatrix();
@@ -474,18 +486,18 @@ void AliTOFtracker::MatchTracks( Bool_t mLastStep){
     Int_t nStepsDone = 0;
     for( Int_t istep=0; istep<nSteps; istep++){ 
 
-      Float_t xs=fGeom->RinTOF()+istep*0.1;
-      Double_t ymax=xs*TMath::Tan(0.5*fGeom->GetAlpha());
+      Float_t xs=AliTOFGeometry::RinTOF()+istep*0.1;
+      Double_t ymax=xs*TMath::Tan(0.5*AliTOFGeometry::GetAlpha());
 
       Bool_t skip=kFALSE;
       Double_t ysect=trackTOFin->GetYat(xs,skip);
       if (skip) break;
       if (ysect > ymax) {
-       if (!trackTOFin->Rotate(fGeom->GetAlpha())) {
+       if (!trackTOFin->Rotate(AliTOFGeometry::GetAlpha())) {
          break;
        }
       } else if (ysect <-ymax) {
-       if (!trackTOFin->Rotate(fGeom->GetAlpha())) {
+       if (!trackTOFin->Rotate(AliTOFGeometry::GetAlpha())) {
          break;
        }
       }
@@ -508,9 +520,10 @@ void AliTOFtracker::MatchTracks( Bool_t mLastStep){
 
 
     Int_t nfound = 0;
+    Bool_t accept = kFALSE;
+    Bool_t isInside =kFALSE;
     for (Int_t istep=0; istep<nStepsDone; istep++) {
 
-      Bool_t isInside =kFALSE;
       Float_t ctrackPos[3];    
 
       ctrackPos[0]= trackPos[0][istep];
@@ -519,31 +532,30 @@ void AliTOFtracker::MatchTracks( Bool_t mLastStep){
 
       //now see whether the track matches any of the TOF clusters            
 
+      Float_t dist3d[3];
+      accept=kFALSE;
       for (Int_t i=0; i<nc; i++){
-       Int_t cind[5];
-       cind[0]= clind[0][i];
-       cind[1]= clind[1][i];
-       cind[2]= clind[2][i];
-       cind[3]= clind[3][i];
-       cind[4]= clind[4][i];
-        Bool_t accept = kFALSE;
-       if( mLastStep)accept = (fGeom->DistanceToPad(cind,global[i],ctrackPos)<dCut);
-       if(!mLastStep)accept = (fGeom->IsInsideThePad(cind,global[i],ctrackPos));
+        isInside=fGeom->IsInsideThePad(global[i],ctrackPos,dist3d);
+
+        if( mLastStep){
+          Float_t xLoc=dist3d[0];
+          Float_t rLoc=TMath::Sqrt(dist3d[1]*dist3d[1]+dist3d[2]*dist3d[2]);
+         accept = (TMath::Abs(xLoc)<padDepth*0.5 && rLoc<dCut);
+       }
+       else{
+         accept = isInside;
+       }
        if(accept){
-         if(!mLastStep)isInside=kTRUE;
-          Float_t dist3d[3];
-         dist[nfound]=fGeom->DistanceToPad(cind,global[i],ctrackPos,dist3d);
+         dist[nfound]=TMath::Sqrt(dist3d[0]*dist3d[0]+dist3d[1]*dist3d[1]+dist3d[2]*dist3d[2]);
          distZ[nfound]=dist3d[2];
          crecL[nfound]=trackPos[3][istep];
-         index[nfound]=clind[5][i]; // store cluster id            
-         cxpos[nfound]=fGeom->RinTOF()+istep*0.1; //store prop.radius
+         index[nfound]=clind[i]; // store cluster id       
+         cxpos[nfound]=AliTOFGeometry::RinTOF()+istep*0.1; //store prop.radius
          nfound++;
-         if(isInside)break;
+         if(accept &&!mLastStep)break;
        }//end if accept
       } //end for on the clusters
-
-
-      if(isInside)break;
+      if(accept &&!mLastStep)break;
     } //end for on the steps     
 
 
@@ -558,7 +570,7 @@ void AliTOFtracker::MatchTracks( Bool_t mLastStep){
 
     // now choose the cluster to be matched with the track.
 
-    Int_t idclus=0;
+    Int_t idclus=-1;
     Float_t  recL = 0.;
     Float_t  xpos=0.;
     Float_t  mindist=1000.;
@@ -573,7 +585,16 @@ void AliTOFtracker::MatchTracks( Bool_t mLastStep){
       }
     }
 
+
     AliTOFcluster *c=fClusters[idclus];
+
+    AliDebug(2, Form("%7i     %7i     %10i     %10i  %10i  %10i      %7i",
+                    iseed,
+                    fnmatch-1,
+                    TMath::Abs(trackTOFin->GetLabel()),
+                    c->GetLabel(0), c->GetLabel(1), c->GetLabel(2),
+                    idclus)); // AdC
+
     c->Use(); 
 
     // Track length correction for matching Step 2 
@@ -609,15 +630,19 @@ void AliTOFtracker::MatchTracks( Bool_t mLastStep){
     delete trackTOFin;
 
     //  Store quantities to be used in the TOF Calibration
-    Float_t tToT=fGeom->ToTBinWidth()*c->GetToT()*1E-3; // in ns
+    Float_t tToT=AliTOFGeometry::ToTBinWidth()*c->GetToT()*1E-3; // in ns
     t->SetTOFsignalToT(tToT);
+    Float_t rawTime=AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*c->GetTDCRAW()+32; // RAW time,in ps
+    t->SetTOFsignalRaw(rawTime);
+    t->SetTOFsignalDz(mindistZ);
+    AliDebug(2,Form(" Setting TOF raw time: %f, z distance: %f time: %f = ",rawTime,mindistZ));    
     Int_t ind[5];
     ind[0]=c->GetDetInd(0);
     ind[1]=c->GetDetInd(1);
     ind[2]=c->GetDetInd(2);
     ind[3]=c->GetDetInd(3);
     ind[4]=c->GetDetInd(4);
-    Int_t calindex = calib->GetIndex(ind);
+    Int_t calindex = AliTOFGeometry::GetIndex(ind);
     t->SetTOFCalChannel(calindex);
 
     // keep track of the track labels in the matched cluster
@@ -625,11 +650,17 @@ void AliTOFtracker::MatchTracks( Bool_t mLastStep){
     tlab[0]=c->GetLabel(0);
     tlab[1]=c->GetLabel(1);
     tlab[2]=c->GetLabel(2);
-    
-    Double_t tof=fGeom->TdcBinWidth()*c->GetTDC()+32; // in ps
-    if(timeWalkCorr)tof=CorrectTimeWalk(mindistZ,tof);
-    t->SetTOFsignal(tof);
+    AliDebug(2,Form(" tdc time of the matched track %i = ",c->GetTDC()));    
+    Double_t tof=AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*c->GetTDC()+32; // in ps
+    AliDebug(2,Form(" tof time of the matched track: %f = ",tof));    
+    Double_t tofcorr=tof;
+    if(timeWalkCorr)tofcorr=CorrectTimeWalk(mindistZ,tof);
+    AliDebug(2,Form(" tof time of the matched track, after TW corr: %f = ",tofcorr));    
+    //Set TOF time signal and pointer to the matched cluster
+    t->SetTOFsignal(tofcorr);
     t->SetTOFcluster(idclus); // pointing to the recPoints tree
+
+    //Tracking info
     Double_t time[AliPID::kSPECIES]; t->GetIntegratedTimes(time);
     Double_t mom=t->GetP();
     for(Int_t j=0;j<AliPID::kSPECIES;j++){
@@ -643,6 +674,8 @@ void AliTOFtracker::MatchTracks( Bool_t mLastStep){
     t->SetIntegratedLength(recL);
     t->SetIntegratedTimes(time);
     t->SetTOFLabel(tlab);
+
     // Fill Reco-QA histos for Reconstruction
     fHRecNClus->Fill(nc);
     fHRecDist->Fill(mindist);
@@ -654,10 +687,9 @@ void AliTOFtracker::MatchTracks( Bool_t mLastStep){
     // Fill Tree for on-the-fly offline Calibration
 
     if ( !((t->GetStatus() & AliESDtrack::kTIME)==0 )){    
-      Float_t rawtime=fGeom->TdcBinWidth()*c->GetTDCRAW()+32; // RAW time,in ps
       fIch=calindex;
       fToT=tToT;
-      fTime=rawtime;
+      fTime=rawTime;
       fExpTimePi=time[2];
       fExpTimeKa=time[3];
       fExpTimePr=time[4];
@@ -666,8 +698,8 @@ void AliTOFtracker::MatchTracks( Bool_t mLastStep){
     delete trackTOFout;
   }
   for (Int_t ii=0; ii<4; ii++) delete [] trackPos[ii];
-  for (Int_t ii=0;ii<6;ii++) delete [] clind[ii];
-  delete calib;
+  delete [] clind;
 }
 //_________________________________________________________________________
 Int_t AliTOFtracker::LoadClusters(TTree *cTree) {
@@ -675,11 +707,11 @@ Int_t AliTOFtracker::LoadClusters(TTree *cTree) {
   //This function loads the TOF clusters
   //--------------------------------------------------------------------
 
-  Int_t npadX = fGeom->NpadX();
-  Int_t npadZ = fGeom->NpadZ();
-  Int_t nStripA = fGeom->NStripA();
-  Int_t nStripB = fGeom->NStripB();
-  Int_t nStripC = fGeom->NStripC();
+  Int_t npadX = AliTOFGeometry::NpadX();
+  Int_t npadZ = AliTOFGeometry::NpadZ();
+  Int_t nStripA = AliTOFGeometry::NStripA();
+  Int_t nStripB = AliTOFGeometry::NStripB();
+  Int_t nStripC = AliTOFGeometry::NStripC();
 
   TBranch *branch=cTree->GetBranch("TOF");
   if (!branch) { 
@@ -687,7 +719,9 @@ Int_t AliTOFtracker::LoadClusters(TTree *cTree) {
     return 1;
   }
 
-  TClonesArray dummy("AliTOFcluster",10000), *clusters=&dummy;
+  static TClonesArray dummy("AliTOFcluster",10000);
+  dummy.Clear();
+  TClonesArray *clusters=&dummy;
   branch->SetAddress(&clusters);
 
   cTree->GetEvent(0);
@@ -708,8 +742,8 @@ Int_t AliTOFtracker::LoadClusters(TTree *cTree) {
     Int_t ipadX = c->GetDetInd(4);
     Int_t ipadZ = c->GetDetInd(3);
 
-    Float_t time =(fGeom->TdcBinWidth()*c->GetTDC())*1E-3; // in ns
-    Float_t tot = (fGeom->TdcBinWidth()*c->GetToT())*1E-3;//in ns
+    Float_t time =(AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*c->GetTDC())*1E-3; // in ns
+    Float_t tot = (AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*c->GetToT())*1E-3;//in ns
  
     Int_t stripOffset = 0;
     switch (iplate) {
@@ -783,10 +817,10 @@ Bool_t AliTOFtracker::GetTrackPoint(Int_t index, AliTrackPoint& p) const
   xyz[2] = cl->GetZ();
   Float_t phiangle = (Int_t(cl->GetPhi()*TMath::RadToDeg()/20.)+0.5)*20.*TMath::DegToRad();
   Float_t sinphi = TMath::Sin(phiangle), cosphi = TMath::Cos(phiangle);
-  Float_t tiltangle = fGeom->GetAngles(cl->GetDetInd(1),cl->GetDetInd(2))*TMath::DegToRad();
+  Float_t tiltangle = AliTOFGeometry::GetAngles(cl->GetDetInd(1),cl->GetDetInd(2))*TMath::DegToRad();
   Float_t sinth = TMath::Sin(tiltangle), costh = TMath::Cos(tiltangle);
-  Float_t sigmay2 = fGeom->XPad()*fGeom->XPad()/12.;
-  Float_t sigmaz2 = fGeom->ZPad()*fGeom->ZPad()/12.;
+  Float_t sigmay2 = AliTOFGeometry::XPad()*AliTOFGeometry::XPad()/12.;
+  Float_t sigmaz2 = AliTOFGeometry::ZPad()*AliTOFGeometry::ZPad()/12.;
   Float_t cov[6];
   cov[0] = sinphi*sinphi*sigmay2 + cosphi*cosphi*sinth*sinth*sigmaz2;
   cov[1] = -sinphi*cosphi*sigmay2 + sinphi*cosphi*sinth*sinth*sigmaz2;
@@ -797,11 +831,11 @@ Bool_t AliTOFtracker::GetTrackPoint(Int_t index, AliTrackPoint& p) const
   p.SetXYZ(xyz[0],xyz[1],xyz[2],cov);
 
   // Detector numbering scheme
-  Int_t nSector = fGeom->NSectors();
-  Int_t nPlate  = fGeom->NPlates();
-  Int_t nStripA = fGeom->NStripA();
-  Int_t nStripB = fGeom->NStripB();
-  Int_t nStripC = fGeom->NStripC();
+  Int_t nSector = AliTOFGeometry::NSectors();
+  Int_t nPlate  = AliTOFGeometry::NPlates();
+  Int_t nStripA = AliTOFGeometry::NStripA();
+  Int_t nStripB = AliTOFGeometry::NStripB();
+  Int_t nStripC = AliTOFGeometry::NStripC();
 
   Int_t isector = cl->GetDetInd(0);
   if (isector >= nSector)
@@ -836,7 +870,7 @@ Bool_t AliTOFtracker::GetTrackPoint(Int_t index, AliTrackPoint& p) const
   Int_t idet = (2*(nStripC+nStripB)+nStripA)*isector +
                stripOffset +
                istrip;
-  UShort_t volid = AliAlignObj::LayerToVolUID(AliAlignObj::kTOF,idet);
+  UShort_t volid = AliGeomManager::LayerToVolUID(AliGeomManager::kTOF,idet);
   p.SetVolumeID((UShort_t)volid);
   return kTRUE;
 }
@@ -846,6 +880,23 @@ void AliTOFtracker::InitCheckHists() {
   //Init histos for Digits/Reco QA and Calibration
 
 
+  TDirectory *dir = gDirectory;
+  TFile *logFileTOF = 0;
+
+  TSeqCollection *list = gROOT->GetListOfFiles();
+  int n = list->GetEntries();
+  Bool_t isThere=kFALSE;
+  for(int i=0; i<n; i++) {
+    logFileTOF = (TFile*)list->At(i);
+    if (strstr(logFileTOF->GetName(), "TOFQA.root")){
+      isThere=kTRUE;
+      break;
+    } 
+  }
+
+  if(!isThere)logFileTOF = new TFile( "TOFQA.root","RECREATE");
+  logFileTOF->cd(); 
+
   fCalTree = new TTree("CalTree", "Tree for TOF calibration");
   fCalTree->Branch("TOFchannelindex",&fIch,"iTOFch/I");
   fCalTree->Branch("ToT",&fToT,"TOFToT/F");
@@ -867,6 +918,9 @@ void AliTOFtracker::InitCheckHists() {
   fHRecSigZVsP=new TH2F("TOFDig_SigZVsP", "",40,0.,4.,100, 0.,5.);
   fHRecSigYVsPWin=new TH2F("TOFDig_SigYVsPWin", "",40,0.,4.,100, 0.,50.);
   fHRecSigZVsPWin=new TH2F("TOFDig_SigZVsPWin", "",40,0.,4.,100, 0.,50.);
+
+  dir->cd();
+
 }
 
 //_________________________________________________________________________
@@ -875,16 +929,10 @@ void AliTOFtracker::SaveCheckHists() {
   //write histos for Digits/Reco QA and Calibration
 
   TDirectory *dir = gDirectory;
-  TFile *logFile = 0;
   TFile *logFileTOF = 0;
 
   TSeqCollection *list = gROOT->GetListOfFiles();
   int n = list->GetEntries();
-  for(int i=0; i<n; i++) {
-    logFile = (TFile*)list->At(i);
-    if (strstr(logFile->GetName(), "AliESDs.root")) break;
-  }
-
   Bool_t isThere=kFALSE;
   for(int i=0; i<n; i++) {
     logFileTOF = (TFile*)list->At(i);
@@ -894,21 +942,10 @@ void AliTOFtracker::SaveCheckHists() {
     } 
   }
    
-  logFile->cd();
-  fHDigClusMap->Write(fHDigClusMap->GetName(), TObject::kOverwrite);
-  fHDigNClus->Write(fHDigNClus->GetName(), TObject::kOverwrite);
-  fHDigClusTime->Write(fHDigClusTime->GetName(), TObject::kOverwrite);
-  fHDigClusToT->Write(fHDigClusToT->GetName(), TObject::kOverwrite);
-  fHRecNClus->Write(fHRecNClus->GetName(), TObject::kOverwrite);
-  fHRecDist->Write(fHRecDist->GetName(), TObject::kOverwrite);
-  fHRecSigYVsP->Write(fHRecSigYVsP->GetName(), TObject::kOverwrite);
-  fHRecSigZVsP->Write(fHRecSigZVsP->GetName(), TObject::kOverwrite);
-  fHRecSigYVsPWin->Write(fHRecSigYVsPWin->GetName(), TObject::kOverwrite);
-  fHRecSigZVsPWin->Write(fHRecSigZVsPWin->GetName(), TObject::kOverwrite);
-  fCalTree->Write(fCalTree->GetName(),TObject::kOverwrite);
-  logFile->Flush();  
-
-  if(!isThere)logFileTOF = new TFile( "TOFQA.root","RECREATE");
+  if(!isThere) {
+         AliError(Form("File TOFQA.root not found!! not wring histograms...."));
+         return;
+  }
   logFileTOF->cd(); 
   fHDigClusMap->Write(fHDigClusMap->GetName(), TObject::kOverwrite);
   fHDigNClus->Write(fHDigNClus->GetName(), TObject::kOverwrite);
@@ -930,7 +967,7 @@ Float_t AliTOFtracker::CorrectTimeWalk( Float_t dist, Float_t tof) {
 
   //dummy, for the moment
   Float_t tofcorr=0.;
-  if(dist<fGeom->ZPad()*0.5){
+  if(dist<AliTOFGeometry::ZPad()*0.5){
     tofcorr=tof;
     //place here the actual correction
   }else{
@@ -939,14 +976,14 @@ Float_t AliTOFtracker::CorrectTimeWalk( Float_t dist, Float_t tof) {
   return tofcorr;
 }
 //_________________________________________________________________________
-Float_t AliTOFtracker::GetTimeZerofromT0(AliESD *event) {
+Float_t AliTOFtracker::GetTimeZerofromT0(AliESDEvent *event) const {
 
   //Returns TimeZero as measured by T0 detector
 
   return event->GetT0();
 }
 //_________________________________________________________________________
-Float_t AliTOFtracker::GetTimeZerofromTOF(AliESD *event) {
+Float_t AliTOFtracker::GetTimeZerofromTOF(AliESDEvent * /*event*/) const {
 
   //dummy, for the moment. T0 algorithm using tracks on TOF
   {
@@ -954,3 +991,17 @@ Float_t AliTOFtracker::GetTimeZerofromTOF(AliESD *event) {
   }
   return 0.;
 }
+//_________________________________________________________________________
+
+void AliTOFtracker::FillClusterArray(TObjArray* arr) const
+{
+  //
+  // Returns the TOF cluster array
+  //
+
+  if (fN==0)
+    arr = 0x0;
+  else
+    for (Int_t i=0; i<fN; ++i) arr->Add(fClusters[i]);
+
+}