]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - TPC/AliTPCCalibPedestal.cxx
Fixing a possible leak, logics still flawed though...
[u/mrichter/AliRoot.git] / TPC / AliTPCCalibPedestal.cxx
index 142a831e9a136362e9afc0ca79851c4b861e5640..c47c8926319c16725e16211e5cd2d4c771ef2cac 100644 (file)
@@ -18,7 +18,6 @@
 
 
 //Root includes
-#include <TObjArray.h>
 #include <TH1F.h>
 #include <TH2F.h>
 #include <TString.h>
@@ -27,6 +26,7 @@
 #include <TRandom.h>
 #include <TDirectory.h>
 #include <TFile.h>
+#include <TMap.h>
 //AliRoot includes
 #include "AliRawReader.h"
 #include "AliRawReaderRoot.h"
 //
 // - Accessing the calibration storage objects:
 //
-// AliTPCCalROC *GetCalRocPedestal(Int_t sector);  - for the pedestal values
-// AliTPCCalROC *GetCalRocNoise(Int_t sector);     - for the Noise values
+// AliTPCCalROC *GetCalRocPedestal(Int_t sector);  - for the pedestal values, mean from gaus fit
+// AliTPCCalROC *GetCalRocSigma(Int_t sector);     - for the Noise values, sigma from guas fit
+// AliTPCCalROC *GetCalRocMean(Int_t sector);  - for the pedestal values, truncated mean
+// AliTPCCalROC *GetCalRocRMS(Int_t sector);     - for the Noise values, rms from truncated mean
 //
 // example for visualisation:
 // if the file "PedestalData.root" was created using the above example one could do the following:
  ped.GetCalRocPedestal(36)->Draw("colz");
  c2->cd(4);
  ped.GetCalRocRMS(36)->Draw("colz");
-
-
 */
-
+//
+// Time dependent pedestals:
+//
+// If wished there is the possibility to calculate for each channel and time bin
+// the mean pedestal [pedestals(t)]. This is done by
+//
+// 1) setting SetTimeAnalysis(kTRUE),
+// 2) processing the data by looping over the events using ProcessEvent(..)
+// 3) calling the Analyse() and AnalyseTime(nevents) functions (providing nevents)
+// 4) getting the pedestals(t) using   TArrayF **timePed = calibPedestal.GetTimePedestals();
+// 5) looking at values using   timePed[row][pad].At(timebin)
+//
+// This functionality is intended to be used on an LDC bu the detector algorithm
+// (TPCPEDESTALda) to generate a data set used for configuration of the pattern
+// memory for baseline subtraction in the ALTROs. Later the information should also
+// be stored as reference data.
+//
 
 
 ClassImp(AliTPCCalibPedestal)
 
-AliTPCCalibPedestal::AliTPCCalibPedestal() : /*FOLD00*/
-  TObject(),
-  fFirstTimeBin(60),
-  fLastTimeBin(1000),
+AliTPCCalibPedestal::AliTPCCalibPedestal() : 
+  AliTPCCalibRawBase(),
   fAdcMin(1),
   fAdcMax(100),
-  fOldRCUformat(kTRUE),
-  fROC(AliTPCROC::Instance()),
+  fAnaMeanDown(0.),
+  fAnaMeanUp(1.),
+  fTimeAnalysis(kFALSE),
   fCalRocArrayPedestal(72),
-  fCalRocArrayRMS(72),
-  fHistoPedestalArray(72)
+  fCalRocArraySigma(72),
+  fHistoPedestalArray(72),
+  fTimeSignal(NULL),
+  fCalRocArrayMean(72),
+  fCalRocArrayRMS(72)
 {
-    //
-    // default constructor
-    //
+  //
+  // default constructor
+  //
+  SetNameTitle("AliTPCCalibPedestal","AliTPCCalibPedestal");
+  fFirstTimeBin=60;
+  fLastTimeBin=1000;
 }
+
+
 //_____________________________________________________________________
-AliTPCCalibPedestal::AliTPCCalibPedestal(const AliTPCCalibPedestal &ped) : /*FOLD00*/
-  TObject(ped),
-  fFirstTimeBin(ped.GetFirstTimeBin()),
-  fLastTimeBin(ped.GetLastTimeBin()),
+AliTPCCalibPedestal::AliTPCCalibPedestal(const AliTPCCalibPedestal &ped) : 
+  AliTPCCalibRawBase(ped),
   fAdcMin(ped.GetAdcMin()),
   fAdcMax(ped.GetAdcMax()),
-  fOldRCUformat(kTRUE),
-  fROC(AliTPCROC::Instance()),
+  fAnaMeanDown(ped.fAnaMeanDown),
+  fAnaMeanUp(ped.fAnaMeanUp),
+  fTimeAnalysis(ped.fTimeAnalysis),
   fCalRocArrayPedestal(72),
-  fCalRocArrayRMS(72),
-  fHistoPedestalArray(72)
+  fCalRocArraySigma(72),
+  fHistoPedestalArray(72),
+  fTimeSignal(ped.fTimeSignal),
+  fCalRocArrayMean(72),
+  fCalRocArrayRMS(72)
 {
-    //
-    // copy constructor
-    //
-    for (Int_t iSec = 0; iSec < 72; ++iSec){
-       const AliTPCCalROC *calPed = (AliTPCCalROC*)ped.fCalRocArrayPedestal.UncheckedAt(iSec);
-       const AliTPCCalROC *calRMS = (AliTPCCalROC*)ped.fCalRocArrayRMS.UncheckedAt(iSec);
-       const TH2F         *hPed   = (TH2F*)ped.fHistoPedestalArray.UncheckedAt(iSec);
-
-       if ( calPed != 0x0 ) fCalRocArrayPedestal.AddAt(new AliTPCCalROC(*calPed), iSec);
-       if ( calRMS != 0x0 ) fCalRocArrayRMS.AddAt(new AliTPCCalROC(*calRMS), iSec);
-
-       if ( hPed != 0x0 ){
-           TH2F *hNew = new TH2F(*hPed);
-           hNew->SetDirectory(0);
-           fHistoPedestalArray.AddAt(hNew,iSec);
-       }
+  //
+  // copy constructor
+  //
+  for (Int_t iSec = 0; iSec < 72; ++iSec){
+    const AliTPCCalROC *calPed = (AliTPCCalROC*)ped.fCalRocArrayPedestal.UncheckedAt(iSec);
+    const AliTPCCalROC *calRMS = (AliTPCCalROC*)ped.fCalRocArrayRMS.UncheckedAt(iSec);
+    const TH2F         *hPed   = (TH2F*)ped.fHistoPedestalArray.UncheckedAt(iSec);
+    
+    if ( calPed != 0x0 ) fCalRocArrayPedestal.AddAt(new AliTPCCalROC(*calPed), iSec);
+    if ( calRMS != 0x0 ) fCalRocArrayRMS.AddAt(new AliTPCCalROC(*calRMS), iSec);
+    
+    if ( hPed != 0x0 ){
+      TH2F *hNew = new TH2F(*hPed);
+      hNew->SetDirectory(0);
+      fHistoPedestalArray.AddAt(hNew,iSec);
     }
+  }
 }
+AliTPCCalibPedestal::AliTPCCalibPedestal(const TMap *config): 
+  AliTPCCalibRawBase(),
+  fAdcMin(1),
+  fAdcMax(100),
+  fAnaMeanDown(0.),
+  fAnaMeanUp(1.),
+  fTimeAnalysis(kFALSE),
+  fCalRocArrayPedestal(72),
+  fCalRocArraySigma(72),
+  fHistoPedestalArray(72),
+  fTimeSignal(NULL),
+  fCalRocArrayMean(72),
+  fCalRocArrayRMS(72)  
+{
+ //
+ // This constructor uses a TMap for setting some parametes
+ //
+  SetNameTitle("AliTPCCalibPedestal","AliTPCCalibPedestal");
+  fFirstTimeBin=60;
+  fLastTimeBin=1000;
+  if (config->GetValue("FirstTimeBin")) fFirstTimeBin = ((TObjString*)config->GetValue("FirstTimeBin"))->GetString().Atoi();
+  if (config->GetValue("LastTimeBin"))  fLastTimeBin = ((TObjString*)config->GetValue("LastTimeBin"))->GetString().Atoi();
+  if (config->GetValue("AdcMin"))       fAdcMin = ((TObjString*)config->GetValue("AdcMin"))->GetString().Atoi();
+  if (config->GetValue("AdcMax"))       fAdcMax = ((TObjString*)config->GetValue("AdcMax"))->GetString().Atoi();
+  if (config->GetValue("TimeAnalysis")) SetTimeAnalysis(((TObjString*)config->GetValue("TimeAnalysis"))->GetString().Atoi());
+} 
+
+
 //_____________________________________________________________________
 AliTPCCalibPedestal& AliTPCCalibPedestal::operator = (const  AliTPCCalibPedestal &source)
 {
@@ -241,146 +294,156 @@ AliTPCCalibPedestal& AliTPCCalibPedestal::operator = (const  AliTPCCalibPedestal
 
   return *this;
 }
+
+
 //_____________________________________________________________________
-AliTPCCalibPedestal::~AliTPCCalibPedestal() /*FOLD00*/
+AliTPCCalibPedestal::~AliTPCCalibPedestal() 
 {
   //
   // destructor
   //
 
-    fCalRocArrayPedestal.Delete();
-    fCalRocArrayRMS.Delete();
-    fHistoPedestalArray.Delete();
-    delete fROC;
-}
-//_____________________________________________________________________
-Int_t AliTPCCalibPedestal::Update(const Int_t icsector, /*FOLD00*/
-                               const Int_t icRow,
-                               const Int_t icPad,
-                               const Int_t icTimeBin,
-                               const Float_t csignal)
-{
-    //
-    // Signal filling methode 
-    //
+  fCalRocArrayPedestal.Delete();
+  fCalRocArrayRMS.Delete();
+  fCalRocArraySigma.Delete();
+  fHistoPedestalArray.Delete();
 
-    //return if we are out of the specified time bin or adc range
-    if ( (icTimeBin>fLastTimeBin) || (icTimeBin<fFirstTimeBin) ) return 0;
-    if ( ((Int_t)csignal>fAdcMax) || ((Int_t)csignal<fAdcMin)  ) return 0;
+  if ( fTimeSignal ) {
+    for (Int_t i = 0; i < 159; i++) {
+      delete [] fTimeSignal[i];
+      fTimeSignal[i] = 0;
+    }
+    delete [] fTimeSignal;
+    fTimeSignal = 0;
+  }
 
-    Int_t iChannel  = fROC->GetRowIndexes(icsector)[icRow]+icPad; //  global pad position in sector
+  // do not delete fMapping, because we do not own it.
 
-    // fast filling methode.
-    // Attention: the entry counter of the histogram is not increased
-    //            this means that e.g. the colz draw option gives an empty plot
-    Int_t bin = (iChannel+1)*(fAdcMax-fAdcMin+2)+((Int_t)csignal-fAdcMin+1);
+}
 
-    GetHistoPedestal(icsector,kTRUE)->GetArray()[bin]++;
 
-    return 0;
-}
 //_____________________________________________________________________
-Bool_t AliTPCCalibPedestal::ProcessEvent(AliTPCRawStream *rawStream)
+void AliTPCCalibPedestal::SetTimeAnalysis(Bool_t time)
 {
   //
-  // Event Processing loop - AliTPCRawStream
+  // Use time dependent analysis: Pedestals are analysed as a function
+  // of the drift time. There is one mean value generated for each time
+  // bin and each channel. It can be used as reference data and for
+  // configuration of the ALTRO pattern memory for baseline subtraction.
+  //
+  // ATTENTION: Use only on LDC in TPCPEDESTALda! On a LDC we get data
+  // only from one sector. For the full TPC we would need a lot of
+  // memory (36*159*140*1024*4bytes = 3.3GB)!
   //
 
-  rawStream->SetOldRCUFormat(fOldRCUformat);
-
-  Bool_t withInput = kFALSE;
-
-  while (rawStream->Next()) {
+  fTimeAnalysis = time;
 
-      Int_t isector  = rawStream->GetSector();                       //  current sector
-      Int_t iRow     = rawStream->GetRow();                          //  current row
-      Int_t iPad     = rawStream->GetPad();                          //  current pad
-      Int_t iTimeBin = rawStream->GetTime();                         //  current time bin
-      Float_t signal = rawStream->GetSignal();                       //  current ADC signal
+  if ( !fTimeAnalysis ) return;
 
-      Update(isector,iRow,iPad,iTimeBin,signal);
-      withInput = kTRUE;
+  // prepare array for one sector (159*140*1024*4bytes = 92MB):
+  fTimeSignal = new TArrayF*[159];
+  for (Int_t i = 0; i < 159; i++) {  // padrows
+    fTimeSignal[i] = new TArrayF[140];
+    for (Int_t j = 0; j < 140; j++) {  // pads per row
+      fTimeSignal[i][j].Set(1024);
+      for (Int_t k = 0; k < 1024; k++) {  // time bins per pad
+       fTimeSignal[i][j].AddAt(0., k);
+      }
+    }      
   }
-
-  return withInput;
 }
+
+
 //_____________________________________________________________________
-Bool_t AliTPCCalibPedestal::ProcessEvent(AliRawReader *rawReader)
+Int_t AliTPCCalibPedestal::Update(const Int_t icsector, 
+                                 const Int_t icRow,
+                                 const Int_t icPad,
+                                 const Int_t icTimeBin,
+                                 const Float_t csignal)
 {
   //
-  //  Event processing loop - AliRawReader
+  // Signal filling method
   //
+  if (icRow<0) return 0;
+  if (icPad<0) return 0;
+  if (icTimeBin<0) return 0;
+  // Time dependent pedestals
+  if ( fTimeAnalysis ) {
+    if ( icsector < 36 ) // IROC
+      fTimeSignal[icRow][icPad].AddAt(fTimeSignal[icRow][icPad].At(icTimeBin)+csignal, icTimeBin);
+    else 
+      fTimeSignal[icRow+63][icPad].AddAt(fTimeSignal[icRow+63][icPad].At(icTimeBin)+csignal, icTimeBin);
+  }
+  //return if we are out of the specified time bin or adc range
+  if ( (icTimeBin>fLastTimeBin) || (icTimeBin<fFirstTimeBin) ) return 0;
+  if ( ((Int_t)csignal>fAdcMax) || ((Int_t)csignal<fAdcMin)  ) return 0;
 
+  Int_t iChannel  = fROC->GetRowIndexes(icsector)[icRow]+icPad; //  global pad position in sector
 
-  AliTPCRawStream rawStream(rawReader);
+  // fast filling method
+  // Attention: the entry counter of the histogram is not increased
+  //            this means that e.g. the colz draw option gives an empty plot
+  Int_t bin = (iChannel+1)*(fAdcMax-fAdcMin+2)+((Int_t)csignal-fAdcMin+1);
 
-  rawReader->Select("TPC");
+  GetHistoPedestal(icsector,kTRUE)->GetArray()[bin]++;
 
-  return ProcessEvent(&rawStream);
-}
-//_____________________________________________________________________
-Bool_t AliTPCCalibPedestal::ProcessEvent(eventHeaderStruct *event)
-{
-  //
-  //  process date event
-  //
-    AliRawReader *rawReader = new AliRawReaderDate((void*)event);
-    Bool_t result=ProcessEvent(rawReader);
-    delete rawReader;
-    return result;
+  return 0;
 }
+
+
 //_____________________________________________________________________
-Bool_t AliTPCCalibPedestal::TestEvent() /*FOLD00*/
+Bool_t AliTPCCalibPedestal::TestEvent() 
 {
   //
   //  Test event loop
   // fill one oroc and one iroc with random gaus
   //
 
-    gRandom->SetSeed(0);
-
-    for (UInt_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
-        if (iSec%36>0) continue;
-       for (UInt_t iRow=0; iRow < fROC->GetNRows(iSec); ++iRow){
-           for (UInt_t iPad=0; iPad < fROC->GetNPads(iSec,iRow); ++iPad){
-               for (UInt_t iTimeBin=0; iTimeBin<1024; ++iTimeBin){
-                   Float_t signal=(Int_t)(iRow+3+gRandom->Gaus(0,.7));
-                   if ( signal>0 )Update(iSec,iRow,iPad,iTimeBin,signal);
-               }
-           }
-       }
+  gRandom->SetSeed(0);
+
+  for (UInt_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
+    if (iSec%36>0) continue;
+    for (UInt_t iRow=0; iRow < fROC->GetNRows(iSec); ++iRow){
+      for (UInt_t iPad=0; iPad < fROC->GetNPads(iSec,iRow); ++iPad){
+        for (UInt_t iTimeBin=0; iTimeBin<1024; ++iTimeBin){
+          Float_t signal=(Int_t)(iRow+3+gRandom->Gaus(0,.7));
+          if ( signal>0 )Update(iSec,iRow,iPad,iTimeBin,signal);
+        }
+      }
     }
-    return kTRUE;
+  }
+  return kTRUE;
 }
+
+
 //_____________________________________________________________________
-TH2F* AliTPCCalibPedestal::GetHisto(Int_t sector, TObjArray *arr, /*FOLD00*/
-                                 Int_t nbinsY, Float_t ymin, Float_t ymax,
-                                 Char_t *type, Bool_t force)
+TH2F* AliTPCCalibPedestal::GetHisto(Int_t sector, TObjArray *arr, 
+                                   Int_t nbinsY, Float_t ymin, Float_t ymax,
+                                   const Char_t *type, Bool_t force)
 {
     //
     // return pointer to Q histogram
     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
     //
     if ( !force || arr->UncheckedAt(sector) )
-       return (TH2F*)arr->UncheckedAt(sector);
+      return (TH2F*)arr->UncheckedAt(sector);
 
     // if we are forced and histogram doesn't yes exist create it
-    Char_t name[255], title[255];
-
-    sprintf(name,"hCalib%s%.2d",type,sector);
-    sprintf(title,"%s calibration histogram sector %.2d;ADC channel;Channel (pad)",type,sector);
-
     // new histogram with Q calib information. One value for each pad!
-    TH2F* hist = new TH2F(name,title,
-                         nbinsY, ymin, ymax,
-                         fROC->GetNChannels(sector),0,fROC->GetNChannels(sector)
-                        );
+    TH2F* hist = new TH2F(Form("hCalib%s%.2d",type,sector),
+                          Form("%s calibration histogram sector %.2d;ADC channel;Channel (pad)",type,sector),
+                          nbinsY, ymin, ymax,
+                          fROC->GetNChannels(sector),0,fROC->GetNChannels(sector)
+                         );
     hist->SetDirectory(0);
     arr->AddAt(hist,sector);
     return hist;
 }
+
+
 //_____________________________________________________________________
-TH2F* AliTPCCalibPedestal::GetHistoPedestal(Int_t sector, Bool_t force) /*FOLD00*/
+TH2F* AliTPCCalibPedestal::GetHistoPedestal(Int_t sector, Bool_t force) 
 {
     //
     // return pointer to T0 histogram
@@ -389,8 +452,10 @@ TH2F* AliTPCCalibPedestal::GetHistoPedestal(Int_t sector, Bool_t force) /*FOLD00
     TObjArray *arr = &fHistoPedestalArray;
     return GetHisto(sector, arr, fAdcMax-fAdcMin, fAdcMin, fAdcMax, "Pedestal", force);
 }
+
+
 //_____________________________________________________________________
-AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRoc(Int_t sector, TObjArray* arr, Bool_t force) /*FOLD00*/
+AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRoc(Int_t sector, TObjArray* arr, Bool_t force) 
 {
     //
     // return pointer to ROC Calibration
@@ -406,113 +471,182 @@ AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRoc(Int_t sector, TObjArray* arr, Bool_
     arr->AddAt(croc,sector);
     return croc;
 }
+
+
 //_____________________________________________________________________
-AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocPedestal(Int_t sector, Bool_t force) /*FOLD00*/
+AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocPedestal(Int_t sector, Bool_t force) 
 {
     //
-    // return pointer to Carge ROC Calibration
+    // return pointer to ROC with Pedestal data
     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
     //
     TObjArray *arr = &fCalRocArrayPedestal;
     return GetCalRoc(sector, arr, force);
 }
+
+
 //_____________________________________________________________________
-AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocRMS(Int_t sector, Bool_t force) /*FOLD00*/
+AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocSigma(Int_t sector, Bool_t force) 
 {
     //
-    // return pointer to signal width ROC Calibration
+    // return pointer to  ROC with signal witdth in sigma
     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
     //
-    TObjArray *arr = &fCalRocArrayRMS;
+    TObjArray *arr = &fCalRocArraySigma;
     return GetCalRoc(sector, arr, force);
 }
 //_____________________________________________________________________
-void AliTPCCalibPedestal::Merge(AliTPCCalibPedestal *ped)
+AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocMean(Int_t sector, Bool_t force)
 {
-    //
-    //  Merge reference histograms of sig to the current AliTPCCalibSignal
-    //
-
-    //merge histograms
-    for (Int_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
-       TH2F *hRefPedMerge   = ped->GetHistoPedestal(iSec);
-
-
-       if ( hRefPedMerge ){
-           TDirectory *dir = hRefPedMerge->GetDirectory(); hRefPedMerge->SetDirectory(0);
-           TH2F *hRefPed   = GetHistoPedestal(iSec);
-           if ( hRefPed ) hRefPed->Add(hRefPedMerge);
-           else {
-               TH2F *hist = new TH2F(*hRefPedMerge);
-                hist->SetDirectory(0);
-               fHistoPedestalArray.AddAt(hist, iSec);
-           }
-           hRefPedMerge->SetDirectory(dir);
-       }
-    }
+  //
+    // return pointer to ROC with signal mean information
+    // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
+  //
+  TObjArray *arr = &fCalRocArrayMean;
+  return GetCalRoc(sector, arr, force);
 }
+
 //_____________________________________________________________________
-void AliTPCCalibPedestal::Analyse() /*FOLD00*/
+AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocRMS(Int_t sector, Bool_t force) 
 {
-    //
-    //  Calculate calibration constants
-    //
-
-    Int_t nbinsAdc = fAdcMax-fAdcMin;
-
-    TVectorD param(3);
-    TMatrixD dummy(3,3);
-
-    Float_t *array_hP=0;
-
-
-    for (Int_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
-       TH2F *hP = GetHistoPedestal(iSec);
-        if ( !hP ) continue;
+  //
+    // return pointer to signal width ROC Calibration
+    // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
+  //
+  TObjArray *arr = &fCalRocArrayRMS;
+  return GetCalRoc(sector, arr, force);
+}
 
-       AliTPCCalROC *rocPedestal = GetCalRocPedestal(iSec,kTRUE);
-       AliTPCCalROC *rocRMS      = GetCalRocRMS(iSec,kTRUE);
 
-       array_hP = hP->GetArray();
-        UInt_t nChannels = fROC->GetNChannels(iSec);
+//_____________________________________________________________________
+void AliTPCCalibPedestal::Merge(AliTPCCalibPedestal * const ped)
+{
+  //
+  //  Merge reference histograms of sig to the current AliTPCCalibSignal
+  //
+  MergeBase(ped);
+  // merge histograms
+  for (Int_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
+    TH2F *hRefPedMerge   = ped->GetHistoPedestal(iSec);
+    
+    if ( hRefPedMerge ){
+      TDirectory *dir = hRefPedMerge->GetDirectory(); hRefPedMerge->SetDirectory(0);
+      TH2F *hRefPed   = GetHistoPedestal(iSec);
+      if ( hRefPed ) hRefPed->Add(hRefPedMerge);
+      else {
+        TH2F *hist = new TH2F(*hRefPedMerge);
+        hist->SetDirectory(0);
+        fHistoPedestalArray.AddAt(hist, iSec);
+      }
+      hRefPedMerge->SetDirectory(dir);
+    }
+  }
+  
+  // merge array
+  // ...
+  
+}
 
-       for (UInt_t iChannel=0; iChannel<nChannels; ++iChannel){
-            Int_t offset = (nbinsAdc+2)*(iChannel+1)+1;
-           Double_t ret = AliMathBase::FitGaus(array_hP+offset,nbinsAdc,fAdcMin,fAdcMax,&param,&dummy);
-            // if the fitting failed set noise and pedestal to 0
-           if ( ret == -4 ) {
-               param[1]=0;
-               param[2]=0;
-           }
-           rocPedestal->SetValue(iChannel,param[1]);
-            rocRMS->SetValue(iChannel,param[2]);
-       }
+//_____________________________________________________________________
+Long64_t AliTPCCalibPedestal::Merge(TCollection * const list)
+{
+  //
+  // Merge all objects of this type in list
+  //
+  
+  Long64_t nmerged=1;
+  
+  TIter next(list);
+  AliTPCCalibPedestal *ce=0;
+  TObject *o=0;
+  
+  while ( (o=next()) ){
+    ce=dynamic_cast<AliTPCCalibPedestal*>(o);
+    if (ce){
+      Merge(ce);
+      ++nmerged;
     }
+  }
+  
+  return nmerged;
 }
+
 //_____________________________________________________________________
-void AliTPCCalibPedestal::DumpToFile(const Char_t *filename, const Char_t *dir, Bool_t append) /*FOLD00*/
+void AliTPCCalibPedestal::Analyse() 
 {
-    //
-    //  Write class to file
-    //
+  //
+  //  Calculate calibration constants
+  //
 
-    TString sDir(dir);
-    TString option;
+  Int_t nbinsAdc = fAdcMax-fAdcMin;
+
+  TVectorD param(4);
+  TMatrixD dummy(3,3);
+
+  TH1F *hChannel=new TH1F("hChannel","hChannel",nbinsAdc,fAdcMin,fAdcMax);
+  
+  Float_t *arrayhP=0;  
+
+  for (Int_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
+    TH2F *hP = GetHistoPedestal(iSec);
+    if ( !hP ) continue;
+
+    AliTPCCalROC *rocPedestal = GetCalRocPedestal(iSec,kTRUE);
+    AliTPCCalROC *rocSigma    = GetCalRocSigma(iSec,kTRUE);
+    AliTPCCalROC *rocMean     = GetCalRocMean(iSec,kTRUE);
+    AliTPCCalROC *rocRMS      = GetCalRocRMS(iSec,kTRUE);
+
+    arrayhP = hP->GetArray();
+    UInt_t nChannels = fROC->GetNChannels(iSec);
+
+    for (UInt_t iChannel=0; iChannel<nChannels; ++iChannel){
+      Int_t offset = (nbinsAdc+2)*(iChannel+1)+1;
+      //calculate mean and sigma using a gaus fit
+      //Double_t ret =
+      AliMathBase::FitGaus(arrayhP+offset,nbinsAdc,fAdcMin,fAdcMax,&param,&dummy);
+      // if the fitting failed set noise and pedestal to 0
+      // is now done in AliMathBase::FitGaus !
+//       if ( ret == -4 ) {
+//     param[1]=0;
+//     param[2]=0;
+//       }
+      if ( param[1]<fAdcMin || param[1]>fAdcMax ){
+        param[1]=0;
+        param[2]=0;
+      }
+      rocPedestal->SetValue(iChannel,param[1]);
+      rocSigma->SetValue(iChannel,param[2]);
+      //calculate mean and RMS using a truncated means
+      hChannel->Set(nbinsAdc+2,arrayhP+offset-1);
+      hChannel->SetEntries(param[3]);
+      param[1]=0;
+      param[2]=0;
+      if ( param[3]>0 ) AliMathBase::TruncatedMean(hChannel,&param,fAnaMeanDown,fAnaMeanUp);
+      rocMean->SetValue(iChannel,param[1]);
+      rocRMS->SetValue(iChannel,param[2]);
+    }
+  }
+  delete hChannel;
+}
 
-    if ( append )
-       option = "update";
-    else
-        option = "recreate";
 
-    TDirectory *backup = gDirectory;
-    TFile f(filename,option.Data());
-    f.cd();
-    if ( !sDir.IsNull() ){
-       f.mkdir(sDir.Data());
-       f.cd(sDir);
-    }
-    this->Write();
-    f.Close();
+//_____________________________________________________________________
+void AliTPCCalibPedestal::AnalyseTime(Int_t nevents)
+{
+  //
+  // Calculate for each channel and time bin the mean pedestal. This
+  // is used on LDC by TPCPEDESTALda to generate data used for configuration
+  // of the pattern memory for baseline subtraction in the ALTROs.
+  //
 
-    if ( backup ) backup->cd();
+  if ( nevents <= 0 ) return;
+  if ( fTimeAnalysis ) {
+    for (Int_t i = 0; i < 159; i++) {  // padrows
+      for (Int_t j = 0; j < 140; j++) {  // pads per row
+       for (Int_t k = 0; k < 1024; k++) {  // time bins per pad
+         fTimeSignal[i][j].AddAt(fTimeSignal[i][j].At(k)/(Float_t)nevents, k);
+       }
+      }
+    }
+  }
 }