]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - TRD/AliTRD.cxx
Added a commented out version with new digitizers.
[u/mrichter/AliRoot.git] / TRD / AliTRD.cxx
index fcc367568ae39c690f6e9144baaa1c2c9735d18c..5505bb245b4d2626d061289053a32cc065f65160 100644 (file)
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
 
-/*
-$Log$
-Revision 1.17.2.1  2000/05/08 14:28:59  cblume
-Introduced SetPHOShole() and SetRICHhole(). AliTRDrecPoint container is now a TObjArray
-
-Revision 1.17  2000/02/28 19:10:26  cblume
-Include the new TRD classes
-
-Revision 1.16.2.2  2000/02/28 17:53:24  cblume
-Introduce TRD geometry classes
-
-Revision 1.16.2.1  2000/02/28 17:04:19  cblume
-Include functions and data members for AliTRDrecPoint
-
-Revision 1.16  2000/01/19 17:17:35  fca
-Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
-
-Revision 1.15  1999/11/02 17:04:25  fca
-Small syntax change for HP compiler
-
-Revision 1.14  1999/11/02 16:57:02  fca
-Avoid non ansi warnings on HP compilers
-
-Revision 1.13  1999/11/02 16:35:56  fca
-New version of TRD introduced
-
-Revision 1.12  1999/11/01 20:41:51  fca
-Added protections against using the wrong version of FRAME
-
-Revision 1.11  1999/09/29 09:24:34  fca
-Introduction of the Copyright and cvs Log
-
-*/
+/* $Id$ */
 
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 //                                                                           //
@@ -56,20 +24,41 @@ Introduction of the Copyright and cvs Log
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
 #include <stdlib.h>
+#include <Riostream.h>
 
+#include <TFile.h>
+#include <TGeometry.h>
+#include <TLorentzVector.h>
 #include <TMath.h>
 #include <TNode.h>
 #include <TPGON.h> 
-
-#include "AliTRD.h"
-#include "AliRun.h"
+#include <TParticle.h>
+#include <TROOT.h>
+#include <TTree.h>
+#include <TVirtualMC.h>
 #include "AliConst.h"
+#include "AliDigit.h"
+#include "AliLoader.h"
+#include "AliLog.h"
+#include "AliMC.h"
+#include "AliMagF.h"
+#include "AliRun.h"
+#include "AliTRD.h"
+#include "AliTRDdigit.h"
 #include "AliTRDdigitizer.h"
-#include "AliTRDclusterizer.h"
-#include "AliTRDgeometryHole.h"
+#include "AliTRDdigitsManager.h"
 #include "AliTRDgeometryFull.h"
-#include "AliTRDrecPoint.h"
+#include "AliTRDhit.h"
+#include "AliTRDpoints.h"
+#include "AliTRDrawData.h"
+#include "AliTrackReference.h"
+
+#include "AliTRDSimParam.h"
+#include "AliTRDRecParam.h"
+#include "AliTRDCommonParam.h"
+#include "AliTRDcalibDB.h"
+
 ClassImp(AliTRD)
  
 //_____________________________________________________________________________
@@ -79,16 +68,18 @@ AliTRD::AliTRD()
   // Default constructor
   //
 
-  fIshunt      = 0;
-  fGasMix      = 0;
-  fHits        = 0;
-  fDigits      = 0;
+  fIshunt        = 0;
+  fHits          = 0;
+  fDigits        = 0;
 
-  fRecPoints   = 0;
-  fNRecPoints  = 0;
+  fGeometry      = 0;
 
-  fGeometry    = 0;
+  fGasDensity    = 0;
+  fFoilDensity   = 0;
 
+  fDrawTR        = 0;
+  fDisplayType   = 0;
 }
  
 //_____________________________________________________________________________
@@ -101,19 +92,15 @@ AliTRD::AliTRD(const char *name, const char *title)
 
   // Check that FRAME is there otherwise we have no place where to
   // put TRD
-  AliModule* FRAME=gAlice->GetModule("FRAME");
-  if (!FRAME) {
+  AliModule* frame = gAlice->GetModule("FRAME");
+  if (!frame) {
     Error("Ctor","TRD needs FRAME to be present\n");
     exit(1);
   } 
 
-  // Define the TRD geometry according to the FRAME geometry
-  if      (FRAME->IsVersion() == 0) {
-    // Geometry with hole
-    fGeometry = new AliTRDgeometryHole();
-  }
-  else if (FRAME->IsVersion() == 1) {
-    // Geometry without hole
+  // Define the TRD geometry
+  if ((frame->IsVersion() == 0) ||
+      (frame->IsVersion() == 1)) {
     fGeometry = new AliTRDgeometryFull();
   }
   else {
@@ -121,24 +108,42 @@ AliTRD::AliTRD(const char *name, const char *title)
     exit(1);
   }
 
+  // Save the geometry
+  TDirectory* saveDir = gDirectory;
+  gAlice->GetRunLoader()->CdGAFile();
+  fGeometry->Write("TRDgeometry");
+  saveDir->cd();
+
   // Allocate the hit array
-  fHits       = new TClonesArray("AliTRDhit"     ,405);
-  gAlice->AddHitList(fHits);
+  fHits          = new TClonesArray("AliTRDhit"     ,405);
+  gAlice->GetMCApp()->AddHitList(fHits);
 
   // Allocate the digits array
-  fDigits     = 0;
+  fDigits        = 0;
 
-  // Allocate the rec point array
-  fRecPoints  = new TObjArray(400);
-  fNRecPoints = 0;
-   
-  fIshunt = 0;
-  fGasMix = 0;
+  fIshunt        = 0;
+
+  fGasDensity    = 0;
+  fFoilDensity   = 0;
+
+  fDrawTR        = 0;
+  fDisplayType   = 0;
 
   SetMarkerColor(kWhite);   
 
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+AliTRD::AliTRD(const AliTRD &trd):AliDetector(trd)
+{
+  //
+  // Copy constructor
+  //
+
+  ((AliTRD &) trd).Copy(*this);
+
+}
+
 //_____________________________________________________________________________
 AliTRD::~AliTRD()
 {
@@ -148,53 +153,175 @@ AliTRD::~AliTRD()
 
   fIshunt = 0;
 
-  delete fGeometry;
-  delete fHits;
-  delete fRecPoints;
-
+  if (fGeometry) {
+    delete fGeometry;
+    fGeometry  = 0;
+  }
+  if (fHits) {
+    delete fHits;
+    fHits      = 0;
+  }
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliTRD::AddRecPoint(Float_t *pos, Int_t *digits, Int_t det, Float_t amp)
+void AliTRD::Hits2Digits()
 {
   //
-  // Add a reconstructed point for the TRD
+  // Create digits
   //
+  AliTRDdigitizer digitizer("TRDdigitizer","TRD digitizer class");
+  AliLog::SetClassDebugLevel("TRDdigitizer",AliDebugLevel());
   
-  AliTRDrecPoint *RecPoint = new AliTRDrecPoint();
-  TVector3        posVec(pos[0],pos[1],pos[2]);
-  RecPoint->SetLocalPosition(posVec);
-  RecPoint->SetDetector(det);
-  RecPoint->SetEnergy(amp);
-  for (Int_t iDigit = 0; iDigit < 3; iDigit++) {
-    RecPoint->AddDigit(digits[iDigit]);
+  // Initialization
+  digitizer.InitDetector();
+    
+  if (!fLoader->TreeH()) fLoader->LoadHits("read");
+  fLoader->LoadDigits("recreate");
+  AliRunLoader* runLoader = fLoader->GetRunLoader(); 
+
+  for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
+    digitizer.Open(runLoader->GetFileName().Data(), iEvent);
+    digitizer.MakeDigits();
+    digitizer.WriteDigits();
   }
 
-  fRecPoints->Add(RecPoint);
+  fLoader->UnloadHits();
+  fLoader->UnloadDigits();
 
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliTRD::AddDigit(Int_t *digits)
+void AliTRD::Hits2SDigits()
 {
   //
-  // Add a digit for the TRD
+  // Create summable digits
   //
 
-  TClonesArray &ldigits = *fDigits;
-  new(ldigits[fNdigits++]) AliTRDdigit(kFALSE,digits);
+  AliTRDdigitizer digitizer("TRDdigitizer","TRD digitizer class");
+  // For the summable digits
+  digitizer.SetSDigits(kTRUE);
+  AliLog::SetClassDebugLevel("TRDdigitizer",AliDebugLevel());
+
+  // Initialization
+  digitizer.InitDetector();
+    
+  if (!fLoader->TreeH()) fLoader->LoadHits("read");
+  fLoader->LoadSDigits("recreate");
+  AliRunLoader* runLoader = fLoader->GetRunLoader(); 
+
+  for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
+    digitizer.Open(runLoader->GetFileName().Data(), iEvent);
+    digitizer.MakeDigits();
+    digitizer.WriteDigits();
+  }
 
+  fLoader->UnloadHits();
+  fLoader->UnloadSDigits();
+  
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliTRD::AddHit(Int_t track, Int_t det, Float_t *hits)
+AliDigitizer* AliTRD::CreateDigitizer(AliRunDigitizer* manager) const
 {
   //
-  // Add a hit for the TRD
+  // Creates a new digitizer object
+  //
+
+  return new AliTRDdigitizer(manager);
+
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliTRD::SDigits2Digits()
+{
+  //
+  // Create final digits from summable digits
+  //
+
+   // Create the TRD digitizer
+  AliTRDdigitizer digitizer("TRDdigitizer","TRD digitizer class");  
+  AliLog::SetClassDebugLevel("TRDdigitizer",AliDebugLevel());
+
+  // Set the parameter
+  digitizer.SetEvent(gAlice->GetEvNumber());
+
+  // Initialization
+  digitizer.InitDetector();
+
+  // Read the s-digits via digits manager
+  AliTRDdigitsManager sdigitsManager;
+  AliLog::SetClassDebugLevel("TRDdigitisManager",AliDebugLevel());
+  sdigitsManager.SetSDigits(kTRUE);
+  sdigitsManager.CreateArrays();
+  
+  if (!fLoader->TreeS()) 
+    if (fLoader->LoadSDigits("read"))
+     {
+       Error("SDigits2Digits","Error while reading SDigits for event %d",gAlice->GetEvNumber());
+       return;
+     }
+  if (!fLoader->TreeS()) return;
+  
+  sdigitsManager.ReadDigits(fLoader->TreeS());
+
+  // Add the s-digits to the input list 
+  digitizer.AddSDigitsManager(&sdigitsManager);
+
+  // Convert the s-digits to normal digits
+  digitizer.SDigits2Digits();
+
+  // Store the digits
+  if (!fLoader->TreeD()) fLoader->MakeTree("D");
+  if (digitizer.MakeBranch(fLoader->TreeD())){
+    digitizer.WriteDigits();
+  }
+
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliTRD::Digits2Raw() 
+{
   //
+  // convert digits of the current event to raw data
+  //
+
+  fLoader->LoadDigits();
+  TTree* digits = fLoader->TreeD();
+  if (!digits) {
+    Error("Digits2Raw", "no digits tree");
+    return;
+  }
+
+  AliTRDrawData rawWriter;
+//  rawWriter.SetDebug(2);
+  if (!rawWriter.Digits2Raw(digits)) {
+    Error("AliTRD::Digits2Raw","The raw writer could not load the digits tree");
+  }
+
+  fLoader->UnloadDigits();
+
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliTRD::AddHit(Int_t track, Int_t det, Float_t *hits, Int_t q
+                  , Bool_t inDrift)
+{
+  //
+  // Add a hit for the TRD
+  // 
 
   TClonesArray &lhits = *fHits;
-  new(lhits[fNhits++]) AliTRDhit(fIshunt,track,det,hits);
+  AliTRDhit *hit = new(lhits[fNhits++]) AliTRDhit(fIshunt,track,det,hits,q);
+  if (inDrift) {
+    hit->SetDrift();
+  }
+  else {
+    hit->SetAmplification();
+  }
+  if (q < 0) {
+    hit->SetTRphoton();
+  }
 
 }
 
@@ -205,28 +332,117 @@ void AliTRD::BuildGeometry()
   // Create the ROOT TNode geometry for the TRD
   //
 
-  TNode *Node, *Top;
+  TNode *node, *top;
   TPGON *pgon;
+
+  Float_t rmin, rmax;
+  Float_t zmax1, zmax2;
+
+  Int_t   iPlan;
   const Int_t kColorTRD = 46;
   
   // Find the top node alice
-  Top = gAlice->GetGeometry()->GetNode("alice");
+  top = gAlice->GetGeometry()->GetNode("alice");
   
-  pgon = new TPGON("S_TRD","TRD","void",0,360,kNsect,4);
-  Float_t ff    = TMath::Cos(kDegrad * 180 / kNsect);
-  Float_t rrmin = kRmin / ff;
-  Float_t rrmax = kRmax / ff;
-  pgon->DefineSection(0,-kZmax1,rrmax,rrmax);
-  pgon->DefineSection(1,-kZmax2,rrmin,rrmax);
-  pgon->DefineSection(2, kZmax2,rrmin,rrmax);
-  pgon->DefineSection(3, kZmax1,rrmax,rrmax);
-  Top->cd();
-  Node = new TNode("TRD","TRD","S_TRD",0,0,0,"");
-  Node->SetLineColor(kColorTRD);
-  fNodes->Add(Node);
+  if      (fDisplayType == 0) {
+
+    pgon = new TPGON("S_TRD","TRD","void",0,360,AliTRDgeometry::Nsect(),4);
+    rmin = AliTRDgeometry::Rmin();
+    rmax = AliTRDgeometry::Rmax();
+    pgon->DefineSection(0,-AliTRDgeometry::Zmax1(),rmax,rmax);
+    pgon->DefineSection(1,-AliTRDgeometry::Zmax2(),rmin,rmax);
+    pgon->DefineSection(2, AliTRDgeometry::Zmax2(),rmin,rmax);
+    pgon->DefineSection(3, AliTRDgeometry::Zmax1(),rmax,rmax);
+    top->cd();
+    node = new TNode("TRD","TRD","S_TRD",0,0,0,"");
+    node->SetLineColor(kColorTRD);
+    fNodes->Add(node);
+
+  }
+  else if (fDisplayType == 1) {
+
+    Char_t name[7];
+
+    Float_t slope = (AliTRDgeometry::Zmax1() - AliTRDgeometry::Zmax2())
+                  / (AliTRDgeometry::Rmax()  - AliTRDgeometry::Rmin());
+
+    rmin  = AliTRDgeometry::Rmin() + AliTRDgeometry::CraHght();
+    rmax  = rmin                   + AliTRDgeometry::CdrHght();
+
+    Float_t thickness = rmin - AliTRDgeometry::Rmin();
+    zmax2 = AliTRDgeometry::Zmax2() + slope * thickness;
+    zmax1 = zmax2 + slope * AliTRDgeometry::DrThick();
+
+    for (iPlan = 0; iPlan < AliTRDgeometry::Nplan(); iPlan++) {
+
+      sprintf(name,"S_TR1%d",iPlan);
+      pgon  = new TPGON(name,"TRD","void",0,360,AliTRDgeometry::Nsect(),4);
+      pgon->DefineSection(0,-zmax1,rmax,rmax);
+      pgon->DefineSection(1,-zmax2,rmin,rmax);
+      pgon->DefineSection(2, zmax2,rmin,rmax);
+      pgon->DefineSection(3, zmax1,rmax,rmax);
+      top->cd();
+      node = new TNode("TRD","TRD",name,0,0,0,"");
+      node->SetLineColor(kColorTRD);
+      fNodes->Add(node);
+
+      Float_t height = AliTRDgeometry::Cheight() + AliTRDgeometry::Cspace(); 
+      rmin  = rmin  + height;
+      rmax  = rmax  + height;
+      zmax1 = zmax1 + slope * height;
+      zmax2 = zmax2 + slope * height;
+
+    }
+
+    thickness += AliTRDgeometry::DrThick();
+    rmin  = AliTRDgeometry::Rmin() + thickness;
+    rmax  = rmin + AliTRDgeometry::AmThick();
+    zmax2 = AliTRDgeometry::Zmax2() + slope * thickness;
+    zmax1 = zmax2 + slope * AliTRDgeometry::AmThick();
+
+    for (iPlan = 0; iPlan < AliTRDgeometry::Nplan(); iPlan++) {
+
+      sprintf(name,"S_TR2%d",iPlan);
+      pgon  = new TPGON(name,"TRD","void",0,360,AliTRDgeometry::Nsect(),4);
+      pgon->DefineSection(0,-zmax1,rmax,rmax);
+      pgon->DefineSection(1,-zmax2,rmin,rmax);
+      pgon->DefineSection(2, zmax2,rmin,rmax);
+      pgon->DefineSection(3, zmax1,rmax,rmax);
+      top->cd();
+      node = new TNode("TRD","TRD",name,0,0,0,"");
+      node->SetLineColor(kColorTRD);
+      fNodes->Add(node);
+
+      Float_t height = AliTRDgeometry::Cheight() + AliTRDgeometry::Cspace(); 
+      rmin  = rmin  + height;
+      rmax  = rmax  + height;
+      zmax1 = zmax1 + slope * height;
+      zmax2 = zmax2 + slope * height;
+
+    }
+
+  }
 
 }
  
+//_____________________________________________________________________________
+void AliTRD::Copy(TObject &trd) const
+{
+  //
+  // Copy function
+  //
+
+  ((AliTRD &) trd).fGeometry    = fGeometry;       
+  ((AliTRD &) trd).fGasDensity  = fGasDensity;
+  ((AliTRD &) trd).fFoilDensity = fFoilDensity;
+  ((AliTRD &) trd).fDrawTR      = fDrawTR;
+  ((AliTRD &) trd).fDisplayType = fDisplayType;
+
+  //AliDetector::Copy(trd);
+
+}
+
 //_____________________________________________________________________________
 void AliTRD::CreateGeometry()
 {
@@ -235,10 +451,9 @@ void AliTRD::CreateGeometry()
   //
 
   // Check that FRAME is there otherwise we have no place where to put the TRD
-  AliModule* FRAME = gAlice->GetModule("FRAME");
-  if (!FRAME) {
-    printf(" The TRD needs the FRAME to be defined first\n");
-    return;
+  AliModule* frame = gAlice->GetModule("FRAME");
+  if (!frame) {
+    AliFatal("The TRD needs the FRAME to be defined first");
   }
 
   fGeometry->CreateGeometry(fIdtmed->GetArray() - 1299);
@@ -250,48 +465,73 @@ void AliTRD::CreateMaterials()
 {
   //
   // Create the materials for the TRD
-  // Origin Y.Foka
   //
 
-  Int_t   ISXFLD = gAlice->Field()->Integ();
-  Float_t SXMGMX = gAlice->Field()->Max();
+  Int_t   isxfld = gAlice->Field()->Integ();
+  Float_t sxmgmx = gAlice->Field()->Max();
   
   // For polyethilene (CH2) 
-  Float_t ape[2] = { 12., 1. };
-  Float_t zpe[2] = {  6., 1. };
-  Float_t wpe[2] = {  1., 2. };
+  Float_t ape[2] = { 12.011 ,  1.0079 };
+  Float_t zpe[2] = {  6.0   ,  1.0    };
+  Float_t wpe[2] = {  1.0   ,  2.0    };
   Float_t dpe    = 0.95;
 
   // For mylar (C5H4O2) 
-  Float_t amy[3] = { 12., 1., 16. };
-  Float_t zmy[3] = {  6., 1.,  8. };
-  Float_t wmy[3] = {  5., 4.,  2. };
+  Float_t amy[3] = { 12.011 ,  1.0079, 15.9994 };
+  Float_t zmy[3] = {  6.0   ,  1.0   ,  8.0    };
+  Float_t wmy[3] = {  5.0   ,  4.0   ,  2.0    };
   Float_t dmy    = 1.39;
 
   // For CO2 
-  Float_t aco[2] = { 12., 16. };
-  Float_t zco[2] = {  6.,  8. };
-  Float_t wco[2] = {  1.,  2. };
+  Float_t aco[2] = { 12.011 , 15.9994 };
+  Float_t zco[2] = {  6.0   ,  8.0    };
+  Float_t wco[2] = {  1.0   ,  2.0    };
   Float_t dco    = 0.001977;
 
   // For water
-  Float_t awa[2] = {  1., 16. };
-  Float_t zwa[2] = {  1.,  8. };
-  Float_t wwa[2] = {  2.,  1. };
+  Float_t awa[2] = {  1.0079, 15.9994 };
+  Float_t zwa[2] = {  1.0   ,  8.0    };
+  Float_t wwa[2] = {  2.0   ,  1.0    };
   Float_t dwa    = 1.0;
 
   // For isobutane (C4H10)
-  Float_t ais[2] = { 12.,  1. };
-  Float_t zis[2] = {  6.,  1. };
-  Float_t wis[2] = {  4., 10. };
+  Float_t ais[2] = { 12.011 ,  1.0079 };
+  Float_t zis[2] = {  6.0   ,  1.0    };
+  Float_t wis[2] = {  4.0   , 10.0    };
   Float_t dis    = 0.00267;
 
+  // For plexiglas (C5H8O2)
+  Float_t apg[3] = { 12.011 ,  1.0079, 15.9994 };
+  Float_t zpg[3] = {  6.0   ,  1.0   ,  8.0    };
+  Float_t wpg[3] = {  5.0   ,  8.0   ,  2.0    };
+  Float_t dpg    = 1.18; 
+  
+  // For epoxy (C18H19O3)
+  Float_t aEpoxy[3] = { 15.9994,  1.0079, 12.011  }; 
+  Float_t zEpoxy[3] = {  8.0   ,  1.0   ,  6.0    }; 
+  Float_t wEpoxy[3] = {  3.0   , 19.0   , 18.0    }; 
+  Float_t dEpoxy    = 1.8 ; 
+
+  // For air  
+  Float_t aAir[4]   = { 12.011   , 14.0     , 15.9994  , 36.0      };
+  Float_t zAir[4]   = {  6.0     ,  7.0     ,  8.0     , 18.0      };
+  Float_t wAir[4]   = {  0.000124,  0.755267,  0.231781,  0.012827 };
+  Float_t dAir      = 1.20479E-3;
+
+  // For G10
+  Float_t aG10[4]   = {  1.0079  , 12.011   , 15.9994  , 28.086    };
+  Float_t zG10[4]   = {  1.0     ,  6.0     ,  8.0     , 14.0      };
+  Float_t wG10[4]   = {  0.15201 ,  0.10641 ,  0.49444 ,  0.24714  };
+  Float_t dG10      = 1.7;
+
   // For Xe/CO2-gas-mixture 
-  // Xe-content of the Xe/CO2-mixture (90% / 10%) 
-  Float_t fxc    = .90;
-  // Xe-content of the Xe/Isobutane-mixture (97% / 3%) 
-  Float_t fxi    = .97;
-  Float_t dxe    = .005858;
+  Float_t aXeCO2[3] = { 131.29   ,  12.0107 ,  15.9994  };
+  Float_t zXeCO2[3] = {  54.0    ,   6.0    ,   8.0     };
+  Float_t wXeCO2[3] = {   0.85   ,   0.0375 ,   0.1125  };
+  // Xe-content of the Xe/CO2-mixture (85% / 15%) 
+  Float_t fxc       = 0.85;
+  Float_t dxe       = 0.00549;
+  Float_t dgm       = fxc * dxe + (1.0 - fxc) * dco;
   
   // General tracking parameter
   Float_t tmaxfd = -10.;
@@ -300,109 +540,117 @@ void AliTRD::CreateMaterials()
   Float_t epsil  =  1e-4;
   Float_t stmin  = -0.001;
   
-  Float_t absl, radl, d, buf[1];
-  Float_t agm[2], dgm, zgm[2], wgm[2];
-  Int_t   nbuf;
-  
   //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
   //     Define Materials 
   //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
-  AliMaterial( 1, "Al $",  26.98, 13.0, 2.7     ,     8.9 ,    37.2);
-  AliMaterial( 2, "Air$",  14.61,  7.3, 0.001205, 30420.0 , 67500.0);
-  AliMaterial( 4, "Xe $", 131.29, 54.0, dxe     ,  1447.59,     0.0);
-  AliMaterial( 5, "Cu $",  63.54, 29.0, 8.96    ,     1.43,    14.8);
-  AliMaterial( 6, "C  $",  12.01,  6.0, 2.265   ,    18.8 ,    74.4);
-  AliMaterial(12, "G10$",  20.00, 10.0, 1.7     ,    19.4 ,   999.0);
+  AliMaterial( 1, "Al"   ,  26.98, 13.0, 2.7     ,     8.9 ,    37.2);
+  AliMaterial( 4, "Xe"   , 131.29, 54.0, dxe     ,  1546.16,     0.0);
+  AliMaterial( 5, "Cu"   ,  63.54, 29.0, 8.96    ,     1.43,    14.8);
+  AliMaterial( 6, "C"    ,  12.01,  6.0, 2.265   ,    18.8 ,    74.4);
+  AliMaterial(15, "Sn"   , 118.71, 50.0, 7.31    ,     1.21,    14.8);
+  AliMaterial(16, "Si"   ,  28.09, 14.0, 2.33    ,     9.36,    37.2);
 
   // Mixtures 
-  AliMixture(3, "Polyethilene$",   ape, zpe, dpe, -2, wpe);
-  AliMixture(7, "Mylar$",          amy, zmy, dmy, -3, wmy);
-  AliMixture(8, "CO2$",            aco, zco, dco, -2, wco);
-  AliMixture(9, "Isobutane$",      ais, zis, dis, -2, wis);
-  AliMixture(13,"Water$",          awa, zwa, dwa, -2, wwa);
-
-  // Gas mixtures
-  Char_t namate[21];
-  // Xe/CO2-mixture
-  // Get properties of Xe 
-  gMC->Gfmate((*fIdmate)[4], namate, agm[0], zgm[0], d, radl, absl, buf, nbuf);
-  // Get properties of CO2 
-  gMC->Gfmate((*fIdmate)[8], namate, agm[1], zgm[1], d, radl, absl, buf, nbuf);
-  // Create gas mixture 
-  wgm[0] = fxc;
-  wgm[1] = 1. - fxc;
-  dgm    = wgm[0] * dxe + wgm[1] * dco;
-  AliMixture(10, "Gas mixture 1$", agm, zgm, dgm,  2, wgm);
-  // Xe/Isobutane-mixture
-  // Get properties of Xe 
-  gMC->Gfmate((*fIdmate)[4], namate, agm[0], zgm[0], d, radl, absl, buf, nbuf);
-  // Get properties of Isobutane
-  gMC->Gfmate((*fIdmate)[9], namate, agm[1], zgm[1], d, radl, absl, buf, nbuf);
-  // Create gas mixture 
-  wgm[0] = fxi;
-  wgm[1] = 1. - fxi;
-  dgm    = wgm[0] * dxe + wgm[1] * dis;
-  AliMixture(11, "Gas mixture 2$", agm, zgm, dgm,  2, wgm);
+  AliMixture(2, "Air"         , aAir,   zAir,   dAir,    4, wAir  );
+  AliMixture(3, "Polyethilene", ape,    zpe,    dpe,    -2, wpe   );
+  AliMixture(7, "Mylar",        amy,    zmy,    dmy,    -3, wmy   );
+  AliMixture(8, "CO2",          aco,    zco,    dco,    -2, wco   );
+  AliMixture(9, "Isobutane",    ais,    zis,    dis,    -2, wis   );
+  AliMixture(10,"Gas mixture",  aXeCO2, zXeCO2, dgm,     3, wXeCO2);
+  AliMixture(12,"G10",          aG10,   zG10,   dG10,    4, wG10  );
+  AliMixture(13,"Water",        awa,    zwa,    dwa,    -2, wwa   );
+  AliMixture(14,"Plexiglas",    apg,    zpg,    dpg,    -3, wpg   );
+  AliMixture(17,"Epoxy",        aEpoxy, zEpoxy, dEpoxy, -3, wEpoxy);
+
   //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
   //     Tracking Media Parameters 
   //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
   // Al Frame 
-  AliMedium(1, "Al Frame$",   1, 0, ISXFLD, SXMGMX
+  AliMedium(1, "Al Frame",   1, 0, isxfld, sxmgmx
                 , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
   // Air 
-  AliMedium(2, "Air$",        2, 0, ISXFLD, SXMGMX
+  AliMedium(2, "Air",        2, 0, isxfld, sxmgmx
                 , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
   // Polyethilene 
-  AliMedium(3, "Radiator$",   3, 0, ISXFLD, SXMGMX
+  AliMedium(3, "Radiator",   3, 0, isxfld, sxmgmx
                 , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
   // Xe 
-  AliMedium(4, "Xe$",         4, 1, ISXFLD, SXMGMX
+  AliMedium(4, "Xe",         4, 1, isxfld, sxmgmx
                 , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
   // Cu pads 
-  AliMedium(5, "Padplane$",   5, 1, ISXFLD, SXMGMX
+  AliMedium(5, "Padplane",   5, 1, isxfld, sxmgmx
                 , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
   // Fee + cables 
-  AliMedium(6, "Readout$",    1, 0, ISXFLD, SXMGMX
+  AliMedium(6, "Readout",    1, 0, isxfld, sxmgmx
                 , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
   // C frame 
-  AliMedium(7, "C Frame$",    6, 0, ISXFLD, SXMGMX
+  AliMedium(7, "C Frame",    6, 0, isxfld, sxmgmx
                 , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
   // Mylar foils 
-  AliMedium(8, "Mylar$",      7, 0, ISXFLD, SXMGMX
+  AliMedium(8, "Mylar",      7, 0, isxfld, sxmgmx
+                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  // Gas-mixture (Xe/CO2) 
+  AliMedium(9, "Gas-mix",   10, 1, isxfld, sxmgmx
                 , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
-  if (fGasMix == 1) {
-    // Gas-mixture (Xe/CO2) 
-    AliMedium(9, "Gas-mix$",   10, 1, ISXFLD, SXMGMX
-                  , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
-  }
-  else {
-    // Gas-mixture (Xe/Isobutane) 
-    AliMedium(9, "Gas-mix$",   11, 1, ISXFLD, SXMGMX
-                  , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
-  }
   // Nomex-honeycomb (use carbon for the time being) 
-  AliMedium(10, "Nomex$",      6, 0, ISXFLD, SXMGMX
+  AliMedium(10, "Nomex",      6, 0, isxfld, sxmgmx
                 , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
   // Kapton foils (use Mylar for the time being) 
-  AliMedium(11, "Kapton$",     7, 0, ISXFLD, SXMGMX
+  AliMedium(11, "Kapton",     7, 0, isxfld, sxmgmx
                 , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
   // Gas-filling of the radiator 
-  AliMedium(12, "CO2$",        8, 0, ISXFLD, SXMGMX
+  AliMedium(12, "CO2",        8, 0, isxfld, sxmgmx
                 , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
   // G10-plates
-  AliMedium(13, "G10-plates$",12, 0, ISXFLD, SXMGMX
+  AliMedium(13, "G10-plates",12, 0, isxfld, sxmgmx
                 , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
   // Cooling water
-  AliMedium(14, "Water$",     13, 0, ISXFLD, SXMGMX
+  AliMedium(14, "Water",     13, 0, isxfld, sxmgmx
+                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  // Rohacell (plexiglas) for the radiator
+  AliMedium(15, "Rohacell",  14, 0, isxfld, sxmgmx
+                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  // Al layer in MCMs
+  AliMedium(16, "MCM-Al"  ,   1, 0, isxfld, sxmgmx
+                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  // Sn layer in MCMs
+  AliMedium(17, "MCM-Sn"  ,  15, 0, isxfld, sxmgmx
+                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  // Cu layer in MCMs
+  AliMedium(18, "MCM-Cu"  ,   5, 0, isxfld, sxmgmx
+                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  // G10 layer in MCMs
+  AliMedium(19, "MCM-G10" ,  12, 0, isxfld, sxmgmx
+                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  // Si in readout chips
+  AliMedium(20, "Chip-Si" ,  16, 0, isxfld, sxmgmx
+                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  // Epoxy in readout chips
+  AliMedium(21, "Chip-Ep" ,  17, 0, isxfld, sxmgmx
+                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  // PE in connectors
+  AliMedium(22, "Conn-PE" ,   3, 0, isxfld, sxmgmx
                 , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  // Cu in connectors
+  AliMedium(23, "Chip-Cu" ,   5, 0, isxfld, sxmgmx
+                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  // Al of cooling pipes
+  AliMedium(24, "Cooling" ,   1, 0, isxfld, sxmgmx
+                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  // Cu in services
+  AliMedium(25, "Serv-Cu" ,   5, 0, isxfld, sxmgmx
+                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+
+  // Save the density values for the TRD absorbtion
+  fFoilDensity = dmy;
+  fGasDensity  = dgm;
 
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliTRD::DrawModule()
+void AliTRD::DrawModule() const
 {
   //
   // Draw a shaded view of the Transition Radiation Detector version 0
@@ -423,9 +671,9 @@ void AliTRD::DrawModule()
     gMC->Gsatt("BTR1","SEEN", 0);
     gMC->Gsatt("BTR2","SEEN", 0);
     gMC->Gsatt("BTR3","SEEN", 0);
-    gMC->Gsatt("TRD1","SEEN", 0);
-    gMC->Gsatt("TRD2","SEEN", 0);
-    gMC->Gsatt("TRD3","SEEN", 0);
+    gMC->Gsatt("UTR1","SEEN", 0);
+    gMC->Gsatt("UTR2","SEEN", 0);
+    gMC->Gsatt("UTR3","SEEN", 0);
   }
   else {
     gMC->Gsatt("B071","SEEN", 0);
@@ -435,18 +683,18 @@ void AliTRD::DrawModule()
     gMC->Gsatt("BTR1","SEEN", 0);
     gMC->Gsatt("BTR2","SEEN", 0);
     gMC->Gsatt("BTR3","SEEN", 0);
-    gMC->Gsatt("TRD1","SEEN", 0);
+    gMC->Gsatt("UTR1","SEEN", 0);
     if (fGeometry->GetPHOShole())
-      gMC->Gsatt("TRD2","SEEN", 0);
+      gMC->Gsatt("UTR2","SEEN", 0);
     if (fGeometry->GetRICHhole())
-      gMC->Gsatt("TRD3","SEEN", 0);
+      gMC->Gsatt("UTR3","SEEN", 0);
   }
-  gMC->Gsatt("UCII","SEEN", 0);
-  gMC->Gsatt("UCIM","SEEN", 0);
-  gMC->Gsatt("UCIO","SEEN", 0);
-  gMC->Gsatt("UL02","SEEN", 1);
-  gMC->Gsatt("UL05","SEEN", 1);
-  gMC->Gsatt("UL06","SEEN", 1);
+//   gMC->Gsatt("UCII","SEEN", 0);
+//   gMC->Gsatt("UCIM","SEEN", 0);
+//   gMC->Gsatt("UCIO","SEEN", 0);
+//   gMC->Gsatt("UL02","SEEN", 1);
+//   gMC->Gsatt("UL05","SEEN", 1);
+//   gMC->Gsatt("UL06","SEEN", 1);
   
   gMC->Gdopt("hide", "on");
   gMC->Gdopt("shad", "on");
@@ -478,31 +726,155 @@ void AliTRD::Init()
   // Initialize the TRD detector after the geometry has been created
   //
 
-  Int_t i;
+  AliDebug(1,"++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++");
 
-  printf("\n");
-  for (i = 0; i < 35; i++) printf("*");
-  printf(" TRD_INIT ");
-  for (i = 0; i < 35; i++) printf("*");
-  printf("\n");
-  printf("\n");
-
-  if      (fGeometry->IsVersion() == 0) {
-    printf("          Geometry for spaceframe with holes initialized.\n\n");
-  }
-  else if (fGeometry->IsVersion() == 1) {
-    printf("          Geometry for spaceframe without holes initialized.\n");
+  if (fGeometry->IsVersion() == 1) {
+    AliInfo("Full geometry version initialized");
     if (fGeometry->GetPHOShole())
-      printf("          Leave space in front of PHOS free.\n");
+      AliInfo("Leave space in front of PHOS free");
     if (fGeometry->GetRICHhole())
-      printf("          Leave space in front of RICH free.\n");
-    printf("\n");
+      AliInfo("Leave space in front of RICH free");
+  }
+  else {
+    AliError("Not a valid geometry");
+  }
+  
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliTRD::LoadPoints(Int_t )
+{
+  //
+  // Store x, y, z of all hits in memory.
+  // Hit originating from TR photons are given a different color
+  //
+
+  //if (!fDrawTR) {
+  //  AliDetector::LoadPoints(track);
+  //  return;
+  //}
+
+  if (fHits == 0) return;
+
+  Int_t nhits = fHits->GetEntriesFast();
+  if (nhits == 0) return;
+
+  Int_t tracks = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
+  if (fPoints == 0) fPoints = new TObjArray(tracks);
+
+  AliTRDhit *ahit;
+  
+  Int_t    *ntrkE = new Int_t[tracks];
+  Int_t    *ntrkT = new Int_t[tracks];
+  Int_t    *limiE = new Int_t[tracks];
+  Int_t    *limiT = new Int_t[tracks];
+  Float_t **coorE = new Float_t*[tracks];
+  Float_t **coorT = new Float_t*[tracks];
+  for(Int_t i = 0; i < tracks; i++) {
+    ntrkE[i] = 0;
+    ntrkT[i] = 0;
+    coorE[i] = 0;
+    coorT[i] = 0;
+    limiE[i] = 0;
+    limiT[i] = 0;
+  }
+  
+  AliTRDpoints *points = 0;
+  Float_t      *fp     = 0;
+  Int_t         trk;
+  Int_t         chunk  = nhits / 4 + 1;
+
+  // Loop over all the hits and store their position
+  ahit = (AliTRDhit *) FirstHit(-1);
+  while (ahit) {
+
+    // dEdx hits
+    if (ahit->GetCharge() >= 0) {
+
+      trk = ahit->GetTrack();
+      if (ntrkE[trk] == limiE[trk]) {
+        // Initialise a new track
+        fp = new Float_t[3*(limiE[trk]+chunk)];
+        if (coorE[trk]) {
+          memcpy(fp,coorE[trk],sizeof(Float_t)*3*limiE[trk]);
+          delete [] coorE[trk];
+        }
+        limiE[trk] += chunk;
+        coorE[trk]  = fp;
+      } 
+      else {
+        fp = coorE[trk];
+      }
+      fp[3*ntrkE[trk]  ] = ahit->X();
+      fp[3*ntrkE[trk]+1] = ahit->Y();
+      fp[3*ntrkE[trk]+2] = ahit->Z();
+      ntrkE[trk]++;
+
+    }
+    // TR photon hits
+    else if ((ahit->GetCharge() < 0) && (fDrawTR)) {
+
+      trk = ahit->GetTrack();
+      if (ntrkT[trk] == limiT[trk]) {
+        // Initialise a new track
+        fp = new Float_t[3*(limiT[trk]+chunk)];
+        if (coorT[trk]) {
+          memcpy(fp,coorT[trk],sizeof(Float_t)*3*limiT[trk]);
+          delete [] coorT[trk];
+        }
+        limiT[trk] += chunk;
+        coorT[trk]  = fp;
+      } 
+      else {
+        fp = coorT[trk];
+      }
+      fp[3*ntrkT[trk]  ] = ahit->X();
+      fp[3*ntrkT[trk]+1] = ahit->Y();
+      fp[3*ntrkT[trk]+2] = ahit->Z();
+      ntrkT[trk]++;
+
+    }
+
+    ahit = (AliTRDhit *) NextHit();
+
   }
 
-  if (fGasMix == 1)
-    printf("          Gas Mixture: 90%% Xe + 10%% CO2\n\n");
-  else
-    printf("          Gas Mixture: 97%% Xe + 3%% Isobutane\n\n");
+  for (trk = 0; trk < tracks; ++trk) {
+
+    if (ntrkE[trk] || ntrkT[trk]) {
+
+      points = new AliTRDpoints();
+      points->SetDetector(this);
+      points->SetParticle(trk);
+
+      // Set the dEdx points
+      if (ntrkE[trk]) {
+        points->SetMarkerColor(GetMarkerColor());
+        points->SetMarkerSize(GetMarkerSize());
+        points->SetPolyMarker(ntrkE[trk],coorE[trk],GetMarkerStyle());
+        delete [] coorE[trk];
+        coorE[trk] = 0;
+      }
+
+      // Set the TR photon points
+      if (ntrkT[trk]) {
+        points->SetTRpoints(ntrkT[trk],coorT[trk]);
+        delete [] coorT[trk];
+        coorT[trk] = 0;
+      }
+
+      fPoints->AddAt(points,trk);
+
+    }
+
+  }
+
+  delete [] coorE;
+  delete [] coorT;
+  delete [] ntrkE;
+  delete [] ntrkT;
+  delete [] limiE;
+  delete [] limiT;
 
 }
 
@@ -510,33 +882,32 @@ void AliTRD::Init()
 void AliTRD::MakeBranch(Option_t* option)
 {
   //
-  // Create Tree branches for the TRD digits and cluster.
+  // Create Tree branches for the TRD digits.
   //
 
   Int_t  buffersize = 4000;
   Char_t branchname[15];
+  sprintf(branchname,"%s",GetName());
+
+  const char *cD = strstr(option,"D");
 
   AliDetector::MakeBranch(option);
 
-  Char_t *R = strstr(option,"R");
-  sprintf(branchname,"%srecPoints",GetName());
-  if (fRecPoints && gAlice->TreeR() && R) {
-    gAlice->TreeR()->Branch(branchname,fRecPoints->IsA()->GetName()
-                           ,&fRecPoints,buffersize,0);
-    printf("* AliTRD::MakeBranch * Making Branch %s for points in TreeR\n",branchname);
-  }
+  if (fDigits && gAlice->TreeD() && cD) {
+    MakeBranchInTree(gAlice->TreeD(),branchname,&fDigits,buffersize,0);
+  }    
 
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliTRD::ResetRecPoints()
+void AliTRD::ResetDigits()
 {
   //
-  // Reset number of reconstructed points and the point array
+  // Reset number of digits and the digits array for this detector
   //
 
-  fNRecPoints = 0;
-  if (fRecPoints) fRecPoints->Delete();
+  fNdigits = 0;
+  if (fDigits) fDigits->Clear();
 
 }
 
@@ -547,40 +918,378 @@ void AliTRD::SetTreeAddress()
   // Set the branch addresses for the trees.
   //
 
-  Char_t branchname[15];
-
+  if ( fLoader->TreeH() && (fHits == 0x0)) {
+    fHits = new TClonesArray("AliTRDhit",405);
+  }
   AliDetector::SetTreeAddress();
 
-  TBranch *branch;
-  TTree   *treeR = gAlice->TreeR();
+}
 
-  if (treeR) {
-    sprintf(branchname,"%srecPoints",GetName());
-    if (fRecPoints) {
-      branch = treeR->GetBranch(branchname);
-      if (branch) {
-        branch->SetAddress(&fRecPoints);
-      }
-    }
-  }
+//_____________________________________________________________________________
+void AliTRD::SetPHOShole()
+{
+  //
+  // Selects a geometry with a hole in front of the PHOS
+  //
+
+  fGeometry->SetPHOShole();
 
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliTRD::SetGasMix(Int_t imix)
+void AliTRD::SetRICHhole()
 {
   //
-  // Defines the gas mixture (imix=0:  Xe/Isobutane imix=1: Xe/CO2)
+  // Selects a geometry with a hole in front of the RICH
   //
-  
-  if ((imix < 0) || (imix > 1)) {
-    printf("Wrong input value: %d\n",imix);
-    printf("Use standard setting\n");
-    fGasMix = 0;
-    return;
-  }
 
-  fGasMix = imix;
+  fGeometry->SetRICHhole();
 
 }
+
+//_____________________________________________________________________________
+AliTRD &AliTRD::operator=(const AliTRD &trd)
+{
+  //
+  // Assignment operator
+  //
+
+  if (this != &trd) ((AliTRD &) trd).Copy(*this);
+  return *this;
+
+} 
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+