]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - TRD/AliTRD.cxx
First implementation of neural network PID
[u/mrichter/AliRoot.git] / TRD / AliTRD.cxx
index 5d05370cf40fcbe083df61e336cb974e7662dbbb..7e44e869da9294f7302fefc1215cdd7048d49c24 100644 (file)
@@ -26,6 +26,7 @@
 #include <stdlib.h>
 #include <Riostream.h>
 
+#include <TClonesArray.h>
 #include <TFile.h>
 #include <TGeometry.h>
 #include <TLorentzVector.h>
@@ -44,6 +45,9 @@
 #include "AliMC.h"
 #include "AliMagF.h"
 #include "AliRun.h"
+#include "AliTrackReference.h"
+#include "AliRawReader.h"
+
 #include "AliTRD.h"
 #include "AliTRDdigit.h"
 #include "AliTRDdigitizer.h"
@@ -52,8 +56,6 @@
 #include "AliTRDhit.h"
 #include "AliTRDpoints.h"
 #include "AliTRDrawData.h"
-#include "AliTrackReference.h"
-
 #include "AliTRDSimParam.h"
 #include "AliTRDRecParam.h"
 #include "AliTRDCommonParam.h"
@@ -63,38 +65,36 @@ ClassImp(AliTRD)
  
 //_____________________________________________________________________________
 AliTRD::AliTRD()
+  :AliDetector()
+  ,fGeometry(0)
+  ,fGasDensity(0)
+  ,fFoilDensity(0)
+  ,fDrawTR(0)
+  ,fDisplayType(0)
 {
   //
   // Default constructor
   //
-
-  fIshunt        = 0;
-  fHits          = 0;
-  fDigits        = 0;
-
-  fGeometry      = 0;
-
-  fGasDensity    = 0;
-  fFoilDensity   = 0;
-
-  fDrawTR        = 0;
-  fDisplayType   = 0;
  
 }
  
 //_____________________________________________________________________________
 AliTRD::AliTRD(const char *name, const char *title)
-       : AliDetector(name,title)
+  :AliDetector(name,title)
+  ,fGeometry(0)
+  ,fGasDensity(0)
+  ,fFoilDensity(0)
+  ,fDrawTR(0)
+  ,fDisplayType(0)
 {
   //
   // Standard constructor for the TRD
   //
 
-  // Check that FRAME is there otherwise we have no place where to
-  // put TRD
-  AliModule* frame = gAlice->GetModule("FRAME");
+  // Check that FRAME is there otherwise we have no place where to put TRD
+  AliModule *frame = gAlice->GetModule("FRAME");
   if (!frame) {
-    Error("Ctor","TRD needs FRAME to be present\n");
+    AliError("TRD needs FRAME to be present\n");
     exit(1);
   } 
 
@@ -104,44 +104,14 @@ AliTRD::AliTRD(const char *name, const char *title)
     fGeometry = new AliTRDgeometry();
   }
   else {
-    Error("Ctor","Could not find valid FRAME version\n");
+    AliError("Could not find valid FRAME version\n");
     exit(1);
   }
 
-  // Save the geometry
-  TDirectory* saveDir = gDirectory;
-  gAlice->GetRunLoader()->CdGAFile();
-  fGeometry->Write("TRDgeometry");
-  saveDir->cd();
-
   // Allocate the hit array
-  fHits          = new TClonesArray("AliTRDhit"     ,405);
+  fHits = new TClonesArray("AliTRDhit",405);
   gAlice->GetMCApp()->AddHitList(fHits);
 
-  // Allocate the digits array
-  fDigits        = 0;
-
-  fIshunt        = 0;
-
-  fGasDensity    = 0;
-  fFoilDensity   = 0;
-
-  fDrawTR        = 0;
-  fDisplayType   = 0;
-
-  SetMarkerColor(kWhite);   
-
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-AliTRD::AliTRD(const AliTRD &trd):AliDetector(trd)
-{
-  //
-  // Copy constructor
-  //
-
-  ((AliTRD &) trd).Copy(*this);
-
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -151,15 +121,14 @@ AliTRD::~AliTRD()
   // TRD destructor
   //
 
-  fIshunt = 0;
-
   if (fGeometry) {
     delete fGeometry;
-    fGeometry  = 0;
+    fGeometry = 0;
   }
+
   if (fHits) {
     delete fHits;
-    fHits      = 0;
+    fHits     = 0;
   }
 
 }
@@ -177,12 +146,16 @@ void AliTRD::Hits2Digits()
   // Initialization
   digitizer.InitDetector();
     
-  if (!fLoader->TreeH()) fLoader->LoadHits("read");
+  if (!fLoader->TreeH()) {
+    fLoader->LoadHits("read");
+  }
   fLoader->LoadDigits("recreate");
-  AliRunLoader* runLoader = fLoader->GetRunLoader(); 
+
+  AliRunLoader *runLoader = fLoader->GetRunLoader(); 
 
   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
-    digitizer.Open(runLoader->GetFileName().Data(), iEvent);
+    runLoader->GetEvent(iEvent);
+    digitizer.Open(runLoader,iEvent);
     digitizer.MakeDigits();
     digitizer.WriteDigits();
   }
@@ -207,12 +180,16 @@ void AliTRD::Hits2SDigits()
   // Initialization
   digitizer.InitDetector();
     
-  if (!fLoader->TreeH()) fLoader->LoadHits("read");
+  if (!fLoader->TreeH()) {
+    fLoader->LoadHits("read");
+  }
   fLoader->LoadSDigits("recreate");
-  AliRunLoader* runLoader = fLoader->GetRunLoader(); 
+
+  AliRunLoader *runLoader = fLoader->GetRunLoader(); 
 
   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
-    digitizer.Open(runLoader->GetFileName().Data(), iEvent);
+    runLoader->GetEvent(iEvent);
+    digitizer.Open(runLoader,iEvent);
     digitizer.MakeDigits();
     digitizer.WriteDigits();
   }
@@ -223,7 +200,7 @@ void AliTRD::Hits2SDigits()
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliDigitizer* AliTRD::CreateDigitizer(AliRunDigitizer* manager) const
+AliDigitizer *AliTRD::CreateDigitizer(AliRunDigitizer *manager) const
 {
   //
   // Creates a new digitizer object
@@ -257,13 +234,15 @@ void AliTRD::SDigits2Digits()
   sdigitsManager.SetSDigits(kTRUE);
   sdigitsManager.CreateArrays();
   
-  if (!fLoader->TreeS()) 
-    if (fLoader->LoadSDigits("read"))
-     {
-       Error("SDigits2Digits","Error while reading SDigits for event %d",gAlice->GetEvNumber());
-       return;
-     }
-  if (!fLoader->TreeS()) return;
+  if (!fLoader->TreeS()) { 
+    if (fLoader->LoadSDigits("read")) {
+      return;
+    }
+  }
+  if (!fLoader->TreeS()) {
+    AliError(Form("Error while reading SDigits for event %d",gAlice->GetEvNumber()));
+    return;
+  }
   
   sdigitsManager.ReadDigits(fLoader->TreeS());
 
@@ -274,7 +253,9 @@ void AliTRD::SDigits2Digits()
   digitizer.SDigits2Digits();
 
   // Store the digits
-  if (!fLoader->TreeD()) fLoader->MakeTree("D");
+  if (!fLoader->TreeD()) {
+    fLoader->MakeTree("D");
+  }
   if (digitizer.MakeBranch(fLoader->TreeD())){
     digitizer.WriteDigits();
   }
@@ -285,20 +266,19 @@ void AliTRD::SDigits2Digits()
 void AliTRD::Digits2Raw() 
 {
   //
-  // convert digits of the current event to raw data
+  // Convert digits of the current event to raw data
   //
 
   fLoader->LoadDigits();
-  TTreedigits = fLoader->TreeD();
+  TTree *digits = fLoader->TreeD();
   if (!digits) {
-    Error("Digits2Raw", "no digits tree");
+    AliError("No digits tree");
     return;
   }
 
   AliTRDrawData rawWriter;
-  //  rawWriter.SetDebug(2);
   if (!rawWriter.Digits2Raw(digits)) {
-    Error("AliTRD::Digits2Raw","The raw writer could not load the digits tree");
+    AliError("The raw writer could not load the digits tree");
   }
 
   fLoader->UnloadDigits();
@@ -307,20 +287,27 @@ void AliTRD::Digits2Raw()
 
 //_____________________________________________________________________________
 void AliTRD::AddHit(Int_t track, Int_t det, Float_t *hits, Int_t q
-                  , Bool_t inDrift)
+                  , Float_t time, Bool_t inDrift)
 {
   //
   // Add a hit for the TRD
   // 
 
   TClonesArray &lhits = *fHits;
-  AliTRDhit *hit = new(lhits[fNhits++]) AliTRDhit(fIshunt,track,det,hits,q);
+  AliTRDhit *hit = new(lhits[fNhits++]) AliTRDhit(fIshunt
+                                                 ,track
+                                                 ,det
+                                                 ,hits
+                                                 ,q
+                                                 ,time);
+
   if (inDrift) {
     hit->SetDrift();
   }
   else {
     hit->SetAmplification();
   }
+
   if (q < 0) {
     hit->SetTRphoton();
   }
@@ -334,11 +321,20 @@ void AliTRD::BuildGeometry()
   // Create the ROOT TNode geometry for the TRD
   //
 
-  TNode *node, *top;
+  TNode *node;
+  TNode *top;
   TPGON *pgon;
 
-  Float_t rmin, rmax;
-  Float_t zmax1, zmax2;
+  // The dimensions of the TRD super module
+  const Float_t kRmin  = 291.0;
+  const Float_t kRmax  = 369.0;
+  const Float_t kZmax1 = 378.35;
+  const Float_t kZmax2 = 302.0;
+
+  Float_t rmin;
+  Float_t rmax;
+  Float_t zmax1;
+  Float_t zmax2;
 
   Int_t   iPlan;
  
@@ -350,12 +346,12 @@ void AliTRD::BuildGeometry()
   if      (fDisplayType == 0) {
 
     pgon = new TPGON("S_TRD","TRD","void",0,360,AliTRDgeometry::Nsect(),4);
-    rmin = AliTRDgeometry::Rmin();
-    rmax = AliTRDgeometry::Rmax();
-    pgon->DefineSection(0,-AliTRDgeometry::Zmax1(),rmax,rmax);
-    pgon->DefineSection(1,-AliTRDgeometry::Zmax2(),rmin,rmax);
-    pgon->DefineSection(2, AliTRDgeometry::Zmax2(),rmin,rmax);
-    pgon->DefineSection(3, AliTRDgeometry::Zmax1(),rmax,rmax);
+    rmin = kRmin;
+    rmax = kRmax;
+    pgon->DefineSection(0,-kZmax1,rmax,rmax);
+    pgon->DefineSection(1,-kZmax2,rmin,rmax);
+    pgon->DefineSection(2, kZmax2,rmin,rmax);
+    pgon->DefineSection(3, kZmax1,rmax,rmax);
     top->cd();
     node = new TNode("TRD","TRD","S_TRD",0,0,0,"");
     node->SetLineColor(kColorTRD);
@@ -366,14 +362,13 @@ void AliTRD::BuildGeometry()
 
     Char_t name[7];
 
-    Float_t slope = (AliTRDgeometry::Zmax1() - AliTRDgeometry::Zmax2())
-                  / (AliTRDgeometry::Rmax()  - AliTRDgeometry::Rmin());
+    Float_t slope = (kZmax1 - kZmax2) / (kRmax  - kRmin);
 
-    rmin  = AliTRDgeometry::Rmin() + AliTRDgeometry::CraHght();
-    rmax  = rmin                   + AliTRDgeometry::CdrHght();
+    rmin  = kRmin + AliTRDgeometry::CraHght();
+    rmax  = rmin  + AliTRDgeometry::CdrHght();
 
-    Float_t thickness = rmin - AliTRDgeometry::Rmin();
-    zmax2 = AliTRDgeometry::Zmax2() + slope * thickness;
+    Float_t thickness = rmin - kRmin;
+    zmax2 = kZmax2 + slope * thickness;
     zmax1 = zmax2 + slope * AliTRDgeometry::DrThick();
 
     for (iPlan = 0; iPlan < AliTRDgeometry::Nplan(); iPlan++) {
@@ -398,10 +393,10 @@ void AliTRD::BuildGeometry()
     }
 
     thickness += AliTRDgeometry::DrThick();
-    rmin  = AliTRDgeometry::Rmin() + thickness;
-    rmax  = rmin + AliTRDgeometry::AmThick();
-    zmax2 = AliTRDgeometry::Zmax2() + slope * thickness;
-    zmax1 = zmax2 + slope * AliTRDgeometry::AmThick();
+    rmin       = kRmin  + thickness;
+    rmax       = rmin   + AliTRDgeometry::AmThick();
+    zmax2      = kZmax2 + slope * thickness;
+    zmax1      = zmax2  + slope * AliTRDgeometry::AmThick();
 
     for (iPlan = 0; iPlan < AliTRDgeometry::Nplan(); iPlan++) {
 
@@ -428,23 +423,6 @@ void AliTRD::BuildGeometry()
 
 }
  
-//_____________________________________________________________________________
-void AliTRD::Copy(TObject &trd) const
-{
-  //
-  // Copy function
-  //
-
-  ((AliTRD &) trd).fGeometry    = fGeometry;       
-  ((AliTRD &) trd).fGasDensity  = fGasDensity;
-  ((AliTRD &) trd).fFoilDensity = fFoilDensity;
-  ((AliTRD &) trd).fDrawTR      = fDrawTR;
-  ((AliTRD &) trd).fDisplayType = fDisplayType;
-
-  //AliDetector::Copy(trd);
-
-}
-
 //_____________________________________________________________________________
 void AliTRD::CreateGeometry()
 {
@@ -453,7 +431,7 @@ void AliTRD::CreateGeometry()
   //
 
   // Check that FRAME is there otherwise we have no place where to put the TRD
-  AliModuleframe = gAlice->GetModule("FRAME");
+  AliModule *frame = gAlice->GetModule("FRAME");
   if (!frame) {
     AliFatal("The TRD needs the FRAME to be defined first");
   }
@@ -473,40 +451,34 @@ void AliTRD::CreateMaterials()
   Float_t sxmgmx = gAlice->Field()->Max();
   
   // For polyethilene (CH2) 
-  Float_t ape[2] = { 12.011 ,  1.0079 };
-  Float_t zpe[2] = {  6.0   ,  1.0    };
-  Float_t wpe[2] = {  1.0   ,  2.0    };
-  Float_t dpe    = 0.95;
-
-  // For mylar (C5H4O2) 
-  Float_t amy[3] = { 12.011 ,  1.0079, 15.9994 };
-  Float_t zmy[3] = {  6.0   ,  1.0   ,  8.0    };
-  Float_t wmy[3] = {  5.0   ,  4.0   ,  2.0    };
-  Float_t dmy    = 1.39;
+  Float_t ape[2]    = { 12.011 ,  1.0079 };
+  Float_t zpe[2]    = {  6.0   ,  1.0    };
+  Float_t wpe[2]    = {  1.0   ,  2.0    };
+  Float_t dpe       = 0.95;
 
   // For CO2 
-  Float_t aco[2] = { 12.011 , 15.9994 };
-  Float_t zco[2] = {  6.0   ,  8.0    };
-  Float_t wco[2] = {  1.0   ,  2.0    };
-  Float_t dco    = 0.00186;
+  Float_t aco[2]    = { 12.011 , 15.9994 };
+  Float_t zco[2]    = {  6.0   ,  8.0    };
+  Float_t wco[2]    = {  1.0   ,  2.0    };
+  Float_t dco       = 0.00186;
 
   // For water
-  Float_t awa[2] = {  1.0079, 15.9994 };
-  Float_t zwa[2] = {  1.0   ,  8.0    };
-  Float_t wwa[2] = {  2.0   ,  1.0    };
-  Float_t dwa    = 1.0;
+  Float_t awa[2]    = {  1.0079, 15.9994 };
+  Float_t zwa[2]    = {  1.0   ,  8.0    };
+  Float_t wwa[2]    = {  2.0   ,  1.0    };
+  Float_t dwa       = 1.0;
 
   // For isobutane (C4H10)
-  Float_t ais[2] = { 12.011 ,  1.0079 };
-  Float_t zis[2] = {  6.0   ,  1.0    };
-  Float_t wis[2] = {  4.0   , 10.0    };
-  Float_t dis    = 0.00267;
+  Float_t ais[2]    = { 12.011 ,  1.0079 };
+  Float_t zis[2]    = {  6.0   ,  1.0    };
+  Float_t wis[2]    = {  4.0   , 10.0    };
+  Float_t dis       = 0.00267;
 
   // For plexiglas (C5H8O2)
-  Float_t apg[3] = { 12.011 ,  1.0079, 15.9994 };
-  Float_t zpg[3] = {  6.0   ,  1.0   ,  8.0    };
-  Float_t wpg[3] = {  5.0   ,  8.0   ,  2.0    };
-  Float_t dpg    = 1.18; 
+  Float_t apg[3]    = { 12.011 ,  1.0079, 15.9994 };
+  Float_t zpg[3]    = {  6.0   ,  1.0   ,  8.0    };
+  Float_t wpg[3]    = {  5.0   ,  8.0   ,  2.0    };
+  Float_t dpg       = 1.18; 
   
   // For epoxy (C18H19O3)
   Float_t aEpoxy[3] = { 15.9994,  1.0079, 12.011  }; 
@@ -514,11 +486,17 @@ void AliTRD::CreateMaterials()
   Float_t wEpoxy[3] = {  3.0   , 19.0   , 18.0    }; 
   Float_t dEpoxy    = 1.8 ; 
 
+  // For Araldite, low density epoxy (C18H19O3)
+  Float_t aAral[3]  = { 15.9994,  1.0079, 12.011  }; 
+  Float_t zAral[3]  = {  8.0   ,  1.0   ,  6.0    }; 
+  Float_t wAral[3]  = {  3.0   , 19.0   , 18.0    }; 
+  Float_t dAral     = 1.05; 
+
   // For air  
   Float_t aAir[4]   = { 12.011   , 14.0     , 15.9994  , 36.0      };
   Float_t zAir[4]   = {  6.0     ,  7.0     ,  8.0     , 18.0      };
   Float_t wAir[4]   = {  0.000124,  0.755267,  0.231781,  0.012827 };
-  Float_t dAir      = 1.20479E-3;
+  Float_t dAir      = 1.20479e-03;
 
   // For G10
   Float_t aG10[4]   = {  1.0079  , 12.011   , 15.9994  , 28.086    };
@@ -529,20 +507,18 @@ void AliTRD::CreateMaterials()
   // For Xe/CO2-gas-mixture 
   Float_t aXeCO2[3] = { 131.29   ,  12.0107 ,  15.9994  };
   Float_t zXeCO2[3] = {  54.0    ,   6.0    ,   8.0     };
-  // Move to number of atoms
   Float_t wXeCO2[3] = {   8.5    ,   1.5    ,   3.0     }; 
-  //Float_t wXeCO2[3] = {   0.85   ,   0.0375 ,   0.1125  };
   // Xe-content of the Xe/CO2-mixture (85% / 15%) 
   Float_t fxc       = 0.85;
   Float_t dxe       = 0.00549;
   Float_t dgm       = fxc * dxe + (1.0 - fxc) * dco;
   
   // General tracking parameter
-  Float_t tmaxfd = -10.;
-  Float_t stemax = -1e10;
-  Float_t deemax = -0.1;
-  Float_t epsil  =  1e-4;
-  Float_t stmin  = -0.001;
+  Float_t tmaxfd    = -10.0;
+  Float_t stemax    = -1.0e10;
+  Float_t deemax    = -0.1;
+  Float_t epsil     =  1.0e-4;
+  Float_t stmin     = -0.001;
   
   //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
   //     Define Materials 
@@ -554,102 +530,99 @@ void AliTRD::CreateMaterials()
   AliMaterial( 6, "C"    ,  12.01,  6.0, 2.265   ,    18.8 ,    74.4);
   AliMaterial(15, "Sn"   , 118.71, 50.0, 7.31    ,     1.21,    14.8);
   AliMaterial(16, "Si"   ,  28.09, 14.0, 2.33    ,     9.36,    37.2);
+  AliMaterial(18, "Fe"   ,  55.85, 26.0, 7.87    ,     1.76,    14.8);
 
   // Mixtures 
   AliMixture(2, "Air"         , aAir,   zAir,   dAir,    4, wAir  );
   AliMixture(3, "Polyethilene", ape,    zpe,    dpe,    -2, wpe   );
-  AliMixture(7, "Mylar",        amy,    zmy,    dmy,    -3, wmy   );
   AliMixture(8, "CO2",          aco,    zco,    dco,    -2, wco   );
   AliMixture(9, "Isobutane",    ais,    zis,    dis,    -2, wis   );
-  // Move to number of atoms
   AliMixture(10,"Gas mixture",  aXeCO2, zXeCO2, dgm,    -3, wXeCO2);
-  //AliMixture(10,"Gas mixture",  aXeCO2, zXeCO2, dgm,     3, wXeCO2);
   AliMixture(12,"G10",          aG10,   zG10,   dG10,    4, wG10  );
   AliMixture(13,"Water",        awa,    zwa,    dwa,    -2, wwa   );
   AliMixture(14,"Plexiglas",    apg,    zpg,    dpg,    -3, wpg   );
   AliMixture(17,"Epoxy",        aEpoxy, zEpoxy, dEpoxy, -3, wEpoxy);
+  AliMixture(19,"Araldite",     aAral,  zAral,  dAral,  -3, wAral );
 
   //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
   //     Tracking Media Parameters 
   //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
   // Al Frame 
-  AliMedium(1, "Al Frame",   1, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium( 1,"Al Frame"   , 1,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // Air 
-  AliMedium(2, "Air",        2, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
-  // Polyethilene 
-  AliMedium(3, "Radiator",   3, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
-  // Xe 
-  AliMedium(4, "Xe",         4, 1, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium( 2,"Air"        , 2,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
+  // Wires
+  AliMedium( 3,"Wires"      , 5,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
+  // All other ROB materials (caps, etc.)
+  AliMedium( 4,"ROB Other"  , 5,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // Cu pads 
-  AliMedium(5, "Padplane",   5, 1, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium( 5,"Padplane"   , 5,1,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // Fee + cables 
-  AliMedium(6, "Readout",    5, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium( 6,"Readout"    , 5,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // C frame 
-  AliMedium(7, "C Frame",    6, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
-  // Mylar foils 
-  AliMedium(8, "Mylar",      7, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium( 7,"C Frame"    , 6,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
+  // INOX of cooling bus bars
+  AliMedium( 8,"Cooling bus",18,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // Gas-mixture (Xe/CO2) 
-  AliMedium(9, "Gas-mix",   10, 1, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
-  // Nomex-honeycomb (use carbon for the time being) 
-  AliMedium(10, "Nomex",      6, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
-  // Kapton foils (use Mylar for the time being) 
-  AliMedium(11, "Kapton",     7, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
-  // Gas-filling of the radiator 
-  AliMedium(12, "CO2",        8, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium( 9,"Gas-mix"    ,10,1,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
+  // Nomex-honeycomb
+  AliMedium(10,"Nomex"      ,12,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
+  // Araldite glue
+  AliMedium(11,"Glue"       ,19,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // G10-plates
-  AliMedium(13, "G10-plates",12, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium(13,"G10-plates" ,12,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // Cooling water
-  AliMedium(14, "Water",     13, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium(14,"Water"      ,13,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // Rohacell (plexiglas) for the radiator
-  AliMedium(15, "Rohacell",  14, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium(15,"Rohacell"   ,14,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // Al layer in MCMs
-  AliMedium(16, "MCM-Al"  ,   1, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium(16,"MCM-Al"     , 1,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // Sn layer in MCMs
-  AliMedium(17, "MCM-Sn"  ,  15, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium(17,"MCM-Sn"     ,15,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // Cu layer in MCMs
-  AliMedium(18, "MCM-Cu"  ,   5, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium(18,"MCM-Cu"     , 5,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // G10 layer in MCMs
-  AliMedium(19, "MCM-G10" ,  12, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium(19,"MCM-G10"    ,12,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // Si in readout chips
-  AliMedium(20, "Chip-Si" ,  16, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium(20,"Chip-Si"    ,16,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // Epoxy in readout chips
-  AliMedium(21, "Chip-Ep" ,  17, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium(21,"Chip-Ep"    ,17,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // PE in connectors
-  AliMedium(22, "Conn-PE" ,   3, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium(22,"Conn-PE"    , 3,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // Cu in connectors
-  AliMedium(23, "Chip-Cu" ,   5, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium(23,"Chip-Cu"    , 5,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // Al of cooling pipes
-  AliMedium(24, "Cooling" ,   1, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium(24,"Cooling"    , 1,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
   // Cu in services
-  AliMedium(25, "Serv-Cu" ,   5, 0, isxfld, sxmgmx
-                , tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin);
+  AliMedium(25,"Serv-Cu"    , 5,0,isxfld,sxmgmx
+              ,tmaxfd,stemax,deemax,epsil,stmin);
 
   // Save the density values for the TRD absorbtion
+  Float_t dmy  = 1.39;
   fFoilDensity = dmy;
   fGasDensity  = dgm;
 
@@ -710,6 +683,7 @@ Int_t AliTRD::DistancetoPrimitive(Int_t , Int_t )
   //
   // Distance between the mouse and the TRD detector on the screen
   // Dummy routine
+  //
   
   return 9999;
 
@@ -727,7 +701,14 @@ void AliTRD::Init()
   if (fGeometry->IsVersion() != 1) {
     AliError("Not a valid geometry");
   }
-  
+
+  // Special tracking options for charged particles for XeCO2
+  gMC->Gstpar((* fIdtmed)[9],"DRAY"    , 1.0);
+  gMC->Gstpar((* fIdtmed)[9],"STRA"    , 1.0); 
+  gMC->Gstpar((* fIdtmed)[9],"LOSS"    ,13.0);      // Specific energy loss
+  gMC->Gstpar((* fIdtmed)[9],"PRIMIO_E",23.53);     // 1st ionisation potential
+  gMC->Gstpar((* fIdtmed)[9],"PRIMIO_N",19.344431); // Number of primaries
+
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -738,13 +719,19 @@ void AliTRD::LoadPoints(Int_t )
   // Hit originating from TR photons are given a different color
   //
 
-  if (fHits == 0) return;
+  if (fHits == 0) {
+    return;
+  }
 
-  Int_t nhits = fHits->GetEntriesFast();
-  if (nhits == 0) return;
+  Int_t nhits  = fHits->GetEntriesFast();
+  if (nhits == 0) {
+    return;
+  }
 
   Int_t tracks = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
-  if (fPoints == 0) fPoints = new TObjArray(tracks);
+  if (fPoints == 0) {
+    fPoints = new TObjArray(tracks);
+  }
 
   AliTRDhit *ahit;
   
@@ -796,7 +783,8 @@ void AliTRD::LoadPoints(Int_t )
 
     }
     // TR photon hits
-    else if ((ahit->GetCharge() < 0) && (fDrawTR)) {
+    else if ((ahit->GetCharge() < 0) && 
+             (fDrawTR)) {
 
       trk = ahit->GetTrack();
       if (ntrkT[trk] == limiT[trk]) {
@@ -833,9 +821,9 @@ void AliTRD::LoadPoints(Int_t )
 
       // Set the dEdx points
       if (ntrkE[trk]) {
-        points->SetMarkerColor(GetMarkerColor());
-        points->SetMarkerSize(GetMarkerSize());
-        points->SetPolyMarker(ntrkE[trk],coorE[trk],GetMarkerStyle());
+        points->SetMarkerColor(kWhite); //PH This is the default color in TRD
+        points->SetMarkerSize(1); //PH Default size=1
+        points->SetPolyMarker(ntrkE[trk],coorE[trk],1); //PH Default style=1
         delete [] coorE[trk];
         coorE[trk] = 0;
       }
@@ -863,7 +851,7 @@ void AliTRD::LoadPoints(Int_t )
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliTRD::MakeBranch(Option_toption)
+void AliTRD::MakeBranch(Option_t *option)
 {
   //
   // Create Tree branches for the TRD digits.
@@ -873,13 +861,15 @@ void AliTRD::MakeBranch(Option_t* option)
   Char_t branchname[15];
   sprintf(branchname,"%s",GetName());
 
-  const char *cD = strstr(option,"D");
+  const Char_t *cD = strstr(option,"D");
 
   AliDetector::MakeBranch(option);
 
-  if (fDigits && gAlice->TreeD() && cD) {
+  if (fDigits         && 
+      gAlice->TreeD() && 
+      cD) {
     MakeBranchInTree(gAlice->TreeD(),branchname,&fDigits,buffersize,0);
-  }    
+  }
 
 }
 
@@ -891,7 +881,10 @@ void AliTRD::ResetDigits()
   //
 
   fNdigits = 0;
-  if (fDigits) fDigits->Clear();
+
+  if (fDigits) {
+    fDigits->Clear();
+  }
 
 }
 
@@ -902,7 +895,8 @@ void AliTRD::SetTreeAddress()
   // Set the branch addresses for the trees.
   //
 
-  if ( fLoader->TreeH() && (fHits == 0x0)) {
+  if (fLoader->TreeH() && 
+      (fHits == 0x0)) {
     fHits = new TClonesArray("AliTRDhit",405);
   }
   AliDetector::SetTreeAddress();
@@ -910,348 +904,50 @@ void AliTRD::SetTreeAddress()
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliTRD &AliTRD::operator=(const AliTRD &trd)
+Bool_t AliTRD::Raw2SDigits(AliRawReader *rawReader)
 {
   //
-  // Assignment operator
+  // Converts RAW data to SDigits
   //
 
-  if (this != &trd) ((AliTRD &) trd).Copy(*this);
-  return *this;
-
-} 
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
+  AliLoader *loader = fRunLoader->GetLoader("TRDLoader");
+  if (!loader) {
+    AliError("Can not get TRD loader from Run Loader");
+    return kFALSE;
+  }
+    
+  TTree *tree = 0;
+  tree = loader->TreeS();
+  if (!tree) {
+    loader->MakeTree("S");
+    tree = loader->TreeS();
+  }
 
+  AliTRDrawData       *rawdata        = new AliTRDrawData();
+  AliTRDdigitsManager *sdigitsManager = rawdata->Raw2Digits(rawReader);
+  if (sdigitsManager) {
+    sdigitsManager->SetSDigits(kTRUE);
+    sdigitsManager->MakeBranch(tree);
+    sdigitsManager->WriteDigits();
+    return kTRUE;
+  } 
+  else {
+    return kFALSE;
+  }
 
+}
 
+//_____________________________________________________________________________
+AliTRD &AliTRD::operator=(const AliTRD &trd)
+{
+  //
+  // Assignment operator
+  //
 
+  if (this != &trd) {
+    ((AliTRD &) trd).Copy(*this);
+  }
 
+  return *this;
 
+}