]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - doxygen/thtml2doxy.py
added printout of equipment-ID in case of decode errors
[u/mrichter/AliRoot.git] / doxygen / thtml2doxy.py
index 53ce763f35e21a39274ff523dcbbd4854f59b7bb..4d17e511874ee5837be53d4f8d25e03d157e72d9 100755 (executable)
 #!/usr/bin/env python
 
+## @package thtml2doxy_clang
+#  Translates THtml C++ comments to Doxygen using libclang as parser.
+#
+#  This code relies on Python bindings for libclang: libclang's interface is pretty unstable, and
+#  its Python bindings are unstable as well.
+#
+#  AST (Abstract Source Tree) traversal is performed entirely using libclang used as a C++ parser,
+#  instead of attempting to write a parser ourselves.
+#
+#  This code (expecially AST traversal) was inspired by:
+#
+#   - [Implementing a code generator with libclang](http://szelei.me/code-generator/)
+#     (this refers to API calls used here)
+#   - [Parsing C++ in Python with Clang](http://eli.thegreenplace.net/2011/07/03/parsing-c-in-python-with-clang)
+#     (outdated, API calls described there do not work anymore, but useful to understand some basic
+#     concepts)
+#
+#  Usage:
+#
+#    `thtml2doxy_clang [--stdout|-o] [-d] [--debug=DEBUG_LEVEL] file1 [file2 [file3...]]`
+#
+#  Parameters:
+#
+#   - `--stdout|-o`: output all on standard output instead of writing files in place
+#   - `-d`: enable debug mode (very verbose output)
+#   - `--debug=DEBUG_LEVEL`: set debug level to one of `DEBUG`, `INFO`, `WARNING`, `ERROR`,
+#     `CRITICAL`
+#
+#  @author Dario Berzano, CERN
+#  @date 2014-12-05
+
+
 import sys
 import os
 import re
+import logging
+import getopt
+import hashlib
+import clang.cindex
+
+
+## Brain-dead color output for terminal.
+class Colt(str):
+
+  def red(self):
+    return self.color('\033[31m')
+
+  def green(self):
+    return self.color('\033[32m')
+
+  def yellow(self):
+    return self.color('\033[33m')
+
+  def blue(self):
+    return self.color('\033[34m')
+
+  def magenta(self):
+    return self.color('\033[35m')
+
+  def cyan(self):
+    return self.color('\033[36m')
+
+  def color(self, c):
+    return c + self + '\033[m'
+
+
+## Comment.
+class Comment(object):
+
+  def __init__(self, lines, first_line, first_col, last_line, last_col, indent, func, \
+    append_empty=True):
+
+    assert first_line > 0 and last_line >= first_line, 'Wrong line numbers'
+    self.lines = lines
+    self.first_line = first_line
+    self.first_col = first_col
+    self.last_line = last_line
+    self.last_col = last_col
+    self.indent = indent
+    self.func = func
+    self.append_empty = append_empty
+
+  def has_comment(self, line):
+    return line >= self.first_line and line <= self.last_line
+
+  def __str__(self):
+    return "<%s for %s: [%d,%d:%d,%d] %s>" % ( \
+      self.__class__.__name__, self.func,
+      self.first_line, self.first_col, self.last_line, self.last_col,
+      self.lines)
+
+
+## Prepend comment.
+class PrependComment(Comment):
+
+  def __init__(self, lines, first_line, first_col, last_line, last_col, indent, func, \
+    append_empty=False):
+    super(PrependComment, self).__init__( \
+      lines, first_line, first_col, last_line, last_col, indent, func, append_empty)
+
+
+## A data member comment.
+class MemberComment:
+
+  def __init__(self, text, comment_flag, array_size, first_line, first_col, func):
+    assert first_line > 0, 'Wrong line number'
+    assert comment_flag is None or comment_flag == '!' or comment_flag in [ '!', '||', '->' ]
+    self.lines = [ text ]
+    self.comment_flag = comment_flag
+    self.array_size = array_size
+    self.first_line = first_line
+    self.first_col = first_col
+    self.func = func
+
+  def is_transient(self):
+    return self.comment_flag == '!'
+
+  def is_dontsplit(self):
+    return self.comment_flag == '||'
+
+  def is_ptr(self):
+    return self.comment_flag == '->'
+
+  def has_comment(self, line):
+    return line == self.first_line
+
+  def __str__(self):
+
+    if self.is_transient():
+      tt = '!transient! '
+    elif self.is_dontsplit():
+      tt = '!dontsplit! '
+    elif self.is_ptr():
+      tt = '!ptr! '
+    else:
+      tt = ''
 
-## @package thtml2doxy
-#  Roughly translates THtml C++ comments to Doxygen.
+    if self.array_size is not None:
+      ars = '[%s] ' % self.array_size
+    else:
+      ars = ''
+
+    return "<MemberComment for %s: [%d,%d] %s%s%s>" % (self.func, self.first_line, self.first_col, tt, ars, self.lines[0])
+
+
+## A dummy comment that removes comment lines.
+class RemoveComment(Comment):
+
+  def __init__(self, first_line, last_line):
+    assert first_line > 0 and last_line >= first_line, 'Wrong line numbers'
+    self.first_line = first_line
+    self.last_line = last_line
+    self.func = '<remove>'
+
+  def __str__(self):
+    return "<RemoveComment: [%d,%d]>" % (self.first_line, self.last_line)
+
+
+## Parses method comments.
 #
-#  Usage:
+#  @param cursor   Current libclang parser cursor
+#  @param comments Array of comments: new ones will be appended there
+def comment_method(cursor, comments):
+
+  # we are looking for the following structure: method -> compound statement -> comment, i.e. we
+  # need to extract the first comment in the compound statement composing the method
+
+  in_compound_stmt = False
+  expect_comment = False
+  emit_comment = False
+
+  comment = []
+  comment_function = cursor.spelling or cursor.displayname
+  comment_line_start = -1
+  comment_line_end = -1
+  comment_col_start = -1
+  comment_col_end = -1
+  comment_indent = -1
+
+  for token in cursor.get_tokens():
+
+    if token.cursor.kind == clang.cindex.CursorKind.COMPOUND_STMT:
+      if not in_compound_stmt:
+        in_compound_stmt = True
+        expect_comment = True
+        comment_line_end = -1
+    else:
+      if in_compound_stmt:
+        in_compound_stmt = False
+        emit_comment = True
+
+    # tkind = str(token.kind)[str(token.kind).index('.')+1:]
+    # ckind = str(token.cursor.kind)[str(token.cursor.kind).index('.')+1:]
+
+    if in_compound_stmt:
+
+      if expect_comment:
+
+        extent = token.extent
+        line_start = extent.start.line
+        line_end = extent.end.line
+
+        if token.kind == clang.cindex.TokenKind.PUNCTUATION and token.spelling == '{':
+          pass
+
+        elif token.kind == clang.cindex.TokenKind.COMMENT and (comment_line_end == -1 or (line_start == comment_line_end+1 and line_end-line_start == 0)):
+          comment_line_end = line_end
+          comment_col_end = extent.end.column
+
+          if comment_indent == -1 or (extent.start.column-1) < comment_indent:
+            comment_indent = extent.start.column-1
+
+          if comment_line_start == -1:
+            comment_line_start = line_start
+            comment_col_start = extent.start.column
+          comment.extend( token.spelling.split('\n') )
+
+          # multiline comments are parsed in one go, therefore don't expect subsequent comments
+          if line_end - line_start > 0:
+            emit_comment = True
+            expect_comment = False
+
+        else:
+          emit_comment = True
+          expect_comment = False
+
+    if emit_comment:
+
+      if comment_line_start > 0:
+
+        comment = refactor_comment( comment, infilename=str(cursor.location.file) )
+
+        if len(comment) > 0:
+          logging.debug("Comment found for function %s" % Colt(comment_function).magenta())
+          comments.append( Comment(comment, comment_line_start, comment_col_start, comment_line_end, comment_col_end, comment_indent, comment_function) )
+        else:
+          logging.debug('Empty comment found for function %s: collapsing' % Colt(comment_function).magenta())
+          comments.append( Comment([''], comment_line_start, comment_col_start, comment_line_end, comment_col_end, comment_indent, comment_function) )
+          #comments.append(RemoveComment(comment_line_start, comment_line_end))
+
+      else:
+        logging.warning('No comment found for function %s' % Colt(comment_function).magenta())
+
+      comment = []
+      comment_line_start = -1
+      comment_line_end = -1
+      comment_col_start = -1
+      comment_col_end = -1
+      comment_indent = -1
+
+      emit_comment = False
+      break
+
+
+## Parses comments to class data members.
+#
+#  @param cursor   Current libclang parser cursor
+#  @param comments Array of comments: new ones will be appended there
+def comment_datamember(cursor, comments):
+
+  # Note: libclang 3.5 seems to have problems parsing a certain type of FIELD_DECL, so we revert
+  # to a partial manual parsing. When parsing fails, the cursor's "extent" is not set properly,
+  # returning a line range 0-0. We therefore make the not-so-absurd assumption that the datamember
+  # definition is fully on one line, and we take the line number from cursor.location.
+
+  line_num = cursor.location.line
+  raw = None
+  prev = None
+  found = False
+
+  # Huge overkill: current line saved in "raw", previous in "prev"
+  with open(str(cursor.location.file)) as fp:
+    cur_line = 0
+    for raw in fp:
+      cur_line = cur_line + 1
+      if cur_line == line_num:
+        found = True
+        break
+      prev = raw
+
+  assert found, 'A line that should exist was not found in file' % cursor.location.file
+
+  recomm = r'(//(!|\|\||->)|///?)(\[(.+?)\])?<?\s*(.*?)\s*$'
+  recomm_prevline = r'^\s*///\s*(.*?)\s*$'
+
+  mcomm = re.search(recomm, raw)
+  if mcomm:
+    # If it does not match, we do not have a comment
+    member_name = cursor.spelling;
+    comment_flag = mcomm.group(2)
+    array_size = mcomm.group(4)
+    text = mcomm.group(5)
+
+    col_num = mcomm.start()+1;
+
+    if array_size is not None and prev is not None:
+      # ROOT arrays with comments already converted to Doxygen have the member description on the
+      # previous line
+      mcomm_prevline = re.search(recomm_prevline, prev)
+      if mcomm_prevline:
+        text = mcomm_prevline.group(1)
+        comments.append(RemoveComment(line_num-1, line_num-1))
+
+    logging.debug('Comment found for member %s' % Colt(member_name).magenta())
+
+    comments.append( MemberComment(
+      text,
+      comment_flag,
+      array_size,
+      line_num,
+      col_num,
+      member_name ))
+
+
+## Parses class description (beginning of file).
+#
+#  The clang parser does not work in this case so we do it manually, but it is very simple: we keep
+#  the first consecutive sequence of single-line comments (//) we find - provided that it occurs
+#  before any other comment found so far in the file (the comments array is inspected to ensure
+#  this).
+#
+#  Multi-line comments (/* ... */) that *immediately* follow a series of single-line comments
+#  (*i.e.* without empty lines in-between) are also considered. A class description can eventually
+#  be a series of single-line and multi-line comments, with no blank spaces between them, and always
+#  starting with a single-line sequence.
 #
-#    `thtml2doxy file1 [file2 [file3...]]`
+#  The reason why they cannot start with a multi-line sequence is that those are commonly used to
+#  display a copyright notice.
 #
-#  @author Dario Berzano <dario.berzano@cern.ch>
-#  @date 2014-12-04
+#  @param filename Name of the current file
+#  @param comments Array of comments: new ones will be appended there
+#  @param look_no_further_than_line Stop before reaching this line when looking for class comment
+def comment_classdesc(filename, comments, look_no_further_than_line):
 
-## The main function.
+  # Single-line comment
+  recomm = r'^\s*///?(\s*(.*?))\s*/*\s*$'
+
+  # Multi-line comment (only either /* or */ on a single line)
+  remlcomm_in = r'^\s*/\*\s*$'
+  remlcomm_out = r'^\s*\*/\s*$'
+  in_mlcomm = False
+
+  reclass_doxy = r'(?i)^\s*\\(class|file):?\s*([^.]*)'
+  class_name_doxy = None
+
+  reauthor = r'(?i)^\s*\\?(authors?|origin):?\s*(.*?)\s*(,?\s*([0-9./-]+))?\s*$'
+  redate = r'(?i)^\s*\\?date:?\s*([0-9./-]+)\s*$'
+  rebrief = r'(?i)^\s*\\brief\s*(.*)\s*$'
+  author = None
+  date = None
+  brief = None
+  brief_len_threshold = 80
+
+  comment_lines = []
+
+  start_line = -1
+  end_line = -1
+
+  line_num = 0
+  last_comm_line_num = 0
+
+  is_macro = filename.endswith('.C')
+
+  with open(filename, 'r') as fp:
+
+    for raw in fp:
+
+      line_num = line_num + 1
+
+      if look_no_further_than_line is not None and line_num == look_no_further_than_line:
+        logging.debug('Stopping at line %d while looking for class/file description' % \
+          look_no_further_than_line)
+        break
+
+      if in_mlcomm == False and raw.strip() == '' and start_line > 0:
+        # Skip empty lines
+        continue
+
+      stripped = strip_html(raw)
+      mcomm = None
+      this_comment = None
+
+      if not in_mlcomm:
+        mcomm = re.search(recomm, stripped)
+
+      if last_comm_line_num == 0 or last_comm_line_num == line_num-1:
+
+        if mcomm and not mcomm.group(2).startswith('#'):
+          # Single-line comment
+          this_comment = mcomm.group(1)
+        elif start_line > -1:
+          # Not a single-line comment. But it cannot be the first.
+          if in_mlcomm == False:
+            mmlcomm = re.search(remlcomm_in, stripped)
+            if mmlcomm:
+              in_mlcomm = True
+              this_comment = ''
+          else:
+            mmlcomm = re.search(remlcomm_out, stripped)
+            if mmlcomm:
+              in_mlcomm = False
+              this_comment = ''
+            else:
+              this_comment = stripped
+
+      if this_comment is not None:
+
+        if start_line == -1:
+
+          # First line. Check that we do not overlap with other comments
+          comment_overlaps = False
+          for c in comments:
+            if c.has_comment(line_num):
+              comment_overlaps = True
+              break
+
+          if comment_overlaps:
+            # No need to look for other comments
+            break
+
+          start_line = line_num
+
+        end_line = line_num
+        append = True
+
+        mclass_doxy = re.search(reclass_doxy, this_comment)
+        if mclass_doxy:
+          class_name_doxy = mclass_doxy.group(2)
+          append = False
+        else:
+          mauthor = re.search(reauthor, this_comment)
+          if mauthor:
+            author = mauthor.group(2)
+            if date is None:
+              # Date specified in the standalone \date field has priority
+              date = mauthor.group(4)
+            append = False
+          else:
+            mdate = re.search(redate, this_comment)
+            if mdate:
+              date = mdate.group(1)
+              append = False
+            else:
+              mbrief = re.search(rebrief, this_comment)
+              if mbrief:
+                brief = mbrief.group(1)
+                append = False
+
+        if append:
+          comment_lines.append( this_comment )
+
+      else:
+        if start_line > 0:
+          break
+
+      # This line had a valid comment
+      last_comm_line_num = line_num
+
+  if class_name_doxy is None:
+
+    # No \class specified: guess it from file name
+    reclass = r'^(.*/)?(.*?)(\..*)?$'
+    mclass = re.search( reclass, filename )
+    if mclass:
+      class_name_doxy = mclass.group(2)
+    else:
+      assert False, 'Regexp unable to extract classname from file'
+
+  # Macro or class?
+  if is_macro:
+    file_class_line = '\\file ' + class_name_doxy + '.C'
+  else:
+    file_class_line = '\\class ' + class_name_doxy
+
+  if start_line > 0:
+
+    prepend_to_comment = []
+
+    # Prepend \class or \file specifier, then the \brief, then an empty line
+    prepend_to_comment.append( file_class_line )
+
+    if brief is not None:
+      prepend_to_comment.append( '\\brief ' + brief )
+    prepend_to_comment.append( '' )
+
+    comment_lines = prepend_to_comment + comment_lines  # join lists
+
+    # Append author and date if they exist
+    if author is not None:
+      comment_lines.append( '\\author ' + author )
+
+    if date is not None:
+      comment_lines.append( '\\date ' + date )
+
+    # We should erase the "dumb" comments, such as "<class_name> class"
+    comm_idx = 0
+    regac = r'\s*%s\s+class\.?\s*' % class_name_doxy
+    mgac = None
+    for comm in comment_lines:
+      mgac = re.search(regac, comm)
+      if mgac:
+        break
+      comm_idx = comm_idx + 1
+    if mgac:
+      logging.debug('Removing dumb comment line: {%s}' % Colt(comment_lines[comm_idx]).magenta())
+      del comment_lines[comm_idx]
+
+    comment_lines = refactor_comment(comment_lines, do_strip_html=False, infilename=filename)
+
+    # Now we look for a possible \brief
+    if brief is None:
+      comm_idx = 0
+      for comm in comment_lines:
+        if comm.startswith('\\class') or comm.startswith('\\file') or comm == '':
+          pass
+        else:
+          if len(comm) <= brief_len_threshold:
+            brief = comm
+          break
+        comm_idx = comm_idx + 1
+      if brief is not None:
+        comment_lines = refactor_comment(
+          [ comment_lines[0], '\\brief ' + brief ] + comment_lines[1:comm_idx] + comment_lines[comm_idx+1:],
+          do_strip_html=False, infilename=filename)
+
+    logging.debug('Comment found for class %s' % Colt(class_name_doxy).magenta())
+    comments.append(Comment(
+      comment_lines,
+      start_line, 1, end_line, 1,
+      0, class_name_doxy
+    ))
+
+  else:
+
+    logging.warning('No comment found for class %s: creating a dummy entry at the beginning' % \
+      Colt(class_name_doxy).magenta())
+
+    comments.append(PrependComment(
+      [ file_class_line ],
+      1, 1, 1, 1,
+      0, class_name_doxy, append_empty=True
+    ))
+
+
+## Looks for a special ROOT ClassImp() entry.
 #
-#  **Note:** this program only has this function.
-def main(argv):
+#  Doxygen might get confused by `ClassImp()` entries as they are macros normally written without
+#  the ending `;`: this function wraps the definition inside a condition in order to make Doxygen
+#  ignore it.
+#
+#  @param filename Name of the current file
+#  @param comments Array of comments: new ones will be appended there
+def comment_classimp(filename, comments):
 
-  #reblock = r'^(\s*)//\s+(.*)\s*$'
-  reblock = r'^//\s+(.*)\s*$'
-  reignore = r'((Begin|End)_Html|^_+$)'
-  restrip = r'(?i)</?P>|</?H[0-9]>|<BR/?>'
-  refield = r'(?i)^(date|authors?):\s*(.*)$'
-  reclass = r'/?([^./]+)\.[^.]+$'
+  recomm = r'^\s*///?(\s*.*?)\s*/*\s*$'
 
-  inblock = False
-  endblock = False
+  line_num = 0
+  reclassimp = r'^(\s*)Class(Imp|Def)\((.*?)\).*$'
 
-  for fn in argv[1:]:
+  in_classimp_cond = False
+  restartcond = r'^\s*///\s*\\cond\s+CLASSIMP\s*$'
+  reendcond = r'^\s*///\s*\\endcond\s*$'
 
-    mclass = re.search( reclass, fn )
-    classname = mclass.group(1)
+  with open(filename, 'r') as fp:
+
+    # Array of tuples: classimp, startcond, endcond
+    found_classimp = []
+
+    # Reset to nothing found
+    line_classimp = -1
+    line_startcond = -1
+    line_endcond = -1
+    classimp_class = None
+    classimp_indent = None
+
+    for line in fp:
+
+      line_num = line_num + 1
+
+      mclassimp = re.search(reclassimp, line)
+      if mclassimp:
+
+        # Dump previous one if appropriate, and reset
+        if line_classimp != -1:
+          found_classimp.append( (line_classimp, line_startcond, line_endcond) )
+          line_classimp = -1
+          line_startcond = -1
+          line_endcond = -1
+
+        # Adjust indent
+        classimp_indent = len( mclassimp.group(1) )
+
+        line_classimp = line_num
+        classimp_class = mclassimp.group(3)
+        imp_or_def = mclassimp.group(2)
+        logging.debug(
+          'Comment found for ' +
+          Colt( 'Class%s(' % imp_or_def ).magenta() +
+          Colt( classimp_class ).cyan() +
+          Colt( ')' ).magenta() )
+
+      else:
+
+        mstartcond = re.search(restartcond, line)
+        if mstartcond:
+
+          # Dump previous one if appropriate, and reset
+          if line_classimp != -1:
+            found_classimp.append( (line_classimp, line_startcond, line_endcond) )
+            line_classimp = -1
+            line_startcond = -1
+            line_endcond = -1
+
+          logging.debug('Found Doxygen opening condition for ClassImp')
+          in_classimp_cond = True
+          line_startcond = line_num
+
+        elif in_classimp_cond:
+
+          mendcond = re.search(reendcond, line)
+          if mendcond:
+            logging.debug('Found Doxygen closing condition for ClassImp')
+            in_classimp_cond = False
+            line_endcond = line_num
+
+    # Dump previous one if appropriate, and reset (out of the loop)
+    if line_classimp != -1:
+      found_classimp.append( (line_classimp, line_startcond, line_endcond) )
+      line_classimp = -1
+      line_startcond = -1
+      line_endcond = -1
+
+    for line_classimp,line_startcond,line_endcond in found_classimp:
+
+      # Loop over the ClassImp conditions we've found
+
+      if line_startcond != -1:
+        logging.debug('Looks like we are in a condition here %d,%d,%d' % (line_classimp, line_startcond, line_endcond))
+        comments.append(Comment(
+          ['\cond CLASSIMP'],
+          line_startcond, 1, line_startcond, 1,
+          classimp_indent, 'ClassImp/Def(%s)' % classimp_class,
+          append_empty=False
+        ))
+      else:
+        logging.debug('Looks like we are  NOT NOT  in a condition here %d,%d,%d' % (line_classimp, line_startcond, line_endcond))
+        comments.append(PrependComment(
+          ['\cond CLASSIMP'],
+          line_classimp, 1, line_classimp, 1,
+          classimp_indent, 'ClassImp/Def(%s)' % classimp_class
+        ))
+
+      if line_endcond != -1:
+        comments.append(Comment(
+          ['\endcond'],
+          line_endcond, 1, line_endcond, 1,
+          classimp_indent, 'ClassImp/Def(%s)' % classimp_class,
+          append_empty=False
+        ))
+      else:
+        comments.append(PrependComment(
+          ['\endcond'],
+          line_classimp+1, 1, line_classimp+1, 1,
+          classimp_indent, 'ClassImp/Def(%s)' % classimp_class
+        ))
+
+
+## Traverse the AST recursively starting from the current cursor.
+#
+#  @param cursor    A Clang parser cursor
+#  @param filename  Name of the current file
+#  @param comments  Array of comments: new ones will be appended there
+#  @param recursion Current recursion depth
+#  @param in_func   True if we are inside a function or method
+#  @param classdesc_line_limit  Do not look for comments after this line
+#
+#  @return A tuple containing the classdesc_line_limit as first item
+def traverse_ast(cursor, filename, comments, recursion=0, in_func=False, classdesc_line_limit=None):
+
+  # libclang traverses included files as well: we do not want this behavior
+  if cursor.location.file is not None and str(cursor.location.file) != filename:
+    logging.debug("Skipping processing of included %s" % cursor.location.file)
+    return
+
+  text = cursor.spelling or cursor.displayname
+  kind = str(cursor.kind)[str(cursor.kind).index('.')+1:]
+
+  is_macro = filename.endswith('.C')
+
+  indent = ''
+  for i in range(0, recursion):
+    indent = indent + '  '
+
+  if cursor.kind in [ clang.cindex.CursorKind.CXX_METHOD, clang.cindex.CursorKind.CONSTRUCTOR,
+    clang.cindex.CursorKind.DESTRUCTOR, clang.cindex.CursorKind.FUNCTION_DECL ]:
+
+    if classdesc_line_limit is None:
+      classdesc_line_limit = cursor.location.line
+
+    # cursor ran into a C++ method
+    logging.debug( "%5d %s%s(%s)" % (cursor.location.line, indent, Colt(kind).magenta(), Colt(text).blue()) )
+    comment_method(cursor, comments)
+    in_func = True
+
+  elif not is_macro and not in_func and \
+    cursor.kind in [ clang.cindex.CursorKind.FIELD_DECL, clang.cindex.CursorKind.VAR_DECL ]:
+
+    if classdesc_line_limit is None:
+      classdesc_line_limit = cursor.location.line
+
+    # cursor ran into a data member declaration
+    logging.debug( "%5d %s%s(%s)" % (cursor.location.line, indent, Colt(kind).magenta(), Colt(text).blue()) )
+    comment_datamember(cursor, comments)
+
+  else:
+
+    logging.debug( "%5d %s%s(%s)" % (cursor.location.line, indent, kind, text) )
+
+  for child_cursor in cursor.get_children():
+    classdesc_line_limit = traverse_ast(child_cursor, filename, comments, recursion+1, in_func, classdesc_line_limit)
+
+  if recursion == 0:
+    comment_classimp(filename, comments)
+    comment_classdesc(filename, comments, classdesc_line_limit)
+
+  return classdesc_line_limit
+
+
+## Strip some HTML tags from the given string. Returns clean string.
+#
+#  @param s Input string
+def strip_html(s):
+  rehtml = r'(?i)</?(P|BR)/?>'
+  return re.sub(rehtml, '', s)
+
+
+## Remove garbage from comments and convert special tags from THtml to Doxygen.
+#
+#  @param comment An array containing the lines of the original comment
+def refactor_comment(comment, do_strip_html=True, infilename=None):
+
+  recomm = r'^(/{2,}|/\*)? ?(\s*)(.*?)\s*((/{2,})?\s*|\*/)$'
+  regarbage = r'^(?i)\s*([\s*=_#-]+|(Begin|End)_Html)\s*$'
+
+  # Support for LaTeX blocks spanning on multiple lines
+  relatex = r'(?i)^((.*?)\s+)?(BEGIN|END)_LATEX([.,;:\s]+.*)?$'
+  in_latex = False
+  latex_block = False
+
+  # Support for LaTeX blocks on a single line
+  reinline_latex = r'(?i)(.*)BEGIN_LATEX\s+(.*?)\s+END_LATEX(.*)$'
+
+  # Match <pre> (to turn it into the ~~~ Markdown syntax)
+  reblock = r'(?i)^(\s*)</?PRE>\s*$'
+
+  # Macro blocks for pictures generation
+  in_macro = False
+  current_macro = []
+  remacro = r'(?i)^\s*(BEGIN|END)_MACRO(\((.*?)\))?\s*$'
+
+  # Minimum indent level: scale back everything
+  lowest_indent_level = None
+
+  # Indentation threshold: if too much indented, don't indent at all
+  indent_level_threshold = 7
+
+  new_comment = []
+  insert_blank = False
+  wait_first_non_blank = True
+  for line_comment in comment:
+
+    # Strip some HTML tags
+    if do_strip_html:
+      line_comment = strip_html(line_comment)
+
+    mcomm = re.search( recomm, line_comment )
+    if mcomm:
+      new_line_comment = mcomm.group(2) + mcomm.group(3)  # indent + comm
+
+      # Check if we are in a macro block
+      mmacro = re.search(remacro, new_line_comment)
+      if mmacro:
+        if in_macro:
+          in_macro = False
+
+          # Dump macro
+          outimg = write_macro(infilename, current_macro) + '.png'
+          current_macro = []
+
+          # Insert image
+          new_comment.append( '![Picture from ROOT macro](%s)' % (os.path.basename(outimg)) )
+
+          logging.debug( 'Found macro for generating image %s' % Colt(outimg).magenta() )
+
+        else:
+          in_macro = True
+
+        continue
+      elif in_macro:
+        current_macro.append( new_line_comment )
+        continue
+
+      mgarbage = re.search( regarbage, new_line_comment )
+
+      if mgarbage is None and not mcomm.group(3).startswith('\\') and mcomm.group(3) != '':
+        # not a special command line: count indent
+        indent_level = len( mcomm.group(2) )
+        if lowest_indent_level is None or indent_level < lowest_indent_level:
+          lowest_indent_level = indent_level
+
+        # if indentation level is too much, consider it zero
+        if indent_level > indent_level_threshold:
+          new_line_comment = mcomm.group(3)  # remove ALL indentation
+
+      if new_line_comment == '' or mgarbage is not None:
+        insert_blank = True
+      else:
+        if insert_blank and not wait_first_non_blank:
+          new_comment.append('')
+        insert_blank = False
+        wait_first_non_blank = False
+
+        # Postprocessing: LaTeX formulas in ROOT format
+        # Marked by BEGIN_LATEX ... END_LATEX and they use # in place of \
+        # There can be several ROOT LaTeX forumlas per line
+        while True:
+          minline_latex = re.search( reinline_latex, new_line_comment )
+          if minline_latex:
+            new_line_comment = '%s\\f$%s\\f$%s' % \
+              ( minline_latex.group(1), minline_latex.group(2).replace('#', '\\'),
+                minline_latex.group(3) )
+          else:
+            break
+
+        # ROOT LaTeX: do we have a Begin/End_LaTeX block?
+        # Note: the presence of LaTeX "closures" does not exclude the possibility to have a begin
+        # block here left without a corresponding ending block
+        mlatex = re.search( relatex, new_line_comment )
+        if mlatex:
+
+          # before and after parts have been already stripped
+          l_before = mlatex.group(2)
+          l_after = mlatex.group(4)
+          is_begin = mlatex.group(3).upper() == 'BEGIN'  # if not, END
+
+          if l_before is None:
+            l_before = ''
+          if l_after is None:
+            l_after = ''
+
+          if is_begin:
+
+            # Begin of LaTeX part
+
+            in_latex = True
+            if l_before == '' and l_after == '':
+
+              # Opening tag alone: mark the beginning of a block: \f[ ... \f]
+              latex_block = True
+              new_comment.append( '\\f[' )
 
-    fnout = fn + '.doxyout'
-    try:
-      with open(fn, 'r') as fp, open(fnout, 'w') as fout:
-        print '%s...' % fn
-        for rawline in fp:
-
-          mblock = re.match(reblock, rawline)
-
-          if mblock and not endblock and not inblock:
-            # beginning of a block
-            fout.write('/// \class %s\n' % classname)
-            inblock = True
-          elif not mblock and inblock:
-            # end of a block
-            inblock = False
-            endblock = True
-
-          if inblock:
-
-            #indent = mblock.group(1)
-            #text = mblock.group(2)
-            indent = ''
-            text = mblock.group(1)
-
-            if re.match(reignore, text):
-              pass
             else:
+              # Mark the beginning of inline: \f$ ... \f$
+              latex_block = False
+              new_comment.append(
+                '%s \\f$%s' % ( l_before, l_after.replace('#', '\\') )
+              )
+
+          else:
+
+            # End of LaTeX part
+            in_latex = False
+
+            if latex_block:
+
+              # Closing a LaTeX block
+              if l_before != '':
+                new_comment.append( l_before.replace('#', '\\') )
+              new_comment.append( '\\f]' )
+              if l_after != '':
+                new_comment.append( l_after )
+
+            else:
+
+              # Closing a LaTeX inline
+              new_comment.append(
+                '%s\\f$%s' % ( l_before.replace('#', '\\'), l_after )
+              )
+
+          # Prevent appending lines (we have already done that)
+          new_line_comment = None
+
+        # If we are not in a LaTeX block, look for <pre> tags and transform them into Doxygen code
+        # blocks (using ~~~ ... ~~~). Only <pre> tags on a single line are supported
+        if new_line_comment is not None and not in_latex:
+
+          mblock = re.search( reblock, new_line_comment  )
+          if mblock:
+            new_comment.append( mblock.group(1)+'~~~' )
+            new_line_comment = None
+
+        if new_line_comment is not None:
+          if in_latex:
+            new_line_comment = new_line_comment.replace('#', '\\')
+          new_comment.append( new_line_comment )
+
+    else:
+      assert False, 'Comment regexp does not match'
+
+  # Fixing indentation level
+  if lowest_indent_level is not None:
+    logging.debug('Lowest indentation level found: %d' % lowest_indent_level)
+
+    new_comment_indent = []
+    reblankstart = r'^\s+'
+    for line in new_comment:
+      if re.search(reblankstart, line):
+        new_comment_indent.append( line[lowest_indent_level:] )
+      else:
+        new_comment_indent.append( line )
+
+    new_comment = new_comment_indent
+
+  else:
+    logging.debug('No indentation scaling applied')
+
+  return new_comment
+
+
+## Dumps an image-generating macro to the correct place. Returns a string with the image path,
+#  without the extension.
+#
+#  @param infilename  File name of the source file
+#  @param macro_lines Array of macro lines
+def write_macro(infilename, macro_lines):
+
+  # Calculate hash
+  digh = hashlib.sha1()
+  for l in macro_lines:
+    digh.update(l)
+    digh.update('\n')
+  short_digest = digh.hexdigest()[0:7]
 
-              stripped = re.sub( restrip, '', text ).strip()
+  infiledir = os.path.dirname(infilename)
+  if infiledir == '':
+    infiledir = '.'
+  outdir = '%s/imgdoc' % infiledir
+  outprefix = '%s/%s_%s' % (
+    outdir,
+    os.path.basename(infilename).replace('.', '_'),
+    short_digest
+  )
+  outmacro = '%s.C' % outprefix
 
-              mfield = re.match(refield, stripped)
-              if mfield:
-                field = mfield.group(1).lower()
-                value = mfield.group(2)
-                fout.write( '%s/// \%s: %s\n' % (indent, field, value) )
+  # Make directory
+  if not os.path.isdir(outdir):
+    # do not catch: let everything die on error
+    logging.debug('Creating directory %s' % Colt(outdir).magenta())
+    os.mkdir(outdir)
 
-              else:
-                # print by restoring indent and with correct comment
-                if len(stripped) > 0:
-                  stripped = ' ' + stripped
-                fout.write( '%s///%s\n' % (indent, stripped) )
+  # Create file (do not catch errors either)
+  with open(outmacro, 'w') as omfp:
+    logging.debug('Writing macro %s' % Colt(outmacro).magenta())
+    for l in macro_lines:
+      omfp.write(l)
+      omfp.write('\n')
 
+  return outprefix
+
+
+## Rewrites all comments from the given file handler.
+#
+#  @param fhin     The file handler to read from
+#  @param fhout    The file handler to write to
+#  @param comments Array of comments
+def rewrite_comments(fhin, fhout, comments):
+
+  line_num = 0
+  in_comment = False
+  skip_empty = False
+  comm = None
+  prev_comm = None
+  restore_lines = None
+
+  rindent = r'^(\s*)'
+
+  def dump_comment_block(cmt, restore=None):
+    text_indent = ''
+    ask_skip_empty = False
+
+    for i in range(0, cmt.indent):
+      text_indent = text_indent + ' '
+
+    for lc in cmt.lines:
+      fhout.write('%s///' % text_indent )
+      lc = lc.rstrip()
+      if len(lc) != 0:
+        fhout.write(' ')
+        fhout.write(lc)
+      fhout.write('\n')
+
+    # Empty new line at the end of the comment
+    if cmt.append_empty:
+      fhout.write('\n')
+      ask_skip_empty = True
+
+    # Restore lines if possible
+    if restore:
+      for lr in restore:
+        fhout.write(lr)
+        fhout.write('\n')
+
+    # Tell the caller whether it should skip the next empty line found
+    return ask_skip_empty
+
+
+  for line in fhin:
+
+    line_num = line_num + 1
+
+    # Find current comment
+    prev_comm = comm
+    comm = None
+    comm_list = []
+    for c in comments:
+      if c.has_comment(line_num):
+        comm = c
+        comm_list.append(c)
+
+    if len(comm_list) > 1:
+
+      merged = True
+
+      if len(comm_list) == 2:
+        c1,c2 = comm_list
+        if isinstance(c1, Comment) and isinstance(c2, Comment):
+          c1.lines = c1.lines + c2.lines  # list merge
+          comm = c1
+          logging.debug('Two adjacent comments merged. Result: {%s}' % Colt(comm).cyan())
+        else:
+          merged = False
+      else:
+        merged = False
+
+      if merged == False:
+        logging.warning('Too many unmergeable comments on the same line (%d), picking the last one' % len(comm_list))
+        for c in comm_list:
+          logging.warning('>> %s' % c)
+          comm = c  # considering the last one
+
+    if comm:
+
+      # First thing to check: are we in the same comment as before?
+      if comm is not prev_comm and \
+         isinstance(comm, Comment) and \
+         isinstance(prev_comm, Comment) and \
+         not isinstance(prev_comm, RemoveComment):
+
+        # We are NOT in the same comment as before, and this comment is dumpable
+
+        skip_empty = dump_comment_block(prev_comm, restore_lines)
+        in_comment = False
+        restore_lines = None
+        prev_comm = None  # we have just dumped it: pretend it never existed in this loop
+
+      #
+      # Check type of comment and react accordingly
+      #
+
+      if isinstance(comm, MemberComment):
+
+        # end comment block
+        if in_comment:
+          skip_empty = dump_comment_block(prev_comm, restore_lines)
+          in_comment = False
+          restore_lines = None
+
+        non_comment = line[ 0:comm.first_col-1 ]
+
+        if comm.array_size is not None or comm.is_dontsplit() or comm.is_ptr():
+
+          # This is a special case: comment will be split in two lines: one before the comment for
+          # Doxygen as "member description", and the other right after the comment on the same line
+          # to be parsed by ROOT's C++ parser
+
+          # Keep indent on the generated line of comment before member definition
+          mindent = re.search(rindent, line)
+
+          # Get correct comment flag, if any
+          if comm.comment_flag is not None:
+            cflag = comm.comment_flag
+          else:
+            cflag = ''
+
+          # Get correct array size, if any
+          if comm.array_size is not None:
+            asize = '[%s]' % comm.array_size
           else:
-            # no comment
-            fout.write( rawline )
+            asize = ''
+
+          # Write on two lines
+          fhout.write('%s/// %s\n%s//%s%s\n' % (
+            mindent.group(1),
+            comm.lines[0],
+            non_comment,
+            cflag,
+            asize
+          ))
+
+        else:
+
+          # Single-line comments with the "transient" flag can be kept on one line in a way that
+          # they are correctly interpreted by both ROOT and Doxygen
+
+          if comm.is_transient():
+            tt = '!'
+          else:
+            tt = '/'
+
+          fhout.write('%s//%s< %s\n' % (
+            non_comment,
+            tt,
+            comm.lines[0]
+          ))
 
-    except IOError as e:
-      print '[ERROR] cannot open %s: %s' % (fn, e)
+      elif isinstance(comm, RemoveComment):
+        # End comment block and skip this line
+        if in_comment:
+          skip_empty = dump_comment_block(prev_comm, restore_lines)
+          in_comment = False
+          restore_lines = None
+
+      elif restore_lines is None:
+
+        # Beginning of a new comment block of type Comment or PrependComment
+        in_comment = True
+
+        if isinstance(comm, PrependComment):
+          # Prepare array of lines to dump right after the comment
+          restore_lines = [ line.rstrip('\n') ]
+          logging.debug('Commencing lines to restore: {%s}' % Colt(restore_lines[0]).cyan())
+        else:
+          # Extract the non-comment part and print it if it exists. If this is the first line of a
+          # comment, it might happen something like `valid_code;  // this is a comment`.
+          if comm.first_line == line_num:
+            non_comment = line[ 0:comm.first_col-1 ].rstrip()
+            if non_comment != '':
+              fhout.write( non_comment + '\n' )
+
+      elif isinstance(comm, Comment):
+
+        if restore_lines is not None:
+          # From the 2nd line on of comment to prepend
+          restore_lines.append( line.rstrip('\n') )
+          logging.debug('Appending lines to restore. All lines: {%s}' % Colt(restore_lines).cyan())
+
+      else:
+        assert False, 'Unhandled parser state: line=%d comm={%s} prev_comm={%s}' % \
+          (line_num, comm, prev_comm)
+
+    else:
+
+      # Not a comment line
+
+      if in_comment:
+
+        # We have just exited a comment block of type Comment
+        skip_empty = dump_comment_block(prev_comm, restore_lines)
+        in_comment = False
+        restore_lines = None
+
+      # Dump the non-comment line
+      line_out = line.rstrip('\n')
+      if skip_empty:
+        skip_empty = False
+        if line_out.strip() != '':
+          fhout.write( line_out + '\n' )
+      else:
+        fhout.write( line_out + '\n' )
+
+  # Is there some comment left here?
+  if restore_lines is not None:
+    dump_comment_block(comm, restore_lines)
+
+  # Is there some other comment beyond the last line?
+  for c in comments:
+    if c.has_comment(line_num+1):
+      dump_comment_block(c, None)
+      break
+
+
+## The main function.
+#
+#  Return value is the executable's return value.
+def main(argv):
+
+  # Setup logging on stderr
+  log_level = logging.INFO
+  logging.basicConfig(
+    level=log_level,
+    format='%(levelname)-8s %(funcName)-20s %(message)s',
+    stream=sys.stderr
+  )
+
+  # Parse command-line options
+  output_on_stdout = False
+  include_flags = []
+  try:
+    opts, args = getopt.getopt( argv, 'odI:', [ 'debug=', 'stdout' ] )
+    for o, a in opts:
+      if o == '--debug':
+        log_level = getattr( logging, a.upper(), None )
+        if not isinstance(log_level, int):
+          raise getopt.GetoptError('log level must be one of: DEBUG, INFO, WARNING, ERROR, CRITICAL')
+      elif o == '-d':
+        log_level = logging.DEBUG
+      elif o == '-o' or o == '--stdout':
+        output_on_stdout = True
+      elif o == '-I':
+        if os.path.isdir(a):
+          include_flags.extend( [ '-I', a ] )
+        else:
+          logging.fatal('Include directory not found: %s' % Colt(a).magenta())
+          return 2
+      else:
+        assert False, 'Unhandled argument'
+  except getopt.GetoptError as e:
+    logging.fatal('Invalid arguments: %s' % e)
+    return 1
+
+  logging.getLogger('').setLevel(log_level)
+
+  # Attempt to load libclang from a list of known locations
+  libclang_locations = [
+    '/usr/lib/llvm-3.5/lib/libclang.so.1',
+    '/usr/lib/libclang.so',
+    '/Library/Developer/CommandLineTools/usr/lib/libclang.dylib'
+  ]
+  libclang_found = False
+
+  for lib in libclang_locations:
+    if os.path.isfile(lib):
+      clang.cindex.Config.set_library_file(lib)
+      libclang_found = True
+      break
+
+  if not libclang_found:
+    logging.fatal('Cannot find libclang')
+    return 1
+
+  # Loop over all files
+  for fn in args:
+
+    logging.info('Input file: %s' % Colt(fn).magenta())
+    index = clang.cindex.Index.create()
+    clang_args = [ '-x', 'c++' ]
+    clang_args.extend( include_flags )
+    translation_unit = index.parse(fn, args=clang_args)
+
+    comments = []
+    traverse_ast( translation_unit.cursor, fn, comments )
+    for c in comments:
+
+      logging.debug("Comment found for entity %s:" % Colt(c.func).magenta())
+
+      if isinstance(c, MemberComment):
+
+        if c.is_transient():
+          flag_text = Colt('transient ').yellow()
+        elif c.is_dontsplit():
+          flag_text = Colt('dontsplit ').yellow()
+        elif c.is_ptr():
+          flag_text = Colt('ptr ').yellow()
+        else:
+          flag_text = ''
+
+        if c.array_size is not None:
+          array_text = Colt('arraysize=%s ' % c.array_size).yellow()
+        else:
+          array_text = ''
+
+        logging.debug(
+          "%s %s%s{%s}" % ( \
+            Colt("[%d,%d]" % (c.first_line, c.first_col)).green(),
+            flag_text,
+            array_text,
+            Colt(c.lines[0]).cyan()
+        ))
+
+      elif isinstance(c, RemoveComment):
+
+        logging.debug( Colt('[%d,%d]' % (c.first_line, c.last_line)).green() )
+
+      else:
+        for l in c.lines:
+          logging.debug(
+            Colt("[%d,%d:%d,%d] " % (c.first_line, c.first_col, c.last_line, c.last_col)).green() +
+            "{%s}" % Colt(l).cyan()
+          )
 
     try:
-      os.remove( fn )
-      os.rename( fnout, fn )
-    except OSError as e:
-      print '[ERROR] renaming/removing: %s (aborting)' % e
-      return 1
+
+      if output_on_stdout:
+        with open(fn, 'r') as fhin:
+          rewrite_comments( fhin, sys.stdout, comments )
+      else:
+        fn_back = fn + '.thtml2doxy_backup'
+        os.rename( fn, fn_back )
+
+        with open(fn_back, 'r') as fhin, open(fn, 'w') as fhout:
+          rewrite_comments( fhin, fhout, comments )
+
+        os.remove( fn_back )
+        logging.info("File %s converted to Doxygen: check differences before committing!" % Colt(fn).magenta())
+    except (IOError,OSError) as e:
+      logging.error('File operation failed: %s' % e)
 
   return 0
 
+
 if __name__ == '__main__':
-  sys.exit( main( sys.argv ) )
+  sys.exit( main( sys.argv[1:] ) )