fix for Savannah reprted bug to write Digits tree  even if was no Hits

fix for Savannah reprted bug to write Digits tree  even if was no Hits

Macros to test TPC dedx algorithm

1. Adding the histograms of raw digit data
2. Macro to sumbmit the fast simulation jobs
3. Analytical formulas for the Q correction
(Marian)

Inserted the matching window control at sdigitization level

Printout message correction

Check line correction

Added method to convert raw data into (S)Digits -for embedding studies-

New directory for train macros

Warning in case branching ration are not normalized.

Add Ylm classes

Add histos from all analyses to the output

Correctly add histograms from Ylm functions

merger methods for QA files

merger methods for QA files

correcting error message 'aborting' -> 'skipping'

Added TRD for the most basic operations (# of clusters, chi2/cluster)

Using fixed number of secondaries  - 1 in case of laser tracks
(Peter Christiansen)

Added cut on # of contributors + vertex TPC

Corrected calculation of partial branching ratios.

fix typo

Ignoring the files produced during the test

- cache pad width in the tracklet - needed to recalculate y cluster
position
- improve print out and documentation
- propagate changes to the tracker

new IO functionality for the TRD QA tasks - save reference picture to
file (Markus)

Added possibility to use the event primary vertex as the decay vertex of the D* (no secondary vertex tried between D0 and pi_s)

Added check on D0 track cov matrix + added possibility to use the event primary vertex as the decay vertex of the D* (no secondary vertex tried between D0 and pi_s)

Adding track analysis (Marian)

Bug fix in pileup code (F. Prino)

QA ref defaut storage setter in sim and rec

now mapping in RCU0A.dat RCU0C.data RCU1A.dat RCU1C.dat

correct check for regular high and low gain channels

Changes to take into account cases where the version of the file
to be stored in AliEn was set manually.

Adding missing copying commands

c&p error corrected (Andreas Dainese)

- fix in AliTRDcheckDetector in the PHs plotter that uses the cluster
iterator instead of loop over timebins.
- reject clusters which are not inside the chamber
- bad hack inside PlotPHt that shifts the cluster position
by  3 mm in order to make the two plots fit.

Markus

Possibility to set reco mode from outside (macro)

fix division by zero

Minor change

Removing warning from compilation.

Write Monte Carlo Particles.

fix info in debug stream

Correction. Now digits are produced even in the case of no hits

fix bugs introduced by last modifications (Markus)

fix warning for gcc 4.3.2

ITS stand-alone tracks added.

ITS stand-alone tracks added to AOD (A. Dainese)

Andreas Dainese included a parametrization of the momentum distribution
based on the measurement by the TPC from last Summer's data with field.

1. Changing default pressure sensoor to Cavern sensor
2. Initialization of run number for AliTPCtransform (Markus)

track references added

Adding EMCAL

update for changes in the TRD reconstruction

keep up with the modifications from TRD code

rename constant kNTimeBins to kNclusters to reflect its true meaning

missing brace

UNDO: Ref storage set in initialisation

move offline TRD tracklet to the right inheritance tree
(AliTRDtrackletBase)
- expand data members to store statistics of shared clusters - but keep
  overall size constant !
- improve debug stream in resolution task

dding default trigger description and trigger domain parameters for AliHLTTriggerMenu; to be used by AliHLTGlobalTriggerComponent for negative trigger decisions.
Adding clear methods to AliHLTReadoutList and AliHLTTriggerMenu.
Adding optional flag to control clearing of trigger domain and description in AliHLTTrigger.

Removal of no longer maintained neural trackers

Fix coding rule violations (MinJung)

No need to compile Task, it is inside the library

Putting AnalysisTaskFemto inside the library

Do final processing

Improving rule conformance

Improving rule conformance

- simplification of calling AliTRDclusterizer from AliTRDReconstructor
- simplification of calling AliTRDdigitsmanager from AliTRDclusterizer
- thus small changes in all three mentioned
- also changes in AliTRDclusterizer from compatibility to HLT components

Ref storage set in initialisation

Configuration called outside task. (M. Gheata)

- Cascades in AliAODEvent
- Correct handling of V0 and Cascades in ESDfilter
(Antonin Maire)

Coding violations corrected.

fix flow calculation in scalar product

Updated documentation for changes in the framework

fix problem ini processing graphs, extend interface

extend user interface

removing temporary workaround for circular dependency libSTEERbase libRAWDatabase
see https://savannah.cern.ch/bugs/index.php?45935

recraw.C removed, using recraw/rec.C instead. Restoring the original test layout

recraw.C removed, using recraw/rec.C instead. Restoring the original test layout

propagate modifications from AliTRDtrackingChamber

update the calculation of used clusters per tracklet
purge used clusters before entering the stand alone tracker
clean up the stand alone code

Fixing compilation

 comments added to satisfy voilations

keep the DeInit loop going if an error occured in one component

 voilations fixed as was possible

added scalar product to the plots

adding cut for its stand-alone tracks

AliTPCcalibBase.h  AliTPCcalibBase.cxx
Adding trigger class as string

AliTPCPointCorrection.cxx AliTPCPointCorrection.h
Adding
R            distortion correction
RPhi         distortion correction
Quadrant  misalignment
Inter sector misalignment represented by 6 parameter to be still defined.

AliTPCcalibCosmic.cxx  AliTPCcalibCosmic.h
Adding MakeCombinedTrack       - merge 2 halves of the track
Removing setting of Gain map   - done automatically in the CookdEdx from the OCDB
Adding AliExternalComparison   - ndim THnsparse for performance study

AliTPCcalibTracks.cxx
Changing binning of QA histograms

AliTPCcalibCalib.cxx
Applying the R,RPhi and alignment correction before refit of the track
It is temporary sollution before we move the all correction to the AliTPCTransform
Corresponding OCDB  entry should be back compatible therefore I didn't want to commit it before correction class (AliTPCPointCorrection) is fixed

implement integrated flow in scalar product method and subevents in flowevent

fix coding violations

Pictures concerning AliITSv11GeometrySupport documentation

Several updates from the validation phase of the Fast Or DA (A. Mastroserio)

ITSSPDfoda.cxx renamed to ITSSPDFOda.cxx (A. Mastroserio)

Changes to have an option for storing like-sign V0 in the ESD

Coding conventions

fix radial position calculation for tracks and temporary remove tracklet
check

Remove obsolete class

Removing coding violations (Marian)

1. Using the THnSparse instead of THx and TProfiles

(Jacek)

- Move to the new attaching cluster to tracklet procedure in the stand
alone tracker
- revised definition of cluster usage and sharing
- make track/tracklet aware of TPC kinks

Alex and Markus

Fix for improper corrections from revision 30849

fix broken compilation

From Cesar: make selection and two-selection working with the new
arrow implementation.

fix MC selection