add cluster occupancy to the ESD friend
store both the total and the used for tracking number of clusters

from Alex Kalweit:
constrain a fit better to avoid crashes

Use undeistorted poistion in case Not
ExB not coposed correction specified.

Warning - Error should be called in the RecoParam::ConsistencyCheck

Marian

TStatToolkit::LTM          - adding reference to the description of robust trimmed mean algorithm
          http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Trimmed_estimator&oldid=582847999

TStatToolkit::MakeStat1D   - adding more parameters to setup parameters of fit

TStatToolkit::TestGausFit  - adopt to change of the TTreeSRedirector

Updated version of the PID calibration
dEdx transfer function
Cuts are parametrized.
Default should be suitable for standard PID analysis

o fix sign

o small fix

o add Function to create a residual LUT from a distortion and correction

o add wrapper to switch between different functions

o small fix

o dump all bins to the tree

o update

Activate the usage of the HV and PT corection for gain in the CPass0
(Marian)

Better to use Ux/U4. Easier to interpret.

 //
  // Empirical fit of the relative Q resolution for the iron source with 4 GEM layers
  // Fit:
  // Assumption :
  // 1.) Effective electron transparency proportiaonal to the effective ion transparency
  // 2.) RMS of the effecitive gain can be expressed as linear function of U1/U3,U2/U4 and U3/U4
  //
  // Agreement with data within the expect error estimate -relative agreement
  // RMS (sigma_{meas}/sigma_{fit}) ~ 3%
  //

Addin the GEM Voltage scan data
charge resoultion, ion back flow ... as function of applied voltage
as provide by frankfurt group

Updated version of the transfer function fit.
Added global parabolic fit of all theta bins.

Adding macros needed for testing of the software for 2011 data reprocessing
(Marian)

o fix sign in residual distortion
o change calculation of residual distortion from AliTPCComposedCorrection to using both maps explicitly

o add possibility to use a different map for corrections

o first try to create a LUT from the residual distortions

fix out-of-bounds access

from Alex Kalweit:
  patch for the mip momentum range and the pad equalization

o one more fix: the weight need to stay in order. Funny ...

o same here In AliTPCComposedCorrection::GetDistortion MakeInverseIterator is called

o fix names
o add distortions in reveser order, since MakeInverseIterator is called in AliTPCComposedCorrection::GetDistortion

skip clusters when the roc voltage is funny

o add calculation of residuals from real residual distortions

o Add option for residual distortion
o Fix warnings
o Add macro to create composed correction for residual distortions

o fix errors and warnings

o update Analysis of deltas

Call init only in case lookup was notinitilaized before.
(Marian)

Changes:
1.) Remove obsolete check of the TRD flag - outer detectors are checked in differnt way
      (consequencies to the covariane (resolution) to be checked in benchmark)
2.) Adding range control accesing tail cancelation graph
(Marian)

Adding fast resoultion studies ITS,ITS+TRD.
+
Produce figures for TDR

Nicer figure of residual distortions
To be used in the TPC TRD and Internal note.

add debugging option to force a core dump in case of a flowting point exception

o put fatal if not all subtables are available for merging

Set of functions to study "empirica;" current corrections of the
space charge maps obtained using physical models.

Function to generate plots for the internalt note and TDR in given
direction should be in this macro

(Marian.)

Use the original distortion maps to create residual disotortion maps -  makeResidualSpaceChargeOCDB
The old implmentation is kept under name makeResidualSpaceChargeOCDBLookup

Will be used in the following Mc production

o fix streaming

o add function to force recreation of Distortion map

add the script to make calib trees for expert QA

Changing the class version after modifications of the class layout in previous revisions.
Forgotten in previous commits.
Reconstruction was failing in the accesing RecoParam in revision 64890
https://trello.com/c/sChJYPL7/19-benchmark-productions-mc-part

Base/AliTPCParam.h        - changing the class version
Rec/AliTPCRecoParam.h     - changing the class version

Adding predefiend BB aleph paramerization
NA49 paremterization   - which was used in old MC production until now
ALICE paremetrization  - which properly descibes momentum crossing points of the dEdx

M       Base/AliTPCParam.cxx   - predefined parameters for the BB formula - Na49 and new ALICE parameters
M       Base/AliTPCParam.h     - predefined parameters for the BB formula - Na49 and new ALICE parameters
M       Sim/AliTPCv2.cxx       - use one BB parametrziation - the same for electrons
M       Sim/AliTPCv4.cxx       -

o add track alpha to tree

o fix

o add tree with cluster deviation info
o fix track y position for calibration studies

o Add Delta Analysis

o more selective filling of reco info
o require 2 hits in the TRD for SC calibration studies

o add possibility to switch off the SC scale factor calculation
o add residual histogram for SC calibration studies
o add single histogram for dY deviations

o small mods

Adding interpolation error studies - with Kalman filter approach

o fixes

o fix ClassDef

o mods

o add SC scaling factor calculation and usage in
  - the correction class
  - the generator
  - the reconstructor

adding the printing of residual figure

Adding macro to modify the Spac charge correction entry and add there the residual Distortion due to the Space charge fluctuation
 // Macro to create a clone original  OCDB entry with space point distortion and add there space point
  // distortions cause by resifual sapce charge
  // Output is stored by default in the current directory.
  //

from trunk: fix setting an aribtrary OCDB path for QAtrain_duo and AliTaskCDBconnect.
The task also takes care of initilizing GRP (mag field and geometry)

o add possibility to use a different distortion and correction map

Adding function to fit q(z) normalization parameters of distortion maps

o fix loading of map

o fix sc list stuff

o add usage of SC lists

o add STAT in include path

o update

Updated drawing style

o finale plots

o change default parameters

o remove printf
o fix loading of parameters

o change sigma Cl to sigma Cl + sigma Tr

o update macro

o remove printf

o Add function for exact inverse

Adding q/pt resolution simulation

  Fast toy MC for differnt purposes.
Currently:
  testExtrapolation() - to show track extrapolation errror
  testdEdxGEM();  -to show the dEdx respolution detoraition as function of the electron trasnparency

o update macro

o fix integration

o small macro

o add z0 list

o add force alpha
o add usage of t0 list

o add options for other gases and Epsilons

o add calculation of residuals in the track fit

o add macro to create file with precalibrated SC mapcs

Add protection in case of 0 HV

fix compiler warnings + set ownership of fIonTailArray

Tail cancelation

M       Base/AliTPCcalibDB.cxx   0 activate OCDB entry for IonTail
M       Rec/AliTPCtracker.cxx    - fix inverse logic used in switch
M       Base/AliTPCParam.cxx     - initialize nominal correction ofr high voltage

 Default style for figures

Using the script specifiing style from external file

Disabling f*ing fatal in OCDB acces to be able to run the test using framework.
Swith to disable f*ing fatal should be provided

(unknow author)

Initialization of material budget before tracking steps
(Marian)

Fixed problem with the ITS refit/update
(still wrong covariance matrix)

(Marian)

Big commit.
Software  emulation of the tail  cancelation
Important of the PbPb and high interaction rate data.
(details in pallning tool https://trello.com/c/NoZHHD5f/6-tail-cancellation )

(Mesut, Marian)

M       Rec/AliTPCtracker.cxx        - apply tail cancleation on the cluster level
M       Rec/AliTPCtracker.h          -

M       Rec/AliTPCtrackerSector.cxx  - get number of clusters at given sector
M       Rec/AliTPCtrackerSector.h    - + checked acces to the array

M       Base/AliTPCcalibDB.cxx       -
        GetTailCancelationGraphs(Int_t sector, TGraphErrors ** graphRes, Float_t * indexAmpGraphs);
M       Base/AliTPCcalibDB.h         - Recalculate the tail values for given HV setting and cache the setting per sector

Parameterization of the gas properties - Usage in the MC
for task:
 https://trello.com/c/cLXI4aij/2-code-parameterized-bb-formula-data-mc-correspondence

A       Sim/AliTPCGen.h       - New file. "Potential" acces to the Geant3 common block
M       Sim/AliTPCv2.cxx      - usage of the parameterizaed gas parameters + max. number of steps 30000 ->120000
M       Sim/AliTPCv4.cxx      - ...
M       Sim/AliTPCv2.h        - include Geant3 common block acces
M       Sim/AliTPCv4.h        - ...
M       Sim/AliTPC.cxx        - changed definitions of gas mixtures

M       Rec/AliTPCseed.cxx    -  correct for different mean energy loss of the differnt gas compositions

Parameterization of the gas properties

M       Base/AliTPCParam.h    -  adding basic gas properties needed to simulate energy loss in Geant3 (before they were hardwired)
M       Base/AliTPCParam.cxx  -  setting defaults fr the gas properties (as used prevsiously)

(from Marek)

M       Calib/AliTPCPreprocessorOffline.cxx - Exporting the Correction graphs for the param->GetGainSlopesHV() and param->GetGainSlopesPT()
M       Base/AliTPCParam.cxx                -  Usage of named histograms

skip first time bins after the gate opening - baseline is not wel defined
default  time bins to be used after the  gate opening

(Marian)

M       Rec/AliTPCRecoParam.cxx    -  skip first time bins after the gate opening - baseline is not wel defined
M       Rec/AliTPCRecoParam.h      -  parameterization
M       Rec/AliTPCseed.cxx         -  Usage L1 + gate delay from the CTP

Small modifications:
1.) debug streamer had to be explicitly open in recreate mode
2.) default values of correction factors HVandPT (1 instead of 0)

M       Rec/AliTPCtracker.cxx              - Debug streamer open in the recreate mode
M       Rec/AliTPCclusterer.cxx            - Debug streamer only in case of given bitmask active
M       Rec/AliTPCseed.cxx                 - Protection against 0 per chamber calibration
M       Base/AliTPCcalibDB.cxx             - Default value for the HVandPT correction is 1 as it is multiplicative correction factor

Changes for task:
https://trello.com/c/y2PApfkL/1-code-high-voltage-and-p-t-correction-of-gain

Usage of basic HighVoltage and Presure/Temperature (time) dependent gas gain correction.

Double_t correctionHVandPT = calib->GetGainCorrectionHVandPT(timeStamp, calib->GetRun(), isec, 5 ,tpcrecoparam->GetGainCorrectionHVandPTMode());

M       Sim/AliTPC.cxx          -  Usage in simulation (according mode)  - multiplicative factor of gain
M       Rec/AliTPCRecoParam.h   -  Switch/ mode of usage of the HVandPT correction
M       Rec/AliTPCRecoParam.cxx -  ...
M       Rec/AliTPCseed.cxx      -  Usage in the reconstruction dEdx+    amp[ncl]/=correctionHVandPT;    // correction for the HV and P/T - time dependent

M       Base/AliTPCcalibDB.cxx  -  Implementing different mode of the usage of the HVandPT correction
M       Base/AliTPCcalibDB.h    -  ...

Usage of per run z shift correction which is calibrated together with the drift velocity and time 0.
Details in planning tool:
https://trello.com/c/eNjUheAC/14-use-the-delta-z-calibration-from-the-cpass0

(Marian)