dNdPt analysis update for preliminary spectra

- fixed ownership of arrays
- cleanup of debug messages

bug in support structure fixed

correcting library load error: function implementation was missing

Bugfixes enabling buffer navigation

adding first sketch of a DCS publisher component for global HLT data points
not yet activated, needs to be finalized

adding base class for a DIM server. The implemented interface loads the libdim dynamically and
uses the functions without introducing new dependencies for the libHLTbase

From Indra: Bug fix to display the reconstructed hits for di-muon tracking chambers

fixed aod mc assignment and use of jet header (B. Bathen)

Adding optimisations to the global trigger.
- Trigger symbols with empty assignment expressions derive their values from the default expression and are effectively contant. They do not need to have their values
computed for every event, so they are now computed in the AliHLTGlobalTrigger::FillFromMenu method rather than the AliHLTGlobalTrigger::NewEvent method.
- Moving masking of CTP readout list to AliHLTTrigger::TriggerEvent so that the relatively expensive AliHLTTriggerDomain::operator AliHLTReadoutList () call is only
performed once.
- Avoiding expensive TFormula evaluations in AliHLTGlobalTriggerComponent::AddCTPDecisions.
- The global trigger logic will now properly handle all sub-classes of AliHLTTriggerDecision.
- Some minor improvements to AliHLTTriggerDomain and AliHLTDomainEntry.

Fixing warning.

Bug fix for potencial memory leak.

Fixing memory leaks.

skip unused TGraph + add access to TF1

use new raw fitters in QA

updating histogram names (Theo)

including just added files into build

adding module agent for HLTqadm library. The agent is supposed to return the list of available HLT QA pluins, currently AliHLTTPCQADataMaker
adding the AliHLTQADataMakerRec steering class implementation for HLT QA plugins

moving the current implementation of the HLT QA data maker to a detector plugin (TPC)

adding base class for HLT detector QA plugins

extending interface of the ModuleAgent
GetQAPlugins can return blank separated list of QA plugin class names

extending LoadInstance, can be used without library argument now to create instance of already existing class

violations were fixed

M      AliTPCDistortionFun.C - Make more fun(ction)
                             - Some default pictures defined
M      AliTPCDistortions.cxx - Bug fix in constructor - Default parameters

Implemented possibility to add global objects (like general parameters or cuts) in the output file(s) of an analysis task. The objects do not need to be mergeable and have to be created in methods running on the local client (ctor, LocalInit()). Typical usage:

header: if needed in UserExec, make sure the cuts/param object is a STREAMABLE data member so it can end up on workers, in case you need to use it for UserExec selections (i.e. no //! comment)
        if the object is not used in the analysis add a //! comment for its data member
steering macro: pC = mgr->CreateContainer(name, TList::Class(), AliAnalysisDataContainer::kParamContainer, FILENAME)
                mgr->ConnectOutput(myTask, n, pC);
NOTE: may be anything else, not only a TList; FILENAME may match the file for other output containers.

MyTask::MyTask(const char *name) : AliAnalysisTaskSE(name)
{
   DefineOutput(1, TList::Class);  // normal output slots
   ...
   DefineOutput(n, TList::Class);  // will contain cuts or local params
}

MyTask::LocalInit()
{
   // Create cuts/param objects and publish to slot
   fCuts = new TList();
   myCutsObj = new ...
   // Configure myCutsObj
   ...
   // Add to list
   fCuts->Add(myCutsObj);
   // Do the same for other param/cuts
   ...
   // Post Data (!!!)
   PostData(n, myCuts);
}

MyTask::UserCreateOutputObjects()
{
// DO NOT CREATE CUTS/PARAM OBJECTS HERE
}

MyTask::UserExec()
{
// DO NOT POST DATA FOR CUTS OBJECT SLOTS
// You MAY use fCuts object if this is streamable
}

MyTask::Terminate()
{
   // Get objects from output slots post-process them
   ...
   // Update or add objects to fCuts if needed
   fCuts->Add(some_other_object);
}

END:
This param/cuts object will end-up in the file:folder you requested when defining the container. Voila...

Filling in  ESD SM geomatry matrix: path of matrix existance was checked but the matrix was not recovered, just the default, now fixed. Change hardcoded number of SuperModules by the actual number set in the geometry.

New analysis profiling implementation. Triggering collection of system info works only in "local" modeis done as usual via:
   mgr->SetNSysInfo(nevents); // Dump info in sysinfo.txt each nevents
A final displayed canvas contains: alocated VM[kB] per event for each top task (plot includes all subtasks), alocated VM for all tasks in CreateOutputObjects, alocated VM for all tasks in Terminate, VM profile for full analysis.

The memory profile is stored in a tree in a file sysinfo.root. One can investigate his task via:
   mgr->ProfileTask(const char *taskname); or:
   mgr->ProfileTask(Int_t itask)
where: taskname is the task name and itask is the task index in the list of top level tasks.
This will produce a canvas with memory alocation in CreateOutputObjects(), Exec() and Terminate() methods + CPU time spent per event

style violation fixes: added comments

Fix coding rule violations

Distortion macros - very preliminary version
Once fully debugged - will be moved to the compiled part of the code
(Magnus, Jim)

  Simple compiled macro for declaration of static distortion function
  on top of the AliTPCDistortion class.
  Why:
  1. Use static function in the fitting procedure
  2. Usage in TFormual, TF1, Tf2 ... for visualization.
  3. Usage in  tree->Draw() for visualization
  4. Simple visualization of fit residuals in multidemension - using tree Draw functionality

coding violations

coding violations

Fixes to obey coding conventions

- Reading of packed TRAP config from raw data for full half-chamber
- Storage of DMEM content in separate blocks according to
  different granularities, incl. PID LUT (Uwe)

Improvements (Jens Wiechula); AliDielectronCFdraw still produces a warning.

Major changes in AliPhysicsSelection (Michele)
-- Default trigger is now MB1
-- You can calculate the background in your sample by providing a special function in your task,
see docu of AliPhysicsSelection

Add online raw reader by Jochen as default version

Removing obsolete file

ITS services on side A (M. Sitta)

Bugs squashed.

I implemented the possibility
- to reject all tracks that have shared TPC clusters:
� void SetAcceptSharedTPCClusters(Bool_t b=kTRUE){fCutAcceptSharedTPCClusters=b;}

Marta Verweij <marta.verweij@cern.ch>

Update for AliAODHeader. (R. Arnaldi)

Updates for dimuons (R. Arnaldi)

Some fixes for memory leaks

Moving AliTRDCalPID to libTRDbase.pkg since it is used by AliTRDcalibDB (loadlibs.C)

correcting the RecoParam once more. It turned out that it is not possible to use one default AliDetectorRecoParam object for all event species. Using
now a TObjArray with 4 entries of specie 3(!), 4, 8, 16 like all the other detectors. However it is not clear why it is 3 and not 2.

Class for Omega Dalitz Decays (R. Averbeck, AM)

Set output slot 0 of task

primary track and eta cuts for TRD influence on pt resolution @ vertex

Removing obsolete calls

Detector Algorithm for pedestal runs.

New version.

Plot rather virtual memory usage per process than total memory.

Fix usage of fFillAODRun flag

Fix for report #63691: Update the PHOS section in Config.C for MC production

M      makeCalibTree.sh    - use standard halloWorld.sh script
M      guiTime             - use standard startGUItime.sh

Fix for report #63895: Request new reconstruction step (the track length must be calculated between two points in the _same_ local coordinate system)

forgotten commit

fixed rule violations

fix warnings

added missing QA object (dummy) in QAref/Global/QA/Calib

added missing QA object (dummy) in QAref/T0/QA/Calib

added missing QA object (dummy) in QAref/HMPID/QA/Calib

added missing QA object (dummy) in QAref/PMD/QA/Calib

added missing QA object (dummy) in QAref/PHOS/QA/Calib

add new class to hold info on bins used in fitting + standardize result return codes + allow for free tau fit for kLMS + keep samples at threshold also, to help low amplitude peak estimates

uncomment the analysis setting lines comitted by mistake previously

#
# Sequence of steps to test Pass0 and PassX reconstruction/calibration which run on GRID
# by default
#
# Semi automatic test performed on the batch farm
# Important features:
# 1. Parsing of the log files
# 2. Parsing stack traces

# author:  marian.ivanov@cern.ch

correct conversion of run type from esd into eventspecie

find in the alien catalog runs now over every year

find in the alien catalog runs now over every year

fix coding violations

add support for remote files, the macro connects to the Grid if a Grid file is specified as input

removing the specific storage for the HLT/Calib/RecoParam as the new entry is now uploaded to the Grid

Add DAQ DA for half chmaber status (Julian)

Metadata record is updated.

Fixing warnings (Xiaoming)

Updates due to PHOS survey measurements in August 2009.

Set max field default value to 15 kG to be above compensator dipole values

extra methods to generate flow for odd harmonics

Scripts for the TPC OCDB scanning moved to the scrpts/OCDBscan subdirectory
(Marian Ivanov)

Updating DCS DPs.

Moving the OCDBscan scripts to the subdirectory
Alien implementation not yet done.
For the moment local and batch farm implementation.

(Marian Ivanov)

Fixing based on suggestions

- HLT reco param loaded from local $ALICE_ROOT/OCDB
- added new parameter 'modules' to specify the modules to run the reconstruction for
- updated documentation and added help printout

bugfix: correcting the event specie of the default HLT RecoParam entry
it was 'default' and causes the QA histograms not to be saved. Object
now valid for all event species.

Adding a placeholder class for the backward-forward correlation analysis of the FMD

Updating TOF responsibles.

Correct memory leaks.
Correct wagon.

Adding HPTDC parameters that are to be used in MC (hits->digits). The preprocessor code is also updated correspondingly.

Fix for root file geom (I.Hrivnacova)

- added warning for track id mismatch

- fixed compilation warning

Fixed handling for events without jets

Bug fixed (Roberta)

Procedures for half chamber status (Julian)

Add in the UserCreateOutputObjects a set owner and post data for the output container list

Don't fit High Voltage values (use last recorded point from source map)

PdgCode() ported to the interface