Coding rule violations (Raphaelle)

Fix switch for TR simulation

- added options to access the input file and/or the OCDB entries from the grid

Adding jet chemistry, not yet included in .pkg

- added proper array initialization for cluster pointers

new analysis module JCORRAN - Filip Krizek

Try to correct leak on AliEMCALTracker::LoadClustes

DQM histograms filtered per calibration triggers, i.e. eventType==8 (F.Bellini)

Bug fix (Renu)

Added plots in macros for SDD calibration monitoring (F. Prino)

Bug fix

Adding class to merge calibration objects generated chunk by chunk
from which to then extract the calibration parameters.
Based on the mergeCalibObjects.C macro in
$ALICE_ROOT/ANALYSIS/CalibMacro/MergeCalibration.

(Marian (main part) + Chiara (fixes to run on alien))

Do not delete OCDB entryes if the cache is active

- minor corrections

Changes for report #65142: Prepare PWG1 scripts to check QA tasks on the nigthly build

Added extra protection and some extra histograms (Kathrin)

correct leak in AliIsolationCut

Corrected initialization and additional protection

adding merging procedure for distortion maps
Marian

new analysis module JCORRAN - Filip Krizek

fix to read the AliESDfriends with AliRoot trunk (Raphaelle)

Additional fix for report #65872: Request for adding changes in AliESDpid for trunk

Fix for Savannah bug 66155 (see also commit 40601)

Check the presenece of the component (Marian)

Fixes for report #63608: Obsolete Calorimeter information in ESDs removal (Gustavo)

 removerd double filling of histogram

Add dummy TPC/Calib/Raw entry for runs 81542-82896

adding fastread option, overwrite mode and possible skip terminate

adding classes to dictionary

Adding list of detectors in DAQ and reco to the ESD. See bug #65738.

Gstpar removed from geometry code

Fixing at least the correct input in MakeDigits

AliTPCcalibTime.h AliTPCcalibTime.cxx  -Adding distortion maps
AliTPCPreprocessorOffline.h AliTPCPreprocessorOffline.cxx - Extract electron attachment functionality

Marian

Make slewing correction independent of the TDC threshold. Checked by comparing 900GeV (hr = 2.5 ADC) and 7 TeV (thr = 4 ADC) data.

Corrected FEE <-> Offline channel numbering. Should be ported to the release. All the affected OCDB entries will be repaired.

Updated track-matcher component to deal with EMCAL

From Jennifer - get geo-manager via AliEveEventManager::AssertGeometry().

New feature (=event-by-event selection of injector pads for drift speed calcualation) in SDD DA for injector runs (F. Prino)

Adding new task to implement central filtering (AliAnalysisTaskFilterSteer).
Removing obsolete task (AliAnalysisTaskFilterSTEER).
Adding steering macro for AliAnalysisTaskFilterSteer.

- Implementing Central task for filtering the ESD friends:
    - keeping only 1% of the whole sample, randomly selected

- Adding the setting/getting of the "skip" bit (bit 23) for AliESDfriendTrack/AliESDfriend
  during the filtering
    - AliESDfriendTrack --> to allow to have the logical or between tracks from different tasks
      when adding a "dummy" friend track (when not selected by the filter)
    - AliESDfriend --> to be able to disentagle between ESDfriends added because
      selected, or added as "dummy" ones when not selected

- Corresponding changes in AliAnalysisTaskFilter/AliESDHandler and in the
  example filtering tasks

- Removal of AliAnalysisFilterSTEER:
  - the 1% selection is now done in AliAnalysisFilterSteer
  - the pt selection should be handled in separate detector-specific tasks

- macro for filling histograms for tracking diagnostics (TPCTrackHisto component)
  (shorter and legible version of the very long HLT-TPC reconstruction macro)

Fixes for warnings

Removed obsolete method

correct setting of EMCAL geometry, correct memory leak, correct problems with terminate execution

Fix for Savannah bug 66143

Warning fixes from Magali

Fix for bug number 66155

remove the check SetOwner before cleaning the TObjArray

remove setting of distance to bad channel in Omega analsys

Fixing conding violation rules. Add task macro that was forgotten last commit (Livio)

Fixing of coding violations
Marian

- first trigger version for ultra-peripheral collisions (Kyrre Skjerdal)
- added macro that runs the HLT reconstruction and processes the output through the trigger component
   (global trigger menu to be modified, so that the chain can be complete with the addition of the global trigger component)
- no arguments passed from OCDB entry yet

In MUONRecoCheck.C:
- Add protection against 0 when computing the average momentum per bin
- Correct the phi resolution for a possible +- 2*pi shift in its computation
(Philippe P.)

removing TPC analysis classes from end 2006

updated to new BG histo naming

updated multiplicity analysis for the INEL>0 case

Updated AliUnfolding class. The regularization schemas have changed taking into account bin
width and in a different way the error of the single bin.
Please CHECK the weights given to the regularization. They most likely need to be changed.

Added check of daughters clustermap in ITS

update for INEL>0 analysis

- fixing warnings

- moving initialisation of helper classes from the clusterizer constructor to DoInit
- adding detector name to constants class

Added to fieldmaps the parameterized integrals of field transv.components/bz
AliMagF::GetTPCRatInt(xyz,b) gives the integral of bx/bz, by/bz and
(bx/bz)^2+(by/bz)^2  from 0 to xyz[2].
The (old) integral of components /GetTPCInt(xyz,b)/ is brought to the same
convention (before was from z=+-250 to xyz[2])
The min/max Z and R allowed is 300 cm.
GetTPCRatIntCyl and GetTPCIntCyl provide similar integrals in cyl.frame.
Reparameterized

remove call to gstpar, now in galice.cuts

Code for the simulations at generator level, used for model comparison in the first papers.
Initial commit.

Partial fix for bug #66084: Remove gstpar calls and put parameters in galice.cuts -- EMCAL

LTM-volumeID mapping: update (A.Silenzi)

In MUONRecoCheck.C:
Added new control plots:
- X-Y slopes at first cluster and at vertex
- Eta at vertex
- Phi at vertex
- p*DCA
(Philippe P.)

Some more fix

Central electrode updated according to the drawings from Wolfgang Klempt

fCTTMmatrixBack index out of bounds: fixed (F.Reidt)

Update of DAs (PED & GAIN):
- Add messages giving faulty DDL (and FRT) in case of Token lost errors
- Pedestal forced to 4095 (or 4090) when statistics < 10 events (or
RMS < 0.5)

(Jean-Luc Charvet)

Fixing coding conventions

- EMCAL digit maker loads bad channel map from CDB
- Geometry initialisation in clusterizer moved from constructor to dedicated function

- stop clusterisation on no geometry

fixed warning

Bug in QA class corrected

Fix to suppress the warning

bugfix: checking correct data origin for ITS tracking form digits (Gaute)

compilation warnings about unused parameters corrected

correcting warnings: function parameters commented after becoming unused in previous commit

Medium cuts moved to galice.cuts

Major updates for millipede2 and related classes (Ruben)

Changed cuts (Ana)

Change to SSD geometry: addition of metallisation to the capacitors on the hybrids (M. van Leeuwen) Savannah bug 63965

Compute position and size of luminous region vs time (D. Caffarri)

Updating the trigger code for 2010 data. Should be ok now while the code is being incorporated in the reconstruction.

Coding convention fixes from Magali

Added possibility to invert the sign of the parametization

Fixes for report #65951: Request to change PHOS initialization in MC

Fix for bug #66094: Remove gstpar calls and put parameters in galice.cuts -- ZDC

doubles in the AliMillePedeRecord changed to double32, many changes in
MP2 related to treatment of constraints and low-statistics parameters

Removal of obsolete code

Major update of cuts classes; now they are used in AliAnalysisVertexingHF and stored as a list in AliAOD.VertexingHF.root; missing: D* cuts; possibility to get reco cuts from candidates with TRef

Added class AliFlowEvent, inherits from AliFlowEventSimple.

Solution for bug #66136: removed memory leaks in AliTOFtracker* classes

In alignment classes:
Fixing coding convention violations and compiler warnings.
(Javier)

The "static" was removed from the definition of some variables,
which was not working in the cocktail generator.
Bogdan Vulpescu

Changes for report #65872 Request for adding changes in AliESDpid for trunk. We added a method in AliESDpid for recalculating the TRD PID probabilities based on the 1D Likelihood method

Increment ClassDef number

Move the initialization of bad map to setting of bad channels, add the name of the task to the reader data members