EMCAL/AliEMCALClusterizerv1.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17 /* $Log:
  18    1 October 2000. Yuri Kharlov:
  19      AreNeighbours()
  20      PPSD upper layer is considered if number of layers>1
  21    18 October 2000. Yuri Kharlov:
  22      AliEMCALClusterizerv1()
  23      CPV clusterizing parameters added
  24      MakeClusters()
  25      After first PPSD digit remove EMC digits only once
  26 */
  27 //*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute)
  28 //  August 2002 Yves Schutz: clone PHOS as closely as possible and intoduction
  29 //                           of new  IO (à la PHOS)
  30 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  31 //  Clusterization class. Performs clusterization (collects neighbouring active cells) and
  32 //  unfolds the clusters having several local maxima.
  33 //  Results are stored in TreeR#, branches EMCALTowerRP (EMC recPoints),
  34 //  EMCALPreShoRP (CPV RecPoints) and AliEMCALClusterizer (Clusterizer with all
  35 //  parameters including input digits branch title, thresholds etc.)
  36 //  This TTask is normally called from Reconstructioner, but can as well be used in
  37 //  standalone mode.
  38 // Use Case:
  39 //  root [0] AliEMCALClusterizerv1 * cl = new AliEMCALClusterizerv1("galice.root")
  40 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
  41 //               //reads gAlice from header file "..."
  42 //  root [1] cl->ExecuteTask()
  43 //               //finds RecPoints in all events stored in galice.root
  44 //  root [2] cl->SetDigitsBranch("digits2")
  45 //               //sets another title for Digitis (input) branch
  46 //  root [3] cl->SetRecPointsBranch("recp2")
  47 //               //sets another title four output branches
  48 //  root [4] cl->SetTowerLocalMaxCut(0.03)
  49 //               //set clusterization parameters
  50 //  root [5] cl->ExecuteTask("deb all time")
  51 //               //once more finds RecPoints options are
  52 //               // deb - print number of found rec points
  53 //               // deb all - print number of found RecPoints and some their characteristics
  54 //               // time - print benchmarking results
  55
  56 // --- ROOT system ---
  57
  58 #include "TROOT.h"
  59 #include "TFile.h"
  60 #include "TFolder.h"
  61 #include "TMath.h"
  62 #include "TMinuit.h"
  63 #include "TTree.h"
  64 #include "TSystem.h"
  65 #include "TBenchmark.h"
  66
  67 // --- Standard library ---
  68
  69
  70 // --- AliRoot header files ---
  71 #include "AliEMCALGetter.h"
  72 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  73 #include "AliEMCALTowerRecPoint.h"
  74 #include "AliEMCALDigit.h"
  75 #include "AliEMCALDigitizer.h"
  76 #include "AliEMCAL.h"
  77 #include "AliEMCALGeometry.h"
  78
  79 ClassImp(AliEMCALClusterizerv1)
  80
  81 //____________________________________________________________________________
  82   AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1() : AliEMCALClusterizer()
  83 {
  84   // default ctor (to be used mainly by Streamer)
  85
  86   InitParameters() ;
  87   fDefaultInit = kTRUE ;
  88 }
  89
  90 //____________________________________________________________________________
  91 AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(const TString alirunFileName, const TString eventFolderName)
  92 :AliEMCALClusterizer(alirunFileName, eventFolderName)
  93 {
  94   // ctor with the indication of the file where header Tree and digits Tree are stored
  95
  96   InitParameters() ;
  97   Init() ;
  98   fDefaultInit = kFALSE ;
  99
 100 }
 101
 102 //____________________________________________________________________________
 103   AliEMCALClusterizerv1::~AliEMCALClusterizerv1()
 104 {
 105   // dtor
 106
 107 }
 108
 109 //____________________________________________________________________________
 110 const TString AliEMCALClusterizerv1::BranchName() const
 111 {
 112    return GetName();
 113
 114 }
 115
 116 //____________________________________________________________________________
 117 Float_t  AliEMCALClusterizerv1::Calibrate(Int_t amp, Int_t where) const
 118 {
 119   //To be replased later by the method, reading individual parameters from the database
 120   // where = 0 == PRE ; where = 1 == ECAL ; where = 2 == HCAL
 121   if ( where == 0 ) // calibrate as PRE section
 122     return -fADCpedestalPRE + amp * fADCchannelPRE ;
 123   else if (where == 1) //calibrate as ECA section
 124     return -fADCpedestalECA + amp * fADCchannelECA ;
 125   else if (where == 2) //calibrate as HCA section
 126     return -fADCpedestalHCA + amp * fADCchannelHCA ;
 127   else
 128     Fatal("Calibrate", "Something went wrong!") ;
 129   return -9999999. ;
 130 }
 131
 132 //____________________________________________________________________________
 133 void AliEMCALClusterizerv1::Exec(Option_t * option)
 134 {
 135   // Steering method
 136
 137   if(strstr(option,"tim"))
 138     gBenchmark->Start("EMCALClusterizer");
 139
 140   if(strstr(option,"print"))
 141     Print("") ;
 142
 143   AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 144
 145   Int_t nevents = gime->MaxEvent() ;
 146   Int_t ievent ;
 147
 148   for(ievent = 0; ievent < nevents; ievent++){
 149
 150     gime->Event(ievent,"D") ;
 151
 152     GetCalibrationParameters() ;
 153
 154     fNumberOfPREClusters = fNumberOfECAClusters = fNumberOfHCAClusters = 0 ;
 155
 156     MakeClusters() ;
 157
 158     if(fToUnfold)
 159       MakeUnfolding() ;
 160
 161     WriteRecPoints(ievent) ;
 162
 163     if(strstr(option,"deb"))
 164       PrintRecPoints(option) ;
 165
 166     //increment the total number of recpoints per run
 167     fRecPointsInRun += gime->PRERecPoints()->GetEntriesFast() ;
 168     fRecPointsInRun += gime->ECARecPoints()->GetEntriesFast() ;
 169     fRecPointsInRun += gime->HCARecPoints()->GetEntriesFast() ;
 170   }
 171
 172   Unload();
 173
 174   if(strstr(option,"tim")){
 175     gBenchmark->Stop("EMCALClusterizer");
 176     Info("Exec", "took %f seconds for Clusterizing %f seconds per event",
 177          gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer"), gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer")/nevents ) ;
 178   }
 179 }
 180
 181 //____________________________________________________________________________
 182 Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALTowerRecPoint * emcRP, AliEMCALDigit ** maxAt, Float_t * maxAtEnergy,
 183                                     Int_t nPar, Float_t * fitparameters) const
 184 {
 185   // Calls TMinuit to fit the energy distribution of a cluster with several maxima
 186   // The initial values for fitting procedure are set equal to the positions of local maxima.
 187   // Cluster will be fitted as a superposition of nPar/3 electromagnetic showers
 188
 189   AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 190   TClonesArray * digits = gime->Digits() ;
 191
 192
 193   gMinuit->mncler();                     // Reset Minuit's list of paramters
 194   gMinuit->SetPrintLevel(-1) ;           // No Printout
 195   gMinuit->SetFCN(AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare) ;
 196                                          // To set the address of the minimization function
 197   TList * toMinuit = new TList();
 198   toMinuit->AddAt(emcRP,0) ;
 199   toMinuit->AddAt(digits,1) ;
 200
 201   gMinuit->SetObjectFit(toMinuit) ;         // To tranfer pointer to UnfoldingChiSquare
 202
 203   // filling initial values for fit parameters
 204   AliEMCALDigit * digit ;
 205
 206   Int_t ierflg  = 0;
 207   Int_t index   = 0 ;
 208   Int_t nDigits = (Int_t) nPar / 3 ;
 209
 210   Int_t iDigit ;
 211
 212   AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry() ;
 213
 214   for(iDigit = 0; iDigit < nDigits; iDigit++){
 215     digit = maxAt[iDigit];
 216
 217     Int_t relid[4] ;
 218     Float_t x = 0.;
 219     Float_t z = 0.;
 220     geom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
 221     geom->PosInAlice(relid, x, z) ;
 222
 223     Float_t energy = maxAtEnergy[iDigit] ;
 224
 225     gMinuit->mnparm(index, "x",  x, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
 226     index++ ;
 227     if(ierflg != 0){
 228       Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : x = %f",  x ) ;
 229       return kFALSE;
 230     }
 231     gMinuit->mnparm(index, "z",  z, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
 232     index++ ;
 233     if(ierflg != 0){
 234        Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : z = %f", z) ;
 235       return kFALSE;
 236     }
 237     gMinuit->mnparm(index, "Energy",  energy , 0.05*energy, 0., 4.*energy, ierflg) ;
 238     index++ ;
 239     if(ierflg != 0){
 240      Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : energy = %f", energy) ;
 241       return kFALSE;
 242     }
 243   }
 244
 245   Double_t p0 = 0.1 ; // "Tolerance" Evaluation stops when EDM = 0.0001*p0 ; The number of function call slightly
 246                       //  depends on it.
 247   Double_t p1 = 1.0 ;
 248   Double_t p2 = 0.0 ;
 249
 250   gMinuit->mnexcm("SET STR", &p2, 0, ierflg) ;   // force TMinuit to reduce function calls
 251   gMinuit->mnexcm("SET GRA", &p1, 1, ierflg) ;   // force TMinuit to use my gradient
 252   gMinuit->SetMaxIterations(5);
 253   gMinuit->mnexcm("SET NOW", &p2 , 0, ierflg) ;  // No Warnings
 254
 255   gMinuit->mnexcm("MIGRAD", &p0, 0, ierflg) ;    // minimize
 256
 257   if(ierflg == 4){  // Minimum not found
 258     Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Fit not converged, cluster abandoned " ) ;
 259     return kFALSE ;
 260   }
 261   for(index = 0; index < nPar; index++){
 262     Double_t err ;
 263     Double_t val ;
 264     gMinuit->GetParameter(index, val, err) ;    // Returns value and error of parameter index
 265     fitparameters[index] = val ;
 266    }
 267
 268   delete toMinuit ;
 269   return kTRUE;
 270
 271 }
 272
 273 //____________________________________________________________________________
 274 void AliEMCALClusterizerv1::GetCalibrationParameters()
 275 {
 276   AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 277
 278   if ( !gime->Digitizer() )
 279     gime->LoadDigitizer();
 280   AliEMCALDigitizer * dig = gime->Digitizer();
 281
 282   fADCchannelPRE  = dig->GetPREchannel() ;
 283   fADCpedestalPRE = dig->GetPREpedestal() ;
 284
 285   fADCchannelECA   = dig->GetECAchannel() ;
 286   fADCpedestalECA  = dig->GetECApedestal();
 287
 288   fADCchannelHCA   = dig->GetHCAchannel() ;
 289   fADCpedestalHCA  = dig->GetHCApedestal();
 290 }
 291
 292 //____________________________________________________________________________
 293 void AliEMCALClusterizerv1::Init()
 294 {
 295   // Make all memory allocations which can not be done in default constructor.
 296   // Attach the Clusterizer task to the list of EMCAL tasks
 297
 298   AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance(GetTitle(), fEventFolderName.Data());
 299
 300   AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry() ;
 301
 302   fNTowers = geom->GetNZ() *  geom->GetNPhi() ;
 303   if(!gMinuit)
 304     gMinuit = new TMinuit(100) ;
 305
 306  if ( !gime->Clusterizer() )
 307     gime->PostClusterizer(this);
 308 }
 309
 310 //____________________________________________________________________________
 311 void AliEMCALClusterizerv1::InitParameters()
 312 {
 313   fNumberOfPREClusters = fNumberOfECAClusters = fNumberOfHCAClusters = 0 ;
 314   fPREClusteringThreshold  = 0.0001; // must be adjusted according to the noise leve set by digitizer
 315   fECAClusteringThreshold   = 0.0045;  // must be adjusted according to the noise leve set by digitizer
 316   fHCAClusteringThreshold   = 0.001;  // must be adjusted according to the noise leve set by digitizer
 317   fPRELocMaxCut = 0.03 ;
 318   fECALocMaxCut = 0.03 ;
 319   fHCALocMaxCut = 0.03 ;
 320
 321   fPREW0    = 4.0 ;
 322   fECAW0     = 4.5 ;
 323   fHCAW0     = 4.5 ;
 324
 325   fTimeGate = 1.e-8 ;
 326
 327   fToUnfold = kFALSE ;
 328
 329   fRecPointsInRun          = 0 ;
 330
 331 }
 332
 333 //____________________________________________________________________________
 334 Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreNeighbours(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2)const
 335 {
 336   // Gives the neighbourness of two digits = 0 are not neighbour but continue searching
 337   //                                       = 1 are neighbour
 338   //                                       = 2 are not neighbour but do not continue searching
 339   // neighbours are defined as digits having at least a common vertex
 340   // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit already in a cluster
 341   //                                      which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster
 342
 343    AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGetter::Instance()->EMCALGeometry() ;
 344
 345   Int_t rv = 0 ;
 346
 347   Int_t relid1[4] ;
 348   geom->AbsToRelNumbering(d1->GetId(), relid1) ;
 349
 350   Int_t relid2[4] ;
 351   geom->AbsToRelNumbering(d2->GetId(), relid2) ;
 352
 353   if ( (relid1[0] == relid2[0]) && // inside the same EMCAL Arm
 354        (relid1[1]==relid2[1]) ) {  // and same tower section
 355     Int_t rowdiff = TMath::Abs( relid1[2] - relid2[2] ) ;
 356     Int_t coldiff = TMath::Abs( relid1[3] - relid2[3] ) ;
 357
 358     if (( coldiff <= 1 )  && ( rowdiff <= 1 )){
 359       if((relid1[1] != 0) || (TMath::Abs(d1->GetTime() - d2->GetTime() ) < fTimeGate))
 360       rv = 1 ;
 361     }
 362     else {
 363       if((relid2[2] > relid1[2]) && (relid2[3] > relid1[3]+1))
 364         rv = 2; //  Difference in row numbers is too large to look further
 365     }
 366
 367   }
 368   else {
 369
 370     if( (relid1[0] < relid2[0]) || (relid1[1] != relid2[1]) )
 371       rv=0 ;
 372   }
 373
 374   if (gDebug == 2 )
 375     Info("AreNeighbours", "neighbours=%d, id1=%d, relid1=%d,%d,%d,%d \n id2=%d, relid2=%d,%d,%d,%d",
 376          rv, d1->GetId(), relid1[0], relid1[1], relid1[2], relid1[3],
 377          d2->GetId(), relid2[0], relid2[1], relid2[2], relid2[3]) ;
 378
 379   return rv ;
 380 }
 381
 382 //____________________________________________________________________________
 383 void AliEMCALClusterizerv1::Unload()
 384 {
 385   AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 386   gime->EmcalLoader()->UnloadDigits() ;
 387   gime->EmcalLoader()->UnloadRecPoints() ;
 388 }
 389
 390 //____________________________________________________________________________
 391 void AliEMCALClusterizerv1::WriteRecPoints(Int_t event)
 392 {
 393
 394   // Creates new branches with given title
 395   // fills and writes into TreeR.
 396
 397   AliEMCALGetter *gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 398
 399   TObjArray * aPRERecPoints = gime->PRERecPoints() ;
 400   TObjArray * aECARecPoints = gime->ECARecPoints() ;
 401   TObjArray * aHCARecPoints = gime->HCARecPoints() ;
 402
 403   TClonesArray * digits = gime->Digits() ;
 404   TTree * treeR = gime->TreeR(); ;
 405
 406   Int_t index ;
 407
 408   //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties for PRE section
 409   for(index = 0; index < aPRERecPoints->GetEntries(); index++)
 410     (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aPRERecPoints->At(index)))->EvalAll(fPREW0,digits)  ;
 411   aPRERecPoints->Sort() ;
 412
 413   for(index = 0; index < aPRERecPoints->GetEntries(); index++)
 414     (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aPRERecPoints->At(index)))->SetIndexInList(index) ;
 415
 416   aPRERecPoints->Expand(aPRERecPoints->GetEntriesFast()) ;
 417
 418   //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties for EC section
 419   for(index = 0; index < aECARecPoints->GetEntries(); index++)
 420     (dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(aECARecPoints->At(index)))->EvalAll(fECAW0,digits) ;
 421
 422   aECARecPoints->Sort() ;
 423
 424   for(index = 0; index < aECARecPoints->GetEntries(); index++)
 425     (dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(aECARecPoints->At(index)))->SetIndexInList(index) ;
 426
 427   aECARecPoints->Expand(aECARecPoints->GetEntriesFast()) ;
 428
 429   //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties for HCA section
 430   for(index = 0; index < aHCARecPoints->GetEntries(); index++)
 431     (dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(aHCARecPoints->At(index)))->EvalAll(fHCAW0,digits) ;
 432
 433   aHCARecPoints->Sort() ;
 434
 435   for(index = 0; index < aHCARecPoints->GetEntries(); index++)
 436     (dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(aHCARecPoints->At(index)))->SetIndexInList(index) ;
 437
 438   aHCARecPoints->Expand(aHCARecPoints->GetEntriesFast()) ;
 439
 440   Int_t bufferSize = 32000 ;
 441   Int_t splitlevel = 0 ;
 442
 443   //PRE section branch
 444   TBranch * branchPRE = treeR->Branch("EMCALPRERP","TObjArray",&aPRERecPoints,bufferSize,splitlevel);
 445   branchPRE->SetTitle(BranchName());
 446
 447   //EC section branch
 448   TBranch * branchECA = treeR->Branch("EMCALECARP","TObjArray",&aECARecPoints,bufferSize,splitlevel);
 449   branchECA->SetTitle(BranchName());
 450
 451   //HCA section branch
 452   TBranch * branchHCA = treeR->Branch("EMCALHCARP","TObjArray",&aHCARecPoints,bufferSize,splitlevel);
 453   branchHCA->SetTitle(BranchName());
 454
 455   branchPRE->Fill() ;
 456   branchECA->Fill() ;
 457   branchHCA->Fill() ;
 458
 459   gime->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 460   gime->WriteClusterizer("OVERWRITE");
 461 }
 462
 463 //____________________________________________________________________________
 464 void AliEMCALClusterizerv1::MakeClusters()
 465 {
 466   // Steering method to construct the clusters stored in a list of Reconstructed Points
 467   // A cluster is defined as a list of neighbour digits
 468
 469   AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 470
 471   AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry() ;
 472
 473
 474   TObjArray * aPRERecPoints = gime->PRERecPoints() ;
 475   TObjArray * aECARecPoints  = gime->ECARecPoints() ;
 476   TObjArray * aHCARecPoints  = gime->HCARecPoints() ;
 477
 478   aPRERecPoints->Delete() ;
 479   aECARecPoints->Delete() ;
 480   aHCARecPoints->Delete() ;
 481
 482   TClonesArray * digits = gime->Digits() ;
 483
 484   TIter next(digits) ;
 485   AliEMCALDigit * digit ;
 486   Int_t ndigECA=0, ndigPRE=0, ndigHCA=0 ;
 487
 488   // count the number of digits in ECA section
 489   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(next())) ) { // scan over the list of digits
 490     if (geom->IsInECA(digit->GetId()))
 491       ndigECA++ ;
 492     else if (geom->IsInPRE(digit->GetId()))
 493       ndigPRE++;
 494     else if (geom->IsInHCA(digit->GetId()))
 495       ndigHCA++;
 496     else {
 497       Error("MakeClusters", "id = %d is a wrong ID!", digit->GetId()) ;
 498       abort() ;
 499     }
 500   }
 501
 502   // add amplitude of PRE and ECA sections
 503   Int_t digECA ;
 504   for (digECA = 0 ; digECA < ndigECA ; digECA++) {
 505     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(digECA)) ;
 506     Int_t digPRE ;
 507     for (digPRE = ndigECA ; digPRE < ndigECA+ndigPRE ; digPRE++) {
 508       AliEMCALDigit *  digitPRE = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(digPRE)) ;
 509       if ( geom->AreInSameTower(digit->GetId(), digitPRE->GetId()) ){
 510         Float_t  amp = static_cast<Float_t>(digit->GetAmp()) + geom->GetSummationFraction() * static_cast<Float_t>(digitPRE->GetAmp()) + 0.5 ;
 511         digit->SetAmp(static_cast<Int_t>(amp)) ;
 512         break ;
 513       }
 514     }
 515     if (gDebug)
 516       Info("MakeClusters","id = %d amp = %d", digit->GetId(), digit->GetAmp()) ;
 517   }
 518
 519   TClonesArray * digitsC =  dynamic_cast<TClonesArray*>(digits->Clone()) ;
 520
 521
 522   // Clusterization starts
 523
 524   TIter nextdigit(digitsC) ;
 525   Bool_t notremovedECA = kTRUE, notremovedPRE = kTRUE ;
 526
 527   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit())) ) { // scan over the list of digitsC
 528     AliEMCALRecPoint * clu = 0 ;
 529
 530     TArrayI clusterPREdigitslist(50), clusterECAdigitslist(50), clusterHCAdigitslist(50);
 531
 532     Bool_t inPRE = kFALSE, inECA = kFALSE, inHCA = kFALSE ;
 533     if( geom->IsInPRE(digit->GetId()) ) {
 534       inPRE = kTRUE ;
 535     }
 536     else if( geom->IsInECA(digit->GetId()) ) {
 537       inECA = kTRUE ;
 538     }
 539     else if( geom->IsInHCA(digit->GetId()) ) {
 540       inHCA = kTRUE ;
 541     }
 542
 543     if (gDebug == 2) {
 544       if (inPRE)
 545         Info("MakeClusters","id = %d, ene = %f , thre = %f ",
 546              digit->GetId(),Calibrate(digit->GetAmp(), 0), fPREClusteringThreshold) ;
 547       if (inECA)
 548         Info("MakeClusters","id = %d, ene = %f , thre = %f",
 549              digit->GetId(),Calibrate(digit->GetAmp(), 1), fECAClusteringThreshold) ;
 550       if (inHCA)
 551         Info("MakeClusters","id = %d, ene = %f , thre = %f",
 552              digit->GetId(),Calibrate(digit->GetAmp(), 2), fHCAClusteringThreshold ) ;
 553     }
 554
 555     if ( (inPRE  && (Calibrate(digit->GetAmp(), 0) > fPREClusteringThreshold  )) ||
 556          (inECA && (Calibrate(digit->GetAmp(), 1) > fECAClusteringThreshold  ))  ||
 557          (inHCA && (Calibrate(digit->GetAmp(), 2) > fHCAClusteringThreshold  )) ) {
 558
 559       Int_t  iDigitInPRECluster = 0, iDigitInECACluster = 0, iDigitInHCACluster = 0;
 560       Int_t where ; // PRE = 0, ECAl = 1, HCAL = 2
 561
 562       // Find the seed in each of the section ECAL/PRE/HCAL
 563
 564       if( geom->IsInECA(digit->GetId()) ) {
 565         where = 1 ; // to tell we are in ECAL
 566         // start a new Tower RecPoint
 567         if(fNumberOfECAClusters >= aECARecPoints->GetSize())
 568           aECARecPoints->Expand(2*fNumberOfECAClusters+1) ;
 569         AliEMCALTowerRecPoint * rp = new  AliEMCALTowerRecPoint("") ;
 570         rp->SetECA() ;
 571         aECARecPoints->AddAt(rp, fNumberOfECAClusters) ;
 572         clu = dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(aECARecPoints->At(fNumberOfECAClusters)) ;
 573         fNumberOfECAClusters++ ;
 574         clu->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(), where)) ;
 575         clusterECAdigitslist[iDigitInECACluster] = digit->GetIndexInList() ;
 576         iDigitInECACluster++ ;
 577         digitsC->Remove(digit) ;
 578         if (gDebug == 2 )
 579           Info("MakeClusters","OK id = %d, ene = %f , thre = %f ", digit->GetId(),Calibrate(digit->GetAmp(), 1), fECAClusteringThreshold) ;
 580
 581       }
 582       else if( geom->IsInPRE(digit->GetId()) ) {
 583         where = 0 ; // to tell we are in PRE
 584         // start a new Pre Shower cluster
 585         if(fNumberOfPREClusters >= aPRERecPoints->GetSize())
 586           aPRERecPoints->Expand(2*fNumberOfPREClusters+1);
 587         AliEMCALTowerRecPoint * rp = new AliEMCALTowerRecPoint("") ;
 588         rp->SetPRE() ;
 589         aPRERecPoints->AddAt(rp, fNumberOfPREClusters) ;
 590         clu =  dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(aPRERecPoints->At(fNumberOfPREClusters))  ;
 591         fNumberOfPREClusters++ ;
 592         clu->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(), where));
 593         clusterPREdigitslist[iDigitInPRECluster] = digit->GetIndexInList()  ;
 594         iDigitInPRECluster++ ;
 595         digitsC->Remove(digit) ;
 596         if (gDebug == 2 )
 597           Info("MakeClusters","OK id = %d, ene = %f , thre = %f ", digit->GetId(),Calibrate(digit->GetAmp(), 0), fPREClusteringThreshold) ;
 598
 599         nextdigit.Reset() ;
 600
 601         // Here we remove remaining ECA digits, which cannot make a cluster
 602
 603         if( notremovedECA ) {
 604           while( ( digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit()) ) ) {
 605             if( geom->IsInECA(digit->GetId()) )
 606               digitsC->Remove(digit) ;
 607             else
 608               break ;
 609           }
 610           notremovedECA = kFALSE ;
 611         }
 612
 613       }
 614       else if( geom->IsInHCA(digit->GetId()) ) {
 615         where = 2 ; // to tell we are in HCAL
 616         // start a new HCAL cluster
 617         if(fNumberOfHCAClusters >= aHCARecPoints->GetSize())
 618           aHCARecPoints->Expand(2*fNumberOfHCAClusters+1);
 619         AliEMCALTowerRecPoint * rp = new AliEMCALTowerRecPoint("") ;
 620         rp->SetHCA() ;
 621         aHCARecPoints->AddAt(rp, fNumberOfHCAClusters) ;
 622         clu =  dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(aHCARecPoints->At(fNumberOfHCAClusters))  ;
 623         fNumberOfHCAClusters++ ;
 624         clu->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(), where));
 625         clusterHCAdigitslist[iDigitInHCACluster] = digit->GetIndexInList()  ;
 626         iDigitInHCACluster++ ;
 627         digitsC->Remove(digit) ;
 628         if (gDebug == 2 )
 629           Info("MakeClusters","OK id = %d, ene = %f , thre = %f ", digit->GetId(),Calibrate(digit->GetAmp(), 2), fHCAClusteringThreshold) ;
 630
 631         nextdigit.Reset() ;
 632
 633         // Here we remove remaining PRE digits, which cannot make a cluster
 634
 635         if( notremovedPRE ) {
 636           while( ( digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit()) ) ) {
 637             if( geom->IsInPRE(digit->GetId()) )
 638               digitsC->Remove(digit) ;
 639             else
 640               break ;
 641           }
 642           notremovedPRE = kFALSE ;
 643         }
 644       }
 645
 646       nextdigit.Reset() ;
 647
 648       AliEMCALDigit * digitN ;
 649       Int_t index = 0 ;
 650
 651       // Do the Clustering in each of the three section ECAL/PRE/HCAL
 652
 653       while (index < iDigitInECACluster){ // scan over digits already in cluster
 654         digit =  (AliEMCALDigit*)digits->At(clusterECAdigitslist[index])  ;
 655         index++ ;
 656         while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigit()) ) { // scan over the reduced list of digits
 657           Int_t ineb = AreNeighbours(digit, digitN);       // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!!
 658           // Info("MakeClusters","id1 = %d, id2 = %d , neighbours = %d", digit->GetId(), digitN->GetId(), ineb) ;
 659          switch (ineb ) {
 660           case 0 :   // not a neighbour
 661             break ;
 662           case 1 :   // are neighbours
 663             clu->AddDigit(*digitN, Calibrate( digitN->GetAmp(), 1) ) ;
 664             clusterECAdigitslist[iDigitInECACluster] = digitN->GetIndexInList() ;
 665             iDigitInECACluster++ ;
 666             digitsC->Remove(digitN) ;
 667             break ;
 668           case 2 :   // too far from each other
 669             goto endofloop1;
 670           } // switch
 671
 672         } // while digitN
 673
 674       endofloop1: ;
 675         nextdigit.Reset() ;
 676       } // loop over ECA cluster
 677
 678       index = 0 ;
 679       while (index < iDigitInPRECluster){ // scan over digits already in cluster
 680         digit =  (AliEMCALDigit*)digits->At(clusterPREdigitslist[index])  ;
 681         index++ ;
 682         while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigit()) ) { // scan over the reduced list of digits
 683           Int_t ineb = AreNeighbours(digit, digitN);       // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!!
 684           //      Info("MakeClusters","id1 = %d, id2 = %d , neighbours = %d", digit->GetId(), digitN->GetId(), ineb) ;
 685           switch (ineb ) {
 686           case 0 :   // not a neighbour
 687             break ;
 688           case 1 :   // are neighbours
 689             clu->AddDigit(*digitN, Calibrate( digitN->GetAmp(), 0) ) ;
 690             clusterPREdigitslist[iDigitInPRECluster] = digitN->GetIndexInList() ;
 691             iDigitInPRECluster++ ;
 692             digitsC->Remove(digitN) ;
 693             break ;
 694           case 2 :   // too far from each other
 695             goto endofloop2;
 696           } // switch
 697
 698         } // while digitN
 699
 700       endofloop2: ;
 701         nextdigit.Reset() ;
 702       } // loop over PRE cluster
 703
 704       index = 0 ;
 705       while (index < iDigitInHCACluster){ // scan over digits already in cluster
 706         digit =  (AliEMCALDigit*)digits->At(clusterHCAdigitslist[index])  ;
 707         index++ ;
 708         while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigit()) ) { // scan over the reduced list of digits
 709           Int_t ineb = AreNeighbours(digit, digitN);       // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!!
 710           //Info("MakeClusters","id1 = %d, id2 = %d , neighbours = %d", digit->GetId(), digitN->GetId(), ineb) ;
 711           switch (ineb ) {
 712           case 0 :   // not a neighbour
 713             break ;
 714           case 1 :   // are neighbours
 715             clu->AddDigit(*digitN, Calibrate( digitN->GetAmp(), 2) ) ;
 716             clusterHCAdigitslist[iDigitInHCACluster] = digitN->GetIndexInList() ;
 717             iDigitInHCACluster++ ;
 718             digitsC->Remove(digitN) ;
 719             break ;
 720           case 2 :   // too far from each other
 721             goto endofloop3;
 722           } // switch
 723         } // while digitN
 724
 725       endofloop3: ;
 726         nextdigit.Reset() ;
 727       } // loop over HCA cluster
 728
 729     } // energy theshold
 730   } // while digit
 731   delete digitsC ;
 732 }
 733
 734 //____________________________________________________________________________
 735 void AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding()
 736 {
 737   Fatal("AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding", "--> Unfolding not implemented") ;
 738
 739 }
 740
 741 //____________________________________________________________________________
 742 Double_t  AliEMCALClusterizerv1::ShowerShape(Double_t r)
 743 {
 744   // Shape of the shower (see EMCAL TDR)
 745   // If you change this function, change also the gradient evaluation in ChiSquare()
 746
 747   Double_t r4    = r*r*r*r ;
 748   Double_t r295  = TMath::Power(r, 2.95) ;
 749   Double_t shape = TMath::Exp( -r4 * (1. / (2.32 + 0.26 * r4) + 0.0316 / (1 + 0.0652 * r295) ) ) ;
 750   return shape ;
 751 }
 752
 753 //____________________________________________________________________________
 754 void  AliEMCALClusterizerv1::UnfoldCluster(AliEMCALTowerRecPoint * iniTower,
 755                                                  Int_t nMax,
 756                                                  AliEMCALDigit ** maxAt,
 757                                                  Float_t * maxAtEnergy)
 758 {
 759   // Performs the unfolding of a cluster with nMax overlapping showers
 760
 761   Fatal("UnfoldCluster", "--> Unfolding not implemented") ;
 762
 763 }
 764
 765 //_____________________________________________________________________________
 766 void AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & nPar, Double_t * Grad, Double_t & fret, Double_t * x, Int_t iflag)
 767 {
 768   // Calculates the Chi square for the cluster unfolding minimization
 769   // Number of parameters, Gradient, Chi squared, parameters, what to do
 770
 771   ::Fatal("UnfoldingChiSquare","Unfolding not implemented") ;
 772 }
 773 //____________________________________________________________________________
 774 void AliEMCALClusterizerv1::Print(Option_t * option)const
 775 {
 776   // Print clusterizer parameters
 777
 778   TString message("\n") ;
 779
 780   if( strcmp(GetName(), "") !=0 ){
 781
 782     // Print parameters
 783
 784     TString taskName(GetName()) ;
 785     taskName.ReplaceAll(Version(), "") ;
 786
 787     message += "--------------- " ;
 788     message += taskName.Data() ;
 789     message += " " ;
 790     message += GetTitle() ;
 791     message += "-----------\n" ;
 792     message += "Clusterizing digits from the file: " ;
 793     message += taskName.Data() ;
 794     message += "\n                           Branch: " ;
 795     message += GetName() ;
 796     message += "\n                       Pre Shower Clustering threshold = " ;
 797     message += fPREClusteringThreshold ;
 798     message += "\n                       Pre Shower  Local Maximum cut    = " ;
 799     message += fPRELocMaxCut ;
 800     message += "\n                       Pre Shower Logarothmic weight   = " ;
 801     message += fPREW0 ;
 802     message += "\n                       ECA Clustering threshold = " ;
 803     message += fECAClusteringThreshold ;
 804     message += "\n                       ECA Local Maximum cut    = " ;
 805     message += fECALocMaxCut ;
 806     message += "\n                       ECA Logarothmic weight   = " ;
 807     message += fECAW0 ;
 808     message += "\n                       Pre Shower Clustering threshold = " ;
 809     message += fHCAClusteringThreshold ;
 810     message += "\n                       HCA Local Maximum cut    = " ;
 811     message += fHCALocMaxCut ;
 812     message += "\n                       HCA Logarothmic weight   = " ;
 813     message += fHCAW0 ;
 814     if(fToUnfold)
 815       message +="\nUnfolding on\n" ;
 816     else
 817       message += "\nUnfolding off\n";
 818
 819     message += "------------------------------------------------------------------" ;
 820   }
 821   else
 822     message += "AliEMCALClusterizerv1 not initialized " ;
 823
 824   Info("Print", message.Data() ) ;
 825 }
 826
 827 //____________________________________________________________________________
 828 void AliEMCALClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
 829 {
 830   // Prints list of RecPoints produced at the current pass of AliEMCALClusterizer
 831
 832   TObjArray * aPRERecPoints = AliEMCALGetter::Instance()->PRERecPoints() ;
 833   TObjArray * aECARecPoints = AliEMCALGetter::Instance()->ECARecPoints() ;
 834   TObjArray * aHCARecPoints = AliEMCALGetter::Instance()->HCARecPoints() ;
 835
 836   Info("PrintRecPoints", "Clusterization result:") ;
 837
 838   printf("event # %d\n", gAlice->GetEvNumber() ) ;
 839   printf("           Found %d PRE SHOWER RecPoints, %d ECA Rec Points and %d HCA Rec Points\n ",
 840          aPRERecPoints->GetEntriesFast(), aECARecPoints->GetEntriesFast(), aHCARecPoints->GetEntriesFast() ) ;
 841
 842   fRecPointsInRun +=  aPRERecPoints->GetEntriesFast() ;
 843   fRecPointsInRun +=  aECARecPoints->GetEntriesFast() ;
 844   fRecPointsInRun +=  aHCARecPoints->GetEntriesFast() ;
 845
 846   if(strstr(option,"all")) {
 847
 848     //Pre shower recPoints
 849
 850     printf("-----------------------------------------------------------------------\n") ;
 851     printf("Clusters in PRE section\n") ;
 852     printf("Index    Ene(GeV) Multi Module     phi     r   theta    X    Y      Z   Dispersion Lambda 1   Lambda 2  # of prim  Primaries list\n") ;
 853
 854     Int_t index ;
 855
 856     for (index = 0 ; index < aPRERecPoints->GetEntries() ; index++) {
 857       AliEMCALTowerRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint *>(aPRERecPoints->At(index)) ;
 858       TVector3  globalpos;
 859       rp->GetGlobalPosition(globalpos);
 860       TVector3  localpos;
 861       rp->GetLocalPosition(localpos);
 862       Float_t lambda[2];
 863       rp->GetElipsAxis(lambda);
 864       Int_t * primaries;
 865       Int_t nprimaries;
 866       primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
 867       printf("\n%6d  %8.4f  %3d     %2d     %4.1f    %4.1f %4.1f  %4.1f %4.1f %4.1f    %4.1f   %4f  %4f    %2d     : ",
 868              rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(), rp->GetEMCALArm(),
 869              globalpos.X(), globalpos.Y(), globalpos.Z(), localpos.X(), localpos.Y(), localpos.Z(),
 870              rp->GetDispersion(), lambda[0], lambda[1], nprimaries) ;
 871       for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
 872         printf("%d ", primaries[iprimary] ) ;
 873       }
 874     }
 875
 876     printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n") ;
 877     printf("Clusters in ECAL section\n") ;
 878     printf("Index    Ene(GeV) Multi Module     phi     r   theta    X    Y      Z   Dispersion Lambda 1   Lambda 2  # of prim  Primaries list\n") ;
 879
 880     for (index = 0 ; index < aECARecPoints->GetEntries() ; index++) {
 881       AliEMCALTowerRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint * >(aECARecPoints->At(index)) ;
 882       TVector3  globalpos;
 883       rp->GetGlobalPosition(globalpos);
 884       TVector3  localpos;
 885       rp->GetLocalPosition(localpos);
 886       Float_t lambda[2];
 887       rp->GetElipsAxis(lambda);
 888       Int_t * primaries;
 889       Int_t nprimaries;
 890       primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
 891       printf("\n%6d  %8.4f  %3d     %2d     %4.1f    %4.1f %4.1f  %4.1f %4.1f %4.1f    %4.1f   %4f  %4f    %2d     : ",
 892              rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(), rp->GetEMCALArm(),
 893              globalpos.X(), globalpos.Y(), globalpos.Z(), localpos.X(), localpos.Y(), localpos.Z(),
 894              rp->GetDispersion(), lambda[0], lambda[1], nprimaries) ;
 895       for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
 896         printf("%d ", primaries[iprimary] ) ;
 897       }
 898     }
 899
 900     printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n") ;
 901     printf("Clusters in HCAL section\n") ;
 902     printf("Index    Ene(GeV) Multi Module     phi     r   theta    X    Y      Z   Dispersion Lambda 1   Lambda 2  # of prim  Primaries list\n") ;
 903
 904     for (index = 0 ; index < aHCARecPoints->GetEntries() ; index++) {
 905       AliEMCALTowerRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALTowerRecPoint * >(aHCARecPoints->At(index)) ;
 906       TVector3  globalpos;
 907       rp->GetGlobalPosition(globalpos);
 908       TVector3  localpos;
 909       rp->GetLocalPosition(localpos);
 910       Float_t lambda[2];
 911       rp->GetElipsAxis(lambda);
 912       Int_t * primaries;
 913       Int_t nprimaries;
 914       primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
 915       printf("\n%6d  %8.4f  %3d     %2d     %4.1f    %4.1f %4.1f  %4.1f %4.1f %4.1f    %4.1f   %4f  %4f    %2d     : ",
 916              rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(), rp->GetEMCALArm(),
 917              globalpos.X(), globalpos.Y(), globalpos.Z(), localpos.X(), localpos.Y(), localpos.Z(),
 918              rp->GetDispersion(), lambda[0], lambda[1], nprimaries) ;
 919       for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
 920         printf("%d ", primaries[iprimary] ) ;
 921       }
 922     }
 923
 924     printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n");
 925   }
 926 }