PWG2/FLOW/Documentation/examples/PBS/theNodeScript.sh

   1 #!/bin/sh
   2 # this one runs on the nodes
   3 # works only with the correct submit script!
   4 #
   5 # it expects a shell var $datalistfile with the name of the file holding
   6 # the list of files to process to be exported by the submit script
   7 # also $listoffiles must be present.
   8
   9 #following makes the directories and saves the file with the files for each job
  10 basedir=$PBS_O_WORKDIR/outputStbcAnalysis
  11 [[ ! -d ${basedir} ]] && mkdir ${basedir}
  12 dir=${basedir}/${PBS_JOBID}
  13 [[ ! -d ${dir} ]] && mkdir ${dir}
  14 echo $listoffiles
  15 [[ -f ${dir}/${datalistfile} ]] && rm ${dir}/${datalistfile}
  16 [[ ! -f ${dir}/${datalistfile} ]] && touch ${dir}/${datalistfile}
  17 for x in $listoffiles
  18 do
  19   echo ${x} >> ${dir}/${datalistfile}
  20 done
  21
  22 #change to the proper directory ${dir}
  23 cd ${dir}
  24
  25 ################################################################################
  26 ## YOUR CODE HERE ##, you have $datafile in pwd to work with
  27 ################################################################################
  28 #example:
  29 source /project/alice/alisoft/scripts/setAlice.sh -s /data/alice3/mikolaj/alisoft/releases/trunk/
  30 cp $PBS_O_WORKDIR/runStarFlowAnalysis.C .
  31 root -b -q runStarFlowAnalysis.C\("\"$datalistfile\""\)
  32
  33 ################################################################################