PWG4/macros/AnalysisTrainPWG4Jets.C

   1 //===================== ANALYSIS TRAIN =========================================
   2 // To use: copy this macro to your work directory, modify the global part to match
   3 // your needs, then run root.
   4 //    root[0] .L AnalysisTrain.C
   5 // Grid full mode as below (other modes: test, offline, submit, terminate)
   6 //    root[1] AnalysisTrainPWG-244Jets("grid", "full")
   7 // CAF mode (requires root v5-23-02 + aliroot v4-16-Rev08)
   8 //    root[2] AnalysisTrainPWG4Jets("proof")
   9 // Local mode requires AliESds.root or AliAOD.root in ./data directory
  10 //    root[3] AnalysisTrainPWG4Jets("local")
  11 // In proof and grid modes, a token is needed and sourcing the produced environment file.
  12 //
  13 // If 'saveTrain' flag is set, the train will generate a directory name and run
  14 // in this directory. A configuration file 'ConfigTrain.C' will be generated.
  15 // One can replay at any time the train via:
  16 //    root[1] AnalysisTrainPWG4Jets(ana_mode, plugin_mode, "train_default_<date>/ConfigTrain.C")
  17
  18 // For Usage with fastjet run in "offline" first and then "submit"
  19 // jdl and analysismacro are automatically patched after "offline" mode
  20
  21 // =============================================================================
  22 // ### General Steering variables
  23 // =============================================================================
  24 //== general setup variables
  25 TString     kTrainName         = "testAnalysis"; // *CHANGE ME* (no blancs or special characters)
  26 TString     kJobTag            = "PWG4 Jet Tasks analysis train configured"; // *CHANGE ME*
  27
  28 // Usage of par files ONLY in grid mode and ONLY if the code is not available
  29 // in the deployed AliRoot versions. Par file search path: local dir, if not there $ALICE_ROOT.
  30 // To refresh par files, remove the ones in the workdir, then do "make <target.par>" in
  31 // AliRoot.
  32 Bool_t      kUsePAR             = kFALSE;  // use par files for extra libs
  33 Bool_t      kUseCPAR            = kFALSE;  // use par files for common libs
  34 Bool_t      kFillAOD = kFALSE;  // switch of AOD filling for on the fly analysis
  35
  36 //== general input and output variables
  37 Int_t       iAODanalysis       = 1;      // Analysis on input AOD's
  38 Int_t       iAODhandler        = 1;      // Analysis produces an AOD or dAOD's
  39 Int_t       iESDfilter         = 0;      // ESD to AOD filter (barrel + muon tracks)
  40 Int_t       iPhysicsSelection  = 1;      // ESD to AOD filter (barrel + muon tracks)
  41 Bool_t      kUseKinefilter     = kFALSE; // use Kinematics filter
  42 Bool_t      kUseMuonfilter     = kFALSE; // use Kinematics filter
  43 TString     kCommonOutputFileName = "PWG4_JetTasksOutput.root";
  44
  45
  46 //== general process variables
  47
  48 // ### Other flags to steer the analysis
  49 //==============================================================================
  50 Bool_t      kUseDate            = kFALSE; // use date in train name
  51 Bool_t      kUseDebug           = kTRUE; // activate debugging
  52 Int_t       kUseSysInfo         = 0; // activate debugging
  53 Bool_t      kUseMC              = kTRUE;  // use MC info
  54 Bool_t      kIsMC               = kTRUE;  // is MC info, if false it overwrites Use(AOD)MC
  55 Bool_t      kUseAODMC           = kTRUE;  // use MC infA
  56 Bool_t      kUseESDTags         = kFALSE; // use ESD tags for selection
  57 Bool_t      kUseTR              = kFALSE;  // use track references
  58 Bool_t      kUseAODTags         = kFALSE;  // use AOD tags
  59 Bool_t      kSaveTrain          = kFALSE;  // save train configuration as:
  60
  61 // ### Analysis modules to be included. Some may not be yet fully implemented.
  62 //==============================================================================
  63 Int_t       iJETAN             = 1;      // Jet analysis (PWG4) // 1 write standard 2 write non-standard jets, 3 wrtie both
  64 Int_t       iDIJETAN           = 1;
  65 Int_t       iJETANLib          = 1;
  66 Int_t       iPWG1QASym         = 0;      // Eva's QA task compiled on the fly...
  67 Int_t       iPWG4JetTasks      = 0;      // all jet tasks flag for lib laoding
  68 Int_t       iPWG4JetServices   = 0;      // jet spectrum analysis
  69 Int_t       iPWG4JetSpectrum   = 0;      // jet spectrum analysis
  70 Int_t       iPWG4UE            = 0;      // Underlying Event analysis
  71 Int_t       iPWG4TmpSourceSara = 0;      // Underlying Event analysis
  72 Int_t       iPWG4PtQAMC        = 0;      // Marta's QA tasks
  73 Int_t       iPWG4PtSpectra     = 0;      // Marta's QA tasks
  74 Int_t       iPWG4PtQATPC       = 0;      // Marta's QA tasks
  75 Int_t       iPWG4ThreeJets     = 0;      // Sona's thrust task
  76 Int_t       iPWG4KMeans        = 0;      // Andreas' KMeans task
  77 Int_t       iPWG4Cluster       = 0;      // CKB cluster task
  78 Int_t       iPWG4PartCorrLibs  = 0;      // Gustavo's part corr analysis
  79 Int_t       iPWG4PartCorr      = 0;      // Gustavo's part corr analysis
  80 Int_t       iPWG4CaloQA        = 0;      // Gustavo's part corr analysis
  81 Int_t       iPWG4JetCorr       = 0;     // Paul's jet corr analysis
  82 Int_t       iPWG4Tagged        = 0;      // Gustavo's part corr analysis
  83 Int_t       iPWG4omega3pi      = 0;      // Omega to 3 pi analysis (PWG4)
  84 Int_t       iPWG4GammaConv     = 0;      // Gamma Conversio
  85 Int_t       kHighPtFilterMask  = 16;     // change depending on the used AOD Filter
  86 TString     kDeltaAODJetName   = "AliAOD.Jets.root";
  87 TString     kDeltaAODPartCorrName   = "deltaAODPartCorr.root";
  88
  89
  90 //==============================================================================
  91 // ### PROOF Steering varibales
  92 //==============================================================================
  93 //== proof setup variables
  94 TString     kProofCluster      = "alicecaf.cern.ch";
  95 Bool_t      kProofUseAFPAR     = kFALSE;  // use AF special par file
  96 TString     kProofAFversion          = "AF-v4-17";
  97 //== proof input and output variables
  98 TString     kProofDataSet      = "/COMMON/COMMON/LHC09a4_run8100X#/esdTree";
  99 Bool_t      kProofSaveToAlien   = kFALSE; // save proof outputs in AliEn train_[trainName]_ddMonthyyyy_time.C
 100 TString     kProofOutdir       = "";
 101 Bool_t      kProofClearPackages = kFALSE;
 102 Int_t       kProofEvents = 10000;
 103 Int_t       kProofOffset = 0;
 104 //== proof process variables
 105
 106
 107 //==============================================================================
 108 // ### Grid plugin Steering varibiables
 109 //==============================================================================
 110 //== grid plugin setup variables
 111 Bool_t      kPluginUse         = kTRUE;   // do not change
 112 Bool_t      kPluginUseProductionMode  = kFALSE;   // use the plugin in production mode
 113 TString     kPluginRootVersion       = "v5-25-04-3";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*
 114 TString     kPluginAliRootVersion    = "v4-18-15-AN";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*
 115 // TString kPluginExecutableCommand = "root -b -q";
 116 TString     kPluginExecutableCommand = "source /Users/kleinb/setup_32bit_aliroot_trunk_clean_root_trunk.sh; alienroot -b -q ";
 117 // == grid plugin input and output variables
 118 TString     kGridDatadir      = "/alice/sim/PDC_08b/LHC09a1/AOD/";
 119 TString     kGridLocalRunList = "";
 120 TString     kGridOutdir       = ""; // AliEn output directory. If blank will become output_<kTrainName>
 121 Int_t       kGridRunRange[2]       =  {0, -1}; // Set the run range
 122 TString     kGridRunPattern        = "%03d"; // important for leading zeroes!!
 123 TString     kGridPassPattern       = "";
 124 TString     kGridExtraFiles        = ""; // files that will be added to the input list in the JDL...
 125 Int_t       kGridMaxMergeFiles      = 50; // Number of files merged in a chunkgridrunragn
 126 TString     kGridMergeExclude       = "AliAOD.root"; // Files that should not be merged
 127 TString     kGridOutputStorages      = "ALICE::NIHAM::File,ALICE::CNAF::SE,ALICE::FZK::SE,ALICE::GSI::SE,ALICE::Legnaro::SE"; // Make replicas on the storages
 128 // == grid process variables
 129 Int_t       kGridRunsPerMaster     = 100; // Number of runs per master job
 130 Int_t       kGridFilesPerJob       = 100; // Maximum number of files per job (gives size of AOD)
 131
 132 //==============================================================================
 133 // ### Local Steering variables
 134 //==============================================================================
 135 //== local setup variables
 136 //== local input and output variables
 137 TString     kLocalXMLDataset   = ""; // Change local xml dataset for local interactive analysis
 138 TString     kLocalDataList   = "local_deltaaod.txt"; // Change local xml dataset for local interactive analysis
 139 // == local process variables
 140
 141
 142
 143 // Temporaries.
 144 TString anaPars = "";
 145 TString anaLibs = "";
 146 TString anaLibsExtra = "";
 147 TString anaSources = "";
 148 // Function signatures
 149 class AliAnalysisAlien;
 150
 151 //______________________________________________________________________________
 152 void AnalysisTrainPWG4Jets(const char *analysis_mode="local",
 153                            const char *plugin_mode="",
 154                            const char *config_file="",Int_t iOffset = 0)
 155 {
 156 // Main analysis train macro. If a configuration file is provided, all parameters
 157 // are taken from there but may be altered by CheckModuleFlags.
 158    if (strlen(config_file) && !LoadConfig(config_file)) return;
 159    if(iOffset)kProofOffset = iOffset;
 160    TString smode(analysis_mode);
 161    smode.ToUpper();
 162    if (kSaveTrain)WriteConfig();
 163    // Check compatibility of selected modules
 164    CheckModuleFlags(smode);
 165    //   gROOT->ProcessLine(".trace");
 166
 167    printf("==================================================================\n");
 168    printf("===========    RUNNING ANALYSIS TRAIN %s IN %s MODE   ==========\n", kTrainName.Data(),smode.Data());
 169    printf("==================================================================\n");
 170    printf("=  Configuring analysis train for:                               =\n");
 171    if (iAODanalysis) printf("=  AOD analysis                                                  =\n");
 172    else              printf("=  ESD analysis                                                  =\n");
 173    if (iPhysicsSelection)   printf("=  Physics selection                                                    =\n");
 174    if (iESDfilter)   printf("=  ESD filter                                                    =\n");
 175    if (iJETAN)       printf("=  Jet analysis                                                  =\n");
 176    printf("==================================================================\n");
 177    printf(":: use Fill AOD      %d\n", (UInt_t)kFillAOD);
 178    printf(":: use MC truth      %d\n", (UInt_t)kUseMC);
 179    printf(":: use KINE filter   %d\n", (UInt_t)kUseKinefilter);
 180    printf(":: use track refs    %d\n", (UInt_t)kUseTR);
 181    printf(":: use tags          %d\n", (UInt_t)kUseESDTags);
 182    printf(":: use AOD tags      %d\n", (UInt_t)kUseAODTags);
 183    printf(":: use debugging     %d\n", (UInt_t)kUseDebug);
 184    printf(":: use PAR files     %d\n", (UInt_t)kUsePAR);
 185    printf(":: use AliEn plugin  %d\n", (UInt_t)kPluginUse);
 186    printf(":: use PWG1 QA sym       %d\n", iPWG1QASym);
 187    printf(":: use PWG4 Source Sara  %d\n",iPWG4TmpSourceSara);
 188    printf(":: use PWG4 Jet tasks    %d\n",iPWG4JetTasks);
 189    printf(":: use PWG4 Jet Services %d\n",iPWG4JetServices);
 190    printf(":: use PWG4 Jet Spectrum %d\n",iPWG4JetSpectrum);
 191    printf(":: use PWG4 UE           %d \n",iPWG4UE);
 192    printf(":: use PWG4 Pt QA MC     %d\n",iPWG4PtQAMC);
 193    printf(":: use PWG4 Pt Spectra   %d\n",iPWG4PtSpectra);
 194    printf(":: use PWG4 Pt QA TPC    %d\n",iPWG4PtQATPC);
 195    printf(":: use PWG4 Three Jets   %d\n",iPWG4ThreeJets);
 196    printf(":: use PWG4 KMeans       %d\n",iPWG4KMeans);
 197    printf(":: use PWG4 Cluster       %d\n",iPWG4Cluster);
 198    printf(":: use PWG4 Part Corr    %d\n",iPWG4PartCorr);
 199    printf(":: use PWG4 Calo QA    %d\n",iPWG4CaloQA);
 200    printf(":: use PWG4 Jet Corr    %d\n",iPWG4JetCorr);
 201    printf(":: use PWG4 Tagged       %d\n",iPWG4Tagged);
 202    printf(":: use PWG4 omega to 3 pions %d\n",iPWG4omega3pi);
 203
 204    printf(":: use PWG4 Gamma Conv   %d\n",iPWG4GammaConv);
 205    printf(":: use HighPt FilterMask %d\n",kHighPtFilterMask);
 206
 207
 208    //==========================================================================
 209    // Connect to back-end system
 210    if (!Connect(smode)) {
 211       ::Error("AnalysisTrain", "Could not connect to %s back-end", analysis_mode);
 212       return;
 213    }
 214
 215    // Load common libraries and set include path
 216    if (!LoadCommonLibraries(smode)) {
 217       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load common libraries");
 218       return;
 219    }
 220
 221    // Make the analysis manager and connect event handlers
 222    AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("PWG4Train", "pwg4 mini train");
 223    if (kCommonOutputFileName.Length()>0)mgr->SetCommonFileName(kCommonOutputFileName.Data());
 224    if (kProofSaveToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(kProofOutdir);
 225    if (!strcmp(plugin_mode, "test")) mgr->SetNSysInfo(1);
 226    if (kUseSysInfo)mgr->SetNSysInfo(kUseSysInfo);
 227    // Load analysis specific libraries
 228    if (!LoadAnalysisLibraries(smode)) {
 229       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load analysis libraries");
 230      return;
 231    }
 232
 233    // Create input handler (input container created automatically)
 234    if (iAODanalysis) {
 235    // AOD input handler
 236       AliAODInputHandler *aodH = new AliAODInputHandler();
 237       mgr->SetInputEventHandler(aodH);
 238       if (iPWG4JetTasks) aodH->AddFriend(Form("deltas/%s",kDeltaAODJetName.Data()));
 239       if (iPWG4PartCorr) aodH->AddFriend(Form("deltas/%s"kDeltaAODJetName.Data()));
 240    } else {
 241    // ESD input handler
 242       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
 243       if (kUseESDTags) esdHandler->SetReadTags();
 244       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
 245       if(iPWG4PtQATPC)esdHandler->SetActiveBranches("ESDfriend");
 246    }
 247
 248    // Monte Carlo handler
 249    if (kUseMC && !iAODanalysis) {
 250       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
 251       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
 252       mcHandler->SetReadTR(kUseTR);
 253    }
 254    // AOD output container, created automatically when setting an AOD handler
 255    if (iAODhandler) {
 256       // AOD output handler
 257       AliAODHandler* aodHandler   = new AliAODHandler();
 258       aodHandler->SetOutputFileName("AliAOD.root");
 259       aodHandler->SetFillAOD(kFillAOD);
 260
 261       mgr->SetOutputEventHandler(aodHandler);
 262       //
 263       if (iAODanalysis) {
 264
 265         //         aodHandler->SetCreateNonStandardAOD();
 266         //      if (iJETAN)aodHandler->SetOutputFileName(kDeltaAODJetName.Data());
 267       }
 268       AliAnalysisDataContainer * cout_aod = mgr->GetCommonOutputContainer();
 269       cout_aod->SetSpecialOutput();
 270    }
 271    // Debugging if needed
 272    if (kUseDebug) mgr->SetDebugLevel(3);
 273
 274    //==========================================================================
 275    // Create the chain. In this example it is created only from ALIEN files but
 276    // can be done to work in batch or grid mode as well.
 277    TChain *chain = CreateChain(smode, plugin_mode);
 278
 279    //==========================================================================
 280    // Load the tasks configuration macros for all wagons. These files are supposed now to be
 281    // in the current workdir, but in AliEn they will be in the file catalog,
 282    // mapped from AliRoot and pecified in the jdl input list.
 283
 284    // For now connection to top input container and common AOD output container
 285    // is done in this macro, but in future these containers will be connected
 286    // from each task configuration macro.
 287
 288    if(iPhysicsSelection && !iAODanalysis){
 289      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskPhysicsSelection.C");
 290      AliPhysicsSelectionTask* physSelTask = AddTaskPhysicsSelection(kIsMC,kTRUE);
 291    }
 292
 293    if (iESDfilter && !iAODanalysis) {
 294       //  ESD filter task configuration.
 295       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskESDFilter.C");
 296       AliAnalysisTaskESDfilter *taskesdfilter = AddTaskESDFilter(kUseKinefilter,kUseMuonfilter);
 297    }
 298
 299    // AOD tags
 300    if (kUseAODTags) {
 301       AliAnalysisTaskTagCreator* tagTask = new AliAnalysisTaskTagCreator("AOD Tag Creator");
 302       mgr->AddTask(tagTask);
 303       AliAnalysisDataContainer *coutTags = mgr->CreateContainer("cTag",  TTree::Class(),
 304                                            AliAnalysisManager::kOutputContainer, "AOD.tag.root");
 305       mgr->ConnectInput (tagTask, 0, mgr->GetCommonInputContainer());
 306       mgr->ConnectOutput(tagTask, 1, coutTags);
 307    }
 308
 309     // Jet analysis
 310    if (iJETAN) {
 311       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJets.C");
 312       AliAnalysisTaskJets *taskjets = 0;
 313       if(iJETAN&1)taskjets = AddTaskJets(kHighPtFilterMask);
 314       if(iJETAN&2){
 315         UInt_t selection = 0;
 316         if(!kFillAOD) selection = 0xffffff; //&~(1<<13);
 317         else selection = 1<<0|1<<1|1<<2|1<<3|1<<4|1<<5|1<<6|1<<7|1<<8|1<<9;
 318         AddTaskJetsDelta(kDeltaAODJetName.Data(),kHighPtFilterMask,kUseAODMC,selection);
 319       }
 320       if (!taskjets) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 321    }
 322
 323    if (iDIJETAN) {
 324       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskDiJets.C");
 325       AliAnalysisTaskDiJets *taskdijets = 0;
 326       taskdijets = AddTaskDiJets();
 327       if (!taskdijets) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 328    }
 329
 330
 331    if(iPWG1QASym){
 332      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/prod/acrcaf/qa_pp/AddTaskQAsym.C");
 333      AliAnalysisTaskQASym *taskQASym = AddTaskQAsym(-1);
 334      if (!taskQASym) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQASym cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 335    }
 336
 337
 338
 339    if(iPWG4TmpSourceSara){
 340      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskEta.C");
 341      AliAnalysisTaskEta *taskEta = AddTaskEta();
 342      if (!taskEta) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskEta cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 343    }
 344
 345
 346    if(iPWG4JetServices){
 347      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetServices.C");
 348      AliAnalysisTaskJetServices *taskjetServ = 0;
 349      taskjetServ = AddTaskJetServices();
 350      if (!taskjetServ) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJetServices cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 351      if(kGridRunRange[0]>0)taskjetServ->SetRunRange(kGridRunRange[0],kGridRunRange[1]);
 352      else taskjetServ->SetRunRange(104000,105000);
 353      if(!kIsMC) taskjetServ->SetRealData(kTRUE);
 354      if(!iPhysicsSelection)taskjetServ->SetUsePhysicsSelection(kFALSE);
 355    }
 356
 357
 358    if(iPWG4JetSpectrum){
 359      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetSpectrum2.C");
 360      AliAnalysisTaskJetSpectrum2 *taskjetSpectrum = 0;
 361      if(iPWG4JetSpectrum&1){
 362        taskjetSpectrum = AddTaskJetSpectrum2("jets","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 363        if(!iAODanalysis){
 364          taskjetSpectrum = AddTaskJetSpectrum2("jets","tracks32",32,iPhysicsSelection);       // tmp hack to give it a different name
 365          taskjetSpectrum = AddTaskJetSpectrum2("jets","tracks64",64,iPhysicsSelection);
 366        }
 367        if (!taskjetSpectrum) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJetSpectrum2 cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 368        taskjetSpectrum->SetDebugLevel(0);
 369      }
 370
 371      if(iPWG4JetSpectrum&2){
 372        UInt_t selection = 0;
 373        if(!iAODanalysis) selection = 0xffffff;
 374        else selection = 1<<0|1<<1|1<<2|1<<3|1<<4|1<<5|1<<7|1<<8|1<<9;
 375        AddTaskJetSpectrum2Delta(kHighPtFilterMask,kUseAODMC,iPhysicsSelection,selection);
 376      }
 377      if(iJETAN&3&&!kFillAOD&!iAODanalysis){
 378        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT00","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 379        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT01","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 380        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT02","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 381        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT06","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 382        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT08","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 383        if(kIsMC){
 384          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT00","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 385          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT01","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 386          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT02","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 387          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT06","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 388          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT08","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 389        }
 390      }
 391    }
 392
 393    if(iPWG4UE){
 394      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskUE.C");
 395      AliAnalysisTaskUE *taskUE = 0;
 396      if(iPWG4UE&1)taskUE = AddTaskUE();
 397      if(iPWG4UE&2){
 398        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_CDF07","CDF","LJ","TRANSV");
 399        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_UA1LO07","CDF","LJ","TRANSV");
 400        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_UA1LO07","CDF","BB","TRANSV");
 401        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_FASTKT04","CDF","LJ","TRANSV");
 402        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_FASTJET04","CDF","LJ","TRANSV");
 403        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_SISCONE04","CDF","LJ","TRANSV");
 404        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_CDF07","ALICE","LJ","TRANSV");
 405        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_UA1LO07","ALICE","LJ","TRANSV");
 406        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_UA1LO07","ALICE","BB","TRANSV");
 407        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_FASTKT04","ALICE","LJ","TRANSV");
 408        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_FASTJET04","ALICE","LJ","TRANSV");
 409        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_SISCONE04","ALICE","LJ","TRANSV");
 410      }
 411
 412      if (!taskUE) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskUE cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 413    }
 414
 415    if(iPWG4ThreeJets){
 416      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskThreeJets.C");
 417      AliAnalysisTaskThreeJets *taskThree = AddTaskThreeJets();
 418      if(!taskThree)::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskThreets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 419    }
 420
 421    if(iPWG4PtQAMC){
 422      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtQAMC.C");
 423      AliPWG4HighPtQAMC *taskQAMC = AddTaskPWG4HighPtQAMC();
 424      if (!taskQAMC) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQAMC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 425    }
 426
 427    if(iPWG4PtQATPC){
 428      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtQATPConly.C");
 429      AliPWG4HighPtQATPConly *taskQATPC = AddTaskPWG4HighPtQATPConly();
 430      if (!taskQATPC) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQATPC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 431    }
 432
 433    if(iPWG4PtSpectra){
 434      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtSpectra.C");
 435      AliPWG4HighPtSpectra *taskPtSpectra = AddTaskPWG4HighPtSpectra();
 436      if (!taskPtSpectra) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskPtSpectra cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 437    }
 438
 439    if(iPWG4KMeans){
 440      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskKMeans.C");
 441      AliAnalysisTaskKMeans *taskKMeans = AddTaskKMeans();
 442      if (!taskKMeans) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskKMenans cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 443    }
 444
 445    if(iPWG4Cluster){
 446      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetCluster.C");
 447      AliAnalysisTaskJetCluster *taskCl = 0;
 448      if(iPWG4Cluster&1)taskCl = AddTaskJetCluster("AOD","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 449      if(iPWG4Cluster&2){
 450        UInt_t selection = 0;
 451        if(!iAODanalysis) selection = 0xffffff;
 452        else selection = 1<<0|1<<1|1<<2|1<<3|1<<4|1<<5|1<<7|1<<8|1<<9;
 453        AddTaskJetClusterDelta(kHighPtFilterMask,kUseAODMC,iPhysicsSelection,selection);
 454      }
 455      if (!taskCl) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskCluster cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 456
 457    }
 458
 459    if(iPWG4PartCorr){
 460      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPartCorr.C");
 461      AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrPHOS = AddTaskPartCorr("AOD", "PHOS",kFALSE,kIsMC);
 462      if (!taskpartcorrPHOS) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation PHOS cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 463      AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrEMCAL = AddTaskPartCorr("AOD", "EMCAL",kFALSE,kIsMC);
 464      if (!taskpartcorrEMCAL) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation EMCAL cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 465      if(kDeltaAODPartCorrName.Length()>0)mgr->RegisterExtraFile(kDeltaAODPartCorrName.Data()); // hmm this is written anyway.... but at least we do not register it...
 466    }
 467
 468    if(iPWG4CaloQA){
 469      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/QA/AddTaskCalorimeterQA.C");
 470      AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskcaloQA =  AddTaskCalorimeterQA("ESD",kFALSE,kIsMC);
 471      if(!taskcaloQA)::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation QA cannot run - EXCLUDED");
 472    }
 473
 474
 475    if(iPWG4JetCorr){
 476      //     using namespace JetCorrelHD;
 477
 478      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetCorrel.C");
 479      AliAnalysisTaskJetCorrel *taskjetcorr = AddTaskJetCorrel();
 480      if (!taskpartcorrEMCAL) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskJetCorrel  cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 481    }
 482
 483
 484    if(iPWG4Tagged){
 485      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskTaggedPhotons.C");
 486      AliAnalysisTaskTaggedPhotons * taskTagged = AddTaskTaggedPhotons(kFALSE); // EMCAL
 487      //     taskTagged = AddTaskTaggedPhotons(kTRUE); // PHOS
 488      if (!taskTagged) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskTaggedPhotons  cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 489    }
 490
 491    if (iPWG4omega3pi) {
 492      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskomega3pi.C");
 493      AliAnalysisTaskOmegaPi0PiPi *taskomega3pi = AddTaskomega3pi();
 494      if (!taskomega3pi) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskomega3pi cannot run\
 495  for these train conditions - EXCLUDED");
 496    }
 497
 498
 499    // PWG4 gamma conversion analysis
 500    if (iPWG4GammaConv) {
 501       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskGammaConversion.C");
 502       TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
 503       gSystem->ChangeDirectory(gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/"));
 504       //      TString gcArguments = "-run-on-train -run-jet -run-chic -run-neutralmeson -run-cf";
 505       TString gcArguments = "-run-on-train -run-jet -run-neutralmeson -run-cf -use-own-xyz -bg-off";
 506       if(!kIsMC)gcArguments += " -mc-off";
 507       AliAnalysisTaskGammaConversion * taskGammaConversion = AddTaskGammaConversion(gcArguments,mgr->GetCommonInputContainer());
 508       gSystem->ChangeDirectory(cdir);
 509       taskGammaConversion->SelectCollisionCandidates();
 510       if (!taskGammaConversion) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskGammaConversion cannot run for these train conditions - EXCLUDED");
 511    }
 512
 513    //==========================================================================
 514    // FOR THE REST OF THE TASKS THE MACRO AddTaskXXX() is not yet implemented/
 515    // Run the analysis
 516    //
 517    if (kPluginUse) {
 518       AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
 519       AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
 520    }
 521
 522    if (mgr->InitAnalysis()) {
 523      mgr->PrintStatus();
 524      // if (kSaveTrain || strlen(config_file)) gSystem->ChangeDirectory(kTrainName);
 525      if (!strcmp(plugin_mode,"submit")&&smode=="GRID"){
 526        TString alien_workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
 527        if (iAODanalysis) alien_workdir += "analysisAOD";
 528        else              alien_workdir += "analysisESD";
 529        AliAnalysisAlien *gridhandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
 530        printf("=== AnalysisTrainPWG4Jets:: Registering jdl in the work directory alien://%s/%s, should be done by the manager! ===\n",
 531               alien_workdir.Data(),gridhandler->GetGridOutputDir());
 532        TFile::Cp(Form("file:%s.jdl",kTrainName.Data()), Form("alien://%s/%s/%s.jdl",alien_workdir.Data(),
 533                                                              gridhandler->GetGridOutputDir(),kTrainName.Data()));
 534      }
 535
 536      StartAnalysis(smode, chain);
 537      if (!strcmp(plugin_mode, "offline")&&smode=="GRID"){
 538        // Offline mode path files
 539        //       PatchJDL();
 540        PatchAnalysisMacro();
 541      }
 542
 543      if (kSaveTrain && smode=="GRID") {
 544        AliAnalysisAlien *gridhandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
 545        TString alien_workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
 546        if (iAODanalysis) alien_workdir += "analysisAOD";
 547          else              alien_workdir += "analysisESD";
 548        //     kGridOutdir = gridhandler->GetGridOutputDir();
 549        printf("=== Registering ConfigTrain.C in the work directory <%s> ===\n",
 550                 alien_workdir.Data());
 551        if (AliAnalysisAlien::FileExists(Form("%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data())))
 552          gGrid->Rm(Form("%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data()));
 553        if (strcmp(plugin_mode, "test"))
 554          TFile::Cp(Form("file:%sConfig.C",kTrainName.Data()), Form("alien://%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data()));
 555      }
 556    }
 557 }
 558
 559 //______________________________________________________________________________
 560 void StartAnalysis(const char *mode, TChain *chain) {
 561 // Start analysis.
 562    Int_t imode = -1;
 563    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
 564    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 565    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 566    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 567    switch (imode) {
 568       case 0:
 569          if (!chain) {
 570             ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
 571             return;
 572          }
 573          mgr->StartAnalysis(mode, chain);
 574          return;
 575       case 1:
 576          if (!kProofDataSet.Length()) {
 577             ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "kProofDataSet is empty");
 578             return;
 579          }
 580          mgr->StartAnalysis(mode, kProofDataSet, kProofEvents,kProofOffset);
 581          return;
 582       case 2:
 583          if (kPluginUse) {
 584             if (!mgr->GetGridHandler()) {
 585                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Grid plugin not initialized");
 586                return;
 587             }
 588             mgr->StartAnalysis("grid");
 589          } else {
 590             if (!chain) {
 591                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
 592                return;
 593             }
 594             mgr->StartAnalysis(mode, chain);
 595          }
 596          return;
 597    }
 598 }
 599
 600 //______________________________________________________________________________
 601 void CheckModuleFlags(const char *mode) {
 602 // Checks selected modules and insure compatibility
 603    Int_t imode = -1;
 604    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 605    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 606    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 607
 608
 609    if (kUseCPAR) {
 610      kPluginAliRootVersion    = ""; // NO aliroot if we use CPAR
 611    }
 612
 613    if (imode==1) {
 614       if (!kUsePAR) {
 615          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PAR files enabled due to PROOF analysis");
 616          kUsePAR = kTRUE;
 617       }
 618    }
 619    if (imode != 2) {
 620       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "AliEn plugin disabled since not in GRID mode");
 621       kPluginUse = kFALSE;
 622    }
 623
 624
 625    if(!kIsMC){
 626      // switch off anthin related to MC
 627      kUseMC = 0;
 628      kUseAODMC = 0;
 629      kUseTR = kFALSE;
 630    }
 631
 632    if (iAODanalysis) {
 633    // AOD analysis
 634       if (kUseMC)
 635          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "MC usage disabled in analysis on AOD's");
 636       if (kUseAODTags)
 637          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "AOD tags usage disabled in analysis on AOD's");
 638       kUseMC = kFALSE;
 639       kUseTR = kFALSE;
 640       kUseAODTags = kFALSE;
 641       if (iESDfilter)
 642          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "ESD filter disabled in analysis on AOD's");
 643       iESDfilter   = 0;
 644       if (iPhysicsSelection)
 645          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "Physics Selection disabled in analysis on AOD's");
 646       iPhysicsSelection   = 0;
 647       if (!iAODhandler) {
 648          if (iJETAN)
 649             ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "JETAN disabled in analysis on AOD's without AOD handler");
 650          iJETAN = 0;
 651          iDIJETAN = 0;
 652       }
 653       // Disable tasks that do not work yet on AOD data
 654       if( iPWG4PtQAMC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis on AOD's");
 655       iPWG4PtQAMC        = 0;
 656       if( iPWG4PtQATPC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtTPC disabled in analysis on AOD's");
 657       iPWG4PtQATPC        = 0;
 658       if( iPWG4PtSpectra)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis on AOD's");
 659       iPWG4PtSpectra     = 0;
 660       if(iPWG4KMeans)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4KMeans disabled on AOD's");
 661       iPWG4KMeans       = 0;
 662       if (iPWG4JetCorr)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4Jetcorr disabled on AOD's");
 663       iPWG4JetCorr = 0;
 664       if (iPWG4PartCorr)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4partcorr disabled on AOD's");
 665       iPWG4PartCorr = 0;
 666       if (iPWG4CaloQA)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4CaloQA disabled on AOD's");
 667       iPWG4CaloQA = 0;
 668       if (iPWG4Tagged)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4tagged disabled on AOD's");
 669       iPWG4Tagged = 0;
 670       if (iPWG4omega3pi)
 671         ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG4omega3pi disabled on AOD's");
 672       iPWG4omega3pi = 0;
 673       if(iPWG1QASym)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG1 QA Sym disabled in analysis on AOD's");
 674       if (iPWG4GammaConv)::Info("AnalysisPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4gammaconv disabled on AOD's");
 675       iPWG4GammaConv = 0;
 676       iPWG1QASym     = 0;
 677    } else {
 678    // ESD analysis
 679      if (!kUseMC){
 680        kUseTR = kFALSE;
 681
 682        if(kUseKinefilter)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 Kine Filter disabled in analysis without MC");
 683        kUseKinefilter = kFALSE;
 684        if( iPWG4PtQAMC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis without MC");
 685        iPWG4PtQAMC        = 0;
 686
 687      }
 688      if (!kUseTR) {
 689        //         ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "iPWG2evchar disabled if not reading track references");
 690      }
 691      if (iJETAN){
 692        iESDfilter=1;
 693      }
 694       if (!iESDfilter){
 695         kUseKinefilter = kFALSE;
 696         kUseMuonfilter = kFALSE;
 697       }
 698       if(!iJETAN){
 699         iPWG4JetSpectrum = iPWG4UE = iPWG4ThreeJets = iDIJETAN = 0;
 700       }
 701    }
 702    iPWG4JetTasks = iPWG4JetServices||iPWG4JetSpectrum||iPWG4UE||iPWG4PtQAMC||iPWG4PtSpectra||iPWG4PtQATPC||iPWG4ThreeJets;
 703    iPWG4PartCorrLibs = iPWG4PartCorr||iPWG4Tagged||iPWG4CaloQA;
 704    iJETANLib = iPWG4JetTasks||iJETAN||iDIJETAN;
 705    if (iESDfilter) {iAODhandler=1;}
 706    if (kUseKinefilter && !kUseMC) kUseKinefilter = kFALSE;
 707    if (kUseAODTags && !iAODhandler) kUseAODTags = kFALSE;
 708
 709
 710
 711 }
 712
 713 //______________________________________________________________________________
 714 Bool_t Connect(const char *mode) {
 715 // Connect <username> to the back-end system.
 716    Int_t imode = -1;
 717    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 718    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 719    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 720    TString username = gSystem->Getenv("alien_API_USER");
 721    switch (imode) {
 722       case 0:
 723          break;
 724       case 1:
 725          if  (!username.Length()) {
 726             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Make sure you:\n \
 727                            1. Have called: alien-token-init <username>\n \
 728                            2. Have called: >source /tmp/gclient_env_$UID");
 729             return kFALSE;
 730          }
 731          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Connecting user <%s> to PROOF cluster <%s>",
 732                 username.Data(), kProofCluster.Data());
 733          gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy", "2");
 734 //         TProof::Open(Form("%s@%s:31093", username.Data(), kProofCluster.Data()));
 735          TProof::Open(Form("%s@%s", username.Data(), kProofCluster.Data()));
 736          if (!gProof) {
 737             if (strcmp(gSystem->Getenv("XrdSecGSISRVNAMES"), "lxfsrd0506.cern.ch"))
 738                ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Environment XrdSecGSISRVNAMES different from lxfsrd0506.cern.ch");
 739             return kFALSE;
 740          }
 741          if(kProofClearPackages)gProof->ClearPackages();
 742
 743          if(kProofSaveToAlien){
 744            TGrid::Connect("alien://");
 745            if (gGrid) {
 746              TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
 747              TString workdir = homedir + kTrainName;
 748              if (!gGrid->Cd(workdir)) {
 749                gGrid->Cd(homedir);
 750                if (gGrid->Mkdir(workdir)) {
 751                  gGrid->Cd(kTrainName);
 752                  ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
 753                }
 754              }
 755              gGrid->Mkdir("proof_output");
 756              gGrid->Cd("proof_output");
 757              kProofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
 758            }
 759          }
 760          break;
 761       case 2:
 762          if  (!username.Length()) {
 763             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Make sure you:\n \
 764                            1. Have called: alien-token-init <username>\n \
 765                            2. Have called: >source /tmp/gclient_env_$UID");
 766             return kFALSE;
 767          }
 768          if (kPluginUse && !gSystem->Getenv("alien_CLOSE_SE")) {
 769             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode),
 770                            "When using the AliEn plugin it is preferable to define the \
 771                            variable alien_CLOSE_SE in your environment.");
 772             return kFALSE;
 773          }
 774          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Connecting user <%s> to AliEn ...",
 775                 username.Data());
 776          TGrid::Connect("alien://");
 777          if (!gGrid || !gGrid->IsConnected()) return kFALSE;
 778          break;
 779       default:
 780          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Unknown run mode: %s", mode);
 781          return kFALSE;
 782    }
 783    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect","Connected in %s mode", mode);
 784    return kTRUE;
 785 }
 786
 787 //______________________________________________________________________________
 788 Bool_t LoadCommonLibraries(const char *mode)
 789 {
 790 // Load common analysis libraries.
 791    Int_t imode = -1;
 792    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 793    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 794    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 795    if (!gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) {
 796       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommonLibraries", "Analysis train requires that analysis libraries are compiled with a local AliRoot");
 797       return kFALSE;
 798    }
 799    Bool_t success = kTRUE;
 800    // ROOT libraries
 801    gSystem->Load("libTree.so");
 802    gSystem->Load("libGeom.so");
 803    gSystem->Load("libVMC.so");
 804    gSystem->Load("libPhysics.so");
 805
 806    // Load framework classes. Par option ignored here.
 807    switch (imode) {
 808       case 0:
 809       case 2:
 810          if (kUseCPAR) {
 811             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode, kTRUE);
 812             success &= LoadLibrary("ESD", mode, kTRUE);
 813             success &= LoadLibrary("AOD", mode, kTRUE);
 814             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode, kTRUE);
 815             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode, kTRUE);
 816             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode, kTRUE);
 817          } else {
 818             success &= LoadLibrary("libSTEERBase.so", mode);
 819             success &= LoadLibrary("libESD.so", mode);
 820             success &= LoadLibrary("libAOD.so", mode);
 821             success &= LoadLibrary("libANALYSIS.so", mode);
 822             success &= LoadLibrary("libANALYSISalice.so", mode);
 823             success &= LoadLibrary("libCORRFW.so", mode);
 824             gROOT->ProcessLine(".include $ALICE_ROOT/include");
 825          }
 826          break;
 827       case 1:
 828          Int_t ires = -1;
 829          if (kProofUseAFPAR && !gSystem->AccessPathName(kProofAFversion)) ires = gProof->UploadPackage(kProofAFversion);
 830          if (ires < 0) {
 831             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode);
 832             success &= LoadLibrary("ESD", mode);
 833             success &= LoadLibrary("AOD", mode);
 834             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode);
 835             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode);
 836             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
 837          } else {
 838             ires = gProof->EnablePackage(kProofAFversion);
 839             if (ires<0) success = kFALSE;
 840             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
 841          }
 842          break;
 843       default:
 844          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommonLibraries", "Unknown run mode: %s", mode);
 845          return kFALSE;
 846    }
 847    if (success) {
 848       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    SUCCESS");
 849       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Include path for Aclic compilation:\n%s",
 850               gSystem->GetIncludePath());
 851    } else {
 852       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    FAILED");
 853    }
 854
 855    return success;
 856 }
 857
 858 //______________________________________________________________________________
 859 Bool_t LoadAnalysisLibraries(const char *mode)
 860 {
 861 // Load common analysis libraries.
 862    Bool_t success = kTRUE;
 863    if (iESDfilter) {
 864       if (!LoadLibrary("PWG3base", mode, kTRUE) ||
 865           !LoadLibrary("PWG3muon", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 866    }
 867    // JETAN
 868    if (iJETANLib) {
 869      // this part needs some rework in case we do not need the fastjed finders for processing
 870      if (!LoadLibrary("JETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 871      if (!strcmp(mode, "PROOF")){
 872        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libCGAL.so\"\)", kTRUE);
 873        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libfastjet.so\"\)", kTRUE);
 874        // problem when loading siscone copiled with different gcc version??
 875        // gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libsiscone.so\"\)", kTRUE);
 876        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libSISConePlugin.so\"\)", kTRUE);
 877      }
 878      if(!kUsePAR){
 879        if (!LoadLibrary("CGAL", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 880        if (!LoadLibrary("fastjet", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 881        if (!LoadLibrary("siscone", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 882        if (!LoadLibrary("SISConePlugin", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 883      }
 884      else{
 885        // par files plus FASTJET needs some extra work... need to change
 886        // the loading sequence in the auto generated .C file
 887        if (!LoadLibrary("libCGAL.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 888        if (!LoadLibrary("libfastjet.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 889        if (!LoadLibrary("libsiscone.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 890        if (!LoadLibrary("libSISConePlugin.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 891      }
 892      if (!LoadLibrary("FASTJETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 893    }
 894    if(iPWG4JetTasks){
 895      // PWG4 particle correlations
 896      if (!LoadLibrary("PWG4JetTasks", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 897    }
 898    if(iPWG1QASym){
 899      if (!LoadSource(Form("%s/PWG1/AliAnalysisTaskQASym.cxx",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT")), mode, kTRUE))return kFALSE;
 900    }
 901    if(iPWG4TmpSourceSara){
 902      //  gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/include/JetTasks"); // ugly hack!!
 903      if(!LoadSource(Form("%s/PWG4/JetTasks/AliAnalysisTaskEta.cxx",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT")), mode, kTRUE))return kFALSE;
 904    }
 905    if (iPWG4PartCorrLibs) {
 906       if (!LoadLibrary("EMCALUtils", mode, kTRUE) ||
 907           !LoadLibrary("PHOSUtils", mode, kTRUE) ||
 908           !LoadLibrary("PWG4PartCorrBase", mode, kTRUE) ||
 909           !LoadLibrary("PWG4PartCorrDep", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 910    }
 911    if (iPWG4JetCorr) {
 912      if (!LoadLibrary("PWG4JetCorrel", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 913    }
 914    if (iPWG4omega3pi) {
 915      if (!LoadLibrary("PWG4omega3pi", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 916    }
 917    if (iPWG4GammaConv) {
 918       if (!LoadLibrary("PWG4GammaConv", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 919    }
 920
 921    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadAnalysisLibraries", "Load other libraries:   SUCCESS");
 922    return kTRUE;
 923 }
 924
 925 //______________________________________________________________________________
 926 Bool_t LoadLibrary(const char *module, const char *mode, Bool_t rec=kFALSE)
 927 {
 928 // Load a module library in a given mode. Reports success.
 929    Int_t imode = -1;
 930    Int_t result;
 931    TString smodule(module);
 932    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 933    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 934    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 935    TString mod(module);
 936    if (!mod.Length()) {
 937       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Empty module name");
 938       return kFALSE;
 939    }
 940    // If a library is specified, just load it
 941    if (smodule.EndsWith(".so")) {
 942       mod.Remove(mod.Index(".so"));
 943       result = gSystem->Load(mod);
 944       if (result < 0) {
 945          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not load library %s", module);
 946          return kFALSE;
 947       }
 948       if (rec) anaLibs += Form("%s.so ",mod.Data());
 949       if (rec) anaLibsExtra += Form("%s.so ",mod.Data());
 950       return kTRUE;
 951    }
 952    // Check if the library is already loaded
 953    if (strlen(gSystem->GetLibraries(Form("%s.so", module), "", kFALSE)) > 0)
 954       return kTRUE;
 955    switch (imode) {
 956       case 0:
 957       case 2:
 958          if (kUsePAR) {
 959             result = SetupPar(module);
 960             if (rec) anaPars += Form("%s.par ", module);
 961          } else {
 962             result = gSystem->Load(Form("lib%s.so", module));
 963             if (rec) anaLibs += Form("lib%s.so ", module);
 964          }
 965          break;
 966       case 1:
 967         if(!gSystem->AccessPathName(module)){
 968           ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Removing directory %s",module);
 969           gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",module));
 970         }
 971          result = gProof->UploadPackage(module);
 972          if (result<0) {
 973             result = gProof->UploadPackage(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", module)));
 974             if (result<0) {
 975                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not find module %s.par in current directory nor in $ALICE_ROOT", module);
 976                return kFALSE;
 977             }
 978          }
 979          result = gProof->EnablePackage(module);
 980          break;
 981       default:
 982          return kFALSE;
 983    }
 984    if (result < 0) {
 985       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not load module %s", module);
 986       return kFALSE;
 987    }
 988    return kTRUE;
 989 }
 990
 991
 992
 993 //______________________________________________________________________________
 994 Bool_t LoadSource(const char *source, const char *mode, Bool_t rec=kFALSE)
 995 {
 996 // Load a module library in a given mode. Reports success.
 997    Int_t imode = -1;
 998    Int_t result = -1;
 999    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
1000    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
1001    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
1002    TString ssource(source);
1003    TString basename = gSystem->BaseName(ssource.Data());
1004    if (!ssource.Length()) {
1005       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadSource", "Empty task name");
1006       return kFALSE;
1007    }
1008     // we have a source code so compile it
1009    if (ssource.EndsWith(".cxx")) {
1010      // need to copy it here other wise the path is also used on grid...
1011      ssource.Remove(ssource.Index(".cxx"));
1012      basename.Remove(basename.Index(".cxx"));
1013      Printf("LoadSources:: Copying...  path %s{cxx,h}",ssource.Data());
1014      gSystem->Exec(Form("cp %s.cxx . ",ssource.Data()));
1015      gSystem->Exec(Form("cp %s.h . ",ssource.Data()));
1016      // Path to code
1017      // only needed for local compilation, in grid and proof mode
1018      // the task headers are uploaded
1019      //     path.Remove(path.Index(gSystem->BaseName(path.Data())));
1020      // Printf("LoadSources:: Including path %s",path.Data());
1021      //  if(path.Length()>0)gROOT->ProcessLine(Form(".include %s",path.Data()));
1022      Printf("LoadSources:: Loading...  path %s",basename.Data());
1023      switch (imode) {
1024      case 0:
1025        result = gROOT->LoadMacro(Form("%s.cxx++g",basename.Data()));
1026        break;
1027      case 1:
1028        result = gProof->LoadMacro(Form("%s.cxx++g",basename.Data()));
1029        break;
1030      case 2:
1031        result = gROOT->LoadMacro(Form("%s.cxx++g",basename.Data()));
1032        if (rec){
1033          // what we want to compile
1034          anaSources += Form("%s.cxx ",basename.Data());
1035          // what we need as input...
1036          anaLibs += Form("%s.cxx %s.h ",basename.Data(),basename.Data());
1037        }
1038        break;
1039      default:
1040        return kFALSE;
1041      }
1042    }
1043    if (result < 0) {
1044       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadSources", "Could not load source %s", source);
1045       return kFALSE;
1046    }
1047    return kTRUE;
1048 }
1049
1050
1051 //______________________________________________________________________________
1052 TChain *CreateChain(const char *mode, const char *plugin_mode)
1053 {
1054 // Create the input chain
1055    Int_t imode = -1;
1056    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
1057    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
1058    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
1059    TChain *chain = NULL;
1060    // Local chain
1061    switch (imode) {
1062       case 0:
1063          if (iAODanalysis) {
1064             if (!kLocalXMLDataset.Length()) {
1065                // Local AOD
1066                chain = new TChain("aodTree");
1067                TString line;
1068                ifstream in;
1069                in.open(kLocalDataList.Data());
1070                while (in.good()) {
1071                  in >> line;
1072                  if (line.Length() == 0) continue;
1073                  // cout << " line = " << line << endl;
1074                  chain->Add(line.Data());
1075                }
1076             } else {
1077                // Interactive AOD
1078                chain = CreateChainSingle(kLocalXMLDataset, "aodTree");
1079             }
1080          } else {
1081            if (!kLocalXMLDataset.Length()) {
1082              // Local ESD
1083              chain = new TChain("esdTree");
1084              TString line;
1085              ifstream in;
1086              in.open(kLocalDataList.Data());
1087              while (in.good()) {
1088                in >> line;
1089                if (line.Length() == 0) continue;
1090                cout << " line = " << line << endl;
1091                chain->Add(line.Data());
1092              }
1093            } else {
1094              // Interactive ESD
1095                chain = CreateChainSingle(kLocalXMLDataset, "esdTree");
1096            }
1097          }
1098          break;
1099       case 1:
1100          break;
1101       case 2:
1102          if (kPluginUse) {
1103 //            AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
1104 //            AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
1105          } else {
1106             TString           treeName = "esdTree";
1107             if (iAODanalysis) treeName = "aodTree";
1108             chain = CreateChainSingle("wn.xml", treeName);
1109          }
1110          break;
1111       default:
1112    }
1113    if (chain && chain->GetNtrees()) return chain;
1114    return NULL;
1115 }
1116
1117 //______________________________________________________________________________
1118 TChain* CreateChainSingle(const char* xmlfile, const char *treeName)
1119 {
1120    printf("*******************************\n");
1121    printf("*** Getting the ESD Chain   ***\n");
1122    printf("*******************************\n");
1123    TAlienCollection * myCollection  = TAlienCollection::Open(xmlfile);
1124
1125    if (!myCollection) {
1126       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CreateChainSingle", "Cannot create an AliEn collection from %s", xmlfile) ;
1127       return NULL ;
1128    }
1129
1130    TChain* chain = new TChain(treeName);
1131    myCollection->Reset() ;
1132    while ( myCollection->Next() ) chain->Add(myCollection->GetTURL("")) ;
1133    chain->ls();
1134    return chain;
1135 }
1136
1137 //______________________________________________________________________________
1138 Int_t SetupPar(char* pararchivename)
1139 {
1140    if (!pararchivename || !strlen(pararchivename)) return -1;
1141    char processline[1024];
1142    if (gSystem->AccessPathName(Form("%s.par", pararchivename))) {
1143       if (!gSystem->AccessPathName(Form("%s/%s.par", gSystem->Getenv("ALICE_ROOT"),pararchivename))) {
1144          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::SetupPar", "Getting %s.par from $ALICE_ROOT", pararchivename);
1145          TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", pararchivename)),
1146                    Form("%s.par",pararchivename));
1147       } else {
1148          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::SetupPar", "Cannot find %s.par", pararchivename);
1149          return -1;
1150       }
1151    }
1152    if (kPluginUse && kSaveTrain) gSystem->Exec(Form("ln -s ../%s.par %s",pararchivename, kTrainName.Data()));
1153    gSystem->Exec(Form("tar xvzf %s.par", pararchivename));
1154
1155    TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
1156    if (!gSystem->ChangeDirectory(pararchivename)) return -1;
1157
1158    // check for BUILD.sh and execute
1159    if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
1160       printf("*******************************\n");
1161       printf("*** Building PAR archive    ***\n");
1162       printf("*******************************\n");
1163       if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
1164          Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
1165          return -1;
1166       }
1167    }
1168
1169         // check for SETUP.C and execute
1170         if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
1171             printf("*******************************\n");
1172             printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
1173             printf("*******************************\n");
1174             gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
1175         }
1176         if (!gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data())) return -1;
1177    return 0;
1178 }
1179
1180 //______________________________________________________________________________
1181 AliAnalysisAlien* CreateAlienHandler(const char *plugin_mode)
1182 {
1183 // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
1184 // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
1185 //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
1186    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;
1187    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
1188 // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
1189    plugin->SetRunMode(plugin_mode);
1190    if (kPluginUseProductionMode) plugin->SetProductionMode();
1191    plugin->SetJobTag(kJobTag);
1192    plugin->SetNtestFiles(2);
1193 //   plugin->SetPreferedSE("ALICE::NIHAM::File");
1194 // Set versions of used packages
1195    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
1196    //   plugin->SetAPIVersion("V1.0x");
1197 //   plugin->SetAPIVersion("V2.4");
1198    plugin->SetROOTVersion(kPluginRootVersion);
1199    plugin->SetAliROOTVersion(kPluginAliRootVersion);
1200 // Declare input data to be processed.
1201 // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.
1202 // Define production directory LFN
1203    plugin->SetGridDataDir(kGridDatadir.Data());
1204 // Set data search pattern
1205    if (iAODanalysis) plugin->SetDataPattern(" *AliAOD.root");
1206    else              plugin->SetDataPattern(Form(" %s/*/*ESD.tag.root",kGridPassPattern.Data()));
1207 // ...then add run numbers to be considered
1208 //   plugin->SetRunRange(kGridRunRange[0], kGridRunRange[1]);
1209    for (Int_t i=kGridRunRange[0]; i<=kGridRunRange[1]; i++) {
1210      Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Adding run number %s", Form(kGridRunPattern.Data(),i));
1211      plugin->AddRunNumber(Form(kGridRunPattern.Data(),i));
1212    }
1213
1214    if(kGridLocalRunList.Length()>0){
1215      ifstream in1;
1216      in1.open(kGridLocalRunList.Data());
1217      int iRun;
1218      char c;
1219      char cLine[250];
1220      while(!in1.eof()){
1221        c = in1.get();
1222        if ( (c >= '0') && (c <= '9') )
1223          {
1224            in1.putback (c);
1225            in1>>iRun;
1226            Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Adding run number from File %s", Form(kGridRunPattern.Data(),iRun));
1227            plugin->AddRunNumber(Form(kGridRunPattern.Data(),iRun));
1228        }
1229      else
1230        {
1231          in1.putback (c);
1232          in1.getline(cLine,250);
1233          Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Skipping run number from File %s", cLine);
1234        }
1235      }
1236    }
1237
1238 // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)
1239 // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())
1240 // XML collections added via this method can be combined with the first method if
1241 // the content is compatible (using or not tags)
1242 //   plugin->AddDataFile("tag.xml");
1243 //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");
1244 // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
1245    if (iAODanalysis) plugin->SetGridWorkingDir("analysisAOD");
1246    else              plugin->SetGridWorkingDir("analysisESD");
1247    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
1248    if (!kGridOutdir.Length()) kGridOutdir = Form("output_%s",kTrainName.Data());
1249    plugin->SetGridOutputDir(kGridOutdir);
1250
1251    // Add external packages
1252    if (iJETAN||iDIJETAN) {
1253       plugin->AddExternalPackage("boost::v1_38_0");
1254       plugin->AddExternalPackage("cgal::v3.3.1");
1255       plugin->AddExternalPackage("fastjet::v2.4.0");
1256    }
1257
1258
1259    // set extra libs before par file compilation
1260    anaLibs += kGridExtraFiles;
1261    anaLibs     = anaLibs.Strip();
1262    Printf("anaLibs %s",anaLibs.Data());
1263    Printf("anaLibsExtra %s",anaLibsExtra.Data());
1264
1265    if (anaLibs.Length())          plugin->SetAdditionalLibs(anaLibs.Data());
1266    if (anaLibsExtra.Length())     plugin->SetAdditionalRootLibs(anaLibsExtra.Data());
1267
1268    TString ana_sources = "";
1269    TString ana_add = "";
1270    if (kUsePAR && anaPars.Length()) {
1271       printf("%s\n", anaPars.Data());
1272       TObjArray *arr;
1273       TObjString *objstr;
1274       arr = anaPars.Tokenize(" ");
1275       TIter next(arr);
1276       while ((objstr=(TObjString*)next())) plugin->EnablePackage(objstr->GetString());
1277       delete arr;
1278    }
1279
1280 // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
1281 // using ACLiC on the worker nodes.
1282    ana_sources = anaSources.Strip();
1283 // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
1284 // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
1285
1286    if (ana_sources.Length()) plugin->SetAnalysisSource(ana_sources);
1287    plugin->SetExecutableCommand(kPluginExecutableCommand.Data());
1288 // Declare the output file names separated by blancs.
1289 // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)
1290    plugin->SetDefaultOutputs();
1291    plugin->SetMergeExcludes(kGridMergeExclude);
1292    plugin->SetMaxMergeFiles(kGridMaxMergeFiles);
1293    plugin->SetNrunsPerMaster(kGridRunsPerMaster);
1294 // Optionally define the files to be archived.
1295 //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:AliAOD.root,AOD.tag.root@ALICE::NIHAM::File");
1296
1297
1298    // Put default output files to archive
1299    TString listhists = "";
1300    TString listaods  = "";
1301    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1302    TIter next(mgr->GetOutputs());
1303    AliAnalysisDataContainer *output;
1304    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
1305       const char *filename = output->GetFileName();
1306       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
1307         if (!mgr->GetOutputEventHandler()) continue;
1308          filename = mgr->GetOutputEventHandler()->GetOutputFileName();
1309          if (listaods.Length()) listaods += " ";
1310          listaods += filename;
1311       } else {
1312         if(!listhists.Contains(filename)){
1313           if (listhists.Length()) listhists += " ";
1314           listhists += filename;
1315         }
1316       }
1317    }
1318
1319    if(kUseSysInfo>0){
1320      if (listhists.Length()) listhists += " ";
1321      listhists += "syswatch.root";
1322    }
1323
1324    if(kIsMC){
1325      if (listaods.Length()) listaods += " ";
1326      listaods += "pyxsec_hists.root";
1327    }
1328
1329
1330    if (mgr->GetExtraFiles().Length()) {
1331      if (listaods.Length()) listaods += " ";
1332      listaods += mgr->GetExtraFiles();
1333    }
1334
1335    // if we do not fill the aod we do not need to store it
1336    kGridMergeExclude = listaods;
1337
1338    if(!kFillAOD){
1339      listaods="";
1340      plugin->SetDefaultOutputs(kFALSE);
1341      plugin->SetOutputFiles(listhists.Data());
1342    }
1343
1344
1345    listaods.ReplaceAll(" ", ",");
1346    listhists.ReplaceAll(" ", ",");
1347    if (listhists.Length()) listhists = Form("hist_archive.zip:%s@%s", listhists.Data(), kGridOutputStorages.Data());;
1348    if (listaods.Length())  listaods  = Form("aod_archive.zip:%s@%s", listaods.Data(), kGridOutputStorages.Data());;
1349
1350    if (!listhists.Length() && !listaods.Length()) {
1351       ::Fatal("AnalysisTrainPWG4Jets", "No task output !");
1352    }
1353
1354
1355
1356    TString outputArchive = "log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::FZK::SE,ALICE::GSI::SE";
1357    if(kUseSysInfo>0)outputArchive = "log_archive.zip:stdout,stderr,syswatch.log@ALICE::FZK::SE,ALICE::GSI::SE";
1358    if (listaods.Length()) {
1359       outputArchive += " ";
1360       outputArchive += listaods;
1361    }
1362    if (listhists.Length()) {
1363       outputArchive += " ";
1364       outputArchive += listhists;
1365    }
1366    plugin->SetOutputArchive(outputArchive);
1367 // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
1368    plugin->SetAnalysisMacro(Form("%s.C", kTrainName.Data()));
1369 // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
1370    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(kGridFilesPerJob);
1371 // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.
1372 //   plugin->SetMaxInitFailed(5);
1373 // Optionally resubmit threshold.
1374 //   plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);
1375 // Optionally set time to live (default 30000 sec)
1376    plugin->SetTTL(30000);
1377 // Optionally set input format (default xml-single)
1378    plugin->SetInputFormat("xml-single");
1379 // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
1380    plugin->SetJDLName(Form("%s.jdl", kTrainName.Data()));
1381 // Optionally modify the executable name (default analysis.sh)
1382    plugin->SetExecutable(Form("%s.sh", kTrainName.Data()));
1383 // Optionally modify job price (default 1)
1384    plugin->SetPrice(1);
1385 // Optionally modify split mode (default 'se')
1386    plugin->SetSplitMode("se");
1387    return plugin;
1388 }
1389
1390 //______________________________________________________________________________
1391 void WriteConfig()
1392 {
1393 // Write train configuration in a file. The file name has the format:
1394 // train_[trainName]_ddMonthyyyy_time.C
1395    if (kUseDate) {
1396       gSystem->Exec("date +%d%b%Y_%Hh%M > date.tmp");
1397       ifstream fdate("date.tmp");
1398       if (!fdate.is_open()) {
1399          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Export","Could not generate file name");
1400          return;
1401       }
1402       const char date[64];
1403       fdate.getline(date,64);
1404       fdate.close();
1405       gSystem->Exec("rm date.tmp");
1406       kTrainName = Form("train_%s_%s", kTrainName.Data(), date);
1407    } else {
1408       kTrainName = Form("train_%s", kTrainName.Data());
1409    }
1410    TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
1411    gSystem->MakeDirectory(kTrainName);
1412    gSystem->ChangeDirectory(kTrainName);
1413    ofstream out;
1414    out.open(Form("%sConfig.C",kTrainName.Data()), ios::out);
1415    if (out.bad()) {
1416       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Export", "Cannot open ConfigTrain.C for writing");
1417       return;
1418    }
1419    out << "{" << endl;
1420    out << "   kTrainName      = " << "\"" << kTrainName.Data() << "\";" << endl;
1421    out << "   kProofCluster   = " << "\"" << kProofCluster.Data() << "\";" << endl;
1422    out << "   kProofUseAFPAR        = " << kProofUseAFPAR << ";" << endl;
1423    if (kProofUseAFPAR)
1424       out << "   kProofAFversion       = " << kProofAFversion.Data() << ";" << endl;
1425    out << "   kProofDataSet   = " << "\"" << kProofDataSet.Data() << "\";" << endl;
1426    out << "   kPluginUse       = " << kPluginUse << ";" << endl;
1427    out << "   kUsePAR          = " << kUsePAR << ";" << endl;
1428    out << "   kUseCPAR         = " << kUseCPAR << ";" << endl;
1429    out << "   kPluginRootVersion    = " << "\"" << kPluginRootVersion.Data() << "\";" << endl;
1430    out << "   kPluginAliRootVersion = " << "\"" << kPluginAliRootVersion.Data() << "\";" << endl;
1431    out << "   kGridDatadir   = " << "\"" << kGridDatadir.Data() << "\";" << endl;
1432    if (!kGridOutdir.Length()) kGridOutdir = Form("output_%s",kTrainName.Data());
1433    out << "   kGridOutdir    = " << "\"" << kGridOutdir.Data() << "\";" << endl;
1434    out << "   kGridMaxMergeFiles   = " << kGridMaxMergeFiles << ";" << endl;
1435    out << "   kGridMergeExclude    = " << "\"" << kGridMergeExclude.Data() << "\";" << endl;
1436    out << "   kGridRunsPerMaster  = " << kGridRunsPerMaster << ";" << endl;
1437    out << "   kGridFilesPerJob    = " << kGridFilesPerJob << ";" << endl;
1438    out << "   kGridRunRange[0]    = " << kGridRunRange[0] << ";" << endl;
1439    out << "   kGridRunRange[1]    = " << kGridRunRange[1] << ";" << endl;
1440    out << "   kUseDebug          = " << kUseDebug << ";" << endl;
1441    out << "   kUseMC           = " << kUseMC << ";" << endl;
1442    out << "   kUseESDTags         = " << kUseESDTags << ";" << endl;
1443    out << "   kUseKinefilter      = " << kUseKinefilter << ";" << endl;
1444    out << "   kUseTR           = " << kUseTR << ";" << endl;
1445    out << "   kUseAODTags      = " << kUseAODTags << ";" << endl;
1446    out << "   kSaveTrain       = " << "kFALSE;" << endl << endl;
1447    out << "   // Analysis modules" << endl;
1448    out << "   iAODanalysis    = " << iAODanalysis << ";" << endl;
1449    out << "   iAODhandler     = " << iAODhandler << ";" << endl;
1450    out << "   iESDfilter      = " << iESDfilter << ";" << endl;
1451    out << "   iJETAN          = " << iJETAN << ";" << endl;
1452    out << "// Configuration fot the wagons" << endl;
1453    out << "}" << endl;
1454    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::WriteConfig", "Train configuration wrote to file %s", Form("config_%s.C", kTrainName.Data()));
1455    gSystem->ChangeDirectory(cdir);
1456 }
1457
1458 //______________________________________________________________________________
1459 Bool_t LoadConfig(const char *filename)
1460 {
1461 // Read train configuration from file
1462    if (gSystem->AccessPathName(filename)) {
1463       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadConfig", "Config file name not found");
1464       return kFALSE;
1465    }
1466    gROOT->ProcessLine(Form(".x %s", filename));
1467    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadConfig", "Train configuration loaded from file %s", filename);
1468    return kTRUE;
1469 }
1470
1471 Bool_t PatchJDL(){
1472   Printf(">>> Patching JDL");
1473   AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1474   AliAnalysisAlien*    gridHandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
1475   TGridJDL *jdl = gridHandler->GetGridJDL();
1476   if(iJETAN)jdl->AddToPackages("fastjet","v2.4.0");
1477   gridHandler->WriteJDL(kFALSE);
1478   Printf("<<< Patching JDL");
1479   return kTRUE;
1480 }
1481
1482 Bool_t PatchAnalysisMacro(){
1483     Printf(">>> Patching AnalysisMacro");
1484     gSystem->Exec(Form("mv %s.C %s.C_tmp",kTrainName.Data(),kTrainName.Data()));
1485
1486   ifstream in1;
1487   in1.open(Form("%s.C_tmp", kTrainName.Data()));
1488   char cLine[250];
1489   TString st;
1490   while(in1.getline(cLine,250)){
1491     st += cLine;
1492     st += "\n";
1493   }
1494   Int_t index;
1495   index = st.Index("gSystem->Load(\"libPhysics\");");
1496   index += strlen("gSystem->Load(\"libPhysics\");");
1497   if(iJETAN&&kUsePAR){
1498     TObjArray *arr;
1499     TObjString *objstr;
1500     arr = anaLibs.Tokenize(" ");
1501     TIter next(arr);
1502     TString add = "";
1503     add += "\n\n // added by CKB \n";
1504     while ((objstr=(TObjString*)next())){
1505       if(objstr->GetString().Contains("PWG3"))continue;
1506       if(objstr->GetString().EndsWith(".so"))add += Form("gSystem->Load(\"%s\");\n",objstr->GetString().Data());
1507     }
1508     delete arr;
1509     add += "// BKC \n\n";
1510     st.Insert(index,add.Data());
1511   }
1512
1513   if(kUseDebug){
1514     st.Insert(index,"\n gROOT->ProcessLine(\".trace\"); // CKB \n");
1515   }
1516
1517   ofstream out;
1518   out.open(Form("%s.C", kTrainName.Data()));
1519   if (out.bad()) {
1520     return kFALSE;
1521   }
1522   out << st << endl;
1523   Printf("<<< Patching AnalysisMacro");
1524   return kTRUE;
1525
1526 }