TPC/AliTPCPreprocessorOffline.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17
  18 /*
  19   Responsible: marian.ivanov@cern.ch
  20   Code to analyze the TPC calibration and to produce OCDB entries
  21
  22
  23    .x ~/rootlogon.C
  24    gSystem->Load("libANALYSIS");
  25    gSystem->Load("libTPCcalib");
  26
  27    AliTPCPreprocessorOffline proces;
  28    TString ocdbPath="local:////"
  29    ocdbPath+=gSystem->GetFromPipe("pwd");
  30
  31    proces.CalibTimeGain("CalibObjects.root",run0,run1,ocdbPath);
  32    proces.CalibTimeVdrift("CalibObjects.root",run0,run1,ocdbPath);
  33   // take the raw calibration data from the file CalibObjects.root
  34   // and make a OCDB entry with run  validity run0-run1
  35   // results are stored at the ocdbPath - local or alien ...
  36   // default storage ""- data stored at current working directory
  37
  38   e.g.
  39   gSystem->Load("libANALYSIS");
  40   gSystem->Load("libTPCcalib");
  41   AliTPCPreprocessorOffline proces;
  42   proces.CalibTimeGain("TPCMultObjects.root",114000,140040,0);
  43   TFile oo("OCDB/TPC/Calib/TimeGain/Run114000_121040_v0_s0.root")
  44   TObjArray * arr = AliCDBEntry->GetObject()
  45   arr->At(4)->Draw("alp")
  46
  47 */
  48 #include "Riostream.h"
  49 #include <fstream>
  50 #include "TMap.h"
  51 #include "TGraphErrors.h"
  52 #include "AliExternalTrackParam.h"
  53 #include "TFile.h"
  54 #include "TGraph.h"
  55 #include "TMultiGraph.h"
  56 #include "TCanvas.h"
  57 #include "THnSparse.h"
  58 #include "TLegend.h"
  59 #include "TPad.h"
  60 #include "TH2D.h"
  61 #include "TH3D.h"
  62 #include "AliTPCROC.h"
  63 #include "AliTPCCalROC.h"
  64 #include "AliESDfriend.h"
  65 #include "AliTPCcalibTime.h"
  66 #include "AliSplineFit.h"
  67 #include "AliCDBMetaData.h"
  68 #include "AliCDBId.h"
  69 #include "AliCDBManager.h"
  70 #include "AliCDBStorage.h"
  71 #include "AliTPCcalibBase.h"
  72 #include "AliTPCcalibDB.h"
  73 #include "AliTPCcalibDButil.h"
  74 #include "AliRelAlignerKalman.h"
  75 #include "AliTPCParamSR.h"
  76 #include "AliTPCcalibTimeGain.h"
  77 #include "AliTPCcalibGainMult.h"
  78 #include "AliSplineFit.h"
  79 #include "AliTPCComposedCorrection.h"
  80 #include "AliTPCExBTwist.h"
  81 #include "AliTPCCalibGlobalMisalignment.h"
  82 #include "TStatToolkit.h"
  83 #include "TChain.h"
  84 #include "TCut.h"
  85 #include "AliTrackerBase.h"
  86 #include "AliTPCPreprocessorOffline.h"
  87
  88
  89 ClassImp(AliTPCPreprocessorOffline)
  90
  91 AliTPCPreprocessorOffline::AliTPCPreprocessorOffline():
  92   TNamed("TPCPreprocessorOffline","TPCPreprocessorOffline"),
  93   fMinEntries(500),                      // minimal number of entries for fit
  94   startRun(0),                         // start Run - used to make fast selection in THnSparse
  95   endRun(0),                           // end   Run - used to make fast selection in THnSparse
  96   startTime(0),                        // startTime - used to make fast selection in THnSparse
  97   endTime(0),                          // endTime   - used to make fast selection in THnSparse
  98   ocdbStorage(""),                   // path to the OCDB storage
  99   fVdriftArray(new TObjArray),
 100   fTimeDrift(0),
 101   fGraphMIP(0),                // graph time dependence of MIP
 102   fGraphCosmic(0),             // graph time dependence at Plateu
 103   fGraphAttachmentMIP(0),
 104   fFitMIP(0),                  // fit of dependence - MIP
 105   fFitCosmic(0),               // fit of dependence - Plateu
 106   fGainArray(new TObjArray),               // array to be stored in the OCDB
 107   fGainMIP(0),          // calibration component for MIP
 108   fGainCosmic(0),       // calibration component for cosmic
 109   fGainMult(0),
 110   fAlignTree(0),        // alignment tree
 111   fSwitchOnValidation(kFALSE), // flag to switch on validation of OCDB parameters
 112   fMinGain(2.0),
 113   fMaxGain(3.0),
 114   fMaxVdriftCorr(0.03)
 115 {
 116   //
 117   // default constructor
 118   //
 119 }
 120
 121 AliTPCPreprocessorOffline::~AliTPCPreprocessorOffline() {
 122   //
 123   // Destructor
 124   //
 125 }
 126
 127
 128
 129
 130 void AliTPCPreprocessorOffline::GetRunRange(AliTPCcalibTime * const  timeDrift){
 131   //
 132   // find the fist and last run
 133   //
 134   TObjArray *hisArray =timeDrift->GetHistoDrift();
 135   {for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
 136     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->UncheckedAt(i);
 137     if (!addHist) continue;
 138     if (addHist->GetEntries()<fMinEntries) continue;
 139     TH1D* histo    =addHist->Projection(3);
 140     TH1D* histoTime=addHist->Projection(0);
 141     printf("%s\t%f\t%d\t%d\n",histo->GetName(), histo->GetEntries(),histo->FindFirstBinAbove(0),histo->FindLastBinAbove(0));
 142
 143     if (startRun<=0){
 144       startRun=histo->FindFirstBinAbove(0);
 145       endRun  =histo->FindLastBinAbove(0);
 146     }else{
 147       startRun=TMath::Min(histo->FindFirstBinAbove(0),startRun);
 148       endRun  =TMath::Max(histo->FindLastBinAbove(0),endRun);
 149     }
 150     if (startTime==0){
 151       startTime=histoTime->FindFirstBinAbove(0);
 152       endTime  =histoTime->FindLastBinAbove(0);
 153     }else{
 154       startTime=TMath::Min(histoTime->FindFirstBinAbove(0),startTime);
 155       endTime  =TMath::Max(histoTime->FindLastBinAbove(0),endTime);
 156     }
 157     delete histo;
 158     delete histoTime;
 159   }}
 160   if (startRun<0) startRun=0;
 161   if (endRun<0) endRun=100000000;
 162   printf("Run range  :\t%d-%d\n", startRun, endRun);
 163   printf("Time range :\t%d-%d\n", startTime, endTime);
 164
 165 }
 166
 167
 168
 169 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeVdrift(const Char_t* file, Int_t ustartRun, Int_t uendRun, TString pocdbStorage){
 170   //
 171   // make calibration of the drift velocity
 172   // Input parameters:
 173   //      file                   - the location of input file
 174   //      ustartRun, uendrun     - run validity period
 175   //      pocdbStorage           - path to hte OCDB storage
 176   //                             - if empty - local storage 'pwd' uesed
 177   if (pocdbStorage.Length()>0) ocdbStorage=pocdbStorage;
 178   else
 179   ocdbStorage="local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
 180   //
 181   // 1. Initialization and run range setting
 182   TFile fcalib(file);
 183   TObjArray * array = (TObjArray*)fcalib.Get("TPCCalib");
 184   if (array){
 185     fTimeDrift = (AliTPCcalibTime *)array->FindObject("calibTime");
 186   } else {
 187     fTimeDrift = (AliTPCcalibTime*)fcalib.Get("calibTime");
 188   }
 189   if(!fTimeDrift) return;
 190
 191   startRun=ustartRun;
 192   endRun=ustartRun;
 193   TObjArray *hisArray =fTimeDrift->GetHistoDrift();
 194   GetRunRange(fTimeDrift);
 195   for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
 196     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->At(i);
 197     if (!addHist) continue;
 198     if (startTime<endTime) addHist->GetAxis(0)->SetRange(startTime-1,endTime+1);
 199     if (startRun<endRun) addHist->GetAxis(3)->SetRange(startRun-1,endRun+1);
 200   }
 201   //
 202   //
 203   // 2. extraction of the information
 204   //
 205   fVdriftArray = new TObjArray();
 206   AddAlignmentGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
 207   AddHistoGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift,fMinEntries);
 208   AddLaserGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
 209   //
 210   // 3. Append QA plots
 211   //
 212   MakeDefaultPlots(fVdriftArray,fVdriftArray);
 213
 214   //
 215   // 4. validate OCDB entries
 216   //
 217   if(fSwitchOnValidation==kTRUE && ValidateTimeDrift()==kFALSE) {
 218     Printf("TPC time drift OCDB parameters out of range!");
 219     return;
 220   }
 221   //
 222   //4.b make alignment
 223   //
 224   MakeFitTime();
 225   TFile * ftime= TFile::Open("fitITSVertex.root");
 226   if (ftime){
 227     TObject * alignmentTime=ftime->Get("FitCorrectionTime");
 228     if (alignmentTime) fVdriftArray->AddLast(alignmentTime);
 229   }
 230   //
 231   //
 232   // 5. update of OCDB
 233   //
 234   //
 235   UpdateOCDBDrift(ustartRun,uendRun,ocdbStorage);
 236 }
 237
 238 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBDrift( Int_t ustartRun, Int_t uendRun,  const char* storagePath ){
 239   //
 240   // Update OCDB
 241   //
 242   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
 243   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
 244   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
 245   metaData->SetBeamPeriod(1);
 246   metaData->SetAliRootVersion("05-25-01"); //root version
 247   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the drift velocity");
 248   AliCDBId* id1=NULL;
 249   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/TimeDrift", ustartRun, uendRun);
 250   AliCDBStorage* gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(storagePath);
 251   gStorage->Put(fVdriftArray, (*id1), metaData);
 252 }
 253
 254 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::ValidateTimeGain()
 255 {
 256   //
 257   // Validate time gain corrections
 258   //
 259   Printf("ValidateTimeGain..." );
 260   Float_t minGain = fMinGain;
 261   Float_t maxGain = fMaxGain;
 262
 263   TGraphErrors *gr = (TGraphErrors*)fGainArray->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");
 264   if (!gr) {
 265     gr = (TGraphErrors*)fGainArray->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_COSMIC_ALL");
 266     if (!gr) return kFALSE;
 267     Printf("Assuming given run is a cosmic run. Using gain calibration from Fermi-plateau muons.");
 268   }
 269   if(gr->GetN()<1) return kFALSE;
 270
 271   // check whether gain in the range
 272   for(Int_t iPoint=0; iPoint<gr->GetN(); iPoint++)
 273   {
 274     if(gr->GetY()[iPoint] < minGain || gr->GetY()[iPoint] > maxGain)
 275       return kFALSE;
 276   }
 277
 278 return kTRUE;
 279 }
 280
 281
 282 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::ValidateTimeDrift()
 283 {
 284   //
 285   // Validate time drift velocity corrections
 286   //
 287   Printf("ValidateTimeDrift..." );
 288
 289   Float_t maxVDriftCorr = fMaxVdriftCorr;
 290
 291   TGraphErrors* gr = (TGraphErrors*)fVdriftArray->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
 292   Printf("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD graph = %p",gr);
 293
 294   if(!gr) return kFALSE;
 295   if(gr->GetN()<1)  {
 296     Printf("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD number of points = %d",gr->GetN());
 297     return kFALSE;
 298   }
 299
 300   // check whether drift velocity corrections in the range
 301   for(Int_t iPoint = 0; iPoint<gr->GetN(); iPoint++)
 302   {
 303     Printf("Y value from the graph: %f",TMath::Abs(gr->GetY()[iPoint]));
 304     if(TMath::Abs(gr->GetY()[iPoint]) > maxVDriftCorr)
 305       return kFALSE;
 306   }
 307
 308 return kTRUE;
 309 }
 310
 311 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateDriftParam(AliTPCParam *param, TObjArray *const arr, Int_t lstartRun){
 312   //
 313   //  update the OCDB entry for the nominal time0
 314   //
 315   //
 316   //  AliTPCParam * param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
 317   AliTPCParam *paramNew = (AliTPCParam *)param->Clone();
 318   TGraphErrors *grT =  (TGraphErrors *)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_T0");
 319   Double_t deltaTcm = TMath::Median(grT->GetN(),grT->GetY());
 320   Double_t deltaT   = deltaTcm/param->GetDriftV();
 321   paramNew->SetL1Delay(param->GetL1Delay()-deltaT);
 322   paramNew->Update();
 323
 324   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
 325   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
 326   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
 327   metaData->SetBeamPeriod(1);
 328   metaData->SetAliRootVersion("05-25-02"); //root version
 329   metaData->SetComment("Updated calibration of nominal time 0");
 330   AliCDBId* id1=NULL;
 331   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/Parameters", lstartRun, AliCDBRunRange::Infinity());
 332   AliCDBStorage* gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(ocdbStorage);
 333   gStorage->Put(param, (*id1), metaData);
 334
 335 }
 336
 337
 338 void AliTPCPreprocessorOffline::PrintArray(TObjArray *array){
 339   //
 340   // Print the names of the entries in array
 341   //
 342   Int_t entries = array->GetEntries();
 343   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
 344     if (!array->At(i)) continue;
 345     printf("%d\t %s\n", i,  array->At(i)->GetName());
 346   }
 347 }
 348
 349
 350
 351 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphDrift(TGraphErrors * graph, Float_t errSigmaCut, Float_t medianCutAbs){
 352   // 2 filters:
 353   //    1. filter graph - error cut errSigmaCut
 354   //    2. filter graph - medianCutAbs around median
 355   //
 356   // errSigmaCut   - cut on error
 357   // medianCutAbs  - cut on value around median
 358   Double_t dummy=0;               //
 359   //
 360   // 1. filter graph - error cut errSigmaCut
 361   //
 362   TGraphErrors *graphF;
 363   graphF = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graph,errSigmaCut,dummy);
 364   delete graph;
 365   if (!graphF) return 0;
 366   graph = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graphF,errSigmaCut,dummy);
 367   delete graphF;
 368   if (!graph) return 0;
 369   //
 370   // filter graph - kMedianCutAbs around median
 371   //
 372   graphF=FilterGraphMedianAbs(graph, medianCutAbs,dummy);
 373   delete graph;
 374   if (!graphF) return 0;
 375   graph=FilterGraphMedianAbs(graphF, medianCutAbs,dummy);
 376   delete graphF;
 377   if (!graph) return 0;
 378   return graph;
 379 }
 380
 381
 382
 383 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphMedianAbs(TGraphErrors * graph, Float_t cut,Double_t &medianY){
 384   //
 385   // filter outlyer measurement
 386   // Only points around median +- cut filtered
 387   //
 388   if (!graph) return  0;
 389   Int_t kMinPoints=2;
 390   Int_t npoints0 = graph->GetN();
 391   Int_t npoints=0;
 392   Float_t  rmsY=0;
 393   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
 394   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
 395   Double_t *errx=new Double_t[npoints0];
 396   Double_t *erry=new Double_t[npoints0];
 397   //
 398   //
 399   if (npoints0<kMinPoints) {
 400     delete []outx;
 401     delete []outy;
 402     delete []errx;
 403     delete []erry;
 404     return 0;
 405   }
 406   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
 407     npoints=0;
 408     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
 409       if (graph->GetY()[ipoint]==0) continue;
 410       if (iter>0 &&TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-medianY)>cut) continue;
 411       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
 412       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
 413       errx[npoints]  = graph->GetErrorX(ipoint);
 414       erry[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
 415       npoints++;
 416     }
 417     if (npoints<=1) break;
 418     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
 419     rmsY   =TMath::RMS(npoints,outy);
 420   }
 421   TGraphErrors *graphOut=0;
 422   if (npoints>1) graphOut= new TGraphErrors(npoints,outx,outy,errx,erry);
 423   delete []outx;
 424   delete []outy;
 425   delete []errx;
 426   delete []erry;
 427   return graphOut;
 428 }
 429
 430
 431 void AliTPCPreprocessorOffline::AddHistoGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime * const timeDrift, Int_t minEntries){
 432   //
 433   // Add graphs corresponding to the alignment
 434   //
 435   const Double_t kErrSigmaCut=5;      // error sigma cut - for filtering
 436   const Double_t kMedianCutAbs=0.03;  // error sigma cut - for filtering
 437   //
 438   TObjArray * array=timeDrift->GetHistoDrift();
 439   if (array){
 440     THnSparse* hist=NULL;
 441     // 2.a) cosmics with different triggers
 442     for (Int_t i=0; i<array->GetEntriesFast();i++){
 443       hist=(THnSparseF*)array->UncheckedAt(i);
 444       if(!hist) continue;
 445       if (hist->GetEntries()<minEntries) continue;
 446       //hist->Print();
 447       TString name=hist->GetName();
 448       Int_t dim[4]={0,1,2,3};
 449       THnSparse* newHist=hist->Projection(4,dim);
 450       newHist->SetName(name);
 451       TGraphErrors* graph=AliTPCcalibBase::FitSlices(newHist,2,0,400,100,0.05,0.95, kTRUE);
 452       if (!graph) {
 453         printf("Graph =%s filtered out\n", name.Data());
 454         continue;
 455       }
 456       printf("name=%s graph=%i, N=%i\n", name.Data(), graph==0, graph->GetN());
 457       Int_t pos=name.Index("_");
 458       name=name(pos,name.Capacity()-pos);
 459       TString graphName=graph->ClassName();
 460       graphName+=name;
 461       graphName.ToUpper();
 462       //
 463       graph = FilterGraphDrift(graph, kErrSigmaCut, kMedianCutAbs);
 464       //
 465       if (graph){
 466         graph->SetMarkerStyle(i%8+20);
 467         graph->SetMarkerColor(i%7);
 468         graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
 469         graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcor}");
 470         graph->SetName(graphName);
 471         graph->SetTitle(graphName);
 472         printf("Graph %d\t=\t%s\n", i, graphName.Data());
 473         vdriftArray->Add(graph);
 474       }
 475     }
 476   }
 477 }
 478
 479
 480
 481
 482 void AliTPCPreprocessorOffline::AddAlignmentGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *const timeDrift){
 483   //
 484   // Add graphs corresponding to alignment to the object array
 485   //
 486   TObjArray *arrayITS=0;
 487   TObjArray *arrayTOF=0;
 488   TObjArray *arrayTRD=0;
 489   TMatrixD *mstatITS=0;
 490   TMatrixD *mstatTOF=0;
 491   TMatrixD *mstatTRD=0;
 492   //
 493   arrayITS=timeDrift->GetAlignITSTPC();
 494   arrayTRD=timeDrift->GetAlignTRDTPC();
 495   arrayTOF=timeDrift->GetAlignTOFTPC();
 496
 497   if (arrayITS->GetEntries()>0) mstatITS= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayITS,0.9,50,fMaxVdriftCorr);
 498   if (arrayTOF->GetEntries()>0) mstatTOF= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTOF,0.9,1000,fMaxVdriftCorr);
 499   if (arrayTRD->GetEntries()>0) mstatTRD= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTRD,0.9,50,fMaxVdriftCorr);
 500   //
 501   TObjArray * arrayITSP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 0, 5.);
 502   TObjArray * arrayITSM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 1, 5.);
 503   TObjArray * arrayITSB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITSP,arrayITSM);
 504   TObjArray * arrayTOFP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 0, 5.);
 505   TObjArray * arrayTOFM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 1, 5.);
 506   TObjArray * arrayTOFB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOFP,arrayTOFM);
 507
 508   TObjArray * arrayTRDP= 0x0;
 509   TObjArray * arrayTRDM= 0x0;
 510   TObjArray * arrayTRDB= 0x0;
 511   arrayTRDP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 0, 5.);
 512   arrayTRDM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 1, 5.);
 513   arrayTRDB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRDP,arrayTRDM);
 514   //
 515   //
 516   Int_t entries=TMath::Max(arrayITS->GetEntriesFast(),arrayTOF->GetEntriesFast());
 517   TObjArray *arrays[12]={arrayITS, arrayITSP, arrayITSM, arrayITSB,
 518                          arrayTRD, arrayTRDP, arrayTRDM, arrayTRDB,
 519                          arrayTOF, arrayTOFP, arrayTOFM, arrayTOFB};
 520   TString   grnames[12]={"ALIGN_ITS", "ALIGN_ITSP", "ALIGN_ITSM", "ALIGN_ITSB",
 521                          "ALIGN_TRD", "ALIGN_TRDP", "ALIGN_TRDM","ALIGN_TRDB",
 522                          "ALIGN_TOF", "ALIGN_TOFP", "ALIGN_TOFM","ALIGN_TOFB"};
 523   TString   grpar[9]={"DELTAPSI", "DELTATHETA", "DELTAPHI",
 524                       "DELTAX", "DELTAY", "DELTAZ",
 525                       "DRIFTVD", "T0", "VDGY"};
 526
 527
 528   TVectorD vX(entries);
 529   TVectorD vY(entries);
 530   TVectorD vEx(entries);
 531   TVectorD vEy(entries);
 532   TObjArray *arr=0;
 533   for (Int_t iarray=0; iarray<12; iarray++){
 534     arr = arrays[iarray];
 535     if (arr==0) continue;
 536     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){
 537       Int_t counter=0;
 538       for (Int_t itime=0; itime<arr->GetEntriesFast(); itime++){
 539         AliRelAlignerKalman * kalman = (AliRelAlignerKalman *) arr->UncheckedAt(itime);
 540         if (!kalman) continue;
 541         vX[counter]=kalman->GetTimeStamp();
 542         vY[counter]=(*(kalman->GetState()))[ipar];
 543         if (ipar==6) vY[counter]=1./(*(kalman->GetState()))[ipar]-1;
 544         vEx[counter]=0;
 545         vEy[counter]=TMath::Sqrt((*(kalman->GetStateCov()))(ipar,ipar));
 546         counter++;
 547       }
 548
 549       TGraphErrors * graph=new TGraphErrors(counter, vX.GetMatrixArray(),
 550                                           vY.GetMatrixArray(),
 551                                           vEx.GetMatrixArray(),
 552                                           vEy.GetMatrixArray());
 553       TString grName=grnames[iarray];
 554       grName+="_TPC_";
 555       grName+=grpar[ipar];
 556       graph->SetName(grName.Data());
 557       vdriftArray->AddLast(graph);
 558     }
 559   }
 560 }
 561
 562
 563
 564
 565 void AliTPCPreprocessorOffline::AddLaserGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *timeDrift){
 566   //
 567   // add graphs for laser
 568   //
 569   const Double_t delayL0L1 = 0.071;  //this is hack for 1/2 weeks
 570   //THnSparse *hisN=0;
 571   TGraphErrors *grLaser[6]={0,0,0,0,0,0};
 572   //hisN = timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0);
 573   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0)){
 574     grLaser[0]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0),0,2,5,delayL0L1);
 575     grLaser[0]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_A");
 576     vdriftArray->AddLast(grLaser[0]);
 577   }
 578   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1)){
 579     grLaser[1]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1),0,2,5);
 580     grLaser[1]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
 581     vdriftArray->AddLast(grLaser[1]);
 582   }
 583   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2)){
 584     grLaser[2]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2),0,2,5);
 585     grLaser[2]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_A");
 586     vdriftArray->AddLast(grLaser[2]);
 587   }
 588   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0)){
 589     grLaser[3]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0),0,2,5,delayL0L1);
 590     grLaser[3]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_C");
 591     vdriftArray->AddLast(grLaser[3]);
 592   }
 593   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1)){
 594     grLaser[4]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1),0,2,5);
 595     grLaser[4]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
 596     vdriftArray->AddLast(grLaser[4]);
 597   }
 598   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2)){
 599     grLaser[5]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2),0,2,5);
 600     grLaser[5]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_C");
 601     vdriftArray->AddLast(grLaser[5]);
 602   }
 603   for (Int_t i=0; i<6;i++){
 604     if (grLaser[i]) {
 605       SetDefaultGraphDrift(grLaser[i], 1,(i+20));
 606       grLaser[i]->GetYaxis()->SetTitle("Laser Correction");
 607     }
 608   }
 609 }
 610
 611
 612 TGraphErrors * AliTPCPreprocessorOffline::MakeGraphFilter0(THnSparse *hisN, Int_t itime, Int_t ival, Int_t minEntries, Double_t offset){
 613   //
 614   // Make graph with mean values and rms
 615   //
 616   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(0,100000000);
 617   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(0,100000000);
 618   TH1 * hisT      = hisN->Projection(itime);
 619   TH1 * hisV      = hisN->Projection(ival);
 620   //
 621   Int_t firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 622   Int_t lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 623   Int_t firstBinV = hisV->FindFirstBinAbove(0);
 624   Int_t lastBinV  = hisV->FindLastBinAbove(0);
 625   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 626   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(firstBinV,lastBinV);
 627   Int_t entries=0;
 628   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<=lastBinA; ibin++){
 629     Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
 630     if (cont<minEntries) continue;
 631     entries++;
 632   }
 633   TVectorD vecTime(entries);
 634   TVectorD vecMean0(entries);
 635   TVectorD vecRMS0(entries);
 636   TVectorD vecMean1(entries);
 637   TVectorD vecRMS1(entries);
 638   entries=0;
 639   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<=lastBinA; ibin++){
 640       Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
 641       if (cont<minEntries) continue;
 642       //hisN->GetAxis(itime)->SetRange(ibin-1,ibin+1);
 643       Int_t minBin = ibin-1;
 644       Int_t maxBin = ibin+1;
 645       if(minBin <= 0) minBin = 1;
 646       if(maxBin >= hisN->GetAxis(itime)->GetNbins()) maxBin = hisN->GetAxis(itime)->GetNbins()-1;
 647       hisN->GetAxis(itime)->SetRange(minBin,maxBin);
 648
 649       Double_t time = hisT->GetBinCenter(ibin);
 650       TH1 * his = hisN->Projection(ival);
 651       Double_t nentries0= his->GetBinContent(his->FindBin(0));
 652       if (cont-nentries0<minEntries) continue;
 653       //
 654       his->SetBinContent(his->FindBin(0),0);
 655       vecTime[entries]=time;
 656       vecMean0[entries]=his->GetMean()+offset;
 657       vecMean1[entries]=his->GetMeanError();
 658       vecRMS0[entries] =his->GetRMS();
 659       vecRMS1[entries] =his->GetRMSError();
 660       delete his;
 661       entries++;
 662   }
 663   delete hisT;
 664   delete hisV;
 665   TGraphErrors * graph =  new TGraphErrors(entries,vecTime.GetMatrixArray(), vecMean0.GetMatrixArray(),                                    0, vecMean1.GetMatrixArray());
 666   return graph;
 667 }
 668
 669
 670
 671
 672
 673
 674
 675
 676 void AliTPCPreprocessorOffline::SetDefaultGraphDrift(TGraph *graph, Int_t color, Int_t style){
 677   //
 678   // Set default style for QA views
 679   //
 680   graph->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
 681   graph->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
 682   graph->SetMaximum( 0.025);
 683   graph->SetMinimum(-0.025);
 684   graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
 685   graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcorr}");
 686   //
 687   graph->GetYaxis()->SetLabelSize(0.03);
 688   graph->GetXaxis()->SetLabelSize(0.03);
 689   //
 690   graph->GetXaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
 691   graph->GetYaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
 692   //
 693   graph->GetXaxis()->SetLabelOffset(0.02);
 694   graph->GetYaxis()->SetLabelOffset(0.005);
 695   //
 696   graph->GetXaxis()->SetTitleOffset(1.3);
 697   graph->GetYaxis()->SetTitleOffset(1.2);
 698   //
 699   graph->SetMarkerColor(color);
 700   graph->SetLineColor(color);
 701   graph->SetMarkerStyle(style);
 702 }
 703
 704 void AliTPCPreprocessorOffline::SetPadStyle(TPad *pad, Float_t mx0, Float_t mx1, Float_t my0, Float_t my1){
 705   //
 706   // Set default pad style for QA
 707   //
 708   pad->SetTicks(1,1);
 709   pad->SetMargin(mx0,mx1,my0,my1);
 710 }
 711
 712
 713 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeDefaultPlots(TObjArray * const arr, TObjArray * /*picArray*/){
 714   //
 715   // 0. make a default QA plots
 716   // 1. Store them in the array
 717   //
 718   //
 719   Float_t mx0=0.12, mx1=0.1, my0=0.15, my1=0.1;
 720   //
 721   TGraphErrors* laserA       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
 722   TGraphErrors* laserC       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
 723   TGraphErrors* cosmic       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
 724   TGraphErrors* cross        =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_VDRIFT_CROSS_ALL");
 725   TGraphErrors* itstpcP       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSP_TPC_DRIFTVD");
 726   TGraphErrors* itstpcM       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_DRIFTVD");
 727   TGraphErrors* itstpcB       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
 728   //
 729   if (laserA)  SetDefaultGraphDrift(laserA,2,25);
 730   if (laserC)  SetDefaultGraphDrift(laserC,4,26);
 731   if (cosmic)  SetDefaultGraphDrift(cosmic,3,27);
 732   if (cross)   SetDefaultGraphDrift(cross,4,28);
 733   if (itstpcP) SetDefaultGraphDrift(itstpcP,2,29);
 734   if (itstpcM) SetDefaultGraphDrift(itstpcM,4,30);
 735   if (itstpcB) SetDefaultGraphDrift(itstpcB,1,31);
 736   //
 737   //
 738   TPad *pad=0;
 739   //
 740   // Laser-Laser
 741   //
 742   if (laserA&&laserC){
 743     pad = new TCanvas("TPCLaserVDrift","TPCLaserVDrift");
 744     laserA->Draw("alp");
 745     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 746     laserA->Draw("apl");
 747     laserC->Draw("p");
 748     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 749     legend->AddEntry(laserA,"Laser A side");
 750     legend->AddEntry(laserC,"Laser C side");
 751     legend->Draw();
 752     //picArray->AddLast(pad);
 753   }
 754
 755   if (itstpcP&&itstpcM&&itstpcB){
 756     pad = new TCanvas("ITSTPC","ITSTPC");
 757     itstpcP->Draw("alp");
 758     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 759     itstpcP->Draw("alp");
 760     gPad->Clear();
 761     itstpcM->Draw("apl");
 762     itstpcP->Draw("p");
 763     itstpcB->Draw("p");
 764     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 765     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");
 766     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");
 767     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
 768     legend->Draw();
 769     //picArray->AddLast(pad);
 770   }
 771
 772   if (itstpcB&&laserA&&itstpcP&&itstpcM){
 773     pad = new TCanvas("ITSTPC_LASER","ITSTPC_LASER");
 774     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 775     laserA->Draw("alp");
 776     itstpcP->Draw("p");
 777     itstpcM->Draw("p");
 778     itstpcB->Draw("p");
 779     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 780     legend->AddEntry(laserA,"TPC laser");
 781     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");
 782     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");
 783     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
 784     legend->Draw();
 785     //picArray->AddLast(pad);
 786   }
 787
 788   if (itstpcP&&cross){
 789     pad = new TCanvas("ITSTPC_CROSS","ITSTPC_CROSS");
 790     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 791     itstpcP->Draw("alp");
 792     pad->Clear();
 793     cross->Draw("ap");
 794     itstpcP->Draw("p");
 795     //
 796     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 797
 798     legend->AddEntry(cross,"TPC cross tracks");
 799     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
 800     legend->Draw();
 801     //picArray->AddLast(pad);
 802   }
 803   if (itstpcP&&cosmic){
 804     pad = new TCanvas("ITSTPC_COSMIC","ITSTPC_COSMIC");
 805     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 806     itstpcP->Draw("alp");
 807     pad->Clear();
 808     cosmic->Draw("ap");
 809     itstpcP->Draw("p");
 810     //
 811     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 812
 813     legend->AddEntry(cosmic,"TPC cross tracks0 up-down");
 814     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
 815     legend->Draw();
 816     //picArray->AddLast(pad);
 817   }
 818 }
 819
 820
 821
 822
 823 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeGain(const Char_t* fileName, Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber,  TString  pocdbStorage){
 824   //
 825   // Update OCDB gain
 826   //
 827   if (pocdbStorage.Length()==0) pocdbStorage+="local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
 828
 829   //
 830   // 1. Read gain values
 831   //
 832   ReadGainGlobal(fileName);
 833
 834   //
 835   // 2. Extract calibration values
 836   //
 837   AnalyzeGain(startRunNumber,endRunNumber, 1000,1.43);
 838   AnalyzeAttachment(startRunNumber,endRunNumber);
 839   AnalyzePadRegionGain();
 840   AnalyzeGainMultiplicity();
 841   //
 842   // 3. Make control plots
 843   //
 844   MakeQAPlot(1.43);
 845
 846   //
 847   // 4. validate OCDB entries
 848   //
 849   if(fSwitchOnValidation==kTRUE && ValidateTimeGain()==kFALSE) {
 850     Printf("TPC time gain OCDB parameters out of range!");
 851     return;
 852   }
 853
 854   //
 855   // 5. Update OCDB
 856   //
 857   UpdateOCDBGain( startRunNumber, endRunNumber, pocdbStorage.Data());
 858 }
 859
 860 void AliTPCPreprocessorOffline::ReadGainGlobal(const Char_t* fileName){
 861   //
 862   // read calibration entries from file
 863   //
 864   TFile fcalib(fileName);
 865   TObjArray * array = (TObjArray*)fcalib.Get("TPCCalib");
 866   if (array){
 867     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGain");
 868     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGainCosmic");
 869     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)array->FindObject("calibGainMult");
 870   }else{
 871     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGain");
 872     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGainCosmic");
 873     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)fcalib.Get("calibGainMult");
 874   }
 875   if (!fGainMult){
 876     TFile fcalibMult("TPCMultObjects.root");
 877     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)fcalibMult.Get("calibGainMult");
 878   }
 879   TH1 * hisT=0;
 880   Int_t firstBinA =0, lastBinA=0;
 881
 882   if (fGainCosmic){
 883     hisT= fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(1);
 884     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 885     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 886     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 887     delete hisT;
 888   }
 889
 890   if (fGainMIP){
 891     hisT= fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1);
 892     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 893     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 894     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 895     delete hisT;
 896   }
 897
 898 }
 899
 900
 901
 902 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesGaussFit,  Float_t FPtoMIPratio){
 903   //
 904   // Analyze gain - produce the calibration graphs
 905   //
 906
 907   // 1.) try to create MIP spline
 908   if (fGainMIP)
 909   {
 910     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
 911     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
 912     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
 913     //
 914     fGraphMIP = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10,0.1,0.7);
 915     if (fGraphMIP->GetN()==0) fGraphMIP = 0x0;
 916     if (fGraphMIP) fFitMIP = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphMIP);
 917     if (fGraphMIP) fGraphMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
 918     fGainArray->AddAt(fFitMIP,0);
 919   }
 920
 921   // 2.) try to create Cosmic spline
 922   if (fGainCosmic)
 923   {
 924     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(0.51,1.49); // only cosmics
 925     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(20,100);    // only Fermi-Plateau muons
 926     //
 927     fGraphCosmic = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainCosmic->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10);
 928     if (fGraphCosmic->GetN()==0) fGraphCosmic = 0x0;
 929     //
 930     if (fGraphCosmic) {
 931       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
 932         fGraphCosmic->GetY()[i] /= FPtoMIPratio;
 933         fGraphCosmic->GetEY()[i] /= FPtoMIPratio;
 934       }
 935     }
 936     //
 937     if (fGraphCosmic) fFitCosmic = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphCosmic);
 938     if (fGraphCosmic) fGraphCosmic->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_COSMIC_ALL"); // set proper names according to naming convention
 939     fGainArray->AddAt(fFitCosmic,1);
 940   }
 941   // with naming convention and backward compatibility
 942   fGainArray->AddAt(fGraphMIP,2);
 943   fGainArray->AddAt(fGraphCosmic,3);
 944   cout << "fGraphCosmic: " << fGraphCosmic << " fGraphMIP " << fGraphMIP << endl;
 945   return kTRUE;
 946
 947 }
 948
 949 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeAttachment(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesFit) {
 950   //
 951   // determine slope as a function of mean driftlength
 952   //
 953   if(!fGainMIP) return kFALSE;
 954
 955   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
 956   //
 957   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
 958   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
 959   //
 960   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(3)->SetRangeUser(125,250);// only full tracking region (driftlength)
 961   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(0)->SetRangeUser(1.5,3.5);// only full tracking region (driftlength)
 962   //
 963   TH3D * hist = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1, 0, 3);
 964   //
 965   Double_t *xvec = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
 966   Double_t *yvec = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
 967   Double_t *xerr = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
 968   Double_t *yerr = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
 969   Int_t counter  = 0;
 970   //
 971   for(Int_t i=1; i < hist->GetNbinsX(); i++) {
 972     Int_t nsum=0;
 973     Int_t imin   =  i;
 974     Int_t imax   =  i;
 975     for (Int_t idelta=0; idelta<5; idelta++){
 976       //
 977       imin   =  TMath::Max(i-idelta,1);
 978       imax   =  TMath::Min(i+idelta,hist->GetNbinsX());
 979       nsum = TMath::Nint(hist->Integral(imin,imax,1,hist->GetNbinsY()-1,1,hist->GetNbinsZ()-1));
 980       //if (nsum==0) break;
 981       if (nsum>minEntriesFit) break;
 982     }
 983     if (nsum<minEntriesFit) continue;
 984     //
 985     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRangeUser(hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1),hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1)); // define time range
 986     TH2D * histZdep = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,3);
 987     TObjArray arr;
 988     histZdep->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
 989     TH1D * driftDep = (TH1D*)arr.At(1);
 990     delete histZdep;
 991     //TGraphErrors * driftDep = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,3,100,1,0.,1);
 992     /*if (driftDep->GetN() < 4) {
 993       delete driftDep;
 994       continue;
 995       }*/
 996     //
 997     //TObjArray arr;
 998     //
 999     TF1 pol1("polynom1","pol1",125,240);
1000     //driftDep->Fit(&pol1,"QNRROB=0.8");
1001     driftDep->Fit(&pol1,"QNR");
1002     xvec[counter] = 0.5*(hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1)+hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1));
1003     yvec[counter] = pol1.GetParameter(1)/pol1.GetParameter(0);
1004     xerr[counter] = hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1)-hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1);
1005     yerr[counter] = pol1.GetParError(1)/pol1.GetParameter(0);
1006     counter++;
1007     //
1008     //delete driftDep;
1009   }
1010   //
1011   fGraphAttachmentMIP = new TGraphErrors(counter, xvec, yvec, xerr, yerr);
1012   if (fGraphAttachmentMIP) fGraphAttachmentMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_ATTACHMENT_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1013   fGainArray->AddLast(fGraphAttachmentMIP);
1014   //
1015   delete [] xvec;
1016   delete [] yvec;
1017   delete [] xerr;
1018   delete [] yerr;
1019   delete hist;
1020   //
1021   if (counter < 1) return kFALSE;
1022   return kTRUE;
1023
1024 }
1025
1026
1027 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzePadRegionGain(){
1028   //
1029   // Analyze gain for different pad regions - produce the calibration graphs 0,1,2
1030   //
1031   if (fGainMult)
1032   {
1033     TH2D * histQmax = (TH2D*) fGainMult->GetHistPadEqual()->Projection(0,2);
1034     TH2D * histQtot = (TH2D*) fGainMult->GetHistPadEqual()->Projection(1,2);
1035     //
1036     TObjArray arr;
1037     histQmax->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1038     Double_t xMax[3] = {0,1,2};
1039     Double_t yMax[3]    = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(1),
1040                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(2),
1041                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(3)};
1042     Double_t yMaxErr[3] = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(1),
1043                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(2),
1044                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(3)};
1045     TGraphErrors * fitPadRegionQmax = new TGraphErrors(3, xMax, yMax, 0, yMaxErr);
1046     //
1047     histQtot->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1048     Double_t xTot[3] = {0,1,2};
1049     Double_t yTot[3]    = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(1),
1050                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(2),
1051                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(3)};
1052     Double_t yTotErr[3] = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(1),
1053                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(2),
1054                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(3)};
1055     TGraphErrors * fitPadRegionQtot = new TGraphErrors(3, xTot, yTot, 0, yTotErr);
1056     //
1057     fitPadRegionQtot->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1058     fitPadRegionQmax->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1059     //
1060     fGainArray->AddLast(fitPadRegionQtot);
1061     fGainArray->AddLast(fitPadRegionQmax);
1062     return kTRUE;
1063   }
1064   return kFALSE;
1065
1066 }
1067
1068
1069 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGainMultiplicity() {
1070   //
1071   // Analyze gain as a function of multiplicity and produce calibration graphs
1072   //
1073   if (!fGainMult) return kFALSE;
1074   fGainMult->GetHistGainMult()->GetAxis(3)->SetRangeUser(3,3);
1075   TH2D * histMultMax = fGainMult->GetHistGainMult()->Projection(0,4);
1076   TH2D * histMultTot = fGainMult->GetHistGainMult()->Projection(1,4);
1077   histMultMax->RebinX(4);
1078   histMultTot->RebinX(4);
1079   //
1080   TObjArray arrMax;
1081   TObjArray arrTot;
1082   histMultMax->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arrMax);
1083   histMultTot->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arrTot);
1084   //
1085   TH1D * meanMax = (TH1D*)arrMax.At(1);
1086   TH1D * meanTot = (TH1D*)arrTot.At(1);
1087   Float_t meanMult = histMultMax->GetMean();
1088   if(meanMax->GetBinContent(meanMax->FindBin(meanMult))) {
1089     meanMax->Scale(1./meanMax->GetBinContent(meanMax->FindBin(meanMult)));
1090   }
1091   else {
1092    return kFALSE;
1093   }
1094   if(meanTot->GetBinContent(meanTot->FindBin(meanMult))) {
1095     meanTot->Scale(1./meanTot->GetBinContent(meanTot->FindBin(meanMult)));
1096   }
1097   else {
1098    return kFALSE;
1099   }
1100   Float_t xMultMax[50];
1101   Float_t yMultMax[50];
1102   Float_t yMultErrMax[50];
1103   Float_t xMultTot[50];
1104   Float_t yMultTot[50];
1105   Float_t yMultErrTot[50];
1106   //
1107   Int_t nCountMax = 0;
1108   for(Int_t iBin = 1; iBin < meanMax->GetXaxis()->GetNbins(); iBin++) {
1109     Float_t yValMax = meanMax->GetBinContent(iBin);
1110     if (yValMax < 0.7) continue;
1111     if (yValMax > 1.3) continue;
1112     if (meanMax->GetBinError(iBin)/yValMax > 0.01) continue;
1113     xMultMax[nCountMax] = meanMax->GetXaxis()->GetBinCenter(iBin);
1114     yMultMax[nCountMax] = yValMax;
1115     yMultErrMax[nCountMax] = meanMax->GetBinError(iBin);
1116     nCountMax++;
1117   }
1118   //
1119   if (nCountMax < 10) return kFALSE;
1120   TGraphErrors * fitMultMax = new TGraphErrors(nCountMax, xMultMax, yMultMax, 0, yMultErrMax);
1121   fitMultMax->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_MULTIPLICITYDEPENDENCE_BEAM_ALL");
1122   //
1123   Int_t nCountTot = 0;
1124   for(Int_t iBin = 1; iBin < meanTot->GetXaxis()->GetNbins(); iBin++) {
1125     Float_t yValTot = meanTot->GetBinContent(iBin);
1126     if (yValTot < 0.7) continue;
1127     if (yValTot > 1.3) continue;
1128     if (meanTot->GetBinError(iBin)/yValTot > 0.1) continue;
1129     xMultTot[nCountTot] = meanTot->GetXaxis()->GetBinCenter(iBin);
1130     yMultTot[nCountTot] = yValTot;
1131     yMultErrTot[nCountTot] = meanTot->GetBinError(iBin);
1132     nCountTot++;
1133   }
1134   //
1135   if (nCountTot < 10) return kFALSE;
1136   TGraphErrors *  fitMultTot = new TGraphErrors(nCountTot, xMultTot, yMultTot, 0, yMultErrTot);
1137   fitMultTot->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_MULTIPLICITYDEPENDENCE_BEAM_ALL");
1138   //
1139   fGainArray->AddLast(fitMultMax);
1140   fGainArray->AddLast(fitMultTot);
1141   //
1142   return kTRUE;
1143
1144 }
1145
1146
1147 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, const Char_t *storagePath){
1148   //
1149   // Update OCDB entry
1150   //
1151   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
1152   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
1153   metaData->SetResponsible("Alexander Kalweit");
1154   metaData->SetBeamPeriod(1);
1155   metaData->SetAliRootVersion("05-24-00"); //root version
1156   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the gain due to pressure and temperature changes.");
1157   AliCDBId id1("TPC/Calib/TimeGain", startRunNumber, endRunNumber);
1158   AliCDBStorage * gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(storagePath);
1159   gStorage->Put(fGainArray, id1, metaData);
1160 }
1161
1162 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeQAPlot(Float_t  FPtoMIPratio) {
1163   //
1164   // Make QA plot to visualize results
1165   //
1166   //
1167   //
1168   if (fGraphCosmic) {
1169     TCanvas * canvasCosmic = new TCanvas("gain Cosmic", "time dependent gain QA histogram cosmic");
1170     canvasCosmic->cd();
1171     TH2D * gainHistoCosmic = fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
1172     gainHistoCosmic->SetDirectory(0);
1173     gainHistoCosmic->SetName("GainHistoCosmic");
1174     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
1175     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
1176     gainHistoCosmic->Draw("colz");
1177     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
1178     fGraphCosmic->Draw("lp");
1179     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
1180     TGraph * grfFitCosmic = fFitCosmic->MakeGraph(fGraphCosmic->GetX()[0],fGraphCosmic->GetX()[fGraphCosmic->GetN()-1],50000,0);
1181     if (grfFitCosmic) {
1182       for(Int_t i=0; i < grfFitCosmic->GetN(); i++) {
1183         grfFitCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;
1184       }
1185       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
1186         fGraphCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;
1187       }
1188     }
1189     fGraphCosmic->Draw("lp");
1190     if (grfFitCosmic) {
1191       grfFitCosmic->SetLineColor(2);
1192       grfFitCosmic->Draw("lu");
1193     }
1194     fGainArray->AddLast(gainHistoCosmic);
1195     //fGainArray->AddLast(canvasCosmic->Clone());
1196     delete canvasCosmic;
1197   }
1198   if (fFitMIP) {
1199     TCanvas * canvasMIP = new TCanvas("gain MIP", "time dependent gain QA histogram MIP");
1200     canvasMIP->cd();
1201     TH2D * gainHistoMIP    = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
1202     gainHistoMIP->SetName("GainHistoCosmic");
1203     gainHistoMIP->SetDirectory(0);
1204     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
1205     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
1206     gainHistoMIP->Draw("colz");
1207     fGraphMIP->SetMarkerStyle(25);
1208     fGraphMIP->Draw("lp");
1209     TGraph * grfFitMIP = fFitMIP->MakeGraph(fGraphMIP->GetX()[0],fGraphMIP->GetX()[fGraphMIP->GetN()-1],50000,0);
1210     grfFitMIP->SetLineColor(2);
1211     grfFitMIP->Draw("lu");
1212     fGainArray->AddLast(gainHistoMIP);
1213     //fGainArray->AddLast(canvasMIP->Clone());
1214     delete canvasMIP;
1215   }
1216 }
1217
1218 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeFitTime(){
1219   //
1220   // mak aligment fit - store results in the file
1221   //
1222   const Int_t kMinEntries=1000;
1223   MakeChainTime();
1224   MakePrimitivesTime();
1225   if (!fAlignTree) return;
1226   if (fAlignTree->GetEntries()<kMinEntries) return;
1227   fAlignTree->SetAlias("ptype","type");
1228   fAlignTree->SetAlias("hasITS","(1+0)");
1229   fAlignTree->SetAlias("dITS","1-2*(refX<40)");
1230   fAlignTree->SetAlias("isITS","refX>10");
1231   fAlignTree->SetAlias("isVertex","refX<10");
1232   //
1233   Int_t  npointsMax=30000000;
1234   TStatToolkit toolkit;
1235   Double_t chi2=0;
1236   Int_t    npoints=0;
1237   TVectorD param;
1238   TMatrixD covar;
1239
1240   TString fstringFast="";
1241   fstringFast+="FExBTwistX++";
1242   fstringFast+="FExBTwistY++";
1243   fstringFast+="FAlignRot0D++";
1244   fstringFast+="FAlignTrans0D++";
1245   fstringFast+="FAlignTrans1D++";
1246   //
1247   fstringFast+="hasITS*FAlignTrans0++";
1248   fstringFast+="hasITS*FAlignTrans1++";
1249   fstringFast+="hasITS*FAlignRot0++";
1250   fstringFast+="hasITS*FAlignRot1++";
1251   fstringFast+="hasITS*FAlignRot2++";
1252   //
1253   fstringFast+="dITS*FAlignTrans0++";
1254   fstringFast+="dITS*FAlignTrans1++";
1255   fstringFast+="dITS*FAlignRot0++";
1256   fstringFast+="dITS*FAlignRot1++";
1257   fstringFast+="dITS*FAlignRot2++";
1258
1259   TCut cutFit="entries>10&&abs(mean)>0.00001";
1260   fAlignTree->SetAlias("err","rms");
1261
1262   TString *strDeltaITS = TStatToolkit::FitPlaneConstrain(fAlignTree,"mean:err", fstringFast.Data(),cutFit, chi2,npoints,param,covar,-1,0, npointsMax, 1);
1263   strDeltaITS->Tokenize("++")->Print();
1264   fAlignTree->SetAlias("fitYFast",strDeltaITS->Data());
1265   //
1266   TVectorD paramC= param;
1267   TMatrixD covarC= covar;
1268   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"Trans0D",paramC,covarC,0, 0.1);
1269   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"Trans1D",paramC,covarC,0, 0.1);
1270   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"TwistX",paramC,covarC,0, 0.1);
1271   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"TwistY",paramC,covarC,0, 0.1);
1272   TString strFitConst=TStatToolkit::MakeFitString(fstringFast, paramC,covar);
1273   fAlignTree->SetAlias("fitYFastC",strFitConst.Data());
1274   CreateAlignTime(fstringFast,paramC);
1275
1276
1277 }
1278
1279
1280 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeChainTime(){
1281   //
1282   TFile f("CalibObjects.root");
1283   //  const char *cdtype[7]={"ITS","TRD","Vertex","TOF","TPC","TPC0","TPC1"};
1284   //const char *cptype[5]={"dy","dz","dsnp","dtheta","d1pt"};
1285   const char * hname[5]={"dy","dz","dsnp","dtheta","d1pt"};
1286   Int_t run=0;
1287   AliTPCcalibTime  *calibTime= (AliTPCcalibTime*) f.Get("calibTime");
1288   if (!calibTime) return;
1289   TTreeSRedirector *pcstream = new TTreeSRedirector("meanITSVertex.root");
1290   //
1291   Int_t ihis=0;
1292   THnSparse *his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1293   if (his){
1294     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1295     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1296     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1297     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,5);
1298   }
1299   ihis=1;
1300   his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1301   if (his){
1302     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1303     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1304     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1305     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,5);
1306   }
1307   ihis=2;
1308   his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1309   if (his){
1310     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1311     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1312     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1313     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,5);
1314   }
1315   ihis=0;
1316   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1317   if (his){
1318     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1319     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1320     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1321     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,5);
1322   }
1323   ihis=2;
1324   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1325   if (his){
1326     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1327     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1328     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1329     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,5);
1330
1331   }
1332   ihis=1;
1333   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1334   if (his){
1335     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1336     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1337     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1338     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,5);
1339
1340   }
1341   ihis=0;
1342   his = calibTime->GetResHistoTPCTOF(ihis);
1343   if (his){
1344     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1345     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1346     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1347     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("TOF%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,10);
1348
1349   }
1350   ihis=0;
1351   his = calibTime->GetResHistoTPCTRD(ihis);
1352   if (his){
1353     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1354     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1355     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1356     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("TRD%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,10);
1357
1358   }
1359   delete pcstream;
1360 }
1361
1362
1363 Double_t AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(Double_t phi, Double_t refX, Double_t theta, Int_t corr, Int_t ptype){
1364   //
1365   //
1366   //
1367   Double_t sector = 9*phi/TMath::Pi();
1368   if (sector<0) sector+=18;
1369   Double_t y85=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,85,theta,1,corr);
1370   Double_t y245=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,245,theta,1,corr);
1371   if (ptype==0) return y85+(y245-y85)*(refX-85.)/(245.-85.);
1372   if (ptype==2) return (y245-y85)/(245.-85.);
1373   return 0;
1374 }
1375
1376
1377
1378 void AliTPCPreprocessorOffline::MakePrimitivesTime(){
1379   //
1380   // Create primitive transformation to fit
1381   //
1382   fAlignTree=new TChain("fit","fit");
1383   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"ITSdy");
1384   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"ITSdsnp");
1385   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"Vertexdy");
1386   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"Vertexdsnp");
1387   //
1388   AliTPCParam *param= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1389   Double_t bzField=AliTrackerBase::GetBz();
1390   Double_t vdrift = param->GetDriftV()/1000000.; // [cm/us]   // From dataBase: to be updated: per second (ideally)
1391   Double_t ezField = 400; // [V/cm]   // to be updated: never (hopefully)
1392   Double_t wtP = -10.0 * (bzField) * vdrift /  ezField ;
1393   AliTPCExBTwist *fitExBTwistX= new  AliTPCExBTwist;
1394   AliTPCExBTwist *fitExBTwistY= new  AliTPCExBTwist;
1395   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans0   =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1396   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans1   =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1397   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans0D  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1398   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans1D  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1399   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot0     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1400   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot1     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1401   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot2     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1402   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot3     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1403   //
1404   //
1405   fitExBTwistX->SetXTwist(0.001);
1406   fitExBTwistX->SetOmegaTauT1T2(wtP,1,1);
1407   //
1408   fitExBTwistY->SetYTwist(0.001);
1409   fitExBTwistY->SetOmegaTauT1T2(wtP,1,1);
1410   //
1411   TGeoHMatrix *matrixRot = new TGeoHMatrix;
1412   TGeoHMatrix *matrixX = new TGeoHMatrix;
1413   TGeoHMatrix *matrixY = new TGeoHMatrix;
1414   matrixX->SetDx(0.1);
1415   matrixY->SetDy(0.1);
1416   Double_t rotAngles0[9]={0};
1417   Double_t rotAngles1[9]={0};
1418   Double_t rotAngles2[9]={0};
1419   //
1420   Double_t rotAngles3[9]={0};
1421
1422   rotAngles0[0]=1; rotAngles0[4]=1; rotAngles0[8]=1;
1423   rotAngles1[0]=1; rotAngles1[4]=1; rotAngles1[8]=1;
1424   rotAngles2[0]=1; rotAngles2[4]=1; rotAngles2[8]=1;
1425   rotAngles3[0]=1; rotAngles3[4]=1; rotAngles3[8]=1;
1426
1427   rotAngles0[1]=-0.001;rotAngles0[3]=0.001;
1428   rotAngles1[5]=-0.001;rotAngles1[7]=0.001;
1429   rotAngles2[2]=0.001;rotAngles2[6]=-0.001;
1430   rotAngles3[1]=0.001;rotAngles3[3]=-0.001;
1431   matrixRot->SetRotation(rotAngles0);
1432   rot0->SetAlignGlobal(matrixRot);
1433   matrixRot->SetRotation(rotAngles1);
1434   rot1->SetAlignGlobal(matrixRot);
1435   matrixRot->SetRotation(rotAngles2);
1436   rot2->SetAlignGlobal(matrixRot);
1437   matrixRot->SetRotation(rotAngles3);
1438   rot3->SetAlignGlobalDelta(matrixRot);
1439   //
1440   trans0->SetAlignGlobal(matrixX);
1441   trans1->SetAlignGlobal(matrixY);
1442   trans0D->SetAlignGlobalDelta(matrixX);
1443   trans1D->SetAlignGlobalDelta(matrixY);
1444   fitExBTwistX->Init();
1445   fitExBTwistY->Init();
1446   //
1447   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwistX->Clone()),100);
1448   fitExBTwistY->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwistY->Clone()),101);
1449   //
1450   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot0->Clone()),102);
1451   fitExBTwistY->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot1->Clone()),103);
1452   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot2->Clone()),104);
1453   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot3->Clone()),105);
1454
1455   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans0->Clone()),106);
1456   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans1->Clone()),107);
1457   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans0D->Clone()),108);
1458   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans1D->Clone()),109);
1459   //
1460   fAlignTree->SetAlias("FExBTwistX", "AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,100,ptype)+0");
1461   fAlignTree->SetAlias("FExBTwistY","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,101,ptype)+0");
1462   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot0","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,102,ptype)+0");
1463   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot0D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,105,ptype)+0");
1464   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot1","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,103,ptype)+0");
1465   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot2","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,104,ptype)+0");
1466   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans0","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,106,ptype)+0");
1467   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans1","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,107,ptype)+0");
1468   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans0D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,108,ptype)+0");
1469   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans1D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,109,ptype)+0");
1470   //
1471   // test fast function
1472   //
1473 //   fAlignTree->Draw("FExBTwistX:ExBTwistX","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1474 //   fAlignTree->Draw("FExBTwistY:ExBTwistY","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1475 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot0:alignRot0","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1476 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot1:alignRot1","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1477 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot2:alignRot2","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1478 //   //
1479 //   fAlignTree->Draw("FAlignTrans0:alignTrans0","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1480 //   fAlignTree->Draw("FAlignTrans1:alignTrans1","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1481
1482 }
1483
1484
1485 void AliTPCPreprocessorOffline::CreateAlignTime(TString fstring, TVectorD paramC){
1486   //
1487   //
1488   //
1489   //
1490   TGeoHMatrix *matrixDelta     = new TGeoHMatrix;
1491   TGeoHMatrix *matrixGlobal    = new TGeoHMatrix;
1492   Double_t rAngles[9];
1493   Int_t index=0;
1494   //
1495   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignTrans0D");
1496   if (index>=0) matrixDelta->SetDx(paramC[index+1]*0.1);
1497   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignTrans1D");
1498   if (index>=0) matrixDelta->SetDy(paramC[index+1]*0.1);
1499   rAngles[0]=1; rAngles[4]=1; rAngles[8]=1;
1500   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignRot0D");
1501   rAngles[1]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[3]=paramC[index+1]*0.001;
1502   rAngles[5]=0; rAngles[7] =0;
1503   rAngles[2]=0; rAngles[6] =0;
1504   matrixDelta->SetRotation(rAngles);
1505   //
1506   //
1507   //
1508   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignTrans0");
1509   if (index>=0) matrixGlobal->SetDx(paramC[index+1]*0.1);
1510   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignTrans1");
1511   if (index>=0) matrixGlobal->SetDy(paramC[index+1]*0.1);
1512   rAngles[0]=1; rAngles[4]=1; rAngles[8]=1;
1513   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot0");
1514   rAngles[1]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[3]=paramC[index+1]*0.001;
1515   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot1");
1516   rAngles[5]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[7]=paramC[index+1]*0.001;
1517   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot2");
1518   rAngles[2]=paramC[index+1]*0.001; rAngles[6] =-paramC[index+1]*0.001;
1519   matrixGlobal->SetRotation(rAngles);
1520   //
1521   AliTPCCalibGlobalMisalignment *fitAlignTime  =0;
1522   fitAlignTime  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1523   fitAlignTime->SetName("FitAlignTime");
1524   fitAlignTime->SetTitle("FitAlignTime");
1525   fitAlignTime->SetAlignGlobalDelta(matrixDelta);
1526   fitAlignTime->SetAlignGlobal(matrixGlobal);
1527   //
1528   AliTPCExBTwist * fitExBTwist= new  AliTPCExBTwist;
1529   Int_t indexX=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"ExBTwistX");
1530   Int_t indexY=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"ExBTwistY");
1531   fitExBTwist->SetXTwist(0.001*paramC[indexX+1]);  // 1 mrad twist in x
1532   fitExBTwist->SetYTwist(0.001*paramC[indexY+1]);  // 1 mrad twist in x
1533   fitExBTwist->SetName("FitExBTwistTime");
1534   fitExBTwist->SetTitle("FitExBTwistTime");
1535   AliTPCParam *param= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1536   Double_t bzField=AliTrackerBase::GetBz();
1537   Double_t vdrift = param->GetDriftV()/1000000.; // [cm/us]   // From dataBase: to be updated: per second (ideally)
1538
1539   Double_t ezField = 400; // [V/cm]   // to be updated: never (hopefully)
1540   Double_t wt = -10.0 * (bzField) * vdrift /  ezField ;
1541   //
1542   fitExBTwist->SetOmegaTauT1T2(wt,1,1);
1543   fitExBTwist->Init();
1544
1545   AliTPCComposedCorrection *corrTime =  new AliTPCComposedCorrection;
1546   TObjArray *arr = new TObjArray;
1547   corrTime->SetCorrections(arr);
1548
1549   corrTime->GetCorrections()->Add(fitExBTwist);
1550   corrTime->GetCorrections()->Add(fitAlignTime);
1551   corrTime->SetName("FitCorrectionTime");
1552   corrTime->SetTitle("FitCorrectionTime");
1553
1554   fitExBTwist->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwist->Clone()),1001);
1555   fitAlignTime->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitAlignTime->Clone()),1002);
1556   fitAlignTime->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(corrTime->Clone()),1003);
1557
1558
1559   fAlignTree->SetAlias("ExBTwistTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1001,ptype)+0");
1560   fAlignTree->SetAlias("AlignTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1002,ptype)+0");
1561   fAlignTree->SetAlias("FitCorrectionTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1003,ptype)+0");
1562
1563
1564   TFile *f = new TFile("fitITSVertex.root","update");
1565   corrTime->Write("FitCorrectionTime");
1566   f->Close();
1567 }
1568
1569
1570
1571