]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - EMCAL/AliEMCALClusterizerv1.cxx
Fixing memory leak (L.Gaudichet)
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALClusterizerv1.cxx
index 7b6f2fdf67fcf6c8f9c540351533061452251fab..1a4475026816b75509a8f2eef9d341b45890bfb0 100644 (file)
@@ -1,4 +1,3 @@
-
 /**************************************************************************
  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
  *                                                                        *
 
 // --- ROOT system ---
 
-#include "TROOT.h" 
-#include "TFile.h" 
-#include "TFolder.h" 
-#include "TMath.h" 
-#include "TMinuit.h"
-#include "TTree.h" 
-#include "TSystem.h" 
-#include "TBenchmark.h"
-
+#include <TROOT.h>
+#include <TH1.h>
+#include <TFile.h> 
+#include <TFolder.h> 
+#include <TMath.h> 
+#include <TMinuit.h>
+#include <TTree.h> 
+#include <TSystem.h> 
+#include <TBenchmark.h>
+#include <TBrowser.h>
 // --- Standard library ---
 
 
 #include "AliEMCALDigitizer.h"
 #include "AliEMCAL.h"
 #include "AliEMCALGeometry.h"
+#include "AliEMCALHistoUtilities.h"
+#include "AliCDBManager.h"
+#include "AliCDBStorage.h"
+#include "AliCDBEntry.h"
 
 ClassImp(AliEMCALClusterizerv1)
 
-Int_t addOn[20][60][60]; 
-
 //____________________________________________________________________________
   AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1() : AliEMCALClusterizer()
 {
@@ -81,16 +83,8 @@ Int_t addOn[20][60][60];
   
   InitParameters() ; 
   fDefaultInit = kTRUE ;
-  for(Int_t is=0;is<20;is++){ 
-    for(Int_t i=0;i<60;i++){ 
-      for(Int_t j=0;j<60;j++){ 
-       addOn[is][i][j]=0;
-      }
-    }
-  }
-//PH   cout<<"file to read 1"<<endl;
-  ReadFile();
-//PH   cout<<"file read 1"<<endl;
+  fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
+  fGeom->GetTransformationForSM(); // Global <-> Local
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -102,38 +96,65 @@ AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(const TString alirunFileName, const
   InitParameters() ; 
   Init() ;
   fDefaultInit = kFALSE ; 
-  for(Int_t is=0;is<20;is++){ 
-    for(Int_t i=0;i<60;i++){ 
-      for(Int_t j=0;j<60;j++){ 
-       addOn[is][i][j]=0;
-      }
-    }
-  }
-//PH   cout<<"file to read 2"<<endl;
-  ReadFile();
-//PH   cout<<"file read 2"<<endl;
-
 }
 
 //____________________________________________________________________________
   AliEMCALClusterizerv1::~AliEMCALClusterizerv1()
 {
   // dtor
-  
 }
 
 //____________________________________________________________________________
 const TString AliEMCALClusterizerv1::BranchName() const 
 { 
    return GetName();
-
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-Float_t  AliEMCALClusterizerv1::Calibrate(Int_t amp) const
+Float_t  AliEMCALClusterizerv1::Calibrate(Int_t amp, Int_t AbsId) 
 {
-  //To be replased later by the method, reading individual parameters from the database 
-  return -fADCpedestalECA + amp * fADCchannelECA ; 
+  // Convert digitized amplitude into energy.
+  // Calibration parameters are taken from calibration data base for raw data,
+  // or from digitizer parameters for simulated data.
+
+  if(fCalibData){
+
+    //JLK 13-Mar-2006
+    //We now get geometry at a higher level
+    //
+    // Loader
+    //    AliRunLoader *rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
+    
+    // Load EMCAL Geomtry
+    //    rl->LoadgAlice(); 
+    //AliRun   * gAlice = rl->GetAliRun(); 
+    //AliEMCAL * emcal  = (AliEMCAL*)gAlice->GetDetector("EMCAL");
+    //AliEMCALGeometry * geom = emcal->GetGeometry();
+    
+    if (fGeom==0)
+      AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader") ;
+    
+    Int_t iSupMod = -1;
+    Int_t nTower  = -1;
+    Int_t nIphi   = -1;
+    Int_t nIeta   = -1;
+    Int_t iphi    = -1;
+    Int_t ieta    = -1;
+    
+    Bool_t bCell = fGeom->GetCellIndex(AbsId, iSupMod, nTower, nIphi, nIeta) ;
+    if(!bCell)
+      Error("DigitizeEnergy","Wrong cell id number") ;
+    fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nTower,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
+
+    fADCchannelECA  = fCalibData->GetADCchannel (iSupMod,ieta,iphi);
+    fADCpedestalECA = fCalibData->GetADCpedestal(iSupMod,ieta,iphi);
+    return -fADCpedestalECA + amp * fADCchannelECA ;        
+  }
+  else //Return energy with default parameters if calibration is not available
+    return -fADCpedestalECA + amp * fADCchannelECA ; 
+  
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -150,10 +171,12 @@ void AliEMCALClusterizerv1::Exec(Option_t * option)
   if(strstr(option,"print"))
     Print("") ; 
 
-  //AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
 
+  //Get calibration parameters from file or digitizer default values.
+  GetCalibrationParameters() ;
+
   if (fLastEvent == -1) 
     fLastEvent = rl->GetNumberOfEvents() - 1;
   Int_t nEvents   = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
@@ -162,11 +185,13 @@ void AliEMCALClusterizerv1::Exec(Option_t * option)
   rl->LoadDigits("EMCAL");
   for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++) {
     rl->GetEvent(ievent);
-    GetCalibrationParameters() ;
 
     fNumberOfECAClusters = 0;
-           
-    MakeClusters() ;
+
+    if(strstr(option,"pseudo"))
+      MakeClusters("pseudo") ;  //both types
+    else
+      MakeClusters("") ;  //only the real clusters
 
     if(fToUnfold)
       MakeUnfolding() ;
@@ -185,11 +210,9 @@ void AliEMCALClusterizerv1::Exec(Option_t * option)
   if(strstr(option,"tim")){
     gBenchmark->Stop("EMCALClusterizer");
     printf("Exec took %f seconds for Clusterizing %f seconds per event", 
-        gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer"), gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer")/nEvents ) ;
+        gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer"), gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer")/nEvents );
   }
 
-  SaveHists();
-
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -202,10 +225,6 @@ Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALRecPoint * emcRP, AliEMCALDigit **
 
   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::GetRunLoader()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
   TClonesArray *digits = emcalLoader->Digits();
-  /*
-  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ; 
-  TClonesArray * digits = gime->Digits() ; 
-  */
 
   gMinuit->mncler();                     // Reset Minuit's list of paramters
   gMinuit->SetPrintLevel(-1) ;           // No Printout
@@ -226,16 +245,14 @@ Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALRecPoint * emcRP, AliEMCALDigit **
 
   Int_t iDigit ;
 
-  AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance(); //gime->EMCALGeometry() ; 
-
   for(iDigit = 0; iDigit < nDigits; iDigit++){
     digit = maxAt[iDigit]; 
 
     Int_t relid[2] ;
     Float_t x = 0.;
     Float_t z = 0.;
-    geom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
-    geom->PosInAlice(relid, x, z) ;
+    fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
+    fGeom->PosInAlice(relid, x, z) ;
 
     Float_t energy = maxAtEnergy[iDigit] ;
 
@@ -290,17 +307,33 @@ Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALRecPoint * emcRP, AliEMCALDigit **
 //____________________________________________________________________________
 void AliEMCALClusterizerv1::GetCalibrationParameters() 
 {
-  // Gets the parameters for the calibration from the digitizer
-  //AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
-  AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::GetRunLoader()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-
-  if ( !emcalLoader->Digitizer() ) 
-    emcalLoader->LoadDigitizer();
-  AliEMCALDigitizer * dig = dynamic_cast<AliEMCALDigitizer*>(emcalLoader->Digitizer());
-
-  fADCchannelECA   = dig->GetECAchannel() ;
-  fADCpedestalECA  = dig->GetECApedestal();
-//PH  cout<<"ChannelECA, peds "<<fADCchannelECA<<" "<<fADCpedestalECA<<endl;
+  // Set calibration parameters:
+  // if calibration database exists, they are read from database,
+  // otherwise, they are taken from digitizer.
+  //
+  // It is a user responsilibity to open CDB before reconstruction, 
+  // for example: 
+  // AliCDBStorage* storage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage("local://CalibDB");
+
+  //Check if calibration is stored in data base
+   if(AliCDBManager::Instance()->IsDefaultStorageSet()){
+     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
+     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
+     if (entry) fCalibData = (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
+   }
+   if(!fCalibData)
+     {
+       //If calibration is not available use default parameters
+       //Loader
+       AliEMCALLoader *emcalLoader = 
+        dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::GetRunLoader()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
+       if ( !emcalLoader->Digitizer() ) 
+        emcalLoader->LoadDigitizer();
+       AliEMCALDigitizer * dig = dynamic_cast<AliEMCALDigitizer*>(emcalLoader->Digitizer());
+       
+       fADCchannelECA   = dig->GetECAchannel() ;
+       fADCpedestalECA  = dig->GetECApedestal();
+     }
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -309,18 +342,15 @@ void AliEMCALClusterizerv1::Init()
   // Make all memory allocations which can not be done in default constructor.
   // Attach the Clusterizer task to the list of EMCAL tasks
   
-  //AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance() ;
   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
-  AliEMCALGeometry *geom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
-  AliInfo(Form("geom 0x%x",geom));
+  fGeom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
+  fGeom->GetTransformationForSM(); // Global <-> Local
+  AliInfo(Form("geom 0x%x",fGeom));
 
-//Sub  fNTowers = geom->GetNZ() *  geom->GetNPhi() ;
-  fNTowers =400;
   if(!gMinuit) 
     gMinuit = new TMinuit(100) ;
- //Sub if ( !gime->Clusterizer() ) 
- //Sub   gime->PostClusterizer(this); 
- BookHists();
+
+  fHists = BookHists();
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -329,79 +359,103 @@ void AliEMCALClusterizerv1::InitParameters()
   // Initializes the parameters for the Clusterizer
   fNumberOfECAClusters = 0;
 
+  fNTowerInGroup = 36;  //Produces maximum of 80 pseudoclusters per event
+
   fECAClusteringThreshold   = 0.5;  // value obtained from Alexei
-  fECALocMaxCut = 0.03;
+  fECALocMaxCut = 0.03; // ??
 
   fECAW0     = 4.5 ;
   fTimeGate = 1.e-8 ; 
   fToUnfold = kFALSE ;
   fRecPointsInRun  = 0 ;
-  fMinECut = 0.3;
+  fMinECut = 0.01; // have to be tune
+
+  fCalibData               = 0 ;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreNeighbours(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2)const
+Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreNeighbours(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2) const
 {
   // Gives the neighbourness of two digits = 0 are not neighbour but continue searching 
   //                                       = 1 are neighbour
-  //                                       = 2 are not neighbour but do not continue searching
+  //                                       = 2 is in different SM, quit from searching
   // neighbours are defined as digits having at least a common vertex 
   // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit already in a cluster 
   //                                      which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster  
 
-  //AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGetter::Instance()->EMCALGeometry() ;
-   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance() ;
-
-  Int_t rv = 0 ; 
-
-  Int_t relid1[2] ; 
- //Sub geom->AbsToRelNumbering(d1->GetId(), relid1) ; 
-    Int_t nSupMod=0;
-    Int_t nTower=0;
-    Int_t nIphi=0;
-    Int_t nIeta=0;
-    Int_t iphi=0;
-    Int_t ieta=0;
-   geom->GetCellIndex(d1->GetId(), nSupMod,nTower,nIphi,nIeta);
-   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nTower,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
-   relid1[0]=ieta;
-   relid1[1]=iphi;
-
-
-    Int_t nSupMod1=0;
-    Int_t nTower1=0;
-    Int_t nIphi1=0;
-    Int_t nIeta1=0;
-    Int_t iphi1=0;
-    Int_t ieta1=0;
-   geom->GetCellIndex(d2->GetId(), nSupMod1,nTower1,nIphi1,nIeta1);
-   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod1, nTower1,nIphi1,nIeta1, iphi1,ieta1);
-   Int_t relid2[2] ; 
-   relid2[0]=ieta1;
-   relid2[1]=iphi1;
-
-  //Sub  geom->AbsToRelNumbering(d2->GetId(), relid2) ; 
-  
+  static Int_t rv; 
+  static Int_t nSupMod1=0, nTower1=0, nIphi1=0, nIeta1=0, iphi1=0, ieta1=0;
+  static Int_t nSupMod2=0, nTower2=0, nIphi2=0, nIeta2=0, iphi2=0, ieta2=0;
+  static Int_t rowdiff, coldiff;
+  rv = 0 ; 
+
+  fGeom->GetCellIndex(d1->GetId(), nSupMod1,nTower1,nIphi1,nIeta1);
+  fGeom->GetCellIndex(d2->GetId(), nSupMod2,nTower2,nIphi2,nIeta2);
+  if(nSupMod1 != nSupMod2) return 2; // different SM
 
-  Int_t rowdiff = TMath::Abs( relid1[0] - relid2[0] ) ;  
-  Int_t coldiff = TMath::Abs( relid1[1] - relid2[1] ) ;  
+  fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod1,nTower1,nIphi1,nIeta1, iphi1,ieta1);
+  fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod2,nTower2,nIphi2,nIeta2, iphi2,ieta2);
+
+  rowdiff = TMath::Abs(iphi1 - iphi2);  
+  coldiff = TMath::Abs(ieta1 - ieta2) ;  
   
-  if (( coldiff <= 1 )  && ( rowdiff <= 1 )){
-      rv = 1 ; 
-  }
-  else {
-    if((relid2[0] > relid1[0]) && (relid2[1] > relid1[1]+1)) 
-      rv = 2; //  Difference in row numbers is too large to look further 
-  }
+  if (( coldiff <= 1 )  && ( rowdiff <= 1 )) rv = 1;  // neighbours with at least commom vertex
  
-  if (gDebug == 2 ) 
-if(rv==1)printf("AreNeighbours: neighbours=%d, id1=%d, relid1=%d,%d \n id2=%d, relid2=%d,%d \n", 
-        rv, d1->GetId(), relid1[0], relid1[1],
-        d2->GetId(), relid2[0], relid2[1]) ;   
+  if (gDebug == 2 && rv==1) 
+  printf("AreNeighbours: neighbours=%d, id1=%d, relid1=%d,%d \n id2=%d, relid2=%d,%d \n", 
+        rv, d1->GetId(), iphi1,ieta1, d2->GetId(), iphi2,ieta2);   
   
   return rv ; 
 }
 
+//____________________________________________________________________________
+Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreInGroup(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2) const
+{
+  // Tells whether two digits fall within the same supermodule and
+  // tower grouping.  The number of towers in a group is controlled by
+  // the parameter nTowersInGroup
+  //    = 0 are not in same group but continue searching 
+  //    = 1 same group
+  //    = 2 is in different SM, quit from searching
+  //    = 3 different tower group, quit from searching
+  //
+  // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit 
+  // already in a cluster which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster  
+
+  //JLK Question: does the quit from searching assume that the digits
+  //are ordered, so that once you are in a different SM, you'll not
+  //find another in the list that will match?  How about my TowerGroup search?
+
+  static Int_t rv;
+  static Int_t nSupMod1=0, nTower1=0, nIphi1=0, nIeta1=0, iphi1=0, ieta1=0;
+  static Int_t nSupMod2=0, nTower2=0, nIphi2=0, nIeta2=0, iphi2=0, ieta2=0;
+  static Int_t towerGroup1 = -1, towerGroup2 = -1;
+  rv = 0 ;
+
+  fGeom->GetCellIndex(d1->GetId(), nSupMod1,nTower1,nIphi1,nIeta1);
+  fGeom->GetCellIndex(d2->GetId(), nSupMod2,nTower2,nIphi2,nIeta2);
+  if(nSupMod1 != nSupMod2) return 2; // different SM
+
+  static Int_t nTowerInSM = fGeom->GetNCellsInSupMod()/fGeom->GetNCellsInTower();
+
+  //figure out which tower grouping each digit belongs to
+  for(int it = 0; it < nTowerInSM/fNTowerInGroup; it++) {
+    if(nTower1 <= nTowerInSM - it*fNTowerInGroup) towerGroup1 = it;
+    if(nTower2 <= nTowerInSM - it*fNTowerInGroup) towerGroup2 = it;
+  }
+  if(towerGroup1 != towerGroup2) return 3; //different Towergroup
+
+  //same SM, same towergroup, we're happy
+  if(towerGroup1 == towerGroup2 && towerGroup2 >= 0)
+    rv = 1;
+
+  if (gDebug == 2 && rv==1)
+  printf("AreInGroup: neighbours=%d, id1=%d, relid1=%d,%d \n id2=%d, relid2=%d,%d \n",
+         rv, d1->GetId(), iphi1,ieta1, d2->GetId(), iphi2,ieta2);
+
+  return rv ;
+}
+
 //____________________________________________________________________________
 void AliEMCALClusterizerv1::Unload() 
 {
@@ -437,8 +491,10 @@ void AliEMCALClusterizerv1::WriteRecPoints()
   
   aECARecPoints->Sort() ;
 
-  for(index = 0; index < aECARecPoints->GetEntries(); index++)
+  for(index = 0; index < aECARecPoints->GetEntries(); index++) {
     (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aECARecPoints->At(index)))->SetIndexInList(index) ;
+    (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aECARecPoints->At(index)))->Print();
+  }
 
   Int_t bufferSize = 32000 ;    
   Int_t splitlevel = 0 ; 
@@ -453,12 +509,11 @@ void AliEMCALClusterizerv1::WriteRecPoints()
   treeR->Fill() ;
 
   emcalLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
-  //emcalLoader->WriteClusterizer("OVERWRITE");
-  emcalLoader->WriteReconstructioner("OVERWRITE");
+
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::MakeClusters()
+void AliEMCALClusterizerv1::MakeClusters(char* option)
 {
   // Steering method to construct the clusters stored in a list of Reconstructed Points
   // A cluster is defined as a list of neighbour digits
@@ -467,53 +522,127 @@ void AliEMCALClusterizerv1::MakeClusters()
 
   TObjArray * aECARecPoints = emcalLoader->RecPoints() ; 
     
-  AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
-  if (geom==0) 
+  if (fGeom==0) 
      AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
 
   aECARecPoints->Clear();
 
-  TClonesArray * digits = emcalLoader->Digits() ; 
-  TClonesArray * digitsC =  dynamic_cast<TClonesArray*>(digits->Clone()) ;
+  //Start with pseudoclusters, if option
+  if(strstr(option,"pseudo")) {
+    TClonesArray * digits  = emcalLoader->Digits() ; 
+    TClonesArray * digitsC =  dynamic_cast<TClonesArray*>(digits->Clone());
+
+    TIter nextdigit(digitsC) ;
+    AliEMCALDigit * digit;
+
+    AliEMCALRecPoint * recPoint = 0 ; 
+    int ineb=0;
+    nextdigit.Reset();
+
+    // PseudoClusterization starts    
+    while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit())) ) { // scan over the list of digitsC
+      recPoint = 0 ; 
+      TArrayI clusterECAdigitslist(1000); // what is this   
+
+      if(fGeom->CheckAbsCellId(digit->GetId()) ) { //Is this an EMCAL digit? Just maing sure...
+       Int_t iDigitInECACluster = 0; // start a new Tower RecPoint
+       if(fNumberOfECAClusters >= aECARecPoints->GetSize()) aECARecPoints->Expand(2*fNumberOfECAClusters+1) ;
+       AliEMCALRecPoint * rp = new  AliEMCALRecPoint("") ; 
+       aECARecPoints->AddAt(rp, fNumberOfECAClusters) ;
+       recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aECARecPoints->At(fNumberOfECAClusters)) ; 
+       fNumberOfECAClusters++ ; 
+
+       recPoint->SetClusterType(AliEMCALRecPoint::kPseudoCluster);
+
+       recPoint->AddDigit(*digit, digit->GetAmp()) ; 
+       clusterECAdigitslist[iDigitInECACluster] = digit->GetIndexInList() ;    
+       iDigitInECACluster++ ; 
+       digitsC->Remove(digit) ; 
+       AliDebug(1,Form("MakePseudoClusters: OK id = %d, adc = %f \n", digit->GetId(), digit->GetAmp()));
+       nextdigit.Reset(); // will start from beggining
+      
+       AliEMCALDigit * digitN = 0; // digi neighbor
+       Int_t index = 0 ;
+
+       // Find the neighbours
+       while (index < iDigitInECACluster){ // scan over digits already in cluster 
+         digit =  (AliEMCALDigit*)digits->At(clusterECAdigitslist[index]);
+         index++ ; 
+         while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigit())) { // scan over the reduced list of digits 
+           ineb = AreInGroup(digit, digitN);       // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!! 
+           switch (ineb ) {
+              case 0 :   // not a neighbour
+              break ;
+             case 1 :   // are neighbours 
+              recPoint->AddDigit(*digitN, digitN->GetAmp() ) ;
+              clusterECAdigitslist[iDigitInECACluster] = digitN->GetIndexInList() ; 
+              iDigitInECACluster++ ; 
+              digitsC->Remove(digitN) ;
+              break ;
+             case 2 :   // different SM
+              break ;
+              case 3 :   // different Tower group
+              break ;
+           } // switch
+         } // scan over the reduced list of digits
+       } // scan over digits already in cluster
+       nextdigit.Reset() ;  // will start from beggining
+      }
+    }
+    if(recPoint) cout << "cl.e " << recPoint->GetEnergy() << endl; 
+    delete digitsC ;
+  }
+
+  //Now do real clusters
+  TClonesArray * digits  = emcalLoader->Digits() ; 
+  TClonesArray * digitsC =  dynamic_cast<TClonesArray*>(digits->Clone());
 
-  // Clusterization starts    
   TIter nextdigit(digitsC) ;
   AliEMCALDigit * digit;
 
-  cout << "Outer Loop" << endl;
+  AliEMCALRecPoint * recPoint = 0 ; 
+  int ineb=0;
+  nextdigit.Reset();
+
+  double e=0.0, ehs = 0.0;
+  while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit())) ) { // clean up digits
+    e = Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId());
+    AliEMCALHistoUtilities::FillH1(fHists, 10, digit->GetAmp());
+    AliEMCALHistoUtilities::FillH1(fHists, 11, e);
+    if(e < fMinECut ) digitsC->Remove(digit);
+    else              ehs += e;
+  }  
+  cout << " Number of digits " << digits->GetEntries() << " -> (e>" <<fMinECut <<")";
+  cout << digitsC->GetEntries()<< " ehs "<<ehs<<endl; 
+
+  // Clusterization starts    
+  //  cout << "Outer Loop" << endl;
+  ineb=0;
+  nextdigit.Reset();
+  recPoint = 0 ; 
   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit())) ) { // scan over the list of digitsC
-    AliEMCALRecPoint * clu = 0 ; 
-    
-    TArrayI clusterECAdigitslist(50000);   
-
-////////////////////////temp solution, embedding///////////////////
-   int nSupMod=0, nTower=0, nIphi=0, nIeta=0;
-   int iphi=0, ieta=0;
-   geom->GetCellIndex(digit->GetId(), nSupMod,nTower,nIphi,nIeta);
-   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nTower,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
-   
-   //cout << "Some checking" << endl;
-   if (geom->CheckAbsCellId(digit->GetId()) && (Calibrate(digit->GetAmp()+addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]) > fECAClusteringThreshold  ) ){
-      //if(addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]>0)cout<<"11 digit, add "<<ieta<<" "<<iphi<<" "<<addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]<<" "<<digit->GetAmp()<<endl;
-//         cout<<"crossed the threshold "<<endl;
-      Int_t iDigitInECACluster = 0;
-      // start a new Tower RecPoint
-      if(fNumberOfECAClusters >= aECARecPoints->GetSize()) 
-         aECARecPoints->Expand(2*fNumberOfECAClusters+1) ;
+    recPoint = 0 ; 
+    TArrayI clusterECAdigitslist(1000); // what is this   
+
+    if(fGeom->CheckAbsCellId(digit->GetId()) && (Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId()) > fECAClusteringThreshold  ) ){
+      Int_t iDigitInECACluster = 0; // start a new Tower RecPoint
+      if(fNumberOfECAClusters >= aECARecPoints->GetSize()) aECARecPoints->Expand(2*fNumberOfECAClusters+1) ;
       AliEMCALRecPoint * rp = new  AliEMCALRecPoint("") ; 
-      //rp->SetGeom(geom);
       aECARecPoints->AddAt(rp, fNumberOfECAClusters) ;
-      clu = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aECARecPoints->At(fNumberOfECAClusters)) ; 
+      recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aECARecPoints->At(fNumberOfECAClusters)) ; 
       fNumberOfECAClusters++ ; 
-      clu->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp()+addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1])) ; 
+
+      recPoint->SetClusterType(AliEMCALRecPoint::kClusterv1);
+
+      recPoint->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId())) ; 
       clusterECAdigitslist[iDigitInECACluster] = digit->GetIndexInList() ;     
       iDigitInECACluster++ ; 
-//    cout<<" 1st setp:cluno, digNo "<<fNumberOfECAClusters<<" "<<iDigitInECACluster<<endl;
       digitsC->Remove(digit) ; 
-      AliDebug(1,Form("MakeClusters: OK id = %d, ene = %f , thre = %f \n", digit->GetId(),Calibrate(digit->GetAmp()), fECAClusteringThreshold));  
-      nextdigit.Reset() ;
+      AliDebug(1,Form("MakeClusters: OK id = %d, ene = %f , thre = %f \n", digit->GetId(),
+      Calibrate(digit->GetAmp(),digit->GetId()), fECAClusteringThreshold));  
+      nextdigit.Reset(); // will start from beggining
       
-      AliEMCALDigit * digitN 
+      AliEMCALDigit * digitN = 0; // digi neighbor
       Int_t index = 0 ;
 
       // Find the neighbours
@@ -521,42 +650,27 @@ void AliEMCALClusterizerv1::MakeClusters()
        digit =  (AliEMCALDigit*)digits->At(clusterECAdigitslist[index]);
        index++ ; 
         while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigit())) { // scan over the reduced list of digits 
-         // cout<<"we have new digit "<<endl;
-          // check that the digit is above the min E Cut
-          geom->GetCellIndex(digitN->GetId(), nSupMod,nTower,nIphi,nIeta);
-          geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nTower,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
-          if( Calibrate(digitN->GetAmp()+addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]) < fMinECut  )  digitsC->Remove(digitN);
-         //cout<<" new digit above ECut "<<endl;
-         Int_t ineb = AreNeighbours(digit, digitN);       // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!! 
-//     cout<<" new digit neighbour?? "<<ineb<<endl;
-         switch (ineb ) {
-          case 0 :   // not a neighbour
-           break ;
-         case 1 :   // are neighbours 
-           //if(addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]>0)cout<<"22 digit, add "<<nSupMod<<" "<<ieta<<" "<<iphi<<" "<<addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]<<" "<<digit->GetAmp()<<endl;
-           clu->AddDigit(*digitN, Calibrate( digitN->GetAmp()+addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]) ) ;
-           clusterECAdigitslist[iDigitInECACluster] = digitN->GetIndexInList() ; 
-           iDigitInECACluster++ ; 
-//    cout<<"when neighbour: cluno, digNo "<<digit->GetId()<<" "<<fNumberOfECAClusters<<" "<<iDigitInECACluster<<endl;
-           digitsC->Remove(digitN) ;
-//         break ;
-//          case 2 :   // too far from each other
-//Subh     goto endofloop1;   
-//         cout<<"earlier go to end of loop"<<endl;   
+         ineb = AreNeighbours(digit, digitN);       // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!! 
+          switch (ineb ) {
+            case 0 :   // not a neighbour
+             break ;
+           case 1 :   // are neighbours 
+             recPoint->AddDigit(*digitN, Calibrate(digitN->GetAmp(),digitN->GetId()) ) ;
+             clusterECAdigitslist[iDigitInECACluster] = digitN->GetIndexInList() ; 
+             iDigitInECACluster++ ; 
+             digitsC->Remove(digitN) ;
+              break ;
+             case 2 :   // different SM
+              break ;
          } // switch
-    //cout<<"in nextDigit loop "<<fNumberOfECAClusters<<" "<<iDigitInECACluster<<endl;
-       } // while digitN
-       //cout << "Done neighbout searching" << endl;
-       nextdigit.Reset() ; 
-      } // loop over ECA cluster
-    } // energy threshold
-    else if(Calibrate(digit->GetAmp()+addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]) < fMinECut  ){
-      //if(addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]>0)cout<<"33 digit, add  "<<ieta<<" "<<iphi<<" "<<addOn[nSupMod-1][ieta-1][iphi-1]<<" "<<digit->GetAmp()<<endl;
-      digitsC->Remove(digit);
+        } // scan over the reduced list of digits
+      } // scan over digits already in cluster
+      nextdigit.Reset() ;  // will start from beggining
     }
-    //cout<<"after endofloop: cluno, digNo "<<fNumberOfECAClusters<<endl;
   } // while digit  
+  if(recPoint) cout << "cl.e " << recPoint->GetEnergy() << endl; 
   delete digitsC ;
+
   AliDebug(1,Form("total no of clusters %d from %d digits",fNumberOfECAClusters,digits->GetEntriesFast())); 
 }
 
@@ -684,66 +798,54 @@ void AliEMCALClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
              maxL2=lambda[1];
              maxDis=rp->GetDispersion();
       }
-      pointE->Fill(rp->GetEnergy());
-      pointL1->Fill(lambda[0]);
-      pointL2->Fill(lambda[1]);
-      pointDis->Fill(rp->GetDispersion());
-      pointMult->Fill(rp->GetMultiplicity());
+      fPointE->Fill(rp->GetEnergy());
+      fPointL1->Fill(lambda[0]);
+      fPointL2->Fill(lambda[1]);
+      fPointDis->Fill(rp->GetDispersion());
+      fPointMult->Fill(rp->GetMultiplicity());
       ///////////// 
       for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
        printf("%d ", primaries[iprimary] ) ; 
       } 
     }
 
-      MaxE->Fill(maxE);
-      MaxL1->Fill(maxL1);
-      MaxL2->Fill(maxL2);
-      MaxDis->Fill(maxDis);
+      fMaxE->Fill(maxE);
+      fMaxL1->Fill(maxL1);
+      fMaxL2->Fill(maxL2);
+      fMaxDis->Fill(maxDis);
 
 
     printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n");
   }
 }
-  void AliEMCALClusterizerv1::BookHists()
+TList* AliEMCALClusterizerv1::BookHists()
 {
-       pointE = new TH1F("pointE","point energy", 2000, 0.0, 150.);
-       pointL1 = new TH1F("pointL1","point L1", 1000, 0.0, 3.);
-       pointL2 = new TH1F("pointL2","point L2", 1000, 0.0, 3.);
-       pointDis = new TH1F("pointDis","point Dis", 1000, 0.0, 3.);
-       pointMult = new TH1F("pointMult","point Mult", 100, 0.0, 100.);
-       digitAmp = new TH1F("digitAmp","Digit Amplitude", 2000, 0.0, 5000.);
-       MaxE = new TH1F("maxE","Max point energy", 2000, 0.0, 150.);
-       MaxL1 = new TH1F("maxL1","Max point L1", 1000, 0.0, 3.);
-       MaxL2 = new TH1F("maxL2","Max point L2", 1000, 0.0, 3.);
-       MaxDis = new TH1F("maxDis","Max point Dis", 1000, 0.0, 3.);
+  gROOT->cd();
+
+       fPointE = new TH1F("pointE","point energy", 2000, 0.0, 150.);
+       fPointL1 = new TH1F("pointL1","point L1", 1000, 0.0, 3.);
+       fPointL2 = new TH1F("pointL2","point L2", 1000, 0.0, 3.);
+       fPointDis = new TH1F("pointDis","point Dis", 1000, 0.0, 3.);
+       fPointMult = new TH1F("pointMult","point Mult", 100, 0.0, 100.);
+       fDigitAmp = new TH1F("digitAmp","Digit Amplitude", 2000, 0.0, 5000.);
+       fMaxE = new TH1F("maxE","Max point energy", 2000, 0.0, 150.);
+       fMaxL1 = new TH1F("maxL1","Max point L1", 1000, 0.0, 3.);
+       fMaxL2 = new TH1F("maxL2","Max point L2", 1000, 0.0, 3.);
+       fMaxDis = new TH1F("maxDis","Max point Dis", 1000, 0.0, 3.); // 9
+       //
+        new TH1F("adcOfDigits","adc of digits(threshold control)", 1001, -0.5, 1000.5);   // 10
+        new TH1F("energyOfDigits","energy of digits(threshold control)", 1000, 0.0, 1.);  // 11
+
+  return AliEMCALHistoUtilities::MoveHistsToList("EmcalClusterizerv1ControlHists", kFALSE);
 }
-void AliEMCALClusterizerv1::SaveHists()
+
+void AliEMCALClusterizerv1::SaveHists(const char *fn)
 {
- recofile=new TFile("reco.root","RECREATE"); 
-       pointE->Write();
-       pointL1->Write();
-       pointL2->Write();
-       pointDis->Write();
-       pointMult->Write();
-       digitAmp->Write();
-      MaxE->Write();
-      MaxL1->Write();
-      MaxL2->Write();
-      MaxDis->Write();
-recofile->Close();
+  AliEMCALHistoUtilities::SaveListOfHists(fHists, fn, kTRUE);
 }
 
-void AliEMCALClusterizerv1::ReadFile()
+void AliEMCALClusterizerv1::Browse(TBrowser* b)
 {
-  return; // 3-jan-05
-       FILE *fp = fopen("hijing1.dat","r");
-        for(Int_t line=0;line<9113;line++){
-         Int_t eg,l1,l2,sm;
-         Int_t ncols0;
-         ncols0 = fscanf(fp,"%d %d %d %d",&sm,&l1,&l2,&eg);
-       // cout<<eg<<" "<<l1<<" "<<l2<<endl;
-        addOn[sm-1][l1-1][l2-1]=eg;
-        //addOn[sm-1][l1-1][l2-1]=0;
-       }
+  if(fHists) b->Add(fHists);
+  TTask::Browse(b);
 }
-