]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - EMCAL/AliEMCALDigitizer.cxx
Change in container binning (Domenico C.)
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALDigitizer.cxx
index 9a745fbfd2cc9a1dd5d9249ebec1020d5180350d..27b5c7ad0bbb0160f71a006932d05c5c3b3ad986 100644 (file)
 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 // Class performs digitization of Summable digits from simulated data
 //  
-// In addition it performs mixing of summable digits from different events.
+// In addition it performs mixing/embedding of summable digits from different events.
 //
-// For each event two branches are created in TreeD:
+// For each event 3 branches are created in TreeD:
 //   "EMCAL" - list of digits
+//   "EMCALTRG" - list of trigger digits
 //   "AliEMCALDigitizer" - AliEMCALDigitizer with all parameters used in digitization
 //
-// Note, that one cset title for new digits branch, and repeat digitization with
-// another set of parameters.
 //
-// Examples of use:
-// root[0] AliEMCALDigitizer * d = new AliEMCALDigitizer() ;
-// root[1] d->ExecuteTask()             
-// Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
-//                       //Digitizes SDigitis in all events found in file galice.root 
-//
-// root[2] AliEMCALDigitizer * d1 = new AliEMCALDigitizer("galice1.root") ;  
-//                       // Will read sdigits from galice1.root
-// root[3] d1->MixWith("galice2.root")       
-// Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
-//                       // Reads another portion of sdigits from galice2.root
-// root[3] d1->MixWith("galice3.root")       
-//                       // Reads another portion of sdigits from galice3.root
-// root[4] d->ExecuteTask("deb timing")    
-//                       // Reads SDigits from files galice1.root, galice2.root ....
-//                       // mixes them and stores produced Digits in file galice1.root          
-//                       // deb - prints number of produced digits
-//                       // deb all - prints list of produced digits
-//                       // timing  - prints time used for digitization
 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 //
 //*-- Author: Sahal Yacoob (LBL)
 // based on : AliEMCALDigitizer
 // Modif: 
 //  August 2002 Yves Schutz: clone PHOS as closely as possible and intoduction
-//                           of new  IO (à la PHOS)
+//                           of new IO (a la PHOS)
 //  November 2003 Aleksei Pavlinov : adopted for Shish-Kebab geometry 
+//  July 2011 GCB: Digitizer modified to accomodate embedding. 
+//                 Time calibration added. Decalibration possibility of energy and time added
 //_________________________________________________________________________________
 
 // --- ROOT system ---
@@ -72,7 +54,7 @@
 // --- AliRoot header files ---
 #include "AliLog.h"
 #include "AliRun.h"
-#include "AliRunDigitizer.h"
+#include "AliDigitizationInput.h"
 #include "AliRunLoader.h"
 #include "AliCDBManager.h"
 #include "AliCDBEntry.h"
 #include "AliEMCALDigitizer.h"
 #include "AliEMCALSDigitizer.h"
 #include "AliEMCALGeometry.h"
-//#include "AliEMCALTick.h"
 #include "AliEMCALCalibData.h"
 #include "AliEMCALSimParam.h"
 #include "AliEMCALRawDigit.h"
+#include "AliCaloCalibPedestal.h"
 
-namespace
-{
-       Double_t HeavisideTheta(Double_t x)
-       {
-               Double_t signal = 0.;
-               
-               if (x > 0.) signal = 1.;  
-               
-               return signal;  
-       }
-       
-       Double_t AnalogFastORFunction(Double_t *x, Double_t *par)
-       {
-               Double_t v0 = par[0];
-               Double_t t0 = par[1];
-               Double_t tr = par[2];
-               
-               Double_t R1 = 1000.;
-               Double_t C1 = 33e-12;
-               Double_t R2 = 1800;
-               Double_t C2 = 22e-12;
-               
-               Double_t t  =   x[0];
-               
-               return (((0.8*(-((TMath::Power(C1,2)*C2*TMath::Power(TMath::E(),(-t + t0)/(C1*R1))*
-                                                 TMath::Power(R1,2)*R2)/(C1*R1 - C2*R2)) + 
-                                          C1*C2*R1*R2*(1 - (C2*TMath::Power(TMath::E(),(-t + t0)/(C2*R2))*R2)/(-(C1*R1) + C2*R2)))*v0*
-                                 HeavisideTheta(t - t0))/tr 
-                                - (0.8*(C1*C2*R1*R2 - 
-                                                (TMath::Power(C1,2)*C2*TMath::Power(TMath::E(),(-1.*t + t0 + 1.25*tr)/(C1*R1))*
-                                                 TMath::Power(R1,2)*R2)/(C1*R1 - C2*R2) + 
-                                                (C1*TMath::Power(C2,2)*TMath::Power(TMath::E(),(-1.*t + t0 + 1.25*tr)/(C2*R2))*
-                                                 R1*TMath::Power(R2,2))/(C1*R1 - C2*R2))*v0*
-                                       HeavisideTheta(t - t0 - 1.25*tr))/tr)/(C2*R1));
-       }
-}
+  namespace
+  {
+    Double_t HeavisideTheta(Double_t x)
+    {
+      Double_t signal = 0.;
+      
+      if (x > 0.) signal = 1.;  
+      
+      return signal;  
+    }
+    
+    Double_t AnalogFastORFunction(Double_t *x, Double_t *par)
+    {
+      Double_t v0 = par[0];
+      Double_t t0 = par[1];
+      Double_t tr = par[2];
+      
+      Double_t R1 = 1000.;
+      Double_t C1 = 33e-12;
+      Double_t R2 = 1800;
+      Double_t C2 = 22e-12;
+      
+      Double_t t  =   x[0];
+      
+      return (((0.8*(-((TMath::Power(C1,2)*C2*TMath::Power(TMath::E(),(-t + t0)/(C1*R1))*
+                       TMath::Power(R1,2)*R2)/(C1*R1 - C2*R2)) + 
+                    C1*C2*R1*R2*(1 - (C2*TMath::Power(TMath::E(),(-t + t0)/(C2*R2))*R2)/(-(C1*R1) + C2*R2)))*v0*
+               HeavisideTheta(t - t0))/tr 
+              - (0.8*(C1*C2*R1*R2 - 
+                      (TMath::Power(C1,2)*C2*TMath::Power(TMath::E(),(-1.*t + t0 + 1.25*tr)/(C1*R1))*
+                       TMath::Power(R1,2)*R2)/(C1*R1 - C2*R2) + 
+                      (C1*TMath::Power(C2,2)*TMath::Power(TMath::E(),(-1.*t + t0 + 1.25*tr)/(C2*R2))*
+                       R1*TMath::Power(R2,2))/(C1*R1 - C2*R2))*v0*
+                 HeavisideTheta(t - t0 - 1.25*tr))/tr)/(C2*R1));
+    }
+  }
 
 ClassImp(AliEMCALDigitizer)
-
-
+  
+  
 //____________________________________________________________________________ 
 AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer()
   : AliDigitizer("",""),
@@ -138,29 +120,32 @@ AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer()
     fEventNames(0x0),
     fDigitThreshold(0),
     fMeanPhotonElectron(0),
-//    fPedestal(0), //Not used, remove?
-//    fSlope(0),    //Not used, remove?
+    fGainFluctuations(0),
     fPinNoise(0),
+    fTimeNoise(0),
     fTimeDelay(0),
-    fTimeResolution(0),
-//    fTimeThreshold(0),    //Not used, remove?
-//    fTimeSignalLength(0), //Not used, remove?
+    fTimeResolutionPar0(0),
+    fTimeResolutionPar1(0),
     fADCchannelEC(0),
     fADCpedestalEC(0),
+    fADCchannelECDecal(0),
+    fTimeChannel(0),
+    fTimeChannelDecal(0),
     fNADCEC(0),
     fEventFolderName(""),
     fFirstEvent(0),
     fLastEvent(0),
-    fCalibData(0x0)
+    fCalibData(0x0),
+    fSDigitizer(0x0)
 {
   // ctor
   InitParameters() ; 
-  fManager = 0 ;                     // We work in the standalone mode
+  fDigInput = 0 ;                     // We work in the standalone mode
 }
 
 //____________________________________________________________________________ 
 AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(TString alirunFileName, TString eventFolderName)
-  : AliDigitizer("EMCAL"+AliConfig::Instance()->GetDigitizerTaskName(), alirunFileName),
+  : AliDigitizer("EMCALDigitizer", alirunFileName),
     fDefaultInit(kFALSE),
     fDigitsInRun(0),
     fInit(0),
@@ -169,25 +154,28 @@ AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(TString alirunFileName, TString eventFolder
     fEventNames(0), 
     fDigitThreshold(0),
     fMeanPhotonElectron(0),
-//    fPedestal(0),//Not used, remove?
-//    fSlope(0),   //Not used, remove?
+    fGainFluctuations(0),
     fPinNoise(0),
-       fTimeDelay(0),
-    fTimeResolution(0),
-//    fTimeThreshold(0),    //Not used, remove?
-//    fTimeSignalLength(0), //Not used, remove?
+    fTimeNoise(0),
+    fTimeDelay(0),
+    fTimeResolutionPar0(0),
+    fTimeResolutionPar1(0),
     fADCchannelEC(0),
     fADCpedestalEC(0),
+    fADCchannelECDecal(0),
+    fTimeChannel(0),
+    fTimeChannelDecal(0),
     fNADCEC(0),
     fEventFolderName(eventFolderName),
     fFirstEvent(0),
     fLastEvent(0),
-    fCalibData(0x0)
+    fCalibData(0x0),
+    fSDigitizer(0x0)
 {
   // ctor
   InitParameters() ; 
   Init() ;
-  fManager = 0 ;                     // We work in the standalone mode
+  fDigInput = 0 ;                     // We work in the standalone mode
 }
 
 //____________________________________________________________________________ 
@@ -201,27 +189,29 @@ AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(const AliEMCALDigitizer & d)
     fEventNames(d.fEventNames),
     fDigitThreshold(d.fDigitThreshold),
     fMeanPhotonElectron(d.fMeanPhotonElectron),
-//    fPedestal(d.fPedestal), //Not used, remove?
-//    fSlope(d.fSlope),       //Not used, remove?
+    fGainFluctuations(d.fGainFluctuations),
     fPinNoise(d.fPinNoise),
+    fTimeNoise(d.fTimeNoise),
     fTimeDelay(d.fTimeDelay),
-    fTimeResolution(d.fTimeResolution),
-//    fTimeThreshold(d.fTimeThreshold),       //Not used, remove?
-//    fTimeSignalLength(d.fTimeSignalLength), //Not used, remove?
+    fTimeResolutionPar0(d.fTimeResolutionPar0),
+    fTimeResolutionPar1(d.fTimeResolutionPar1),
     fADCchannelEC(d.fADCchannelEC),
     fADCpedestalEC(d.fADCpedestalEC),
+    fADCchannelECDecal(d.fADCchannelECDecal),
+    fTimeChannel(d.fTimeChannel), fTimeChannelDecal(d.fTimeChannelDecal),
     fNADCEC(d.fNADCEC),
     fEventFolderName(d.fEventFolderName),
     fFirstEvent(d.fFirstEvent),
     fLastEvent(d.fLastEvent),
-    fCalibData(d.fCalibData)
+    fCalibData(d.fCalibData),
+    fSDigitizer(d.fSDigitizer ? new AliEMCALSDigitizer(*d.fSDigitizer) : 0)
 {
   // copyy ctor 
- }
+}
 
 //____________________________________________________________________________ 
-AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(AliRunDigitizer * rd)
-  : AliDigitizer(rd,"EMCAL"+AliConfig::Instance()->GetDigitizerTaskName()),
+AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(AliDigitizationInput * rd)
+  : AliDigitizer(rd,"EMCALDigitizer"),
     fDefaultInit(kFALSE),
     fDigitsInRun(0),
     fInit(0),
@@ -230,25 +220,28 @@ AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(AliRunDigitizer * rd)
     fEventNames(0),
     fDigitThreshold(0),
     fMeanPhotonElectron(0),
-//    fPedestal(0), //Not used, remove?
-//    fSlope(0.),   //Not used, remove?
+    fGainFluctuations(0),
     fPinNoise(0.),
+    fTimeNoise(0.),
     fTimeDelay(0.),
-    fTimeResolution(0.),
-//    fTimeThreshold(0),    //Not used, remove?
-//    fTimeSignalLength(0), //Not used, remove?
+    fTimeResolutionPar0(0.),
+    fTimeResolutionPar1(0.),
     fADCchannelEC(0),
     fADCpedestalEC(0),
+    fADCchannelECDecal(0),
+    fTimeChannel(0),
+    fTimeChannelDecal(0),    
     fNADCEC(0),
     fEventFolderName(0),
     fFirstEvent(0),
     fLastEvent(0),
-    fCalibData(0x0)
+    fCalibData(0x0),
+    fSDigitizer(0x0)
 {
   // ctor Init() is called by RunDigitizer
-  fManager = rd ; 
-  fEventFolderName = fManager->GetInputFolderName(0) ;
-  SetTitle(dynamic_cast<AliStream*>(fManager->GetInputStream(0))->GetFileName(0));
+  fDigInput = rd ; 
+  fEventFolderName = fDigInput->GetInputFolderName(0) ;
+  SetTitle(dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(0))->GetFileName(0));
   InitParameters() ; 
 }
 
@@ -256,26 +249,18 @@ AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(AliRunDigitizer * rd)
   AliEMCALDigitizer::~AliEMCALDigitizer()
 {
   //dtor
-  if (AliRunLoader::Instance()) {
-    AliLoader *emcalLoader=0;
-    if ((emcalLoader = AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL")))
-      emcalLoader->CleanDigitizer();
-  }
-  else
-    AliDebug(1," no runloader present");
   delete [] fInputFileNames ; 
   delete [] fEventNames ; 
-
+  if (fSDigitizer) delete fSDigitizer;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliEMCALDigitizer::Digitize(Int_t event) 
-{ 
-
+void AliEMCALDigitizer::Digitize(Int_t event)
+{
   // Makes the digitization of the collected summable digits
   // for this it first creates the array of all EMCAL modules
-  // filled with noise and after that adds contributions from 
-  // SDigits. This design helps to avoid scanning over the 
+  // filled with noise and after that adds contributions from
+  // SDigits. This design helps to avoid scanning over the
   // list of digits to add  contribution of any new SDigit.
   //
   // JLK 26-Jun-2008
@@ -283,232 +268,381 @@ void AliEMCALDigitizer::Digitize(Int_t event)
   // must call the Calibrate() method of the SDigitizer to convert it
   // back to an energy in GeV before adding it to the Digit
   //
-  static int nEMC=0; //max number of digits possible
-
+  
   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-  Int_t readEvent = event ; 
-  // fManager is data member from AliDigitizer
-  if (fManager) 
-    readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fManager->GetInputStream(0))->GetCurrentEventNumber() ; 
-  AliDebug(1,Form("Adding event %d from input stream 0 %s %s", 
-                 readEvent, GetTitle(), fEventFolderName.Data())) ; 
+  
+  if(!emcalLoader)
+  {
+    AliFatal("EMCALLoader is NULL!") ;
+    return; // not needed but in case coverity complains ...
+  }
+  
+  Int_t readEvent = event ;
+  if (fDigInput) // fDigInput is data member from AliDigitizer
+    readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(0))->GetCurrentEventNumber() ;
+  AliDebug(1,Form("Adding event %d from input stream 0 %s %s",
+                  readEvent, GetTitle(), fEventFolderName.Data())) ;
   rl->GetEvent(readEvent);
-
-  TClonesArray * digits = emcalLoader->Digits() ; 
+  
+  TClonesArray * digits = emcalLoader->Digits() ;
   digits->Delete() ;  //correct way to clear array when memory is
-                     //allocated by objects stored in array
-
+  //allocated by objects stored in array
+  
   // Load Geometry
-  AliEMCALGeometry *geom = 0;
-  if (rl->GetAliRun()) {
-    AliEMCAL * emcal  = (AliEMCAL*)rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL");
-    geom = emcal->GetGeometry();
-  }
-  else 
+  if (!rl->GetAliRun())
+  {
     AliFatal("Could not get AliRun from runLoader");
-
-  nEMC = geom->GetNCells();
+    return; // not needed but in case coverity complains ...
+  }
+  
+  AliEMCAL * emcal  = (AliEMCAL*)rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL");
+  AliEMCALGeometry *geom = emcal->GetGeometry();
+  static int nEMC = geom->GetNCells();//max number of digits possible
   AliDebug(1,Form("nEMC %i (number cells in EMCAL) | %s \n", nEMC, geom->GetName()));
   
-  Int_t absID = -1 ;
-
   digits->Expand(nEMC) ;
-
-  // get first the sdigitizer from the tasks list (must have same name as the digitizer)
-  if ( !emcalLoader->SDigitizer() ) 
-    emcalLoader->LoadSDigitizer();
-  AliEMCALSDigitizer * sDigitizer = dynamic_cast<AliEMCALSDigitizer*>(emcalLoader->SDigitizer()); 
   
-  if ( !sDigitizer )
-    Fatal("Digitize", "SDigitizer with name %s %s not found", fEventFolderName.Data(), GetTitle() ) ; 
-
+  // RS create a digitizer on the fly
+  if (!fSDigitizer) fSDigitizer = new AliEMCALSDigitizer(rl->GetFileName().Data());
+  fSDigitizer->SetEventRange(0, -1) ;
+  
+  //-------------------------------------------------------
   //take all the inputs to add together and load the SDigits
   TObjArray * sdigArray = new TObjArray(fInput) ;
   sdigArray->AddAt(emcalLoader->SDigits(), 0) ;
   
   Int_t i ;
-  for(i = 1 ; i < fInput ; i++){
-    TString tempo(fEventNames[i]) ; 
+  Int_t embed = kFALSE;
+  for(i = 1 ; i < fInput ; i++)
+  {
+    TString tempo(fEventNames[i]) ;
     tempo += i ;
-
-    AliRunLoader *  rl2 = AliRunLoader::GetRunLoader(tempo) ; 
-
-    if (rl2==0) 
-      rl2 = AliRunLoader::Open(fInputFileNames[i], tempo) ; 
-
-    if (fManager) 
-      readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fManager->GetInputStream(i))->GetCurrentEventNumber() ; 
-    Info("Digitize", "Adding event %d from input stream %d %s %s", readEvent, i, fInputFileNames[i].Data(), tempo.Data()) ; 
+    
+    AliRunLoader *  rl2 = AliRunLoader::GetRunLoader(tempo) ;
+    
+    if (!rl2)
+      rl2 = AliRunLoader::Open(fInputFileNames[i], tempo) ;
+    
+    if(!rl2)
+    {
+      AliFatal("Run Loader of second event not available!");
+      return; // not needed but in case coverity complains ...
+    }
+    
+    if (fDigInput)
+      readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(i))->GetCurrentEventNumber() ;
+    
+    Info("Digitize", "Adding event %d from input stream %d %s %s", readEvent, i, fInputFileNames[i].Data(), tempo.Data()) ;
+    
     rl2->LoadSDigits();
+    //     rl2->LoadDigits();
     rl2->GetEvent(readEvent);
+    
+    if(!rl2->GetDetectorLoader("EMCAL"))
+    {
+      AliFatal("Loader of second input not found");
+      return; // not needed but in case coverity complains ...
+    }
+    
     AliEMCALLoader *emcalLoader2 = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl2->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-    sdigArray->AddAt(emcalLoader2->SDigits(), i) ;
-  }
+    
+    if(!emcalLoader2)
+    {
+      AliFatal("EMCAL Loader of second event not available!");
+      return; // not needed but in case coverity complains ...
+    }
+
+    //Merge 2 simulated sdigits
+    if(!emcalLoader2->SDigits()) continue;
+    
+    TClonesArray* sdigits2 = emcalLoader2->SDigits();
+    sdigArray->AddAt(sdigits2, i) ;
+    
+    // Check if first sdigit is of embedded type, if so, handle the sdigits differently:
+    // do not smear energy of embedded, do not add noise to any sdigits
+    if( sdigits2->GetEntriesFast() <= 0 ) continue;
+    
+    //printf("Merged digit type: %d\n",dynamic_cast<AliEMCALDigit*> (sdigits2->At(0))->GetType());
+    AliEMCALDigit * digit2 = dynamic_cast<AliEMCALDigit*> (sdigits2->At(0));
+    if( digit2 && digit2->GetType()==AliEMCALDigit::kEmbedded ) embed = kTRUE;
+    
+  }// input loop
   
+  //--------------------------------
   //Find the first tower with signal
-  Int_t nextSig = nEMC + 1 ; 
-  TClonesArray * sdigits ;  
-  for(i = 0 ; i < fInput ; i++){
+  Int_t nextSig = nEMC + 1 ;
+  TClonesArray * sdigits ;
+  for(i = 0 ; i < fInput ; i++)
+  {
+    if(i > 0 && embed) continue;
+    
     sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
-    if ( !sdigits->GetEntriesFast() )
-      continue ; 
-    Int_t curNext = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(sdigits->At(0))->GetId() ;
-     if(curNext < nextSig) 
-       nextSig = curNext ;
-     AliDebug(1,Form("input %i : #sdigits %i \n",
-                    i, sdigits->GetEntriesFast()));
-  }
+    if(!sdigits)
+    {
+      AliDebug(1,"Null sdigit pointer");
+      continue;
+    }
+    
+    if (sdigits->GetEntriesFast() <= 0 )
+    {
+      AliDebug(1, "No sdigits entries");
+      continue;
+    }
+    
+    AliEMCALDigit *sd = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(sdigits->At(0));
+    if(!sd)
+    {
+      AliDebug(1, "NULL sdigit pointer");
+      continue;
+    }
+    
+    Int_t curNext = sd->GetId() ;
+    if(curNext < nextSig)
+    nextSig = curNext ;
+    AliDebug(1,Form("input %i : #sdigits %i \n",i, sdigits->GetEntriesFast()));
+    
+  }// input loop
+  
   AliDebug(1,Form("FIRST tower with signal %i \n", nextSig));
-
+  
   TArrayI index(fInput) ;
   index.Reset() ;  //Set all indexes to zero
-
+  
   AliEMCALDigit * digit ;
   AliEMCALDigit * curSDigit ;
-
-  //  TClonesArray * ticks = new TClonesArray("AliEMCALTick",1000) ;
-
-  //Put Noise contribution
-  for(absID = 0; absID < nEMC; absID++){ // Nov 30, 2006 by PAI; was from 1 to nEMC
+  
+  //---------------------------------------------
+  //Put Noise contribution, smear time and energy
+  Float_t timeResolution = 0;
+  Int_t absID = -1 ;
+  for(absID = 0; absID < nEMC; absID++)
+  { // Nov 30, 2006 by PAI; was from 1 to nEMC
+    
+    if (IsDead(absID)) continue; // Don't instantiate dead digits
+    
     Float_t energy = 0 ;
+    
     // amplitude set to zero, noise will be added later
-    new((*digits)[absID]) AliEMCALDigit( -1, -1, absID, 0., TimeOfNoise(),kFALSE); // absID-1->absID
+    Float_t noiseTime = 0.;
+    if(!embed) noiseTime = TimeOfNoise(); //No need for embedded events?
+    new((*digits)[absID]) AliEMCALDigit( -1, -1, absID, 0., noiseTime,kFALSE); // absID-1->absID
     //look if we have to add signal?
     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(absID)); // absID-1->absID
     
-    if(absID==nextSig){
-      //Add SDigits from all inputs    
-      //      ticks->Clear() ;
-      //Int_t contrib = 0 ;
-
-      //Follow PHOS and comment out this timing model til a better one
-      //can be developed - JLK 28-Apr-2008
-
-      //Float_t a = digit->GetAmplitude() ;
-      //Float_t b = TMath::Abs( a /fTimeSignalLength) ;
-      //Mark the beginning of the signal
-      //new((*ticks)[contrib++]) AliEMCALTick(digit->GetTime(),0, b);  
-      //Mark the end of the signal     
-      //new((*ticks)[contrib++]) AliEMCALTick(digit->GetTime()+fTimeSignalLength, -a, -b);
-
+    if (!digit)
+    {
+      AliDebug(1,"Digit pointer is null");
+      continue;
+    }
+    
+    if(absID==nextSig)
+    {
       // Calculate time as time of the largest digit
       Float_t time = digit->GetTime() ;
       Float_t aTime= digit->GetAmplitude() ;
       
       // loop over input
-      for(i = 0; i< fInput ; i++){  //loop over (possible) merge sources
-       if(dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i))->GetEntriesFast() > index[i] )
-         curSDigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i))->At(index[i])) ;      
-       else
-         curSDigit = 0 ;
-       //May be several digits will contribute from the same input
-       while(curSDigit && (curSDigit->GetId() == absID)){         
-         //Shift primary to separate primaries belonging different inputs
-         Int_t primaryoffset ;
-         if(fManager)
-           primaryoffset = fManager->GetMask(i) ; 
-         else
-           primaryoffset = i ;
-         curSDigit->ShiftPrimary(primaryoffset) ;
-
-         //Remove old timing model - JLK 28-April-2008
-         //a = curSDigit->GetAmplitude() ;
-         //b = a /fTimeSignalLength ;
-         //new((*ticks)[contrib++]) AliEMCALTick(curSDigit->GetTime(),0, b);  
-         //new((*ticks)[contrib++]) AliEMCALTick(curSDigit->GetTime()+fTimeSignalLength, -a, -b); 
-         if(curSDigit->GetAmplitude()>aTime) {
-           aTime = curSDigit->GetAmplitude();
-           time = curSDigit->GetTime();
-         }
-
-         *digit = *digit + *curSDigit ;  //adds amplitudes of each digit
-
-         index[i]++ ;
-         if( dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i))->GetEntriesFast() > index[i] )
-           curSDigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i))->At(index[i])) ;
-         else
-           curSDigit = 0 ;
-       }
-      }
-      //Here we convert the summed amplitude to an energy in GeV
-      energy = sDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ; // GeV
+      Int_t nInputs = fInput;
+      if(embed) nInputs = 1; // In case of embedding, merge later real digits, do not smear energy and time of data
+      for(i = 0; i< nInputs ; i++)
+      {
+        //loop over (possible) merge sources
+        TClonesArray* sdtclarr = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i));
+        if(sdtclarr)
+        {
+          Int_t sDigitEntries = sdtclarr->GetEntriesFast();
+          
+          if(sDigitEntries > index[i] ) curSDigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(sdtclarr->At(index[i])) ;
+          else                          curSDigit = 0 ;
+          
+          //May be several digits will contribute from the same input
+          while(curSDigit && (curSDigit->GetId() == absID))
+          {
+            //Shift primary to separate primaries belonging different inputs
+            Int_t primaryoffset = i ;
+            if(fDigInput) primaryoffset = fDigInput->GetMask(i) ;
+            curSDigit->ShiftPrimary(primaryoffset) ;
+            
+            if(curSDigit->GetAmplitude()>aTime)
+            {
+              aTime = curSDigit->GetAmplitude();
+              time  = curSDigit->GetTime();
+            }
+            
+            *digit = *digit + *curSDigit ;  //adds amplitudes of each digit
+            
+            index[i]++ ;
+            
+            if( sDigitEntries > index[i] ) curSDigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(sdtclarr->At(index[i])) ;
+            else                           curSDigit = 0 ;
+          }// while
+        }// source exists
+      }// loop over merging sources
+      
+      //Here we convert the summed amplitude to an energy in GeV only for simulation or mixing of simulations
+      energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ; // GeV
+      
       // add fluctuations for photo-electron creation
-      energy *= static_cast<Float_t>(gRandom->Poisson(fMeanPhotonElectron)) / static_cast<Float_t>(fMeanPhotonElectron) ;
-  
+      // corrected fluctuations after comparison with beam test, Paraskevi Ganoti (06/11/2011)
+      Float_t fluct = static_cast<Float_t>((energy*fMeanPhotonElectron)/fGainFluctuations);
+      energy       *= static_cast<Float_t>(gRandom->Poisson(fluct)) / fluct ;
+      
       //calculate and set time
-      //New timing model needed - JLK 28-April-2008
-      //Float_t time = FrontEdgeTime(ticks) ;
       digit->SetTime(time) ;
-
+      
       //Find next signal module
       nextSig = nEMC + 1 ;
-      for(i = 0 ; i < fInput ; i++){
+      for(i = 0 ; i < nInputs ; i++)
+      {
         sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
-        Int_t curNext = nextSig ;
-        if(sdigits->GetEntriesFast() > index[i] ){
-          curNext = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(sdigits->At(index[i]))->GetId() ;      
-        }
-        if(curNext < nextSig) nextSig = curNext ;
-      }
-    }
-    // add the noise now
-    energy += TMath::Abs(gRandom->Gaus(0., fPinNoise)) ;
+        
+        if(sdigits)
+        {
+          Int_t curNext = nextSig ;
+          if(sdigits->GetEntriesFast() > index[i])
+          {
+            AliEMCALDigit * tmpdigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(sdigits->At(index[i]));
+            if ( tmpdigit ) curNext = tmpdigit->GetId() ;
+          }
+          
+          if(curNext < nextSig) nextSig = curNext ;
+        }// sdigits exist
+      } // input loop
+      
+    }//absID==nextSig
+    
+    // add the noise now, no need for embedded events with real data
+    if(!embed)
+      energy += gRandom->Gaus(0., fPinNoise) ;
+    
     // JLK 26-June-2008
-    //Now digitize the energy according to the sDigitizer method,
+    //Now digitize the energy according to the fSDigitizer method,
     //which merely converts the energy to an integer.  Later we will
     //check that the stored value matches our allowed dynamic ranges
-    digit->SetAmplitude(sDigitizer->Digitize(energy)) ;  
+    digit->SetAmplitude(fSDigitizer->Digitize(energy)) ;
+    
+    //Set time resolution with final energy
+    timeResolution = GetTimeResolution(energy);
+    digit->SetTime(gRandom->Gaus(digit->GetTime(),timeResolution) ) ;
     AliDebug(10,Form(" absID %5i energy %f nextSig %5i\n",
-                    absID, energy, nextSig));
+                     absID, energy, nextSig));
+    //Add delay to time
+    digit->SetTime(digit->GetTime()+fTimeDelay) ;
+    
   } // for(absID = 0; absID < nEMC; absID++)
   
-  //ticks->Delete() ;
-  //delete ticks ;
-
+  //---------------------------------------------------------
+  //Embed simulated amplitude (and time?) to real data digits
+  if ( embed )
+  {
+    for(Int_t input = 1; input<fInput; input++)
+    {
+      TClonesArray *realDigits = dynamic_cast<TClonesArray*> (sdigArray->At(input));
+      if(!realDigits)
+      {
+        AliDebug(1,"No sdigits to merge\n");
+        continue;
+      }
+      
+      for(Int_t i2 = 0 ; i2 < realDigits->GetEntriesFast() ; i2++)
+      {
+        AliEMCALDigit * digit2 = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( realDigits->At(i2) ) ;
+        if ( !digit2 ) continue;
+      
+        digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At(digit2->GetId()) ) ;
+        if ( !digit ) continue;
+        
+        // Put the embedded cell energy in same units as simulated sdigits -> transform to energy units
+        // and multiply to get a big int.
+        Float_t time2 = digit2->GetTime();
+        Float_t e2    = digit2->GetAmplitude();
+        CalibrateADCTime(e2,time2,digit2->GetId());
+        Float_t amp2  = fSDigitizer->Digitize(e2);
+        
+        Float_t e0    = digit ->GetAmplitude();
+        if(e0>0.01)
+          AliDebug(1,Form("digit 1: Abs ID %d, amp %f, type %d, time %e; digit2: Abs ID %d, amp %f, type %d, time %e\n",
+                          digit ->GetId(),digit ->GetAmplitude(), digit ->GetType(), digit->GetTime(),
+                          digit2->GetId(),amp2,                   digit2->GetType(), time2           ));
+        
+        // Sum amplitudes, change digit amplitude
+        digit->SetAmplitude( digit->GetAmplitude() + amp2);
+        
+        // Rough assumption, assign time of the largest of the 2 digits,
+        // data or signal to the final digit.
+        if(amp2 > digit->GetAmplitude())  digit->SetTime(time2);
+        
+        //Mark the new digit as embedded
+        digit->SetType(AliEMCALDigit::kEmbedded);
+        
+        if(digit2->GetAmplitude()>0.01 && e0> 0.01 )
+          AliDebug(1,Form("Embedded digit: Abs ID %d, amp %f, type %d\n",
+                          digit->GetId(), digit->GetAmplitude(), digit->GetType()));
+      }//loop digit 2
+    }//input loop
+  }//embed
+  
   //JLK is it better to call Clear() here?
   delete sdigArray ; //We should not delete its contents
-
+  
+  //------------------------------
   //remove digits below thresholds
   // until 10-02-2010 remove digits with energy smaller than fDigitThreshold 3*fPinNoise
-  // now, remove digits with Digitized ADC smaller than fDigitThreshold = 3
-  Float_t energy=0;
-  for(i = 0 ; i < nEMC ; i++){
+  // now, remove digits with Digitized ADC smaller than fDigitThreshold = 3,
+  // before merge in the same loop real data digits if available
+  Float_t energy = 0;
+  Float_t time   = 0;
+  for(i = 0 ; i < nEMC ; i++)
+  {
     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At(i) ) ;
-    //First get the energy in GeV units.
-    energy = sDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ;
+    if ( !digit ) continue;
+    
+    //Then get the energy in GeV units.
+    energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ;
+    
     //Then digitize using the calibration constants of the ocdb
-    Float_t ampADC = DigitizeEnergy(energy, digit->GetId())  ;           
-    //if(ampADC>2)printf("Digit energy %f, amp %d, amp cal %d, threshold %d\n",energy,digit->GetAmplitude(),ampADC,fDigitThreshold);
+    Float_t ampADC = energy;
+    DigitizeEnergyTime(ampADC, time, digit->GetId())  ;
+    
     if(ampADC < fDigitThreshold)
       digits->RemoveAt(i) ;
-    else 
-      digit->SetTime(gRandom->Gaus(digit->GetTime(),fTimeResolution) ) ;
-  }
+    
+  } // digit loop
   
-  digits->Compress() ;  
+  digits->Compress() ;
   
-  Int_t ndigits = digits->GetEntriesFast() ; 
+  Int_t ndigits = digits->GetEntriesFast() ;
   
+  //---------------------------------------------------------------
   //JLK 26-June-2008
   //After we have done the summing and digitizing to create the
   //digits, now we want to calibrate the resulting amplitude to match
-  //the dynamic range of our real data.  
-  for (i = 0 ; i < ndigits ; i++) { 
-    digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>( digits->At(i) ) ; 
-    digit->SetIndexInList(i) ; 
-    energy = sDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ;
-    digit->SetAmplitude(DigitizeEnergy(energy, digit->GetId()) ) ;
-       //Add delay to time
-       digit->SetTime(digit->GetTime()+fTimeDelay) ;
-        // printf("digit amplitude set at end: i %d, amp %f\n",i,digit->GetAmplitude());
-  }
+  //the dynamic range of our real data.
+  for (i = 0 ; i < ndigits ; i++)
+  {
+    digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>( digits->At(i) ) ;
+    if( !digit ) continue ;
+    
+    digit->SetIndexInList(i) ;
+    
+    time   = digit->GetTime();
+    digit->SetTime(time);
 
+    energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ;
+
+    Float_t ampADC = energy;
+    DigitizeEnergyTime(ampADC, time, digit->GetId());
+    
+    digit->SetAmplitude(ampADC) ;
+    // printf("digit amplitude set at end: i %d, amp %f\n",i,digit->GetAmplitude());
+  }//Digit loop
+  
 }
 
-// //_____________________________________________________________________
-Float_t AliEMCALDigitizer::DigitizeEnergy(Float_t energy, Int_t AbsId)
-{ 
+//_____________________________________________________________________
+void AliEMCALDigitizer::DigitizeEnergyTime(Float_t & energy, Float_t & time, const Int_t absId)
+{
   // JLK 26-June-2008
   // Returns digitized value of the energy in a cell absId
   // using the calibration constants stored in the OCDB
@@ -518,298 +652,395 @@ Float_t AliEMCALDigitizer::DigitizeEnergy(Float_t energy, Int_t AbsId)
   //
   // Load Geometry
   const AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
-
+  
   if (geom==0)
+  {
     AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
+    return;
+  }
+  
+  Int_t iSupMod = -1;
+  Int_t nModule = -1;
+  Int_t nIphi   = -1;
+  Int_t nIeta   = -1;
+  Int_t iphi    = -1;
+  Int_t ieta    = -1;
+  Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
+  if(!bCell)
+  Error("DigitizeEnergyTime","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
+  geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
+  
+  if(fCalibData)
+  {
+    fADCpedestalEC     = fCalibData->GetADCpedestal     (iSupMod,ieta,iphi);
+    fADCchannelEC      = fCalibData->GetADCchannel      (iSupMod,ieta,iphi);
+    fADCchannelECDecal = fCalibData->GetADCchannelDecal (iSupMod,ieta,iphi);
+    fTimeChannel       = fCalibData->GetTimeChannel     (iSupMod,ieta,iphi,0); // Assign bunch crossing number equal to 0 (has simulation different bunch crossings?)
+    fTimeChannelDecal  = fCalibData->GetTimeChannelDecal(iSupMod,ieta,iphi);
+  }
+  
+  //Apply calibration to get ADC counts and partial decalibration as especified in OCDB
+  energy = (energy + fADCpedestalEC)/fADCchannelEC/fADCchannelECDecal   ;
+  time  += fTimeChannel-fTimeChannelDecal;
+  
+  if ( energy > fNADCEC ) energy =  fNADCEC ;
+}
 
+//_____________________________________________________________________
+void AliEMCALDigitizer::DecalibrateTrigger(AliEMCALDigit *digit)
+{
+  // Decalibrate, used in Trigger digits
+  
+  if ( !fCalibData ) return ;
+  
+  // Load Geometry
+  const AliEMCALGeometry *geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
+       
+  if (!geom)
+  {
+    AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
+    return;
+  }
+       
+  // Recover the digit location in row-column-SM
+  Int_t absId   = digit->GetId();
   Int_t iSupMod = -1;
-  Int_t nModule  = -1;
+  Int_t nModule = -1;
   Int_t nIphi   = -1;
   Int_t nIeta   = -1;
   Int_t iphi    = -1;
   Int_t ieta    = -1;
-  Float_t channel = -999; 
+       
+  Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
+  if (!bCell) Error("Decalibrate","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
+  
+  geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
+       
+  // Now decalibrate
+  Float_t adcChannel       = fCalibData->GetADCchannel      (iSupMod,ieta,iphi);
+  Float_t adcChannelOnline = fCalibData->GetADCchannelOnline(iSupMod,ieta,iphi);
+  //printf("calib param for (SM%d,col%d,row%d): %1.4f - online param: %1.4f \n",iSupMod,ieta,iphi,adcChannel,adcChannelOnline);
+  Float_t factor = 1./(adcChannel/adcChannelOnline);
+  
+  *digit = *digit * factor;
+  
+}
 
-  Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(AbsId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
-  if(!bCell)
-    Error("DigitizeEnergy","Wrong cell id number : AbsId %i ", AbsId) ;
+//_____________________________________________________________________
+void AliEMCALDigitizer::CalibrateADCTime(Float_t & adc, Float_t & time, const Int_t absId)
+{
+  // Returns the energy in a cell absId with a given adc value
+  // using the calibration constants stored in the OCDB. Time also corrected from parameter in OCDB
+  // Used in case of embedding, transform ADC counts from real event into energy
+  // so that we can add the energy of the simulated sdigits which are in energy
+  // units.
+  // Same as in AliEMCALClusterizer::Calibrate() but here we do not reject channels being marked as hot
+  // or with time out of window
+  
+  // Load Geometry
+  const AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
+  
+  if (!geom)
+  {
+    AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
+    return;
+  }
+  
+  Int_t iSupMod = -1;
+  Int_t nModule = -1;
+  Int_t nIphi   = -1;
+  Int_t nIeta   = -1;
+  Int_t iphi    = -1;
+  Int_t ieta    = -1;
+  Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
+  if(!bCell) Error("CalibrateADCTime","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
   
-  if(fCalibData) {
+  if(fCalibData)
+  {
     fADCpedestalEC = fCalibData->GetADCpedestal(iSupMod,ieta,iphi);
-    fADCchannelEC = fCalibData->GetADCchannel(iSupMod,ieta,iphi);
+    fADCchannelEC  = fCalibData->GetADCchannel (iSupMod,ieta,iphi);
+    fTimeChannel   = fCalibData->GetTimeChannel(iSupMod,ieta,iphi,0);// Assign bunch crossing number equal to 0 (has simulation different bunch crossings?)
   }
   
-  //channel = static_cast<Int_t> (TMath::Floor( (energy + fADCpedestalEC)/fADCchannelEC ))  ;
-  channel = (energy + fADCpedestalEC)/fADCchannelEC   ;
-
-  if(channel > fNADCEC ) 
-    channel =  fNADCEC ; 
-  return channel ;
+  adc   = adc * fADCchannelEC - fADCpedestalEC;
+  time -= fTimeChannel;
   
 }
 
+
 //____________________________________________________________________________
-void AliEMCALDigitizer::Exec(Option_t *option) 
-{ 
+void AliEMCALDigitizer::Digitize(Option_t *option)
+{
   // Steering method to process digitization for events
   // in the range from fFirstEvent to fLastEvent.
   // This range is optionally set by SetEventRange().
   // if fLastEvent=-1, then process events until the end.
   // by default fLastEvent = fFirstEvent (process only one event)
-
-  if (!fInit) { // to prevent overwrite existing file
-    Error( "Exec", "Give a version name different from %s", fEventFolderName.Data() ) ;
+  
+  if (!fInit)
+  { // to prevent overwrite existing file
+    Error( "Digitize", "Give a version name different from %s", fEventFolderName.Data() ) ;
     return ;
-  } 
-
-  if (strstr(option,"print")) {
-
+  }
+  
+  if (strstr(option,"print"))
+  {
     Print();
-    return ; 
+    return ;
   }
   
   if(strstr(option,"tim"))
     gBenchmark->Start("EMCALDigitizer");
-
+  
   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
+  
   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-
-  // Post Digitizer to the white board
-  emcalLoader->PostDigitizer(this) ;
+  if(!emcalLoader)
+  {
+    AliFatal("Did not get the  Loader");
+    return; // coverity
+  }
   
-  if (fLastEvent == -1)  {
+  if (fLastEvent == -1)
     fLastEvent = rl->GetNumberOfEvents() - 1 ;
-  }
-  else if (fManager) 
+  else if (fDigInput)
     fLastEvent = fFirstEvent ; // what is this ??
-
+  
   Int_t nEvents = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
   Int_t ievent  = -1;
-
-  TClonesArray* digitsTRG = new TClonesArray("AliEMCALRawDigit", 32 * 96);
-  TClonesArray* digitsTMP = new TClonesArray("AliEMCALDigit",    32 * 96);
+  
+  AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
+  if(!emcal)
+  {
+    AliFatal("Did not get the AliEMCAL pointer");
+    return; // coverity
+  }
+  
+  AliEMCALGeometry *geom = emcal->GetGeometry();
+  if(!geom)
+  {
+    AliFatal("Geometry pointer null");
+    return; // fix for coverity
+  }
+  
+  const Int_t nTRU = geom->GetNTotalTRU();
+  TClonesArray* digitsTMP = new TClonesArray("AliEMCALDigit",    nTRU*96);
+  TClonesArray* digitsTRG = new TClonesArray("AliEMCALRawDigit", nTRU*96);
+  
   rl->LoadSDigits("EMCAL");
-  for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++) {
-    
+  for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++)
+  {
     rl->GetEvent(ievent);
-
+    
     Digitize(ievent) ; //Add prepared SDigits to digits and add the noise
-
+    
     WriteDigits() ;
-         
-       //Trigger Digits
-       //-------------------------------------
-       Digits2FastOR(digitsTMP, digitsTRG);  
-         
-       WriteDigits(digitsTRG);
-         
-       (emcalLoader->TreeD())->Fill();
-         
-       emcalLoader->WriteDigits(   "OVERWRITE");
-       emcalLoader->WriteDigitizer("OVERWRITE");
-         
-       Unload();
-         
-       digitsTRG->Clear("C");
-       digitsTMP->Clear("C");
-       //-------------------------------------
-
+    
+    //Trigger Digits
+    //-------------------------------------
+    
+    Digits2FastOR(digitsTMP, digitsTRG);
+    
+    WriteDigits(digitsTRG);
+    
+    (emcalLoader->TreeD())->Fill();
+    
+    emcalLoader->WriteDigits(   "OVERWRITE");
+    
+    Unload();
+    
+    digitsTRG  ->Delete();
+    digitsTMP  ->Delete();
+    
+    //-------------------------------------
+    
     if(strstr(option,"deb"))
       PrintDigits(option);
     if(strstr(option,"table")) gObjectTable->Print();
-
-    //increment the total number of Digits per run 
-    fDigitsInRun += emcalLoader->Digits()->GetEntriesFast() ;  
-  }
+    
+    //increment the total number of Digits per run
+    fDigitsInRun += emcalLoader->Digits()->GetEntriesFast() ;
+  }//loop
   
-  emcalLoader->CleanDigitizer() ;
-
-  if(strstr(option,"tim")){
+  if(strstr(option,"tim"))
+  {
     gBenchmark->Stop("EMCALDigitizer");
-    AliInfo(Form("Exec: took %f seconds for Digitizing %f seconds per event", 
-        gBenchmark->GetCpuTime("EMCALDigitizer"), gBenchmark->GetCpuTime("EMCALDigitizer")/nEvents )) ;
-  } 
+    Float_t cputime   = gBenchmark->GetCpuTime("EMCALDigitizer");
+    Float_t avcputime = cputime;
+    if(nEvents==0) avcputime = 0 ;
+    AliInfo(Form("Digitize: took %f seconds for Digitizing %f seconds per event", cputime, avcputime)) ;
+  }
 }
 
-//____________________________________________________________________________ 
+//__________________________________________________________________
+Float_t AliEMCALDigitizer::GetTimeResolution(Float_t energy) const
+{  
+  // Assign a smeared time to the digit, from observed distribution in LED system (?).
+  // From F. Blanco
+  Float_t res = -1;
+  if (energy > 0)
+  {
+    res = TMath::Sqrt(fTimeResolutionPar0 + 
+                     fTimeResolutionPar1/(energy*energy) );
+  }
+  // parametrization above is for ns. Convert to seconds:
+  return res*1e-9;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
 void AliEMCALDigitizer::Digits2FastOR(TClonesArray* digitsTMP, TClonesArray* digitsTRG)
 {
-       // FEE digits afterburner to produce TRG digits 
-       // we are only interested in the FEE digit deposited energy
-       // to be converted later into a voltage value
-       
-       // push the FEE digit to its associated FastOR (numbered from 0:95)
-       // TRU is in charge of summing module digits
-       
-       AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
-       
-       AliRun* run = runLoader->GetAliRun();
-       
-       AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-       
-       AliEMCALGeometry* geom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(run->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
-       
-       // build FOR from simulated digits
-       // and xfer to the corresponding TRU input (mapping)
-       
-       TClonesArray* digits = emcalLoader->Digits();
-       
-       TIter NextDigit(digits);
-       while (AliEMCALDigit* digit = (AliEMCALDigit*)NextDigit())
-       {
-               Int_t id = digit->GetId();
-               
-               Int_t iSupMod, nModule, nIphi, nIeta, iphi, ieta, iphim, ietam;
-               
-               geom->GetCellIndex(              id, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta );
-               geom->GetModulePhiEtaIndexInSModule( iSupMod, nModule, iphim, ietam );          
-               geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(   iSupMod, nModule, nIphi, nIeta, iphi, ieta); 
-               
-               // identify to which TRU this FEE digit belong
-               //Int_t itru = (iSupMod < 11) ? iphim / 4 + 3 * iSupMod : 31;
-               Int_t itru = -1;
-               if (iSupMod < 11)
-                       itru = (iSupMod % 2) ? (2 - int(iphim / 4)) + 3 * iSupMod : iphim / 4 + 3 * iSupMod;
-               else 
-                       itru = 31;
-               
-               //---------
-               //
-               // FIXME: bad numbering solution to deal w/ the last 2 SM which have only 1 TRU each
-               // using the AliEMCALGeometry official numbering
-               // only 1 TRU/SM in SM 10 & SM 11
-               //
-               //---------
-               if ((itru == 31 && iphim < 2) || (itru == 30 && iphim > 5)) continue;
-               
-               // to be compliant with %4 per TRU
-               if (itru == 31) iphim -= 2;
-               
-               Int_t trgid = 0;
-               Bool_t isOK = geom->GetAbsFastORIndexFromPositionInTRU(itru, ietam, iphim % 4, trgid);
-               
-               AliDebug(2,Form("trigger digit id: %d itru: %d isOK: %d\n",trgid,itru,isOK));
-               
-               if (isOK) 
-               {
-                       AliEMCALDigit* d = static_cast<AliEMCALDigit*>(digitsTMP->At(trgid));
-                       
-                       if (!d)
-                       {
-                               new((*digitsTMP)[trgid]) AliEMCALDigit(*digit);
-                               d = (AliEMCALDigit*)digitsTMP->At(trgid);
-                               d->SetId(trgid);
-                       }       
-                       else
-                       {
-                               *d = *d + *digit;
-                       }
-               }
-       }
-       
-       Int_t    nSamples = 32;
-       Int_t *timeSamples = new Int_t[nSamples];
-       
-       NextDigit = TIter(digitsTMP);
-       while (AliEMCALDigit* digit = (AliEMCALDigit*)NextDigit())
-       {
-               if (digit)
-               {
-                       Int_t     id = digit->GetId();
-                       Float_t time = digit->GetTime();
-                                               
-                       Double_t depositedEnergy = 0.;
-                       for (Int_t j = 1; j <= digit->GetNprimary(); j++) depositedEnergy += digit->GetDEPrimary(j);
-                       
-                       // FIXME: Check digit time!
-                       if (depositedEnergy)
-                       {
-                               DigitalFastOR(time, depositedEnergy, timeSamples, nSamples);
-                               
-                               for (Int_t j=0;j<nSamples;j++) 
-                               {
-                                       timeSamples[j] = ((j << 12) & 0xFF000) | (timeSamples[j] & 0xFFF);
-                               }
-                               
-                               new((*digitsTRG)[digitsTRG->GetEntriesFast()]) AliEMCALRawDigit(id, timeSamples, nSamples);
-                       }
-               }
-       }
-
-       delete [] timeSamples;
+  // FEE digits afterburner to produce TRG digits
+  // we are only interested in the FEE digit deposited energy
+  // to be converted later into a voltage value
+  
+  // push the FEE digit to its associated FastOR (numbered from 0:95)
+  // TRU is in charge of summing module digits
+  
+  AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
+  
+  AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
+  if (!emcalLoader) AliFatal("Did not get the  Loader");
+  
+  const  AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
+  if(!geom)
+  {
+    AliFatal("Geometry pointer null");
+    return; // fix for coverity
+  }
+  
+  // build FOR from simulated digits
+  // and xfer to the corresponding TRU input (mapping)
+  
+  TClonesArray* sdigits = emcalLoader->SDigits();
+  
+  TClonesArray *digits = (TClonesArray*)sdigits->Clone();
+  
+  AliDebug(999,Form("=== %d SDigits to trigger digits ===",digits->GetEntriesFast()));
+  
+  TIter NextDigit(digits);
+  while (AliEMCALDigit* digit = (AliEMCALDigit*)NextDigit())
+  {
+    if (IsDead(digit)) continue;
+    
+    DecalibrateTrigger(digit);
+    
+    Int_t id = digit->GetId();
+    
+    Int_t trgid;
+    if (geom->GetFastORIndexFromCellIndex(id , trgid))
+    {
+      AliDebug(1,Form("trigger digit id: %d from cell id: %d\n",trgid,id));
+      
+      AliEMCALDigit* d = static_cast<AliEMCALDigit*>(digitsTMP->At(trgid));
+      
+      if (!d)
+      {
+        new((*digitsTMP)[trgid]) AliEMCALDigit(*digit);
+        d = (AliEMCALDigit*)digitsTMP->At(trgid);
+        d->SetId(trgid);
+      }
+      else
+      {
+        *d = *d + *digit;
+      }
+    }
+  }
+  
+  if (AliDebugLevel()) printf("Number of TRG digits: %d\n",digitsTMP->GetEntriesFast());
+  
+  Int_t     nSamples = geom->GetNTotalTRU();
+  Int_t *timeSamples = new Int_t[nSamples];
+  
+  NextDigit = TIter(digitsTMP);
+  while (AliEMCALDigit* digit = (AliEMCALDigit*)NextDigit())
+  {
+    if (digit)
+    {
+      Int_t     id = digit->GetId();
+      Float_t time = 50.e-9;
+      
+      Double_t depositedEnergy = 0.;
+      for (Int_t j = 1; j <= digit->GetNprimary(); j++) depositedEnergy += digit->GetDEPrimary(j);
+      
+      if (AliDebugLevel()) printf("Deposited Energy: %f\n", depositedEnergy);
+      
+      // FIXME: Check digit time!
+      if (depositedEnergy) {
+        depositedEnergy += gRandom->Gaus(0., .08);
+        DigitalFastOR(time, depositedEnergy, timeSamples, nSamples);
+        
+        for (Int_t j=0;j<nSamples;j++) {
+          if (AliDebugLevel()) printf("timeSamples[%d]: %d\n",j,timeSamples[j]);
+          timeSamples[j] = ((j << 16) | (timeSamples[j] & 0xFFFF));
+        }
+        
+        new((*digitsTRG)[digitsTRG->GetEntriesFast()]) AliEMCALRawDigit(id, timeSamples, nSamples);
+        
+        if (AliDebugLevel()) ((AliEMCALRawDigit*)digitsTRG->At(digitsTRG->GetEntriesFast() - 1))->Print("");
+      }
+    }
+  }
+  
+  delete [] timeSamples;
+  
+  if (digits && digits->GetEntriesFast()) digits->Delete();
 }
 
-//____________________________________________________________________________ 
+//____________________________________________________________________________
 void AliEMCALDigitizer::DigitalFastOR( Double_t time, Double_t dE, Int_t timeSamples[], Int_t nSamples )
 {
-       // parameters:  
-       // id: 0..95
-       const Int_t    reso = 11;      // 11-bit resolution ADC
-       const Double_t vFSR = 1;       // Full scale input voltage range
-       const Double_t Ne   = 125;     // signal of the APD per MeV of energy deposit in a tower: 125 photo-e-/MeV @ M=30
-       const Double_t vA   = .136e-6; // CSP output range: 0.136uV/e-
-       const Double_t rise = 40e-9;   // rise time (10-90%) of the FastOR signal before shaping
+  // parameters:
+  // id: 0..95
+  const Int_t    reso = 12;      // 11-bit resolution ADC
+  const Double_t vFSR = 2.;      // Full scale input voltage range 2V (p-p)
+//const Double_t dNe  = 125;     // signal of the APD per MeV of energy deposit in a tower: 125 photo-e-/MeV @ M=30
+  const Double_t dNe  = 125/1.3; // F-ALTRO max V. FEE: factor 4
+  const Double_t vA   = .136e-6; // CSP output range: 0.136uV/e-
+  const Double_t rise = 50e-9;   // rise time (10-90%) of the FastOR signal before shaping
        
-       const Double_t kTimeBinWidth = 25E-9; // sampling frequency (40MHz)
+  const Double_t kTimeBinWidth = 25E-9; // sampling frequency (40MHz)
        
-       Double_t vV = 1000. * dE * Ne * vA; // GeV 2 MeV
-       
-       TF1 signalF("signal", AnalogFastORFunction, 0, nSamples * kTimeBinWidth, 3);
-       signalF.SetParameter( 0,   vV ); 
-       signalF.SetParameter( 1, time ); // FIXME: when does the signal arrive? Might account for cable lengths
-       signalF.SetParameter( 2, rise );
+  Double_t vV = 1000. * dE * dNe * vA; // GeV 2 MeV
+  
+  TF1 signalF("signal", AnalogFastORFunction, 0, nSamples * kTimeBinWidth, 3);
+  signalF.SetParameter( 0,   vV );
+  signalF.SetParameter( 1, time ); // FIXME: when does the signal arrive? Might account for cable lengths
+  signalF.SetParameter( 2, rise );
        
-       for (Int_t iTime=0; iTime<nSamples; iTime++) 
-       {
-               // FIXME: add noise (probably not simply Gaussian) according to DA measurements
-               // probably plan an access to OCDB
-               
-               timeSamples[iTime] = int((TMath::Power(2, reso) / vFSR) * signalF.Eval(iTime * kTimeBinWidth) + 0.5);
-       }
+  for (Int_t iTime=0; iTime<nSamples; iTime++)
+  {
+    // FIXME: add noise (probably not simply Gaussian) according to DA measurements
+    // probably plan an access to OCDB
+    Double_t sig = signalF.Eval(iTime * kTimeBinWidth);
+    if (TMath::Abs(sig) > vFSR/2.) {
+      AliError("Signal overflow!");
+      timeSamples[iTime] = (1 << reso) - 1;
+    } else {
+      AliDebug(999,Form("iTime: %d sig: %f\n",iTime,sig));
+      timeSamples[iTime] = ((1 << reso) / vFSR) * sig + 0.5;
+    }
+  }
 }
 
-
-//____________________________________________________________________________ 
-//Float_t AliEMCALDigitizer::FrontEdgeTime(TClonesArray * ticks) 
-//{ 
-//  //  Returns the shortest time among all time ticks
-//
-//  ticks->Sort() ; //Sort in accordance with times of ticks
-//  TIter it(ticks) ;
-//  AliEMCALTick * ctick = (AliEMCALTick *) it.Next() ;
-//  Float_t time = ctick->CrossingTime(fTimeThreshold) ;    
-//  
-//  AliEMCALTick * t ;  
-//  while((t=(AliEMCALTick*) it.Next())){
-//    if(t->GetTime() < time)  //This tick starts before crossing
-//      *ctick+=*t ;
-//    else
-//      return time ;
-//    
-//    time = ctick->CrossingTime(fTimeThreshold) ;    
-//  }
-//  return time ;
-//}
-//
-
 //____________________________________________________________________________ 
 Bool_t AliEMCALDigitizer::Init()
 {
   // Makes all memory allocations
   fInit = kTRUE ; 
   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-
+  
   if ( emcalLoader == 0 ) {
     Fatal("Init", "Could not obtain the AliEMCALLoader");  
     return kFALSE;
   } 
-
+  
   fFirstEvent = 0 ; 
   fLastEvent = fFirstEvent ; 
   
-  if(fManager)
-    fInput = fManager->GetNinputs() ; 
+  if(fDigInput)
+    fInput = fDigInput->GetNinputs() ; 
   else 
     fInput           = 1 ;
 
@@ -819,14 +1050,11 @@ Bool_t AliEMCALDigitizer::Init()
   fEventNames[0]     = fEventFolderName.Data() ; 
   Int_t index ; 
   for (index = 1 ; index < fInput ; index++) {
-    fInputFileNames[index] = dynamic_cast<AliStream*>(fManager->GetInputStream(index))->GetFileName(0); 
-    TString tempo = fManager->GetInputFolderName(index) ;
-    fEventNames[index] = tempo.Remove(tempo.Length()-1) ; // strip of the stream number added bt fManager 
+    fInputFileNames[index] = dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(index))->GetFileName(0); 
+    TString tempo = fDigInput->GetInputFolderName(index) ;
+    fEventNames[index] = tempo.Remove(tempo.Length()-1) ; // strip of the stream number added bt fDigInput 
   }
-  
-  //to prevent cleaning of this object while GetEvent is called
-  emcalLoader->GetDigitsDataLoader()->GetBaseTaskLoader()->SetDoNotReload(kTRUE);
-
+    
   //Calibration instance
   fCalibData = emcalLoader->CalibData();
   return fInit ;    
@@ -844,96 +1072,46 @@ void AliEMCALDigitizer::InitParameters()
   if(emcalLoader) simParam = emcalLoader->SimulationParameters();
        
   if(!simParam){
-         simParam = AliEMCALSimParam::GetInstance();
-         AliWarning("Simulation Parameters not available in OCDB?");
+    simParam = AliEMCALSimParam::GetInstance();
+    AliWarning("Simulation Parameters not available in OCDB?");
   }
-       
-  fMeanPhotonElectron = simParam->GetMeanPhotonElectron();//4400;  // electrons per GeV 
+  
+  fMeanPhotonElectron = simParam->GetMeanPhotonElectron() ; // 4400;  // electrons per GeV 
+  fGainFluctuations   = simParam->GetGainFluctuations()   ; // 15.0; 
+  
   fPinNoise           = simParam->GetPinNoise();//0.012; // pin noise in GeV from analysis test beam data 
   if (fPinNoise < 0.0001 ) 
     Warning("InitParameters", "No noise added\n") ; 
+  fTimeNoise          = simParam->GetTimeNoise(); // 1.28E-5 s
   fDigitThreshold     = simParam->GetDigitThreshold(); //fPinNoise * 3; // 3 * sigma
-  fTimeResolution     = simParam->GetTimeResolution(); //0.6e-9 ; // 600 pc
+  fTimeResolutionPar0 = simParam->GetTimeResolutionPar0(); 
+  fTimeResolutionPar1 = simParam->GetTimeResolutionPar1(); 
   fTimeDelay          = simParam->GetTimeDelay(); //600e-9 ; // 600 ns
-
+  
   // These defaults are normally not used. 
   // Values are read from calibration database instead
-  fADCchannelEC       = 0.0153; // Update 24 Apr 2007: 250./16/1024 - width of one ADC channel in GeV
-  fADCpedestalEC      = 0.0 ;  // GeV
-
-  fNADCEC          = simParam->GetNADCEC();//(Int_t) TMath::Power(2,16) ;  // number of channels in Tower ADC - 65536
+  fADCchannelEC       = 0.0162; // Nominal value set online for most of the channels, MIP peak sitting at ~266./16/1024
+  fADCpedestalEC      = 0.0 ;   // GeV
+  fADCchannelECDecal  = 1.0;    // No decalibration by default
+  fTimeChannel        = 0.0;    // No time calibration by default
+  fTimeChannelDecal   = 0.0;    // No time decalibration by default
 
-  AliDebug(2,Form("Mean Photon Electron %d, Noise %f, Digit Threshold %d,Time Resolution %g,NADCEC %d",
-               fMeanPhotonElectron,fPinNoise,fDigitThreshold,fTimeResolution,fNADCEC));
-
-  // Not used anymore, remove?
-  // fTimeSignalLength   = 1.0e-9 ;
-  // fTimeThreshold      = 0.001*10000000 ; // Means 1 MeV in terms of SDigits amplitude ??
-
-}
-
-//__________________________________________________________________
-void AliEMCALDigitizer::MixWith(TString alirunFileName, TString eventFolderName)
-{
-  // Allows to produce digits by superimposing background and signal event.
-  // It is assumed, that headers file with SIGNAL events is opened in 
-  // the constructor. 
-  // Sets the BACKGROUND event, with which the SIGNAL event is to be mixed 
-  // Thus we avoid writing (changing) huge and expensive 
-  // backgound files: all output will be writen into SIGNAL, i.e. 
-  // opened in constructor file. 
-  //
-  // One can open as many files to mix with as one needs.
-  // However only Sdigits with the same name (i.e. constructed with the same SDigitizer)
-  // can be mixed.
-
-  if( strcmp(GetName(), "") == 0 )
-    Init() ;
+  fNADCEC             = simParam->GetNADCEC();//(Int_t) TMath::Power(2,16) ;  // number of channels in Tower ADC - 65536
   
-  if(fManager){
-    Error("MixWith", "Cannot use this method under AliRunDigitizer") ;
-    return ;
-  } 
-  // looking for file which contains AliRun
-  if (gSystem->AccessPathName(alirunFileName)) {// file does not exist
-    Error("MixWith", "File %s does not exist!", alirunFileName.Data()) ;
-    return ; 
-  }
-  // looking for the file which contains SDigits
-  AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-  TString fileName( emcalLoader->GetSDigitsFileName() ) ; 
-    if ( eventFolderName != AliConfig::GetDefaultEventFolderName()) // only if not the default folder name 
-      fileName = fileName.ReplaceAll(".root", "") + "_" + eventFolderName + ".root" ;
-    if ( (gSystem->AccessPathName(fileName)) ) { 
-      Error("MixWith", "The file %s does not exist!", fileName.Data()) ;
-      return ;
-    }
-    // need to increase the arrays
-    // MvL: This code only works when fInput == 1, I think.
-    TString tempo = fInputFileNames[fInput-1] ; 
-    delete [] fInputFileNames ; 
-    fInputFileNames = new TString[fInput+1] ; 
-    fInputFileNames[fInput-1] = tempo ; 
-    tempo = fEventNames[fInput-1] ; 
-    delete [] fEventNames ; 
-    fEventNames = new TString[fInput+1] ; 
-    fEventNames[fInput-1] = tempo ; 
-
-    fInputFileNames[fInput] = alirunFileName ; 
-    fEventNames[fInput]     = eventFolderName ;
-    fInput++ ;
-}  
+  AliDebug(2,Form("Mean Photon Electron %d, Gain Fluct. %2.1f; Noise: APD %f, Time %f; Digit Threshold %d,Time Resolution Par0 %g Par1 %g,NADCEC %d",
+                  fMeanPhotonElectron, fGainFluctuations, fPinNoise,fTimeNoise, fDigitThreshold,fTimeResolutionPar0,fTimeResolutionPar1,fNADCEC));
+  
+}
 
 //__________________________________________________________________
 void AliEMCALDigitizer::Print1(Option_t * option)
-{ // 19-nov-04 - just for convinience
+{ // 19-nov-04 - just for convenience
   Print(); 
   PrintDigits(option);
 }
 
 //__________________________________________________________________
-void AliEMCALDigitizer::Print(Option_t*)const 
+void AliEMCALDigitizer::Print (Option_t * ) const
 {
   // Print Digitizer's parameters
   printf("Print: \n------------------- %s -------------", GetName() ) ; 
@@ -941,11 +1119,11 @@ void AliEMCALDigitizer::Print(Option_t*)const
     printf(" Writing Digits to branch with title  %s\n", fEventFolderName.Data()) ;
     
     Int_t nStreams ; 
-    if (fManager
+    if (fDigInput
       nStreams =  GetNInputStreams() ;
     else 
       nStreams = fInput ; 
-  
+    
     AliRunLoader *rl=0;
     
     Int_t index = 0 ;  
@@ -953,21 +1131,23 @@ void AliEMCALDigitizer::Print(Option_t*)const
       TString tempo(fEventNames[index]) ; 
       tempo += index ;
       if ((rl = AliRunLoader::GetRunLoader(tempo)) == 0)
-       rl = AliRunLoader::Open(fInputFileNames[index], tempo) ; 
+        rl = AliRunLoader::Open(fInputFileNames[index], tempo) ; 
       AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-      TString fileName( emcalLoader->GetSDigitsFileName() ) ; 
-      if ( fEventNames[index] != AliConfig::GetDefaultEventFolderName()) // only if not the default folder name 
-       fileName = fileName.ReplaceAll(".root", "") + "_" + fEventNames[index]  + ".root" ;
-      printf ("Adding SDigits from %s %s\n", fInputFileNames[index].Data(), fileName.Data()) ; 
+      if(emcalLoader){
+        TString fileName( emcalLoader->GetSDigitsFileName() ) ; 
+        if ( fEventNames[index] != AliConfig::GetDefaultEventFolderName()) // only if not the default folder name 
+          fileName = fileName.ReplaceAll(".root", "") + "_" + fEventNames[index]  + ".root" ;
+        printf ("Adding SDigits from %s %s\n", fInputFileNames[index].Data(), fileName.Data()) ; 
+      }//loader
     }
-
+    
     AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-
-    printf("\nWriting digits to %s", emcalLoader->GetDigitsFileName().Data()) ;
     
-    printf("\nWith following parameters:\n") ;
+    if(emcalLoader) printf("\nWriting digits to %s", emcalLoader->GetDigitsFileName().Data()) ;
+    else printf("\nNULL LOADER");
     
-    printf("    Electronics noise in EMC (fPinNoise) = %f\n", fPinNoise) ;
+    printf("\nWith following parameters:\n") ;
+    printf("    Electronics noise in EMC, APD (fPinNoise) = %f, Time = %f \n", fPinNoise, fTimeNoise) ;
     printf("    Threshold  in Tower  (fDigitThreshold) = %d\n", fDigitThreshold)  ;
     printf("---------------------------------------------------\n")  ;
   }
@@ -979,39 +1159,44 @@ void AliEMCALDigitizer::Print(Option_t*)const
 void AliEMCALDigitizer::PrintDigits(Option_t * option)
 {
   //utility method for printing digit information
-
+  
   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-  TClonesArray * digits  = emcalLoader->Digits() ;
-  TClonesArray * sdigits = emcalLoader->SDigits() ;
-  
-  printf("\n #Digits: %d : sdigits %d ", digits->GetEntriesFast(), sdigits->GetEntriesFast()) ; 
-  printf("\n event %d", emcalLoader->GetRunLoader()->GetEventNumber());
-  
-  if(strstr(option,"all")){  
-    //loop over digits
-    AliEMCALDigit * digit;
-    printf("\nEMC digits (with primaries):\n")  ;
-    printf("\n   Id  Amplitude    Time          Index Nprim: Primaries list \n") ;    
-    Int_t index ;
-    for (index = 0 ; index < digits->GetEntries() ; index++) {
-      digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(index)) ;
-      printf("\n%6d  %8f    %6.5e %4d      %2d : ",
-             digit->GetId(), digit->GetAmplitude(), digit->GetTime(), digit->GetIndexInList(), digit->GetNprimary()) ;  
-      Int_t iprimary;
-      for (iprimary=0; iprimary<digit->GetNprimary(); iprimary++) {
-       printf("%d ",digit->GetPrimary(iprimary+1) ) ; 
-      }
-    }   
-  }
-  printf("\n");
+  if(emcalLoader){
+    TClonesArray * digits  = emcalLoader->Digits() ;
+    TClonesArray * sdigits = emcalLoader->SDigits() ;
+    
+    printf("\n #Digits: %d : sdigits %d ", digits->GetEntriesFast(), sdigits->GetEntriesFast()) ; 
+    printf("\n event %d", emcalLoader->GetRunLoader()->GetEventNumber());
+    
+    if(strstr(option,"all")){  
+      //loop over digits
+      AliEMCALDigit * digit;
+      printf("\nEMC digits (with primaries):\n")  ;
+      printf("\n   Id  Amplitude    Time          Index Nprim: Primaries list \n") ;    
+      Int_t index ;
+      for (index = 0 ; index < digits->GetEntries() ; index++) {
+        digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(index)) ;
+        if(digit){
+          printf("\n%6d  %8f    %6.5e %4d      %2d : ",
+                 digit->GetId(), digit->GetAmplitude(), digit->GetTime(), digit->GetIndexInList(), digit->GetNprimary()) ;  
+          Int_t iprimary;
+          for (iprimary=0; iprimary<digit->GetNprimary(); iprimary++) {
+            printf("%d ",digit->GetPrimary(iprimary+1) ) ; 
+          }
+        }// digit exists
+      }// loop
+    }
+    printf("\n");
+  }// loader exists
+  else printf("NULL LOADER, cannot print\n");
 }
 
 //__________________________________________________________________
 Float_t AliEMCALDigitizer::TimeOfNoise(void)
 {  
   // Calculates the time signal generated by noise
-  //PH  Info("TimeOfNoise", "Change me") ; 
-  return gRandom->Rndm() * 1.28E-5;
+  //printf("Time noise %e\n",fTimeNoise);
+  return gRandom->Rndm() * fTimeNoise;
 }
 
 //__________________________________________________________________
@@ -1028,80 +1213,141 @@ void AliEMCALDigitizer::Unload()
       rl->GetDetectorLoader("EMCAL")->UnloadSDigits() ; 
   }
   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-  emcalLoader->UnloadDigits() ; 
+  if(emcalLoader)emcalLoader->UnloadDigits() ; 
+  else AliFatal("Did not get the loader");
 }
 
 //_________________________________________________________________________________________
 void AliEMCALDigitizer::WriteDigits()
-{
-
-  // Makes TreeD in the output file. 
+{ // Makes TreeD in the output file. 
   // Check if branch already exists: 
   //   if yes, exit without writing: ROOT TTree does not support overwriting/updating of 
   //      already existing branches. 
   //   else creates branch with Digits, named "EMCAL", title "...",
   //      and branch "AliEMCALDigitizer", with the same title to keep all the parameters
   //      and names of files, from which digits are made.
-
+  
   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
+  
+  if(emcalLoader){
+    const TClonesArray * digits = emcalLoader->Digits() ; 
+    TTree * treeD = emcalLoader->TreeD(); 
+    if ( !treeD ) {
+      emcalLoader->MakeDigitsContainer();
+      treeD = emcalLoader->TreeD(); 
+    }
+    
+    // -- create Digits branch
+    Int_t bufferSize = 32000 ;    
+    TBranch * digitsBranch = 0;
+    if ((digitsBranch = treeD->GetBranch("EMCAL"))) {
+      digitsBranch->SetAddress(&digits);
+      AliWarning("Digits Branch already exists. Not all digits will be visible");
+    }
+    else
+      treeD->Branch("EMCAL","TClonesArray",&digits,bufferSize);
+    //digitsBranch->SetTitle(fEventFolderName);
+    
+    // treeD->Fill() ;
+    /*  
+     emcalLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
+     emcalLoader->WriteDigitizer("OVERWRITE");
+     
+     Unload() ; 
+     */
+    
+  }// loader exists
+  else AliFatal("Loader not available");
+}
 
-  const TClonesArray * digits = emcalLoader->Digits() ; 
-  TTree * treeD = emcalLoader->TreeD(); 
-  if ( !treeD ) {
-    emcalLoader->MakeDigitsContainer();
-    treeD = emcalLoader->TreeD(); 
-  }
-
-  // -- create Digits branch
-  Int_t bufferSize = 32000 ;    
-  TBranch * digitsBranch = 0;
-  if ((digitsBranch = treeD->GetBranch("EMCAL"))) {
-    digitsBranch->SetAddress(&digits);
-    AliWarning("Digits Branch already exists. Not all digits will be visible");
-  }
-  else
-    treeD->Branch("EMCAL","TClonesArray",&digits,bufferSize);
-  //digitsBranch->SetTitle(fEventFolderName);
+//__________________________________________________________________
+void AliEMCALDigitizer::WriteDigits(TClonesArray* digits, const char* branchName)
+{
+  // overloaded method
+  AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
+  if(emcalLoader){
+    
+    TTree* treeD = emcalLoader->TreeD(); 
+    if (!treeD) 
+      {
+       emcalLoader->MakeDigitsContainer();
+       treeD = emcalLoader->TreeD(); 
+      }
+    
+    // -- create Digits branch
+    Int_t bufferSize = 32000;
+    
+    if (TBranch* triggerBranch = treeD->GetBranch(branchName)) 
+      {
+       triggerBranch->SetAddress(&digits);
+      }
+    else
+      {
+       treeD->Branch(branchName,"TClonesArray",&digits,bufferSize);
+      }
+    
+    // treeD->Fill();
+  }// loader exists
+  else AliFatal("Loader not available");
+}
 
-//     treeD->Fill() ;
-/*  
-  emcalLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
-  emcalLoader->WriteDigitizer("OVERWRITE");
+//__________________________________________________________________
+Bool_t AliEMCALDigitizer::IsDead(AliEMCALDigit *digit) 
+{
+  // Check if cell is defined as dead, so that it is not included
+  // input is digit
+  Int_t absId   = digit->GetId();
 
-  Unload() ; 
-*/
+  return IsDead(absId);
+  
 }
 
+
 //__________________________________________________________________
-void AliEMCALDigitizer::WriteDigits(TClonesArray* digits, const char* branchName)
+Bool_t AliEMCALDigitizer::IsDead(Int_t absId)
 {
-       //
-       AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-       
-       TTree* treeD = emcalLoader->TreeD(); 
-       if (!treeD) 
-       {
-               emcalLoader->MakeDigitsContainer();
-               treeD = emcalLoader->TreeD(); 
-       }
-       
-       // -- create Digits branch
-       Int_t bufferSize = 32000;
+  // Check if cell absID is defined as dead, so that it is not included
+
+    AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
+    AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
+    if (!emcalLoader)
+    {
+      AliFatal("Did not get the  Loader");
+      return kTRUE;
+    }
+  
+    AliCaloCalibPedestal *caloPed = emcalLoader->PedestalData();
+    if (!caloPed)
+    {
+        AliWarning("Could not access pedestal data! No dead channel removal applied");
+        return kFALSE;
+    }
+    
+       // Load Geometry
+    const AliEMCALGeometry *geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
+    if (!geom)
+    {
+      AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
+      return kTRUE; //coverity
+    }
+  
+    Int_t iSupMod = -1;
+    Int_t nModule = -1;
+    Int_t nIphi   = -1;
+    Int_t nIeta   = -1;
+    Int_t iphi    = -1;
+    Int_t ieta    = -1;
        
-       if (TBranch* triggerBranch = treeD->GetBranch(branchName)) 
-       {
-               triggerBranch->SetAddress(&digits);
-       }
-       else
-       {
-               treeD->Branch(branchName,"TClonesArray",&digits,bufferSize);
-       }
+    Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
        
-//     treeD->Fill();
+    if (!bCell) Error("IsDead","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
+    geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
+    
+    Int_t channelStatus = (Int_t)(caloPed->GetDeadMap(iSupMod))->GetBinContent(ieta,iphi);
+    
+    if (channelStatus == AliCaloCalibPedestal::kDead)
+        return kTRUE;
+    else
+        return kFALSE;
 }
 
-//__________________________________________________________________
-void AliEMCALDigitizer::Browse(TBrowser* b)
-{
-  TTask::Browse(b);
-}