]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - EMCAL/AliEMCALDigitizer.cxx
Change in container binning (Domenico C.)
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALDigitizer.cxx
index e3fcfc70c9fee598aaabf34c621b526f402a59f8..27b5c7ad0bbb0160f71a006932d05c5c3b3ad986 100644 (file)
@@ -54,7 +54,7 @@
 // --- AliRoot header files ---
 #include "AliLog.h"
 #include "AliRun.h"
-#include "AliRunDigitizer.h"
+#include "AliDigitizationInput.h"
 #include "AliRunLoader.h"
 #include "AliCDBManager.h"
 #include "AliCDBEntry.h"
@@ -67,6 +67,7 @@
 #include "AliEMCALCalibData.h"
 #include "AliEMCALSimParam.h"
 #include "AliEMCALRawDigit.h"
+#include "AliCaloCalibPedestal.h"
 
   namespace
   {
@@ -119,6 +120,7 @@ AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer()
     fEventNames(0x0),
     fDigitThreshold(0),
     fMeanPhotonElectron(0),
+    fGainFluctuations(0),
     fPinNoise(0),
     fTimeNoise(0),
     fTimeDelay(0),
@@ -133,16 +135,17 @@ AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer()
     fEventFolderName(""),
     fFirstEvent(0),
     fLastEvent(0),
-    fCalibData(0x0)
+    fCalibData(0x0),
+    fSDigitizer(0x0)
 {
   // ctor
   InitParameters() ; 
-  fManager = 0 ;                     // We work in the standalone mode
+  fDigInput = 0 ;                     // We work in the standalone mode
 }
 
 //____________________________________________________________________________ 
 AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(TString alirunFileName, TString eventFolderName)
-  : AliDigitizer("EMCAL"+AliConfig::Instance()->GetDigitizerTaskName(), alirunFileName),
+  : AliDigitizer("EMCALDigitizer", alirunFileName),
     fDefaultInit(kFALSE),
     fDigitsInRun(0),
     fInit(0),
@@ -151,6 +154,7 @@ AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(TString alirunFileName, TString eventFolder
     fEventNames(0), 
     fDigitThreshold(0),
     fMeanPhotonElectron(0),
+    fGainFluctuations(0),
     fPinNoise(0),
     fTimeNoise(0),
     fTimeDelay(0),
@@ -165,12 +169,13 @@ AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(TString alirunFileName, TString eventFolder
     fEventFolderName(eventFolderName),
     fFirstEvent(0),
     fLastEvent(0),
-    fCalibData(0x0)
+    fCalibData(0x0),
+    fSDigitizer(0x0)
 {
   // ctor
   InitParameters() ; 
   Init() ;
-  fManager = 0 ;                     // We work in the standalone mode
+  fDigInput = 0 ;                     // We work in the standalone mode
 }
 
 //____________________________________________________________________________ 
@@ -184,6 +189,7 @@ AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(const AliEMCALDigitizer & d)
     fEventNames(d.fEventNames),
     fDigitThreshold(d.fDigitThreshold),
     fMeanPhotonElectron(d.fMeanPhotonElectron),
+    fGainFluctuations(d.fGainFluctuations),
     fPinNoise(d.fPinNoise),
     fTimeNoise(d.fTimeNoise),
     fTimeDelay(d.fTimeDelay),
@@ -197,14 +203,15 @@ AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(const AliEMCALDigitizer & d)
     fEventFolderName(d.fEventFolderName),
     fFirstEvent(d.fFirstEvent),
     fLastEvent(d.fLastEvent),
-    fCalibData(d.fCalibData)
+    fCalibData(d.fCalibData),
+    fSDigitizer(d.fSDigitizer ? new AliEMCALSDigitizer(*d.fSDigitizer) : 0)
 {
   // copyy ctor 
 }
 
 //____________________________________________________________________________ 
-AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(AliRunDigitizer * rd)
-  : AliDigitizer(rd,"EMCAL"+AliConfig::Instance()->GetDigitizerTaskName()),
+AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(AliDigitizationInput * rd)
+  : AliDigitizer(rd,"EMCALDigitizer"),
     fDefaultInit(kFALSE),
     fDigitsInRun(0),
     fInit(0),
@@ -213,6 +220,7 @@ AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(AliRunDigitizer * rd)
     fEventNames(0),
     fDigitThreshold(0),
     fMeanPhotonElectron(0),
+    fGainFluctuations(0),
     fPinNoise(0.),
     fTimeNoise(0.),
     fTimeDelay(0.),
@@ -227,12 +235,13 @@ AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(AliRunDigitizer * rd)
     fEventFolderName(0),
     fFirstEvent(0),
     fLastEvent(0),
-    fCalibData(0x0)
+    fCalibData(0x0),
+    fSDigitizer(0x0)
 {
   // ctor Init() is called by RunDigitizer
-  fManager = rd ; 
-  fEventFolderName = fManager->GetInputFolderName(0) ;
-  SetTitle(dynamic_cast<AliStream*>(fManager->GetInputStream(0))->GetFileName(0));
+  fDigInput = rd ; 
+  fEventFolderName = fDigInput->GetInputFolderName(0) ;
+  SetTitle(dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(0))->GetFileName(0));
   InitParameters() ; 
 }
 
@@ -240,27 +249,18 @@ AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(AliRunDigitizer * rd)
   AliEMCALDigitizer::~AliEMCALDigitizer()
 {
   //dtor
-  if (AliRunLoader::Instance()) {
-    AliLoader *emcalLoader=0;
-    if ((emcalLoader = AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL")))
-      emcalLoader->CleanDigitizer();
-  }
-  else
-    AliDebug(1," no runloader present");
-  
   delete [] fInputFileNames ; 
   delete [] fEventNames ; 
-  
+  if (fSDigitizer) delete fSDigitizer;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliEMCALDigitizer::Digitize(Int_t event) 
-{ 
-  
+void AliEMCALDigitizer::Digitize(Int_t event)
+{
   // Makes the digitization of the collected summable digits
   // for this it first creates the array of all EMCAL modules
-  // filled with noise and after that adds contributions from 
-  // SDigits. This design helps to avoid scanning over the 
+  // filled with noise and after that adds contributions from
+  // SDigits. This design helps to avoid scanning over the
   // list of digits to add  contribution of any new SDigit.
   //
   // JLK 26-Jun-2008
@@ -268,355 +268,381 @@ void AliEMCALDigitizer::Digitize(Int_t event)
   // must call the Calibrate() method of the SDigitizer to convert it
   // back to an energy in GeV before adding it to the Digit
   //
-  static int nEMC=0; //max number of digits possible
+  
   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
   
-  if(emcalLoader){
-    Int_t readEvent = event ; 
-    // fManager is data member from AliDigitizer
-    if (fManager) 
-      readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fManager->GetInputStream(0))->GetCurrentEventNumber() ; 
-    AliDebug(1,Form("Adding event %d from input stream 0 %s %s", 
-                    readEvent, GetTitle(), fEventFolderName.Data())) ; 
-    rl->GetEvent(readEvent);
-    
-    TClonesArray * digits = emcalLoader->Digits() ; 
-    digits->Delete() ;  //correct way to clear array when memory is
-    //allocated by objects stored in array
-    
-    // Load Geometry
-    AliEMCALGeometry *geom = 0;
-    if (!rl->GetAliRun()) {
-      AliFatal("Could not get AliRun from runLoader");
+  if(!emcalLoader)
+  {
+    AliFatal("EMCALLoader is NULL!") ;
+    return; // not needed but in case coverity complains ...
+  }
+  
+  Int_t readEvent = event ;
+  if (fDigInput) // fDigInput is data member from AliDigitizer
+    readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(0))->GetCurrentEventNumber() ;
+  AliDebug(1,Form("Adding event %d from input stream 0 %s %s",
+                  readEvent, GetTitle(), fEventFolderName.Data())) ;
+  rl->GetEvent(readEvent);
+  
+  TClonesArray * digits = emcalLoader->Digits() ;
+  digits->Delete() ;  //correct way to clear array when memory is
+  //allocated by objects stored in array
+  
+  // Load Geometry
+  if (!rl->GetAliRun())
+  {
+    AliFatal("Could not get AliRun from runLoader");
+    return; // not needed but in case coverity complains ...
+  }
+  
+  AliEMCAL * emcal  = (AliEMCAL*)rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL");
+  AliEMCALGeometry *geom = emcal->GetGeometry();
+  static int nEMC = geom->GetNCells();//max number of digits possible
+  AliDebug(1,Form("nEMC %i (number cells in EMCAL) | %s \n", nEMC, geom->GetName()));
+  
+  digits->Expand(nEMC) ;
+  
+  // RS create a digitizer on the fly
+  if (!fSDigitizer) fSDigitizer = new AliEMCALSDigitizer(rl->GetFileName().Data());
+  fSDigitizer->SetEventRange(0, -1) ;
+  
+  //-------------------------------------------------------
+  //take all the inputs to add together and load the SDigits
+  TObjArray * sdigArray = new TObjArray(fInput) ;
+  sdigArray->AddAt(emcalLoader->SDigits(), 0) ;
+  
+  Int_t i ;
+  Int_t embed = kFALSE;
+  for(i = 1 ; i < fInput ; i++)
+  {
+    TString tempo(fEventNames[i]) ;
+    tempo += i ;
+    
+    AliRunLoader *  rl2 = AliRunLoader::GetRunLoader(tempo) ;
+    
+    if (!rl2)
+      rl2 = AliRunLoader::Open(fInputFileNames[i], tempo) ;
+    
+    if(!rl2)
+    {
+      AliFatal("Run Loader of second event not available!");
+      return; // not needed but in case coverity complains ...
+    }
+    
+    if (fDigInput)
+      readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(i))->GetCurrentEventNumber() ;
+    
+    Info("Digitize", "Adding event %d from input stream %d %s %s", readEvent, i, fInputFileNames[i].Data(), tempo.Data()) ;
+    
+    rl2->LoadSDigits();
+    //     rl2->LoadDigits();
+    rl2->GetEvent(readEvent);
+    
+    if(!rl2->GetDetectorLoader("EMCAL"))
+    {
+      AliFatal("Loader of second input not found");
+      return; // not needed but in case coverity complains ...
     }
-    else{
-      AliEMCAL * emcal  = (AliEMCAL*)rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL");
-      geom = emcal->GetGeometry();
-      nEMC = geom->GetNCells();
-      AliDebug(1,Form("nEMC %i (number cells in EMCAL) | %s \n", nEMC, geom->GetName()));
+    
+    AliEMCALLoader *emcalLoader2 = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl2->GetDetectorLoader("EMCAL"));
+    
+    if(!emcalLoader2)
+    {
+      AliFatal("EMCAL Loader of second event not available!");
+      return; // not needed but in case coverity complains ...
     }
+
+    //Merge 2 simulated sdigits
+    if(!emcalLoader2->SDigits()) continue;
     
-    Int_t absID = -1 ;
+    TClonesArray* sdigits2 = emcalLoader2->SDigits();
+    sdigArray->AddAt(sdigits2, i) ;
     
-    digits->Expand(nEMC) ;
+    // Check if first sdigit is of embedded type, if so, handle the sdigits differently:
+    // do not smear energy of embedded, do not add noise to any sdigits
+    if( sdigits2->GetEntriesFast() <= 0 ) continue;
     
-    // get first the sdigitizer from the tasks list (must have same name as the digitizer)
-    if ( !emcalLoader->SDigitizer() ) 
-      emcalLoader->LoadSDigitizer();
-    AliEMCALSDigitizer * sDigitizer = dynamic_cast<AliEMCALSDigitizer*>(emcalLoader->SDigitizer()); 
+    //printf("Merged digit type: %d\n",dynamic_cast<AliEMCALDigit*> (sdigits2->At(0))->GetType());
+    AliEMCALDigit * digit2 = dynamic_cast<AliEMCALDigit*> (sdigits2->At(0));
+    if( digit2 && digit2->GetType()==AliEMCALDigit::kEmbedded ) embed = kTRUE;
     
-    if (!sDigitizer )
+  }// input loop
+  
+  //--------------------------------
+  //Find the first tower with signal
+  Int_t nextSig = nEMC + 1 ;
+  TClonesArray * sdigits ;
+  for(i = 0 ; i < fInput ; i++)
+  {
+    if(i > 0 && embed) continue;
+    
+    sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
+    if(!sdigits)
     {
-      Fatal("Digitize", "SDigitizer with name %s %s not found", fEventFolderName.Data(), GetTitle() ) ; 
+      AliDebug(1,"Null sdigit pointer");
+      continue;
     }
-    else
+    
+    if (sdigits->GetEntriesFast() <= 0 )
+    {
+      AliDebug(1, "No sdigits entries");
+      continue;
+    }
+    
+    AliEMCALDigit *sd = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(sdigits->At(0));
+    if(!sd)
+    {
+      AliDebug(1, "NULL sdigit pointer");
+      continue;
+    }
+    
+    Int_t curNext = sd->GetId() ;
+    if(curNext < nextSig)
+    nextSig = curNext ;
+    AliDebug(1,Form("input %i : #sdigits %i \n",i, sdigits->GetEntriesFast()));
+    
+  }// input loop
+  
+  AliDebug(1,Form("FIRST tower with signal %i \n", nextSig));
+  
+  TArrayI index(fInput) ;
+  index.Reset() ;  //Set all indexes to zero
+  
+  AliEMCALDigit * digit ;
+  AliEMCALDigit * curSDigit ;
+  
+  //---------------------------------------------
+  //Put Noise contribution, smear time and energy
+  Float_t timeResolution = 0;
+  Int_t absID = -1 ;
+  for(absID = 0; absID < nEMC; absID++)
+  { // Nov 30, 2006 by PAI; was from 1 to nEMC
+    
+    if (IsDead(absID)) continue; // Don't instantiate dead digits
+    
+    Float_t energy = 0 ;
+    
+    // amplitude set to zero, noise will be added later
+    Float_t noiseTime = 0.;
+    if(!embed) noiseTime = TimeOfNoise(); //No need for embedded events?
+    new((*digits)[absID]) AliEMCALDigit( -1, -1, absID, 0., noiseTime,kFALSE); // absID-1->absID
+    //look if we have to add signal?
+    digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(absID)); // absID-1->absID
+    
+    if (!digit)
     {
+      AliDebug(1,"Digit pointer is null");
+      continue;
+    }
+    
+    if(absID==nextSig)
+    {
+      // Calculate time as time of the largest digit
+      Float_t time = digit->GetTime() ;
+      Float_t aTime= digit->GetAmplitude() ;
       
-      //take all the inputs to add together and load the SDigits
-      TObjArray * sdigArray = new TObjArray(fInput) ;
-      sdigArray->AddAt(emcalLoader->SDigits(), 0) ;
-      Int_t i ;
-      Int_t embed = kFALSE;
-      for(i = 1 ; i < fInput ; i++){
-        TString tempo(fEventNames[i]) ; 
-        tempo += i ;
-        
-        AliRunLoader *  rl2 = AliRunLoader::GetRunLoader(tempo) ; 
-        
-        if (rl2==0) 
-          rl2 = AliRunLoader::Open(fInputFileNames[i], tempo) ; 
-        
-        if (fManager) 
-          readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fManager->GetInputStream(i))->GetCurrentEventNumber() ; 
-        Info("Digitize", "Adding event %d from input stream %d %s %s", readEvent, i, fInputFileNames[i].Data(), tempo.Data()) ; 
-        rl2->LoadSDigits();
-        //     rl2->LoadDigits();
-        rl2->GetEvent(readEvent);
-        if(rl2->GetDetectorLoader("EMCAL"))
+      // loop over input
+      Int_t nInputs = fInput;
+      if(embed) nInputs = 1; // In case of embedding, merge later real digits, do not smear energy and time of data
+      for(i = 0; i< nInputs ; i++)
+      {
+        //loop over (possible) merge sources
+        TClonesArray* sdtclarr = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i));
+        if(sdtclarr)
         {
-          AliEMCALLoader *emcalLoader2 = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl2->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-          if(emcalLoader2) {
-            //Merge 2 simulated sdigits
-            if(emcalLoader2->SDigits()){
-              TClonesArray* sdigits2 = emcalLoader2->SDigits();
-              sdigArray->AddAt(sdigits2, i) ;
-              //Check if first sdigit is of embedded type, if so, handle the sdigits differently:
-              // do not smear energy of embedded, do not add noise to any sdigits
-              if(sdigits2->GetEntriesFast()>0){
-                 //printf("Merged digit type: %d\n",dynamic_cast<AliEMCALDigit*> (sdigits2->At(0))->GetType());
-                 if(dynamic_cast<AliEMCALDigit*> (sdigits2->At(0))->GetType()==AliEMCALDigit::kEmbedded){
-                   embed = kTRUE;
-                 }
-              }
-            }
-            
-          }//loader2
-          else  AliFatal("EMCAL Loader of second event not available!");
+          Int_t sDigitEntries = sdtclarr->GetEntriesFast();
           
-        }
-        else Fatal("Digitize", "Loader of second input not found");
-      }// input loop
-      
-      //Find the first tower with signal
-      Int_t nextSig = nEMC + 1 ; 
-      TClonesArray * sdigits ;  
-      for(i = 0 ; i < fInput ; i++){
-        if(i > 0 && embed) continue;
-        sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
-        if(sdigits){
-          if (sdigits->GetEntriesFast() ){
-            AliEMCALDigit *sd = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(sdigits->At(0));
-            if(sd){
-              Int_t curNext = sd->GetId() ;
-              if(curNext < nextSig) 
-                nextSig = curNext ;
-              AliDebug(1,Form("input %i : #sdigits %i \n",
-                              i, sdigits->GetEntriesFast()));
-              
-            }//First entry is not NULL
-            else {
-              Info("Digitize", "NULL sdigit pointer");
-              continue;
-            }
-          }//There is at least one entry
-          else {
-            Info("Digitize", "NULL sdigits array");
-            continue;
-          }
-        }// SDigits array exists
-        else {
-          Info("Digitizer","Null sdigit pointer");
-          continue;
-        }
-      }// input loop
-      AliDebug(1,Form("FIRST tower with signal %i \n", nextSig));
-      
-      TArrayI index(fInput) ;
-      index.Reset() ;  //Set all indexes to zero
-      
-      AliEMCALDigit * digit ;
-      AliEMCALDigit * curSDigit ;
-      
-      //Put Noise contribution, smear time and energy     
-      Float_t timeResolution = 0;
-      for(absID = 0; absID < nEMC; absID++){ // Nov 30, 2006 by PAI; was from 1 to nEMC
-        Float_t energy = 0 ;    
-        
-        // amplitude set to zero, noise will be added later
-        Float_t noiseTime = 0.;
-        if(!embed) noiseTime = TimeOfNoise(); //No need for embedded events?
-        new((*digits)[absID]) AliEMCALDigit( -1, -1, absID, 0., noiseTime,kFALSE); // absID-1->absID
-        //look if we have to add signal?
-        digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(absID)); // absID-1->absID
-        
-        if (digit) {
+          if(sDigitEntries > index[i] ) curSDigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(sdtclarr->At(index[i])) ;
+          else                          curSDigit = 0 ;
           
-          if(absID==nextSig){
-
-            // Calculate time as time of the largest digit
-            Float_t time = digit->GetTime() ;
-            Float_t aTime= digit->GetAmplitude() ;
-            
-            // loop over input
-            Int_t nInputs = fInput;
-            if(embed) nInputs = 1; // In case of embedding, merge later real digits, do not smear energy and time of data
-            for(i = 0; i< nInputs ; i++){  //loop over (possible) merge sources
-              TClonesArray* sdtclarr = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i));
-              if(sdtclarr) {
-                Int_t sDigitEntries = sdtclarr->GetEntriesFast();
-                
-                if(sDigitEntries > index[i] )
-                  curSDigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(sdtclarr->At(index[i])) ;   
-                else
-                  curSDigit = 0 ;
-                
-                //May be several digits will contribute from the same input
-                while(curSDigit && (curSDigit->GetId() == absID)){        
-                  //Shift primary to separate primaries belonging different inputs
-                  Int_t primaryoffset ;
-                  if(fManager)
-                    primaryoffset = fManager->GetMask(i) ; 
-                  else
-                    primaryoffset = i ;
-                  curSDigit->ShiftPrimary(primaryoffset) ;
-                  
-                  if(curSDigit->GetAmplitude()>aTime) {
-                    aTime = curSDigit->GetAmplitude();
-                    time  = curSDigit->GetTime();
-                  }
-                  
-                  *digit = *digit + *curSDigit ;  //adds amplitudes of each digit
-                  
-                  index[i]++ ;
-                  
-                  if( sDigitEntries > index[i] )
-                    curSDigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(sdtclarr->At(index[i])) ;
-                  else
-                    curSDigit = 0 ;
-                }// while
-              }// source exists
-            }// loop over merging sources
-            
-            
-            //Here we convert the summed amplitude to an energy in GeV only for simulation or mixing of simulations
-            energy = sDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ; // GeV
+          //May be several digits will contribute from the same input
+          while(curSDigit && (curSDigit->GetId() == absID))
+          {
+            //Shift primary to separate primaries belonging different inputs
+            Int_t primaryoffset = i ;
+            if(fDigInput) primaryoffset = fDigInput->GetMask(i) ;
+            curSDigit->ShiftPrimary(primaryoffset) ;
             
-            // add fluctuations for photo-electron creation
-            energy *= static_cast<Float_t>(gRandom->Poisson(fMeanPhotonElectron)) / static_cast<Float_t>(fMeanPhotonElectron) ;
+            if(curSDigit->GetAmplitude()>aTime)
+            {
+              aTime = curSDigit->GetAmplitude();
+              time  = curSDigit->GetTime();
+            }
             
-            //calculate and set time
-            digit->SetTime(time) ;
+            *digit = *digit + *curSDigit ;  //adds amplitudes of each digit
             
-            //Find next signal module
-            nextSig = nEMC + 1 ;
-            for(i = 0 ; i < nInputs ; i++){
-              sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
-              
-              if(sdigits){
-                Int_t curNext = nextSig ;
-                if(sdigits->GetEntriesFast() > index[i])
-                {
-                  AliEMCALDigit * tmpdigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(sdigits->At(index[i]));
-                  if(tmpdigit)
-                  {
-                    curNext = tmpdigit->GetId() ;        
-                  }
-                }
-                if(curNext < nextSig) nextSig = curNext ;
-              }// sdigits exist
-            } // input loop       
+            index[i]++ ;
             
-          }//absID==nextSig
-          
-          // add the noise now, no need for embedded events with real data
-          if(!embed)
-            energy += TMath::Abs(gRandom->Gaus(0., fPinNoise)) ;
-          
-
-          // JLK 26-June-2008
-          //Now digitize the energy according to the sDigitizer method,
-          //which merely converts the energy to an integer.  Later we will
-          //check that the stored value matches our allowed dynamic ranges
-          digit->SetAmplitude(sDigitizer->Digitize(energy)) ; 
-          
-          //Set time resolution with final energy
-          timeResolution = GetTimeResolution(energy);
-          digit->SetTime(gRandom->Gaus(digit->GetTime(),timeResolution) ) ;
-          AliDebug(10,Form(" absID %5i energy %f nextSig %5i\n",
-                           absID, energy, nextSig));
-          //Add delay to time
-          digit->SetTime(digit->GetTime()+fTimeDelay) ;
-          
-        }// Digit pointer exists
-        else{
-          Info("Digitizer","Digit pointer is null");
-        }
-      } // for(absID = 0; absID < nEMC; absID++)
+            if( sDigitEntries > index[i] ) curSDigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(sdtclarr->At(index[i])) ;
+            else                           curSDigit = 0 ;
+          }// while
+        }// source exists
+      }// loop over merging sources
       
-      //ticks->Delete() ;
-      //delete ticks ;
-
-      //Embed simulated amplitude (and time?) to real data digits
-      if(embed){
-        for(Int_t input = 1; input<fInput; input++){
-          TClonesArray *realDigits = dynamic_cast<TClonesArray*> (sdigArray->At(input));
-          if(!realDigits){
-            AliDebug(1,"No sdigits to merge\n");
-            continue;
-          }
-          for(Int_t i2 = 0 ; i2 < realDigits->GetEntriesFast() ; i2++){
-            AliEMCALDigit * digit2 = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( realDigits->At(i2) ) ;
-            if(digit2){
-              digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At(digit2->GetId()) ) ;
-              if(digit){
-                
-                // Put the embedded cell energy in same units as simulated sdigits -> transform to energy units
-                // and multiply to get a big int.
-                Float_t time2 = digit2->GetTime(); 
-                Float_t e2    = digit2->GetAmplitude();
-                CalibrateADCTime(e2,time2,digit2->GetId());
-                Float_t amp2 = sDigitizer->Digitize(e2);
-                
-                Float_t e0    = digit ->GetAmplitude();
-                if(e0>0.01)
-                  AliDebug(1,Form("digit 1: Abs ID %d, amp %f, type %d, time %e; digit2: Abs ID %d, amp %f, type %d, time %e\n",
-                                  digit ->GetId(),digit ->GetAmplitude(), digit ->GetType(), digit->GetTime(),
-                                  digit2->GetId(),amp2,                   digit2->GetType(), time2           ));
-                
-                // Sum amplitudes, change digit amplitude
-                digit->SetAmplitude( digit->GetAmplitude() + amp2);
-                // Rough assumption, assign time of the largest of the 2 digits, 
-                // data or signal to the final digit.
-                if(amp2 > digit->GetAmplitude())  digit->SetTime(time2);
-                //Mark the new digit as embedded
-                digit->SetType(AliEMCALDigit::kEmbedded);
-                
-                if(digit2->GetAmplitude()>0.01 && e0> 0.01 )
-                  AliDebug(1,Form("Embedded digit: Abs ID %d, amp %f, type %d\n",
-                                  digit->GetId(), digit->GetAmplitude(), digit->GetType()));
-              }//digit2 
-            }//digit2
-          }//loop digit 2
-        }//input loop
-      }//embed
+      //Here we convert the summed amplitude to an energy in GeV only for simulation or mixing of simulations
+      energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ; // GeV
       
-      //JLK is it better to call Clear() here?
-      delete sdigArray ; //We should not delete its contents
+      // add fluctuations for photo-electron creation
+      // corrected fluctuations after comparison with beam test, Paraskevi Ganoti (06/11/2011)
+      Float_t fluct = static_cast<Float_t>((energy*fMeanPhotonElectron)/fGainFluctuations);
+      energy       *= static_cast<Float_t>(gRandom->Poisson(fluct)) / fluct ;
       
-      //remove digits below thresholds
-      // until 10-02-2010 remove digits with energy smaller than fDigitThreshold 3*fPinNoise
-      // now, remove digits with Digitized ADC smaller than fDigitThreshold = 3,
-      // before merge in the same loop real data digits if available
-      Float_t energy = 0;
-      Float_t time   = 0;
-      for(i = 0 ; i < nEMC ; i++){
-        digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At(i) ) ;
-        if(digit){
-          
-          //Then get the energy in GeV units.
-          energy = sDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ;
-          //Then digitize using the calibration constants of the ocdb
-          Float_t ampADC = energy;
-          DigitizeEnergyTime(ampADC, time, digit->GetId())  ;    
-          if(ampADC < fDigitThreshold)
-            digits->RemoveAt(i) ;
+      //calculate and set time
+      digit->SetTime(time) ;
+      
+      //Find next signal module
+      nextSig = nEMC + 1 ;
+      for(i = 0 ; i < nInputs ; i++)
+      {
+        sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
+        
+        if(sdigits)
+        {
+          Int_t curNext = nextSig ;
+          if(sdigits->GetEntriesFast() > index[i])
+          {
+            AliEMCALDigit * tmpdigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(sdigits->At(index[i]));
+            if ( tmpdigit ) curNext = tmpdigit->GetId() ;
+          }
           
-        }// digit exists
-      } // digit loop
+          if(curNext < nextSig) nextSig = curNext ;
+        }// sdigits exist
+      } // input loop
       
-      digits->Compress() ;  
+    }//absID==nextSig
+    
+    // add the noise now, no need for embedded events with real data
+    if(!embed)
+      energy += gRandom->Gaus(0., fPinNoise) ;
+    
+    // JLK 26-June-2008
+    //Now digitize the energy according to the fSDigitizer method,
+    //which merely converts the energy to an integer.  Later we will
+    //check that the stored value matches our allowed dynamic ranges
+    digit->SetAmplitude(fSDigitizer->Digitize(energy)) ;
+    
+    //Set time resolution with final energy
+    timeResolution = GetTimeResolution(energy);
+    digit->SetTime(gRandom->Gaus(digit->GetTime(),timeResolution) ) ;
+    AliDebug(10,Form(" absID %5i energy %f nextSig %5i\n",
+                     absID, energy, nextSig));
+    //Add delay to time
+    digit->SetTime(digit->GetTime()+fTimeDelay) ;
+    
+  } // for(absID = 0; absID < nEMC; absID++)
+  
+  //---------------------------------------------------------
+  //Embed simulated amplitude (and time?) to real data digits
+  if ( embed )
+  {
+    for(Int_t input = 1; input<fInput; input++)
+    {
+      TClonesArray *realDigits = dynamic_cast<TClonesArray*> (sdigArray->At(input));
+      if(!realDigits)
+      {
+        AliDebug(1,"No sdigits to merge\n");
+        continue;
+      }
       
-      Int_t ndigits = digits->GetEntriesFast() ; 
-
-      //JLK 26-June-2008
-      //After we have done the summing and digitizing to create the
-      //digits, now we want to calibrate the resulting amplitude to match
-      //the dynamic range of our real data.  
-      for (i = 0 ; i < ndigits ; i++) { 
-        digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>( digits->At(i) ) ; 
-        if(digit){
-          digit->SetIndexInList(i) ; 
-          energy = sDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ;
-          time   = digit->GetTime();
-          Float_t ampADC = energy;
-          DigitizeEnergyTime(ampADC, time, digit->GetId());
-          digit->SetAmplitude(ampADC) ;
-          digit->SetTime(time);
-          // printf("digit amplitude set at end: i %d, amp %f\n",i,digit->GetAmplitude());
-        }// digit exists
-      }//Digit loop
+      for(Int_t i2 = 0 ; i2 < realDigits->GetEntriesFast() ; i2++)
+      {
+        AliEMCALDigit * digit2 = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( realDigits->At(i2) ) ;
+        if ( !digit2 ) continue;
       
-    }//SDigitizer not null
-  }
-  else AliFatal("EMCALLoader is NULL!") ;
+        digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At(digit2->GetId()) ) ;
+        if ( !digit ) continue;
+        
+        // Put the embedded cell energy in same units as simulated sdigits -> transform to energy units
+        // and multiply to get a big int.
+        Float_t time2 = digit2->GetTime();
+        Float_t e2    = digit2->GetAmplitude();
+        CalibrateADCTime(e2,time2,digit2->GetId());
+        Float_t amp2  = fSDigitizer->Digitize(e2);
+        
+        Float_t e0    = digit ->GetAmplitude();
+        if(e0>0.01)
+          AliDebug(1,Form("digit 1: Abs ID %d, amp %f, type %d, time %e; digit2: Abs ID %d, amp %f, type %d, time %e\n",
+                          digit ->GetId(),digit ->GetAmplitude(), digit ->GetType(), digit->GetTime(),
+                          digit2->GetId(),amp2,                   digit2->GetType(), time2           ));
+        
+        // Sum amplitudes, change digit amplitude
+        digit->SetAmplitude( digit->GetAmplitude() + amp2);
+        
+        // Rough assumption, assign time of the largest of the 2 digits,
+        // data or signal to the final digit.
+        if(amp2 > digit->GetAmplitude())  digit->SetTime(time2);
+        
+        //Mark the new digit as embedded
+        digit->SetType(AliEMCALDigit::kEmbedded);
+        
+        if(digit2->GetAmplitude()>0.01 && e0> 0.01 )
+          AliDebug(1,Form("Embedded digit: Abs ID %d, amp %f, type %d\n",
+                          digit->GetId(), digit->GetAmplitude(), digit->GetType()));
+      }//loop digit 2
+    }//input loop
+  }//embed
+  
+  //JLK is it better to call Clear() here?
+  delete sdigArray ; //We should not delete its contents
+  
+  //------------------------------
+  //remove digits below thresholds
+  // until 10-02-2010 remove digits with energy smaller than fDigitThreshold 3*fPinNoise
+  // now, remove digits with Digitized ADC smaller than fDigitThreshold = 3,
+  // before merge in the same loop real data digits if available
+  Float_t energy = 0;
+  Float_t time   = 0;
+  for(i = 0 ; i < nEMC ; i++)
+  {
+    digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At(i) ) ;
+    if ( !digit ) continue;
+    
+    //Then get the energy in GeV units.
+    energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ;
+    
+    //Then digitize using the calibration constants of the ocdb
+    Float_t ampADC = energy;
+    DigitizeEnergyTime(ampADC, time, digit->GetId())  ;
+    
+    if(ampADC < fDigitThreshold)
+      digits->RemoveAt(i) ;
+    
+  } // digit loop
+  
+  digits->Compress() ;
+  
+  Int_t ndigits = digits->GetEntriesFast() ;
+  
+  //---------------------------------------------------------------
+  //JLK 26-June-2008
+  //After we have done the summing and digitizing to create the
+  //digits, now we want to calibrate the resulting amplitude to match
+  //the dynamic range of our real data.
+  for (i = 0 ; i < ndigits ; i++)
+  {
+    digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>( digits->At(i) ) ;
+    if( !digit ) continue ;
+    
+    digit->SetIndexInList(i) ;
+    
+    time   = digit->GetTime();
+    digit->SetTime(time);
+
+    energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ;
+
+    Float_t ampADC = energy;
+    DigitizeEnergyTime(ampADC, time, digit->GetId());
+    
+    digit->SetAmplitude(ampADC) ;
+    // printf("digit amplitude set at end: i %d, amp %f\n",i,digit->GetAmplitude());
+  }//Digit loop
   
 }
 
 //_____________________________________________________________________
 void AliEMCALDigitizer::DigitizeEnergyTime(Float_t & energy, Float_t & time, const Int_t absId)
-{ 
+{
   // JLK 26-June-2008
   // Returns digitized value of the energy in a cell absId
   // using the calibration constants stored in the OCDB
@@ -627,7 +653,8 @@ void AliEMCALDigitizer::DigitizeEnergyTime(Float_t & energy, Float_t & time, con
   // Load Geometry
   const AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
   
-  if (geom==0){
+  if (geom==0)
+  {
     AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
     return;
   }
@@ -640,28 +667,68 @@ void AliEMCALDigitizer::DigitizeEnergyTime(Float_t & energy, Float_t & time, con
   Int_t ieta    = -1;
   Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
   if(!bCell)
-    Error("DigitizeEnergyTime","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
+  Error("DigitizeEnergyTime","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
   
-  if(fCalibData) {
+  if(fCalibData)
+  {
     fADCpedestalEC     = fCalibData->GetADCpedestal     (iSupMod,ieta,iphi);
     fADCchannelEC      = fCalibData->GetADCchannel      (iSupMod,ieta,iphi);
     fADCchannelECDecal = fCalibData->GetADCchannelDecal (iSupMod,ieta,iphi);
-    fTimeChannel       = fCalibData->GetTimeChannel     (iSupMod,ieta,iphi);
-    fTimeChannelDecal  = fCalibData->GetTimeChannelDecal(iSupMod,ieta,iphi);      
+    fTimeChannel       = fCalibData->GetTimeChannel     (iSupMod,ieta,iphi,0); // Assign bunch crossing number equal to 0 (has simulation different bunch crossings?)
+    fTimeChannelDecal  = fCalibData->GetTimeChannelDecal(iSupMod,ieta,iphi);
   }
   
   //Apply calibration to get ADC counts and partial decalibration as especified in OCDB
   energy = (energy + fADCpedestalEC)/fADCchannelEC/fADCchannelECDecal   ;
   time  += fTimeChannel-fTimeChannelDecal;
   
-  if(energy > fNADCEC ) 
-    energy =  fNADCEC ; 
+  if ( energy > fNADCEC ) energy =  fNADCEC ;
+}
+
+//_____________________________________________________________________
+void AliEMCALDigitizer::DecalibrateTrigger(AliEMCALDigit *digit)
+{
+  // Decalibrate, used in Trigger digits
+  
+  if ( !fCalibData ) return ;
+  
+  // Load Geometry
+  const AliEMCALGeometry *geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
+       
+  if (!geom)
+  {
+    AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
+    return;
+  }
+       
+  // Recover the digit location in row-column-SM
+  Int_t absId   = digit->GetId();
+  Int_t iSupMod = -1;
+  Int_t nModule = -1;
+  Int_t nIphi   = -1;
+  Int_t nIeta   = -1;
+  Int_t iphi    = -1;
+  Int_t ieta    = -1;
+       
+  Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
+  if (!bCell) Error("Decalibrate","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
+  
+  geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
+       
+  // Now decalibrate
+  Float_t adcChannel       = fCalibData->GetADCchannel      (iSupMod,ieta,iphi);
+  Float_t adcChannelOnline = fCalibData->GetADCchannelOnline(iSupMod,ieta,iphi);
+  //printf("calib param for (SM%d,col%d,row%d): %1.4f - online param: %1.4f \n",iSupMod,ieta,iphi,adcChannel,adcChannelOnline);
+  Float_t factor = 1./(adcChannel/adcChannelOnline);
+  
+  *digit = *digit * factor;
+  
 }
 
 //_____________________________________________________________________
 void AliEMCALDigitizer::CalibrateADCTime(Float_t & adc, Float_t & time, const Int_t absId)
-{ 
+{
   // Returns the energy in a cell absId with a given adc value
   // using the calibration constants stored in the OCDB. Time also corrected from parameter in OCDB
   // Used in case of embedding, transform ADC counts from real event into energy
@@ -673,7 +740,8 @@ void AliEMCALDigitizer::CalibrateADCTime(Float_t & adc, Float_t & time, const In
   // Load Geometry
   const AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
   
-  if (!geom){
+  if (!geom)
+  {
     AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
     return;
   }
@@ -685,122 +753,134 @@ void AliEMCALDigitizer::CalibrateADCTime(Float_t & adc, Float_t & time, const In
   Int_t iphi    = -1;
   Int_t ieta    = -1;
   Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
-  if(!bCell)
-    Error("CalibrateADCTime","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
+  if(!bCell) Error("CalibrateADCTime","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
   
-  if(fCalibData) {
+  if(fCalibData)
+  {
     fADCpedestalEC = fCalibData->GetADCpedestal(iSupMod,ieta,iphi);
     fADCchannelEC  = fCalibData->GetADCchannel (iSupMod,ieta,iphi);
-    fTimeChannel   = fCalibData->GetTimeChannel(iSupMod,ieta,iphi);
+    fTimeChannel   = fCalibData->GetTimeChannel(iSupMod,ieta,iphi,0);// Assign bunch crossing number equal to 0 (has simulation different bunch crossings?)
   }
   
   adc   = adc * fADCchannelEC - fADCpedestalEC;
   time -= fTimeChannel;
   
-  
 }
 
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliEMCALDigitizer::Exec(Option_t *option) 
-{ 
+void AliEMCALDigitizer::Digitize(Option_t *option)
+{
   // Steering method to process digitization for events
   // in the range from fFirstEvent to fLastEvent.
   // This range is optionally set by SetEventRange().
   // if fLastEvent=-1, then process events until the end.
   // by default fLastEvent = fFirstEvent (process only one event)
-
-  if (!fInit) { // to prevent overwrite existing file
-    Error( "Exec", "Give a version name different from %s", fEventFolderName.Data() ) ;
+  
+  if (!fInit)
+  { // to prevent overwrite existing file
+    Error( "Digitize", "Give a version name different from %s", fEventFolderName.Data() ) ;
     return ;
-  } 
-
-  if (strstr(option,"print")) {
-
+  }
+  
+  if (strstr(option,"print"))
+  {
     Print();
-    return ; 
+    return ;
   }
   
   if(strstr(option,"tim"))
     gBenchmark->Start("EMCALDigitizer");
-
+  
   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
+  
   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-  Int_t nEvents = 0;
-  if(!emcalLoader){
+  if(!emcalLoader)
+  {
     AliFatal("Did not get the  Loader");
+    return; // coverity
+  }
+  
+  if (fLastEvent == -1)
+    fLastEvent = rl->GetNumberOfEvents() - 1 ;
+  else if (fDigInput)
+    fLastEvent = fFirstEvent ; // what is this ??
+  
+  Int_t nEvents = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
+  Int_t ievent  = -1;
+  
+  AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
+  if(!emcal)
+  {
+    AliFatal("Did not get the AliEMCAL pointer");
+    return; // coverity
+  }
+  
+  AliEMCALGeometry *geom = emcal->GetGeometry();
+  if(!geom)
+  {
+    AliFatal("Geometry pointer null");
+    return; // fix for coverity
   }
-  else{
-    // Post Digitizer to the white board
-    emcalLoader->PostDigitizer(this) ;
+  
+  const Int_t nTRU = geom->GetNTotalTRU();
+  TClonesArray* digitsTMP = new TClonesArray("AliEMCALDigit",    nTRU*96);
+  TClonesArray* digitsTRG = new TClonesArray("AliEMCALRawDigit", nTRU*96);
+  
+  rl->LoadSDigits("EMCAL");
+  for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++)
+  {
+    rl->GetEvent(ievent);
     
-    if (fLastEvent == -1)  {
-      fLastEvent = rl->GetNumberOfEvents() - 1 ;
-    }
-    else if (fManager) 
-      fLastEvent = fFirstEvent ; // what is this ??
+    Digitize(ievent) ; //Add prepared SDigits to digits and add the noise
     
-    nEvents = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
-    Int_t ievent  = -1;
-
-    TClonesArray* digitsTMP = new TClonesArray("AliEMCALDigit",    32*96);
-    TClonesArray* digitsTRG = new TClonesArray("AliEMCALRawDigit", 32*96);
-
-    rl->LoadSDigits("EMCAL");
-    for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++) {
-      
-      rl->GetEvent(ievent);
-      
-      Digitize(ievent) ; //Add prepared SDigits to digits and add the noise
-      
-      WriteDigits() ;
-      
-      //Trigger Digits
-      //-------------------------------------
-     
-
-      Digits2FastOR(digitsTMP, digitsTRG);  
-      
-      WriteDigits(digitsTRG);
-      
-      (emcalLoader->TreeD())->Fill();
-      
-      emcalLoader->WriteDigits(   "OVERWRITE");
-      emcalLoader->WriteDigitizer("OVERWRITE");
-      
-      Unload();
-      
-      digitsTRG  ->Delete();
-      digitsTMP  ->Delete();
-      
-      //-------------------------------------
-      
-      if(strstr(option,"deb"))
-        PrintDigits(option);
-      if(strstr(option,"table")) gObjectTable->Print();
-      
-      //increment the total number of Digits per run 
-      fDigitsInRun += emcalLoader->Digits()->GetEntriesFast() ;  
-    }//loop
+    WriteDigits() ;
+    
+    //Trigger Digits
+    //-------------------------------------
+    
+    Digits2FastOR(digitsTMP, digitsTRG);
+    
+    WriteDigits(digitsTRG);
+    
+    (emcalLoader->TreeD())->Fill();
+    
+    emcalLoader->WriteDigits(   "OVERWRITE");
     
-    emcalLoader->CleanDigitizer() ;
+    Unload();
     
-  }//loader exists
+    digitsTRG  ->Delete();
+    digitsTMP  ->Delete();
+    
+    //-------------------------------------
+    
+    if(strstr(option,"deb"))
+      PrintDigits(option);
+    if(strstr(option,"table")) gObjectTable->Print();
+    
+    //increment the total number of Digits per run
+    fDigitsInRun += emcalLoader->Digits()->GetEntriesFast() ;
+  }//loop
   
-  if(strstr(option,"tim")){
+  if(strstr(option,"tim"))
+  {
     gBenchmark->Stop("EMCALDigitizer");
-    AliInfo(Form("Exec: took %f seconds for Digitizing %f seconds per event", 
-        gBenchmark->GetCpuTime("EMCALDigitizer"), gBenchmark->GetCpuTime("EMCALDigitizer")/nEvents )) ;
-  } 
+    Float_t cputime   = gBenchmark->GetCpuTime("EMCALDigitizer");
+    Float_t avcputime = cputime;
+    if(nEvents==0) avcputime = 0 ;
+    AliInfo(Form("Digitize: took %f seconds for Digitizing %f seconds per event", cputime, avcputime)) ;
+  }
 }
 
 //__________________________________________________________________
 Float_t AliEMCALDigitizer::GetTimeResolution(Float_t energy) const
 {  
+  // Assign a smeared time to the digit, from observed distribution in LED system (?).
   // From F. Blanco
   Float_t res = -1;
-  if (energy > 0) {
+  if (energy > 0)
+  {
     res = TMath::Sqrt(fTimeResolutionPar0 + 
                      fTimeResolutionPar1/(energy*energy) );
   }
@@ -808,10 +888,10 @@ Float_t AliEMCALDigitizer::GetTimeResolution(Float_t energy) const
   return res*1e-9;
 }
 
-//____________________________________________________________________________ 
+//____________________________________________________________________________
 void AliEMCALDigitizer::Digits2FastOR(TClonesArray* digitsTMP, TClonesArray* digitsTRG)
 {
-  // FEE digits afterburner to produce TRG digits 
+  // FEE digits afterburner to produce TRG digits
   // we are only interested in the FEE digit deposited energy
   // to be converted later into a voltage value
   
@@ -820,114 +900,128 @@ void AliEMCALDigitizer::Digits2FastOR(TClonesArray* digitsTMP, TClonesArray* dig
   
   AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
   
-  AliRun* run = runLoader->GetAliRun();
-  
   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-  if(!emcalLoader){
-    AliFatal("Did not get the  Loader");
+  if (!emcalLoader) AliFatal("Did not get the  Loader");
+  
+  const  AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
+  if(!geom)
+  {
+    AliFatal("Geometry pointer null");
+    return; // fix for coverity
   }
-  else {
-    AliEMCAL* emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(run->GetDetector("EMCAL"));
-    if(emcal){
-      AliEMCALGeometry* geom = emcal->GetGeometry();
-      
-      // build FOR from simulated digits
-      // and xfer to the corresponding TRU input (mapping)
+  
+  // build FOR from simulated digits
+  // and xfer to the corresponding TRU input (mapping)
+  
+  TClonesArray* sdigits = emcalLoader->SDigits();
+  
+  TClonesArray *digits = (TClonesArray*)sdigits->Clone();
+  
+  AliDebug(999,Form("=== %d SDigits to trigger digits ===",digits->GetEntriesFast()));
+  
+  TIter NextDigit(digits);
+  while (AliEMCALDigit* digit = (AliEMCALDigit*)NextDigit())
+  {
+    if (IsDead(digit)) continue;
+    
+    DecalibrateTrigger(digit);
+    
+    Int_t id = digit->GetId();
+    
+    Int_t trgid;
+    if (geom->GetFastORIndexFromCellIndex(id , trgid))
+    {
+      AliDebug(1,Form("trigger digit id: %d from cell id: %d\n",trgid,id));
       
-      TClonesArray* digits = emcalLoader->Digits();
+      AliEMCALDigit* d = static_cast<AliEMCALDigit*>(digitsTMP->At(trgid));
       
-      TIter NextDigit(digits);
-      while (AliEMCALDigit* digit = (AliEMCALDigit*)NextDigit())
+      if (!d)
       {
-        Int_t id = digit->GetId();
-        
-        Int_t trgid;
-        if (geom && geom->GetFastORIndexFromCellIndex(id , trgid)) 
-        {
-          AliDebug(1,Form("trigger digit id: %d from cell id: %d\n",trgid,id));
-          
-          AliEMCALDigit* d = static_cast<AliEMCALDigit*>(digitsTMP->At(trgid));
-          
-          if (!d)
-          {
-            new((*digitsTMP)[trgid]) AliEMCALDigit(*digit);
-            d = (AliEMCALDigit*)digitsTMP->At(trgid);
-            d->SetId(trgid);
-          }    
-          else
-          {
-            *d = *d + *digit;
-          }
-        }
+        new((*digitsTMP)[trgid]) AliEMCALDigit(*digit);
+        d = (AliEMCALDigit*)digitsTMP->At(trgid);
+        d->SetId(trgid);
+      }
+      else
+      {
+        *d = *d + *digit;
       }
+    }
+  }
+  
+  if (AliDebugLevel()) printf("Number of TRG digits: %d\n",digitsTMP->GetEntriesFast());
+  
+  Int_t     nSamples = geom->GetNTotalTRU();
+  Int_t *timeSamples = new Int_t[nSamples];
+  
+  NextDigit = TIter(digitsTMP);
+  while (AliEMCALDigit* digit = (AliEMCALDigit*)NextDigit())
+  {
+    if (digit)
+    {
+      Int_t     id = digit->GetId();
+      Float_t time = 50.e-9;
       
-      if (AliDebugLevel()) printf("Number of TRG digits: %d\n",digitsTMP->GetEntriesFast());
+      Double_t depositedEnergy = 0.;
+      for (Int_t j = 1; j <= digit->GetNprimary(); j++) depositedEnergy += digit->GetDEPrimary(j);
       
-      Int_t    nSamples = 32;
-      Int_t *timeSamples = new Int_t[nSamples];
+      if (AliDebugLevel()) printf("Deposited Energy: %f\n", depositedEnergy);
       
-      NextDigit = TIter(digitsTMP);
-      while (AliEMCALDigit* digit = (AliEMCALDigit*)NextDigit())
-      {
-        if (digit)
-        {
-          Int_t     id = digit->GetId();
-          Float_t time = digit->GetTime();
-          
-          Double_t depositedEnergy = 0.;
-          for (Int_t j = 1; j <= digit->GetNprimary(); j++) depositedEnergy += digit->GetDEPrimary(j);
-          
-          if (AliDebugLevel()) printf("Deposited Energy: %f\n", depositedEnergy);
-          
-          // FIXME: Check digit time!
-          if (depositedEnergy)
-          {
-            DigitalFastOR(time, depositedEnergy, timeSamples, nSamples);
-            
-            for (Int_t j=0;j<nSamples;j++) 
-            {
-              timeSamples[j] = ((j << 12) & 0xFF000) | (timeSamples[j] & 0xFFF);
-            }
-            
-            new((*digitsTRG)[digitsTRG->GetEntriesFast()]) AliEMCALRawDigit(id, timeSamples, nSamples);
-          }
+      // FIXME: Check digit time!
+      if (depositedEnergy) {
+        depositedEnergy += gRandom->Gaus(0., .08);
+        DigitalFastOR(time, depositedEnergy, timeSamples, nSamples);
+        
+        for (Int_t j=0;j<nSamples;j++) {
+          if (AliDebugLevel()) printf("timeSamples[%d]: %d\n",j,timeSamples[j]);
+          timeSamples[j] = ((j << 16) | (timeSamples[j] & 0xFFFF));
         }
+        
+        new((*digitsTRG)[digitsTRG->GetEntriesFast()]) AliEMCALRawDigit(id, timeSamples, nSamples);
+        
+        if (AliDebugLevel()) ((AliEMCALRawDigit*)digitsTRG->At(digitsTRG->GetEntriesFast() - 1))->Print("");
       }
-      
-      delete [] timeSamples;
-    }// AliEMCAL exists
-    else AliFatal("Could not get AliEMCAL");
-  }// loader exists
+    }
+  }
   
+  delete [] timeSamples;
+  
+  if (digits && digits->GetEntriesFast()) digits->Delete();
 }
 
-//____________________________________________________________________________ 
+//____________________________________________________________________________
 void AliEMCALDigitizer::DigitalFastOR( Double_t time, Double_t dE, Int_t timeSamples[], Int_t nSamples )
 {
-       // parameters:  
-       // id: 0..95
-       const Int_t    reso = 11;      // 11-bit resolution ADC
-       const Double_t vFSR = 1;       // Full scale input voltage range
-       const Double_t dNe   = 125;     // signal of the APD per MeV of energy deposit in a tower: 125 photo-e-/MeV @ M=30
-       const Double_t vA   = .136e-6; // CSP output range: 0.136uV/e-
-       const Double_t rise = 40e-9;   // rise time (10-90%) of the FastOR signal before shaping
+  // parameters:
+  // id: 0..95
+  const Int_t    reso = 12;      // 11-bit resolution ADC
+  const Double_t vFSR = 2.;      // Full scale input voltage range 2V (p-p)
+//const Double_t dNe  = 125;     // signal of the APD per MeV of energy deposit in a tower: 125 photo-e-/MeV @ M=30
+  const Double_t dNe  = 125/1.3; // F-ALTRO max V. FEE: factor 4
+  const Double_t vA   = .136e-6; // CSP output range: 0.136uV/e-
+  const Double_t rise = 50e-9;   // rise time (10-90%) of the FastOR signal before shaping
        
-       const Double_t kTimeBinWidth = 25E-9; // sampling frequency (40MHz)
+  const Double_t kTimeBinWidth = 25E-9; // sampling frequency (40MHz)
        
-       Double_t vV = 1000. * dE * dNe * vA; // GeV 2 MeV
-       
-       TF1 signalF("signal", AnalogFastORFunction, 0, nSamples * kTimeBinWidth, 3);
-       signalF.SetParameter( 0,   vV ); 
-       signalF.SetParameter( 1, time ); // FIXME: when does the signal arrive? Might account for cable lengths
-       signalF.SetParameter( 2, rise );
+  Double_t vV = 1000. * dE * dNe * vA; // GeV 2 MeV
+  
+  TF1 signalF("signal", AnalogFastORFunction, 0, nSamples * kTimeBinWidth, 3);
+  signalF.SetParameter( 0,   vV );
+  signalF.SetParameter( 1, time ); // FIXME: when does the signal arrive? Might account for cable lengths
+  signalF.SetParameter( 2, rise );
        
-       for (Int_t iTime=0; iTime<nSamples; iTime++) 
-       {
-               // FIXME: add noise (probably not simply Gaussian) according to DA measurements
-               // probably plan an access to OCDB
-               
-               timeSamples[iTime] = int((TMath::Power(2, reso) / vFSR) * signalF.Eval(iTime * kTimeBinWidth) + 0.5);
-       }
+  for (Int_t iTime=0; iTime<nSamples; iTime++)
+  {
+    // FIXME: add noise (probably not simply Gaussian) according to DA measurements
+    // probably plan an access to OCDB
+    Double_t sig = signalF.Eval(iTime * kTimeBinWidth);
+    if (TMath::Abs(sig) > vFSR/2.) {
+      AliError("Signal overflow!");
+      timeSamples[iTime] = (1 << reso) - 1;
+    } else {
+      AliDebug(999,Form("iTime: %d sig: %f\n",iTime,sig));
+      timeSamples[iTime] = ((1 << reso) / vFSR) * sig + 0.5;
+    }
+  }
 }
 
 //____________________________________________________________________________ 
@@ -945,8 +1039,8 @@ Bool_t AliEMCALDigitizer::Init()
   fFirstEvent = 0 ; 
   fLastEvent = fFirstEvent ; 
   
-  if(fManager)
-    fInput = fManager->GetNinputs() ; 
+  if(fDigInput)
+    fInput = fDigInput->GetNinputs() ; 
   else 
     fInput           = 1 ;
 
@@ -956,14 +1050,11 @@ Bool_t AliEMCALDigitizer::Init()
   fEventNames[0]     = fEventFolderName.Data() ; 
   Int_t index ; 
   for (index = 1 ; index < fInput ; index++) {
-    fInputFileNames[index] = dynamic_cast<AliStream*>(fManager->GetInputStream(index))->GetFileName(0); 
-    TString tempo = fManager->GetInputFolderName(index) ;
-    fEventNames[index] = tempo.Remove(tempo.Length()-1) ; // strip of the stream number added bt fManager 
+    fInputFileNames[index] = dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(index))->GetFileName(0); 
+    TString tempo = fDigInput->GetInputFolderName(index) ;
+    fEventNames[index] = tempo.Remove(tempo.Length()-1) ; // strip of the stream number added bt fDigInput 
   }
-  
-  //to prevent cleaning of this object while GetEvent is called
-  emcalLoader->GetDigitsDataLoader()->GetBaseTaskLoader()->SetDoNotReload(kTRUE);
-  
+    
   //Calibration instance
   fCalibData = emcalLoader->CalibData();
   return fInit ;    
@@ -985,7 +1076,9 @@ void AliEMCALDigitizer::InitParameters()
     AliWarning("Simulation Parameters not available in OCDB?");
   }
   
-  fMeanPhotonElectron = simParam->GetMeanPhotonElectron();//4400;  // electrons per GeV 
+  fMeanPhotonElectron = simParam->GetMeanPhotonElectron() ; // 4400;  // electrons per GeV 
+  fGainFluctuations   = simParam->GetGainFluctuations()   ; // 15.0; 
+  
   fPinNoise           = simParam->GetPinNoise();//0.012; // pin noise in GeV from analysis test beam data 
   if (fPinNoise < 0.0001 ) 
     Warning("InitParameters", "No noise added\n") ; 
@@ -997,7 +1090,7 @@ void AliEMCALDigitizer::InitParameters()
   
   // These defaults are normally not used. 
   // Values are read from calibration database instead
-  fADCchannelEC       = 0.0153; // Update 24 Apr 2007: 250./16/1024 - width of one ADC channel in GeV
+  fADCchannelEC       = 0.0162; // Nominal value set online for most of the channels, MIP peak sitting at ~266./16/1024
   fADCpedestalEC      = 0.0 ;   // GeV
   fADCchannelECDecal  = 1.0;    // No decalibration by default
   fTimeChannel        = 0.0;    // No time calibration by default
@@ -1005,9 +1098,9 @@ void AliEMCALDigitizer::InitParameters()
 
   fNADCEC             = simParam->GetNADCEC();//(Int_t) TMath::Power(2,16) ;  // number of channels in Tower ADC - 65536
   
-  AliDebug(2,Form("Mean Photon Electron %d, Noise: APD %f, Time %f; Digit Threshold %d,Time Resolution Par0 %g Par1 %g,NADCEC %d",
-                 fMeanPhotonElectron,fPinNoise,fTimeNoise, fDigitThreshold,fTimeResolutionPar0,fTimeResolutionPar1,fNADCEC));
-   
+  AliDebug(2,Form("Mean Photon Electron %d, Gain Fluct. %2.1f; Noise: APD %f, Time %f; Digit Threshold %d,Time Resolution Par0 %g Par1 %g,NADCEC %d",
+                  fMeanPhotonElectron, fGainFluctuations, fPinNoise,fTimeNoise, fDigitThreshold,fTimeResolutionPar0,fTimeResolutionPar1,fNADCEC));
+  
 }
 
 //__________________________________________________________________
@@ -1026,7 +1119,7 @@ void AliEMCALDigitizer::Print (Option_t * ) const
     printf(" Writing Digits to branch with title  %s\n", fEventFolderName.Data()) ;
     
     Int_t nStreams ; 
-    if (fManager
+    if (fDigInput
       nStreams =  GetNInputStreams() ;
     else 
       nStreams = fInput ; 
@@ -1169,7 +1262,8 @@ void AliEMCALDigitizer::WriteDigits()
 
 //__________________________________________________________________
 void AliEMCALDigitizer::WriteDigits(TClonesArray* digits, const char* branchName)
-{ // overloaded method
+{
+  // overloaded method
   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
   if(emcalLoader){
     
@@ -1197,3 +1291,63 @@ void AliEMCALDigitizer::WriteDigits(TClonesArray* digits, const char* branchName
   else AliFatal("Loader not available");
 }
 
+//__________________________________________________________________
+Bool_t AliEMCALDigitizer::IsDead(AliEMCALDigit *digit) 
+{
+  // Check if cell is defined as dead, so that it is not included
+  // input is digit
+  Int_t absId   = digit->GetId();
+
+  return IsDead(absId);
+  
+}
+
+
+//__________________________________________________________________
+Bool_t AliEMCALDigitizer::IsDead(Int_t absId)
+{
+  // Check if cell absID is defined as dead, so that it is not included
+
+    AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
+    AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
+    if (!emcalLoader)
+    {
+      AliFatal("Did not get the  Loader");
+      return kTRUE;
+    }
+  
+    AliCaloCalibPedestal *caloPed = emcalLoader->PedestalData();
+    if (!caloPed)
+    {
+        AliWarning("Could not access pedestal data! No dead channel removal applied");
+        return kFALSE;
+    }
+    
+       // Load Geometry
+    const AliEMCALGeometry *geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
+    if (!geom)
+    {
+      AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
+      return kTRUE; //coverity
+    }
+  
+    Int_t iSupMod = -1;
+    Int_t nModule = -1;
+    Int_t nIphi   = -1;
+    Int_t nIeta   = -1;
+    Int_t iphi    = -1;
+    Int_t ieta    = -1;
+       
+    Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
+       
+    if (!bCell) Error("IsDead","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
+    geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
+    
+    Int_t channelStatus = (Int_t)(caloPed->GetDeadMap(iSupMod))->GetBinContent(ieta,iphi);
+    
+    if (channelStatus == AliCaloCalibPedestal::kDead)
+        return kTRUE;
+    else
+        return kFALSE;
+}
+