]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - EMCAL/AliEMCALReconstructor.cxx
correct the way the clusterizer is initialized, depending on event type
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALReconstructor.cxx
index d5caaded9a3e494ecec313060e3ef8a5b08cd1ad..526a5680eaa46310f8ac80133408c635946e2215 100644 (file)
 /* $Id$ */
 
 //_________________________________________________________________________
-//*--
-//*-- Yves Schutz (SUBATECH) 
+//--
+//-- Yves Schutz (SUBATECH) 
 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and 
 // derived from STEER/AliReconstructor. 
 // 
+//-- Aleksei Pavlinov : added staf for EMCAL jet trigger 9Apr 25, 2008)
+//                    : fgDigitsArr should read just once at event
+
 // --- ROOT system ---
+#include <TList.h>
+#include <TClonesArray.h>
+#include <TH2.h>
+#include "TGeoManager.h"
+#include "TGeoMatrix.h"
 
 // --- Standard library ---
 
 // --- AliRoot header files ---
-#include "AliESD.h"
 #include "AliEMCALReconstructor.h"
+
+#include "AliCodeTimer.h"
+#include "AliCaloCalibPedestal.h"
+#include "AliEMCALCalibData.h"
+#include "AliESDEvent.h"
+#include "AliESDCaloCluster.h"
+#include "AliESDCaloCells.h"
+#include "AliESDtrack.h"
+#include "AliEMCALLoader.h"
+#include "AliEMCALRawUtils.h"
+#include "AliEMCALDigit.h"
 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
-#include "AliEMCALPIDv1.h"
-#include "AliEMCALGetter.h"
-#include "AliRawReaderFile.h"
+#include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
+#include "AliEMCALRecPoint.h"
+#include "AliEMCALPID.h"
+#include "AliEMCALTrigger.h"
+#include "AliRawReader.h"
+#include "AliCDBEntry.h"
+#include "AliCDBManager.h"
+#include "AliEMCALGeometry.h"
+#include "AliEMCAL.h"
+#include "AliESDVZERO.h"
+#include "AliCDBManager.h"
+#include "AliRunLoader.h"
+#include "AliRun.h"
+#include "AliEMCALTriggerData.h"
+#include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
+#include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
+#include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
+#include "AliEMCALTriggerData.h"
+#include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
+#include "AliEMCALTriggerPatch.h"
+#include "AliEMCALTriggerTypes.h"
 
-ClassImp(AliEMCALReconstructor)
+ClassImp(AliEMCALReconstructor) 
 
+const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
+AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
+AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
+TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
+TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
+AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
 //____________________________________________________________________________
-  AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor() : fDebug(kFALSE) 
+AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor() 
+  : fDebug(kFALSE), fList(0), fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0) 
 {
   // ctor
 
-} 
+  fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
+
+  //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
+  //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
+  AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
+  if (rl->GetAliRun()){
+    AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
+    if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
+  }
+  
+  if(!fGeom) {
+    AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
+    fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
+  }
+
+  //Get calibration parameters 
+  if(!fCalibData)
+    {
+               AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
+               AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
+               if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
+    }
+       
+  if(!fCalibData)
+               AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
+       
+  //Get calibration parameters 
+  if(!fPedestalData)
+    {
+      AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
+      AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
+      if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
+    }
+  
+  if(!fPedestalData)
+    AliFatal("Dead map not found in CDB!");
+       
+  if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
+
+  AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
+
+  const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
 
+  if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
+  fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
+       
+  fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
+
+  //Init temporary list of digits
+  fgDigitsArr   = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
+  fgClustersArr = new TObjArray(1000);
+       
+} 
 
 //____________________________________________________________________________
 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 {
   // dtor
+
+  if(fGeom)              delete fGeom;
+  
+  //No need to delete, recovered from OCDB
+  //if(fCalibData)         delete fCalibData;
+  //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
+  
+  if(fgDigitsArr){
+    fgDigitsArr->Clear("C");
+    delete fgDigitsArr; 
+  }
+  
+  if(fgClustersArr){
+    fgClustersArr->Clear();
+    delete fgClustersArr; 
+  }
+  
+  if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
+  if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
+  if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
+  
+  AliCodeTimer::Instance()->Print();
 } 
 
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(AliRunLoader* runLoader) const 
+// //____________________________________________________________________________
+// void AliEMCALReconstructor::Init()
+// {
+//   // Trigger hists - Oct 24, 2007
+//    fList = AliEMCALHistoUtilities::GetTriggersListOfHists(kTRUE);
+// }
+
+//____________________________________________________________________________                                  
+void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
 {
-  // method called by AliReconstruction; 
-  // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
-  // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by 
-  // the global tracking.
-  TString headerFile(runLoader->GetFileName()) ; 
-  TString branchName(runLoader->GetEventFolder()->GetName() ) ;  
+  //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.                          
+  Int_t clusterizerType = -1;
+  Int_t eventType = -1;
+  if(GetRecParam()) {
+    clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
+    eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
+  }
+  else{
+    AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
+    AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
+    //Get The reco param for the default event specie                                                           
+    if (entry) {
+      AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
+      if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag(); 
+    }
+  }
   
-  AliEMCALClusterizerv1 clu(headerFile, branchName);
-  clu.SetEventRange(0, -1) ; // do all the events
-  if ( Debug() ) 
-    clu.ExecuteTask("deb all") ; 
-  else 
-    clu.ExecuteTask("") ;  
+  //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type                       
+  if(fgClusterizer){
+    if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
+      //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
+        //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
+      
+      if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1 && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1")) return;
+      
+      else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
+      
+      //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one     
+      delete fgClusterizer;
+    }
+    else return;
+  }
 
+  if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
+  {
+    fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
+  }
+  else
+  {
+    fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
+  }
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(AliRunLoader* runLoader, AliRawReaderFile* rawreader) const 
+void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 {
   // method called by AliReconstruction; 
   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by 
   // the global tracking.
-  // Here we reconstruct from Raw Data
+  // Works on the current event.
+
+  AliCodeTimerAuto("",0)
+
+  ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
+
+  InitClusterizer();
   
-  rawreader->Reset() ; 
-  TString headerFile(runLoader->GetFileName()) ; 
-  TString branchName(runLoader->GetEventFolder()->GetName()) ;  
+  fgClusterizer->InitParameters();
+  fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
   
-  AliEMCALClusterizerv1 clu(headerFile, branchName);
-  clu.SetEventRange(0, -1) ; // do all the events
-  if ( Debug() ) 
-    clu.ExecuteTask("deb all") ; 
-  else 
-    clu.ExecuteTask("") ;  
+  //Skip clusterization of LED events
+  if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
+       
+               if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
+
+                 fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
+    
+                 if(Debug())
+                         fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ;
+                 else
+                         fgClusterizer->Digits2Clusters("");
+    
+                 fgClusterizer->Clear();
+
+         }//digits array exists and has somethind
+  }//not a LED event
+       
+  clustersTree->Fill();        
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
+
+{
+  // Conversion from raw data to
+  // EMCAL digits.
+  // Works on a single-event basis
+
+  rawReader->Reset() ; 
+
+  fTriggerData->SetMode(1);    
+
+  if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
+
+  TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", 32 * 96);
+
+  Int_t bufsize = 32000;
+  digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
+  digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
+       
+  //Skip calibration events do the rest
+  Bool_t doFit = kTRUE;
+  if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
+  if (doFit){
+         //must be done here because, in constructor, option is not yet known
+         fgRawUtils->SetOption(GetOption());
+
+         fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
+         fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
+         fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
+         fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
+         fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
+         fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
+         fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
+         fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
+         fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
+         fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
+       
+         fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
+  }//skip calibration event
+  else{
+       AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
+  }
+       
+  digitsTree->Fill();
+  digitsTrg->Delete();
+  delete digitsTrg;
 
 }
 
+
 //____________________________________________________________________________
-void AliEMCALReconstructor::FillESD(AliRunLoader* runLoader, AliESD* esd) const
+void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree, 
+                                   AliESDEvent* esd) const
 {
-  // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertxing 
-  //Creates the tracksegments and Recparticles
+  // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing 
+  // and V0 
+  // Works on the current event
+  // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
+  //return;
+
+  //########################################
+  // Trigger
+  //########################################
+
+   Int_t v0M[2] = {0, 0};
+       
+   AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
+
+   if (esdV0) 
+   {
+         for (Int_t i = 0; i < 32; i++)
+         {
+                 v0M[0] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0C(i);
+                 v0M[1] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0A(i);
+         }
+   }
+   else
+   {
+         AliWarning("Cannot retrieve V0 ESD! Run w/ null V0 charges");
+   }
+
+   TClonesArray *trgDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit",1000);
+       
+   TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
+       
+   if (!branchtrg) 
+   { 
+         AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
+         return;
+   }
+       
+   branchtrg->SetAddress(&trgDigits);
+   branchtrg->GetEntry(0);
   
-  Int_t eventNumber = runLoader->GetEventNumber() ;
-
-  TString headerFile(runLoader->GetFileName()) ; 
-  TString branchName(runLoader->GetEventFolder()->GetName()) ;  
-
-  AliEMCALPIDv1 pid(headerFile, branchName);
-
-
-  // do current event; the loop over events is done by AliReconstruction::Run()
-  pid.SetEventRange(eventNumber, eventNumber) ; 
-  if ( Debug() ) 
-    pid.ExecuteTask("deb all") ;
-  else 
-    pid.ExecuteTask("") ;
-  // Creates AliESDtrack from AliEMCALRecParticles 
-  AliEMCALGetter::Instance()->Event(eventNumber, "P") ; 
-  TClonesArray *recParticles = AliEMCALGetter::Instance()->RecParticles();
-  Int_t nOfRecParticles = recParticles->GetEntries();
-  esd->SetNumberOfEMCALParticles(nOfRecParticles) ; 
-  esd->SetFirstEMCALParticle(esd->GetNumberOfTracks()) ; 
-  for (Int_t recpart = 0 ; recpart < nOfRecParticles ; recpart++) {
-    AliEMCALRecParticle * rp = dynamic_cast<AliEMCALRecParticle*>(recParticles->At(recpart));
-    if (Debug()) 
-      rp->Print();
-    AliESDtrack * et = new AliESDtrack() ; 
-    // fills the ESDtrack
-    Double_t xyz[3];
-    for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++) 
-      xyz[ixyz] = rp->GetPos()[ixyz];
-    et->SetEMCALposition(xyz) ; 
-    et->SetEMCALsignal  (rp->Energy()) ; 
-    et->SetEMCALpid     (rp->GetPID()) ;
-    // add the track to the esd object
-    esd->AddTrack(et);
-    delete et;
+   // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
+   fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(trgDigits, v0M, fTriggerData);
+
+   // Fill ESD
+   AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
+  
+   if (trgESD)
+   {
+         trgESD->Allocate(trgDigits->GetEntriesFast());
+         
+         for (Int_t i = 0; i < trgDigits->GetEntriesFast(); i++)
+         {       
+                 AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)trgDigits->At(i);
+                 
+                 Int_t px, py;
+                 if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
+                 {
+                         Int_t a = -1, t = -1, times[10]; 
+                         
+                         rdig->GetMaximum(a, t);
+                         rdig->GetL0Times(times);
+                                                 
+                         trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum());
+                 }
+         }
+         
+         trgESD->SetL1Threshold(0, fTriggerData->GetL1GammaThreshold());
+         
+         trgESD->SetL1Threshold(1, fTriggerData->GetL1JetThreshold()  );
+
+         for (Int_t i = 0; i < kTriggerTypeEnd; i++)
+         {       
+                 for (Int_t j = 0; j < 2; j++)
+                 {
+                         TClonesArray* patches = fTriggerData->GetPatches((TriggerType_t)i, j);
+                         
+                         TIter NextPatch(patches);
+                         while (AliEMCALTriggerPatch* p = (AliEMCALTriggerPatch*)NextPatch())
+                         {
+                                 TVector2 pos; p->Position(pos);
+                                 trgESD->SetTriggerBits((Int_t) pos.X(), (Int_t) pos.Y(), i, j);
+                         }
+                 }
+         }
+   }
+
+   // Resetting
+   fTriggerData->Reset();
+  
+  //########################################
+  //##############Fill CaloCells###############
+  //########################################
+  ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
+
+//   TClonesArray *digits = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
+//   TBranch *branchdig = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
+//   if (!branchdig) { 
+//     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
+//     return;
+//   }
+//   branchdig->SetAddress(&digits);
+//   digitsTree->GetEvent(0);
+  Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
+  AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
+
+  AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
+  emcCells.CreateContainer(nDigits);
+  emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
+  Float_t energy = 0;
+  for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
+    const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
+    if(dig->GetAmplitude() > 0 ){
+         energy = fgClusterizer->Calibrate(dig->GetAmplitude(),dig->GetTime(),dig->GetId()); //TimeR or Time?
+         if(energy > 0){ //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them  
+                 emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, dig->GetTime());   
+                 idignew++;
+         }
+    }
   }
+  emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
+  emcCells.Sort();
+
+  //------------------------------------------------------------
+  //-----------------CLUSTERS-----------------------------
+  //------------------------------------------------------------
+  clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
+  clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
+  if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
+  TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
+  branch->SetAddress(&fgClustersArr);
+  branch->GetEntry(0);
+  //clustersTree->GetEvent(0);
+
+  Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
+  AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
+
+  //######################################################
+  //#######################TRACK MATCHING###############
+  //######################################################
+  //Fill list of integers, each one is index of track to which the cluster belongs.
+
+  // step 1 - initialize array of matched track indexes
+  Int_t *matchedTrack = new Int_t[nClusters];
+  for (Int_t iclus = 0; iclus < nClusters; iclus++)
+    matchedTrack[iclus] = -1;  // neg. index --> no matched track
+  
+  // step 2, change the flag for all matched clusters found in tracks
+  Int_t iemcalMatch = -1;
+  Int_t endtpc = esd->GetNumberOfTracks();
+  for (Int_t itrack = 0; itrack < endtpc; itrack++) {
+    AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
+    iemcalMatch = track->GetEMCALcluster();
+    if(iemcalMatch >= 0) matchedTrack[iemcalMatch] = itrack;
+  } 
+  
+  //########################################
+  //##############Fill CaloClusters#############
+  //########################################
+  for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
+    const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
+    //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
+    if (Debug()) clust->Print();
+    // Get information from EMCAL reconstruction points
+    Float_t xyz[3];
+    TVector3 gpos;
+    clust->GetGlobalPosition(gpos);
+    for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
+      xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
+    Float_t elipAxis[2];
+    clust->GetElipsAxis(elipAxis);
+       //Create digits lists
+    Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
+    //TArrayS digiList(digitMult);
+    Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
+    Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
+    TArrayS absIdList(cellMult);
+    TArrayD fracList(cellMult);
+
+    Int_t newCellMult = 0;
+    for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
+      if (amplFloat[iCell] > 0) {
+      absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
+      //Calculate Fraction
+      if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold())
+        fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value 
+      else
+        fracList[newCellMult] = 0; 
+      newCellMult++;
+      }
+    }
+
+    absIdList.Set(newCellMult);
+    fracList.Set(newCellMult);
+    
+    if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
+      nClustersNew++;
+      //Primaries
+      Int_t  parentMult  = 0;
+      Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
+      // fills the ESDCaloCluster
+      AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
+      ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
+      ec->SetPosition(xyz);
+      ec->SetE(clust->GetEnergy());
+               
+      //Distance to the nearest bad crystal
+      ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower()); 
+
+      ec->SetNCells(newCellMult);
+      //Change type of list from short to ushort
+      UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
+      Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
+      for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
+        newAbsIdList[i]=absIdList[i];
+        newFracList[i] =fracList[i];
+      }
+      ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
+      ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
+      ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
+      ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
+      ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
+      ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
+      ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
+      ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
+      TArrayI arrayTrackMatched(1);// Only one track, temporal solution.
+      arrayTrackMatched[0]= matchedTrack[iClust];
+      ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
+
+      TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
+      ec->AddLabels(arrayParents);
+
+      // add the cluster to the esd object
+      esd->AddCaloCluster(ec);
+      delete ec;
+      delete [] newAbsIdList ;
+      delete [] newFracList ;
+   }
+ } // cycle on clusters
+
+ delete [] matchedTrack;
+
+ //Fill ESDCaloCluster with PID weights
+ AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
+ //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
+ pid->SetReconstructor(kTRUE);
+ pid->RunPID(esd);
+ delete pid;
+    
+ //Store EMCAL misalignment matrixes
+ FillMisalMatrixes(esd) ;
+
 }
+
+//==================================================================================
+void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
+       //Store EMCAL matrixes in ESD Header
+       
+       //Check, if matrixes was already stored
+       for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
+               if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
+                       return ;
+       }
+       
+       //Create and store matrixes
+       if(!gGeoManager){
+               AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
+               return ;
+       }
+       //Note, that owner of copied marixes will be header
+  const Int_t bufsize = 255;
+       char path[bufsize] ;
+       TGeoHMatrix * m = 0x0;
+       for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
+               snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SMOD_%d",sm+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
+               if(sm >= 10) snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SM10_%d",sm-10+1) ;
+               
+               if (gGeoManager->CheckPath(path)){
+                       gGeoManager->cd(path);
+                       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
+//                     printf("================================================= \n");
+//                     printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
+//                     m->Print("");
+                       esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
+//                     printf("================================================= \n");
+               }
+               else{
+                       esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
+               }
+       }
+}
+
+
+
+//__________________________________________________________________________
+void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
+{
+  // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
+  if(fgDigitsArr) {
+    // Clear previous digits 
+    fgDigitsArr->Clear("C");
+    //delete fgDigitsArr;
+  }
+  // Read the digits from the input tree
+  TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
+  if (!branch) { 
+    AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
+    return;
+  }
+  fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
+  branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
+  branch->GetEntry(0);
+}
+
+