]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - FMD/AliFMDReconstructor.cxx
fix in Gain
[u/mrichter/AliRoot.git] / FMD / AliFMDReconstructor.cxx
index a4370c73d434ffbcddbf03d0b072c505ebbae2ca..b78398b4274858265361ab37254ca0d265208d4f 100644 (file)
@@ -16,9 +16,9 @@
 /* $Id$ */
 
 //____________________________________________________________________
-// This is a class that constructs ReconstParticles (reconstructed
-// particles) out of Digits
 //
+// This is a class that constructs AliFMDMult (reconstructed
+// multiplicity) from of Digits
 //
 // This class reads either digits from a TClonesArray or raw data from
 // a DDL file (or similar), and stores the read ADC counts in an
 // signal to an energy deposition, and then dividing by the typical
 // energy loss of a particle.
 // 
-// Currently, this class only reads the digits from a TClonesArray,
-// and the Poission method for reconstruction. 
+//      +---------------------+       +---------------------+
+//      | AliFMDReconstructor |<>-----| AliFMDMultAlgorithm |
+//      +---------------------+       +---------------------+
+//                                               ^
+//                                               |
+//                                   +-----------+---------+
+//                                   |                     |
+//                         +-------------------+   +------------------+
+//                         | AliFMDMultPoisson |   | AliFMDMultNaiive |
+//                         +-------------------+   +------------------+
+//
+// AliFMDReconstructor acts as a manager class.  It contains a list of
+// AliFMDMultAlgorithm objects.  The call graph looks something like 
+//
+//
+//       +----------------------+            +----------------------+
+//       | :AliFMDReconstructor |            | :AliFMDMultAlgorithm |
+//       +----------------------+            +----------------------+
+//                  |                                  |
+//    Reconstruct  +-+                                 |
+//    ------------>| |                         PreRun +-+
+//                 | |------------------------------->| |   
+//                 | |                                +-+
+//                 | |-----+ (for each event)          |
+//                 | |     | *ProcessEvent             |
+//                 |+-+    |                           |
+//                 || |<---+                 PreEvent +-+
+//                 || |------------------------------>| |      
+//                 || |                               +-+
+//                 || |-----+                          |
+//                 || |     | ProcessDigits            |
+//                 ||+-+    |                          |
+//                 ||| |<---+                          |
+//                 ||| |         *ProcessDigit(digit) +-+
+//                 ||| |----------------------------->| |
+//                 ||| |                              +-+
+//                 ||+-+                               |
+//                 || |                     PostEvent +-+
+//                 || |------------------------------>| |
+//                 || |                               +-+
+//                 |+-+                                |
+//                 | |                        PostRun +-+
+//                 | |------------------------------->| |
+//                 | |                                +-+
+//                 +-+                                 |
+//                  |                                  |
+//
 //
 // 
 //-- Authors: Evgeny Karpechev(INR) and Alla Maevsksia
 //
 //____________________________________________________________________
 
-#include "AliFMD.h"
-#include "AliFMDDigit.h"
-#include "AliFMDParticles.h"
-#include "AliFMDReconstructor.h"
-#include "AliAltroBuffer.h"
-#include "AliLog.h"
-#include "AliRun.h"
-#include "AliRunLoader.h"
-#include "AliLoader.h"
-#include "AliHeader.h"
-#include "AliGenEventHeader.h"
-#include "AliFMDRawStream.h"
-#include "AliRawReader.h"
+#include <AliLog.h>                        // ALILOG_H
+#include <AliRun.h>                        // ALIRUN_H
+#include <AliRunLoader.h>                  // ALIRUNLOADER_H
+#include <AliLoader.h>                     // ALILOADER_H
+#include <AliHeader.h>                     // ALIHEADER_H
+#include <AliRawReader.h>                  // ALIRAWREADER_H
+#include <AliGenEventHeader.h>             // ALIGENEVENTHEADER_H
+#include "AliFMD.h"                       // ALIFMD_H
+#include "AliFMDGeometry.h"                // ALIFMDGEOMETRY_H
+#include "AliFMDParameters.h"              // ALIFMDPARAMETERS_H
+#include "AliFMDDetector.h"                // ALIFMDDETECTOR_H
+#include "AliFMDRing.h"                    // ALIFMDRING_H
+#include "AliFMDDigit.h"                   // ALIFMDDIGIT_H
+#include "AliFMDReconstructor.h"           // ALIFMDRECONSTRUCTOR_H
+#include "AliFMDRawStream.h"               // ALIFMDRAWSTREAM_H
+#include "AliFMDRawReader.h"               // ALIFMDRAWREADER_H
+#include "AliFMDRecPoint.h"               // ALIFMDMULTNAIIVE_H
+#include "AliESD.h"                       // ALIESD_H
+#include <AliESDFMD.h>                    // ALIESDFMD_H
+#include <TFile.h>
 
 //____________________________________________________________________
-ClassImp(AliFMDReconstructor);
+ClassImp(AliFMDReconstructor)
+#if 0
+  ; // This is here to keep Emacs for indenting the next line
+#endif
 
 //____________________________________________________________________
 AliFMDReconstructor::AliFMDReconstructor() 
   : AliReconstructor(),
-    fAdcs(kMaxDetectors, kMaxRings, kMaxSectors, kMaxStrips),
-    fDeltaEta(0), 
-    fDeltaPhi(0), 
-    fThreshold(0),
-    fPedestal(0), 
-    fPedestalWidth(0)
+    fMult(0), 
+    fESDObj(0)
 {
-  SetDeltaEta();
-  SetDeltaPhi();
-  SetThreshold();
-  SetPedestal();
+  // Make a new FMD reconstructor object - default CTOR.  
+}
+  
 
-  fParticles = new TClonesArray("AliFMDParticles", 1000);
-  fFMDLoader = 0;
-  fRunLoader = 0;
-  fFMD       = 0;
+//____________________________________________________________________
+AliFMDReconstructor::AliFMDReconstructor(const AliFMDReconstructor& other) 
+  : AliReconstructor(), 
+    fMult(other.fMult),
+    fESDObj(other.fESDObj)
+{
+  // Copy constructor 
 }
   
+
 //____________________________________________________________________
-void 
-AliFMDReconstructor::SetPedestal(Float_t mean, Float_t width
+AliFMDReconstructor&
+AliFMDReconstructor::operator=(const AliFMDReconstructor& other
 {
-  // Set the pedestal, and pedestal width 
-  fPedestal      = mean;
-  fPedestalWidth = width;
+  // Assignment operator
+  fMult   = other.fMult;
+  fESDObj = other.fESDObj;
+  return *this;
+}
+
+//____________________________________________________________________
+AliFMDReconstructor::~AliFMDReconstructor() 
+{
+  // Destructor 
+  if (fMult)   fMult->Delete();
+  if (fMult)   delete fMult;
+  if (fESDObj) delete fESDObj;
 }
 
 //____________________________________________________________________
 void 
-AliFMDReconstructor::Reconstruct(AliRunLoader* runLoader, 
-                                AliRawReader* rawReader) const
-{ 
-  // Collects all digits in the same active volume into number of
-  // particles
-  //
-  // Reconstruct number of particles in given group of pads for given
-  // FMDvolume determined by numberOfVolume,
-  // numberOfMinSector, numberOfMaxSector, numberOfMinRing,
-  // numberOgMaxRing 
-  //
-  // The reconstruction method is choosen based on the number of empty
-  // strips. 
-  fParticles->Clear();
-  if (!runLoader) {
-    Error("Exec","Run Loader loader is NULL - Session not opened");
+AliFMDReconstructor::Init(AliRunLoader* runLoader) 
+{
+  // Initialize the reconstructor 
+  AliDebug(1, Form("Init called with runloader 0x%x", runLoader));
+  // Initialize the geometry 
+  AliFMDGeometry* fmd = AliFMDGeometry::Instance();
+  fmd->Init();
+  fmd->InitTransformations();
+  
+  // Current vertex position
+  fCurrentVertex = 0;
+  // Create array of reconstructed strip multiplicities 
+  fMult = new TClonesArray("AliFMDRecPoint", 51200);
+  // Create ESD output object 
+  fESDObj = new AliESDFMD;
+  
+  // Check that we have a run loader
+  if (!runLoader) { 
+    Warning("Init", "No run loader");
     return;
   }
-  fRunLoader = runLoader;
-  fFMDLoader = runLoader->GetLoader("FMDLoader");
-  if (!fFMDLoader) 
-    Fatal("AliFMDReconstructor","Can not find FMD (loader) "
-         "in specified event");
 
-  // Get the AliRun object
-  if (!fRunLoader->GetAliRun()) fRunLoader->LoadgAlice();
-  
-  // Get the AliFMD object
-  fFMD = static_cast<AliFMD*>(fRunLoader->GetAliRun()->GetDetector("FMD"));
-  if (!fFMD) {
-    AliError("Can not get FMD from gAlice");
+  // Check if we can get the header tree 
+  AliHeader* header = runLoader->GetHeader();
+  if (!header) {
+    Warning("Init", "No header");
     return;
   }
-  fFMDLoader->LoadRecPoints("RECREATE");
 
-  if (!fRunLoader->TreeE())     fRunLoader->LoadHeader();
-
-  TClonesArray* digits = fFMD->Digits();
-  if (rawReader) {
-    Int_t event = 0;
-    while (rawReader->NextEvent()) {
-      ProcessEvent(event, rawReader, digits);
-      event++;
-    }
+  // Check if we can get a simulation header 
+  AliGenEventHeader* eventHeader = header->GenEventHeader();
+  if (eventHeader) {
+    TArrayF vtx;
+    eventHeader->PrimaryVertex(vtx);
+    fCurrentVertex = vtx[2];
+    AliDebug(1, Form("Primary vertex Z coordinate for event # %d/%d is %f", 
+                    header->GetRun(), header->GetEvent(), fCurrentVertex));
+    Warning("Init", "no generator event header");
   }
   else {
-    Int_t nEvents= Int_t(fRunLoader->TreeE()->GetEntries()); 
-    for(Int_t event = 0; event < nEvents; event++) 
-      ProcessEvent(event, 0, digits);
+    Warning("Init", "No generator event header - "
+           "perhaps we get the vertex from ESD?");
   }
-
-
-  fFMDLoader->UnloadRecPoints();
-  fFMDLoader = 0;
-  fRunLoader = 0;
-  fFMD       = 0;
+  // Get the ESD tree 
+  SetESD(new AliESD);
 }
 
 //____________________________________________________________________
 void 
-AliFMDReconstructor::Reconstruct(AliRunLoader* runLoader) const
-{ 
-  // Collects all digits in the same active volume into number of
-  // particles
-  //
-  // Reconstruct number of particles in given group of pads for given
-  // FMDvolume determined by numberOfVolume,
-  // numberOfMinSector, numberOfMaxSector, numberOfMinRing,
-  // numberOgMaxRing 
-  //
-  // The reconstruction method is choosen based on the number of empty
-  // strips. 
-  Reconstruct(runLoader, 0);
+AliFMDReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* reader, 
+                                  TTree* digitsTree) const
+{
+  // Convert Raw digits to AliFMDDigit's in a tree 
+  AliDebug(1, "Reading raw data into digits tree");
+  AliFMDRawReader rawRead(reader, digitsTree);
+  // rawRead.SetSampleRate(fFMD->GetSampleRate());
+  rawRead.Exec();
 }
 
-
 //____________________________________________________________________
 void 
-AliFMDReconstructor::ProcessEvent(Int_t event, 
-                                 AliRawReader* reader, 
-                                 TClonesArray* digits) const
+AliFMDReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, 
+                                TTree* clusterTree) const 
 {
-  fRunLoader->GetEvent(event) ;
-  //event z-vertex for correction eta-rad dependence      
-  AliHeader *header            = fRunLoader->GetHeader();
-  if (!header) 
-    Warning("ProcessEvent", "no AliHeader found!");
-  AliGenEventHeader* genHeader = (header ? header->GenEventHeader() : 0);
-
-  // Get the Z--coordinate from the event header 
-  TArrayF o(3); 
-  if (genHeader) genHeader->PrimaryVertex(o);
-  Float_t zVertex = o.At(2);
-
-  // If the recontruction tree isn't loaded, load it
-  if(fFMDLoader->TreeR()==0) fFMDLoader->MakeTree("R");
-  
-  //Make branches to hold the reconstructed particles 
-  const Int_t kBufferSize = 16000;
-  fFMDLoader->TreeR()->Branch("FMD", &fParticles, kBufferSize);
-
-  // Load or recreate the digits 
-  if (fFMDLoader->LoadDigits((reader ? "UPDATE" : "READ"))) {
-    if (!reader) {
-      Error("Exec","Error occured while loading digits. Exiting.");
-      return;
-    }
-    
-  }
-  // Get the digits tree 
-  TTree* digitTree = fFMDLoader->TreeD();
-  if (!digitTree) { 
-    if (!reader) {
-      Error("Exec","Can not get Tree with Digits. "
-           "Nothing to reconstruct - Exiting");
-      return;
+  // Reconstruct event from digits in tree 
+  // Get the FMD branch holding the digits. 
+  // FIXME: The vertex may not be known yet, so we may have to move
+  // some of this to FillESD. 
+  AliDebug(1, "Reconstructing from digits in a tree");
+#if 0
+  if (fESD) {
+    const AliESDVertex* vertex = fESD->GetVertex();
+    if (vertex) {
+      AliDebug(1, Form("Got vertex from ESD: %f", vertex->GetZv()));
+      fCurrentVertex = vertex->GetZv();
     }
-    fFMDLoader->MakeTree("D");
-    digitTree = fFMDLoader->TreeD();
-    
   }
-  // Get the FMD branch holding the digits. 
-  TBranch *digitBranch = digitTree->GetBranch("FMD");
+#endif  
+  TBranch *digitBranch = digitsTree->GetBranch("FMD");
   if (!digitBranch) {
-    if (!reader) {
-      Error("Exec", "No digit branch for the FMD found");
-      return;
-    }
-    fFMD->MakeBranchInTree(digitTree, fFMD->GetName(), &(digits), 4000, 0);
+    Error("Exec", "No digit branch for the FMD found");
+    return;
   }
-  if (!reader) digitBranch->SetAddress(&digits);
-
-  fEmptyStrips = 0;
-  fTotalStrips = 0;
-  Bool_t ok = kFALSE;
-  if      (reader) ok = ReadAdcs(reader);
-  else if (digits) ok = ReadAdcs(digits);
-  if (!ok) return;
+  TClonesArray* digits = new TClonesArray("AliFMDDigit");
+  digitBranch->SetAddress(&digits);
+
+  // TIter next(&fAlgorithms);
+  // AliFMDMultAlgorithm* algorithm = 0;
+  // while ((algorithm = static_cast<AliFMDMultAlgorithm*>(next()))) {
+  //   AliDebug(10, Form("PreEvent called for algorithm %s", 
+  //                     algorithm->GetName()));    
+  //   algorithm->PreEvent(clusterTree, fCurrentVertex);
+  // }
+  if (fMult)   fMult->Clear();
+  if (fESDObj) fESDObj->Clear();
   
-  ReconstructFromCache(zVertex);
-
-  if (reader) {
-    digitTree->Fill();
-    fFMDLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
-  }
-  fFMDLoader->UnloadDigits();
-  fFMDLoader->TreeR()->Reset();
-  fFMDLoader->TreeR()->Fill(); 
-  fFMDLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
+  fNMult = 0;
+  fTreeR = clusterTree;
+  fTreeR->Branch("FMD", &fMult);
+  
+  AliDebug(5, "Getting entry 0 from digit branch");
+  digitBranch->GetEntry(0);
+  
+  AliDebug(5, "Processing digits");
+  ProcessDigits(digits);
+
+  // next.Reset();
+  // algorithm = 0;
+  // while ((algorithm = static_cast<AliFMDMultAlgorithm*>(next()))) {
+  //   AliDebug(10, Form("PostEvent called for algorithm %s", 
+  //                     algorithm->GetName()));
+  // algorithm->PostEvent();
+  // }
+  Int_t written = clusterTree->Fill();
+  AliDebug(10, Form("Filled %d bytes into cluster tree", written));
+  digits->Delete();
+  delete digits;
 }
 
 //____________________________________________________________________
-Bool_t
-AliFMDReconstructor::ReadAdcs(TClonesArray* digits) const
+void
+AliFMDReconstructor::ProcessDigits(TClonesArray* digits) const
 {
-  AliDebug(10, "Reading ADCs from Digits array");
-  // read Digits, and reconstruct the particles
-  if (!fFMDLoader->TreeD()->GetEvent(0)) return kFALSE;
-
-  // Reads the digits from the array, and fills up the cache (fAdcs) 
-  fAdcs.Clear();
+  // For each digit, find the pseudo rapdity, azimuthal angle, and
+  // number of corrected ADC counts, and pass it on to the algorithms
+  // used. 
   Int_t nDigits = digits->GetEntries();
-  for (Int_t digit = 0; digit < nDigits; digit++) {
-    AliFMDDigit* fmdDigit = 
-      static_cast<AliFMDDigit*>(digits->UncheckedAt(digit));    
+  AliDebug(1, Form("Got %d digits", nDigits));
+  for (Int_t i = 0; i < nDigits; i++) {
+    AliFMDDigit* digit = static_cast<AliFMDDigit*>(digits->At(i));
+    AliFMDParameters* param  = AliFMDParameters::Instance();
+    // Check that the strip is not marked as dead 
+    if (param->IsDead(digit->Detector(), digit->Ring(), 
+                     digit->Sector(), digit->Strip())) continue;
+
+    // digit->Print();
+    // Get eta and phi 
+    Float_t eta, phi;
+    PhysicalCoordinates(digit, eta, phi);
     
-    ProcessDigit(fmdDigit);
-  } //digit loop
-  return kTRUE;
-}
-
-//____________________________________________________________________
-Bool_t
-AliFMDReconstructor::ReadAdcs(AliRawReader* reader) const
-{
-  AliDebug(10, "Reading ADCs from RawReader");
-  // Reads the digits from a RAW data 
-  fAdcs.Clear();
-  // reader->Reset();
-
-  if (!reader->ReadHeader()) {
-    Error("ReadAdcs", "Couldn't read header");
-    return kFALSE;
-  }
-
-  // Use AliAltroRawStream to read the ALTRO format.  No need to
-  // reinvent the wheel :-) 
-  AliFMDRawStream input(reader);
-  // Select FMD DDL's 
-  reader->Select(AliFMD::kBaseDDL >> 8);
-  
-  Int_t    oldDDL      = -1;
-  Int_t    count       = 0;
-  UShort_t detector    = 1; // Must be one here
-  UShort_t oldDetector = 0;
-  // Loop over data in file 
-  Bool_t   next       = kTRUE;
-
-  // local Cache 
-  TArrayI counts(10);
-  counts.Reset(-1);
-  Int_t offset = 0;
-  
-  while (next) {
-    next = input.Next();
-
-
-    count++; 
-    Int_t ddl = reader->GetDDLID();
-    if (ddl != oldDDL 
-       || input.IsNewStrip()
-       || !next) {
-      // Make a new digit, if we have some data! 
-      if (counts[0] >= 0) {
-       // Got a new strip. 
-       AliDebug(10, Form("Add a new strip: FMD%d%c[%2d,%3d] "
-                         "(current: FMD%d%c[%2d,%3d])", 
-                         oldDetector, input.PrevRing(), 
-                         input.PrevSector() , input.PrevStrip(),
-                         detector , input.Ring(), input.Sector(), 
-                         input.Strip()));
-       fFMD->AddDigit(oldDetector, 
-                      input.PrevRing(), 
-                      input.PrevSector(), 
-                      input.PrevStrip(), 
-                      counts[0], counts[1], counts[2]);
-       AliFMDDigit* digit = 
-         static_cast<AliFMDDigit*>(fFMD->Digits()->
-                                   UncheckedAt(fFMD->GetNdigits()-1));
-       ProcessDigit(digit);
-      }
-       
-      if (!next) { 
-       AliDebug(10, Form("Read %d channels for FMD%d", 
-                         count + 1, detector));
-       break;
-      }
+    // Substract pedestal. 
+    UShort_t counts   = SubtractPedestal(digit);
     
+    // Gain match digits. 
+    Double_t edep     = Adc2Energy(digit, eta, counts);
     
-      // If we got a new DDL, it means we have a new detector. 
-      if (ddl != oldDDL) {
-       if (detector != 0) 
-         AliDebug(10, Form("Read %d channels for FMD%d", 
-                           count + 1, detector));
-       // Reset counts, and update the DDL cache 
-       count       = 0;
-       oldDDL      = ddl;
-       // Check that we're processing a FMD detector 
-       Int_t detId = reader->GetDetectorID();
-       if (detId != (AliFMD::kBaseDDL >> 8)) {
-         Error("ReadAdcs", "Detector ID %d != %d",
-               detId, (AliFMD::kBaseDDL >> 8));
-         break;
-       }
-       // Figure out what detector we're deling with 
-       oldDetector = detector;
-       switch (ddl) {
-       case 0: detector = 1; break;
-       case 1: detector = 2; break;
-       case 2: detector = 3; break;
-       default:
-         Error("ReadAdcs", "Unknown DDL 0x%x for FMD", ddl);
-         return kFALSE;
-       }
-       AliDebug(10, Form("Reading ADCs for 0x%x  - That is FMD%d",
-                         reader->GetEquipmentId(), detector));
-      }
-      counts.Reset(-1);
-      offset = 0;
-    }
+    // Make rough multiplicity 
+    Double_t mult     = Energy2Multiplicity(digit, edep);
     
-    counts[offset] = input.Count();
-    offset++;
+    AliDebug(10, Form("FMD%d%c[%2d,%3d]: "
+                     "ADC: %d, Counts: %d, Energy: %f, Mult: %f", 
+                     digit->Detector(), digit->Ring(), digit->Sector(),
+                     digit->Strip(), digit->Counts(), counts, edep, mult));
     
-    AliDebug(10, Form("ADC of FMD%d%c[%2d,%3d] += %d",
-                     detector, input.Ring(), input.Sector(), 
-                     input.Strip(), input.Count()));
-    oldDetector = detector;
+    // Create a `RecPoint' on the output branch. 
+    AliFMDRecPoint* m = 
+      new ((*fMult)[fNMult]) AliFMDRecPoint(digit->Detector(), 
+                                           digit->Ring(), 
+                                           digit->Sector(),
+                                           digit->Strip(),
+                                           eta, phi, 
+                                           edep, mult);
+    (void)m; // Suppress warnings about unused variables. 
+    fNMult++;
+
+    fESDObj->SetMultiplicity(digit->Detector(), digit->Ring(), 
+                            digit->Sector(),  digit->Strip(), mult);
+    fESDObj->SetEta(digit->Detector(), digit->Ring(), 
+                   digit->Sector(),  digit->Strip(), eta);
   }
-  return kTRUE;
-}
-
-//____________________________________________________________________
-void
-AliFMDReconstructor::ProcessDigit(AliFMDDigit* digit) const
-{
-  // Process a digit.  Derived classes can overload this member
-  // function to do stuff to the digit.  However, it should write the
-  // ADC count to the internal cache 
-  //
-  //    fAdcs(detector - 1, ring, sector, strip) = counts;
-  //
-  // In this implementation, we count the number of strips below
-  // threshold.   This we do to later choose what kind of
-  // reconstruction algorithm we'd like to use. 
-  // 
-  UShort_t detector = digit->Detector();
-  Char_t   ring     = digit->Ring();
-  UShort_t sector   = digit->Sector();
-  UShort_t strip    = digit->Strip();    
-  
-  UShort_t counts  = SubtractPedestal(digit);
-  
-  fAdcs(detector - 1, ring, sector, strip) = counts;
-  if (counts < fThreshold) fEmptyStrips++;
-  fTotalStrips++;
 }
 
 //____________________________________________________________________
@@ -408,141 +337,279 @@ AliFMDReconstructor::SubtractPedestal(AliFMDDigit* digit) const
   // load this to subtract a pedestal that was given in a database or
   // something like that. 
 
-  Int_t counts = 
-    TMath::Max(Int_t(digit->Count1() - fPedestal - 3 * fPedestalWidth), 0);
-  if (digit->Count2() >= 0) 
-    counts += 
-      TMath::Max(Int_t(digit->Count2() - fPedestal - 3 * fPedestalWidth), 0);
-  if (digit->Count3() >= 0) 
-    counts += 
-      TMath::Max(Int_t(digit->Count3() - fPedestal - 3 * fPedestalWidth), 0);
-      
-  if (counts < 0) counts = 0;
+  Int_t             counts = 0;
+  AliFMDParameters* param  = AliFMDParameters::Instance();
+  Float_t           pedM   = param->GetPedestal(digit->Detector(), 
+                                               digit->Ring(), 
+                                               digit->Sector(), 
+                                               digit->Strip());
+  AliDebug(10, Form("Subtracting pedestal %f from signal %d", 
+                  pedM, digit->Counts()));
+  if (digit->Count3() > 0)      counts = digit->Count3();
+  else if (digit->Count2() > 0) counts = digit->Count2();
+  else                          counts = digit->Count1();
+  counts = TMath::Max(Int_t(counts - pedM), 0);
+  if (counts > 0) AliDebug(10, "Got a hit strip");
+  
   return  UShort_t(counts);
 }
 
 //____________________________________________________________________
-void
-AliFMDReconstructor::ReconstructFromCache(Float_t zVertex) const
+Float_t
+AliFMDReconstructor::Adc2Energy(AliFMDDigit* digit, 
+                               Float_t      /* eta */, 
+                               UShort_t     count) const
 {
-  // Based on the information in the cache, do the reconstruction. 
-  Int_t nRecon = 0;
-  // Loop over the detectors 
-  for (Int_t i = 1; i <= 3; i++) {
-    AliFMDSubDetector* sub = 0;
-    switch (i) {
-    case 1: sub = fFMD->GetFMD1(); break;
-    case 2: sub = fFMD->GetFMD2(); break;
-    case 3: sub = fFMD->GetFMD3(); break;
-    }
-    if (!sub) continue;
-       
-    // Loop over the rings in the detector
-    for (Int_t j = 0; j < 2; j++) {
-      Float_t     rZ = 0;
-      AliFMDRing* r  = 0;
-      switch (j) {
-      case 0: r  = sub->GetInner(); rZ = sub->GetInnerZ(); break;
-      case 1: r  = sub->GetOuter(); rZ = sub->GetOuterZ(); break;
-      }
-      if (!r) continue;
-      
-      // Calculate low/high theta and eta 
-      // FIXME: Is this right? 
-      Float_t realZ    = zVertex + rZ;
-      Float_t thetaOut = TMath::ATan2(r->GetHighR(), realZ);
-      Float_t thetaIn  = TMath::ATan2(r->GetLowR(), realZ);
-      Float_t etaOut   = - TMath::Log(TMath::Tan(thetaOut / 2));
-      Float_t etaIn    = - TMath::Log(TMath::Tan(thetaIn / 2));
-      if (TMath::Abs(etaOut) > TMath::Abs(etaIn)) {
-       Float_t tmp = etaIn;
-       etaIn       = etaOut;
-       etaOut      = tmp;
-      }
-
-      //-------------------------------------------------------------
-      //
-      // Here starts poisson method 
-      //
-      // Calculate eta step per strip, number of eta steps, number of
-      // phi steps, and check the sign of the eta increment 
-      Float_t stripEta = (Float_t(r->GetNStrips()) / (etaIn - etaOut));
-      Int_t   nEta     = Int_t(TMath::Abs(etaIn - etaOut) / fDeltaEta); 
-      Int_t   nPhi     = Int_t(360. / fDeltaPhi);
-      Float_t sign     = TMath::Sign(Float_t(1.), etaIn);
+  // Converts number of ADC counts to energy deposited. 
+  // Note, that this member function can be overloaded by derived
+  // classes to do strip-specific look-ups in databases or the like,
+  // to find the proper gain for a strip. 
+  // 
+  // In this simple version, we calculate the energy deposited as 
+  // 
+  //    EnergyDeposited = cos(theta) * gain * count
+  // 
+  // where 
+  // 
+  //           Pre_amp_MIP_Range
+  //    gain = ----------------- * Energy_deposited_per_MIP
+  //           ADC_channel_size    
+  // 
+  // is constant and the same for all strips.
+
+  // Double_t theta = 2 * TMath::ATan(TMath::Exp(-eta));
+  // Double_t edep  = TMath::Abs(TMath::Cos(theta)) * fGain * count;
+  AliFMDParameters* param = AliFMDParameters::Instance();
+  Float_t           gain  = param->GetPulseGain(digit->Detector(), 
+                                               digit->Ring(), 
+                                               digit->Sector(), 
+                                               digit->Strip());
+  Double_t          edep  = count * gain;
+  AliDebug(10, Form("Converting counts %d to energy via factor %f", 
+                   count, gain));
+  return edep;
+}
 
-      AliDebug(10, Form("FMD%d%c Eta range: %f, %f %d Phi steps",
-                       sub->GetId(), r->GetId(), etaOut, etaIn, nPhi));
+//____________________________________________________________________
+Float_t
+AliFMDReconstructor::Energy2Multiplicity(AliFMDDigit* /* digit */, 
+                                        Float_t      edep) const
+{
+  // Converts an energy signal to number of particles. 
+  // Note, that this member function can be overloaded by derived
+  // classes to do strip-specific look-ups in databases or the like,
+  // to find the proper gain for a strip. 
+  // 
+  // In this simple version, we calculate the multiplicity as 
+  // 
+  //   multiplicity = Energy_deposited / Energy_deposited_per_MIP
+  // 
+  // where 
+  //
+  //   Energy_deposited_per_MIP = 1.664 * SI_density * SI_thickness 
+  // 
+  // is constant and the same for all strips 
+  AliFMDParameters* param   = AliFMDParameters::Instance();
+  Double_t          edepMIP = param->GetEdepMip();
+  Float_t           mult    = edep / edepMIP;
+  if (edep > 0) 
+    AliDebug(10, Form("Translating energy %f to multiplicity via "
+                    "divider %f->%f", edep, edepMIP, mult));
+  return mult;
+}
 
-      // Loop over relevant phi values 
-      for (Int_t p = 0; p < nPhi; p++) {
-       Float_t  minPhi    = p * fDeltaPhi;
-       Float_t  maxPhi    = minPhi + fDeltaPhi;
-       UShort_t minSector = UShort_t(minPhi / 360) * r->GetNSectors();
-       UShort_t maxSector = UShort_t(maxPhi / 360) * r->GetNSectors();
-       
-       AliDebug(10, Form(" Now in phi range %f, %f (sectors %d,%d)",
-                         minPhi, maxPhi, minSector, maxSector));
-       // Loop over relevant eta values 
-       for (Int_t e = nEta; e >= 0; --e) {
-         Float_t  maxEta   = etaIn  - sign * e * fDeltaEta;
-         Float_t  minEta   = maxEta - sign * fDeltaEta;
-         if (sign > 0)  minEta = TMath::Max(minEta, etaOut);
-         else           minEta = TMath::Min(minEta, etaOut);
-         Float_t  theta1   = 2 * TMath::ATan(TMath::Exp(-minEta));
-         Float_t  theta2   = 2 * TMath::ATan(TMath::Exp(-maxEta));
-         Float_t  minR     = TMath::Abs(realZ * TMath::Tan(theta2));
-         Float_t  maxR     = TMath::Abs(realZ * TMath::Tan(theta1));
-         UShort_t minStrip = UShort_t((etaIn - maxEta) * stripEta + 0.5);
-         UShort_t maxStrip = UShort_t((etaIn - minEta) * stripEta + 0.5);
+//____________________________________________________________________
+void
+AliFMDReconstructor::PhysicalCoordinates(AliFMDDigit* digit, 
+                                        Float_t& eta, 
+                                        Float_t& phi) const
+{
+  // Get the eta and phi of a digit 
+  // 
+  // Get geometry. 
+  AliFMDGeometry* fmd = AliFMDGeometry::Instance();
+#if 0
+  AliFMDDetector* subDetector = fmd->GetDetector(digit->Detector());
+  if (!subDetector) { 
+    Warning("ProcessDigits", "Unknown detector: FMD%d" , digit->Detector());
+    return;
+  }
+    
+  // Get the ring - we should really use geometry->Detector2XYZ(...)
+  // here. 
+  AliFMDRing* ring  = subDetector->GetRing(digit->Ring());
+  Float_t     ringZ = subDetector->GetRingZ(digit->Ring());
+  if (!ring) {
+    Warning("ProcessDigits", "Unknown ring: FMD%d%c", digit->Detector(), 
+           digit->Ring());
+    return;
+  }
+  Float_t  realZ    = fCurrentVertex + ringZ;
+  Float_t  stripR   = ((ring->GetHighR() - ring->GetLowR()) 
+                      / ring->GetNStrips() * (digit->Strip() + .5) 
+                      + ring->GetLowR());
+  Float_t  theta    = TMath::ATan2(stripR, realZ);
+#endif    
+  Double_t x, y, z, r, theta;
+  fmd->Detector2XYZ(digit->Detector(), digit->Ring(), digit->Sector(), 
+                   digit->Strip(), x, y, z);
+  // Correct for vertex offset. 
+  z     += fCurrentVertex;
+  phi   =  TMath::ATan2(y, x);
+  r     =  TMath::Sqrt(y * y + x * x);
+  theta =  TMath::ATan2(r, z);
+  eta   = -TMath::Log(TMath::Tan(theta / 2));
+}
 
-         AliDebug(10, Form("  Now in eta range %f, %f (strips %d, %d)\n"
-                           "    [radii %f, %f, thetas %f, %f, sign %d]", 
-                           minEta, maxEta, minStrip, maxStrip, 
-                           minR, maxR, theta1, theta2, sign));
+      
 
-         // Count number of empty strips
-         Int_t   emptyStrips = 0;
-         for (Int_t sector = minSector; sector < maxSector; sector++) 
-           for (Int_t strip = minStrip; strip < maxStrip; strip++) 
-             if (fAdcs(sub->GetId() - 1, r->GetId(), sector, strip) 
-                 < fThreshold) emptyStrips++;
-         
-         // The total number of strips 
-         Float_t nTotal = (maxSector - minSector) * (maxStrip - minStrip);
-         
-         // Log ratio of empty to total number of strips 
-         AliDebug(10, Form("Lambda= %d / %d = %f", 
-                           emptyStrips, nTotal, 
-                           Float_t(emptyStrips) / nTotal));
-         
-         Double_t lambda = (emptyStrips > 0 ? 
-                            - TMath::Log(Double_t(emptyStrips) / nTotal) :
-                            1);
+//____________________________________________________________________
+void 
+AliFMDReconstructor::FillESD(TTree*  /* digitsTree */, 
+                            TTree*  /* clusterTree */,
+                            AliESD* esd) const
+{
+  // nothing to be done
+  // FIXME: The vertex may not be known when Reconstruct is executed,
+  // so we may have to move some of that member function here. 
+  AliDebug(1, Form("Calling FillESD with two trees and one ESD"));
+  // fESDObj->Print();
+
+  if (esd) { 
+    AliDebug(1, Form("Writing FMD data to ESD tree"));
+    esd->SetFMDData(fESDObj);
+    // Let's check the data in the ESD
+#if 0
+    AliESDFMD* fromEsd = esd->GetFMDData();
+    if (!fromEsd) {
+      AliWarning("No FMD object in ESD!");
+      return;
+    }
+    for (UShort_t det = 1; det <= fESDObj->MaxDetectors(); det++) {
+      for (UShort_t ir = 0; ir < fESDObj->MaxRings(); ir++) {
+       Char_t ring = (ir == 0 ? 'I' : 'O');
+       for (UShort_t sec = 0; sec < fESDObj->MaxSectors(); sec++) {
+         for (UShort_t str = 0; str < fESDObj->MaxStrips(); str++) {
+           if (fESDObj->Multiplicity(det, ring, sec, str) != 
+               fromEsd->Multiplicity(det, ring, sec, str))
+             AliWarning(Form("Mult for FMD%d%c[%2d,%3d]",det,ring,sec,str));
+           if (fESDObj->Eta(det, ring, sec, str) != 
+               fromEsd->Eta(det, ring, sec, str))
+             AliWarning(Form("Eta for FMD%d%c[%2d,%3d]", det,ring,sec,str));
+           if (fESDObj->Multiplicity(det, ring, sec, str) > 0 && 
+               fESDObj->Multiplicity(det, ring, sec, str) 
+               != AliESDFMD::kInvalidMult) 
+             AliInfo(Form("Mult in FMD%d%c[%2d,%3d] is %f", det,ring,sec,str,
+                          fESDObj->Multiplicity(det, ring, sec, str)));
+         }
+       }
+      }
+    }
+#endif
+  }
 
-         // The reconstructed number of particles is then given by 
-         Int_t reconstructed = Int_t(lambda * nTotal + 0.5);
-           
-         // Add a AliFMDParticles to the reconstruction tree. 
-         new((*fParticles)[nRecon])   
-           AliFMDParticles(sub->GetId(), r->GetId(),
-                           minSector, maxSector, minStrip, maxStrip,
-                           minEta, maxEta, minPhi, maxPhi,
-                           reconstructed, AliFMDParticles::kPoission);
-         nRecon++;
-       } // phi 
-      } // eta
-    } // ring 
-  } // detector 
+#if 0  
+  static Int_t evNo = -1;
+  evNo++;
+  if (esd) evNo = esd->GetEventNumber();
+  TString fname(Form("FMD.ESD.%03d.root", evNo));
+  TFile* file = TFile::Open(fname.Data(), "RECREATE");
+  if (!file) {
+    AliError(Form("Failed to open file %s", fname.Data()));
+    return;
+  }
+  fESDObj->Write();
+  file->Close();
+#endif
+    
+#if 0
+  TClonesArray* multStrips  = 0;
+  TClonesArray* multRegions = 0;
+  TTree*        treeR  = fmdLoader->TreeR();
+  TBranch*      branchRegions = treeR->GetBranch("FMDPoisson");
+  TBranch*      branchStrips  = treeR->GetBranch("FMDNaiive");
+  branchRegions->SetAddress(&multRegions);
+  branchStrips->SetAddress(&multStrips);
+  
+  Int_t total = 0;
+  Int_t nEntries  = clusterTree->GetEntries();
+  for (Int_t entry = 0; entry < nEntries; entry++) {
+    AliDebug(5, Form("Entry # %d in cluster tree", entry));
+    treeR->GetEntry(entry);
+    
+    
+    Int_t nMults = multRegions->GetLast();
+    for (Int_t i = 0; i <= nMults; i++) {
+      AliFMDMultRegion* multR =
+       static_cast<AliFMDMultRegion*>(multRegions->UncheckedAt(i));
+      Int_t nParticles=multR->Particles();
+      if (i>=0 && i<=13)   hEtaPoissonI1->AddBinContent(i+1,nParticles);
+      if (i>=14 && i<=27 ) hEtaPoissonI2->AddBinContent(i-13,nParticles);
+      if (i>=28 && i<=33 );
+      if (i>=34 && i<=47 ) hEtaPoissonI3->AddBinContent(48-i,nParticles);
+      if (i>=48 && i<=53)  hEtaPoissonO3->AddBinContent(54-i,nParticles);
+    }
+  }
+#endif   
 }
 
+
 //____________________________________________________________________
 void 
-AliFMDReconstructor::FillESD(AliRunLoader* /*fRunLoader*/, 
-                            AliESD* /*esd*/) const
+AliFMDReconstructor::Reconstruct(AliRawReader*,TTree*) const 
 {
-// nothing to be done
-
+  // Cannot be used.  See member function with same name but with 2
+  // TTree arguments.   Make sure you do local reconstrucion 
+  AliDebug(1, Form("Calling FillESD with loader and tree"));
+  AliError("MayNotUse");
+}
+//____________________________________________________________________
+void 
+AliFMDReconstructor::Reconstruct(AliRunLoader*) const 
+{
+  // Cannot be used.  See member function with same name but with 2
+  // TTree arguments.   Make sure you do local reconstrucion 
+  AliDebug(1, Form("Calling FillESD with loader"));
+  AliError("MayNotUse");
+}
+//____________________________________________________________________
+void 
+AliFMDReconstructor::Reconstruct(AliRunLoader*, AliRawReader*) const 
+{
+  // Cannot be used.  See member function with same name but with 2
+  // TTree arguments.   Make sure you do local reconstrucion 
+  AliDebug(1, Form("Calling FillESD with loader and raw reader"));
+  AliError("MayNotUse");
+}
+//____________________________________________________________________
+void 
+AliFMDReconstructor::FillESD(AliRawReader*,TTree*,AliESD*) const 
+{
+  // Cannot be used.  See member function with same name but with 2
+  // TTree arguments.   Make sure you do local reconstrucion 
+  AliDebug(1, Form("Calling FillESD with raw reader, tree, and ESD"));
+  AliError("MayNotUse");
+}
+//____________________________________________________________________
+void 
+AliFMDReconstructor::FillESD(AliRunLoader*,AliESD*) const
+{
+  // Cannot be used.  See member function with same name but with 2
+  // TTree arguments.   Make sure you do local reconstrucion 
+  AliDebug(1, Form("Calling FillESD with loader and ESD"));
+  AliError("MayNotUse");
+}
+//____________________________________________________________________
+void 
+AliFMDReconstructor::FillESD(AliRunLoader*,AliRawReader*,AliESD*) const 
+{
+  // Cannot be used.  See member function with same name but with 2
+  // TTree arguments.   Make sure you do local reconstrucion 
+  AliDebug(1, Form("Calling FillESD with loader, raw reader, and ESD"));
+  AliError("MayNotUse");
 }
 
+//____________________________________________________________________
+//
+// EOF
+//