]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - FMD/AliFMDReconstructor.cxx
New monitoring DA versions
[u/mrichter/AliRoot.git] / FMD / AliFMDReconstructor.cxx
index 0468f0b0e7dbc9253a517cbb8266f7e4095c9037..bb1717fa1d9921e00cd7d247b2c735cc9a10b563 100644 (file)
  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
-
 /* $Id$ */
-
+/** @file    AliFMDReconstructor.cxx
+    @author  Christian Holm Christensen <cholm@nbi.dk>
+    @date    Mon Mar 27 12:47:09 2006
+    @brief   FMD reconstruction 
+*/
 //____________________________________________________________________
 //
-// This is a class that constructs ReconstParticles (reconstructed
-// particles) out of Digits
-//
-//
-// This class reads either digits from a TClonesArray or raw data from
+// This is a class that constructs AliFMDRecPoint objects from of Digits
+// This class reads either digits from a TClonesArray or raw data from 
 // a DDL file (or similar), and stores the read ADC counts in an
-// internal cache (fAdcs). 
+// internal cache (fAdcs).   The rec-points are made via the naiive
+// method. 
 //
-// From the cached values it then calculates the number of particles
-// that hit a region of the FMDs, as specified by the user. 
-//
-// The reconstruction can be done in two ways: Either via counting the
-// number of empty strips (Poisson method), or by converting the ADC
-// signal to an energy deposition, and then dividing by the typical
-// energy loss of a particle.
-// 
-// Currently, this class only reads the digits from a TClonesArray,
-// and the Poission method for reconstruction. 
-//
-// 
 //-- Authors: Evgeny Karpechev(INR) and Alla Maevsksia
 //  Latest changes by Christian Holm Christensen <cholm@nbi.dk>
 //
 //
 //____________________________________________________________________
 
-#include "AliFMD.h"
-#include "AliFMDDigit.h"
-#include "AliFMDParticles.h"
-#include "AliFMDReconstructor.h"
-#include "AliAltroBuffer.h"
-#include "AliLog.h"
-#include "AliRun.h"
-#include "AliRunLoader.h"
-#include "AliLoader.h"
-#include "AliHeader.h"
-#include "AliGenEventHeader.h"
-#include "AliFMDRawStream.h"
-#include "AliRawReader.h"
+// #include <AliLog.h>                        // ALILOG_H
+// #include <AliRun.h>                        // ALIRUN_H
+#include "AliFMDDebug.h"
+#include "AliFMDGeometry.h"                // ALIFMDGEOMETRY_H
+#include "AliFMDParameters.h"              // ALIFMDPARAMETERS_H
+#include "AliFMDDigit.h"                   // ALIFMDDIGIT_H
+#include "AliFMDReconstructor.h"           // ALIFMDRECONSTRUCTOR_H
+#include "AliFMDRawReader.h"               // ALIFMDRAWREADER_H
+#include "AliFMDRecPoint.h"               // ALIFMDMULTNAIIVE_H
+#include "AliESDEvent.h"                  // ALIESDEVENT_H
+#include "AliESDVertex.h"                 // ALIESDVERTEX_H
+#include <AliESDFMD.h>                    // ALIESDFMD_H
+#include <TMath.h>
+#include <TH1.h>
+#include <TH2.h>
+#include <TFile.h>
+class AliRawReader;
 
 //____________________________________________________________________
-ClassImp(AliFMDReconstructor);
+ClassImp(AliFMDReconstructor)
+#if 0
+  ; // This is here to keep Emacs for indenting the next line
+#endif
 
 //____________________________________________________________________
 AliFMDReconstructor::AliFMDReconstructor() 
   : AliReconstructor(),
-    fAdcs(kMaxDetectors, kMaxRings, kMaxSectors, kMaxStrips),
-    fDeltaEta(0), 
-    fDeltaPhi(0), 
-    fThreshold(0),
-    fPedestal(0), 
-    fPedestalWidth(0)
+    fMult(0x0), 
+    fNMult(0),
+    fTreeR(0x0),
+    fCurrentVertex(0),
+    fESDObj(0x0),
+    fNoiseFactor(0),
+    fAngleCorrect(kTRUE),
+    fVertexType(kNoVertex),
+    fESD(0x0),
+    fDiagnostics(kFALSE),
+    fDiagStep1(0), 
+    fDiagStep2(0),
+    fDiagStep3(0),
+    fDiagStep4(0),
+    fDiagAll(0)
 {
-  // Make a new FMD reconstructor object - default CTOR.
-  SetDeltaEta();
-  SetDeltaPhi();
-  SetThreshold();
-  SetPedestal();
-
-  fParticles = new TClonesArray("AliFMDParticles", 1000);
-  fFMDLoader = 0;
-  fRunLoader = 0;
-  fFMD       = 0;
+  // Make a new FMD reconstructor object - default CTOR.  
+  SetNoiseFactor();
+  SetAngleCorrect();
+  if (AliDebugLevel() > 0) fDiagnostics = kTRUE;
 }
   
 
 //____________________________________________________________________
 AliFMDReconstructor::AliFMDReconstructor(const AliFMDReconstructor& other) 
-  : AliReconstructor(),
-    fAdcs(kMaxDetectors, kMaxRings, kMaxSectors, kMaxStrips),
-    fDeltaEta(0), 
-    fDeltaPhi(0), 
-    fThreshold(0),
-    fPedestal(0), 
-    fPedestalWidth(0)
+  : AliReconstructor(), 
+    fMult(other.fMult),
+    fNMult(other.fNMult),
+    fTreeR(other.fTreeR),
+    fCurrentVertex(other.fCurrentVertex),
+    fESDObj(other.fESDObj),
+    fNoiseFactor(other.fNoiseFactor),
+    fAngleCorrect(other.fAngleCorrect),
+    fVertexType(other.fVertexType),
+    fESD(other.fESD),
+    fDiagnostics(other.fDiagnostics),
+    fDiagStep1(other.fDiagStep1), 
+    fDiagStep2(other.fDiagStep2),
+    fDiagStep3(other.fDiagStep3),
+    fDiagStep4(other.fDiagStep4),
+    fDiagAll(other.fDiagAll) 
 {
-  // Make a new FMD reconstructor object - default CTOR.
-  SetDeltaEta(other.fDeltaEta);
-  SetDeltaPhi(other.fDeltaPhi);
-  SetThreshold(other.fThreshold);
-  SetPedestal(other.fPedestal, other.fPedestalWidth);
-
-  // fParticles = new TClonesArray("AliFMDParticles", 1000);
-  fFMDLoader = other.fFMDLoader;
-  fRunLoader = other.fRunLoader;
-  fFMD       = other.fFMD;
+  // Copy constructor 
 }
   
 
@@ -110,341 +109,242 @@ AliFMDReconstructor::AliFMDReconstructor(const AliFMDReconstructor& other)
 AliFMDReconstructor&
 AliFMDReconstructor::operator=(const AliFMDReconstructor& other) 
 {
-  // Make a new FMD reconstructor object - default CTOR.
-  SetDeltaEta(other.fDeltaEta);
-  SetDeltaPhi(other.fDeltaPhi);
-  SetThreshold(other.fThreshold);
-  SetPedestal(other.fPedestal, other.fPedestalWidth);
-
-  // fParticles = new TClonesArray("AliFMDParticles", 1000);
-  fFMDLoader = other.fFMDLoader;
-  fRunLoader = other.fRunLoader;
-  fFMD       = other.fFMD;
-
+  // Assignment operator
+  fMult          = other.fMult;
+  fNMult         = other.fNMult;
+  fTreeR         = other.fTreeR;
+  fCurrentVertex = other.fCurrentVertex;
+  fESDObj        = other.fESDObj;
+  fNoiseFactor   = other.fNoiseFactor;
+  fAngleCorrect  = other.fAngleCorrect;
+  fVertexType    = other.fVertexType;
+  fESD           = other.fESD;
+  fDiagnostics   = other.fDiagnostics;
+  fDiagStep1     = other.fDiagStep1;
+  fDiagStep2     = other.fDiagStep2;
+  fDiagStep3     = other.fDiagStep3;
+  fDiagStep4     = other.fDiagStep4;
+  fDiagAll       = other.fDiagAll;
   return *this;
 }
-  
+
 //____________________________________________________________________
-void 
-AliFMDReconstructor::SetPedestal(Float_t mean, Float_t width) 
+AliFMDReconstructor::~AliFMDReconstructor() 
 {
-  // Set the pedestal, and pedestal width 
-  fPedestal      = mean;
-  fPedestalWidth = width;
+  // Destructor 
+  if (fMult)   fMult->Delete();
+  if (fMult)   delete fMult;
+  if (fESDObj) delete fESDObj;
 }
 
 //____________________________________________________________________
 void 
-AliFMDReconstructor::Reconstruct(AliRunLoader* runLoader, 
-                                AliRawReader* rawReader) const
-{ 
-  // Collects all digits in the same active volume into number of
-  // particles
-  //
-  // Reconstruct number of particles in given group of pads for given
-  // FMDvolume determined by numberOfVolume,
-  // numberOfMinSector, numberOfMaxSector, numberOfMinRing,
-  // numberOgMaxRing 
-  //
-  // The reconstruction method is choosen based on the number of empty
-  // strips. 
-  fParticles->Clear();
-  if (!runLoader) {
-    Error("Exec","Run Loader loader is NULL - Session not opened");
-    return;
-  }
-  fRunLoader = runLoader;
-  fFMDLoader = runLoader->GetLoader("FMDLoader");
-  if (!fFMDLoader) 
-    Fatal("AliFMDReconstructor","Can not find FMD (loader) "
-         "in specified event");
-
-  // Get the AliRun object
-  if (!fRunLoader->GetAliRun()) fRunLoader->LoadgAlice();
-  
-  // Get the AliFMD object
-  fFMD = static_cast<AliFMD*>(fRunLoader->GetAliRun()->GetDetector("FMD"));
-  if (!fFMD) {
-    AliError("Can not get FMD from gAlice");
-    return;
-  }
-  fFMDLoader->LoadRecPoints("RECREATE");
-
-  if (!fRunLoader->TreeE())     fRunLoader->LoadHeader();
-
-  TClonesArray* digits = fFMD->Digits();
-  if (rawReader) {
-    Int_t event = 0;
-    while (rawReader->NextEvent()) {
-      ProcessEvent(event, rawReader, digits);
-      event++;
-    }
-  }
-  else {
-    Int_t nEvents= Int_t(fRunLoader->TreeE()->GetEntries()); 
-    for(Int_t event = 0; event < nEvents; event++) 
-      ProcessEvent(event, 0, digits);
-  }
+AliFMDReconstructor::Init() 
+{
+  // Initialize the reconstructor 
 
+  // Initialize the geometry 
+  AliFMDGeometry* geom = AliFMDGeometry::Instance();
+  geom->Init();
+  geom->InitTransformations();
 
-  fFMDLoader->UnloadRecPoints();
-  fFMDLoader = 0;
-  fRunLoader = 0;
-  fFMD       = 0;
+  // Initialize the parameters
+  AliFMDParameters* param = AliFMDParameters::Instance();
+  param->Init();
+  
+  // Current vertex position
+  fCurrentVertex = 0;
+  // Create array of reconstructed strip multiplicities 
+  fMult = new TClonesArray("AliFMDRecPoint", 51200);
+  // Create ESD output object 
+  fESDObj = new AliESDFMD;
+  
+  // Check if we need diagnostics histograms 
+  if (!fDiagnostics) return;
+  AliInfo("Making diagnostics histograms");
+  fDiagStep1   = new TH2I("diagStep1", "Read ADC vs. Noise surpressed ADC",
+                       1024, -.5, 1023.5, 1024, -.5, 1023.5);
+  fDiagStep1->SetDirectory(0);
+  fDiagStep1->GetXaxis()->SetTitle("ADC (read)");
+  fDiagStep1->GetYaxis()->SetTitle(Form("ADC (noise surpressed %4.f)", 
+                                       fNoiseFactor));
+  fDiagStep2  = new TH2F("diagStep2",  "ADC vs Edep deduced",
+                       1024, -.5, 1023.5, 100, 0, 2);
+  fDiagStep2->SetDirectory(0);
+  fDiagStep2->GetXaxis()->SetTitle("ADC (noise surpressed)");
+  fDiagStep2->GetYaxis()->SetTitle("#Delta E [GeV]");
+  fDiagStep3  = new TH2F("diagStep3",  "Edep vs Edep path corrected",
+                       100, 0., 2., 100, 0., 2.);
+  fDiagStep3->SetDirectory(0);
+  fDiagStep3->GetXaxis()->SetTitle("#Delta E [GeV]");
+  fDiagStep3->GetYaxis()->SetTitle("#Delta E/#Delta x #times #delta x [GeV]");
+  fDiagStep4  = new TH2F("diagStep4",  "Edep vs Multiplicity deduced", 
+                       100, 0., 2., 100, -.1, 19.9);
+  fDiagStep4->SetDirectory(0);
+  fDiagStep4->GetXaxis()->SetTitle("#Delta E/#Delta x #times #delta x [GeV]");
+  fDiagStep4->GetYaxis()->SetTitle("Multiplicity");
+  fDiagAll    = new TH2F("diagAll",    "Read ADC vs Multiplicity deduced", 
+                        1024, -.5, 1023.5, 100, -.1, 19.9);
+  fDiagAll->SetDirectory(0);
+  fDiagAll->GetXaxis()->SetTitle("ADC (read)");
+  fDiagAll->GetYaxis()->SetTitle("Multiplicity");
 }
 
 //____________________________________________________________________
 void 
-AliFMDReconstructor::Reconstruct(AliRunLoader* runLoader) const
-{ 
-  // Collects all digits in the same active volume into number of
-  // particles
-  //
-  // Reconstruct number of particles in given group of pads for given
-  // FMDvolume determined by numberOfVolume,
-  // numberOfMinSector, numberOfMaxSector, numberOfMinRing,
-  // numberOgMaxRing 
-  //
-  // The reconstruction method is choosen based on the number of empty
-  // strips. 
-  Reconstruct(runLoader, 0);
+AliFMDReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* reader, 
+                                  TTree* digitsTree) const
+{
+  // Convert Raw digits to AliFMDDigit's in a tree 
+  AliFMDDebug(2, ("Reading raw data into digits tree"));
+  AliFMDRawReader rawRead(reader, digitsTree);
+  // rawRead.SetSampleRate(fFMD->GetSampleRate());
+  rawRead.Exec();
 }
 
-
 //____________________________________________________________________
 void 
-AliFMDReconstructor::ProcessEvent(Int_t event, 
-                                 AliRawReader* reader, 
-                                 TClonesArray* digits) const
+AliFMDReconstructor::GetVertex() const
 {
-  // Process one event read from either a clones array or from a a raw
-  // data reader. 
-  fRunLoader->GetEvent(event) ;
-  //event z-vertex for correction eta-rad dependence      
-  AliHeader *header            = fRunLoader->GetHeader();
-  if (!header) 
-    Warning("ProcessEvent", "no AliHeader found!");
-  AliGenEventHeader* genHeader = (header ? header->GenEventHeader() : 0);
-
-  // Get the Z--coordinate from the event header 
-  TArrayF o(3); 
-  if (genHeader) genHeader->PrimaryVertex(o);
-  Float_t zVertex = o.At(2);
-
-  // If the recontruction tree isn't loaded, load it
-  if(fFMDLoader->TreeR()==0) fFMDLoader->MakeTree("R");
-  
-  //Make branches to hold the reconstructed particles 
-  const Int_t kBufferSize = 16000;
-  fFMDLoader->TreeR()->Branch("FMD", &fParticles, kBufferSize);
-
-  // Load or recreate the digits 
-  if (fFMDLoader->LoadDigits((reader ? "UPDATE" : "READ"))) {
-    if (!reader) {
-      Error("Exec","Error occured while loading digits. Exiting.");
-      return;
-    }
-    
-  }
-  // Get the digits tree 
-  TTree* digitTree = fFMDLoader->TreeD();
-  if (!digitTree) { 
-    if (!reader) {
-      Error("Exec","Can not get Tree with Digits. "
-           "Nothing to reconstruct - Exiting");
+  // Return the vertex to use. 
+  // This is obtained from the ESD object. 
+  // If not found, a warning is issued.
+  fVertexType    = kNoVertex;
+  fCurrentVertex = 0;
+  if (fESD) {
+    const AliESDVertex* vertex = fESD->GetVertex();
+    if (vertex) {
+      AliFMDDebug(2, ("Got vertex from ESD: %f", vertex->GetZv()));
+      fCurrentVertex = vertex->GetZv();
+      fVertexType    = kESDVertex;
       return;
     }
-    fFMDLoader->MakeTree("D");
-    digitTree = fFMDLoader->TreeD();
-    
-  }
-  // Get the FMD branch holding the digits. 
-  TBranch *digitBranch = digitTree->GetBranch("FMD");
-  if (!digitBranch) {
-    if (!reader) {
-      Error("Exec", "No digit branch for the FMD found");
-      return;
-    }
-    fFMD->MakeBranchInTree(digitTree, fFMD->GetName(), &(digits), 4000, 0);
-  }
-  if (!reader) digitBranch->SetAddress(&digits);
-
-  fEmptyStrips = 0;
-  fTotalStrips = 0;
-  Bool_t ok = kFALSE;
-  if      (reader) ok = ReadAdcs(reader);
-  else if (digits) ok = ReadAdcs(digits);
-  if (!ok) return;
-  
-  ReconstructFromCache(zVertex);
-
-  if (reader) {
-    digitTree->Fill();
-    fFMDLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
   }
-  fFMDLoader->UnloadDigits();
-  fFMDLoader->TreeR()->Reset();
-  fFMDLoader->TreeR()->Fill(); 
-  fFMDLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
+  AliWarning("Didn't get any vertex from ESD or generator");
 }
+  
 
 //____________________________________________________________________
-Bool_t
-AliFMDReconstructor::ReadAdcs(TClonesArray* digits) const
+void 
+AliFMDReconstructor::Reconstruct(AliRawReader* /*reader*/, TTree*) const
 {
-  // Read the ADC values from a clones array. 
-  AliDebug(10, "Reading ADCs from Digits array");
-  // read Digits, and reconstruct the particles
-  if (!fFMDLoader->TreeD()->GetEvent(0)) return kFALSE;
-
-  // Reads the digits from the array, and fills up the cache (fAdcs) 
-  fAdcs.Clear();
-  Int_t nDigits = digits->GetEntries();
-  for (Int_t digit = 0; digit < nDigits; digit++) {
-    AliFMDDigit* fmdDigit = 
-      static_cast<AliFMDDigit*>(digits->UncheckedAt(digit));    
-    
-    ProcessDigit(fmdDigit);
-  } //digit loop
-  return kTRUE;
+  // Reconstruct directly from raw data (no intermediate output on
+  // digit tree or rec point tree).  
+  // Parameters: 
+  //   reader  Raw event reader 
+  //   ctree    Not used. 
+  AliError("Method is not used");
+#if 0
+  TClonesArray*   array = new TClonesArray("AliFMDDigit");
+  AliFMDRawReader rawRead(reader, 0);
+  rawRead.ReadAdcs(array);
+  ProcessDigits(array);
+  array->Delete();
+  delete array;
+#endif
 }
 
 //____________________________________________________________________
-Bool_t
-AliFMDReconstructor::ReadAdcs(AliRawReader* reader) const
+void 
+AliFMDReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, 
+                                TTree* clusterTree) const 
 {
-  // Read the ADC values from a raw data reader. 
-  AliDebug(10, "Reading ADCs from RawReader");
-  // Reads the digits from a RAW data 
-  fAdcs.Clear();
-  // reader->Reset();
-
-  if (!reader->ReadHeader()) {
-    Error("ReadAdcs", "Couldn't read header");
-    return kFALSE;
+  // Reconstruct event from digits in tree 
+  // Get the FMD branch holding the digits. 
+  // FIXME: The vertex may not be known yet, so we may have to move
+  // some of this to FillESD. 
+  AliFMDDebug(2, ("Reconstructing from digits in a tree"));
+  GetVertex();
+
+  TBranch *digitBranch = digitsTree->GetBranch("FMD");
+  if (!digitBranch) {
+    Error("Exec", "No digit branch for the FMD found");
+    return;
   }
+  TClonesArray* digits = new TClonesArray("AliFMDDigit");
+  digitBranch->SetAddress(&digits);
 
-  // Use AliAltroRawStream to read the ALTRO format.  No need to
-  // reinvent the wheel :-) 
-  AliFMDRawStream input(reader);
-  // Select FMD DDL's 
-  reader->Select(AliFMD::kBaseDDL >> 8);
+  if (fMult)   fMult->Clear();
+  if (fESDObj) fESDObj->Clear();
   
-  Int_t    oldDDL      = -1;
-  Int_t    count       = 0;
-  UShort_t detector    = 1; // Must be one here
-  UShort_t oldDetector = 0;
-  // Loop over data in file 
-  Bool_t   next       = kTRUE;
-
-  // local Cache 
-  TArrayI counts(10);
-  counts.Reset(-1);
-  Int_t offset = 0;
+  fNMult = 0;
+  fTreeR = clusterTree;
+  fTreeR->Branch("FMD", &fMult);
   
-  while (next) {
-    next = input.Next();
-
-
-    count++; 
-    Int_t ddl = reader->GetDDLID();
-    if (ddl != oldDDL 
-       || input.IsNewStrip()
-       || !next) {
-      // Make a new digit, if we have some data! 
-      if (counts[0] >= 0) {
-       // Got a new strip. 
-       AliDebug(10, Form("Add a new strip: FMD%d%c[%2d,%3d] "
-                         "(current: FMD%d%c[%2d,%3d])", 
-                         oldDetector, input.PrevRing(), 
-                         input.PrevSector() , input.PrevStrip(),
-                         detector , input.Ring(), input.Sector(), 
-                         input.Strip()));
-       fFMD->AddDigit(oldDetector, 
-                      input.PrevRing(), 
-                      input.PrevSector(), 
-                      input.PrevStrip(), 
-                      counts[0], counts[1], counts[2]);
-       AliFMDDigit* digit = 
-         static_cast<AliFMDDigit*>(fFMD->Digits()->
-                                   UncheckedAt(fFMD->GetNdigits()-1));
-       ProcessDigit(digit);
-      }
-       
-      if (!next) { 
-       AliDebug(10, Form("Read %d channels for FMD%d", 
-                         count + 1, detector));
-       break;
-      }
-    
-    
-      // If we got a new DDL, it means we have a new detector. 
-      if (ddl != oldDDL) {
-       if (detector != 0) 
-         AliDebug(10, Form("Read %d channels for FMD%d", 
-                           count + 1, detector));
-       // Reset counts, and update the DDL cache 
-       count       = 0;
-       oldDDL      = ddl;
-       // Check that we're processing a FMD detector 
-       Int_t detId = reader->GetDetectorID();
-       if (detId != (AliFMD::kBaseDDL >> 8)) {
-         Error("ReadAdcs", "Detector ID %d != %d",
-               detId, (AliFMD::kBaseDDL >> 8));
-         break;
-       }
-       // Figure out what detector we're deling with 
-       oldDetector = detector;
-       switch (ddl) {
-       case 0: detector = 1; break;
-       case 1: detector = 2; break;
-       case 2: detector = 3; break;
-       default:
-         Error("ReadAdcs", "Unknown DDL 0x%x for FMD", ddl);
-         return kFALSE;
-       }
-       AliDebug(10, Form("Reading ADCs for 0x%x  - That is FMD%d",
-                         reader->GetEquipmentId(), detector));
-      }
-      counts.Reset(-1);
-      offset = 0;
-    }
-    
-    counts[offset] = input.Count();
-    offset++;
-    
-    AliDebug(10, Form("ADC of FMD%d%c[%2d,%3d] += %d",
-                     detector, input.Ring(), input.Sector(), 
-                     input.Strip(), input.Count()));
-    oldDetector = detector;
-  }
-  return kTRUE;
+  AliFMDDebug(5, ("Getting entry 0 from digit branch"));
+  digitBranch->GetEntry(0);
+  
+  AliFMDDebug(5, ("Processing digits"));
+  ProcessDigits(digits);
+
+  Int_t written = clusterTree->Fill();
+  AliFMDDebug(10, ("Filled %d bytes into cluster tree", written));
+  digits->Delete();
+  delete digits;
 }
 
 //____________________________________________________________________
 void
-AliFMDReconstructor::ProcessDigit(AliFMDDigit* digit) const
+AliFMDReconstructor::ProcessDigits(TClonesArray* digits) const
 {
-  // Process a digit.  Derived classes can overload this member
-  // function to do stuff to the digit.  However, it should write the
-  // ADC count to the internal cache 
-  //
-  //    fAdcs(detector - 1, ring, sector, strip) = counts;
-  //
-  // In this implementation, we count the number of strips below
-  // threshold.   This we do to later choose what kind of
-  // reconstruction algorithm we'd like to use. 
-  // 
-  UShort_t detector = digit->Detector();
-  Char_t   ring     = digit->Ring();
-  UShort_t sector   = digit->Sector();
-  UShort_t strip    = digit->Strip();    
-  
-  UShort_t counts  = SubtractPedestal(digit);
-  
-  fAdcs(detector - 1, ring, sector, strip) = counts;
-  if (counts < fThreshold) fEmptyStrips++;
-  fTotalStrips++;
+  // For each digit, find the pseudo rapdity, azimuthal angle, and
+  // number of corrected ADC counts, and pass it on to the algorithms
+  // used. 
+  Int_t nDigits = digits->GetEntries();
+  AliFMDDebug(1, ("Got %d digits", nDigits));
+  fESDObj->SetNoiseFactor(fNoiseFactor);
+  fESDObj->SetAngleCorrected(fAngleCorrect);
+  for (Int_t i = 0; i < nDigits; i++) {
+    AliFMDDigit* digit = static_cast<AliFMDDigit*>(digits->At(i));
+    AliFMDParameters* param  = AliFMDParameters::Instance();
+    // Check that the strip is not marked as dead 
+    if (param->IsDead(digit->Detector(), digit->Ring(), 
+                     digit->Sector(), digit->Strip())) {
+      AliFMDDebug(10, ("FMD%d%c[%2d,%3d] is dead", digit->Detector(), 
+                       digit->Ring(), digit->Sector(), digit->Strip()));
+      continue;
+    }
+
+    // digit->Print();
+    // Get eta and phi 
+    Float_t eta, phi;
+    PhysicalCoordinates(digit, eta, phi);
+    
+    // Substract pedestal. 
+    UShort_t counts   = SubtractPedestal(digit);
+    
+    // Gain match digits. 
+    Double_t edep     = Adc2Energy(digit, eta, counts);
+    
+    // Make rough multiplicity 
+    Double_t mult     = Energy2Multiplicity(digit, edep);
+    
+    AliFMDDebug(10, ("FMD%d%c[%2d,%3d]: "
+                     "ADC: %d, Counts: %d, Energy: %f, Mult: %f", 
+                     digit->Detector(), digit->Ring(), digit->Sector(),
+                     digit->Strip(), digit->Counts(), counts, edep, mult));
+    
+    // Create a `RecPoint' on the output branch. 
+    if (fMult) {
+      AliFMDRecPoint* m = 
+       new ((*fMult)[fNMult]) AliFMDRecPoint(digit->Detector(), 
+                                             digit->Ring(), 
+                                             digit->Sector(),
+                                             digit->Strip(),
+                                             eta, phi, 
+                                             edep, mult);
+      (void)m; // Suppress warnings about unused variables. 
+      fNMult++;
+    }
+    
+    fESDObj->SetMultiplicity(digit->Detector(), digit->Ring(), 
+                            digit->Sector(),  digit->Strip(), mult);
+    fESDObj->SetEta(digit->Detector(), digit->Ring(), 
+                   digit->Sector(),  digit->Strip(), eta);
+
+    if (fDiagAll) fDiagAll->Fill(digit->Counts(), mult);  
+  }
 }
 
 //____________________________________________________________________
@@ -456,142 +356,180 @@ AliFMDReconstructor::SubtractPedestal(AliFMDDigit* digit) const
   // load this to subtract a pedestal that was given in a database or
   // something like that. 
 
-  Int_t counts = 
-    TMath::Max(Int_t(digit->Count1() - fPedestal - 3 * fPedestalWidth), 0);
-  if (digit->Count2() >= 0) 
-    counts += 
-      TMath::Max(Int_t(digit->Count2() - fPedestal - 3 * fPedestalWidth), 0);
-  if (digit->Count3() >= 0) 
-    counts += 
-      TMath::Max(Int_t(digit->Count3() - fPedestal - 3 * fPedestalWidth), 0);
-      
-  if (counts < 0) counts = 0;
+  AliFMDParameters* param  = AliFMDParameters::Instance();
+  Float_t           ped    = param->GetPedestal(digit->Detector(), 
+                                               digit->Ring(), 
+                                               digit->Sector(), 
+                                               digit->Strip());
+  Float_t           noise  = param->GetPedestalWidth(digit->Detector(), 
+                                                    digit->Ring(), 
+                                                    digit->Sector(), 
+                                                    digit->Strip());
+  AliFMDDebug(15, ("Subtracting pedestal %f from signal %d", 
+                  ped, digit->Counts()));
+  // if (digit->Count3() > 0)      adc = digit->Count3();
+  // else if (digit->Count2() > 0) adc = digit->Count2();
+  // else                          adc = digit->Count1();
+  Int_t adc    = digit->Counts();
+  Int_t counts = TMath::Max(Int_t(adc - ped), 0);
+  if (counts < noise * fNoiseFactor) counts = 0;
+  if (counts > 0) AliFMDDebug(15, ("Got a hit strip"));
+  if (fDiagStep1) fDiagStep1->Fill(adc, counts);
+  
   return  UShort_t(counts);
 }
 
+//____________________________________________________________________
+Float_t
+AliFMDReconstructor::Adc2Energy(AliFMDDigit* digit, 
+                               Float_t      eta, 
+                               UShort_t     count) const
+{
+  // Converts number of ADC counts to energy deposited. 
+  // Note, that this member function can be overloaded by derived
+  // classes to do strip-specific look-ups in databases or the like,
+  // to find the proper gain for a strip. 
+  // 
+  // In this simple version, we calculate the energy deposited as 
+  // 
+  //    EnergyDeposited = cos(theta) * gain * count
+  // 
+  // where 
+  // 
+  //           Pre_amp_MIP_Range
+  //    gain = ----------------- * Energy_deposited_per_MIP
+  //           ADC_channel_size    
+  // 
+  // is constant and the same for all strips.
+  if (count <= 0) return 0;
+  AliFMDParameters* param = AliFMDParameters::Instance();
+  Float_t           gain  = param->GetPulseGain(digit->Detector(), 
+                                               digit->Ring(), 
+                                               digit->Sector(), 
+                                               digit->Strip());
+  AliFMDDebug(15, ("Converting counts %d to energy via factor %f", 
+                   count, gain));
+
+  Double_t edep  = count * gain;
+  if (fDiagStep2) fDiagStep2->Fill(count, edep);  
+  if (fAngleCorrect) {
+    Double_t theta = 2 * TMath::ATan(TMath::Exp(-eta));
+    Double_t corr  = TMath::Abs(TMath::Cos(theta));
+    Double_t cedep = corr * edep;
+    AliFMDDebug(10, ("correcting for path %f * %f = %f (eta=%f, theta=%f)",
+                     edep, corr, cedep, eta, theta));
+    if (fDiagStep3) fDiagStep3->Fill(edep, cedep);  
+    edep = cedep;
+  }
+  return edep;
+}
+
+//____________________________________________________________________
+Float_t
+AliFMDReconstructor::Energy2Multiplicity(AliFMDDigit* /* digit */, 
+                                        Float_t      edep) const
+{
+  // Converts an energy signal to number of particles. 
+  // Note, that this member function can be overloaded by derived
+  // classes to do strip-specific look-ups in databases or the like,
+  // to find the proper gain for a strip. 
+  // 
+  // In this simple version, we calculate the multiplicity as 
+  // 
+  //   multiplicity = Energy_deposited / Energy_deposited_per_MIP
+  // 
+  // where 
+  //
+  //   Energy_deposited_per_MIP = 1.664 * SI_density * SI_thickness 
+  // 
+  // is constant and the same for all strips 
+  AliFMDParameters* param   = AliFMDParameters::Instance();
+  Double_t          edepMIP = param->GetEdepMip();
+  Float_t           mult    = edep / edepMIP;
+  if (edep > 0) 
+    AliFMDDebug(15, ("Translating energy %f to multiplicity via "
+                    "divider %f->%f", edep, edepMIP, mult));
+  if (fDiagStep4) fDiagStep4->Fill(edep, mult);  
+  return mult;
+}
+
 //____________________________________________________________________
 void
-AliFMDReconstructor::ReconstructFromCache(Float_t zVertex) const
+AliFMDReconstructor::PhysicalCoordinates(AliFMDDigit* digit, 
+                                        Float_t& eta, 
+                                        Float_t& phi) const
 {
-  // Based on the information in the cache, do the reconstruction. 
-  Int_t nRecon = 0;
-  // Loop over the detectors 
-  for (Int_t i = 1; i <= 3; i++) {
-    AliFMDSubDetector* sub = 0;
-    switch (i) {
-    case 1: sub = fFMD->GetFMD1(); break;
-    case 2: sub = fFMD->GetFMD2(); break;
-    case 3: sub = fFMD->GetFMD3(); break;
-    }
-    if (!sub) continue;
-       
-    // Loop over the rings in the detector
-    for (Int_t j = 0; j < 2; j++) {
-      Float_t     rZ = 0;
-      AliFMDRing* r  = 0;
-      switch (j) {
-      case 0: r  = sub->GetInner(); rZ = sub->GetInnerZ(); break;
-      case 1: r  = sub->GetOuter(); rZ = sub->GetOuterZ(); break;
-      }
-      if (!r) continue;
-      
-      // Calculate low/high theta and eta 
-      // FIXME: Is this right? 
-      Float_t realZ    = zVertex + rZ;
-      Float_t thetaOut = TMath::ATan2(r->GetHighR(), realZ);
-      Float_t thetaIn  = TMath::ATan2(r->GetLowR(), realZ);
-      Float_t etaOut   = - TMath::Log(TMath::Tan(thetaOut / 2));
-      Float_t etaIn    = - TMath::Log(TMath::Tan(thetaIn / 2));
-      if (TMath::Abs(etaOut) > TMath::Abs(etaIn)) {
-       Float_t tmp = etaIn;
-       etaIn       = etaOut;
-       etaOut      = tmp;
-      }
-
-      //-------------------------------------------------------------
-      //
-      // Here starts poisson method 
-      //
-      // Calculate eta step per strip, number of eta steps, number of
-      // phi steps, and check the sign of the eta increment 
-      Float_t stripEta = (Float_t(r->GetNStrips()) / (etaIn - etaOut));
-      Int_t   nEta     = Int_t(TMath::Abs(etaIn - etaOut) / fDeltaEta); 
-      Int_t   nPhi     = Int_t(360. / fDeltaPhi);
-      Float_t sign     = TMath::Sign(Float_t(1.), etaIn);
-
-      AliDebug(10, Form("FMD%d%c Eta range: %f, %f %d Phi steps",
-                       sub->GetId(), r->GetId(), etaOut, etaIn, nPhi));
-
-      // Loop over relevant phi values 
-      for (Int_t p = 0; p < nPhi; p++) {
-       Float_t  minPhi    = p * fDeltaPhi;
-       Float_t  maxPhi    = minPhi + fDeltaPhi;
-       UShort_t minSector = UShort_t(minPhi / 360) * r->GetNSectors();
-       UShort_t maxSector = UShort_t(maxPhi / 360) * r->GetNSectors();
-       
-       AliDebug(10, Form(" Now in phi range %f, %f (sectors %d,%d)",
-                         minPhi, maxPhi, minSector, maxSector));
-       // Loop over relevant eta values 
-       for (Int_t e = nEta; e >= 0; --e) {
-         Float_t  maxEta   = etaIn  - sign * e * fDeltaEta;
-         Float_t  minEta   = maxEta - sign * fDeltaEta;
-         if (sign > 0)  minEta = TMath::Max(minEta, etaOut);
-         else           minEta = TMath::Min(minEta, etaOut);
-         Float_t  theta1   = 2 * TMath::ATan(TMath::Exp(-minEta));
-         Float_t  theta2   = 2 * TMath::ATan(TMath::Exp(-maxEta));
-         Float_t  minR     = TMath::Abs(realZ * TMath::Tan(theta2));
-         Float_t  maxR     = TMath::Abs(realZ * TMath::Tan(theta1));
-         UShort_t minStrip = UShort_t((etaIn - maxEta) * stripEta + 0.5);
-         UShort_t maxStrip = UShort_t((etaIn - minEta) * stripEta + 0.5);
-
-         AliDebug(10, Form("  Now in eta range %f, %f (strips %d, %d)\n"
-                           "    [radii %f, %f, thetas %f, %f, sign %d]", 
-                           minEta, maxEta, minStrip, maxStrip, 
-                           minR, maxR, theta1, theta2, sign));
-
-         // Count number of empty strips
-         Int_t   emptyStrips = 0;
-         for (Int_t sector = minSector; sector < maxSector; sector++) 
-           for (Int_t strip = minStrip; strip < maxStrip; strip++) 
-             if (fAdcs(sub->GetId() - 1, r->GetId(), sector, strip) 
-                 < fThreshold) emptyStrips++;
-         
-         // The total number of strips 
-         Float_t nTotal = (maxSector - minSector) * (maxStrip - minStrip);
-         
-         // Log ratio of empty to total number of strips 
-         AliDebug(10, Form("Lambda= %d / %d = %f", 
-                           emptyStrips, nTotal, 
-                           Float_t(emptyStrips) / nTotal));
-         
-         Double_t lambda = (emptyStrips > 0 ? 
-                            - TMath::Log(Double_t(emptyStrips) / nTotal) :
-                            1);
-
-         // The reconstructed number of particles is then given by 
-         Int_t reconstructed = Int_t(lambda * nTotal + 0.5);
-           
-         // Add a AliFMDParticles to the reconstruction tree. 
-         new((*fParticles)[nRecon])   
-           AliFMDParticles(sub->GetId(), r->GetId(),
-                           minSector, maxSector, minStrip, maxStrip,
-                           minEta, maxEta, minPhi, maxPhi,
-                           reconstructed, AliFMDParticles::kPoission);
-         nRecon++;
-       } // phi 
-      } // eta
-    } // ring 
-  } // detector 
+  // Get the eta and phi of a digit 
+  // 
+  // Get geometry. 
+  AliFMDGeometry* geom = AliFMDGeometry::Instance();
+  Double_t x, y, z, r, theta;
+  geom->Detector2XYZ(digit->Detector(), digit->Ring(), digit->Sector(), 
+                   digit->Strip(), x, y, z);
+  // Correct for vertex offset. 
+  z     += fCurrentVertex;
+  phi   =  TMath::ATan2(y, x);
+  r     =  TMath::Sqrt(y * y + x * x);
+  theta =  TMath::ATan2(r, z);
+  eta   = -TMath::Log(TMath::Tan(theta / 2));
 }
 
+      
+
 //____________________________________________________________________
 void 
-AliFMDReconstructor::FillESD(AliRunLoader* /*fRunLoader*/, 
-                            AliESD* /*esd*/) const
+AliFMDReconstructor::FillESD(TTree*  /* digitsTree */, 
+                            TTree*  /* clusterTree */,
+                            AliESDEvent* esd) const
 {
   // nothing to be done
+  // FIXME: The vertex may not be known when Reconstruct is executed,
+  // so we may have to move some of that member function here. 
+  AliFMDDebug(2, ("Calling FillESD with two trees and one ESD"));
+  // fESDObj->Print();
+
+  if (esd) { 
+    AliFMDDebug(2, ("Writing FMD data to ESD tree"));
+    esd->SetFMDData(fESDObj);
+  }
+
+  if (!fDiagnostics || !esd) return;
+  static bool first = true;
+  // This is most likely NOT the event number you'd like to use. It
+  // has nothing to do with the 'real' event number. 
+  // - That's OK.  We just use it for the name of the directory -
+  // nothing else.  Christian
+  Int_t evno = esd->GetEventNumberInFile(); 
+  AliFMDDebug(1, ("Writing diagnostics histograms to FMD.Diag.root/%03d",evno));
+  TFile f("FMD.Diag.root", (first ? "RECREATE" : "UPDATE"));
+  first = false;
+  f.cd(); 
+  TDirectory* d = f.mkdir(Form("%03d", evno), 
+                         Form("Diagnostics histograms for event # %d", evno));
+  d->cd();
+  if (fDiagStep1) fDiagStep1->Write();
+  if (fDiagStep2) fDiagStep2->Write();
+  if (fDiagStep3) fDiagStep3->Write();
+  if (fDiagStep4) fDiagStep4->Write();
+  if (fDiagAll)   fDiagAll->Write();
+  d->Write();
+  f.Write();
+  f.Close();
+
+  if (fDiagStep1) fDiagStep1->Reset();
+  if (fDiagStep2) fDiagStep2->Reset();
+  if (fDiagStep3) fDiagStep3->Reset();
+  if (fDiagStep4) fDiagStep4->Reset();
+  if (fDiagAll)   fDiagAll->Reset();
+}
 
+//____________________________________________________________________
+void
+AliFMDReconstructor::FillESD(AliRawReader*, TTree* clusterTree, 
+                            AliESDEvent* esd) const
+{
+  TTree* dummy = 0;
+  FillESD(dummy, clusterTree, esd);
 }
 
 //____________________________________________________________________