]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - MUON/AliMUONReconstructor.cxx
ALIROOT-5420 Additional header file
[u/mrichter/AliRoot.git] / MUON / AliMUONReconstructor.cxx
index 68026800a02f3a762e730b2f9d0423629c5da0b9..beaf1f5fa9f68ba23af4489748e9e93a276dbc69 100644 (file)
 ///
 /// Implementation of AliReconstructor for MUON subsystem.
 ///
-/// The behavior of the MUON reconstruction can be changed, besides
-/// the usual methods found in AliReconstruction (e.g. to disable tracking)
-/// by using AliReconstruction::SetOption("MUON",options)
-/// where options should be a space separated string.
+/// The clustering mode and the associated parameters can be changed through the
+/// AliMUONRecoParam object set in the reconstruction macro or read from the CDB
+/// (see methods in AliMUONRecoParam.h file for details)
 ///
-/// Valid options are :
-///
-/// SAVEDIGITS : if you want to save in the TreeD the *calibrated* digits
-///     that are used for the clustering
+/// Valid modes are :
 ///
 /// SIMPLEFIT : use the AliMUONClusterFinderSimpleFit clusterizer
 ///
-/// AZ : use the AliMUONClusterFinderAZ clusterizer (default)
+/// SIMPLEFITV3 : SIMPLEFIT with preclustering=PRECLUSTERV3
 ///
-/// MLEM : another implementation of AZ, where preclustering is external
-/// MLEMV3 : MLEM with preclustering=PRECLUSTERV2
+/// MLEM : use AliMUONClusterFinderMLEM and AliMUONPreClusterFinder for preclustering (default)
+/// MLEMV2 : MLEM with preclustering=PRECLUSTERV2
 /// MLEMV3 : MLEM with preclustering=PRECLUSTERV3
 ///
 /// PRECLUSTER : use only AliMUONPreClusterFinder. Only for debug as
 /// option either, as center-of-gravity is generally not a good estimate
 /// of the cluster position...
 ///
+/// PEAKCOG : COG cluster finder around local maxima
+/// PEAKFIT : fit around local maxima with up to 3 peaks, COG otherwise
+///
 /// NOCLUSTERING : bypass completely the clustering stage
 ///
-/// NOSTATUSMAP : disable the computation and usage of the pad status map. Only
-/// for debug !
+/// ------
+///
+/// The behavior of the MUON reconstruction can also be changed, besides
+/// the usual methods found in AliReconstruction (e.g. to disable tracking)
+/// by using AliReconstruction::SetOption("MUON",options)
+/// where options should be a space separated string.
+///
+/// Valid options are :
+///
+/// SAVEDIGITS : if you want to save in the TreeD the *calibrated* digits
+///     that are used for the clustering
+///
+/// DIGITSTOREV1 : use the V1 implementation of the digitstore 
+/// DIGITSTOREV2R : use the V2R implementation of the digitstore 
 ///
 /// NOLOCALRECONSTRUCTION : for debug, to disable local reconstruction (and hence
 /// "recover" old behavior)
 ///
 /// TRIGGERDISABLE : disable the treatment of MUON trigger
 ///
-/// DIGITSTOREV1 : use the V1 implementation of the digitstore 
-/// DIGITSTOREV2R : use the V2R implementation of the digitstore 
+/// ENABLEERRORLOGGING : enable error logging (this activates also warnings in RawStreamTracker)
 ///
 /// \author Laurent Aphecetche, Subatech
 //-----------------------------------------------------------------------------
 
 #include "AliMUONReconstructor.h"
 
-#include "AliCDBManager.h"
-#include "AliLog.h"
 #include "AliMUONCalibrationData.h"
 #include "AliMUONClusterFinderCOG.h"
 #include "AliMUONClusterFinderMLEM.h"
 #include "AliMUONClusterFinderSimpleFit.h"
-#include "AliMUONClusterFinderAZ.h"
-#include "AliMUONClusterReconstructor.h"
+#include "AliMUONClusterFinderPeakCOG.h"
+#include "AliMUONClusterFinderPeakFit.h"
 #include "AliMUONClusterStoreV1.h"
+#include "AliMUONClusterStoreV2.h"
 #include "AliMUONConstants.h"
 #include "AliMUONDigitCalibrator.h"
 #include "AliMUONDigitMaker.h"
 #include "AliMUONDigitStoreV1.h"
 #include "AliMUONDigitStoreV2R.h"
 #include "AliMUONGeometryTransformer.h"
+#include "AliMUONPadStatusMaker.h"
 #include "AliMUONPreClusterFinder.h"
 #include "AliMUONPreClusterFinderV2.h"
 #include "AliMUONPreClusterFinderV3.h"
+#include "AliMUONSimpleClusterServer.h"
 #include "AliMUONTracker.h"
-#include "AliMUONVTrackStore.h"
-#include "AliMUONTriggerChamberEff.h"
 #include "AliMUONTriggerCircuit.h"
-#include "AliMUONTriggerCrateStore.h"
 #include "AliMUONTriggerStoreV1.h"
 #include "AliMUONVClusterFinder.h"
+#include "AliMUONVClusterServer.h"
+#include "AliMUONVTrackStore.h"
+#include "AliMUONTriggerElectronics.h"
+#include "AliMUONTriggerUtilities.h"
+
+#include "AliMpArea.h"
 #include "AliMpCDB.h"
+#include "AliMpConstants.h"
+#include "AliMpDDLStore.h"
+#include "AliMpSegmentation.h"
+
 #include "AliRawReader.h"
+#include "AliCDBManager.h"
 #include "AliCodeTimer.h"
+#include "AliLog.h"
+#include "AliRunInfo.h"
+
 #include <Riostream.h>
+#include <TObjArray.h>
 #include <TClonesArray.h>
 #include <TString.h>
 #include <TTree.h>
-//#include "AliCodeTimer.h"
+
 /// \cond CLASSIMP
 ClassImp(AliMUONReconstructor)
 /// \endcond 
@@ -105,55 +128,73 @@ ClassImp(AliMUONReconstructor)
 //_____________________________________________________________________________
 AliMUONReconstructor::AliMUONReconstructor() : 
 AliReconstructor(),
-fCrateManager(0x0),
 fDigitMaker(0x0),
 fTransformer(new AliMUONGeometryTransformer()),
 fDigitStore(0x0),
 fTriggerCircuit(0x0),
 fCalibrationData(0x0),
 fDigitCalibrator(0x0),
-fClusterReconstructor(0x0),
-fClusterStore(0x0),
 fTriggerStore(0x0),
 fTrackStore(0x0),
-fTrigChamberEff(0x0)
+fClusterStore(0x0),
+fTriggerProcessor(0x0),
+fTriggerUtilities(0x0),
+fClusterServers(),
+fTrackers(),
+fShouldCalibrate(kTRUE)
 {
   /// normal ctor
 
-  // Load geometry data
-  fTransformer->LoadGeometryData();
+  AliDebug(1,"");
   
+  // Unload mapping objects
+  // if they have been loaded from the obsolete OCDB mapping objects
+
+  if ( AliMpDDLStore::Instance(false) ) {
+    AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("MUON/Calib/DDLStore");
+    delete AliMpDDLStore::Instance();
+  }  
+
+  if ( AliMpSegmentation::Instance(false) ) { 
+    AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("MUON/Calib/Mapping");
+    delete AliMpSegmentation::Instance();
+  }  
+
   // Load mapping
-  if ( ! AliMpCDB::LoadMpSegmentation() ) 
-  {
+  if ( ! AliMpCDB::LoadDDLStore() ) {
     AliFatal("Could not access mapping from OCDB !");
   }
   
-  // Load DDL store
-  if ( ! AliMpCDB::LoadDDLStore() ) 
-  {
-    AliFatal("Could not access DDL Store from OCDB !");
-  }
-  
-  
+  // Load geometry data
+  fTransformer->LoadGeometryData();
+  fClusterServers.SetOwner(kTRUE);
+  fTrackers.SetOwner(kTRUE);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
 AliMUONReconstructor::~AliMUONReconstructor()
 {
   /// dtor
+
+  AliDebug(1,"");
+
+  delete fDigitCalibrator;
+
   delete fDigitMaker;
   delete fDigitStore;
   delete fTransformer;
-  delete fCrateManager;
   delete fTriggerCircuit;
-  delete fCalibrationData;
-  delete fDigitCalibrator;
-  delete fClusterReconstructor;
-  delete fClusterStore;
   delete fTriggerStore;
   delete fTrackStore;
-  delete fTrigChamberEff;
+  delete fClusterStore;
+  delete fTriggerProcessor;
+  delete fTriggerUtilities;
+
+  delete AliMpSegmentation::Instance(false);
+  delete AliMpDDLStore::Instance(false);  
+
+  delete fCalibrationData;  
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -165,41 +206,12 @@ AliMUONReconstructor::Calibrate(AliMUONVDigitStore& digitStore) const
   {
     CreateCalibrator();
   }
-  AliCodeTimerAuto(Form("%s::Calibrate(AliMUONVDigitStore*)",fDigitCalibrator->ClassName()))
-  fDigitCalibrator->Calibrate(digitStore);  
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void
-AliMUONReconstructor::Clusterize(const AliMUONVDigitStore& digitStore,
-                                 AliMUONVClusterStore& clusterStore) const
-{
-  /// Creates clusters from digits.
-
-  TString sopt(GetOption());
-  sopt.ToUpper();
-  if ( sopt.Contains("NOCLUSTERING") ) return;
-  
-  if  (!fClusterReconstructor)
-  {
-    CreateClusterReconstructor();
-  }
-  
-  AliCodeTimerAuto(Form("%s::Digits2Clusters(const AliMUONVDigitStore&,AliMUONVClusterStore&)",
-                        fClusterReconstructor->ClassName()))
-  fClusterReconstructor->Digits2Clusters(digitStore,clusterStore);  
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-AliMUONVClusterStore*
-AliMUONReconstructor::ClusterStore() const
-{
-  /// Return (and create if necessary) the cluster container
-  if (!fClusterStore) 
+    
+  if ( fShouldCalibrate )
   {
-    fClusterStore = new AliMUONClusterStoreV1;
+    AliCodeTimerAuto(Form("%s::Calibrate(AliMUONVDigitStore*)",fDigitCalibrator->ClassName()),0)
+    fDigitCalibrator->Calibrate(digitStore);
   }
-  return fClusterStore;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -210,6 +222,14 @@ AliMUONReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader,
 {
   /// Convert raw data into digit and trigger stores
   CreateDigitMaker();
+
+  // Skip reconstruction if event is Calibration
+  if ( GetRecoParam()->GetEventSpecie() == AliRecoParam::kCalib ) {
+    digitStore->Clear(); // Remove possible digits from previous event
+    triggerStore->Clear(); // Remove possible triggers from previous event
+    AliInfo("Calibration event: do not convert digits");
+    return;
+  }
   
   AliCodeTimerStart(Form("%s::Raw2Digits(AliRawReader*,AliMUONVDigitStore*,AliMUONVTriggerStore*)",
                     fDigitMaker->ClassName()))
@@ -224,6 +244,7 @@ void
 AliMUONReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 {
    /// convert raw data into a digit tree
+  AliCodeTimerAuto("",0)
 
   Bool_t alone = ( TriggerStore() == 0 );
   
@@ -240,22 +261,13 @@ AliMUONReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree)
   else
   {
     ConvertDigits(rawReader,DigitStore(),TriggerStore());
+    AliCodeTimerStart("Fill digits")
     digitsTree->Fill();
+    AliCodeTimerStop("Fill digits")
     DigitStore()->Clear();
   }
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-AliMUONTriggerCrateStore*
-AliMUONReconstructor::CrateManager() const
-{
-  /// Return (and create if necessary) the trigger crate store
-  if (fCrateManager) return fCrateManager;
-  fCrateManager = new AliMUONTriggerCrateStore;
-  fCrateManager->ReadFromFile();
-  return fCrateManager;
-}
-
 //_____________________________________________________________________________
 void
 AliMUONReconstructor::CreateDigitMaker() const
@@ -263,9 +275,32 @@ AliMUONReconstructor::CreateDigitMaker() const
   /// Create (and create if necessary) the digit maker
   if (fDigitMaker) return;
 
-  AliCodeTimerAuto("")
+  AliCodeTimerAuto("",0)
+
+  TString option = GetOption();
+  
+  Bool_t enableErrorLogging = kFALSE;
+
+  if (option.Contains("ENABLEERRORLOGGING"))
+  {
+    enableErrorLogging = kTRUE;
+  }
+
+  fDigitMaker = new AliMUONDigitMaker(enableErrorLogging);
+  option.ToUpper();
+
+  // Always make trigger digits
+  // (needed when calculating trigger chamber efficiency)
+  fDigitMaker->SetMakeTriggerDigits(kTRUE);
 
-  fDigitMaker = new AliMUONDigitMaker;
+  if ( GetRecoParam()->TryRecover() )
+  {
+    fDigitMaker->SetTryRecover(kTRUE);
+  }
+  else
+  {
+    fDigitMaker->SetTryRecover(kFALSE);    
+  }
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -275,23 +310,24 @@ AliMUONReconstructor::CreateTriggerCircuit() const
   /// Return (and create if necessary) the trigger circuit object
   if (fTriggerCircuit) return;
 
-  AliCodeTimerAuto("")
+  AliCodeTimerAuto("",0)
 
   fTriggerCircuit = new AliMUONTriggerCircuit(fTransformer);
 
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void
-AliMUONReconstructor::CreateTriggerChamberEff() const
+void 
+AliMUONReconstructor::CreateTriggerUtilities() const
 {
-  /// Create (and create if necessary) the trigger chamber efficiency class
-  if (fTrigChamberEff) return;
-
-  AliCodeTimerAuto("")
-
-  fTrigChamberEff = new AliMUONTriggerChamberEff(fTransformer,fDigitMaker,kTRUE);
-  //fTrigChamberEff->SetDebugLevel(1);
+  /// Return (and create if necessary) the trigger utilities object
+  if ( fTriggerUtilities ) return;
+  
+  AliCodeTimerAuto("",0)
+  
+  if ( ! fCalibrationData ) CreateCalibrationData();
+  
+  fTriggerUtilities = new AliMUONTriggerUtilities(fCalibrationData);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -299,31 +335,64 @@ AliTracker*
 AliMUONReconstructor::CreateTracker() const
 {
   /// Create the MUONTracker object
-  /// The MUONTracker is passed the GetOption(), i.e. our own options
   
   CreateTriggerCircuit();
-  CreateDigitMaker();
-  CreateTriggerChamberEff();
+  CreateTriggerUtilities();
+  
+  const AliMUONRecoParam* rp = GetRecoParam();
+  
+  Int_t es = rp->GetEventSpecie();
+  
+  AliTracker* tracker = static_cast<AliTracker*>(fTrackers.At(es));
+  
+  if (!tracker ) 
+  {
+    if ( ! rp->CombineClusterTrackReco() )
+    {
+      tracker = new AliMUONTracker(rp,
+                                   0x0,
+                                   *DigitStore(),
+                                   fTransformer,
+                                   fTriggerCircuit,
+                                   fTriggerUtilities);
+
+      AliInfo(Form("Created tracker %p for recoparam of type %s es=%d",
+                   tracker,
+                   AliRecoParam::GetEventSpecieName(AliRecoParam::Convert(rp->GetEventSpecie())),es));
+    }
+    else
+    {
+      
+      tracker = new AliMUONTracker(rp,
+                                   CreateClusterServer(*rp),
+                                   *DigitStore(),
+                                   fTransformer,
+                                   fTriggerCircuit,
+                                   fTriggerUtilities);
+
+      AliInfo(Form("Created (combined) tracker %p for recoparam of type %s es=%d",
+                   tracker,
+                   AliRecoParam::GetEventSpecieName(AliRecoParam::Convert(rp->GetEventSpecie())),es));      
+    }
+    
+    fTrackers.AddAtAndExpand(tracker,es);
+  }
   
-  AliMUONTracker* tracker = new AliMUONTracker(fDigitMaker,fTransformer,fTriggerCircuit,fTrigChamberEff);
-  tracker->SetOption(GetOption());
   
   return tracker;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void
-AliMUONReconstructor::CreateClusterReconstructor() const
+AliMUONVClusterFinder*
+AliMUONReconstructor::CreateClusterFinder(const char* clusterFinderType)
 {
-  /// Create cluster reconstructor, depending on GetOption()
+  /// Create a given cluster finder instance
   
-  AliCodeTimerAuto("")
+  AliCodeTimerAutoGeneral("",0)
 
-  AliDebug(1,"");
-  
   AliMUONVClusterFinder* clusterFinder(0x0);
   
-  TString opt(GetOption());
+  TString opt(clusterFinderType);
   opt.ToUpper();
   
   if ( strstr(opt,"PRECLUSTERV2") )
@@ -338,6 +407,14 @@ AliMUONReconstructor::CreateClusterReconstructor() const
   {
     clusterFinder = new AliMUONPreClusterFinder;
   }  
+  else if ( strstr(opt,"PEAKCOG") )
+  {
+    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderPeakCOG(kFALSE,new AliMUONPreClusterFinder);
+  }
+  else if ( strstr(opt,"PEAKFIT") )
+  {
+    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderPeakFit(kFALSE,new AliMUONPreClusterFinder);
+  }
   else if ( strstr(opt,"COG") )
   {
     clusterFinder = new AliMUONClusterFinderCOG(new AliMUONPreClusterFinder);
@@ -366,36 +443,52 @@ AliMUONReconstructor::CreateClusterReconstructor() const
   {
     clusterFinder = new AliMUONClusterFinderMLEM(kFALSE,new AliMUONPreClusterFinder);
   } 
-  else if ( strstr(opt,"AZ") )
-  {
-    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderAZ;
-  }
   else
   {
-    // default is currently AZ
-    clusterFinder = new AliMUONClusterFinderAZ;
+    AliErrorClass(Form("clustering mode \"%s\" does not exist",opt.Data()));
+    return 0x0;
   }
   
-  if ( clusterFinder ) 
+  return clusterFinder;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+AliMUONVClusterServer*
+AliMUONReconstructor::CreateClusterServer(const AliMUONRecoParam& rp) const
+{
+  /// Create cluster server
+  
+  AliCodeTimerAuto("",0);
+  
+  AliMUONVClusterServer* clusterServer = static_cast<AliMUONVClusterServer*>(fClusterServers.At(rp.GetEventSpecie()));
+  
+  if (!clusterServer )
   {
-    AliInfo(Form("Will use %s for clusterizing",clusterFinder->ClassName()));
+    AliMUONVClusterFinder* clusterFinder = CreateClusterFinder(rp.GetClusteringMode());
+    
+    if ( !clusterFinder ) return 0x0;
+    
+    clusterServer = new AliMUONSimpleClusterServer(clusterFinder,*fTransformer);
+
+    AliInfo(Form("Created AliMUONSimpleClusterServer (%p) for specie %d with clustering = %s (following requesting clustering mode %s)",
+                 clusterServer,rp.GetEventSpecie(),clusterFinder->ClassName(),rp.GetClusteringMode()));
+    
+    fClusterServers.AddAtAndExpand(clusterServer,rp.GetEventSpecie());
   }
   
-  fClusterReconstructor = new AliMUONClusterReconstructor(clusterFinder,fTransformer);
+  return clusterServer;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
 void
-AliMUONReconstructor::CreateCalibrator() const
+AliMUONReconstructor::CreateCalibrationData() const
 {
   /// Create the calibrator
   
-  AliCodeTimerAuto("")
+  AliCodeTimerAuto("",0);
   
   Int_t runNumber = AliCDBManager::Instance()->GetRun();
 
-  AliInfo("Calibration will occur.");
-  
   fCalibrationData = new AliMUONCalibrationData(runNumber);
   if ( !fCalibrationData->IsValid() )
   {
@@ -405,24 +498,114 @@ AliMUONReconstructor::CreateCalibrator() const
     return;
   }    
   
-  // Check that we get all the calibrations we'll need
-  if ( !fCalibrationData->Pedestals() ||
-       !fCalibrationData->Gains() ||
-       !fCalibrationData->HV() )
+  // It is now time to check whether we have everything to proceed.
+  // What we need depends on whether both tracker and trigger
+  // are in the readout chain, and what specific "bad channel policy"
+  // we use
+  
+  Bool_t kTracker(kFALSE);
+  Bool_t kTrigger(kFALSE);
+  
+  const AliRunInfo* runInfo = GetRunInfo();
+  if (!runInfo)
+  {
+    AliError("Could not get runinfo ?");
+  }
+  else
   {
-    AliFatal("Could not access all required calibration data");
+    TString detectors(runInfo->GetActiveDetectors());
+    if (detectors.Contains("MUONTRK")) kTracker=kTRUE;
+    if (detectors.Contains("MUONTRG")) kTrigger=kTRUE;
   }
+   
+  AliInfo(Form("Run with MUON TRIGGER : %s and MUON TRACKER : %s",
+               kTrigger ? "YES":"NO" , 
+               kTracker ? "YES":"NO"));
   
+  if ( kTracker ) 
+  {
+    // Check that we get all the calibrations we'll need
+    if ( !fCalibrationData->Pedestals() ||
+        !fCalibrationData->Gains() )
+    {
+      AliFatal(Form("Could not access all required calibration data (PED %p GAIN %p)",
+                    fCalibrationData->Pedestals(),fCalibrationData->Gains()));      
+    }
+    
+    if ( !fCalibrationData->HV() ) 
+    {
+      // Special treatment of HV. We only break if the values
+      // are not there *AND* we cut on them.
+      UInt_t mask = GetRecoParam()->PadGoodnessMask();
+      TString smask(AliMUONPadStatusMaker::AsCondition(mask));
+      if ( smask.Contains("HV") )
+      {
+        AliFatal("Could not access all required calibration data (HV)");      
+      }
+    } 
+  }
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void
+AliMUONReconstructor::CreateCalibrator() const
+{
+  /// Create the calibrator
+
+  AliCodeTimerAuto("",0);
+
+  if ( ! fCalibrationData )
+    CreateCalibrationData();
+
+  AliInfo("Calibration will occur.");
+
   TString opt(GetOption());
   opt.ToUpper();
-  Bool_t statusMap(kTRUE);
   
   if ( strstr(opt,"NOSTATUSMAP") )
   {
-    AliWarning("Disconnecting status map : SHOULD BE USED FOR DEBUG ONLY. NOT FOR PRODUCTION !!!");
-    statusMap = kFALSE; 
+    AliWarning("NOSTATUSMAP is obsolete");
+  }
+
+  Bool_t kTracker(kFALSE);
+    
+  const AliRunInfo* runInfo = GetRunInfo();
+  if (!runInfo)
+  {
+    AliError("Could not get runinfo ?");
+  }
+  else
+  {
+    TString detectors(runInfo->GetActiveDetectors());
+    if (detectors.Contains("MUONTRK")) kTracker=kTRUE;
+  }
+    
+  if ( kTracker )
+  {
+    fDigitCalibrator = new AliMUONDigitCalibrator(*fCalibrationData,GetRecoParam());
+  }
+  else
+  {
+    AliWarning("Apparently running without MCH so will not instantiante the DigitCalibrator nor read MCH OCDB objects...");
+    fShouldCalibrate=kFALSE;
   }
-  fDigitCalibrator = new AliMUONDigitCalibrator(*fCalibrationData,statusMap);
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void
+AliMUONReconstructor::ResponseRemovingChambers(AliMUONVTriggerStore* triggerStore) const
+{
+  /// Update trigger information with informatins obtained after
+  /// re-calculation of trigger response
+  AliCodeTimerAuto("",0);
+
+  if ( ! fCalibrationData )
+    CreateCalibrationData();
+
+  if ( ! fTriggerProcessor )
+    fTriggerProcessor = new AliMUONTriggerElectronics(fCalibrationData);
+
+  fTriggerProcessor->ResponseRemovingChambers(*triggerStore);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -460,42 +643,84 @@ AliMUONReconstructor::DigitStore() const
 //_____________________________________________________________________________
 void
 AliMUONReconstructor::FillTreeR(AliMUONVTriggerStore* triggerStore,
-                                AliMUONVClusterStore* clusterStore,
                                 TTree& clustersTree) const
 {
   /// Write the trigger and cluster information into TreeR
-  
-  AliCodeTimerAuto("")
 
-  AliDebug(1,"");
-  
+  AliCodeTimerAuto("",0)
+
   Bool_t ok(kFALSE);
+  Bool_t alone(kTRUE); // is trigger the only info in TreeR ?
+  
+   const AliMUONRecoParam* rp = GetRecoParam();
+  
+  if ( ! rp->CombineClusterTrackReco() )
+  {
+    alone = kFALSE; // we'll get both tracker and trigger information in TreeR
+  }
+  
   if ( triggerStore ) 
   {
-    Bool_t alone = ( clusterStore ? kFALSE : kTRUE );
+    ResponseRemovingChambers(triggerStore);
     ok = triggerStore->Connect(clustersTree,alone);
     if (!ok)
     {
       AliError("Could not create triggerStore branches in TreeR");
     }
   }
-  
-  if ( clusterStore ) 
+
+  if ( !alone )
   {
-    Bool_t alone = ( triggerStore ? kFALSE : kTRUE );
-    ok = clusterStore->Connect(clustersTree,alone);
-    if (!ok)
+    if (!fClusterStore)
     {
-      AliError("Could not create triggerStore branches in TreeR");
-    }    
+      fClusterStore = new AliMUONClusterStoreV2;
+    }
+    
+    AliMUONVClusterServer* clusterServer = CreateClusterServer(*rp);
+    
+    TIter next(DigitStore()->CreateIterator());
+    clusterServer->UseDigits(next,DigitStore());
+
+    AliMpArea area;
+    
+    AliDebug(1,Form("Doing full clusterization in local reconstruction using %s ",clusterServer->ClassName()));
+    
+    for ( Int_t i = 0; i < AliMpConstants::NofTrackingChambers(); ++i ) 
+    {
+      if (rp->UseChamber(i))
+      {
+        if ( ( i == 6 || i == 7 )  && rp->BypassSt4() ) continue;
+        if ( ( i == 8 || i == 9 )  && rp->BypassSt5() ) continue;
+        
+        clusterServer->Clusterize(i,*fClusterStore,area,rp);
+      }
+    }
+    
+    Bool_t cok = fClusterStore->Connect(clustersTree,alone);
+    
+    if (!cok) AliError("Could not connect clusterStore to clusterTree");
+    
+    AliDebug(1,Form("Number of clusters found = %d",fClusterStore->GetSize()));
+    
+    StdoutToAliDebug(1,fClusterStore->Print());
   }
-  
+         
   if (ok) // at least one type of branches created successfully
   {
     clustersTree.Fill();
   }
+  
+  if (fClusterStore) fClusterStore->Clear();
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+const AliMUONRecoParam* AliMUONReconstructor::GetRecoParam()
+{ 
+  /// Get the recoparam from reconstruction
+  return dynamic_cast<const AliMUONRecoParam*>(AliReconstructor::GetRecoParam(AliReconstruction::GetDetIndex("MUON"))); 
+}
+
+
 //_____________________________________________________________________________
 Bool_t 
 AliMUONReconstructor::HasDigitConversion() const
@@ -529,9 +754,8 @@ AliMUONReconstructor::Reconstruct(AliRawReader* rawReader, TTree* clustersTree)
   }
   
   ConvertDigits(rawReader,DigitStore(),TriggerStore());
-  Clusterize(*(DigitStore()),*(ClusterStore()));
-    
-  FillTreeR(TriggerStore(),ClusterStore(),*clustersTree);
+
+  FillTreeR(TriggerStore(),*clustersTree);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -541,7 +765,7 @@ AliMUONReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
   /// This method is called by AliReconstruction if HasLocalReconstruction()==kTRUE
   /// AND HasDigitConversion()==kTRUE
   
-//  AliCodeTimerAuto("(TTree*,TTree*)")
+  AliCodeTimerAuto("",0)
   
   AliDebug(1,"");
   
@@ -615,14 +839,13 @@ AliMUONReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
     // i.e. w/o going through raw data, this will be the case)
     TIter next(fDigitStore->CreateIterator());
     AliMUONVDigit* digit = static_cast<AliMUONVDigit*>(next());
-    if (!digit->IsCalibrated())
+    if (digit && !digit->IsCalibrated())
     {
       Calibrate(*fDigitStore);
     }
-    Clusterize(*fDigitStore,*(ClusterStore()));
   }
     
-  FillTreeR(fTriggerStore,ClusterStore(),*clustersTree);
+  FillTreeR(fTriggerStore,*clustersTree);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________