]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - PHOS/AliPHOSv1.cxx
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[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSv1.cxx
index b8585002d1dec7be9c9515561736ce66c78182b7..b99e522710377f6031b0aae1b98de7515809c64a 100644 (file)
 
 /* $Id$ */
 
+/* History of cvs commits:
+ *
+ * $Log$
+ * Revision 1.111  2007/07/24 09:41:19  morsch
+ * AliStack included for kKeepBit.
+ *
+ * Revision 1.110  2007/03/10 08:58:52  kharlov
+ * Protection for noCPV geometry
+ *
+ * Revision 1.109  2007/03/01 11:37:37  kharlov
+ * Strip units changed from 8x1 to 8x2 (T.Pocheptsov)
+ *
+ * Revision 1.108  2007/02/02 09:40:50  alibrary
+ * Includes required by ROOT head
+ *
+ * Revision 1.107  2007/02/01 10:34:47  hristov
+ * Removing warnings on Solaris x86
+ *
+ * Revision 1.106  2006/11/14 17:11:15  hristov
+ * Removing inheritances from TAttLine, TAttMarker and AliRndm in AliModule. The copy constructor and assignment operators are moved to the private part of the class and not implemented. The corresponding changes are propagated to the detectors
+ *
+ * Revision 1.105  2006/09/13 07:31:01  kharlov
+ * Effective C++ corrections (T.Pocheptsov)
+ *
+ * Revision 1.104  2005/05/28 14:19:05  schutz
+ * Compilation warnings fixed by T.P.
+ *
+ */
+
 //_________________________________________________________________________
 // Implementation version v1 of PHOS Manager class 
 //---
-// Layout EMC + PPSD has name GPS2:
-// Produces cumulated hits
 //---
 // Layout EMC + CPV  has name IHEP:
 // Produces hits for CPV, cumulated hits
 //---
-// Layout EMC + CPV + PPSD has name GPS:
-// Produces hits for CPV, cumulated hits
 //---
 //*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)
 
 
 // --- ROOT system ---
-
-#include "TBRIK.h"
-#include "TNode.h"
-#include "TRandom.h"
-#include "TTree.h"
-
+#include <TClonesArray.h>
+#include <TParticle.h>
+#include <TVirtualMC.h>
 
 // --- Standard library ---
 
-#include <stdio.h>
-#include <string.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <strstream.h>
 
 // --- AliRoot header files ---
-
-#include "AliPHOSv1.h"
+#include "AliPHOSCPVDigit.h"
+#include "AliPHOSGeometry.h"
 #include "AliPHOSHit.h"
-#include "AliPHOSDigit.h"
-#include "AliPHOSReconstructioner.h"
+#include "AliPHOSv1.h"
 #include "AliRun.h"
-#include "AliConst.h"
 #include "AliMC.h"
+#include "AliStack.h"
+#include "AliPHOSSimParam.h"
 
 ClassImp(AliPHOSv1)
 
 //____________________________________________________________________________
-AliPHOSv1::AliPHOSv1()
+AliPHOSv1::AliPHOSv1() : fCPVDigits("AliPHOSCPVDigit",20)
 {
-  // ctor
-
-  // Create an empty array of AliPHOSCPVModule to satisfy
-  // AliPHOSv1::Streamer when reading root file
-  fReconstructioner  = 0;
-  fTrackSegmentMaker = 0;
-
-  fHits = new TClonesArray("AliPHOSHit",1000) ;
-  //  if ( 0==(fEMCModules=new TClonesArray("AliPHOSCPVModule",0)) ) {
-  //    Error("AliPHOSv1","Can not create array of EMC modules");
-  //    exit(1);
-  //  }
-
-  //  if ( 0==(fCPVModules=new TClonesArray("AliPHOSCPVModule",0)) ) {
-  //    Error("AliPHOSv1","Can not create array of CPV modules");
-  //    exit(1);
-  //  }
-
+  //Def ctor.
 }
 
 //____________________________________________________________________________
 AliPHOSv1::AliPHOSv1(const char *name, const char *title):
-AliPHOSv0(name,title) 
+  AliPHOSv0(name,title), fCPVDigits("AliPHOSCPVDigit",20)
 {
-  // ctor : title is used to identify the layout
-  //        GPS2 = 5 modules (EMC + PPSD)
-  //        IHEP = 5 modules (EMC + CPV )
-  //        MIXT = 4 modules (EMC + CPV ) and 1 module (EMC + PPSD)
   //
   // We store hits :
   //   - fHits (the "normal" one), which retains the hits associated with
@@ -97,651 +92,291 @@ AliPHOSv0(name,title)
   //     (this array is reset after each primary has been tracked).
   //
 
-  fPinElectronicNoise = 0.010 ;
-  fDigitThreshold      = 0.01 ;   // 1 GeV 
-  fDigitizeA= 0. ;             
-  fDigitizeB = 10000000. ;    
 
 
   // We do not want to save in TreeH the raw hits
   // But save the cumulated hits instead (need to create the branch myself)
   // It is put in the Digit Tree because the TreeH is filled after each primary
-  // and the TreeD at the end of the event (branch is set in FinishEvent() ).
+  // and the TreeD at the end of the event (branch is set in FinishEvent() ). 
   
   fHits= new TClonesArray("AliPHOSHit",1000) ;
+//   fCPVDigits("AliPHOSCPVDigit",20);
+  gAlice->GetMCApp()->AddHitList(fHits) ; 
 
   fNhits = 0 ;
 
-  fReconstructioner  = 0;
-  fTrackSegmentMaker = 0;
-
-  fIshunt     =  1 ; // All hits are associated with primary particles
-  
-  // Create array of EMC modules of the size of PHOS modules number
-  
-//  if ( 0==(fEMCModules=new TClonesArray("AliPHOSCPVModule",fGeom->GetNModules())) ) {
-//    Error("AliPHOSv1","Can not create array of EMC modules");
-//    exit(1);
-//  }
-//  TClonesArray &lemcmodule = *fEMCModules;
-//  for (Int_t i=0; i<fGeom->GetNModules(); i++) new(lemcmodule[i]) AliPHOSCPVModule();
-
-  // Create array of CPV modules for the IHEP's version of CPV
-
-//  if ( strcmp(fGeom->GetName(),"IHEP") == 0 || strcmp(fGeom->GetName(),"MIXT") == 0 ) {
-//    // Create array of CPV modules of the size of PHOS modules number
-
-//    if ( 0==(fCPVModules=new TClonesArray("AliPHOSCPVModule",fGeom->GetNCPVModules())) ) {
-//      Error("AliPHOSv1","Can not create array of CPV modules");
-//      exit(1);
-//    }
-//    TClonesArray &lcpvmodule = *fCPVModules;
-//    for (Int_t i=0; i<fGeom->GetNCPVModules(); i++) new(lcpvmodule[i]) AliPHOSCPVModule();
-//  }
-//  else {
-//    // Create an empty array of AliPHOSCPVModule to satisfy
-//    // AliPHOSv1::Streamer when writing root file
-
-//    fCPVModules=new TClonesArray("AliPHOSCPVModule",0);
-
-//  }
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-AliPHOSv1::AliPHOSv1(AliPHOSReconstructioner * Reconstructioner, const char *name, const char *title):
-  AliPHOSv0(name,title)
-{
-  // ctor : title is used to identify the layout
-  //        GPS2 = 5 modules (EMC + PPSD)   
-  // We use 2 arrays of hits :
-  //
-  //   - fHits (the "normal" one), which retains the hits associated with
-  //     the current primary particle being tracked
-  //     (this array is reset after each primary has been tracked).
-  //
-  //   - fTmpHits, which retains all the hits of the current event. It 
-  //     is used for the digitization part.
-
-  fPinElectronicNoise = 0.010 ;
-
-  // We do not want to save in TreeH the raw hits
-  //fHits   = new TClonesArray("AliPHOSHit",100) ;
-
-  fDigits = 0 ;
-  fHits= new TClonesArray("AliPHOSHit",1000) ;
-
-  fNhits = 0 ;
-
-  fIshunt     =  1 ; // All hits are associated with primary particles
-  // gets an instance of the geometry parameters class  
-  fGeom =  AliPHOSGeometry::GetInstance(title, "") ; 
-
-  if (fGeom->IsInitialized() ) 
-    cout << "AliPHOS" << Version() << " : PHOS geometry intialized for " << fGeom->GetName() << endl ;
-  else
-    cout << "AliPHOS" << Version() << " : PHOS geometry initialization failed !" << endl ;   
-
-  // Defining the PHOS Reconstructioner
- fReconstructioner = Reconstructioner ;
-
+  fIshunt     =  2 ; // All hits are associated with primary particles
 }
 
 //____________________________________________________________________________
 AliPHOSv1::~AliPHOSv1()
 {
   // dtor
-
-  if ( fHits) {
+ if ( fHits) {
     fHits->Delete() ; 
     delete fHits ;
     fHits = 0 ; 
-  }
-
-  if ( fSDigits) {
-    fSDigits->Delete() ; 
-    delete fSDigits ;
-    fSDigits = 0 ; 
-  }
-
-  if ( fDigits) {
-    fDigits->Delete() ; 
-    delete fDigits ;
-    fDigits = 0 ; 
-  }
-
-  if ( fEmcRecPoints ) {
-    fEmcRecPoints->Delete() ; 
-    delete fEmcRecPoints ; 
-    fEmcRecPoints = 0 ; 
-  }
-  
-  if ( fPpsdRecPoints ) { 
-    fPpsdRecPoints->Delete() ;
-    delete fPpsdRecPoints ;
-    fPpsdRecPoints = 0 ; 
-  }
-    
-  if ( fTrackSegments ) {
-    fTrackSegments->Delete() ; 
-    delete fTrackSegments ;
-    fTrackSegments = 0 ; 
-  }
-  
+ }
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSv1::AddHit(Int_t shunt, Int_t primary, Int_t tracknumber, Int_t Id, Float_t * hits, Int_t trackpid, TLorentzVector p, Float_t * lpos)
+void AliPHOSv1::AddHit(Int_t shunt, Int_t primary, Int_t Id, Float_t * hits)
 {
   // Add a hit to the hit list.
-  // A PHOS hit is the sum of all hits in a single crystal
-  //   or in a single PPSD gas cell
+  // A PHOS hit is the sum of all hits in a single crystal from one primary and within some time gate
 
   Int_t hitCounter ;
   AliPHOSHit *newHit ;
   AliPHOSHit *curHit ;
   Bool_t deja = kFALSE ;
+  AliPHOSGeometry * geom = GetGeometry() ; 
 
-  newHit = new AliPHOSHit(shunt, primary, tracknumber, Id, hits, trackpid, p, lpos) ;
+  newHit = new AliPHOSHit(shunt, primary, Id, hits) ;
 
   for ( hitCounter = fNhits-1 ; hitCounter >= 0 && !deja ; hitCounter-- ) {
-    curHit = (AliPHOSHit*) (*fHits)[hitCounter] ;
+    curHit = dynamic_cast<AliPHOSHit*>((*fHits)[hitCounter]) ;
+    if(curHit->GetPrimary() != primary) break ; 
+           // We add hits with the same primary, while GEANT treats primaries succesively 
     if( *curHit == *newHit ) {
-      *curHit = *curHit + *newHit ;
+      *curHit + *newHit ;
       deja = kTRUE ;
     }
   }
          
   if ( !deja ) {
     new((*fHits)[fNhits]) AliPHOSHit(*newHit) ;
+    // get the block Id number
+    Int_t relid[4] ;
+    geom->AbsToRelNumbering(Id, relid) ;
+
     fNhits++ ;
   }
-
+  
   delete newHit;
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSv1::Hits2SDigits(){
-  //Collects all hits in the same active volume into digit
-
-  Int_t i ;
-  Int_t j ; 
-  AliPHOSHit   * hit ;
-  AliPHOSDigit * newdigit ;
-  AliPHOSDigit * curdigit ;
-  Bool_t deja = kFALSE ; 
-  
-
-  Int_t itrack ;
-  for (itrack=0; itrack<gAlice->GetNtrack(); itrack++){
-        
-    //=========== Get the Hits Tree for the Primary track itrack
-    gAlice->ResetHits();    
-    gAlice->TreeH()->GetEvent(itrack);
-      
-
-    for ( i = 0 ; i < fHits->GetEntries() ; i++ ) {
-      hit = (AliPHOSHit*)fHits->At(i) ;
-    
-      // Assign primary number only if contribution is significant
-      if( hit->GetEnergy() > fDigitThreshold)
-       newdigit = new AliPHOSDigit( hit->GetPrimary(), hit->GetId(), Digitize( hit->GetEnergy() ) ) ;
-      else
-       newdigit = new AliPHOSDigit( -1               , hit->GetId(), Digitize( hit->GetEnergy() ) ) ;
-      deja =kFALSE ;
-
-      for ( j = 0 ; j < fnSdigits ;  j++) { 
-       curdigit = (AliPHOSDigit*) fSDigits->At(j) ;
-       if ( *curdigit == *newdigit) {
-         *curdigit = *curdigit + *newdigit ; 
-         deja = kTRUE ; 
-       }
-      }
-
-      if ( !deja ) {
-       new((*fSDigits)[fnSdigits]) AliPHOSDigit(* newdigit) ;
-       fnSdigits++ ;  
-      }
-      
-      delete newdigit ;    
-    } 
-
-  } // loop over tracks
-
-  fSDigits->Sort() ;
-
-  fnSdigits = fSDigits->GetEntries() ;
-  fSDigits->Expand(fnSdigits) ;
-
-  for (i = 0 ; i < fnSdigits ; i++) { 
-    AliPHOSDigit * digit = (AliPHOSDigit *) fSDigits->At(i) ; 
-    digit->SetIndexInList(i) ;     
-  }
+void AliPHOSv1::FinishPrimary() 
+{
+  // called at the end of each track (primary) by AliRun
+  // hits are reset for each new track
+  // accumulate the total hit-multiplicity
 
-  gAlice->TreeS()->Fill() ;
-  gAlice->TreeS()->Write(0,TObject::kOverwrite) ;
+}
 
+//____________________________________________________________________________
+void AliPHOSv1::FinishEvent() 
+{
+  // called at the end of each event by AliRun
+  // accumulate the hit-multiplicity and total energy per block 
+  // if the values have been updated check it
+  
+  AliDetector::FinishEvent(); 
 }
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSv1::SDigits2Digits(){
-  //Adds noise to the summable digits and removes everething below thresholds
-  //Note, that sDigits should be SORTED in accordance with abs ID.
+void AliPHOSv1::StepManager(void)
+{
+   // Accumulates hits as long as the track stays in a single crystal or CPV gas Cell
 
+  Int_t          relid[4] ;           // (box, layer, row, column) indices
+  Int_t          absid    ;           // absolute cell ID number
+  Float_t        xyzte[5]={-1000.,-1000.,-1000.,0.,0.}  ; // position wrt MRS, time and energy deposited
+  TLorentzVector pos      ;           // Lorentz vector of the track current position
+  Int_t          copy     ;
 
-  gAlice->TreeS()->GetEvent(0) ;
+  Int_t moduleNumber ;
   
+  static Int_t idPCPQ = -1;
+  if (strstr(fTitle.Data(),"noCPV") == 0) 
+    idPCPQ = gMC->VolId("PCPQ");
 
-  // Noise induced by the PIN diode of the PbWO crystals
-  Int_t iCurSDigit = 0 ;
-  //we assume, that there is al least one EMC digit...
-  if(fSDigits->GetEntries() == 0) {
-    cout << "PHOS::SDigits2Digits>  No SDigits !!! Do not produce Digits " << endl ;
-    return ;
-  }
-
-  Int_t idCurSDigit = ((AliPHOSDigit *)fSDigits->At(0))->GetId() ;
-
-  Int_t absID ;
-  for(absID = 1; absID < fGeom->GetNModules()*fGeom->GetNPhi()*fGeom->GetNZ(); absID++){
-    Float_t noise = gRandom->Gaus(0., fPinElectronicNoise) ; 
-    if(absID < idCurSDigit ){ 
-      if(noise >fDigitThreshold ){
-       new((*fDigits)[fNdigits]) AliPHOSDigit( -1,absID,Digitize(noise) ) ;
-       fNdigits++ ;  
-      }
-    }
-    else{ //add noise and may be remove the true hit
-      Float_t signal = noise + Calibrate(((AliPHOSDigit *)fSDigits->At(iCurSDigit))->GetAmp()) ;
-      if( signal >fDigitThreshold ){
-       AliPHOSDigit * digit = (AliPHOSDigit*) fSDigits->At(iCurSDigit) ;
-       new((*fDigits)[fNdigits]) AliPHOSDigit( *digit ) ;
-       ((AliPHOSDigit *)fDigits->At(fNdigits))->SetAmp(Digitize(signal));
-       fNdigits++ ;  
-      }
-
-      if(iCurSDigit < fSDigits->GetEntries()-1){
-       iCurSDigit++ ;
-       idCurSDigit = ((AliPHOSDigit*)fSDigits->At(iCurSDigit))->GetId() ;
-      }
-      else
-       idCurSDigit = 10000000; //no real hits left    
-    }
-    
-  }  
-
-  //remove PPSD/CPV digits below thresholds
-  Int_t idigit ;
-  for(idigit = iCurSDigit; idigit < fSDigits->GetEntries() ; idigit++){  //loop over CPV/PPSD digits
-    
-    AliPHOSDigit * digit = (AliPHOSDigit *) fSDigits->At(idigit) ; 
-    Float_t ene = Calibrate(digit->GetAmp()) ;
-    
-    Int_t relid[4] ; 
-    fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ; 
-    if ( relid[0] > fGeom->GetNCPVModules() ){ //ppsd
-      if ( ( (relid[1] > 0) && (ene > fPpsdEnergyThreshold)) ||    //PPSD digit
-          ( (relid[1] < 0) && (ene > fCpvEnergyThreshold ) ) )    //CPV digit 
-       new((*fDigits)[fNdigits]) AliPHOSDigit( *digit ) ;
-       fNdigits++ ;
-    }
-  }    
+  if( gMC->CurrentVolID(copy) == idPCPQ &&
+     (gMC->IsTrackEntering() ) &&
+      gMC->TrackCharge() != 0) {      
     
-  fDigits->Compress() ;  
-  
-  fNdigits = fDigits->GetEntries() ;
-  fDigits->Expand(fNdigits) ;
-
-  Int_t i ;
-  for (i = 0 ; i < fNdigits ; i++) { 
-    AliPHOSDigit * digit = (AliPHOSDigit *) fDigits->At(i) ; 
-    digit->SetIndexInList(i) ;     
-  }
+    gMC -> TrackPosition(pos);
 
-  gAlice->TreeD()->Fill() ;
+    Float_t xyzm[3], xyzd[3] ;
+    Int_t i;
+    for (i=0; i<3; i++) xyzm[i] = pos[i];
+    gMC -> Gmtod (xyzm, xyzd, 1);    // transform coordinate from master to daughter system    
 
-  gAlice->TreeD()->Write(0,TObject::kOverwrite) ;
-}
 
-//___________________________________________________________________________
-void AliPHOSv1::MakeBranch(Option_t* opt, char *file)
-{ 
-
-
-  char *cH ; 
-  // Create new branche in the current Root Tree in the digit Tree
-  AliDetector::MakeBranch(opt) ;
-
-
-  cH = strstr(opt,"S");
-  //Create a branch for SDigits
-  if( cH ){
-    char branchname[20];
-    sprintf(branchname,"%s",GetName());  
-    if(fSDigits)
-      fSDigits->Clear();
-    else
-      fSDigits = new TClonesArray("AliPHOSDigit",1000);
-    fnSdigits = 0 ;
-    gAlice->MakeBranchInTree(gAlice->TreeS(),branchname,&fSDigits,fBufferSize,file);  
-  }
-  
-  cH = strstr(opt,"D");
-  //Create a branch for Digits
-  if( cH ){
-    char branchname[20];
-    sprintf(branchname,"%s",GetName());  
-    if(fSDigits)
-      fDigits->Clear();
-    else
-      fDigits = new TClonesArray("AliPHOSDigit",1000);
-    fNdigits = 0 ;
+    Float_t        xyd[3]={0,0,0}   ;   //local position of the entering
+    xyd[0]  = xyzd[0];
+    xyd[1]  =-xyzd[2];
+    xyd[2]  =-xyzd[1];
     
-    gAlice->MakeBranchInTree(gAlice->TreeD(),branchname,&fSDigits,fBufferSize,file);  
-  }
-
-  cH = strstr(opt,"R");
-  //Create a branch for Reconstruction
-  if( cH ){
-    char branchname[20];
-
-    Int_t splitlevel = 0 ; 
+    // Current momentum of the hit's track in the local ref. system
+    TLorentzVector pmom     ;        //momentum of the particle initiated hit
+    gMC -> TrackMomentum(pmom);
+    Float_t pm[3], pd[3];
+    for (i=0; i<3; i++)  
+      pm[i]   = pmom[i];
     
-    fEmcRecPoints->Delete() ; 
-
-    if ( fEmcRecPoints && gAlice->TreeR() ) {
-      sprintf(branchname,"%sEmcRP",GetName()) ;
-      gAlice->TreeR()->Branch(branchname, "TObjArray", &fEmcRecPoints, fBufferSize, splitlevel) ; 
-    }
-
-    fPpsdRecPoints->Delete() ; 
+    gMC -> Gmtod (pm, pd, 2);        // transform 3-momentum from master to daughter system
+    pmom[0] = pd[0];
+    pmom[1] =-pd[1];
+    pmom[2] =-pd[2];
 
-    if ( fPpsdRecPoints && gAlice->TreeR() ) {
-      sprintf(branchname,"%sPpsdRP",GetName()) ;
-      gAlice->TreeR()->Branch(branchname, "TObjArray", &fPpsdRecPoints, fBufferSize, splitlevel) ;
-    }
-
-    fTrackSegments->Delete() ; 
+    // Digitize the current CPV hit:
     
-    if ( fTrackSegments && gAlice->TreeR() ) { 
-      sprintf(branchname,"%sTS",GetName()) ;
-      gAlice->TreeR()->Branch(branchname, &fTrackSegments, fBufferSize) ;
-    }
+    // 1. find pad response and    
+    gMC->CurrentVolOffID(3,moduleNumber);
+    moduleNumber--;
+    
+//     TClonesArray *cpvDigits = new TClonesArray("AliPHOSCPVDigit",0);   // array of digits for current hit
+    CPVDigitize(pmom,xyd,&fCPVDigits);
+      
+    Float_t xmean = 0;
+    Float_t zmean = 0;
+    Float_t qsum  = 0;
+    Int_t   idigit,ndigits;
     
-    fRecParticles->Delete() ; 
+    // 2. go through the current digit list and sum digits in pads
     
-    if ( fRecParticles && gAlice->TreeR() ) { 
-      sprintf(branchname,"%sRP",GetName()) ;
-      gAlice->TreeR()->Branch(branchname, &fRecParticles, fBufferSize) ;
+    ndigits = fCPVDigits.GetEntriesFast();
+    for (idigit=0; idigit<ndigits-1; idigit++) {
+      AliPHOSCPVDigit  *cpvDigit1 = dynamic_cast<AliPHOSCPVDigit*>(fCPVDigits.UncheckedAt(idigit));
+      Float_t x1 = cpvDigit1->GetXpad() ;
+      Float_t z1 = cpvDigit1->GetYpad() ;
+      for (Int_t jdigit=idigit+1; jdigit<ndigits; jdigit++) {
+       AliPHOSCPVDigit  *cpvDigit2 = dynamic_cast<AliPHOSCPVDigit*>(fCPVDigits.UncheckedAt(jdigit));
+       Float_t x2 = cpvDigit2->GetXpad() ;
+       Float_t z2 = cpvDigit2->GetYpad() ;
+       if (x1==x2 && z1==z2) {
+         Float_t qsumpad = cpvDigit1->GetQpad() + cpvDigit2->GetQpad() ;
+         cpvDigit2->SetQpad(qsumpad) ;
+         fCPVDigits.RemoveAt(idigit) ;
+       }
+      }
     }
+    fCPVDigits.Compress() ;
     
-  }
-
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliPHOSv1::Reconstruction(AliPHOSReconstructioner * Reconstructioner)
-{ 
-  // 1. Reinitializes the existing RecPoint, TrackSegment, and RecParticles Lists and 
-  // 2. Creates TreeR with a branch for each list
-  // 3. Steers the reconstruction processes
-  // 4. Saves the 3 lists in TreeR
-  // 5. Write the Tree to File
-  
-  fReconstructioner = Reconstructioner ;
+    // 3. add digits to temporary hit list fTmpHits
     
-  // 1.
-
-  //  gAlice->MakeTree("R") ; 
-  
-  MakeBranch("R") ;
-  
-  // 3.
-
-  fReconstructioner->Make(fDigits, fEmcRecPoints, fPpsdRecPoints, fTrackSegments, fRecParticles);
-
-  printf("Reconstruction: %d %d %d %d\n",
-        fEmcRecPoints->GetEntries(),fPpsdRecPoints->GetEntries(),
-        fTrackSegments->GetEntries(),fRecParticles->GetEntries());
-
-  // 4. Expand or Shrink the arrays to the proper size
-  
-  Int_t size ;
-  
-  size = fEmcRecPoints->GetEntries() ;
-  fEmcRecPoints->Expand(size) ;
-
-  size = fPpsdRecPoints->GetEntries() ;
-  fPpsdRecPoints->Expand(size) ;
-
-  size = fTrackSegments->GetEntries() ;
-  fTrackSegments->Expand(size) ;
-
-  size = fRecParticles->GetEntries() ;
-  fRecParticles->Expand(size) ;
-
-  gAlice->TreeR()->Fill() ;
-  // 5.
-
-  gAlice->TreeR()->Write(0,TObject::kOverwrite) ;
-  // Deleting reconstructed objects
-  ResetReconstruction();
-  
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-void AliPHOSv1::ResetReconstruction() 
-{ 
-  // Deleting reconstructed objects
-
-  if ( fEmcRecPoints  )  fEmcRecPoints ->Delete();
-  if ( fPpsdRecPoints )  fPpsdRecPoints->Delete();
-  if ( fTrackSegments )  fTrackSegments->Delete();
-  if ( fRecParticles  )  fRecParticles ->Delete();
-  
-}
-
-//____________________________________________________________________________
-
-void AliPHOSv1::StepManager(void)
-{
-  // Accumulates hits as long as the track stays in a single crystal or PPSD gas Cell
-
-//    if (gMC->IsTrackEntering())
-//      cout << "Track enters the volume " << gMC->CurrentVolName() << endl;
-//    if (gMC->IsTrackExiting())
-//      cout << "Track leaves the volume " << gMC->CurrentVolName() << endl;
-
-  Int_t          relid[4] ;      // (box, layer, row, column) indices
-  Int_t          absid    ;      // absolute cell ID number
-  Float_t        xyze[4]={0,0,0,0}  ; // position wrt MRS and energy deposited
-  TLorentzVector pos      ;      // Lorentz vector of the track current position
-  TLorentzVector pmom     ;      //momentum of the particle initiated hit
-  Float_t        xyd[3]   ;      //local posiiton of the entering
-  Bool_t         entered = kFALSE    ;  
-  Int_t          copy     ;
-
-  Int_t tracknumber =  gAlice->CurrentTrack() ; 
-  Int_t primary     =  gAlice->GetPrimary( gAlice->CurrentTrack() ); 
-  TString name      =  fGeom->GetName() ; 
-  Int_t trackpid    =  0  ; 
-
-  if( gMC->IsTrackEntering() ){ // create hit with position and momentum of new particle, 
-                                // but may be without energy deposition
+    ndigits = fCPVDigits.GetEntriesFast();
+    for (idigit=0; idigit<ndigits; idigit++) {
+      AliPHOSCPVDigit  *cpvDigit = dynamic_cast<AliPHOSCPVDigit*>(fCPVDigits.UncheckedAt(idigit));
+      relid[0] = moduleNumber + 1 ;                             // CPV (or PHOS) module number
+      relid[1] =-1 ;                                            // means CPV
+      relid[2] = cpvDigit->GetXpad() ;                          // column number of a pad
+      relid[3] = cpvDigit->GetYpad() ;                          // row    number of a pad
+      
+      // get the absolute Id number
+      GetGeometry()->RelToAbsNumbering(relid, absid) ; 
+      
+      // add current digit to the temporary hit list
 
-    // Current position of the hit in the local ref. system
-      gMC -> TrackPosition(pos);
-      Float_t xyzm[3], xyzd[3] ;
-      Int_t i;
-      for (i=0; i<3; i++) xyzm[i] = pos[i];
-      gMC -> Gmtod (xyzm, xyzd, 1);    // transform coordinate from master to daughter system
-      xyd[0]  = xyzd[0];
-      xyd[1]  =-xyzd[1];
-      xyd[2]  =-xyzd[2];
+      xyzte[3] = gMC->TrackTime() ;
+      xyzte[4] = cpvDigit->GetQpad() ;                          // amplitude in a pad
 
+      Int_t primary  =  gAlice->GetMCApp()->GetPrimary( gAlice->GetMCApp()->GetCurrentTrackNumber() ); 
+      AddHit(fIshunt, primary, absid, xyzte);  
       
-      // Current momentum of the hit's track in the local ref. system
-      gMC -> TrackMomentum(pmom);
-      Float_t pm[3], pd[3];
-      for (i=0; i<3; i++) pm[i]   = pmom[i];
-      gMC -> Gmtod (pm, pd, 2);        // transform 3-momentum from master to daughter system
-      pmom[0] = pd[0];
-      pmom[1] =-pd[1];
-      pmom[2] =-pd[2];
-
-      trackpid = gMC->TrackPid();
-      entered = kTRUE ;      // Mark to create hit even withou energy deposition
-
+      if (cpvDigit->GetQpad() > 0.02) {
+       xmean += cpvDigit->GetQpad() * (cpvDigit->GetXpad() + 0.5);
+       zmean += cpvDigit->GetQpad() * (cpvDigit->GetYpad() + 0.5);
+       qsum  += cpvDigit->GetQpad();
+      }
+    }
+    fCPVDigits.Clear();
   }
 
+  static Int_t idPXTL = gMC->VolId("PXTL");  
+  if(gMC->CurrentVolID(copy) == idPXTL ) { //  We are inside a PBWO crystal
 
-  if ( name == "GPS2" || name == "MIXT" ) {            // ======> CPV is a GPS' PPSD
-
-    if( gMC->CurrentVolID(copy) == gMC->VolId("GCEL") ) // We are inside a gas cell 
-    {
-      gMC->TrackPosition(pos) ;
-      xyze[0] = pos[0] ;
-      xyze[1] = pos[1] ;
-      xyze[2] = pos[2] ;
-      xyze[3] = gMC->Edep() ; 
+    gMC->TrackPosition(pos) ;
+    xyzte[0] = pos[0] ;
+    xyzte[1] = pos[1] ;
+    xyzte[2] = pos[2] ;
 
-      if ( (xyze[3] != 0) || entered ) { // there is deposited energy or new particle entering  PPSD
-               gMC->CurrentVolOffID(5, relid[0]) ;  // get the PHOS Module number
-       if ( name == "MIXT" && strcmp(gMC->CurrentVolOffName(5),"PHO1") == 0 ){
-         relid[0] += fGeom->GetNModules() - fGeom->GetNPPSDModules();
+    Float_t lostenergy = gMC->Edep(); 
+    
+    //Put in the TreeK particle entering PHOS and all its parents
+    if ( gMC->IsTrackEntering() ){
+      Float_t xyzd[3] ;
+      gMC -> Gmtod (xyzte, xyzd, 1);    // transform coordinate from master to daughter system    
+      if (xyzd[1] < -GetGeometry()->GetCrystalSize(1)/2.+0.1){   //Entered close to forward surface  
+       Int_t parent = gAlice->GetMCApp()->GetCurrentTrackNumber() ; 
+       TParticle * part = gAlice->GetMCApp()->Particle(parent) ; 
+       Float_t vert[3],vertd[3] ;
+       vert[0]=part->Vx() ;
+       vert[1]=part->Vy() ;
+       vert[2]=part->Vz() ;
+       gMC -> Gmtod (vert, vertd, 1);    // transform coordinate from master to daughter system
+       if(vertd[1]<-GetGeometry()->GetCrystalSize(1)/2.-0.1){ //Particle is created in foront of PHOS 
+                                                              //0.1 to get rid of numerical errors 
+         part->SetBit(kKeepBit);
+         while ( parent != -1 ) {
+           part = gAlice->GetMCApp()->Particle(parent) ; 
+           part->SetBit(kKeepBit);
+           parent = part->GetFirstMother() ; 
+         }
        }
-               gMC->CurrentVolOffID(3, relid[1]) ;  // get the Micromegas Module number 
-      // 1-> fGeom->GetNumberOfModulesPhi() * fGeom->GetNumberOfModulesZ() upper
-      //   > fGeom->GetNumberOfModulesPhi() * fGeom->GetNumberOfModulesZ() lower
-               gMC->CurrentVolOffID(1, relid[2]) ;  // get the row number of the cell
-        gMC->CurrentVolID(relid[3]) ;        // get the column number 
-
-       // get the absolute Id number
-
-               fGeom->RelToAbsNumbering(relid, absid) ; 
-
-       // add current hit to the hit list      
-         AddHit(fIshunt, primary, tracknumber, absid, xyze, trackpid, pmom, xyd);
-
-
-      } // there is deposited energy 
-    } // We are inside the gas of the CPV  
-  } // GPS2 configuration
-
-  if ( name == "IHEP" || name == "MIXT" ) {       // ======> CPV is a IHEP's one
+      }
+    }
+    if ( lostenergy != 0 ) {  // Track is inside the crystal and deposits some energy 
+      xyzte[3] = gMC->TrackTime() ;     
+      
+      gMC->CurrentVolOffID(10, moduleNumber) ; // get the PHOS module number ;
+      
+      Int_t strip ;
+      gMC->CurrentVolOffID(3, strip);
+      Int_t cell ;
+      gMC->CurrentVolOffID(2, cell);
 
-    // Yuri Kharlov, 28 September 2000
+      //Old formula for row is wrong. For example, I have strip 56 (28 for 2 x 8), row must be 1.
+      //But row == 1 + 56 - 56 % 56 == 57 (row == 1 + 28 - 28 % 28 == 29)
+      //Int_t row = 1 + GetGeometry()->GetEMCAGeometry()->GetNStripZ() - strip % (GetGeometry()->GetEMCAGeometry()->GetNStripZ()) ;
+      Int_t row = GetGeometry()->GetEMCAGeometry()->GetNStripZ() - (strip - 1) % (GetGeometry()->GetEMCAGeometry()->GetNStripZ()) ;
+      Int_t col = (Int_t) TMath::Ceil((Double_t) strip/(GetGeometry()->GetEMCAGeometry()->GetNStripZ())) -1 ;
 
-    if( gMC->CurrentVolID(copy) == gMC->VolId("CPVQ") &&
-       entered &&
-       gMC->TrackCharge() != 0) {      
-      
-      // Digitize the current CPV hit:
+      // Absid for 8x2-strips. Looks nice :) 
+      absid = (moduleNumber-1)*GetGeometry()->GetNCristalsInModule() + 
+                   row * 2 + (col*GetGeometry()->GetEMCAGeometry()->GetNCellsXInStrip() + (cell - 1) / 2)*GetGeometry()->GetNZ() - (cell & 1 ? 1 : 0);
 
-      // 1. find pad response and
       
-      Int_t moduleNumber;
-      gMC->CurrentVolOffID(3,moduleNumber);
-      moduleNumber--;
-
+      //Calculates the light yield, the number of photons produced in the
+      //crystal 
+      //There is no dependence of reponce on distance from energy deposition to APD
+      Float_t lightYield = gRandom->Poisson(AliPHOSSimParam::GetInstance()->GetLightFactor() * lostenergy) ;
 
-      TClonesArray *cpvDigits = new TClonesArray("AliPHOSCPVDigit",0);   // array of digits for current hit
-      CPVDigitize(pmom,xyd,moduleNumber,cpvDigits);
+      //Calculates de energy deposited in the crystal  
+      xyzte[4] = AliPHOSSimParam::GetInstance()->GetAPDFactor() * lightYield ;
       
-      Float_t xmean = 0;
-      Float_t zmean = 0;
-      Float_t qsum  = 0;
-      Int_t   idigit,ndigits;
-
-      // 2. go through the current digit list and sum digits in pads
-
-      ndigits = cpvDigits->GetEntriesFast();
-      for (idigit=0; idigit<ndigits-1; idigit++) {
-       AliPHOSCPVDigit  *cpvDigit1 = (AliPHOSCPVDigit*) cpvDigits->UncheckedAt(idigit);
-       Float_t x1 = cpvDigit1->GetXpad() ;
-       Float_t z1 = cpvDigit1->GetYpad() ;
-       for (Int_t jdigit=idigit+1; jdigit<ndigits; jdigit++) {
-         AliPHOSCPVDigit  *cpvDigit2 = (AliPHOSCPVDigit*) cpvDigits->UncheckedAt(jdigit);
-         Float_t x2 = cpvDigit2->GetXpad() ;
-         Float_t z2 = cpvDigit2->GetYpad() ;
-         if (x1==x2 && z1==z2) {
-           Float_t qsum = cpvDigit1->GetQpad() + cpvDigit2->GetQpad() ;
-           cpvDigit2->SetQpad(qsum) ;
-           cpvDigits->RemoveAt(idigit) ;
+      Int_t primary ;
+      if(fIshunt == 2){
+       primary = gAlice->GetMCApp()->GetCurrentTrackNumber() ;
+       TParticle * part = gAlice->GetMCApp()->Particle(primary) ;
+       while ( !part->TestBit(kKeepBit) ) {
+         primary = part->GetFirstMother() ;
+         if(primary == -1){        
+           primary  =  gAlice->GetMCApp()->GetPrimary( gAlice->GetMCApp()->GetCurrentTrackNumber() ); 
+           break ; //there is a possibility that particle passed e.g. thermal isulator and hits a side 
+         //surface of the crystal. In this case it may have no primary at all. 
+         //We can not easily separate this case from the case when this is part of the shower, 
+         //developed in the neighboring crystal.
          }
+         part = gAlice->GetMCApp()->Particle(primary) ;
        }
       }
-      cpvDigits->Compress() ;
-
-      // 3. add digits to temporary hit list fTmpHits
-
-      ndigits = cpvDigits->GetEntriesFast();
-      for (idigit=0; idigit<ndigits; idigit++) {
-       AliPHOSCPVDigit  *cpvDigit = (AliPHOSCPVDigit*) cpvDigits->UncheckedAt(idigit);
-       relid[0] = moduleNumber + 1 ;                             // CPV (or PHOS) module number
-       relid[1] =-1 ;                                            // means CPV
-       relid[2] = cpvDigit->GetXpad() ;                          // column number of a pad
-       relid[3] = cpvDigit->GetYpad() ;                          // row    number of a pad
-       
-       // get the absolute Id number
-       fGeom->RelToAbsNumbering(relid, absid) ; 
-
-       // add current digit to the temporary hit list
-       xyze[0] = 0. ;
-       xyze[1] = 0. ;
-       xyze[2] = 0. ;
-       xyze[3] = cpvDigit->GetQpad() ;                           // amplitude in a pad
-       primary = -1;                                             // No need in primary for CPV
-       AddHit(fIshunt, primary, tracknumber, absid, xyze, trackpid, pmom, xyd);
-
-       if (cpvDigit->GetQpad() > 0.02) {
-         xmean += cpvDigit->GetQpad() * (cpvDigit->GetXpad() + 0.5);
-         zmean += cpvDigit->GetQpad() * (cpvDigit->GetYpad() + 0.5);
-         qsum  += cpvDigit->GetQpad();
-       }
+      else{
+       primary  =  gAlice->GetMCApp()->GetPrimary( gAlice->GetMCApp()->GetCurrentTrackNumber() ); 
       }
-      delete cpvDigits;
-    }
-  } // end of IHEP configuration
-  
-
-  if(gMC->CurrentVolID(copy) == gMC->VolId("PXTL") ) { //  We are inside a PBWO crystal
-    gMC->TrackPosition(pos) ;
-    xyze[0] = pos[0] ;
-    xyze[1] = pos[1] ;
-    xyze[2] = pos[2] ;
-    xyze[3] = gMC->Edep() ;
-
-  
-    if ( (xyze[3] != 0) || entered ) {  // Track is inside the crystal and deposits some energy or just entered 
-
-      gMC->CurrentVolOffID(10, relid[0]) ; // get the PHOS module number ;
-
-      if ( name == "MIXT" && strcmp(gMC->CurrentVolOffName(10),"PHO1") == 0 )
-       relid[0] += fGeom->GetNModules() - fGeom->GetNPPSDModules();      
-
-      relid[1] = 0   ;                    // means PBW04
-      gMC->CurrentVolOffID(4, relid[2]) ; // get the row number inside the module
-      gMC->CurrentVolOffID(3, relid[3]) ; // get the cell number inside the module
       
-      // get the absolute Id number
-      fGeom->RelToAbsNumbering(relid, absid) ; 
-
       // add current hit to the hit list
-       AddHit(fIshunt, primary,tracknumber, absid, xyze, trackpid,pmom, xyd);
-
-
+      // Info("StepManager","%d %d", primary, tracknumber) ; 
+      AddHit(fIshunt, primary, absid, xyzte);
+        
     } // there is deposited energy
   } // we are inside a PHOS Xtal
-
-
+  
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliPHOSv1::CPVDigitize (TLorentzVector p, Float_t *zxhit, Int_t moduleNumber, TClonesArray *cpvDigits)
+void AliPHOSv1::CPVDigitize (TLorentzVector p, Float_t *zxhit, TClonesArray *cpvDigits)
 {
   // ------------------------------------------------------------------------
   // Digitize one CPV hit:
@@ -753,7 +388,7 @@ void AliPHOSv1::CPVDigitize (TLorentzVector p, Float_t *zxhit, Int_t moduleNumbe
   // 2 October 2000
   // ------------------------------------------------------------------------
 
-  const Float_t kCelWr  = fGeom->GetPadSizePhi()/2;  // Distance between wires (2 wires above 1 pad)
+  const Float_t kCelWr  = GetGeometry()->GetPadSizePhi()/2;  // Distance between wires (2 wires above 1 pad)
   const Float_t kDetR   = 0.1;     // Relative energy fluctuation in track for 100 e-
   const Float_t kdEdx   = 4.0;     // Average energy loss in CPV;
   const Int_t   kNgamz  = 5;       // Ionization size in Z
@@ -774,15 +409,13 @@ void AliPHOSv1::CPVDigitize (TLorentzVector p, Float_t *zxhit, Int_t moduleNumbe
   Float_t pNorm = p.Py();
   Float_t eloss = kdEdx;
 
-//    cout << "CPVDigitize: YVK : "<<hitX<<" "<<hitZ<<" | "<<pX<<" "<<pZ<<" "<<pNorm<<endl;
-
-  Float_t dZY   = pZ/pNorm * fGeom->GetCPVGasThickness();
-  Float_t dXY   = pX/pNorm * fGeom->GetCPVGasThickness();
+  Float_t dZY   = pZ/pNorm * GetGeometry()->GetCPVGasThickness();
+  Float_t dXY   = pX/pNorm * GetGeometry()->GetCPVGasThickness();
   gRandom->Rannor(rnor1,rnor2);
   eloss *= (1 + kDetR*rnor1) *
-           TMath::Sqrt((1 + ( pow(dZY,2) + pow(dXY,2) ) / pow(fGeom->GetCPVGasThickness(),2)));
-  Float_t zhit1 = hitZ + fGeom->GetCPVActiveSize(1)/2 - dZY/2;
-  Float_t xhit1 = hitX + fGeom->GetCPVActiveSize(0)/2 - dXY/2;
+           TMath::Sqrt((1 + ( pow(dZY,2) + pow(dXY,2) ) / pow(GetGeometry()->GetCPVGasThickness(),2)));
+  Float_t zhit1 = hitZ + GetGeometry()->GetCPVActiveSize(1)/2 - dZY/2;
+  Float_t xhit1 = hitX + GetGeometry()->GetCPVActiveSize(0)/2 - dXY/2;
   Float_t zhit2 = zhit1 + dZY;
   Float_t xhit2 = xhit1 + dXY;
 
@@ -842,20 +475,20 @@ void AliPHOSv1::CPVDigitize (TLorentzVector p, Float_t *zxhit, Int_t moduleNumbe
 
   // Finite size of ionization region
 
-  Int_t nCellZ  = fGeom->GetNumberOfCPVPadsZ();
-  Int_t nCellX  = fGeom->GetNumberOfCPVPadsPhi();
+  Int_t nCellZ  = GetGeometry()->GetNumberOfCPVPadsZ();
+  Int_t nCellX  = GetGeometry()->GetNumberOfCPVPadsPhi();
   Int_t nz3     = (kNgamz+1)/2;
   Int_t nx3     = (kNgamx+1)/2;
   cpvDigits->Expand(nIter*kNgamx*kNgamz);
-  TClonesArray &ldigits = *(TClonesArray *)cpvDigits;
+  TClonesArray &ldigits = *(static_cast<TClonesArray *>(cpvDigits));
 
   for (Int_t iter=0; iter<nIter; iter++) {
 
     Float_t zhit = zxe[0][iter];
     Float_t xhit = zxe[1][iter];
     Float_t qhit = zxe[2][iter];
-    Float_t zcell = zhit / fGeom->GetPadSizeZ();
-    Float_t xcell = xhit / fGeom->GetPadSizePhi();
+    Float_t zcell = zhit / GetGeometry()->GetPadSizeZ();
+    Float_t xcell = xhit / GetGeometry()->GetPadSizePhi();
     if ( zcell<=0      || xcell<=0 ||
         zcell>=nCellZ || xcell>=nCellX) return;
     Int_t izcell = (Int_t) zcell;
@@ -892,10 +525,10 @@ Float_t AliPHOSv1::CPVPadResponseFunction(Float_t qhit, Float_t zhit, Float_t xh
   // 3 October 2000
   // ------------------------------------------------------------------------
 
-  Double_t dz = fGeom->GetPadSizeZ()   / 2;
-  Double_t dx = fGeom->GetPadSizePhi() / 2;
-  Double_t z  = zhit * fGeom->GetPadSizeZ();
-  Double_t x  = xhit * fGeom->GetPadSizePhi();
+  Double_t dz = GetGeometry()->GetPadSizeZ()   / 2;
+  Double_t dx = GetGeometry()->GetPadSizePhi() / 2;
+  Double_t z  = zhit * GetGeometry()->GetPadSizeZ();
+  Double_t x  = xhit * GetGeometry()->GetPadSizePhi();
   Double_t amplitude = qhit *
     (CPVCumulPadResponse(z+dz,x+dx) - CPVCumulPadResponse(z+dz,x-dx) -
      CPVCumulPadResponse(z-dz,x+dx) + CPVCumulPadResponse(z-dz,x-dx));