]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliMC.cxx
Added some extra CF plots and changed binning for a few histograms (kathrin) anddded...
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliMC.cxx
index a3ed600b345d3910c0a0590d59a7d5205aaf0970..0cca364f14b10177f629b5bb3dc9db985b99752f 100644 (file)
 //         Federico.Carminati@cern.ch
 
 #include <RVersion.h>
-#include <TBrowser.h>
+#include <TArrayI.h>
+#include <TClonesArray.h>
+#include <TFile.h>
+#include <TGeoGlobalMagField.h>
+#include <TGeoManager.h>
+#include <TParticle.h>
+#include <TROOT.h>
 #include <TStopwatch.h>
 #include <TSystem.h>
 #include <TVirtualMC.h>
-#include <TGeoManager.h>
-#include "TGeant3.h" 
-
-#include "AliLog.h"
+#include "AliCDBEntry.h"
+#include "AliCDBManager.h"
+#include "AliCDBStorage.h"
 #include "AliDetector.h"
 #include "AliGenerator.h"
+#include "AliGeomManager.h"
 #include "AliHeader.h"
+#include "AliHit.h"
 #include "AliLego.h"
+#include "AliLog.h"
 #include "AliMC.h"
-#include "AliMCQA.h"
+#include "AliMagF.h"
 #include "AliRun.h"
+#include "AliSimulation.h"
 #include "AliStack.h"
-#include "AliMagF.h"
 #include "AliTrackReference.h"
 
-
 ClassImp(AliMC)
 
 //_______________________________________________________________________
@@ -53,13 +61,15 @@ AliMC::AliMC() :
   fTrRmax(1.e10),
   fTrZmax(1.e10),
   fRDecayMax(1.e10),
-  fRDecayMin(0),
+  fRDecayMin(-1.),
   fDecayPdg(0),
   fImedia(0),
   fTransParName("\0"),
-  fMCQA(0),
   fHitLists(0),
-  fTrackReferences(0)
+  fTmpTreeTR(0),
+  fTmpFileTR(0),
+  fTrackReferences(),
+  fTmpTrackReferences()
 
 {
   //default constructor
@@ -76,13 +86,15 @@ AliMC::AliMC(const char *name, const char *title) :
   fTrRmax(1.e10),
   fTrZmax(1.e10),
   fRDecayMax(1.e10),
-  fRDecayMin(0),
+  fRDecayMin(-1.),
   fDecayPdg(0),
   fImedia(new TArrayI(1000)),
   fTransParName("\0"),
-  fMCQA(0),
   fHitLists(new TList()),
-  fTrackReferences(new TClonesArray("AliTrackReference", 100))
+  fTmpTreeTR(0),
+  fTmpFileTR(0),
+  fTrackReferences("AliTrackReference", 100),
+  fTmpTrackReferences("AliTrackReference", 100)
 {
   //constructor
   // Set transport parameters
@@ -92,52 +104,14 @@ AliMC::AliMC(const char *name, const char *title) :
   for(Int_t i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 }
 
-//_______________________________________________________________________
-AliMC::AliMC(const AliMC &mc) :
-  TVirtualMCApplication(mc),
-  fGenerator(0),
-  fEventEnergy(0),
-  fSummEnergy(0),
-  fSum2Energy(0),
-  fTrRmax(1.e10),
-  fTrZmax(1.e10),
-  fRDecayMax(1.e10),
-  fRDecayMin(0),
-  fDecayPdg(0),
-  fImedia(0),
-  fTransParName("\0"),
-  fMCQA(0),
-  fHitLists(0),
-  fTrackReferences(0)
-{
-  //
-  // Copy constructor for AliMC
-  //
-  mc.Copy(*this);
-}
-
 //_______________________________________________________________________
 AliMC::~AliMC()
 {
   //destructor
   delete fGenerator;
   delete fImedia;
-  delete fMCQA;
   delete fHitLists;
   // Delete track references
-  if (fTrackReferences) {
-    fTrackReferences->Delete();
-    delete fTrackReferences;
-    fTrackReferences     = 0;
-  }
-
-}
-
-//_______________________________________________________________________
-void AliMC::Copy(TObject &) const
-{
-  //dummy Copy function
-  AliFatal("Not implemented!");
 }
 
 //_______________________________________________________________________
@@ -150,20 +124,29 @@ void  AliMC::ConstructGeometry()
   // at InitGeometry().
   //
 
-  if(gAlice->IsRootGeometry()){
-    // Load geometry 
-    const char *geomfilename = gAlice->GetGeometryFileName();
-    if(gSystem->ExpandPathName(geomfilename)){
-      AliInfo(Form("Loading geometry from file:\n %40s\n\n",geomfilename));
-      TGeoManager::Import(geomfilename);
+  if(gAlice->IsRootGeometry()){ //load geometry either from CDB or from file
+    if(gAlice->IsGeomFromCDB()){
+      AliInfo("Loading geometry from CDB default storage");
+      AliCDBPath path("GRP","Geometry","Data");
+      AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
+      if(!entry) AliFatal("Unable to load geometry from CDB!");
+      entry->SetOwner(0);
+      gGeoManager = (TGeoManager*) entry->GetObject();
+      if (!gGeoManager) AliFatal("TGeoManager object not found in the specified CDB entry!");
     }else{
-      AliInfo(Form("Geometry file %40s not found!\n",geomfilename));
-      return;
+      // Load geometry
+      const char *geomfilename = gAlice->GetGeometryFileName();
+      if(gSystem->ExpandPathName(geomfilename)){
+       AliInfo(Form("Loading geometry from file:\n %40s",geomfilename));
+       TGeoManager::Import(geomfilename);
+      }else{
+       AliInfo(Form("Geometry file %40s not found!\n",geomfilename));
+       return;
+      }
     }
-
   }else{
-
     // Create modules, materials, geometry
+    if (!gGeoManager) new TGeoManager("ALICE", "ALICE geometry");
     TStopwatch stw;
     TIter next(gAlice->Modules());
     AliModule *detector;
@@ -176,32 +159,79 @@ void  AliMC::ConstructGeometry()
       AliInfo(Form("%10s R:%.2fs C:%.2fs",
                   detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime()));
     }
-
   }
   
 }
 
+//_______________________________________________________________________
+Bool_t  AliMC::MisalignGeometry() 
+{
+// Call misalignment code if AliSimulation object was defined.
+
+   if(!gAlice->IsRootGeometry()){
+     //Set alignable volumes for the whole geometry
+     SetAllAlignableVolumes();
+   }
+   // Misalign geometry via AliSimulation instance
+   if (!AliSimulation::Instance()) return kFALSE;
+   AliGeomManager::SetGeometry(gGeoManager);
+   if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT("ALL"))
+    AliFatal("Current loaded geometry differs in the definition of symbolic names!");
+
+   return AliSimulation::Instance()->MisalignGeometry(AliRunLoader::Instance());
+}   
+
+//_______________________________________________________________________
+void  AliMC::ConstructOpGeometry() 
+{
+  //
+  // Loop all detector modules and call DefineOpticalProperties() method 
+  //
+
+  TIter next(gAlice->Modules());
+  AliModule *detector;
+  AliInfo("Optical properties definition");
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+    // Initialise detector geometry
+    if(gAlice->IsRootGeometry()) detector->CreateMaterials();
+    // Initialise detector optical properties
+    detector->DefineOpticalProperties();
+  }  
+}
+
 //_______________________________________________________________________
 void  AliMC::InitGeometry()
 { 
   //
-  // Initialize detectors and display geometry
+  // Initialize detectors
   //
 
-   AliInfo("Initialisation:");
-    TStopwatch stw;
-    TIter next(gAlice->Modules());
-    AliModule *detector;
-    while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
-      stw.Start();
-      // Initialise detector and display geometry
-      if (gAlice->IsRootGeometry()) detector->CreateMaterials();
-      detector->Init();
-      detector->BuildGeometry();
-      AliInfo(Form("%10s R:%.2fs C:%.2fs",
-                  detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime()));
-    }
+  AliInfo("Initialisation:");
+  TStopwatch stw;
+  TIter next(gAlice->Modules());
+  AliModule *detector;
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+    stw.Start();
+    detector->Init();
+    AliInfo(Form("%10s R:%.2fs C:%.2fs",
+                detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime()));
+  }
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void  AliMC::SetAllAlignableVolumes()
+{ 
+  //
+  // Add alignable volumes (TGeoPNEntries) looping on all
+  // active modules
+  //
+
+  AliInfo(Form("Setting entries for all alignable volumes of active detectors"));
+  AliModule *detector;
+  TIter next(gAlice->Modules());
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+    detector->AddAlignableVolumes();
+  }
 }
 
 //_______________________________________________________________________
@@ -229,13 +259,16 @@ void AliMC::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
   //
   // Load the event generator
   //
-  if(fGenerator)
-    if(generator)
+  if(fGenerator) {
+    if(generator) {
       AliWarning(Form("Replacing generator %s with %s",
-                     fGenerator->GetName(),generator->GetName()))
-    else
+                     fGenerator->GetName(),generator->GetName()));
+    }
+    else {
       AliWarning(Form("Replacing generator %s with NULL",
                      fGenerator->GetName()));
+    }
+  }
   fGenerator = generator;
 }
 
@@ -261,21 +294,19 @@ void AliMC::BeginPrimary()
   // Reset Hits info
   ResetHits();
   ResetTrackReferences();
-
 }
 
 //_______________________________________________________________________
 void AliMC::PreTrack()
 {
   // Actions before the track's transport
+
      TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
      AliModule *module;
 
      for(Int_t i=0; i<=gAlice->GetNdets(); i++)
        if((module = dynamic_cast<AliModule*>(dets[i])))
         module->PreTrack();
-
-     fMCQA->PreTrack();
 }
 
 //_______________________________________________________________________
@@ -284,14 +315,13 @@ void AliMC::Stepping()
   //
   // Called at every step during transport
   //
-    
-  Int_t id = DetFromMate(gMC->GetMedium());
+  Int_t id = DetFromMate(gMC->CurrentMedium());
   if (id < 0) return;
 
 
   if ( gMC->IsNewTrack()            && 
        gMC->TrackTime() == 0.       &&
-       fRDecayMin > 0.              &&  
+       fRDecayMin >= 0.             &&  
        fRDecayMax > fRDecayMin      &&
        gMC->TrackPid() == fDecayPdg ) 
   {
@@ -302,22 +332,25 @@ void AliMC::Stepping()
   
   //
   // --- If lego option, do it and leave 
-  if (gAlice->Lego())
-    gAlice->Lego()->StepManager();
+  if (AliSimulation::Instance()->Lego())
+    AliSimulation::Instance()->Lego()->StepManager();
   else {
     Int_t copy;
     //Update energy deposition tables
     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
     //
     // write tracke reference for track which is dissapearing - MI
-//     if (gMC->IsTrackDisappeared()) {      
-//     if (gMC->Etot()>0.05) AddTrackReference(GetCurrentTrackNumber());
-//     }
-  
+
+    if (gMC->IsTrackDisappeared() && !(gMC->IsTrackAlive())) {      
+       if (gMC->Etot() > 0.05) AddTrackReference(GetCurrentTrackNumber(), 
+                                               AliTrackReference::kDisappeared);
+       
+
+    }
+
     //Call the appropriate stepping routine;
     AliModule *det = dynamic_cast<AliModule*>(gAlice->Modules()->At(id));
     if(det && det->StepManagerIsEnabled()) {
-      fMCQA->StepManager(id);
       det->StepManager();
     }
   }
@@ -326,7 +359,7 @@ void AliMC::Stepping()
 //_______________________________________________________________________
 void AliMC::EnergySummary()
 {
-  //
+  //e
   // Print summary of deposited energy
   //
 
@@ -335,7 +368,7 @@ void AliMC::EnergySummary()
   Float_t ed, ed2;
   Int_t kn, i, left, j, id;
   const Float_t kzero=0;
-  Int_t ievent=gAlice->GetRunLoader()->GetHeader()->GetEvent()+1;
+  Int_t ievent=AliRunLoader::Instance()->GetHeader()->GetEvent()+1;
   //
   // Energy loss information
   if(ievent) {
@@ -403,7 +436,7 @@ void AliMC::BeginEvent()
   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
     
-    AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
+  AliRunLoader *runloader=AliRunLoader::Instance();
 
   /*******************************/    
   /*   Clean after eventual      */
@@ -420,18 +453,19 @@ void AliMC::BeginEvent()
     // Clean detector information
   
   if (runloader->Stack())
-    runloader->Stack()->Reset();//clean stack -> tree is unloaded
+      runloader->Stack()->Reset();//clean stack -> tree is unloaded
   else
-    runloader->MakeStack();//or make a new one
+      runloader->MakeStack();//or make a new one
+  
+  
+  if(AliSimulation::Instance()->Lego() == 0x0)
+  { 
+      AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTree(K)");
+      runloader->MakeTree("K");
+  }
   
-  if(gAlice->Lego() == 0x0)
-   { 
-     AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTree(K)");
-     runloader->MakeTree("K");
-   }
-   
   AliDebug(1, "gMC->SetStack(fRunLoader->Stack())");
-  gMC->SetStack(gAlice->GetRunLoader()->Stack());//Was in InitMC - but was moved here 
+  gMC->SetStack(runloader->Stack());//Was in InitMC - but was moved here 
                                      //because we don't have guarantee that 
                                      //stack pointer is not going to change from event to event
                         //since it bellobgs to header and is obtained via RunLoader
@@ -439,15 +473,15 @@ void AliMC::BeginEvent()
   //  Reset all Detectors & kinematics & make/reset trees
   //
     
-  runloader->GetHeader()->Reset(gAlice->GetRunNumber(),gAlice->GetEvNumber(),
-    gAlice->GetEventNrInRun());
+  runloader->GetHeader()->Reset(AliCDBManager::Instance()->GetRun(),gAlice->GetEvNumber(),
+                               gAlice->GetEventNrInRun());
 //  fRunLoader->WriteKinematics("OVERWRITE");  is there any reason to rewrite here since MakeTree does so
 
-  if(gAlice->Lego()) 
-   {
-    gAlice->Lego()->BeginEvent();
-    return;
-   }
+  if(AliSimulation::Instance()->Lego()) 
+  {
+      AliSimulation::Instance()->Lego()->BeginEvent();
+      return;
+  }
   
 
   AliDebug(1, "ResetHits()");
@@ -456,32 +490,17 @@ void AliMC::BeginEvent()
   AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTree(H)");
   runloader->MakeTree("H");
   
-  AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTrackRefsContainer()");
-  runloader->MakeTrackRefsContainer();//for insurance
 
 
+  MakeTmpTrackRefsTree();
   //create new branches and SetAdresses
   TIter next(gAlice->Modules());
   AliModule *detector;
   while((detector = (AliModule*)next()))
    {
-    AliDebug(2, Form("%s->MakeBranch(H)",detector->GetName()));
-    detector->MakeBranch("H"); 
-    AliDebug(2, Form("%s->MakeBranchTR()",detector->GetName()));
-    detector->MakeBranchTR();
-    AliDebug(2, Form("%s->SetTreeAddress()",detector->GetName()));
-    detector->SetTreeAddress();
+       AliDebug(2, Form("%s->MakeBranch(H)",detector->GetName()));
+       detector->MakeBranch("H"); 
    }
-  // make branch for AliRun track References
-  TTree * treeTR = runloader->TreeTR();
-  if (treeTR){
-    // make branch for central track references
-    if (!fTrackReferences) fTrackReferences = new TClonesArray("AliTrackReference",0);
-    TBranch *branch;
-    branch = treeTR->Branch("AliRun",&fTrackReferences);
-    branch->SetAddress(&fTrackReferences);
-  }
-  //
 }
 
 //_______________________________________________________________________
@@ -497,10 +516,37 @@ void AliMC::ResetHits()
   }
 }
 
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::ResetDigits()
+{
+  //
+  //  Reset all Detectors digits
+  //
+  TIter next(gAlice->Modules());
+  AliModule *detector;
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+     detector->ResetDigits();
+  }
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::ResetSDigits()
+{
+  //
+  //  Reset all Detectors digits
+  //
+  TIter next(gAlice->Modules());
+  AliModule *detector;
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+     detector->ResetSDigits();
+  }
+}
+
 //_______________________________________________________________________
 void AliMC::PostTrack()
 {
   // Posts tracks for each module
+
   TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
   AliModule *module;
   
@@ -515,15 +561,17 @@ void AliMC::FinishPrimary()
   //
   // Called  at the end of each primary track
   //
-  AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
+
+  AliRunLoader *runloader=AliRunLoader::Instance();
   //  static Int_t count=0;
   //  const Int_t times=10;
   // This primary is finished, purify stack
 #if ROOT_VERSION_CODE > 262152
-  if (!(gMC->SecondariesAreOrdered()))
-       runloader->Stack()->ReorderKine();
+  if (!(gMC->SecondariesAreOrdered())) {
+      if (runloader->Stack()->ReorderKine()) RemapHits();
+  }
 #endif
-  runloader->Stack()->PurifyKine();
+  if (runloader->Stack()->PurifyKine()) RemapHits();
   
   TIter next(gAlice->Modules());
   AliModule *detector;
@@ -538,7 +586,42 @@ void AliMC::FinishPrimary()
   }
 
   // Write out track references if any
-  if (runloader->TreeTR()) runloader->TreeTR()->Fill();
+  if (fTmpTreeTR) fTmpTreeTR->Fill();
+}
+
+void AliMC::RemapHits()
+{
+//    
+// Remaps the track labels of the hits
+    AliRunLoader *runloader=AliRunLoader::Instance();
+    AliStack* stack = runloader->Stack();
+    TList* hitLists = GetHitLists();
+    TIter next(hitLists);
+    TCollection *hitList;
+    
+    while((hitList = dynamic_cast<TCollection*>(next()))) {
+       TIter nexthit(hitList);
+       AliHit *hit;
+       while((hit = dynamic_cast<AliHit*>(nexthit()))) {
+           hit->SetTrack(stack->TrackLabel(hit->GetTrack()));
+       }
+    }
+    
+    // 
+    // This for detectors which have a special mapping mechanism
+    // for hits, such as TPC and TRD
+    //
+
+    
+    TObjArray* modules = gAlice->Modules();
+    TIter nextmod(modules);
+    AliModule *module;
+    while((module = (AliModule*) nextmod())) {
+       AliDetector* det = dynamic_cast<AliDetector*> (module);
+       if (det) det->RemapTrackHitIDs(stack->TrackLabelMap());
+    }
+    //
+    RemapTrackReferencesIDs(stack->TrackLabelMap());
 }
 
 //_______________________________________________________________________
@@ -547,9 +630,8 @@ void AliMC::FinishEvent()
   //
   // Called at the end of the event.
   //
-  
-  //
-  if(gAlice->Lego()) gAlice->Lego()->FinishEvent();
+    
+  if(AliSimulation::Instance()->Lego()) AliSimulation::Instance()->Lego()->FinishEvent();
 
   TIter next(gAlice->Modules());
   AliModule *detector;
@@ -565,7 +647,7 @@ void AliMC::FinishEvent()
     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
    }
 
-  AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
+  AliRunLoader *runloader=AliRunLoader::Instance();
 
   AliHeader* header = runloader->GetHeader();
   AliStack* stack = runloader->Stack();
@@ -578,9 +660,11 @@ void AliMC::FinishEvent()
   header->SetNprimary(stack->GetNprimary());
   header->SetNtrack(stack->GetNtrack());  
 
-  
   // Write out the kinematics
-  stack->FinishEvent();
+  if (!AliSimulation::Instance()->Lego()) stack->FinishEvent();
+
+  // Synchronize the TreeTR with TreeK
+  if (fTmpTreeTR) ReorderAndExpandTreeTR();
    
   // Write out the event Header information
   TTree* treeE = runloader->TreeE();
@@ -594,7 +678,7 @@ void AliMC::FinishEvent()
     AliError("Can not get TreeE from RL");
    }
   
-  if(gAlice->Lego() == 0x0)
+  if(AliSimulation::Instance()->Lego() == 0x0)
    {
      runloader->WriteKinematics("OVERWRITE");
      runloader->WriteTrackRefs("OVERWRITE");
@@ -610,13 +694,6 @@ void AliMC::FinishEvent()
   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 }
 
-//_______________________________________________________________________
-void AliMC::Field(const Double_t* x, Double_t* b) const
-{
-  // Calculates field "b" at point "x"
-    gAlice->Field(x,b);
-}
-    
 //_______________________________________________________________________
 void AliMC::Init()
 {
@@ -624,6 +701,10 @@ void AliMC::Init()
 
    //=================Create Materials and geometry
    gMC->Init();
+  // Set alignable volumes for the whole geometry (with old root)
+#if ROOT_VERSION_CODE < 331527
+  SetAllAlignableVolumes();
+#endif
    //Read the cuts for all materials
    ReadTransPar();
    //Build the special IMEDIA table
@@ -632,17 +713,11 @@ void AliMC::Init()
    //Compute cross-sections
    gMC->BuildPhysics();
    
-   //Write Geometry object to current file.
-   gAlice->GetRunLoader()->WriteGeometry();
-
    //Initialise geometry deposition table
    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 
-   //
-   fMCQA = new AliMCQA(gAlice->GetNdets());
-
    // Register MC in configuration 
    AliConfig::Instance()->Add(gMC);
 
@@ -818,19 +893,6 @@ void AliMC::SetTransPar(const char *filename)
   fTransParName = filename;
 }
 
-//_______________________________________________________________________
-void AliMC::Browse(TBrowser *b)
-{
-  //
-  // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
-  // of the Root browser.
-  // It displays the Root Trees and all detectors.
-  //
-  //detectors are in folders anyway
-  b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
-}
-
-//PH
 //_______________________________________________________________________
 void AliMC::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 {
@@ -856,7 +918,7 @@ Int_t AliMC::GetCurrentTrackNumber() const {
   //
   // Returns current track
   //
-  return gAlice->GetRunLoader()->Stack()->GetCurrentTrackNumber();
+  return AliRunLoader::Instance()->Stack()->GetCurrentTrackNumber();
 }
 
 //_______________________________________________________________________
@@ -865,7 +927,7 @@ void AliMC::DumpPart (Int_t i) const
   //
   // Dumps particle i in the stack
   //
-  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
    if (runloader->Stack())
     runloader->Stack()->DumpPart(i);
 }
@@ -876,7 +938,7 @@ void AliMC::DumpPStack () const
   //
   // Dumps the particle stack
   //
-  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
    if (runloader->Stack())
     runloader->Stack()->DumpPStack();
 }
@@ -887,7 +949,7 @@ Int_t AliMC::GetNtrack() const {
   // Returns number of tracks in stack
   //
   Int_t ntracks = -1;
-  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
    if (runloader->Stack())
      ntracks = runloader->Stack()->GetNtrack();
    return ntracks;
@@ -900,7 +962,7 @@ Int_t AliMC::GetPrimary(Int_t track) const
   // return number of primary that has generated track
   //
   Int_t nprimary = -999;
-  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
   if (runloader->Stack())
     nprimary = runloader->Stack()->GetPrimary(track);
   return nprimary;
@@ -911,7 +973,7 @@ TParticle* AliMC::Particle(Int_t i) const
 {
   // Returns the i-th particle from the stack taking into account
   // the remaping done by PurifyKine
-  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
   if (runloader)
    if (runloader->Stack())
     return runloader->Stack()->Particle(i);
@@ -919,11 +981,11 @@ TParticle* AliMC::Particle(Int_t i) const
 }
 
 //_______________________________________________________________________
-TObjArray* AliMC::Particles() const {
+const TObjArray* AliMC::Particles() const {
   //
   // Returns pointer to Particles array
   //
-  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
   if (runloader)
    if (runloader->Stack())
     return runloader->Stack()->Particles();
@@ -931,13 +993,13 @@ TObjArray* AliMC::Particles() const {
 }
 
 //_______________________________________________________________________
-void AliMC::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
-                      Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
+void AliMC::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, const Float_t *pmom,
+                      const Float_t *vpos, const Float_t *polar, Float_t tof,
                       TMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is) const
 { 
 // Delegate to stack
 //
-  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
   if (runloader)
     if (runloader->Stack())
       runloader->Stack()->PushTrack(done, parent, pdg, pmom, vpos, polar, tof,
@@ -953,7 +1015,7 @@ void AliMC::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
 { 
   // Delegate to stack
   //
-  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
   if (runloader)
     if (runloader->Stack())
       runloader->Stack()->PushTrack(done, parent, pdg, px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof,
@@ -965,7 +1027,7 @@ void AliMC::SetHighWaterMark(Int_t nt) const
 {
     //
     // Set high water mark for last track in event
-  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
   if (runloader)
     if (runloader->Stack())
       runloader->Stack()->SetHighWaterMark(nt);
@@ -977,7 +1039,7 @@ void AliMC::KeepTrack(Int_t track) const
   //
   // Delegate to stack
   //
-  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
   if (runloader)
     if (runloader->Stack())
       runloader->Stack()->KeepTrack(track);
@@ -988,7 +1050,7 @@ void AliMC::FlagTrack(Int_t track) const
 {
   // Delegate to stack
   //
-  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
   if (runloader)
     if (runloader->Stack())
       runloader->Stack()->FlagTrack(track);
@@ -1000,23 +1062,22 @@ void AliMC::SetCurrentTrack(Int_t track) const
   //
   // Set current track number
   //
-  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
   if (runloader)
     if (runloader->Stack())
       runloader->Stack()->SetCurrentTrack(track); 
 }
 
 //_______________________________________________________________________
-void  AliMC::AddTrackReference(Int_t label){
+AliTrackReference*  AliMC::AddTrackReference(Int_t label, Int_t id) 
+{
   //
   // add a trackrefernce to the list
-  if (!fTrackReferences) {
-    AliError("Container trackrefernce not active");
-    return;
-  }
-  Int_t nref = fTrackReferences->GetEntriesFast();
-  TClonesArray &lref = *fTrackReferences;
-  new(lref[nref]) AliTrackReference(label);
+  Int_t primary = GetPrimary(label);
+  Particle(primary)->SetBit(kKeepBit);
+
+  Int_t nref = fTmpTrackReferences.GetEntriesFast();
+  return new(fTmpTrackReferences[nref]) AliTrackReference(label, id);
 }
 
 
@@ -1027,37 +1088,33 @@ void AliMC::ResetTrackReferences()
   //
   //  Reset all  references
   //
-  if (fTrackReferences)   fTrackReferences->Clear();
-
-  TIter next(gAlice->Modules());
-  AliModule *detector;
-  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
-     detector->ResetTrackReferences();
-  }
+    fTmpTrackReferences.Clear();
 }
 
+//_______________________________________________________________________
 void AliMC::RemapTrackReferencesIDs(Int_t *map)
 {
   // 
   // Remapping track reference
   // Called at finish primary
   //
-  if (!fTrackReferences) return;
-  for (Int_t i=0;i<fTrackReferences->GetEntries();i++){
-    AliTrackReference * ref = dynamic_cast<AliTrackReference*>(fTrackReferences->UncheckedAt(i));
-    if (ref) {
-      Int_t newID = map[ref->GetTrack()];
-      if (newID>=0) ref->SetTrack(newID);
-      else {
-        //ref->SetTrack(-1);
-        ref->SetBit(kNotDeleted,kFALSE);
-        fTrackReferences->RemoveAt(i);  
-      }      
-    }
+    
+  Int_t nEntries = fTmpTrackReferences.GetEntries();
+  for (Int_t i=0; i < nEntries; i++){
+      AliTrackReference * ref = dynamic_cast<AliTrackReference*>(fTmpTrackReferences.UncheckedAt(i));
+      if (ref) {
+         Int_t newID = map[ref->GetTrack()];
+         if (newID>=0) ref->SetTrack(newID);
+         else {
+             ref->SetBit(kNotDeleted,kFALSE);
+             fTmpTrackReferences.RemoveAt(i);  
+         }      
+      } // if ref
   }
-  fTrackReferences->Compress();
+  fTmpTrackReferences.Compress();
 }
 
+//_______________________________________________________________________
 void AliMC::FixParticleDecaytime()
 {
     //
@@ -1072,7 +1129,7 @@ void AliMC::FixParticleDecaytime()
     // Transverse velocity 
     Double_t vt    = p.Pt() / p.E();
     
-    if ((b = gAlice->Field()->SolenoidField()) > 0.) {     // [kG]
+    if ((b = ((AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField())->SolenoidField()) > 0.) {     // [kG]
 
        // Radius of helix
        
@@ -1085,12 +1142,13 @@ void AliMC::FixParticleDecaytime()
        // Maximum and minimum decay time
        //
        // Check for curlers first
-       if (fRDecayMax * fRDecayMax / rho / rho / 2. > 1.) return;
+       const Double_t kOvRhoSqr2 = 1./(rho*TMath::Sqrt(2.));
+       if (fRDecayMax * kOvRhoSqr2 > 1.) return;
        
        //
  
-       tmax  = TMath::ACos(1. - fRDecayMax * fRDecayMax / rho / rho / 2.) / omega;   // [ct]
-       tmin  = TMath::ACos(1. - fRDecayMin * fRDecayMin / rho / rho / 2.) / omega;   // [ct]
+       tmax  = TMath::ACos((1.-fRDecayMax*kOvRhoSqr2)*(1.+fRDecayMax*kOvRhoSqr2)) / omega;   // [ct]
+       tmin  = TMath::ACos((1.-fRDecayMin*kOvRhoSqr2)*(1.+fRDecayMin*kOvRhoSqr2)) / omega;   // [ct]
     } else {
        tmax =  fRDecayMax / vt;                                                      // [ct] 
        tmin =  fRDecayMin / vt;                                                      // [ct]
@@ -1103,6 +1161,133 @@ void AliMC::FixParticleDecaytime()
     //
     // Force decay time in transport code
     //
-    TGeant3 * geant = (TGeant3*) gMC;
-    geant->Gcphys()->sumlif = t / p.Beta() / p.Gamma();
+    gMC->ForceDecayTime(t / 2.99792458e10);
+}
+
+void AliMC::MakeTmpTrackRefsTree()
+{
+    // Make the temporary track reference tree
+    fTmpFileTR = new TFile("TrackRefsTmp.root", "recreate");
+    fTmpTreeTR = new TTree("TreeTR", "Track References");
+    TClonesArray* pRef = &fTmpTrackReferences;
+    fTmpTreeTR->Branch("TrackReferences", "TClonesArray", &pRef, 4000);
 }
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::ReorderAndExpandTreeTR()
+{
+//
+//  Reorder and expand the temporary track reference tree in order to match the kinematics tree
+//
+
+    AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
+//
+//  TreeTR
+    AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTrackRefsContainer()");
+    rl->MakeTrackRefsContainer(); 
+    TTree * treeTR = rl->TreeTR();
+    if (treeTR){
+       // make branch for central track references
+       TBranch *branch;
+       TClonesArray* pRef = &fTrackReferences;
+       branch = treeTR->Branch("TrackReferences", &pRef);
+       branch->SetAddress(&pRef);
+    }
+
+    AliStack* stack  = rl->Stack();
+    Int_t np = stack->GetNprimary();
+    Int_t nt = fTmpTreeTR->GetEntries();
+    //
+    // Loop over tracks and find the secondaries with the help of the kine tree
+    Int_t ifills = 0;
+    Int_t it = 0;
+    for (Int_t ip = np - 1; ip > -1; ip--) {
+       TParticle *part = stack->Particle(ip);
+       //printf("Particle %5d %5d %5d %5d %5d \n", ip, part->GetPdgCode(), part->GetFirstMother(), part->GetFirstDaughter(), part->GetLastDaughter());
+       
+       // Skip primaries that have not been transported
+       Int_t dau1  = part->GetFirstDaughter();
+       Int_t dau2  = -1;
+       if (!part->TestBit(kTransportBit)) continue;
+       //
+       fTmpTreeTR->GetEntry(it++);
+       Int_t nh = fTmpTrackReferences.GetEntries();
+       // Determine range of secondaries produced by this primary
+       if (dau1 > -1) {
+           Int_t inext = ip - 1;
+           while (dau2 < 0) {
+               if (inext >= 0) {
+                   part = stack->Particle(inext);
+                   dau2 =  part->GetFirstDaughter();
+                   if (!(part->TestBit(kTransportBit)) || dau2 == -1 || dau2 < np) {
+//                 if (dau2 == -1 || dau2 < np) {
+                       dau2 = -1;
+                   } else {
+                       dau2--;
+                   }
+               } else {
+                   dau2 = stack->GetNtrack() - 1;
+               }
+               inext--;
+           } // find upper bound
+       }  // dau2 < 0
+//     printf("Check (1) %5d %5d %5d %5d %5d \n", ip, np, it, dau1, dau2);
+       // 
+       // Loop over reference hits and find secondary label
+       for (Int_t id = dau1; (id <= dau2) && (dau1 > -1); id++) {
+           for (Int_t ih = 0; ih < nh; ih++) {
+               AliTrackReference* tr = (AliTrackReference*) fTmpTrackReferences.At(ih);
+               Int_t label = tr->Label();
+               // Skip primaries
+               if (label == ip) continue;
+               if (label > dau2 || label < dau1) 
+                   AliWarning(Form("Track Reference Label out of range !: %5d %5d %5d \n", label, dau1, dau2));
+               if (label == id) {
+                   // secondary found
+                   Int_t nref =  fTrackReferences.GetEntriesFast();
+                   new(fTrackReferences[nref]) AliTrackReference(*tr);
+               }
+           } // hits
+           treeTR->Fill();
+           fTrackReferences.Clear();
+           ifills++;
+       } // daughters
+    } // tracks
+    //
+    // Now loop again and write the primaries
+    it = nt - 1;
+    for (Int_t ip = 0; ip < np; ip++) {
+       TParticle* part = stack->Particle(ip);
+//     if ((part->GetFirstDaughter() == -1 && part->GetStatusCode() <= 1) || part->GetFirstDaughter() >= np) 
+       if (part->TestBit(kTransportBit))
+       {
+           // Skip particles that have not been transported
+           fTmpTreeTR->GetEntry(it--);
+           Int_t nh = fTmpTrackReferences.GetEntries();
+           // 
+           // Loop over reference hits and find primary labels
+           for (Int_t ih = 0; ih < nh; ih++) {
+               AliTrackReference* tr = (AliTrackReference*)  fTmpTrackReferences.At(ih);
+               Int_t label = tr->Label();
+               if (label == ip) {
+                   Int_t nref = fTrackReferences.GetEntriesFast();
+                   new(fTrackReferences[nref]) AliTrackReference(*tr);
+               }
+           } 
+       }
+       treeTR->Fill();
+       fTrackReferences.Clear();
+       ifills++;
+    } // tracks
+    // Check
+    if (ifills != stack->GetNtrack()) 
+       AliWarning(Form("Number of entries in TreeTR (%5d) unequal to TreeK (%5d) \n", ifills, stack->GetNtrack()));
+//
+//  Clean-up
+    delete fTmpTreeTR;
+    fTmpFileTR->Close();
+    delete fTmpFileTR;
+    fTmpTrackReferences.Clear();
+    gSystem->Exec("rm -rf TrackRefsTmp.root");
+}
+