]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliMC.cxx
Use bit 14 of TParticle to flag tracks that have been transported.
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliMC.cxx
index 2f30019dc6ae0acf061302e651eaaeb6faa4c032..c50793860a9ca1f8ad11f690a001b65ae4212e9e 100644 (file)
  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  **************************************************************************/
 
-/*
-$Log$
-Revision 1.2  1999/09/29 09:24:29  fca
-Introduction of the Copyright and cvs Log
+/* $Id$ */
 
-*/
-#include <stdlib.h>
+// This class is extracted from the AliRun class
+// and contains all the MC-related functionality
+// The number of dependencies has to be reduced...
+// Author: F.Carminati
+//         Federico.Carminati@cern.ch
 
+#include <RVersion.h>
+#include <TBrowser.h>
+#include <TClonesArray.h>
+#include <TGeoManager.h>
+#include <TStopwatch.h>
+#include <TSystem.h>
+#include <TVirtualMC.h>
+#include <TParticle.h>
+#include <TROOT.h>
+#include <TFile.h>
+#include "AliLog.h"
+#include "AliDetector.h"
+#include "AliGenerator.h"
+#include "AliHeader.h"
+#include "AliLego.h"
 #include "AliMC.h"
+#include "AliMCQA.h"
+#include "AliRun.h"
+#include "AliHit.h"
+#include "AliStack.h"
+#include "AliMagF.h"
+#include "AliTrackReference.h"
+#include "AliSimulation.h"
+#include "AliGeomManager.h"
+#include "AliCDBManager.h"
+#include "AliCDBStorage.h"
+#include "AliCDBEntry.h"
+
 
 ClassImp(AliMC)
 
-AliMC* AliMC::fgMC=0;
+//_______________________________________________________________________
+AliMC::AliMC() :
+  fGenerator(0),
+  fEventEnergy(0),
+  fSummEnergy(0),
+  fSum2Energy(0),
+  fTrRmax(1.e10),
+  fTrZmax(1.e10),
+  fRDecayMax(1.e10),
+  fRDecayMin(-1.),
+  fDecayPdg(0),
+  fImedia(0),
+  fTransParName("\0"),
+  fMCQA(0),
+  fHitLists(0),
+  fTmpTreeTR(0),
+  fTmpFileTR(0),
+  fTrackReferences(0),
+  fTmpTrackReferences(0)
+
+{
+  //default constructor
+  DecayLimits();
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+AliMC::AliMC(const char *name, const char *title) :
+  TVirtualMCApplication(name, title),
+  fGenerator(0),
+  fEventEnergy(0),
+  fSummEnergy(0),
+  fSum2Energy(0),
+  fTrRmax(1.e10),
+  fTrZmax(1.e10),
+  fRDecayMax(1.e10),
+  fRDecayMin(-1.),
+  fDecayPdg(0),
+  fImedia(new TArrayI(1000)),
+  fTransParName("\0"),
+  fMCQA(0),
+  fHitLists(new TList()),
+  fTmpTreeTR(0),
+  fTmpFileTR(0),
+  fTrackReferences(new TClonesArray("AliTrackReference", 100)),
+  fTmpTrackReferences(new TClonesArray("AliTrackReference", 100))
+{
+  //constructor
+  // Set transport parameters
+  SetTransPar();
+  DecayLimits();
+  // Prepare the tracking medium lists
+  for(Int_t i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+AliMC::AliMC(const AliMC &mc) :
+  TVirtualMCApplication(mc),
+  fGenerator(0),
+  fEventEnergy(0),
+  fSummEnergy(0),
+  fSum2Energy(0),
+  fTrRmax(1.e10),
+  fTrZmax(1.e10),
+  fRDecayMax(1.e10),
+  fRDecayMin(-1.),
+  fDecayPdg(0),
+  fImedia(0),
+  fTransParName("\0"),
+  fMCQA(0),
+  fHitLists(0),
+  fTmpTreeTR(0),
+  fTmpFileTR(0),
+  fTrackReferences(0),
+  fTmpTrackReferences(0)
+{
+  //
+  // Copy constructor for AliMC
+  //
+  mc.Copy(*this);
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+AliMC::~AliMC()
+{
+  //destructor
+  delete fGenerator;
+  delete fImedia;
+  delete fMCQA;
+  delete fHitLists;
+  // Delete track references
+  if (fTrackReferences) {
+    fTrackReferences->Delete();
+    delete fTrackReferences;
+    fTrackReferences     = 0;
+  }
+
+if (fTmpTrackReferences) {
+    fTmpTrackReferences->Delete();
+    delete fTmpTrackReferences;
+    fTmpTrackReferences     = 0;
+  }
+
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::Copy(TObject &) const
+{
+  //dummy Copy function
+  AliFatal("Not implemented!");
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void  AliMC::ConstructGeometry() 
+{
+  //
+  // Either load geometry from file or create it through usual
+  // loop on detectors. In the first case the method
+  // AliModule::CreateMaterials() only builds fIdtmed and is postponed
+  // at InitGeometry().
+  //
+
+  if(gAlice->IsRootGeometry()){ //load geometry either from CDB or from file
+    if(gAlice->IsGeomFromCDB()){
+      AliInfo("Loading geometry from CDB default storage");
+      AliCDBPath path("GRP","Geometry","Data");
+      AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
+      if(!entry) AliFatal("Unable to load geometry from CDB!");
+      entry->SetOwner(0);
+      gGeoManager = (TGeoManager*) entry->GetObject();
+      if (!gGeoManager) AliFatal("TGeoManager object not found in the specified CDB entry!");
+    }else{
+      // Load geometry
+      const char *geomfilename = gAlice->GetGeometryFileName();
+      if(gSystem->ExpandPathName(geomfilename)){
+       AliInfo(Form("Loading geometry from file:\n %40s",geomfilename));
+       TGeoManager::Import(geomfilename);
+      }else{
+       AliInfo(Form("Geometry file %40s not found!\n",geomfilename));
+       return;
+      }
+    }
+  }else{
+    // Create modules, materials, geometry
+    TStopwatch stw;
+    TIter next(gAlice->Modules());
+    AliModule *detector;
+    AliDebug(1, "Geometry creation:");
+    while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+      stw.Start();
+      // Initialise detector materials and geometry
+      detector->CreateMaterials();
+      detector->CreateGeometry();
+      AliInfo(Form("%10s R:%.2fs C:%.2fs",
+                  detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime()));
+    }
+  }
+  
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+Bool_t  AliMC::MisalignGeometry() 
+{
+// Call misalignment code if AliSimulation object was defined.
+
+   if(!gAlice->IsRootGeometry()){
+     //Set alignable volumes for the whole geometry
+     SetAllAlignableVolumes();
+   }
+   // Misalign geometry via AliSimulation instance
+   if (!AliSimulation::GetInstance()) return kFALSE;
+   AliGeomManager::SetGeometry(gGeoManager);
+   return AliSimulation::GetInstance()->MisalignGeometry(gAlice->GetRunLoader());
+}   
+
+//_______________________________________________________________________
+void  AliMC::ConstructOpGeometry() 
+{
+  //
+  // Loop all detector modules and call DefineOpticalProperties() method 
+  //
+
+  TIter next(gAlice->Modules());
+  AliModule *detector;
+  AliInfo("Optical properties definition");
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+    // Initialise detector optical properties
+    detector->DefineOpticalProperties();
+  }  
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void  AliMC::InitGeometry()
+{ 
+  //
+  // Initialize detectors
+  //
+
+  AliInfo("Initialisation:");
+  TStopwatch stw;
+  TIter next(gAlice->Modules());
+  AliModule *detector;
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+    stw.Start();
+    // Initialise detector geometry
+    if(gAlice->IsRootGeometry()) detector->CreateMaterials();
+    detector->Init();
+    AliInfo(Form("%10s R:%.2fs C:%.2fs",
+                detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime()));
+  }
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void  AliMC::SetAllAlignableVolumes()
+{ 
+  //
+  // Add alignable volumes (TGeoPNEntries) looping on all
+  // active modules
+  //
+
+  AliInfo(Form("Setting entries for all alignable volumes of active detectors"));
+  AliModule *detector;
+  TIter next(gAlice->Modules());
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+    detector->AddAlignableVolumes();
+  }
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void  AliMC::GeneratePrimaries() 
+{ 
+  //
+  // Generate primary particles and fill them in the stack.
+  //
+
+  Generator()->Generate();
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::SetGenerator(AliGenerator *generator)
+{
+  //
+  // Load the event generator
+  //
+  if(!fGenerator) fGenerator = generator;
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
+{
+  //
+  // Load the event generator
+  //
+  if(fGenerator) {
+    if(generator) {
+      AliWarning(Form("Replacing generator %s with %s",
+                     fGenerator->GetName(),generator->GetName()));
+    }
+    else {
+      AliWarning(Form("Replacing generator %s with NULL",
+                     fGenerator->GetName()));
+    }
+  }
+  fGenerator = generator;
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::FinishRun()
+{
+  // Clean generator information
+  AliDebug(1, "fGenerator->FinishRun()");
+  fGenerator->FinishRun();
+
+  //Output energy summary tables
+  AliDebug(1, "EnergySummary()");
+  ToAliDebug(1, EnergySummary());
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::BeginPrimary()
+{
+  //
+  // Called  at the beginning of each primary track
+  //
+  
+  // Reset Hits info
+  ResetHits();
+  ResetTrackReferences();
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::PreTrack()
+{
+  // Actions before the track's transport
+     TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
+     AliModule *module;
+
+     for(Int_t i=0; i<=gAlice->GetNdets(); i++)
+       if((module = dynamic_cast<AliModule*>(dets[i])))
+        module->PreTrack();
+
+     fMCQA->PreTrack();
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::Stepping() 
+{
+  //
+  // Called at every step during transport
+  //
+    
+  Int_t id = DetFromMate(gMC->CurrentMedium());
+  if (id < 0) return;
+
+
+  if ( gMC->IsNewTrack()            && 
+       gMC->TrackTime() == 0.       &&
+       fRDecayMin >= 0.             &&  
+       fRDecayMax > fRDecayMin      &&
+       gMC->TrackPid() == fDecayPdg ) 
+  {
+      FixParticleDecaytime();
+  } 
+    
+
+  
+  //
+  // --- If lego option, do it and leave 
+  if (gAlice->Lego())
+    gAlice->Lego()->StepManager();
+  else {
+    Int_t copy;
+    //Update energy deposition tables
+    AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
+    //
+    // write tracke reference for track which is dissapearing - MI
+    if (gMC->IsTrackDisappeared()) {      
+       if (gMC->Etot()>0.05) AddTrackReference(GetCurrentTrackNumber(), 
+                                               AliTrackReference::kDisappeared);
+    }
+  
+    //Call the appropriate stepping routine;
+    AliModule *det = dynamic_cast<AliModule*>(gAlice->Modules()->At(id));
+    if(det && det->StepManagerIsEnabled()) {
+      if(AliLog::GetGlobalDebugLevel()>0) fMCQA->StepManager(id);
+      det->StepManager();
+    }
+  }
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::EnergySummary()
+{
+  //e
+  // Print summary of deposited energy
+  //
+
+  Int_t ndep=0;
+  Float_t edtot=0;
+  Float_t ed, ed2;
+  Int_t kn, i, left, j, id;
+  const Float_t kzero=0;
+  Int_t ievent=gAlice->GetRunLoader()->GetHeader()->GetEvent()+1;
+  //
+  // Energy loss information
+  if(ievent) {
+    printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
+    for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
+      ed=fSummEnergy[kn];
+      if(ed>0) {
+       fEventEnergy[ndep]=kn;
+       if(ievent>1) {
+         ed=ed/ievent;
+         ed2=fSum2Energy[kn];
+         ed2=ed2/ievent;
+         ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
+       } else 
+         ed2=99;
+       fSummEnergy[ndep]=ed;
+       fSum2Energy[ndep]=TMath::Min(static_cast<Float_t>(99.),TMath::Max(ed2,kzero));
+       edtot+=ed;
+       ndep++;
+      }
+    }
+    for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
+      left=ndep-kn*3;
+      for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
+       j=kn*3+i;
+        id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
+       printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
+      }
+      printf("\n");
+    }
+    //
+    // Relative energy loss in different detectors
+    printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
+    printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
+    for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
+      left=ndep-kn*5;
+      for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
+       j=kn*5+i;
+        id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
+       printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
+      }
+      printf("\n");
+    }
+    for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*"); 
+    printf("\n");
+  }
+  //
+  // Reset the TArray's
+  //  fEventEnergy.Set(0);
+  //  fSummEnergy.Set(0);
+  //  fSum2Energy.Set(0);
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliMC::BeginEvent()
+{
+  //
+  // Clean-up previous event
+  // Energy scores
+  AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
+  AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
+  AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
+  AliDebug(1, "          BEGINNING EVENT               ");
+  AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
+  AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
+  AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
+    
+  AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
+
+  /*******************************/    
+  /*   Clean after eventual      */
+  /*   previous event            */
+  /*******************************/    
+
+  
+  //Set the next event in Run Loader -> Cleans trees (TreeK and all trees in detectors),
+  gAlice->SetEventNrInRun(gAlice->GetEventNrInRun()+1);
+  runloader->SetEventNumber(gAlice->GetEventNrInRun());// sets new files, cleans the previous event stuff, if necessary, etc.,  
+  AliDebug(1, Form("EventNr is %d",gAlice->GetEventNrInRun()));
+     
+  fEventEnergy.Reset();  
+    // Clean detector information
+  
+  if (runloader->Stack())
+      runloader->Stack()->Reset();//clean stack -> tree is unloaded
+  else
+      runloader->MakeStack();//or make a new one
+  
+  
+  if(gAlice->Lego() == 0x0)
+  { 
+      AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTree(K)");
+      runloader->MakeTree("K");
+  }
+  
+  AliDebug(1, "gMC->SetStack(fRunLoader->Stack())");
+  gMC->SetStack(gAlice->GetRunLoader()->Stack());//Was in InitMC - but was moved here 
+                                     //because we don't have guarantee that 
+                                     //stack pointer is not going to change from event to event
+                        //since it bellobgs to header and is obtained via RunLoader
+  //
+  //  Reset all Detectors & kinematics & make/reset trees
+  //
+    
+  runloader->GetHeader()->Reset(gAlice->GetRunNumber(),gAlice->GetEvNumber(),
+                               gAlice->GetEventNrInRun());
+//  fRunLoader->WriteKinematics("OVERWRITE");  is there any reason to rewrite here since MakeTree does so
+
+  if(gAlice->Lego()) 
+  {
+      gAlice->Lego()->BeginEvent();
+      return;
+  }
+  
+
+  AliDebug(1, "ResetHits()");
+  ResetHits();
+  
+  AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTree(H)");
+  runloader->MakeTree("H");
+  
 
-AliMC* gMC;
 
-AliMC::AliMC(const char *name, const char *title) : TNamed(name,title)
+  MakeTmpTrackRefsTree();
+  //create new branches and SetAdresses
+  TIter next(gAlice->Modules());
+  AliModule *detector;
+  while((detector = (AliModule*)next()))
+   {
+       AliDebug(2, Form("%s->MakeBranch(H)",detector->GetName()));
+       detector->MakeBranch("H"); 
+   }
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::ResetHits()
 {
-  if(fgMC) {
-    printf("Cannot initialise twice MonteCarlo class\n");
-    exit(1);
-  } else {
-    fgMC=this;
-    gMC=this;
+  //
+  //  Reset all Detectors hits
+  //
+  TIter next(gAlice->Modules());
+  AliModule *detector;
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+     detector->ResetHits();
   }
 }
 
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::PostTrack()
+{
+  // Posts tracks for each module
+  TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
+  AliModule *module;
+  
+  for(Int_t i=0; i<=gAlice->GetNdets(); i++)
+    if((module = dynamic_cast<AliModule*>(dets[i])))
+      module->PostTrack();
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::FinishPrimary()
+{
+  //
+  // Called  at the end of each primary track
+  //
+  AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
+  //  static Int_t count=0;
+  //  const Int_t times=10;
+  // This primary is finished, purify stack
+#if ROOT_VERSION_CODE > 262152
+  if (!(gMC->SecondariesAreOrdered())) {
+      runloader->Stack()->ReorderKine();
+      RemapHits();
+  }
+#endif
+  runloader->Stack()->PurifyKine();
+  RemapHits();
+  
+  TIter next(gAlice->Modules());
+  AliModule *detector;
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+    detector->FinishPrimary();
+    AliLoader* loader = detector->GetLoader();
+    if(loader)
+     {
+       TTree* treeH = loader->TreeH();
+       if (treeH) treeH->Fill(); //can be Lego run and treeH can not exist
+     }
+  }
+
+  // Write out track references if any
+  if (fTmpTreeTR) fTmpTreeTR->Fill();
+}
+
+void AliMC::RemapHits()
+{
+//    
+// Remaps the track labels of the hits
+    AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
+    AliStack* stack = runloader->Stack();
+    TList* hitLists = GetHitLists();
+    TIter next(hitLists);
+    TCollection *hitList;
+    
+    while((hitList = dynamic_cast<TCollection*>(next()))) {
+       TIter nexthit(hitList);
+       AliHit *hit;
+       while((hit = dynamic_cast<AliHit*>(nexthit()))) {
+           hit->SetTrack(stack->TrackLabel(hit->GetTrack()));
+       }
+    }
+    
+    // 
+    // This for detectors which have a special mapping mechanism
+    // for hits, such as TPC and TRD
+    //
+    
+    TObjArray* modules = gAlice->Modules();
+    TIter nextmod(modules);
+    AliDetector *detector;
+    while((detector = dynamic_cast<AliDetector*>(nextmod()))) {
+       detector->RemapTrackHitIDs(stack->TrackLabelMap());
+    }
+    //
+    RemapTrackReferencesIDs(stack->TrackLabelMap());
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::FinishEvent()
+{
+  //
+  // Called at the end of the event.
+  //
+  
+  //
+    
+  if(gAlice->Lego()) gAlice->Lego()->FinishEvent();
+
+  TIter next(gAlice->Modules());
+  AliModule *detector;
+  while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
+    detector->FinishEvent();
+  }
+
+  //Update the energy deposit tables
+  Int_t i;
+  for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) 
+   {
+    fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
+    fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
+   }
+
+  AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
+
+  AliHeader* header = runloader->GetHeader();
+  AliStack* stack = runloader->Stack();
+  if ( (header == 0x0) || (stack == 0x0) )
+   {//check if we got header and stack. If not cry and exit aliroot
+    AliFatal("Can not get the stack or header from LOADER");
+    return;//never reached
+   }  
+  // Update Header information 
+  header->SetNprimary(stack->GetNprimary());
+  header->SetNtrack(stack->GetNtrack());  
+
+  // Write out the kinematics
+  if (!gAlice->Lego()) stack->FinishEvent();
+
+  // Synchronize the TreeTR with TreeK
+  ReorderAndExpandTreeTR();
+   
+  // Write out the event Header information
+  TTree* treeE = runloader->TreeE();
+  if (treeE) 
+   {
+      header->SetStack(stack);
+      treeE->Fill();
+   }
+  else
+   {
+    AliError("Can not get TreeE from RL");
+   }
+  
+  if(gAlice->Lego() == 0x0)
+   {
+     runloader->WriteKinematics("OVERWRITE");
+     runloader->WriteTrackRefs("OVERWRITE");
+     runloader->WriteHits("OVERWRITE");
+   }
+   
+  AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
+  AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
+  AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
+  AliDebug(1, "          FINISHING EVENT               ");
+  AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
+  AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
+  AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::Field(const Double_t* x, Double_t* b) const
+{
+  // Calculates field "b" at point "x"
+    gAlice->Field(x,b);
+}
+    
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::Init()
+{
+  // MC initialization
+
+   //=================Create Materials and geometry
+   gMC->Init();
+  // Set alignable volumes for the whole geometry (with old root)
+#if ROOT_VERSION_CODE < 331527
+  SetAllAlignableVolumes();
+#endif
+   //Read the cuts for all materials
+   ReadTransPar();
+   //Build the special IMEDIA table
+   MediaTable();
+
+   //Compute cross-sections
+   gMC->BuildPhysics();
+   
+   //Initialise geometry deposition table
+   fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
+   fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
+   fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
+
+   //
+   fMCQA = new AliMCQA(gAlice->GetNdets());
+
+   // Register MC in configuration 
+   AliConfig::Instance()->Add(gMC);
+
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::MediaTable()
+{
+  //
+  // Built media table to get from the media number to
+  // the detector id
+  //
+
+  Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
+  //  Int_t ibeg;
+  TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
+  AliModule *det;
+  Int_t ndets=gAlice->GetNdets();
+  //
+  // For all detectors
+  for (kz=0;kz<ndets;kz++) {
+    // If detector is defined
+    if((det=dynamic_cast<AliModule*>(dets[kz]))) {
+        TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed()); 
+        for(nz=0;nz<100;nz++) {
+           
+       // Find max and min material number
+       if((idt=idtmed[nz])) {
+         det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
+         det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
+       }
+      }
+      if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
+       det->LoMedium() = 0;
+       det->HiMedium() = 0;
+      } else {
+       if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
+         AliError(Form("Increase fImedia from %d to %d",
+                       fImedia->GetSize(),det->HiMedium()));
+         return;
+       }
+       // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
+       for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
+         (*fImedia)[lz]=kz;
+       }
+      }
+    }
+  }
+  //
+  // Print summary table
+  AliInfo("Tracking media ranges:");
+  ToAliInfo(
+  for(i=0;i<(ndets-1)/6+1;i++) {
+    for(k=0;k< (6<ndets-i*6?6:ndets-i*6);k++) {
+      ind=i*6+k;
+      det=dynamic_cast<AliModule*>(dets[ind]);
+      if(det)
+       printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
+              det->HiMedium());
+      else
+       printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
+    }
+    printf("\n");
+  }
+  )
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::ReadTransPar()
+{
+  //
+  // Read filename to set the transport parameters
+  //
+
+
+  const Int_t kncuts=10;
+  const Int_t knflags=11;
+  const Int_t knpars=kncuts+knflags;
+  const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
+                              "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
+                              "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
+                              "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
+  char line[256];
+  char detName[7];
+  char* filtmp;
+  Float_t cut[kncuts];
+  Int_t flag[knflags];
+  Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
+  FILE *lun;
+  //
+  // See whether the file is there
+  filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
+  lun=fopen(filtmp,"r");
+  delete [] filtmp;
+  if(!lun) {
+    AliWarning(Form("File %s does not exist!",fTransParName.Data()));
+    return;
+  }
+  //
+  while(1) {
+    // Initialise cuts and flags
+    for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
+    for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
+    itmed=0;
+    for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
+    // Read up to the end of line excluded
+    iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
+    if(iret<0) {
+      //End of file
+      fclose(lun);
+      return;
+    }
+    // Read the end of line
+    fscanf(lun,"%*c");
+    if(!iret) continue;
+    if(line[0]=='*') continue;
+    // Read the numbers
+    iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
+               detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
+               &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
+               &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
+    if(!iret) continue;
+    if(iret<0) {
+      //reading error
+      AliWarning(Form("Error reading file %s",fTransParName.Data()));
+      continue;
+    }
+    // Check that the module exist
+    AliModule *mod = gAlice->GetModule(detName);
+    if(mod) {
+      // Get the array of media numbers
+      TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
+      // Check that the tracking medium code is valid
+      if(0<=itmed && itmed < 100) {
+       ktmed=idtmed[itmed];
+       if(!ktmed) {
+         AliWarning(Form("Invalid tracking medium code %d for %s",itmed,mod->GetName()));
+         continue;
+       }
+       // Set energy thresholds
+       for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
+         if(cut[kz]>=0) {
+           AliDebug(2, Form("%-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s",
+                            kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName()));
+           gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
+         }
+       }
+       // Set transport mechanisms
+       for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
+         if(flag[kz]>=0) {
+           AliDebug(2, Form("%-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s",
+                            kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName()));
+           gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
+         }
+       }
+      } else {
+       AliWarning(Form("Invalid medium code %d",itmed));
+       continue;
+      }
+    } else {
+      AliDebug(1, Form("%s not present",detName));
+      continue;
+    }
+  }
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::SetTransPar(const char *filename)
+{
+  //
+  // Sets the file name for transport parameters
+  //
+  fTransParName = filename;
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::Browse(TBrowser *b)
+{
+  //
+  // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
+  // of the Root browser.
+  // It displays the Root Trees and all detectors.
+  //
+  //detectors are in folders anyway
+  b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
+{
+  //
+  //  Add a hit to detector id
+  //
+  TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
+  if(dets[id]) dynamic_cast<AliModule*>(dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
+{
+  //
+  // Add digit to detector id
+  //
+  TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
+  if(dets[id]) dynamic_cast<AliModule*>(dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+Int_t AliMC::GetCurrentTrackNumber() const {
+  //
+  // Returns current track
+  //
+  return gAlice->GetRunLoader()->Stack()->GetCurrentTrackNumber();
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::DumpPart (Int_t i) const
+{
+  //
+  // Dumps particle i in the stack
+  //
+  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+   if (runloader->Stack())
+    runloader->Stack()->DumpPart(i);
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::DumpPStack () const
+{
+  //
+  // Dumps the particle stack
+  //
+  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+   if (runloader->Stack())
+    runloader->Stack()->DumpPStack();
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+Int_t AliMC::GetNtrack() const {
+  //
+  // Returns number of tracks in stack
+  //
+  Int_t ntracks = -1;
+  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+   if (runloader->Stack())
+     ntracks = runloader->Stack()->GetNtrack();
+   return ntracks;
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+Int_t AliMC::GetPrimary(Int_t track) const
+{
+  //
+  // return number of primary that has generated track
+  //
+  Int_t nprimary = -999;
+  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  if (runloader->Stack())
+    nprimary = runloader->Stack()->GetPrimary(track);
+  return nprimary;
+}
+//_______________________________________________________________________
+TParticle* AliMC::Particle(Int_t i) const
+{
+  // Returns the i-th particle from the stack taking into account
+  // the remaping done by PurifyKine
+  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  if (runloader)
+   if (runloader->Stack())
+    return runloader->Stack()->Particle(i);
+  return 0x0;   
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+TObjArray* AliMC::Particles() const {
+  //
+  // Returns pointer to Particles array
+  //
+  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  if (runloader)
+   if (runloader->Stack())
+    return runloader->Stack()->Particles();
+  return 0x0;
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
+                      Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
+                      TMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is) const
+{ 
+// Delegate to stack
+//
+  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  if (runloader)
+    if (runloader->Stack())
+      runloader->Stack()->PushTrack(done, parent, pdg, pmom, vpos, polar, tof,
+                                   mech, ntr, weight, is);
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
+                     Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
+                     Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
+                     Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
+                     TMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is) const
+{ 
+  // Delegate to stack
+  //
+  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  if (runloader)
+    if (runloader->Stack())
+      runloader->Stack()->PushTrack(done, parent, pdg, px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof,
+                                   polx, poly, polz, mech, ntr, weight, is);
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::SetHighWaterMark(Int_t nt) const
+{
+    //
+    // Set high water mark for last track in event
+  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  if (runloader)
+    if (runloader->Stack())
+      runloader->Stack()->SetHighWaterMark(nt);
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::KeepTrack(Int_t track) const
+{ 
+  //
+  // Delegate to stack
+  //
+  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  if (runloader)
+    if (runloader->Stack())
+      runloader->Stack()->KeepTrack(track);
+}
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::FlagTrack(Int_t track) const
+{
+  // Delegate to stack
+  //
+  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  if (runloader)
+    if (runloader->Stack())
+      runloader->Stack()->FlagTrack(track);
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::SetCurrentTrack(Int_t track) const
+{ 
+  //
+  // Set current track number
+  //
+  AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
+  if (runloader)
+    if (runloader->Stack())
+      runloader->Stack()->SetCurrentTrack(track); 
+}
+
+//_______________________________________________________________________
+AliTrackReference*  AliMC::AddTrackReference(Int_t label, Int_t id) 
+{
+  //
+  // add a trackrefernce to the list
+  if (!fTrackReferences) {
+    AliError("Container trackrefernce not active");
+    return NULL;
+  }
+  Int_t primary = GetPrimary(label);
+  Particle(primary)->SetBit(kKeepBit);
+
+  Int_t nref = fTmpTrackReferences->GetEntriesFast();
+  TClonesArray &lref = *fTmpTrackReferences;
+  return new(lref[nref]) AliTrackReference(label, id);
+}
+
+
+
+//_______________________________________________________________________
+void AliMC::ResetTrackReferences()
+{
+  //
+  //  Reset all  references
+  //
+  if (fTmpTrackReferences)   fTmpTrackReferences->Clear();
+}
+
+void AliMC::RemapTrackReferencesIDs(Int_t *map)
+{
+  // 
+  // Remapping track reference
+  // Called at finish primary
+  //
+  if (!fTmpTrackReferences) return;
+  Int_t nEntries = fTmpTrackReferences->GetEntries();
+  for (Int_t i=0; i < nEntries; i++){
+      AliTrackReference * ref = dynamic_cast<AliTrackReference*>(fTmpTrackReferences->UncheckedAt(i));
+      if (ref) {
+         Int_t newID = map[ref->GetTrack()];
+         if (newID>=0) ref->SetTrack(newID);
+         else {
+             ref->SetBit(kNotDeleted,kFALSE);
+             fTmpTrackReferences->RemoveAt(i);  
+         }      
+      } // if ref
+  }
+  fTmpTrackReferences->Compress();
+}
+
+void AliMC::FixParticleDecaytime()
+{
+    //
+    // Fix the particle decay time according to rmin and rmax for decays
+    //
+
+    TLorentzVector p;
+    gMC->TrackMomentum(p);
+    Double_t tmin, tmax;
+    Double_t b;
+
+    // Transverse velocity 
+    Double_t vt    = p.Pt() / p.E();
+    
+    if ((b = gAlice->Field()->SolenoidField()) > 0.) {     // [kG]
+
+       // Radius of helix
+       
+       Double_t rho   = p.Pt() / 0.0003 / b; // [cm]
+       
+       // Revolution frequency
+       
+       Double_t omega = vt / rho;
+       
+       // Maximum and minimum decay time
+       //
+       // Check for curlers first
+       if (fRDecayMax * fRDecayMax / rho / rho / 2. > 1.) return;
+       
+       //
+       tmax  = TMath::ACos(1. - fRDecayMax * fRDecayMax / rho / rho / 2.) / omega;   // [ct]
+       tmin  = TMath::ACos(1. - fRDecayMin * fRDecayMin / rho / rho / 2.) / omega;   // [ct]
+    } else {
+       tmax =  fRDecayMax / vt;                                                      // [ct] 
+       tmin =  fRDecayMin / vt;                                                      // [ct]
+    }
+    
+    //
+    // Dial t using the two limits
+    Double_t t = tmin + (tmax - tmin) * gRandom->Rndm();                              // [ct]
+    //
+    //
+    // Force decay time in transport code
+    //
+    gMC->ForceDecayTime(t / 2.99792458e10);
+}
+
+void AliMC::MakeTmpTrackRefsTree()
+{
+    // Make the temporary track reference tree
+    fTmpFileTR = new TFile("TrackRefsTmp.root", "recreate");
+    fTmpTreeTR = new TTree("TreeTR", "Track References");
+    if (!fTmpTrackReferences)  fTmpTrackReferences = new TClonesArray("AliTrackReference", 100);
+    fTmpTreeTR->Branch("TrackReferences", "TClonesArray", &fTmpTrackReferences, 4000);
+}
+
+void AliMC::ReorderAndExpandTreeTR()
+{
+//
+//  Reorder and expand the temporary track reference tree in order to match the kinematics tree
+//
+
+    AliRunLoader *rl = gAlice->GetRunLoader();
+//
+//  TreeTR
+    AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTrackRefsContainer()");
+    rl->MakeTrackRefsContainer(); 
+    TTree * treeTR = rl->TreeTR();
+    if (treeTR){
+       // make branch for central track references
+       if (!fTrackReferences) fTrackReferences = new TClonesArray("AliTrackReference",0);
+       TBranch *branch;
+       branch = treeTR->Branch("TrackReferences",&fTrackReferences);
+       branch->SetAddress(&fTrackReferences);
+    }
+
+    AliStack* stack  = rl->Stack();
+    Int_t np = stack->GetNprimary();
+    Int_t nt = fTmpTreeTR->GetEntries();
+    //
+    // Loop over tracks and find the secondaries with the help of the kine tree
+    Int_t ifills = 0;
+    Int_t it = 0;
+    for (Int_t ip = np - 1; ip > -1; ip--) {
+       TParticle *part = stack->Particle(ip);
+//     printf("Particle %5d %5d %5d %5d %5d \n", ip, part->GetPdgCode(), part->GetFirstMother(), part->GetFirstDaughter(), part->GetLastDaughter());
+       
+       // Skip primaries that have not been transported
+       Int_t dau1  = part->GetFirstDaughter();
+       Int_t dau2  = -1;
+       // if ((dau1 > -1 && dau1 < np) || part->GetStatusCode() > 1) continue;
+       if (!part->TestBit(kTransportBit)) continue;
+       //
+       fTmpTreeTR->GetEntry(it++);
+       Int_t nh = fTmpTrackReferences->GetEntries();
+       // Determine range of secondaries produced by this primary
+       if (dau1 > -1) {
+           Int_t inext = ip - 1;
+           while (dau2 < 0) {
+               if (inext >= 0) {
+                   part = stack->Particle(inext);
+                   dau2 =  part->GetFirstDaughter();
+                   if (dau2 == -1 || dau2 < np) {
+                       dau2 = -1;
+                   } else {
+                       dau2--;
+                   }
+               } else {
+                   dau2 = stack->GetNtrack() - 1;
+               }
+               inext--;
+           } // find upper bound
+       }  // dau2 < 0
+//     printf("Check (1) %5d %5d %5d %5d %5d \n", ip, np, it, dau1, dau2);
+       
+       // 
+       // Loop over reference hits and find secondary label
+       for (Int_t id = dau1; (id <= dau2) && (dau1 > -1); id++) {
+           for (Int_t ih = 0; ih < nh; ih++) {
+               AliTrackReference* tr = (AliTrackReference*) fTmpTrackReferences->At(ih);
+               Int_t label = tr->Label();
+               // Skip primaries
+               if (label == ip) continue;
+               if (label > dau2 || label < dau1) 
+                   AliWarning(Form("Track Reference Label out of range !: %5d %5d %5d \n", label, dau1, dau2));
+               if (label == id) {
+                   // secondary found
+                   Int_t nref =  fTrackReferences->GetEntriesFast();
+                   TClonesArray &lref = *fTrackReferences;
+                   new(lref[nref]) AliTrackReference(*tr);
+               }
+           } // hits
+           treeTR->Fill();
+           fTrackReferences->Clear();
+           ifills++;
+       } // daughters
+    } // tracks
+    //
+    // Now loop again and write the primaries
+    it = nt - 1;
+    for (Int_t ip = 0; ip < np; ip++) {
+       TParticle* part = stack->Particle(ip);
+//     if ((part->GetFirstDaughter() == -1 && part->GetStatusCode() <= 1) || part->GetFirstDaughter() >= np) 
+       if (part->TestBit(kTransportBit));
+       {
+           // Skip particles that have not been transported
+           fTmpTreeTR->GetEntry(it--);
+           Int_t nh = fTmpTrackReferences->GetEntries();
+           // 
+           // Loop over reference hits and find primary labels
+           for (Int_t ih = 0; ih < nh; ih++) {
+               AliTrackReference* tr = (AliTrackReference*)  fTmpTrackReferences->At(ih);
+               Int_t label = tr->Label();
+               if (label == ip) {
+                   Int_t nref = fTrackReferences->GetEntriesFast();
+                   TClonesArray &lref = *fTrackReferences;
+                   new(lref[nref]) AliTrackReference(*tr);
+               }
+           } 
+       }
+       treeTR->Fill();
+       fTrackReferences->Clear();
+       ifills++;
+    } // tracks
+    // Check
+    if (ifills != stack->GetNtrack()) 
+       AliWarning(Form("Number of entries in TreeTR (%5d) unequal to TreeK (%5d) \n", ifills, stack->GetNtrack()));
+//
+//  Clean-up
+    delete fTmpTreeTR;
+    fTmpFileTR->Close();
+    delete fTmpFileTR;
+    delete fTmpTrackReferences;
+    fTmpTrackReferences = 0;
+    gSystem->Exec("rm -rf TrackRefsTmp.root");
+}
+