]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - STEER/AliRun.cxx
BranchOld replaced by Branch. It works correctly with Root 2.02.xx
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliRun.cxx
index 37118ff1afa6495770dc0a00e4637eec05dc5fc8..71089673f4a6358280137a7da344a59a39d11604 100644 (file)
 
 /*
 $Log$
+Revision 1.79  2001/10/09 18:00:35  hristov
+Temporary fix to provide unique event number in the simulation (J.Chudoba)
+
+Revision 1.78  2001/10/04 15:30:56  hristov
+Changes to accommodate the set of PHOS folders and tasks (Y.Schutz)
+
+Revision 1.77  2001/09/04 15:09:11  hristov
+fTreeE->Branch replaced temporary by fTreeE->BranchOld to avoid data corruption in case of many events per file
+
+Revision 1.76  2001/08/03 14:38:35  morsch
+Use original method to access TreeH.
+
+Revision 1.75  2001/07/28 10:52:27  hristov
+Event number updated correctly (M.Ivanov)
+
+Revision 1.74  2001/07/28 10:39:16  morsch
+GetEventsPerRun() method needed by afterburners added to AliRun.h
+Corresponding setters and getters have been from AliGenerator.
+
+Revision 1.73  2001/07/27 12:34:30  jchudoba
+remove the dummy argument in fStack->GetEvent call
+
+Revision 1.72  2001/07/03 08:10:57  hristov
+J.Chudoba's changes merged correctly with the HEAD
+
+Revision 1.70  2001/06/29 08:01:36  morsch
+Small correction to the previous.
+
+Revision 1.69  2001/06/28 16:27:50  morsch
+AliReco() with user control of event range.
+
+Revision 1.68  2001/06/11 13:14:40  morsch
+SetAliGenEventHeader() method added.
+
+Revision 1.67  2001/06/07 18:24:50  buncic
+Removed compilation warning in AliConfig initialisation.
+
+Revision 1.66  2001/05/22 14:32:40  hristov
+Weird inline removed
+
+Revision 1.65  2001/05/21 17:22:51  buncic
+Fixed problem with missing AliConfig while reading galice.root
+
+Revision 1.64  2001/05/16 14:57:22  alibrary
+New files for folders and Stack
+
+Revision 1.62  2001/04/06 11:12:33  morsch
+Clear fParticles after each event. (Ivana Hrivnacova)
+
+Revision 1.61  2001/03/30 07:04:10  morsch
+Call fGenerator->FinishRun() for final print-outs, cross-section and weight calculations.
+
+Revision 1.60  2001/03/21 18:22:30  hristov
+fParticleFileMap fix (I.Hrivnacova)
+
+Revision 1.59  2001/03/12 17:47:03  hristov
+Changes needed on Sun with CC 5.0
+
+Revision 1.58  2001/03/09 14:27:26  morsch
+Fix for multiple events per file: inhibit decrease of size of  fParticleFileMap.
+
+Revision 1.57  2001/02/23 17:40:23  buncic
+All trees needed for simulation created in RunMC(). TreeR and its branches
+are now created in new RunReco() method.
+
+Revision 1.56  2001/02/14 15:45:20  hristov
+Algorithmic way of getting entry index in fParticleMap. Protection of fParticleFileMap (I.Hrivnacova)
+
+Revision 1.55  2001/02/12 15:52:54  buncic
+Removed OpenBaseFile().
+
+Revision 1.54  2001/02/07 10:39:05  hristov
+Remove default value for argument
+
+Revision 1.53  2001/02/06 11:02:26  hristov
+New SetTrack interface added, added check for unfilled particles in FinishEvent (I.Hrivnacova)
+
+Revision 1.52  2001/02/05 16:22:25  buncic
+Added TreeS to GetEvent().
+
+Revision 1.51  2001/02/02 15:16:20  morsch
+SetHighWaterMark method added to mark last particle in event.
+
+Revision 1.50  2001/01/27 10:32:00  hristov
+Leave the loop when primaries are filled (I.Hrivnacova)
+
+Revision 1.49  2001/01/26 19:58:48  hristov
+Major upgrade of AliRoot code
+
+Revision 1.48  2001/01/17 10:50:50  hristov
+Corrections to destructors
+
+Revision 1.47  2000/12/18 10:44:01  morsch
+Possibility to set field map by passing pointer to objet of type AliMagF via
+SetField().
+Example:
+gAlice->SetField(new AliMagFCM("Map2", "$(ALICE_ROOT)/data/field01.dat",2,1.,10.));
+
+Revision 1.46  2000/12/14 19:29:27  fca
+galice.cuts was not read any more
+
+Revision 1.45  2000/11/30 07:12:49  alibrary
+Introducing new Rndm and QA classes
+
+Revision 1.44  2000/10/26 13:58:59  morsch
+Add possibility to choose the lego generator (of type AliGeneratorLego or derived) when running
+RunLego(). Default is the base class AliGeneratorLego.
+
+Revision 1.43  2000/10/09 09:43:17  fca
+Special remapping of hits for TPC and TRD. End-of-primary action introduced
+
+Revision 1.42  2000/10/02 21:28:14  fca
+Removal of useless dependecies via forward declarations
+
+Revision 1.41  2000/07/13 16:19:09  fca
+Mainly coding conventions + some small bug fixes
+
+Revision 1.40  2000/07/12 08:56:25  fca
+Coding convention correction and warning removal
+
+Revision 1.39  2000/07/11 18:24:59  fca
+Coding convention corrections + few minor bug fixes
+
+Revision 1.38  2000/06/20 13:05:45  fca
+Writing down the TREE headers before job starts
+
+Revision 1.37  2000/06/09 20:05:11  morsch
+Introduce possibility to chose magnetic field version 3: AliMagFDM + field02.dat
+
+Revision 1.36  2000/06/08 14:03:58  hristov
+Only one initializer for a default argument
+
+Revision 1.35  2000/06/07 10:13:14  hristov
+Delete only existent objects.
+
+Revision 1.34  2000/05/18 10:45:38  fca
+Delete Particle Factory properly
+
+Revision 1.33  2000/05/16 13:10:40  fca
+New method IsNewTrack and fix for a problem in Father-Daughter relations
+
+Revision 1.32  2000/04/27 10:38:21  fca
+Correct termination of Lego Run and introduce Lego getter in AliRun
+
+Revision 1.31  2000/04/26 10:17:32  fca
+Changes in Lego for G4 compatibility
+
+Revision 1.30  2000/04/18 19:11:40  fca
+Introduce variable Config.C function signature
+
+Revision 1.29  2000/04/07 11:12:34  fca
+G4 compatibility changes
+
+Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
+Workaround for an HP compiler problem
+
+Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
+Rationalisation of the virtual MC interfaces
+
+Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
+SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
+
+Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
+AliVMC and AliGeant3 classes introduced
+ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
+
+Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
+Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
+
+Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
+Fixing previous wrong checking
+
 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
 Fixing daughters information also in primary tracks
 
@@ -51,46 +223,45 @@ Introduction of the Copyright and cvs Log
 //                                                                           //
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
+#include <stdlib.h>
+#include <stdio.h>
+#include <string.h>
+#include <iostream.h>
 #include <TFile.h>
 #include <TRandom.h>
 #include <TBRIK.h> 
-#include <TNode.h> 
 #include <TCint.h> 
 #include <TSystem.h>
 #include <TObjectTable.h>
-
+#include <TTree.h>
+#include <TGeometry.h>
+#include <TROOT.h>
+#include <TBrowser.h>
+#include <TFolder.h>
+#include <TNode.h>
 #include "TParticle.h"
 #include "AliRun.h"
 #include "AliDisplay.h"
+#include "AliMC.h"
+#include "AliLego.h"
+#include "AliMagFC.h"
+#include "AliMagFCM.h"
+#include "AliMagFDM.h"
+#include "AliHit.h"
+#include "TRandom3.h"
+#include "AliMCQA.h"
+#include "AliGenerator.h"
+#include "AliLegoGenerator.h"
+#include "AliConfig.h"
+#include "AliStack.h"
+#include "AliGenEventHeader.h"
+#include "AliHeader.h"
+
+#include "AliDetector.h"
 
-#include "AliCallf77.h" 
-#include <stdlib.h>
-#include <stdio.h>
-#include <string.h>
 AliRun *gAlice;
 
-static AliHeader *header;
-
-#ifndef WIN32
-
-# define rxgtrak rxgtrak_
-# define rxstrak rxstrak_
-# define rxkeep  rxkeep_ 
-# define rxouth  rxouth_
-#else
-
-# define rxgtrak RXGTRAK 
-# define rxstrak RXSTRAK 
-# define rxkeep  RXKEEP  
-# define rxouth  RXOUTH
-#endif
-
-static TArrayF sEventEnergy;
-static TArrayF sSummEnergy;
-static TArrayF sSum2Energy;
-
 ClassImp(AliRun)
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -99,18 +270,18 @@ AliRun::AliRun()
   //
   // Default constructor for AliRun
   //
-  header=&fHeader;
+  fHeader    = 0;
   fRun       = 0;
   fEvent     = 0;
-  fCurrent   = -1;
-  fModules = 0;
+  fEventNrInRun = 0;
+  fStack     = 0;
+  fModules   = 0;
   fGenerator = 0;
   fTreeD     = 0;
-  fTreeK     = 0;
   fTreeH     = 0;
   fTreeE     = 0;
   fTreeR     = 0;
-  fParticles = 0;
+  fTreeS     = 0;
   fGeometry  = 0;
   fDisplay   = 0;
   fField     = 0;
@@ -122,6 +293,13 @@ AliRun::AliRun()
   fInitDone  = kFALSE;
   fLego      = 0;
   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
+  fHitLists  = 0;
+  fConfigFunction    = "\0";
+  fRandom = 0;
+  fMCQA = 0;
+  fTransParName = "\0";
+  fBaseFileName = ".\0";
+  fDebug        = 0;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -138,19 +316,29 @@ AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
   
   gAlice     = this;
   fTreeD     = 0;
-  fTreeK     = 0;
   fTreeH     = 0;
   fTreeE     = 0;
   fTreeR     = 0;
+  fTreeS     = 0;
   fTrRmax    = 1.e10;
   fTrZmax    = 1.e10;
   fGenerator = 0;
   fInitDone  = kFALSE;
   fLego      = 0;
   fField     = 0;
+  fConfigFunction    = "Config();";
+
+  // Set random number generator
+  gRandom = fRandom = new TRandom3();
+
+  if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
+     gRandom->SetSeed((UInt_t)atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")));
+  }
   
   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
   //
+  // Particle stack
+  fStack = new AliStack(10000);
   // create the support list for the various Detectors
   fModules = new TObjArray(77);
   //
@@ -158,17 +346,11 @@ AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
   
   BuildSimpleGeometry();
   
-
-  fNtrack=0;
-  fHgwmk=0;
-  fCurrent=-1;
-  header=&fHeader;
+  fHeader    = new AliHeader();
   fRun       = 0;
   fEvent     = 0;
+  fEventNrInRun = 0;
   //
-  // Create the particle stack
-  fParticles = new TClonesArray("TParticle",100);
-  
   fDisplay = 0;
   //
   // Create default mag field
@@ -182,13 +364,24 @@ AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
   //
   // Make particles
   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
+
+  AliConfig::Instance()->Add(fPDGDB); 
+  //
+  // Create HitLists list
+  fHitLists  = new TList();
+  //
+  SetTransPar();
+  fBaseFileName = ".\0";
+  //
+  fDebug        = 0;
 }
 
+
 //_____________________________________________________________________________
 AliRun::~AliRun()
 {
   //
-  // Defaullt AliRun destructor
+  // Default AliRun destructor
   //
   delete fImedia;
   delete fField;
@@ -198,18 +391,19 @@ AliRun::~AliRun()
   delete fGenerator;
   delete fLego;
   delete fTreeD;
-  delete fTreeK;
   delete fTreeH;
   delete fTreeE;
   delete fTreeR;
+  delete fTreeS;
   if (fModules) {
     fModules->Delete();
     delete fModules;
   }
-  if (fParticles) {
-    fParticles->Delete();
-    delete fParticles;
-  }
+  delete fStack;
+  delete fHitLists;
+  delete fPDGDB;
+  delete fMCQA;
+  delete fHeader;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -240,17 +434,22 @@ void AliRun::Browse(TBrowser *b)
   // of the Root browser.
   // It displays the Root Trees and all detectors.
   //
-  if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
+  if(!fStack) fStack=fHeader->Stack();
+  TTree*  pTreeK = fStack->TreeK();
+    
+  if (pTreeK) b->Add(pTreeK,pTreeK->GetName());
   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
+  if (fTreeS) b->Add(fTreeS,fTreeS->GetName());
   
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
   while((detector = (AliModule*)next())) {
     b->Add(detector,detector->GetName());
   }
+  b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -290,25 +489,6 @@ void AliRun::CleanDetectors()
   }
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::CleanParents()
-{
-  //
-  // Clean Particles stack.
-  // Set parent/daughter relations
-  //
-  TClonesArray &particles = *(gAlice->Particles());
-  TParticle *part;
-  int i;
-  for(i=0; i<fNtrack; i++) {
-    part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
-    if(!part->TestBit(Daughters_Bit)) {
-      part->SetFirstDaughter(-1);
-      part->SetLastDaughter(-1);
-    }
-  }
-}
-
 //_____________________________________________________________________________
 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 {
@@ -320,31 +500,29 @@ Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::DumpPart (Int_t i)
+void AliRun::DumpPart (Int_t i) const
 {
   //
   // Dumps particle i in the stack
   //
-  TClonesArray &particles = *fParticles;
-  ((TParticle*) particles[i])->Print();
+    fStack->DumpPart(i);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::DumpPStack ()
+void AliRun::DumpPStack () const
 {
   //
   // Dumps the particle stack
   //
-  TClonesArray &particles = *fParticles;
-  printf(
-        "\n\n=======================================================================\n");
-  for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++) 
-    {
-      printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
-      printf("--------------------------------------------------------------\n");
-    }
-  printf(
-        "\n=======================================================================\n\n");
+    fStack->DumpPStack();
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void  AliRun::SetField(AliMagF* magField)
+{
+    // Set Magnetic Field Map
+    fField = magField;
+    fField->ReadField();
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -360,35 +538,44 @@ void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 
   //
   // --- Sanity check on mag field flags
-  if(type<0 || type > 2) {
-    Warning("SetField",
-           "Invalid magnetic field flag: %5d; Helix tracking chosen instead\n"
-          ,type);
-    type=2;
-  }
   if(fField) delete fField;
   if(version==1) {
-    fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,version,scale,maxField);
-  } else if(version<=3) {
-    fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,version,scale,maxField);
+    fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,scale,maxField);
+  } else if(version<=2) {
+    fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,scale,maxField);
+    fField->ReadField();
+  } else if(version==3) {
+    fField = new AliMagFDM("Map4",filename,type,scale,maxField);
     fField->ReadField();
   } else {
     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
   }
 }
+//_____________________________________________________________________________
+void AliRun::PreTrack()
+{
+     TObjArray &dets = *fModules;
+     AliModule *module;
+
+     for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
+       if((module = (AliModule*)dets[i]))
+        module->PreTrack();
+
+     fMCQA->PreTrack();
+}
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::FillTree()
+void AliRun::PostTrack()
 {
-  //
-  // Fills all AliRun TTrees
-  //
-  if (fTreeK) fTreeK->Fill();
-  if (fTreeH) fTreeH->Fill();
-  if (fTreeD) fTreeD->Fill();
-  if (fTreeR) fTreeR->Fill();
+     TObjArray &dets = *fModules;
+     AliModule *module;
+
+     for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
+       if((module = (AliModule*)dets[i]))
+        module->PostTrack();
 }
+
 //_____________________________________________________________________________
 void AliRun::FinishPrimary()
 {
@@ -399,18 +586,33 @@ void AliRun::FinishPrimary()
   //  static Int_t count=0;
   //  const Int_t times=10;
   // This primary is finished, purify stack
-  gAlice->PurifyKine();
+  fStack->PurifyKine();
+
+  TIter next(fModules);
+  AliModule *detector;
+  while((detector = (AliModule*)next())) {
+    detector->FinishPrimary();
+  }
 
   // Write out hits if any
   if (gAlice->TreeH()) {
     gAlice->TreeH()->Fill();
   }
   
+  //
+  //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliRun::BeginPrimary()
+{
+  //
+  // Called  at the beginning of each primary track
+  //
+  
   // Reset Hits info
   gAlice->ResetHits();
 
-  //
-  //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -419,67 +621,42 @@ void AliRun::FinishEvent()
   //
   // Called at the end of the event.
   //
-  printf("\n\n\n\nEntering FinishEvent \n\n\n");
+  
+  //
+  if(fLego) fLego->FinishEvent();
+
   //Update the energy deposit tables
   Int_t i;
-  for(i=0;i<sEventEnergy.GetSize();i++) {
-    sSummEnergy[i]+=sEventEnergy[i];
-    sSum2Energy[i]+=sEventEnergy[i]*sEventEnergy[i];
+  for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
+    fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
+    fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
   }
-  sEventEnergy.Reset();
+
+
   
-  // Clean detector information
-  CleanDetectors();
+  // Update Header information 
+
+  fHeader->SetNprimary(fStack->GetNprimary());
+  fHeader->SetNtrack(fStack->GetNtrack());  
+
   
   // Write out the kinematics
-  if (fTreeK) {
-    CleanParents();
-    fTreeK->Fill();
-  }
-  
-  // Write out the digits
-  if (fTreeD) {
-    fTreeD->Fill();
-    ResetDigits();
-  }
-  
-  // Write out reconstructed clusters  
-  if (fTreeR) {
-    fTreeR->Fill();
-  }
-
+  fStack->FinishEvent();
+   
   // Write out the event Header information
-  if (fTreeE) fTreeE->Fill();
-  
-  Int_t np=fParticles->GetEntriesFast();
-  printf("Checking %d\n",np);
-  for (Int_t inpart=0; inpart<np;++inpart) {
-       
-    TParticle *particle = (TParticle*)fParticles->UncheckedAt(inpart);
-    Int_t icode = particle->GetPdgCode();
-    Double_t chg = particle->GetPDG()->Charge();
-    
-    if (icode==111 && chg) {
-      printf("%s charge %f %p %s\n",
-            particle->GetName(),chg,particle->GetPDG(),
-            particle->GetPDG()->GetName());
-    }
+  if (fTreeE) {
+      fHeader->SetStack(fStack);
+      fTreeE->Fill();
   }
-
-  // Reset stack info
-  ResetStack();
+  
   
   // Write Tree headers
-  //  Int_t ievent = fHeader.GetEvent();
-  //  char hname[30];
-  //  sprintf(hname,"TreeK%d",ievent);
-  if (fTreeK) fTreeK->Write();
-  //  sprintf(hname,"TreeH%d",ievent);
-  if (fTreeH) fTreeH->Write();
-  //  sprintf(hname,"TreeD%d",ievent);
-  if (fTreeD) fTreeD->Write();
-  //  sprintf(hname,"TreeR%d",ievent);
-  if (fTreeR) fTreeR->Write();
+  TTree* pTreeK = fStack->TreeK();
+  if (pTreeK) pTreeK->Write(0,TObject::kOverwrite);
+  if (fTreeH) fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
+  
+  ++fEvent;
+  ++fEventNrInRun;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -489,6 +666,9 @@ void AliRun::FinishRun()
   // Called at the end of the run.
   //
 
+  //
+  if(fLego) fLego->FinishRun();
+  
   // Clean detector information
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
@@ -498,57 +678,47 @@ void AliRun::FinishRun()
   
   //Output energy summary tables
   EnergySummary();
+
+  TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
+
+  file->cd();
   
-  // file is retrieved from whatever tree
-  TFile *File = 0;
-  if (fTreeK) File = fTreeK->GetCurrentFile();
-  if ((!File) && (fTreeH)) File = fTreeH->GetCurrentFile();
-  if ((!File) && (fTreeD)) File = fTreeD->GetCurrentFile();
-  if ((!File) && (fTreeE)) File = fTreeE->GetCurrentFile();
-  if( NULL==File ) {
-    Error("FinishRun","There isn't root file!");
-    exit(1);
-  }
-  File->cd();
-  fTreeE->Write();
+  fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
   
+  // Write AliRun info and all detectors parameters
+  Write(0,TObject::kOverwrite);
+
   // Clean tree information
-  delete fTreeK; fTreeK = 0;
-  delete fTreeH; fTreeH = 0;
-  delete fTreeD; fTreeD = 0;
-  delete fTreeR; fTreeR = 0;
-  delete fTreeE; fTreeE = 0;
+
+  fStack->FinishRun();
   
-  // Write AliRun info and all detectors parameters
-  Write();
+  if (fTreeH) {
+    delete fTreeH; fTreeH = 0;
+  }
+  if (fTreeD) {
+    delete fTreeD; fTreeD = 0;
+  }
+  if (fTreeR) {
+    delete fTreeR; fTreeR = 0;
+  }
+//   if (fTreeE) {
+//     delete fTreeE; fTreeE = 0;
+//   }
+  if (fTreeS) {
+    delete fTreeS; fTreeS = 0;
+  }
+  fGenerator->FinishRun();
   
   // Close output file
-  File->Write();
-  File->Close();
+  file->Write();
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 {
+  // Delegate to stack
   //
-  // Flags a track and all its family tree to be kept
-  //
-  int curr;
-  TParticle *particle;
-
-  curr=track;
-  while(1) {
-    particle=(TParticle*)fParticles->UncheckedAt(curr);
-    
-    // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
-    if(particle->TestBit(Keep_Bit)) return;
-    
-    // Save this particle
-    particle->SetBit(Keep_Bit);
-    
-    // Move to father if any
-    if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
-  }
+    fStack->FlagTrack(track);
 }
  
 //_____________________________________________________________________________
@@ -562,25 +732,25 @@ void AliRun::EnergySummary()
   Float_t edtot=0;
   Float_t ed, ed2;
   Int_t kn, i, left, j, id;
-  const Float_t zero=0;
-  Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
+  const Float_t kzero=0;
+  Int_t ievent=fHeader->GetEvent()+1;
   //
   // Energy loss information
   if(ievent) {
     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
-    for(kn=1;kn<sEventEnergy.GetSize();kn++) {
-      ed=sSummEnergy[kn];
+    for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
+      ed=fSummEnergy[kn];
       if(ed>0) {
-       sEventEnergy[ndep]=kn;
+       fEventEnergy[ndep]=kn;
        if(ievent>1) {
          ed=ed/ievent;
-         ed2=sSum2Energy[kn];
+         ed2=fSum2Energy[kn];
          ed2=ed2/ievent;
-         ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,zero))/ed;
+         ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
        } else 
          ed2=99;
-       sSummEnergy[ndep]=ed;
-       sSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,zero));
+       fSummEnergy[ndep]=ed;
+       fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,kzero));
        edtot+=ed;
        ndep++;
       }
@@ -589,8 +759,8 @@ void AliRun::EnergySummary()
       left=ndep-kn*3;
       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
        j=kn*3+i;
-        id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
-       printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),sSummEnergy[j],sSum2Energy[j]);
+        id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
+       printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
       }
       printf("\n");
     }
@@ -602,8 +772,8 @@ void AliRun::EnergySummary()
       left=ndep-kn*5;
       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
        j=kn*5+i;
-        id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
-       printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*sSummEnergy[j]/edtot);
+        id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
+       printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
       }
       printf("\n");
     }
@@ -612,13 +782,13 @@ void AliRun::EnergySummary()
   }
   //
   // Reset the TArray's
-  sEventEnergy.Set(0);
-  sSummEnergy.Set(0);
-  sSum2Energy.Set(0);
+  //  fEventEnergy.Set(0);
+  //  fSummEnergy.Set(0);
+  //  fSum2Energy.Set(0);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliModule *AliRun::GetModule(const char *name)
+AliModule *AliRun::GetModule(const char *name) const
 {
   //
   // Return pointer to detector from name
@@ -627,7 +797,7 @@ AliModule *AliRun::GetModule(const char *name)
 }
  
 //_____________________________________________________________________________
-AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name)
+AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name) const
 {
   //
   // Return pointer to detector from name
@@ -636,7 +806,7 @@ AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name)
 }
  
 //_____________________________________________________________________________
-Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name)
+Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name) const
 {
   //
   // Return galice internal detector identifier from name
@@ -656,41 +826,72 @@ Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
   //
 
   // Reset existing structures
-  ResetStack();
   ResetHits();
   ResetDigits();
+  ResetSDigits();
   
   // Delete Trees already connected
-  if (fTreeK) delete fTreeK;
-  if (fTreeH) delete fTreeH;
-  if (fTreeD) delete fTreeD;
-  if (fTreeR) delete fTreeR;
-
-  // Get header from file
-  if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
-  else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
+  if (fTreeH) { delete fTreeH; fTreeH = 0;}
+  if (fTreeD) { delete fTreeD; fTreeD = 0;}
+  if (fTreeR) { delete fTreeR; fTreeR = 0;}
+  if (fTreeS) { delete fTreeS; fTreeS = 0;}
+
+ // Create the particle stack
+  if (fHeader) delete fHeader; 
+  fHeader = 0;
   
-  // Get Kine Tree from file
+  // Get header from file
+  if(fTreeE) {
+      fTreeE->SetBranchAddress("Header", &fHeader);
+
+      if (!fTreeE->GetEntry(event)) {
+       Error("GetEvent","Cannot find event:%d\n",event);
+       return -1;
+      }
+  }  
+  else {
+      Error("GetEvent","Cannot find Header Tree (TE)\n");
+      return -1;
+  }
+
+  // Get the stack from the header, set fStack to 0 if it 
+  // fails to get event
+  if (fStack) delete fStack;
+  fStack = fHeader->Stack();
+  if (fStack) {
+    if (!fStack->GetEvent(event)) fStack = 0;
+  }
+
+  //
+  TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
   char treeName[20];
-  sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
-  fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
-  if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticles);
-  else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
   
+  file->cd();
+
   // Get Hits Tree header from file
   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
   if (!fTreeH) {
-    Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
+      Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
   }
-  
+
   // Get Digits Tree header from file
   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
   if (!fTreeD) {
-    Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
+    // Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
   }
-  
+
+  file->cd();
+
+  // Get SDigits Tree header from file
+  sprintf(treeName,"TreeS%d",event);
+  fTreeS = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
+  if (!fTreeS) {
+    // Warning("GetEvent","cannot find SDigits Tree for event:%d\n",event);
+  }
+
+  file->cd();
   
   // Get Reconstruct Tree header from file
   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
@@ -698,6 +899,8 @@ Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
   if (!fTreeR) {
     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
   }
+
+  file->cd();
  
   // Set Trees branch addresses
   TIter next(fModules);
@@ -705,10 +908,10 @@ Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
   while((detector = (AliModule*)next())) {
     detector->SetTreeAddress();
   }
-  
-  if (fTreeK) fTreeK->GetEvent(0);
-  fNtrack = Int_t (fParticles->GetEntries());
-  return fNtrack;
+
+  fEvent=event; //MI change
+
+  return fHeader->GetNtrack();
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -727,7 +930,6 @@ TGeometry *AliRun::GetGeometry()
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
   while((detector = (AliModule*)next())) {
-    detector->SetTreeAddress();
     TList *dnodes=detector->Nodes();
     Int_t j;
     TNode *node, *node1;
@@ -746,75 +948,35 @@ void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
                          Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
                          Float_t &tof)
 {
+  // Delegate to stack
   //
-  // Return next track from stack of particles
-  //
-  TVector3 pol;
-  fCurrent=-1;
-  TParticle *track;
-  for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
-    track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(i);
-    if(!track->TestBit(Done_Bit)) {
-      //
-      // The track has not yet been processed
-      fCurrent=i;
-      ipart=track->GetPdgCode();
-      pmom[0]=track->Px();
-      pmom[1]=track->Py(); 
-      pmom[2]=track->Pz();
-      e     =track->Energy();
-      vpos[0]=track->Vx();
-      vpos[1]=track->Vy();
-      vpos[2]=track->Vz();
-      track->GetPolarisation(pol);
-      polar[0]=pol.X();
-      polar[1]=pol.Y();
-      polar[2]=pol.Z();
-      tof=track->T();
-      track->SetBit(Done_Bit);
-      break;
-    }
-  }
-  mtrack=fCurrent;
-  //
-  // stop and start timer when we start a primary track
-  Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
-  if (fCurrent >= nprimaries) return;
-  if (fCurrent < nprimaries-1) {
-    fTimer.Stop();
-    track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(fCurrent+1);
-    //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
-  }
-  fTimer.Start();
+    fStack->GetNextTrack(mtrack, ipart, pmom, e, vpos, polar, tof);  
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track)
+Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track) const
 {
   //
   // return number of primary that has generated track
   //
-  int current, parent;
-  TParticle *part;
-  //
-  parent=track;
-  while (1) {
-    current=parent;
-    part = (TParticle *)fParticles->UncheckedAt(current);
-    parent=part->GetFirstMother();
-    if(parent<0) return current;
-  }
+    return fStack->GetPrimary(track);
 }
  
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::Init(const char *setup)
+void AliRun::InitMC(const char *setup)
 {
   //
   // Initialize the Alice setup
   //
 
+  if(fInitDone) {
+    Warning("Init","Cannot initialise AliRun twice!\n");
+    return;
+  }
+    
   gROOT->LoadMacro(setup);
-  gInterpreter->ProcessLine("Config();");
+  gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
+
 
   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 
@@ -823,19 +985,18 @@ void AliRun::Init(const char *setup)
   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 
   //
-  //=================Create Materials, geometry, histograms, etc
+  //=================Create Materials and geometry
+  gMC->Init();
+
+  // Added also after in case of interactive initialisation of modules
+  fNdets = fModules->GetLast()+1;
+
    TIter next(fModules);
    AliModule *detector;
    while((detector = (AliModule*)next())) {
       detector->SetTreeAddress();
       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
       
-      // Initialise detector materials, geometry, histograms,etc
-      detector->CreateMaterials();
-      detector->CreateGeometry();
-      detector->BuildGeometry();
-      detector->Init();
-      
       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
@@ -844,28 +1005,29 @@ void AliRun::Init(const char *setup)
        objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
       }
    }
-   SetTransPar(); //Read the cuts for all materials
+   ReadTransPar(); //Read the cuts for all materials
    
    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
    
-   //Close the geometry structure
-   gMC->Ggclos();
-   
    //Initialise geometry deposition table
-   sEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
-   sSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
-   sSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
-   
-   //Create the color table
-   gMC->SetColors();
+   fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
+   fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
+   fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
    
    //Compute cross-sections
-   gMC->Gphysi();
+   gMC->BuildPhysics();
    
    //Write Geometry object to current file.
    fGeometry->Write();
    
    fInitDone = kTRUE;
+
+   fMCQA = new AliMCQA(fNdets);
+
+   AliConfig::Instance();
+   //
+   // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
+   Write();
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -935,46 +1097,76 @@ void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliRun::SetTransPar(char* filename)
+void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
+{
+  //
+  // Load the event generator
+  //
+  if(fGenerator)
+    if(generator)
+      Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
+             fGenerator->GetName(),generator->GetName());
+    else
+      Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with NULL\n",
+             fGenerator->GetName());
+  fGenerator = generator;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliRun::SetTransPar(char *filename)
+{
+  fTransParName = filename;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliRun::SetBaseFile(char *filename)
+{
+  fBaseFileName = filename;
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+void AliRun::ReadTransPar()
 {
   //
   // Read filename to set the transport parameters
   //
 
 
-  const Int_t ncuts=10;
-  const Int_t nflags=11;
-  const Int_t npars=ncuts+nflags;
-  const char pars[npars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
+  const Int_t kncuts=10;
+  const Int_t knflags=11;
+  const Int_t knpars=kncuts+knflags;
+  const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
                               "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
                               "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
                               "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
   char line[256];
   char detName[7];
   char* filtmp;
-  Float_t cut[ncuts];
-  Int_t flag[nflags];
+  Float_t cut[kncuts];
+  Int_t flag[knflags];
   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
   FILE *lun;
   //
   // See whether the file is there
-  filtmp=gSystem->ExpandPathName(filename);
+  filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
   lun=fopen(filtmp,"r");
   delete [] filtmp;
   if(!lun) {
-    Warning("SetTransPar","File %s does not exist!\n",filename);
+    Warning("ReadTransPar","File %s does not exist!\n",fTransParName.Data());
     return;
   }
   //
-  printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
-  printf(" *%59s\n","*");
-  printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
-  printf(" *%59s\n","*");
+  if(fDebug) {
+    printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
+    printf(" *%59s\n","*");
+    printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
+    printf(" *%59s\n","*");
+  }
   //
   while(1) {
     // Initialise cuts and flags
-    for(i=0;i<ncuts;i++) cut[i]=-99;
-    for(i=0;i<nflags;i++) flag[i]=-99;
+    for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
+    for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
     itmed=0;
     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
     // Read up to the end of line excluded
@@ -982,8 +1174,10 @@ void AliRun::SetTransPar(char* filename)
     if(iret<0) {
       //End of file
       fclose(lun);
-      printf(" *%59s\n","*");
-      printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
+      if(fDebug){
+       printf(" *%59s\n","*");
+       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
+      }
       return;
     }
     // Read the end of line
@@ -998,7 +1192,7 @@ void AliRun::SetTransPar(char* filename)
     if(!iret) continue;
     if(iret<0) {
       //reading error
-      Warning("SetTransPar","Error reading file %s\n",filename);
+      Warning("ReadTransPar","Error reading file %s\n",fTransParName.Data());
       continue;
     }
     // Check that the module exist
@@ -1010,58 +1204,111 @@ void AliRun::SetTransPar(char* filename)
       if(0<=itmed && itmed < 100) {
        ktmed=idtmed[itmed];
        if(!ktmed) {
-         Warning("SetTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
+         Warning("ReadTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
          continue;
        }
        // Set energy thresholds
-       for(kz=0;kz<ncuts;kz++) {
+       for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
          if(cut[kz]>=0) {
-           printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
-                  pars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
-           gMC->Gstpar(ktmed,pars[kz],cut[kz]);
+           if(fDebug) printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
+                  kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
+           gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
          }
        }
        // Set transport mechanisms
-       for(kz=0;kz<nflags;kz++) {
+       for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
          if(flag[kz]>=0) {
-           printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
-                  pars[ncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
-           gMC->Gstpar(ktmed,pars[ncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
+           if(fDebug) printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
+                  kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
+           gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
          }
        }
       } else {
-       Warning("SetTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
+       Warning("ReadTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
        continue;
       }
     } else {
-      Warning("SetTransPar","Module %s not present\n",detName);
+      if(fDebug) printf("%s::ReadTransParModule: %s not present\n",ClassName(),detName);
       continue;
     }
   }
 }
 
+
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
+void AliRun::MakeTree(Option_t *option, const char *file)
 {
   //
   //  Create the ROOT trees
   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
   //
 
+  char hname[30];
   //
   // Analyse options
-  char *K = strstr(option,"K");
-  char *H = strstr(option,"H");
-  char *E = strstr(option,"E");
-  char *D = strstr(option,"D");
-  char *R = strstr(option,"R");
-  //
-  if (K && !fTreeK) fTreeK = new TTree("TreeK0","Kinematics");
-  if (H && !fTreeH) fTreeH = new TTree("TreeH0","Hits");
-  if (D && !fTreeD) fTreeD = new TTree("TreeD0","Digits");
-  if (E && !fTreeE) fTreeE = new TTree("TE","Header");
-  if (R && !fTreeR) fTreeR = new TTree("TreeR0","Reconstruction");
-  if (fTreeH) fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
+  const char *oK = strstr(option,"K");
+  const char *oH = strstr(option,"H");
+  const char *oE = strstr(option,"E");
+  const char *oD = strstr(option,"D");
+  const char *oR = strstr(option,"R");
+  const char *oS = strstr(option,"S");
+  //
+
+  TDirectory *cwd = gDirectory;
+
+  TBranch *branch = 0;
+  
+  if (oK) fStack->MakeTree(fEvent, file);
+
+  if (oE && !fTreeE) {
+    fTreeE = new TTree("TE","Header");
+    //    branch = fTreeE->Branch("Header", "AliHeader", &fHeader, 4000, 0);         
+    branch = fTreeE->Branch("Header", "AliHeader", &fHeader, 4000, 0);         
+    branch->SetAutoDelete(kFALSE);          
+    TFolder *folder = (TFolder *)gROOT->FindObjectAny("/Folders/RunMC/Event/Header");
+    if (folder) folder->Add(fHeader);
+//    branch = fTreeE->Branch("Stack","AliStack", &fStack, 4000, 0);
+//    branch->SetAutoDelete(kFALSE);        
+//    if (folder) folder->Add(fStack);
+    fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
+  }
+  
+  if (file && branch) {
+    char * outFile = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+strlen(file)+2];
+    sprintf(outFile,"%s/%s",GetBaseFile(),file);
+    branch->SetFile(outFile);
+    TIter next( branch->GetListOfBranches());
+    while ((branch=(TBranch*)next())) {
+       branch->SetFile(outFile);
+    } 
+    if (GetDebug()>1)
+        printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n", branch->GetName(),file);
+    cwd->cd();
+    delete outFile;
+  }
+  
+  if (oH && !fTreeH) {
+    sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
+    fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
+    fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
+    fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
+  }
+  if (oD && !fTreeD) {
+    sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
+    fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
+    fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
+  }
+  if (oS && !fTreeS) {
+    sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
+    fTreeS = new TTree(hname,"SDigits");
+    fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
+  }
+  if (oR && !fTreeR) {
+    sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
+    fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
+    fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
+  }
+
   //
   // Create a branch for hits/digits for each detector
   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
@@ -1069,147 +1316,75 @@ void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
   TIter next(fModules);
   AliModule *detector;
   while((detector = (AliModule*)next())) {
-     if (H || D || R) detector->MakeBranch(option);
+     if (oH) detector->MakeBranch(option,file);
   }
-  //  Create a branch for particles
-  if (fTreeK && K) fTreeK->Branch("Particles",&fParticles,4000);
-  
-  //  Create a branch for Header
-  if (fTreeE && E) fTreeE->Branch("Header","AliHeader",&header,4000);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
+TParticle* AliRun::Particle(Int_t i)
 {
-  //
-  // PurifyKine with external parameters
-  //
-  fHgwmk = lastSavedTrack;
-  fNtrack = nofTracks;
-  PurifyKine();
-  return fHgwmk;
+    return fStack->Particle(i);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::PurifyKine()
+void AliRun::BeginEvent()
 {
-  //
-  // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
-  // and renaming the particle id's in all the hits
-  //
-  TClonesArray &particles = *fParticles;
-  int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
-  TParticle *part, *partnew, *father;
-  AliHit *OneHit;
-  int *map = new int[particles.GetEntries()];
-
-  // Save in Header total number of tracks before compression
-  fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
-
-  // Preset map, to be removed later
-  for(i=0; i<fNtrack; i++) {
-    if(i<=fHgwmk) map[i]=i ; else map[i] = -99 ;}
-  // Second pass, build map between old and new numbering
-  for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
-    part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
-    if(part->TestBit(Keep_Bit)) {
-      
-      // This particle has to be kept
-      map[i]=nkeep;
-      if(i!=nkeep) {
-       
-       // Old and new are different, have to copy
-       partnew = (TParticle *)particles.UncheckedAt(nkeep);
-       *partnew = *part;
-      } else partnew = part;
-      
-      // as the parent is always *before*, it must be already
-      // in place. This is what we are checking anyway!
-      if((parent=partnew->GetFirstMother())>fHgwmk) {
-       if(map[parent]==-99) printf("map[%d] = -99!\n",parent);
-       partnew->SetFirstMother(map[parent]);
-      }
-      nkeep++;
-    }
-  }
-  fNtrack=nkeep;
-  
-  // Fix daughters information
-  for (i=0; i<fNtrack; i++) {
-    part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
-    parent = part->GetFirstMother();
-    if(parent>=0) {
-      father = (TParticle *)particles.UncheckedAt(parent);
-      if(father->TestBit(Daughters_Bit)) {
-      
-       if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
-       if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
-      } else {
-       // Iitialise daughters info for first pass
-       father->SetFirstDaughter(i);
-       father->SetLastDaughter(i);
-       father->SetBit(Daughters_Bit);
-      }
-    }
-  }
-  
-  // Now loop on all detectors and reset the hits
-  TIter next(fModules);
-  AliModule *detector;
-  while((detector = (AliModule*)next())) {
-    if (!detector->Hits()) continue;
-    TClonesArray &vHits=*(detector->Hits());
-    if(vHits.GetEntries() != detector->GetNhits())
-      printf("vHits.GetEntries()!=detector->GetNhits(): %d != %d\n",
-            vHits.GetEntries(),detector->GetNhits());
-    for (i=0; i<detector->GetNhits(); i++) {
-      OneHit = (AliHit *)vHits.UncheckedAt(i);
-      OneHit->SetTrack(map[OneHit->GetTrack()]);
-    }
-  }
+    // Clean-up previous event
+    // Energy scores  
+    fEventEnergy.Reset();  
+    // Clean detector information
+    CleanDetectors();
+    // Reset stack info
+    fStack->Reset();
 
-  fHgwmk=nkeep-1;
-  particles.SetLast(fHgwmk);
-  delete [] map;
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::Reset(Int_t run, Int_t idevent)
-{
   //
   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
   //
   char hname[30];
   //
-  ResetStack();
+  // Initialise event header
+  fHeader->Reset(fRun,fEvent,fEventNrInRun);
+  //
+  fStack->BeginEvent(fEvent);
+
+  //
+  if(fLego) {
+    fLego->BeginEvent();
+    return;
+  }
+
+  //
+
   ResetHits();
   ResetDigits();
+  ResetSDigits();
 
-  // Initialise event header
-  fHeader.Reset(run,idevent);
 
-  if(fTreeK) {
-    fTreeK->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeK%d",idevent);
-    fTreeK->SetName(hname);
-  }
   if(fTreeH) {
     fTreeH->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeH%d",idevent);
+    sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
     fTreeH->SetName(hname);
   }
   if(fTreeD) {
     fTreeD->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeD%d",idevent);
+    sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
     fTreeD->SetName(hname);
+    fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
+  }
+  if(fTreeS) {
+    fTreeS->Reset();
+    sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
+    fTreeS->SetName(hname);
+    fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
   }
   if(fTreeR) {
     fTreeR->Reset();
-    sprintf(hname,"TreeR%d",idevent);
+    sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
     fTreeR->SetName(hname);
+    fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
   }
 }
-
 //_____________________________________________________________________________
 void AliRun::ResetDigits()
 {
@@ -1223,6 +1398,19 @@ void AliRun::ResetDigits()
   }
 }
 
+//_____________________________________________________________________________
+void AliRun::ResetSDigits()
+{
+  //
+  //  Reset all Detectors digits
+  //
+  TIter next(fModules);
+  AliModule *detector;
+  while((detector = (AliModule*)next())) {
+     detector->ResetSDigits();
+  }
+}
+
 //_____________________________________________________________________________
 void AliRun::ResetHits()
 {
@@ -1250,7 +1438,7 @@ void AliRun::ResetPoints()
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::Run(Int_t nevent, const char *setup)
+void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
 {
   //
   // Main function to be called to process a galice run
@@ -1259,35 +1447,137 @@ void AliRun::Run(Int_t nevent, const char *setup)
   // a positive number of events will cause the finish routine
   // to be called
   //
-
-  Int_t i, todo;
+    fEventsPerRun = nevent;
   // check if initialisation has been done
-  if (!fInitDone) Init(setup);
+  if (!fInitDone) InitMC(setup);
   
   // Create the Root Tree with one branch per detector
-  if(!fEvent) {
-    gAlice->MakeTree("KHDER");
-  }
 
-  todo = TMath::Abs(nevent);
-  for (i=0; i<todo; i++) {
-  // Process one run (one run = one event)
-     gAlice->Reset(fRun, fEvent);
-     gMC->Gtrigi();
-     gMC->Gtrigc();
-     gMC->Gtrig();
-     gAlice->FinishEvent();
-     fEvent++;
+   MakeTree("ESDR");
+
+  if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
+     MakeTree("K","Kine.root");
+     MakeTree("H","Hits.root");
+  } else {
+     MakeTree("KH");
   }
-  
+
+  gMC->ProcessRun(nevent);
+
   // End of this run, close files
-  if(nevent>0) gAlice->FinishRun();
+  if(nevent>0) FinishRun();
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliRun::RunReco(const char *selected, Int_t first, Int_t last)
+{
+  //
+  // Main function to be called to reconstruct Alice event
+  // 
+   cout << "Found "<< gAlice->TreeE()->GetEntries() << "events" << endl;
+   Int_t nFirst = first;
+   Int_t nLast  = (last < 0)? (Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries() : last;
+   
+   for (Int_t nevent = nFirst; nevent <= nLast; nevent++) {
+     cout << "Processing event "<< nevent << endl;
+     GetEvent(nevent);
+     // MakeTree("R");
+     Digits2Reco(selected);
+   }
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+
+void AliRun::Hits2Digits(const char *selected)
+{
+
+   // Convert Hits to sumable digits
+   // 
+   for (Int_t nevent=0; nevent<gAlice->TreeE()->GetEntries(); nevent++) {
+     GetEvent(nevent);
+    // MakeTree("D");
+     Hits2SDigits(selected);
+     SDigits2Digits(selected);
+   }  
+}
+
+
+//_____________________________________________________________________________
+
+void AliRun::Tree2Tree(Option_t *option, const char *selected)
+{
+  //
+  // Function to transform the content of
+  //  
+  // - TreeH to TreeS (option "S")
+  // - TreeS to TreeD (option "D")
+  // - TreeD to TreeR (option "R")
+  // 
+  // If multiple options are specified ("SDR"), transformation will be done in sequence for
+  // selected detector and for all detectors if none is selected (detector string 
+  // can contain blank separated list of detector names). 
+
+
+   const char *oS = strstr(option,"S");
+   const char *oD = strstr(option,"D");
+   const char *oR = strstr(option,"R");
+   
+   TObjArray *detectors = Detectors();
+
+   TIter next(detectors);
+
+   AliDetector *detector = 0;
+
+   TDirectory *cwd = gDirectory;
+
+   char outFile[32];
+   
+   while((detector = (AliDetector*)next())) {
+     if (selected) 
+       if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
+     if (detector->IsActive()){ 
+       if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {          
+          if (oS) {
+            sprintf(outFile,"SDigits.%s.root",detector->GetName());
+            detector->MakeBranch("S",outFile);
+          }    
+          if (oD) {
+            sprintf(outFile,"Digits.%s.root",detector->GetName());
+            detector->MakeBranch("D",outFile);
+          }    
+          if (oR) {
+            sprintf(outFile,"Reco.%s.root",detector->GetName());
+            detector->MakeBranch("R",outFile);
+          }    
+       } else {
+          detector->MakeBranch(option);
+       }
+       
+       cwd->cd(); 
+
+       if (oS) {
+          cout << "Hits2SDigits: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
+          detector->Hits2SDigits(); 
+       }  
+       if (oD) {
+          cout << "SDigits2Digits: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
+          detector->SDigits2Digits();
+       } 
+       if (oR) {
+          cout << "Digits2Reco: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
+          detector->Digits2Reco(); 
+       }
+       
+       cwd->cd();        
+     }   
+   }
 }
 
+
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
-                    Float_t themax,Int_t nphi,Float_t phimin,Float_t phimax,
-                    Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax)
+void AliRun::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
+                    Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
+                    Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener)
 {
   //
   // Generates lego plots of:
@@ -1328,17 +1618,50 @@ void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
   //
 
   // check if initialisation has been done
-  if (!fInitDone) Init(setup);
+  if (!fInitDone) InitMC(setup);
+  //Save current generator
+  AliGenerator *gen=Generator();
+
+  // Set new generator
+  if (!gener) gener  = new AliLegoGenerator();
+  ResetGenerator(gener);
+  //
+  // Configure Generator
+  gener->SetRadiusRange(rmin, rmax);
+  gener->SetZMax(zmax);
+  gener->SetCoor1Range(nc1, c1min, c1max);
+  gener->SetCoor2Range(nc2, c2min, c2max);
   
-  fLego = new AliLego("lego","lego");
-  fLego->Init(ntheta,themin,themax,nphi,phimin,phimax,rmin,rmax,zmax);
-  fLego->Run();
+  
+  //Create Lego object  
+  fLego = new AliLego("lego",gener);
+
+  //Prepare MC for Lego Run
+  gMC->InitLego();
+  
+  //Run Lego Object
+
+  gMC->ProcessRun(nc1*nc2+1);
   
   // Create only the Root event Tree
-  gAlice->MakeTree("E");
+  MakeTree("E");
   
   // End of this run, close files
-  gAlice->FinishRun();
+  FinishRun();
+  // Restore current generator
+  ResetGenerator(gen);
+  // Delete Lego Object
+  delete fLego; fLego=0;
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliRun::SetConfigFunction(const char * config) 
+{
+  //
+  // Set the signature of the function contained in Config.C to configure
+  // the run
+  //
+  fConfigFunction=config;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -1347,516 +1670,137 @@ void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
   //
   // Set current track number
   //
-  fCurrent = track
+    fStack->SetCurrentTrack(track)
 }
  
 //_____________________________________________________________________________
 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
                      Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
-                     const char *mecha, Int_t &ntr, Float_t weight)
+                     AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
 { 
+// Delegate to stack
+//
+    fStack->SetTrack(done, parent, pdg, pmom, vpos, polar, tof,
+                    mech, ntr, weight);
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
+                     Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
+                     Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
+                     Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
+                     AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
+{ 
+  // Delegate to stack
   //
-  // Load a track on the stack
-  //
-  // done     0 if the track has to be transported
-  //          1 if not
-  // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
-  // pdg    particle code
-  // pmom     momentum GeV/c
-  // vpos     position 
-  // polar    polarisation 
-  // tof      time of flight in seconds
-  // mecha    production mechanism
-  // ntr      on output the number of the track stored
-  //
-  TClonesArray &particles = *fParticles;
-  TParticle *particle;
-  Float_t mass;
-  const Int_t firstdaughter=-1;
-  const Int_t lastdaughter=-1;
-  const Int_t KS=0;
-  //  const Float_t tlife=0;
-  
-  //
-  // Here we get the static mass
-  // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
-  // if the calculated mass is required
-  // also, this method is potentially dangerous if the mass
-  // used in the MC is not the same of the PDG database
-  //
-  mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
-  Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
-                       pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
-  
-  //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f KS %d m %s\n",
-  //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],KS,mecha);
-  
-  particle=new(particles[fNtrack]) TParticle(pdg,KS,parent,-1,firstdaughter,
-                                            lastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
-                                            e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
-  //                                        polar[0],polar[1],polar[2],tof,
-  //                                        mecha,weight);
-  ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
-  ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetWeight(weight);
-  if(!done) particle->SetBit(Done_Bit);
-  
-  if(parent>=0) {
-    particle=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(parent);
-    particle->SetLastDaughter(fNtrack);
-    if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
-  } else { 
-    //
-    // This is a primary track. Set high water mark for this event
-    fHgwmk=fNtrack;
+    fStack->SetTrack(done, parent, pdg, px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof,
+                  polx, poly, polz, mech, ntr, weight);
+    
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliRun::SetHighWaterMark(const Int_t nt)
+{
     //
-    // Set also number if primary tracks
-    fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
-    fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
-  }
-  ntr = fNtrack++;
+    // Set high water mark for last track in event
+    fStack->SetHighWaterMark(nt);
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
 { 
   //
-  // flags a track to be kept
+  // Delegate to stack
   //
-  TClonesArray &particles = *fParticles;
-  ((TParticle*)particles[track])->SetBit(Keep_Bit);
+    fStack->KeepTrack(track);
 }
  
 //_____________________________________________________________________________
-void AliRun::StepManager(Int_t id) const
+void AliRun::StepManager(Int_t id) 
 {
   //
   // Called at every step during transport
   //
 
-  Int_t copy;
   //
   // --- If lego option, do it and leave 
-  if (fLego) {
+  if (fLego)
     fLego->StepManager();
-    return;
-  }
-  //Update energy deposition tables
-  sEventEnergy[gMC->CurrentVolID(copy)]+=gMC->Edep();
+  else {
+    Int_t copy;
+    //Update energy deposition tables
+    AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
   
-  //Call the appropriate stepping routine;
-  AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
-  if(det) det->StepManager();
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::ReadEuclid(const char* filnam, const AliModule *det, char* topvol)
-{
-  //                                                                     
-  //       read in the geometry of the detector in euclid file format    
-  //                                                                     
-  //        id_det : the detector identification (2=its,...)            
-  //        topvol : return parameter describing the name of the top    
-  //        volume of geometry.                                          
-  //                                                                     
-  //            author : m. maire                                        
-  //                                                                     
-  //     28.07.98
-  //     several changes have been made by miroslav helbich
-  //     subroutine is rewrited to follow the new established way of memory
-  //     booking for tracking medias and rotation matrices.
-  //     all used tracking media have to be defined first, for this you can use
-  //     subroutine  greutmed.
-  //     top volume is searched as only volume not positioned into another 
-  //
-
-  Int_t i, nvol, iret, itmed, irot, numed, npar, ndiv, iaxe;
-  Int_t ndvmx, nr, flag;
-  char key[5], card[77], natmed[21];
-  char name[5], mother[5], shape[5], konly[5], volst[7000][5];
-  char *filtmp;
-  Float_t par[50];
-  Float_t teta1, phi1, teta2, phi2, teta3, phi3, orig, step;
-  Float_t xo, yo, zo;
-  const Int_t maxrot=5000;
-  Int_t idrot[maxrot],istop[7000];
-  FILE *lun;
-  //
-  // *** The input filnam name will be with extension '.euc'
-  filtmp=gSystem->ExpandPathName(filnam);
-  lun=fopen(filtmp,"r");
-  delete [] filtmp;
-  if(!lun) {
-    Error("ReadEuclid","Could not open file %s\n",filnam);
-    return;
-  }
-  //* --- definition of rotation matrix 0 ---  
-  TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
-  for(i=1; i<maxrot; ++i) idrot[i]=-99;
-  idrot[0]=0;
-  nvol=0;
- L10:
-  for(i=0;i<77;i++) card[i]=0;
-  iret=fscanf(lun,"%77[^\n]",card);
-  if(iret<=0) goto L20;
-  fscanf(lun,"%*c");
-  //*
-  strncpy(key,card,4);
-  key[4]='\0';
-  if (!strcmp(key,"TMED")) {
-    sscanf(&card[5],"%d '%[^']'",&itmed,natmed);
-    if( itmed<0 || itmed>=100 ) {
-      Error("ReadEuclid","TMED illegal medium number %d for %s\n",itmed,natmed);
-      exit(1);
-    }
-    //Pad the string with blanks
-    i=-1;
-    while(natmed[++i]);
-    while(i<20) natmed[i++]=' ';
-    natmed[i]='\0';
-    //
-    if( idtmed[itmed]<=0 ) {
-      Error("ReadEuclid","TMED undefined medium number %d for %s\n",itmed,natmed);
-      exit(1);
-    }
-    gMC->Gckmat(idtmed[itmed],natmed);
-    //*
-  } else if (!strcmp(key,"ROTM")) {
-    sscanf(&card[4],"%d %f %f %f %f %f %f",&irot,&teta1,&phi1,&teta2,&phi2,&teta3,&phi3);
-    if( irot<=0 || irot>=maxrot ) {
-      Error("ReadEuclid","ROTM rotation matrix number %d illegal\n",irot);
-      exit(1);
-    }
-    det->AliMatrix(idrot[irot],teta1,phi1,teta2,phi2,teta3,phi3);
-    //*
-  } else if (!strcmp(key,"VOLU")) {
-    sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d", name, shape, &numed, &npar);
-    if (npar>0) {
-      for(i=0;i<npar;i++) fscanf(lun,"%f",&par[i]);
-      fscanf(lun,"%*c");
-    }
-    gMC->Gsvolu( name, shape, idtmed[numed], par, npar);
-    //*     save the defined volumes
-    strcpy(volst[++nvol],name);
-    istop[nvol]=1;
-    //*
-  } else if (!strcmp(key,"DIVN")) {
-    sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d", name, mother, &ndiv, &iaxe);
-    gMC->Gsdvn  ( name, mother, ndiv, iaxe );
-    //*
-  } else if (!strcmp(key,"DVN2")) {
-    sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d %f %d",name, mother, &ndiv, &iaxe, &orig, &numed);
-    gMC->Gsdvn2( name, mother, ndiv, iaxe, orig,idtmed[numed]);
-    //*
-  } else if (!strcmp(key,"DIVT")) {
-    sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %f %d %d %d", name, mother, &step, &iaxe, &numed, &ndvmx);
-    gMC->Gsdvt ( name, mother, step, iaxe, idtmed[numed], ndvmx);
-    //*
-  } else if (!strcmp(key,"DVT2")) {
-    sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %f %d %f %d %d", name, mother, &step, &iaxe, &orig, &numed, &ndvmx);
-    gMC->Gsdvt2 ( name, mother, step, iaxe, orig, idtmed[numed], ndvmx );
-    //*
-  } else if (!strcmp(key,"POSI")) {
-    sscanf(&card[5],"'%[^']' %d '%[^']' %f %f %f %d '%[^']'", name, &nr, mother, &xo, &yo, &zo, &irot, konly);
-    if( irot<0 || irot>=maxrot ) {
-      Error("ReadEuclid","POSI %s#%d rotation matrix number %d illegal\n",name,nr,irot);
-      exit(1);
-    }
-    if( idrot[irot] == -99) {
-      Error("ReadEuclid","POSI %s#%d undefined matrix number %d\n",name,nr,irot);
-      exit(1);
-    }
-    //*** volume name cannot be the top volume
-    for(i=1;i<=nvol;i++) {
-      if (!strcmp(volst[i],name)) istop[i]=0;
-    }
-    //*
-    gMC->Gspos  ( name, nr, mother, xo, yo, zo, idrot[irot], konly );
-    //*
-  } else if (!strcmp(key,"POSP")) {
-    sscanf(&card[5],"'%[^']' %d '%[^']' %f %f %f %d '%[^']' %d", name, &nr, mother, &xo, &yo, &zo, &irot, konly, &npar);
-    if( irot<0 || irot>=maxrot ) {
-      Error("ReadEuclid","POSP %s#%d rotation matrix number %d illegal\n",name,nr,irot);
-      exit(1);
-    }
-    if( idrot[irot] == -99) {
-      Error("ReadEuclid","POSP %s#%d undefined matrix number %d\n",name,nr,irot);
-      exit(1);
-    }
-    if (npar > 0) {
-      for(i=0;i<npar;i++) fscanf(lun,"%f",&par[i]);
-      fscanf(lun,"%*c");
-    }
-    //*** volume name cannot be the top volume
-    for(i=1;i<=nvol;i++) {
-      if (!strcmp(volst[i],name)) istop[i]=0;
+    //Call the appropriate stepping routine;
+    AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
+    if(det) {
+      fMCQA->StepManager(id);
+      det->StepManager();
     }
-    //*
-    gMC->Gsposp ( name, nr, mother, xo,yo,zo, idrot[irot], konly, par, npar);
   }
-  //*
-  if (strcmp(key,"END")) goto L10;
-  //* find top volume in the geometry
-  flag=0;
-  for(i=1;i<=nvol;i++) {
-    if (istop[i] && flag) {
-      Warning("ReadEuclid"," %s is another possible top volume\n",volst[i]);
-    }
-    if (istop[i] && !flag) {
-      strcpy(topvol,volst[i]);
-      printf(" *** GREUCL *** volume %s taken as a top volume\n",topvol);
-      flag=1;
-    }
-  }
-  if (!flag) {
-    Warning("ReadEuclid","top volume not found\n");
-  }
-  fclose (lun);
-  //*
-  //*     commented out only for the not cernlib version
-  printf(" *** GREUCL *** file: %s is now read in\n",filnam);
-  //
-  return;
-  //*
-  L20:
-  Error("ReadEuclid","reading error or premature end of file\n");
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliRun::ReadEuclidMedia(const char* filnam, const AliModule *det)
-{
-  //                                                                     
-  //       read in the materials and tracking media for the detector     
-  //                   in euclid file format                             
-  //                                                                     
-  //       filnam: name of the input file                                
-  //       id_det: id_det is the detector identification (2=its,...)     
-  //                                                                     
-  //            author : miroslav helbich                                
-  //
-  Float_t sxmgmx = gAlice->Field()->Max();
-  Int_t   isxfld = gAlice->Field()->Integ();
-  Int_t end, i, iret, itmed;
-  char key[5], card[130], natmed[21], namate[21];
-  Float_t ubuf[50];
-  char* filtmp;
-  FILE *lun;
-  Int_t imate;
-  Int_t nwbuf, isvol, ifield, nmat;
-  Float_t a, z, dens, radl, absl, fieldm, tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin;
-  //
-  end=strlen(filnam);
-  for(i=0;i<end;i++) if(filnam[i]=='.') {
-    end=i;
-    break;
-  }
-  //
-  // *** The input filnam name will be with extension '.euc'
-  printf("The file name is %s\n",filnam); //Debug
-  filtmp=gSystem->ExpandPathName(filnam);
-  lun=fopen(filtmp,"r");
-  delete [] filtmp;
-  if(!lun) {
-    Warning("ReadEuclidMedia","Could not open file %s\n",filnam);
-    return;
-  }
-  //
-  // Retrieve Mag Field parameters
-  Int_t ISXFLD=gAlice->Field()->Integ();
-  Float_t SXMGMX=gAlice->Field()->Max();
-  //  TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
-  //
- L10:
-  for(i=0;i<130;i++) card[i]=0;
-  iret=fscanf(lun,"%4s %[^\n]",key,card);
-  if(iret<=0) goto L20;
-  fscanf(lun,"%*c");
-  //*
-  //* read material
-  if (!strcmp(key,"MATE")) {
-    sscanf(card,"%d '%[^']' %f %f %f %f %f %d",&imate,namate,&a,&z,&dens,&radl,&absl,&nwbuf);
-    if (nwbuf>0) for(i=0;i<nwbuf;i++) fscanf(lun,"%f",&ubuf[i]);
-    //Pad the string with blanks
-    i=-1;
-    while(namate[++i]);
-    while(i<20) namate[i++]=' ';
-    namate[i]='\0';
-    //
-    det->AliMaterial(imate,namate,a,z,dens,radl,absl,ubuf,nwbuf);
-    //* read tracking medium
-  } else if (!strcmp(key,"TMED")) {
-    sscanf(card,"%d '%[^']' %d %d %d %f %f %f %f %f %f %d",
-          &itmed,natmed,&nmat,&isvol,&ifield,&fieldm,&tmaxfd,
-          &stemax,&deemax,&epsil,&stmin,&nwbuf);
-    if (nwbuf>0) for(i=0;i<nwbuf;i++) fscanf(lun,"%f",&ubuf[i]);
-    if (ifield<0) ifield=isxfld;
-    if (fieldm<0) fieldm=sxmgmx;
-    //Pad the string with blanks
-    i=-1;
-    while(natmed[++i]);
-    while(i<20) natmed[i++]=' ';
-    natmed[i]='\0';
-    //
-    det->AliMedium(itmed,natmed,nmat,isvol,ISXFLD,SXMGMX,tmaxfd,
-                  stemax,deemax,epsil,stmin,ubuf,nwbuf);
-    //    (*fImedia)[idtmed[itmed]-1]=id_det;
-    //*
-  }
-  //*
-  if (strcmp(key,"END")) goto L10;
-  fclose (lun);
-  //*
-  //*     commented out only for the not cernlib version
-  Warning("ReadEuclidMedia","file: %s is now read in\n",filnam);
-  //*
-  return;
-  //*
- L20:
-  Warning("ReadEuclidMedia","reading error or premature end of file\n");
-} 
 //_____________________________________________________________________________
 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
 {
-  //
   // Stream an object of class AliRun.
-  //
+
   if (R__b.IsReading()) {
-    Version_t R__v = R__b.ReadVersion(); if (R__v) { }
-    TNamed::Streamer(R__b);
     if (!gAlice) gAlice = this;
+
+    AliRun::Class()->ReadBuffer(R__b, this);
+    //
     gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
+
     fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
-    if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &header);
-    else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
-    R__b >> fNtrack;
-    R__b >> fHgwmk;
-    R__b >> fDebug;
-    fHeader.Streamer(R__b);
-    R__b >> fModules;
-    R__b >> fParticles;
-    R__b >> fField; 
-    //    R__b >> fMC;
-    R__b >> fNdets;
-    R__b >> fTrRmax;
-    R__b >> fTrZmax;
-    R__b >> fGenerator;
-    if(R__v>1) {
-      R__b >> fPDGDB;        //Particle factory object!
-      fTreeE->GetEntry(0);
-    } else {
-      fHeader.SetEvent(0);
-      fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
+    if (fTreeE) {
+         fTreeE->SetBranchAddress("Header", &fHeader);
     }
+      
+    else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
+    fTreeE->GetEntry(0);
+
+    gRandom = fRandom;
   } else {
-    R__b.WriteVersion(AliRun::IsA());
-    TNamed::Streamer(R__b);
-    R__b << fNtrack;
-    R__b << fHgwmk;
-    R__b << fDebug;
-    fHeader.Streamer(R__b);
-    R__b << fModules;
-    R__b << fParticles;
-    R__b << fField;
-    //    R__b << fMC;
-    R__b << fNdets;
-    R__b << fTrRmax;
-    R__b << fTrZmax;
-    R__b << fGenerator;
-    R__b << fPDGDB;        //Particle factory object!
+    AliRun::Class()->WriteBuffer(R__b, this);
   }
-} 
-
+}
 
-//_____________________________________________________________________________
-//
-//                 Interfaces to Fortran
-//
-//_____________________________________________________________________________
 
-extern "C" void type_of_call  rxgtrak (Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom, 
-                                      Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
-                                      Float_t &tof)
-{
+//___________________________________________________________________________
+Int_t AliRun::CurrentTrack() const {
   //
-  //     Fetches next track from the ROOT stack for transport. Called by the
-  //     modified version of GTREVE.
-  //
-  //              Track number in the ROOT stack. If MTRACK=0 no
-  //      mtrack  more tracks are left in the stack to be
-  //              transported.
-  //      ipart   Particle code in the GEANT conventions.
-  //      pmom[3] Particle momentum in GeV/c
-  //      e       Particle energy in GeV
-  //      vpos[3] Particle position
-  //      tof     Particle time of flight in seconds
-  //
-  Int_t pdg;
-  gAlice->GetNextTrack(mtrack, pdg, pmom, e, vpos, polar, tof);
-  ipart = gMC->IdFromPDG(pdg);
-  mtrack++;
+  // Returns current track
+  //
+  return fStack->CurrentTrack();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-extern "C" void type_of_call 
-#ifndef WIN32
-rxstrak (Int_t &keep, Int_t &parent, Int_t &ipart, Float_t *pmom, 
-              Float_t *vpos, Float_t &tof, const char* cmech, Int_t &ntr, const int cmlen)
-#else
-rxstrak (Int_t &keep, Int_t &parent, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
-        Float_t *vpos, Float_t &tof, const char* cmech, const int cmlen,
-        Int_t &ntr)
-#endif
-{
+//___________________________________________________________________________
+Int_t AliRun::GetNtrack() const {
   //
-  //     Fetches next track from the ROOT stack for transport. Called by GUKINE
-  //     and GUSTEP.
-  //
-  //              Status of the track. If keep=0 the track is put
-  //      keep    on the ROOT stack but it is not fetched for
-  //              transport.
-  //      parent  Parent track. If parent=0 the track is a primary.
-  //              In GUSTEP the routine is normally called to store
-  //              secondaries generated by the current track whose
-  //              ROOT stack number is MTRACK (common SCKINE.
-  //      ipart   Particle code in the GEANT conventions.
-  //      pmom[3] Particle momentum in GeV/c
-  //      vpos[3] Particle position
-  //      tof     Particle time of flight in seconds
-  //
-  //      cmech   (CHARACTER*10) Particle origin. This field is user
-  //              defined and it is not used inside the GALICE code.
-  //      ntr     Number assigned to the particle in the ROOT stack.
-  //
-  char mecha[11];
-  Float_t polar[3]={0.,0.,0.};
-  for(int i=0; i<10 && i<cmlen; i++) mecha[i]=cmech[i];
-  mecha[10]=0;
-  Int_t pdg=gMC->PDGFromId(ipart);
-  gAlice->SetTrack(keep, parent-1, pdg, pmom, vpos, polar, tof, mecha, ntr);
-  ntr++;
+  // Returns number of tracks in stack
+  //
+  return fStack->GetNtrack();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-extern "C" void type_of_call  rxkeep(const Int_t &n)
-{
-  if( NULL==gAlice ) exit(1);
-  
-  if( n<=0 || n>gAlice->Particles()->GetEntries() )
-    {
-      printf("  Bad index n=%d must be 0<n<=%d\n",
-            n,gAlice->Particles()->GetEntries());
-      exit(1);
-    }
-  
-  ((TParticle*)(gAlice->Particles()->UncheckedAt(n-1)))->SetBit(Keep_Bit);
+//___________________________________________________________________________
+TObjArray* AliRun::Particles() {
+  //
+  // Returns pointer to Particles array
+  //
+  return fStack->Particles();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-extern "C" void type_of_call  rxouth ()
-{
+//___________________________________________________________________________
+TTree* AliRun::TreeK() {
   //
-  // Called by Gtreve at the end of each primary track
+  // Returns pointer to the TreeK array
   //
-  gAlice->FinishPrimary();
+  return fStack->TreeK();
 }
 
+
+void AliRun::SetGenEventHeader(AliGenEventHeader* header)
+{
+    fHeader->SetGenEventHeader(header);
+}