]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - TPC/AliTPC.cxx
Adding switch - usage of maximal or total charge for dEdx
[u/mrichter/AliRoot.git] / TPC / AliTPC.cxx
index 6020cde38670a2e8879f30244c0f54c3ef5eb149..1820b73555fe7f6b99796f4781d6da56491d8adc 100644 (file)
 #include <Riostream.h>
 #include <stdlib.h>
 
+#include <TF2.h>
 #include <TFile.h>  
-#include <TGeometry.h>
+#include <TGeoGlobalMagField.h>
 #include <TInterpreter.h>
 #include <TMath.h>
-#include <TMatrix.h>
-#include <TNode.h>
+#include <TMatrixF.h>
 #include <TObjectTable.h>
 #include <TParticle.h>
 #include <TROOT.h>
 #include <TRandom.h>
+#include <TStopwatch.h>
+#include <TString.h>
 #include <TSystem.h>     
-#include <TTUBS.h>
 #include <TTree.h>
+#include <TVector.h>
 #include <TVirtualMC.h>
-#include <TString.h>
-#include <TF2.h>
-#include <TStopwatch.h>
 
-#include "AliArrayBranch.h"
 #include "AliDigits.h"
 #include "AliMagF.h"
-#include "AliPoints.h"
 #include "AliRun.h"
 #include "AliRunLoader.h"
 #include "AliSimDigits.h"
 #include "AliTPCPRF2D.h"
 #include "AliTPCParamSR.h"
 #include "AliTPCRF1D.h"
-#include "AliTPCTrackHits.h"
 #include "AliTPCTrackHitsV2.h"
 #include "AliTrackReference.h"
 #include "AliMC.h"
+#include "AliStack.h"
 #include "AliTPCDigitizer.h"
 #include "AliTPCBuffer.h"
 #include "AliTPCDDLRawData.h"
-
+#include "AliLog.h"
+#include "AliTPCcalibDB.h"
+#include "AliTPCCalPad.h"
+#include "AliTPCCalROC.h"
+#include "AliTPCExB.h"
+#include "AliRawReader.h"
+#include "AliTPCRawStream.h"
+#include "TTreeStream.h"
 
 ClassImp(AliTPC) 
-
 //_____________________________________________________________________________
-// helper class for fast matrix and vector manipulation - no range checking
-// origin - Marian Ivanov
-
-class AliTPCFastMatrix : public TMatrix {
-public :
-  AliTPCFastMatrix(Int_t rowlwb, Int_t rowupb, Int_t collwb, Int_t colupb);
-#if ROOT_VERSION_CODE >= ROOT_VERSION(4,0,1)
-  Float_t & UncheckedAt(Int_t rown, Int_t coln) const  {return fElements[(rown-fRowLwb)*fNcols+(coln-fColLwb)];} //fast acces
-  Float_t   UncheckedAtFast(Int_t rown, Int_t coln) const  {return fElements[(rown-fRowLwb)*fNcols+(coln-fColLwb)];} //fast acces
-#else
-  Float_t & UncheckedAt(Int_t rown, Int_t coln) const  {return  (fIndex[coln])[rown];} //fast acces   
-  Float_t   UncheckedAtFast(Int_t rown, Int_t coln) const  {return  (fIndex[coln])[rown];} //fast acces   
-#endif
-};
+  AliTPC::AliTPC():AliDetector(),
+                  fDefaults(0),
+                  fSens(0),
+                  fNsectors(0),
+                  fDigitsArray(0),
+                  fTPCParam(0),
+                  fTrackHits(0),
+                  fHitType(0),
+                  fDigitsSwitch(0),
+                  fSide(0),
+                   fPrimaryIonisation(0),
+                  fNoiseDepth(0),
+                  fNoiseTable(0),
+                  fCurrentNoise(0),
+                  fActiveSectors(0),
+                   fGainFactor(1.),
+    fDebugStreamer(0)
 
-AliTPCFastMatrix::AliTPCFastMatrix(Int_t rowlwb, Int_t rowupb, Int_t collwb, Int_t colupb):
-  TMatrix(rowlwb, rowupb,collwb,colupb)
-   {
-   };
-//_____________________________________________________________________________
-AliTPC::AliTPC()
 {
   //
   // Default constructor
   //
   fIshunt   = 0;
-  fHits     = 0;
-  fDigits   = 0;
-  fNsectors = 0;
-  fDigitsArray = 0;
-  fDefaults = 0;
-  fTrackHits = 0; 
-  fTrackHitsOld = 0;   
-  fHitType = 2; //default CONTAINERS - based on ROOT structure 
-  fTPCParam = 0;    
-  fNoiseTable = 0;
-  fActiveSectors =0;
-
+  //  fTrackHitsOld = 0;   
+#if ROOT_VERSION_CODE >= ROOT_VERSION(4,0,1)
+  fHitType = 4; // ROOT containers
+#else
+  fHitType = 2; //default CONTAINERS - based on ROOT structure
+#endif 
 }
  
 //_____________________________________________________________________________
 AliTPC::AliTPC(const char *name, const char *title)
-      : AliDetector(name,title)
+  : AliDetector(name,title),
+                   fDefaults(0),
+                  fSens(0),
+                  fNsectors(0),
+                  fDigitsArray(0),
+                  fTPCParam(0),
+                  fTrackHits(0),
+                  fHitType(0),
+                  fDigitsSwitch(0),
+                  fSide(0),
+                   fPrimaryIonisation(0),
+                  fNoiseDepth(0),
+                  fNoiseTable(0),
+                  fCurrentNoise(0),
+                   fActiveSectors(0),
+    fGainFactor(1.),
+     fDebugStreamer(0)
+                  
 {
   //
   // Standard constructor
@@ -132,32 +144,31 @@ AliTPC::AliTPC(const char *name, const char *title)
   // Initialise arrays of hits and digits 
   fHits     = new TClonesArray("AliTPChit",  176);
   gAlice->GetMCApp()->AddHitList(fHits); 
-  fDigitsArray = 0;
-  fDefaults = 0;
   //
   fTrackHits = new AliTPCTrackHitsV2;  
   fTrackHits->SetHitPrecision(0.002);
   fTrackHits->SetStepPrecision(0.003);  
   fTrackHits->SetMaxDistance(100);
 
-  fTrackHitsOld = new AliTPCTrackHits;  //MI - 13.09.2000
-  fTrackHitsOld->SetHitPrecision(0.002);
-  fTrackHitsOld->SetStepPrecision(0.003);  
-  fTrackHitsOld->SetMaxDistance(100); 
+  //fTrackHitsOld = new AliTPCTrackHits;  //MI - 13.09.2000
+  //fTrackHitsOld->SetHitPrecision(0.002);
+  //fTrackHitsOld->SetStepPrecision(0.003);  
+  //fTrackHitsOld->SetMaxDistance(100); 
 
-  fNoiseTable =0;
 
+#if ROOT_VERSION_CODE >= ROOT_VERSION(4,0,1)
+  fHitType = 4; // ROOT containers
+#else
   fHitType = 2;
-  fActiveSectors = 0;
-  //
-  // Initialise counters
-  fNsectors = 0;
+#endif
+
+
 
   //
   fIshunt     =  0;
   //
   // Initialise color attributes
-  SetMarkerColor(kYellow);
+  //PH SetMarkerColor(kYellow);
 
   //
   //  Set TPC parameters
@@ -165,20 +176,16 @@ AliTPC::AliTPC(const char *name, const char *title)
 
 
   if (!strcmp(title,"Default")) {       
-    fTPCParam = new AliTPCParamSR;
+    //fTPCParam = new AliTPCParamSR;
+    fTPCParam = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
   } else {
-    cerr<<"AliTPC warning: in Config.C you must set non-default parameters\n";
+    AliWarning("In Config.C you must set non-default parameters.");
     fTPCParam=0;
   }
 
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliTPC::AliTPC(const AliTPC& t):AliDetector(t){
-  //
-  // dummy copy constructor
-  //
-}
 AliTPC::~AliTPC()
 {
   //
@@ -188,11 +195,14 @@ AliTPC::~AliTPC()
   fIshunt   = 0;
   delete fHits;
   delete fDigits;
-  delete fTPCParam;
+  //delete fTPCParam;
   delete fTrackHits; //MI 15.09.2000
-  delete fTrackHitsOld; //MI 10.12.2001
-  if (fNoiseTable) delete [] fNoiseTable;
-
+  //  delete fTrackHitsOld; //MI 10.12.2001
+  
+  fDigitsArray = 0x0;
+  delete [] fNoiseTable;
+  delete [] fActiveSectors;
+  if (fDebugStreamer) delete fDebugStreamer;
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -201,112 +211,14 @@ void AliTPC::AddHit(Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits)
   //
   // Add a hit to the list
   //
-  //  TClonesArray &lhits = *fHits;
-  //  new(lhits[fNhits++]) AliTPChit(fIshunt,track,vol,hits);
   if (fHitType&1){
     TClonesArray &lhits = *fHits;
     new(lhits[fNhits++]) AliTPChit(fIshunt,track,vol,hits);
   }
   if (fHitType>1)
-   AddHit2(track,vol,hits);
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliTPC::BuildGeometry()
-{
-
-  //
-  // Build TPC ROOT TNode geometry for the event display
-  //
-  TNode *nNode, *nTop;
-  TTUBS *tubs;
-  Int_t i;
-  const int kColorTPC=19;
-  char name[5], title[25];
-  const Double_t kDegrad=TMath::Pi()/180;
-  const Double_t kRaddeg=180./TMath::Pi();
-
-
-  Float_t innerOpenAngle = fTPCParam->GetInnerAngle();
-  Float_t outerOpenAngle = fTPCParam->GetOuterAngle();
-
-  Float_t innerAngleShift = fTPCParam->GetInnerAngleShift();
-  Float_t outerAngleShift = fTPCParam->GetOuterAngleShift();
-
-  Int_t nLo = fTPCParam->GetNInnerSector()/2;
-  Int_t nHi = fTPCParam->GetNOuterSector()/2;  
-
-  const Double_t kloAng = (Double_t)TMath::Nint(innerOpenAngle*kRaddeg);
-  const Double_t khiAng = (Double_t)TMath::Nint(outerOpenAngle*kRaddeg);
-  const Double_t kloAngSh = (Double_t)TMath::Nint(innerAngleShift*kRaddeg);
-  const Double_t khiAngSh = (Double_t)TMath::Nint(outerAngleShift*kRaddeg);  
-
-
-  const Double_t kloCorr = 1/TMath::Cos(0.5*kloAng*kDegrad);
-  const Double_t khiCorr = 1/TMath::Cos(0.5*khiAng*kDegrad);
-
-  Double_t rl,ru;
-  
-
-  //
-  // Get ALICE top node
-  //
-
-  nTop=gAlice->GetGeometry()->GetNode("alice");
-
-  //  inner sectors
-
-  rl = fTPCParam->GetInnerRadiusLow();
-  ru = fTPCParam->GetInnerRadiusUp();
-
-  for(i=0;i<nLo;i++) {
-    sprintf(name,"LS%2.2d",i);
-    name[4]='\0';
-    sprintf(title,"TPC low sector %3d",i);
-    title[24]='\0';
-    
-    tubs = new TTUBS(name,title,"void",rl*kloCorr,ru*kloCorr,250.,
-                     kloAng*(i-0.5)+kloAngSh,kloAng*(i+0.5)+kloAngSh);
-    tubs->SetNumberOfDivisions(1);
-    nTop->cd();
-    nNode = new TNode(name,title,name,0,0,0,"");
-    nNode->SetLineColor(kColorTPC);
-    fNodes->Add(nNode);
-  }
-
-  // Outer sectors
-
-  rl = fTPCParam->GetOuterRadiusLow();
-  ru = fTPCParam->GetOuterRadiusUp();
-
-  for(i=0;i<nHi;i++) {
-    sprintf(name,"US%2.2d",i);
-    name[4]='\0';
-    sprintf(title,"TPC upper sector %d",i);
-    title[24]='\0';
-    tubs = new TTUBS(name,title,"void",rl*khiCorr,ru*khiCorr,250,
-                     khiAng*(i-0.5)+khiAngSh,khiAng*(i+0.5)+khiAngSh);
-    tubs->SetNumberOfDivisions(1);
-    nTop->cd();
-    nNode = new TNode(name,title,name,0,0,0,"");
-    nNode->SetLineColor(kColorTPC);
-    fNodes->Add(nNode);
-  }
-
-}    
-
-//_____________________________________________________________________________
-Int_t AliTPC::DistancetoPrimitive(Int_t , Int_t ) const
-{
-  //
-  // Calculate distance from TPC to mouse on the display
-  // Dummy procedure
-  //
-  return 9999;
+    AddHit2(track,vol,hits);
 }
 
-
 //_____________________________________________________________________________
 void AliTPC::CreateMaterials()
 {
@@ -318,51 +230,24 @@ void AliTPC::CreateMaterials()
   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
   //-----------------------------------------------------------------
 
-  Int_t iSXFLD=gAlice->Field()->Integ();
-  Float_t sXMGMX=gAlice->Field()->Max();
+   Int_t iSXFLD=((AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField())->Integ();
+  Float_t sXMGMX=((AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField())->Max();
 
   Float_t amat[5]; // atomic numbers
   Float_t zmat[5]; // z
   Float_t wmat[5]; // proportions
 
   Float_t density;
-  Float_t apure[2];
-
-
-  //***************** Gases *************************
-  
-  //-------------------------------------------------
-  // pure gases
-  //-------------------------------------------------
-
-  // Neon
-
-
-  amat[0]= 20.18;
-  zmat[0]= 10.;  
-  density = 0.0009;
  
-  apure[0]=amat[0];
-
-  AliMaterial(20,"Ne",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
-
-  // Argon
 
-  amat[0]= 39.948;
-  zmat[0]= 18.;  
-  density = 0.001782;  
 
-  apure[1]=amat[0];
+  //***************** Gases *************************
 
-  AliMaterial(21,"Ar",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
  
-
   //--------------------------------------------------------------
-  // gases - compounds
+  // gases - air and CO2
   //--------------------------------------------------------------
 
-  Float_t amol[3];
-
   // CO2
 
   amat[0]=12.011;
@@ -371,106 +256,57 @@ void AliTPC::CreateMaterials()
   zmat[0]=6.;
   zmat[1]=8.;
 
-  wmat[0]=1.;
-  wmat[1]=2.;
+  wmat[0]=0.2729;
+  wmat[1]=0.7271;
 
   density=0.001977;
 
-  amol[0] = amat[0]*wmat[0]+amat[1]*wmat[1];
-
-  AliMixture(10,"CO2",amat,zmat,density,-2,wmat);
-  
-  // CF4
-
-  amat[0]=12.011;
-  amat[1]=18.998;
-
-  zmat[0]=6.;
-  zmat[1]=9.;
-  wmat[0]=1.;
-  wmat[1]=4.;
-  density=0.003034;
-
-  amol[1] = amat[0]*wmat[0]+amat[1]*wmat[1];
-
-  AliMixture(11,"CF4",amat,zmat,density,-2,wmat); 
-
-
-  // CH4
-
-  amat[0]=12.011;
-  amat[1]=1.;
-
-  zmat[0]=6.;
-  zmat[1]=1.;
-
-  wmat[0]=1.;
-  wmat[1]=4.;
-
-  density=0.000717;
-
-  amol[2] = amat[0]*wmat[0]+amat[1]*wmat[1];
 
-  AliMixture(12,"CH4",amat,zmat,density,-2,wmat);
+  AliMixture(10,"CO2",amat,zmat,density,2,wmat);
+  //
+  // Air
+  //
+  amat[0]=15.9994;
+  amat[1]=14.007;
+  //
+  zmat[0]=8.;
+  zmat[1]=7.;
+  //
+  wmat[0]=0.233;
+  wmat[1]=0.767;
+  //
+  density=0.001205;
 
+  AliMixture(11,"Air",amat,zmat,density,2,wmat);
+  
   //----------------------------------------------------------------
-  // gases - mixtures, ID >= 20 pure gases, <= 10 ID < 20 -compounds
+  // drift gases 
   //----------------------------------------------------------------
 
-  char namate[21]=""; 
-  density = 0.;
-  Float_t am=0;
-  Int_t nc;
-  Float_t rho,absl,x0,buf[1];
-  Int_t nbuf;
-  Float_t a,z;
-
-  for(nc = 0;nc<fNoComp;nc++)
-    {
-    
-      // retrive material constants
-      
-      gMC->Gfmate((*fIdmate)[fMixtComp[nc]],namate,a,z,rho,x0,absl,buf,nbuf);
-
-      amat[nc] = a;
-      zmat[nc] = z;
-
-      Int_t nnc = (fMixtComp[nc]>=20) ? fMixtComp[nc]%20 : fMixtComp[nc]%10;
-      am += fMixtProp[nc]*((fMixtComp[nc]>=20) ? apure[nnc] : amol[nnc]); 
-      density += fMixtProp[nc]*rho;  // density of the mixture
-      
-    }
-
-  // mixture proportions by weight!
-
-  for(nc = 0;nc<fNoComp;nc++)
-    {
-
-      Int_t nnc = (fMixtComp[nc]>=20) ? fMixtComp[nc]%20 : fMixtComp[nc]%10;
-
-      wmat[nc] = fMixtProp[nc]*((fMixtComp[nc]>=20) ? 
-                 apure[nnc] : amol[nnc])/am;
-
-    } 
 
   // Drift gases 1 - nonsensitive, 2 - sensitive
+  // Ne-CO2-N (85-10-5)
 
-  AliMixture(31,"Drift gas 1",amat,zmat,density,fNoComp,wmat);
-  AliMixture(32,"Drift gas 2",amat,zmat,density,fNoComp,wmat);
-
-
-  // Air
-
-  amat[0] = 14.61;
-  zmat[0] = 7.3;
-  density = 0.001205;
+  amat[0]= 20.18;
+  amat[1]=12.011;
+  amat[2]=15.9994;
+  amat[3]=14.007;
 
-  AliMaterial(24,"Air",amat[0],zmat[0],density,999.,999.); 
+  zmat[0]= 10.; 
+  zmat[1]=6.;
+  zmat[2]=8.;
+  zmat[3]=7.;
 
+  wmat[0]=0.7707;
+  wmat[1]=0.0539;
+  wmat[2]=0.1438;
+  wmat[3]=0.0316;
+  density=0.0010252;
 
+  AliMixture(12,"Ne-CO2-N-1",amat,zmat,density,4,wmat);
+  AliMixture(13,"Ne-CO2-N-2",amat,zmat,density,4,wmat);
+  AliMixture(30,"Ne-CO2-N-3",amat,zmat,density,4,wmat);
   //----------------------------------------------------------------------
   //               solid materials
   //----------------------------------------------------------------------
@@ -495,7 +331,7 @@ void AliTPC::CreateMaterials()
 
   density = 1.45;
 
-  AliMixture(34,"Kevlar",amat,zmat,density,-4,wmat);  
+  AliMixture(14,"Kevlar",amat,zmat,density,-4,wmat);  
 
   // NOMEX
 
@@ -514,10 +350,9 @@ void AliTPC::CreateMaterials()
   wmat[2] = 2.;
   wmat[3] = 2.;
 
-  density = 0.03;
-
-  
-  AliMixture(35,"NOMEX",amat,zmat,density,-4,wmat);
+  density = 0.029;
+  AliMixture(15,"NOMEX",amat,zmat,density,-4,wmat);
 
   // Makrolon C16H18O3
 
@@ -535,7 +370,25 @@ void AliTPC::CreateMaterials()
   
   density = 1.2;
 
-  AliMixture(36,"Makrolon",amat,zmat,density,-3,wmat);
+  AliMixture(16,"Makrolon",amat,zmat,density,-3,wmat);
+
+  // Tedlar C2H3F
+
+  amat[0] = 12.011;
+  amat[1] = 1.;
+  amat[2] = 18.998;
+
+  zmat[0] = 6.;
+  zmat[1] = 1.;
+  zmat[2] = 9.;
+
+  wmat[0] = 2.;
+  wmat[1] = 3.; 
+  wmat[2] = 1.;
+
+  density = 1.71;
+
+  AliMixture(17, "Tedlar",amat,zmat,density,-3,wmat);  
   
   // Mylar C5H4O2
 
@@ -553,22 +406,91 @@ void AliTPC::CreateMaterials()
 
   density = 1.39;
   
-  AliMixture(37, "Mylar",amat,zmat,density,-3,wmat); 
+  AliMixture(18, "Mylar",amat,zmat,density,-3,wmat); 
+  // material for "prepregs"
+  // Epoxy - C14 H20 O3
+  // Quartz SiO2
+  // Carbon C
+  // prepreg1 60% C-fiber, 40% epoxy (vol)
+  amat[0]=12.011;
+  amat[1]=1.;
+  amat[2]=15.994;
+
+  zmat[0]=6.;
+  zmat[1]=1.;
+  zmat[2]=8.;
 
-  // SiO2 - used later for the glass fiber
+  wmat[0]=0.923;
+  wmat[1]=0.023;
+  wmat[2]=0.054;
 
-  amat[0]=28.086;
-  amat[1]=15.9994;
+  density=1.859;
 
-  zmat[0]=14.;
-  zmat[1]=8.;
+  AliMixture(19, "Prepreg1",amat,zmat,density,3,wmat);
+
+  //prepreg2 60% glass-fiber, 40% epoxy
+
+  amat[0]=12.01;
+  amat[1]=1.;
+  amat[2]=15.994;
+  amat[3]=28.086;
+
+  zmat[0]=6.;
+  zmat[1]=1.;
+  zmat[2]=8.;
+  zmat[3]=14.;
+
+  wmat[0]=0.194;
+  wmat[1]=0.023;
+  wmat[2]=0.443;
+  wmat[3]=0.340;
+
+  density=1.82;
 
-  wmat[0]=1.;
-  wmat[1]=2.;
+  AliMixture(20, "Prepreg2",amat,zmat,density,4,wmat);
 
+  //prepreg3 50% glass-fiber, 50% epoxy
 
-  AliMixture(38,"SiO2",amat,zmat,2.2,-2,wmat); //SiO2 - quartz (rho=2.2)
+  amat[0]=12.01;
+  amat[1]=1.;
+  amat[2]=15.994;
+  amat[3]=28.086;
+
+  zmat[0]=6.;
+  zmat[1]=1.;
+  zmat[2]=8.;
+  zmat[3]=14.;
+
+  wmat[0]=0.225;
+  wmat[1]=0.03;
+  wmat[2]=0.443;
+  wmat[3]=0.3;
+
+  density=1.163;
+
+  AliMixture(21, "Prepreg3",amat,zmat,density,4,wmat);
+
+  // G10 60% SiO2 40% epoxy
+
+  amat[0]=12.01;
+  amat[1]=1.;
+  amat[2]=15.994;
+  amat[3]=28.086;
+
+  zmat[0]=6.;
+  zmat[1]=1.;
+  zmat[2]=8.;
+  zmat[3]=14.;
+
+  wmat[0]=0.194;
+  wmat[1]=0.023;
+  wmat[2]=0.443;
+  wmat[3]=0.340;
+
+  density=1.7;
 
+  AliMixture(22, "G10",amat,zmat,density,4,wmat);
   // Al
 
   amat[0] = 26.98;
@@ -576,16 +498,16 @@ void AliTPC::CreateMaterials()
 
   density = 2.7;
 
-  AliMaterial(40,"Al",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
+  AliMaterial(23,"Al",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 
-  // Si
+  // Si (for electronics
 
   amat[0] = 28.086;
   zmat[0] = 14.;
 
   density = 2.33;
 
-  AliMaterial(41,"Si",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
+  AliMaterial(24,"Si",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 
   // Cu
 
@@ -594,29 +516,10 @@ void AliTPC::CreateMaterials()
 
   density = 8.96;
 
-  AliMaterial(42,"Cu",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
-
-  // Tedlar C2H3F
-
-  amat[0] = 12.011;
-  amat[1] = 1.;
-  amat[2] = 18.998;
-
-  zmat[0] = 6.;
-  zmat[1] = 1.;
-  zmat[2] = 9.;
-
-  wmat[0] = 2.;
-  wmat[1] = 3.; 
-  wmat[2] = 1.;
-
-  density = 1.71;
-
-  AliMixture(43, "Tedlar",amat,zmat,density,-3,wmat);  
-
-
-  // Plexiglas  C5H8O2
+  AliMaterial(25,"Cu",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 
+  // Epoxy - C14 H20 O3
   amat[0]=12.011;
   amat[1]=1.;
   amat[2]=15.9994;
@@ -625,17 +528,16 @@ void AliTPC::CreateMaterials()
   zmat[1]=1.;
   zmat[2]=8.;
 
-  wmat[0]=5.;
-  wmat[1]=8.;
-  wmat[2]=2.;
+  wmat[0]=14.;
+  wmat[1]=20.;
+  wmat[2]=3.;
 
-  density=1.18;
+  density=1.25;
 
-  AliMixture(44,"Plexiglas",amat,zmat,density,-3,wmat);
+  AliMixture(26,"Epoxy",amat,zmat,density,-3,wmat);
 
-  // Epoxy - C14 H20 O3
+  // Plexiglas  C5H8O2
 
-  
   amat[0]=12.011;
   amat[1]=1.;
   amat[2]=15.9994;
@@ -644,13 +546,13 @@ void AliTPC::CreateMaterials()
   zmat[1]=1.;
   zmat[2]=8.;
 
-  wmat[0]=14.;
-  wmat[1]=20.;
-  wmat[2]=3.;
+  wmat[0]=5.;
+  wmat[1]=8.;
+  wmat[2]=2.;
 
-  density=1.25;
+  density=1.18;
 
-  AliMixture(45,"Epoxy",amat,zmat,density,-3,wmat);
+  AliMixture(27,"Plexiglas",amat,zmat,density,-3,wmat);
 
   // Carbon
 
@@ -658,61 +560,102 @@ void AliTPC::CreateMaterials()
   zmat[0]=6.;
   density= 2.265;
 
-  AliMaterial(46,"C",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
+  AliMaterial(28,"C",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 
-  // get epoxy
+  // Fe (steel for the inner heat screen)
+  amat[0]=55.845;
+
+  zmat[0]=26.;
 
-  gMC->Gfmate((*fIdmate)[45],namate,amat[1],zmat[1],rho,x0,absl,buf,nbuf);
+  density=7.87;
 
-  // Carbon fiber
+  AliMaterial(29,"Fe",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
+  //
+  // Peek - (C6H4-O-OC6H4-O-C6H4-CO)n
+  amat[0]=12.011;
+  amat[1]=1.;
+  amat[2]=15.9994;
 
-  wmat[0]=0.644; // by weight!
-  wmat[1]=0.356;
+  zmat[0]=6.;
+  zmat[1]=1.;
+  zmat[2]=8.;
 
-  density=0.5*(1.25+2.265);
+  wmat[0]=19.;
+  wmat[1]=12.;
+  wmat[2]=3.;
+  //
+  density=1.3;
+  //
+  AliMixture(30,"Peek",amat,zmat,density,-3,wmat);  
+  //
+  //  Ceramics - Al2O3
+  //
+  amat[0] = 26.98;
+  amat[1]= 15.9994;
 
-  AliMixture(47,"Cfiber",amat,zmat,density,2,wmat);
+  zmat[0] = 13.;
+  zmat[1]=8.;
+  wmat[0]=2.;
+  wmat[1]=3.;
+  density = 3.97;
 
-  // get SiO2
+  AliMixture(31,"Alumina",amat,zmat,density,-2,wmat);   
 
-  gMC->Gfmate((*fIdmate)[38],namate,amat[0],zmat[0],rho,x0,absl,buf,nbuf); 
+  //
+  // liquids
+  //
 
-  wmat[0]=0.725; // by weight!
-  wmat[1]=0.275;
+  // water
 
-  density=1.7;
+  amat[0]=1.;
+  amat[1]=15.9994;
 
-  AliMixture(39,"G10",amat,zmat,density,2,wmat);
+  zmat[0]=1.;
+  zmat[1]=8.;
 
+  wmat[0]=2.;
+  wmat[1]=1.;
 
+  density=1.;
 
+  AliMixture(32,"Water",amat,zmat,density,-2,wmat);  
   //----------------------------------------------------------
   // tracking media for gases
   //----------------------------------------------------------
 
-  AliMedium(0, "Air", 24, 0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .01, .1);
-  AliMedium(1, "Drift gas 1", 31, 0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999.,.1,.001, .001);
-  AliMedium(2, "Drift gas 2", 32, 1, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999.,.1,.001, .001);
+  AliMedium(0, "Air", 11, 0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .01, .1);
+  AliMedium(1, "Ne-CO2-N-1", 12, 0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999.,.1,.001, .001);
+  AliMedium(2, "Ne-CO2-N-2", 13, 1, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999.,.1,.001, .001);
   AliMedium(3,"CO2",10,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999.,.1, .001, .001); 
-
+  AliMedium(20, "Ne-CO2-N-3", 30, 1, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999.,.1,.001, .001);
   //-----------------------------------------------------------  
   // tracking media for solids
   //-----------------------------------------------------------
   
-  AliMedium(4,"Al",40,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
-  AliMedium(5,"Kevlar",34,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
-  AliMedium(6,"Nomex",35,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
-  AliMedium(7,"Makrolon",36,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
-  AliMedium(8,"Mylar",37,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
-  AliMedium(9,"Tedlar",43,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
-  AliMedium(10,"Cu",42,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
-  AliMedium(11,"Si",41,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
-  AliMedium(12,"G10",39,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
-  AliMedium(13,"Plexiglas",44,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
-  AliMedium(14,"Epoxy",45,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
-  AliMedium(15,"Cfiber",47,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
-    
+  AliMedium(4,"Al",23,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
+  AliMedium(5,"Kevlar",14,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
+  AliMedium(6,"Nomex",15,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
+  AliMedium(7,"Makrolon",16,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
+  AliMedium(8,"Mylar",18,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
+  AliMedium(9,"Tedlar",17,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
+  //
+  AliMedium(10,"Prepreg1",19,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
+  AliMedium(11,"Prepreg2",20,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
+  AliMedium(12,"Prepreg3",21,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
+  AliMedium(13,"Epoxy",26,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
+
+  AliMedium(14,"Cu",25,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
+  AliMedium(15,"Si",24,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
+  AliMedium(16,"G10",22,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
+  AliMedium(17,"Plexiglas",27,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
+  AliMedium(18,"Steel",29,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001); 
+  AliMedium(19,"Peek",30,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
+  AliMedium(21,"Alumina",31,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);    
+  AliMedium(22,"Water",32,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);  
 }
 
 void AliTPC::GenerNoise(Int_t tablesize)
@@ -757,8 +700,7 @@ void    AliTPC::SetActiveSectors(Int_t * sectors, Int_t n)
 {
   // activate interesting sectors
   SetTreeAddress();//just for security
-  if (fActiveSectors) delete [] fActiveSectors;
-  fActiveSectors = new Bool_t[fTPCParam->GetNSector()];
+  if (!fActiveSectors) fActiveSectors = new Bool_t[fTPCParam->GetNSector()];
   for (Int_t i=0;i<fTPCParam->GetNSector();i++) fActiveSectors[i]=kFALSE;
   for (Int_t i=0;i<n;i++) 
     if ((sectors[i]>=0) && sectors[i]<fTPCParam->GetNSector())  fActiveSectors[sectors[i]]=kTRUE;
@@ -772,48 +714,55 @@ void    AliTPC::SetActiveSectors(Int_t flag)
   //loop over tracks
   SetTreeAddress();//just for security
   if (fHitType==0) return;  // if Clones hit - not short volume ID information
-  if (fActiveSectors) delete [] fActiveSectors;
-  fActiveSectors = new Bool_t[fTPCParam->GetNSector()];
+  if (!fActiveSectors) fActiveSectors = new Bool_t[fTPCParam->GetNSector()];
   if (flag) {
     for (Int_t i=0;i<fTPCParam->GetNSector();i++) fActiveSectors[i]=kTRUE;
     return;
   }
   for (Int_t i=0;i<fTPCParam->GetNSector();i++) fActiveSectors[i]=kFALSE;
   TBranch * branch=0;
-  if (TreeH() == 0x0)
+  if (fLoader->TreeH() == 0x0)
    {
-     Fatal("SetActiveSectors","Can not find TreeH in folder");
+     AliFatal("Can not find TreeH in folder");
      return;
    }
-  if (fHitType>1) branch = TreeH()->GetBranch("TPC2");
-  else branch = TreeH()->GetBranch("TPC");
-  Stat_t ntracks = TreeH()->GetEntries();
+  if (fHitType>1) branch = fLoader->TreeH()->GetBranch("TPC2");
+  else branch = fLoader->TreeH()->GetBranch("TPC");
+  Stat_t ntracks = fLoader->TreeH()->GetEntries();
   // loop over all hits
-  if (GetDebug()) cout<<"\nAliTPC::SetActiveSectors():  Got "<<ntracks<<" tracks\n";
+  AliDebug(1,Form("Got %d tracks",ntracks));
   
-  for(Int_t track=0;track<ntracks;track++)
-   {
+  for(Int_t track=0;track<ntracks;track++) {
     ResetHits();
     //
     if (fTrackHits && fHitType&4) {
-      TBranch * br1 = TreeH()->GetBranch("fVolumes");
-      TBranch * br2 = TreeH()->GetBranch("fNVolumes");
+      TBranch * br1 = fLoader->TreeH()->GetBranch("fVolumes");
+      TBranch * br2 = fLoader->TreeH()->GetBranch("fNVolumes");
       br1->GetEvent(track);
       br2->GetEvent(track);
       Int_t *volumes = fTrackHits->GetVolumes();
-      for (Int_t j=0;j<fTrackHits->GetNVolumes(); j++)
-       fActiveSectors[volumes[j]]=kTRUE;
+      for (Int_t j=0;j<fTrackHits->GetNVolumes(); j++) {
+       if (volumes[j]>-1 && volumes[j]<fTPCParam->GetNSector()) {
+         fActiveSectors[volumes[j]]=kTRUE;
+       }
+       else {
+           AliError(Form("Volume %d -> sector number %d is outside (0..%d)",
+                         j,
+                         volumes[j],
+                         fTPCParam->GetNSector()));
+       }
+      }
     }
     
     //
-    if (fTrackHitsOld && fHitType&2) {
-      TBranch * br = TreeH()->GetBranch("fTrackHitsInfo");
-      br->GetEvent(track);
-      AliObjectArray * ar = fTrackHitsOld->fTrackHitsInfo;
-      for (UInt_t j=0;j<ar->GetSize();j++){
-       fActiveSectors[((AliTrackHitsInfo*)ar->At(j))->fVolumeID] =kTRUE;
-      } 
-    }    
+//     if (fTrackHitsOld && fHitType&2) {
+//       TBranch * br = fLoader->TreeH()->GetBranch("fTrackHitsInfo");
+//       br->GetEvent(track);
+//       AliObjectArray * ar = fTrackHitsOld->fTrackHitsInfo;
+//       for (UInt_t j=0;j<ar->GetSize();j++){
+//     fActiveSectors[((AliTrackHitsInfo*)ar->At(j))->fVolumeID] =kTRUE;
+//       } 
+//     }    
   }
 }  
 
@@ -826,12 +775,11 @@ void AliTPC::Digits2Raw()
 // convert digits of the current event to raw data
 
   static const Int_t kThreshold = 0;
-  static const Bool_t kCompress = kTRUE;
 
   fLoader->LoadDigits();
   TTree* digits = fLoader->TreeD();
   if (!digits) {
-    Error("Digits2Raw", "no digits tree");
+    AliError("No digits tree");
     return;
   }
 
@@ -884,20 +832,20 @@ void AliTPC::Digits2Raw()
        buffer->WriteRowBinary(kThreshold, digrow, 0, 0, 0,
                               sector, subSector, row);
       } else if (row == 27) {
-         //only the pads outside the range [43;46] are written into the output file
-         buffer->WriteRowBinary(kThreshold, digrow, 43, 46, 2,
+       //only the pads outside the range [43;46] are written into the output file
+       buffer->WriteRowBinary(kThreshold, digrow, 43, 46, 2,
                                 sector, subSector, row);
-         subSector = 1;
-         //only the pads in the range [43;46] are written into the output file
-         buffer->WriteRowBinary(kThreshold, digrow, 43, 46, 1,
+       subSector = 1;
+       //only the pads in the range [43;46] are written into the output file
+       buffer->WriteRowBinary(kThreshold, digrow, 43, 46, 1,
                                 sector, subSector, row);
       } else if (row == 76) {
-         //only the pads outside the range [33;88] are written into the output file
-         buffer->WriteRowBinary(kThreshold, digrow, 33, 88, 2,
-                                sector, subSector, row);
-         subSector = 3;
-         //only the pads in the range [33;88] are written into the output file
-         buffer->WriteRowBinary(kThreshold, digrow, 33, 88, 1,
+       //only the pads outside the range [33;88] are written into the output file
+       buffer->WriteRowBinary(kThreshold, digrow, 33, 88, 2,
+                              sector, subSector, row);
+       subSector = 3;
+       //only the pads in the range [33;88] are written into the output file
+       buffer->WriteRowBinary(kThreshold, digrow, 33, 88, 1,
                                 sector, subSector, row);
       }
     }//end else
@@ -912,14 +860,145 @@ void AliTPC::Digits2Raw()
   rawWriter.RawData(fileName);
   gSystem->Unlink(fileName);
 
-  if (kCompress) {
-    Info("Digits2Raw", "compressing raw data");
-    rawWriter.RawDataCompDecompress(kTRUE);
-    gSystem->Unlink("Statistics");
-  }
 }
 
 
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliTPC::Raw2SDigits(AliRawReader* rawReader){
+  // Converts the TPC raw data into summable digits
+  // The method is used for merging simulated and
+  // real data events
+  if (fLoader->TreeS() == 0x0 ) {
+    fLoader->MakeTree("S");
+  }
+
+  if(fDefaults == 0) SetDefaults();  // check if the parameters are set
+
+  //setup TPCDigitsArray 
+  if(GetDigitsArray()) delete GetDigitsArray();
+
+  AliTPCDigitsArray *arr = new AliTPCDigitsArray; 
+  arr->SetClass("AliSimDigits");
+  arr->Setup(fTPCParam);
+  arr->MakeTree(fLoader->TreeS());
+
+  SetDigitsArray(arr);
+
+  // set zero suppression to "0"
+  fTPCParam->SetZeroSup(0);
+
+  // Loop over sectors
+  const Int_t kmaxTime = fTPCParam->GetMaxTBin();
+  const Int_t kNIS = fTPCParam->GetNInnerSector();
+  const Int_t kNOS = fTPCParam->GetNOuterSector();
+  const Int_t kNS = kNIS + kNOS;
+
+  Short_t** allBins = NULL; //array which contains the data for one sector
+  
+  for(Int_t iSector = 0; iSector < kNS; iSector++) {
+    
+    Int_t nRows = fTPCParam->GetNRow(iSector);
+    Int_t nDDLs = 0, indexDDL = 0;
+    if (iSector < kNIS) {
+      nDDLs = 2;
+      indexDDL = iSector * 2;
+    }
+    else {
+      nDDLs = 4;
+      indexDDL = (iSector-kNIS) * 4 + kNIS * 2;
+    }
+
+    // Loas the raw data for corresponding DDLs
+    rawReader->Reset();
+    AliTPCRawStream input(rawReader);
+    rawReader->Select("TPC",indexDDL,indexDDL+nDDLs-1);
+
+    // Alocate and init the array with the sector data
+    allBins = new Short_t*[nRows];
+    for (Int_t iRow = 0; iRow < nRows; iRow++) {
+      Int_t maxPad = fTPCParam->GetNPads(iSector,iRow);
+      Int_t maxBin = kmaxTime*maxPad;
+      allBins[iRow] = new Short_t[maxBin];
+      memset(allBins[iRow],0,sizeof(Short_t)*maxBin);
+    }
+
+    // Begin loop over altro data
+    while (input.Next()) {
+
+      if (input.GetSector() != iSector)
+       AliFatal(Form("Sector index mismatch ! Expected (%d), but got (%d) !",iSector,input.GetSector()));
+
+      Int_t iRow = input.GetRow();
+      if (iRow < 0 || iRow >= nRows)
+       AliFatal(Form("Pad-row index (%d) outside the range (%d -> %d) !",
+                     iRow, 0, nRows -1));
+      Int_t iPad = input.GetPad();
+
+      Int_t maxPad = fTPCParam->GetNPads(iSector,iRow);
+
+      if (iPad < 0 || iPad >= maxPad)
+       AliFatal(Form("Pad index (%d) outside the range (%d -> %d) !",
+                     iPad, 0, maxPad -1));
+
+      Int_t iTimeBin = input.GetTime();
+      if ( iTimeBin < 0 || iTimeBin >= kmaxTime)
+       AliFatal(Form("Timebin index (%d) outside the range (%d -> %d) !",
+                     iTimeBin, 0, kmaxTime -1));
+      
+      Int_t maxBin = kmaxTime*maxPad;
+
+      if (((iPad*kmaxTime+iTimeBin) >= maxBin) ||
+         ((iPad*kmaxTime+iTimeBin) < 0))
+       AliFatal(Form("Index outside the allowed range"
+                     " Sector=%d Row=%d Pad=%d Timebin=%d"
+                     " (Max.index=%d)",iSector,iRow,iPad,iTimeBin,maxBin));
+
+      allBins[iRow][iPad*kmaxTime+iTimeBin] = input.GetSignal();
+
+    } // End loop over altro data
+    
+    // Now fill the digits array
+    if (fDigitsArray->GetTree()==0) {
+      AliFatal("Tree not set in fDigitsArray");
+    }
+
+    for (Int_t iRow = 0; iRow < nRows; iRow++) {
+      AliDigits * dig = fDigitsArray->CreateRow(iSector,iRow);
+
+      Int_t maxPad = fTPCParam->GetNPads(iSector,iRow);
+      for(Int_t iPad = 0; iPad < maxPad; iPad++) {
+       for(Int_t iTimeBin = 0; iTimeBin < kmaxTime; iTimeBin++) {
+         Short_t q = allBins[iRow][iPad*kmaxTime + iTimeBin];
+         if (q <= 0) continue;
+         q *= 16;
+         dig->SetDigitFast((Short_t)q,iTimeBin,iPad);
+       }
+      }
+      fDigitsArray->StoreRow(iSector,iRow);
+      Int_t ndig = dig->GetDigitSize(); 
+       
+      AliDebug(10,
+              Form("*** Sector, row, compressed digits %d %d %d ***\n",
+                   iSector,iRow,ndig));        
+       
+      fDigitsArray->ClearRow(iSector,iRow);  
+
+    } // end of the sector digitization
+
+    for (Int_t iRow = 0; iRow < nRows; iRow++)
+      delete [] allBins[iRow];
+
+    delete [] allBins;
+
+  }
+
+  fLoader->WriteSDigits("OVERWRITE");
+
+  if(GetDigitsArray()) delete GetDigitsArray();
+  SetDigitsArray(0x0);
+
+  return kTRUE;
+}
 
 //______________________________________________________________________
 AliDigitizer* AliTPC::CreateDigitizer(AliRunDigitizer* manager) const
@@ -935,26 +1014,23 @@ void AliTPC::SDigits2Digits2(Int_t /*eventnumber*/)
   //conect tree with sSDigits
   TTree *t = fLoader->TreeS();
 
-  if (t == 0x0) 
-   {
-     fLoader->LoadSDigits("READ");
-     t = fLoader->TreeS();
-     if (t == 0x0)
-      {
-        Error("SDigits2Digits2","Can not get input TreeS");
-        return;
-      }
-   }
+  if (t == 0x0) {
+    fLoader->LoadSDigits("READ");
+    t = fLoader->TreeS();
+    if (t == 0x0) {
+      AliError("Can not get input TreeS");
+      return;
+    }
+  }
   
   if (fLoader->TreeD() == 0x0) fLoader->MakeTree("D");
   
   AliSimDigits digarr, *dummy=&digarr;
   TBranch* sdb = t->GetBranch("Segment");
-  if (sdb == 0x0)
-   {
-     Error("SDigits2Digits2","Can not find branch with segments in TreeS.");
-     return;
-   }  
+  if (sdb == 0x0) {
+    AliError("Can not find branch with segments in TreeS.");
+    return;
+  }  
 
   sdb->SetAddress(&dummy);
       
@@ -983,18 +1059,11 @@ void AliTPC::SDigits2Digits2(Int_t /*eventnumber*/)
     t->GetEvent(n);
     Int_t sec, row;
     if (!par->AdjustSectorRow(digarr.GetID(),sec,row)) {
-      cerr<<"AliTPC warning: invalid segment ID ! "<<digarr.GetID()<<endl;
+      AliWarning(Form("Invalid segment ID ! %d",digarr.GetID()));
       continue;
     }
-    if (!IsSectorActive(sec)) 
-     {
-//       cout<<n<<" NOT Active \n";
-       continue;
-     }
-    else
-     {
-//       cout<<n<<" Active \n";
-     }
+    if (!IsSectorActive(sec)) continue;
+    
     AliSimDigits * digrow =(AliSimDigits*) arr->CreateRow(sec,row);
     Int_t nrows = digrow->GetNRows();
     Int_t ncols = digrow->GetNCols();
@@ -1010,23 +1079,16 @@ void AliTPC::SDigits2Digits2(Int_t /*eventnumber*/)
     Short_t * pamp1 = digrow->GetDigits();
     Int_t   * ptracks1 = digrow->GetTracks();
     Int_t  nelems =nrows*ncols;
-    Int_t saturation = fTPCParam->GetADCSat();
+    Int_t saturation = fTPCParam->GetADCSat() - 1;
     //use internal structure of the AliDigits - for speed reason
     //if you cahnge implementation
     //of the Alidigits - it must be rewriten -
     for (Int_t i= 0; i<nelems; i++){
-      //      Float_t q = *pamp0;
-      //q/=16.;  //conversion faktor
-      //Float_t noise= GetNoise(); 
-      //q+=noise;      
-      //q= TMath::Nint(q);
       Float_t q = TMath::Nint(Float_t(*pamp0)/16.+GetNoise());
       if (q>zerosup){
        if (q>saturation) q=saturation;      
        *pamp1=(Short_t)q;
-       //if (ptracks0[0]==0)
-       //  ptracks1[0]=1;
-       //else
+
        ptracks1[0]=ptracks0[0];        
        ptracks1[nelems]=ptracks0[nelems];
        ptracks1[2*nelems]=ptracks0[2*nelems];
@@ -1039,7 +1101,6 @@ void AliTPC::SDigits2Digits2(Int_t /*eventnumber*/)
 
     arr->StoreRow(sec,row);
     arr->ClearRow(sec,row);   
-    // cerr<<sec<<"\t"<<row<<"\n";   
   }  
 
     
@@ -1054,42 +1115,57 @@ void AliTPC::SetDefaults(){
   // setting the defaults
   //
    
-  //   cerr<<"Setting default parameters...\n";
-
   // Set response functions
 
   //
   AliRunLoader* rl = (AliRunLoader*)fLoader->GetEventFolder()->FindObject(AliRunLoader::GetRunLoaderName());
   rl->CdGAFile();
   AliTPCParamSR *param=(AliTPCParamSR*)gDirectory->Get("75x40_100x60");
-  if(param){
-    printf("You are using 2 pad-length geom hits with 3 pad-lenght geom digits...\n");
-    delete param;
-    param = new AliTPCParamSR();
-  }
-  else {
-    param=(AliTPCParamSR*)gDirectory->Get("75x40_100x60_150x60");
-  }
+  // if(param){
+//     AliInfo("You are using 2 pad-length geom hits with 3 pad-lenght geom digits...");
+//     delete param;
+//     param = new AliTPCParamSR();
+//   }
+//   else {
+//     param=(AliTPCParamSR*)gDirectory->Get("75x40_100x60_150x60");
+//   }
+  param = (AliTPCParamSR*)AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
+  if (!param->IsGeoRead()){
+      //
+      // read transformation matrices for gGeoManager
+      //
+      param->ReadGeoMatrices();
+    }
   if(!param){
-    printf("No TPC parameters found\n");
-    exit(4);
+    AliFatal("No TPC parameters found");
   }
 
 
   AliTPCPRF2D    * prfinner   = new AliTPCPRF2D;
   AliTPCPRF2D    * prfouter1   = new AliTPCPRF2D;
   AliTPCPRF2D    * prfouter2   = new AliTPCPRF2D;  
-  AliTPCRF1D     * rf    = new AliTPCRF1D(kTRUE);
-  rf->SetGauss(param->GetZSigma(),param->GetZWidth(),1.);
-  rf->SetOffset(3*param->GetZSigma());
-  rf->Update();
+
   
+  //AliTPCRF1D     * rf    = new AliTPCRF1D(kTRUE);
+  //rf->SetGauss(param->GetZSigma(),param->GetZWidth(),1.);
+  //rf->SetOffset(3*param->GetZSigma());
+  //rf->Update();
+  //
+  // Use gamma 4
+  //
+  char  strgamma4[1000];
+  sprintf(strgamma4,"AliTPCRF1D::Gamma4((x-0.135+%f)*%f,55,160)",3*param->GetZSigma(), 1000000000*param->GetTSample()/param->GetZWidth());
+  
+  TF1 * fgamma4 = new TF1("fgamma4",strgamma4, -1,1);
+  AliTPCRF1D     * rf    = new AliTPCRF1D(kTRUE,1000);
+  rf->SetParam(fgamma4,param->GetZWidth(), 1,0.2);
+  rf->SetOffset(3*param->GetZSigma()); 
+  rf->Update();
+
   TDirectory *savedir=gDirectory;
   TFile *f=TFile::Open("$ALICE_ROOT/TPC/AliTPCprf2d.root");
-  if (!f->IsOpen()) { 
-    cerr<<"Can't open $ALICE_ROOT/TPC/AliTPCprf2d.root !\n" ;
-     exit(3);
-  }
+  if (!f->IsOpen()) 
+    AliFatal("Can't open $ALICE_ROOT/TPC/AliTPCprf2d.root !");
 
   TString s;
   prfinner->Read("prf_07504_Gati_056068_d02");
@@ -1130,14 +1206,19 @@ void AliTPC::Hits2Digits()
   //
   // creates digits from hits
   //
+  if (!fTPCParam->IsGeoRead()){
+    //
+    // read transformation matrices for gGeoManager
+    //
+    fTPCParam->ReadGeoMatrices();
+  }
 
   fLoader->LoadHits("read");
   fLoader->LoadDigits("recreate");
   AliRunLoader* runLoader = fLoader->GetRunLoader(); 
 
   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
-    runLoader->GetEvent(iEvent);
-    SetActiveSectors();   
+    //PH    runLoader->GetEvent(iEvent);
     Hits2Digits(iEvent);
   }
 
@@ -1152,24 +1233,21 @@ void AliTPC::Hits2Digits(Int_t eventnumber)
  //----------------------------------------------------
   AliRunLoader* rl = (AliRunLoader*)fLoader->GetEventFolder()->FindObject(AliRunLoader::GetRunLoaderName());
   rl->GetEvent(eventnumber);
-  if (fLoader->TreeH() == 0x0)
-   {
-     if(fLoader->LoadHits())
-      {
-        Error("Hits2Digits","Can not load hits.");
-      }
-   }
+  SetActiveSectors();   
+  if (fLoader->TreeH() == 0x0) {
+    if(fLoader->LoadHits()) {
+      AliError("Can not load hits.");
+    }
+  }
   SetTreeAddress();
   
-  if (fLoader->TreeD() == 0x0 ) 
-   {
-     fLoader->MakeTree("D");
-     if (fLoader->TreeD() == 0x0 ) 
-      {
-       Error("Hits2Digits","Can not get TreeD");
-       return;
-      }
-   }
+  if (fLoader->TreeD() == 0x0 ) {
+    fLoader->MakeTree("D");
+    if (fLoader->TreeD() == 0x0 ) {
+      AliError("Can not get TreeD");
+      return;
+    }
+  }
 
   if(fDefaults == 0) SetDefaults();  // check if the parameters are set
   GenerNoise(500000); //create teble with noise
@@ -1177,7 +1255,7 @@ void AliTPC::Hits2Digits(Int_t eventnumber)
   //setup TPCDigitsArray 
 
   if(GetDigitsArray()) delete GetDigitsArray();
-
+  
   AliTPCDigitsArray *arr = new AliTPCDigitsArray; 
   arr->SetClass("AliSimDigits");
   arr->Setup(fTPCParam);
@@ -1187,27 +1265,23 @@ void AliTPC::Hits2Digits(Int_t eventnumber)
 
   fDigitsSwitch=0; // standard digits
 
-  //  cerr<<"Digitizing TPC -- normal digits...\n";
-
- for(Int_t isec=0;isec<fTPCParam->GetNSector();isec++) 
-  if (IsSectorActive(isec)) 
-   {
-    if (fDebug) Info("Hits2Digits","Sector %d is active.",isec);
-    Hits2DigitsSector(isec);
-   }
-  else
-   {
-    if (fDebug) Info("Hits2Digits","Sector %d is NOT active.",isec);
-   }
-
+  for(Int_t isec=0;isec<fTPCParam->GetNSector();isec++) 
+    if (IsSectorActive(isec)) {
+      AliDebug(1,Form("Hits2Digits","Sector %d is active.",isec));
+      Hits2DigitsSector(isec);
+    }
+    else {
+      AliDebug(1,Form("Hits2Digits","Sector %d is NOT active.",isec));
+    }
+  
   fLoader->WriteDigits("OVERWRITE"); 
   
 //this line prevents the crash in the similar one
 //on the beginning of this method
 //destructor attempts to reset the tree, which is deleted by the loader
 //need to be redesign
- if(GetDigitsArray()) delete GetDigitsArray();
- SetDigitsArray(0x0);
 if(GetDigitsArray()) delete GetDigitsArray();
 SetDigitsArray(0x0);
   
 }
 
@@ -1219,29 +1293,25 @@ void AliTPC::Hits2SDigits2(Int_t eventnumber)
   //   summable digits - 16 bit "ADC", no noise, no saturation
   //-----------------------------------------------------------
 
- //----------------------------------------------------
- // Loop over all sectors for a single event
- //----------------------------------------------------
-//  AliRunLoader* rl = (AliRunLoader*)fLoader->GetEventFolder()->FindObject(AliRunLoader::fgkRunLoaderName);
+  //----------------------------------------------------
+  // Loop over all sectors for a single event
+  //----------------------------------------------------
 
   AliRunLoader* rl = fLoader->GetRunLoader();
 
   rl->GetEvent(eventnumber);
-  if (fLoader->TreeH() == 0x0)
-   {
-     if(fLoader->LoadHits())
-      {
-        Error("Hits2Digits","Can not load hits.");
-        return;
-      }
-   }
+  if (fLoader->TreeH() == 0x0) {
+    if(fLoader->LoadHits()) {
+      AliError("Can not load hits.");
+      return;
+    }
+  }
   SetTreeAddress();
 
 
-  if (fLoader->TreeS() == 0x0 ) 
-   {
-     fLoader->MakeTree("S");
-   }
+  if (fLoader->TreeS() == 0x0 ) {
+    fLoader->MakeTree("S");
+  }
   
   if(fDefaults == 0) SetDefaults();
   
@@ -1258,29 +1328,25 @@ void AliTPC::Hits2SDigits2(Int_t eventnumber)
 
   SetDigitsArray(arr);
 
-  //  cerr<<"Digitizing TPC -- summable digits...\n"; 
-
   fDigitsSwitch=1; // summable digits
   
     // set zero suppression to "0"
 
   fTPCParam->SetZeroSup(0);
 
- for(Int_t isec=0;isec<fTPCParam->GetNSector();isec++) 
-  if (IsSectorActive(isec)) 
-   {
-//    cout<<"Sector "<<isec<<" is active\n";
-    Hits2DigitsSector(isec);
-   }
+  for(Int_t isec=0;isec<fTPCParam->GetNSector();isec++) 
+    if (IsSectorActive(isec)) {
+      Hits2DigitsSector(isec);
+    }
 
- fLoader->WriteSDigits("OVERWRITE");
 fLoader->WriteSDigits("OVERWRITE");
 
 //this line prevents the crash in the similar one
 //on the beginning of this method
 //destructor attempts to reset the tree, which is deleted by the loader
 //need to be redesign
- if(GetDigitsArray()) delete GetDigitsArray();
- SetDigitsArray(0x0);
 if(GetDigitsArray()) delete GetDigitsArray();
 SetDigitsArray(0x0);
 }
 //__________________________________________________________________
 
@@ -1290,7 +1356,15 @@ void AliTPC::Hits2SDigits()
   //-----------------------------------------------------------
   //   summable digits - 16 bit "ADC", no noise, no saturation
   //-----------------------------------------------------------
+  if (0) fDebugStreamer = new TTreeSRedirector("TPCSimdebug.root");
 
+  if (!fTPCParam->IsGeoRead()){
+    //
+    // read transformation matrices for gGeoManager
+    //
+    fTPCParam->ReadGeoMatrices();
+  }
+  
   fLoader->LoadHits("read");
   fLoader->LoadSDigits("recreate");
   AliRunLoader* runLoader = fLoader->GetRunLoader(); 
@@ -1304,6 +1378,10 @@ void AliTPC::Hits2SDigits()
 
   fLoader->UnloadHits();
   fLoader->UnloadSDigits();
+  if (fDebugStreamer) {
+    delete fDebugStreamer;
+    fDebugStreamer=0;
+  }    
 }
 //_____________________________________________________________________________
 
@@ -1326,71 +1404,63 @@ void AliTPC::Hits2DigitsSector(Int_t isec)
 
   if(fDefaults == 0) SetDefaults();
 
-  TTree *tH = TreeH(); // pointer to the hits tree
-  if (tH == 0x0)
-   {
-     Fatal("Hits2DigitsSector","Can not find TreeH in folder");
-     return;
-   }
+  TTree *tH = fLoader->TreeH(); // pointer to the hits tree
+  if (tH == 0x0) {
+    AliFatal("Can not find TreeH in folder");
+    return;
+  }
 
   Stat_t ntracks = tH->GetEntries();
 
-  if( ntracks > 0){
 
-  //------------------------------------------- 
-  //  Only if there are any tracks...
-  //-------------------------------------------
 
     TObjArray **row;
     
-    //printf("*** Processing sector number %d ***\n",isec);
+    Int_t nrows =fTPCParam->GetNRow(isec);
 
-      Int_t nrows =fTPCParam->GetNRow(isec);
-
-      row= new TObjArray* [nrows+2]; // 2 extra rows for cross talk
+    row= new TObjArray* [nrows+2]; // 2 extra rows for cross talk
     
-      MakeSector(isec,nrows,tH,ntracks,row);
-
-      //--------------------------------------------------------
-      //   Digitize this sector, row by row
-      //   row[i] is the pointer to the TObjArray of AliTPCFastVectors,
-      //   each one containing electrons accepted on this
-      //   row, assigned into tracks
-      //--------------------------------------------------------
+    MakeSector(isec,nrows,tH,ntracks,row);
 
-      Int_t i;
+    //--------------------------------------------------------
+    //   Digitize this sector, row by row
+    //   row[i] is the pointer to the TObjArray of TVectors,
+    //   each one containing electrons accepted on this
+    //   row, assigned into tracks
+    //--------------------------------------------------------
 
-      if (fDigitsArray->GetTree()==0) 
-       {
-         Fatal("Hits2DigitsSector","Tree not set in fDigitsArray");
-       }
+    Int_t i;
 
-      for (i=0;i<nrows;i++){
+    if (fDigitsArray->GetTree()==0) {
+      AliFatal("Tree not set in fDigitsArray");
+    }
 
-       AliDigits * dig = fDigitsArray->CreateRow(isec,i); 
+    for (i=0;i<nrows;i++){
+      
+      AliDigits * dig = fDigitsArray->CreateRow(isec,i); 
 
-       DigitizeRow(i,isec,row);
+      DigitizeRow(i,isec,row);
 
-       fDigitsArray->StoreRow(isec,i);
+      fDigitsArray->StoreRow(isec,i);
 
-       Int_t ndig = dig->GetDigitSize(); 
+      Int_t ndig = dig->GetDigitSize(); 
        
-       if (gDebug > 10) 
-       printf("*** Sector, row, compressed digits %d %d %d ***\n",isec,i,ndig);        
+      AliDebug(10,
+              Form("*** Sector, row, compressed digits %d %d %d ***\n",
+                   isec,i,ndig));        
        
-        fDigitsArray->ClearRow(isec,i);  
+      fDigitsArray->ClearRow(isec,i);  
 
    
-       } // end of the sector digitization
+    } // end of the sector digitization
 
-      for(i=0;i<nrows+2;i++){
-        row[i]->Delete();  
-        delete row[i];   
-      }
+    for(i=0;i<nrows+2;i++){
+      row[i]->Delete();  
+      delete row[i];   
+    }
       
-       delete [] row; // delete the array of pointers to TObjArray-s
+    delete [] row; // delete the array of pointers to TObjArray-s
         
-  } // ntracks >0
 
 } // end of Hits2DigitsSector
 
@@ -1408,9 +1478,13 @@ void AliTPC::DigitizeRow(Int_t irow,Int_t isec,TObjArray **rows)
   // Modified: Marian Ivanov GSI Darmstadt, m.ivanov@gsi.de
   //-----------------------------------------------------------------
  
-
   Float_t zerosup = fTPCParam->GetZeroSup();
-  //  Int_t nrows =fTPCParam->GetNRow(isec);
+  AliTPCCalPad * gainTPC = AliTPCcalibDB::Instance()->GetDedxGainFactor(); 
+  AliTPCCalPad * noiseTPC = AliTPCcalibDB::Instance()->GetPadNoise(); 
+  AliTPCCalROC * gainROC = gainTPC->GetCalROC(isec);  // pad gains per given sector
+  AliTPCCalROC * noiseROC = noiseTPC->GetCalROC(isec);  // noise per given sector
+
+
   fCurrentIndex[1]= isec;
   
 
@@ -1422,10 +1496,10 @@ void AliTPC::DigitizeRow(Int_t irow,Int_t isec,TObjArray **rows)
   //  and a single track signal
   //    
 
-  AliTPCFastMatrix *m1 = new AliTPCFastMatrix(0,nofPads,0,nofTbins); // integrated
-  AliTPCFastMatrix *m2 = new AliTPCFastMatrix(0,nofPads,0,nofTbins); // single
+  TMatrixF *m1 = new TMatrixF(0,nofPads,0,nofTbins); // integrated
+  TMatrixF *m2 = new TMatrixF(0,nofPads,0,nofTbins); // single
   //
-  AliTPCFastMatrix &total  = *m1;
+  TMatrixF &total  = *m1;
 
   //  Array of pointers to the label-signal list
 
@@ -1438,8 +1512,6 @@ void AliTPC::DigitizeRow(Int_t irow,Int_t isec,TObjArray **rows)
   //
   //calculate signal 
   //
-  //Int_t row1 = TMath::Max(irow-fTPCParam->GetNCrossRows(),0);
-  //Int_t row2 = TMath::Min(irow+fTPCParam->GetNCrossRows(),nrows-1);
   Int_t row1=irow;
   Int_t row2=irow+2; 
   for (Int_t row= row1;row<=row2;row++){
@@ -1462,24 +1534,26 @@ void AliTPC::DigitizeRow(Int_t irow,Int_t isec,TObjArray **rows)
   Int_t gi=-1;
   Float_t fzerosup = zerosup+0.5;
   for(Int_t it=0;it<nofTbins;it++){
-    Float_t *pq = &(total.UncheckedAt(0,it));
     for(Int_t ip=0;ip<nofPads;ip++){
       gi++;
-      Float_t q=*pq;      
-      pq++;
-      if(fDigitsSwitch == 0){
-       q+=GetNoise();
+      Float_t q=total(ip,it);      
+      if(fDigitsSwitch == 0){  
+       Float_t gain = gainROC->GetValue(irow,ip);  // get gain for given - pad-row pad 
+       Float_t noisePad = noiseROC->GetValue(irow,ip); 
+       //
+       q*=gain;
+       q+=GetNoise()*noisePad;
         if(q <=fzerosup) continue; // do not fill zeros
         q = TMath::Nint(q);
-        if(q > fTPCParam->GetADCSat()) q = fTPCParam->GetADCSat();  // saturation
+        if(q >= fTPCParam->GetADCSat()) q = fTPCParam->GetADCSat() - 1;  // saturation
 
       }
 
       else {
-       if(q <= 0.) continue; // do not fill zeros
-       if(q>2000.) q=2000.;
-       q *= 16.;
-       q = TMath::Nint(q);
+       if(q <= 0.) continue; // do not fill zeros
+       if(q>2000.) q=2000.;
+       q *= 16.;
+       q = TMath::Nint(q);
       }
 
       //
@@ -1497,17 +1571,22 @@ void AliTPC::DigitizeRow(Int_t irow,Int_t isec,TObjArray **rows)
 */
 //End_Html
       dig->SetDigitFast((Short_t)q,it,ip);
-      if (fDigitsArray->IsSimulated())
-       {
-        ((AliSimDigits*)dig)->SetTrackIDFast(tracks[0],it,ip,0);
-        ((AliSimDigits*)dig)->SetTrackIDFast(tracks[1],it,ip,1);
-        ((AliSimDigits*)dig)->SetTrackIDFast(tracks[2],it,ip,2);
-       }
-     
+      if (fDigitsArray->IsSimulated()) {
+       ((AliSimDigits*)dig)->SetTrackIDFast(tracks[0],it,ip,0);
+       ((AliSimDigits*)dig)->SetTrackIDFast(tracks[1],it,ip,1);
+       ((AliSimDigits*)dig)->SetTrackIDFast(tracks[2],it,ip,2);
+      }
     
     } // end of loop over time buckets
   }  // end of lop over pads 
+  //
+  // test
+  //
+  //
 
+  // glitch filters if normal simulated digits
+  //
+  if(!fDigitsSwitch) ((AliSimDigits*)dig)->GlitchFilter();
   //
   //  This row has been digitized, delete nonused stuff
   //
@@ -1520,14 +1599,13 @@ void AliTPC::DigitizeRow(Int_t irow,Int_t isec,TObjArray **rows)
 
   delete m1;
   delete m2;
-  //  delete m3;
 
 } // end of DigitizeRow
 
 //_____________________________________________________________________________
 
 Float_t AliTPC::GetSignal(TObjArray *p1, Int_t ntr, 
-             AliTPCFastMatrix *m1, AliTPCFastMatrix *m2,Int_t *indexRange)
+             TMatrixF *m1, TMatrixF *m2,Int_t *indexRange)
 {
 
   //---------------------------------------------------------------
@@ -1541,53 +1619,53 @@ Float_t AliTPC::GetSignal(TObjArray *p1, Int_t ntr,
   // Modified: Marian Ivanov 
   //-----------------------------------------------------------------
 
-  AliTPCFastVector *tv;
+  TVector *tv;
 
-  tv = (AliTPCFastVector*)p1->At(ntr); // pointer to a track
-  AliTPCFastVector &v = *tv;
+  tv = (TVector*)p1->At(ntr); // pointer to a track
+  TVector &v = *tv;
   
   Float_t label = v(0);
-  Int_t centralPad = (fTPCParam->GetNPads(fCurrentIndex[1],fCurrentIndex[3]-1)-1)/2;
+  Int_t centralPad = (fTPCParam->GetNPads(fCurrentIndex[1],fCurrentIndex[3]-1))/2;
 
-  Int_t nElectrons = (tv->GetNrows()-1)/4;
+  Int_t nElectrons = (tv->GetNrows()-1)/5;
   indexRange[0]=9999; // min pad
   indexRange[1]=-1; // max pad
   indexRange[2]=9999; //min time
   indexRange[3]=-1; // max time
 
-  AliTPCFastMatrix &signal = *m1;
-  AliTPCFastMatrix &total = *m2;
+  TMatrixF &signal = *m1;
+  TMatrixF &total = *m2;
   //
   //  Loop over all electrons
   //
   for(Int_t nel=0; nel<nElectrons; nel++){
-    Int_t idx=nel*4;
+    Int_t idx=nel*5;
     Float_t aval =  v(idx+4);
     Float_t eltoadcfac=aval*fTPCParam->GetTotalNormFac(); 
-    Float_t xyz[3]={v(idx+1),v(idx+2),v(idx+3)};
+    Float_t xyz[4]={v(idx+1),v(idx+2),v(idx+3),v(idx+5)};
     Int_t n = ((AliTPCParamSR*)fTPCParam)->CalcResponseFast(xyz,fCurrentIndex,fCurrentIndex[3]);
 
     Int_t *index = fTPCParam->GetResBin(0);  
     Float_t *weight = & (fTPCParam->GetResWeight(0));
 
     if (n>0) for (Int_t i =0; i<n; i++){       
-       Int_t pad=index[1]+centralPad;  //in digit coordinates central pad has coordinate 0
-
-         if (pad>=0){
-        Int_t time=index[2];    
-         Float_t qweight = *(weight)*eltoadcfac;
-        
-        if (m1!=0) signal.UncheckedAt(pad,time)+=qweight;
-         total.UncheckedAt(pad,time)+=qweight;
-        if (indexRange[0]>pad) indexRange[0]=pad;
-        if (indexRange[1]<pad) indexRange[1]=pad;
-        if (indexRange[2]>time) indexRange[2]=time;
-        if (indexRange[3]<time) indexRange[3]=time;
-
-        index+=3;
-        weight++;      
-
-       }        
+      Int_t pad=index[1]+centralPad;  //in digit coordinates central pad has coordinate 0
+
+      if (pad>=0){
+       Int_t time=index[2];     
+       Float_t qweight = *(weight)*eltoadcfac;
+       
+       if (m1!=0) signal(pad,time)+=qweight;
+       total(pad,time)+=qweight;
+       if (indexRange[0]>pad) indexRange[0]=pad;
+       if (indexRange[1]<pad) indexRange[1]=pad;
+       if (indexRange[2]>time) indexRange[2]=time;
+       if (indexRange[3]<time) indexRange[3]=time;
+       
+       index+=3;
+       weight++;       
+
+      }         
     }
   } // end of loop over electrons
   
@@ -1595,7 +1673,7 @@ Float_t AliTPC::GetSignal(TObjArray *p1, Int_t ntr,
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-void AliTPC::GetList(Float_t label,Int_t np,AliTPCFastMatrix *m,
+void AliTPC::GetList(Float_t label,Int_t np,TMatrixF *m,
                      Int_t *indexRange, Float_t **pList)
 {
   //----------------------------------------------------------------------
@@ -1606,7 +1684,7 @@ void AliTPC::GetList(Float_t label,Int_t np,AliTPCFastMatrix *m,
   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
   //-----------------------------------------------------------------
 
-  AliTPCFastMatrix &signal = *m;
+  TMatrixF &signal = *m;
 
   // lop over nonzero digits
 
@@ -1614,77 +1692,73 @@ void AliTPC::GetList(Float_t label,Int_t np,AliTPCFastMatrix *m,
     for(Int_t ip=indexRange[0];ip<indexRange[1]+1;ip++){
 
 
-        // accept only the contribution larger than 500 electrons (1/2 s_noise)
+      // accept only the contribution larger than 500 electrons (1/2 s_noise)
 
-        if(signal(ip,it)<0.5) continue; 
+      if(signal(ip,it)<0.5) continue; 
 
-
-        Int_t globalIndex = it*np+ip; // globalIndex starts from 0!
+      Int_t globalIndex = it*np+ip; // globalIndex starts from 0!
         
-        if(!pList[globalIndex]){
+      if(!pList[globalIndex]){
         
-          // 
-         // Create new list (6 elements - 3 signals and 3 labels),
-         //
-
-          pList[globalIndex] = new Float_t [6];
-
-         // set list to -1 
-
-          *pList[globalIndex] = -1.;
-          *(pList[globalIndex]+1) = -1.;
-          *(pList[globalIndex]+2) = -1.;
-          *(pList[globalIndex]+3) = -1.;
-          *(pList[globalIndex]+4) = -1.;
-          *(pList[globalIndex]+5) = -1.;
-
-
-          *pList[globalIndex] = label;
-          *(pList[globalIndex]+3) = signal(ip,it);
-        }
-        else{
-
-         // check the signal magnitude
-
-          Float_t highest = *(pList[globalIndex]+3);
-          Float_t middle = *(pList[globalIndex]+4);
-          Float_t lowest = *(pList[globalIndex]+5);
-
-         //
-         //  compare the new signal with already existing list
-         //
+       // 
+       // Create new list (6 elements - 3 signals and 3 labels),
+       //
 
-          if(signal(ip,it)<lowest) continue; // neglect this track
+       pList[globalIndex] = new Float_t [6];
 
-         //
+       // set list to -1 
+       
+       *pList[globalIndex] = -1.;
+       *(pList[globalIndex]+1) = -1.;
+       *(pList[globalIndex]+2) = -1.;
+       *(pList[globalIndex]+3) = -1.;
+       *(pList[globalIndex]+4) = -1.;
+       *(pList[globalIndex]+5) = -1.;
+
+       *pList[globalIndex] = label;
+       *(pList[globalIndex]+3) = signal(ip,it);
+      }
+      else {
 
-          if (signal(ip,it)>highest){
-            *(pList[globalIndex]+5) = middle;
-            *(pList[globalIndex]+4) = highest;
-            *(pList[globalIndex]+3) = signal(ip,it);
+       // check the signal magnitude
 
-            *(pList[globalIndex]+2) = *(pList[globalIndex]+1);
-            *(pList[globalIndex]+1) = *pList[globalIndex];
-            *pList[globalIndex] = label;
-         }
-          else if (signal(ip,it)>middle){
-            *(pList[globalIndex]+5) = middle;
-            *(pList[globalIndex]+4) = signal(ip,it);
+       Float_t highest = *(pList[globalIndex]+3);
+       Float_t middle = *(pList[globalIndex]+4);
+       Float_t lowest = *(pList[globalIndex]+5);
+       
+       //
+       //  compare the new signal with already existing list
+       //
+       
+       if(signal(ip,it)<lowest) continue; // neglect this track
 
-            *(pList[globalIndex]+2) = *(pList[globalIndex]+1);
-            *(pList[globalIndex]+1) = label;
-         }
-          else{
-            *(pList[globalIndex]+5) = signal(ip,it);
-            *(pList[globalIndex]+2) = label;
-         }
-        }
+       //
 
+       if (signal(ip,it)>highest){
+         *(pList[globalIndex]+5) = middle;
+         *(pList[globalIndex]+4) = highest;
+         *(pList[globalIndex]+3) = signal(ip,it);
+         
+         *(pList[globalIndex]+2) = *(pList[globalIndex]+1);
+         *(pList[globalIndex]+1) = *pList[globalIndex];
+         *pList[globalIndex] = label;
+       }
+       else if (signal(ip,it)>middle){
+         *(pList[globalIndex]+5) = middle;
+         *(pList[globalIndex]+4) = signal(ip,it);
+         
+         *(pList[globalIndex]+2) = *(pList[globalIndex]+1);
+         *(pList[globalIndex]+1) = label;
+       }
+       else{
+         *(pList[globalIndex]+5) = signal(ip,it);
+         *(pList[globalIndex]+2) = label;
+       }
+      }
+      
     } // end of loop over pads
   } // end of loop over time bins
 
-
-
 }//end of GetList
 //___________________________________________________________________
 void AliTPC::MakeSector(Int_t isec,Int_t nrows,TTree *TH,
@@ -1697,13 +1771,46 @@ void AliTPC::MakeSector(Int_t isec,Int_t nrows,TTree *TH,
   // contains the track label and the position of electrons.
   //-----------------------------------------------------------------
 
+  // 
+  // The trasport of the electrons through TPC drift volume
+  //    Drift (drift velocity + velocity map(not yet implemented)))
+  //    Application of the random processes (diffusion, gas gain)
+  //    Systematic effects (ExB effect in drift volume + ROCs)  
+  //
+  // Algorithm:
+  // Loop over primary electrons:
+  //    Creation of the secondary electrons
+  //    Loop over electrons (primary+ secondaries)
+  //        Global coordinate frame:
+  //          1. Skip electrons if attached  
+  //          2. ExB effect in drift volume
+  //             a.) Simulation   calib->GetExB()->CorrectInverse(dxyz0,dxyz1);
+  //             b.) Reconstruction -  calib->GetExB()->CorrectInverse(dxyz0,dxyz1);
+  //          3. Generation of gas gain (Random - Exponential distribution) 
+  //          4. TransportElectron function (diffusion)
+  //
+  //        5. Conversion to the local coordinate frame  pad-row, pad, timebin
+  //        6. Apply Time0 shift - AliTPCCalPad class 
+  //            a.) Plus sign in simulation
+  //            b.) Minus sign in reconstruction 
+  // end of loop          
+  //
   //-----------------------------------------------------------------
   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
+  // Origin: Marian Ivanov,  marian.ivanov@cern.ch
   //-----------------------------------------------------------------
+  AliTPCcalibDB* const calib=AliTPCcalibDB::Instance();
+  if (gAlice){ // Set correctly the magnetic field in the ExB calculation
+    AliMagF * field = ((AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField());
+    if (field) {
+      calib->SetExBField(field->SolenoidField());
+    }
+  }
 
   Float_t gasgain = fTPCParam->GetGasGain();
+  gasgain = gasgain/fGainFactor;
   Int_t i;
-  Float_t xyz[4]; 
+  Float_t xyz[5]; 
 
   AliTPChit *tpcHit; // pointer to a sigle TPC hit    
   //MI change
@@ -1714,12 +1821,12 @@ void AliTPC::MakeSector(Int_t isec,Int_t nrows,TTree *TH,
  
   //----------------------------------------------
   // Create TObjArray-s, one for each row,
-  // each TObjArray will store the AliTPCFastVectors
-  // of electrons, one AliTPCFastVectors per each track.
+  // each TObjArray will store the TVectors
+  // of electrons, one TVectors per each track.
   //---------------------------------------------- 
     
   Int_t *nofElectrons = new Int_t [nrows+2]; // electron counter for each row
-  AliTPCFastVector **tracks = new AliTPCFastVector* [nrows+2]; //pointers to the track vectors
+  TVector **tracks = new TVector* [nrows+2]; //pointers to the track vectors
 
   for(i=0; i<nrows+2; i++){
     row[i] = new TObjArray;
@@ -1732,7 +1839,7 @@ void AliTPC::MakeSector(Int_t isec,Int_t nrows,TTree *TH,
   //--------------------------------------------------------------------
   //  Loop over tracks, the "track" contains the full history
   //--------------------------------------------------------------------
-
+  
   Int_t previousTrack,currentTrack;
   previousTrack = -1; // nothing to store so far!
 
@@ -1743,7 +1850,7 @@ void AliTPC::MakeSector(Int_t isec,Int_t nrows,TTree *TH,
     if (!isInSector) continue;
     //MI change
     branch->GetEntry(track); // get next track
-
+    
     //M.I. changes
 
     tpcHit = (AliTPChit*)FirstHit(-1);
@@ -1761,133 +1868,193 @@ void AliTPC::MakeSector(Int_t isec,Int_t nrows,TTree *TH,
        continue; 
       }
 
-       currentTrack = tpcHit->Track(); // track number
+      // Remove hits which arrive before the TPC opening gate signal
+      if(((fTPCParam->GetZLength(isec)-TMath::Abs(tpcHit->Z()))
+         /fTPCParam->GetDriftV()+tpcHit->Time())<fTPCParam->GetGateDelay()) {
+       tpcHit = (AliTPChit*) NextHit();
+       continue;
+      }
 
+      currentTrack = tpcHit->Track(); // track number
 
-        if(currentTrack != previousTrack){
+      if(currentTrack != previousTrack){
                           
-           // store already filled fTrack
+       // store already filled fTrack
               
-          for(i=0;i<nrows+2;i++){
-             if(previousTrack != -1){
-              if(nofElectrons[i]>0){
-                 AliTPCFastVector &v = *tracks[i];
-                v(0) = previousTrack;
-                 tracks[i]->ResizeTo(4*nofElectrons[i]+1); // shrink if necessary
-                row[i]->Add(tracks[i]);                     
-              }
-               else{
-                 delete tracks[i]; // delete empty AliTPCFastVector
-                 tracks[i]=0;
-              }
-            }
-
-             nofElectrons[i]=0;
-             tracks[i] = new AliTPCFastVector(481); // AliTPCFastVectors for the next fTrack
-
-          } // end of loop over rows
+       for(i=0;i<nrows+2;i++){
+         if(previousTrack != -1){
+           if(nofElectrons[i]>0){
+             TVector &v = *tracks[i];
+             v(0) = previousTrack;
+             tracks[i]->ResizeTo(5*nofElectrons[i]+1); // shrink if necessary
+             row[i]->Add(tracks[i]);                     
+           }
+           else {
+             delete tracks[i]; // delete empty TVector
+             tracks[i]=0;
+           }
+         }
+
+         nofElectrons[i]=0;
+         tracks[i] = new TVector(601); // TVectors for the next fTrack
+
+       } // end of loop over rows
               
-           previousTrack=currentTrack; // update track label 
-       }
+       previousTrack=currentTrack; // update track label 
+      }
           
-       Int_t qI = (Int_t) (tpcHit->fQ); // energy loss (number of electrons)
+      Int_t qI = (Int_t) (tpcHit->fQ); // energy loss (number of electrons)
 
-       //---------------------------------------------------
-       //  Calculate the electron attachment probability
-       //---------------------------------------------------
+      //---------------------------------------------------
+      //  Calculate the electron attachment probability
+      //---------------------------------------------------
 
 
-        Float_t time = 1.e6*(fTPCParam->GetZLength()-TMath::Abs(tpcHit->Z()))
-                                                        /fTPCParam->GetDriftV(); 
-       // in microseconds!     
-       Float_t attProb = fTPCParam->GetAttCoef()*
-         fTPCParam->GetOxyCont()*time; //  fraction! 
+      Float_t time = 1.e6*(fTPCParam->GetZLength(isec)-TMath::Abs(tpcHit->Z()))
+       /fTPCParam->GetDriftV(); 
+      // in microseconds!      
+      Float_t attProb = fTPCParam->GetAttCoef()*
+       fTPCParam->GetOxyCont()*time; //  fraction! 
    
-       //-----------------------------------------------
-       //  Loop over electrons
-       //-----------------------------------------------
-       Int_t index[3];
-       index[1]=isec;
-        for(Int_t nel=0;nel<qI;nel++){
-          // skip if electron lost due to the attachment
-          if((gRandom->Rndm(0)) < attProb) continue; // electron lost!
-         xyz[0]=tpcHit->X();
-         xyz[1]=tpcHit->Y();
-         xyz[2]=tpcHit->Z();   
-         //
-         // protection for the nonphysical avalanche size (10**6 maximum)
-         //  
-          Double_t rn=TMath::Max(gRandom->Rndm(0),1.93e-22);
-         xyz[3]= (Float_t) (-gasgain*TMath::Log(rn)); 
-         index[0]=1;
+      //-----------------------------------------------
+      //  Loop over electrons
+      //-----------------------------------------------
+      Int_t index[3];
+      index[1]=isec;
+      for(Int_t nel=0;nel<qI;nel++){
+       // skip if electron lost due to the attachment
+       if((gRandom->Rndm(0)) < attProb) continue; // electron lost!
+       
+       //
+       // ExB effect
+       //
+       Double_t dxyz0[3],dxyz1[3];
+       dxyz0[0]=tpcHit->X();
+       dxyz0[1]=tpcHit->Y();
+       dxyz0[2]=tpcHit->Z();   
+       if (calib->GetExB()){
+         calib->GetExB()->CorrectInverse(dxyz0,dxyz1);
+       }else{
+         AliError("Not valid ExB calibration");
+         dxyz1[0]=tpcHit->X();
+         dxyz1[1]=tpcHit->Y();
+         dxyz1[2]=tpcHit->Z();         
+       }
+       xyz[0]=dxyz1[0];
+       xyz[1]=dxyz1[1];
+       xyz[2]=dxyz1[2];        
+       //
+       //
+       //
+       // protection for the nonphysical avalanche size (10**6 maximum)
+       //  
+       Double_t rn=TMath::Max(gRandom->Rndm(0),1.93e-22);
+       xyz[3]= (Float_t) (-gasgain*TMath::Log(rn)); 
+       index[0]=1;
          
-         TransportElectron(xyz,index);    
-         Int_t rowNumber;
-         fTPCParam->GetPadRow(xyz,index); 
-         // row 0 - cross talk from the innermost row
-         // row fNRow+1 cross talk from the outermost row
-         rowNumber = index[2]+1; 
-         //transform position to local digit coordinates
-         //relative to nearest pad row 
-         if ((rowNumber<0)||rowNumber>fTPCParam->GetNRow(isec)+1) continue;
-          Float_t x1,y1;
-         if (isec <fTPCParam->GetNInnerSector()) {
-           x1 = xyz[1]*fTPCParam->GetInnerPadPitchWidth();
-           y1 = fTPCParam->GetYInner(rowNumber);
-         }
-         else{
-           x1=xyz[1]*fTPCParam->GetOuterPadPitchWidth();
-           y1 = fTPCParam->GetYOuter(rowNumber);
+       TransportElectron(xyz,index);    
+       Int_t rowNumber;
+       Int_t padrow = fTPCParam->GetPadRow(xyz,index); 
+       //
+       // Add Time0 correction due unisochronity
+       // xyz[0] - pad row coordinate 
+       // xyz[1] - pad coordinate
+       // xyz[2] - is in now time bin coordinate system
+       Float_t correction =0;
+       if (calib->GetPadTime0()){
+         if (!calib->GetPadTime0()->GetCalROC(isec)) continue;   
+         Int_t npads = fTPCParam->GetNPads(isec,padrow);
+         //      Int_t pad  = TMath::Nint(xyz[1]+fTPCParam->GetNPads(isec,TMath::Nint(xyz[0]))*0.5);
+         // pad numbering from -npads/2 .. npads/2-1
+         Int_t pad  = TMath::Nint(xyz[1]+npads/2);
+         if (pad<0) pad=0;
+         if (pad>=npads) pad=npads-1;
+         correction = calib->GetPadTime0()->GetCalROC(isec)->GetValue(padrow,pad);
+         //      printf("%d\t%d\t%d\t%f\n",isec,padrow,pad,correction);
+         if (fDebugStreamer){
+           (*fDebugStreamer)<<"Time0"<<
+             "isec="<<isec<<
+             "padrow="<<padrow<<
+             "pad="<<pad<<
+             "x0="<<xyz[0]<<
+             "x1="<<xyz[1]<<
+             "x2="<<xyz[2]<<
+             "hit.="<<tpcHit<<
+             "cor="<<correction<<
+             "\n";
          }
-         // gain inefficiency at the wires edges - linear
-         x1=TMath::Abs(x1);
-         y1-=1.;
-          if(x1>y1) xyz[3]*=TMath::Max(1.e-6,(y1-x1+1.));      
-       
-         nofElectrons[rowNumber]++;      
-         //----------------------------------
-         // Expand vector if necessary
-         //----------------------------------
-         if(nofElectrons[rowNumber]>120){
-           Int_t range = tracks[rowNumber]->GetNrows();
-           if((nofElectrons[rowNumber])>(range-1)/4){
-        
-             tracks[rowNumber]->ResizeTo(range+400); // Add 100 electrons
-           }
+       }
+       xyz[2]+=correction;
+       xyz[2]+=fTPCParam->GetNTBinsL1();    // adding Level 1 time bin offset
+       //
+       // Electron track time (for pileup simulation)
+       xyz[2]+=tpcHit->Time()/fTPCParam->GetTSample(); // adding time of flight
+       xyz[4] =0;
+
+       //
+       // row 0 - cross talk from the innermost row
+       // row fNRow+1 cross talk from the outermost row
+       rowNumber = index[2]+1; 
+       //transform position to local digit coordinates
+       //relative to nearest pad row 
+       if ((rowNumber<0)||rowNumber>fTPCParam->GetNRow(isec)+1) continue;
+       /*      Float_t x1,y1;
+       if (isec <fTPCParam->GetNInnerSector()) {
+         x1 = xyz[1]*fTPCParam->GetInnerPadPitchWidth();
+         y1 = fTPCParam->GetYInner(rowNumber);
+       }
+       else{
+         x1=xyz[1]*fTPCParam->GetOuterPadPitchWidth();
+         y1 = fTPCParam->GetYOuter(rowNumber);
+       }
+       // gain inefficiency at the wires edges - linear
+       x1=TMath::Abs(x1);
+       y1-=1.;
+       if(x1>y1) xyz[3]*=TMath::Max(1.e-6,(y1-x1+1.)); */
+       
+       nofElectrons[rowNumber]++;        
+       //----------------------------------
+       // Expand vector if necessary
+       //----------------------------------
+       if(nofElectrons[rowNumber]>120){
+         Int_t range = tracks[rowNumber]->GetNrows();
+         if((nofElectrons[rowNumber])>(range-1)/5){
+           
+           tracks[rowNumber]->ResizeTo(range+500); // Add 100 electrons
          }
-         
-          AliTPCFastVector &v = *tracks[rowNumber];
-         Int_t idx = 4*nofElectrons[rowNumber]-3;
-         Real_t * position = &(((AliTPCFastVector&)v).UncheckedAt(idx)); //make code faster
-         memcpy(position,xyz,4*sizeof(Float_t));
-       } // end of loop over electrons
+       }
+       
+       TVector &v = *tracks[rowNumber];
+       Int_t idx = 5*nofElectrons[rowNumber]-4;
+       Real_t * position = &(((TVector&)v)(idx)); //make code faster
+       memcpy(position,xyz,5*sizeof(Float_t));
+       
+      } // end of loop over electrons
 
-        tpcHit = (AliTPChit*)NextHit();
-        
-      } // end of loop over hits
-    } // end of loop over tracks
+      tpcHit = (AliTPChit*)NextHit();
+      
+    } // end of loop over hits
+  } // end of loop over tracks
 
     //
     //   store remaining track (the last one) if not empty
     //
-
-     for(i=0;i<nrows+2;i++){
-       if(nofElectrons[i]>0){
-          AliTPCFastVector &v = *tracks[i];
-         v(0) = previousTrack;
-          tracks[i]->ResizeTo(4*nofElectrons[i]+1); // shrink if necessary
-         row[i]->Add(tracks[i]);  
-       }
-       else{
-          delete tracks[i];
-          tracks[i]=0;
-       }  
-      }  
-
-          delete [] tracks;
-          delete [] nofElectrons;
+  
+  for(i=0;i<nrows+2;i++){
+    if(nofElectrons[i]>0){
+      TVector &v = *tracks[i];
+      v(0) = previousTrack;
+      tracks[i]->ResizeTo(5*nofElectrons[i]+1); // shrink if necessary
+      row[i]->Add(tracks[i]);  
+    }
+    else{
+      delete tracks[i];
+      tracks[i]=0;
+    }  
+  }  
+  
+  delete [] tracks;
+  delete [] nofElectrons;
 
 } // end of MakeSector
 
@@ -1898,47 +2065,9 @@ void AliTPC::Init()
   //
   // Initialise TPC detector after definition of geometry
   //
-  Int_t i;
-  //
-  if(fDebug) {
-    printf("\n%s: ",ClassName());
-    for(i=0;i<35;i++) printf("*");
-    printf(" TPC_INIT ");
-    for(i=0;i<35;i++) printf("*");
-    printf("\n%s: ",ClassName());
-    //
-    for(i=0;i<80;i++) printf("*");
-    printf("\n");
-  }
+  AliDebug(1,"*********************************************");
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliTPC::MakeBranch(Option_t* option)
-{
-  //
-  // Create Tree branches for the TPC.
-  //
-  if(GetDebug()) Info("MakeBranch","");
-  Int_t buffersize = 4000;
-  char branchname[10];
-  sprintf(branchname,"%s",GetName());
-  
-  const char *h = strstr(option,"H");
-
-  if ( h && (fHitType<=1) && (fHits == 0x0)) fHits = new TClonesArray("AliTPChit", 176);//skowron 20.06.03
-  
-  AliDetector::MakeBranch(option);
-
-  const char *d = strstr(option,"D");
-  if (fDigits   && fLoader->TreeD() && d) 
-   {
-      MakeBranchInTree(gAlice->TreeD(), branchname, &fDigits, buffersize, 0);
-   }   
-
-  if (fHitType>1) MakeBranch2(option,0); // MI change 14.09.2000
-}
 //_____________________________________________________________________________
 void AliTPC::ResetDigits()
 {
@@ -1949,77 +2078,7 @@ void AliTPC::ResetDigits()
   if (fDigits)   fDigits->Clear();
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliTPC::SetSecAL(Int_t sec)
-{
-  //---------------------------------------------------
-  // Activate/deactivate selection for lower sectors
-  //---------------------------------------------------
-
-  //-----------------------------------------------------------------
-  // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
-  //-----------------------------------------------------------------
-  fSecAL = sec;
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliTPC::SetSecAU(Int_t sec)
-{
-  //----------------------------------------------------
-  // Activate/deactivate selection for upper sectors
-  //---------------------------------------------------
-
-  //-----------------------------------------------------------------
-  // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
-  //-----------------------------------------------------------------
-  fSecAU = sec;
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliTPC::SetSecLows(Int_t s1,Int_t s2,Int_t s3,Int_t s4,Int_t s5, Int_t s6)
-{
-  //----------------------------------------
-  // Select active lower sectors
-  //----------------------------------------
-
-  //-----------------------------------------------------------------
-  // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
-  //-----------------------------------------------------------------
-
-  fSecLows[0] = s1;
-  fSecLows[1] = s2;
-  fSecLows[2] = s3;
-  fSecLows[3] = s4;
-  fSecLows[4] = s5;
-  fSecLows[5] = s6;
-}
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliTPC::SetSecUps(Int_t s1,Int_t s2,Int_t s3,Int_t s4,Int_t s5, Int_t s6,
-                       Int_t s7, Int_t s8 ,Int_t s9 ,Int_t s10, 
-                       Int_t s11 , Int_t s12)
-{
-  //--------------------------------
-  // Select active upper sectors
-  //--------------------------------
-
-  //-----------------------------------------------------------------
-  // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
-  //-----------------------------------------------------------------
 
-  fSecUps[0] = s1;
-  fSecUps[1] = s2;
-  fSecUps[2] = s3;
-  fSecUps[3] = s4;
-  fSecUps[4] = s5;
-  fSecUps[5] = s6;
-  fSecUps[6] = s7;
-  fSecUps[7] = s8;
-  fSecUps[8] = s9;
-  fSecUps[9] = s10;
-  fSecUps[10] = s11;
-  fSecUps[11] = s12;
-}
 
 //_____________________________________________________________________________
 void AliTPC::SetSens(Int_t sens)
@@ -2044,25 +2103,6 @@ void AliTPC::SetSide(Float_t side=0.)
 
   fSide = side;
  
-}
-//____________________________________________________________________________
-void AliTPC::SetGasMixt(Int_t nc,Int_t c1,Int_t c2,Int_t c3,Float_t p1,
-                           Float_t p2,Float_t p3)
-{
-
-  // gax mixture definition
-
- fNoComp = nc;
- fMixtComp[0]=c1;
- fMixtComp[1]=c2;
- fMixtComp[2]=c3;
-
- fMixtProp[0]=p1;
- fMixtProp[1]=p2;
- fMixtProp[2]=p3; 
 }
 //_____________________________________________________________________________
 
@@ -2077,7 +2117,7 @@ void AliTPC::TransportElectron(Float_t *xyz, Int_t *index)
   // xyz and index must be already transformed to system 1
   //
 
-  fTPCParam->Transform1to2(xyz,index);
+  fTPCParam->Transform1to2(xyz,index);  // mis-alignment applied in this step
   
   //add diffusion
   Float_t driftl=xyz[2];
@@ -2095,14 +2135,32 @@ void AliTPC::TransportElectron(Float_t *xyz, Int_t *index)
     Float_t dx = fTPCParam->Transform2to2NearestWire(xyz,index);
     xyz[1]+=dx*(fTPCParam->GetOmegaTau());
   }
-  //add nonisochronity (not implemented yet)  
+  //add nonisochronity (not implemented yet) 
+  
 }
   
 ClassImp(AliTPChit)
+  //______________________________________________________________________
+  AliTPChit::AliTPChit()
+            :AliHit(),
+            fSector(0),
+            fPadRow(0),
+            fQ(0),
+            fTime(0)
+{
+  //
+  // default
+  //
+
+}
 //_____________________________________________________________________________
-AliTPChit::AliTPChit(Int_t shunt, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits):
-AliHit(shunt,track)
+AliTPChit::AliTPChit(Int_t shunt, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits)
+          :AliHit(shunt,track),
+            fSector(0),
+            fPadRow(0),
+            fQ(0),
+            fTime(0)
 {
   //
   // Creates a TPC hit object
@@ -2113,18 +2171,19 @@ AliHit(shunt,track)
   fY          = hits[1];
   fZ          = hits[2];
   fQ          = hits[3];
+  fTime       = hits[4];
 }
  
 //________________________________________________________________________
 // Additional code because of the AliTPCTrackHitsV2
 
-void AliTPC::MakeBranch2(Option_t *option,const char */*file*/)
+void AliTPC::MakeBranch(Option_t *option)
 {
   //
   // Create a new branch in the current Root Tree
   // The branch of fHits is automatically split
   // MI change 14.09.2000
-  if(GetDebug()) Info("MakeBranch2","");
+  AliDebug(1,"");
   if (fHitType<2) return;
   char branchname[10];
   sprintf(branchname,"%s2",GetName());  
@@ -2132,29 +2191,26 @@ void AliTPC::MakeBranch2(Option_t *option,const char */*file*/)
   // Get the pointer to the header
   const char *cH = strstr(option,"H");
   //
-  if (fTrackHits   && TreeH() && cH && fHitType&4) 
-   {
-    if(GetDebug()) Info("MakeBranch2","Making branch for Type 4 Hits");
-    TreeH()->Branch(branchname,"AliTPCTrackHitsV2",&fTrackHits,fBufferSize,99);
-   }   
-
-  if (fTrackHitsOld   && TreeH() && cH && fHitType&2) 
-   {    
-    if(GetDebug()) Info("MakeBranch2","Making branch for Type 2 Hits");
-    AliObjectBranch * branch = new AliObjectBranch(branchname,"AliTPCTrackHits",&fTrackHitsOld, 
-                                                   TreeH(),fBufferSize,99);
-    TreeH()->GetListOfBranches()->Add(branch);
-   }   
+  if (fTrackHits   && fLoader->TreeH() && cH && fHitType&4) {
+    AliDebug(1,"Making branch for Type 4 Hits");
+    fLoader->TreeH()->Branch(branchname,"AliTPCTrackHitsV2",&fTrackHits,fBufferSize,99);
+  }
+
+//   if (fTrackHitsOld   && fLoader->TreeH() && cH && fHitType&2) {    
+//     AliDebug(1,"Making branch for Type 2 Hits");
+//     AliObjectBranch * branch = new AliObjectBranch(branchname,"AliTPCTrackHits",&fTrackHitsOld, 
+//                                                    fLoader->TreeH(),fBufferSize,99);
+//     fLoader->TreeH()->GetListOfBranches()->Add(branch);
+//   } 
 }
 
 void AliTPC::SetTreeAddress()
 {
-//Sets tree address for hits  
-  if (fHitType<=1)
-   {
-     if (fHits == 0x0 ) fHits = new TClonesArray("AliTPChit", 176);//skowron 20.06.03
-     AliDetector::SetTreeAddress();
-   }
+  //Sets tree address for hits  
+  if (fHitType<=1) {
+    if (fHits == 0x0 ) fHits = new TClonesArray("AliTPChit", 176);//skowron 20.06.03
+    AliDetector::SetTreeAddress();
+  }
   if (fHitType>1) SetTreeAddress2();
 }
 
@@ -2163,56 +2219,47 @@ void AliTPC::SetTreeAddress2()
   //
   // Set branch address for the TrackHits Tree
   // 
-  if(GetDebug()) Info("SetTreeAddress2","");
+  AliDebug(1,"");
   
   TBranch *branch;
   char branchname[20];
   sprintf(branchname,"%s2",GetName());
   //
   // Branch address for hit tree
-  TTree *treeH = TreeH();
+  TTree *treeH = fLoader->TreeH();
   if ((treeH)&&(fHitType&4)) {
     branch = treeH->GetBranch(branchname);
-    if (branch) 
-     {
-       branch->SetAddress(&fTrackHits);
-       if (GetDebug()) Info("SetTreeAddress2","fHitType&4 Setting");
-     }
+    if (branch) {
+      branch->SetAddress(&fTrackHits);
+      AliDebug(1,"fHitType&4 Setting");
+    }
     else 
-    if (GetDebug()) Info("SetTreeAddress2","fHitType&4 Failed (can not find branch)");
+      AliDebug(1,"fHitType&4 Failed (can not find branch)");
     
   }
-  if ((treeH)&&(fHitType&2)) {
-    branch = treeH->GetBranch(branchname);
-    if (branch) 
-     {
-       branch->SetAddress(&fTrackHitsOld);
-       if (GetDebug()) Info("SetTreeAddress2","fHitType&2 Setting");
-     }
-    else if (GetDebug()) 
-      Info("SetTreeAddress2","fHitType&2 Failed (can not find branch)");
-  }
-  //set address to TREETR
-
-  TTree *treeTR = TreeTR();
-  if (treeTR && fTrackReferences) {
-    branch = treeTR->GetBranch(GetName());
-    if (branch) branch->SetAddress(&fTrackReferences);
-  }
-
+ //  if ((treeH)&&(fHitType&2)) {
+//     branch = treeH->GetBranch(branchname);
+//     if (branch) {
+//       branch->SetAddress(&fTrackHitsOld);
+//       AliDebug(1,"fHitType&2 Setting");
+//     }
+//     else
+//       AliDebug(1,"fHitType&2 Failed (can not find branch)");
+//   }
 }
 
 void AliTPC::FinishPrimary()
 {
   if (fTrackHits &&fHitType&4)      fTrackHits->FlushHitStack();  
-  if (fTrackHitsOld && fHitType&2)  fTrackHitsOld->FlushHitStack();  
+  //  if (fTrackHitsOld && fHitType&2)  fTrackHitsOld->FlushHitStack();  
 }
 
 
 void AliTPC::AddHit2(Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits)
 { 
   //
-  // add hit to the list  
+  // add hit to the list
+
   Int_t rtrack;
   if (fIshunt) {
     int primary = gAlice->GetMCApp()->GetPrimary(track);
@@ -2222,15 +2269,12 @@ void AliTPC::AddHit2(Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits)
     rtrack=track;
     gAlice->GetMCApp()->FlagTrack(track);
   }  
-  //AliTPChit *hit = (AliTPChit*)fHits->UncheckedAt(fNhits-1);
-  //if (hit->fTrack!=rtrack)
-  //  cout<<"bad track number\n";
   if (fTrackHits && fHitType&4) 
     fTrackHits->AddHitKartez(vol[0],rtrack, hits[0],
-                             hits[1],hits[2],(Int_t)hits[3]);
-  if (fTrackHitsOld &&fHitType&2 ) 
-    fTrackHitsOld->AddHitKartez(vol[0],rtrack, hits[0],
-                                hits[1],hits[2],(Int_t)hits[3]);
+                             hits[1],hits[2],(Int_t)hits[3],hits[4]);
//  if (fTrackHitsOld &&fHitType&2 ) 
+//     fTrackHitsOld->AddHitKartez(vol[0],rtrack, hits[0],
+//                                 hits[1],hits[2],(Int_t)hits[3]);
   
 }
 
@@ -2245,7 +2289,7 @@ void AliTPC::ResetHits2()
   //
   //reset hits
   if (fTrackHits && fHitType&4) fTrackHits->Clear();
-  if (fTrackHitsOld && fHitType&2) fTrackHitsOld->Clear();
+  // if (fTrackHitsOld && fHitType&2) fTrackHitsOld->Clear();
 
 }   
 
@@ -2274,18 +2318,18 @@ AliHit* AliTPC::FirstHit2(Int_t track)
   // track is returned
   // 
   if(track>=0) {
-    gAlice->ResetHits();
-    TreeH()->GetEvent(track);
+    gAlice->GetMCApp()->ResetHits();
+    fLoader->TreeH()->GetEvent(track);
   }
   //
   if (fTrackHits && fHitType&4) {
     fTrackHits->First();
     return fTrackHits->GetHit();
   }
-  if (fTrackHitsOld && fHitType&2) {
-    fTrackHitsOld->First();
-    return fTrackHitsOld->GetHit();
-  }
//  if (fTrackHitsOld && fHitType&2) {
+//     fTrackHitsOld->First();
+//     return fTrackHitsOld->GetHit();
+//   }
 
   else return 0;
 }
@@ -2296,10 +2340,10 @@ AliHit* AliTPC::NextHit2()
   //Return the next hit for the current track
 
 
-  if (fTrackHitsOld && fHitType&2) {
-    fTrackHitsOld->Next();
-    return fTrackHitsOld->GetHit();
-  }
+//   if (fTrackHitsOld && fHitType&2) {
+//     fTrackHitsOld->Next();
+//     return fTrackHitsOld->GetHit();
+//   }
   if (fTrackHits) {
     fTrackHits->Next();
     return fTrackHits->GetHit();
@@ -2308,21 +2352,6 @@ AliHit* AliTPC::NextHit2()
     return 0;
 }
 
-void AliTPC::LoadPoints(Int_t)
-{
-  //
-  Int_t a = 0;
-  /*  if(fHitType==1) return AliDetector::LoadPoints(a);
-  LoadPoints2(a);
-  */
-  if(fHitType==1) AliDetector::LoadPoints(a);
-  else LoadPoints2(a);
-   
-  // LoadPoints3(a);
-
-}
-
-
 void AliTPC::RemapTrackHitIDs(Int_t *map)
 {
   //
@@ -2330,18 +2359,19 @@ void AliTPC::RemapTrackHitIDs(Int_t *map)
   //
   if (!fTrackHits) return;
   
-  if (fTrackHitsOld && fHitType&2){
-    AliObjectArray * arr = fTrackHitsOld->fTrackHitsInfo;
-    for (UInt_t i=0;i<arr->GetSize();i++){
-      AliTrackHitsInfo * info = (AliTrackHitsInfo *)(arr->At(i));
-      info->fTrackID = map[info->fTrackID];
-    }
-  }
-  if (fTrackHitsOld && fHitType&4){
+//   if (fTrackHitsOld && fHitType&2){
+//     AliObjectArray * arr = fTrackHitsOld->fTrackHitsInfo;
+//     for (UInt_t i=0;i<arr->GetSize();i++){
+//       AliTrackHitsInfo * info = (AliTrackHitsInfo *)(arr->At(i));
+//       info->fTrackID = map[info->fTrackID];
+//     }
+//   }
+//  if (fTrackHitsOld && fHitType&4){
+  if (fTrackHits && fHitType&4){
     TClonesArray * arr = fTrackHits->GetArray();;
     for (Int_t i=0;i<arr->GetEntriesFast();i++){
       AliTrackHitsParamV2 * info = (AliTrackHitsParamV2 *)(arr->At(i));
-      info->fTrackID = map[info->fTrackID];
+      info->SetTrackID(map[info->GetTrackID()]);
     }
   }
 }
@@ -2353,24 +2383,24 @@ Bool_t   AliTPC::TrackInVolume(Int_t id,Int_t track)
   //return true if current track is in volume
   //
   //  return kTRUE;
-  if (fTrackHitsOld && fHitType&2) {
-    TBranch * br = TreeH()->GetBranch("fTrackHitsInfo");
-    br->GetEvent(track);
-    AliObjectArray * ar = fTrackHitsOld->fTrackHitsInfo;
-    for (UInt_t j=0;j<ar->GetSize();j++){
-      if (  ((AliTrackHitsInfo*)ar->At(j))->fVolumeID==id) return kTRUE;
-    } 
-  }
//  if (fTrackHitsOld && fHitType&2) {
+//     TBranch * br = fLoader->TreeH()->GetBranch("fTrackHitsInfo");
+//     br->GetEvent(track);
+//     AliObjectArray * ar = fTrackHitsOld->fTrackHitsInfo;
+//     for (UInt_t j=0;j<ar->GetSize();j++){
+//       if (  ((AliTrackHitsInfo*)ar->At(j))->fVolumeID==id) return kTRUE;
+//     } 
+//   }
 
   if (fTrackHits && fHitType&4) {
-    TBranch * br1 = TreeH()->GetBranch("fVolumes");
-    TBranch * br2 = TreeH()->GetBranch("fNVolumes");    
+    TBranch * br1 = fLoader->TreeH()->GetBranch("fVolumes");
+    TBranch * br2 = fLoader->TreeH()->GetBranch("fNVolumes");    
     br2->GetEvent(track);
     br1->GetEvent(track);    
     Int_t *volumes = fTrackHits->GetVolumes();
     Int_t nvolumes = fTrackHits->GetNVolumes();
     if (!volumes && nvolumes>0) {
-      printf("Problematic track\t%d\t%d",track,nvolumes);
+      AliWarning(Form("Problematic track\t%d\t%d",track,nvolumes));
       return kFALSE;
     }
     for (Int_t j=0;j<nvolumes; j++)
@@ -2378,7 +2408,7 @@ Bool_t   AliTPC::TrackInVolume(Int_t id,Int_t track)
   }
 
   if (fHitType&1) {
-    TBranch * br = TreeH()->GetBranch("fSector");
+    TBranch * br = fLoader->TreeH()->GetBranch("fSector");
     br->GetEvent(track);
     for (Int_t j=0;j<fHits->GetEntriesFast();j++){
       if (  ((AliTPChit*)fHits->At(j))->fSector==id) return kTRUE;
@@ -2388,177 +2418,12 @@ Bool_t   AliTPC::TrackInVolume(Int_t id,Int_t track)
 
 }
 
-//_____________________________________________________________________________
-void AliTPC::LoadPoints2(Int_t)
-{
-  //
-  // Store x, y, z of all hits in memory
-  //
-  if (fTrackHits == 0 && fTrackHitsOld==0) return;
-  //
-  Int_t nhits =0;
-  if (fHitType&4) nhits = fTrackHits->GetEntriesFast();
-  if (fHitType&2) nhits = fTrackHitsOld->GetEntriesFast();
-  
-  if (nhits == 0) return;
-  Int_t tracks = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
-  if (fPoints == 0) fPoints = new TObjArray(tracks);
-  AliHit *ahit;
-  //
-  Int_t *ntrk=new Int_t[tracks];
-  Int_t *limi=new Int_t[tracks];
-  Float_t **coor=new Float_t*[tracks];
-  for(Int_t i=0;i<tracks;i++) {
-    ntrk[i]=0;
-    coor[i]=0;
-    limi[i]=0;
-  }
-  //
-  AliPoints *points = 0;
-  Float_t *fp=0;
-  Int_t trk;
-  Int_t chunk=nhits/4+1;
-  //
-  // Loop over all the hits and store their position
-  //
-  ahit = FirstHit2(-1);
-  while (ahit){
-    trk=ahit->GetTrack();
-    if(ntrk[trk]==limi[trk]) {
-      //
-      // Initialise a new track
-      fp=new Float_t[3*(limi[trk]+chunk)];
-      if(coor[trk]) {
-       memcpy(fp,coor[trk],sizeof(Float_t)*3*limi[trk]);
-       delete [] coor[trk];
-      }
-      limi[trk]+=chunk;
-      coor[trk] = fp;
-    } else {
-      fp = coor[trk];
-    }
-    fp[3*ntrk[trk]  ] = ahit->X();
-    fp[3*ntrk[trk]+1] = ahit->Y();
-    fp[3*ntrk[trk]+2] = ahit->Z();
-    ntrk[trk]++;
-    ahit = NextHit2();
-  }
-
-
-
-  //
-  for(trk=0; trk<tracks; ++trk) {
-    if(ntrk[trk]) {
-      points = new AliPoints();
-      points->SetMarkerColor(GetMarkerColor());
-      points->SetMarkerSize(GetMarkerSize());
-      points->SetDetector(this);
-      points->SetParticle(trk);
-      points->SetPolyMarker(ntrk[trk],coor[trk],GetMarkerStyle());
-      fPoints->AddAt(points,trk);
-      delete [] coor[trk];
-      coor[trk]=0;
-    }
-  }
-  delete [] coor;
-  delete [] ntrk;
-  delete [] limi;
-}
-
-
-//_____________________________________________________________________________
-void AliTPC::LoadPoints3(Int_t)
-{
-  //
-  // Store x, y, z of all hits in memory
-  // - only intersection point with pad row
-  if (fTrackHits == 0) return;
-  //
-  Int_t nhits = fTrackHits->GetEntriesFast();
-  if (nhits == 0) return;
-  Int_t tracks = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
-  if (fPoints == 0) fPoints = new TObjArray(2*tracks);
-  fPoints->Expand(2*tracks);
-  AliHit *ahit;
-  //
-  Int_t *ntrk=new Int_t[tracks];
-  Int_t *limi=new Int_t[tracks];
-  Float_t **coor=new Float_t*[tracks];
-  for(Int_t i=0;i<tracks;i++) {
-    ntrk[i]=0;
-    coor[i]=0;
-    limi[i]=0;
-  }
-  //
-  AliPoints *points = 0;
-  Float_t *fp=0;
-  Int_t trk;
-  Int_t chunk=nhits/4+1;
-  //
-  // Loop over all the hits and store their position
-  //
-  ahit = FirstHit2(-1);
-  //for (Int_t hit=0;hit<nhits;hit++) {
-
-  Int_t lastrow = -1;
-  while (ahit){
-    //    ahit = (AliHit*)fHits->UncheckedAt(hit);
-    trk=ahit->GetTrack(); 
-    Float_t  x[3]={ahit->X(),ahit->Y(),ahit->Z()};
-    Int_t    index[3]={1,((AliTPChit*)ahit)->fSector,0};
-    Int_t    currentrow = fTPCParam->GetPadRow(x,index) ;
-    if (currentrow!=lastrow){
-      lastrow = currentrow;
-      //later calculate intersection point           
-      if(ntrk[trk]==limi[trk]) {
-       //
-       // Initialise a new track
-       fp=new Float_t[3*(limi[trk]+chunk)];
-       if(coor[trk]) {
-         memcpy(fp,coor[trk],sizeof(Float_t)*3*limi[trk]);
-         delete [] coor[trk];
-       }
-       limi[trk]+=chunk;
-       coor[trk] = fp;
-      } else {
-       fp = coor[trk];
-      }
-      fp[3*ntrk[trk]  ] = ahit->X();
-      fp[3*ntrk[trk]+1] = ahit->Y();
-      fp[3*ntrk[trk]+2] = ahit->Z();
-      ntrk[trk]++;
-    }
-    ahit = NextHit2();
-  }
-  
-  //
-  for(trk=0; trk<tracks; ++trk) {
-    if(ntrk[trk]) {
-      points = new AliPoints();
-      points->SetMarkerColor(GetMarkerColor()+1);
-      points->SetMarkerStyle(5);
-      points->SetMarkerSize(0.2);
-      points->SetDetector(this);
-      points->SetParticle(trk);
-      //      points->SetPolyMarker(ntrk[trk],coor[trk],GetMarkerStyle()20);
-      points->SetPolyMarker(ntrk[trk],coor[trk],30);
-      fPoints->AddAt(points,tracks+trk);
-      delete [] coor[trk];
-      coor[trk]=0;
-    }
-  }
-  delete [] coor;
-  delete [] ntrk;
-  delete [] limi;
-}
-
-
 
 AliLoader* AliTPC::MakeLoader(const char* topfoldername)
 {
-//Makes TPC loader
- fLoader = new AliTPCLoader(GetName(),topfoldername);
- return fLoader;
+  //Makes TPC loader
 fLoader = new AliTPCLoader(GetName(),topfoldername);
 return fLoader;
 }
 
 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
@@ -2573,11 +2438,18 @@ AliTPCParam* AliTPC::LoadTPCParam(TFile *file) {
   sprintf(paramName,"75x40_100x60_150x60");
   AliTPCParam *paramTPC=(AliTPCParam*)file->Get(paramName);
   if (paramTPC) {
-    cout<<"TPC parameters "<<paramName<<" found."<<endl;
+    AliDebugClass(1,Form("TPC parameters %s found.",paramName));
   } else {
-    cerr<<"TPC parameters not found. Create new (they may be incorrect)."
-       <<endl;    
-    paramTPC = new AliTPCParamSR;
+    AliWarningClass("TPC parameters not found. Create new (they may be incorrect)");
+    //paramTPC = new AliTPCParamSR;
+    paramTPC = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
+    if (!paramTPC->IsGeoRead()){
+      //
+      // read transformation matrices for gGeoManager
+      //
+      paramTPC->ReadGeoMatrices();
+    }
+  
   }
   return paramTPC;