]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - TRD/AliTRDseedV1.cxx
leak fix
[u/mrichter/AliRoot.git] / TRD / AliTRDseedV1.cxx
index c06016054acd74ad8f5c0e42f99e37831166519b..3061dcd826838582246031483ba42f7c66ff596b 100644 (file)
 /* $Id$ */
 
 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-//                                                                        //
-//  The TRD track seed                                                    //
-//                                                                        //
+////
+//  The TRD offline tracklet
+//
+// The running horse of the TRD reconstruction. The following tasks are preformed:
+//   1. Clusters attachment to tracks based on prior information stored at tracklet level (see AttachClusters)
+//   2. Clusters position recalculation based on track information (see GetClusterXY and Fit)
+//   3. Cluster error parametrization recalculation (see Fit)
+//   4. Linear track approximation (Fit)
+//   5. Optimal position (including z estimate for pad row cross tracklets) and covariance matrix of the track fit inside one TRD chamber (Fit)
+//   6. Tilt pad correction and systematic effects (GetCovAt)
+//   7. dEdx calculation (CookdEdx)
+//   8. PID probabilities estimation (CookPID)
+//
 //  Authors:                                                              //
 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                     //
 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                       //
 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
 #include "TMath.h"
-#include "TLinearFitter.h"
-#include "TClonesArray.h" // tmp
 #include <TTreeStream.h>
 
 #include "AliLog.h"
 #include "AliMathBase.h"
+#include "AliRieman.h"
+#include "AliCDBManager.h"
 
+#include "AliTRDReconstructor.h"
+#include "AliTRDpadPlane.h"
 #include "AliTRDcluster.h"
 #include "AliTRDseedV1.h"
 #include "AliTRDtrackV1.h"
 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
 #include "AliTRDtrackerV1.h"
-#include "AliTRDReconstructor.h"
 #include "AliTRDrecoParam.h"
+#include "AliTRDCommonParam.h"
+
 #include "Cal/AliTRDCalPID.h"
+#include "Cal/AliTRDCalROC.h"
+#include "Cal/AliTRDCalDet.h"
+
+class AliTracker;
 
 ClassImp(AliTRDseedV1)
 
 //____________________________________________________________________
 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(Int_t det) 
-  :AliTRDseed()
-  ,fReconstructor(0x0)
-  ,fClusterIter(0x0)
+  :AliTRDtrackletBase()
+  ,fkReconstructor(NULL)
+  ,fClusterIter(NULL)
+  ,fExB(0.)
+  ,fVD(0.)
+  ,fT0(0.)
+  ,fS2PRF(0.)
+  ,fDiffL(0.)
+  ,fDiffT(0.)
   ,fClusterIdx(0)
+  ,fErrorMsg(0)
+  ,fN(0)
   ,fDet(det)
-  ,fMom(0.)
-  ,fSnp(0.)
-  ,fTgl(0.)
+  ,fPt(0.)
   ,fdX(0.)
+  ,fX0(0.)
+  ,fX(0.)
+  ,fY(0.)
+  ,fZ(0.)
+  ,fS2Y(0.)
+  ,fS2Z(0.)
+  ,fChi2(0.)
 {
   //
   // Constructor
   //
-  //printf("AliTRDseedV1::AliTRDseedV1()\n");
-
-  for(int islice=0; islice < knSlices; islice++) fdEdx[islice] = 0.;
+  memset(fIndexes,0xFF,kNclusters*sizeof(fIndexes[0]));
+  memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
+  memset(fPad, 0, 4*sizeof(Float_t));
+  fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
+  fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
+  fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
+  fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
+  memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t)); 
   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
+  fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
+  fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
+  memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
+  // stand alone curvature
+  fC[0] = 0.; fC[1] = 0.; 
+  // covariance matrix [diagonal]
+  // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
+  fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
+  SetStandAlone(kFALSE);
 }
 
 //____________________________________________________________________
 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &ref)
-  :AliTRDseed((AliTRDseed&)ref)
-  ,fReconstructor(ref.fReconstructor)
-  ,fClusterIter(0x0)
+  :AliTRDtrackletBase((AliTRDtrackletBase&)ref)
+  ,fkReconstructor(NULL)
+  ,fClusterIter(NULL)
+  ,fExB(0.)
+  ,fVD(0.)
+  ,fT0(0.)
+  ,fS2PRF(0.)
+  ,fDiffL(0.)
+  ,fDiffT(0.)
   ,fClusterIdx(0)
-  ,fDet(ref.fDet)
-  ,fMom(ref.fMom)
-  ,fSnp(ref.fSnp)
-  ,fTgl(ref.fTgl)
-  ,fdX(ref.fdX)
+  ,fErrorMsg(0)
+  ,fN(0)
+  ,fDet(-1)
+  ,fPt(0.)
+  ,fdX(0.)
+  ,fX0(0.)
+  ,fX(0.)
+  ,fY(0.)
+  ,fZ(0.)
+  ,fS2Y(0.)
+  ,fS2Z(0.)
+  ,fChi2(0.)
 {
   //
   // Copy Constructor performing a deep copy
   //
-
-  //printf("AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &)\n");
+  if(this != &ref){
+    ref.Copy(*this);
+  }
   SetBit(kOwner, kFALSE);
-  for(int islice=0; islice < knSlices; islice++) fdEdx[islice] = ref.fdEdx[islice];
-  for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec] = ref.fProb[ispec];
+  SetStandAlone(ref.IsStandAlone());
 }
 
 
@@ -100,8 +157,9 @@ AliTRDseedV1& AliTRDseedV1::operator=(const AliTRDseedV1 &ref)
   if(this != &ref){
     ref.Copy(*this);
   }
-  return *this;
+  SetBit(kOwner, kFALSE);
 
+  return *this;
 }
 
 //____________________________________________________________________
@@ -113,13 +171,14 @@ AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1()
 
   //printf("I-AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1() : Owner[%s]\n", IsOwner()?"YES":"NO");
 
-  if(IsOwner()) 
-    for(int itb=0; itb<knTimebins; itb++){
+  if(IsOwner()) {
+    for(int itb=0; itb<kNclusters; itb++){
       if(!fClusters[itb]) continue; 
       //AliInfo(Form("deleting c %p @ %d", fClusters[itb], itb));
       delete fClusters[itb];
-      fClusters[itb] = 0x0;
+      fClusters[itb] = NULL;
     }
+  }
 }
 
 //____________________________________________________________________
@@ -132,19 +191,65 @@ void AliTRDseedV1::Copy(TObject &ref) const
   //AliInfo("");
   AliTRDseedV1 &target = (AliTRDseedV1 &)ref; 
 
-  target.fClusterIter   = 0x0;
+  target.fkReconstructor = fkReconstructor;
+  target.fClusterIter   = NULL;
+  target.fExB           = fExB;
+  target.fVD            = fVD;
+  target.fT0            = fT0;
+  target.fS2PRF         = fS2PRF;
+  target.fDiffL         = fDiffL;
+  target.fDiffT         = fDiffT;
   target.fClusterIdx    = 0;
+  target.fErrorMsg      = fErrorMsg;
+  target.fN             = fN;
   target.fDet           = fDet;
-  target.fMom           = fMom;
-  target.fSnp           = fSnp;
-  target.fTgl           = fTgl;
+  target.fPt            = fPt;
   target.fdX            = fdX;
-  target.fReconstructor = fReconstructor;
+  target.fX0            = fX0;
+  target.fX             = fX;
+  target.fY             = fY;
+  target.fZ             = fZ;
+  target.fS2Y           = fS2Y;
+  target.fS2Z           = fS2Z;
+  target.fChi2          = fChi2;
   
-  for(int islice=0; islice < knSlices; islice++) target.fdEdx[islice] = fdEdx[islice];
-  for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) target.fProb[ispec] = fProb[ispec];
+  memcpy(target.fIndexes, fIndexes, kNclusters*sizeof(Int_t));
+  memcpy(target.fClusters, fClusters, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
+  memcpy(target.fPad, fPad, 4*sizeof(Float_t));
+  target.fYref[0] = fYref[0]; target.fYref[1] = fYref[1]; 
+  target.fZref[0] = fZref[0]; target.fZref[1] = fZref[1]; 
+  target.fYfit[0] = fYfit[0]; target.fYfit[1] = fYfit[1]; 
+  target.fZfit[0] = fZfit[0]; target.fZfit[1] = fZfit[1]; 
+  memcpy(target.fdEdx, fdEdx, kNslices*sizeof(Float_t)); 
+  memcpy(target.fProb, fProb, AliPID::kSPECIES*sizeof(Float_t)); 
+  memcpy(target.fLabels, fLabels, 3*sizeof(Int_t)); 
+  memcpy(target.fRefCov, fRefCov, 7*sizeof(Double_t)); 
+  target.fC[0] = fC[0]; target.fC[1] = fC[1];
+  memcpy(target.fCov, fCov, 3*sizeof(Double_t)); 
   
-  AliTRDseed::Copy(target);
+  TObject::Copy(ref);
+}
+
+
+//____________________________________________________________
+void AliTRDseedV1::Init(const AliRieman *rieman)
+{
+// Initialize this tracklet using the riemann fit information
+
+
+  fZref[0] = rieman->GetZat(fX0);
+  fZref[1] = rieman->GetDZat(fX0);
+  fYref[0] = rieman->GetYat(fX0);
+  fYref[1] = rieman->GetDYat(fX0);
+  if(fkReconstructor && fkReconstructor->IsHLT()){
+    fRefCov[0] = 1;
+    fRefCov[2] = 10;
+  }else{
+    fRefCov[0] = rieman->GetErrY(fX0);
+    fRefCov[2] = rieman->GetErrZ(fX0);
+  }
+  fC[0]    = rieman->GetC(); 
+  fChi2    = rieman->GetChi2();
 }
 
 
@@ -167,16 +272,125 @@ Bool_t AliTRDseedV1::Init(AliTRDtrackV1 *track)
 
   Double_t y, z; 
   if(!track->GetProlongation(fX0, y, z)) return kFALSE;
-  fYref[0] = y;
-  fYref[1] = track->GetSnp()/(1. - track->GetSnp()*track->GetSnp());
-  fZref[0] = z;
-  fZref[1] = track->GetTgl();
-
-  //printf("Tracklet ref x[%7.3f] y[%7.3f] z[%7.3f], snp[%f] tgl[%f]\n", fX0, fYref[0], fZref[0], track->GetSnp(), track->GetTgl());
+  Update(track);
   return kTRUE;
 }
 
 
+//_____________________________________________________________________________
+void AliTRDseedV1::Reset(Option_t *opt)
+{
+//
+// Reset seed. If option opt="c" is given only cluster arrays are cleared.
+//
+  for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
+  memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
+  fN=0; SetBit(kRowCross, kFALSE);
+  if(strcmp(opt, "c")==0) return;
+
+  fExB=0.;fVD=0.;fT0=0.;fS2PRF=0.;
+  fDiffL=0.;fDiffT=0.;
+  fClusterIdx=0;
+  fErrorMsg = 0;
+  fDet=-1;
+  fPt=0.;
+  fdX=0.;fX0=0.; fX=0.; fY=0.; fZ=0.;
+  fS2Y=0.; fS2Z=0.;
+  fC[0]=0.; fC[1]=0.; 
+  fChi2 = 0.;
+
+  memset(fPad, 0, 4*sizeof(Float_t));
+  fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.; 
+  fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.; 
+  fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.; 
+  fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.; 
+  memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t)); 
+  for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
+  fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
+  fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
+  memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
+  // covariance matrix [diagonal]
+  // default sy = 200um and sz = 2.3 cm 
+  fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3; 
+}
+
+//____________________________________________________________________
+void AliTRDseedV1::Update(const AliTRDtrackV1 *trk)
+{ 
+  // update tracklet reference position from the TRD track
+
+  Double_t fSnp = trk->GetSnp();
+  Double_t fTgl = trk->GetTgl();
+  fPt = trk->Pt();
+  Double_t norm =1./TMath::Sqrt((1.-fSnp)*(1.+fSnp)); 
+  fYref[1] = fSnp*norm;
+  fZref[1] = fTgl*norm;
+  SetCovRef(trk->GetCovariance());
+
+  Double_t dx = trk->GetX() - fX0;
+  fYref[0] = trk->GetY() - dx*fYref[1];
+  fZref[0] = trk->GetZ() - dx*fZref[1];
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliTRDseedV1::UpdateUsed()
+{
+  //
+  // Calculate number of used clusers in the tracklet
+  //
+
+  Int_t nused = 0, nshared = 0;
+  for (Int_t i = kNclusters; i--; ) {
+    if (!fClusters[i]) continue;
+    if(fClusters[i]->IsUsed()){ 
+      nused++;
+    } else if(fClusters[i]->IsShared()){
+      if(IsStandAlone()) nused++;
+      else nshared++;
+    }
+  }
+  SetNUsed(nused);
+  SetNShared(nshared);
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliTRDseedV1::UseClusters()
+{
+  //
+  // Use clusters
+  //
+  // In stand alone mode:
+  // Clusters which are marked as used or shared from another track are
+  // removed from the tracklet
+  //
+  // In barrel mode:
+  // - Clusters which are used by another track become shared
+  // - Clusters which are attached to a kink track become shared
+  //
+  AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
+  for (Int_t ic=kNclusters; ic--; c++) {
+    if(!(*c)) continue;
+    if(IsStandAlone()){
+      if((*c)->IsShared() || (*c)->IsUsed()){ 
+        if((*c)->IsShared()) SetNShared(GetNShared()-1);
+        else SetNUsed(GetNUsed()-1);
+        (*c) = NULL;
+        fIndexes[ic] = -1;
+        SetN(GetN()-1);
+        continue;
+      }
+    } else {
+      if((*c)->IsUsed() || IsKink()){
+        (*c)->SetShared();
+        continue;
+      }
+    }
+    (*c)->Use();
+  }
+}
+
+
+
 //____________________________________________________________________
 void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
 {
@@ -191,9 +405,7 @@ void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
 // Detailed description
 // Calculates average dE/dx for all slices. Depending on the PID methode 
 // the number of slices can be 3 (LQ) or 8(NN). 
-// The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t)) i.e.
-//
-// dQ/dl = qc/(dx * sqrt(1 + dy/dx^2 + dz/dx^2))
+// The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t))
 //
 // The following effects are included in the calculation:
 // 1. calibration values for t0 and vdrift (using x coordinate to calculate slice)
@@ -201,98 +413,295 @@ void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
 // 3. cluster size
 //
 
-  Int_t nclusters[knSlices];
-  for(int i=0; i<knSlices; i++){ 
-    fdEdx[i]     = 0.;
-    nclusters[i] = 0;
-  }
-  Float_t clength = (/*.5 * */AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
+  memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
+  const Double_t kDriftLength = (.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
 
-  AliTRDcluster *cluster = 0x0;
+  AliTRDcluster *c(NULL);
   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
-    if(!(cluster = fClusters[ic])) continue;
-    Float_t x = cluster->GetX();
-    
+    if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
+    Float_t dx = TMath::Abs(fX0 - c->GetX());
+
     // Filter clusters for dE/dx calculation
-    
+
     // 1.consider calibration effects for slice determination
-    Int_t slice; 
-    if(cluster->IsInChamber()) slice = Int_t(TMath::Abs(fX0 - x) * nslices / clength);
-    else slice = x < fX0 ? 0 : nslices-1;
-    
+    Int_t slice;
+    if(dx<kDriftLength){ // TODO should be replaced by c->IsInChamber()
+      slice = Int_t(dx * nslices / kDriftLength);
+    } else slice = c->GetX() < fX0 ? nslices-1 : 0;
+
+
     // 2. take sharing into account
-    Float_t w = cluster->IsShared() ? .5 : 1.;
-    
+    Float_t w = /*c->IsShared() ? .5 :*/ 1.;
+
     // 3. take into account large clusters TODO
     //w *= c->GetNPads() > 3 ? .8 : 1.;
-    
+
     //CHECK !!!
     fdEdx[slice]   += w * GetdQdl(ic); //fdQdl[ic];
-    nclusters[slice]++;
   } // End of loop over clusters
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliTRDseedV1::CookLabels()
+{
+  //
+  // Cook 2 labels for seed
+  //
+
+  Int_t labels[200];
+  Int_t out[200];
+  Int_t nlab = 0;
+  for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++) {
+    if (!fClusters[i]) continue;
+    for (Int_t ilab = 0; ilab < 3; ilab++) {
+      if (fClusters[i]->GetLabel(ilab) >= 0) {
+        labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
+        nlab++;
+      }
+    }
+  }
+
+  fLabels[2] = AliMathBase::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
+  fLabels[0] = out[0];
+  if ((fLabels[2]  > 1) && (out[3] > 1)) fLabels[1] = out[2];
+}
+
+//____________________________________________________________
+Float_t AliTRDseedV1::GetAnodeWireOffset(Float_t zt)
+{
+// Find position inside the amplification cell for reading drift velocity map
+
+  Float_t d = fPad[3] - zt;
+  if(d<0.){
+    AliError(Form("Fail AnodeWireOffset calculation z0[%+7.2f] zt[%+7.2f] d[%+7.2f].", fPad[3], zt, d));
+    return 0.125;
+  } 
+  d -= ((Int_t)(2 * d)) / 2.0;
+  if(d > 0.25) d = 0.5 - d;
+  return d;
+}
+
+
+//____________________________________________________________________
+Float_t AliTRDseedV1::GetCharge(Bool_t useOutliers)
+{
+// Computes total charge attached to tracklet. If "useOutliers" is set clusters 
+// which are not in chamber are also used (default false)
+
+  AliTRDcluster *c(NULL); Float_t qt(0.);
+  for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
+    if(!(c=fClusters[ic])) continue;
+    if(c->IsInChamber() && !useOutliers) continue;
+    qt += TMath::Abs(c->GetQ());
+  }
+  return qt;
+}
+
+//____________________________________________________________________
+Bool_t AliTRDseedV1::GetEstimatedCrossPoint(Float_t &x, Float_t &z) const
+{
+// Algorithm to estimate cross point in the x-z plane for pad row cross tracklets.
+// Returns true in case of success.
+  if(!IsRowCross()) return kFALSE;
+
+  x=0.; z=0.;
+  AliTRDcluster *c(NULL);
+  // Find radial range for first row
+  Float_t x1[] = {0., 1.e3};
+  for(int ic=0; ic<kNtb; ic++){
+    if(!(c=fClusters[ic])) continue;
+    if(!c->IsInChamber()) continue;
+    if(c->GetX() <= x1[1]) x1[1] = c->GetX();
+    if(c->GetX() >= x1[0]) x1[0] = c->GetX();
+    z=c->GetZ();
+  }
+  if((x1[0] - x1[1])<1.e-5) return kFALSE;
 
-  //if(fReconstructor->GetPIDMethod() == AliTRDReconstructor::kLQPID){
-  if(nslices == AliTRDReconstructor::kLQslices){
-  // calculate mean charge per slice (only LQ PID)
-    for(int is=0; is<nslices; is++){ 
-      if(nclusters[is]) fdEdx[is] /= nclusters[is];
+  // Find radial range for second row
+  Bool_t kZ(kFALSE);
+  Float_t x2[] = {0., 1.e3};
+  for(int ic=kNtb; ic<kNclusters; ic++){
+    if(!(c=fClusters[ic])) continue;
+    if(!c->IsInChamber()) continue;
+    if(c->GetX() <= x2[1]) x2[1] = c->GetX();
+    if(c->GetX() >= x2[0]) x2[0] = c->GetX();
+    if(!kZ){
+      z+=c->GetZ();
+      z*=0.5;
+      kZ=kTRUE;
     }
   }
+  if((x2[0] - x2[1])<1.e-5) return kFALSE;
+
+  // Find intersection of the 2 radial regions
+  x = 0.5*((x1[0]+x1[1] > x2[0]+x2[1]) ? (x1[1]+x2[0]) : (x1[0]+x2[1]));
+  return kTRUE;
+}
+
+//____________________________________________________________________
+Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic, Float_t *dl) const
+{
+// Using the linear approximation of the track inside one TRD chamber (TRD tracklet) 
+// the charge per unit length can be written as:
+// BEGIN_LATEX
+// #frac{dq}{dl} = #frac{q_{c}}{dx * #sqrt{1 + #(){#frac{dy}{dx}}^{2}_{fit} + #(){#frac{dz}{dx}}^{2}_{ref}}}
+// END_LATEX
+// where qc is the total charge collected in the current time bin and dx is the length 
+// of the time bin. 
+// The following correction are applied :
+//   - charge : pad row cross corrections
+//              [diffusion and TRF assymetry] TODO
+//   - dx     : anisochronity, track inclination - see Fit and AliTRDcluster::GetXloc() 
+//              and AliTRDcluster::GetYloc() for the effects taken into account
+// 
+//Begin_Html
+//<img src="TRD/trackletDQDT.gif">
+//End_Html
+// In the picture the energy loss measured on the tracklet as a function of drift time [left] and respectively 
+// drift length [right] for different particle species is displayed.
+// Author : Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
+//
+  Float_t dq = 0.;
+  // check whether both clusters are inside the chamber
+  Bool_t hasClusterInChamber = kFALSE;
+  if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()){
+    hasClusterInChamber = kTRUE;
+    dq += TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ());
+  }
+  if(fClusters[ic+kNtb] && fClusters[ic+kNtb]->IsInChamber()){
+    hasClusterInChamber = kTRUE;
+    dq += TMath::Abs(fClusters[ic+kNtb]->GetQ());
+  }
+  if(!hasClusterInChamber) return 0.;
+  if(dq<1.e-3) return 0.;
+
+  Double_t dx = fdX;
+  if(ic-1>=0 && ic+1<kNtb){
+    Float_t x2(0.), x1(0.);
+    // try to estimate upper radial position (find the cluster which is inside the chamber)
+    if(fClusters[ic-1] && fClusters[ic-1]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1]->GetX(); 
+    else if(fClusters[ic-1+kNtb] && fClusters[ic-1+kNtb]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1+kNtb]->GetX(); 
+    else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic]->GetX()+fdX;
+    else x2 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()+fdX;
+    // try to estimate lower radial position (find the cluster which is inside the chamber)
+    if(fClusters[ic+1] && fClusters[ic+1]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1]->GetX();
+    else if(fClusters[ic+1+kNtb] && fClusters[ic+1+kNtb]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1+kNtb]->GetX();
+    else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic]->GetX()-fdX;
+    else x1 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()-fdX;
+
+    dx = .5*(x2 - x1);
+  }
+  dx *= TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]);
+  if(dl) (*dl) = dx;
+  if(dx>1.e-9) return dq/dx;
+  else return 0.;
 }
 
+//____________________________________________________________
+Float_t AliTRDseedV1::GetMomentum(Float_t *err) const
+{ 
+// Returns momentum of the track after update with the current tracklet as:
+// BEGIN_LATEX
+// p=#frac{1}{1/p_{t}} #sqrt{1+tgl^{2}}
+// END_LATEX
+// and optionally the momentum error (if err is not null). 
+// The estimated variance of the momentum is given by:
+// BEGIN_LATEX
+// #sigma_{p}^{2} = (#frac{dp}{dp_{t}})^{2} #sigma_{p_{t}}^{2}+(#frac{dp}{dtgl})^{2} #sigma_{tgl}^{2}+2#frac{dp}{dp_{t}}#frac{dp}{dtgl} cov(tgl,1/p_{t})
+// END_LATEX
+// which can be simplified to
+// BEGIN_LATEX
+// #sigma_{p}^{2} = p^{2}p_{t}^{4}tgl^{2}#sigma_{tgl}^{2}-2p^{2}p_{t}^{3}tgl cov(tgl,1/p_{t})+p^{2}p_{t}^{2}#sigma_{1/p_{t}}^{2}
+// END_LATEX
+//
+
+  Double_t p = fPt*TMath::Sqrt(1.+fZref[1]*fZref[1]);
+  Double_t p2 = p*p;
+  Double_t tgl2 = fZref[1]*fZref[1];
+  Double_t pt2 = fPt*fPt;
+  if(err){
+    Double_t s2 = 
+      p2*tgl2*pt2*pt2*fRefCov[4]
+     -2.*p2*fZref[1]*fPt*pt2*fRefCov[5]
+     +p2*pt2*fRefCov[6];
+    (*err) = TMath::Sqrt(s2);
+  }
+  return p;
+}
 
 //____________________________________________________________________
-Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic) const
+Float_t AliTRDseedV1::GetOccupancyTB() const
 {
-  return fClusters[ic] ? TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ()) /fdX / TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]) : 0.;
+// Returns procentage of TB occupied by clusters
+
+  Int_t n(0);
+  AliTRDcluster *c(NULL);
+  for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
+    if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
+    n++;
+  }
+
+  return Float_t(n)/AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins();
 }
 
 //____________________________________________________________________
-Double_t* AliTRDseedV1::GetProbability()
+Float_t* AliTRDseedV1::GetProbability(Bool_t force)
 {      
+  if(!force) return &fProb[0];
+  if(!CookPID()) return NULL;
+  return &fProb[0];
+}
+
+//____________________________________________________________
+Bool_t AliTRDseedV1::CookPID()
+{
 // Fill probability array for tracklet from the DB.
 //
 // Parameters
 //
 // Output
-//   returns pointer to the probability array and 0x0 if missing DB access 
+//   returns pointer to the probability array and NULL if missing DB access 
 //
-// Detailed description
+// Retrieve PID probabilities for e+-, mu+-, K+-, pi+- and p+- from the DB according to tracklet information:
+// - estimated momentum at tracklet reference point 
+// - dE/dx measurements
+// - tracklet length
+// - TRD layer
+// According to the steering settings specified in the reconstruction one of the following methods are used
+// - Neural Network [default] - option "nn"  
+// - 2D Likelihood - option "!nn"  
 
-  
-  // retrive calibration db
   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
   if (!calibration) {
     AliError("No access to calibration data");
-    return 0x0;
+    return kFALSE;
   }
 
-  if (!fReconstructor) {
+  if (!fkReconstructor) {
     AliError("Reconstructor not set.");
-    return 0x0;
+    return kFALSE;
   }
 
   // Retrieve the CDB container class with the parametric detector response
-  const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fReconstructor->GetPIDMethod());
+  const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fkReconstructor->GetPIDMethod());
   if (!pd) {
     AliError("No access to AliTRDCalPID object");
-    return 0x0;
+    return kFALSE;
   }
-  //AliInfo(Form("Method[%d] : %s", fReconstructor->GetRecoParam() ->GetPIDMethod(), pd->IsA()->GetName()));
 
   // calculate tracklet length TO DO
-  Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
-  /// TMath::Sqrt((1.0 - fSnp[iPlane]*fSnp[iPlane]) / (1.0 + fTgl[iPlane]*fTgl[iPlane]));
+  Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick())/ TMath::Sqrt((1.0 - GetSnp()*GetSnp()) / (1.0 + GetTgl()*GetTgl()));
   
   //calculate dE/dx
-  CookdEdx(fReconstructor->GetNdEdxSlices());
-  
-  // Sets the a priori probabilities
-  for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) {
-    fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, fMom, &fdEdx[0], length, GetPlane());     
-  }
+  CookdEdx(AliTRDCalPID::kNSlicesNN);
+  AliDebug(4, Form("p=%6.4f[GeV/c] dEdx{%7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f} l=%4.2f[cm]", GetMomentum(), fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7], length));
 
-  return &fProb[0];
+  // Sets the a priori probabilities
+  Bool_t kPIDNN(fkReconstructor->GetPIDMethod()==AliTRDpidUtil::kNN);
+  for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++)
+    fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, GetMomentum(), &fdEdx[0], length, kPIDNN?GetPlane():fkReconstructor->GetRecoParam()->GetPIDLQslices());
+  
+  return kTRUE;
 }
 
 //____________________________________________________________________
@@ -302,40 +711,234 @@ Float_t AliTRDseedV1::GetQuality(Bool_t kZcorr) const
   // Returns a quality measurement of the current seed
   //
 
-  Float_t zcorr = kZcorr ? fTilt * (fZProb - fZref[0]) : 0.;
+  Float_t zcorr = kZcorr ? GetTilt() * (fZfit[0] - fZref[0]) : 0.;
   return 
-      .5 * TMath::Abs(18.0 - fN2)
+      .5 * TMath::Abs(18.0 - GetN())
     + 10.* TMath::Abs(fYfit[1] - fYref[1])
     + 5. * TMath::Abs(fYfit[0] - fYref[0] + zcorr)
-    + 2. * TMath::Abs(fMeanz - fZref[0]) / fPadLength;
+    + 2. * TMath::Abs(fZfit[0] - fZref[0]) / GetPadLength();
 }
 
 //____________________________________________________________________
-void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t /*x*/, Double_t *cov) const
+void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t x, Double_t *cov) const
 {
-// Computes covariance in the y-z plane at radial point x
+// Computes covariance in the y-z plane at radial point x (in tracking coordinates) 
+// and returns the results in the preallocated array cov[3] as :
+//   cov[0] = Var(y)
+//   cov[1] = Cov(yz)
+//   cov[2] = Var(z)
+//
+// Details
+//
+// For the linear transformation
+// BEGIN_LATEX
+// Y = T_{x} X^{T}
+// END_LATEX
+//   The error propagation has the general form
+// BEGIN_LATEX
+// C_{Y} = T_{x} C_{X} T_{x}^{T} 
+// END_LATEX
+//  We apply this formula 2 times. First to calculate the covariance of the tracklet 
+// at point x we consider: 
+// BEGIN_LATEX
+// T_{x} = (1 x); X=(y0 dy/dx); C_{X}=#(){#splitline{Var(y0) Cov(y0, dy/dx)}{Cov(y0, dy/dx) Var(dy/dx)}} 
+// END_LATEX
+// and secondly to take into account the tilt angle
+// BEGIN_LATEX
+// T_{#alpha} = #(){#splitline{cos(#alpha) __ sin(#alpha)}{-sin(#alpha) __ cos(#alpha)}}; X=(y z); C_{X}=#(){#splitline{Var(y)    0}{0   Var(z)}} 
+// END_LATEX
+//
+// using simple trigonometrics one can write for this last case
+// BEGIN_LATEX
+// C_{Y}=#frac{1}{1+tg^{2}#alpha} #(){#splitline{(#sigma_{y}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{z}^{2}) __ tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})}{tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2}) __ (#sigma_{z}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{y}^{2})}} 
+// END_LATEX
+// which can be aproximated for small alphas (2 deg) with
+// BEGIN_LATEX
+// C_{Y}=#(){#splitline{#sigma_{y}^{2} __ (#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha}{((#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha __ #sigma_{z}^{2}}} 
+// END_LATEX
+//
+// before applying the tilt rotation we also apply systematic uncertainties to the tracklet 
+// position which can be tunned from outside via the AliTRDrecoParam::SetSysCovMatrix(). They might 
+// account for extra misalignment/miscalibration uncertainties. 
+//
+// Author :
+// Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
+// Date : Jan 8th 2009
+//
 
-  Int_t ic = 0; while (!fClusters[ic]) ic++; 
-  AliTRDcalibDB *fCalib = AliTRDcalibDB::Instance();
-  Double_t exB         = fCalib->GetOmegaTau(fCalib->GetVdriftAverage(fClusters[ic]->GetDetector()), -AliTracker::GetBz()*0.1);
 
-  Double_t sy2    = fSigmaY2*fSigmaY2 + .2*(fYfit[1]-exB)*(fYfit[1]-exB);
-  Double_t sz2    = fPadLength/12.;
+  Double_t xr     = fX0-x; 
+  Double_t sy2    = fCov[0] +2.*xr*fCov[1] + xr*xr*fCov[2];
+  Double_t sz2    = fS2Z;
+  //GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
 
+  // insert systematic uncertainties
+  if(fkReconstructor){
+    Double_t sys[15]; memset(sys, 0, 15*sizeof(Double_t));
+    fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
+    sy2 += sys[0];
+    sz2 += sys[1];
+  }
 
-  //printf("Yfit[1] %f sy20 %f SigmaY2 %f\n", fYfit[1], sy20, fSigmaY2);
+  // rotate covariance matrix if no RC
+  if(!IsRowCross()){
+    Double_t t2 = GetTilt()*GetTilt();
+    Double_t correction = 1./(1. + t2);
+    cov[0] = (sy2+t2*sz2)*correction;
+    cov[1] = GetTilt()*(sz2 - sy2)*correction;
+    cov[2] = (t2*sy2+sz2)*correction;
+  } else {
+    cov[0] = sy2; cov[1] = 0.; cov[2] = sy2;
+  }
 
-  cov[0] = sy2;
-  cov[1] = fTilt*(sy2-sz2);
-  cov[2] = sz2;
+  AliDebug(4, Form("C(%6.1f %+6.3f %6.1f)  RC[%c]", 1.e4*TMath::Sqrt(cov[0]), cov[1], 1.e4*TMath::Sqrt(cov[2]), IsRowCross()?'y':'n'));
+}
+
+//____________________________________________________________
+Int_t AliTRDseedV1::GetCovSqrt(const Double_t * const c, Double_t *d)
+{
+// Helper function to calculate the square root of the covariance matrix. 
+// The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
+// Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements. Return negative in case of failure.
+// 
+// For calculating the square root of the symmetric matrix c
+// the following relation is used:
+// BEGIN_LATEX
+// C^{1/2} = VD^{1/2}V^{-1}
+// END_LATEX
+// with V being the matrix with the n eigenvectors as columns. 
+// In case C is symmetric the followings are true:
+//   - matrix D is diagonal with the diagonal given by the eigenvalues of C
+//   - V = V^{-1}
+//
+// Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
+// Date   Mar 19 2009
+
+  const Double_t kZero(1.e-20);
+  Double_t l[2], // eigenvalues
+           v[3]; // eigenvectors
+  // the secular equation and its solution :
+  // (c[0]-L)(c[2]-L)-c[1]^2 = 0
+  // L^2 - L*Tr(c)+DET(c) = 0
+  // L12 = [Tr(c) +- sqrt(Tr(c)^2-4*DET(c))]/2
+  Double_t tr = c[0]+c[2],           // trace
+          det = c[0]*c[2]-c[1]*c[1]; // determinant
+  if(TMath::Abs(det)<kZero) return 1;
+  Double_t dd = TMath::Sqrt(tr*tr - 4*det);
+  l[0] = .5*(tr + dd*(c[0]>c[2]?-1.:1.));
+  l[1] = .5*(tr + dd*(c[0]>c[2]?1.:-1.));
+  if(l[0]<kZero || l[1]<kZero) return 2;
+  // the sym V matrix
+  // | v00   v10|
+  // | v10   v11|
+  Double_t den = (l[0]-c[0])*(l[0]-c[0])+c[1]*c[1];
+  if(den<kZero){ // almost diagonal
+    v[0] = TMath::Sign(0., c[1]);
+    v[1] = TMath::Sign(1., (l[0]-c[0]));
+    v[2] = TMath::Sign(0., c[1]*(l[0]-c[0])*(l[1]-c[2]));
+  } else {
+    Double_t tmp = 1./TMath::Sqrt(den);
+    v[0] = c[1]* tmp;
+    v[1] = (l[0]-c[0])*tmp;
+    if(TMath::Abs(l[1]-c[2])<kZero) v[2] = TMath::Sign(v[0]*(l[0]-c[0])/kZero, (l[1]-c[2]));
+    else v[2] = v[0]*(l[0]-c[0])/(l[1]-c[2]);
+  }
+  // the VD^{1/2}V is: 
+  l[0] = TMath::Sqrt(l[0]); l[1] = TMath::Sqrt(l[1]);
+  d[0] = v[0]*v[0]*l[0]+v[1]*v[1]*l[1];
+  d[1] = v[0]*v[1]*l[0]+v[1]*v[2]*l[1];
+  d[2] = v[1]*v[1]*l[0]+v[2]*v[2]*l[1];
+
+  return 0;
+}
 
-  // insert systematic uncertainties calibration and misalignment
-  Double_t sys[15];
-  fReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
-  cov[0] += (sys[0]*sys[0]);
-  cov[2] += (sys[1]*sys[1]);
+//____________________________________________________________
+Double_t AliTRDseedV1::GetCovInv(const Double_t * const c, Double_t *d)
+{
+// Helper function to calculate the inverse of the covariance matrix.
+// The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d. 
+// Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements
+// The return value is the determinant or 0 in case of singularity.
+//
+// Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
+// Date   Mar 19 2009
+
+  Double_t det = c[0]*c[2] - c[1]*c[1];
+  if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return 0.;
+  Double_t invDet = 1./det;
+  d[0] = c[2]*invDet;
+  d[1] =-c[1]*invDet;
+  d[2] = c[0]*invDet;
+  return det;
 }
 
+//____________________________________________________________________
+UShort_t AliTRDseedV1::GetVolumeId() const
+{
+// Returns geometry volume id by delegation 
+
+  for(Int_t ic(0);ic<kNclusters; ic++){
+    if(fClusters[ic]) return fClusters[ic]->GetVolumeId();
+  }
+  return 0;
+}
+
+
+//____________________________________________________________________
+void AliTRDseedV1::Calibrate()
+{
+// Retrieve calibration and position parameters from OCDB. 
+// The following information are used
+//  - detector index
+//  - column and row position of first attached cluster. If no clusters are attached 
+// to the tracklet a random central chamber position (c=70, r=7) will be used.
+//
+// The following information is cached in the tracklet
+//   t0 (trigger delay)
+//   drift velocity
+//   PRF width
+//   omega*tau = tg(a_L)
+//   diffusion coefficients (longitudinal and transversal)
+//
+// Author :
+// Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> 
+// Date : Jan 8th 2009
+//
+
+  AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
+  if(cdb->GetRun() < 0){
+    AliError("OCDB manager not properly initialized");
+    return;
+  }
+
+  AliTRDcalibDB *calib = AliTRDcalibDB::Instance();
+  AliTRDCalROC  *vdROC = calib->GetVdriftROC(fDet),
+                *t0ROC = calib->GetT0ROC(fDet);;
+  const AliTRDCalDet *vdDet = calib->GetVdriftDet();
+  const AliTRDCalDet *t0Det = calib->GetT0Det();
+
+  Int_t col = 70, row = 7;
+  AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
+  if(GetN()){ 
+    Int_t ic = 0;
+    while (ic<kNclusters && !(*c)){ic++; c++;} 
+    if(*c){
+      col = (*c)->GetPadCol();
+      row = (*c)->GetPadRow();
+    }
+  }
+
+  fT0    = (t0Det->GetValue(fDet) + t0ROC->GetValue(col,row)) / AliTRDCommonParam::Instance()->GetSamplingFrequency();
+  fVD    = vdDet->GetValue(fDet) * vdROC->GetValue(col, row);
+  fS2PRF = calib->GetPRFWidth(fDet, col, row); fS2PRF *= fS2PRF;
+  fExB   = AliTRDCommonParam::Instance()->GetOmegaTau(fVD);
+  AliTRDCommonParam::Instance()->GetDiffCoeff(fDiffL,
+  fDiffT, fVD);
+  AliDebug(4, Form("Calibration params for Det[%3d] Col[%3d] Row[%2d]\n  t0[%f]  vd[%f]  s2PRF[%f]  ExB[%f]  Dl[%f]  Dt[%f]", fDet, col, row, fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
+
+
+  SetBit(kCalib, kTRUE);
+}
 
 //____________________________________________________________________
 void AliTRDseedV1::SetOwner()
@@ -343,483 +946,969 @@ void AliTRDseedV1::SetOwner()
   //AliInfo(Form("own [%s] fOwner[%s]", own?"YES":"NO", fOwner?"YES":"NO"));
   
   if(TestBit(kOwner)) return;
-  for(int ic=0; ic<knTimebins; ic++){
+  for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
     if(!fClusters[ic]) continue;
     fClusters[ic] = new AliTRDcluster(*fClusters[ic]);
   }
   SetBit(kOwner);
 }
 
-//____________________________________________________________________
-Bool_t AliTRDseedV1::AttachClustersIter(AliTRDtrackingChamber *chamber, Float_t quality, Bool_t kZcorr, AliTRDcluster *c)
+//____________________________________________________________
+void AliTRDseedV1::SetPadPlane(AliTRDpadPlane * const p)
 {
-  //
-  // Iterative process to register clusters to the seed.
-  // In iteration 0 we try only one pad-row and if quality not
-  // sufficient we try 2 pad-rows (about 5% of tracks cross 2 pad-rows)
-  //
-  // debug level 7
-  //
-  
-  if(!fReconstructor->GetRecoParam() ){
-    AliError("Seed can not be used without a valid RecoParam.");
-    return kFALSE;
-  }
-
-  AliTRDchamberTimeBin *layer = 0x0;
-  if(fReconstructor->GetStreamLevel(AliTRDReconstructor::kTracker)>=7 && c){
-    TClonesArray clusters("AliTRDcluster", 24);
-    clusters.SetOwner(kTRUE);
-    AliTRDcluster *cc = 0x0;
-    Int_t det=-1, ncl, ncls = 0;
-    for (Int_t iTime = 0; iTime < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); iTime++) {
-      if(!(layer = chamber->GetTB(iTime))) continue;
-      if(!(ncl = Int_t(*layer))) continue;
-      for(int ic=0; ic<ncl; ic++){ 
-        cc = (*layer)[ic];
-        det = cc->GetDetector();
-        new(clusters[ncls++]) AliTRDcluster(*cc);
-      }
-    }
-    AliInfo(Form("N clusters[%d] = %d", fDet, ncls));
-    
-    Int_t ref = c ? 1 : 0;
-    TTreeSRedirector &cstreamer = *AliTRDtrackerV1::DebugStreamer();
-    cstreamer << "AttachClustersIter"
-      << "det="        << det 
-      << "ref="        << ref 
-      << "clusters.="  << &clusters
-      << "tracklet.="  << this
-      << "cl.="        << c
-      << "\n"; 
-  }
-
-  Float_t  tquality;
-  Double_t kroady = fReconstructor->GetRecoParam() ->GetRoad1y();
-  Double_t kroadz = fPadLength * .5 + 1.;
-  
-  // initialize configuration parameters
-  Float_t zcorr = kZcorr ? fTilt * (fZProb - fZref[0]) : 0.;
-  Int_t   niter = kZcorr ? 1 : 2;
-  
-  Double_t yexp, zexp;
-  Int_t ncl = 0;
-  // start seed update
-  for (Int_t iter = 0; iter < niter; iter++) {
-    ncl = 0;
-    for (Int_t iTime = 0; iTime < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); iTime++) {
-      if(!(layer = chamber->GetTB(iTime))) continue;
-      if(!Int_t(*layer)) continue;
-      
-      // define searching configuration
-      Double_t dxlayer = layer->GetX() - fX0;
-      if(c){
-        zexp = c->GetZ();
-        //Try 2 pad-rows in second iteration
-        if (iter > 0) {
-          zexp = fZref[0] + fZref[1] * dxlayer - zcorr;
-          if (zexp > c->GetZ()) zexp = c->GetZ() + fPadLength*0.5;
-          if (zexp < c->GetZ()) zexp = c->GetZ() - fPadLength*0.5;
-        }
-      } else zexp = fZref[0] + (kZcorr ? fZref[1] * dxlayer : 0.);
-      yexp  = fYref[0] + fYref[1] * dxlayer - zcorr;
-      
-      // Get and register cluster
-      Int_t    index = layer->SearchNearestCluster(yexp, zexp, kroady, kroadz);
-      if (index < 0) continue;
-      AliTRDcluster *cl = (*layer)[index];
-      
-      fIndexes[iTime]  = layer->GetGlobalIndex(index);
-      fClusters[iTime] = cl;
-      fY[iTime]        = cl->GetY();
-      fZ[iTime]        = cl->GetZ();
-      ncl++;
-    }
-    if(fReconstructor->GetStreamLevel(AliTRDReconstructor::kTracker)>=7) AliInfo(Form("iter = %d ncl [%d] = %d", iter, fDet, ncl));
-    
-    if(ncl>1){ 
-      // calculate length of the time bin (calibration aware)
-      Int_t irp = 0; Float_t x[2]; Int_t tb[2];
-      for (Int_t iTime = 0; iTime < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); iTime++) {
-        if(!fClusters[iTime]) continue;
-        x[irp]  = fClusters[iTime]->GetX();
-        tb[irp] = iTime;
-        irp++;
-        if(irp==2) break;
-      } 
-      fdX = (x[1] - x[0]) / (tb[0] - tb[1]);
-  
-      // update X0 from the clusters (calibration/alignment aware)
-      for (Int_t iTime = 0; iTime < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); iTime++) {
-        if(!(layer = chamber->GetTB(iTime))) continue;
-        if(!layer->IsT0()) continue;
-        if(fClusters[iTime]){ 
-          fX0 = fClusters[iTime]->GetX();
-          break;
-        } else { // we have to infere the position of the anode wire from the other clusters
-          for (Int_t jTime = iTime+1; jTime < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); jTime++) {
-            if(!fClusters[jTime]) continue;
-            fX0 = fClusters[jTime]->GetX() + fdX * (jTime - iTime);
-          }
-          break;
-        }
-      }        
-      
-      // update YZ reference point
-      // TODO
-      
-      // update x reference positions (calibration/alignment aware)
-      for (Int_t iTime = 0; iTime < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); iTime++) {
-        if(!fClusters[iTime]) continue;
-        fX[iTime] = fClusters[iTime]->GetX() - fX0;
-      } 
-      
-      AliTRDseed::Update();
-    }
-    if(fReconstructor->GetStreamLevel(AliTRDReconstructor::kTracker)>=7) AliInfo(Form("iter = %d nclFit [%d] = %d", iter, fDet, fN2));
-    
-    if(IsOK()){
-      tquality = GetQuality(kZcorr);
-      if(tquality < quality) break;
-      else quality = tquality;
-    }
-    kroadz *= 2.;
-  } // Loop: iter
-  if (!IsOK()) return kFALSE;
-
-  if(fReconstructor->GetStreamLevel(AliTRDReconstructor::kTracker)>=1) CookLabels();
-  UpdateUsed();
-  return kTRUE;        
+// Shortcut method to initialize pad geometry.
+  fPad[0] = p->GetLengthIPad();
+  fPad[1] = p->GetWidthIPad();
+  fPad[2] = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*p->GetTiltingAngle());
+  fPad[3] = p->GetRow0() + p->GetAnodeWireOffset();
 }
 
+
 //____________________________________________________________________
-Bool_t AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *chamber
-                                      ,Bool_t kZcorr)
+Bool_t AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *const chamber, Bool_t tilt)
 {
-  //
-  // Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets
-  //
-  // Parameters
-  //
-  // Output
-  //
-  // Detailed description
-  // 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
-  // 2. truncated mean on y (r-phi) direction
-  // 3. purge clusters
-  // 4. truncated mean on z direction
-  // 5. purge clusters
-  // 6. fit tracklet
-  //   
-
-  if(!fReconstructor->GetRecoParam() ){
-    AliError("Seed can not be used without a valid RecoParam.");
+//
+// Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets. The following steps are performed :
+// 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
+// 2. truncated mean on y (r-phi) direction
+// 3. purge clusters
+// 4. truncated mean on z direction
+// 5. purge clusters
+//
+// Parameters
+//  - chamber : pointer to tracking chamber container used to search the tracklet
+//  - tilt    : switch for tilt correction during road building [default true]
+// Output
+//  - true    : if tracklet found successfully. Failure can happend because of the following:
+//      -
+// Detailed description
+//     
+// We start up by defining the track direction in the xy plane and roads. The roads are calculated based
+// on tracking information (variance in the r-phi direction) and estimated variance of the standard 
+// clusters (see AliTRDcluster::SetSigmaY2()) corrected for tilt (see GetCovAt()). From this the road is
+// BEGIN_LATEX
+// r_{y} = 3*#sqrt{12*(#sigma^{2}_{Trk}(y) + #frac{#sigma^{2}_{cl}(y) + tg^{2}(#alpha_{L})#sigma^{2}_{cl}(z)}{1+tg^{2}(#alpha_{L})})}
+// r_{z} = 1.5*L_{pad}
+// END_LATEX
+// 
+// Author : Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
+// Debug  : level >3
+
+  const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam(); //the dynamic cast in GetRecoParam is slow, so caching the pointer to it
+
+  if(!recoParam){
+    AliError("Tracklets can not be used without a valid RecoParam.");
     return kFALSE;
   }
-
-  const Int_t kClusterCandidates = 2 * knTimebins;
-  
+  // Initialize reco params for this tracklet
+  // 1. first time bin in the drift region
+  Int_t t0 = 14;
+  Int_t kClmin = Int_t(recoParam->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
+
+  Double_t sysCov[5]; recoParam->GetSysCovMatrix(sysCov);      
+  Double_t s2yTrk= fRefCov[0], 
+           s2yCl = 0., 
+           s2zCl = GetPadLength()*GetPadLength()/12., 
+           syRef = TMath::Sqrt(s2yTrk),
+           t2    = GetTilt()*GetTilt();
   //define roads
-  Double_t kroady = fReconstructor->GetRecoParam() ->GetRoad1y();
-  Double_t kroadz = fPadLength * 1.5 + 1.;
-  // correction to y for the tilting angle
-  Float_t zcorr = kZcorr ? fTilt * (fZProb - fZref[0]) : 0.;
+  Double_t kroady = 1., //recoParam->GetRoad1y();
+           kroadz = GetPadLength() * recoParam->GetRoadzMultiplicator() + 1.;
+  // define probing cluster (the perfect cluster) and default calibration
+  Short_t sig[] = {0, 0, 10, 30, 10, 0,0};
+  AliTRDcluster cp(fDet, 6, 75, 0, sig, 0);
+  if(fkReconstructor->IsHLT()) cp.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
+  if(!IsCalibrated()) Calibrate();
+
+  AliDebug(4, "");
+  AliDebug(4, Form("syKalman[%f] rY[%f] rZ[%f]", syRef, kroady, kroadz));
 
   // working variables
-  AliTRDcluster *clusters[kClusterCandidates];
-  Double_t cond[4], yexp[knTimebins], zexp[knTimebins],
-    yres[kClusterCandidates], zres[kClusterCandidates];
-  Int_t ncl, *index = 0x0, tboundary[knTimebins];
-  
+  const Int_t kNrows = 16;
+  const Int_t kNcls  = 3*kNclusters; // buffer size
+  AliTRDcluster *clst[kNrows][kNcls];
+  Bool_t blst[kNrows][kNcls];
+  Double_t cond[4], dx, dy, yt, zt, yres[kNrows][kNcls];
+  Int_t idxs[kNrows][kNcls], ncl[kNrows], ncls = 0;
+  memset(ncl, 0, kNrows*sizeof(Int_t));
+  memset(yres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
+  memset(blst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Bool_t));   //this is 8 times faster to memset than "memset(clst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(AliTRDcluster*))"
+
   // Do cluster projection
-  AliTRDchamberTimeBin *layer = 0x0;
-  Int_t nYclusters = 0; Bool_t kEXIT = kFALSE;
-  for (Int_t iTime = 0; iTime < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); iTime++) {
-    if(!(layer = chamber->GetTB(iTime))) continue;
+  AliTRDcluster *c = NULL;
+  AliTRDchamberTimeBin *layer = NULL;
+  Bool_t kBUFFER = kFALSE;
+  for (Int_t it = 0; it < kNtb; it++) {
+    if(!(layer = chamber->GetTB(it))) continue;
     if(!Int_t(*layer)) continue;
-    
-    fX[iTime] = layer->GetX() - fX0;
-    zexp[iTime] = fZref[0] + fZref[1] * fX[iTime];
-    yexp[iTime] = fYref[0] + fYref[1] * fX[iTime] - zcorr;
-    
-    // build condition and process clusters
-    cond[0] = yexp[iTime] - kroady; cond[1] = yexp[iTime] + kroady;
-    cond[2] = zexp[iTime] - kroadz; cond[3] = zexp[iTime] + kroadz;
-    layer->GetClusters(cond, index, ncl);
-    for(Int_t ic = 0; ic<ncl; ic++){
-      AliTRDcluster *c = layer->GetCluster(index[ic]);
-      clusters[nYclusters] = c;
-      yres[nYclusters++] = c->GetY() - yexp[iTime];
-      if(nYclusters >= kClusterCandidates) {
-        AliWarning(Form("Cluster candidates reached limit %d. Some may be lost.", kClusterCandidates));
-        kEXIT = kTRUE;
+    // get track projection at layers position
+    dx   = fX0 - layer->GetX();
+    yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
+    zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
+    // get standard cluster error corrected for tilt
+    cp.SetLocalTimeBin(it);
+    cp.SetSigmaY2(0.02, fDiffT, fExB, dx, -1./*zt*/, fYref[1]);
+    s2yCl = (cp.GetSigmaY2() + sysCov[0] + t2*s2zCl)/(1.+t2);
+    // get estimated road
+    kroady = 3.*TMath::Sqrt(12.*(s2yTrk + s2yCl));
+
+    AliDebug(5, Form("  %2d x[%f] yt[%f] zt[%f]", it, dx, yt, zt));
+
+    AliDebug(5, Form("  syTrk[um]=%6.2f syCl[um]=%6.2f syClTlt[um]=%6.2f Ry[mm]=%f", 1.e4*TMath::Sqrt(s2yTrk), 1.e4*TMath::Sqrt(cp.GetSigmaY2()), 1.e4*TMath::Sqrt(s2yCl), 1.e1*kroady));
+
+    // select clusters
+    cond[0] = yt; cond[2] = kroady;
+    cond[1] = zt; cond[3] = kroadz;
+    Int_t n=0, idx[6];
+    layer->GetClusters(cond, idx, n, 6);
+    for(Int_t ic = n; ic--;){
+      c  = (*layer)[idx[ic]];
+      dy = yt - c->GetY();
+      dy += tilt ? GetTilt() * (c->GetZ() - zt) : 0.;
+      // select clusters on a 3 sigmaKalman level
+/*      if(tilt && TMath::Abs(dy) > 3.*syRef){ 
+        printf("too large !!!\n");
+        continue;
+      }*/
+      Int_t r = c->GetPadRow();
+      AliDebug(5, Form("   -> dy[%f] yc[%f] r[%d]", TMath::Abs(dy), c->GetY(), r));
+      clst[r][ncl[r]] = c;
+      blst[r][ncl[r]] = kTRUE;
+      idxs[r][ncl[r]] = idx[ic];
+      yres[r][ncl[r]] = dy;
+      ncl[r]++; ncls++;
+
+      if(ncl[r] >= kNcls) {
+        AliWarning(Form("Cluster candidates row[%d] reached buffer limit[%d]. Some may be lost.", r, kNcls));
+        kBUFFER = kTRUE;
         break;
       }
     }
-    tboundary[iTime] = nYclusters;
-    if(kEXIT) break;
+    if(kBUFFER) break;
   }
-  
-  // Evaluate truncated mean on the y direction
-  Double_t mean, sigma;
-  AliMathBase::EvaluateUni(nYclusters, yres, mean, sigma, Int_t(nYclusters*.8)-2);
-  // purge cluster candidates
-  Int_t nZclusters = 0;
-  for(Int_t ic = 0; ic<nYclusters; ic++){
-    if(yres[ic] - mean > 4. * sigma){
-      clusters[ic] = 0x0;
-      continue;
-    }
-    zres[nZclusters++] = clusters[ic]->GetZ() - zexp[clusters[ic]->GetLocalTimeBin()];
+  AliDebug(4, Form("Found %d clusters. Processing ...", ncls));
+  if(ncls<kClmin){ 
+    AliDebug(1, Form("CLUSTERS FOUND %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ncls, kClmin));
+    SetErrorMsg(kAttachClFound);
+    return kFALSE;
   }
-  
-  // Evaluate truncated mean on the z direction
-  AliMathBase::EvaluateUni(nZclusters, zres, mean, sigma, Int_t(nZclusters*.8)-2);
-  // purge cluster candidates
-  for(Int_t ic = 0; ic<nZclusters; ic++){
-    if(zres[ic] - mean > 4. * sigma){
-      clusters[ic] = 0x0;
-      continue;
+
+  // analyze each row individualy
+  Bool_t kRowSelection(kFALSE);
+  Double_t mean[]={1.e3, 1.e3, 1.3}, syDis[]={1.e3, 1.e3, 1.3};
+  Int_t nrow[] = {0, 0, 0}, rowId[] = {-1, -1, -1}, nr = 0, lr=-1;
+  TVectorD vdy[3];
+  for(Int_t ir=0; ir<kNrows; ir++){
+    if(!(ncl[ir])) continue;
+    if(lr>0 && ir-lr != 1){ 
+      AliDebug(2, "Rows attached not continuous. Turn on selection."); 
+      kRowSelection=kTRUE;
+    }
+
+    AliDebug(5, Form("  r[%d] n[%d]", ir, ncl[ir]));
+    // Evaluate truncated mean on the y direction
+    if(ncl[ir] < 4) continue;
+    AliMathBase::EvaluateUni(ncl[ir], yres[ir], mean[nr], syDis[nr], Int_t(ncl[ir]*.8));
+
+    // TODO check mean and sigma agains cluster resolution !!
+    AliDebug(4, Form("  m_%d[%+5.3f (%5.3fs)] s[%f]", nr, mean[nr], TMath::Abs(mean[nr]/syDis[nr]), syDis[nr]));
+    // remove outliers based on a 3 sigmaDistr level
+    Bool_t kFOUND = kFALSE;
+    for(Int_t ic = ncl[ir]; ic--;){
+      if(yres[ir][ic] - mean[nr] > 3. * syDis[nr]){ 
+        blst[ir][ic] = kFALSE; continue;
+      }
+      nrow[nr]++; rowId[nr]=ir; kFOUND = kTRUE;
+    }
+    if(kFOUND){ 
+      vdy[nr].Use(nrow[nr], yres[ir]);
+      nr++; 
     }
+    lr = ir; if(nr>=3) break;
+  }
+  if(recoParam->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
+    TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
+    UChar_t stat(0);
+    if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
+    if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
+    cstreamer << "AttachClusters"
+        << "stat="   << stat
+        << "det="    << fDet
+        << "pt="     << fPt
+        << "s2y="    << s2yTrk
+        << "r0="     << rowId[0]
+        << "dy0="    << &vdy[0]
+        << "m0="     << mean[0]
+        << "s0="     << syDis[0]
+        << "r1="     << rowId[1]
+        << "dy1="    << &vdy[1]
+        << "m1="     << mean[1]
+        << "s1="     << syDis[1]
+        << "r2="     << rowId[2]
+        << "dy2="    << &vdy[2]
+        << "m2="     << mean[2]
+        << "s2="     << syDis[2]
+        << "\n";
   }
 
-  
-  // Select only one cluster/TimeBin
-  Int_t lastCluster = 0;
-  fN2 = 0;
-  for (Int_t iTime = 0; iTime < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); iTime++) {
-    ncl = tboundary[iTime] - lastCluster;
-    if(!ncl) continue;
-    Int_t iptr = lastCluster;
-    if(ncl > 1){
-      Float_t dold = 9999.;
-      for(int ic=lastCluster; ic<tboundary[iTime]; ic++){
-        if(!clusters[ic]) continue;
-        Float_t y = yexp[iTime] - clusters[ic]->GetY();
-        Float_t z = zexp[iTime] - clusters[ic]->GetZ();
-        Float_t d = y * y + z * z;
-        if(d > dold) continue;
-        dold = d;
-        iptr = ic;
+
+  // analyze gap in rows attached 
+  if(kRowSelection){
+    SetErrorMsg(kAttachRowGap);
+    Int_t rowRemove(-1); 
+    if(nr==2){ // select based on minimum distance to track projection
+      if(TMath::Abs(mean[0])<TMath::Abs(mean[1])){ 
+        if(nrow[1]>nrow[0]) AliDebug(2, Form("Conflicting mean[%f < %f] but ncl[%d < %d].", TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), nrow[0], nrow[1]));
+      }else{
+        if(nrow[1]<nrow[0]) AliDebug(2, Form("Conflicting mean[%f > %f] but ncl[%d > %d].", TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), nrow[0], nrow[1]));
+        Swap(nrow[0],nrow[1]); Swap(rowId[0],rowId[1]);
+        Swap(mean[0],mean[1]); Swap(syDis[0],syDis[1]);
+      }
+      rowRemove=1; nr=1; 
+    } else if(nr==3){ // select based on 2 consecutive rows
+      if(rowId[1]==rowId[0]+1 && rowId[1]!=rowId[2]-1){ 
+        nr=2;rowRemove=2;
+      } else if(rowId[1]!=rowId[0]+1 && rowId[1]==rowId[2]-1){ 
+        Swap(nrow[0],nrow[2]); Swap(rowId[0],rowId[2]);
+        Swap(mean[0],mean[2]); Swap(syDis[0],syDis[2]);
+        nr=2; rowRemove=2;
       }
     }
-    fIndexes[iTime]  = chamber->GetTB(iTime)->GetGlobalIndex(iptr);
-    fClusters[iTime] = clusters[iptr];
-    fY[iTime]        = clusters[iptr]->GetY();
-    fZ[iTime]        = clusters[iptr]->GetZ();
-    lastCluster      = tboundary[iTime];
-    fN2++;
+    if(rowRemove>0){nrow[rowRemove]=0; rowId[rowRemove]=-1;}
   }
-  
-  // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
-  Int_t kClmin = Int_t(fReconstructor->GetRecoParam() ->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
-  if (fN2 < kClmin){
-    AliWarning(Form("Not enough clusters to fit the tracklet %d [%d].", fN2, kClmin));
-    fN2 = 0;
-    return kFALSE;
+  AliDebug(4, Form("  Ncl[%d[%d] + %d[%d] + %d[%d]]", nrow[0], rowId[0],  nrow[1], rowId[1], nrow[2], rowId[2]));
+
+  if(nr==3){
+    SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
+    SetErrorMsg(kAttachRow);
+    const Float_t am[]={TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), TMath::Abs(mean[2])};
+    AliDebug(4, Form("complex row configuration\n"
+      "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
+      "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
+      "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
+      , rowId[0], nrow[0], am[0], syDis[0]
+      , rowId[1], nrow[1], am[1], syDis[1]
+      , rowId[2], nrow[2], am[2], syDis[2]));
+    Int_t id[]={0,1,2}; TMath::Sort(3, am, id, kFALSE);
+    // backup
+    Int_t rnn[3]; memcpy(rnn, nrow, 3*sizeof(Int_t));
+    Int_t rid[3]; memcpy(rid, rowId, 3*sizeof(Int_t));
+    Double_t rm[3]; memcpy(rm, mean, 3*sizeof(Double_t));
+    Double_t rs[3]; memcpy(rs, syDis, 3*sizeof(Double_t));
+    nrow[0]=rnn[id[0]]; rowId[0]=rid[id[0]]; mean[0]=rm[id[0]]; syDis[0]=rs[id[0]];
+    nrow[1]=rnn[id[1]]; rowId[1]=rid[id[1]]; mean[1]=rm[id[1]]; syDis[1]=rs[id[1]];
+    nrow[2]=0;          rowId[2]=-1; mean[2] = 1.e3; syDis[2] = 1.e3;
+    AliDebug(4, Form("solved configuration\n"
+      "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
+      "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
+      "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
+      , rowId[0], nrow[0], mean[0], syDis[0]
+      , rowId[1], nrow[1], mean[1], syDis[1]
+      , rowId[2], nrow[2], mean[2], syDis[2]));
+    nr=2;
+  } else if(nr==2) {
+    SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
+    if(nrow[1] > nrow[0]){ // swap row order
+      Swap(nrow[0],nrow[1]); Swap(rowId[0],rowId[1]);
+      Swap(mean[0],mean[1]); Swap(syDis[0],syDis[1]);
+    }
   }
 
-  // update used clusters
-  fNUsed = 0;
-  for (Int_t iTime = 0; iTime < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); iTime++) {
-    if(!fClusters[iTime]) continue;
-    if((fClusters[iTime]->IsUsed())) fNUsed++;
+  // Select and store clusters 
+  // We should consider here :
+  //  1. How far is the chamber boundary
+  //  2. How big is the mean
+  Int_t n(0); Float_t dyc[kNclusters]; memset(dyc,0,kNclusters*sizeof(Float_t));
+  for (Int_t ir = 0; ir < nr; ir++) {
+    Int_t jr(rowId[ir]);
+    AliDebug(4, Form("  Attaching Ncl[%d]=%d ...", jr, ncl[jr]));
+    for (Int_t ic = 0; ic < ncl[jr]; ic++) {
+      if(!blst[jr][ic])continue;
+      c = clst[jr][ic];
+      Int_t it(c->GetPadTime());
+      Int_t idx(it+kNtb*ir);
+      if(fClusters[idx]){
+        AliDebug(4, Form("Many cluster candidates on row[%2d] tb[%2d].", jr, it));
+        // TODO should save also the information on where the multiplicity happened and its size
+        SetErrorMsg(kAttachMultipleCl);
+        // TODO should also compare with mean and sigma for this row
+        if(yres[jr][ic] > dyc[idx]) continue;
+      }
+
+      // TODO proper indexing of clusters !!
+      fIndexes[idx]  = chamber->GetTB(it)->GetGlobalIndex(idxs[jr][ic]);
+      fClusters[idx] = c;
+      dyc[idx]        = yres[jr][ic];
+      n++;
+    }
   }
+  SetN(n);
 
-  if (fN2-fNUsed < kClmin){
-    AliWarning(Form("Too many clusters already in use %d (from %d).", fNUsed, fN2));
-    fN2 = 0;
+  // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
+  if (GetN() < kClmin){
+    AliDebug(1, Form("NOT ENOUGH CLUSTERS %d ATTACHED TO THE TRACKLET [min %d] FROM FOUND %d.", GetN(), kClmin, n));
+    SetErrorMsg(kAttachClAttach);
     return kFALSE;
   }
-  
+
+  // Load calibration parameters for this tracklet  
+  Calibrate();
+
+  // calculate dx for time bins in the drift region (calibration aware)
+  Float_t x[2] = {0.,0.}; Int_t tb[2]={0,0};
+  for (Int_t it = t0, irp=0; irp<2 && it < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); it++) {
+    if(!fClusters[it]) continue;
+    x[irp]  = fClusters[it]->GetX();
+    tb[irp] = fClusters[it]->GetLocalTimeBin();
+    irp++;
+  }  
+  Int_t dtb = tb[1] - tb[0];
+  fdX = dtb ? (x[0] - x[1]) / dtb : 0.15;
   return kTRUE;
 }
 
+//____________________________________________________________
+void AliTRDseedV1::Bootstrap(const AliTRDReconstructor *rec)
+{
+//   Fill in all derived information. It has to be called after recovery from file or HLT.
+//   The primitive data are
+//   - list of clusters
+//   - detector (as the detector will be removed from clusters)
+//   - position of anode wire (fX0) - temporary
+//   - track reference position and direction
+//   - momentum of the track
+//   - time bin length [cm]
+// 
+//   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> Oct 30th 2008
+//
+  fkReconstructor = rec;
+  AliTRDgeometry g;
+  SetPadPlane(g.GetPadPlane(fDet));
+
+  //fSnp = fYref[1]/TMath::Sqrt(1+fYref[1]*fYref[1]);
+  //fTgl = fZref[1];
+  Int_t n = 0, nshare = 0, nused = 0;
+  AliTRDcluster **cit = &fClusters[0];
+  for(Int_t ic = kNclusters; ic--; cit++){
+    if(!(*cit)) return;
+    n++;
+    if((*cit)->IsShared()) nshare++;
+    if((*cit)->IsUsed()) nused++;
+  }
+  SetN(n); SetNUsed(nused); SetNShared(nshare);
+  Fit();
+  CookLabels();
+  GetProbability();
+}
+
+
 //____________________________________________________________________
-Bool_t AliTRDseedV1::Fit(Bool_t tilt)
+Bool_t AliTRDseedV1::Fit(UChar_t opt)
 {
-  //
-  // Linear fit of the tracklet
-  //
-  // Parameters :
-  //
-  // Output :
-  //  True if successful
-  //
-  // Detailed description
-  // 2. Check if tracklet crosses pad row boundary
-  // 1. Calculate residuals in the y (r-phi) direction
-  // 3. Do a Least Square Fit to the data
-  //
+//
+// Linear fit of the clusters attached to the tracklet
+//
+// Parameters :
+//   - opt : switch for tilt pad correction of cluster y position. Options are
+//           0 no correction [default]
+//           1 full tilt correction [dz/dx and z0]
+//           2 pseudo tilt correction [dz/dx from pad-chamber geometry]
+//
+// Output :
+//  True if successful
+//
+// Detailed description
+//
+//            Fit in the xy plane
+// 
+// The fit is performed to estimate the y position of the tracklet and the track 
+// angle in the bending plane. The clusters are represented in the chamber coordinate 
+// system (with respect to the anode wire - see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation() 
+// on how this is set). The x and y position of the cluster and also their variances 
+// are known from clusterizer level (see AliTRDcluster::GetXloc(), AliTRDcluster::GetYloc(), 
+// AliTRDcluster::GetSX() and AliTRDcluster::GetSY()). 
+// If gaussian approximation is used to calculate y coordinate of the cluster the position 
+// is recalculated taking into account the track angle. The general formula to calculate the 
+// error of cluster position in the gaussian approximation taking into account diffusion and track
+// inclination is given for TRD by:
+// BEGIN_LATEX
+// #sigma^{2}_{y} = #sigma^{2}_{PRF} + #frac{x#delta_{t}^{2}}{(1+tg(#alpha_{L}))^{2}} + #frac{x^{2}tg^{2}(#phi-#alpha_{L})tg^{2}(#alpha_{L})}{12}
+// END_LATEX
+//
+// Since errors are calculated only in the y directions, radial errors (x direction) are mapped to y
+// by projection i.e.
+// BEGIN_LATEX
+// #sigma_{x|y} = tg(#phi) #sigma_{x}
+// END_LATEX
+// and also by the lorentz angle correction
+//
+//            Fit in the xz plane
+//
+// The "fit" is performed to estimate the radial position (x direction) where pad row cross happens. 
+// If no pad row crossing the z position is taken from geometry and radial position is taken from the xy 
+// fit (see below).
+// 
+// There are two methods to estimate the radial position of the pad row cross:
+//   1. leading cluster radial position : Here the lower part of the tracklet is considered and the last 
+// cluster registered (at radial x0) on this segment is chosen to mark the pad row crossing. The error 
+// of the z estimate is given by :
+// BEGIN_LATEX
+// #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
+// END_LATEX
+// The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
+//   - no charge sharing between pad rows is considered (sharp cross)
+//   - missing cluster at row cross (noise peak-up, under-threshold signal etc.).
+// 
+//   2. charge fit over the crossing point : Here the full energy deposit along the tracklet is considered 
+// to estimate the position of the crossing by a fit in the qx plane. The errors in the q directions are 
+// parameterized as s_q = q^2. The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
+//   - no general model for the qx dependence
+//   - physical fluctuations of the charge deposit 
+//   - gain calibration dependence
+//
+//            Estimation of the radial position of the tracklet
+//
+// For pad row cross the radial position is taken from the xz fit (see above). Otherwise it is taken as the 
+// interpolation point of the tracklet i.e. the point where the error in y of the fit is minimum. The error
+// in the y direction of the tracklet is (see AliTRDseedV1::GetCovAt()):
+// BEGIN_LATEX
+// #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} + 2xcov(y_{0}, dy/dx) + #sigma^{2}_{dy/dx}
+// END_LATEX
+// and thus the radial position is:
+// BEGIN_LATEX
+// x = - cov(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx}
+// END_LATEX
+//
+//            Estimation of tracklet position error 
+//
+// The error in y direction is the error of the linear fit at the radial position of the tracklet while in the z 
+// direction is given by the cluster error or pad row cross error. In case of no pad row cross this is given by:
+// BEGIN_LATEX
+// #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} - 2cov^{2}(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx} + #sigma^{2}_{dy/dx}
+// #sigma_{z} = Pad_{length}/12
+// END_LATEX
+// For pad row cross the full error is calculated at the radial position of the crossing (see above) and the error 
+// in z by the width of the crossing region - being a matter of parameterization. 
+// BEGIN_LATEX
+// #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
+// END_LATEX
+// In case of no tilt correction (default in the barrel tracking) the tilt is taken into account by the rotation of
+// the covariance matrix. See AliTRDseedV1::GetCovAt() for details.
+//
+// Author 
+// A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 
-  const Int_t kClmin = 8;
-  const Float_t q0 = 100.;
-  const Float_t clSigma0 = 2.E-2;    //[cm]
-  const Float_t clSlopeQ = -1.19E-2; //[1/cm]
+  if(!fkReconstructor){
+    AliError("The tracklet needs the reconstruction setup. Please initialize by SetReconstructor().");
+    return kFALSE;
+  }
+  if(!IsCalibrated()) Calibrate();
+  if(opt>2){
+    AliWarning(Form("Option [%d] outside range [0, 2]. Using default",opt));
+    opt=0;
+  }
 
+  const Int_t kClmin = 8;
+  const Float_t kScalePulls = 10.; // factor to scale y pulls - NOT UNDERSTOOD
+  // get track direction
+  Double_t y0   = fYref[0];
+  Double_t dydx = fYref[1]; 
+  Double_t z0   = fZref[0];
+  Double_t dzdx = fZref[1];
 
-  const Int_t kNtb = AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins();
-  AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterY, fitterZ;
+  AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterY;
+  AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterZ;
 
-  // convertion factor from square to gauss distribution for sigma
-  Double_t convert = 1./TMath::Sqrt(12.);
-  
   // book cluster information
-  Double_t xc[knTimebins+1], yc[knTimebins], zc[knTimebins+1], sy[knTimebins], sz[knTimebins+1];
-  Int_t zRow[knTimebins];
-  AliTRDcluster *c = 0x0;
-  Int_t nc = 0;
-  for (Int_t ic=0; ic<kNtb; ic++) {
-    zRow[ic] = -1;
-    xc[ic]  = -1.;
-    yc[ic]  = 999.;
-    zc[ic]  = 999.;
-    sy[ic]  = 0.;
-    sz[ic]  = 0.;
-    if(!(c = fClusters[ic])) continue;
+  Double_t qc[kNclusters], xc[kNclusters], yc[kNclusters], zc[kNclusters], sy[kNclusters];
+
+  Bool_t tilt(opt==1)       // full tilt correction
+        ,pseudo(opt==2)     // pseudo tilt correction
+        ,rc(IsRowCross())   // row cross candidate 
+        ,kDZDX(IsPrimary());// switch dzdx calculation for barrel primary tracks
+  Int_t n(0);   // clusters used in fit 
+  AliTRDcluster *c(NULL), *cc(NULL), **jc = &fClusters[0];
+  const AliTRDrecoParam* const recoParam = fkReconstructor->GetRecoParam(); //the dynamic cast in GetRecoParam is slow, so caching the pointer to it
+
+  const Char_t *tcName[]={"NONE", "FULL", "HALF"};
+  AliDebug(2, Form("Options : TC[%s] dzdx[%c]", tcName[opt], kDZDX?'Y':'N'));
+
+  for (Int_t ic=0; ic<kNclusters; ic++, ++jc) {
+    xc[ic]  = -1.; yc[ic]  = 999.; zc[ic]  = 999.; sy[ic]  = 0.;
+    if(!(c = (*jc))) continue;
     if(!c->IsInChamber()) continue;
+    // compute pseudo tilt correction
+    if(kDZDX){ 
+      fZfit[0] = c->GetZ();
+      if(rc){
+        for(Int_t kc=AliTRDseedV1::kNtb; kc<AliTRDseedV1::kNclusters; kc++){
+          if(!(cc=fClusters[kc])) continue;
+          if(!cc->IsInChamber()) continue;
+          fZfit[0] += cc->GetZ(); fZfit[0] *= 0.5;
+          break;
+        }
+      }
+      fZfit[1] = fZfit[0]/fX0;
+      if(rc){
+        fZfit[0] += fZfit[1]*0.5*AliTRDgeometry::CdrHght();
+        fZfit[1] = fZfit[0]/fX0;
+      }
+      kDZDX=kFALSE;
+    }
+
     Float_t w = 1.;
     if(c->GetNPads()>4) w = .5;
     if(c->GetNPads()>5) w = .2;
-    zRow[nc] = c->GetPadRow();
-    xc[nc]   = c->GetX() - fX0;
-    yc[nc]   = c->GetY();
-    zc[nc]   = c->GetZ();
-    Float_t qr = c->GetQ() - q0;
-    sy[nc]   = qr < 0. ? clSigma0*TMath::Exp(clSlopeQ*qr) : clSigma0;
-    sz[nc]   = fPadLength*convert;
-    fitterZ.AddPoint(&xc[nc], zc[nc], sz[nc]);
-    nc++;
+
+    // cluster charge
+    qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
+    // pad row of leading 
+
+    xc[n]   = fX0 - c->GetX();
+
+    // Recalculate cluster error based on tracking information
+    c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], -1./*zcorr?zt:-1.*/, dydx);
+    c->SetSigmaZ2(fPad[0]*fPad[0]/12.); // for HLT
+    sy[n]  = TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2());
+
+    yc[n]  = recoParam->UseGAUS() ? 
+      c->GetYloc(y0, sy[n], GetPadWidth()): c->GetY();
+    zc[n]   = c->GetZ();
+
+    //optional r-phi correction
+    //printf("   n[%2d] yc[%7.5f] ", n, yc[n]);
+    Float_t correction(0.);
+    if(tilt) correction = fPad[2]*(xc[n]*dzdx + zc[n] - z0);
+    else if(pseudo) correction = fPad[2]*(xc[n]*fZfit[1] + zc[n]-fZfit[0]);
+    yc[n]-=correction;
+    //printf("corr(%s%s)[%7.5f] yc1[%7.5f]\n", (tilt?"TC":""), (zcorr?"PC":""), correction, yc[n]);
+
+    AliDebug(5, Form("  tb[%2d] dx[%6.3f] y[%6.2f+-%6.3f]", c->GetLocalTimeBin(), xc[n], yc[n], sy[n]));
+    fitterY.AddPoint(&xc[n], yc[n], sy[n]);
+    if(rc) fitterZ.AddPoint(&xc[n], qc[n]*(ic<kNtb?1.:-1.), 1.);
+    n++;
   }
+
   // to few clusters
-  if (nc < kClmin) return kFALSE; 
+  if (n < kClmin){ 
+    AliDebug(1, Form("Not enough clusters to fit. Clusters: Attached[%d] Fit[%d].", GetN(), n));
+    SetErrorMsg(kFitCl);
+    return kFALSE; 
+  }
+  // fit XY
+  if(!fitterY.Eval()){
+    AliDebug(1, "Fit Y failed.");
+    SetErrorMsg(kFitFailedY);
+    return kFALSE;
+  }
+  fYfit[0] = fitterY.GetFunctionParameter(0);
+  fYfit[1] = -fitterY.GetFunctionParameter(1);
+  // store covariance
+  Double_t p[3];
+  fitterY.GetCovarianceMatrix(p);
+  fCov[0] = kScalePulls*p[1]; // variance of y0
+  fCov[1] = kScalePulls*p[2]; // covariance of y0, dydx
+  fCov[2] = kScalePulls*p[0]; // variance of dydx
+  // the ref radial position is set at the minimum of 
+  // the y variance of the tracklet
+  fX   = -fCov[1]/fCov[2];
+  fS2Y = fCov[0] +2.*fX*fCov[1] + fX*fX*fCov[2];
+
+  Float_t xs=fX+.5*AliTRDgeometry::CamHght();
+  if(xs < 0. || xs > AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght()){
+    AliDebug(1, Form("Ref radial position ouside chamber x[%5.2f].", fX));
+    SetErrorMsg(kFitFailedY);
+    return kFALSE;
+  }
+
+/*    // THE LEADING CLUSTER METHOD for z fit
+    Float_t xMin = fX0;
+    Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
+    AliTRDcluster *c0 =0x0, **kc = &fClusters[kNtb-1];
+    for(; ic>kNtb; ic--, --jc, --kc){
+      if((c0 = (*kc)) && c0->IsInChamber() && (xMin>c0->GetX())) xMin = c0->GetX();
+      if(!(c = (*jc))) continue;
+      if(!c->IsInChamber()) continue;
+      zc[kNclusters-1] = c->GetZ(); 
+      fX = fX0 - c->GetX();
+    }
+    fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
+    // Error parameterization
+    fS2Z     = fdX*fZref[1];
+    fS2Z    *= fS2Z; fS2Z    *= 0.2887; //  1/sqrt(12)*/
+
+  // fit QZ
+  if(opt!=1 && IsRowCross()){
+    if(!fitterZ.Eval()) SetErrorMsg(kFitFailedZ);
+    if(!HasError(kFitFailedZ) && TMath::Abs(fitterZ.GetFunctionParameter(1))>1.e-10){ 
+      // TODO - one has to recalculate xy fit based on
+      // better knowledge of z position
+//       Double_t x = -fitterZ.GetFunctionParameter(0)/fitterZ.GetFunctionParameter(1);
+//       Double_t z0 = .5*(zc[0]+zc[n-1]);
+//       fZfit[0] = z0 + fZfit[1]*x; 
+//       fZfit[1] = fZfit[0]/fX0; 
+//       redo fit on xy plane
+    }
+    // temporary external error parameterization
+    fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZref[1]); fS2Z *= fS2Z;
+    // TODO correct formula
+    //fS2Z     = sigma_x*TMath::Abs(fZref[1]);
+  } else {
+    //fZfit[0] = zc[0] + dzdx*0.5*AliTRDgeometry::CdrHght();
+    fS2Z     = GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
+  }
+  return kTRUE;
+}
+
+
+/*
+//_____________________________________________________________________________
+void AliTRDseedV1::FitMI()
+{
+//
+// Fit the seed.
+// Marian Ivanov's version 
+//
+// linear fit on the y direction with respect to the reference direction. 
+// The residuals for each x (x = xc - x0) are deduced from:
+// dy = y - yt             (1)
+// the tilting correction is written :
+// y = yc + h*(zc-zt)      (2)
+// yt = y0+dy/dx*x         (3)
+// zt = z0+dz/dx*x         (4)
+// from (1),(2),(3) and (4)
+// dy = yc - y0 - (dy/dx + h*dz/dx)*x + h*(zc-z0)
+// the last term introduces the correction on y direction due to tilting pads. There are 2 ways to account for this:
+// 1. use tilting correction for calculating the y
+// 2. neglect tilting correction here and account for it in the error parametrization of the tracklet.
+  const Float_t kRatio  = 0.8;
+  const Int_t   kClmin  = 5;
+  const Float_t kmaxtan = 2;
+
+  if (TMath::Abs(fYref[1]) > kmaxtan){
+               //printf("Exit: Abs(fYref[1]) = %3.3f, kmaxtan = %3.3f\n", TMath::Abs(fYref[1]), kmaxtan);
+               return;              // Track inclined too much
+       }
+
+  Float_t  sigmaexp  = 0.05 + TMath::Abs(fYref[1] * 0.25); // Expected r.m.s in y direction
+  Float_t  ycrosscor = GetPadLength() * GetTilt() * 0.5;           // Y correction for crossing 
+  Int_t fNChange = 0;
+
+  Double_t sumw;
+  Double_t sumwx;
+  Double_t sumwx2;
+  Double_t sumwy;
+  Double_t sumwxy;
+  Double_t sumwz;
+  Double_t sumwxz;
+
+       // Buffering: Leave it constant fot Performance issues
+  Int_t    zints[kNtb];            // Histograming of the z coordinate 
+                                         // Get 1 and second max probable coodinates in z
+  Int_t    zouts[2*kNtb];       
+  Float_t  allowedz[kNtb];         // Allowed z for given time bin
+  Float_t  yres[kNtb];             // Residuals from reference
+  //Float_t  anglecor = GetTilt() * fZref[1];  // Correction to the angle
   
+  Float_t pos[3*kNtb]; memset(pos, 0, 3*kNtb*sizeof(Float_t));
+  Float_t *fX = &pos[0], *fY = &pos[kNtb], *fZ = &pos[2*kNtb];
+  
+  Int_t fN  = 0; AliTRDcluster *c = 0x0; 
+  fN2 = 0;
+  for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
+    yres[i] = 10000.0;
+    if (!(c = fClusters[i])) continue;
+    if(!c->IsInChamber()) continue;
+    // Residual y
+    //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);
+    fX[i] = fX0 - c->GetX();
+    fY[i] = c->GetY();
+    fZ[i] = c->GetZ();
+    yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
+    zints[fN] = Int_t(fZ[i]);
+    fN++;
+  }
 
-  Int_t zN[2*35];
-  Int_t nz = AliTRDtrackerV1::Freq(nc, zRow, zN, kFALSE);
-  // more than one pad row crossing
-  if(nz>2) return kFALSE; 
+  if (fN < kClmin){
+    //printf("Exit fN < kClmin: fN = %d\n", fN);
+    return; 
+  }
+  Int_t nz = AliTRDtrackerV1::Freq(fN, zints, zouts, kFALSE);
+  Float_t fZProb   = zouts[0];
+  if (nz <= 1) zouts[3] = 0;
+  if (zouts[1] + zouts[3] < kClmin) {
+    //printf("Exit zouts[1] = %d, zouts[3] = %d\n",zouts[1],zouts[3]);
+    return;
+  }
   
-  // estimate reference parameter at average x
-  Double_t y0 = fYref[0];
-  Double_t dydx = fYref[1]; 
-  Double_t dzdx = fZref[1];
-  zc[nc]  = fZref[0];
+  // Z distance bigger than pad - length
+  if (TMath::Abs(zouts[0]-zouts[2]) > 12.0) zouts[3] = 0;
+  
+  Int_t  breaktime = -1;
+  Bool_t mbefore   = kFALSE;
+  Int_t  cumul[kNtb][2];
+  Int_t  counts[2] = { 0, 0 };
+  
+  if (zouts[3] >= 3) {
 
-  // determine z offset of the fit
-  Int_t nchanges = 0, nCross = 0;
-  if(nz==2){ // tracklet is crossing pad row
+    //
     // Find the break time allowing one chage on pad-rows
     // with maximal number of accepted clusters
-    Int_t padRef = zRow[0];
-    for (Int_t ic=1; ic<nc; ic++) {
-      if(zRow[ic] == padRef) continue;
-      
-      // debug
-      if(zRow[ic-1] == zRow[ic]){
-        printf("ERROR in pad row change!!!\n");
+    //
+    fNChange = 1;
+    for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
+      cumul[i][0] = counts[0];
+      cumul[i][1] = counts[1];
+      if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[0]) < 2) counts[0]++;
+      if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[2]) < 2) counts[1]++;
+    }
+    Int_t  maxcount = 0;
+    for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
+      Int_t after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()][0] - cumul[i][0];
+      Int_t before = cumul[i][1];
+      if (after + before > maxcount) { 
+        maxcount  = after + before; 
+        breaktime = i;
+        mbefore   = kFALSE;
+      }
+      after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()-1][1] - cumul[i][1];
+      before = cumul[i][0];
+      if (after + before > maxcount) { 
+        maxcount  = after + before; 
+        breaktime = i;
+        mbefore   = kTRUE;
       }
-    
-      // evaluate parameters of the crossing point
-      Float_t sx = (xc[ic-1] - xc[ic])*convert;
-      xc[nc] = .5 * (xc[ic-1] + xc[ic]);
-      zc[nc] = .5 * (zc[ic-1] + zc[ic]);
-      sz[nc] = TMath::Max(dzdx * sx, .01);
-      dzdx   = zc[ic-1] > zc[ic] ? 1. : -1.;
-      padRef = zRow[ic];
-      nCross = ic;
-      nchanges++;
     }
+    breaktime -= 1;
   }
 
-  // condition on nCross and reset nchanges TODO
-
-  if(nchanges==1){
-    if(dzdx * fZref[1] < 0.){
-      AliInfo("tracklet direction does not correspond to the track direction. TODO.");
+  for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
+    if (i >  breaktime) allowedz[i] =   mbefore  ? zouts[2] : zouts[0];
+    if (i <= breaktime) allowedz[i] = (!mbefore) ? zouts[2] : zouts[0];
+  }  
+
+  if (((allowedz[0] > allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] < 0)) ||
+      ((allowedz[0] < allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] > 0))) {
+    //
+    // Tracklet z-direction not in correspondance with track z direction 
+    //
+    fNChange = 0;
+    for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
+      allowedz[i] = zouts[0];  // Only longest taken
+    } 
+  }
+  
+  if (fNChange > 0) {
+    //
+    // Cross pad -row tracklet  - take the step change into account
+    //
+    for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
+      if (!fClusters[i]) continue; 
+      if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
+      if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
+      // Residual y
+      //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);   
+      yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
+//       if (TMath::Abs(fZ[i] - fZProb) > 2) {
+//         if (fZ[i] > fZProb) yres[i] += GetTilt() * GetPadLength();
+//         if (fZ[i] < fZProb) yres[i] -= GetTilt() * GetPadLength();
+      }
     }
-    SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
-    fCross[0] = xc[nc]; fCross[2] = zc[nc]; fCross[3] = sz[nc]; 
-    fitterZ.AddPoint(&xc[nc], zc[nc], sz[nc]);
-    fitterZ.Eval();
-    dzdx = fZref[1]; // we don't trust Parameter[1] ??;
-    zc[nc] = fitterZ.GetFunctionParameter(0); 
-  } else if(nchanges > 1){ // debug
-    AliInfo("ERROR in n changes!!!");
-    return kFALSE;
   }
-
   
-  // estimate deviation from reference direction
-  dzdx *= fTilt;
-  for (Int_t ic=0; ic<nc; ic++) {
-    yc[ic] -= (y0 + xc[ic]*dydx);
-    if(tilt) yc[ic] -= (xc[ic]*dzdx + fTilt * (zc[ic] - zc[nc])); 
-    fitterY.AddPoint(&xc[ic], yc[ic], sy[ic]);
+  Double_t yres2[kNtb];
+  Double_t mean;
+  Double_t sigma;
+  for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
+    if (!fClusters[i]) continue;
+    if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
+    if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
+    yres2[fN2] = yres[i];
+    fN2++;
+  }
+  if (fN2 < kClmin) {
+               //printf("Exit fN2 < kClmin: fN2 = %d\n", fN2);
+    fN2 = 0;
+    return;
   }
-  fitterY.Eval();
-  fYfit[0] = y0+fitterY.GetFunctionParameter(0);
-  fYfit[1] = dydx+fitterY.GetFunctionParameter(1);
+  AliMathBase::EvaluateUni(fN2,yres2,mean,sigma, Int_t(fN2*kRatio-2.));
+  if (sigma < sigmaexp * 0.8) {
+    sigma = sigmaexp;
+  }
+  //Float_t fSigmaY = sigma;
+
+  // Reset sums
+  sumw   = 0; 
+  sumwx  = 0; 
+  sumwx2 = 0;
+  sumwy  = 0; 
+  sumwxy = 0; 
+  sumwz  = 0;
+  sumwxz = 0;
+
+  fN2    = 0;
+  Float_t fMeanz = 0;
+  Float_t fMPads = 0;
+  fUsable = 0;
+  for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
+    if (!fClusters[i]) continue;
+    if (!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
+    if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2){fClusters[i] = 0x0; continue;}
+    if (TMath::Abs(yres[i] - mean) > 4.0 * sigma){fClusters[i] = 0x0;  continue;}
+    SETBIT(fUsable,i);
+    fN2++;
+    fMPads += fClusters[i]->GetNPads();
+    Float_t weight = 1.0;
+    if (fClusters[i]->GetNPads() > 4) weight = 0.5;
+    if (fClusters[i]->GetNPads() > 5) weight = 0.2;
+   
+       
+    Double_t x = fX[i];
+    //printf("x = %7.3f dy = %7.3f fit %7.3f\n", x, yres[i], fY[i]-yres[i]);
+    
+    sumw   += weight; 
+    sumwx  += x * weight; 
+    sumwx2 += x*x * weight;
+    sumwy  += weight * yres[i];  
+    sumwxy += weight * (yres[i]) * x;
+    sumwz  += weight * fZ[i];    
+    sumwxz += weight * fZ[i] * x;
 
-  if(nchanges) fCross[1] = fYfit[0] + fCross[0] * fYfit[1];
+  }
 
-//     printf("\nnz = %d\n", nz);
-//     for(int ic=0; ic<35; ic++) printf("%d row[%d]\n", ic, zRow[ic]);        
-// 
-//     for(int ic=0; ic<nz; ic++) printf("%d n[%d]\n", ic, zN[ic]);    
+  if (fN2 < kClmin){
+               //printf("Exit fN2 < kClmin(2): fN2 = %d\n",fN2);
+    fN2 = 0;
+    return;
+  }
+  fMeanz = sumwz / sumw;
+  Float_t correction = 0;
+  if (fNChange > 0) {
+    // Tracklet on boundary
+    if (fMeanz < fZProb) correction =  ycrosscor;
+    if (fMeanz > fZProb) correction = -ycrosscor;
+  }
 
-  return kTRUE;
-}
+  Double_t det = sumw * sumwx2 - sumwx * sumwx;
+  fYfit[0]    = (sumwx2 * sumwy  - sumwx * sumwxy) / det;
+  fYfit[1]    = (sumw   * sumwxy - sumwx * sumwy)  / det;
+  
+  fS2Y = 0;
+  for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
+    if (!TESTBIT(fUsable,i)) continue;
+    Float_t delta = yres[i] - fYfit[0] - fYfit[1] * fX[i];
+    fS2Y += delta*delta;
+  }
+  fS2Y = TMath::Sqrt(fS2Y / Float_t(fN2-2));
+       // TEMPORARY UNTIL covariance properly calculated
+       fS2Y = TMath::Max(fS2Y, Float_t(.1));
+  
+  fZfit[0]   = (sumwx2 * sumwz  - sumwx * sumwxz) / det;
+  fZfit[1]   = (sumw   * sumwxz - sumwx * sumwz)  / det;
+//   fYfitR[0] += fYref[0] + correction;
+//   fYfitR[1] += fYref[1];
+//  fYfit[0]   = fYfitR[0];
+  fYfit[1]   = -fYfit[1];
 
-//___________________________________________________________________
-void AliTRDseedV1::Draw(Option_t*)
-{
-}
+  UpdateUsed();
+}*/
 
 //___________________________________________________________________
-void AliTRDseedV1::Print(Option_t*) const
+void AliTRDseedV1::Print(Option_t *o) const
 {
   //
   // Printing the seedstatus
   //
 
-  printf("Seed status :\n");
-  printf("  fTilt      = %f\n", fTilt);
-  printf("  fPadLength = %f\n", fPadLength);
-  printf("  fX0        = %f\n", fX0);
-  for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++) {
-          const Char_t *isUsable = fUsable[ic]?"Yes":"No";
-    printf("  %d X[%f] Y[%f] Z[%f] Indexes[%d] clusters[%p] usable[%s]\n"
-                , ic
-                , fX[ic]
-                , fY[ic]
-                , fZ[ic]
-                , fIndexes[ic]
-                , ((void*) fClusters[ic])
-                , isUsable);
-        }
+  AliInfo(Form("Det[%3d] X0[%7.2f] Pad{L[%5.2f] W[%5.2f] Tilt[%+6.2f]}", fDet, fX0, GetPadLength(), GetPadWidth(), GetTilt()));
+  AliInfo(Form("N[%2d] Nused[%2d] Nshared[%2d] [%d]", GetN(), GetNUsed(), GetNShared(), fN));
+  AliInfo(Form("FLAGS : RC[%c] Kink[%c] SA[%c]", IsRowCross()?'y':'n', IsKink()?'y':'n', IsStandAlone()?'y':'n'));
+  AliInfo(Form("CALIB PARAMS :  T0[%5.2f]  Vd[%5.2f]  s2PRF[%5.2f]  ExB[%5.2f]  Dl[%5.2f]  Dt[%5.2f]", fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
+
+  Double_t cov[3], x=GetX();
+  GetCovAt(x, cov);
+  AliInfo("    |  x[cm]  |      y[cm]       |      z[cm]      |  dydx |  dzdx |");
+  AliInfo(Form("Fit | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | ----- |", x, GetY(), TMath::Sqrt(cov[0]), GetZ(), TMath::Sqrt(cov[2]), fYfit[1]));
+  AliInfo(Form("Ref | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | %5.2f |", x, fYref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[0]), fZref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[2]), fYref[1], fZref[1]))
+  AliInfo(Form("P / Pt [GeV/c] = %f / %f", GetMomentum(), fPt));
+  if(IsStandAlone()) AliInfo(Form("C Rieman / Vertex [1/cm] = %f / %f", fC[0], fC[1]));
+  AliInfo(Form("dEdx [a.u.]    = %f / %f / %f / %f / %f/ %f / %f / %f", fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7]));
+  AliInfo(Form("PID            = %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f", fProb[0], fProb[1], fProb[2], fProb[3], fProb[4]));
+
+  if(strcmp(o, "a")!=0) return;
+
+  AliTRDcluster* const* jc = &fClusters[0];
+  for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++, jc++) {
+    if(!(*jc)) continue;
+    (*jc)->Print(o);
+  }
+}
+
+
+//___________________________________________________________________
+Bool_t AliTRDseedV1::IsEqual(const TObject *o) const
+{
+  // Checks if current instance of the class has the same essential members
+  // as the given one
+
+  if(!o) return kFALSE;
+  const AliTRDseedV1 *inTracklet = dynamic_cast<const AliTRDseedV1*>(o);
+  if(!inTracklet) return kFALSE;
 
-  printf("  fYref[0] =%f fYref[1] =%f\n", fYref[0], fYref[1]);
-  printf("  fZref[0] =%f fZref[1] =%f\n", fZref[0], fZref[1]);
-  printf("  fYfit[0] =%f fYfit[1] =%f\n", fYfit[0], fYfit[1]);
-  printf("  fYfitR[0]=%f fYfitR[1]=%f\n", fYfitR[0], fYfitR[1]);
-  printf("  fZfit[0] =%f fZfit[1] =%f\n", fZfit[0], fZfit[1]);
-  printf("  fZfitR[0]=%f fZfitR[1]=%f\n", fZfitR[0], fZfitR[1]);
-  printf("  fSigmaY =%f\n", fSigmaY);
-  printf("  fSigmaY2=%f\n", fSigmaY2);            
-  printf("  fMeanz  =%f\n", fMeanz);
-  printf("  fZProb  =%f\n", fZProb);
-  printf("  fLabels[0]=%d fLabels[1]=%d\n", fLabels[0], fLabels[1]);
-  printf("  fN      =%d\n", fN);
-  printf("  fN2     =%d (>8 isOK)\n",fN2);
-  printf("  fNUsed  =%d\n", fNUsed);
-  printf("  fFreq   =%d\n", fFreq);
-  printf("  fNChange=%d\n",  fNChange);
-  printf("  fMPads  =%f\n", fMPads);
+  for (Int_t i = 0; i < 2; i++){
+    if ( fYref[i] != inTracklet->fYref[i] ) return kFALSE;
+    if ( fZref[i] != inTracklet->fZref[i] ) return kFALSE;
+  }
+  
+  if ( TMath::Abs(fS2Y - inTracklet->fS2Y)>1.e-10 ) return kFALSE;
+  if ( TMath::Abs(GetTilt() - inTracklet->GetTilt())>1.e-10 ) return kFALSE;
+  if ( TMath::Abs(GetPadLength() - inTracklet->GetPadLength())>1.e-10 ) return kFALSE;
+  
+  for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++){
+//     if ( fX[i] != inTracklet->GetX(i) ) return kFALSE;
+//     if ( fY[i] != inTracklet->GetY(i) ) return kFALSE;
+//     if ( fZ[i] != inTracklet->GetZ(i) ) return kFALSE;
+    if ( fIndexes[i] != inTracklet->fIndexes[i] ) return kFALSE;
+  }
+//   if ( fUsable != inTracklet->fUsable ) return kFALSE;
+
+  for (Int_t i=0; i < 2; i++){
+    if ( fYfit[i] != inTracklet->fYfit[i] ) return kFALSE;
+    if ( fZfit[i] != inTracklet->fZfit[i] ) return kFALSE;
+    if ( fLabels[i] != inTracklet->fLabels[i] ) return kFALSE;
+  }
   
-  printf("  fC      =%f\n", fC);        
-  printf("  fCC     =%f\n",fCC);      
-  printf("  fChi2   =%f\n", fChi2);  
-  printf("  fChi2Z  =%f\n", fChi2Z);
+/*  if ( fMeanz != inTracklet->GetMeanz() ) return kFALSE;
+  if ( fZProb != inTracklet->GetZProb() ) return kFALSE;*/
+  if ( fN != inTracklet->fN ) return kFALSE;
+  //if ( fNUsed != inTracklet->fNUsed ) return kFALSE;
+  //if ( fFreq != inTracklet->GetFreq() ) return kFALSE;
+  //if ( fNChange != inTracklet->GetNChange() ) return kFALSE;
+   
+  if ( TMath::Abs(fC[0] - inTracklet->fC[0])>1.e-10 ) return kFALSE;
+  //if ( fCC != inTracklet->GetCC() ) return kFALSE;
+  if ( TMath::Abs(fChi2 - inTracklet->fChi2)>1.e-10 ) return kFALSE;
+  //  if ( fChi2Z != inTracklet->GetChi2Z() ) return kFALSE;
+
+  if ( fDet != inTracklet->fDet ) return kFALSE;
+  if ( TMath::Abs(fPt - inTracklet->fPt)>1.e-10 ) return kFALSE;
+  if ( TMath::Abs(fdX - inTracklet->fdX)>1.e-10 ) return kFALSE;
+  
+  for (Int_t iCluster = 0; iCluster < kNclusters; iCluster++){
+    AliTRDcluster *curCluster = fClusters[iCluster];
+    AliTRDcluster *inCluster = inTracklet->fClusters[iCluster];
+    if (curCluster && inCluster){
+      if (! curCluster->IsEqual(inCluster) ) {
+        curCluster->Print();
+        inCluster->Print();
+        return kFALSE;
+      }
+    } else {
+      // if one cluster exists, and corresponding 
+      // in other tracklet doesn't - return kFALSE
+      if(curCluster || inCluster) return kFALSE;
+    }
+  }
+  return kTRUE;
 }