]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - TRD/AliTRDtrack.cxx
First implementation of neural network PID
[u/mrichter/AliRoot.git] / TRD / AliTRDtrack.cxx
index 08eb86e42bab0aa73da3a7f50b241c568d520828..f2c518e8092d07df22efe216bb70a2f4be8c2d4a 100644 (file)
@@ -4,7 +4,7 @@
  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
  *                                                                        *
- * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
+ * Permission to use   , copy, modify and distribute this software and its   *
  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
 /* $Id$ */
 
 #include <Riostream.h>
+
 #include <TMath.h>
 #include <TVector2.h>
 
 #include "AliTracker.h"
 #include "AliESDtrack.h"
+
 #include "AliTRDgeometry.h" 
 #include "AliTRDcluster.h" 
 #include "AliTRDtrack.h"
 #include "AliTRDtracklet.h"
 
+// A. Bercuci - used for PID calculations
+#include "AliTRDcalibDB.h"
+#include "Cal/AliTRDCalPID.h"
+
 ClassImp(AliTRDtrack)
 
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
@@ -35,258 +41,317 @@ ClassImp(AliTRDtrack)
 //                                                                           //
 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
-AliTRDtrack::AliTRDtrack():
-  AliKalmanTrack(),
-  fSeedLab(-1),
-  fdEdx(0),
-  fdEdxT(0),
-  fDE(0),
-  fStopped(kFALSE),
-  fLhElectron(0),
-  fNWrong(0),
-  fNRotate(0),
-  fNCross(0),
-  fNExpected(0),
-  fNLast(0),
-  fNExpectedLast(0),
-  fNdedx(0),
-  fChi2Last(1e10),
-  fBackupTrack(0x0)
+//_____________________________________________________________________________
+AliTRDtrack::AliTRDtrack()
+  :AliKalmanTrack()
+  ,fSeedLab(-1)
+  ,fdEdx(0)
+  ,fDE(0)
+  ,fClusterOwner(kFALSE)
+  ,fStopped(kFALSE)
+  ,fLhElectron(0)
+  ,fNWrong(0)
+  ,fNRotate(0)
+  ,fNCross(0)
+  ,fNExpected(0)
+  ,fNLast(0)
+  ,fNExpectedLast(0)
+  ,fNdedx(0)
+  ,fChi2Last(1e10)
+  ,fBackupTrack(0x0)
 {
-  for (Int_t i=0; i<kNplane; i++) {
-    for (Int_t j=0; j<kNslice; j++) {
-      fdEdxPlane[i][j] = 0;
+  //
+  // AliTRDtrack default constructor
+  //
+
+  for (Int_t i = 0; i < kNplane; i++) {
+    for (Int_t j = 0; j < kNslice; j++) {
+      fdEdxPlane[i][j] = 0.0;
     }
     fTimBinPlane[i] = -1;
+    fMom[i]         = -1.;
+    fSnp[i]         = 0.;
+    fTgl[i]         = 0.;
   }
-  for (UInt_t i=0; i<kMAXCLUSTERSPERTRACK; i++) {
-    fIndex[i] = 0;
+
+  for (UInt_t i = 0; i < kMAXCLUSTERSPERTRACK; i++) {
+    fIndex[i]       = 0;
     fIndexBackup[i] = 0;
-    fdQdl[i] = 0;
+    fdQdl[i]        = 0;
+    fClusters[i]    = 0x0;
+  }
+
+  for (Int_t i = 0; i < 3; i++) {
+    fBudget[i] = 0;
   }
-  for (Int_t i=0; i<3; i++) fBudget[i] = 0;
+
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliTRDtrack::AliTRDtrack(const AliTRDcluster *c, Int_t index, 
-                         const Double_t p[5], const Double_t cov[15], 
-                         Double_t x, Double_t alpha) : 
-  AliKalmanTrack(),
-  fSeedLab(-1),
-  fdEdx(0),
-  fdEdxT(0),
-  fDE(0),
-  fStopped(kFALSE),
-  fLhElectron(0),
-  fNWrong(0),
-  fNRotate(0),
-  fNCross(0),
-  fNExpected(0),
-  fNLast(0),
-  fNExpectedLast(0),
-  fNdedx(0),
-  fChi2Last(1e10),
-  fBackupTrack(0x0) 
+AliTRDtrack::AliTRDtrack(AliTRDcluster *c, Int_t index
+                       , const Double_t p[5], const Double_t cov[15] 
+                       , Double_t x, Double_t alpha)
+  :AliKalmanTrack()
+  ,fSeedLab(-1)
+  ,fdEdx(0)
+  ,fDE(0)
+  ,fClusterOwner(kFALSE)
+  ,fStopped(kFALSE)
+  ,fLhElectron(0)
+  ,fNWrong(0)
+  ,fNRotate(0)
+  ,fNCross(0)
+  ,fNExpected(0)
+  ,fNLast(0)
+  ,fNExpectedLast(0)
+  ,fNdedx(0)
+  ,fChi2Last(1e10)
+  ,fBackupTrack(0x0)
 {
-  //-----------------------------------------------------------------
-  // This is the main track constructor.
-  //-----------------------------------------------------------------
-  Double_t cnv=1./(GetBz()*kB2C);
-
-  Double_t pp[5]={
-    p[0],
-    p[1],
-    x*p[4] - p[2],
-    p[3],
-    p[4]*cnv
-  };
-
-  Double_t c22 = x*x*cov[14] - 2*x*cov[12] + cov[5];
-  Double_t c32 = x*cov[13] - cov[8];
-  Double_t c20 = x*cov[10] - cov[3], 
-           c21 = x*cov[11] - cov[4], c42 = x*cov[14] - cov[12];
-
-  Double_t cc[15]={
-    cov[0 ],
-    cov[1 ],     cov[2 ],
-    c20,         c21,         c22,
-    cov[6 ],     cov[7 ],     c32,     cov[9 ],
-    cov[10]*cnv, cov[11]*cnv, c42*cnv, cov[13]*cnv, cov[14]*cnv*cnv
-  };
+  //
+  // The main AliTRDtrack constructor.
+  //
 
-  Set(x,alpha,pp,cc);
+  Double_t cnv   = 1.0 / (GetBz() * kB2C);
+
+  Double_t pp[5] = { p[0]    
+                   , p[1]
+                   , x*p[4] - p[2]
+                   , p[3]
+                   , p[4]*cnv      };
 
+  Double_t c22 = x*x*cov[14] - 2*x*cov[12] + cov[ 5];
+  Double_t c32 =   x*cov[13] -     cov[ 8];
+  Double_t c20 =   x*cov[10] -     cov[ 3];
+  Double_t c21 =   x*cov[11] -     cov[ 4];
+  Double_t c42 =   x*cov[14] -     cov[12];
+
+  Double_t cc[15] = { cov[ 0]
+                    , cov[ 1],     cov[ 2]
+                    , c20,         c21,         c22
+                    , cov[ 6],     cov[ 7],     c32,     cov[ 9]
+                    , cov[10]*cnv, cov[11]*cnv, c42*cnv, cov[13]*cnv, cov[14]*cnv*cnv };
+
+  Set(x,alpha,pp,cc);
   SetNumberOfClusters(1);
-  fIndex[0]=index;
+  fIndex[0]    = index;
+  fClusters[0] = c;
 
-  for (Int_t i=0;i<kNplane;i++){
-    for (Int_t j=0; j<kNslice; j++) {
-      fdEdxPlane[i][j] = 0;
+  for (Int_t i = 0; i < kNplane; i++) {
+    for (Int_t j = 0; j < kNslice; j++) {
+      fdEdxPlane[i][j] = 0.0;
     }
     fTimBinPlane[i] = -1;
+    fMom[i]         = -1.;
+    fSnp[i]         =  0.;
+    fTgl[i]         =  0.;
   }
 
   Double_t q = TMath::Abs(c->GetQ());
-  Double_t s = GetSnp(), t=GetTgl();
-  if(s*s < 1) q *= TMath::Sqrt((1-s*s)/(1+t*t));
+  Double_t s = GetSnp();
+  Double_t t = GetTgl();
+  if (s*s < 1) {
+    q *= TMath::Sqrt((1-s*s)/(1+t*t));
+  }
+
+  fdQdl[0] = q;        
+  for (UInt_t i = 1; i < kMAXCLUSTERSPERTRACK; i++) {
+    fdQdl[i]        = 0;
+    fIndex[i]       = 0;
+    fIndexBackup[i] = 0;
+    fClusters[i]    = 0x0;
+  }
 
-  fdQdl[0] = q;  
-  // initialisation [SR, GSI 18.02.2003] (i startd for 1)
-  for(UInt_t i=1; i<kMAXCLUSTERSPERTRACK; i++) {
-    fdQdl[i] = 0;
-    fIndex[i] = 0;
-    fIndexBackup[i] = 0;  //backup indexes MI    
+  for (Int_t i = 0; i < 3;i++) {
+    fBudget[i]      = 0;
   }
-  for (Int_t i=0;i<3;i++) fBudget[i]=0;
+
 }                              
            
 //_____________________________________________________________________________
-AliTRDtrack::AliTRDtrack(const AliTRDtrack& t) : 
-  AliKalmanTrack(t), 
-  fSeedLab(t.GetSeedLabel()),
-  fdEdx(t.fdEdx),
-  fdEdxT(t.fdEdx),
-  fDE(t.fDE),
-  fStopped(t.fStopped),
-  fLhElectron(0),
-  fNWrong(t.fNWrong),
-  fNRotate(t.fNRotate),
-  fNCross(t.fNCross),
-  fNExpected(t.fNExpected),
-  fNLast(t.fNLast),
-  fNExpectedLast(t.fNExpectedLast),
-  fNdedx(t.fNdedx),
-  fChi2Last(t.fChi2Last),
-  fBackupTrack(0x0) 
+AliTRDtrack::AliTRDtrack(const AliTRDtrack &t/*, const Bool_t owner*/)
+  :AliKalmanTrack(t) 
+  ,fSeedLab(t.GetSeedLabel())
+  ,fdEdx(t.fdEdx)
+  ,fDE(t.fDE)
+  ,fClusterOwner(kTRUE)
+  ,fStopped(t.fStopped)
+  ,fLhElectron(0)
+  ,fNWrong(t.fNWrong)
+  ,fNRotate(t.fNRotate)
+  ,fNCross(t.fNCross)
+  ,fNExpected(t.fNExpected)
+  ,fNLast(t.fNLast)
+  ,fNExpectedLast(t.fNExpectedLast)
+  ,fNdedx(t.fNdedx)
+  ,fChi2Last(t.fChi2Last)
+  ,fBackupTrack(0x0)
 {
   //
   // Copy constructor.
   //
-  for (Int_t i=0;i<kNplane;i++){
-    for (Int_t j=0; j<kNslice; j++) {
+
+  for (Int_t i = 0; i < kNplane; i++) {
+    for (Int_t j = 0; j < kNslice; j++) {
       fdEdxPlane[i][j] = t.fdEdxPlane[i][j];
     }
     fTimBinPlane[i] = t.fTimBinPlane[i];
     fTracklets[i]   = t.fTracklets[i];
+    fMom[i]         = t.fMom[i];
+    fSnp[i]         = t.fSnp[i];
+    fTgl[i]         = t.fTgl[i];
   }
 
-  Int_t n=t.GetNumberOfClusters(); 
+  Int_t n = t.GetNumberOfClusters(); 
   SetNumberOfClusters(n);
-  for (Int_t i=0; i<n; i++) {
-    fIndex[i]=t.fIndex[i];
-    fIndexBackup[i]=t.fIndex[i];  // MI - backup indexes
-    fdQdl[i]=t.fdQdl[i];
+
+  for (Int_t i = 0; i < n; i++) {
+    fIndex[i]       = t.fIndex[i];
+    fIndexBackup[i] = t.fIndex[i];
+    fdQdl[i]        = t.fdQdl[i];
+    if (fClusterOwner && t.fClusters[i]) {
+      fClusters[i] = new AliTRDcluster(*(t.fClusters[i]));
+    }
+    else {
+      fClusters[i] = t.fClusters[i];
+    }
   }
 
-  // initialisation (i starts from n) [SR, GSI, 18.02.2003]
-  for(UInt_t i=n; i<kMAXCLUSTERSPERTRACK; i++) {
-    fdQdl[i] = 0;
-    fIndex[i] = 0;
-    fIndexBackup[i] = 0;  //MI backup indexes
+  for (UInt_t i = n; i < kMAXCLUSTERSPERTRACK; i++) {
+    fdQdl[i]        = 0;
+    fIndex[i]       = 0;
+    fIndexBackup[i] = 0;
+    fClusters[i]    = 0x0;
   }
-  for (Int_t i=0;i<3;i++) fBudget[i]=t.fBudget[i];
+
+  for (Int_t i = 0; i < 3;i++) {
+    fBudget[i]      = t.fBudget[i];
+  }
+
 }                                
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliTRDtrack::AliTRDtrack(const AliKalmanTrack& t, Double_t /*alpha*/): 
-  AliKalmanTrack(t), 
-  fSeedLab(-1),
-  fdEdx(t.GetPIDsignal()),
-  fdEdxT(0),
-  fDE(0),
-  fStopped(kFALSE),
-  fLhElectron(0.0),
-  fNWrong(0),
-  fNRotate(0),
-  fNCross(0),
-  fNExpected(0),
-  fNLast(0),
-  fNExpectedLast(0),
-  fNdedx(0),
-  fChi2Last(0.0),
-  fBackupTrack(0x0)
+AliTRDtrack::AliTRDtrack(const AliKalmanTrack &t, Double_t /*alpha*/) 
+  :AliKalmanTrack(t) 
+  ,fSeedLab(-1)
+  ,fdEdx(t.GetPIDsignal())
+  ,fDE(0)
+  ,fClusterOwner(kFALSE)
+  ,fStopped(kFALSE)
+  ,fLhElectron(0.0)
+  ,fNWrong(0)
+  ,fNRotate(0)
+  ,fNCross(0)
+  ,fNExpected(0)
+  ,fNLast(0)
+  ,fNExpectedLast(0)
+  ,fNdedx(0)
+  ,fChi2Last(0.0)
+  ,fBackupTrack(0x0)
 {
   //
-  // Constructor from AliTPCtrack or AliITStrack .
+  // Constructor from AliTPCtrack or AliITStrack
   //
 
   SetLabel(t.GetLabel());
-  SetChi2(0.);
+  SetChi2(0.0);
   SetMass(t.GetMass());
   SetNumberOfClusters(0);
 
-  for (Int_t i=0;i<kNplane;i++){
-    for (Int_t j=0;j<kNslice;j++){
+  for (Int_t i = 0; i < kNplane; i++) {
+    for (Int_t j = 0; j < kNslice; j++) {
       fdEdxPlane[i][j] = 0.0;
     }
     fTimBinPlane[i] = -1;
+    fMom[i]         = -1.;
+    fSnp[i]         =  0.;
+    fTgl[i]         =  0.;
   }
 
-  // Initialization [SR, GSI, 18.02.2003]
-  for(UInt_t i=0; i<kMAXCLUSTERSPERTRACK; i++) {
-    fdQdl[i] = 0;
-    fIndex[i] = 0;
-    fIndexBackup[i] = 0;  // MI backup indexes    
+  for (UInt_t i = 0; i < kMAXCLUSTERSPERTRACK; i++) {
+    fdQdl[i]        = 0;
+    fIndex[i]       = 0;
+    fIndexBackup[i] = 0;
+    fClusters[i]    = 0x0;
   }
   
-  for (Int_t i=0;i<3;i++) { fBudget[i]=0;};
+  for (Int_t i = 0; i < 3; i++) { 
+    fBudget[i]      = 0;
+  }
+
 }              
 
 //_____________________________________________________________________________
-AliTRDtrack::AliTRDtrack(const AliESDtrack &t):
-  AliKalmanTrack(), 
-  fSeedLab(-1),
-  fdEdx(t.GetTRDsignal()),
-  fdEdxT(0),
-  fDE(0),
-  fStopped(kFALSE),
-  fLhElectron(0),
-  fNWrong(0),
-  fNRotate(0),
-  fNCross(0),
-  fNExpected(0),
-  fNLast(0),
-  fNExpectedLast(0),
-  fNdedx(0),
-  fChi2Last(1e10),
-  fBackupTrack(0x0)
+AliTRDtrack::AliTRDtrack(const AliESDtrack &t)
+  :AliKalmanTrack()
+  ,fSeedLab(-1)
+  ,fdEdx(t.GetTRDsignal())
+  ,fDE(0)
+  ,fClusterOwner(kFALSE)
+  ,fStopped(kFALSE)
+  ,fLhElectron(0)
+  ,fNWrong(0)
+  ,fNRotate(0)
+  ,fNCross(0)
+  ,fNExpected(0)
+  ,fNLast(0)
+  ,fNExpectedLast(0)
+  ,fNdedx(0)
+  ,fChi2Last(1e10)
+  ,fBackupTrack(0x0)
 {
   //
   // Constructor from AliESDtrack
   //
+
   SetLabel(t.GetLabel());
-  SetChi2(0.);
+  SetChi2(0.0);
   SetMass(t.GetMass());
   SetNumberOfClusters(t.GetTRDclusters(fIndex)); 
 
   Int_t ncl = t.GetTRDclusters(fIndexBackup);
-  for (UInt_t i=ncl;i<kMAXCLUSTERSPERTRACK;i++) {
-    fIndexBackup[i]=0;
-    fIndex[i] = 0; //MI store indexes
+  for (UInt_t i = ncl; i < kMAXCLUSTERSPERTRACK; i++) {
+    fIndexBackup[i] = 0;
+    fIndex[i]       = 0;
   }
-  for (Int_t i=0;i<kNplane;i++){
-    for (Int_t j=0;j<kNslice;j++){
+
+  for (Int_t i = 0; i < kNplane; i++) {
+    for (Int_t j = 0; j < kNslice; j++) {
       fdEdxPlane[i][j] = t.GetTRDsignals(i,j);
     }
     fTimBinPlane[i] = t.GetTRDTimBin(i);
+    fMom[i]         = -1.;
+    fSnp[i]         =  0.;
+    fTgl[i]         =  0.;
   }
 
-
-  const AliExternalTrackParam *par=&t;
-  if (t.GetStatus()&AliESDtrack::kTRDbackup) { 
-    par=t.GetOuterParam();
-    if (!par) {AliError("***** No backup info !!! ****"); par=&t;}
+  const AliExternalTrackParam *par = &t;
+  if (t.GetStatus() & AliESDtrack::kTRDbackup) { 
+    par = t.GetOuterParam();
+    if (!par) {
+      AliError("No backup info!"); 
+      par = &t;
+    }
   }
   Set(par->GetX(),par->GetAlpha(),par->GetParameter(),par->GetCovariance());
 
-  
-  for (UInt_t i=0; i<kMAXCLUSTERSPERTRACK; i++) fdQdl[i] = 0;
+  for (UInt_t i = 0; i < kMAXCLUSTERSPERTRACK; i++) {
+    fdQdl[i]     = 0;
+    fClusters[i] = 0x0;
+  }
 
-  for (Int_t i=0;i<3;i++) fBudget[i]=0;
+  for (Int_t i = 0; i < 3; i++) {
+    fBudget[i] = 0;
+  }
+
+  if ((t.GetStatus() & AliESDtrack::kTIME) == 0) {
+    return;
+  }
 
-  if ((t.GetStatus()&AliESDtrack::kTIME) == 0) return;
   StartTimeIntegral();
-  Double_t times[10]; t.GetIntegratedTimes(times); SetIntegratedTimes(times);
+  Double_t times[10]; 
+  t.GetIntegratedTimes(times); 
+  SetIntegratedTimes(times);
   SetIntegratedLength(t.GetIntegratedLength());
 
 }  
@@ -298,8 +363,18 @@ AliTRDtrack::~AliTRDtrack()
   // Destructor
   //
 
-  if (fBackupTrack) delete fBackupTrack;
-  fBackupTrack = 0;
+  if (fBackupTrack) {
+    delete fBackupTrack;
+  }
+  fBackupTrack = 0x0;
+  if (fClusterOwner) {
+    UInt_t icluster = 0;
+    while ((icluster < kMAXCLUSTERSPERTRACK) && fClusters[icluster]) {
+      delete fClusters[icluster];
+      fClusters[icluster] = 0x0;
+      icluster++;
+    }
+  }
 
 }
 
@@ -310,19 +385,30 @@ Float_t AliTRDtrack::StatusForTOF()
   // Defines the status of the TOF extrapolation
   //
 
-  Float_t res = (0.2 + 0.8*(fN/(fNExpected+5.)))*(0.4+0.6*fTracklets[5].GetN()/20.);
-  res *= (0.25+0.8*40./(40.+fBudget[2]));
+  // Definition of res ????
+  Float_t res = (0.2 + 0.8 * (fN / (fNExpected + 5.0)))
+                     * (0.4 + 0.6 * fTracklets[5].GetN() / 20.0);
+  res *= (0.25 + 0.8 * 40.0 / (40.0 + fBudget[2]));
   return res;
 
-  Int_t status=0;
-  if (GetNumberOfClusters()<20) return 0;   //
-  if (fN>110&&fChi2/(Float_t(fN))<3) return 3;            //gold
-  if (fNLast>30&&fChi2Last/(Float_t(fNLast))<3) return 3; //gold
-  if (fNLast>20&&fChi2Last/(Float_t(fNLast))<2) return 3; //gold
-  if (fNLast/(fNExpectedLast+3.)>0.8 && fChi2Last/Float_t(fNLast)<5&&fNLast>20) return 2; //silber
-  if (fNLast>5 &&((fNLast+1.)/(fNExpectedLast+1.))>0.8&&fChi2Last/(fNLast-5.)<6)   return 1; 
-  
-  return status;
+  // This part of the function is never reached ????
+  // What defines these parameters ????
+  //Int_t status = 0;
+  //if (GetNumberOfClusters()                <  20)  return 0;
+  //if ((fN                                  > 110) && 
+  //    (fChi2/(Float_t(fN))                 <   3)) return 3; // Gold
+  //if ((fNLast                              >  30) &&
+  //    (fChi2Last/(Float_t(fNLast))         <   3)) return 3; // Gold
+  //if ((fNLast                              >  20) &&
+  //    (fChi2Last/(Float_t(fNLast))         <   2)) return 3; // Gold
+  //if ((fNLast/(fNExpectedLast+3.0)         > 0.8) && 
+  //    (fChi2Last/Float_t(fNLast)           <   5) && 
+  //    (fNLast                              >  20)) return 2; // Silver
+  //if ((fNLast                              >   5) &&
+  //    (((fNLast+1.0)/(fNExpectedLast+1.0)) > 0.8) && 
+  //    (fChi2Last/(fNLast-5.0)              <   6)) return 1; 
+  //
+  //return status;
 
 }
 
@@ -334,8 +420,6 @@ Int_t AliTRDtrack::Compare(const TObject *o) const
   //
 
   AliTRDtrack *t = (AliTRDtrack *) o;
-  //  Double_t co=t->GetSigmaY2();
-  //  Double_t c =GetSigmaY2();
 
   Double_t co = TMath::Abs(t->GetC());
   Double_t c  = TMath::Abs(GetC());  
@@ -357,98 +441,363 @@ void AliTRDtrack::CookdEdx(Double_t low, Double_t up)
   // Calculates the truncated dE/dx within the "low" and "up" cuts.
   //
 
-  Int_t   i  = 0;
-
   // Array to sort the dEdx values according to amplitude
   Float_t sorted[kMAXCLUSTERSPERTRACK];
+  fdEdx = 0.;
+       
+  // Require at least 10 clusters for a dedx measurement
+  if (fNdedx < 10) return;
 
-  // Number of clusters used for dedx
-  Int_t   nc = fNdedx; 
+  // Can fdQdl be negative ????
+  for (Int_t i = 0; i < fNdedx; i++) {
+    sorted[i] = TMath::Abs(fdQdl[i]);
+  }
+  // Sort the dedx values by amplitude
+  Int_t *index = new Int_t[fNdedx];
+  TMath::Sort(fNdedx, sorted, index, kFALSE);
+
+  // Sum up the truncated charge between lower and upper bounds 
+  Int_t nl = Int_t(low * fNdedx);
+  Int_t nu = Int_t( up * fNdedx);
+  for (Int_t i = nl; i <= nu; i++) {
+    fdEdx += sorted[index[i]];
+  }
+  fdEdx /= (nu - nl + 1.0);
 
-  // Require at least 10 clusters for a dedx measurement
-  if (nc < 10) {
-    SetdEdx(0);
-    return;
+  delete[] index;
+
+}                     
+
+//_____________________________________________________________________________
+void AliTRDtrack::CookdEdxTimBin(const Int_t/* tid*/)
+{
+  //
+  // Set fdEdxPlane and fTimBinPlane and also get the 
+  // Time bin for Max. Cluster
+  //
+  // Authors:
+  // Prashant Shukla (shukla@physi.uni-heidelberg.de)
+  // Alexandru Bercuci (A.Bercuci@gsi.de)
+  //
+
+  Double_t  maxcharge[AliESDtrack::kNPlane]; // max charge in chamber
+  // Number of clusters attached to track per chamber and slice
+  Int_t     nCluster[AliESDtrack::kNPlane][AliESDtrack::kNSlice];
+  // Number of time bins in chamber
+  Int_t ntb = AliTRDcalibDB::Instance()->GetNumberOfTimeBins();
+  Int_t plane;                  // Plane of current cluster
+  Int_t tb;                     // Time bin of current cluster
+  Int_t slice;                  // Current slice
+  AliTRDcluster *cluster = 0x0; // Pointer to current cluster
+
+  // Reset class and local counters/variables
+  for (Int_t iPlane = 0; iPlane < AliESDtrack::kNPlane; iPlane++) {
+    fTimBinPlane[iPlane] = -1;
+    maxcharge[iPlane]    = 0.;
+    for (Int_t iSlice = 0; iSlice < AliESDtrack::kNSlice; iSlice++) {
+      fdEdxPlane[iPlane][iSlice] = 0.;
+      nCluster[iPlane][iSlice]   = 0;
+    }
   }
 
-  // Lower and upper bound
-  Int_t nl = Int_t(low * nc);
-  Int_t nu = Int_t( up * nc);
+  // Start looping over clusters attached to this track
+  for (Int_t iClus = 0; iClus < GetNumberOfClusters(); iClus++) {
 
-  // Can fdQdl be negative ????
-  for (i = 0; i < nc; i++) {
-    sorted[i] = TMath::Abs(fdQdl[i]);
+    cluster = fClusters[iClus]; //(AliTRDcluster*)tracker->GetCluster(fIndex[iClus]);
+    if(!cluster) continue;
+
+    // Read info from current cluster
+    plane  = AliTRDgeometry::GetPlane(cluster->GetDetector());
+    if (plane < 0 || plane >= AliESDtrack::kNPlane) {
+      AliError(Form("Wrong plane %d", plane));
+      continue;
+    }
+
+    tb     = cluster->GetLocalTimeBin();
+    if ((tb == 0) || (tb >= ntb)) {
+      AliWarning(Form("time bin 0 or > %d in cluster %d", ntb, iClus));
+      AliInfo(Form("dQ/dl %f", fdQdl[iClus]));
+      continue;
+    }
+       
+    slice = tb * AliESDtrack::kNSlice / ntb;
+
+    fdEdxPlane[plane][slice] += fdQdl[iClus];
+    if (fdQdl[iClus] > maxcharge[plane]) {
+      maxcharge[plane]    = fdQdl[iClus];
+      fTimBinPlane[plane] = tb;
+    }
+
+    nCluster[plane][slice]++;
+
+  } // End of loop over cluster
+       
+  // Normalize fdEdxPlane to number of clusters and set track segments
+  for (Int_t iPlane = 0; iPlane < AliESDtrack::kNPlane; iPlane++) {
+    for (Int_t iSlice = 0; iSlice < AliESDtrack::kNSlice; iSlice++) {
+      if (nCluster[iPlane][iSlice]) {
+        fdEdxPlane[iPlane][iSlice] /= nCluster[iPlane][iSlice];
+      }
+    }
   }
 
-  // Sort the dedx values by amplitude
-  Int_t *index = new Int_t[nc];
-  TMath::Sort(nc,sorted,index,kFALSE);
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+void   AliTRDtrack::CookdEdxNN(Float_t *dedx){
+
+  // This function calcuates the input for the neural networks 
+  // which are used for the PID. 
+
+       Int_t ntb = AliTRDcalibDB::Instance()->GetNumberOfTimeBins();//number of time bins in chamber
+       Int_t plane;   // plane of current cluster
+       Int_t tb;      // time bin of current cluster
+       Int_t slice;   // curent slice
+       AliTRDcluster *cluster = 0x0; // pointer to current cluster
+       const Int_t lMLPscale = 16000; // scaling of the MLP input to be smaller than 1
+
+       // Reset class and local contors/variables
+       for (Int_t iPlane = 0; iPlane < AliESDtrack::kNPlane; iPlane++){
+         for (Int_t iSlice = 0; iSlice < kNMLPslice; iSlice++) {
+           *(dedx + (kNMLPslice * iPlane) + iSlice) = 0.;
+         }
+       }
+
+       // start looping over clusters attached to this track
+       for (Int_t iClus = 0; iClus < GetNumberOfClusters(); iClus++) {
+         cluster = fClusters[iClus]; //(AliTRDcluster*)tracker->GetCluster(fIndex[iClus]);
+         if(!cluster) continue;
+         
+         // Read info from current cluster
+         plane  = AliTRDgeometry::GetPlane(cluster->GetDetector());
+         if (plane < 0 || plane >= AliESDtrack::kNPlane) {
+           AliError(Form("Wrong plane %d", plane));
+           continue;
+         }
+
+         tb     = cluster->GetLocalTimeBin();
+         if(tb == 0 || tb >= ntb){
+           AliWarning(Form("time bin 0 or > %d in cluster %d", ntb, iClus));
+           AliInfo(Form("dQ/dl %f", fdQdl[iClus]));
+           continue;
+         }
+
+         slice   = tb * kNMLPslice / ntb;
+         
+         *(dedx+(kNMLPslice * plane) + slice) += fdQdl[iClus]/lMLPscale;
+       } // End of loop over cluster
+        
+}
+
+
+//_____________________________________________________________________________
+void   AliTRDtrack::SetTrackSegmentDirMom(const Int_t plane)
+{
+  //
+  // Set the momenta for a track segment in a given plane
+  //
 
-  // Sum up the truncated charge between nl and nu  
-  Float_t dedx = 0.0;
-  for (i = nl; i <= nu; i++) {
-    dedx += sorted[index[i]];
+  if ((plane <       0) || 
+      (plane>= kNplane)) {
+    AliError(Form("Trying to access out of range plane (%d)", plane));
+    return;
   }
-  dedx /= (nu - nl + 1.0);
-  SetdEdx(dedx);
+       
+  fSnp[plane] = GetSnp();
+  fTgl[plane] = GetTgl();
+  Double_t p[3]; 
+  GetPxPyPz(p);
+  fMom[plane] = TMath::Sqrt(p[0]*p[0] + p[1]*p[1] + p[2]*p[2]);
 
-}                     
+}
+
+//_____________________________________________________________________________
+Float_t        AliTRDtrack::GetTrackLengthPlane(Int_t plane) const
+{
+  //
+  // Calculate the track length of a track segment in a given plane
+  //
+
+  if ((plane < 0) || (plane >= kNplane)) return 0.;
+
+  return (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick())
+        / TMath::Sqrt((1.0 - fSnp[plane]*fSnp[plane]) 
+                    / (1.0 + fTgl[plane]*fTgl[plane]));
+
+}
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliTRDtrack::PropagateTo(Double_t xk,Double_t x0,Double_t rho)
+Bool_t AliTRDtrack::CookPID(Int_t &pidQuality)
 {
-  // Propagates a track of particle with mass=pm to a reference plane 
-  // defined by x=xk through media of density=rho and radiationLength=x0
-
-  if (xk == GetX()) return kTRUE;
-
-  Double_t oldX=GetX(), oldY=GetY(), oldZ=GetZ();
-
-  Double_t bz=GetBz();
-  if (!AliExternalTrackParam::PropagateTo(xk,bz)) return kFALSE;
-
-  Double_t x=GetX(), y=GetY(), z=GetZ();
- Double_t d=TMath::Sqrt((x-oldX)*(x-oldX)+(y-oldY)*(y-oldY)+(z-oldZ)*(z-oldZ));
-  if (oldX < xk)
-  if (IsStartedTimeIntegral()) {
-    Double_t l2=d;
-    Double_t crv=GetC();
-    if (TMath::Abs(l2*crv)>0.0001){
-      // make correction for curvature if neccesary
-      l2 = 0.5*TMath::Sqrt((x-oldX)*(x-oldX) + (y-oldY)*(y-oldY));
-      l2 = 2*TMath::ASin(l2*crv)/crv;
-      l2 = TMath::Sqrt(l2*l2+(z-oldZ)*(z-oldZ));
+  //
+  // This function calculates the PID probabilities based on TRD signals
+  //
+  // The method produces probabilities based on the charge
+  // and the position of the maximum time bin in each layer.
+  // The dE/dx information can be used as global charge or 2 to 3
+  // slices. Check AliTRDCalPID and AliTRDCalPIDRefMaker for the actual
+  // implementation.
+  //
+  // Author
+  // Alex Bercuci (A.Bercuci@gsi.de) 2nd May 2007
+  //
+
+  AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
+  if (!calibration) {
+    AliError("No access to calibration data");
+    return kFALSE;
+  }
+       
+  // Retrieve the CDB container class with the probability distributions
+  const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fPIDmethod == kNN ? 0 : 1);
+  if (!pd) {
+    AliError("No access to AliTRDCalPID");
+    return kFALSE;
+  }
+
+  // Calculate the input for the NN if fPIDmethod is kNN
+  Float_t ldEdxNN[AliTRDCalPID::kNPlane * kNMLPslice], *dedx = 0x0;
+  if(fPIDmethod == kNN) {
+    CookdEdxNN(&ldEdxNN[0]);
+  }
+
+  // Sets the a priori probabilities
+  for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) {
+    fPID[ispec] = 1./AliPID::kSPECIES; 
+  }
+
+
+  if(AliPID::kSPECIES != 5){
+    AliError("Probabilities array defined only for 5 values. Please modify !!");
+    return kFALSE;
+  }
+
+
+  pidQuality = 0;
+  Float_t length;  // track segment length in chamber
+
+  // Skip tracks which have no TRD signal at all
+  if (fdEdx == 0.) return kFALSE;
+       
+  for (Int_t iPlane = 0; iPlane < AliTRDgeometry::kNplan; iPlane++) {
+
+    length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick())/TMath::Sqrt((1. - fSnp[iPlane]*fSnp[iPlane]) / (1. + fTgl[iPlane]*fTgl[iPlane]));
+
+    // check data
+    if((fdEdxPlane[iPlane][0] + fdEdxPlane[iPlane][1] + fdEdxPlane[iPlane][2]) <=  0.
+       || fTimBinPlane[iPlane] == -1.) continue;
+
+    // this track segment has fulfilled all requierments
+    pidQuality++;
+
+    // Get the probabilities for the different particle species
+    for (Int_t iSpecies = 0; iSpecies < AliPID::kSPECIES; iSpecies++) {
+      switch(fPIDmethod){
+      case kLQ:
+       dedx = fdEdxPlane[iPlane];
+       break;
+      case kNN:
+       dedx = &ldEdxNN[iPlane*kNMLPslice];
+       break;
+      }
+      fPID[iSpecies] *= pd->GetProbability(iSpecies, fMom[iPlane], dedx, length, iPlane);
     }
-    AddTimeStep(l2);
   }
+  if(pidQuality == 0) return kTRUE;
 
-  Double_t ll = (oldX < xk) ? -d : d;
-  if (!AliExternalTrackParam::CorrectForMaterial(ll*rho/x0,x0,GetMass())) 
-     return kFALSE;
+  // normalize probabilities
+  Double_t probTotal = 0.;
+  for (Int_t iSpecies = 0; iSpecies < AliPID::kSPECIES; iSpecies++) probTotal += fPID[iSpecies];
+
+  if(probTotal <= 0.) {
+    AliWarning("The total probability over all species <= 0. This may be caused by some error in the reference histograms.");
+    return kFALSE;
+  }
+  for(Int_t iSpecies = 0; iSpecies < AliPID::kSPECIES; iSpecies++) fPID[iSpecies] /= probTotal;
+       
+  return kTRUE;
+}
 
-  {//Energy losses************************
-  Double_t p2=(1.+ GetTgl()*GetTgl())/(Get1Pt()*Get1Pt());
-  Double_t beta2=p2/(p2 + GetMass()*GetMass());
-  if ((5940*beta2/(1-beta2+1e-10) - beta2) < 0) return kFALSE;
 
-  Double_t dE=0.153e-3/beta2*(log(5940*beta2/(1-beta2+1e-10)) - beta2)*d*rho;
-  Float_t budget = d*rho;
-  fBudget[0] += budget;
-  /*
-  // suspicious part - think about it ?
-  Double_t kinE =  TMath::Sqrt(p2);
-  if (dE>0.8*kinE) dE = 0.8*kinE;  //      
-  if (dE<0)        dE = 0.0;       // not valid region for Bethe bloch 
-  */
+//_____________________________________________________________________________
+Bool_t AliTRDtrack::PropagateTo(Double_t xk, Double_t xx0, Double_t xrho)
+{
   //
-  fDE+=dE;
-  /*
-  // Suspicious ! I.B.
-  Double_t sigmade = 0.07*TMath::Sqrt(TMath::Abs(dE));   // energy loss fluctuation 
-  Double_t sigmac2 = sigmade*sigmade*fC*fC*(p2+GetMass()*GetMass())/(p2*p2);
-  fCcc += sigmac2;
-  fCee += fX*fX*sigmac2;  
-  */
+  // Propagates this track to a reference plane defined by "xk" [cm] 
+  // correcting for the mean crossed material.
+  //
+  // "xx0"  - thickness/rad.length [units of the radiation length] 
+  // "xrho" - thickness*density    [g/cm^2] 
+  // 
+
+  if (xk == GetX()) {
+    return kTRUE;
+  }
+
+  Double_t oldX = GetX();
+  Double_t oldY = GetY();
+  Double_t oldZ = GetZ();
+
+  Double_t bz   = GetBz();
+
+  if (!AliExternalTrackParam::PropagateTo(xk,bz)) {
+    return kFALSE;
+  }
+
+  Double_t x = GetX();
+  Double_t y = GetY();
+  Double_t z = GetZ();
+
+  if (oldX < xk) {
+    xrho = -xrho;
+    if (IsStartedTimeIntegral()) {
+      Double_t l2  = TMath::Sqrt((x-oldX)*(x-oldX) + (y-oldY)*(y-oldY) + (z-oldZ)*(z-oldZ));
+      Double_t crv = GetC();
+      if (TMath::Abs(l2*crv) > 0.0001) {
+        // Make correction for curvature if neccesary
+        l2 = 0.5 * TMath::Sqrt((x-oldX)*(x-oldX) + (y-oldY)*(y-oldY));
+        l2 = 2.0 * TMath::ASin(l2 * crv) / crv;
+        l2 = TMath::Sqrt(l2*l2 + (z-oldZ)*(z-oldZ));
+      }
+      AddTimeStep(l2);
+    }
+  }
+
+  if (!AliExternalTrackParam::CorrectForMeanMaterial(xx0,xrho,GetMass())) { 
+    return kFALSE;
+  }
+
+  {
+
+    // Energy losses************************
+    Double_t p2    = (1.0 + GetTgl()*GetTgl()) / (GetSigned1Pt()*GetSigned1Pt());
+    Double_t beta2 = p2 / (p2 + GetMass()*GetMass());
+    if (beta2<1.0e-10 || (5940.0 * beta2/(1.0 - beta2 + 1.0e-10) - beta2) < 0.0) {
+      return kFALSE;
+    }
+
+    Double_t dE    = 0.153e-3 / beta2 
+                   * (log(5940.0 * beta2/(1.0 - beta2 + 1.0e-10)) - beta2)
+                   * xrho;
+    fBudget[0] += xrho;
+
+    /*
+    // Suspicious part - think about it ?
+    Double_t kinE =  TMath::Sqrt(p2);
+    if (dE > 0.8*kinE) dE = 0.8 * kinE;  //      
+    if (dE < 0)        dE = 0.0;         // Not valid region for Bethe bloch 
+    */
+    fDE += dE;
+
+    /*
+    // Suspicious ! I.B.
+    Double_t sigmade = 0.07 * TMath::Sqrt(TMath::Abs(dE));   // Energy loss fluctuation 
+    Double_t sigmac2 = sigmade*sigmade*fC*fC*(p2+GetMass()*GetMass())/(p2*p2);
+    fCcc += sigmac2;
+    fCee += fX*fX * sigmac2;  
+    */
+
   }
 
   return kTRUE;            
@@ -456,50 +805,72 @@ Bool_t AliTRDtrack::PropagateTo(Double_t xk,Double_t x0,Double_t rho)
 }     
 
 //_____________________________________________________________________________
-Bool_t AliTRDtrack::Update(const AliTRDcluster *c, Double_t chisq, Int_t index,
-                          Double_t h01)
+Bool_t AliTRDtrack::Update(const AliTRDcluster *c, Double_t chisq, Int_t index
+                         , Double_t h01)
 {
+  //
   // Assignes found cluster to the track and updates track information
+  //
 
   Bool_t fNoTilt = kTRUE;
-  if(TMath::Abs(h01) > 0.003) fNoTilt = kFALSE;
-  // add angular effect to the error contribution -  MI
+  if (TMath::Abs(h01) > 0.003) {
+    fNoTilt = kFALSE;
+  }
+
+  // Add angular effect to the error contribution -  MI
   Float_t tangent2 = GetSnp()*GetSnp();
-  if (tangent2 < 0.90000){
-    tangent2 = tangent2/(1.-tangent2);
+  if (tangent2 < 0.90000) {
+    tangent2 = tangent2 / (1.0 - tangent2);
   }
-  //Float_t errang = tangent2*0.04; //
+  //Float_t errang = tangent2 * 0.04;
 
-  Double_t p[2]={c->GetY(), c->GetZ()};
-  //Double_t cov[3]={c->GetSigmaY2()+errang, 0., c->GetSigmaZ2()*100.};
-  Double_t sy2=c->GetSigmaY2()*4;
-  Double_t sz2=c->GetSigmaZ2()*4;
-  Double_t cov[3]={sy2 + h01*h01*sz2, h01*(sy2-sz2), sz2 + h01*h01*sy2};
+  Double_t p[2]   = {c->GetY(), c->GetZ() };
+  //Double_t cov[3] = {c->GetSigmaY2()+errang, 0.0, c->GetSigmaZ2()*100.0 };
+  Double_t sy2    = c->GetSigmaY2() * 4.0;
+  Double_t sz2    = c->GetSigmaZ2() * 4.0;
+  Double_t cov[3] = { sy2 + h01*h01*sz2, h01*(sy2-sz2), sz2 + h01*h01*sy2 };
 
-  if (!AliExternalTrackParam::Update(p,cov)) return kFALSE;
+  if (!AliExternalTrackParam::Update(p,cov)) {
+    return kFALSE;
+  }
 
-  Int_t n=GetNumberOfClusters();
-  fIndex[n]=index;
+  Int_t n   = GetNumberOfClusters();
+  fIndex[n] = index;
   SetNumberOfClusters(n+1);
 
   SetChi2(GetChi2()+chisq);
 
-  return kTRUE;     
-}                     
+  return kTRUE;
+
+}        
 
 //_____________________________________________________________________________
-Int_t AliTRDtrack::UpdateMI(const AliTRDcluster *c, Double_t chisq, Int_t index,                            Double_t h01, Int_t /*plane*/) {
+Int_t AliTRDtrack::UpdateMI(AliTRDcluster *c, Double_t chisq, Int_t index
+                          , Double_t h01, Int_t /*plane*/, Int_t tid)
+{
+  //
   // Assignes found cluster to the track and updates track information
+  //
+
   Bool_t fNoTilt = kTRUE;
-  if(TMath::Abs(h01) > 0.003) fNoTilt = kFALSE;
-  // add angular effect to the error contribution and make correction  -  MI
-  // 
+  if (TMath::Abs(h01) > 0.003) {
+    fNoTilt = kFALSE;
+  }
+
+  // Add angular effect to the error contribution and make correction  -  MI
   Double_t tangent2 = GetSnp()*GetSnp();
   if (tangent2 < 0.90000){
-    tangent2 = tangent2/(1.-tangent2);
+    tangent2 = tangent2 / (1.0-tangent2);
   }
   Double_t tangent = TMath::Sqrt(tangent2);
-  if (GetSnp()<0) tangent*=-1;
+  if (GetSnp() < 0) {
+    tangent *= -1;
+  }
+
+  //
+  // Is the following still needed ????
+  //
+
   //  Double_t correction = 0*plane;
   /*
   Double_t errang = tangent2*0.04;  //
@@ -532,139 +903,146 @@ Int_t AliTRDtrack::UpdateMI(const AliTRDcluster *c, Double_t chisq, Int_t index,
       printf("%e %e %e %e\n",dy,dz,padlength/2,h01);
     }
   */
-  Double_t p[2]={c->GetY(), c->GetZ()};
-  /*
-  Double_t cov[3]={(c->GetSigmaY2()+errang+errsys)*extend, 0., 
-                  c->GetSigmaZ2()*10000.};
-  */
-  Double_t sy2=c->GetSigmaY2()*4;
-  Double_t sz2=c->GetSigmaZ2()*4;
-  Double_t cov[3]={sy2 + h01*h01*sz2, h01*(sy2-sz2), sz2 + h01*h01*sy2};
 
-  if (!AliExternalTrackParam::Update(p,cov)) return kFALSE;
+  Double_t p[2]   = { c->GetY(), c->GetZ() };
+  //Double_t cov[3]={ (c->GetSigmaY2()+errang+errsys)*extend, 0.0, c->GetSigmaZ2()*10000.0 };
+  Double_t sy2    = c->GetSigmaY2() * 4.0;
+  Double_t sz2    = c->GetSigmaZ2() * 4.0;
+  Double_t cov[3] = { sy2 + h01*h01*sz2, h01*(sy2-sz2), sz2 + h01*h01*sy2 };
+
+  if (!AliExternalTrackParam::Update(p,cov)) {
+    return kFALSE;
+  }
 
-  Int_t n=GetNumberOfClusters();
-  fIndex[n]=index;
+  // Register cluster to track
+  Int_t n      = GetNumberOfClusters();
+  fIndex[n]    = index;
+  fClusters[n] = c;
   SetNumberOfClusters(n+1);
-  SetChi2(GetChi2()+chisq);
+  SetChi2(GetChi2() + chisq);
+
+  return kTRUE;
 
-  return kTRUE;      
 }                     
-/*
-//_____________________________________________________________________________
-Int_t AliTRDtrack::UpdateMI(const AliTRDtracklet &tracklet)
-{
-  //
-  // Assignes found tracklet to the track and updates track information
-  //
-  //
-  Double_t r00=(tracklet.GetTrackletSigma2()), r01=0., r11= 10000.;
-  r00+=fCyy; r01+=fCzy; r11+=fCzz;
-  //
-  Double_t det=r00*r11 - r01*r01;
-  Double_t tmp=r00; r00=r11/det; r11=tmp/det; r01=-r01/det;
-  //
 
-  Double_t dy=tracklet.GetY() - fY, dz=tracklet.GetZ() - fZ;
+// //_____________________________________________________________________________
+// Int_t AliTRDtrack::UpdateMI(const AliTRDtracklet &tracklet)
+// {
+//   //
+//   // Assignes found tracklet to the track and updates track information
+//   //
+//   // Can this be removed ????
+//   //
+//
+//   Double_t r00=(tracklet.GetTrackletSigma2()), r01=0., r11= 10000.;
+//   r00+=fCyy; r01+=fCzy; r11+=fCzz;
+//   //
+//   Double_t det=r00*r11 - r01*r01;
+//   Double_t tmp=r00; r00=r11/det; r11=tmp/det; r01=-r01/det;
+//   //
+
+//   Double_t dy=tracklet.GetY() - fY, dz=tracklet.GetZ() - fZ;
 
   
-  Double_t s00 = tracklet.GetTrackletSigma2();  // error pad
-  Double_t s11 = 100000;   // error pad-row
-  Float_t  h01 = tracklet.GetTilt();
-  //
-  //  r00 = fCyy + 2*fCzy*h01 + fCzz*h01*h01+s00;
-  r00 = fCyy + fCzz*h01*h01+s00;
-  //  r01 = fCzy + fCzz*h01;
-  r01 = fCzy ;
-  r11 = fCzz + s11;
-  det = r00*r11 - r01*r01;
-  // inverse matrix
-  tmp=r00; r00=r11/det; r11=tmp/det; r01=-r01/det;
-
-  Double_t k00=fCyy*r00+fCzy*r01, k01=fCyy*r01+fCzy*r11;
-  Double_t k10=fCzy*r00+fCzz*r01, k11=fCzy*r01+fCzz*r11;
-  Double_t k20=fCey*r00+fCez*r01, k21=fCey*r01+fCez*r11;
-  Double_t k30=fCty*r00+fCtz*r01, k31=fCty*r01+fCtz*r11;
-  Double_t k40=fCcy*r00+fCcz*r01, k41=fCcy*r01+fCcz*r11;
+//   Double_t s00 = tracklet.GetTrackletSigma2();  // error pad
+//   Double_t s11 = 100000;   // error pad-row
+//   Float_t  h01 = tracklet.GetTilt();
+//   //
+//   //  r00 = fCyy + 2*fCzy*h01 + fCzz*h01*h01+s00;
+//   r00 = fCyy + fCzz*h01*h01+s00;
+//   //  r01 = fCzy + fCzz*h01;
+//   r01 = fCzy ;
+//   r11 = fCzz + s11;
+//   det = r00*r11 - r01*r01;
+//   // inverse matrix
+//   tmp=r00; r00=r11/det; r11=tmp/det; r01=-r01/det;
+
+//   Double_t k00=fCyy*r00+fCzy*r01, k01=fCyy*r01+fCzy*r11;
+//   Double_t k10=fCzy*r00+fCzz*r01, k11=fCzy*r01+fCzz*r11;
+//   Double_t k20=fCey*r00+fCez*r01, k21=fCey*r01+fCez*r11;
+//   Double_t k30=fCty*r00+fCtz*r01, k31=fCty*r01+fCtz*r11;
+//   Double_t k40=fCcy*r00+fCcz*r01, k41=fCcy*r01+fCcz*r11;
   
-  // K matrix
-//   k00=fCyy*r00+fCzy*(r01+h01*r00),k01=fCyy*r01+fCzy*(r11+h01*r01);
-//   k10=fCzy*r00+fCzz*(r01+h01*r00),k11=fCzy*r01+fCzz*(r11+h01*r01);
-//   k20=fCey*r00+fCez*(r01+h01*r00),k21=fCey*r01+fCez*(r11+h01*r01);
-//   k30=fCty*r00+fCtz*(r01+h01*r00),k31=fCty*r01+fCtz*(r11+h01*r01);
-//   k40=fCcy*r00+fCcz*(r01+h01*r00),k41=fCcy*r01+fCcz*(r11+h01*r01);  
-  //
-  //Update measurement
-  Double_t cur=fC + k40*dy + k41*dz, eta=fE + k20*dy + k21*dz;  
-  //  cur=fC + k40*dy + k41*dz; eta=fE + k20*dy + k21*dz;
-  if (TMath::Abs(cur*fX-eta) >= 0.90000) {
-    //Int_t n=GetNumberOfClusters();
-    //      if (n>4) cerr<<n<<" AliTRDtrack warning: Filtering failed !\n";
-    return 0;
-  }                           
-//   k01+=h01*k00;
-//   k11+=h01*k10;
-//   k21+=h01*k20;
-//   k31+=h01*k30;
-//   k41+=h01*k40;  
-
-
-  fY += k00*dy + k01*dz;
-  fZ += k10*dy + k11*dz;
-  fE  = eta;
-  fT += k30*dy + k31*dz;
-  fC  = cur;
+//   // K matrix
+// //   k00=fCyy*r00+fCzy*(r01+h01*r00),k01=fCyy*r01+fCzy*(r11+h01*r01);
+// //   k10=fCzy*r00+fCzz*(r01+h01*r00),k11=fCzy*r01+fCzz*(r11+h01*r01);
+// //   k20=fCey*r00+fCez*(r01+h01*r00),k21=fCey*r01+fCez*(r11+h01*r01);
+// //   k30=fCty*r00+fCtz*(r01+h01*r00),k31=fCty*r01+fCtz*(r11+h01*r01);
+// //   k40=fCcy*r00+fCcz*(r01+h01*r00),k41=fCcy*r01+fCcz*(r11+h01*r01);  
+//   //
+//   //Update measurement
+//   Double_t cur=fC + k40*dy + k41*dz, eta=fE + k20*dy + k21*dz;  
+//   //  cur=fC + k40*dy + k41*dz; eta=fE + k20*dy + k21*dz;
+//   if (TMath::Abs(cur*fX-eta) >= 0.90000) {
+//     //Int_t n=GetNumberOfClusters();
+//     //      if (n>4) cerr<<n<<" AliTRDtrack warning: Filtering failed !\n";
+//     return 0;
+//   }                           
+// //   k01+=h01*k00;
+// //   k11+=h01*k10;
+// //   k21+=h01*k20;
+// //   k31+=h01*k30;
+// //   k41+=h01*k40;  
+
+
+//   fY += k00*dy + k01*dz;
+//   fZ += k10*dy + k11*dz;
+//   fE  = eta;
+//   fT += k30*dy + k31*dz;
+//   fC  = cur;
     
   
-  //Update covariance
-  //
-  //
-  Double_t oldyy = fCyy, oldzz = fCzz; //, oldee=fCee, oldcc =fCcc;
-  Double_t oldzy = fCzy, oldey = fCey, oldty=fCty, oldcy =fCcy;
-  Double_t oldez = fCez, oldtz = fCtz, oldcz=fCcz;
-  //Double_t oldte = fCte, oldce = fCce;
-  //Double_t oldct = fCct;
-
-  fCyy-=k00*oldyy+k01*oldzy;   
-  fCzy-=k10*oldyy+k11*oldzy;
-  fCey-=k20*oldyy+k21*oldzy;   
-  fCty-=k30*oldyy+k31*oldzy;
-  fCcy-=k40*oldyy+k41*oldzy;  
-  //
-  fCzz-=k10*oldzy+k11*oldzz;
-  fCez-=k20*oldzy+k21*oldzz;   
-  fCtz-=k30*oldzy+k31*oldzz;
-  fCcz-=k40*oldzy+k41*oldzz;
-  //
-  fCee-=k20*oldey+k21*oldez;   
-  fCte-=k30*oldey+k31*oldez;
-  fCce-=k40*oldey+k41*oldez;
-  //
-  fCtt-=k30*oldty+k31*oldtz;
-  fCct-=k40*oldty+k41*oldtz;
-  //
-  fCcc-=k40*oldcy+k41*oldcz;                 
-  //
+//   //Update covariance
+//   //
+//   //
+//   Double_t oldyy = fCyy, oldzz = fCzz; //, oldee=fCee, oldcc =fCcc;
+//   Double_t oldzy = fCzy, oldey = fCey, oldty=fCty, oldcy =fCcy;
+//   Double_t oldez = fCez, oldtz = fCtz, oldcz=fCcz;
+//   //Double_t oldte = fCte, oldce = fCce;
+//   //Double_t oldct = fCct;
+
+//   fCyy-=k00*oldyy+k01*oldzy;   
+//   fCzy-=k10*oldyy+k11*oldzy;
+//   fCey-=k20*oldyy+k21*oldzy;   
+//   fCty-=k30*oldyy+k31*oldzy;
+//   fCcy-=k40*oldyy+k41*oldzy;  
+//   //
+//   fCzz-=k10*oldzy+k11*oldzz;
+//   fCez-=k20*oldzy+k21*oldzz;   
+//   fCtz-=k30*oldzy+k31*oldzz;
+//   fCcz-=k40*oldzy+k41*oldzz;
+//   //
+//   fCee-=k20*oldey+k21*oldez;   
+//   fCte-=k30*oldey+k31*oldez;
+//   fCce-=k40*oldey+k41*oldez;
+//   //
+//   fCtt-=k30*oldty+k31*oldtz;
+//   fCct-=k40*oldty+k41*oldtz;
+//   //
+
+//   fCcc-=k40*oldcy+k41*oldcz;                 
+//   //
   
-  //Int_t n=GetNumberOfClusters();
-  //fIndex[n]=index;
-  //SetNumberOfClusters(n+1);
+//   //Int_t n=GetNumberOfClusters();
+//   //fIndex[n]=index;
+//   //SetNumberOfClusters(n+1);
 
-  //SetChi2(GetChi2()+chisq);
-  //  cerr<<"in update: fIndex["<<fN<<"] = "<<index<<endl;
+//   //SetChi2(GetChi2()+chisq);
+//   //  cerr<<"in update: fIndex["<<fN<<"] = "<<index<<endl;
 
-  return 1;      
+//   return 1;      
 
-}                     
-*/
+// }                     
 
 //_____________________________________________________________________________
 Bool_t AliTRDtrack::Rotate(Double_t alpha, Bool_t absolute)
 {
+  //
   // Rotates track parameters in R*phi plane
   // if absolute rotation alpha is in global system
   // otherwise alpha rotation is relative to the current rotation angle
-  
+  //  
+
   if (absolute) {
     alpha -= GetAlpha();
   }
@@ -673,6 +1051,7 @@ Bool_t AliTRDtrack::Rotate(Double_t alpha, Bool_t absolute)
   }
 
   return AliExternalTrackParam::Rotate(GetAlpha()+alpha);
+
 }                         
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -682,13 +1061,16 @@ Double_t AliTRDtrack::GetPredictedChi2(const AliTRDcluster *c, Double_t h01) con
   // Returns the track chi2
   //  
 
-  Double_t p[2]={c->GetY(), c->GetZ()};
-  Double_t sy2=c->GetSigmaY2()*4;
-  Double_t sz2=c->GetSigmaZ2()*4;
-  Double_t cov[3]={sy2 + h01*h01*sz2, h01*(sy2-sz2), sz2 + h01*h01*sy2};
+  Double_t p[2]   = { c->GetY(), c->GetZ() };
+  Double_t sy2    = c->GetSigmaY2() * 4.0;
+  Double_t sz2    = c->GetSigmaZ2() * 4.0;
+  Double_t cov[3] = { sy2 + h01*h01*sz2, h01*(sy2-sz2), sz2 + h01*h01*sy2 };
 
   return AliExternalTrackParam::GetPredictedChi2(p,cov);
 
+  //
+  // Can the following be removed ????
+  //
   /*
   Bool_t fNoTilt = kTRUE;
   if(TMath::Abs(h01) > 0.003) fNoTilt = kFALSE;
@@ -730,7 +1112,8 @@ Double_t AliTRDtrack::GetPredictedChi2(const AliTRDcluster *c, Double_t h01) con
 
   return chi2;
   */
-}      
+
+}
 
 //_____________________________________________________________________________
 void AliTRDtrack::MakeBackupTrack()
@@ -739,7 +1122,9 @@ void AliTRDtrack::MakeBackupTrack()
   // Creates a backup track
   //
 
-  if (fBackupTrack) delete fBackupTrack;
+  if (fBackupTrack) {
+    delete fBackupTrack;
+  }
   fBackupTrack = new AliTRDtrack(*this);
   
 }
@@ -748,52 +1133,70 @@ void AliTRDtrack::MakeBackupTrack()
 Int_t AliTRDtrack::GetProlongation(Double_t xk, Double_t &y, Double_t &z)
 {
   //
-  // Find prolongation at given x
-  // return 0 if not exist
-  
-  Double_t bz=GetBz();
+  // Find a prolongation at given x
+  // Return 0 if it does not exist
+  //  
+
+  Double_t bz = GetBz();
 
-  if (!AliExternalTrackParam::GetYAt(xk,bz,y)) return 0;
-  if (!AliExternalTrackParam::GetZAt(xk,bz,z)) return 0;
+  if (!AliExternalTrackParam::GetYAt(xk,bz,y)) {
+    return 0;
+  }
+  if (!AliExternalTrackParam::GetZAt(xk,bz,z)) {
+    return 0;
+  }
 
   return 1;  
+
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
-Int_t   AliTRDtrack::PropagateToX(Double_t xr, Double_t step)
+Int_t AliTRDtrack::PropagateToX(Double_t xr, Double_t step)
 {
   //
   // Propagate track to given x  position 
-  // works inside of the 20 degree segmentation (local cooordinate frame for TRD , TPC, TOF)
+  // Works inside of the 20 degree segmentation
+  // (local cooordinate frame for TRD , TPC, TOF)
   // 
-  // material budget from geo manager
+  // Material budget from geo manager
   // 
-  Double_t  xyz0[3], xyz1[3],y,z;
-  const Double_t kAlphac  = TMath::Pi()/9.;   
+
+  Double_t xyz0[3];
+  Double_t xyz1[3];
+  Double_t y;
+  Double_t z;
+
+  const Double_t kAlphac  = TMath::Pi()/9.0;   
   const Double_t kTalphac = TMath::Tan(kAlphac*0.5);
-  // critical alpha  - cross sector indication
-  //
-  Double_t dir = (GetX()>xr) ? -1.:1.;
-  // direction +-
-  for (Double_t x=GetX()+dir*step;dir*x<dir*xr;x+=dir*step){
-    //
+
+  // Critical alpha  - cross sector indication
+  Double_t dir = (GetX() > xr) ? -1.0 : 1.0;
+
+  // Direction +-
+  for (Double_t x = GetX()+dir*step; dir*x < dir*xr; x += dir*step) {
+
     GetXYZ(xyz0);      
     GetProlongation(x,y,z);
-    xyz1[0] = x*TMath::Cos(GetAlpha())+y*TMath::Sin(GetAlpha()); 
-    xyz1[1] = x*TMath::Sin(GetAlpha())-y*TMath::Cos(GetAlpha());
+    xyz1[0] = x * TMath::Cos(GetAlpha()) + y * TMath::Sin(GetAlpha()); 
+    xyz1[1] = x * TMath::Sin(GetAlpha()) - y * TMath::Cos(GetAlpha());
     xyz1[2] = z;
     Double_t param[7];
-    AliKalmanTrack::MeanMaterialBudget(xyz0,xyz1,param);
-    //
-    if (param[0]>0&&param[1]>0) PropagateTo(x,param[1],param[0]);
-    if (GetY()>GetX()*kTalphac){
+    AliTracker::MeanMaterialBudget(xyz0,xyz1,param);
+
+    if ((param[0] > 0) &&
+        (param[1] > 0)) {
+      PropagateTo(x,param[1],param[0]*param[4]);
+    }
+
+    if (GetY() >  GetX()*kTalphac) {
       Rotate(-kAlphac);
     }
-    if (GetY()<-GetX()*kTalphac){
-      Rotate(kAlphac);
+    if (GetY() < -GetX()*kTalphac) {
+      Rotate( kAlphac);
     }
+
   }
-  //
+
   PropagateTo(xr);
 
   return 0;
@@ -804,40 +1207,53 @@ Int_t   AliTRDtrack::PropagateToX(Double_t xr, Double_t step)
 Int_t   AliTRDtrack::PropagateToR(Double_t r,Double_t step)
 {
   //
-  // propagate track to the radial position
-  // rotation always connected to the last track position
+  // Propagate track to the radial position
+  // Rotation always connected to the last track position
   //
-  Double_t  xyz0[3], xyz1[3],y,z; 
+
+  Double_t xyz0[3];
+  Double_t xyz1[3];
+  Double_t y;
+  Double_t z; 
+
   Double_t radius = TMath::Sqrt(GetX()*GetX() + GetY()*GetY());
-  Double_t dir = (radius>r) ? -1.:1.;   // direction +-
-  //
-  for (Double_t x=radius+dir*step;dir*x<dir*r;x+=dir*step){
+  // Direction +-
+  Double_t dir    = (radius > r) ? -1.0 : 1.0;   
+
+  for (Double_t x = radius+dir*step; dir*x < dir*r; x += dir*step) {
+
     GetXYZ(xyz0);      
     Double_t alpha = TMath::ATan2(xyz0[1],xyz0[0]);
     Rotate(alpha,kTRUE);
     GetXYZ(xyz0);      
     GetProlongation(x,y,z);
-    xyz1[0] = x*TMath::Cos(alpha)+y*TMath::Sin(alpha); 
-    xyz1[1] = x*TMath::Sin(alpha)-y*TMath::Cos(alpha);
+    xyz1[0] = x * TMath::Cos(alpha) + y * TMath::Sin(alpha); 
+    xyz1[1] = x * TMath::Sin(alpha) - y * TMath::Cos(alpha);
     xyz1[2] = z;
     Double_t param[7];
-    AliKalmanTrack::MeanMaterialBudget(xyz0,xyz1,param);
-    if (param[1]<=0) param[1] =100000000;
-    PropagateTo(x,param[1],param[0]);
+    AliTracker::MeanMaterialBudget(xyz0,xyz1,param);
+    if (param[1] <= 0) {
+      param[1] = 100000000;
+    }
+    PropagateTo(x,param[1],param[0]*param[4]);
+
   } 
+
   GetXYZ(xyz0);        
   Double_t alpha = TMath::ATan2(xyz0[1],xyz0[0]);
   Rotate(alpha,kTRUE);
   GetXYZ(xyz0);        
   GetProlongation(r,y,z);
-  xyz1[0] = r*TMath::Cos(alpha)+y*TMath::Sin(alpha); 
-  xyz1[1] = r*TMath::Sin(alpha)-y*TMath::Cos(alpha);
+  xyz1[0] = r * TMath::Cos(alpha) + y * TMath::Sin(alpha); 
+  xyz1[1] = r * TMath::Sin(alpha) - y * TMath::Cos(alpha);
   xyz1[2] = z;
   Double_t param[7];
-  AliKalmanTrack::MeanMaterialBudget(xyz0,xyz1,param);
-  //
-  if (param[1]<=0) param[1] =100000000;
-  PropagateTo(r,param[1],param[0]);
+  AliTracker::MeanMaterialBudget(xyz0,xyz1,param);
+
+  if (param[1] <= 0) {
+    param[1] = 100000000;
+  }
+  PropagateTo(r,param[1],param[0]*param[4]);
 
   return 0;
 
@@ -850,8 +1266,7 @@ Int_t AliTRDtrack::GetSector() const
   // Return the current sector
   //
 
-  return Int_t(TVector2::Phi_0_2pi(GetAlpha())
-             / AliTRDgeometry::GetAlpha())
+  return Int_t(TVector2::Phi_0_2pi(GetAlpha()) / AliTRDgeometry::GetAlpha())
              % AliTRDgeometry::kNsect;
 
 }
@@ -865,12 +1280,12 @@ void AliTRDtrack::SetSampledEdx(Float_t q, Int_t i)
 
   Double_t s = GetSnp();
   Double_t t = GetTgl();
-  q *= TMath::Sqrt((1-s*s)/(1+t*t));
+  q *= TMath::Sqrt((1.0 - s*s) / (1.0 + t*t));
   fdQdl[i] = q;
 
 }     
 
- //_____________________________________________________________________________
+//_____________________________________________________________________________
 void AliTRDtrack::SetSampledEdx(Float_t q) 
 {
   //
@@ -879,19 +1294,25 @@ void AliTRDtrack::SetSampledEdx(Float_t q)
 
   Double_t s = GetSnp();
   Double_t t = GetTgl();
-  q*= TMath::Sqrt((1-s*s)/(1+t*t));
+  q *= TMath::Sqrt((1.0 - s*s) / (1.0 + t*t));
   fdQdl[fNdedx] = q;
   fNdedx++;
 
 }     
 
-Double_t AliTRDtrack::GetBz() const {
+//_____________________________________________________________________________
+Double_t AliTRDtrack::GetBz() const 
+{
   //
-  // returns Bz component of the magnetic field (kG)
+  // Returns Bz component of the magnetic field (kG)
   //
-  if (AliTracker::UniformField()) return AliTracker::GetBz();
-  Double_t r[3]; GetXYZ(r);
-  return AliTracker::GetBz(r);
-}
 
+  if (AliTracker::UniformField()) {
+    return AliTracker::GetBz();
+  }
+  Double_t r[3]; 
+  GetXYZ(r);
 
+  return AliTracker::GetBz(r);
+
+}