]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/commitdiff
Update of the offline Altro-Emulator to read a RAW data file, apply ALTRO circuits...
authorsrossegg <srossegg@f7af4fe6-9843-0410-8265-dc069ae4e863>
Thu, 11 Nov 2010 17:22:54 +0000 (17:22 +0000)
committersrossegg <srossegg@f7af4fe6-9843-0410-8265-dc069ae4e863>
Thu, 11 Nov 2010 17:22:54 +0000 (17:22 +0000)
again in RAW data format. This should allow us to study the effects of TCF and MAF via the
full reconstruction software.

TPC/AliTPCAltroEmulator.cxx
TPC/AliTPCAltroEmulator.h
TPC/AliTPCCalibTCF.cxx

index 8b44b8f0d5da9b44996d14d68a4b3d74bf6715a2..fcafc6e1efcf23bfb56a7366cbf1ed1d25d53927 100644 (file)
 //                           Stefan Rossegger, 8th february 2008                                   //
 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
 //                           Stefan Rossegger, 8th february 2008                                   //
 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
-#include "AliTPCAltroEmulator.h"
+#include <AliTPCAltroEmulator.h>
+#include <TH1F.h>
+#include <TMath.h>
+#include <TSystem.h>
+#include <AliDAQ.h>
+#include <AliRawReader.h>
+#include <AliRawVEvent.h>
+#include <AliRawData.h>
+#include <AliRawVEquipment.h>
+#include <AliRawEquipmentHeader.h>
+#include <AliTPCRawStreamV3.h>
+#include <TCanvas.h>
+
 
 /**    @brief Consturctor of Altro Class
  *
 
 /**    @brief Consturctor of Altro Class
  *
  *     Altro Processed Data in the Channel Pointer.\n
  *
  *     @param timebins an <tt> int </tt> sets the length of the input Data (Channel)
  *     Altro Processed Data in the Channel Pointer.\n
  *
  *     @param timebins an <tt> int </tt> sets the length of the input Data (Channel)
- *     @param Channel an <tt> short* </tt> Pointer to a 1d short Array with the input Data
+ *     @param Channel an <tt> short* </tt> Pointer to a 1d Short_tArray with the input Data
  */
 
 
 ClassImp(AliTPCAltroEmulator)
 
  */
 
 
 ClassImp(AliTPCAltroEmulator)
 
-AliTPCAltroEmulator::AliTPCAltroEmulator(int timebins, short* Channel) : 
+AliTPCAltroEmulator::AliTPCAltroEmulator(Int_t timebins, short* Channel) : 
   TNamed(),
   ftimebins(timebins),
 //  fChannelIn(Channel),
   TNamed(),
   ftimebins(timebins),
 //  fChannelIn(Channel),
@@ -61,7 +73,7 @@ AliTPCAltroEmulator::AliTPCAltroEmulator(int timebins, short* Channel) :
   fConfiguredZSU(0),     // ConfiguredZSU
   fBSL1mode(0),          // BSL1mode
   fBSL1ValuePeDestal(0), // BSL1ValuePeDestal
   fConfiguredZSU(0),     // ConfiguredZSU
   fBSL1mode(0),          // BSL1mode
   fBSL1ValuePeDestal(0), // BSL1ValuePeDestal
-  fBSL1PedestalMem(0),  // BSL1PedestalMem
+  fBSL1PedestalMem(0),   // BSL1PedestalMem
   fBSL1polarity(0),      // BSL1polarity
 
   fTCFK1(0), // K1
   fBSL1polarity(0),      // BSL1polarity
 
   fTCFK1(0), // K1
@@ -88,16 +100,26 @@ AliTPCAltroEmulator::AliTPCAltroEmulator(int timebins, short* Channel) :
 
   fZSUMinSamplesaboveThreshold(0), // ZSUMinSamplesaboveThreshold
   fZSUPresamples(0),     // ZSUPresamples
 
   fZSUMinSamplesaboveThreshold(0), // ZSUMinSamplesaboveThreshold
   fZSUPresamples(0),     // ZSUPresamples
-  fZSUPostsamples(0)     // ZSUPostsamples
-
-{
+  fZSUPostsamples(0),     // ZSUPostsamples
+  
+  fReader(0),           // for Altro Emulation on Raw Reader
+  fDecoder(0),
+  fDDLFolderName("/tmp/"),
+  fOutputDateFileName("/tmp/tmp.date"),
+  fOutputRootFileName("/tmp/tmp.root"),
+  fIsRandom(kTRUE),
+  fChannels(0),
+  fCDHs(0),
+  fADCs(0),
+  fTrailers(0),
+  fRawData(0) {
   //
   // Constructor of Altro Class
   //
   /*
   ftimebins = timebins;
   
   //
   // Constructor of Altro Class
   //
   /*
   ftimebins = timebins;
   
-  fChannelShort = Channel;
+  fChannelShort_T = Channel;
   
   fOnBSL1 = 0;
   fOnTCF = 0;
   
   fOnBSL1 = 0;
   fOnTCF = 0;
@@ -160,9 +182,19 @@ AliTPCAltroEmulator::AliTPCAltroEmulator(const AliTPCAltroEmulator &altro):
 
   fZSUMinSamplesaboveThreshold(0), // ZSUMinSamplesaboveThreshold
   fZSUPresamples(0),     // ZSUPresamples
 
   fZSUMinSamplesaboveThreshold(0), // ZSUMinSamplesaboveThreshold
   fZSUPresamples(0),     // ZSUPresamples
-  fZSUPostsamples(0)     // ZSUPostsamples
+  fZSUPostsamples(0),     // ZSUPostsamples
 
 
-{
+  fReader(0),           // for Altro Emulation on Raw Reader
+  fDecoder(0),
+  fDDLFolderName("/tmp/"),
+  fOutputDateFileName("/tmp/tmp.date"),
+  fOutputRootFileName("/tmp/tmp.root"),
+  fIsRandom(kTRUE),
+  fChannels(0),
+  fCDHs(0),
+  fADCs(0),
+  fTrailers(0),
+  fRawData(0) {
   //
   // copy constructor of Altro Class
   //
   //
   // copy constructor of Altro Class
   //
@@ -174,13 +206,21 @@ AliTPCAltroEmulator::AliTPCAltroEmulator(const AliTPCAltroEmulator &altro):
  *
  *     Destructor of Altro Class\n
  */
  *
  *     Destructor of Altro Class\n
  */
-AliTPCAltroEmulator::~AliTPCAltroEmulator(){
+AliTPCAltroEmulator::~AliTPCAltroEmulator() {
   //
   // Destructor of Altro Class
   //
 
   if(fConfiguredZSU == 1)
     delete fADCkeep;
   //
   // Destructor of Altro Class
   //
 
   if(fConfiguredZSU == 1)
     delete fADCkeep;
+
+  delete[] fChannels;
+  delete[] fCDHs    ;
+  delete[] fADCs    ;
+  delete[] fTrailers;
+  delete[] fRawData ;
+  delete fDecoder   ;
+
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
 }
 
 //_____________________________________________________________________________
@@ -205,14 +245,14 @@ AliTPCAltroEmulator& AliTPCAltroEmulator::operator = (const AliTPCAltroEmulator
  *     which are configured to be on, have to be configured later before running
  *     the emulation!\n
  *
  *     which are configured to be on, have to be configured later before running
  *     the emulation!\n
  *
- *     @param ONBaselineCorrection1 an <tt> int </tt> Switch (0,1) to turn on the Base Line Correction 1 (BSL1) Module
- *     @param ONTailcancellation an <tt> int </tt> Switch (0,1) to turn on the Tail Cancellation Filter (TCF) Module
- *     @param ONBaselineCorrection2 an <tt> int </tt> Switch (0,1) to turn on the Moving Average Filter (BSL2) Module
- *     @param ONClipping an <tt> int </tt> Switch (0,1) to turn on the Clipping Module. This is not possible in the real Altro, there it is always on.
- *     @param ONZerosuppression an <tt> int </tt> Switch (0,1) to turn on the Zero Suppression (ZSU) Module
- *     @param ONDataFormatting an <tt> int </tt> Switch (0,1) to turn on the Data Formatting on (not implemented)
+ *     @param ONBaselineCorrection1 an <tt> Int_t </tt> Switch (0,1) to turn on the Base Line Correction 1 (BSL1) Module
+ *     @param ONTailcancellation an <tt> Int_t </tt> Switch (0,1) to turn on the Tail Cancellation Filter (TCF) Module
+ *     @param ONBaselineCorrection2 an <tt> Int_t </tt> Switch (0,1) to turn on the Moving Average Filter (BSL2) Module
+ *     @param ONClipping an <tt> Int_t </tt> Switch (0,1) to turn on the Clipping Module. This is not possible in the real Altro, there it is always on.
+ *     @param ONZerosuppression an <tt> Int_t </tt> Switch (0,1) to turn on the Zero Suppression (ZSU) Module
+ *     @param ONDataFormatting an <tt> Int_t </tt> Switch (0,1) to turn on the Data Formatting on (not implemented)
  */
  */
-void AliTPCAltroEmulator::ConfigAltro(int ONBaselineCorrection1, int ONTailcancellation, int ONBaselineCorrection2, int ONClipping, int ONZerosuppression, int ONDataFormatting){
+void AliTPCAltroEmulator::ConfigAltro(Int_t ONBaselineCorrection1, Int_t ONTailcancellation, Int_t ONBaselineCorrection2, Int_t ONClipping, Int_t ONZerosuppression, Int_t ONDataFormatting){
   //
   // Configures which modules of the Altro should be on 
   //
   //
   // Configures which modules of the Altro should be on 
   //
@@ -235,12 +275,12 @@ void AliTPCAltroEmulator::ConfigAltro(int ONBaselineCorrection1, int ONTailcance
  *     All configurable values are "Range checked" and if out of the Range set to the nearest extreme.
  *     So the Emulation will work, but the result is maybe not the expected one.
  *
  *     All configurable values are "Range checked" and if out of the Range set to the nearest extreme.
  *     So the Emulation will work, but the result is maybe not the expected one.
  *
- *     @param mode an <tt> int </tt> sets the mode of the Baseline Correction. See the Altro manual for a description
- *     @param ValuePeDestal an <tt> int </tt> this is the baseline of the Channel.
- *     @param PedestalMem an <tt> *int </tt> Pointer to a 1d short Array with the pedestal memory Data
- *     @param polarity an <tt> int </tt> Switch (0,1) for the polarity
+ *     @param mode an <tt> Int_t </tt> sets the mode of the Baseline Correction. See the Altro manual for a description
+ *     @param ValuePeDestal an <tt> Int_t </tt> this is the baseline of the Channel.
+ *     @param PedestalMem an <tt> *Int_t </tt> Pointer to a 1d Short_t Array with the pedestal memory Data
+ *     @param polarity an <tt> Int_t </tt> Switch (0,1) for the polarity
  */
  */
-void AliTPCAltroEmulator::ConfigBaselineCorrection1(int mode, int ValuePeDestal, int *PedestalMem, int polarity){
+void AliTPCAltroEmulator::ConfigBaselineCorrection1(Int_t mode, Int_t ValuePeDestal, Int_t *PedestalMem, Int_t polarity){
   //
   // Configures the Base Line Correction 1 (BSL1) Module
   //
   //
   // Configures the Base Line Correction 1 (BSL1) Module
   //
@@ -255,24 +295,24 @@ void AliTPCAltroEmulator::ConfigBaselineCorrection1(int mode, int ValuePeDestal,
  *
  *     Configures the Tail Cancellation Filter (TCF) Module. You have to set the coefficients in the
  *     Integer version.\n
  *
  *     Configures the Tail Cancellation Filter (TCF) Module. You have to set the coefficients in the
  *     Integer version.\n
- *     To convert from int to float use (int)*(pow(2,-16)-1)
- *     To convert from float to int usw (float)*(pow(2,16)-1)
+ *     To convert from Int_t to Float_t use (int)*(pow(2,-16)-1)
+ *     To convert from Float_t to Int_t usw (Float_t)*(pow(2,16)-1)
  *     All configurable values are "Range checked" and if out of the Range set to the nearest extreme.
  *     So the Emulation will work, but the result is maybe not the expected one.
  *
  *     All configurable values are "Range checked" and if out of the Range set to the nearest extreme.
  *     So the Emulation will work, but the result is maybe not the expected one.
  *
- *     @param K1 an <tt> int </tt> sets the K1 coeeficient of the TCF
- *     @param K2 an <tt> int </tt> sets the K2 coeeficient of the TCF
- *     @param K3 an <tt> int </tt> sets the K3 coeeficient of the TCF
- *     @param L1 an <tt> int </tt> sets the L1 coeeficient of the TCF
- *     @param L2 an <tt> int </tt> sets the L2 coeeficient of the TCF
- *     @param L3 an <tt> int </tt> sets the L3 coeeficient of the TCF
+ *     @param K1 an <tt> Int_t </tt> sets the K1 coeeficient of the TCF
+ *     @param K2 an <tt> Int_t </tt> sets the K2 coeeficient of the TCF
+ *     @param K3 an <tt> Int_t </tt> sets the K3 coeeficient of the TCF
+ *     @param L1 an <tt> Int_t </tt> sets the L1 coeeficient of the TCF
+ *     @param L2 an <tt> Int_t </tt> sets the L2 coeeficient of the TCF
+ *     @param L3 an <tt> Int_t </tt> sets the L3 coeeficient of the TCF
  */
  */
-void AliTPCAltroEmulator::ConfigTailCancellationFilter(int K1, int K2, int K3, int L1, int L2, int L3){
+void AliTPCAltroEmulator::ConfigTailCancellationFilter(Int_t K1, Int_t K2, Int_t K3, Int_t L1, Int_t L2, Int_t L3){
   //
   // Configures the Tail Cancellation Filter (TCF) Module
   //
   //
   // Configures the Tail Cancellation Filter (TCF) Module
   //
-  // conf from int to fp:  (int)*(pow(2,-16)-1)
-  //             backway:  (float)*(pow(2,16)-1)
+  // conf from Int_t to fp:  (int)*(pow(2,-16)-1)
+  //             backway:  (Float_t)*(pow(2,16)-1)
   fTCFK1Int = InRange(K1,0,65535,"AliTPCAltroEmulator::ConfigTailCancellationFilter","K1");
   fTCFK2Int = InRange(K2,0,65535,"AliTPCAltroEmulator::ConfigTailCancellationFilter","K2");
   fTCFK3Int = InRange(K3,0,65535,"AliTPCAltroEmulator::ConfigTailCancellationFilter","K3");
   fTCFK1Int = InRange(K1,0,65535,"AliTPCAltroEmulator::ConfigTailCancellationFilter","K1");
   fTCFK2Int = InRange(K2,0,65535,"AliTPCAltroEmulator::ConfigTailCancellationFilter","K2");
   fTCFK3Int = InRange(K3,0,65535,"AliTPCAltroEmulator::ConfigTailCancellationFilter","K3");
@@ -289,13 +329,13 @@ void AliTPCAltroEmulator::ConfigTailCancellationFilter(int K1, int K2, int K3, i
  *     All configurable values are "Range checked" and if out of the Range set to the nearest extreme.
  *     So the Emulation will work, but the result is maybe not the expected one.
  *
  *     All configurable values are "Range checked" and if out of the Range set to the nearest extreme.
  *     So the Emulation will work, but the result is maybe not the expected one.
  *
- *     @param HighThreshold an <tt> int </tt> sets the high Threshold
- *     @param LowThreshold an <tt> int </tt> sets the low Theshold
- *     @param Offset an <tt> int </tt> sets the the offset which is added to the Signal
- *     @param Presamples an <tt> int </tt> sets the number of pre samples excluded from the moving average caclulation
- *     @param Postsamples an <tt> int </tt> sets the number of post samples excluded from the moving average caclulation
+ *     @param HighThreshold an <tt> Int_t </tt> sets the high Threshold
+ *     @param LowThreshold an <tt> Int_t </tt> sets the low Theshold
+ *     @param Offset an <tt> Int_t </tt> sets the the offset which is added to the Signal
+ *     @param Presamples an <tt> Int_t </tt> sets the number of pre samples excluded from the moving average caclulation
+ *     @param Postsamples an <tt> Int_t </tt> sets the number of post samples excluded from the moving average caclulation
  */
  */
-void AliTPCAltroEmulator::ConfigBaselineCorrection2(int HighThreshold, int LowThreshold, int Offset, int Presamples, int Postsamples){
+void AliTPCAltroEmulator::ConfigBaselineCorrection2(Int_t HighThreshold, Int_t LowThreshold, Int_t Offset, Int_t Presamples, Int_t Postsamples){
   //
   // Configures the Moving Average Filter (BSL2) Module
   //
   //
   // Configures the Moving Average Filter (BSL2) Module
   //
@@ -313,12 +353,12 @@ void AliTPCAltroEmulator::ConfigBaselineCorrection2(int HighThreshold, int LowTh
  *     All configurable values are "Range checked" and if out of the Range set to the nearest extreme.
  *     So the Emulation will work, but the result is maybe not the expected one.
  *
  *     All configurable values are "Range checked" and if out of the Range set to the nearest extreme.
  *     So the Emulation will work, but the result is maybe not the expected one.
  *
- *     @param Threshold an <tt> int </tt> sets the Threshold
- *     @param MinSamplesaboveThreshold an <tt> int </tt> sets the minimum number of samples which have to be greater than the threshold
- *     @param Presamples an <tt> int </tt> sets the number of pre samples which are kept
- *     @param Postsamples an <tt> int </tt> sets the number of post samples which are kept
+ *     @param Threshold an <tt> Int_t </tt> sets the Threshold
+ *     @param MinSamplesaboveThreshold an <tt> Int_t </tt> sets the minimum number of samples which have to be greater than the threshold
+ *     @param Presamples an <tt> Int_t </tt> sets the number of pre samples which are kept
+ *     @param Postsamples an <tt> Int_t </tt> sets the number of post samples which are kept
  */
  */
-void AliTPCAltroEmulator::ConfigZerosuppression(int Threshold, int MinSamplesaboveThreshold, int Presamples, int Postsamples){
+void AliTPCAltroEmulator::ConfigZerosuppression(Int_t Threshold, Int_t MinSamplesaboveThreshold, Int_t Presamples, Int_t Postsamples){
   //
   // Configures the Zero Suppression Module (ZSU)
   //
   //
   // Configures the Zero Suppression Module (ZSU)
   //
@@ -326,9 +366,9 @@ void AliTPCAltroEmulator::ConfigZerosuppression(int Threshold, int MinSamplesabo
   fZSUMinSamplesaboveThreshold = InRange(MinSamplesaboveThreshold,1,3,"AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection1","MinSamplesaboveThreshold");
   fZSUPresamples               = InRange(Presamples,0,3,"AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection1","Presamples");
   fZSUPostsamples              = InRange(Postsamples,0,7,"AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection1","Postsamples");
   fZSUMinSamplesaboveThreshold = InRange(MinSamplesaboveThreshold,1,3,"AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection1","MinSamplesaboveThreshold");
   fZSUPresamples               = InRange(Presamples,0,3,"AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection1","Presamples");
   fZSUPostsamples              = InRange(Postsamples,0,7,"AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection1","Postsamples");
-  fADCkeep = (short *)calloc(sizeof(short),ftimebins);
+  fADCkeep = (Short_t *)calloc(sizeof(short),ftimebins);
   
   
-  for(int i = 0; i < ftimebins; i++){
+  for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++){
     fADCkeep[i] = 0;
   }
   fConfiguredZSU = 1;
     fADCkeep[i] = 0;
   }
   fConfiguredZSU = 1;
@@ -362,12 +402,12 @@ void AliTPCAltroEmulator::PrintParameters(){
   }
   if(fConfiguredTCF == 1){
     cout << "Parameters set in the TCF (TailCancellation Filter) Module:" << endl << endl;
   }
   if(fConfiguredTCF == 1){
     cout << "Parameters set in the TCF (TailCancellation Filter) Module:" << endl << endl;
-    cout << "K1       (int|float) : " << fTCFK1Int << " | " << fTCFK1Int/(float)((1<<16)-1) << endl;
-    cout << "K2       (int|float) : " << fTCFK2Int << " | " << fTCFK2Int/(float)((1<<16)-1) << endl;
-    cout << "K3       (int|float) : " << fTCFK3Int << " | " << fTCFK3Int/(float)((1<<16)-1) << endl;
-    cout << "L1       (int|float) : " << fTCFL1Int << " | " << fTCFL1Int/(float)((1<<16)-1) << endl;
-    cout << "L2       (int|float) : " << fTCFL2Int << " | " << fTCFL2Int/(float)((1<<16)-1) << endl;
-    cout << "L3       (int|float) : " << fTCFL3Int << " | " << fTCFL3Int/(float)((1<<16)-1) << endl << endl << endl;
+    cout << "K1       (int|Float_t) : " << fTCFK1Int << " | " << fTCFK1Int/(Float_t)((1<<16)-1) << endl;
+    cout << "K2       (int|Float_t) : " << fTCFK2Int << " | " << fTCFK2Int/(Float_t)((1<<16)-1) << endl;
+    cout << "K3       (int|Float_t) : " << fTCFK3Int << " | " << fTCFK3Int/(Float_t)((1<<16)-1) << endl;
+    cout << "L1       (int|Float_t) : " << fTCFL1Int << " | " << fTCFL1Int/(Float_t)((1<<16)-1) << endl;
+    cout << "L2       (int|Float_t) : " << fTCFL2Int << " | " << fTCFL2Int/(Float_t)((1<<16)-1) << endl;
+    cout << "L3       (int|Float_t) : " << fTCFL3Int << " | " << fTCFL3Int/(Float_t)((1<<16)-1) << endl << endl << endl;
   }else{
     cout << "TCF (TailCancellation Filter) Module not configured!" << endl << endl << endl;
   }
   }else{
     cout << "TCF (TailCancellation Filter) Module not configured!" << endl << endl << endl;
   }
@@ -392,6 +432,18 @@ void AliTPCAltroEmulator::PrintParameters(){
   }
 }
 
   }
 }
 
+
+void AliTPCAltroEmulator::SetChannelData(Int_t timebins, Short_t* channelData) {
+  //
+  // Set channel data, for example a new channel
+  //
+
+  ftimebins = timebins;
+  fChannelShort = channelData;
+
+}
+
 /**  @brief Runs the emulation of all configured Modules.
  *
  *     Runs the emulation of all configured Modules. This changes then the content of the
 /**  @brief Runs the emulation of all configured Modules.
  *
  *     Runs the emulation of all configured Modules. This changes then the content of the
@@ -402,6 +454,12 @@ void AliTPCAltroEmulator::RunEmulation(){
   // Runs the emulation of all configured Modules.
   //
 
   // Runs the emulation of all configured Modules.
   //
 
+
+  if (!fChannelShort) {
+    printf("ERROR cant run Altro Emulation: Channel input not set.\nUse for example: SetChannelData(Int_t timebins, Short_t* Channel)\n");
+    return;
+  }
+
   //cout << "AliTPCAltroEmulator::RunEmulation | start" << endl;
   if(fConfiguredAltro == 0){
     cout << "ERROR cant run Altro Emulation because not configured" << endl;
   //cout << "AliTPCAltroEmulator::RunEmulation | start" << endl;
   if(fConfiguredAltro == 0){
     cout << "ERROR cant run Altro Emulation because not configured" << endl;
@@ -450,73 +508,76 @@ void AliTPCAltroEmulator::RunEmulation(){
       return;
     }
   }
       return;
     }
   }
+
+  
+
 }
 
 }
 
-void AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection1(int mode, int ValuePeDestal, int *PedestalMem, int polarity){
+void AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection1(Int_t mode, Int_t ValuePeDestal, Int_t *PedestalMem, Int_t polarity){
   //
   // BaselineCorrection1
   //
 
   //VPD == 0 !!
   //
   // BaselineCorrection1
   //
 
   //VPD == 0 !!
-  int fixedPeDestal = 0;
+  Int_t fixedPeDestal = 0;
   
   if(polarity ==1){
   
   if(polarity ==1){
-    for(int i = 0; i < ftimebins; i++){
+    for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++){
       fChannelShort[i]  = 1023 - fChannelShort[i];
     }
   }
   
   switch(mode) {
   case kDINxFPD:
       fChannelShort[i]  = 1023 - fChannelShort[i];
     }
   }
   
   switch(mode) {
   case kDINxFPD:
-    for(int i = 0; i < ftimebins; i++)
+    for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++)
       fChannelShort[i]  = fChannelShort[i]  - fixedPeDestal;
     break;
   case kDINxFT:
       fChannelShort[i]  = fChannelShort[i]  - fixedPeDestal;
     break;
   case kDINxFT:
-    for(int i = 0; i < ftimebins; i++)
+    for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++)
       fChannelShort[i]  = fChannelShort[i]  - PedestalMem[i];
     break;
   case kDINxFDIN:
       fChannelShort[i]  = fChannelShort[i]  - PedestalMem[i];
     break;
   case kDINxFDIN:
-    for(int i = 0; i < ftimebins; i++)
+    for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++)
       fChannelShort[i]  = fChannelShort[i]  - PedestalMem[ fChannelShort[i] ];
     break;
   case kDINxFDINxVPD:
       fChannelShort[i]  = fChannelShort[i]  - PedestalMem[ fChannelShort[i] ];
     break;
   case kDINxFDINxVPD:
-    for(int i = 0; i < ftimebins; i++)
+    for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++)
       fChannelShort[i]  = fChannelShort[i]  - PedestalMem[ fChannelShort[i] - ValuePeDestal];
     break;
   case kDINxVPDxFPD:
       fChannelShort[i]  = fChannelShort[i]  - PedestalMem[ fChannelShort[i] - ValuePeDestal];
     break;
   case kDINxVPDxFPD:
-    for(int i = 0; i < ftimebins; i++)
+    for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++)
       fChannelShort[i]  = fChannelShort[i]  - ValuePeDestal - fixedPeDestal;
     break;
   case kDINxVPDxFT:
       fChannelShort[i]  = fChannelShort[i]  - ValuePeDestal - fixedPeDestal;
     break;
   case kDINxVPDxFT:
-    for(int i = 0; i < ftimebins; i++)
+    for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++)
       fChannelShort[i]  = fChannelShort[i]  - ValuePeDestal - PedestalMem[i];
     break;
   case kDINxVPDxFDIN:
       fChannelShort[i]  = fChannelShort[i]  - ValuePeDestal - PedestalMem[i];
     break;
   case kDINxVPDxFDIN:
-    for(int i = 0; i < ftimebins; i++)
+    for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++)
       fChannelShort[i]  = fChannelShort[i]  - ValuePeDestal - PedestalMem[ fChannelShort[i] ];
     break;
   case kDINxVPDxFDINxVPD:
       fChannelShort[i]  = fChannelShort[i]  - ValuePeDestal - PedestalMem[ fChannelShort[i] ];
     break;
   case kDINxVPDxFDINxVPD:
-    for(int i = 0; i < ftimebins; i++)
+    for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++)
       fChannelShort[i]  = fChannelShort[i]  - ValuePeDestal - PedestalMem[ fChannelShort[i] - ValuePeDestal ];
     break;
   case kFDINxFPD:
       fChannelShort[i]  = fChannelShort[i]  - ValuePeDestal - PedestalMem[ fChannelShort[i] - ValuePeDestal ];
     break;
   case kFDINxFPD:
-    for(int i = 0; i < ftimebins; i++)
+    for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++)
       fChannelShort[i]  = PedestalMem[ fChannelShort[i] ] - fixedPeDestal;
     break;
   case kFDINxVPDxFPD:
       fChannelShort[i]  = PedestalMem[ fChannelShort[i] ] - fixedPeDestal;
     break;
   case kFDINxVPDxFPD:
-    for(int i = 0; i < ftimebins; i++)
+    for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++)
       fChannelShort[i]  = PedestalMem[ fChannelShort[i] - ValuePeDestal ] - fixedPeDestal;
     break;
   case kFTxFPD:
       fChannelShort[i]  = PedestalMem[ fChannelShort[i] - ValuePeDestal ] - fixedPeDestal;
     break;
   case kFTxFPD:
-    for(int i = 0; i < ftimebins; i++)
+    for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++)
       fChannelShort[i]  = PedestalMem[i] - fixedPeDestal;
     break;
   }
 }
 
       fChannelShort[i]  = PedestalMem[i] - fixedPeDestal;
     break;
   }
 }
 
-int AliTPCAltroEmulator::Multiply36(int P, int N){
+Int_t AliTPCAltroEmulator::Multiply36(Int_t P, Int_t N){
   //
   //
-  // multiply function to emulate the 36 bit fixed point multiplication of the Altro.
+  // multiply function to emulate the 36 bit fixed poInt_t multiplication of the Altro.
   //
   long long retval =0;
   long long temp = 0;
   //
   long long retval =0;
   long long temp = 0;
@@ -530,9 +591,9 @@ int AliTPCAltroEmulator::Multiply36(int P, int N){
   }
   return retval;
 }
   }
   return retval;
 }
-long long AliTPCAltroEmulator::Mask(long long in, int left, int right){
-  //
+long long AliTPCAltroEmulator::Mask(long long in, Int_t left, Int_t right){
   //
   //
+  // mask
   //
   long long retval;
   long long pattern;
   //
   long long retval;
   long long pattern;
@@ -542,9 +603,9 @@ long long AliTPCAltroEmulator::Mask(long long in, int left, int right){
   return retval;
 }
 
   return retval;
 }
 
-long long AliTPCAltroEmulator::Maskandshift(long long in, int left, int right){
-  //
+long long AliTPCAltroEmulator::Maskandshift(long long in, Int_t left, Int_t right){
   //
   //
+  // maskandshift
   //
   long long retval;
   long long pattern;
   //
   long long retval;
   long long pattern;
@@ -554,17 +615,17 @@ long long AliTPCAltroEmulator::Maskandshift(long long in, int left, int right){
   return retval;
 }
 
   return retval;
 }
 
-void AliTPCAltroEmulator::TailCancellationFilterFixedPoint(int K1, int K2, int K3, int L1, int L2, int L3){
+void AliTPCAltroEmulator::TailCancellationFilterFixedPoint(Int_t K1, Int_t K2, Int_t K3, Int_t L1, Int_t L2, Int_t L3){
   //
   // TailCancellationFilterFixedPoint
   //
   //
   // TailCancellationFilterFixedPoint
   //
-  int c1n = 0, c2n = 0, c3n = 0;
-  int c1o = 0, c2o = 0, c3o = 0;
-  int d1  = 0, d2  = 0;
-  int dout = 0;
-  int din = 0;
-  int bit = 0;
-  for(int i = 0; i < ftimebins; i++){
+  Int_t c1n = 0, c2n = 0, c3n = 0;
+  Int_t c1o = 0, c2o = 0, c3o = 0;
+  Int_t d1  = 0, d2  = 0;
+  Int_t dout = 0;
+  Int_t din = 0;
+  Int_t bit = 0;
+  for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++){
     din = fChannelShort[i];
     
     din = (din<<2);
     din = fChannelShort[i];
     
     din = (din<<2);
@@ -601,7 +662,7 @@ void AliTPCAltroEmulator::TailCancellationFilterFixedPoint(int K1, int K2, int K
   }
 }
 
   }
 }
 
-void AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection2RTL(int HighThreshold, int LowThreshold, int Offset, int Presamples, int Postsamples){
+void AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection2RTL(Int_t HighThreshold, Int_t LowThreshold, Int_t Offset, Int_t Presamples, Int_t Postsamples){
   //
   // BaselineCorrection2RTL
   //
   //
   // BaselineCorrection2RTL
   //
@@ -609,44 +670,44 @@ void AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection2RTL(int HighThreshold, int LowThres
   //cout << "Altro::BaselineCorrection2RTL | HighThreshold: " << HighThreshold << " LowThreshold: " << LowThreshold << " Offset: " << Offset << " Presamples: " << Presamples << " Postsamples: " << Postsamples << endl;
   //more or less direct "translation" of the hdl code.
   //Input signals
   //cout << "Altro::BaselineCorrection2RTL | HighThreshold: " << HighThreshold << " LowThreshold: " << LowThreshold << " Offset: " << Offset << " Presamples: " << Presamples << " Postsamples: " << Postsamples << endl;
   //more or less direct "translation" of the hdl code.
   //Input signals
-  int din;
-  int dout;
-  int edges[6]; // = Postsamples*4 + Presamples;
-  int offset = Offset;
-  int thrlo = LowThreshold;//called thr_mau[19] ...
-  int thrhi = HighThreshold;
+  Int_t din;
+  Int_t dout;
+  Int_t edges[6]; // = Postsamples*4 + Presamples;
+  Int_t offset = Offset;
+  Int_t thrlo = LowThreshold;//called thr_mau[19] ...
+  Int_t thrhi = HighThreshold;
   
   // Variables
   
   // Variables
-  int fOld[4]; //flag pipe
-  int fNew[4]; //flag pipe
-  int dOld[4]; //data pipe
-  int dNew[4]; //data pipe
-  int dxOld;
-  int dxNew;
-  int pstscnt; // Counter for Postsamples
-  int zOld[9]; // Filter stages
-  int zNew[9]; // Filter stages
-  int zxOld; //Accumulator stage
-  int zxNew; //Accumulator stage
-  int valcntOld; //Valid sample counter
-  int valcntNew = 0; //Valid sample counter
+  Int_t fOld[4]; //flag pipe
+  Int_t fNew[4]; //flag pipe
+  Int_t dOld[4]; //data pipe
+  Int_t dNew[4]; //data pipe
+  Int_t dxOld;
+  Int_t dxNew;
+  Int_t pstscnt; // Counter for Postsamples
+  Int_t zOld[9]; // Filter stages
+  Int_t zNew[9]; // Filter stages
+  Int_t zxOld; //Accumulator stage
+  Int_t zxNew; //Accumulator stage
+  Int_t valcntOld; //Valid sample counter
+  Int_t valcntNew = 0; //Valid sample counter
   
   
-  int valid; //Valid flag
-  int fx; //postsample flag
-  //int s07; // differentiator result
-  int s8; // Acc + Diff result
-  int flag;
-  //int bsth; //baseline threshold
-  //int din_p; //Data input strictly positive
-  int bsl;
-  //int dx_bsls; // dx -bsl
-  //int dx_clip; // dxbsl clipped
-  //int bsl_of = 0;
+  Int_t valid; //Valid flag
+  Int_t fx; //postsample flag
+  //Int_t s07; // differentiator result
+  Int_t s8; // Acc + Diff result
+  Int_t flag;
+  //Int_t bsth; //baseline threshold
+  //Int_t din_p; //Data input strictly positive
+  Int_t bsl;
+  //Int_t dx_bsls; // dx -bsl
+  //Int_t dx_clip; // dxbsl clipped
+  //Int_t bsl_of = 0;
   
   //initialisation
   
   //initialisation
-  for(int i = 0; i < 9 ; i++)
+  for(Int_t i = 0; i < 9 ; i++)
     zOld[i] = 0;
     zOld[i] = 0;
-  for(int i = 0; i < 4 ; i++){
+  for(Int_t i = 0; i < 4 ; i++){
     fOld[i] = 0;
     dOld[i] = 0;
   }
     fOld[i] = 0;
     dOld[i] = 0;
   }
@@ -655,20 +716,20 @@ void AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection2RTL(int HighThreshold, int LowThres
   zxOld = 0;
   valcntOld = 0;
   valid = 0;
   zxOld = 0;
   valcntOld = 0;
   valid = 0;
-  for(int i = 0; i < 2 ; i++){
+  for(Int_t i = 0; i < 2 ; i++){
     edges[i] = (Presamples&(1<<i))>>i;
   }
     edges[i] = (Presamples&(1<<i))>>i;
   }
-  for(int i = 0; i < 4 ; i++){
+  for(Int_t i = 0; i < 4 ; i++){
     edges[(3-i)+2] = (Postsamples&(1<<i))>>i;
   }
   /*cout << "edges :";
     edges[(3-i)+2] = (Postsamples&(1<<i))>>i;
   }
   /*cout << "edges :";
-    for(int i = 0; i < 6 ; i++)
+    for(Int_t i = 0; i < 6 ; i++)
     cout << edges[i] << ":";
     cout << " Presamples: " << Presamples << " Postsamples: " << Postsamples << endl;*/
   
   //Loop
   //cout << "AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection2_RTL | starting Loop" << endl;
     cout << edges[i] << ":";
     cout << " Presamples: " << Presamples << " Postsamples: " << Postsamples << endl;*/
   
   //Loop
   //cout << "AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection2_RTL | starting Loop" << endl;
-  for(int timebin = -12; timebin < ftimebins+10; timebin++){
+  for(Int_t timebin = -12; timebin < ftimebins+10; timebin++){
     //cout << "AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection2_RTL | in Loop timebin: " << timebin << endl;
     din = GetElement(fChannelShort,timebin);
     
     //cout << "AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection2_RTL | in Loop timebin: " << timebin << endl;
     din = GetElement(fChannelShort,timebin);
     
@@ -713,7 +774,7 @@ void AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection2RTL(int HighThreshold, int LowThres
       fNew[0] = 0;
     
     dxNew = dOld[0];
       fNew[0] = 0;
     
     dxNew = dOld[0];
-    for(int i = 0; i < 3; i++)
+    for(Int_t i = 0; i < 3; i++)
       dNew[i] = dOld[i+1];
     dNew[3] = din;
     
       dNew[i] = dOld[i+1];
     dNew[3] = din;
     
@@ -727,12 +788,12 @@ void AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection2RTL(int HighThreshold, int LowThres
        valcntNew =  ++valcntOld;
       
       zxNew = s8;
        valcntNew =  ++valcntOld;
       
       zxNew = s8;
-      for(int i = 0; i < 8; i++)
+      for(Int_t i = 0; i < 8; i++)
        zNew[i] = zOld[i+1];
       zNew[8] = dOld[0];
     }else{
       zxNew = zxOld;
        zNew[i] = zOld[i+1];
       zNew[8] = dOld[0];
     }else{
       zxNew = zxOld;
-      for(int i = 0; i < 9; i++)
+      for(Int_t i = 0; i < 9; i++)
        zNew[i] = zOld[i];
     }
     dout = dxOld - (bsl - offset);
        zNew[i] = zOld[i];
     }
     dout = dxOld - (bsl - offset);
@@ -741,10 +802,10 @@ void AliTPCAltroEmulator::BaselineCorrection2RTL(int HighThreshold, int LowThres
     
     SetElement(fChannelShort,timebin-5,(short)dout);
     //sim clockschange
     
     SetElement(fChannelShort,timebin-5,(short)dout);
     //sim clockschange
-    for(int i = 0; i < 9 ; i++)
+    for(Int_t i = 0; i < 9 ; i++)
       zOld[i] = zNew[i];
     zxOld = zxNew;
       zOld[i] = zNew[i];
     zxOld = zxNew;
-    for(int i = 0; i < 4 ; i++){
+    for(Int_t i = 0; i < 4 ; i++){
       fOld[i] = fNew[i];
       dOld[i] = dNew[i];
     }
       fOld[i] = fNew[i];
       dOld[i] = dNew[i];
     }
@@ -757,30 +818,30 @@ void AliTPCAltroEmulator::Clipping(){
   //
   // implement if no BC2 clipping has to run
   //
   //
   // implement if no BC2 clipping has to run
   //
-  for(int i = 0; i < ftimebins; i++){
+  for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++){
     if(fChannelShort[i] < 0)
       fChannelShort[i] = 0;
   }
 }
 
     if(fChannelShort[i] < 0)
       fChannelShort[i] = 0;
   }
 }
 
-void AliTPCAltroEmulator::Zerosuppression(int Threshold, int MinSamplesaboveThreshold, int Presamples, int Postsamples){
+void AliTPCAltroEmulator::Zerosuppression(Int_t Threshold, Int_t MinSamplesaboveThreshold, Int_t Presamples, Int_t Postsamples){
   //
   // add again altro feature
   //
 
   //TODO: Implement "Altro zsu merging"
   //
   // add again altro feature
   //
 
   //TODO: Implement "Altro zsu merging"
-  //int Postsamplecounter = 0;
-  //int setPostsample = 0;
-  for(int i = 0; i < ftimebins; i++){
+  //Int_t Postsamplecounter = 0;
+  //Int_t setPostsample = 0;
+  for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++){
     if(fChannelShort[i] >= Threshold){
       fADCkeep[i] = 1;
     }
   }
     if(fChannelShort[i] >= Threshold){
       fADCkeep[i] = 1;
     }
   }
+
+  Int_t startofclustersequence = -1;
+  Int_t endofClustersInSequence = -1;
   
   
-  int startofclustersequence = -1;
-  int endofClustersInSequence = -1;
-  
-  for(int i = 0; i < ftimebins; i++){
+  for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++){
     if( (fADCkeep[i] == 1) && (GetElement(fADCkeep,i-1) == 0) ){
       startofclustersequence = i;
     }
     if( (fADCkeep[i] == 1) && (GetElement(fADCkeep,i-1) == 0) ){
       startofclustersequence = i;
     }
@@ -791,7 +852,7 @@ void AliTPCAltroEmulator::Zerosuppression(int Threshold, int MinSamplesaboveThre
     if( (startofclustersequence != -1) && (endofClustersInSequence != -1) ){
       //cout << " found! " <<  (endofClustersInSequence - startofclustersequence + 1);
       if ( (endofClustersInSequence - startofclustersequence + 1) < MinSamplesaboveThreshold ){
     if( (startofclustersequence != -1) && (endofClustersInSequence != -1) ){
       //cout << " found! " <<  (endofClustersInSequence - startofclustersequence + 1);
       if ( (endofClustersInSequence - startofclustersequence + 1) < MinSamplesaboveThreshold ){
-       for(int j = startofclustersequence; j <= endofClustersInSequence ; j++){
+       for(Int_t j = startofclustersequence; j <= endofClustersInSequence ; j++){
          fADCkeep[j] = 0;
        }
       }
          fADCkeep[j] = 0;
        }
       }
@@ -801,28 +862,28 @@ void AliTPCAltroEmulator::Zerosuppression(int Threshold, int MinSamplesaboveThre
     //cout << endl;
   }
   
     //cout << endl;
   }
   
-  /*for(int i = 0; i < ftimebins; i++){
+  /*for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++){
     if( (GetElement(fADCkeep,i-1) == 1) && (GetElement(fADCkeep,i) == 0) && (GetElement(fADCkeep,i+1) == 1) ){
     SetElement(fADCkeep,i,1);
     }
     }*/
   
     if( (GetElement(fADCkeep,i-1) == 1) && (GetElement(fADCkeep,i) == 0) && (GetElement(fADCkeep,i+1) == 1) ){
     SetElement(fADCkeep,i,1);
     }
     }*/
   
-  for(int i = 0; i < ftimebins; i++){
+  for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++){
     if( (fADCkeep[i] == 1) && (GetElement(fADCkeep,i-1) == 0) ){
     if( (fADCkeep[i] == 1) && (GetElement(fADCkeep,i-1) == 0) ){
-      for(int j = i-Presamples ; j <= i; j++){
+      for(Int_t j = i-Presamples ; j <= i; j++){
        SetElement(fADCkeep,j,1);
       }
     }
   }
        SetElement(fADCkeep,j,1);
       }
     }
   }
-  for(int i = ftimebins; i >= 0; i--){
+  for(Int_t i = ftimebins; i >= 0; i--){
     if( (fADCkeep[i] == 1) && (GetElement(fADCkeep,i+1) == 0) ){
     if( (fADCkeep[i] == 1) && (GetElement(fADCkeep,i+1) == 0) ){
-      for(int j = i ; j <= i+Postsamples; j++){
+      for(Int_t j = i ; j <= i+Postsamples; j++){
        SetElement(fADCkeep,j,1);
       }
     }
   }
   /*cout << " Postsamplecounter: " << Postsamplecounter;
        SetElement(fADCkeep,j,1);
       }
     }
   }
   /*cout << " Postsamplecounter: " << Postsamplecounter;
-    for(int j = i+1 ; j <= i+Postsamples; j++){
+    for(Int_t j = i+1 ; j <= i+Postsamples; j++){
     SetElement(fADCkeep,j,1);
     i+=Postsamples;
     }
     SetElement(fADCkeep,j,1);
     i+=Postsamples;
     }
@@ -831,12 +892,20 @@ void AliTPCAltroEmulator::Zerosuppression(int Threshold, int MinSamplesaboveThre
     cout << i << " ADCK: " << GetElement(fADCkeep,i);
     cout << " Postsam: " << Postsamplecounter << " ADCK: " << GetElement(fADCkeep,i);*/
   
     cout << i << " ADCK: " << GetElement(fADCkeep,i);
     cout << " Postsam: " << Postsamplecounter << " ADCK: " << GetElement(fADCkeep,i);*/
   
-  for(int i = 0; i < ftimebins; i++){
+  for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++){
     if( (fADCkeep[i] == 1) && (GetElement(fADCkeep,i+1) == 0) && ( (GetElement(fADCkeep,i+3) == 1) || (GetElement(fADCkeep,i+2) == 1) ) ){
       SetElement(fADCkeep,i+1,1);
       SetElement(fADCkeep,i+2,1);
     }
   }
     if( (fADCkeep[i] == 1) && (GetElement(fADCkeep,i+1) == 0) && ( (GetElement(fADCkeep,i+3) == 1) || (GetElement(fADCkeep,i+2) == 1) ) ){
       SetElement(fADCkeep,i+1,1);
       SetElement(fADCkeep,i+2,1);
     }
   }
+
+  for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++){
+    if( !GetKeepChannel(i) ) {
+      SetElement(fChannelShort,i+1,-1); // set non relevant data to -1
+    }
+  }
+
+
 }
 
 /**  @brief formats the data like the ALTRO. Result is a 64 bit array
 }
 
 /**  @brief formats the data like the ALTRO. Result is a 64 bit array
@@ -858,20 +927,20 @@ void AliTPCAltroEmulator::DataFormater(){
  *
  *     calculates the compression out of the bitmask with the set adc values
  *
  *
  *     calculates the compression out of the bitmask with the set adc values
  *
- *     @return \c float consisting of the compression factor
+ *     @return \c Float_t consisting of the compression factor
  */
  */
-float AliTPCAltroEmulator::CalculateCompression(){
+Float_t AliTPCAltroEmulator::CalculateCompression() {
   //
   // calculates the compression out of the bitmask
   //
 
   // calculation is based on altro 10 bit words ..
   //
   // calculates the compression out of the bitmask
   //
 
   // calculation is based on altro 10 bit words ..
-  int sample = 0;
-  int cluster = 0;
-  int data = 0;
-  float retval = 0.0;
+  Int_t sample = 0;
+  Int_t cluster = 0;
+  Int_t data = 0;
+  Float_t retval = 0.0;
   
   
-  for(int i = 0; i < ftimebins; i++){
+  for(Int_t i = 0; i < ftimebins; i++){
     if(fADCkeep[i] == 1){
       sample++;
     }
     if(fADCkeep[i] == 1){
       sample++;
     }
@@ -882,16 +951,16 @@ float AliTPCAltroEmulator::CalculateCompression(){
   data = sample + cluster*2;
   data = data + data%4 + 4;
   if(data >0){
   data = sample + cluster*2;
   data = data + data%4 + 4;
   if(data >0){
-    retval = ftimebins / (float)data;//num of timebins is equal to max number of samples
+    retval = ftimebins / (Float_t)data;//num of timebins is equal to max number of samples
   }else{
     retval = 1.0;
   }
   return retval;
 }
 
   }else{
     retval = 1.0;
   }
   return retval;
 }
 
-short AliTPCAltroEmulator::GetElement(short* Array,int index){
-  //
+Short_t AliTPCAltroEmulator::GetElement(short* Array,Int_t index){
   //
   //
+  // GetElement of array
   //
   if (index < 0)
     return 0;
   //
   if (index < 0)
     return 0;
@@ -901,9 +970,9 @@ short AliTPCAltroEmulator::GetElement(short* Array,int index){
     return Array[index];
 }
 
     return Array[index];
 }
 
-void AliTPCAltroEmulator::SetElement(short* Array,int index,short value){
-  //
+void AliTPCAltroEmulator::SetElement(short* Array,Int_t index,Short_t value){
   //
   //
+  // SetElement of array
   //
   if (index < 0)
     return;
   //
   if (index < 0)
     return;
@@ -913,25 +982,25 @@ void AliTPCAltroEmulator::SetElement(short* Array,int index,short value){
     Array[index] = value;
 }
 
     Array[index] = value;
 }
 
-int AliTPCAltroEmulator::InBand(int ADC,int bsl, int LowThreshold, int HighThreshold){
+Int_t AliTPCAltroEmulator::InBand(Int_t ADC,Int_t bsl, Int_t LowThreshold, Int_t HighThreshold){
   //
   //
+  // check if it's within the band of search
   //
   //
-  //
-  int fLow = bsl - LowThreshold;
-  int fHigh = bsl + HighThreshold;
+  Int_t fLow = bsl - LowThreshold;
+  Int_t fHigh = bsl + HighThreshold;
   if( (ADC <= fHigh) && (ADC >= fLow) )
     return 1;
   else
     return 0;
 }
 
   if( (ADC <= fHigh) && (ADC >= fLow) )
     return 1;
   else
     return 0;
 }
 
-int AliTPCAltroEmulator::InRange(int parameter,int Low,int High,const char *Module,const char *ParameterName){
-  //
+Int_t AliTPCAltroEmulator::InRange(Int_t parameter,Int_t Low,Int_t High,const char *Module,const char *ParameterName){
   //
   //
+  // checks it it's within the range
   //
 
   char out[255];
   //
 
   char out[255];
-  int retval;
+  Int_t retval;
   if(parameter > High){
     sprintf(out,"Error | %s | Parameter %s is to big, has to be %d <= %s <= %d, is %d, now set to %d",Module,ParameterName,Low,ParameterName,High,parameter,High);
     cout << out << endl;
   if(parameter > High){
     sprintf(out,"Error | %s | Parameter %s is to big, has to be %d <= %s <= %d, is %d, now set to %d",Module,ParameterName,Low,ParameterName,High,parameter,High);
     cout << out << endl;
@@ -946,16 +1015,410 @@ int AliTPCAltroEmulator::InRange(int parameter,int Low,int High,const char *Modu
   return retval;
 }
 
   return retval;
 }
 
-short AliTPCAltroEmulator::GetShortChannel(int i){
-  //
+Short_t AliTPCAltroEmulator::GetShortChannel(Int_t i){
   //
   //
+  // GetElement of channel
   //
   return GetElement(fChannelShort,i);
 }
 
   //
   return GetElement(fChannelShort,i);
 }
 
-short AliTPCAltroEmulator::GetKeepChannel(int i){
-  //
+Short_t AliTPCAltroEmulator::GetKeepChannel(Int_t i){
   //
   //
+  // GetElement of Keep Channel
   //
   return GetElement(fADCkeep,i);
 }
   //
   return GetElement(fADCkeep,i);
 }
+
+Bool_t AliTPCAltroEmulator::WriteEvent(Int_t ievent) {
+  //
+  // Write event to the DDL data folders
+  //
+
+  for (Int_t ddlID=0;ddlID<216;++ddlID) {
+    Bool_t  *channelsDDL=fChannels+ddlID*4096     ;
+    Short_t *adcsDDL    =fADCs    +ddlID*4096*1024;
+    UInt_t  *cdhDDL     =fCDHs    +ddlID*8        ;
+    UInt_t  *trailerDDL =fTrailers+ddlID*9        ;
+    
+    FILE *file=fopen(Form("%s/raw%d/TPC_%03d.ddl",
+                         fDDLFolderName.Data(),ievent,768+ddlID),
+                    "wb");
+    if (!file) return kFALSE;
+    Int_t i32;
+    // write CDH (first word to be altered later)
+    for (i32=0;i32<8;++i32)
+      fRawData[i32]=cdhDDL[i32];
+
+    // process payload
+    for (Int_t hwaddr=0;hwaddr<4096;++hwaddr) if (channelsDDL[hwaddr]) {
+      Short_t *adcsChannel=adcsDDL+hwaddr*1024;
+      // merge custers
+      // TODO: acqusition window
+      for (Int_t it=0;it<1024-3;++it) {
+       if (adcsChannel[it]>=0&&adcsChannel[it+3]>=0) {
+         if (adcsChannel[it+1]<0) {
+           //      printf("merge");
+           adcsChannel[it+1]=0;
+         }
+         if (adcsChannel[it+2]<0) {
+           //      printf("merge");
+           adcsChannel[it+2]=0;
+         }
+       }
+      }
+      Int_t i10=3;
+      Int_t icw=0;
+      Int_t its=1;
+      Int_t cw =0;
+      Int_t ts =0;
+      for (Int_t it=1023;it>=0;--it) {
+       Short_t w10=adcsChannel[it];
+       if (w10>=0) {
+         if (cw<0) {
+           icw=i10++;
+           its=i10++;
+           cw =0    ;
+           ts=it    ;
+         }
+         fRawData[i32+i10/3]|=w10<<(10*(2-i10%3));
+         ++i10;
+         ++cw;
+       }
+       else {
+         if (cw>=0) {
+           cw+=2;
+           fRawData[i32+icw/3]|=cw <<(10*(2-icw%3));
+           fRawData[i32+its/3]|=ts <<(10*(2-its%3));
+           cw=-1;
+         }
+       }
+      }
+      fRawData[i32]=0x1<<30|(i10-3)<<16|hwaddr;
+      i32+=(i10+2)/3;
+
+      // clean up
+      for (Int_t i=0;i<1024;++i) adcsChannel[i]=-1;
+      channelsDDL[hwaddr]=kFALSE;
+    }
+
+    // write RCU trailer
+    fRawData[i32]=0x2<<30|(i32-8);i32++;
+    for (Int_t i=0;i<8;++i)
+      fRawData[i32++]=trailerDDL[i];
+
+    // write first word of CDH
+    fRawData[0]=i32*4;
+    
+    Int_t nwritten=fwrite(fRawData,sizeof(UInt_t),i32,file);
+    if (nwritten!=i32) return kFALSE;
+
+    // clean up
+    do {fRawData[--i32]=0;} while (i32>0);
+
+    fclose(file);
+  }
+  return kTRUE;
+}
+
+Bool_t AliTPCAltroEmulator::GDC2DDLs(AliRawVEvent *gdc,Int_t ievent) {
+  //
+  // Converte GDC data to DDL format
+  //
+  for(Int_t iLDC=0;iLDC<gdc->GetNSubEvents();++iLDC) {
+    AliRawVEvent *ldc=gdc->GetSubEvent(iLDC);
+    for(Int_t iEq=0;iEq<ldc->GetNEquipments();++iEq) {
+      AliRawVEquipment *eq=ldc->GetEquipment(iEq);
+      AliRawEquipmentHeader *eqHeader=eq->GetEquipmentHeader();
+      Int_t eqSize=eqHeader->GetEquipmentSize();
+      if (eqSize>0) {
+       Int_t ddlIndex;
+       Int_t detId=AliDAQ::DetectorIDFromDdlID(eqHeader->GetId(),ddlIndex);
+       Int_t nwritten=0;
+       FILE *ddlFile=fopen(Form("%s/raw%d/%s",
+                                fDDLFolderName.Data(),
+                                ievent,
+                                AliDAQ::DdlFileName(detId,ddlIndex)),
+                           "wb");
+       AliRawData *rawData=eq->GetRawData();
+       if (ddlFile) {
+         nwritten=fwrite(rawData->GetBuffer(),1,rawData->GetSize(),ddlFile);
+         fclose(ddlFile);
+       }
+       if (nwritten<rawData->GetSize()) return kFALSE;
+      }
+    }
+  }
+  return kTRUE;
+}
+
+
+Bool_t AliTPCAltroEmulator::ConvertRawFilesToDate(Int_t nevents) {
+  //
+  //  Convertes Raw files to Date format
+  //
+  
+  // from $ALICE_ROOT/STEER/AliSimulation.cxx
+  
+  char command[100];
+  FILE *pipe;
+  if (fReader->GetRunNumber()>0)
+    pipe=gSystem->OpenPipe(Form("dateStream -c -s -D -o %s -C -# %d -run %d", 
+                               fOutputDateFileName.Data(),
+                               nevents,
+                               fReader->GetRunNumber()),
+                          "w");
+  else
+    pipe=gSystem->OpenPipe(Form("dateStream -c -s -D -o %s -C -# %d", 
+                               fOutputDateFileName.Data(),
+                               nevents),
+                          "w");
+  if (!pipe) {
+    fprintf(stderr,"error: cannot execute command: %s",command);
+    return kFALSE;
+  }
+  
+  for (Int_t ievent=0;ievent<nevents;++ievent) {
+    UInt_t detectorPattern = 0xFFFFFFFF;
+    fprintf(pipe, "GDC DetectorPattern %u\n", detectorPattern);
+
+    Float_t ldc = 0;
+    Int_t prevLDC = -1;
+  
+    // loop over detectors and DDLs
+    for (Int_t iDet = 0; iDet < AliDAQ::kNDetectors; iDet++) {
+      if (!(iDet<=5 || iDet==17 )) continue;
+      for (Int_t iDDL = 0; iDDL < AliDAQ::NumberOfDdls(iDet); iDDL++) {
+       //      printf("iDet=%d, iDDL=%d, filenmae=%s\n",iDet,iDDL,filename);
+       Int_t ddlID = AliDAQ::DdlID(iDet,iDDL);
+       Int_t ldcID = Int_t(ldc + 0.0001);
+       ldc += AliDAQ::NumberOfLdcs(iDet) / AliDAQ::NumberOfDdls(iDet);
+
+       // check existence and size of raw data file
+       FILE* file = fopen(Form("%s/raw%d/%s",
+                               fDDLFolderName.Data(),
+                               ievent,
+                               AliDAQ::DdlFileName(iDet,iDDL)),
+                          "rb");
+       if (!file) continue;
+       fseek(file, 0, SEEK_END);
+       unsigned long size = ftell(file);
+       fclose(file);
+       if (!size) continue;
+
+       if (ldcID != prevLDC) {
+         fprintf(pipe, " LDC Id %d\n", ldcID);
+         prevLDC = ldcID;
+       }
+       fprintf(pipe,Form("  Equipment Id %d Payload %s/raw%d/%s\n",
+                         ddlID,
+                         fDDLFolderName.Data(),
+                         ievent,
+                         AliDAQ::DdlFileName(iDet,iDDL))
+               );
+      }
+    }
+  }
+  Int_t result = gSystem->ClosePipe(pipe);
+  return (result == 0);
+}
+
+void AliTPCAltroEmulator::InitBuffers() {
+  // 
+  // Initialization of the Buffers
+  //
+  if (!fChannels) fChannels=new Bool_t [216*4096     ];
+  if (!fCDHs    ) fCDHs    =new UInt_t [216*8        ];
+  if (!fADCs    ) fADCs    =new Short_t[216*4096*1024];
+  if (!fTrailers) fTrailers=new UInt_t [216*9        ];
+  if (!fRawData ) fRawData =new UInt_t [  1*4096*1024]; // be save...
+
+  for (Int_t i=0;i<216*4096     ;++i) fChannels[i]=kFALSE;
+  // no need to init CDHs
+  for (Int_t i=0;i<216*4096*1024;++i) fADCs    [i]=-1    ;
+  // no need to init trailers
+  for (Int_t i=0;i<  1*4096*1024;++i) fRawData [i]= 0    ;
+}
+
+Bool_t AliTPCAltroEmulator::ConvertDateToRoot() {
+  //
+  // convert a DATE file to a root file with the program "alimdc"
+  //
+
+  // from $ALICE_ROOT/STEER/AliSimulation.cxx
+
+  // ALIMDC setup
+  const Int_t kDBSize    = 2000000000; //2GB
+  const Int_t kTagDBSize = 1000000000;
+  const Bool_t kFilter = kFALSE;
+  const Int_t kCompression = 1;
+
+  //  AliInfo(Form("converting DATE file %s to root file %s", 
+  //               dateFileName, rootFileName));
+
+  const char* rawDBFS[2] = { "/tmp/mdc1", "/tmp/mdc2" };
+  const char* tagDBFS    = "/tmp/mdc1/tags";
+
+  // User defined file system locations
+  if (gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB1")) 
+    rawDBFS[0] = gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB1");
+  if (gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB2")) 
+    rawDBFS[1] = gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB2");
+  if (gSystem->Getenv("ALIMDC_TAGDB")) 
+    tagDBFS = gSystem->Getenv("ALIMDC_TAGDB");
+
+  gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[0]));
+  gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[1]));
+  gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",tagDBFS));
+
+  gSystem->Exec(Form("mkdir %s",rawDBFS[0]));
+  gSystem->Exec(Form("mkdir %s",rawDBFS[1]));
+  gSystem->Exec(Form("mkdir %s",tagDBFS));
+
+  Int_t result = gSystem->Exec(Form("alimdc %d %d %d %d %s", 
+                                   kDBSize, kTagDBSize, kFilter, kCompression, fOutputDateFileName.Data()));
+  gSystem->Exec(Form("mv %s/*.root %s", rawDBFS[0],fOutputRootFileName.Data()));
+
+  gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[0]));
+  gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[1]));
+  gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",tagDBFS));
+
+  return (result == 0);
+}
+
+void AliTPCAltroEmulator::RunEmulationOnRAWdata(AliRawReader *reader, Int_t plotFlag) {
+  //
+  // Run the Altro Emulation on a full Raw data set (AliRawReader)
+  // plus write the outcome in a RAW data format
+  //
+
+  if (!reader) {
+    printf("ERROR cant run Altro Emulation: AliRawReader is zero. No RAW data file.\n");
+    return;
+  }
+
+  fReader=reader;
+  if (fDecoder) delete fDecoder;
+  fDecoder=new AliTPCRawStreamV3(reader);
+
+  InitBuffers();
+  
+  TH1F hisO("DINO","DINO",1014,0,1014); 
+  TH1F his("DIN","DIN",1014,0,1014); 
+  TCanvas c1("c1","c1");
+  Int_t chanCount=0;
+  his.GetYaxis()->SetRangeUser(-20,90);
+  Short_t *data = new Short_t[1014]; 
+
+
+  // event loop
+  Int_t ievent=0;
+  while (fReader->NextEvent()) {
+    
+    gSystem->Exec(Form("mkdir -p %s/raw%d/",fDDLFolderName.Data(),ievent));
+    GDC2DDLs(const_cast<AliRawVEvent*>(fReader->GetEvent()),ievent);
+    
+    Int_t ddlC =0;
+    while (fDecoder->NextDDL()) {
+      Int_t ddlID=fDecoder->GetDDLNumber();
+      printf("ddl: %d (%d)\n",ddlID,ddlC++);
+     
+      Bool_t  *channelsDDL=fChannels+ddlID*4096     ;
+      Short_t *adcsDDL    =fADCs    +ddlID*4096*1024;
+      UInt_t  *cdhDDL     =fCDHs    +ddlID*8        ;
+      UInt_t  *trailerDDL =fTrailers+ddlID*9        ;
+      
+      // CDH 
+      for (Int_t i=0;i<8;++i)
+       // just to show how ugly it is...
+       cdhDDL[i]=reinterpret_cast<UInt_t*>(const_cast<AliRawDataHeader*>(fReader->GetDataHeader()))[i]; 
+      
+      // PAYLOAD
+      while (fDecoder->NextChannel()) {
+       Int_t hwaddr=fDecoder->GetHWAddress();
+       Short_t *adcsChannel=adcsDDL+hwaddr*1024;
+       while (fDecoder->NextBunch()) {
+         UInt_t          ts     =fDecoder->GetStartTimeBin();
+         Int_t           cw     =fDecoder->GetBunchLength() ;
+         const UShort_t *signals=fDecoder->GetSignals()     ;
+         for (Int_t ci=0;ci<cw;++ci) {
+           Short_t s=signals[ci];
+           Int_t   t=ts-ci;
+           // TODO aqcuisition window
+           if (20<=t&&t<=1014) {
+             channelsDDL[hwaddr]=kTRUE;
+             if (adcsChannel[t]<0)
+               adcsChannel[t]=s;
+             else
+               adcsChannel[t]+=s;
+             if (adcsChannel[t]>0x3ff)
+               adcsChannel[t]=0x3ff;
+           }
+         }
+       }
+
+
+       if (1) {
+
+         // search start of aquisition
+         Int_t t0 = 0;          while (adcsChannel[t0]==-1) t0++;
+         // search end of aquisition
+         Int_t tE = 1014; while (adcsChannel[tE]==-1) tE--;
+         //    printf("S:%d  E:%d\n",t0,tE);
+       
+         // SR TEST:
+         // channel is complete - Perform Altro Emulation
+         if (plotFlag && !(chanCount%1000)) {
+           for (Int_t t=0; t<1014; t++) {
+             his.SetBinContent(t+1,adcsChannel[t]);
+           }
+           his.SetStats(0); his.GetXaxis()->SetTitle("timebin"); 
+           his.DrawCopy();
+         }
+         // FEED THE ALTRO EMULATOR WITH CLEAN SIGNAL (not aquisition window ghosts)
+         Int_t timebins = tE-t0;
+
+         for (Int_t t=t0;t<(t0+timebins);t++)
+           data[t-t0]=adcsChannel[t];
+         //SetChannelData(timebins, adcsChannel);//data);
+         SetChannelData(timebins,data);
+         RunEmulation(); // emulation on single channel
+         for (Int_t t=t0;t<(t0+timebins);t++) 
+           adcsChannel[t]=data[t-t0];
+         
+         // SR TEST:
+         if (plotFlag && !(chanCount%1000) ) {
+           for (Int_t t=0; t<1014; t++)
+             hisO.SetBinContent(t+1,adcsChannel[t]);
+           hisO.SetStats(0); hisO.SetLineColor(2);
+           hisO.DrawCopy("same");
+           
+           c1.SaveAs(Form("/tmp/chanCount_%07d.png",chanCount));
+           
+           his.Reset();
+           hisO.Reset();
+
+         }
+         chanCount++;
+       }
+
+      }
+      
+      // TRAILER 
+      UChar_t *rcuTrailer;
+      fDecoder->GetRCUTrailerData(rcuTrailer);
+      for (Int_t i=0;i<= /* (!) */ fDecoder->GetRCUTrailerSize()/4;++i)
+       trailerDDL[i]=reinterpret_cast<UInt_t*>(rcuTrailer)[i]; // again: UGLY!
+      
+    }
+            
+    WriteEvent(ievent++);
+  }
+
+  delete data; // free space
+
+  // convert to date and back
+  ConvertRawFilesToDate(ievent);
+  ConvertDateToRoot();
+
+
+}
index 210416905aec1e259c0067c05aa76e58f8552cde..115722a1fc04cd343e05cde469c03eb52ccec262 100644 (file)
 #include <stdlib.h>
 #include <stdio.h>
 #include <string.h>
 #include <stdlib.h>
 #include <stdio.h>
 #include <string.h>
+#include <AliRawReader.h>
+#include <AliTPCRawStreamV3.h>
+
 
 using namespace std;
 
 class AliTPCAltroEmulator : public TNamed {
 
 
 using namespace std;
 
 class AliTPCAltroEmulator : public TNamed {
 
-public:
-       AliTPCAltroEmulator(int timebins, short* Channel);
-       AliTPCAltroEmulator(const AliTPCAltroEmulator &sig);
-       ~AliTPCAltroEmulator();
-       AliTPCAltroEmulator& operator = (const  AliTPCAltroEmulator &source);
-
-       void ConfigAltro(int ONBaselineCorrection1, int ONTailcancellation, int ONBaselineCorrection2, int ONClipping, int ONZerosuppression, int ONDataFormatting);
-       void ConfigBaselineCorrection1(int mode, int ValuePeDestal, int *PedestalMem, int polarity);
-       void ConfigTailCancellationFilter(int K1, int K2, int K3, int L1, int L2, int L3);
-       void ConfigBaselineCorrection2(int HighThreshold, int LowThreshold, int Offset, int Presamples, int Postsamples);
-       void ConfigZerosuppression(int Threshold, int MinSamplesaboveThreshold, int Presamples, int Postsamples);
-       void PrintParameters();
-       void RunEmulation();
-       float CalculateCompression();
-
-       enum {
-               /**din - fpd*/                          kDINxFPD,
-               /**din - f(t)*/                         kDINxFT,
-               /**din - f(din)*/                       kDINxFDIN,
-               /**din - f(din-vpd)*/                   kDINxFDINxVPD,
-               /**din - vpd - fpd*/                    kDINxVPDxFPD,
-               /**din - vpd - f(t)*/                   kDINxVPDxFT,
-               /**din - vpd - f(din)*/                 kDINxVPDxFDIN,
-               /**din - vpd - f(din - vpd)*/           kDINxVPDxFDINxVPD,
-               /**f(din) - fpd*/                       kFDINxFPD,
-               /**f(din - vpd) - fpd*/                 kFDINxVPDxFPD,
-               /**f(t) - fpd*/                         kFTxFPD,
-               /**f(t) - f(t)*/                        kFTxFT,
-               /**f(din) - f(din)*/                    kFDINxFDIN,
-               /**f(din - vpd) - f(din - vpd)*/        kFDINxVPDxFDINxVPD,
-               /**din - fpd*/                          kDINxFPD1,
-               /**din - fpd*/                          kDINxFPD2
-       };
-
-       private:
-       int ftimebins;          // timebins
-
-       //      short *fChannelIn;      // ChannelIn
-       short *fChannelShort;   // incoming signal in short format
-       short *fADCkeep;        // ADCkeep
-
-       int fOnBSL1;            // Baseline correction and substraction 1 on
-       int fOnTCF;             // Tail Cancelation Filter on
-       int fOnBSL2;            // Baseline correction and substraction 2 (MAF) on
-       int fOnClip;            // Clipping on (to reverse the signal for ZSU if BSL2 is on)
-       int fOnZSU;             // Zero Suppression on
-
-       int fConfiguredAltro;   // ConfiguredAltro
-       int fConfiguredBSL1;    // ConfiguredBSL1
-       int fConfiguredTCF;     // ConfiguredTCF
-       int fConfiguredBSL2;    // ConfiguredBSL2
-       int fConfiguredZSU;     // ConfiguredZSU
-
-       int fBSL1mode;          // BSL1mode
-       int fBSL1ValuePeDestal; // BSL1ValuePeDestal
-       int* fBSL1PedestalMem;  // BSL1PedestalMem
-       int fBSL1polarity;      // BSL1polarity
-
-       float fTCFK1; // K1
-       float fTCFK2; // K2
-       float fTCFK3; // K3
-       float fTCFL1; // L1
-       float fTCFL2; // L2
-       float fTCFL3; // L3
-
-       int fTCFK1Int; // K1Int
-       int fTCFK2Int; // K2Int
-       int fTCFK3Int; // K3Int
-       int fTCFL1Int; // L1Int
-       int fTCFL2Int; // L2Int
-       int fTCFL3Int; // L3Int
-
-       int fBSL2HighThreshold; // BSL2HighThreshold
-       int fBSL2LowThreshold;  // BSL2LowThreshold
-       int fBSL2Offset;        // BSL2Offset
-       int fBSL2Presamples;    // BSL2Presamples;
-       int fBSL2Postsamples;   // BSL2Postsamples
-
-       int fZSUThreshold;      // ZSUThreshold
-       int fZSUMinSamplesaboveThreshold; // ZSUMinSamplesaboveThreshold
-       int fZSUPresamples;     // ZSUPresamples
-       int fZSUPostsamples;    // ZSUPostsamples
-
-       void BaselineCorrection1(int mode, int FixedPeDestal, int *PedestalMem, int polarity);
-       void TailCancellationFilterFixedPoint(int K1, int K2, int K3, int L1, int L2, int L3);
-       void BaselineCorrection2RTL(int HighThreshold, int LowThreshold, int Offset, int Presamples, int Postsamples);
-       void Clipping();
-       void Zerosuppression(int Threshold, int MinSamplesaboveThreshold, int Presamples, int Postsamples);
-       void DataFormater();
-
-       short GetElement(short* Array,int index);
-       void SetElement(short* Array,int index,short value);
-
-       int InBand(int ADC,int bsl, int LowThreshold, int HighThreshold);
-       int InRange(int parameter,int Low,int High,const char *Module,const char *ParameterName);
-       short GetShortChannel(int i);
-       short GetKeepChannel(int i);
-       int Multiply36(int P, int N);
-       long long Mask(long long in, int left, int right);
-       long long Maskandshift(long long in, int left, int right);
-  ClassDef(AliTPCAltroEmulator,0)
+ public:
+  AliTPCAltroEmulator(Int_t timebins=0, Short_t* Channel=0);
+  AliTPCAltroEmulator(const AliTPCAltroEmulator &sig);
+  ~AliTPCAltroEmulator();
+  AliTPCAltroEmulator& operator = (const  AliTPCAltroEmulator &source);
+
+  void ConfigAltro(Int_t ONBaselineCorrection1, Int_t ONTailcancellation, Int_t ONBaselineCorrection2, Int_t ONClipping, Int_t ONZerosuppression, Int_t ONDataFormatting);
+  void ConfigBaselineCorrection1(Int_t mode, Int_t ValuePeDestal, Int_t *PedestalMem, Int_t polarity);
+  void ConfigTailCancellationFilter(Int_t K1, Int_t K2, Int_t K3, Int_t L1, Int_t L2, Int_t L3);
+  void ConfigBaselineCorrection2(Int_t HighThreshold, Int_t LowThreshold, Int_t Offset, Int_t Presamples, Int_t Postsamples);
+  void ConfigZerosuppression(Int_t Threshold, Int_t MinSamplesaboveThreshold, Int_t Presamples, Int_t Postsamples);
+
+  void SetChannelData(Int_t timebins, Short_t* Channel);
+  void PrintParameters();
+  void RunEmulation();
+  Float_t CalculateCompression();
+
+  // perform altro emulation on raw-reader level
+
+  void RunEmulationOnRAWdata(AliRawReader *reader, Int_t plotFlag=0);
+
+  TString GetDDLFolderName()      const {return fDDLFolderName     ;}
+  TString GetOutputDateFileName() const {return fOutputDateFileName;}
+  TString GetOutputRootFileName() const {return fOutputRootFileName;}
+  void SetDDLFolderName     (const TString &name) {fDDLFolderName     =name;}
+  void SetOutputDateFileName(const TString &name) {fOutputDateFileName=name;}
+  void SetOutputRootFileName(const TString &name) {fOutputRootFileName=name;}
+
+
+
+
+  enum {
+    /**din - fpd*/                     kDINxFPD,
+    /**din - f(t)*/                    kDINxFT,
+    /**din - f(din)*/                  kDINxFDIN,
+    /**din - f(din-vpd)*/              kDINxFDINxVPD,
+    /**din - vpd - fpd*/               kDINxVPDxFPD,
+    /**din - vpd - f(t)*/              kDINxVPDxFT,
+    /**din - vpd - f(din)*/            kDINxVPDxFDIN,
+    /**din - vpd - f(din - vpd)*/      kDINxVPDxFDINxVPD,
+    /**f(din) - fpd*/                  kFDINxFPD,
+    /**f(din - vpd) - fpd*/            kFDINxVPDxFPD,
+    /**f(t) - fpd*/                    kFTxFPD,
+    /**f(t) - f(t)*/                   kFTxFT,
+    /**f(din) - f(din)*/               kFDINxFDIN,
+    /**f(din - vpd) - f(din - vpd)*/    kFDINxVPDxFDINxVPD,
+    /**din - fpd*/                     kDINxFPD1,
+    /**din - fpd*/                     kDINxFPD2
+  };
+
+ private:
+
+  Int_t ftimebins;          // timebins
+
+  //   Short_t *fChannelIn;      // ChannelIn
+  Short_t *fChannelShort;   // incoming signal in Short_t format
+  Short_t *fADCkeep;        // ADCkeep
+
+  Int_t fOnBSL1;            // Baseline correction and substraction 1 on
+  Int_t fOnTCF;             // Tail Cancelation Filter on
+  Int_t fOnBSL2;            // Baseline correction and substraction 2 (MAF) on
+  Int_t fOnClip;            // Clipping on (to reverse the signal for ZSU if BSL2 is on)
+  Int_t fOnZSU;             // Zero Suppression on
+
+  Int_t fConfiguredAltro;   // ConfiguredAltro
+  Int_t fConfiguredBSL1;    // ConfiguredBSL1
+  Int_t fConfiguredTCF;     // ConfiguredTCF
+  Int_t fConfiguredBSL2;    // ConfiguredBSL2
+  Int_t fConfiguredZSU;     // ConfiguredZSU
+
+  Int_t fBSL1mode;          // BSL1mode
+  Int_t fBSL1ValuePeDestal; // BSL1ValuePeDestal
+  Int_t* fBSL1PedestalMem;  // BSL1PedestalMem
+  Int_t fBSL1polarity;      // BSL1polarity
+
+  Float_t fTCFK1; // K1
+  Float_t fTCFK2; // K2
+  Float_t fTCFK3; // K3
+  Float_t fTCFL1; // L1
+  Float_t fTCFL2; // L2
+  Float_t fTCFL3; // L3
+
+  Int_t fTCFK1Int; // K1Int
+  Int_t fTCFK2Int; // K2Int
+  Int_t fTCFK3Int; // K3Int
+  Int_t fTCFL1Int; // L1Int
+  Int_t fTCFL2Int; // L2Int
+  Int_t fTCFL3Int; // L3Int
+
+  Int_t fBSL2HighThreshold; // BSL2HighThreshold
+  Int_t fBSL2LowThreshold;  // BSL2LowThreshold
+  Int_t fBSL2Offset;        // BSL2Offset
+  Int_t fBSL2Presamples;    // BSL2Presamples;
+  Int_t fBSL2Postsamples;   // BSL2Postsamples
+
+  Int_t fZSUThreshold;      // ZSUThreshold
+  Int_t fZSUMinSamplesaboveThreshold; // ZSUMinSamplesaboveThreshold
+  Int_t fZSUPresamples;     // ZSUPresamples
+  Int_t fZSUPostsamples;    // ZSUPostsamples
+
+  void BaselineCorrection1(Int_t mode, Int_t FixedPeDestal, Int_t *PedestalMem, Int_t polarity);
+  void TailCancellationFilterFixedPoint(Int_t K1, Int_t K2, Int_t K3, Int_t L1, Int_t L2, Int_t L3);
+  void BaselineCorrection2RTL(Int_t HighThreshold, Int_t LowThreshold, Int_t Offset, Int_t Presamples, Int_t Postsamples);
+  void Clipping();
+  void Zerosuppression(Int_t Threshold, Int_t MinSamplesaboveThreshold, Int_t Presamples, Int_t Postsamples);
+  void DataFormater();
+
+  Short_t GetElement(short* Array,Int_t index);
+  void SetElement(short* Array,Int_t index,Short_t value);
+
+  Int_t InBand(Int_t ADC,Int_t bsl, Int_t LowThreshold, Int_t HighThreshold);
+  Int_t InRange(Int_t parameter,Int_t Low,Int_t High,const char *Module,const char *ParameterName);
+  Short_t GetShortChannel(Int_t i);
+  Short_t GetKeepChannel(Int_t i);
+  Int_t Multiply36(Int_t P, Int_t N);
+  long long Mask(long long in, Int_t left, Int_t right);
+  long long Maskandshift(long long in, Int_t left, Int_t right);
+
+
+  
+  void InitBuffers();
+  Bool_t AddEvent(Int_t dt,Bool_t isFirst);
+  Bool_t CreateEvent(Int_t ievent);
+  Bool_t GDC2DDLs(AliRawVEvent *gdc,Int_t ievent);
+  Bool_t ConvertRawFilesToDate(Int_t nevents);
+  Bool_t ConvertDateToRoot();
+  Bool_t WriteEvent(Int_t ievent);
+
+  AliRawReader      *fReader ; // RAW reader
+  AliTPCRawStreamV3 *fDecoder; // ALTRO decoder
+
+  TString fDDLFolderName;      // folder name for ddl files
+  TString fOutputDateFileName; // filename for date output
+  TString fOutputRootFileName; // filename for root output
+
+  Float_t  fP[2047] ; // Interaction probabilities for times (T-1023,...T,...T+1023)
+  Bool_t   fIsRandom; // Indicates if fP are treated as probabilities (in terms of Possionian statistics), or fixed numbers
+  Bool_t  *fChannels; //! field of active channels
+  UInt_t  *fCDHs    ; //! CDHs
+  Short_t *fADCs    ; //! field of ADC counts
+  UInt_t  *fTrailers; //! RCU trailers
+  UInt_t  *fRawData ; //! Raw Data
+
+
+  ClassDef(AliTPCAltroEmulator,1);
 };
 #endif
 };
 #endif
index 1807e9f3617f9e3111c6ff00dbce75ab4e42a066..d4ee351fa8f0780038242d67eeac4b5ac509979b 100644 (file)
@@ -354,16 +354,17 @@ void AliTPCCalibTCF::ProcessRawEventV3( AliRawReader *rawReader, AliTPCRawStream
            his2d = new TH2F(hname2d,hname2d, fPulseLength, 0., (Double_t)fPulseLength, 50,-0.02,0.02);
            for (Int_t ipos=0; ipos<last-first; ipos++){
              Double_t signal = tempHis->GetBinContent(ipos+first)-baseline;
            his2d = new TH2F(hname2d,hname2d, fPulseLength, 0., (Double_t)fPulseLength, 50,-0.02,0.02);
            for (Int_t ipos=0; ipos<last-first; ipos++){
              Double_t signal = tempHis->GetBinContent(ipos+first)-baseline;
-             his2d->Fill(ipos,signal/maxCorr);
+             if (TMath::Abs(signal/maxCorr)>1e-10)  // zero bins are biased
+               his2d->Fill(ipos,signal/maxCorr);
            }
            his2d->Write(hname2d);
            printf("new  %s: \n", hname2d);
            }
            his2d->Write(hname2d);
            printf("new  %s: \n", hname2d);
-
          } else {  // adding pulse to existing histogram 
 
            for (Int_t ipos=0; ipos<last-first; ipos++){
              Double_t signal= tempHis->GetBinContent(ipos+first)-baseline;
          } else {  // adding pulse to existing histogram 
 
            for (Int_t ipos=0; ipos<last-first; ipos++){
              Double_t signal= tempHis->GetBinContent(ipos+first)-baseline;
-             his2d->Fill(ipos,signal/maxCorr);
+             if (TMath::Abs(signal/maxCorr)>1e-10) // zero bins are biased
+               his2d->Fill(ipos,signal/maxCorr);
            }
            his2d->Write(hname2d,kOverwrite);
          }
            }
            his2d->Write(hname2d,kOverwrite);
          }
@@ -670,7 +671,7 @@ void AliTPCCalibTCF::AnalyzeRootFile(const char *nameFileIn, Int_t minNumPulse,
     if (name.Contains("ddl") ) continue;  // ignore the 2d histogramms per ddl
 
     hisIn = (TH1F*)fileIn.Get(key->GetName()); // copy object to memory
     if (name.Contains("ddl") ) continue;  // ignore the 2d histogramms per ddl
 
     hisIn = (TH1F*)fileIn.Get(key->GetName()); // copy object to memory
-
+  
     Int_t numPulse = (Int_t)hisIn->GetBinContent(1); 
     if ( numPulse >= minNumPulse ) {
       printf("Analyze histogram %d out of %d\n",iHist,nHist);
     Int_t numPulse = (Int_t)hisIn->GetBinContent(1); 
     if ( numPulse >= minNumPulse ) {
       printf("Analyze histogram %d out of %d\n",iHist,nHist);
@@ -815,6 +816,7 @@ void AliTPCCalibTCF::TestTCFonRootFile(const char *nameFileIn, const char *nameF
 
     printf("validating pulse %d out of %d\n",++iHist,nHist);
     hisIn = (TH1F*)fileIn.Get(key->GetName()); 
 
     printf("validating pulse %d out of %d\n",++iHist,nHist);
     hisIn = (TH1F*)fileIn.Get(key->GetName()); 
 
     // find the correct TCF parameter according to the his infos (first 4 bins)
     Int_t nPulse = FindCorTCFparam(hisIn, nameFileTCF, coefZ, coefP); 
 
     // find the correct TCF parameter according to the his infos (first 4 bins)
     Int_t nPulse = FindCorTCFparam(hisIn, nameFileTCF, coefZ, coefP); 
@@ -1923,6 +1925,7 @@ void AliTPCCalibTCF::MergeHistoPerFile(const char *fileNameIn, const char *fileN
     if (name.Contains("ddl") ) continue;  // ignore the 2d histogramms per ddl
 
     hisIn=(TH1F*)fileIn.Get(hisName);          
     if (name.Contains("ddl") ) continue;  // ignore the 2d histogramms per ddl
 
     hisIn=(TH1F*)fileIn.Get(hisName);          
+    
     Int_t numPulse=(Int_t)hisIn->GetBinContent(1);
     Int_t sec=(Int_t)hisIn->GetBinContent(2);
     Int_t pulseLength= hisIn->GetNbinsX()-4;    
     Int_t numPulse=(Int_t)hisIn->GetBinContent(1);
     Int_t sec=(Int_t)hisIn->GetBinContent(2);
     Int_t pulseLength= hisIn->GetNbinsX()-4;    
@@ -2004,9 +2007,11 @@ void AliTPCCalibTCF::MergeToOneFile(const char *nameFileSum) {
       TIter next(fileSumSec->GetListOfKeys());
       while( (key=(TKey*)next()) ) {
         const char *hisName = key->GetName();
       TIter next(fileSumSec->GetListOfKeys());
       while( (key=(TKey*)next()) ) {
         const char *hisName = key->GetName();
-
+       TString name(hisName);
+       if (name.Contains("ddl") ) continue;  // ignore the 2d histogramms per ddl
         hisIn=(TH1F*)fileSumSec->Get(hisName);
 
         hisIn=(TH1F*)fileSumSec->Get(hisName);
 
+
         if (iHist%100==0) {
           printf("found histogram %d / %d, %s\n",iHist,nHist,hisName);
         }
         if (iHist%100==0) {
           printf("found histogram %d / %d, %s\n",iHist,nHist,hisName);
         }