doxy: TPC/macros root converted
authordberzano <dario.berzano@cern.ch>
Wed, 4 Feb 2015 15:31:10 +0000 (16:31 +0100)
committerdberzano <dario.berzano@cern.ch>
Tue, 10 Feb 2015 15:21:10 +0000 (16:21 +0100)
25 files changed:
TPC/macros/AddTaskTPCCalib.C
TPC/macros/AliEveTree.C
TPC/macros/AliMagFDraw.cxx
TPC/macros/AliTPCExBdraw.C
TPC/macros/AnalyzeLaser.C
TPC/macros/CalibFileMerger.C
TPC/macros/ConfigOCDB.C
TPC/macros/ConfigOCDBAlien.C
TPC/macros/MakeClusterParam.C
TPC/macros/MakeOCDBDiff.C
TPC/macros/MakeTreeStat.C
TPC/macros/ModifyRecoParamHLTUsage.C
TPC/macros/PlotSys.C
TPC/macros/RunAliTPCCalibKrTask.C
TPC/macros/TTreeSelection.cxx
TPC/macros/TestV0.C
TPC/macros/filterESD.C
TPC/macros/gainCalib.C
TPC/macros/printCalibObjectsInfo.C
TPC/macros/recMag5.C
TPC/macros/setNominalVoltagesInAliTPCParam.C
TPC/macros/testDataQA.C
TPC/macros/testPed.C
TPC/macros/tpc_tracks.C
doxygen/Doxyfile.in

index d4ee708..abd5e00 100644 (file)
@@ -1,13 +1,5 @@
-//=============================================================================
-//
-// *** AddTaskTPCCalib
-//
-// This macros setup the TPC calibration task
-//
-//=============================================================================
-
-
-
+/// \file AddTaskTPCCalib.C
+/// \brief This macros setup the TPC calibration task
 
 Int_t debugLevel  = 2;
 Int_t streamLevel = 20;
@@ -52,12 +44,11 @@ AliAnalysisTask  *AddTaskTPCCalib(Int_t runNumber)
 
 
 void AddCalibCalib(TObject* task){
-  //
-  // Responsible: Marian Ivanov
-  // Description:
-  // calibCalib is a prefilter 
-  // The current OCDB entries transformation are applied on cluster, tracks are refitted
-  //
+  /// Responsible: Marian Ivanov
+  /// Description:
+  /// calibCalib is a prefilter
+  /// The current OCDB entries transformation are applied on cluster, tracks are refitted
+
   AliTPCAnalysisTaskcalib* myTask = (AliTPCAnalysisTaskcalib*) task;
   AliTPCcalibCalib *calibCalib = new AliTPCcalibCalib("calibTPC","calibTPC");
   calibCalib->SetDebugLevel(debugLevel);
@@ -67,10 +58,10 @@ void AddCalibCalib(TObject* task){
 
 }
 void AddCalibTimeGain(TObject* task){
-  //
-  //  Responsible: Alexander Kalweit
-  //  Description:
-  //  Parameters to set
+  ///  Responsible: Alexander Kalweit
+  ///  Description:
+  ///  Parameters to set
+
   AliTPCAnalysisTaskcalib* myTask = (AliTPCAnalysisTaskcalib*) task;
   AliTPCcalibTimeGain *calibTimeGain = new AliTPCcalibTimeGain("calibTimeGain","calibTimeGain", startTime.GetSec(), stopTime.GetSec(), 30*60);
   //calibTimeGain->SetLowMemoryConsumption(kTRUE);
@@ -85,11 +76,9 @@ void AddCalibTimeGain(TObject* task){
 }
 
 void AddCalibTime(TObject* task){
-  //
-  // Responsible: Dag Larsen
-  // Description:
-  //
-  //
+  /// Responsible: Dag Larsen
+  /// Description:
+
   AliTPCAnalysisTaskcalib* myTask = (AliTPCAnalysisTaskcalib*) task;
   AliTPCcalibTime *calibTime = new AliTPCcalibTime("calibTime","calibTime",  startTime.GetSec(), stopTime.GetSec(), 20*60);
   calibTime->SetDebugLevel(debugLevel);
@@ -100,9 +89,8 @@ void AddCalibTime(TObject* task){
 
 
 void SetupCalibTaskTrain1(TObject* task){
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   AliTPCAnalysisTaskcalib* myTask = (AliTPCAnalysisTaskcalib*) task;
   //AddCalibCalib(task);
   AddCalibTimeGain(task);
@@ -118,7 +106,8 @@ void SetupCalibTaskTrain1(TObject* task){
 
 
 void ConfigOCDB(Int_t run){
-  // 
+  ///
+
   printf("SETUP OCBD for TPC\n");
   printf("SETUP OCBD for TPC\n");
   printf("SETUP OCBD for TPC\n");
index 33cf5b5..6222145 100644 (file)
@@ -1,25 +1,24 @@
-/*
+/// \file AliEveTree.C
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/AliEveTree.C+
+/// MakeEveTree();
+/// 
+/// TFile fesd("AliESDs.root");
+/// TTree * treeESD = (TTree*)fesd.Get("esdTree");
+///
+/// TFile ftpc("TPCdebug.root");
+/// TFile fits("ITSdebug.root");
+/// TTree * treeTPC = (TTree*)ftpc.Get("Transform");
+/// TTree * treeITS = (TTree*)fits.Get("Clusters");
+///   
+/// treeTPC->Draw("gx2/sqrt(gx0^2+gx1^2):sqrt(gx0^2+gx1^2)>>his(100,0,200,100,-1,1)","event==4","")
+/// treeITS->Draw("gz/sqrt(gx^2+gy^2):sqrt(gx^2+gy^2)>>his(100,0,200,100,-1,1)","event==4","same")
+/// 
+/// treeTPC->Draw("atan2(gx1,gx0):sqrt(gx0^2+gx1^2)>>his(100,0,200,100,-1,1)","event==4","*")
+/// treeITS->Draw("atan2(gy,gx):sqrt(gx^2+gy^2)>>his(100,0,200,100,-1,1)","event==4","same*");
+/// ~~~
 
-  .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/AliEveTree.C+
-  MakeEveTree();
-  
-  TFile fesd("AliESDs.root");
-  TTree * treeESD = (TTree*)fesd.Get("esdTree");
-
-
-
-  TFile ftpc("TPCdebug.root");
-  TFile fits("ITSdebug.root");
-  TTree * treeTPC = (TTree*)ftpc.Get("Transform");
-  TTree * treeITS = (TTree*)fits.Get("Clusters");
-    
-  treeTPC->Draw("gx2/sqrt(gx0^2+gx1^2):sqrt(gx0^2+gx1^2)>>his(100,0,200,100,-1,1)","event==4","")
-  treeITS->Draw("gz/sqrt(gx^2+gy^2):sqrt(gx^2+gy^2)>>his(100,0,200,100,-1,1)","event==4","same")
-  
-  treeTPC->Draw("atan2(gx1,gx0):sqrt(gx0^2+gx1^2)>>his(100,0,200,100,-1,1)","event==4","*")
-  treeITS->Draw("atan2(gy,gx):sqrt(gx^2+gy^2)>>his(100,0,200,100,-1,1)","event==4","same*");
-
-*/
 #include "TFile.h"
 #include "TTree.h"
 #include "TTreeStream.h"
@@ -53,9 +52,8 @@ void MakeEveTree(){
 
 
 void MakeESDTree(AliESDEvent*esd, TTreeSRedirector &cstream){
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   Float_t bz = esd->GetMagneticField();
   //AliTPCseed dummyTPC;
   //AliTPCseed dummyTRD;
@@ -118,9 +116,8 @@ void MakeESDTree(AliESDEvent*esd, TTreeSRedirector &cstream){
 
 
 AliTrackPointArray *MakeArray(TPolyMarker3D *pol){
-  //
-  // Make a aray of  points with errors
-  //
+  /// Make a aray of  points with errors
+
   Int_t entries = pol->GetN();
   AliTrackPointArray * array = new AliTrackPointArray(entries);
   for (Int_t i=0;i<entries;i++){
index ef921b5..30917ec 100644 (file)
@@ -1,59 +1,56 @@
-/*
-
-  .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/AliMagFDraw.cxx+
-  AliMagFDraw draw;
-  draw.RegisterField(0,new AliMagWrapCheb("Maps","Maps", 2, 1., 10., AliMagWrapCheb::k5kG));
-  draw.RegisterField(1,new AliMagFMaps("Maps","Maps", 2, 1., 10., 2));
-
-  TF2 fbz_rz_0pi("fbz_rz_0pi","AliMagFDraw::GetBz(x,0*pi,y)",0,250,-250,250);
-  fbz_rz_0pi->Draw("surf2");
-  
-  TF1 fbz_z_90_00pi("fbz_z_90_00pi","AliMagFDraw::GetBz(90,0*pi,x)",-250,250);
-  TF1 fbz_z_90_05pi("fbz_z_90_05pi","AliMagFDraw::GetBz(90,0.5*pi,x)",-250,250);
-  TF1 fbz_z_90_10pi("fbz_z_90_10pi","AliMagFDraw::GetBz(90,1.0*pi,x)",-250,250);
-  TF1 fbz_z_90_15pi("fbz_z_90_15pi","AliMagFDraw::GetBz(90,1.5*pi,x)",-250,250);
-  fbz_z_90_00pi->SetLineColor(2);
-  fbz_z_90_05pi->SetLineColor(3);
-  fbz_z_90_10pi->SetLineColor(4);
-  fbz_z_90_15pi->SetLineColor(5);
-  fbz_z_90_00pi->Draw()
-  fbz_z_90_05pi->Draw("same")
-  fbz_z_90_15pi->Draw("same")
-  fbz_z_90_10pi->Draw("same")
-  
-
-  TF1 fbr_z_90_00pi("fbz_z_90_00pi","AliMagFDraw::GetBr(90,0*pi,x)",-250,250);
-  TF1 fbr_z_90_05pi("fbz_z_90_05pi","AliMagFDraw::GetBr(90,0.5*pi,x)",-250,250);
-  TF1 fbr_z_90_10pi("fbz_z_90_10pi","AliMagFDraw::GetBr(90,1.0*pi,x)",-250,250);
-  TF1 fbr_z_90_15pi("fbz_z_90_15pi","AliMagFDraw::GetBr(90,1.5*pi,x)",-250,250);
-  fbr_z_90_00pi->SetLineColor(2);
-  fbr_z_90_05pi->SetLineColor(3);
-  fbr_z_90_10pi->SetLineColor(4);
-  fbr_z_90_15pi->SetLineColor(5);
-  fbr_z_90_00pi->Draw()
-  fbr_z_90_05pi->Draw("same")
-  fbr_z_90_15pi->Draw("same")
-  fbr_z_90_10pi->Draw("same")
-
-  //
-  TF2 fbz_xy_0z("fbz_xy_0z","AliMagFDraw::GetBz(sqrt(x^2+y^2),atan2(y,x),0)",-250,250,-250,250);
-  fbz_xy_0z.SetNpy(100);
-  fbz_xy_0z.SetNpx(100);
-  fbz_xy_0z->Draw("colz");
-  //
-  TF2 fbz_xy_250z("fbz_xy_250z","AliMagFDraw::GetBz(sqrt(x^2+y^2),atan2(y,x),250)",-250,250,-250,250);
-  fbz_xy_250z.SetNpy(100);
-  fbz_xy_250z.SetNpx(100)
-  fbz_xy_250z->Draw("colz");
-  //
-   TF2 fbz_xy_m250z("fbz_xy_m250z","AliMagFDraw::GetBz(sqrt(x^2+y^2),atan2(y,x),-250)",-250,250,-250,250);
-  fbz_xy_m250z.SetNpy(100);
-  fbz_xy_m250z.SetNpx(100)
-  fbz_xy_m250z->Draw("colz");
-  //
-
+/// \class AliMagFDraw
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/AliMagFDraw.cxx+
+/// AliMagFDraw draw;
+/// draw.RegisterField(0,new AliMagWrapCheb("Maps","Maps", 2, 1., 10., AliMagWrapCheb::k5kG));
+/// draw.RegisterField(1,new AliMagFMaps("Maps","Maps", 2, 1., 10., 2));
+///
+/// TF2 fbz_rz_0pi("fbz_rz_0pi","AliMagFDraw::GetBz(x,0*pi,y)",0,250,-250,250);
+/// fbz_rz_0pi->Draw("surf2");
+/// 
+/// TF1 fbz_z_90_00pi("fbz_z_90_00pi","AliMagFDraw::GetBz(90,0*pi,x)",-250,250);
+/// TF1 fbz_z_90_05pi("fbz_z_90_05pi","AliMagFDraw::GetBz(90,0.5*pi,x)",-250,250);
+/// TF1 fbz_z_90_10pi("fbz_z_90_10pi","AliMagFDraw::GetBz(90,1.0*pi,x)",-250,250);
+/// TF1 fbz_z_90_15pi("fbz_z_90_15pi","AliMagFDraw::GetBz(90,1.5*pi,x)",-250,250);
+/// fbz_z_90_00pi->SetLineColor(2);
+/// fbz_z_90_05pi->SetLineColor(3);
+/// fbz_z_90_10pi->SetLineColor(4);
+/// fbz_z_90_15pi->SetLineColor(5);
+/// fbz_z_90_00pi->Draw()
+/// fbz_z_90_05pi->Draw("same")
+/// fbz_z_90_15pi->Draw("same")
+/// fbz_z_90_10pi->Draw("same")
+/// 
+/// TF1 fbr_z_90_00pi("fbz_z_90_00pi","AliMagFDraw::GetBr(90,0*pi,x)",-250,250);
+/// TF1 fbr_z_90_05pi("fbz_z_90_05pi","AliMagFDraw::GetBr(90,0.5*pi,x)",-250,250);
+/// TF1 fbr_z_90_10pi("fbz_z_90_10pi","AliMagFDraw::GetBr(90,1.0*pi,x)",-250,250);
+/// TF1 fbr_z_90_15pi("fbz_z_90_15pi","AliMagFDraw::GetBr(90,1.5*pi,x)",-250,250);
+/// fbr_z_90_00pi->SetLineColor(2);
+/// fbr_z_90_05pi->SetLineColor(3);
+/// fbr_z_90_10pi->SetLineColor(4);
+/// fbr_z_90_15pi->SetLineColor(5);
+/// fbr_z_90_00pi->Draw()
+/// fbr_z_90_05pi->Draw("same")
+/// fbr_z_90_15pi->Draw("same")
+/// fbr_z_90_10pi->Draw("same")
+///
+/// TF2 fbz_xy_0z("fbz_xy_0z","AliMagFDraw::GetBz(sqrt(x^2+y^2),atan2(y,x),0)",-250,250,-250,250);
+/// fbz_xy_0z.SetNpy(100);
+/// fbz_xy_0z.SetNpx(100);
+/// fbz_xy_0z->Draw("colz");
+///
+/// TF2 fbz_xy_250z("fbz_xy_250z","AliMagFDraw::GetBz(sqrt(x^2+y^2),atan2(y,x),250)",-250,250,-250,250);
+/// fbz_xy_250z.SetNpy(100);
+/// fbz_xy_250z.SetNpx(100)
+/// fbz_xy_250z->Draw("colz");
+///
+///  TF2 fbz_xy_m250z("fbz_xy_m250z","AliMagFDraw::GetBz(sqrt(x^2+y^2),atan2(y,x),-250)",-250,250,-250,250);
+/// fbz_xy_m250z.SetNpy(100);
+/// fbz_xy_m250z.SetNpx(100)
+/// fbz_xy_m250z->Draw("colz");
+/// ~~~
 
-*/
 #include "TObjArray.h"
 #include "TMath.h"
 #include "AliMagF.h"
@@ -79,22 +76,22 @@ public:
 };
 
 
+/// \cond CLASSIMP
 ClassImp(AliMagFDraw)
+/// \endcond
 
 
 TObjArray   AliMagFDraw::fgArray;
 
 void AliMagFDraw::RegisterField(Int_t index, AliMagF * magf){
-  //
-  // add the filed to the list
-  //
+  /// add the filed to the list
+
   fgArray.AddAt(magf,index);
 }
 
 Double_t AliMagFDraw::GetBz(Double_t r, Double_t phi, Double_t z,Int_t index){
-  //
-  // 
-  //
+  ///
+
   AliMagF *mag = (AliMagF*)fgArray.At(index);
   if (!mag) return 0;
   Float_t xyz[3]={r*TMath::Cos(phi),r*TMath::Sin(phi),z};
@@ -105,9 +102,8 @@ Double_t AliMagFDraw::GetBz(Double_t r, Double_t phi, Double_t z,Int_t index){
 }  
 
 Double_t AliMagFDraw::GetBy(Double_t r, Double_t phi, Double_t z,Int_t index){
-  //
-  // 
-  //
+  ///
+
   AliMagF *mag = (AliMagF*)fgArray.At(index);
   if (!mag) return 0;
   Float_t xyz[3]={r*TMath::Cos(phi),r*TMath::Sin(phi),z};
@@ -119,9 +115,8 @@ Double_t AliMagFDraw::GetBy(Double_t r, Double_t phi, Double_t z,Int_t index){
 
 
 Double_t AliMagFDraw::GetBx(Double_t r, Double_t phi, Double_t z,Int_t index){
-  //
-  // 
-  //
+  ///
+
   AliMagF *mag = (AliMagF*)fgArray.At(index);
   if (!mag) return 0;
   Float_t xyz[3]={r*TMath::Cos(phi),r*TMath::Sin(phi),z};
@@ -135,9 +130,8 @@ Double_t AliMagFDraw::GetBx(Double_t r, Double_t phi, Double_t z,Int_t index){
 
 
 Double_t AliMagFDraw::GetBr(Double_t r, Double_t phi, Double_t z,Int_t index){
-  //
-  // 
-  //
+  ///
+
   AliMagF *mag = (AliMagF*)fgArray.At(index);
   if (!mag) return 0;
   Float_t xyz[3]={r*TMath::Cos(phi),r*TMath::Sin(phi),z};
@@ -150,9 +144,8 @@ Double_t AliMagFDraw::GetBr(Double_t r, Double_t phi, Double_t z,Int_t index){
 }  
 
 Double_t AliMagFDraw::GetBrfi(Double_t r, Double_t phi, Double_t z,Int_t index){
-  //
-  // 
-  //
+  ///
+
   AliMagF *mag = (AliMagF*)fgArray.At(index);
   if (!mag) return 0;
   Float_t xyz[3]={r*TMath::Cos(phi),r*TMath::Sin(phi),z};
@@ -166,12 +159,8 @@ Double_t AliMagFDraw::GetBrfi(Double_t r, Double_t phi, Double_t z,Int_t index){
 
 
 TObjArray * AliMagFDraw::Fit(const char *formula, Int_t index){
-  //
-  /*
-    formula="1++x+x^2++cos(y)++cos(y)^2++z++z^2"
-    index=0
-  */
-  //
+  /// formula=`1++x+x^2++cos(y)++cos(y)^2++z++z^2`
+  /// index=0
   TObjArray *fstrings = TString(formula).Tokenize("++");
   Int_t ndim = fstrings->GetEntries();
   TObjArray *formulas = new TObjArray(ndim);
index a59f2f7..81fda6a 100644 (file)
@@ -1,23 +1,21 @@
-/* 
-char *storage = "local://OCDBres"
-  Int_t RunNumber=0;
-  AliCDBManager::Instance()->SetDefaultStorage(storage);
-  AliCDBManager::Instance()->SetRun(RunNumber) 
-  AliTPCExBFirst * exb = AliTPCcalibDB::Instance()->GetExB();
-  //
-  // See example macro $ALICE_ROOT/TPC/macros/AliTPCExBdraw.C 
-  //
-  .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/AliTPCExBdraw.C 
-  DrawPrim(0)
-  DrawLaser(0)
-*/
-
+/// \file AliTPCExBdraw.C
+//////
+/// ~~~{.cpp}
+/// char *storage = "local://OCDBres"
+/// Int_t RunNumber=0;
+/// AliCDBManager::Instance()->SetDefaultStorage(storage);
+/// AliCDBManager::Instance()->SetRun(RunNumber) 
+/// AliTPCExBFirst * exb = AliTPCcalibDB::Instance()->GetExB();
+/// // See example macro $ALICE_ROOT/TPC/macros/AliTPCExBdraw.C
+/// .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/AliTPCExBdraw.C 
+/// DrawPrim(0)
+/// DrawLaser(0)
+/// ~~~
 
 void DrawPrim(Double_t theta,Float_t magf=5){
-  //
-  // Draw  "primary track distortion"
-  //
-  //Double_t theta=0.5;
+  /// Draw  "primary track distortion"
+  ///
+  /// Double_t theta=0.5;
 
   TF1 *fdrfi_rpi0=new TF1("fdrfi_rpi0",Form("AliTPCExB::GetDrphi(x,0*pi/2,%f*x)",theta),20,250);
   TF1 *fdrfi_rpi1=new TF1("fdrfi_rpi1",Form("AliTPCExB::GetDrphi(x,1*pi/2,%f*x)",theta),20,250);
@@ -65,10 +63,9 @@ void DrawPrim(Double_t theta,Float_t magf=5){
 
 
 void DrawLaser(Double_t fipi2,Float_t magf=5){
-  //
-  // Draw  "primary track distortion"
-  //
-  //Double_t fipi2=0.5;
+  /// Draw  "primary track distortion"
+  ///
+  /// Double_t fipi2=0.5;
 
   TF2 *fdistout = new TF1("fdistout","[0]+[1]*(x-250)+[2]*(x-250)*(x-250)",90,250);
 
@@ -118,8 +115,6 @@ void DrawLaser(Double_t fipi2,Float_t magf=5){
 
 
 void DrawDpt(Float_t d1pt, Float_t ptmin, Float_t ptmax){
-  //
-  //
-  //
-  
+  ///
+
 }
index 75c29f3..c295444 100644 (file)
@@ -1,3 +1,5 @@
+/// \file AnalyzeLaser.C
+
 
 gSystem->Load("libSTAT");
 TStatToolkit stat;
index 070da96..cb43f97 100644 (file)
@@ -1,20 +1,19 @@
-/*
-  // Macro for merging of the calibration classes:
-//   marain.ivanov@cern.ch
-//   //
-//   //
-//   Example usage:
-//   1. Make a list of the calibration files
-//   2. Load libraries
-//   3. Merge - the output is stored in the current directory
-//   //
-//   
-   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/TPC")
-   gSystem->Load("libANALYSIS");
-   gSystem->Load("libTPCcalib");
-   .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/CalibFileMerger.C+g 
-//   CalibFileMerger();
-*/
+/// \file CalibFileMerger.C
+/// Macro for merging of the calibration classes:
+/// \author marain.ivanov@cern.ch
+///
+///   Example usage:
+///   1. Make a list of the calibration files
+///   2. Load libraries
+///   3. Merge - the output is stored in the current directory
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/TPC")
+/// gSystem->Load("libANALYSIS");
+/// gSystem->Load("libTPCcalib");
+/// .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/CalibFileMerger.C+g 
+///  CalibFileMerger();
+/// ~~~
 
 #include <fstream>
 #include "TSystem.h"
index 5d5b81d..304da17 100644 (file)
@@ -1,21 +1,23 @@
-//
-// Macro to Setup OCDB  
-// This is just example macro
-// Responsible: marian.ivanov@cern.ch
-// To be used:
-// 1. Before invocation of the calibration - in the calibration trains
-// 2. To setup calibration viewer.
-//  
-// ConfigOCDB  - setup default and specific data storage
-// SetupCustom - user sepcific configuration 
-//             - Values in local cache of OCDB are overwritten
+/// \file ConfigOCDB.C
+///
+/// Macro to Setup OCDB
+/// This is just example macro
+/// \author marian.ivanov@cern.ch
+/// To be used:
+/// 1. Before invocation of the calibration - in the calibration trains
+/// 2. To setup calibration viewer.
+///
+/// ConfigOCDB  - setup default and specific data storage
+/// SetupCustom - user sepcific configuration
+///             - Values in local cache of OCDB are overwritten
 
 
 
 void SetupCustom(Int_t run);
 
 void ConfigOCDB(Int_t crun=-1){
-  // 
+  ///
+
   printf("SETUP OCBD for TPC\n");
   //
   AliCDBManager::Instance()->SetDefaultStorage("local://$ALICE_ROOT/OCDB");
@@ -34,13 +36,10 @@ void ConfigOCDB(Int_t crun=-1){
 
 
 void SetupCustom(Int_t run){
-  //
-  //
-  // Custom part - to be empty once we are happy with the calibration
-  //
-  //
-  // Setup magnetic field
-  //
+  /// Custom part - to be empty once we are happy with the calibration
+  ///
+  /// Setup magnetic field
+
   AliGRPObject *grp = AliTPCcalibDB::GetGRP(run);
   Float_t current = 0;
   Float_t bz      = 0;
index 3502b92..ebdfa5b 100644 (file)
@@ -1,21 +1,23 @@
-//
-// Macro to Setup OCDB  
-// This is just example macro - using the alien OCDB
-// Responsible: marian.ivanov@cern.ch
-// To be used:
-// 1. Before invocation of the calibration - in the calibration trains
-// 2. To setup calibration viewer.
-//  
-// ConfigOCDB  - setup default and specific data storage
-// SetupCustom - user sepcific configuration 
-//             - Values in local cache of OCDB are overwritten
+/// \file ConfigOCDBAlien.C
+///
+/// Macro to Setup OCDB
+/// This is just example macro - using the alien OCDB
+/// \author marian.ivanov@cern.ch
+/// To be used:
+/// 1. Before invocation of the calibration - in the calibration trains
+/// 2. To setup calibration viewer.
+///
+/// ConfigOCDB  - setup default and specific data storage
+/// SetupCustom - user sepcific configuration
+///             - Values in local cache of OCDB are overwritten
 
 
 
 void SetupCustom(Int_t run);
 
 void ConfigOCDBAlien(Int_t crun=-1){
-  // 
+  ///
+
   TGrid * alien =     TGrid::Connect("alien://",0,0,"t"); 
   printf("SETUP OCBD for TPC\n");
   //
@@ -30,13 +32,10 @@ void ConfigOCDBAlien(Int_t crun=-1){
 
 
 void SetupCustom(Int_t run){
-  //
-  //
-  // Custom part - to be empty once we are happy with the calibration
-  //
-  //
-  // Setup magnetic field - In future this should be part of GRP functionality
-  //
+  /// Custom part - to be empty once we are happy with the calibration
+  ///
+  /// Setup magnetic field - In future this should be part of GRP functionality
+
   AliGRPObject *grp = AliTPCcalibDB::GetGRP(run);
   Float_t current = 0;
   Float_t bz      = 0;
index 5d1fb81..8e3528c 100644 (file)
@@ -1,10 +1,8 @@
-/*  
-  Example macro to build AliTPCClusterParam
-  postprocessing the output of the calibration using tracks
-  In the future this macro will be part of the Preprocesor
-  ..
+/// \file MakeClusterParam.C
+/// Example macro to build AliTPCClusterParam
+/// postprocessing the output of the calibration using tracks
+/// In the future this macro will be part of the Preprocesor
 
-*/
 void StoreObject(AliTPCClusterParam *param);
 
 void MakeClusterParam(const char *fnresolc="Output.root", const char *fnresolg="Output.root"){
@@ -43,9 +41,8 @@ void MakeClusterParam(const char *fnresolc="Output.root", const char *fnresolg="
  
 void StoreObject(AliTPCClusterParam *clParam)
 { 
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   Int_t gkDummyRun = 0;
   char *gCDBpath   = "local://$ALICE_ROOT/OCDB";
   AliCDBMetaData *md1= new AliCDBMetaData(); 
index 7234d38..729e042 100644 (file)
@@ -1,16 +1,18 @@
-/*
-  .L  $ALICE_ROOT/TPC/macros//MakeOCDBDiff.C
-*/
+/// \file MakeOCDBDiff.C
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// .L  $ALICE_ROOT/TPC/macros//MakeOCDBDiff.C
+/// ~~~
 
 Bool_t  MakeOCDBDiff(const char *ocdb1, const char *ocdb2){
-  //
-  // Compare by by byte the content of the OCDB entry
-  // Input parameters:
-  //   ocdb1 - path to the OCDB file1
-  //   ocdb2 - path to the OCDB file2
-  // Return value:
-  //   kTRUE - in case the content of the OCDB object (persistent part) is exactly the same 
-  //   kFALSE - othewise
+  /// Compare by by byte the content of the OCDB entry
+  /// Input parameters:
+  ///   ocdb1 - path to the OCDB file1
+  ///   ocdb2 - path to the OCDB file2
+  /// Return value:
+  ///   kTRUE - in case the content of the OCDB object (persistent part) is exactly the same
+  ///   kFALSE - othewise
+
   /* 
      ocdb1="Run188720_192738_v2_s0.root"
      ocdb1="Run0_188719_v2_s0.root"
index e6e2b7d..f66bc1a 100644 (file)
@@ -1,28 +1,40 @@
-/****************************************************************************
-  Macro to get the size of the Tree
-  As a improvment to  tree->Print() function, this algorithm
-  gives the size of all of the branchces and in addition print them 
-  sorted according total tree size (MEMORY USAGE if one event in tree)
-  or zip size (THE storage size on disk 
+/// \file MakeTreeStat.C
+///
+/// Macro to get the size of the Tree
+/// As a improvment to  tree->Print() function, this algorithm
+/// gives the size of all of the branchces and in addition print them 
+/// sorted according total tree size (MEMORY USAGE if one event in tree)
+/// or zip size (THE storage size on disk)
+///
+/// Printed statistic:
+/// 1. Order
+/// 2. TotSize (in memory) + fraction of total size
+/// 3. ZipSize (in memory) + fraction of zip size
+/// 4. Compression ratio 
+/// 
+/// Usage:
+///
+/// 1. Enable macro
+///
+/// ~~~ 
+/// .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/MakeTreeStat.C+
+/// ~~~
+///
+/// 2. Open the tree (eg.)
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// TFile f("AliESDs.root");
+/// TTree * tree = (TTree*)f.Get("esdTree");
+/// ~~~
+///
+/// 3. Print statistic (sorting according secon argument - either zip Bytes (kTRUE or TotSize (kFALSE)
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// MakeStat(tree, kTRUE);
+/// ~~~
+/// 
+/// \author M.Ivanov, GSI, m.ivanov@gsi.de
 
-  Printed statistic:
-  1. Order
-  2. TotSize (in memory) + fraction of total size
-  3. ZipSize (in memory) + fraction of zip size
-  4. Compression ratio 
-
-  Usage:
-  //  1. Enable macro
-  .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/MakeTreeStat.C+
-  // 2. Open the tree (eg.)
-  TFile f("AliESDs.root");
-  TTree * tree = (TTree*)f.Get("esdTree");
-  // 3. Print statistic (sorting according secon argument - either zip Bytes (kTRUE or TotSize (kFALSE)
-  MakeStat(tree, kTRUE);
-
-  Origin: M.Ivanov, GSI, m.ivanov@gsi.de
-
-****************************************************************************/
 
 
 
@@ -51,9 +63,8 @@ void MakeStat(TTree *tree, Bool_t zipSort);
 
 
 void PrintSorted(Bool_t zipSort){
-  //
-  //print statistic
-  //
+  /// print statistic
+
   Int_t entries   = aReport.GetEntries();
   Int_t* indexes  = new Int_t[entries];
   if (zipSort) TMath::Sort(entries,zipSize.GetArray(),indexes,kTRUE);
@@ -82,9 +93,8 @@ void PrintSorted(Bool_t zipSort){
 
 
 void AddToReport(const char *prefix,const char * name, Float_t size[2], Float_t ratio){
-  //
-  // add branch info to array
-  //
+  /// add branch info to array
+
   char fullname[10000];
   sprintf(fullname,"%s.%s",prefix,name);
   aReport.AddLast(new TObjString(fullname));
@@ -108,9 +118,8 @@ void MakeStat(const char *prefix, TBranch * branch, Float_t* size, Float_t mrati
 
 
 void MakeStat(TTree *tree, Bool_t zipSort){
-  //
-  // make recursve loop over tree branches
-  //
+  /// make recursve loop over tree branches
+
   fTree= tree;
   aReport.Clear();
   TObjArray * array = tree->GetListOfBranches(); 
@@ -129,10 +138,9 @@ void MakeStat(TTree *tree, Bool_t zipSort){
 
 
 void MakeStat(const char *prefix, TBranch * branch, Float_t *size, Float_t mratio){
-  //
-  // Recursive function to get size of the branches
-  // and ratios
-  //
+  /// Recursive function to get size of the branches
+  /// and ratios
+
   TObjArray * array = branch->GetListOfBranches();
   Float_t bsizeSum[2]={0,0};
 
index 40e0acf..0539541 100644 (file)
@@ -1,13 +1,16 @@
-/* ModifyRecoParamHLTUsage
- *  Changes the Input for Reconstruction ( TPC RAW data or HLT TPC clusters ) 
- *    1 -> only TPC raw/sim data
- *    2 -> if present TPC raw/sim data, otherwise HLT clusters
- *    3 -> only HLT clusters
- *    4 -> if present HLT clusters, otherwise TPC raw/sim data
- *
- * Usage : aliroot -b -q ModifyRecoParamHLTUsage.C'("/lustre/alice/alien/alice/data/2011/OCDB/TPC/Calib/RecoParam/Run136844_999999999_v2_s0.root",3,"local:///tmp/ocdb/")'
- *
- */
+/// \file ModifyRecoParamHLTUsage.C
+/// 
+/// ModifyRecoParamHLTUsage
+///  Changes the Input for Reconstruction ( TPC RAW data or HLT TPC clusters ) 
+///    1 -> only TPC raw/sim data
+///    2 -> if present TPC raw/sim data, otherwise HLT clusters
+///    3 -> only HLT clusters
+///    4 -> if present HLT clusters, otherwise TPC raw/sim data
+/// 
+/// Usage:
+/// ~~~
+/// aliroot -b -q ModifyRecoParamHLTUsage.C'("/lustre/alice/alien/alice/data/2011/OCDB/TPC/Calib/RecoParam/Run136844_999999999_v2_s0.root",3,"local:///tmp/ocdb/")'
+/// ~~~
 
 void ModifyRecoParamHLTUsage( const Char_t* lastOCDBEntry, 
                              Int_t iHLTusage,
index c595f7f..7817471 100644 (file)
@@ -1,26 +1,29 @@
-/*
-  Origin:  marian.ivanov@cern.ch
-  Make sys watch default plots (see $ALICE_ROOT/STEER/AliSysInfo.cxx):
-  Input   -  syswatch.log  - text log file created by process to be monitored
-  Output  -  syswatch.root - root files with default histograms
-  Number of top violators - only top consumer displayed
-          
-  Default histogram:  
-               
-  TOP violateors      - CPU and Virtual memory usage
-  Detector reports    - CPU and Virtual memory usage per detector
-
-
-
-
-
-  Usage example:
-  .x ~/rootlogon.C
-  gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/macros/PlotSys.C+");
-  MakePlots("syswatch.log","syswatch.root",10);
-  TFile f("syswatch.root");
-  TBrowser b;
-*/
+/// \file PlotSys.C
+/// \author marian.ivanov@cern.ch
+/// \brief Make sys watch default plots
+///
+/// See `$ALICE_ROOT/STEER/AliSysInfo.cxx`.
+/// Input   -  syswatch.log  - text log file created by process to be monitored
+/// Output  -  syswatch.root - root files with default histograms
+/// Number of top violators - only top consumer displayed
+///         
+/// Default histogram:  
+///              
+/// TOP violateors      - CPU and Virtual memory usage
+/// Detector reports    - CPU and Virtual memory usage per detector
+/// 
+/// 
+/// 
+/// 
+/// 
+/// Usage example:
+/// ~~~{.cpp}
+/// .x ~/rootlogon.C
+/// gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/macros/PlotSys.C+");
+/// MakePlots("syswatch.log","syswatch.root",10);
+/// TFile f("syswatch.root");
+/// TBrowser b;
+/// ~~~
 
 #include "TMath.h"
 #include "TH1F.h"
@@ -46,9 +49,8 @@ void TopVMDetector();
 void TopCPUDetector();
 
 void PInit(const char *log="syswatch.log", const char *out="syswatch.root"){
-  //
-  // Set Input output
-  //
+  /// Set Input output
+
   tree = AliSysInfo::MakeTree(log);
   fout = new TFile(out,"recreate");
 }
@@ -56,9 +58,8 @@ void PInit(const char *log="syswatch.log", const char *out="syswatch.root"){
 
 
 void MakePlots(const char *log="syswatch.log", const char *out="syswatch.root", Int_t top=10){
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   ctop=top;
   PInit(log,out);
   gStyle->SetOptStat(0);
@@ -87,10 +88,9 @@ void MakePlots(const char *log="syswatch.log", const char *out="syswatch.root",
 }
 
 void TopVM(){
-  //
-  // select top user of virtual Memory 
-  // MakeReport - ASCII and histogram
-  // 
+  /// select top user of virtual Memory
+  /// MakeReport - ASCII and histogram
+
   TH1 * his=0;
   TH2 * his2=0;
   Float_t thVM = TopUsage(tree,"deltaVM","",ctop);
@@ -137,10 +137,9 @@ void TopVM(){
 }
 
 void TopCPU(){  
-  //
-  // select top user of CPU 
-  // MakeReport - ASCII and histogram
-  // 
+  /// select top user of CPU
+  /// MakeReport - ASCII and histogram
+
   TH2 * his2=0;
   Float_t thDT = TopUsage(tree,"deltaT","id2<3",ctop);
   cutDT = TCut("cutDT",Form("deltaT>%f",thDT));
@@ -165,9 +164,8 @@ void TopCPU(){
 
 
 void TopVMDetector(){
-  //
-  // Draw usage of VM
-  //
+  /// Draw usage of VM
+
   TH2 * his2=0;
   //
   //
@@ -212,9 +210,8 @@ void TopVMDetector(){
 
 
 void TopCPUDetector(){
-  //
-  // Draw usage of CPU
-  //
+  /// Draw usage of CPU
+
   TH2 * his2=0;
   //
   //
@@ -249,11 +246,9 @@ void TopCPUDetector(){
 
 
 Float_t TopUsage(TTree* tree, const char *exp, const char*cut, Int_t order){
-  //
-  // 
-  // Find value for given order
-  // Used to select top violator
-  //
+  /// Find value for given order
+  /// Used to select top violator
+
   Int_t entries = tree->Draw(Form("%s>>hhh1",exp),cut,"goff");
   if (entries<=1) {
     if (tree->GetHistogram()) delete tree->GetHistogram(); 
index cc4fa39..b732f3d 100644 (file)
-/*
-  Example usage:
-
-  0. Load neccessary libraries
-  
-  gSystem->Load("libANALYSIS");
-  gSystem->Load("libANALYSISalice");
-  gSystem->Load("libTPCcalib");
-  gSystem->Load("libXrdClient");
-  gSystem->Load("libNetx");
-  TGrid::Connect("alien://",0,0,"t");
-  gSystem->Load("$ROOTSYS/lib/libXrdClient");
-  //
-  // 1. Make list of the files 
-  //
-  .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/testTPC/AlienToolkit.cxx+
-  gSystem->Load("libXrdClient");
-  gSystem->Load("libNetx");
-  AlienToolkit toolkit;
-  char *path = "/alice/cern.ch/user/a/amatyja/alice/data/"
-  toolkit.MakeCollection(path,"32129*Krypton.root");
-  toolkit.MakeCollection(path,"32231*Krypton.root");
-  toolkit.MakeCollection(path,"32284*Krypton.root");
-  toolkit.PrintPFN(); > list.txt
-
-  //
-  // 2. Initialization of proof
-  // 
-  TProofMgr * proofmgr = TProof::Mgr("lxgrid5.gsi.de");
-  TProof * proof = proofmgr->CreateSession();
-  proof->SetParameter("PROOF_MaxSlavesPerNode", (Long_t)1000);
-  .L /u/miranov/macros/ProofEnableAliRoot.C
-  ProofEnableAliRoot("/usr/local/grid/AliRoot/HEAD0108");
-  gProof->Exec("gSystem->Load(\"libANALYSIS\")",kTRUE);
-  gProof->Exec("gSystem->Load(\"libSTAT\")",kTRUE);
-  gProof->Exec("gSystem->Load(\"libTPCcalib\")",kTRUE);
-  gProof->Exec(".x $ALICE_ROOT/TPC/macros/ConfigOCDB.C");
-
-  //
-  // 3 Run analysis on PROOF
-  //
-  //
-  // Create chain of input files
-  //
-  gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/TPC/macros");
-  gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/TPC/macros/AliXRDPROOFtoolkit.cxx+");
-  .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/RunAliTPCCalibKrTask.C
-  RunAliTPCCalibKrTask(kTRUE);
-  
-  
-  //
-  // Check the cuts for clusters
-  //
-  AliXRDPROOFtoolkit tool; 
-  TChain * chain = tool.MakeChain("list.txt","Kr",0,1000);
-  chain->Lookup();
-  chain->SetProof(kTRUE);
-
-  TCut cutR0("cutR0","fADCcluster/fSize<200");        // adjust it according v seetings - 
-  TCut cutR1("cutR1","fADCcluster/fSize>7");          // cosmic tracks and noise removal
-  TCut cutR2("cutR2","fMax.fAdc/fADCcluster<0.4");    // digital noise removal
-  TCut cutR3("cutR3","fMax.fAdc/fADCcluster>0.01");   // noise removal
-  TCut cutR4("cutR4","fMax.fTime>200");   // noise removal
-  TCut cutR5("cutR5","fMax.fTime<600");   // noise removal
-  TCut cutS1("cutS1","fSize<200");    // adjust it according v seetings - cosmic tracks
-  TCut cutAll = cutR0+cutR1+cutR2+cutR3+cutR4+cutR5+cutS1;
-
-
-
-
-  //..
-  //
-  //
-
-  //Example usage 
-  TFile f("KrHisto.root");
-  AliTPCCalibKr *kr = f.Get("AliTPCCalibKr");
-  
-  kr->ProjectHisto(kr->GetHistoKr(71),"aaa",30,36,30,40)->Draw()
-  //
-  //
-  //
-  MakeTree();
-  //default cuts
-  TCut cutKr("cutKr","entries.fElements<5000&&fitNormChi2.fElements<3&&fitNormChi2.fElements>0.2&&abs(fitRMS.fElements/fitMean.fElements-0.06)<0.025");
-
-TObjArray * array = AliTPCCalibViewerGUI::ShowGUI("kryptonTree.root");
-AliTPCCalibViewerGUI * viewer = (AliTPCCalibViewerGUI*)array->At(0);
-TTree * tree = viewer->GetViewer()->GetTree();
-
-tree->SetAlias("cutAll","abs(fitNormChi2.fElements-2.)<1.8&&entries.fElements/entries_Median.fElements<4&&entries.fElements/entries_Median.fElements>0.4&&fitRMS.fElements/fitMean.fElements<0.09&&fitRMS.fElements/fitMean.fElements>0.02")
-
-*/
+/// \file RunAliTPCCalibKrTask.C
+///
+/// Example usage:
+///
+/// 0. Load neccessary libraries
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// gSystem->Load("libANALYSIS");
+/// gSystem->Load("libANALYSISalice");
+/// gSystem->Load("libTPCcalib");
+/// gSystem->Load("libXrdClient");
+/// gSystem->Load("libNetx");
+/// TGrid::Connect("alien://",0,0,"t");
+/// gSystem->Load("$ROOTSYS/lib/libXrdClient");
+/// ~~~
+///
+/// 1. Make list of the files
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/testTPC/AlienToolkit.cxx+
+/// gSystem->Load("libXrdClient");
+/// gSystem->Load("libNetx");
+/// AlienToolkit toolkit;
+/// char *path = "/alice/cern.ch/user/a/amatyja/alice/data/"
+/// toolkit.MakeCollection(path,"32129*Krypton.root");
+/// toolkit.MakeCollection(path,"32231*Krypton.root");
+/// toolkit.MakeCollection(path,"32284*Krypton.root");
+/// toolkit.PrintPFN(); > list.txt
+/// ~~~
+///
+/// 2. Initialization of proof
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// TProofMgr * proofmgr = TProof::Mgr("lxgrid5.gsi.de");
+/// TProof * proof = proofmgr->CreateSession();
+/// proof->SetParameter("PROOF_MaxSlavesPerNode", (Long_t)1000);
+/// .L /u/miranov/macros/ProofEnableAliRoot.C
+/// ProofEnableAliRoot("/usr/local/grid/AliRoot/HEAD0108");
+/// gProof->Exec("gSystem->Load(\"libANALYSIS\")",kTRUE);
+/// gProof->Exec("gSystem->Load(\"libSTAT\")",kTRUE);
+/// gProof->Exec("gSystem->Load(\"libTPCcalib\")",kTRUE);
+/// gProof->Exec(".x $ALICE_ROOT/TPC/macros/ConfigOCDB.C");
+/// ~~~
+///
+/// 3. Run analysis on PROOF
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// // Create chain of input files
+/// gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/TPC/macros");
+/// gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/TPC/macros/AliXRDPROOFtoolkit.cxx+");
+/// .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/RunAliTPCCalibKrTask.C
+/// RunAliTPCCalibKrTask(kTRUE);
+///
+/// // Check the cuts for clusters
+/// AliXRDPROOFtoolkit tool;
+/// TChain * chain = tool.MakeChain("list.txt","Kr",0,1000);
+/// chain->Lookup();
+/// chain->SetProof(kTRUE);
+///
+/// TCut cutR0("cutR0","fADCcluster/fSize<200");        // adjust it according v seetings -
+/// TCut cutR1("cutR1","fADCcluster/fSize>7");          // cosmic tracks and noise removal
+/// TCut cutR2("cutR2","fMax.fAdc/fADCcluster<0.4");    // digital noise removal
+/// TCut cutR3("cutR3","fMax.fAdc/fADCcluster>0.01");   // noise removal
+/// TCut cutR4("cutR4","fMax.fTime>200");   // noise removal
+/// TCut cutR5("cutR5","fMax.fTime<600");   // noise removal
+/// TCut cutS1("cutS1","fSize<200");    // adjust it according v seetings - cosmic tracks
+/// TCut cutAll = cutR0+cutR1+cutR2+cutR3+cutR4+cutR5+cutS1;
+///
+/// // Example usage
+/// TFile f("KrHisto.root");
+/// AliTPCCalibKr *kr = f.Get("AliTPCCalibKr");
+///
+/// kr->ProjectHisto(kr->GetHistoKr(71),"aaa",30,36,30,40)->Draw()
+///
+/// MakeTree();
+///
+/// //default cuts
+/// TCut cutKr("cutKr","entries.fElements<5000&&fitNormChi2.fElements<3&&fitNormChi2.fElements>0.2&&abs(fitRMS.fElements/fitMean.fElements-0.06)<0.025");
+///
+/// TObjArray * array = AliTPCCalibViewerGUI::ShowGUI("kryptonTree.root");
+/// AliTPCCalibViewerGUI * viewer = (AliTPCCalibViewerGUI*)array->At(0);
+/// TTree * tree = viewer->GetViewer()->GetTree();
+///
+/// tree->SetAlias("cutAll","abs(fitNormChi2.fElements-2.)<1.8&&entries.fElements/entries_Median.fElements<4&&entries.fElements/entries_Median.fElements>0.4&&fitRMS.fElements/fitMean.fElements<0.09&&fitRMS.fElements/fitMean.fElements>0.02")
+/// ~~~
 
 TChain * chain = 0;
 
 void RunAliTPCCalibKrTask(Bool_t bProof = kFALSE)
 {
-  //
-  AliXRDPROOFtoolkit tool;  
+  ///
+
+  AliXRDPROOFtoolkit tool;
   chain = tool.MakeChain("list.txt","Kr","",20000,0);
   chain->Lookup();
-  chain->SetBranchStatus("Cl.fCluster",kFALSE);  
-  
+  chain->SetBranchStatus("Cl.fCluster",kFALSE);
+
   //
   // Create the analysis manager
   //
   AliAnalysisManager *mgr = new AliAnalysisManager("testAnalysis");
 
-  // Calibration component 
+  // Calibration component
   AliTPCCalibKr *calibObj = new AliTPCCalibKr;
   //calibObj->SetASide(kFALSE);
 
-  // Add task 
+  // Add task
   AliTPCCalibKrTask *task = new AliTPCCalibKrTask;
   task->SetInputChain(chain);
   task->SetTPCCalibKr(calibObj);
-  mgr->AddTask(task); 
+  mgr->AddTask(task);
 
   // Attach input
   cInput  = mgr->CreateContainer("cInput", TChain::Class(), AliAnalysisManager::kInputContainer);
@@ -132,7 +125,7 @@ void RunAliTPCCalibKrTask(Bool_t bProof = kFALSE)
   if (!mgr->InitAnalysis()) return;
   mgr->PrintStatus();
   mgr->SetDebugLevel(1);
-  
+
   if(bProof) {
     mgr->StartAnalysis("proof", chain);
   }
@@ -144,7 +137,7 @@ void RunAliTPCCalibKrTask(Bool_t bProof = kFALSE)
 void MakeTree(){
 
   TFile fpad("calibKr.root");
-  AliTPCPreprocessorOnline * preprocesor = new AliTPCPreprocessorOnline;  
+  AliTPCPreprocessorOnline * preprocesor = new AliTPCPreprocessorOnline;
   preprocesor->AddComponent(spectrMean->Clone());
   preprocesor->AddComponent(spectrRMS->Clone());
   preprocesor->AddComponent(fitMean->Clone());
@@ -152,5 +145,5 @@ void MakeTree(){
   preprocesor->AddComponent(fitNormChi2->Clone());
   preprocesor->AddComponent(entries->Clone());
   preprocesor->DumpToFile("kryptonTree.root");
-  
+
 }
index c3dbe1a..720d690 100644 (file)
@@ -1,15 +1,15 @@
-/*
-
-.L $ALICE_ROOT/TPC/macros/TTreeSelection.cxx++
-
-TFile f("eveTree.root");
-Tracks;
-
-TTreeDraw draw("draw",Tracks);
-draw.AddSelection("TPC clusters","Tr.fTPCncls>0");
-draw.AddSelection("TRD clusters","Tr.fTRDncls>0");
-
-*/
+/// \class TTreeSelection
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/TTreeSelection.cxx++
+///
+/// TFile f("eveTree.root");
+/// Tracks;
+///
+/// TTreeDraw draw("draw",Tracks);
+/// draw.AddSelection("TPC clusters","Tr.fTPCncls>0");
+/// draw.AddSelection("TRD clusters","Tr.fTRDncls>0");
+/// ~~~
 
 #include "TMath.h"
 #include "TFile.h"
@@ -21,34 +21,34 @@ draw.AddSelection("TRD clusters","Tr.fTRDncls>0");
 
 
 class TTreePoint: public TNamed{
-public: 
+public:
   TTreePoint();
   TTreePoint(const char *alias, const char * px, const char * py, const char *pz, Int_t mColor, Int_t mSize, Int_t mType);
   //  TString GetSelection();
 public:
-  TString fPx;   // point X
-  TString fPy;   // point Y
-  TString fPz;   // point Z
-  Int_t   fMColor; //color
-  Int_t   fMSize;  //marker size
-  Int_t   fMType;  //marker type 
-  Bool_t  fIsOn;   //is On 
+  TString fPx;   ///< point X
+  TString fPy;   ///< point Y
+  TString fPz;   ///< point Z
+  Int_t   fMColor; ///< color
+  Int_t   fMSize;  ///< marker size
+  Int_t   fMType;  ///< marker type
+  Bool_t  fIsOn;   ///< is On
   ClassDef(TTreePoint,1)
 };
 
 
 class TTreeCutAtom: public TNamed{
-public: 
+public:
   enum ExprType { kBool=0, kInt=1, kRange=2};
   TTreeCutAtom();
   TTreeCutAtom(const char *alias, const char *expr, ExprType type, Double_t val0, Double_t val1=0);
   TString GetSelection();
 public:
-  Double_t   fInt0;    // interval  value 0
-  Double_t   fInt1;    // interval  value 1
-  Double_t   fVal0;    // selection value 0
-  Double_t   fVal1;    // selection value 1
-  ExprType   fType;    // selection type
+  Double_t   fInt0;    ///< interval  value 0
+  Double_t   fInt1;    ///< interval  value 1
+  Double_t   fVal0;    ///< selection value 0
+  Double_t   fVal1;    ///< selection value 1
+  ExprType   fType;    ///< selection type
   ClassDef(TTreeCutAtom,1)
 };
 
@@ -62,40 +62,42 @@ public:
   void    AddDraw(const char *alias, const char * px, const char * py, const char *pz, Int_t mColor, Int_t mSize, Int_t mType);
   //  TGCompositeFrame * MakeFrame();
 public:
-  TTree     * fTree;          // tree
-  TObjArray   fCutAtoms;      // array of axpressions
-  TObjArray   fDraws;         // array of draw experssions
-private:  
+  TTree     * fTree;          ///< tree
+  TObjArray   fCutAtoms;      ///< array of axpressions
+  TObjArray   fDraws;         ///< array of draw experssions
+private:
   TTreeDraw();
   ClassDef(TTreeDraw,1)
 };
 
 ClassImp(TTreePoint)
 ClassImp(TTreeCutAtom)
+/// \cond CLASSIMP
 ClassImp(TTreeDraw)
+/// \endcond
 
-TTreePoint::TTreePoint(): 
+TTreePoint::TTreePoint():
   TNamed(),
   fPx(),   // point X
   fPy(),   // point Y
   fPz(),   // point Z
   fMColor(1), //color
   fMSize(1),  //marker size
-  fMType(22),  //marker type 
-  fIsOn(kTRUE)   //is On 
+  fMType(22),  //marker type
+  fIsOn(kTRUE)   //is On
 {
 }
 
 TTreePoint::TTreePoint(const char *alias, const char * px, const char * py, const char *pz, Int_t mColor, Int_t mSize, Int_t mType)
-: 
+:
   TNamed(alias,alias),
   fPx(px),   // point X
   fPy(py),   // point Y
   fPz(pz),   // point Z
   fMColor(mColor), //color
   fMSize(mSize),  //marker size
-  fMType(mType),  //marker type 
-  fIsOn(kTRUE)   //is On 
+  fMType(mType),  //marker type
+  fIsOn(kTRUE)   //is On
 {
 }
 
@@ -108,7 +110,7 @@ TTreeCutAtom::TTreeCutAtom():
 {
   //
   //
-  //  
+  //
 }
 
 TTreeCutAtom::TTreeCutAtom(const char *alias, const char *expr, ExprType type, Double_t val0, Double_t val1):
@@ -121,27 +123,27 @@ TTreeCutAtom::TTreeCutAtom(const char *alias, const char *expr, ExprType type, D
 {
   //
   //
-  //  
+  //
 }
 
 TString TTreeCutAtom::GetSelection(){
   //
-  // 
+  //
   //
   TString str;
   char  command[1000];
   if (fType==kBool) str = fTitle;
   if (fType==kInt){
-    sprintf(command,"(%s==%d)",GetTitle(), TMath::Nint(fVal0)); 
+    sprintf(command,"(%s==%d)",GetTitle(), TMath::Nint(fVal0));
     str = command;
   }
   if (fType==kRange){
-    sprintf(command,"((%s>%f) &&(%s<%f))",GetTitle(), fVal0,GetTitle(),fVal1); 
+    sprintf(command,"((%s>%f) &&(%s<%f))",GetTitle(), fVal0,GetTitle(),fVal1);
     str = command;
   }
   return str;
 }
-      
+
 
 TTreeDraw::TTreeDraw():
     TNamed(),
@@ -170,7 +172,7 @@ void    TTreeDraw::AddSelection(const char *alias, const char*expr){
 void    TTreeDraw::AddSelectionRange(const char *alias, const char*expr, Float_t min, Float_t max){
   //
   //
-  //  
+  //
   TTreeCutAtom * atom = new TTreeCutAtom(alias,expr,TTreeCutAtom::kRange,min,max);
   fCutAtoms.AddLast(atom);
 }
index ed55964..3cf3fe1 100644 (file)
@@ -1,55 +1,60 @@
-/*
-  Simple test of the V0 finder
-  //
-  //0. Setup memory chcecker if you want 
-  //
-  gSystem->Load("$ROOTSYS/lib/libGui");
-  gSystem->Load("$ROOTSYS/lib/libTree");
-  gSystem->Load("$MEMSTAT/libMemStat");
-  TMemStat *memstat = new TMemStat(100000000,10000000,kTRUE);
-  AliSysInfo::AddCallBack(TMemStatManager::GetInstance()->fStampCallBack);
-  AliSysInfo::AddStamp("Start");  
-  //
-
-  //1. Load needed libraries
-  gSystem->Load("libANALYSIS");
-  gSystem->Load("libTPCcalib");
-  //
-  // Setup analysis manager
-  //
-  .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/CalibrateTPC.C
-  AliAnalysisManager * mgr = SetupCalibTask();
-  //
-  // Process data - chain
-  //
-  gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/TPC/macros");
-  gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/TPC/macros/AliXRDPROOFtoolkit.cxx+")
-  AliXRDPROOFtoolkit tool; 
-  TChain * chain = tool.MakeChain("esd.txt","esdTree",0,50000);
-  chain->Lookup();
-  // memory
-  mgr->SetNSysInfo(100); 
-  //
-  mgr->SetDebugLevel(1);
-  mgr->StartAnalysis("proof",chain);
-  //mgr->StartAnalysis("local",chain);
-  // delete manager
-  //
-  delete mgr;
-  AliSysInfo::AddStamp("End");
-  //
-  // analyze memstat report
-  //
-  delete memstat;
-  TMemStat draw("memstat.root");
-  draw.MakeReport(0,0,"order 0 sortstat 3 sortstamp 0 sortdeep 10 stackdeep 15 maxlength 50")   
-*/
-
+/// \file TestV0.C
+/// \brief Simple test of the V0 finder
+///
+/// 0. Setup memory chcecker if you want
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// gSystem->Load("$ROOTSYS/lib/libGui");
+/// gSystem->Load("$ROOTSYS/lib/libTree");
+/// gSystem->Load("$MEMSTAT/libMemStat");
+/// TMemStat *memstat = new TMemStat(100000000,10000000,kTRUE);
+/// AliSysInfo::AddCallBack(TMemStatManager::GetInstance()->fStampCallBack);
+/// AliSysInfo::AddStamp("Start");
+/// ~~~
+///
+/// 1. Load needed libraries
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// gSystem->Load("libANALYSIS");
+/// gSystem->Load("libTPCcalib");
+/// ~~~
+///
+/// 2. Setup analysis manager
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/CalibrateTPC.C
+/// AliAnalysisManager * mgr = SetupCalibTask();
+/// ~~~
+///
+/// 3. Process data - chain
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/TPC/macros");
+/// gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/TPC/macros/AliXRDPROOFtoolkit.cxx+")
+/// AliXRDPROOFtoolkit tool;
+/// TChain * chain = tool.MakeChain("esd.txt","esdTree",0,50000);
+/// chain->Lookup();
+/// // memory
+/// mgr->SetNSysInfo(100);
+///
+/// mgr->SetDebugLevel(1);
+/// mgr->StartAnalysis("proof",chain);
+/// //mgr->StartAnalysis("local",chain);
+/// // delete manager
+///
+/// delete mgr;
+/// AliSysInfo::AddStamp("End");
+///
+/// // analyze memstat report
+///
+/// delete memstat;
+/// TMemStat draw("memstat.root");
+/// draw.MakeReport(0,0,"order 0 sortstat 3 sortstamp 0 sortdeep 10 stackdeep 15 maxlength 50")
+/// ~~~
 
 AliAnalysisManager * SetupV0Task() {
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   TStopwatch stopwatch;
   stopwatch.Start();
   //
@@ -57,14 +62,14 @@ AliAnalysisManager * SetupV0Task() {
 
   AliESDInputHandler* esdH=new AliESDInputHandler;
   esdH->SetActiveBranches("ESDfriend");
-  mgr->SetInputEventHandler(esdH);  
+  mgr->SetInputEventHandler(esdH);
   //
   //
   AliCDBManager::Instance()->SetRun(1) ;
   AliCDBManager::Instance()->SetDefaultStorage("local://$ALICE_ROOT/OCDB");
 
   AliTPCAnalysisTaskcalib *task1=new AliTPCAnalysisTaskcalib("TPC calibration task");
-  
+
   AliTPCcalibTracksCuts *cuts = new AliTPCcalibTracksCuts(20, 0.4, 0.5, 0.13, 0.018);
 
   //
@@ -74,9 +79,9 @@ AliAnalysisManager * SetupV0Task() {
   calibV0->SetDebugLevel(20);
   calibV0->SetStreamLevel(2);
   //
-  
+
   task1->AddJob(calibV0);
+
   TString path=gSystem->pwd();
   path+="/V0/";
   gSystem->mkdir(path);
@@ -96,8 +101,8 @@ AliAnalysisManager * SetupV0Task() {
   mgr->ConnectOutput(task1,0,coutput1);
 
   if (!mgr->InitAnalysis()) return;
-  mgr->PrintStatus(); 
-  
+  mgr->PrintStatus();
+
   stopwatch.Stop();
   stopwatch.Print();
   return mgr;
index cc8abe4..ae17af9 100644 (file)
@@ -1,4 +1,5 @@
-//
+/// \file filterESD.C
+
 void filterESD(){
   //
   //
index 06362d2..0214d3a 100644 (file)
@@ -1,17 +1,16 @@
-/*
- Small macro to show perforamance of the gain calibration
- tHe list of the  files with tpc calib tracks is supposed to be in cosmic.txt file 
- Supposing the 
-
-
- gSystem->Load("libSTAT")
- .x ~/rootlogon.C
- .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/AliXRDPROOFtoolkit.cxx+
- AliXRDPROOFtoolkit tool;
- //gSystem->Load("/usr/local/grid/XRootd/GSI/lib/libXrdClient");
- //TProof * proof = TProof::Open("miranov@lxgrid2.gsi.de");
-
-*/
+/// \file gainCalib.C
+/// \brief Small macro to show perforamance of the gain calibration
+///
+/// The list of the  files with tpc calib tracks is supposed to be in cosmic.txt file 
+///
+/// ~~~{.cpp}
+/// gSystem->Load("libSTAT")
+/// .x ~/rootlogon.C
+/// .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/AliXRDPROOFtoolkit.cxx+
+/// AliXRDPROOFtoolkit tool;
+/// gSystem->Load("/usr/local/grid/XRootd/GSI/lib/libXrdClient");
+/// TProof * proof = TProof::Open("miranov@lxgrid2.gsi.de");
+/// ~~~
 
 TChain * chain = 0;
 TChain * chaing = 0;
@@ -92,9 +91,8 @@ void MakePlotsQS(){
   
 
 void MakePlotsTY(){
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   chain->Draw("dedxQ.fElements[2]:ty>>hisQ_ty(20,0,1.5)","IPad==0&&P>1","prof*",1000000);
   chain->Draw("dedxQ.fElements[2]/corrg:ty>>hisQ_ty_corrg(20,0,1.5)","IPad==0&&P>1","prof*",1000000);
   chain->Draw("dedxQ.fElements[2]/AliTPCClusterParam::SQnorm(0,0,dr,ty,tz):ty>>hisQ_ty_corrcal(20,0,1.5)","IPad==0&&P>1","prof*",1000000);
@@ -121,9 +119,8 @@ void MakePlotsTY(){
 
 
 void MakePlotsTZ(){
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   chain->Draw("dedxQ.fElements[2]:tz>>hisQ_tz(20,0,1.5)","IPad==0&&P>1","prof*",1000000);
   chain->Draw("dedxQ.fElements[2]/corrg:tz>>hisQ_tz_corrg(20,0,1.5)","IPad==0&&P>1","prof*",1000000);
   chain->Draw("dedxQ.fElements[2]/AliTPCClusterParam::SQnorm(0,0,dr,ty,tz):tz>>hisQ_tz_corrcal(20,0,1.5)","IPad==0&&P>1","prof*",1000000);
@@ -149,9 +146,8 @@ void MakePlotsTZ(){
 }
 
 void MakePlotsDR(){
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   chain->Draw("dedxQ.fElements[2]:dr>>hisQ_dr(20,0,1.)","IPad==0&&P>1","prof*",1000000);
   chain->Draw("dedxQ.fElements[2]/corrg:dr>>hisQ_dr_corrg(20,0,1.)","IPad==0&&P>1","prof*",1000000);
   chain->Draw("dedxQ.fElements[2]/AliTPCClusterParam::SQnorm(0,0,dr,ty,dr):dr>>hisQ_dr_corrcal(20,0,1.)","IPad==0&&P>1","prof*",1000000);
@@ -179,10 +175,8 @@ void MakePlotsDR(){
 
 
 void MakePlotsQ(){
-  //
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   chaing->Draw("Track.fdEdx>>his0dedx(100,0,200)","Track.fN>100&&abs(Track.P()-15)<3","",20000);
   chaing->Draw("Track.CookdEdxNorm(0.02,0.6,0,0,160)/3.71>>his0dedxnormQ(100,0,200)","Track.fN>100&&abs(Track.P()-15)<3","",20000);
   TH1F * his0dedx = gROOT->FindObject("his0dedx");
index b3dcce7..6e02ec0 100644 (file)
@@ -1,3 +1,5 @@
+/// \file printCalibObjectsInfo.C
+
 printCalibObjectsInfo(const char* filename="CalibObjects.root")
 {
   gROOT->Macro("$ALICE_ROOT/PWGPP/CalibMacros/CPass0/LoadLibraries.C");
index ea945ab..5cb6f1a 100644 (file)
@@ -1,9 +1,9 @@
+/// \file recMag5.C
+
 void recMag5(const char *filename="data.root")
 {
-  /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-  //
-  // First version of the reconstruction
-  // script for the FDR'08
+  /// First version of the reconstruction
+  /// script for the FDR'08
 
   // Set the CDB storage location
   // AliLog::SetModuleDebugLevel("STEER",2);
index 5809209..9823387 100644 (file)
@@ -1,3 +1,5 @@
+/// \file setNominalVoltagesInAliTPCParam.C
+
 void setNominalVoltagesInAliTPCParam()
 {
   //LHC11h
index 467aada..c6bef82 100644 (file)
@@ -1,20 +1,18 @@
-/*
-  Simple macro to make pedstal calibration
-  and visualize calibration data
-
-  .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/testDataQA.C
-  
-*/
-
-
-
+/// \file testDataQA.C
+///
+/// Simple macro to make pedstal calibration
+/// and visualize calibration data
+///
+/// ~~~
+/// .L $ALICE_ROOT/TPC/macros/testDataQA.C
+/// ~~~
 
 void testDataQA(Char_t *fileName, Int_t maxevent=10)
 {
    AliRawReaderRoot *rawReader = new AliRawReaderRoot(fileName);
    if ( !rawReader ) return;
-   AliTPCdataQA *calib     = new AliTPCdataQA; 
-   AliTPCdataQA *calibFast = new AliTPCdataQA; 
+   AliTPCdataQA *calib     = new AliTPCdataQA;
+   AliTPCdataQA *calibFast = new AliTPCdataQA;
    calib->SetRangeTime(1,1000);
    calibFast->SetRangeTime(1,1000);
    printf("Processing data\n");
@@ -45,7 +43,7 @@ void testDataQA(Char_t *fileName, Int_t maxevent=10)
    TFile file2("dataQATestAnalyse.root");
    AliTPCdataQA* cal = (AliTPCdataQA*)file2.Get("AliTPCdataQA");
    AliTPCdataQA* calFast = (AliTPCdataQA*)file2.Get("AliTPCdataQAFast");
-   
+
    AliTPCPreprocessorOnline preprocesor;
    preprocesor.AddComponent(cal->GetNoThreshold());
    preprocesor.AddComponent(cal->GetOverThreshold10());
@@ -90,7 +88,7 @@ void testDataQA(Char_t *fileName, Int_t maxevent=10)
    preprocesor.AddComponent(calNTime    );
    preprocesor.AddComponent(calNPad     );
    preprocesor.AddComponent(calTimePos  );
-   
+
    preprocesor.DumpToFile("CalibTreeTestAnalyse.root");
    AliTPCCalibViewerGUI::ShowGUI("CalibTreeTestAnalyse.root");
 }
index f275955..cc343c6 100644 (file)
@@ -1,11 +1,7 @@
-/*
-  Simple macro to make pedstal calibration
-  and visualize calibration data
-
-*/
-
-
-
+/// \file testPed.C
+///
+/// Simple macro to make pedstal calibration
+/// and visualize calibration data
 
 void testPed(Char_t *fileName)
 {
@@ -23,7 +19,7 @@ void testPed(Char_t *fileName)
    calib->DumpToFile("PedestalData.root");
    delete rawReader;
    delete calib;
-   
+
    //
    TFile f("PedestalData.root");
    AliTPCCalibPedestal* ped = (AliTPCCalibPedestal*)f.Get("AliTPCCalibPedestal");
@@ -42,20 +38,19 @@ void testPed(Char_t *fileName)
 
 void testPed0(Char_t *fileName)
 {
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   AliRawReaderRoot *rawReader = new AliRawReaderRoot(fileName);
   if ( !rawReader ) return;
-  AliTPCCalibPedestal *calib = new AliTPCCalibPedestal; 
+  AliTPCCalibPedestal *calib = new AliTPCCalibPedestal;
   printf("Processing data\n");
   Int_t event=0;
   while (rawReader->NextEvent()){
-    calib->ProcessEvent(rawReader); 
+    calib->ProcessEvent(rawReader);
     printf("Processing event\t%d\n",event);
     event++;
   }
-  calib->Analyse();   
+  calib->Analyse();
   //
   AliTPCCalPad * pad0 = new AliTPCCalPad(calib->GetCalPadRMS());
   AliTPCCalPad * pad1 = new AliTPCCalPad(calib->GetCalPadPedestal());
index 9aa0f60..0ff87e1 100644 (file)
@@ -1,3 +1,5 @@
+/// \file tpc_tracks.C
+
 
 class TEveProjectionManager;
 class TEveGeoShape;
@@ -9,9 +11,8 @@ TEveGeoShape * geom = 0;
 
 void tpc_tracks(const char *input=0)
 {
-  //
-  //
-  //
+  ///
+
   if (input){
     TString ipath(input);
     if (ipath.Contains(".zip")){
index 31cfb62..cfbe797 100644 (file)
@@ -765,7 +765,8 @@ INPUT                  = @CMAKE_SOURCE_DIR@/doxygen \
                          @CMAKE_SOURCE_DIR@/TPC/Cal \
                          @CMAKE_SOURCE_DIR@/TPC/CalibMacros \
                          @CMAKE_SOURCE_DIR@/TPC/DA \
-                         @CMAKE_SOURCE_DIR@/TPC/fastSimul
+                         @CMAKE_SOURCE_DIR@/TPC/fastSimul \
+                         @CMAKE_SOURCE_DIR@/TPC/macros
 
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 # that doxygen parses. Internally doxygen uses the UTF-8 encoding. Doxygen uses