Add new alignment object for fully misaligned PHOS

Create ideal, residual and fully displaced alignment objects in one macro

Obsolete file removed

Using kAlmost0 instead of 0. Return the actual XYZ if the step is almost 0

Alignment fixes

o) adding log tags to all files
o) AliSelector: Changing the way the header is accessed: Before it was a tree friend, this results in mismatch as soon as one ESD file is corrupt. Now it is accessed similar to the method used for the kinematics tree.
o) Adding second library PWG0selectors, this is only for the build system, because selectors are compiled on-the-fly when they are used in the Process function
o) Analysis now splitted in AnalysisESDSelector and AnalysisMCSelector

Default changed: SPD chips thickness is 150 microns

Default changed: geometry file (.det) is not read by default

New version of AliVertexerTracks (F.Prino)

Bugfix. Default argument was taken (J.Belikov)

add new histo to EsdQA()

bug in PrintOccupancy() fixed

minor changes

changed constructor and a few minor things

Removing obsolete parametrised errors

Removing extra symbols

more clear variables

Updated version (Tiziano)

Copy/paste error fixed (Yu.Belikov)

Merging changes from v4-04-Release

Acceptance data (Gines)

Classe for Quarkonia acceptances (Gines)

Addoption of new ESDtrack (M.Ivanov)

Adding new data member: maximal allowed distance between points (M.Ivanov)

Adding new option to switch off the transformation if the alignment was done (M.Ivanov)

Improved protection

Adding method to create chain from list of files (for PROOF) + correction in corresponding macros
Adapting include path dir to PWG0

Moving the AliStrLine and AliTracker classes from libESD.so back to libSTEER.so. Additional protection in PropagateTo (Yu.Belikov)

make target for creating PROOF par archive: PWG0base.par and for testing test-PWG0base.par
PROOF-INF directory

changed selector to only depend on ESD library, other functionality moved to AliSelectorRL

Adding a selector that can be used for analysis requiring the RunLoader (and thus most of AliRoot)

Merging changes from v4-04-Release

Minor changes

Updated comments for Doxygen - corrected warnings

Added comments for inline functions

Coding conventions
(Sasha)

The default thickness of the chips is set to 150 mkm (D.Elia). Removing some obsolete parts from the configuration macros

Right values for misalignement randomly distributed according to a gaussian

Merging fixes from v4-04-Release

AliITSclusterV2 replaced by AliITSRecPoint

RichMenu modified to switch between aligned and misaligned geometry

Correct dependences for files from subdirecties (Matevz)

Merge from EVE-dev to HEAD.

Remove for merge.

Updated comments for Doxygen

Correction in the loop over track references. Upper bound has been affected
by removing hits.

- libRAWData moved after libSTEER as it depends on it
- Added copyright, CVS id, description

- libRAWData moved after libSTEER as it depends on it
- Removed libMUONgeometry - not needed for raw data
- Added copyright, CVS id, description

might be used uninitialized warning fixed in tracker, also private Makefile upgraded in a line with official one

Fix missing editor problem under some window managers.

update of  readDigits

Bugfix in the digitizer. The bug caused the trigger efficiency to be very close to 1 (Alla)

Updated comments for Doxygen

Corrected \ingroup directive

- Corrected \ingroup directive
- Updated comments for Doxygen

- Old StepManager() replaced with StepManager2()
- Added setting of detElemId to track references

- Old StepManager() replaced with StepManager2()
- Updated comments for Doxygen

(martin) add link for CorrectionMatrix2D class

(martin) Removed Makefile for psSpectra dir., committed by mistake

(martin) Makefile for ptSpectra directory

(martin) 2D correction matrix calculation class

(martin) pt vs eta correction matrix calculation macro using CorrectionMatrix2D class.

retrieve only the needed members of the tree

printing the execution time

few more protections

standalone Makefile, preliminary (towards PROOF par archive)

changing way of defining header and source files (towards PROOF par archive)

Prob vector is assigned in FillESD(), some clarification on calculation of heights

Use default errors in case the vertexer didn't find any

Coding conventions (Gustavo)

Cluster types (Gustavo)

Possibility to work without vertex

Support for automatic pedestal estimation per pad (Marian and Matevz).

Include header files from the current directory

Adding detector ID to the track references

Updated comments for Doxygen

- Added test for track ID in track reference
  (fixes break if no track with this ID is present in the stack)
- Updated the method ReconstructibleTracks():
  now a track is reconstructable if it leaves a hit in one of chambers 1 or 2,
  one hit in chambers 2 or 3, one hit in chambers 4 and 5 and
  3 hits within chambers 6,7,8 and 9. Previously a track had
  to have 10 hits deposited in the spectrometer, one in each of the 10 chambers
(Hermine)

In ChamberNumber(Float_t z): dMaxChamber enlarged to take into account
inclination of slat chambers

Merging protection from v4-04-Release

Load default TPC parameters in case of raw data and missing galice

Macro to visualize the TPC cosmic data (minor modifications to the standart one)

Old Altro and TPC raw stream modified in a way that they work with the TPC cosmic data

Added tests for existence of the arrays which were set to 0
in the default constructor in the last commit (fixing memory
leaks)

Added test for existence of the vertex (fixes crash)
(Philippe)

Merge from EVE-dev to HEAD.

o) Adding class AlidNdEtaAnalysisMCSelector, which builds dNdEta plot from MC to check the analysis
o) Moving IsPrimary to AliSelector

small fix

changing from printf to AliDebug

Removed ';' from ClassImp pragmas.

Merge EVE-dev to HEAD.

added new class to Makefile

Added selector for dNdEtaAnalysis, use with testAnalysis2.C

o) Added DrawHistograms function
o) Added histogram that stores uncorrected data
o) Added Getters, Setters for the histograms

o) added copy constructor
o) fixed bug in DefineHistograms
o) changed order of public, protected in header file

Coding conventions

Reducing the memory size needed for raw data reconstruction

Corrected typo in previous commit, now in group base

Moving AliMUONTriggerEfficiencyCells from sim to base
(Christian)

Tom's request for steel stainless skin thickness

No need for TGeant3 in the include path