Critical fixes to the SPD cluser code:

- Removed DefineOutput from default CTOR - this CTOR is only used by ROOT I/O
  system, and _must_not_ set up things, as the data will be set via the
  streamer.
- Make all Getters of manager const.
- Moved implementation of manager class member functions to .cxx file.
- Removed direct setters/getters from task.
- Check pointer validity before de-referencing.
- Cache (in a static) return string from GetFileName - if not static,
  the data pointed to could disappear and lead to very strange errors.
- Fix includes and wrong cast in AliCentraldNdeta.cxx
- Also generate dictionary AliCentralMultiplicityTask::Manager - otherwise
  objects of that class is not persistent.

Changed ranges (Chiara)

technical fix for insufficient array size allocation

remove debug message, change other

fix to be able to use again standard fitting mode

Warning removal

AliTPCcalibCosmic.cxx AliTPCcalibLaser.cxx

removing warnings

Coverity fix

coverity defects

Added new ZDC QA task (Chiara)

Fixes for coverty complaints

warning fixes

Corrected MAJOR defects

coverity defects

Macros to chack SDD online calibrations updated for 2011 run

Fixes for MC runnning

- small improvement in the plotting style

bug fix

Coverity fix

Coverity fix

Coverity fix

Updated computation of truncated mean of dE/dx from ITS layers (F. Prino)

We noticed that we did not provide in AliESDtrackCuts the methods with the "standard" selections of ITS
standalone (and pure standalone) tracks for p-p 2010 run.
The cut values on impact parameter and chi2 have been optimized by Leonardo and myself of the 2010 p-p
data.
Francesco Prino

I prepared a new file for centrality, it uses the multiplicity distributions summed for all runs
Unfortunately i did not manage to get a new fit, so i still use the 90% point determined before, but the centrality definitions are based on a much
better defined multiplicity, so it should be better.
A. Toia

Changes in control histograms.
A. Toia

Fix for a Coverity warning

Adding the new calibration class for the multiplicity correction

Change of the Class version

AliTPCClusterParam.h        -> simple Getter for Matrix

AliTPCRecoParam.h           -> simple Setters for ctgRange, Qmax/Qtot, UseMultiplicityCorrectionDeDx
AliTPCRecoParam.cxx         -> the new variables must also be added...

AliTPCPreprocessorOffline.h   -> new Functions pad region equalization in pass 0
AliTPCPreprocessorOffline.cxx -> Adding extraction of pad region equalization and put it to pass 0

added histograms and methods for fetching the leading track within a jet

setting the eta range for clustered tracks, adding the correct signature for background subtraction

Coeverity fixes, changed hard-coded track eta of 0.9 for the cluster task, do not store jets with pt <0 after background subtraction any more

Correction of friend connection when used locally.

Add new class for drift velocity
Marian

Added selection bits

Class Version increased.

set matching residuals

removing PartCorrDep dependencies

Warning fixes

Introduce smell generator plus some small fixes

Wrong commit before -
Fighting with memory consumption - setting  owners of container.

Updated PbPb params

Updated analysis task

making object steamable

Fix of a bug that arises when adding more than 1 function to AliRsnPairFunctions

AliTPCcalibTimeGain.cxx - Adding the Gamma conversion selected electorns
AliTPCcalibTracks.cxx AliTPCcalibTracks.h - Use THnSparse for cluster residuals - removed obsolete histograms
AliTPCcalibV0.cxx AliTPCcalibV0.h         - high pt V0  filtering

AliTPCCorrection.cxx AliTPCCorrection.h   - Additional arguemnt in function to create track distortion fit tree
AliTPCExBBShape.cxx AliTPCExBBShape.h     - Adding visualization function for magnetic field
AliTPCExBEffectiveSector.cxx  AliTPCExBEffectiveSector.h - Modified MakeResidualMap function
AliTPCkalmanAlign.cxx AliTPCkalmanAlign.h    - Fit constrain functions
AliTPCReconstructor.cxx AliTPCReconstructor.h - Possibility to use the Altro emulator in reconstruction

Marian

AliTPCcalibAlign.cxx  - changes in filling lookup table
AliTPCcalibCalib.cxx  - bigger error close to the TPC boundaried in calibration refit
AliTPCcalibCosmic.cxx AliTPCcalibCosmic.h - high pt cosmic filtering to tree added
AliTPCCalibGlobalMisalignment.cxx  AliTPCCalibGlobalMisalignment.h  - adding global delta A side C side misaalignment
AliTPCcalibLaser.cxx AliTPCcalibLaser.h - histograming the cluster-survey trak residuals in the THnSparse

Corrected assignment operator

Added script

coverity fixes

bug fix

bugfix: snprintf takes care of the terminating 0, strncpy not

fixing minor memory leak, using safe string operations

implementing safe string operations

removing old remnant and obsolete condition which became obsolete in r21442

Updated run range and scaling.
A. Toia

Added class to make the dN/deta from SPD cluster

Added task to make the dN/deta from SPD clusters
Draw script shows this result too.
Minor fixes

implementing pid hypothesis in track loop, and configuration from OCDB object (Timur)

adding support for xml files in AliHLTSystem (Lars)

update of xml configuration parser (Lars)
- check of <Proc> type attribute
- check for duplicate parents
- reading default chains from HLTOutFormatter sources
- extracting and exporting component libraries and default chains from configuration
- extended Print function
- bugfix: postponed delete of working buffer in standard component parsing

updated version (by Andrea)

Fix for coverity

Fix for coverity

Default of fDecaysOff is 3
Savannah 77326

Fix for coverity

move printf to debug

Added cut to branch name

Added a new cut on comparison of daughters' momenta (needed for Deltas)

script to run energy fits from a file

with TOF satisfied request  about writng in ESD T0 spread

Fixes

Initialisation corrected.

Return value corrected. (Carlos Perez Lara)

Delegated access method (Alla)

Update (Chiara)

added run-number structure

Protection

- a difference between CPU and GPU tracker results is fixed by David Rohr
- some checks of array indices adeded to the merger

Revert previous commit

coverity fixes

Fixing bug caught by Marcelo

Copy constructor and =operator added.

Improvements in cmake functionality

Fix Coverity 10050

Fix Coverity reports

Modifications to flag fake tracks (Ruben)

fix warning

checking pointer type cast

checking result of resource allocation

Install SPD cluster script and corrections

Add SPD cluster method

Set init parameters from args

HHD forgot to update/commit this

bug fix

Updates

Update documentation with comment from Luciano

correction objects for 7 TeV.

The revisited SPD cluster analysis in the new AOD framework and the corrections for it for 900 GeV p+p

Coverity