PWGPP/CalibMacros/CPass1/runCPass1.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 # Script to run:
   4 #    1. reconstruction
   5 #    2. calibration
   6 #
   7 # Files assumed to be in working directory:
   8 # recCPass1.C          - reconstruction macro
   9 # runCalibTrain.C     - calibration/filtering macro
  10 # Arguments (run locally):
  11 #    1  - raw data file name
  12 #    2  - number of events to be processed
  13 #    3  - run number
  14
  15 # example:
  16 # runCPass1.sh raw.root  50  104892
  17
  18 #ALIEN setting
  19 # $1 = raw input filename
  20 runNum=`echo $1 | cut -d "/" -f 6 | sed 's/^0*//'`
  21
  22 if [ $# -eq 1 ]; then
  23     # alien Setup
  24     nEvents=99999999
  25     ocdbPath="raw://"
  26     # use the value passed by LPM, or by default use the kCalibBarrel alias
  27     triggerOptions=${ALIEN_JDL_TRIGGERALIAS-?Trigger=kCalibBarrel}
  28     #triggerOptions="?Trigger=kPhysicsAll"
  29 fi
  30
  31 if [ $# -ge 4 ]; then
  32     # local setup
  33     nEvents=$2
  34     runNum=$3
  35     ocdbPath=$4
  36     triggerOptions="?Trigger=kCalibBarrel"
  37 fi
  38
  39 if [ $# -eq 5 ]; then
  40     # local setup in case we specify the trigger mask
  41     triggerOptions=$5
  42 fi
  43
  44 CHUNKNAME="$1"
  45
  46 if [ "${CHUNKNAME:0:1}" = "/" ]; then
  47     FILENAME=${CHUNKNAME##*/}
  48
  49     if [ -f "$FILENAME" ]; then
  50         # locally downloaded chunk
  51         CHUNKNAME="`pwd`/$FILENAME"
  52     else
  53         # one chunk from alien (nodownload option to the collection)
  54         CHUNKNAME="alien://$CHUNKNAME"
  55     fi
  56 fi
  57
  58 if [ -f "wn.xml" ]; then
  59     # several chunks accessed remotely
  60     CHUNKNAME="collection://wn.xml"
  61 fi
  62
  63 echo "* ************************"
  64 echo "* runCPass1.sh $*"
  65 echo "* Chunk name: $CHUNKNAME"
  66 echo "* Run number: $runNum"
  67 echo "* nEvents: $nEvents"
  68 echo "* runNum: $runNum"
  69 echo "* ocdbPath: $ocdbPath"
  70 echo "* triggerOptions: $triggerOptions"
  71 echo "* ************************"
  72
  73 mkdir Barrel OuterDet
  74
  75 if [ -f Run0_999999999_v3_s0.root ]; then
  76     echo "* TPC correction file found"
  77
  78     mkdir -p TPC/Calib/Correction
  79     mv Run0_999999999_v3_s0.root TPC/Calib/Correction/
  80
  81     for DIR in Barrel OuterDet; do
  82         mkdir -p $DIR/TPC/Calib/Correction
  83         ln -s ../../../../TPC/Calib/Correction/Run0_999999999_v3_s0.root $DIR/TPC/Calib/Correction/Run0_999999999_v3_s0.root
  84     done
  85 fi
  86
  87 echo "* PATH: $PATH"
  88 echo "* LD_LIBRARY_PATH: $LD_LIBRARY_PATH"
  89 echo
  90
  91 if [ "$2" == "OCDB" ]; then
  92     export OCDB_SNAPSHOT_CREATE="kTRUE"
  93     export OCDB_SNAPSHOT_FILENAME="OCDB.root"
  94     touch OCDB.generating.job
  95
  96     echo "* Running AliRoot to generate the OCDB based on $CHUNKNAME"
  97
  98     echo "OCDB/recCPass1.C" >&2
  99     time aliroot -l -b -q -x recCPass1.C\(\"$CHUNKNAME\"\) &> rec.log
 100     exitcode=$?
 101     echo "Exit code: $exitcode"
 102
 103     if [ $exitcode -ne 0 ]; then
 104         echo "recCPass1.C for OCDB snapshot exited with code $exitcode" > validation_error.message
 105         exit 10
 106     fi
 107
 108     echo "* Reconstruction ran in fake mode to create OCDB.root, exiting quickly now"
 109
 110     if [ -f OCDB.root ]; then
 111         echo "* OCDB.root was indeed produced"
 112     else
 113         echo "* Error: OCDB.root was NOT generated !!!"
 114         echo "OCDB.root was not generated" > validation_error.message
 115         exit 1
 116     fi
 117
 118     exit 0
 119 fi
 120
 121 for COMMON_FILE in wn.xml localOCDBaccessConfig.C AddTaskTPCCalib.C AddTaskTRDCalib.C OCDB.root QAtrain_duo.C; do
 122     if [ -f $COMMON_FILE ]; then
 123         ln -s ../$COMMON_FILE Barrel/$COMMON_FILE
 124         ln -s ../$COMMON_FILE OuterDet/$COMMON_FILE
 125     fi
 126 done
 127
 128 for BARREL_FILE in recCPass1.C runCalibTrain.C; do
 129     ln -s ../$BARREL_FILE Barrel/$BARREL_FILE
 130 done
 131
 132 for OUTER_FILE in recCPass1_OuterDet.C; do
 133     ln -s ../$OUTER_FILE OuterDet/$OUTER_FILE
 134 done
 135
 136 ####################################   Barrel   #######################################
 137
 138 cd Barrel
 139
 140 echo "* Running AliRoot to reconstruct barrel of $CHUNKNAME"
 141
 142 echo executing aliroot -l -b -q -x "recCPass1.C(\"$CHUNKNAME\", $nEvents, \"$ocdbPath\", \"$triggerOptions\")"
 143 time aliroot -l -b -q -x "recCPass1.C(\"$CHUNKNAME\", $nEvents, \"$ocdbPath\", \"$triggerOptions\")" &> ../rec.log
 144 exitcode=$?
 145 echo "Exit code: $exitcode"
 146
 147 if [ $exitcode -ne 0 ]; then
 148     echo "recCPass1.C exited with code $exitcode" > ../validation_error.message
 149     exit 10
 150 fi
 151
 152 mv syswatch.log ../syswatch_rec_Barrel.log
 153
 154 echo "* Running AliRoot to make calibration..."
 155
 156 echo executing aliroot -l -b -q -x "runCalibTrain.C($runNum,\"AliESDs.root\",\"$ocdbPath\")"
 157 time aliroot -l -b -q -x "runCalibTrain.C($runNum,\"AliESDs.root\",\"$ocdbPath\")" &> ../calib.log
 158 exitcode=$?
 159 echo "Exit code: $exitcode"
 160
 161 if [ $exitcode -ne 0 ]; then
 162     echo "runCalibTrain.C exited with code $exitcode" > ../validation_error.message
 163     exit 40
 164 fi
 165
 166 mv syswatch.log ../syswatch_calib.log
 167
 168 if [ -f QAtrain_duo.C ]; then
 169     echo "* Running the QA train (barrel) ..."
 170
 171 #    echo executing aliroot -b -q "QAtrain_duo.C(\"_barrel\",$runNum,\"$ocdbPath\")"
 172 #    time aliroot -b -q "QAtrain_duo.C(\"_barrel\",$runNum,\"$ocdbPath\")" &> ../qa_barrel.log
 173
 174     echo executing aliroot -b -q -x "QAtrain_duo.C(\"_barrel\",$runNum)"
 175     time aliroot -b -q -x "QAtrain_duo.C(\"_barrel\",$runNum)" &> ../qa_barrel.log
 176
 177     exitcode=$?
 178     echo "Exit code: $exitcode"
 179
 180     if [ $exitcode -ne 0 ]; then
 181         echo "QAtrain_duo.C / barrel exited with code $exitcode" > ../validation_error.message
 182         exit 100
 183     fi
 184
 185     for file in *.stat; do
 186         mv $file ../$file.qa_barrel
 187     done
 188 fi
 189
 190 mv AliESDs.root ../AliESDs_Barrel.root
 191 mv AliESDfriends.root ../AliESDfriends_Barrel.root
 192
 193 for file in AliESDfriends_v1.root QAresults_barrel.root EventStat_temp_barrel.root AODtpITS.root Run*.Event*_*.ESD.tag.root; do
 194     if [ -f "$file" ]; then
 195         mv "$file" ../
 196     fi
 197 done
 198
 199 ####################################   Outer   #######################################
 200
 201 cd ../OuterDet
 202
 203 echo "* Running AliRoot to reconstruct outer of $CHUNKNAME"
 204
 205 echo executing aliroot -l -b -q -x "recCPass1_OuterDet.C(\"$CHUNKNAME\", $nEvents, \"$ocdbPath\")"
 206 time aliroot -l -b -q -x "recCPass1_OuterDet.C(\"$CHUNKNAME\", $nEvents, \"$ocdbPath\")" &> ../rec_Outer.log
 207 exitcode=$?
 208 echo "Exit code: $exitcode"
 209
 210 if [ $exitcode -ne 0 ]; then
 211     echo "recCPass1_OuterDet.C exited with code $exitcode" > ../validation_error.message
 212     exit 11
 213 fi
 214
 215 mv syswatch.log ../syswatch_rec_Outer.log
 216
 217 if [ -f QAtrain_duo.C ]; then
 218     echo "* Running the QA train (outer) ..."
 219
 220 #    echo executing aliroot -b -q "QAtrain_duo.C(\"_outer\",$runNum,\"$ocdbPath\")"
 221 #    time aliroot -b -q "QAtrain_duo.C(\"_outer\",$runNum,\"$ocdbPath\")" &> ../qa_outer.log
 222
 223     echo executing aliroot -b -q -x "QAtrain_duo.C(\"_outer\",$runNum)"
 224     time aliroot -b -q -x "QAtrain_duo.C(\"_outer\",$runNum)" &> ../qa_outer.log
 225
 226     exitcode=$?
 227     echo "Exit code: $exitcode"
 228
 229     if [ $exitcode -ne 0 ]; then
 230         echo "QAtrain_duo.C  / outer exited with code $exitcode" > ../validation_error.message
 231         exit 101
 232     fi
 233
 234     for file in *.stat ; do
 235         mv $file ../$file.qa_outer
 236     done
 237 fi
 238
 239 mv AliESDs.root ../AliESDs_Outer.root
 240 mv AliESDfriends.root ../AliESDfriends_Outer.root
 241
 242 for file in QAresults_outer.root EventStat_temp_outer.root; do
 243     if [ -f "$file" ]; then
 244         mv "$file" ../
 245     fi
 246 done
 247
 248 exit 0